UNIVERSITE CHEIKH ANTA DIOP DE DAKAR

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FACULTE DE MEDECINE, DE PHARMACIE ET D’ODONTOLOGIE
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ANNEE 2018 N° 50

Caractérisation phénotypique des bêtalactamases de souches

d’entérobactéries multirésistantes isolées de divers produits

pathologiques.

MEMOIRE
POUR OBTENTION DU MASTER II DE MICROBIOLOGIE
FONDAMENTALE ET APPLIQUEE

PRESENTE ET SOUTENU PUBLIQUEMENT

LE 18 AVRIL 2018
PAR
Dr Habibou SARR
(Ancien interne des hôpitaux)

MEMBRES DU JURY
Président : M. Ahmad Iyane SOW Professeur

Membres : Mme Roughyatou KA Maître de Conférences Agrégé

Mme Halimatou DIOP Maître de Conférences Agrégé

Directrice : Mme Roughyatou KA Maître de Conférences Agrégé

 Au nom d’Allah Le Tout
Puissant.
Paix et Salut sur Son Prophète
Mohamed.
DEDICACES
 A la mémoire de….

Mon honorable grand-mère feue Codou Salla DIENG, ton

image plane encore dans mon esprit, tes conseils me

manquent énormément. J’aurai tant voulu que tu sois là

pour partager ce moment de joie avec nous. Votre neveu

récolte ce jour le fruit de vos prières. Qu’Allah vous

accueille dans son paradis céleste. Amin

Je dédie ce travail…

A ma chère maman, Aïssatou Ndiaye dit « Mbéne

Ndiaye »,
Adorable maman tu m’as inspiré et m’as donné la force

et le courage de terminer ce travail.

L’amour, la tendresse, la générosité et le soutien à tous les

membres de la famille font de toi la meilleure maman.

Tu m’as boosté quand j’avais plus d’énergie,

m’encourager quand j’étais découragé et me réconforter

dans les moments les plus difficiles de ma vie à la fac.

Mon attachement et mon amour envers toi ne peuvent être

exprimés ou traduits par ces quelques mots.

Merci de m’avoir toujours donné le souffle de m’être battu

et de continuer à me battre pour aller de l’avant.

Merci pour tous…

Enfin…Merci tout simplement d’être ma Maman.

Je prie Allah le Tout Puissant de t’accorder santé et

longue vie afin que tu puisses célébrer avec toute la

famille l’aboutissement de tant de sacrifices et de

privation, le fruit de l’arbre que tu as si bien entretenu.

Amin !!!
A mon cher père, Malick Sarr,

Aucune expression ne saurait démontrer l’amour, la

reconnaissance, le respect et l’estime que je porte envers

toi.

Ta présence et ta protection m’ont toujours réconfortée.

Tu as consenti tant de sacrifices, de patience, de

bienveillance, d’investigation et d’encouragement à mon

éducation et ma formation.

J’espère en ce jour être ta fierté.

Qu’Allah le Tout Puissant te procure santé et longue vie.

A ma chérie Bator Ndiaye

Ce travail t’est particulièrement dédié, trouves y tous mon

amour et ma reconnaissance envers toi. Puisse notre

union résister à l’épreuve du temps et Qu’Allah le Tout

Puissant veille sur cette union. Je t’aime…

A mes frères Moustapha, Kabirou, Lamine, Cheikh

Tidiane, Modou, Ahmadou, Ibrahima….
A mes sœurs Anta, Awa, Mariama, Khady, Seynabou,

Astou Mbéne…
Pour tout l’amour, le soutien et le bonheur que vous

réveillez en moi,
J’ai toujours apprécié l’affection que vous portez à mon

égard,

Que ce travail soit le témoignage de mon amour et ma

gratitude envers vous

Ce travail vous est dédié

A mes oncles et tantes, pour tous les principes que vous

m'avez transmis.

A mes cousins et cousines, pour votre présence constante à

mes côtés.

A tous mes amis avec qui j’ai partagé des moments de

peine et de joie à la fac : Dame Dia, Abdou Diouck,

Khadim Ndiaye, Alexis Papis Sambou, Amath Sakho

…Que nos liens d’amitié perdurent pour toujours.

A mes camarades et collègues de l’Internat : Abdoulaye

Diop, Dame Gambe, Bambo Diakhaby, Serigne M Gueye,

Pape M Kandji, Serigne M M Sow, Abdou Diop,…
REMERCIEMENTS
Je remercie du fond du cœur le Pr Ahmad IYANE SOW Chef

de service du laboratoire de Bactériologie-Virologie de

l’hôpital FANN pour avoir eu comme laboratoire d’accueil

votre labo et pour le soutien apporté.

Je tiens à remercier le Pr Roughyatou KA pour avoir

accepté de diriger ce travail malgré vos multiples

obligations professionnelles. C’est un honneur pour moi

d’avoir été guidé par vos connaissances en microbiologie.

Je vous remercie sincèrement du fond du cœur.

Je remercie également Pr Mouhamadou Lamine DIA

pour tous vos conseils.

Je tiens également à remercier les Docteurs : Aissatou A.

NIANG, Baidy DIEYE, Amadou DIOP, Fatoumata

DIALLO…

L’occasion m’est également donnée de pouvoir remercier

tout le personnel du laboratoire de bactériologie-

virologie : Tonton COLY, Major Bineta G. GAYE, Mme DIA,

Mme SAMB, Mme Bass, Mme LY, Mme FALL, Mme KAMARA,

Ndaté SEYE, Elisa LOCCA, Mbathio NDIAYE, Abdou DIEME…

Leur bonne humeur de tous les jours et la joie de les

retrouver au laboratoire m’a permis de réaliser ce travail

dans une atmosphère que je n’oublierai pas.

Merci à tous….
A NOS MAITRES ET JUGES
 A notre maître et président du jury,

Le Professeur Ahmad Iyane SOW

C’est pour nous une grande fierté de vous avoir comme président
du jury.

Votre humilité, votre générosité, vos qualités scientifiques et

humaines sont connues et reconnues de tous. Trouvez en ces mots
l’expression de notre plus grand respect et de notre haute
considération.

Soyez assuré de notre admiration cher maître. Puisse Dieu vous

prête longue vie. Amin !

A notre Maître et Directrice de mémoire

Le Professeur Roughyatou KA

Vous nous avez encadré et accompagné durant ce travail, votre

soutien, vos conseils et encouragements nous as permis de
terminer à bien ce travail.
Votre humilité, votre simplicité, vos qualités scientifiques et
humaines ne sont plus à démontré. Trouvez en ces mots
l’expression de notre plus grand respect. Puisse Dieu vous prête
longue vie. Amin !
 A notre Maître et Juge

Le Professeur Halimatou DIOP

Nous vous remercions d’avoir accepté de juger ce travail.

Durant notre cursus en pharmacie nous avons apprécié votre

humilité, votre simplicité, vos qualités scientifiques et humaines
sont connues et reconnues par tous les étudiants ayant bénéficié
vos enseignements.

Soyez assuré de notre admiration et de notre profond respect.

Puisse Dieu vous prête longue vie. Amin !

 Liste des abréviations
ABG : Antibiogramme
ADN : Acide Désoxyribonucléique
AMC : Amoxicilline + acide clavulanique
BES : Brazilian Extended-Spectrum Bêtalactamase)
BGN : Bacilles à Gram Négatif
BLSE : Bêtalactamases à Spectre Elargi
C3G : Céphalosporines de troisième Génération
CAZ : ceftazidime
CHNU : Centre Hospitalier National Universitaire
CMI : Concentration Minimale Inhibitrice
CRO : Ceftriaxone
CTX : Cefotaxime
CTX-M : Céfotaximase –Munich
DA : Désaminase
EBLSE : Entérobactéries Productrices de Bêtalactamases à Spectre Elargi
EDTA : Ethylène Diamine Tétra-Acétique
EPEC : Escherichia coli entéropathogéne
ETEC : Escherichia coli entérotoxinogène
FEP : Cefepime
GES : Guyana Extended-Spectrum Bêtalactamase
IAS : Infections Associées aux Soins
IMP : Imipenème
LPS : Lipopolysaccharides
MBL : Métallo-Bêtalactamases
MH : Mueller Hinton
PCR : Polymerase Chain Reaction
PER : Pseudomonas Extended Resistance
PLP : Protéines Liants les Proteines
RDD : Rapprochement Des Disques
SHV : Sulfhydryl Variable
TDA : Tryptophane Désaminase
TRI : TEM Résistantes aux Inhibiteurs
USI : Unités de Soins Intensifs
VEB : Vietnam Extended-Spectrum Bêtalactamase
VP : Voges Proskauer
 LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Structure générale des bêtalactamines .................................................................... 11
Figure 2 : Mécanisme d’hydrolyse d’une bêtalactamines par une bêtalactamase. .................. 13
Figure 3 : Prévalence d’entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi dans
le monde entre 2002 et 2009 .................................................................................... 15
Figure 4 : Galerie classique d’identification ........................................................................... 31
Figure 5 : Image de « bouchon de campagne ». ...................................................................... 33
Figure 6 : Mise en évidence d’une bêtalactamase de classe .................................................... 33
Figure 7 : Répartition des souches selon le sexe. .................................................................... 34
Figure 8 : Répartition des souches selon la classe d'âge ......................................................... 34
Figure 9 : Répartition des souches selon l’origine des prélèvements ...................................... 35
Figure 10 : Répartition des souches selon la nature du prélèvement. ..................................... 35
Figure 11 : Répartition des souches selon l’espèce. ................................................................ 36
Figure 12 : Répartition des souches selon la classe de bêtalactamases. .................................. 36
 LISTE DES TABLEAUX
Tableau I : Classification des entérobactéries. .................................................... 6
Tableau II : Caractères biochimiques de quelques entérobactéries .................... 8
Tableau III : Classification des bêtalactamines ................................................. 14
Tableau IV : Bêtalactamines : Comportement habituel en fonction du type de
bêtalactamase. ................................................................................. 21
Tableau V : Antibiogramme d’entérobactérie : charges et diamètres d’inhibition
correspondant des différents disques testés .................................... 32
Tableau VI : Nombre d’espèces d’entérobactéries selon la classe de
bêtalactamases. ................................................................................ 37
Tableau VII : Répartition des classes de bêtalactamases selon la provenance. 37
 SOMMAIRE
INTRODUCTION ...................................................................................................................... 1
PREMIERE PARTIE ................................................................................................................. 4
I. ENTEROBACTERIES ................................................................................................... 5
1. Généralités ................................................................................................................... 5
1.1. Définition ............................................................................................................. 5
1.2. Historique ............................................................................................................. 5
1.3. Classification ........................................................................................................ 5
1.4. Habitat .................................................................................................................. 6
2. Caractères bactériologique des entérobactéries ........................................................... 7
2.1. Morphologie ......................................................................................................... 7
2.2. Culture .................................................................................................................. 7
2.3. Biochimie. ............................................................................................................ 7
2.4. Antigènes .............................................................................................................. 9
3. Pouvoir pathogène ..................................................................................................... 10
4. La résistance aux bêtalactamines. .............................................................................. 11
II. LES BETALACTAMASES A SPECTRE ELARGI(BLSE) ........................................ 13
1. Définition ................................................................................................................... 13
2. Classification des bêtalactamases à spectre élargi ..................................................... 13
3. Epidémiologie sur les EBLSE ................................................................................... 14
4. Différents types de BLSE .......................................................................................... 16
4.1. Anciennes BLSE ................................................................................................ 16
4.2. Nouvelles BLSE ................................................................................................. 17
5. Spectre d’inactivation des bêtalactamases à spectre élargi ....................................... 20
III. CLASSIFICATION DES BETALACTAMINES ..................................................................... 22
1. Les pénicillines (pénames) ........................................................................................ 23
2. Les pénèmes .............................................................................................................. 25
3. Céphalosporines (céphèmes) ..................................................................................... 25
4. Les monobactames .................................................................................................... 27
DEUXIEME PARTIE .............................................................................................................. 28
I. CADRE, TYPE ET PERIODE D’ETUDE .................................................................... 29
1. Cadre d’étude ............................................................................................................. 29
2. Type et période d’étude ............................................................................................. 29
 II. MATERIELS ET METHODE ...................................................................................... 29
1. Matériels .................................................................................................................... 29
1.1. Echantillonnage .................................................................................................. 29
1.2. Interprétation des résultats ................................................................................. 29
2. Méthodologie ............................................................................................................. 30
2.1. Sélection des souches d’entérobactéries............................................................. 30
2.2. Ré-isolement et ré-identification (Figure 4) ....................................................... 30
2.3. Préparation de la solution d’EDTA .................................................................... 31
2.4. Antibiogramme ................................................................................................... 31
2.5. Principe de la détection des classes de BLSE .................................................... 32
2.6. Interprétation des résultats ................................................................................. 32
III. RESULTATS............................................................................................................. 34
1. Répartition des souches selon le sexe ........................................................................ 34
2. Répartition des souches selon l’âge ........................................................................... 34
3. Répartition des souches selon l’origine des prélèvements ........................................ 35
4. Répartition des souches selon la nature du prélèvement ........................................... 35
5. Répartition des souches selon l’espèce ...................................................................... 36
6. Répartition des souches selon la classe de bêtalactamases. ....................................... 36
7. Répartition des espèces d’entérobactéries selon la classe de bêtalactamases ........... 37
8. Répartition des classes de bêtalactamases selon la provenance. ............................... 37
DISCUSSION .......................................................................................................................... 38
CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS ........................................................................ 42
PERSPECTIVES ...................................................................................................................... 45
REFERENCES ......................................................................................................................... 46
INTRODUCTION

1
L’acquisition par les bactéries de résistances aux antibiotiques représente un défi majeur pour
la médecine du XXIe siècle. L’augmentation croissante de l’incidence des entérobactéries
productrices de bêtalactamases à spectre élargi (EBLSE), est à l’origine d’infections graves et
responsable d’une prescription accrue d’antibiotiques à large spectre. Les bêtalactamases sont
des enzymes constitutionnelles ou acquises, produites par les bactéries. Leur activité provoque
l’ouverture du cycle beta-lactame et crée un intermédiaire acyl-enzyme instable qui est ensuite
dégradé en acide inactif.

L’émergence et la dissémination de nouvelles bêtalactamases, premier mécanisme en cause

dans la résistance des bactéries à Gram négatif (BGN) aux bêtalactamines, sont concomitantes
à l’introduction dans l’arsenal thérapeutique et à la consommation des bêtalactamines. Ainsi,
l’introduction des céphalosporines de troisième génération (C3G) en pratique clinique au début
des années 1980, permettant de lutter contre les infections à germes producteurs de
pénicillinases, a été suivie, dès 1983, de la description de la première bêtalactamase à spectre
élargi (BLSE) chez Klebsiella pneumoniae en Allemagne [1]. Plus de 200 BLSE ont maintenant
été décrites et leur diffusion à travers le monde pose un véritable problème de santé publique
[2]. Les BLSE sont des enzymes à large spectre, conférant une résistance à la quasi-totalité des
bêtalactamines, excepté les céphamycines (difficiles à utiliser en thérapeutique) et les
carbapénèmes. Jusqu’à la fin des années 1990, les entérobactéries productrices de BLSE étaient
principalement des espèces dites « hospitalières », Klebsiella pneumoniae ou Enterobacter spp,
et diffusant de façon clonale entre patients hospitalisés. Depuis le début des années 2000,
l’émergence et la dissémination explosive de « nouvelles » BLSE (type CTX-M) sont observées
au niveau mondial, avec un changement radical de l’épidémiologie. En effet, la diffusion des
CTX-M au sein de l’espèce Escherichia coli a bouleversé l’épidémiologie classique des BLSE,
avec une dissémination de telles souches dans la communauté [3 - 4].

Le défi majeur est aujourd’hui de limiter la propagation des entérobactéries productrices de

BLSE en milieu communautaire et surtout hospitalier, ceci passe par l’identification et la
réalisation d’un antibiogramme.

Notre étude a été réalisée au laboratoire de bactériologie-virologie du CHNU de FANN et

repose sur la détection phénotypique des BLSE de classe A correspondant aux « pénicillinases
» inhibées par l’acide clavulanique et les BLSE de classe B correspondant aux métallo
bêtalactamases inhibées par l’acide éthylène diamine tétra-acétique (EDTA) chez les
entérobactéries.

2
L’objectif général de notre étude était de caractériser les types de bêtalactamases secrétés par
les entérobactéries multirésistantes isolées au laboratoire avec comme objectifs spécifiques une
identification des principales EPC (Entérobactérie Productrice de Carbapénèmases) suspectes
au laboratoire et l’instauration d’une technique de routine pour détecter les BLSE de classe B.

3
PREMIERE PARTIE

4
 I. ENTEROBACTERIES

1. Généralités

1.1. Définition [5 - 7]
La famille des Enterobacteriaceae comprend de nombreux genres bactériens répondant à la
définition suivante :
- bacilles à Gram négatif ;
- immobiles ou mobiles grâce à une ciliature péritriche ;
- aérobies anaérobies facultatifs ;
- se développant aisément sur milieu ordinaire ;
- fermentant le glucose avec sans production de gaz ;
- ne possédent pas de cytochrome oxydase ;
- réduisant les nitrates en nitrites (quelques exceptions parmi Erwinia).

1.2. Historique [8 - 10]

La naissance de la famille des Enterobacteriaceae remonte en 1937 lorsqu’Otto RAHN proposa
le genre Enterobacter pour regrouper les microorganismes présentant des propriétés
biochimiques et morphologiques communes et parmi lesquels on trouvait déjà des noms tels
qu’Escherichia, Salmonella, Klebsiella, Proteus, Serratia ou Shigella. Deux années après cette
description qui concernait 112 espèces, ce nombre fut ramené à 67. Les travaux des équipes de
DON BRENNER et de Patrick A.D. GRIMONT ont permis une véritable explosion de cette
famille avec un très grand nombre de nouveaux genres et espèces décrits depuis une vingtaine
d’années.

En 1972, EDWARDS et EWING rapportaient 11 genres et 26 espèces dans la famille des

Enterobacteriaceae.

En 1973, 31 genres et 139 espèces étaient caractérisés. En 1985, FARMER et COLL décrivaient
22 genres comprenant 69 espèces et 29 groupes entériques.

1.3. Classification
La famille des Enterobacteriaceae comprend actuellement 100 espèces répertoriées. Les
espèces les plus communément isolées en bactériologie clinique appartiennent à 12 genres
(Tableau 1) : Citrobacter, Enterobacter, Escherichia, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus,
Providencia, Salmonella, Seratia, Shigella, Yersinia.

5
Tableau I : Classification des entérobactéries.

Groupes Genres Espèces

EDWARDSIELLEAE Edwardsiella
Salmonella typhi
Salmonella
GROUPE I SALMONNELLEAE Salmonella paratyphi
Salmonella
enteritidis
ESCHERICHIEAE Escherichia Escherichia coli
Shigella dysenteriae
Shigella Shigella flexneri
GROUPE II
Shigella boydii
Shigella sonnei
LEVINEAE Levinea
Klebsiella
Klebsiella
pneumoniae
Klebsiella oxytoca
Enterobacter
GROUPE III KLEBSIELLEAE aerogenes
Enterobacter
Enterobacter
cloaceae
Serratia Serratia marcescens
Erwinia
Proteus mirabilis
Proteus Proteus vulgaris
GROUPE IV PROTEAE
Proteus rettgerii
Providencia
Yersinia enterolitica
GROUPE V YERSINIEAE Yersinia Yersinia
pseudotuberculosis

1.4. Habitat [11 - 12]

Le nom d’entérobactéries a été donné parce que ces bactéries sont en général des commensaux
ou des saprophytes, suivant les espèces microbiennes, du tube digestif de l’homme et des
animaux.

Mais ce caractère écologique n’est pas exclusif des entérobactéries pouvant proliférer en
abondance dans l’environnement (sols et eaux) et participer aux grands cycles de dégradation
des matières organiques.

6
 2. Caractères bactériologique des entérobactéries

2.1. Morphologie [7 – 12 – 17 - 18]

Toutes les entérobactéries ont une morphologie habituellement typique ; bacilles à Gram négatif
de 2-3 µm de long sur 0,6 µm de large, généralement polymorphes.

Les espèces mobiles les plus nombreuses le sont grâce à une ciliature péritriche. Certaines sont
immobiles (Klebsiella, Shigella, Yersinia pestis). La présence d’une capsule visible au
microscope est habituelle chez les Klebsiella.

La plupart des espèces pathogènes pour l’homme possèdent des fimbriae ou pili qui sont des
facteurs d’adhésion.

2.2. Culture [11 - 12 - 17 - 19]

Les entérobactéries poussent facilement sur les milieux ordinaires en 24 heures à 37°C en
aérobiose et en anaérobiose.

Leurs exigences nutritionnelles sont, en général, réduites et la plupart se multiplient en milieu

synthétique avec une source de carbone simple comme le glucose. Sur milieux gélosés, les
colonies d’entérobactéries sont habituellement lisses, brillantes, de structure homogène (type «
smooth » ou S). Cet aspect peut évoluer après cultures successives pour donner des colonies à
surface sèche rugueuse (type « rough » ou R).

Les Klebsiella forment des colonies souvent très muqueuses, larges et luisantes. Les Proteus
ont tendance à envahir la gélose et à y former un tapis uniforme.

En milieu liquide, les entérobactéries occasionnent un trouble uniforme du bouillon.

2.3. Biochimie [20].

L’identification des Enterobacteriaceae est d’abord basée sur des caractères biochimiques,
complétés pour certains genres par la sérotypie. Celle-ci n’a de sens qu’une fois le genre ou
l’espèce déterminée car les communautés antigéniques inter-genre et inter-espèce sont
nombreuses (Tableau 2).

7
 Tableau II : Caractères biochimiques de quelques entérobactéries [20].

Salmonella Citrobacter C. diversus Escherichia Shigella Klebsiella Enterobacter Serratia P. vulgaris P. mirabilis Morganella P. rettgeri Providencia Yersinia

Mobilité + + + + /- - - + + + + + + + +/-
Gaz en glucose + + + + - + + - + + + +/- +/- -
Lactose - +/× + +/× - + +/× - - - - - - -
Test ONPG - + + + +/- + + + - - - - - +
H2S + (-) + (-) - - - - - - + + - - - -
Uréase - - (+) - - - +/- - - + + + + - -/+
Ph.alamine DA et TDA - - - - - - - - + + + + + -
Indole - - + + +/- - (+) - - + - + + + -
Citrate de Simmons + (-) + + - - +/- + + +/- +/- - + + -
Mannitol + + + + +/- + + + - - - + +/- +/-
Saccharose - +/- +/- +/- - + + + + × +/- +/- +/- +/-
V.P - - - - - + (-) + + - - - - - -
Légende :

+ = positif en 1 ou 2 jours ; (+) = positif tardivement ; - = négatif ; DA = désaminase ; TDA = tryptophane désaminase ; V.P = Voges Proskauer ;
× = tardivement et irrégulièrement positif (fermentation due à des mutants) ; -(+) = en général négatif – exceptionnellement positif tard.

8
 2.4. Antigènes [21]
La détermination du sérotype est réalisée pour des souches dont l’identification biochimique
est certaine. Il existe différents antigènes :

 Les antigènes O
Ce sont des antigènes de paroi constitués de lipopolysaccharides (LPS) qui sont thermostables
et résistant à l’alcool ou à l’acide.
Les réactions d’agglutination se produisent lentement et sont constituées d’agglutinats
granulaires, difficilement dissociables par agitation.
La spécificité O est perdue par les souches R qui sont auto-agglutinables en eau distillée.

 Les antigènes H
Ce sont des antigènes qui ne sont présents que chez les souches mobiles. Constitués d’une
protéine, la flagelline, ils sont thermostables et inactivés par l’alcool.
Les réactions d’agglutination se produisent rapidement et sont constituées d’agglutinats
floconneux, facilement dissociables par agitation.

 Les antigènes K
Ces antigènes capsulaires sont généralement constitués d’une couche externe
polysaccharidique. Parmi les antigènes K, se trouvent les antigènes L, A, B d’E. coli et
l’antigène Vi de certaines Salmonella ou Citrobacter. Ces antigènes peuvent rendre la souche
qui les possède inagglutinable par les antisérums O. Ils sont détruits par une ébullition de 2
heures.
Les antigènes d’adhérence ou adhésines, de nature protéique, en relation avec la présence de
pili sont classés parmi les antigènes K (K88, K99).

 L’antigène Kunin
Cet antigène commun chez la famille des Enterobacteriaceae n’est pratiquement retrouvé que
dans cette famille et a un intérêt taxonomique.
Des antisérums dirigés spécifiquement contre chacun des antigènes bactériens sont préparés en
utilisant les méthodes de l’absorption spécifique des anticorps de Castelcani. Des anticorps qui
se sont fixés sur l’antigène bactérien correspondant forment des agglutinats. Après
centrifugation, il ne reste plus dans le surnageant que des anticorps qui n’ont pas été en contact
avec l’antigène.

9
 3. Pouvoir pathogène
Les entérobactéries constituent plus de 80 % des germes isolés en laboratoire : Escherichia,
Salmonella, Shigella, Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Proteus, Morganella et Yersinia sont
les entérobactéries les plus souvent retrouvées.

 Escherichia coli
C’est un germe très courant. Son habitat est le colon humain. Sa survie est extrêmement difficile
dans l’environnement. Il est le genre préférentiel des infections urinaires. . L’incidence de ces
infections est plus marquée chez les personnes de sexe féminin en milieu communautaire en
raison notamment de la colonisation de la région péri-urétrale et de la longueur de l’urètre. En
milieu hospitalier, l’incidence est égale entre les deux sexes en rapport essentiellement avec
l’utilisation fréquente des sondes urinaires.

E. coli cause également des infections du tractus digestif notamment Escherichia coli
entérotoxinogène (ETEC) qui est responsable de la diarrhée du voyageur et Escherichia coli
entéropathogéne (EPEC) responsable de diarrhées chez l’enfant, en raison de la contamination
de l’eau ou des aliments par la flore fécale des malades ou des porteurs sains

E. coli est aussi à l’origine d’infections pulmonaires chez les personnes gravement malades par
colonisation des voies respiratoires supérieures.

E. coli peut coloniser le vagin et être responsable des méningites néonatales (sérotype K1) après
un accouchement ou suite à l’infection du liquide amniotique consécutive à une rupture
prolongée des membranes.

 Klebsiella pneumoniae:
L’habitat de K. pneumoniae est le tractus digestif et le système respiratoire supérieur. Ce germe
est principalement isolé en milieu hospitalier, le portage étant fortement accru chez les patients
hospitalisés de longues périodes ou bénéficiant de traitements antibiotiques au long court.
Toutefois, il est également présent en dehors des hôpitaux, notamment chez des patients
diabétiques, ou souffrants de maladies respiratoires chroniques. Bien que la plupart des
personnes colonisées soient asymptomatiques, K. pneumoniae peut causer des pneumonies, des
bronchites et broncho-pneumonies, la contamination pulmonaire se faisant surtout par voie
aérienne, mais la voie hématogène n’étant pas exclue. K. pneumoniae a été longtemps décrit
comme le pneumo bacille de Friedlander. C’est une bactérie également retrouvée dans des

10
infections urinaires suite au passage de la flore fécale aux voies urinaires. Finalement, des
bactériémies compliquent parfois les infections localisées mentionnées ci-dessus.

 Klebsiella oxytoca
Cette bactérie est isolée de produits pathologiques comme les urines, le sang et les sécrétions
naso-pharyngées et trachéales. A l’instar de K. pneumoniae, K. oxytoca peut infecter les voies
urinaires et respiratoires des patients hospitalisés.

 Enterobacter cloacae
C’est un germe qui colonise souvent les patients hospitalisés et plus particulièrement ceux de
la réanimation ou chez ceux qui sont sous traitement antibiotique au long cours. Il peut être à
l’origine d’infections urinaires de pneumonies, ainsi que d’infection cutanées. Il peut également
être responsable de bactériémies, et c’est un pathogène dont l’incidence en milieu hospitalier a
considérablement augmenté ces dernières années. Il est principalement isolé chez des patients
en unité de réanimation et est le germe le plus incriminé dans les infections associées aux soins
(IAS).

4. La résistance aux bêtalactamines [23].

Chez les bacilles à Gram-négatif(BGN) ; il existe des mécanismes de résistance aux
bêtalactamines, principalement acquise : la faible affinité pour les PLP, les phénomènes
d’imperméabilité et d’efflux, et surtout l’inactivation enzymatique par des protéines,
dénommées bêtalactamases en raison de leur affinité pour le noyau bêta-lactame (Figure 1).

Figure 1 : Structure générale des bêtalactamines

11
Les gènes de résistance des bêtalactamases se situent soit au niveau du chromosome bactérien,
soit sur des éléments extra-chromosomiques.

 Résistance chromosomique [24]

En ce qui concerne la résistance médiée par le chromosome bactérien, elle peut être due à une
mutation spontanée ou à une recombinaison. La mutation est un changement fortuit dans la
séquence des acides nucléiques qui peut par exemple transformer la molécule cible d’un
antibiotique et rendre l’interaction avec l’antibiotique impossible. Quant à la recombinaison,
elle consiste en un transfert de fragments de gènes d’un endroit du chromosome bactérien à un
autre. Si ces fragments sont incorporés à des endroits bien précis, ils sont appelés intégrons,
alors que s’ils se déplacent librement, il s’agit de transposons.

 Résistance extra-chromosomique [24]

La résistance peut provenir de l’acquisition d’ADN étranger par le biais de plasmides,
bactériophages ou transposons. On parle alors de transfert horizontal de gènes de résistance et
les mécanismes utilisés sont la conjugaison, la transduction et la transposition.

Les plasmides sont des éléments génétiques mobiles constitués de 10 à 400 paires de bases
d’ADN. Ils sont autonomes dans la mesure où ils sont capables de se répliquer
indépendamment. En effet, un plasmide peut établir une connexion entre une cellule donatrice
et une cellule réceptrice, et être transféré dans la cellule réceptrice en même temps qu’il est
répliqué dans la cellule donatrice où il demeure. Contrairement aux plasmides, les transposons
sont des éléments génétiques incapables de se répliquer par eux-mêmes, mais qui peuvent
passer d’un chromosome à un autre, ou d’un chromosome à un plasmide. Les plasmides et
transposons déterminent la résistance aux antibiotiques. En effet, une bêtalactamase spécifique
à une bactérie peut apparaître chez d’autres espèces par la suite, au vu du transfert relativement
facile de matériel génétique entre les différentes bactéries.

12
 II. LES BETALACTAMASES A SPECTRE ELARGI(BLSE)

1. Définition [23]
C’est le mécanisme prédominant de la résistance aux bêtalactamines chez les entérobactéries.
Ce sont des enzymes capables d’ouvrir le cycle beta-lactame en créant un intermédiaire acyl-
enzyme instable, menant au final à la perte d’un groupement carboxyle (Figure 2).

Figure 2 : Mécanisme d’hydrolyse d’une bêtalactamines par une bêtalactamase.

Deux systèmes de classification sont couramment acceptés, établis sur des bases fonctionnelles
et moléculaires.

2. Classification des bêtalactamases à spectre élargi

La classification d’Ambler [25] comporte quatre groupes A, B, C et D (Tableau 3). Les
bêtalactamases de classe A, C et D comporte une sérine active responsable de l’ouverture du
cycle beta-lactame. À l’opposé, les bêtalactamases de classe B ont besoin d’un ou deux atomes
de zinc ionisé (Zn2+) pour hydrolyser leur substrat et sont ainsi couramment appelées sous le
nom de « métallo-enzymes ».

Schématiquement, les bêtalactamases de classe A sont sensibles à l’action de l’acide

clavulanique, du sulbactam et du tazobactam qui sont des inhibiteurs des bêtalactamases. On y
trouve la majorité des bêtalactamases retrouvées chez E. coli, comme TEM, SHV, des
bêtalactamases à spectre élargi (BLSE) comme les CTX-M, et des carbapénèmases comme
KPC et certains variants de GES (mutation Gly170Ser ou Gly170Asn).

Les bêtalactamases de classe B sont principalement des carbapénèmases comme IMP et VIM,
elles sont inhibées par l’EDTA.

Les bêtalactamases de classe C sont les céphalosporinases de type AmpC, inhibées par la
cloxacilline.

13
Enfin les bêtalactamases de classe D sont des oxacillinases, qui constituent une famille
extrêmement composite en termes de spectre d’hydrolyse.

La classification de Bush et al. est plus ramifiée [26] notamment avec la présence de sous-
classes pour les bêtalactamases de classe A (Tableau 3).

Tableau III : Classification des bêtalactamines selon Bush et al. [26], Ambler [25] et
proposition de Giske et al. [27].

Le terme BLSE, qui recouvrait les enzymes de type TEM et SHV, a été lui-même étendu aux
CTX-M qui ne dérivaient pourtant pas de bêtalactamases à spectre étroit. Ainsi, « BLSE » a
progressivement désigné les bêtalactamases de classe A d’Ambler présentant un large spectre
d’hydrolyse comprenant notamment les C3G.

3. Epidémiologie sur les EBLSE

Un aperçu à grande échelle de la prévalence des EBLE dans les différentes régions du monde
(figure 3) montre une répartition inhomogène à l’échelle mondiale, avec par ordre décroissant
de prévalence, l’Amérique du Sud, l’Asie/région pacifique, l’Europe et les Etats-Unis [13]. Il
existe quelques données provenant d’études régionales pour le continent africain qui laissent
présager d’une forte prévalence [14]. Ces aspects descriptifs de prévalence, confirment
l’isolement constamment croissant de souches d’EBLSE dans les prélèvements à visée
diagnostique au cours de la dernière décennie [15].

14
Figure 3 : Prévalence d’entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi dans le
monde entre 2002 et 2009 [14 - 15].

La prévalence de la colonisation ou le portage des EBLSE chez des sujets sains non infectés est
plus difficile à évaluer que celles de ces mêmes bactéries responsables d’infections, en
l’absence d’études sur de larges cohortes internationales. La prévalence des porteurs sains en
communauté varie entre les régions. En Afrique, une étude réalisée sur 20 enfants d’un village
rural au Sénégal retrouvait, en se basant sur les coprocultures, une prévalence de 10 %
d’Escherichia coli productrice de BLSE [16].

Jusqu’à la fin des années 90, la majorité des BLSE détectées étaient des dérivés de TEM-1/2 et
de SHV-1 après évolution de ces enzymes «anciennes» par mutation(s) ponctuelle(s) [28]. Les
souches productrices de BLSE étaient souvent associées à des épidémies nosocomiales,
notamment en unités de soins intensifs (USI). La prévalence des BLSE était plus forte chez K.
pneumoniae que chez E. coli. Enfin, les facteurs de risque principaux étaient : L’admission en
USI, l’hospitalisation prolongée, la chirurgie abdominale, le cathétérisme IV, le sondage

15
urinaire, la ventilation assistée, l’hémodialyse, l’utilisation de céphalosporines/ aminosides [29
- 30].

A partir de 1995, de « nouvelles » BLSE (notamment CTX-M) ont émergé de façon explosive
chez les entérobactéries et la situation épidémiologique a complètement changé au niveau
mondial. En effet, la plupart des souches productrices de BLSE sont maintenant des souches
d’E. coli exprimant des BLSE de type CTX-M responsables d’infections communautaires,
notamment urinaires [31].

De plus, le nombre de souches productrices de BLSE augmente aussi dans les services
hospitaliers hors USI, notamment dans les services de long et moyen séjour. D’autres facteurs
de risque ont été identifiés, comme l’utilisation des fluoroquinolones [27]. Enfin, contrairement
aux BLSE de type TEM/SHV, les mécanismes de diffusion de CTX-M semblent plus
complexes, mettant en jeu plutôt la diffusion de plasmides (épidémies de plasmides) et/ou
d’autres éléments génétiques mobiles que la diffusion unique d’un clone bactérien [30 - 32].
Les autres BLSE (ex. PER, VEB) restent plus rares et sont principalement détectées chez P.
aeruginosa et Acinetobacter spp. [22 - 33].

4. Différents types de BLSE

4.1. Anciennes BLSE

 BLSE de type TEM (Temoneira)

De nombreux dérivés de TEM-1/2 (> 150) ont été décrits à ce jour, dont plus de 100 avec un
phénotype de BLSE. Bien que fréquemment retrouvées chez E. coli et K. pneumoniae, les BLSE
de type TEM ont aussi été rapportées parmi les autres membres de la famille des entérobactéries
ainsi que P. aeruginosa [34 - 35]. En Europe, les BLSE de type TEM les plus fréquentes sont
TEM-24 chez Enterobacter aerogenes, TEM-3 et TEM-4 chez K. pneumoniae, et TEM-52 chez
Salmonella enterica et E. coli [30]. Les mutations responsables de l’élargissement de spectre
ont généralement lieu au niveau de 4 «hot spots» de la protéine (positions 104,164, 238 et 240)
[28]. A noter que certains dérivés de TEM (environ 30) ne sont pas des BLSE mais présentent
une diminution de sensibilité aux inhibiteurs des bêtalactamases, ce sont les TRI (pour TEM
Résistantes aux Inhibiteurs) [34].

16
  BLSE de type SHV (Sulfhydryl Variable)
La majorité des dérivés de SHV-1 (> 60) ont un phénotype de BLSE, avec SHV-5 et SHV-12
étant les mutants les plus fréquents en Europe [30]. Les BLSE de type SHV ont été détectées
parmi de nombreuses entérobactéries (notamment K. pneumoniae) mais aussi chez P.
aeruginosa et Acinetobacter spp. [34 - 35]. Comme les dérivés de TEM, les mutations dans
SHV-1 (68% d’identité avec TEM-1) ont lieu classiquement au niveau de quelques positions
(notamment 238 et 240) [28].

Enfin, le gène codant pour SHV-12 a été décrit en association avec le déterminant plasmidique
de résistance aux quinolones, QnrB [30].

4.2. Nouvelles BLSE

 BLSE de type CTX-M (Céfotaximase -Munich)

Ces enzymes «émergentes» pourraient représenter très prochainement les BLSE les plus
fréquentes au sein des entérobactéries au niveau mondial après une diffusion rapide depuis le
milieu des années 90 [34 – 35 – 36 - 37]. Au niveau de leur spectre d’activité, elles hydrolysent
préférentiellement le cefotaxime, d’où leur nom de céfotaximases [36]. En effet, les bactéries
productrices de CTX-M sont résistantes au cefotaxime (CMI > 64 μl/mL) et plus ou moins
sensibles à la ceftazidime (CMI de 2 à 8 μl/mL), tandis que les CMI de l’aztréonam sont
variables [33]. Au niveau structural, les CTX-M ne sont pas proches des bêtalactamases de type
TEM ou SHV (< 40 % d’identité) [36]. A ce jour, de nombreuses variantes de CTX-M ont été
décrits (>50), et sont classés en 6 groupes phylogénétiques distincts : CTX-M-1, CTX-M-2,
CTX-M-8, CTX-M-9, CTX-M-25 et CTX-M-45 [38].

Les enzymes Toho-1/2, décrites au Japon, sont très proches structuralement des CTX-M et sont
donc classées parmi celles-ci [36]. A noter que certaines variantes (ex. CTX-M-15, CTX-M-
32) avec une activité de ceftazidimase élevée (CMI > 256 μl/mL) ont été décrit (mutation
ponctuelle en position 240) [36 - 38].

Les progéniteurs des CTX-M ont été identifiés sur le chromosome de Kluyvera spp. qui est une
entérobactérie non pathogène environnementale. En effet, les progéniteurs des gènes codant
pour les CTX-M des groupes 1 et 2 et pour celles des groupes 8 et 9 sont respectivement K.
ascorbata et K. georgiana, tandis que les sources des CTX-M des groupes 25 et 45 restent
inconnues [39]. Depuis leurs progéniteurs, les gènes ont été capturés grâce à des éléments
génétiques mobiles type séquence d’insertion (ex. ISEcp1, ISCR1) ou à des phages, et transférés

17
sur des plasmides conjugatifs qui ont ensuite diffusé parmi les entérobactéries pathogènes [28
- 38 - 39]. Les souches productrices de CTX-M ont été initialement rapportées de façon
sporadique à la fin des années 80 au Japon (FEC-1), en Europe (MEN-1, CTX-M-1) et en
Argentine (CTX-M-2) [36].
.

 BLSE de type PER (Pseudomonas Extended Resistance)

L’enzyme PER-1, initialement découverte en 1993 chez P. aeruginosa en Turquie, est fréquente
chez P. aeruginosa et Acinetobacter spp. mais a aussi été détectée chez S. enterica sérovar
Typhimurium, Providencia spp, Proteus mirabilis et Alcaligenes faecalis [22]. En Turquie, une
étude récente a montré que 32 % des souches résistantes à la ceftazidime de P. aeruginosa et
55 % de celles de A. baumannii étaient productrices de PER-1 [33]. Une seconde enzyme, PER-
2 (86 % d’identité avec PER-1), a été détectée en 1996 chez S. enterica sérovar Typhimurium
en Argentine, et depuis chez d’autres entérobactéries, Vibrio cholerae et A. baumannii [22 -
33]. Tandis que PER-1 est surtout présente en Turquie et en Corée du Sud (quelques cas décrits
en Italie, France et Belgique), PER-2 n’a été détectée qu’en Amérique du Sud. Enfin, une
souche de P. aeruginosa produisant à la fois PER-1 et la carbapénèmase VIM-2 a été détectée
en Italie [22].

 BLSE de type VEB (Vietnam Extended-spectrum Betalactamase)

L’enzyme VEB-1 (38 % d’identité avec PER-1) a été retrouvée en 1996 chez une souche d’E.
coli isolée chez un patient vietnamien puis chez P. aeruginosa en Thaïlande [22 - 33]. A ce
jour, 4 dérivés de VEB-1 ont aussi été décrits (VEB-2 à VEB-5). VEB-1 a été détectée chez P.
aeruginosa au Koweït, en Chine, en Inde et au Bangladesh, chez A. baumannii en France, en
Belgique et en Argentine, chez P. stuartii en Algérie, chez Enterobacter cloacae et
Achromobacter xylosoxidans en France, et chez E. coli au Canada [33]. Plusieurs épidémies
nationales ont été rapportées : A. baumannii VEB-1 en France et en Belgique ; P. mirabilis
VEB-1 en Corée du Sud ; et E. cloacae en Chine. Enfin, à noter que le gène codant pour VEB-
1 est souvent localisé au sein d’un intégron et peut donc être associé à d’autres gènes de
résistance comme qnrA, déterminant plasmidique de la résistance aux quinolones [33].

 BLSE de type GES (Guyana Extended-Spectrum Betalactamase)

Les BLSE de type GES sont de plus en plus rapportées chez les BGN, notamment P.
aeruginosa, E. coli et K. pneumoniae. GES-1 a été initialement décrite chez une souche de K.

18
pneumoniae isolée en 1998 en France puis en Argentine, au Brésil, au Portugal et aux Pays-Bas
[10d]. A ce jour, 9 variants différents ont été décrits dont GES-2 en Afrique du Sud, GES-5 à
GES-8 (GES-7 = IBC-1 ; GES-8 = IBC-2) en Grèce, GES-3 et GES-4 au Japon, GES-5 en
Corée du Sud, en Chine et au Brésil, et GES-9 en France [33]. A noter que, contrairement à la
plupart des BLSE, GES-1 n’hydrolyse pas l’aztréonam et surtout GES-2 hydrolyse les
carbapénèmes en étant moins sensible aux inhibiteurs des bêtalactamases. Par une unique
mutation, GES-2 est le premier exemple de BLSE avec un élargissement du spectre d’activité
aux carbapénèmes ; depuis, 4 autres dérivés ont été décrits (GES-4 à GES-6, GES-8) [33]. De
façon inquiétante, des souches de P. aerginosa produisant GES-1 et la carbapénèmase VIM-11
et de E. coli produisant GES-7 et la carbapénèmase VIM-2 ont été décrites respectivement en
Argentine et en Grèce. Enfin, plusieurs épidémies de BGN producteurs de BLSE de type GES
ont été rapportées : K. pneumoniae en Corée du Sud, au Portugal et en Grèce, S. marcescens
aux Pays-Bas, et P. aeruginosa en Afrique du Sud [33].

 Autres BLSE de classe A

L’enzyme SFO-1 (Serratia fonticola) n’a été détectée qu’une seule fois chez une souche de E.
cloacae isolée au Japon en 1988 [33].

L’enzyme BES-1 (Brazilian extended-spectrum β-lactamase) n'a été isolée qu’une seule fois à
partir d’une souche de S. marcescens au Brésil en 1996 [33].

L’enzyme BEL-1 (Belgium extended-spectrum β-lactamase) a été identifiée dans une souche
de P. aeruginosa en Belgique en 2004. De récents travaux suggèrent que le gène codant pour
BEL-1 pourrait disséminer dans les souches de P. aeruginosa en Belgique [33].

L’enzyme TLA-1 (Tlahuicas - tribu indienne) a été décrite dans une souche de E. coli isolée au
Mexique en 1993. Depuis, plusieurs cas de bactériémies et d’infections urinaires nosocomiales
dues à une souche de K. pneumoniae produisant à la fois SHV-5 et TLA-1 ont été rapportés au
Mexique. A noter que TLA-1 n’a été identifié qu’au Mexique [33].

Le gène codant l’enzyme TLA-2 est porté par un plasmide de 47 kb (pRSB101) isolé à partir
d’eaux usées de traitement de plantes en Allemagne en 2002.

Cependant, l’espèce hébergeant ce déterminant n’a pas pu être identifiée et aucune souche TLA-
2-positive n’a été décrite à ce jour.

19
  BLSE de type OXA (Oxacillinase)
Bien que les BLSE appartiennent souvent à la classe A, plusieurs oxacillinases (classe D et
classe 2d) ont des propriétés de BLSE [34 - 35 - 40]. Les bêtalactamases de type OXA confèrent
la résistance à l’ampicilline et à la céfalotine, et sont caractérisées par une forte activité
hydrolytique des pénicillines M (oxacilline, cloxacilline). De plus, elles sont faiblement
inhibées par l’acide clavulanique [35]. La plupart des bêtalactamases de type OXA
n'hydrolysent pas de façon significative les C3G/C4G mais l’évolution par mutation(s)
ponctuelle(s) vers un élargissement du spectre a dû avoir lieu comme pour les dérivés de
TEM/SHV2, [33].

Les bêtalactamases de type OXA représentent une famille phylogénétiquement très hétérogène
et les BLSE de type OXA dérivent de OXA-10, de OXA-13, de OXA-2 ou sont non reliées
(OXA-18, -45) [35 - 33]. Bien que la plupart des BLSE dérivées de OXA-10 confèrent une
résistance plus élevée au cefotaxime, les activités enzymatiques des BLSE de type OXA sont
très variables. Les BLSE de type OXA sont principalement retrouvées chez P. aeruginosa, mais
ont aussi été détectées chez d’autres BGN dont les entérobactéries [35 - 33]. Découvertes
initialement chez P. aeruginosa en Turquie, elles ont ensuite été décrites en France, à Taïwan,
en Corée et aux Etats-Unis. Malheureusement, très peu d’études épidémiologiques ont été
menées pour évaluer la dissémination des BLSE de type OXA [33].

5. Spectre d’inactivation des bêtalactamases à spectre élargi

Devant un phénotype de résistance de type pénicillinases, il y a lieu de distinguer les enzymes
de la classe A, sensibles aux inhibiteurs enzymatiques : acide clavulanique ou tazobactam par
exemple de celles résistantes comme les pénicillinases de classe D. Devant une résistance aux
C3G (cefotaxime, ceftriaxone, ceftazidime), il y’a des différences de comportement en
particulier pour les C4G entre BLSE, céphalosporinase hyper-produite (CASE HP),
céphalosporinase à spectre élargi (CASESE) et carbapénèmase (CARB) (Tableau 4).

20
Tableau IV : Bêtalactamines : Comportement habituel des entérobactéries en fonction du type
de bêtalactamase.

21
 III. Classification des bêtalactamines [41 - 42]
La famille des β-lactamines se compose de quatre groupes de molécules : les
pénames, les pénèmes, les céphèmes et les monobactames. On doit ajouter les
inhibiteurs des bêtalactamases dont certains sont inclus dans ces quatre groupes.
La structure de base des bêtalactamines est le noyau azétidinone qui contient la
structure carbonyle lactame, indispensable à l’activité des molécules. Sur cette
structure, est fixé un cycle penta-atomique saturé (péname), insaturé (pénème) ou
hexa-atomique (céphèmes).
Le noyau azétidinone seul peut être substitué ; en fonction des substituants de
l’atome d’azote, on distingue : les monophosphatames et d’autres hétérocycles.
Actuellement, du fait de la complexité de ce groupe, il est dénommé
monolactame.

Les pénames composés par :

- Les pénicillines :
o Péni G (pénicilline G, extencilline)
o Péni A (ampicilline, amoxicilline)
o Péni M (oxacilline, méticilline) : résiste à la pénicillinase des
staphylocoques
o Carboxypénicillines (carbénicilline, ticarcilline)
o Ureïdopénicillines (pipéracilline, mezlocilline)
o Amidinopénicillines (pivmécillinam, mécillinam)
- Les Méthoxy-pénames (témocilline)
- Les Oxapénames (acide clavulanique)
- Les Carbapénames.
Les pénèmes composés par :
- Les carbapénèmes : imipenème, méropénème
- Sulfopénèmes
- Oxapénèmes

22
Les céphèmes comprenant :
- Les céphalosporines avec quatre générations :
o 1ère génération : céfalotine, céfazoline
o 2ème génération : céfuroxime, céfamandole
o 3ème génération : cefotaxime, ceftriaxone, ceftazidime
o 4ème génération : céfépime, cefpirome
- Les oxacéphèmes : lamoxactam
- Les céphamycines : céfotétan
- Les carbacéphèmes
Les monobactames comprenant :
- Les monobactames : aztréonam
- Les nocardicines
- Les monophosphames
- Les monocarbames
- Les monosulfactames

1. Les pénicillines (pénames) [43]

Elles possèdent un cycle thiazolidine accolé au noyau β-lactame. Elles diffèrent
par la nature de leur chaîne latérale.

 Pénicilline G
C’est la première pénicilline découverte par Fleming. Elle est produite par
Penicillium notatum.Elle est active sur les cocci (à exception des staphylocoques
dont la grande majorité produit maintenant une pénicillinase), la plupart des
bacilles à Gram positif, les anaérobies.
- Pénicilline M
La méticilline fut le premier dérivé de la pénicilline capable de résister à la
pénicillinase du staphylocoque. On peut citer également l’oxacilline et la
cloxacilline. Ces produits ne sont indiqués que pour le traitement des infections à

23
staphylocoques sensibles à la méticilline (méti-S), car ils sont souvent moins
actifs que la pénicilline G sur les autres bactéries. Le pourcentage de
staphylocoques résistants à la méticilline (méti-R) est important en milieu
hospitalier.

 Aminopénicillines (pénicillines A)
Leur spectre d’activité est élargi, par rapport à la pénicilline G, vers certains
bacilles à Gram négatif (H. influenzae, E. coli, P. mirabilis, Salmonella,
Shigella), mais elles restent sensibles aux bêtalactamases souvent présentes chez
ces bactéries. Dans ce groupe, on peut citer l’ampicilline et l’amoxicilline.

 Carboxypénicillines
Elles ont un spectre plus étendu que celui des aminopénicillines, vers les bacilles
à Gram négatif. Elles peuvent en particulier agir sur P. aeruginosa. Elles restent
sensibles aux pénicillinases, mais sont moins sensibles aux céphalosporinases. La
première molécule de ce type fut la carbénicilline, remplacée maintenant par la
ticarcilline. On l’utilise surtout pour le traitement des infections à P. aeruginosa.

 Ureïdopénicillines
Elles comprennent principalement la mezlocilline et la pipéracilline. Leur spectre
est assez proche de celui des carboxypénicillines. La pipéracilline a une bonne
activité sur P. aeruginosa. Les ureïdopénicillines conservent une bonne activité
sur les entérocoques.

 Amidinopénicillines
Elles comprennent le mécillinam et le pivmécillinam. Ces produits sont actifs sur
certaines entérobactéries et ne sont utilisés que dans les infections urinaires.

24
  Inhibiteurs des bêtalactamases
Des molécules ayant une structure de pénicilline (mais dépourvues d’activité
antibiotique significative) ont la propriété de se lier à certaines bêtalactamases
(surtout plasmatiques) et de les inhiber de manière irréversible. Leur association
à des pénicillines permet de restaurer l’activité de ces dernières vis-à-vis de
bactéries produisant ces bêtalactamases (S. aureus, H. influenzae, N.
gonorrhoeae, M. catarrhalis et diverses entérobactéries). Les inhibiteurs
commercialisés sont : l’acide clavulanique (associé à l’amoxicilline ou la
ticarcilline), le sulbactam (seul ou associé à l’ampicilline), le tazobactam (associé
à la pipéracilline).

2. Les pénèmes

 Carbapénèmes
Dans ce groupe, seul l’imipenème est commercialisé en France. C’est un dérivé
de la thiénamycine. Il est associé à la cilastatine pour prévenir sa dégradation au
niveau du rein. L’imipenème est très actif sur un grand nombre d’espèces
bactériennes à Gram positif et à Gram négatif. L’imipenème est résistant à la
plupart des bêtalactamases, y compris les bêtalactamases à spectre élargi. Des
résistances acquises sont apparues chez P. aeruginosa. De très rares souches
d’entérobactéries et d’Acinetobacter capables de dégrader l’imipenème ont été
décrites.

3. Céphalosporines (céphèmes)
Les céphalosporines sont constituées d’un noyau β-lactame associé à un noyau de
dihydrothiazine. Elles résistent à la pénicillinase des staphylocoques comme les
pénicillines M, mais sont inactives sur les souches méti-R. Elles peuvent agir sur
les bacilles à Gram négatif à des degrés divers.

25
Les céphalosporines peuvent être classées de plusieurs manières :
- Classification de Wise ;
- Classification d’O’Callaghan ;
- Classification en générations.

Cette dernière classification est la plus courante. Une classification qui était basée
sur la CMI.
Ainsi, on distingue :
- Les céphalosporines de 1ère génération (comme la céfalotine) ont un niveau
d’activité assez limité vis-à-vis des bacilles à Gram négatif, en raison de leur
sensibilité aux céphalosporinases. Elles sont caractérisées par une CMI
relativement basse (1 - 10 mg/l de sang).
- Les céphalosporines de 2ème et surtout de 3ème génération sont beaucoup plus
actives. Parmi les céphalosporines de 2ème génération, on peut citer la
céfamandole et la céfuroxime ainsi que deux molécules classées parmi les
céphamycines : la céfoxitine et le céfotétan. Ces deux dernières ont une
bonne activité sur B. fragilis et sont résistantes aux bêtalactamases à spectre
élargi. Le céfotétan est classé par certains parmi les céphalosporines de 3 ème
génération. Leur CMI est plus basse que celle des céphalosporines de 1 ère
génération (0,25 mg - 4 mg/l de sang).

Parmi les céphalosporines de 3ème génération, on peut citer le cefotaxime, la

ceftazidime et la ceftriaxone. Ces molécules sont, comme les pénicillines, très
actives sur les Neisseria, les streptocoques et les pneumocoques, S. aureus que
les céphalosporines de 1ère génération. Leur résistance à la plupart des
bêtalactamases leur permet d’être très actives sur de nombreuses espèces de
bacilles à Gram négatif (notamment H. influenzae et la plupart des
entérobactéries). Vis-à-vis de P. aeruginosa, la ceftazidime est la seule active,
avec la cefsulodine (céphalosporine qui n’est utilisée que dans cette indication).
Les céphalosporines de 3ème génération sont peu actives sur Acinetobacter,

26
inactives sur Stenotrophomonas et sur les bactéries hyperproductrices de
céphalosporinases (céphalosporinases déréprimées, observées notamment chez
Enterobacter, Citrobacter, Serratia, P. aeruginosa). Elles sont caractérisées par
une CMI encore plus basse que celle des céphalosporines de 2ème et de 1ère
génération. Cette CMI est comprise entre 0,001 mg à 1 mg/l de sang.
Les céphalosporines les plus récentes, dites parfois de 4ème génération (Cefepime,
cefpirome) se montrent plus actives vis-à-vis des souches hyperproductrices de
céphalosporinases. Mais toutes les céphalosporines de 3ème génération sont
inactivées à des degrés divers par les bêtalactamases à spectre élargi (produites
surtout par certaines souches de K. pneumoniae).

4. Les monobactames
L’aztréonam a une activité sur les bacilles à Gram négatif comparable à celle des
céphalosporines de 3ème génération, mais elle est inactive sur les bactéries à Gram
positif et les anaérobies.

27
DEUXIEME PARTIE

28
 I. CADRE, TYPE ET PERIODE D’ETUDE

1. Cadre d’étude
Notre étude a été réalisée au laboratoire de Bactériologie-Virologie du Centre Hospitalier
National Universitaire(CHNU) de Fann, Dakar qui comporte de nombreux services
d’hospitalisation et un Cendre de Diagnostic et d’Imagerie Médicale où est logé le laboratoire.
Le laboratoire de Bactériologie-Virologie reçoit quotidiennement différents prélèvements en
provenance de différents services d’hospitalisation (patients internes) et de patients suivis à
titre externes.

2. Type et période d’étude

Il s’agissait d’une étude prospective de janvier à décembre 2017 portant sur la caractérisation
phénotypique des bêtalactamases des souches d’entérobactéries multirésistantes isolées de
divers produits pathologiques reçus et traités au laboratoire.

II. MATERIELS ET METHODE

1. Matériels
1.1. Echantillonnage
Notre avons sélectionné des souches d’entérobactéries multirésistantes isolées de produits
pathologiques reçus au laboratoire à visée diagnostique. 50 souches d’entérobactéries ont été
choisies selon les critères suivants :

 Critères d’inclusion
- Les souches d’entérobactéries multirésistantes.
- Les souches d’entérobactéries avec un phénotype BLSE.

 Critères de non inclusion

- Entérobactéries dont l’identification était ambiguë
- Entérobactéries avec un phénotype diffèrent de BLSE

1.2. Interprétation des résultats

- Disques d’antibiotiques : amoxicilline + acide clavulanique (AMC), ceftazidime (CAZ),
Cefepime (FEP), imipenème (IMP), cefotaxime (CTX), ceftriaxone (CRO).
- Disque vierge fait de papier buvard
29
 - Solution d’EDTA 0,5 M, PH 7
- Pipette pasteur
- Pipette de 10µl + embouts jaune
- Eau physiologique
- Gélose Mueller Hinton
- Ecouvillons
- Etalon 0,5 McFarland
- Matériel et équipements de base d’un laboratoire de bactériologie

Les milieux utilisés sont conservés à 4°C et doivent être ramenés à température ambiante avant
utilisation.

2. Méthodologie

2.1. Sélection des souches d’entérobactéries

Les souches ont été sélectionnées suite à une identification de l’espèce et après réalisation d’un
premier antibiogramme qui révélait une souche d’EBLSE, sensible ou résistant à l’imipenème.
Le premier antibiogramme ne montrait pas l’image de « bouchon de champagne » entre le
disque d’AMC et celui des C3G.

2.2. Ré-isolement et ré-identification (Figure 4)

Les souches sont ré-isolées sur milieu ordinaire (Mueller Hinton) afin de s’assurer de la pureté
de la souche puis nous avons réalisé une coloration de Gram pour confirmer la morphologie des
BGN.

La ré-identification est réalisée grâce à la galerie classique composé de Kligler Hajna (KH),
Manitol-mobilité (MM), Citrate de Simmons (CS), Urée-tryptophane et l’eau peptonnée simple
(EPS). La détermination de l’espèce d’entérobactérie est suivie de la réalisation d’un
antibiogramme à la recherche des BLSE de classe A et B.

30
 Figure 4 : Galerie classique d’identification

2.3. Préparation de la solution d’EDTA

- Préparation d’une solution stock de 500 ml d’EDTA 0.5 M pH : 7.0
- Peser 93.05 grammes d’EDTA poudre
- Dissoudre dans 400 ml d’eau ultra-pure (bidistillée) et stérilisée à l’autoclave
- Ajuster le pH à 8.0 avec de la soude (NaOH)
- Porter le volume à 500 ml avec l’eau ultra-pure

2.4. Antibiogramme

 Technique
L’antibiogramme est réalisé en préparant un inoculum bactérien à partir d’une souche
d’entérobactérie isolée sur milieu Mueller-Hinton (MH). La densité de la suspension est ajustée
à 0,5 McFarland. 1 ml de cette suspension est ajouté à 9 ml d’eau physiologique stérile pour
obtenir ainsi une dilution au 1/10e.
Avec un écouvillon, on ensemence une gélose MH à partir de la dilution au 1/10e.

Les disques d’antibiotique à testés (Tableau 5) sont disposés ainsi :

- Recherche de BLSE de classe A : Le disque d’AMC est déposé au centre de la boite entouré
des disques de C3G (ceftriaxone, ceftatazidime, cefotaxime) à une distance de 20 mm du
disque central (AMC).
- Recherche de BLSE de classe B : Deux disques d’imipenème ont été déposés suffisamment
distants (plus de 30mm) sur la même boite de pétri, l’un comme témoin, et sur l’autre, un
volume de 10µl d’une solution d’EDTA est déposé sur la même boite ; dont le but est de
faire une comparaison des diamètres d’inhibitions obtenus autour des deux disques. La
lecture se fait après 24 heures d’incubation à l’étuve (37°).
-

31
Tableau V : Antibiogramme d’entérobactérie : charges et diamètres d’inhibition correspondant
des différents disques testés
Charge du disque Diamètres critiques (mm)
Antibiotiques
(µg) S R
Amoxicilline/acide clavulanique 20/10 µg ≥ 19 < 19
Imipenème 10 µg ≥ 22 < 16
Cefepime 30 µg ≥ 24 < 21
Ceftriaxone 30 µg ≥ 23 < 20
Cefotaxime 30 µg ≥ 20 < 17
Ceftazidime 30 µg ≥ 22 < 19
2.5. Principe de la détection des classes de BLSE
- Détection de BLSE de classe A : La technique de rapprochement des disques (RDD)
permet de mettre en évidence une synergie entre un inhibiteur de bêtalactamase et une
céphalosporine de 3ème génération (C3G). En effet les BLSE de classe A sont des
pénicillinases de type sérine protéases, inhibées par l’acide clavulanique et le tazobactam.
Ainsi une inhibition de l’enzyme par l’acide clavulanique entraine une inhibition de la
croissance bactérienne par les disques de C3G traduisant l’image de synergie en forme de
« bouchon de champagne ».
- Détection de BLSE de classe B (métallo-bêtalactamase) : Elle est réalisée selon la méthode
de Dongeun Yong et al. en utilisant une solution stérilisée par autoclave d’EDTA à 0,5 M
pH 7 [44]. Les BLSE de classe B sont des métallo-enzymes, dont le site actif contient un
ion zinc essentiel à leur activité, d’où l’effet inhibiteur d’agents chélateurs de cations
divalents comme l’EDTA. Ainsi une inhibition de l’enzyme par l’EDTA permet de
restaurer l’activité bactéricide de l’imipenème qui se traduit par une zone d’inhibition
supérieure ou égale à 22 mm.

2.6. Interprétation des résultats

Les BLSE de classe A sont inhibées par l’acide clavulanique, observant ainsi à l’antibiogramme
l’image de « bouchon de campagne » après rapprochement des disques (Figure 5). Les boites
sur les quelles cette image est observée représente des souches sécrétrices d’une BLSE de
classe A.

32
 Figure 5 : Image de « bouchon de campagne ».
Les BLSE de classe B sont inhibées par l’EDTA, restaurant ainsi l’activité de l’imipenème
(Figure 6). Les boites sur les quelles la différence de diamètre entre les zones d’inhibition des
disques est observée représente des souches sécrétrices d’une BLSE de classe B.

Figure 6 : Mise en évidence d’une bêtalactamase de classe B.

33
 III. RESULTATS

1. Répartition des souches selon le sexe

Notre échantillonnage était constitué de 50 souches isolées de prélèvements venant de patients

de sexe masculin dans 54% des cas (n=27) et de sexe féminin dans 46% (n=23) soit un sex ratio
de 1,17 (Figure 7).

46%
54%

M F

Figure 7 : Répartition des souches selon le sexe.

2. Répartition des souches selon l’âge

Les souches étaient isolées de patients âgés de 10 à 82 ans avec une moyenne de 35 ans. Les
tranches d’âges les plus représentées étaient 20 à 30 ans, 40 à 50 ans et 60 à 70 ans. Notre
échantillonnage ne comportait pas d’enfants de moins de 10 ans (Figure 8).

14% 14% 14%

14%

12% 10%
10%
10% 8%
8%
6%
6%
4%
4%

2%

0%
[10 - 20[ [20 - 30[ [30 - 40[ [40 - 50[ [50 - 60[ [60 - 70[ [70 - 80[ [80 - 90[

Figure 8 : Répartition des souches selon la classe d'âge

34
 3. Répartition des souches selon l’origine des prélèvements
Notre échantillonnage était représenté par des isolats venant de patients externes soit
30%(N=15). Pour les souches venant des patients hospitalisés, le service le plus représenté était
le service de neurologie avec 20%(N=10), s’en suit le service des maladies infectieuses et
tropicale 22%(N=11) (Figure 9).

30%
30%
22%
25% 20%
20%
12%
15%
10%
10%
4% 2%
5%

0%

Figure 9 : Répartition des souches selon l’origine des prélèvements

4. Répartition des souches selon la nature du prélèvement

Les prélèvements d’urines étaient plus représentatifs de notre échantillonnage avec
48%(N=24), puis suivent les prélèvements de pus soit 32%(N=16) (Figure 10).

48%
50%
45%
40%
32%
35%
30%
25%
20% 14%
15%
10% 4%
2%
5%
0%
Ascite Pus PV Sang Urines

Figure 10 : Répartition des souches selon la nature du prélèvement.

35
 5. Répartition des souches selon l’espèce

L’essentiel des souches d’entérobactéries était représenté par Enterobacter spp soit
40%(N=20) suivi d’Escherichia coli 32%(N=16), de Klebsiella pneumoniae 24%(N=12) et
Klebsiella oxytoca représentait le plus faible pourcentage 4%(N=2) (Figure 11).

40%

40%
32%
35%

30% 24%
25%

20%

15%

10% 4%

5%

0%
E. coli Enterobacter spp K. oxytoca K. pneumoniae

Figure 11 : Répartition des souches selon l’espèce.

6. Répartition des souches selon la classe de bêtalactamases.

56%(N=28) de nos souches produisaient une BLSE de classe A avec l’image caractéristique de
« bouchon de champagne » et 14%(N=8) une BLSE de classe B (Figure 12).

30%

56%
14%

BLSE classe A BLSE classe B Autres

Figure 12 : Répartition des souches selon la classe de bêtalactamases.

36
 7. Répartition des espèces d’entérobactéries selon la classe de bêtalactamases
Enterobacter spp était l’espèce la plus représentée avec 12 souches qui produisaient une BLSE
de classe A et 5 souches une BLSE de classe B (Tableau 6).

Tableau VI : Nombre d’espèces d’entérobactéries selon la classe de bêtalactamases.

Classe de BLSE
Souches A B Autres Total
K. oxytoca 2 0 0 2
K.pneumoniae 6 1 5 12
E. coli 8 1 7 16
Enterobacter spp 12 5 3 20
Total 50

8. Répartition des classes de bêtalactamases selon la provenance.

Les isolats reçus à titre externes montraient : 6 souches sécrétrices de BLSE de classe A et 2
souches sécrétrices de BLSE de classe B.

Au service des maladies infectieuses (SMIT), 9 souches étaient sécrétrices de BLSE de classe
A et aucune souche ne secrétait une BLSE de classe B (tableau 7).

Tableau VII : Répartition des classes de bêtalactamases selon la provenance.

Classe de BLSE
Service A B Autres Total
Externe 6 2 7 15
SMIT 9 0 2 11
Neurologie 5 2 3 10
CTCV 5 0 1 6
Neurochirurgie 1 2 2 5
Chirurgie Cardiopédiatrique 2 0 0 2
ORL 0 1 0 1
Total 50

37
DISCUSSION

38
Il s’agissait d’une étude prospective réalisée au laboratoire de Bactériologie-Virologie du
CHNU Fann. Ce travail s’était déroulé en 2017 allant du 01 Janvier au 31 décembre et a porté
sur 50 souches d’entérobactéries isolées et identifiées au laboratoire à partir de prélèvements à
visée diagnostique. Toutes les souches sélectionnées étaient sécrétrices de bêtalactamases à
spectre élargi.

L’âge moyen des patients était de 35 ans avec des extrêmes allant de 10 à 82 ans. Le sexe
masculin était plus représenté avec 54% et le sexe féminin 46% avec un sex ratio de 1,17. En
2015, une étude menée au CHU Aristide Le Dantec sur les profils phénotypiques de résistance
aux carbapénèmes de souches productrices de bêtalactamases à Spectre Elargi avait trouvé que
2/3 de la population avait une tranche d’âge de 10 à 30 ans, les hommes étaient plus représentés
que les femmes avec un sex ratio de 1,63 [45].

L’âge des patients dans notre étude et l’isolement d’EBLSE chez ces patients n’avait pas de
relation probante.

Les souches isolées de notre étude provenaient de divers prélèvements. La majorité était isolée
des urines (48%) suivi des prélèvements de pus (32%), %), la même répartition était retrouvée
dans une autre étude faite dans un hôpital à Dakar avec 53% des souches isolées des urines et
20% de pus [45]. Cette distribution est habituelle dans un laboratoire de bactériologie car
l’ECBU constitue l’examen le plus fréquemment demandé.

La détection phénotypique d’entérobactéries productrices de BLSE de notre étude par la

méthode de rapprochement des disques avait révélé que 56% des BLSE étaient de classe A et
14% de classe B (MBL) correspondant à des carbapénèmases. Parmi ces carbapénèmases 5
souches soit 10% étaient isolées de patients hospitalisés. La production de carbapénèmases
concernait 23% des souches dans l’étude de Diouf O.K. et coll, mais l’échantillonnage était
plus important.

Enterobacter spp produisait 10% des BLSE de classe B (carbapénèmases) et 24% de BLSE des
classe A. Les BLSE de classe A étaient surtout isolées chez les patients hospitalisés notamment
au service des maladies infectieuses (SMIT) 18%, en neurologie 10% et au service de chirurgie
thoracique cardio-vasculaire (CTCV) 10%. Les souches productrices de carbapénèmases
étaient isolées de produits pathologiques provenant du service de neurologie et de
neurochirurgie avec 4% dans chacun des services. Dans une autre étude menée aussi à Dakar
en 2015 [45], les souches produisant une carbapénèmase (classe B) représentaient 23% parmi

39
les quelles Klebsiella pneumoniae était la souche qui produisait le plus de carbapénèmase soit
25,8%.

Le profil épidémiologique des entérobactéries productrices de carbapénèmases peut varier d’un

pays à l’autre. En France, au niveau communautaire, la proportion d’infections à EBLSE est
moins importante ; en 2006 la fréquence des entérobactéries isolées de prélèvements en
communauté a visée diagnostique et productrices de BLSE était de 1,1 %. Parmi elles, 34 %
étaient productrices de BLSE de classe A type CTX-M-15 [46]. Cette proportion est en
augmentation puisqu’en 1999, cette prévalence était estimée à 0,3 % [47].

Cette prévalence était estimée à 6,05% au Maroc en 2014 [48] où Klebsiella pneumoniae
semblait être la souche productrice potentielle de carbapénèmases, avec une prévalence de
16,40%, suivi d’Enterobacter cloacae avec 6,33%. La plupart de ces études ont trouvé une
prévalence d’entérobactéries productrices de carbapénèmases supérieure à nos résultats avec
Klebsiella pneumoniae la souche la plus retrouvée.

Toujours au Maroc en 2010, une étude sur la recherche de carbapénèmases chez Klebsiella
pneumoniae, avait trouvé 03 souches résistantes aux carbapénèmes sur 211 souches testées.
Aujourd’hui la plupart des entérobactéries sont sensibles aux carbapénèmes (Imipenème,
èrtapénéme…) donc produisent une BLSE de classe A mais l’inquiétude à l’heure actuelle est
représentée par l’émergence des BLSE de classe B entrainant une inefficacité des
carbapénèmes.

Dans les pays du Nord, l’évolution de la prévalence des EPC est régulièrement suivie. Ainsi en
2007, il y’avait que des cas sporadiques. En septembre 2008, un cas a été signalé, il s’agissait
d’un transfert d’un patient portant K.pneumoniae (VIM-1) de la Grèce. Un autre cas a été
détecté en juin 2010 d’un autre patient en provenance du Pakistan infecté par E. coli (NDM-1).
Depuis 2010, on assiste à une émergence rapide d’espèces d’entérobactéries résistantes aux
carbapénèmes (I /R) et /ou productrices de carbapénèmases [49].

Par ailleurs une étude menée en Turquie avait montré que la plupart des souches de Klebsiella
pneumoniae produisant une carbapénèmase exprimaient également des bêtalactamases de
classe A comme la Sulfhydryl Variable (SHV), la Cefotaximase-Munich (CTX-M) [50]. Dans
notre étude la majorité des souches productrices de carbapénèmases étaient retrouvés chez les
patients en réanimation et au service des maladies infectieuses et tropicales. Ceci peut
s’expliquer par la pression de sélection liée à l’usage intensif des antibiotiques dans la chimio-
prophylaxie chez les patients alités.

40
Jusqu’à la fin des années 1990, les entérobactéries productrices de BLSE étaient principalement
des espèces dites « hospitalières », K. pneumoniae ou Enterobacter spp, productrices
d’enzymes de classe A ; type TEM et/ou SHV et diffusant de façon clonale entre patients
hospitalisés. Depuis le début des années 2000, l’émergence et la dissémination explosive de «
nouvelles » BLSE (type CTX-M) sont observées au niveau mondial, avec un changement
radical de l’épidémiologie [3 - 4].

En Amérique latine, les bactéries productrices de KPC sont endémiques dans certains pays tels
que la Colombie et l’Argentine [51]. En Europe, on retrouve des bactéries productrices de KPC
dans presque tous les pays ; elles sont le plus souvent liées aux importations en provenance de
zones endémiques (Grèce et l’Italie) [52]. En Israël, l’endémicité des bactéries productrices de
KPC a été démontrée dans de nombreux cas associés aux soins, mais aussi visiblement dans
des cas d’infections communautaires [53].

Autre BLSE de classe A fréquemment retrouvé est la CTX-M avec un mécanisme de diffusion
plus complexes que ceux des BLSE de classe A type TEM ou SHV, mettant en jeu non
seulement une diffusion clonale de bactéries mais aussi une diffusion des enzymes via les
plasmides et/ou d’autres éléments génétiques mobiles [54].

L’isolement de MBL (classe B) transférables est, en revanche, de plus en plus fréquent. Il existe
de nombreuses variétés de MBL regroupées dans plusieurs familles : VIM, IMP, GIM, SIM,
SPM ou NDM.
La bêtalactamase IMP-1 a été isolée pour la première fois au Japon en 1990 sur un plasmide
conjugatif chez une souche de P. aeruginosa [55], puis a rapidement diffusé chez les
entérobactéries et Acinetobacter baumannii partout dans le monde [56 – 57].
La bêtalactamase VIM-1 a été isolée pour la première fois en 1997 en Italie à Vérone chez une
souche de P. aeruginosa [58].
Seules les méthodes moléculaires (PCR +/- séquençage ou hybridation sur puces à ADN)
permettent, à l’heure actuelle, de caractériser de façon précise les bêtalactamases produites par
les bactéries. Ces méthodes sont réalisées en routine dans certains laboratoires cliniques
spécialisés, pour pallier aux problèmes de la détection phénotypique des micro-organismes
producteurs de BLSE. Des kits commerciaux existent et permettent la détection des gènes
codant les carbapénèmases, y compris directement à partir des échantillons cliniques [59 – 60
- 61].

41
 CONCLUSION ET
RECOMMANDATIONS

42
La résistance aux carbapénèmes des entérobactéries, en particulier par production de
carbapénèmases transmissibles, est un problème majeur de santé publique. En effet, les
infections à bactéries productrices de carbapénèmases entraînent de véritables situations
d’impasse thérapeutique [62 - 63]. Aujourd’hui, la prévalence de la résistance enzymatique aux
carbapénèmes chez les entérobactéries reste encore faible. Au Sénégal, elle commence à
apparaitre bien que la disponibilité des carbapénèmes notamment de l’imipenème soit
relativement récente.

Il convient évidemment de tout mettre en œuvre pour que cette situation reste la plus immuable
possible. Pour cela, les stratégies de dépistage et de maîtrise de la diffusion doivent être
appliquées rigoureusement. Il convient également de limiter au maximum la pression de
sélection et donc de maîtriser la prescription des carbapénèmes, grâce à la rédaction et la mise
en œuvre de recommandations d’une part, et à la présence de référents antibiotiques dans les
hôpitaux, d’autre part [64]. Les carbapénèmes sont des molécules indispensables pour le
traitement des infections à germes producteurs de BLSE, surtout dans le contexte actuel de
diffusion massive des BLSE de classe A ; type CTX-M, mais ce sont des antibiotiques qu’il est
nécessaire de préserver notamment pour lutter contre les souches productrices de BLSE de
classe B. Ce d’autant qu’il n’existe actuellement pas de perspective proche de mise sur le
marché de nouveaux antibiotiques.

Les recommandations passent par une détection et une caractérisation des BLSE qui constitue
un enjeu important en microbiologie puisqu’elle est très difficile avec les méthodes
couramment utilisées en routine et demande donc une grande vigilance.

Les méthodes phénotypiques (antibiogramme, CMI etc…) peuvent permettre entre autre
d’identifier les souches productrices de BLSE. La positivité de ces tests doit faire rechercher le
gène codant pour ces BLSE par PCR. A cet effet, il est souhaitable que le laboratoire de
microbiologie soit doté d’une unité de biologie moléculaire fonctionnelle, pour pallier aux
problèmes de la détection phénotypique des souches productrices de BLSE de classe A et B,
mais aussi maitriser la diffusion clonale des gènes de résistances entre espèces bactériennes.

43
Il est également important de formuler des recommandations à l’endroit des cliniciens,
biologistes et du personnel soignant :

- Eviter l’antibiothérapie probabiliste dans le traitement des infections.

- Eviter l’usage abusif des antibiotiques et la mauvaise observance chez les patients.
- Identifier les bactéries multirésistantes, signalé et désinfecter les services où ces
bactéries circulent
- Isoler les patients porteurs de BMR.
- Le lavage antiseptique (hygiénique) des mains après contact avec le patient porteur.
- Le port de gants à usage unique non stériles lors de tous les contacts particulièrement
contaminants avec le patient porteur, et dans certains cas, avec son environnement
immédiat. Ils doivent être ôtés dans la chambre. L’utilisation de gants ne dispense
en aucun cas du lavage des mains après le contact.
- Le port de tablier lors de soins particulièrement contaminants ou exposant à un
contact large avec le patient.
- L’utilisation de matériel de soins réservé à chaque patient porteur de BMR (matériel
de toilette, tensiomètre, stéthoscope, petit matériel de soin…).
- La gestion rigoureuse des déchets qui doivent être gardés dans la chambre jusqu’à
leur évacuation rapide selon la filière réglementaire habituelle.
- Le traitement adéquat (incinération) des excrétas et déchets de patients infectés ou
colonisés.

Enfin, les BLSE constituent un problème de santé publique et imposent une surveillance
épidémiologique pour l’obtention d’indicateurs pertinents et adaptés, destinés au séquençage
génomique des entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre élargi.

44
PERSPECTIVES
La caractérisation phénotypique des classes de bêtalactamases a permis d’avoir des résultats
préliminaires. La sélection des souches d’entérobactéries doit être réalisée en utilisant les
méthodes codifiées. La confirmation des phénotypes de bêtalactamases par la biologie
moléculaire en recherchant les gènes de résistance est indispensable. Ces gènes sont portés
souvent par des éléments génétiques mobiles comme les plasmides, intégrons, transposon ou
cassettes.

Ainsi, nous voulons dans le cadre d’un travail de phD, procéder à la confirmation génotypique
des différentes classes de bêtalactamase passant par :

- Etendre l’étude à un échantillon plus important de différentes structures et de

différentes régions ce qui pourra permettre d’évaluer d’avantage l’émergence de ces
bêtalactamases.
- Poursuivre la caractérisation phénotypique en utilisant le disque d’èrtapénéme : En
effet ce disque possède la meilleure sensibilité pour la détection des entérobactéries
productrice de carbapénèmase (EPC).
- Sélectionner des souches en utilisant le Carba NP test ou le test de Hodge modifié.
- Détecter sur le plan phénotypique et génotypique les autres types et classe de
bêtalactamases (classe C et D).
- Etablir un profil épidémiologique grâce au génotypage permettant ainsi de voir les
classes et types de bêtalactamases chez les entérobactéries isolées au laboratoire, à
Dakar voire même au Sénégal.

45
REFERENCES

46
1. Knothe H, Shah P, Krcmery V, et al. Transferable resistance to cefotaxime, cefoxitin,
cefamandole and cefuroxime in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and Serratia
marcescens. Infection 1983;11:315 - 7.

2. Paterson DL, Bonomo RA. Extended-spectrum beta-lactamases: a clinical update. Clin

Microbiol Rev 2005;18: 657—86.

3. Livermore DM, Canton R, Gniadkowski M, et al. CTX-M changing the face of ESBLs
in Europe. J Antimicrob Chemother 2007;59:165 - 74.

4. Canton R, Coque TM. The CTX-M beta-lactamase pandemic. Curr Opin Microbiol
2006;9:466 - 75.

5. Denis F., Dabernath, Monteil H. Avril J. L. Bactériologie clinique Edition marketing,

Paris, 1998 ; 144-145.

6. Farmer Biochemical identification of new species and biogroup of Enterobacteriaceae

isolated from clinical specimens J. clin. Microbiol., 1985, 21 : 46-76.

7. Le Minor L., Veron N. Bactériologie Médicale Flam Med. Science, Paris, 1989 : 333-
318 ; 773-823

8. Edwards P.R., Ewing W.H. Identification of the Enterobacteriaceae Ed Burgess,

Minneapolis, 3rd ed, 1977.

9. Farmer P.R. Murray, E.J. Baron, M.A. Pfatter, Tenoven F.C. and R.H. Yolken
(eds) 7th ed. Enterobacteriaceae : Introduction and identification In : Manual of clinical
Microbiology, American Society for Microbiology, Washington DC, 1999 : 442-458.

10. Niang O. Validation d’une microméthode d’identification des bacilles à Gram négatif
non fermentaires Thèse Pharm., Dakar 2003, n° 60.

11. Carbonnelle B., Denis F., Marmonier A., Pinon G., Vargues R. Bactériologie
Médicale : Techniques usuelles. SIMEP SA, Paris, 1987 : 121-137 ; 146-155.

12. Drame B. Microméthode d’identification et d’étude de la sensibilité des entérobactéries

: Intérêts thérapeutiques. Thèse Pharm., Dakar, 2001 ; n° 86.

47
13. Reinert RR, Low DE, Rossi F, Zhang X, Wattal C, Dowzicky MJ. Antimicrobial
susceptibility among organisms from the Asia/Pacific Rim. Europe and Latin and North
America collected as part of TEST and the in vitro activity of tigecycline. J Antimicrob
Chemother 2007;60(5):1018–29.

14. Bell JM, Turnidge JD, Gales AC, Pfaller MA, Jones RN. Prevalence of extended
spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing clinical isolates in the Asia-Pacific region
and South Africa: regional results from SENTRY Antimicrobial Surveillance Program
(1998–1999). Diagn Microbiol Infect Dis 2002;42(3):193–8.

15. Gagliotti C, Balode A, Baquero F, Degener J, Grundmann H, Gür D, et al.

Escherichia coli and Staphylococcus aureus: bad news and good news from the
European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS-Net, formerly
EARSS), 2002 to 2009. Euro Surveill 2011;16(11).

16. Ruppé E, Woerther PL, Diop A, Sene AM, Da Costa A, Arlet G, et al. Carriage of
CTX-M-15-producing Escherichia coli isolates among children living in a remote
village in Senegal. Antimicrob Agents Chemother 2009;53(7):3135–7.

17. Bakhoum I. Contrôle de qualité et validation de différentes microméthodes

d’identification bactérienne. Thèse Pharm., 2004. n° 8.

18. Bossert I. D., Young L.Y. Anaerobic oxidation of paracresol by a denitrifying

bacterium. Applied and environmental Microbiology, 1986, 52 (5) : 1117-1122.

19. Pilet C., Bourdon J.L., Toma B., Marchal N., Balbastre C. Les entérobactéries
Bactériologie médicale et vétérinaire : systématique bactérienne Doins, Paris, 2e ed
1979 : 109-187

20. Le Minor L, Veron M. Bactériologie médicale. 2éme éd. Médecine Science

Flammarion, Paris, 1990; 389-472.

21. Avril J.L, Dabernat H, Denis F, Monteil H. Bactériologie clinique, Ellipses, Paris,
2000, 2ème édition : 171-77.

22. Weldhagen GF, Poirel L, Nordmann P. Ambler class A extended-spectrum β-

lactamases in Pseudomonas aeruginosa: novel developments and clinical impact.
Antimicrob Agents Chemother 2003;47:2385-92

48
23. Knothe H, Shah P, Krcmery V, Antal M, Mitsuhashi S. Transferable resistance to
cefotaxime, cefoxitin, cefamandole and cefuroxime in clinical isolates of Klebsiella
pneumoniae and Serratia marcescens. Infection 1983;11:315—7.

24. Gonullu N, Aktas Z, Kayacan CB, Salcioglu M, Carattoli A, Yong DE et al.

Dissemination of CTX-M-15 beta-lactamase genes carried on Inc FI/II plasmids among
clinical isolates of Escherichia coli in a university hospital in Istanbul, Turkey. J Clin
Microbiol 2008 ; (sous presse).

25. Ambler RP. The structure of beta-lactamases. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci
1980;289:321 - 31.

26. Bush K, Jacoby GA, Medeiros AA. A functional classification scheme for beta-
lactamases and its correlation with molecular structure. Antimicrob Agents Chemother
1995;39:1211 - 33.

27. Giske CG, Sundsfjord AS, Kahlmeter G, Woodford N, Nordmann P, Paterson DL,
et al. Redefining extended-spectrum betalactamases: balancing science and clinical
need. J Antimicrob Chemother 2009;63:1 - 4.

28. Gniadkowski M. Evolution of extended-spectrum β-lactamases by mutation. Clin

Microbiol Infect 2008;14:11-32

29. Jacoby GA, Munoz-Price LS. The new β-lactamases. N Engl J Med 2005;352:380-91

30. Cantón R, Novais A, Valverde A, Machado E, Peixe L, Baquero F, Coque TM.

Prevalence and spread of extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae
in Europe. Clin Microbiol Infect 2008;14:144-153

31. Pitout JD, Nordmann P, Laupland KB, Poirel L. Emergence of Enterobacteriaceae

producing extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) in the community. J Antimicrob
Chemother 2005;56:52-9

32. Poirel L, Naas T, Nordmann P. Genetic support of extended-spectrum β-lactamases.

Clin Microbiol Infect 2008;14:75-81

33. Naas T, Poirel L, Nordmann P. Minor extended-spectrum β-lactamases. Clin

Microbiol Infect 2008;14:42-52

49
34. Bradford PA. Extended-spectrum β-lactamases in the 21st century: characterization,
epidemiology, and detection of this important resistance threat. Clin Microbiol Rev
2001;14:933-51

35. Paterson DL, Bonomo RA. Extended-spectrum β-lactamases: a clinical update. Clin
Microbiol Rev 2005;18:657-86

36. Bonnet R. Growing group of extended-spectrum β-lactamases: the CTX-M enzymes.

Antimicrob Agents Chemother 2004;48:1-14

37. Livermore DM, Canton R, Gniadkowski M, Nordmann P, Rossolini GM, Arlet G,

Ayala J, Coque TM, Kern-Zdanowicz I, Luzzaro F, Poirel L, Woodford N. CTX-
M: changing the face of ESBLs in Europe. J Antimicrob Chemother 2007;59:165-74

38. Rossolini GM, D’Andrea MM, Mugnaioli C. The spread of CTX-M-type extended-
spectrum β-lactamases. Clin Microbiol Infect 2008;14(Suppl. 1):33-41.

39. Cantón R, Coque TM. The CTX-M β-lactamase pandemic. Curr Opin Microbiol
2006;9:466-75

40. Livermore DM. Defining an extended-spectrum β-lactamase. Clin Microbiol Infect

2008;14:3-10

41. Garnier B et Jarlier V. Bêta-lactamines et bacilles à Gram négatif. Feuillets de

biologie, 1996, XXXVII, (212) :13-20.
42. Rolison GN. Forty of beta-lactam research. J. Antimicrob Chemother 1998; 41(6):589-
603.

43. Poirel L, Naas T, Nordmann P. Genetic support of extended-spectrum β-

lactamases. Clin Microbiol Infect 2008; 14(1):75-81.

44. Yong D Lee K, Yum JH, Rossolini GM, Chong Y, Imipenem EDTA disk method for
differenciation of metallo- β-lactamase producing clinical isolates of Peudomonas spp.
J Clin Microbiol 2002 ; 40 :3798-801

45. DIOUF O.K. Profils phénotypiques de résistance aux carbapénèmes de souches

productrices de bêtalactamases à Spectre Elargi. Thèse Pharma, Dakar 2015, no 08.

50
46. Arpin C, Quentin C, Grobost F, Cambau E, Robert J, Dubois V, et al. Nationwide
survey of extended-spectrum {beta}-lactamase-producing Enterobacteriaceae in the
French community setting. J Antimicrob Chemother 2009;63(6):1205–14.

47. Quentin C, Arpin C, Dubois V, André C, Lagrange I, Fischer I, et al. Antibiotic

resistance rates and phenotypes among isolates of Enterobacteriaceae in French extra-
hospital practice. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2004;23(3):185–93.

48. Akel Z. Profils phénotypiques des entérobactéries productrices de carbapénèmases.

Thèse Pharma, Rabat 2014, no 75.

49. Jans B, Huang T-D D, Bogaerts P, Catry B, Glupczynski Y. Carbapenemase

producing Enterobacteriaceae in Belgium, Surveillance data institut scientifique de
santé publique January 2012-June 2013.

50. Nordmann P, Cuzon G, Naas T. The real threat of Klebsiella pneumoniae

carbapenemase-producing bacteria. Lancet Infect Dis 2009;9:228-36.

51. Lee K, Yum JH, Yong D et al. Novel acquired metallo-ß-lactamase gene, blaSIM-1,
in a class 1 integron from Acinetobacter baumannii clinical isolates from Korea.
Antimicrob Agents Chemother 2005;49:4485-4491

52. Munoz-Price LS, Poirel L, Bonomo RA et al. Clinical epidemiology of the global
expansion of Klebsiella pneumoniae carbapenemases. Lancet Infect Dis 2013;13:785-
796.

53. Nordmann P, Cuzon G, Naas T. The real threat of Klebsiella pneumoniae

carbapenemaseproducing bacteria. Lancet Infect Dis 2009;9:228-236.

54. Canton R, Novais A, Valverde A, et al. Prevalence and spread of extended-spectrum

beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in Europe. Clin Microbiol Infect
2008;14Suppl1: 144—53.

55. Watanabe M, Iyobe S, Inoue M, et al. Transferable imipenem resistance in

Pseudomonas aeruginosa. Antimicrob Agents Chemother 1991;35:147—51

56. Arakawa Y, Murakami M, Suzuki K, et al. A novel integron-like element carrying

the metallo-beta-lactamase gene blaIMP. Antimicrob Agents Chemother
1995;39:1612—5.

51
57. Walsh TR, Toleman MA, Poirel L, et al. Metallo-beta-lactamases: the quiet before
the storm? Clin Microbiol Rev 2005;18:306—25.

58. Lauretti L, Riccio ML, Mazzariol A, et al. Cloning and characterization of blaVIM,
a new integron-borne metallo-beta-lactamase gene from a Pseudomonas aeruginosa
clinical isolate. Antimicrob Agents Chemother 1999;43:1584—90.

59. Miriagou V, Cornaglia G, Edelstein M, et al. Acquired carbapenemases in Gram-

negative bacterial pathogens: detection and surveillance issues. Clin Microbiol Infect
2010;16: 112—22.

60. Naas T, Cuzon G, Truong H, et al. Evaluation of a DNA microarray, the check-points
ESBL/KPC array, for rapid detection of TEM, SHV, and CTX-M extended-spectrum
beta-lactamases and KPC carbapenemases. Antimicrob Agents Chemother
2010;54:3086—92.

61. Avlami A, Bekris S, Ganteris G, et al. Detection of metallobeta- lactamase genes in

clinical specimens by a commercial multiplex PCR system. J Microbiol Methods
2010;83:185—7.

62. Schwaber MJ, Klarfeld-Lidji S, Navon-Venezia S, et al. Predictors of carbapenem-

resistant Klebsiella pneumoniae acquisition among hospitalized adults and effect of
acquisition on mortality. Antimicrob Agents Chemother 2008;52: 1028—33.

63. Laupland KB, Parkins MD, Church DL, et al. Population-based epidemiological
study of infections caused by carbapenemresistant Pseudomonas aeruginosa in the
Calgary Health Region: importance of metallo-beta-lactamase (MBL)-producing
strains. J Infect Dis 2005;192:1606—12.

64. Lesprit P, Duong T, Girou E, et al. Impact of a computergenerated alert system

prompting review of antibiotic use in hospitals. J Antimicrob Chemother 2009;63:
1058—63.

52