Université Mohammed V

Faculté de Médecine et de Pharmacie-Rabat

CHU Ibn Sina

DIAGNOSTIC DES DIARRHÉES

BACTÉRIENNES
Réalisé par :
Dr. RAIS SALMA
Dr. TAMDI CHAIMAA
Encadré par :
Pr K.SOULY
PA G.ELAMIN
1
 Objectifs
⮚ Décrire l’épidémiologie des diarrhées aiguës bactériennes.
⮚ Savoir expliquer leurs physiopathologies.
⮚ Connaître les principaux aspects cliniques.
⮚ Maîtriser les modalités de diagnostic au laboratoire des diarrhées
aiguës bactériennes.
⮚ Participer à la prise en charge thérapeutique et préventive.
 Plan

• Introduction
• Epidémiologie
• Physiopathologie
• Aspects cliniques
• Diagnostic biologique
• Traitement
• Prévention
 Introduction
La diarrhée selon l’OMS :

✔Emission d’au moins 3 selles/j molles ou liquides.

✔Quantité anormale de selles et d’eau 🡪 > 300 g/24h ou > 350

ml/24h.
 Introduction

• Emission de selles :

- Trop fréquentes > 3 selles / j

- Trop liquidiennes (eau > 90% du poids des selles)

- Trop abondantes > 300 g/j

 Introduction
On distingue selon l’évolution chronologique :

✔ Diarrhées aiguës 🡪 Moins de 3 semaines

✔ Diarrhées chroniques 🡪 Au-delà de 3 semaines

Etiologies divers :
● Diarrhées infectieuses ● Diarrhées non infectieuses

✔ Médicamenteuses
✔ Virales (80%)
❏ ATB / Anticancéreux
❑ Pic hivernal
✔ Malabsorption

✔ Bactériennes ❏ Maladie coeliaque

❑ Pic estival ✔ Toxiques

❑ Métaux lourds
✔ Parasitaires
✔ Inflammatoire

❑ MICI, tumeurs
 Introduction
Diarrhée bactérienne aiguë
Intérêts

❑ Maladie infectieuse liée au péril fécal

❑ Maladie à déclaration obligatoire pour certains étiologies

 Introduction

• Le diagnostic bactériologique des diarrhées aiguës bactériennes est

non systématique
🡪 souvent bénignes à évolution favorable chez IC.

• Le diagnostic bactériologique est indiqué dans des contextes

particuliers +++
 Epidémiologie
1. Agents pathogènes :
• Pathogènes spécifiques :
- Entérobactéries : Salmonella, Shigella, Yersinia, E.coli
- Campylobacter jejuni
- Vibrio.cholerae
- Staphylococcus aureus
- Clostridium perfringens
• Pathogènes opportunistes : Clostridium difficile
 Epidémiologie

2. Réservoir :

• Homme malade: S.typhi et paratyphi, Shigella, V cholerae, …

• Porteurs asymptomatiques : Salmonella, Staphylococcus, Shigella…

• Animaux : Yersinia, Campylobacter

• Environnement (eaux, air, sols) : V cholerae, Yersinia, S aureus,

Aeromonas, Plesiomonas
 Epidémiologie

3. Transmission :

• Directe : interhumaine

• Indirecte : oro fécale à travers l’eau et les aliments souillés

• Endogène : par déséquilibre de la flore : C.difficile (ATB)

 Epidémiologie

4. Réceptivité :

• Totale : Salmonella typhi, Shigella, Yersinia, ETEC, EIEC, V.

cholerae, S. aureus, B.cereus

• ID, drépanocytose : Salmonella non typhi, C.difficile

• Nourrisson de moins de 2 ans : EPEC (E.coli entéropathogène)

• Bouchers, fermiers : Campylobacter

 Epidémiologie
5. Facteurs favorisants :

❏ Déséquilibre de la flore endogène 🡪 ATB : C. difficile

❏ Défaillance immunitaire
❏ Âges extrêmes 🡪 Enfants + sujets âgés
❏ Notion de voyage en zone endémique et saison estivale 🡪 ECET
❏ Manque d’hygiène 🡪 Maladie liées au péril fécal
❏ Rupture de chaîne du froid
❏ Catastrophes naturelles
 Epidémiologie
6. Aspects épidémiologiques :
 Physiopathologie
1. Mécanismes de défense contre l’infection

• Par la flore intestinale normale : 10* 14 germes/g de selle : ⅔ Gram (-)

et ⅓ Gram (+)
• 2 catégories :
✓ Population résidente:
Dominante = anaérobies (BGN, BGP, CGP)
Sous dominante = entérobactéries, entérocoques;
✓ Population en transit:
Staphylocoques, Pseudomonas, Candida et autres BGN aérobies.
 Physiopathologie
1. Mécanismes de défense contre l’infection :

• Immunité locale (IgA, cellules immunitaires)

• Acidité gastrique

• Mobilité gastrique
 Physiopathologie
2. Mécanismes de l’infection :

• Mécanisme entérotoxinogène 🡪 Sécrétoire

⮚ Syndrome cholériforme

• Mécanisme entéro-invasif 🡪 Inflammatoire

⮚ Syndrome dysentérique

• Mécanisme de diarrhée post-antibiotique

 Physiopathologie
2. Mécanismes de l’infection :
✓ Action locale par libération de toxine : Syndrome cholériforme

• Libération d’entérotoxines préformées (S.aureus) ou néoformées au

contact des entérocytes

• Fixation aux récepteurs cellulaires spécifiques

• Transmission d’un signal (second messager)

• Perturbation des échanges hydro électrolytiques

 Physiopathologie
2. Mécanismes de l’infection :
 Physiopathologie
2. Mécanismes de l’infection :

Mécanisme entéro-invasif
 Physiopathologie
Mécanismes Toxinogène Entéro-invasive
Mode d’action Action locale par production des Invasion et destruction de
toxines 🡪 Perturbation des l’épithélium intestinale 🡪 Réaction
mouvement d’eau et des inflammatoire
électrolytes 🡪 Pas de lésion de
muqueuse.
Syndrome Cholériforme Dysentérique
Type de diarrhée Sécrétoire – Aqueuse (hydrique). Glairo – Sanglante – Purulente.
Selles eau de riz. Selles afécales.
Risque Déshydratation Sepsis – Perforation
Fièvre Peu ou pas de fièvre Présence
Agent pathogène en cause Vibrio cholerae Salmonella spp
ETEC Shigella spp
Campylobacter
Yersinia
EIEC – EHEC
 Physiopathologie

2. Mécanismes de l’infection :

• Action mixte : intervention des facteurs d’invasion et de toxines

Shigella, E.C.E.H, Campylobacter

 Physiopathologie
3. Mécanisme de diarrhée post antibiotique :
Agents pathogène : Clostridium difficile

Type de diarrhée : banale ou glairo-sanglante

Déséquilibre de la flore intestinale => prolifération de C.difficile

✔ Production de toxines in situ 🡪 Entérotoxine A + cytotoxine B

✔ Destruction des jonction serrées reliant les entérocytes

✔ Augmentation de la perméabilité paracellulaire

✔ Réaction inflammatoire
Aspects cliniques
Syndromes Sd cholériforme Sd dysentérique Sd diarrhéique post ATB
Mécanismes Entérotoxinogène Entéro-invasif Antibiothérapie à spectre
large
Aspects cliniques Diarrhée aqueuse Diarrhée : glairo-sanglante Diarrhée : banale post ATB
hydrique en eau de riz et mucopurulente. ou glairo sanglante
Parfois fièvre
Absence de fièvre Fièvre : ++ Douleurs abdominales
Douleurs abdominales
Douleur abdominale sévères
modérée Ténesme – Epreintes et
faux besoins
Agents pathogènes en Vibrio cholerae Salmonella spp
cause ETEC (turista) 🡪 diarrhée Shigella spp
des voyageurs. Yersinia spp
EPEC Clostridium difficile
Campylobacter spp
EHEC
EIEC
Gravité Déshydratation +++ Perforation (hémorragie) Colite
Septicémie SHU pseudomembraneuse
Evolution Spontanément favorable Guérison dans 25% à
l’arrêt de l’ATB
 Aspects cliniques

Durée d’incubation selon l’agent pathogène

Agents pathogènes Durée d’incubation

Vibrio cholerae 2 H à 5 jrs
Shigella dysenteriae 24 H à 4 jrs
Campylobacter jejuni 24H à 3 jrs
Yersinia spp 5 jrs à 10 jrs
Salmonella mineur (non typhique) 8 H à 48 H
Salmonella majeur (typhique) 12H à 36 H
ETEC : E. coli entérotoxinogène 10H à 12H
EPEC : E. coli entéropathogène 6H à 48H
EIEC : E. coli entéro-invasive 3 jrs à 4 jrs
EHEC : E. coli entéro-hémorragique 3jrs à 4jrs
 Aspects cliniques
• La Fièvre Typhoïde :

⮚ Maladie potentiellement mortelle 🡪 Salmonella typhi

⮚ Sur le plan clinique :

❑ Fièvre élevée et prolongée avec pouls dissocié

❑ Manifestations digestives : diarrhée liquide ocre, douleur abdominale

❑ Manifestations neurologiques : Céphalées, trouble de conscience

Complications : septicémie – Abcès spléniques – Hémorragies – Perforation

 TIAC : Toxi-infection alimentaire collective
• Définition :

• Plus de deux cas groupés

• Symptomatologie digestive similaire

• Même origine alimentaire

• Types :

• Incubation courte (1 à 4 H) 🡪 Toxines ingérée produites par S. aureus et Bacillus

cereus
TIAC : Toxi-infection alimentaire collective

• Source de contamination : Eaux et aliments souillés

• Agents responsables: Staphylococcus aureus – Bacillus cereus –
Clostridium perfringens
• Diagnostic : Recherche de toxines à partir des selles, des aliments et
du liquide gastrique

Maladie à déclaration obligatoire

 Aspects cliniques
3. Complications :
• Déshydratation,

• Invagination intestinale,

• SHU : Syndrome hémolytique et urémique

• Syndrome de Fiessenger-Leroy-Reiter : Yersinia

• Syndrome de Guillain-Barré : Campylobacter

• Colite pseudo-membraneuse : C.difficile.

 Diagnostic biologique

A- Diagnostic biologique non spécifique

- Ionogramme sanguin

- NFS

- CRP, VS, Fibrinogène

 Diagnostic biologique
B. Diagnostic biologique spécifique = Diagnostic bactériologique

• Diagnostic bactériologique direct :

- Coproculture +++ : examen de référence
- Biologie moléculaire
- Tests antigéniques

• Diagnostic bactériologique indirect : Sérologie

 Diagnostic bactériologique
Quand ?
• Après avoir éliminé les autres étiologies non infectieuses de la diarrhée
• Devant un syndrome dysentérique
• Diarrhée hydroélectrolytique persistante >3 jours malgré un traitement
symptomatique
• Signes de gravité : choc septique ou hypovolémique
• Terrain à risque de décompensation : comorbidités, âges extrêmes, ID
• Contexte épidémio-clinique : Retour d’un voyage en zone endémique/TIAC
• Formes majeures des diarrhées à C.difficile : colite pseudo-membraneuse
A. Diagnostic bactériologique direct:
a. Phase pré-analytique :
🡪 Réaliser les prélèvements avant toute antibiothérapie

🡪 Asepsie rigoureuse

▪ Types de prélèvements :
- Adulte et grand enfant : recueil de selles fraîchement émises dans un flacon stérile « volume de noix »
- Nourrisson et petit enfant : Écouvillonnage rectal
- Biopsie de la muqueuse rectale ou colique : en cas de suspicion d’infection invasive ou lors d’un geste
endoscopique
- Hémocultures : en cas de fièvre
- Aliments contaminés : suspicion de TIAC

▪ Transport : < 2 heures à température ambiante.

A. Diagnostic bactériologique direct:
b. Phase analytique:
1- Examen cytobactériologique des selles : e

1.1 Examen macroscopique des selles :

- Consistance : normales, molles, liquidiennes, riziformes

- Couleur : Marron, jaune, pâle, verdâtre
- Noter la présence de sang, de glaire et de pus (mécanisme invasif)
Oriente le choix des milieux de culture
A. Diagnostic bactériologique direct:
1.2. Examen microscopique des selles :
✓ Etat frais : recherche la présence :

• De cellules : GB (mécanisme invasif) , GR (mécanisme invasif)

• De levures

• D’une mobilité bactérienne particulière :Vibrio cholerae (mobilité en banc de poissons), Campylobacter (mobilité en
vol de moucheron).

✓ Coloration de Gram :

• Apprécie l’équilibre de la flore intestinale

• Flore équilibrée : 2/3 Bactéries Gram - (BGN) et 1/3 Bactéries Gram + (BGP ou CGP)

• Recherche un monomorphisme bactérien

A. Diagnostic bactériologique direct:
1.3. Mise en culture: Coproculture = Examen de référence +++

❏ En dehors d’un contexte clinique particulier : Coproculture standard :

● Recherche de Salmonella spp et Shigella spp sur un milieu sélectif : Hektoen ou
SS
N.B : SS : ne permet pas l’isolement de Shigella dysenteriae type 1
● Incubation à 35° +/- 2° pendant 24h

● Possibilité d’utilisation d’un milieu d’enrichissement pour Salmonella et éventuel

repiquage sur milieu solide
A. Diagnostic bactériologique direct:
1.3. Mise en culture: Coproculture = Examen de référence +++

❏ En dehors d’un contexte clinique particulier : Coproculture standard :

● Le milieu SS (Salmonella-Shigella) : contient 3 inhibiteurs de la flore commensale (sels

biliaires, vert brillant, citrate de sodium)
● Colonies de Salmonella : translucides (lactose -), à centre noir (H2S +)
● Colonies de Shigella : translucides (lactose -), à centre clair (H2S -)
 A. Diagnostic bactériologique direct:
1.3. Mise en culture: Coproculture = Examen de référence +++

❏ En dehors d’un contexte clinique particulier : Coproculture standard :

● Recherche de Campylobacter spp : Milieu Karmali (charbon actif) dans une

atmosphère micro aérophile à 42°

● Recherche de Yersinia enterocolitica : Milieu CIN (Céfsulodine, Irgasan, Novobiocine) à

30°
A. Diagnostic bactériologique direct:
1.3. Mise en culture: Coproculture = Examen de référence +++

❏ Devant un Syndrome cholériforme et retour d’un séjour en zone d’endémie

au Choléra :

● Recherche de vibrio cholerae en urgence => Maladie à déclaration obligatoire

+++

● Milieu séléctif : TCBS (Thiosulfate Citrate Bile Sucrose) : Vibrio cholerae

fermente le saccharose → colonies jaunes
A. Diagnostic bactériologique direct:
1.3. Mise en culture: Coproculture = Examen de référence +++

❏ TIAC :

● En plus de la recherche de Salmonella, Shigella, Yersinia enterocolitica et de Campylobacter

● Recherche d’E.coli entéropathogènes : milieu MacConkey ou milieu chromogène spécifique

● Recherche de Staphylococcus aureus : milieu Chapman

● Recherche de Bacillus cereus : milieu MYP (Mannitol Egg Yolk Polymyxin)

A. Diagnostic bactériologique direct:
b. Phase analytique:
2- Biologie moléculaire : e
• PCR multiplex : de plus en plus indiquée
- Diagnostic rapide
- Diagnostic de bactéries non cultivables, ou en cas de coproculture négative malgré un tableau clinique évocateur
- Approche syndromique (détection simultanée de plusieurs agents en cause).

• Kits syndromiques disponibles :

- Pannel bactérien de 1ère intention : Shigella spp/EIEC , EHEC (stx1, stx2), Salmonella spp, Campylobacter spp, Yersinia
enterocolitica, Clostridioides difficile toxinogène (gène tcdB = toxine B)
- Pannel bactérien de 2ème intention : autres pathovars d’E.coli, Vibrio cholerae
- Pannel viral
- Pannel parasitaire

● Recherche de C. difficile toxinogène : systématique en cas de diarrhée sanglante post antibiothérapie et de diarrhée
nosocomiale
A. Diagnostic bactériologique direct:
3. Test antigéniques : détection rapides d’antigènes bactériens ou de toxines par
techniques immunologiques. Ex : Toxines A et B de C. difficile

4. Sérotypage par agglutination : réalisé sur colonies pour identifier les

antigènes spécifiques, notamment chez Salmonella (O, H, Vi = S.typhi) et
Vibrio cholerae (O1, O139), EHEC (O157:H7)
B. Diagnostic bactériologique indirect:

• Recherche d’anticorps dans le sérum du malade

• Deux prélèvements à 15 jours d’intervalle à la recherche d’une
séroconversion

• Sérodiagnostic de Widal et Felix : S. typhi et parathypi A, B et C :

(recherche des Ac anti Ag O somatiques et des Ac anti Ag flagellaires
H)
C. Antibiogramme :
• Méthode de diffusion sur milieu gélosé :
- Entérobactéries: MH, 18-24h 35-37°C ;
- Campylobacter, MH + 5% de sang de mouton ou de cheval 18-24 h
35-37°C en microaérophilie
- Anaérobies (C difficile), gélose Brucella + vit K1+5% de sang 48h à 35-
37°C en anaérobie.

• Méthode de dilution : antibiogramme automatisé

 Diagnostic biologique
c. Phase post- analytique: Interprétation

- La présence de Salmonella spp., Shigella spp., Campylobacter spp. et Yersinia enterocolitica dans une coproculture
standard est toujours pathologique. (exceptés les porteurs sains asymptomatiques de Salmonella spp).

- La présence d’Escherichia coli même en grande quantité ne doit pas être considérée comme pathologique. Seules les
souches pathogènes d’E. coli notamment entérohémorragiques sécrétrices de shigatoxines doivent être considérées comme
pathogènes.

- Les E. coli entéropathogènes (EPEC) sont principalement responsables de diarrhées aiguës chez le nourrisson et le petit
enfant.

- Toute TIAC suspectée impliquant au moins 2 cas doit être signalée aux autorités sanitaires
 Traitement
• Traitement symptomatique: +++
- Réhydratation +++ : par voie orale ou parentérale
- Anti-spasmodiques, anti-pyrétiques, anti-émétiques
- Proscrire les ralentisseurs de transit dans les diarrhées invasives
(risque de perforation intestinale et réduction de l’élimination du
germe)
- Si signes de gravité (Septicémie, déshydratation sévère) : Hospitalisation
 Traitement
• Traitement étiologique : Antibiothérapie (après prélèvements bactériologiques)
❏ Salmonella non typhique, Campylobacter, Yersinia et Escherichia coli entéropathogènes : Antibiothérapie réservée aux cas graves
ou chez les patients à risque de complications (nourrissons, immunodéprimés, personnes âgées).

❏ Shigella spp. : Très contagieuses, antibiothérapie systématique pour limiter la transmission et traiter l’infection.

❏ Escherichia coli entérohémorragique (EHEC, O157:H7) : Antibiotiques contre-indiqués, car ils augmentent le risque de syndrome
hémolytique et urémique (SHU).

❏ Clostridioides difficile :
- Suspendre, si possible, toute antibiothérapie non indispensable favorisant la prolifération.

- Si la poursuite de l’antibiothérapie primaire est nécessaire, elle doit être maintenue en parallèle au traitement spécifique contre C.

difficile (métronidazole, vancomycine orale)

- Le traitement anti-C. difficile doit être poursuivi au moins 3 jours après l’arrêt de l’antibiothérapie primaire.
 Traitement
● Fluoroquinolones (ciprofloxacine) :
- Efficaces contre Salmonella, Shigella, Yersinia.
- Moins utilisées pour Vibrio cholerae à cause de la résistance croissante

● Céphalosporines de 3e génération (C3G) : utilisées dans les formes sévères de Vibrio cholerae, Salmonella
invasive, ou quand une voie parentérale est nécessaire.

● Métronidazole : Traitement de choix pour Clostridioides difficile (infections à C. difficile).

● Sulfaméthoxazole - Triméthoprime : Efficace contre Salmonella, Shigella, certaines souches d’E. coli
entéropathogènes (EPEC, ETEC), Yersinia, et Vibrio cholerae. Attention à la résistance locale.

● Macrolides (érythromycine, azithromycine) :

- Traitement de choix pour Campylobacter
- Azithromycine est aujourd’hui préférée à l’érythromycine, mieux tolérée et posologie plus simple.

● Durée du traitement : 14 jours pour Campylobacter, 3 à 7 jours pour les autres bactéries.
 Prévention

1. Mesures collectives : e

• Surveillance épidémiologique

• Lutte contre le péril fécal (assainissement, gestion des eaux usées)

• Dépistage des porteurs chroniques et asymptomatiques

 Prévention
2. Mesures individuelles :

• Hygiène des mains

• Hygiène alimentaire

• Prophylaxie des diarrhées des voyageurs :

- Consommation de boissons capsulées
- Consommation de fruits et légumes pelés, cuits ou bien lavés soigneusement (conseil
OMS : « fais-le bouillir, cuit-le, pèle-le ou oublie-le »)
• Probiotiques : en cas de prise d’antibiotiques pour prévenir les diarrhées associées
 Prévention
3. Vaccinations :
● Vaccin contre la typhoïde (Typhim Vi®) : protection d’environ 3 ans,
recommandé pour le personnel hospitalier, militaires et voyageurs en pays
d’endémie

● Vaccin oral anti-cholérique : bon rapport coût/efficacité

● Perspectives : développement de vaccins contre Shigella et certains

pathovars d’E. coli
 Conclusion
- Diarrhée bactérienne = Pathologie fréquente, d’évolution souvent favorable
- Exploration biologique non systématique

- Diagnostic étiologique réservé à des cas spécifiques (syndrome dysentérique, TIAC, retour de zone d’endémie, formes
sévères, colite pseudomembraneuse)

-TIAC : déclaration obligatoire

- Dg : Examen bactériologiques des selles et/ou des aliments suspects

- Recherche ciblée de EHEC : Diarrhée sanglante, enfant < 5 ans +/- SHU

- Réhydratation +++ prioritaire avant toute investigation

Merci pour votre attention