Centre René Labusquière, Institut de Médecine Tropicale, Université de Bordeaux, 33076 Bordeaux (France)

Infections à staphylocoques
Actualités 2023
Professeur Pierre Aubry, Docteur Bernard-Alex Gaüzère. Texte revu le 27/10/2023
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1. Introduction

Les staphylocoques sont des cocci à Gram positif aérobies ubiquitaires pouvant être
impliqués à la fois dans des infections localisées ou des infections invasives.
Parmi les staphylocoques, on distingue Staphylococcus aureus ou staphylocoque doré, l’une
des bactéries les plus fréquemment rencontrées en pathologie infectieuse humaine, à
l’origine d’infections souvent graves ; et les staphylocoques à coagulase négative (SCN),
dont S. epidermidis, qui appartiennent à la flore commensale humaine, mais qui, dans
certaines circonstances, peuvent être impliqués dans des infections sévères.
Une des préoccupations cliniques majeures concerne la prévention des infections à S.
aureus résistants à la méticilline (SARM), ce qui a conduit à la mise en place d’une stratégie
de dépistage et d’isolement des patients porteurs au sein des hôpitaux.

Il a déjà été fait mention du rôle des staphylocoques dans divers textes du site dans des
infections cutanées, respiratoires, digestives, ...

2. Facteurs de virulence et physiopathologie

2.1- Dans les pays industrialisés, près de 30 % des individus sont porteurs au niveau
nasal de S. aureus en dehors de tout contact hospitalier. Il s’agit d’un portage naturel. En
réalité, 20 à 30 % sont véritablement porteurs persistants, 50 à 60 % sont des porteurs
intermittents et seulement 20 % ne sont jamais porteurs.
La prévalence du portage de S. aureus dans les pays en développement est encore mal
connue.
Le site de colonisation préférentiel chez l’homme est la muqueuse nasale. La contamination
du nez se fait principalement par les mains. S. aureus colonise aussi les territoires cutanés,
surtout les zones humides (périnée, aisselles), les mains et le tube digestif.
Le staphylocoque peut devenir pathogène lors de la pénétration du germe dans l’organisme
après rupture de la barrière cutanée (brûlure, blessure, cathéter…) ou de la rupture de
l’équilibre hôte-bactérie (maladie virale, diabète, antibiothérapie…).

S. aureus exprime de nombreux facteurs de virulence : protéines de surface qui initialisent la

colonisation des tissus de l’hôte, facteurs inhibant la phagocytose, toxines et enzymes qui
lèsent les cellules et favorisent la dissémination de l’infection.
S. aureus a plusieurs stratégies de persistance au sein de l’hôte via la formation de biofilm et
l’internationalisation dans les cellules de l’hôte. Son pouvoir pathogène est lié à ses multiples
mécanismes d’échappement au système immunitaire.
S. aureus est à l’origine d’infections suppuratives et de toxi-infections. Les infections
suppuratives impliquent la prolifération bactérienne, l’invasion, la destruction des tissus de
l’hôte et la réponse inflammatoire locale et systémique. Les toxi-infections sont dues à des
toxines produites par la souche in vivo (toxine du choc toxinique staphylococcique) ou
introduites préformées dans l’organisme (entérotoxine dans les aliments).

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2.2. Les SCN constituent un groupe hétérogène avec un pouvoir pathogène variable. Ils
possèdent moins de facteurs de virulence que S. aureus et sont peu pathogènes, mais
certaines espèces ont une virulence plus marquée. Leur physiopathologie est moins bien
connue que celle de S. aureus. Ils sont le plus souvent à l’origine d’infections torpides,
nosocomiales chez des patients immunodéprimés ou porteurs de matériel étranger (cathéter,
prothèse, pace-maker…) qui favorise la formation de biofilm.

3. Clinique

3.1 Infections de la peau et des parties molles :

À l’exception de l’érysipèle de l’adulte dû aux Streptococcus pyogenes, S. aureus est la

bactérie le plus fréquemment trouvée dans les infections de la peau et des parties molles.
Elle est responsable des impétigos, des panaris, des infections des plaies, des infections du
pied diabétique et l’agent quasi-exclusif des furoncles. Les infections peuvent être primitives
ou secondaires venant compliquer une infection cutanée préalable.

3.2- Bactériémies

Les bactériémies à S. aureus : une seule hémoculture suffit pour retenir le diagnostic et
démarrer en urgence une antibiothérapie. Il faut rechercher un foyer profond. Les
bactériémies peuvent être communautaires ou nosocomiales.
Les bactériémies à SCN sont difficiles à affirmer, puisque les SNC font partie de la flore
commensale. Pour différencier infection et contamination, il faut s’aider d’arguments
cliniques (fièvre) et biologiques (hyperleucocytose, plusieurs hémocultures positives pour le
même SNC).
Un clone émergent au niveau mondial de S. aureus, le CC398, est responsable d’un nombre
croissant de bactériémies.

3.3- Endocardites infectieuses

Les staphylocoques sont en cause dans 37 % des endocardites infectieuses (EI), le plus
souvent sur prothèse.
S. aureus est l’espèce bactérienne la plus fréquente et peut être responsable d’EI sur valve
native. L’échographie trans-thoracique est l’examen de première intention, l’échographie
trans-oesophagienne cardiaque est l’examen de référence. Les embolies, les anévrismes
mycotiques sont fréquents. Les complications cérébrales sont retrouvées dans presque 80 %
des cas. Elles sont souvent asymptomatiques. L’insuffisance rénale aiguë est une
complication fréquente et grave
Les endocardites à SCN, en particulier à S. epidermidis, représentent 10 % des cas et sont
fréquentes sur prothèses.

3.4- Infections respiratoires

- Les pneumonies
Les pneumonies communautaires à S. aureus sont rares (1 à 2 % des étiologies
bactériennes). S. aureus est particulièrement impliqué dans les pneumonies bactériennes
post-virales, notamment post-grippales. Une forme particulière est la pneumonie nécrosante
liée à la présence de la toxine de Panton-Valentine, évoluant vers l’abcédation.

- La staphylococcie pleuro-pulmonaire du nourrisson et de l’enfant associe des troubles

digestifs et une détresse respiratoire liée à la formation d’abcès soufflés (pneumatocèles). La
complication majeure est le pyopneumothorax.

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- La pneumopathie nosocomiale, souvent acquise sous ventilation mécanique, touche

principalement le sujet âgé en réanimation

- Les otites à S. aureus sont des otites bactériennes (avec Haemophilus influenzae,
Mycoplasma pneumoniae et Streptococcus pneumoniae) qui concernent souvent des
enfants de moins de six ans atteints d’une angine bactérienne ou d’une rhinopharyngite.
L’otite purulente correspond à une perforation du tympan qui laisse passer l’écoulement du
pus dans le conduit auditif externe.

3.5- Infections musculaires et ostéo-articulaires

- La pyomyosite est infection musculaire due à S. aureus, le plus souvent sans porte d’entrée
(infection par voie hématogène) et le plus souvent située au niveau de la cuisse.

- S. aureus est le plus souvent en cause dans les arthrites sur articulations natives.
L’inoculation est hématogène ou traumatique ? Hémocultures et ponction articulaire sont
faites avant l’antibiothérapie. L’échographie confirme l’épanchement et guide la ponction.

- S. aureus est la bactérie la plus fréquente dans les spondylodiscites. La contamination est
hématogène ou post-opératoires. Les vertèbres lombaires sont touchées dans 50 % des cas,
les dorsales dans 30 %, les cervicales dans 10 %. L’IRM rachidienne est l’examen de choix.
En l’absence de diagnostic bactériologique (hémocultures), la ponction disco-vertébrale
guidée sous scanner est la technique de choix.

- S. aureus est le principal pathogène responsable des ostéites, soit par voie hématogène,
post-traumatique ou par contiguïté. Une fistulisation peut survenir en regard de l’os infecté.
Scanner et IRM affirment le diagnostic et précisent l’étendue des lésions.

3.6- Infections du Système Nerveux Central

L’infection survient par voie hématogène ou par contiguïté, après chirurgie ou traumatisme :
abcès du cerveau, empyème sous-dural, abcès épidural, thrombophlébite du sinus
caverneux, méningites sur valve.

3.7- Infections uro-génitales

S. aureus est rarement en cause. Après sondage ou cystoscope, l’infection est ascendante.
La présence de S. aureus dans l’urine correspond à une bactériémie dans un contexte
d’endocardite infectieuse ou peut traduire une infection parenchymateuse.

3.8- Syndromes toxiniques

Trois syndromes liés à des toxines ont été décrits :

- S. aureus est l’agent infectieux le plus souvent en cause dans les toxi-infections
alimentaires.
- Le Syndrome de choc toxique staphylococcique, décrit au début des années 1980 est lié à
des tampons hygiéniques et apparait au-delà de six heures d’utilisation. C’est un état de
choc sévère avec fièvre, œdèmes généralisés érythème maculeux diffus, hyperhémie des
muqueuses, atteinte neurologique, diarrhée et vomissements, thrombopénie ou CIVD,
détresse respiratoire
- Le Syndrome d’exfoliation généralisé affecte surtout le jeune enfant. Il s’agit d’une
érythrodermie douloureuse évoluant vers un décollement généralisé avec présence d’un
signe de Nikolsky. Les muqueuses sont épargnées, à la différence du syndrome de Lyell.

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4. Diagnostic

4.1-Diagnostic bactériologique

À l’examen direct, après coloration de Gram, les staphylocoques apparaissent comme des
cocci à Gram positif, de 0,5 à 1 µm de diamètre, groupés en amas ou en diplocoques. Sur la
culture à 35 °C sur gélose enrichie au sang, S aureus apparaît, après 24 heures
d’incubation, sous forme de colonies de 1 à 3 mm de diamètre, lisses, hémolytiques, de
couleur blanc cassé à jaune doré.
La stratégie d’identification de S. aureus nécessite d’utiliser au moins deux tests parmi la
cogulase, les tests d’agglutination, l’identification biochimique et la spectrométrie de masse
(MALDI-TOF). La spectrométrie de masse (MALDI-TOF) permet d’obtenir très rapidement
une identification de l’espèce des staphylocoques.

4.2- Biologie moléculaire

Les techniques de biologie moléculaire permettent à partir d’un flacon d’hémoculture positif
de réaliser des amplifications géniques permettant en moins de 2 heures de confirmer la
présence d’un staphylocoque, de l’identifier comme S. aureus ou SCN et de rechercher un
gène de résistance à la méticilline.

4.3- Méthode de typage de S. aureus

Plusieurs techniques sont utilisées, fondées sur l’amplification et/ou le séquençage.

5. Traitement

Le traitement des infections staphylococciques repose sur l’antibiothérapie. Le choix de

l’antibiothérapie repose sur trois critères principaux : le site de l’infection, les signes de
gravité et la sensibilité de la souche aux antibiotiques.
La sensibilité aux antibiotiques est à déterminer de manière systématique lorsqu’une souche
est isolée d’un prélèvement et considérée comme pathogène afin d’adapter l’antibiothérapie.
En effet, les staphylocoques sont capables d’acquérir de nombreux mécanismes de
résistance aux antibiotiques. L’introduction en 1960 des pénicillines M résistantes aux
pénicillinases fut suivie de l’émergence dès 1961 de souches de S. aureus résistantes à la
méticilline (SARM) apparues d’abord en milieu hospitalier, puis disséminées dans le monde
entier.

Actuellement, l’antibiothérapie anti-staphylococcique repose sur les pénicillines M (oxacilline,

cloxacilline) en cas de sensibilité à la méticilline (méti-S) et les glycopeptides (vancomycine,
teicoplanine) en cas de résistance à la méticilline (méti-R).
La résistance à la méticilline doit, en l’absence d’antibiogramme et, s’il y a un facteur de
risque de méticillinorésistance, faire prescrire une glycopeptide. Les facteurs de risque d’une
résistance à la méticilline sont un antécédent de portage ou d’infection par un staphylocoque
résistant à la méticilline, une hospitalisation ou une antibiothérapie récente, une dialyse
chronique, une vie en institution.
Le traitement doit être ensuite adapté à l’antibiogramme selon la concentration minimale
inhibitrice (CMI).

De nouveaux antibiotiques anti-staphylococciques ont été développés ces dernières

décennies en alternative aux traitements de référence.

Les associations d’antibiotiques anti-staphylococciques sont utilisées en présence de signes

de gravité (instabilité hémodynamique, suspicion de foyer infectieux à fort inoculum ou dans
lequel la diffusion des antibiotiques est limitée, telle une endocardite, une pneumonie, une

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infection ostéo-articulaire, une infection méningée). L’adjonction d’un aminoside

(gentamycine) à une pénicilline M ou à un glycopeptide est alors nécessaire.

Tableau - Posologie des principaux antibiotiques utilisés dans les infections

staphylococciques *

Classe Molécule Posologie enfant j Posologie adulte

Pénicillines M Oxacilline, cloxacilline 100 à 150 mg/kg/j 35 à 200 mg/kg/j

Glycopeptide Vancomycine 25 à 30 mg/kg/j 30 à 60 mg/kg/j

Teicoplanine 10 mg/kg après 3 doses de 6 à 12 mg :kg :j après 3 à 8

10 à 12 mg/kg à 12 heures doses de charge de 6 à 12
d’intervalle. mg/kg à 12 heures
d’intervalle.

Aminoside Gentamicine 3 mg/kg/j 3 à 8 mg/kg/j

* fonction rénale normale

Les associations d’antibiotiques anti-staphylococciques ont pour principaux buts

d’augmenter la bactéricidie et de diminuer le risque de mutants résistants. Elles nécessitent
l’administration intraveineuse.

Parmi les autres antibiotiques :

- les rifamycines : la rifampicine est particulièrement utile dans les infections sur matériel, la
rifabutine à une action antistaphylococcique in vitro identique à la rifampicine avec une
meilleure tolérance.
- les oxazolidinones : le linézolide est une alternative intéressante dans la pneumonie
nosocomiale et en cas de résistances multiples, mais son utilisation au long cours est limitée
du fait de sa toxicité ; la tédizolide a une meilleure tolérance hématologique et l’absence de
toxixité neurologique et de risque d’acidose lactique, y compris pour les traitements
prolongés.
- les lipoglycopeptides : dalbavancine, oritavancine, de structure proche de la vancomycine.
- la daptomycine, un lipopeptide, alternative à la vancomycine dans les bactériémies et les
endocardites et les infections ostéo-articulaires. Elle peut être utilisée en association avec un
aminoside ou la rifampicine.
- la ceftobiprole est une cépholosporine ayant une activité bactéricide contre les souches de
staphylocoque doré sensibles et résistantes à la méthicilline. Elle est efficace dans le
traitement de pneumopathies et des infections cutanées aiguës à S. aureus. Une étude
récente a montré la non-infériorité de la ceftobiprole par rapport à la daptomycine dans le
traitement de la bactériémie à S. aureus compliquée, ouvrant la voie à une nouvelle option
thérapeutique.

Il n’y a toujours pas de consensus sur la gestion des bactériémies à S. aureus dans le
monde.

D’autres antibiotiques à activité antistaphylococcique, plus anciens peuvent être utilisés :

fluoroquinolones, clindamycine, aminosides (gentamycine, nétilmicine), fosfomycine, acide
fudidique, cotrimoxazole, cyclines (tétracyclines, glycylcyclines, fluorocyclines.

Tout foyer primitif doit être éradiqué (ablation matériel, cathéter…).

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Des recommandations de bonne pratique pour la prise en charge des infections

staphylococciques selon les situations cliniques sont régulièrement éditées et doivent être
appliquées selon les possibilités locales. Actuellement, la morbi-mortalité associée aux
infections sévères à staphylocoques reste élevée et leur prise en charge nécessite une
démarche diagnostique et thérapeutique rapide et rigoureuse.

6- Prévention

Les mesures d’hygiène sont primordiales pour éviter la transmission des souches
multirésistantes de S. aureus.
L’utilisation raisonnée des antibiotiques en médecine de ville et à l’hôpital est fondamentale,
afin de prévenir l’apparition de souches de staphylocoques résistantes.
Le dépistage du portage de SARM est réalisé par prélèvement nasal et au moins un
prélèvement sur un autre site (lésions cutanées). Il est recommandé à l’admission et
régulièrement au cours de l’hospitalisation en service de Réanimation ; chez les patients à
haut risque, à l’admission dans les services de Médecine, Chirurgie ou Obstétrique en
situation d’épidémie récente ou installée chez les patients à risque de portage de SARM; à
l’admission en soins de suite réadaptation en cas d’épidémie récente.
L’éradication du portage de SARM repose sur une décontamination nasale et corporelle.

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