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INSTITUT SUPERIEUR DEGESTION DE MATADI

« ISG/MATADI »

COURS DE BACTERIOLOGIE
SYSTEMATIQUE

HUGO TAZI
LICENCIE EN BIOLOGIE MEDICALE

Téléphone
+243 896241795

Appartenant à l’étudiant (e) :…………………

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PLAN DU COURS

INTRODUCTION

CHAPITRE I.COCCI A GRAM POSITIFS

CHAPITRE II: LES COCCI A GRAM NEGATIFS

CHAPITRE III.BACILLES A GRAM POSITIF NON SPORULES

CHAPITRE. IV.LES BACILLES A GRAM POSITIFS SPORULES

AEROBIES

CHAPITRE.V. LES ENTEROBACTERIES ET AUTRES BACILLES A

GRAM NEGAGATFS NON EXIGEANTS

CHAPITRE .VI. MYCOBACTERIES

CHAPITRE VII. LES BACILLES A GRAM NEGATIF HEMOPHILES OU

EXIGEANTS

CHAPITRE. VIII : LA FLORE MICROBIENNE NORMALE DE

L’ORGANISME

CHAPITRE : IX LES SPIROCHETES

CHAPITTRE X : LES RICKETTSIA ET BACTERIES VOISINES

CHAPITRE XI : LA CHLAMYDIA
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INTRODUCTION

La bactériologie systématique est une spécialité alliant clinique et

biologie. Il s’agit d’un vaste domaine de connaissance fondamentale qui
traite des infections bactériennes ,famille ,genre ,espèces et méthodes
de diagnostic en bactériologie , mais aussi un domaine de recherche très
stimulante, avec des avancées fréquentes et développement de nouvelle
mutation de souche qui est de la résistance.

L’enseignement de bactériologie est abordé ici sous ses aspects

fondamentaux et appliqués, et dont les objectifs consistent à fournir, au
futur biologiste médical, les notions de base et les connaissances utiles
pour toutes les sollicitations professionnelles variées auxquelles il pourra
avoir à répondre.

Il s’agit notamment, tout en ayant une vue d’ensemble des maladies

bactériennes, de comprendre la spécifié des méthodes diagnostiques et
leur rôle dans la prise en charge de la dite maladie ; d’appréhender les
bases sur les techniques de l’antibiogramme, qui fera le biologiste à être
l’interlocuteur privilégié des prescripteurs.

Prérequis

Pour ce cours, l’étudiant doit avoir les connaissances de science acquise

dans sa formation antérieure comme : la microbiologie générale I et une
bactériologie générale.

Objectifs des cours magistraux

A la fin de cet enseignement, l’apprenant doit acquis les connaissances

de base scientifiques théoriques, et biologiques sur le plan
technologique en bactériologie lui permettant d’appréhender l’étude
pratique nécessaire au diagnostic.

Compétences biologiques

A la fin de ce cours, l’étudiant sera capable de :

 Décrire les familles de bactéries, genre et espèces ;

 Maitriser les caractères bactériologiques et le pouvoir pathogène ;
 Décrire le démarche diagnostic d’une infection bactérienne ;
 Réaliser et interpréter les techniques diagnostiques ;
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 Valider les résultats d’analyse de bactériologie ;

 Assurer et contrôle la qualité des analyses d’un service de la
bactériologie.
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CHAPITRE I.COCCI A GRAM POSITIFS

I.1.STAPHYLOCOCCUS.

Ce genre appartient à la famille de Micrococaceae dont deux ont été

retenus:Micrococcus et Staphylococcus.

I.1.1.Définition.

Les bactéries du genre Staphylococcus sont des coques (cocci) à Gram

positif, groupés en amas ou isolé ayant la forme de grappes de raisin,
immobiles, non sporulés, catalase positive et oxydase négative. Parmi
les 27 espèces du genre actuellement répertoriées, les principales sont
Staphylococcus aureus, S.epidermidis et S.saprophyticus. L'espèce
S.aureus sera prise comme type de description.

I.1.2.Habitat

S.aureus est un commensal de la peau et des muqueuses de l’homme et

des animaux (rhino-pharynx, intestin). On le trouve sur la muqueuse
nasale d’un tiers environ des sujets normaux. Eliminé dans le milieu
extérieur, cette bactérie peut survivre longtemps dans l’environnement
(air, sol, eau).

I.1.3.Pouvoir pathogène

 Germe pyogène par excellence, S.aureus est le microbe de la

suppuration.
 Certaines souches agissent aussi par libération d'une ou de
plusieurs toxines (intoxication alimentaire, syndrome de choc
toxique chez les femmes pendant la menstruation en utilisation des
linges humide, suppurations de la plaie impétigo).

I.1.4.EPIDEMIOLOGIE.

Le Staphylocoque est ubiquitaire dans la population en général et ne

donne pas lieu à des manifestations épidémique. En milieu hospitalier
toute fois ,la résistance du germe dans la l’environnement ,le grand
nombre de malades réceptif et la sélection de souche résistantes aux
antibiotiques ont favorisé l’apparition de souche hospitalier qui peuvent
se transmettre de manière épidémique d’un malade à l’autre .Avec
certain bacilles Gram négatif ,le staphylocoque est l’ un des agents
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principaux d’infection hospitalier. La fréquence et la gravité des

infections à Staphylocoques sont liées à trois principaux facteurs:

1. le caractère ubiquitaire du germe,

2. l'abaissement des défenses locales et générales des malades soumis

à des soins intensifs, des interventions chirurgicales graves, etc.,

3. et la fréquente résistance aux antibiotiques du Staphylocoque,

notamment du Staphylocoque hospitalier.

 Infections Staphylococciques

• Formes cutanées: atteinte plus ou moins sévère des follicules pilo-

sébacés (folliculite, furoncle, anthrax), atteinte péri-onguéale (onyxis,
perionyxis, atteinte du tissu sous-cutané (panaris, phlegmons). Certaines
formes superficielles (impétigo) peuvent se compliquer de lésions
bulleuses graves lorsque la souche de staphylocoque est productrice
d'exfoliatine.

• Formes muqueuses: otites, sinusites, mastoïdites, conjonctivites.

• Formes généralisées:

1. Septicémie succédant à un foyer initial cutanéo-muqueux: diffusion

par atteinte des veines (séquence: phlébite, caillot, embole septique en
rapport respectivement avec action de la coagulase, de la fibrinolysine et
de l'hyaluronidase). On l'observe principalement chez les sujets ayant
des défenses immunitaires affaiblies, traumatisés, sujets soumis à une
intervention chirurgicale grave, sujets en unité de soins intensifs,
diabétiques, etc..., sujets âgés, nourrissons).

2. Formes intestinales: soit intoxication alimentaire par absorption de

toxine préformée dans des aliments contaminés par un Staphylocoque
producteur d'entérotoxines, soit entérocolite aiguë pseudomembraneuse
à staphylocoque, consécutive à une antibiothérapie polyvalente massive
et prolongée ayant sélectionné une souche entérotoxique.

3. Syndrome de choc toxique décrit une desquamation des paumes et

des plantes une à deux semaines après le début de la maladie et une
atteinte pluriviscérale (digestive, musculaire, muqueuse, rénale,
hépatique, neurologique, hématologique). Fait important, les
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hémocultures sont négatives tandis que les prélèvements locaux

permettent de cultiver S.aureus. La majorité des cas publiés sont
associés à l'usage de tampons vaginaux périodiques particuliers, retirés
mamintenant du marché

I.1.5. Caractères bactériologique

S aureus est un Cocci à Gram positif, isolés ou groupés en diplocoques

ou en amas ayant la forme de grappes de raisin, de 0,8 à 1µ de
diamètre. La grande majorité des souches sont capsulées, mais les
souches peuvent perdre leur capsule par culture.

I.1.5.1Caractères Culturaux

Comme tous les germes très répandus dans la nature, S.aureus cultive
facilement sur les milieux usuels, à des conditions de pH et de
température variables. Il est même capable de pousser dans des
conditions hostiles, par exemple en présence de 7% de ClNa. Ce
caractère est mis à profit dans le milieu de culture sélectif hyper salé de
CHAPMAN pour isoler le Staphylocoque d'un prélèvement poly
microbien.

 En bouillon

S.aureus donne un trouble uniforme en quelques heures.

 Sur gélose ordinaire.

Les colonies sont lisses, rondes, bombées, brillantes, opaques, de 1mm

de diamètre. Elles se pigmentent habituellement en jaune doré (aureus),
parfois en jaune citron, et parfois sont non pigmentées.

En gélose profonde.

S.aureus pousse dans la zone d'aérobiose et dans la zone

d'anaérobiose. C'est donc une bactérie aérobie-anaérobie facultative,
capable de se multiplier à la surface de la peau, en aérobiose et dans les
tissus mal oxygénés, plaie profonde par exemple.

I.1.5.2.Caractères biochimiques

S.aureus a un métabolisme aérobie prédominant et anaérobie facultatif.

Il est catalase positive à la différence des bactéries du genre
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Streptococcus qui n'ont pas de métabolisme aérobie. Il est toutefois

capable de fermenter le glucose (métabolisme anaérobie) à la différence
des microcoques. Il est habituellement capable de fermenter le mannitol.
Ce caractère est souvent, mais pas obligatoirement, associé à la
pathogénicité. La fermentation se traduit par le virage au jaune du milieu
de culture.

I.1.6.LES ENZYMES ET LES TOXINES ELABOREES PAR S.aureus

I.1.6.1.ENZYMES

 La coagulase-libre est une exo-enzyme coagulant le plasma

d'homme ou de lapin. C'est une protéine thermostable, toujours
produite par les souches de S.aureus (et non produite par
S.epidermidis et S.saprophyticus). Elle active la prothrombine en
thrombine. La thrombine ainsi activée agit sur le fibrinogène qu'elle
transforme en fibrine. C’est un facteur primordial dans le pouvoir
pathogène en coagulant le plasma autour des coques et en les
protégeant de la phagocytose; elle est à l'origine des
thrombophlébites suppurées.
 La fibrinolysine est caractéristique des souches pathogènes
humaines. En activant le plasminogène en plasmine, elle
provoque la dislocation des caillots endoveineux Staphylocoques
libère des micro-embols septiques, facteurs de septicémie et de
localisations septiques secondaires.
 Les désoxyribonucléases (ou DNAses) sont des facteurs de
destruction des noyaux cellulaires. La DNAse thermostable est
spécifique de S.aureus.

I.1.6.2.TOXINES

 Les hémolysines ont une action cytotoxique sur de nombreuses

cellules eucaryotes, notamment les globules rouges et les
plaquettes. L'hémolysine α, secrétée par la quasi-totalité des
souches de S.aureus, est mise en évidence avec des hématies de
mouton; de bœuf ou de lapin. La perméabilisation membranaire
entraîne une fuite osmotique du contenu cellulaire aboutissant à
la mort des cellules. La cytolyse de plaquettes et de monocytes
libère des cytokines et d'autres médiateurs de la réaction
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inflammatoire expliquant le choc septique des infections sévères à

S.aureus. La destruction des cellules endothéliales favorise la
dissémination des bactéries et les métastases infectieuses.
 La leucocidine est formée de 2 composés, codés par des gènes
distincts, agissant en synergie; elle agit sur les polynucléaires et
les macrophages chez lesquels elle provoque la perte de mobilité,
la dégranulation, la destruction nucléaire et la lyse cellulaire. Cette
protéine a rôle important dans la formation du pus.
 L'exfoliatine est une protéine thermostable responsable des
lésions d'érythrodermie bulleuse que l'on observe parfois au cours
des septicémies à Staphylocoques et au cours de l'impétigo.
 Les entérotoxines, dont il existe 7 sérotypes différents (A, B, C1,
C2, C3, D, E) sont des protéines thermostables responsables
d'intoxications alimentaires (diarrhée, vomissements, douleurs
abdominales, rarement un collapsus cardiaque, qui apparaissent
1 à 6 heures après l'ingestion). De 30 à 60% des souches de
S.aureus produisent une entérotoxine. Il s'agit d'une protéine
thermostable, insensible aux enzymes protéolytiques du suc
digestif. L'entérotoxine A est de loin la plus fréquente.

I.1.7. Diagnostic bactériologique

Le diagnostic bactériologique de l'infection Staphylococcique est

uniquement direct (mise en évidence de la bactérie). Il n'y a pas de
diagnostic indirect par recherche des anticorps circulants. Son isolement
dans le prélèvement concernés ne pose généralement pas de problème,
au laboratoire on cherchera la présence de coagulase pour déterminer
l’appartenance à l’espèce S.aureus et donc le caractère pathogène: pour
identifier le S.a. Il faut faire la coagulase positif et pour les autre espèces
la coagulase négatif.
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 Le diagnostic repose sur les principales étapes suivantes:

• Le prélèvement: aseptique (pour être certain que le

Staphylocoque que l'on va isoler n'est pas un simple commensal de la
peau ou des muqueuses) et avant le début du traitement antibiotique.

• L'examen microscopique d'orientation (coloration de Gram) à

la recherche de cocci réguliers, à Gram positif, groupés en amas.

• La culture sur gélose ordinaire dans la majorité des cas ou

sur milieu de culture sélectif ; milieu de CHAPMAN ou MSA (qui contient
7% de ClNa, du mannitol et un indicateur de pH) si le prélèvement est
fortement contaminé par d'autres bactéries. L'identification de la bactérie
repose sur la mise en évidence des caractères suivants: catalase
(différence avec le Streptocoque), fermentation du glucose en
anaérobiose (différence avec le microcoque), coagulase (différence avec
S.epidermidis et S.saprophyticus), DNase. Thermostable (qui signe
l'espèce S.aureus).

Le diagnostic sera toujours complété par la mesure de la

sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme) étant donné la fréquence
de la résistance de S.aureus aux bêta-lactamines (ex.: pénicilline), aux
aminosides (ex.: gentamicine) et à certains macrolides (ex.:
érythromycine), notamment chez les souches hospitalières).

I.1.8.Traitement préventif

Il est capital. Mesures d'hygiène et d'asepsie individuelle et collective (en

particulier dans les hôpitaux). Surveillance des denrées alimentaires
(crèmes glacées, pâtisseries, viandes hachées) pour éviter les
enterotoxines.
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I.2.STREPTOCOCCUS

Les Streptocoques forment un vaste genre comprennent de nombreuses

espèces d’importance. On distingue ;

 Streptocoque.α verdissent la gélose au sang par transformation de

l’hémoglobine en biliverdine Streptocoque en viridans.
 Streptocoque β qui est hémolytique et lysent les globules rouge
grâce à de hémolysine streptolysine
 Streptocoque ϒ n’ayant pas l’action sur le sang. Les plus
importants sont les Streptocoque β et α.

I.2.1.LES STREPTOCOQUES HEMOLYTIQUES

Ils sont eux même subdivisés en groupe et espèces.Les principaux sont

les groupes A et B, les groupes C et G sont moins importants,
tandisques le groupe D particulière et comporte essentiellement les
Streptocoque fécaux ou entérocoques ou Enterococcus, qui ne sont
habituellement pas hémolytique

1.1. STREPTOCOQUES HEMOLYTIQUES DU GROUPE A(Pyogène)

1.1.1Habitat

Il peut se rencontrer dans le pharynx (angine Streptococcique) d’un petit

pourcentage d’individu sains, sur la peau (érysipede, cellulite, impétigo)
mais aussi dans l’Endomètre de la femme à l’accouchement

1.1.2. POUVOIR PATHOGENE

Les Streptocoques sont, après les Staphylocoques, les bactéries

pyogènes n°2. Le plus pathogène d'entre eux est le Streptocoque bêta-
hémolytique du groupe A de LANCEFIELD, appelé Streptococcus
pyogènes, qui est responsable de la majorité des affections provoquées
par les Streptocoques. Les réactions immunologiques de l'hôte infecté
par Pyogènes sont beaucoup plus complexes que celles qui s'observent
lorsqu'il est infecté par S.aureus et peuvent conduire à la formation
d'anticorps spécifiques à un taux élevé et d'auto-anticorps.
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1.1.3. Epidémiologie des groupes A, C, G.

Les Streptocoques des groupes A, C, G qui sont bêta-hémolytiques

(large zone d'hémolyse franche autour des colonies cultivées sur gélose
au sang frais), ont un pouvoir pathogène similaire. Ils sont responsables
des affections suivantes:

 L'angine rouge ou érythémato-pultacée (de pultis = bouillie, en

latin), ou est l'affection Streptococcique la plus fréquente: elle
s'accompagne classiquement de fièvre à 39-40°C, de dysphagie
par inflammation amygdalienne et périamygdalienne, d'une
adénopathie satellite, de céphalées et d'asthénie.
 D'autres infections aiguës : cutanées, muqueuses ou
septicémiques. Les unes sont locales, comme l'impétigo (enfant:
lésions au niveau du visage et des mains de type vésiculo-
pustulaire, puis crouteuses, de contagiosité++), l'érysipèle (placard
rouge surélevé, limité par un bourrelet + signes généraux), ou
encore sur les infections des plaies et brûlures.
 Les bactériémies sont souvent secondaires à une infection locale.
C'est le cas de la fièvre puerpérale qui fait suite à une infection
génitale du post partum.
 La scarlatine associe une angine et la diffusion à partir du foyer
angineux d'une toxine érythrogène secrétée par le Streptocoque.
 Des syndromes de choc toxique avec défaillance viscérale
multiple, identique à celui observé parfois avec S.aureus.
 Des affections auto-immunes, conséquences d'infections à
Streptocoque A. C'est le cas du rhumatisme articulaire aigu
(R.A.A.), de la néphrite post-Streptococcique, de la chorée de
SYDENHAM (contractions musculaires, involontaires, persistant
pendant le repos.
 Maladies provoquées par les autres Streptocoques

a. Il peut s'agir d’infections aiguës:

• génitales, qui peuvent se compliquer de fièvre puerpérale, provoquées

par les Streptocoques du groupe B,

• néonatales sévères: septicémies, méningite due au Streptocoque du

groupeB.
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b. Il peut s'agir d'infections subaiguës dont la plus classique et la plus

grave est l'endocardite lente d'OSLER. Celle-ci est due à la greffe, sur un
endocarde préalablement lésé (anomalie congénitale, séquelle de
cardite rhumatismale, etc...) d'un Streptocoque non groupable comme
S.sanguis ou S.mitis fréquemment isolé de la plaque dentaire et du sillon
gingival, d'un streptocoque du groupe D (S.bovis), d'origine intestinale
(notamment en cas de cancer colique), ou d'un Entérocoque.

1.1.4. Etudes bactériologiques

Les Streptocoques sont des cocci de taille et de forme irrégulières, à

Gram positif, groupés en chaînettes plus ou moins longues et
flexueuses, immobiles, acapsulés, asporulés.

1.1.4.1. Caractères Culturaux

Les Streptocoques sont des germes exigeants qui ne poussent donc pas
sur les milieux de culture ordinaires. Ceux-ci doivent être additionnés de
sérum ou de sang frais.

En bouillon les Streptocoques poussent en donnant des un dépôt au

fond du tube dû aux longues chainettes et évoquant de la mie de pain.
Sur gélose au sang ils donnent de petites colonies grisâtres,
translucides, en grain de semoule, entourées d'une zone d'hémolyse
totale (hémolyse bêta) pour les Streptocoques des groupes A, C, G,
tandis que les autres Streptocoques donnent une hémolyse partielle
(hémolyse alpha) ou pas d'hémolyse du tout.

1.1.4.2. Caractères biochimiques

Les Streptocoques sont des bactéries à métabolisme anaérobie mais

aérobie tolérants. Ils n'ont pas de catalase (enzyme respiratoire), à
l'inverse des Staphylocoques.

 Substances élaborées par streptococcus pyogènes

1. La toxine érythrogène, responsable de la scarlatine, est une exo-

enzyme. Elle n'est sécrétée que par les streptocoques des groupes A, C
ou G lysogènes, c'est-à-dire qui hébergent un bactériophage tempéré
(prophage). Les souches de streptocoques responsables de chocs
toxiques et de défaillances viscérales multiples produisent une toxine
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très proche de la toxine érythrogène et appelée (Streptococcal pyogenic

exotoxin).

 2. De nombreuses enzymes non toxiques sont sécrétées par les

Streptocoques: Les hémolysines O et S sont appelées
streptolysines. Elles sont antigéniques et donnent lieu à la
formation par l'hôte infecté d'antistreptolysines. L'anti-streptolysine
O, ou ASLO, se dose au cours des affections chroniques à
Streptocoques, notamment le R.A.A. Un taux élevé d'ASLO
témoigne d'une infection évolutive à streptocoque.
 La streptokinase (fibrinolysine) (normale = 80U/ml), la
streptodornase (qui lyse les acides nucléiques) sont également
antigéniques.

1.1.5. Diagnostic bactériologique

Le diagnostic de l'infection streptococcique peut se faire par la méthode

directe (mise en évidence du germe) et par la méthode indirecte (dosage
des anticorps).

1.1.5.1. Diagnostic direct

Après prélèvement aseptique fait avant le début du traitement

antibiotique, l'examen microscopique recherche la présence de cocci à
Gram positif, de taille irrégulière, groupés en chaînettes.

La culture est faite sur des milieux enrichis type gélose au sang. L'origine
du prélèvement et la nature de l'hémolyse sur gélose au sang orientent
le diagnostic.

 Si le prélèvement provient d'une cavité close (pus d'abcès,

liquides d'épanchement, L.C.R., urines) ou s'il s'agit d'une
hémoculture, tous les Streptocoques isolés peuvent être
pathogènes même s'ils ne sont pas bêta-hémolytiques
 S'il s'agit au contraire d'un prélèvement de gorge (angine), seuls
les Streptocoques bêta-hémolytiques doivent être pris en
considération. En plus il faut vérifier qu'ils appartiennent bien au
groupes A, C ou G car certains Streptocoques commensaux (B ou
D) peuvent être bêta-hémolytiques.
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 En cas de méningite néonatale, la contre-immunoélectrophorèse

ou l'agglutination de particules de latex portant des anticorps anti
Streptocoques B permet parfois d'identifier la présence d'antigène
dans le LCR. L'antibiogramme, notamment l'étude de la sensibilité
à la pénicilline et à l'érythromycine, viendra toujours compléter le
diagnostic direct.

1.1.5.2. Diagnostic indirect

Il repose sur le dosage dans le sérum (sérodiagnostic) des anticorps

contre les enzymes du streptocoque. L'anticorps le plus souvent
recherché est l'antistreptolysine O (ASLO) dont le taux normal est
inférieur ou égal à 200 unités/ml.

1.1.6. Traitement

1.1.6.1. Traitement curatif

Les Streptocoques des groupes A, C et G sont extrêmement sensibles à

la pénicilline et à l'érythromycine qui sont donc les antibiotiques à choisir
pour le traitement des infections qu'ils provoquent.

1.1.6.2. Traitement préventif

Rôle de l'hygiène des mains des médecins dans la prévention de la

fièvre puerpérale.
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I.3.Les entérocoques

Les entérocoques sont des cocci à Gram positif, disposés en

diplocoques, commensaux du tube digestif.

Ils sont responsables d'infections urinaires et d'endocardites. Les plus

fréquemment isolés sont Enterococcus faecalis et à un moindre degré
Enterococcus faecium. Les entérocoques poussent sur milieu ordinaire,
sur milieu hostile (NaCl 6,5%, bile) et appartiennent au groupe D de
Lancefield.

Ils sont bien moins sensibles aux antibiotiques que les autres
Streptocoques et en 1986 les premières souches d'Entérocoques
résistant aux glycopeptides (vancomycine, téicoplanine) ont été isolés.

Le pneumocoque

I.3.1 Définition

Le pneumocoque, Streptococcus pneumoniae, est un diplocoque à

Gram positif, encapsulé, ayant les propriétés métaboliques des bactéries
du genre Streptococcus.

I.3.2. Habitat

Le pneumocoque est un hôte normal (commensal) de l'arbre respiratoire

supérieur (rhino-pharynx) de l'homme. On le trouve d'autant plus souvent
que le sujet est jeune (40% de portage chez les enfants fréquentant les
crèches).

I.3.3.Pouvoir pathogène naturel

A l'occasion d'une baisse de l'immunité générale ou locale, provoquée

par des anomalies du tractus respiratoire, des intoxications (alcool), des
troubles circulatoires, la malnutrition, la splénectomie, etc…, le
pneumocoque peut se multiplier activement dans l'arbre respiratoire. Il
va provoquer:

 Des affections loco-régionales : bronchites, trachéobronchites,

sinusites, otites, conjonctivites, pneumonies franches lobaires
aiguës (accompagnées dans 15 à 25% des cas de bactériémie),
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pleurésies. Les pneumonies à pneumocoque représentent 60 à

80% de toutes les pneumonies bactériennes.
 Des affections à distance : péricardites, méningites, péritonites,
arthrites. Un caractère important des infections à pneumocoque
est à retenir: la fréquence des réactions fibrineuses génératrices
de cloisonnements (par exemple pleuraux ou méningés) qui, eux-
mêmes, aggravent le pronostic.

I.3.4. Etude bactériologique

Les pneumocoques apparaissent comme des cocci à Gram positif, en

flamme de bougie, encapsulés, groupés par paire (diplocoque), parfois
en courtes chaînettes.

 Caractères Culturaux

La culture du pneumocoque est aussi difficile que celle des

Streptocoques. Sur gélose au sang en anaérobiose ou sous CO2, le
pneumocoque donne des colonies lisses, transparentes, en goutte de
rosée, entourées d'une zone d'hémolyse partielle (alpha). Par
repiquages successifs, les colonies deviennent rugueuses et
correspondent à des pneumocoques ayant perdu leur capsule.

 Caractères biochimiques

Comme tous les streptocoques, le pneumocoque est un germe à

métabolisme anaérobie mais aérobie tolérant. Il n'a pas de catalase.
L'adjonction de tensio-actifs (bile, sels biliaires) à une culture de
pneumocoque en bouillon entraîne la lyse des capsules du
pneumocoque et l'éclaircissement immédiat du bouillon (phénomène de
NEUFELD). A l'inverse des streptocoques, le pneumocoque est sensible
à un sel de cuivre, l'éthyl-hydrocupréine (optochine). Cette propriété est
utilisée pour l'identification du pneumocoque au laboratoire.

I.3.5.Diagnostic bactériologique

Il n'y a pas de diagnostic sérologique des infections à pneumocoque. Le

diagnostic bactériologique repose donc sur la mise en évidence du
pneumocoque dans les lésions. Il est relativement aisé lorsque l'infection
pneumococcique est une méningite, une pleurésie ou encore lorsque la
pneumonie s'accompagne d'une bactériémie. En raison de la présence
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normale de S.pneumoniae dans la flore normale du rhino-pharynx,

l'analyse bactériologique des crachats n'est pas un moyen fiable de faire
le diagnostic d'une pneumonie à pneumocoques. Chez environ 50% des
sujets ayant une pneumonie à pneumocoque prouvée par hémoculture,
les crachats ne permettent pas l'isolement du pneumocoque et, à
l'inverse, chez 50% de sujets pour lesquels le pneumocoque est isolé
des crachats il n'existe pas de pneumonie. Le prélèvement des
sécrétions bronchiques doit être fait dans de bonnes conditions (brosses
protégées). Dans tous les cas, les prélèvements doivent être effectués
avant tout traitement antibiotique (Sang, L.C.R., liquide pleural,
sécrétions bronchiques etc…). Le diagnostic de pneumocoque repose
sur la présence :

 A l'examen microscopique, de diplocoques à Gram positif

encapsulés et de nombreux polynucléaires altérés, s'il s'agit d'un
liquide de séreuse infectée, d'un abcès, etc...
 À la culture sur gélose au sang, de colonies en goutte de rosée,
alpha-hémolytiques, sensibles à l'optochine. L'identification peut, si
nécessaire, être complétée par la lyse par la bile ou les sels
biliaires d'une culture en bouillon et le sérotypage. On complètera
l'isolement et l'identification du pneumocoque par un
antibiogramme, en raison de l'apparition de souches de
pneumocoques résistantes aux antibiotiques. L'étude de la
sensibilité à la pénicilline G monte que 40% des souches sont de
sensibilité diminuée ou résistantes à la pénicilline G. Il faut noter
toutefois que le pourcentage de souches résistantes varie en
fonction de l'âge du patient.

I.3.6. Traitement

 Avant l'ère des antibiotiques, la sérothérapie par des sérums

spécifiques antipolysaccharide capsulaire était le seul moyen de
traiter les sujets infectés.
 L'antibiotique de choix reste la pénicilline, malgré l'apparition de
souches fortement résistantes à cet antibiotique
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CHAPITRE II: LES COCCI A GRAM NEGATIFS

II.1. Les Neisseriae

Les Neisseriae sont des cocci à Gram négatif, en diplocoques, aérobies

stricts, oxydase positive.

Certains sont des commensaux des cavités naturelles, tandis que deux
espèces Neisseriae méningitidis et Neisseria gonorrhoeae sont
pathogènes.

II.1.Niesséria méningitidis

C’est l'agent de la méningite cérébro-spinale, le méningocoque qui est

un parasite strict de l’espèce humaine. L e rhino-pharynx est la porte
d’entrée du germe dans l’organisme.

II.1.1. Epidémiologie

Chez certains sujets, notamment les sujets jeunes vivant en collectivité,

le méningocoque se multiplie et provoque une rhino-pharyngite
contagieuse, épidémique ou sporadique. Celle-ci survient surtout en
période hivernale et printanière. Dans un pourcentage très faible des cas
(1%), il peut passer dans le courant sanguin, entraîner une bactériémie
(méningococcémie) avec fièvre et rash hémorragique (pétéchies,
purpura).

II.1.2.Pouvoir pathogène

La méningite est la complication la plus fréquente de la

méningococcémie. Elle apparaît brutalement et entraîne des céphalées,
des vomissements et une raideur de la nuque et non traitée, évolue vers
le coma en quelques heures.

II.1.3.Etude bactériologique

Les méningocoques apparaissent comme des cocci réniformes, à Gram

négatif, habituellement groupés en diplocoques. Dans les produits
pathologiques (culot de centrifugation du liquide céphalo-rachidien), ils
sont souvent peu nombreux et situés à l'intérieur ou à l'extérieur des
polynucléaires (méningite habituellement purulente, avec LCR comme
eau de riz).
 20

II.1.4.Caractères Culturaux

 Le méningocoque est un germe moins fragile que le gonocoque.

Les échantillons de produit pathologique susceptibles de contenir
des méningocoques doivent cependant être ensemencés le plus
rapidement possible sur un milieu de culture approprié.
 Le méningocoque ne pousse pas ou mal sur les milieux de culture
usuels et à 22ºC (différence avec les Neisseria commensales). Il
pousse bien sur gélose au sang cuit (gélose chocolat), incubée à
36ºC, en atmosphère enrichie de 5% de CO2 (le procédé de la
bougie permet d'obtenir une concentration en CO2 de 3 à10%).
L'humidité favorise la croissance.
 Les cultures sont positives en 18 heures et donnent des colonies
grisâtres, opaques, à surface lisse et humide. Les formes
capsulées forment des colonies mucoïdes.
 Caractères biochimiques

Le méningocoque est un aérobie strict, oxydase positive, capable

d'utiliser le glucose et le maltose (à la différence du gonocoque).

 Structure chimique et antigénique

 La paroi du méningocoque, et des Neisseria en général, a une
structure voisine de celle des bacilles à Gram négatif. Elle contient
un lipo-polysaccharide (LPS) ou endotoxine qui a un pouvoir létal.
 Des polysaccharides capsulaires permettent de classer par
agglutination les méningocoques en groupes sérologiques: A, B, C,
D, XYZ, 29E et W135. Les méningocoques du groupe A sont le
plus fréquemment rencontrés au cours des épidémies en Afrique
 Seuls les polysaccharides des méningocoques des groupes A et C
donnent naissance à des anticorps immunisants.
 21

II.1.5. Diagnostic bactériologique

En pratique, le diagnostic de l’infection méningococcique est un

diagnostic direct. Prélèvements Le méningocoque se recherche dans le
liquide céphalo-rachidien (ponction lombaire), dans le sang
(hémoculture), dans les lésions purpuriques (ponction-aspiration) et dans
les prélèvements de gorge (chez les sujets contacts). Etant donné la
fragilité du germe, les prélèvements doivent être ensemencés le plus
rapidement possible à cause de la vitalité réduite de germe.

L'examen microscopique notamment celui du L.C.R., permet de noter

l'importance de la réaction cellulaire (habituellement intense) et de
mettre en évidence des diplocoques a grain de café à Gram négatif, en
général peu nombreux à l'intérieur et à l'extérieur des polynucléaires.

La culture à partir du sang, du L.C.R. et des lésions purpuriques se fait

sur des milieux enrichis spécifiques (gélose chocolat) ou non spécifiques
(bouillon pour hémoculture).

La culture à partir des prélèvements de gorge doit se faire sur des

milieux enrichis et sélectifs pour inhiber la croissance des bactéries
commensales de la bouche et ne permettre que la culture des
Neisseria.Toute fois utilisation du milieu sélectif de thayer Martin a rendu
cet isolement plus aisé (m.VCN Colimiccine, amphotéricine…)

II.1.6. Traitement

 Traitement curatif

Le traitement curatif des méningococcies repose sur l'administration, le

plus précocement possible, d'antibiotiques: par exemple 30 millions
d'unités de pénicilline par 24 heures chez l'adulte, en perfusion
intraveineuse continue, pendant 10 jours; ampicilline.

II.2. Neisseria gonorrhoeae

Le gonocoque ou N. gonorrhées, a été découvert par NEISSER en 1879

dans le pus de blennorragie. Il diffère du méningocoque par l'absence
d'utilisation du maltose, l'absence d'alpha-glutamyl-transférase et par sa
constitution antigénique.
 22

II.2.1.Habitat

Le gonocoque est l’agent d’une des plus répandues parmi les maladies
sexuellement transmissibles, un parasite strict de l'espèce humaine.

II.2.2. Pouvoir pathogène

Le gonocoque est l'agent d'une des maladies vénériennes ou maladies

sexuellement transmissibles (M.S.T.) les plus répandues, la blennorragie
ou gonococcie. Sa transmission est principalement le fait des sujets
(femmes et hommes) porteurs asymptomatiques de gonocoques.

Chez l'homme le risque de contamination après un rapport sexuel avec

une partenaire infectée est de 35% en moyenne. La maladie apparaît
brutalement 2 à 5 jours plus tard et se traduit le plus souvent par une
affection aiguë : urétrite avec écoulement purulent et brûlures vives à la
miction (chaude-pisse).

Chez la femme infectée est de 75 à 90%. L'infection est le plus souvent

peu ou pas symptomatique. Elle se traduit par une cervicite
(inflammation de col), une le risque de contamination après un rapport
sexuel avec un partenaire bartholinite, et peut donner lieu à un
écoulement purulent. L'infection peut s'étendre et provoquer une
salpingite (inf. du Tromp) ; (avec risque d'oblitération secondaire et de
stérilité), une pelvipéritonite.

II.2.3 Etude bactériologique

Comme les méningocoques, les gonocoques sont des cocci réniformes

à Gram négatif, habituellement groupés en diplocoques. Dans les
produits pathologiques (pus urétral), les gonocoques apparaissent
classiquement en amas plus ou moins importants à l'intérieur de
polynucléaires altérés.

 Caractères Culturaux

Les gonocoques sont des germes fragiles (très sensibles à la

dessiccation) et exigeants. Au sortir de l'organisme, on les cultive à 36ºC
sur gélose chocolat, enrichie de supplément vitaminique et additionnée
d'un mélange d'antibiotiques (vancomycine, colistine et nystatine ou
V.C.N.) pour inhiber la croissance des bactéries commensales. Une
atmosphère humide, enrichie de CO2 (5-10%) est indispensable pour la
 23

croissance. Les colonies, plus petites que celles des méningocoques,

apparaissent en 18h habituellement mais parfois en 48h.

 Caractères biochimiques

Le gonocoque est aérobie strict, oxydase positif, glucose positif mais

maltose négatif (différence avec le méningocoque). Les souches
responsables des gonococcies asymptomatiques et disséminées sont
auxotrophes à l'égard de l'arginine, l'hypo xanthine et l'uracile.

II.2.4. Structure chimique et antigénique

Il faut distinguer:

 L'endotoxine de la paroi, de nature glucido-lipido-polypeptidique,

similaire à celle de toutes les bactéries à Gram négatif.
 Des polysaccharides capsulaires à partir desquels on n'a pas
encore réussi à préparer un vaccin comme à partir des
polysaccharides des méningocoques A et C.
 Des antigènes protéiques de surface, génétiquement
indépendants des pili, qui protègeraient les gonocoques virulents
de la phagocyctose et de l'action bactéricide des IgA sécrétoires.

II.2.5. Diagnostic bactériologique

 Diagnostic direct

a. Les prélèvements doivent être faits au laboratoire, le matin avant

émission d'urine ou toilette génito-urinaire. On prélèvera le pus et les
sécrétions à partir de l'urètre, col, prostate, muqueuse rectale, pharynx
et, éventuellement, le liquide synovial et le sang.

b. L'examen microscopique, après coloration de Gram, est fondamental

car la mise en évidence de nombreux diplocoques à Gram négatif à
l'intérieur des polynucléaires altérés permet le diagnostic à la phase
aiguë de la maladie (urétrite purulente).

c. La culture est faite immédiatement après le prélèvement, sur milieu

riche et sélectif: gélose chocolat + supplément vitaminique + V.C.N. à
36ºC + 5-10% CO2 + humidité. Elle seule permet un diagnostic de
certitude et de faire ensuite un antibiogramme.
 24

II.2.6. Traitement

 Traitement préventif

Le traitement préventif repose sur le dépistage et traitement des

malades et leurs partenaires.

II.3.Les Nesseria commensal et Branhamella.

Branhamella catarrhales, très similaire aux especes de nesseria est

également commensal de la bouche. Il peut toutefois être l’agent de
bronchite purulent provoque des surinfections broncho pulmonaire chez
des maladies immuno déprimé dans ce cas les souches sont
generalement produictrices des B lactamases et résistantes aux
pénicillines.
 25

CHAPITRE III.BACILLES A GRAM POSITIF NON SPORULES

III.1. Corynebactérium

Les corynébactéries sont des bacilles à Gram positif, immobiles et

asporulés, souvent granuleux et à extrémités élargies. Leur groupement
en palissades ou en lettres de l'alphabet est souvent caractéristique.

De nombreuses espèces font partie de la flore normale de l'arbre

respiratoire, des autres muqueuses et de la peau. Corynebacterium
diphteriae sécrète une toxine qui est responsable de la diphtérie.

III.2.C.DIPHTERIA

III.2.1.Habitat

Corynebacterium diphteriae est un parasite strict de l'espèce humaine. Il

se transmet directement d'individu à individu par voie respiratoire. Les
agents de contamination sont les malades ou les porteurs sains.

III.2.2.Physiopathologie

Chez les sujets réceptifs, C.diphteriae agent humain se multiplie sur les
muqueuses respiratoires (habituellement rhinopharynx, parfois du larynx)
et commence à secréter de la toxine. Les complications peut entrainer
talques; le croup : extension des fausses membranes au larynx et
construction de la glotte entrainant la mort au asphyxie. La toxine peut
aussi entrainer des lésions neurologiques qui se traduisent par des
paralysies du voile du palais, des muscles oculaires et des extrémités.

Les signes de toxicité apparaissent rapidement et conduisent à la

prostration qui peut être accompagnés de dyspnée liée à l'obstruction
des voies aériennes supérieures (larynx et trachée) par la fausse
membrane (croup).

III.2.3.Etudes Bactériologie

Bacille à Gram positif, immobile, sans spore ni capsule. La coloration

met en évidence des granulations métachromatiques, de siège polaire
(lugol).
 26

III.2.4.Caractères Culturaux

Corynebacterium diphteriae pousse sur la majorité des milieux de culture

usuels. Mais la culture est favorisée par la présence de sang ou de
sérum. Sur le milieu de LOEFFLER, au sérum coagulé, il pousse plus
rapidement que les autres bactéries en donnant de petites colonies
grisâtres granuleuses, à bord irrégulier.

 Caractères biochimiques

C.diphteriae est aérobie-anaérobie facultatif. Ses caractères

biochimiques sont sans intérêt dans la mesure où seule la production de
toxine a valeur diagnostique.

III.2.5.Structure antigénique et substances élaborées

Le seul antigène important de C.diphteriae est la toxine. Celle-ci est

commune à tous les bacilles diphtériques et donne donc naissance à un
seul type d'anticorps neutralisants. C'est une exotoxine sécrétée par
C.diphteriae durant sa phase de croissance. C'est une protéine de 535
acides aminés.

III.2.6. Diagnostic bactériologique

L'examen microscopique du prélèvement de gorge et de la fausse

membrane peut montrer des formes bacillaires granuleuses
caractéristiques.

La culture sur sérum de bœuf coagulé permettra d'isoler en 18 heures

des colonies suspectes dont il faudra montrer qu'elles sont productrices
de toxine. L'inoculation au cobaye et l'immuno-diffusion en gel (test
d'ELEK) sont les deux méthodes de choix pour révéler la production de
toxine.

III.2.7.Traitement

 Traitement curatif

Il repose principalement sur l'injection aussi précoce que possible de

sérum antitoxique purifié (de cheval habituellement). Pour limiter les
lésions cellulaires, on injecte habituellement par voie intramusculaire.
 27

Un traitement antibiotique complémentaire à base de pénicilline ou

d'érythromycine est entrepris pour arrêter la production de toxine et
éliminer C.diphteriae.

 Traitement préventif

C'est la vaccination obligatoire, par l'anatoxine purifiée, durant la

première année de la vie. Associée à la vaccination antitétanique et
anticoquelucheuse (D.T. Coq.), elle consiste en trois injections sous-
cutanées à 1 mois d'intervalle avec rappel 1 et 5 ans plus tard. Elle est
efficace à 100%.

III.3. Listéria monocytogènes

Les bactéries du genre Listeria sont des petits bacilles à Gram positif, à
extrémités arrondies, asporulés, non acido-alcoolo-résistant, mobiles à
20-25ºC. Il existe 7 espèces, mais seule l'espèce L.monocytogenes joue
un rôle en pathologie humaine.

III.3.1.Habitat

Les Listeria sont des germes ubiquitaires que l'on trouve dans le sol, sur
les plantes et dans les eaux (saprophytes). Elles sont très résistantes au
milieu extérieur (plusieurs années à +4ºC). Elles sont aussi des hôtes
des êtres vivants (portage intestinal asymptomatique de Listeria chez les
animaux et l'homme). Ce sont enfin des bactéries des aliments: Listeria
est fréquente dans les produits laitiers, lait cru ou fromage (croute).

III.3.2.Facteurs de virulence et physiopathologie

La survenue d'une infection à L.monocytogenes dépend de plusieurs
facteurs: virulence particulière de certaines souches, contamination par
un inoculum massif, état immunitaire de l'hôte. Compte-tenu du mode de
contamination alimentaire de l'homme, le site principal d'entrée de la
bactérie est l'intestin (entérocytes et plaques de Peyer). C'est une
protéine de surface de 80kD qui déclenche l'adhésion et la pénétration
dans la cellule en induisant la phagocytose (internaline). Les bactéries
se multiplient dans le cytoplasme des macrophages et des cellules
épithéliales grâce à leur facteur de virulence, la listérolysine O (les
mutants sans listérolysine ne sont pas pathogènes) qui est active à pH
acide, dans le phagolysosome.
 28

III.3.4.Pouvoir pathogène

L.monocytogenes est une bactérie opportuniste responsable par

diffusion hématogène de trois types d'infections chez l'homme:

 Listeriose de l'adulte et de l'enfant : méningites, méningo-

encéphalites, encéphalites, septicémie. La grande majorité de ces
infections se produisent chez des malades porteurs de tares
viscérales (cirrhose, cancers, etc…). La listériose de l'adulte
atteint essentiellement les personnes âgées et immunodéprimées.
 Listériose de la femme enceinte : infection bénigne pour la
femme, se traduisant souvent par une simple fièvre mais grave
pour le fœtus, pouvant provoquer un avortement, la mort in utero
ou l'accouchement prématuré.
 Listériose néonatale : septicémie, méningite secondaires à la
contamination dans les jours qui précèdent l'accouchement ou au
moment de l'accouchement.

III.3.5.Caractères bactériologiques et antigéniques

Petit bacille immobile à 37ºC, mobile à 22-25ºC, L.monocytogenes est

aérobie-anaérobie facultatif. Il pousse bien sur milieux usuels à des
températures allant de +4º à 45ºC et des pH de 5,6 à 9,6. Sa culture et
son identification au laboratoire sont faciles (hémolyse sur gélose au
sang, catalase positive, esculine positive). La présence de 15 antigènes
somatiques et 5 antigènes flagellaires permet d'individualiser 17
sérotypes

III.3.6.Diagnostic bactériologique

Il repose sur l'isolement et l'identification de la bactérie. L'intérêt du

diagnostic sérologique par séro-agglutination (taux critique 1/320) est
discuté. Prélèvements : sang, LCR, placenta, lésions diverses. Examen
microscopique et techniques de cultures habituelles.
 29

III.3.7.Traitement

Le traitement de base des infections à L.monocytogenes repose sur

l'association amoxicilline-gentamicine.

 Prophylaxie.

Dépistage précoce des infections néo natales

III.4.LACTOBACILLUS

Les lactobacillus interviennent dans les fermentations lactiques en

bactériologie alimentaire. Ils sont présents comme bactérie
commensales dans de nombreuses flores de l’organisme. C’est surtout
au niveau de la muqueuse vaginal de la femme après la puberté qu’ils
jouent un rôle physiologique important; ils sont acidophiles et contribuent
au pH bas du milieu vaginal (bacilles doderlein) ou a signalé de très
rares endocardites à Lactobacillus.

III.5.ERYSIPELOTHRIX INSIDIOSA

Le germe répandu chez de nombreuses espèces animales et

responsable du rouge chez le porc.

Cette bactérie est rare chez l’homme et peut donner forme locale avec
éruption erysipeloie ou parfois une infection septicémie chez des
personnes âgées ou affaiblies. Il peut occasionnellement être agent
endocardite. Le diagnostic se fait par hémoculture.
 30

CHAPITRE. IV.LES BACILLES A GRAM POSITIFS SPORULES

AEROBIES

Les bactéries du genre Bacillus sont des grands bacilles à Gram positif,
groupés en chaînettes. La plupart sont des saprophytes du sol, de l'eau,
de l'air et des plantes, comme Bacillus cereus et Bacillus subtilis mais
Bacillus anthracis (Bactéridie charbonneuse de PASTEUR) est le seul
pathogène du genre Bacillus.

IV.1.Bacillus anthracis

IV.1.1. Pouvoir pathogène

Le charbon est surtout une maladie des moutons, des bovidés, et des
chevaux (zoonose). L'homme n'est que rarement atteint. L'infection est
habituellement consécutive à la pénétration de spores par des blessures
de la peau et des muqueuses, plus rarement par inhalation.

Chez l'animal, la porte d'entrée est la bouche et le tube digestif. La

pénétration des spores est facilitée par l'absorption de végétaux épineux
ou irritants.

Chez l'homme, la pénétration cutanée est facilitée par les égratignures.

IV.1.2.Caractères Bactériologie

Morphologie Bacillus anthracis est un gros bacille à Gram positif , à

extrémités carrées, groupé en longues chaînettes. Il est immobile et
entouré d'une capsule. Culture Facile sur les milieux usuels. Sur gélose
au sang, les colonies sont aplaties, à bords irréguliers, à surface
rugueuse, et habituellement non hémolytiques.

Pouvoir pathogène expérimental L'injection sous-cutanée d'une culture

de B.anthracis entraine la formation d'un œdème local typique et tue la
souris et le cobaye en deux à trois jours.

IV.1.3 Diagnostic

Examen microscopique Il montre des gros bacilles immobiles, à Gram

positif, à extrémités carrées, très évocateurs.
 31

Culture sur gélose au sang et inoculation à l'animal Elles permettent

d'affirmer le diagnostic.

IV.1.4.Traitement

 Curatif De nombreux antibiotiques, notamment la pénicilline et les

cyclines, sont actifs sur B.anthracis mais le traitement doit être
commencé précocement. Le pronostic des pneumonies par
inhalation de spores reste très mauvais.
 Préventif Les carcasses d'animaux morts du charbon
contaminent le sol. Evitée le contact avec les animaux infectés,
leurs peaux, leurs poils et leurs soies est la source d'infection
pour l'homme. Le charbon est une maladie professionnelle chez
les travailleurs de la fourrure, de la laine, des peaux et des cuirs
 Bacilles anaérobies sporules
Les bacilles anaérobies sporulés appartiennent tous au genre
Clostridium. La plupart d’entre eux décomposent les protéines ou
produisent des toxines, et certaines font les deux. Leur habitat naturel
est le sol ou le tube digestif des animaux et de l’homme. La plupart des
espèces sont des saprophytes. Parmi les pathogènes, les principaux
sont les clostridia botulisme, du tétanos et de la gangrène gazeuse.

 Caractères généraux des bactéries du genre clostridium

Toutes les bactéries du genre Clostridium sont de gros bacilles à Gram

positif qui peuvent donner des spores plus larges que le diamètre des
bacilles. La plupart des espèces sont mobiles et possèdent des flagelles
péritriches. Les bactéries du genre Clostridium ne poussent qu'en
anaérobiose.

La caractéristique principale des bacilles anaérobies est non seulement

leur incapacité à utiliser l'oxygène comme accepteur final d'hydrogène
mais encore leur incapacité à se multiplier en présence d'oxygène.

IV.2. Clostridium botulinum

IV.2.1.Habitat

Clostridium botulinum est l'agent du botulisme. Est une bactérie

tellurique que l'on peut trouver occasionnellement dans l'intestin des
 32

animaux. Ses spores peuvent contaminer les légumes, les fruits et

d'autres produits. Actuellement, le principal danger réside dans les
conserves familiales, notamment de haricots verts, petits pois, les
poissons fumés, et le jambon cru.

IV.2.2.Pouvoir pathogène

C.botulinum ne provoque pas habituellement d'infection chez l'homme

bien qu'il ait été exceptionnement impliqué dans l'infection de plaies et
apparition ultérieure de botulisme. Le botulisme est une intoxication qui
résulte de l'ingestion d'aliments contaminés par des spores de
C.botulinum qui ont germé et ont produit de la toxine. L'ingestion des
aliments entraîne l'ingestion d'une quantité plus ou moins importante de
toxine.

IV.2.3.Caractères bactériologiques

 Bacille mobile, jamais isolé chez l'homme (il s'agit d'une

intoxication), parfois dans l'aliment. Il est très protéolytique et très
glucidolytique.
 La spore a une thermo-résistance élevée. Elle résiste 3 à 5 heures
au chauffage à 100ºC et il faut chauffer au moins 15 minutes à
120ºC pour la détruire (ce qui est fondamental dans l'industrie des
conserves alimentaires)

IV.2.4.Diagnostic

Le diagnostic clinique repose sur les troubles paralytiques (vision) et la

notion de contamination (parfois collective) après consommation d'un
même aliment.

Le diagnostic biologique repose sur la recherche de la toxine dans

l'aliment incriminé (méthode des souris protégées avec des immuno-
sérums spécifiques) et dans le sérum des malades. Cette recherche se
fait dans des laboratoires spécialisés.

IV.2.5.Traitement

 Préventif

Il repose surtout sur les mesures légales concernant la préparation

industrielle des conserves alimentaires et l'abattage des animaux ainsi
 33

que sur les précautions à prendre pour la préparation familiale des

conserves. Toutes les conserves suspectes doivent être jetées sinon
chauffées à 100ºC pendant au moins 10 minutes avant d'être
consommées.

IV.3.Clostridium tétani

IV.3.1.Habitat

Clostridium tétani est l'agent du tétanos, découvert en 1885 par

NICOLAIER, se retrouve partout dans le sol où il survit sous sa forme
sporulée. Commensal du tube digestif de plusieurs espèces animales
(cheval, bovins, ovins), il est éliminé par les selles et sporule sur le sol. Il
est particulièrement abondant dans les zones de pacage des animaux et
à l'emplacement des anciennes écuries.

IV.3.2.Pouvoir pathogène

Clostridium tétani n'est pas un germe invasif. L'infection reste strictement

limitée dans les tissus dévitalisés (blessure, brûlure, cordon ombilical
ligaturé, suture chirurgicale) où les spores ont été introduites. Le volume
de tissu infecté est petit, et la maladie est presque uniquement une
toxémie. La germination de la spore et la multiplication des formes
végétatives qui vont produire la toxine tétanique nécessitent:

 des tissus nécrosés, c'est-à-dire l'anaérobiose,

 présence d'un corps étranger,
 la présence de bactéries pyogènes qui doivent vraisemblablement
aider à maintenir un potentiel d'oxydoréduction bas. L'incubation
dure de 4-5 jours à plusieurs semaines. Des contractures
douloureuses plus ou moins généralisées peuvent se produire. Le
malade reste conscient, sa température est élevée. La mort
survient souvent par asphyxie aiguë au cours d'un spasme laryngé.
 34

IV.3.3.Caractères bactériologiques

Bacille mobile à Gram positif. La spore est terminale, déformante et

donne au bacille un aspect en clou ou en baguette de tambour.

 La toxine tétanique

Bien qu'il existe plusieurs variétés de Clostridium tetani, toutes

produisent la même toxine. La toxine tétanique peut être transformée en
anatoxine par l'action combinée du formol et de la chaleur (Ramon).

IV.3.4.Diagnostic

Le diagnostic clinique repose sur la constatation des contractures et la

notion de blessure antérieure. On peut éventuellement rechercher
Clostridium tetani dans les tissus contaminés mais cette recherche n'a
aucun intérêt diagnostique ou thérapeutique.

IV.3.4. Traitement

Préventif Le traitement curatif du tétanos étant très difficile, le plus

important est la prévention du tétanos. Celle-ci repose sur 4 moyens:

 Immunisation active des sujets par la vaccination avec l'anatoxine

tétanique (souvent couplée avec la vaccination diphtérique et
anticoquelucheuse chez les enfants). La vaccination comporte 3
injections sous-cutanées à 1 mois d'intervalle avec rappel 1an plus
tard. Des injections de rappel doivent être faites tous les 5 à 10
ans.
 Nettoyage minutieux des plaies souillées de terre. Le débridement
chirurgical permet seul d'enlever les tissus nécrosés.
 Emploi préventif du sérum antitétanique ou antitoxine
(gammaglobulines humaines ou tetaglobulines qui doit
s'accompagner d'une injection de rappel d'anatoxine tétanique.
C'est la séro-anatoxine prévention

IV.4. Clostridia de la gangrène gazeuse

La gangrène gazeuse est une infection grave consécutive à l'introduction

dans une plaie de terre ou de matières fécales souillées de spores de
Clostridium. Le principal Clostridium qui provoque la gangrène gazeuse
est C.perfringens.
 35

IV.4.1.Habitat de Clostridium perfringens

C.perfringens est présent dans le sol, dans le tube digestif de l'homme et

des animaux. On le trouve dans les voies génitales féminines dans 5%
des cas.

IV.4.2.Pouvoir pathogène naturel de C.perfringens

A partir d'une plaie contaminée (par exemple fracture ouverte ou plaie

utérine), l'infection s'étend en 1 à 3 jours. Elle réalise:

 la gangrène gazeuse qui se manifeste comme un phlegmon

gazeux avec crépitation et nécrose progressive, fièvre, hémolyse,
syndrome toxique, choc, puis la mort survient rapidement.

IV.4.3.Caractères bactériologiques de C.perfringens

C.perfringens se distingue des autres Clostridia par son immobilité et

l'existence d'une capsule. En culture, il est fortement hémolytique et
produit une quantité importante de gaz par fermentation (gangrène
gazeuse!). Il secrète une exotoxine protéique qui est une phospholipase
(lécithinase) qui désorganise les membranes cellulaires, en particulier
musculaires.

IV.4.4.Diagnostic

Prélèvements de tissu, de pus et de sérosités au niveau de la plaie.

Hémocultures au cours des syndromes septicémiques.

Examen microscopique: la présence de grands bacilles à Gram positif,

éventuellement sporulés, est très évocatrice.

Culture sur gélose au sang placée en atmosphère anaérobie et sur

bouillon anaérobie.

IV.4.5.Traitement

Le débridement des plaies souillées, l'excision des tissus dévitalisés et

l'administration de pénicilline sont les moyens thérapeutiques spécifiques
des infections à C.perfringens et aux autres Clostridia des gangrènes
gazeuses.
 36

CHAPITRE.V. LES ENTEROBACTERIES ET AUTRES BACILLES A

GRAM NEGAGATFS NON EXIGEANTS

A.LES ENTEROBACTERIES
Caractères généraux et classification des entérobactéries

A.1.Définition des entérobactéries

La famille des entérobactéries se définit par les caractères suivants:

 bacilles à Gram négatif (2 à 4 microns de long sur 0,4 à 0,6
microns de large),
 mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles,
 poussant sur milieux de culture ordinaires,
 aérobies - anaérobies facultatifs,
 fermentant le glucose avec ou sans production de gaz,
 réduisant les nitrates en nitrites,
 oxydase négatif.
Les entérobactéries sont une famille très hétérogène pour ce qui est de
leur pathogénie et de leur écologie. Les espèces qui composent cette
famille sont en effet soit parasites (Shigella, Yersinia pestis), soit
commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella sp), soit
encore saprophytes (Serratia sp, Enterobacter sp).

Répartition en genres

Au sein des Entérobactéries, on distingue de nombreux genres (Shigella,

Escherichia, Enterobacter, Serratia, etc…). La distinction entre les
genres se fait par l'étude des caractères biochimiques dont les plus
importants sont: fermentation du lactose, production d'indole, production
d'uréase, production d'acetoïne (réaction dite VP+), utilisation du citrate,
désamination du tryptophane.

Caractérisation des espèces

Au sein de chaque genre, on individualise des espèces, par l'étude des

caractères biochimiques ou antigéniques. Les entérobactéries possèdent
toutes des antigènes de paroi («somatiques») ou antigènes O. Les
entérobactéries mobiles possèdent en plus des antigènes de flagelle
(«flagellaires») ou antigènes H. Enfin, certains possèdent un antigène
d'enveloppe ou antigène K. a. Antigène O L'antigène O est l'endotoxine
 37

des bactéries à Gram négatif. Il est composé de lipopolysaccharides

(LPS) complexes, très toxiques, capables de provoquer dans l'organisme
humain fièvre, leucopénie, bradycardie, hypotension et choc, coagulation
intra-vasculaire disséminée et mort (la dose létale pour la souris est de
200mcg).

Etant antigénique, il entraîne aussi la formation d'anticorps spécifiques

anti-O qui peuvent être dosés dans certains cas fournir un moyen
indirect de faire le diagnostic de la maladie, comme par exemple le séro-
diagnostic de WIDAL et FELIX dans le cas des fièvres typhoïde et
paratyphoïdes.

b. Antigène H L'antigène H n'est pas toxique. De nature protéique, il est

constitué comme l'antigène O d'une mosaïque d'antigènes avec des
constituants communs à toutes les entérobactéries mobiles et des
constituants spécifiques à chaque espèce. On peut les mettre en
évidence par agglutination sur lame avec des sérums spécifiques.

V.1.Salmonella

V.1.1.Définition et habitat

Les Salmonella sont des Entérobactéries dont les caractères essentiels

sont de ne pas fermenter le lactose et de ne pas produire d'uréase. Les
Salmonella sont des parasites de l'homme, des mammifères (rongeurs),
des oiseaux (volailles) et des animaux à sang froid (reptiles). Elles sont
responsables, après pénétration par voie orale, de nombreuses
infections (salmonelloses), notamment des fièvres typhoïde et
paratyphoïdes , des gastro-entérites et des toxi-infections alimentaires
collectives .Le principal mode de contamination chez l'homme est
l'ingestion à partir de l'eau (S.typhi surtout), des aliments (ex. produits
laitiers, œufs, viande) ou d'animaux.

 Classification

Les travaux récents de taxonomie, en particulier par hybridation de

l'ADN, ont permis de conclure que le genre Salmonella ne comportait
qu'une seule espèce, Salmonella enterica. Cette espèce comprend 7
sous-espèces différenciées par leurs biotypes. Les sous-espèces sont
subdivisées en près de 2000 sérovars sur la base de leurs antigènes O,
H et de capsule.
 38

V.1.2.Pouvoir pathogène

 Les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes

a. Etiologie Les fièvres typhoïde et paratyphoïdes sont provoquées par

quatre sérovars de Salmonella, strictement humains, antigéniquement
distincts mais de pouvoir pathogène similaire: S.Typhi, S.P aratyphi A, S.
Paratyphi B et S. Paratyphi C. Ces salmonella sont dites majeures en
raison de la gravité de la pathologie qu'elles provoquent.

V.1.3. Physiopathologie

Les Salmonella sont ingérées avec une boisson ou un aliment

contaminé.

V.1.4. Diagnostic biologique

Il repose sur la mise en évidence de la Salmonella responsable

(diagnostic direct) par hémoculture et/ou par coproculture, et/ou sur la
mise en évidence d'anticorps spécifiques par le sérodiagnostic
(diagnostic indirect).

 Mise en évidence de la Salmonella

• L'hémoculture est le moyen essentiel de faire le diagnostic d'une fièvre

typhoïde. Comme il y a peu de Salmonella dans le courant sanguin, les
hémocultures doivent être répétées. En l'absence de traitement
antibiotique elles sont positives:

 dans 90% des cas durant la 1ère semaine de la maladie (1er

septénaire)
 dans 75% des cas durant la 2 semaines de la maladie (2
septénaires)
 dans 40% des cas durant la 3e semaine de la maladie (3e
septénaires)
 dans 10% des cas durant la4e semaine de la maladie (4e
septénaires)

La bactérie isolée sera identifiée comme Salmonella par ses caractères

biochimiques
 39

• La coproculture se fait sur milieu sélectif, avant et après culture sur

milieux d'enrichissement. Etant donné le faible nombre de Salmonella
excrétées dans les selles, cet examen doit être répété mais cependant
reste souvent négatif. La coproculture n'est donc pas un le meilleur
moyen de faire le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde. En
revanche, à la fin du traitement, il est un bon moyen de s'assurer que le
malade n'est pas devenu porteur chronique de Salmonella et donc qu'il
ne constitue pas une source de contamination pour son entourage.

 Sérodiagnostic de la fièvre typhoïde Le sérodiagnostic de WIDAL

et FELIX permet de détecter la présence dans le sang d'anticorps
dirigés contre les constituants des Salmonella:

• Les anticorps anti-O apparaissent vers le 7-8e jour, atteignent leur

maximum vers le 14e jour, restent ensuite en plateau jusqu'à la 4e
semaine puis disparaissent rapidement. Ils n'atteignent jamais un taux
plus élevé que 1/200e à 1/400e.

• Les anticorps anti-H apparaissent vers le 10e jour, montent rapidement

pour atteindre un maximum de 1/800e à 1/1600e vers le 14e jour, restent
en plateau jusqu'à la 4e semaine et diminuent ensuite. Mais à l'inverse
des anticorps anti O, ils ne disparaissent pas complètement. Ils
persistent toute la vie à un taux de l'ordre de 1/200e.

Au total, le sérodiagnostic de WIDAL et FELIX n'est pas le meilleur

moyen de faire le diagnostic biologique de la fièvre typhoïde.

V.1.5. Traitement.

 Le traitement préventif repose sur

L’hygiène générale: hygiène alimentaire, hygiène des collectivités.

C. Toxi-infections alimentaires collectives à Salmonella

La consommation simultanée par plusieurs personnes d'un aliment

massivement contaminé par des Salmonella mineures entraîne un
tableau de gastro-entérite, qui, simulant un véritable empoisonnement,
est appelé toxi-infection alimentaire collective (TIAC).

La prévention repose essentiellement sur l'hygiène des cuisines

collectives (détection des porteurs sains, techniques de préparation,
 40

techniques de conservation: «chaîne du chaud» ou «chaîne du froid»,

etc...).

V.2.Shigella
Les shigella sont des entérobactéries immobiles extrêmement proches
de Escherichia coli mais qui ne fermentent pas le lactose. Elles n’ont pas
d’uréase et ne produisent pas de gaz. Elles sont parasites de l’homme et
entrainent une colite infectieuse endémo-épidémique, la dysenterie
bacillaire (shigellose).

V.2.1. Pouvoir pathogène

Après pénétration par voie orale (la dose infectante serait de l'ordre de
102 bactéries) les Shigella envahissent la muqueuse de la partie
terminale de l'iléon et du gros intestin. Elles y forment des micro-abcès
qui donnent naissance à des ulcérations superficielles qui saignent et se
recouvrent d'une pseudo-membrane faite de mucus, de débris
cellulaires, de leucocytes et de Shigella.

Les sujets atteints de Shigellose se plaignent de douleurs intestinales

paroxystiques (coliques), de diarrhée et de fièvre. Les selles sont
liquides et contiennent du mucus, du pus et du sang.

V.2.2.Etude bactériologique
Les Shigella sont immobiles. Elles sont classées en 4 espèces elles-
mêmes divisés en sérotypes selon leurs caractères antigéniques.
 Groupe A: S.dysenteriae Il en existe 10 sérotypes différents, dont
le type 1 s'appelle le bacille de Shiga. Celui-ci produit aussi une
exotoxine protéique qui provoque des troubles paralytiques chez
les sujets atteints.
 Groupe B: S.flexneri Il en existe 6 sérotypes qui sont responsables
de 20% des shigelloses observées en France
 Groupe C: S. boydii Il en existe 15 sérotypes qui sont très
répandus en Afrique mais ne se rencontrent pas en France sauf
s'il s'agit de cas importés.
 Groupe D: S.sonnei Il existe un seul type, responsable de 80%
des Shigelloses observées en France.
 41

V.2.3.Diagnostic bactériologique

Dans les infections à Shigella il est très rare qu'il y ait passage de
bactéries dans le sang; les hémocultures sont donc le plus souvent
négatives et le diagnostic repose sur l'isolement de Shigella par
coproculture.

L'examen macroscopique et microscopique des selles fournit souvent

des éléments de présomption:

Présence de mucus, de sang et de pus.

La coproculture se fait selon des techniques et sur des milieux sélectifs

identiques à ceux qui sont employés pour la recherche des Salmonella.
L'identification de la Shigella est complétée par un antibiogramme en
raison de la fréquence de la résistance.

V.2.4.Traitement

 Traitement préventif

C'est le plus important. La dysenterie bacillaire est par excellence une

maladie de transmission fécale-orale: mains («maladie des mains
sales»), aliments, eau. Ce sont les mesures d'hygiène publique qui sont
les plus importantes: contrôle de l'eau potable, des aliments; entretien
des réseaux d'égouts; isolement des malades et désinfection des
excrétat.

V.3.Yersinia

Entérobactéries immobiles, cultivant lentement, produisant une uréase

très active (base de l'identification) mais pas de tryptophane
désaminase, à la différence des Proteus qui sont aussi uréase+.

 Yersinia pestis

V.3.1. Habitat

Yersinia pestis est un parasite des animaux et de l'homme, agent de la

peste animale et humaine. Le réservoir est constitué par les rongeurs
sauvages (peste sauvage ou salvatique, endémique). Chez les rats
domestiques, la maladie occasionne des épizooties massives qui sont à
l'origine des épidémies humaines. L'agent vecteur est la puce du rat qui
 42

contamine animaux et hommes par piqûre. Il peut exister une

transmission interhumaine par la puce de l'homme, ou par voie aérienne
en cas de forme pulmonaire.

V.3.2.Pouvoir pathogène

Le bacille se multiplie au point d'inoculation (vésico-pustule), se propage

par voie lymphatique et se multiplie dans le ganglion lymphatique
satellite (adénopathie suppurée: le bubon). L'évolution peut se faire vers
la septicémie. La forme septicémique peut être à l'origine d'une
localisation pulmonaire secondaire qui à son tour, par transmission
aérienne, peut être à l'origine de cas de peste pulmonaire primitive

V.3.3.Diagnostic

En cas d'épidémie, le diagnostic est essentiellement clinique. En période

d'endémie, le diagnostic repose sur la mise en évidence du bacille par
culture du produit de ponction du bubon et par hémoculture.

V.3.4.Traitement Préventif

Lutte contre les rats,

V.4. Yersinia entérocolitica et pseudotuberculosis

V.4.1.Habitat

Yersinia enterocolitica et Y.pseudotuberculosis, trouvées chez l'animal

(maladie des rongeurs) et dans l'environnement (sol, eaux), sont surtout
les agents d'infections animales et rarement d'infections humaines.

V.4.2.Pouvoir pathogène naturel Physiopathologie

Le bacille pénètre par voie digestive et se multiplie dans les ganglions

mésentériques. Chez le sujet fragilisé, l'évolution peut se faire vers la
septicémie. Maladie La forme la plus habituelle est l'adénite
mésentérique à Y.pseudotuberculosis du sujet jeune à symptomatologie
pseudo-appendiculaire. A l'intervention, l'appendice est normal mais on
trouve un ou plusieurs ganglions congestifs. L'entérocolite à
Y.enterocolitica est plus particulière: elle est au début brutal et associe
diarrhée intense, vomissements, douleurs abdominales et fièvre.
 43

V.4.3.Diagnostic

Il repose sur la mise en évidence du bacille dans les ganglions

mésentériques ou les selles en cas de diarrhée. Il existe un
sérodiagnostic par agglutination.

V.4.3.Traitement

La streptomycine semble l'antibiotique de choix, avec la tétracycline et

le chloramphénicol.

V.5.Escherichia coli
V.5.1.Définition

Escherichia coli (colibacille) est une entérobactérie mobile capable de

fermenter le lactose et de produire de l'indole.

V.5.2.Habitat

E.coli est un commensal du tube digestif de l'homme et de nombreux

animaux. Il représente à lui seul la plus grande partie de la flore
bactérienne aérobie de l'intestin (espèce aérobie dominante)

V.5.3.Pouvoir pathogène

1. Les colibacilles, hôtes normaux de l'intestin, ne provoquent

normalement pas de maladie. Cependant ils possèdent un potentiel
pathogène qu'ils expriment dans certaines circonstances (pathogènes
opportunistes):

La pénétration des colibacilles dans l'arbre urinaire est favorisée chez la

femme par la briéveté de l'urètre. Leur persistance est favorisée par la
présence de pili ou fimbriae (adhésine) à la surface des bactéries pour
lesquels il existe des récepteurs à la surface des cellules épithéliales
urinaires et toute anomalie fonctionnelle de l'arbre urinaire (stase,
obstacle, reflux...). E.coli est responsable des trois-quarts des infections
urinaires spontanées en pratique de ville.

• par essaimage à point de départ digestif: cholécystite suppurée,

péritonite, septicémie.
 44

2. Certaines souches de colibacilles ont un pouvoir entéropathogène

intrinsèque par acquisition de gènes de pathogénicité:

a. E.coli d'entérotoxinogene (ETEC) sont une des causes les plus

fréquentes des diarrhées liquidien les pays en voie de développement et
des voyageurs arrivant dans les zones endémiques. La moitié des cas
de diarrhée du voyageur sont causés par des ETEC.

b. E.coli entero Hémorragique (EHEC) provoquent syndromes entero

diarrhée hémorragique («all blood, no stool») responsable chez les
enfants (1 mois à 6 ans) syndrome hemmolytique et uremique .

c. E.coli . entero invasifs(EIEC) provoque des syndromes

dysenterifomes,diarheé mucopurulentes et sanglante. La virulence des
EIEC est liée à la présence d'un plasmide très proche de celui connu
chez Shigella.

d.E.coli entéropathogènes (EPEC) responsable de diarrhée gastro

enterite infantile grâce à des propriétés d'adhésion particulières.

V.5.4.Diagnostic bactériologique

1. Dans les infections urinaires, le diagnostic bactériologique repose sur

la mise en évidence à l'examen microscopique d'une réaction cellulaire
de défense contre l'infection (présence de polynucléaires) et en culture
d'un nombre élevé d'E.coli.

2. Dans les infections locales autres qu'urinaires (péritonites...), le

diagnostic est fait selon les procédés habituels: prélèvements
aseptiques, examen microscopique à la recherche d'une réaction
inflammatoire et de bacilles à Gram négatif, culture, identification et
antibiogramme.

3. Dans les diarrhées aiguës, la difficulté est d'individualiser les E.coli

«entéropathogènes» au sein des E.coli commensaux qui provoquent
jusqu'à plusieurs centaines ou milliers de cas à la fois, et peuvent
provoquer une complication redoutable: le syndrome hémolytique et
urémique (SHU), dans 5 à 10% des cas.

4. Les colibacilles étant excrétés en quantité abondante dans les

matières fécales, leur présence dans l'eau ou les aliments est le témoin
d'une contamination fécale (indicateur) et du risque que ceux-ci puissent
 45

également contenir des bactéries (salmonella, Shigella, vibrions

cholériques) ou des virus (poliomyélite, hépatite) pathogènes d'origine
fécale. C'est pourquoi la numération des colibacilles fait partie de toute
analyse de bactériologie alimentaire.

V.5.5.Traitement

 Traitement préventif

Le traitement préventif fait surtout appel aux mesures d'hygiène générale

notamment alimentaire et aux mesures d'hygiène individuelle.

 Autres entérobactéries commensales

V.6. Proteus mirabilis

Ce sont des bactéries très mobiles (pouvant envahir les milieux de

culture) qui se distinguent facilement des autres entérobactéries par
leurs caratères biochimiques (uréase +, tryptophane désaminase +) et
leur résistance naturelle à la colistine. C'est un commensal du tube
digestif. Proteus mirabilis vient au second rang, après E.coli, dans
l'étiologie des infections urinaires de ville (10% des cas). C'est une
espèce bactérienne habituellement sensible aux antibiotiques.

V.7.Klebsiella

Ce sont des entérobactéries qui ont un métabolisme fermentaire

particulier, c'est-à-dire qui produisent de l'acétoïne (elles sont dites V.P+,
c'est-à-dire réaction de Voges-Proskauer positive). Espèce
commensales des voies aériennes supérieures et du tube digestif,
Klebsiella provoque des infections urinaires (5% des infections en
ville) ,Klebsiella est naturellement résistante à l'ampicilline par production
de pénicillinase chromosomique.

 Entérobactéries saprophytes

Les autres entérobactéries sont des bactéries occasionnelles et

transitoires du tube digestif, mais sont surtout des bactéries saprophytes
(environnement). Dénuées de pouvoir pathogène propre, elles jouent
surtout le rôle de bactéries opportunistes lors d'infections nosocomiales
(urologie, réanimation). Ce sont essentiellement Enterobacter et Serratia
(qui comme les Klebsiella sont VP +), Citrobacter freundii, Morganella
 46

morganii, Providencia. Toutes ces espèces sont naturellement

résistantes à l'ampicilline et aux céphalosporines de 1ère génération par
production de céphalosporinase chromosomique inductible.

 Les autres bacilles à gram négatif aerobies non exigeants

Les bacilles à gram négatif des genres pseudomonas et

acinetobacter

Bacilles à Gram négatif des genres Pseudomonas et Acinetobacter

ont beaucoup de points communs avec les entérobactéries. Ces
espèces jouent un rôle important dans les infections nosocomiales et
sont volontiers multi résistantes aux antibiotiques (résistance naturelle et
acquise), ce qui en rend le traitement difficile.

V.8.Pseudomonas

Les Pseudomonas sont aérobies stricts, oxydase positif, mobiles,

produisant souvent des pigments diffusibles et naturellement résistants à
de très nombreux antibiotiques. Saprophytes, on les trouve
essentiellement dans l'eau. Ils peuvent contaminer des solutés pour
perfusion, des solutions antiseptiques, des préparations
médicamenteuses liquides. L'espèce principale, Pseudomonas
aeruginosa (ou bacille pyocyanique)

V.9.Acinetobacter

Les Acinetobacter sont des bacilles immobiles, souvent groupés en

diplobacilles courts, aérobies stricts, oxydase négatif, habituellement
saprophytes. Ils jouent un rôle d'opportuniste mineur en milieu
hospitalier.

V.10.Vibrio cholerae

V.10.1.Définition

Les vibrions sont des bacilles à Gram négatif, incurvés, aérobies-

anaérobies facultatifs, mobiles par un seul cil polaire. Vibrio cholerae,
responsable du choléra, a été découvert en 1854 par PACINI à Florence
et cultivé en 1883 par R. KOCH au Caire.
 47

V.10.2.Habitat

Vibrio cholérae se trouve dans les selles des malades et de certains

sujets (porteurs sains). Il survit dans les eaux polluées ainsi que sur les
objets contaminés.

V.1O.3.Pouvoir pathogène Physiopathologie:

Après ingestion (dose infectante importante de l'ordre de 108

bactéries), Vibrio cholerae se multiplie dans l'intestin grèle sans traverser
la paroi intestinale. Il libère une exotoxine thermolabile protéique
(entérotoxine) dont l'action déjà décrite chez E.coli (ETEC) entraîne une
hypersécrétion d'eau et de chlorures dans la lumière intestinale et inhibe
la réabsorption du sodium. Maladie : après une incubation de 1 à 4 jours,
le début est brutal et marqué par des nausées, des vomissements, une
diarrhée profuse et des crampes abdominales. Les selles ressemblent à
de l'eau de riz et contiennent du mucus, des cellules épithéliales et
beaucoup de vibrions. Les pertes en eau (plusieurs litres d'eau par jour)
et en électrolytes entraînent déshydratation, collapsus circulatoire et
anurie. En l'absence de traitement, la mort survient en 2 à 5 jours dans
50% des cas environ.

V.10.4.Bactériologie

 Microscopie Bâtonnet en virgule (Vibrio comma de Robert KOCH),

fin et très mobile, à Gram négatif.
 Culture Se fait sur milieux usuels, elle peut même s'effectuer sur
milieux alcalins (pH8,5 à 9,2) et hypersalés à 30% de NaCl. Cette
propriété est mise à profit pour la préparation de milieux sélectifs
et d'enrichissement (repiquages successifs). Les colonies sont
rondes, bleutées, transparentes.
 Biochimie

Vibrio cholerae est aérobie-anaérobie facultatif, oxydase positive, nitrate

positif et indole positif.

Structure antigénique

 Vibrio cholerae possède un antigène de paroi de nature

lipopolysaccharidique (endotoxine). Au sein de l'espèce
Vibrio cholerae, on distingue trois sérotypes distincts dits
 48

INABA, OGAWA et HIKOJIMA, ce qui aide au typage

épidémiologique des souches.
 L'antigène flagellaire H est commun à tous les vibrions
(vibrions cholériques et vibrions non cholériques).
 Toxines et enzymes
 L'entérotoxine majeure, appelée choléragène (CT), n'existe
que sous un seul type antigénique. Elle donne naissance à
des anticorps dont le rôle protecteur n'est pas clairement
établi. CT est active à des doses très faibles, <1µg sur l'anse
ligaturée de lapin.

V.10.5.Diagnostic microbiologique

En zone d'endémie (Inde, Sud-Est Asiatique) ou au cours des

épidémies, le diagnostic du choléra ne pose pas de problème (clinique).
Toutefois les cas sporadiques ou mineurs sont facilement confondus
avec les autres maladies diarrhéiques. La coproculture sur milieux
sélectifs à pH8,5 permet habituellement l'isolement de colonies
suspectes qui sont identifiées par l'aspect microscopique des bacilles,
l'oxydase positive et l'agglutination sur lame avec les sérums
spécifiques.

V.10.6.Traitement

 Traitement curatif

La réhydratation et le remplacemnt des électrolytes constituent

l’essentiel du traitement.Celui-ci est d'autant plus efficace qu'il est plus
précoce. L'administration orale de cyclines raccourcit la période
d'excrétion des vibrions set diminue la diarrhée.

 Traitement préventif

La prophylaxie repose surtout sur l'hygiène générale: adduction d'eau

potable, réseau d'égouts,
V.11 CAMPYLOBACTER

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

Les bacilles du genre Campylobacter sont microaérophiles et Gram -. Leur forme en

bâtonnets incurvés en virgule ou en S ainsi que leur mobilité grâce à un cil polaire les
avaient fait classer dans le genre Vibrio.
 49

Trois espèces de Campylobacter ont un pouvoir pathogène pour l'homme : C. fetus, C.

jejuni/coli et C. pylori (voir plus loin).

La culture des Campylobacter au laboratoire est délicate. Pour les isoler d'une flore
polymicrobienne (selles), il faut utiliser des milieux sélectifs contenant de nombreux
antibiotiques et les incuber dans l'atmosphère pauvre en oxygène qui convient à ces germes
microaérophiles.

HABITAT

L'origine des infections à Campylobacter n'est pas bien connue. Certains animaux (chiens,
volailles,...) seraient responsables de la contamination. Dans d'autres cas, le lait et l'eau ont
été incriminés. Il existe chez l'homme des porteurs sains.

POUVOIR PATHOGENE

Campylobacter jejuni/coli a un pouvoir entéropathogène important. Il est responsable

d'entérites avec une fréquence au moins égale à celle des Salmonella. Tous les âges sont
concernés, mais la maladie est plus fréquente chez les enfants vivant dans des conditions
d'hygiène défectueuse. La maladie est rarement grave et guérit spontanément en quelques
jours.

Les formes septicémiques de campylobactériose sont dues à Campylobacter fetus. Elles

touchent surtout des sujets affaiblis ou des terrains particuliers : cirrhotiques, diabètiques,
cardiaques, femmes enceintes...

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES

L'ERYTHROMYCINEest l'antibiotique de choix pour traiter les campylobactérioses

digestives. Les Campylobacter disparaissent des selles en quelques jours (contre quelques
semaines pour les sujets non traités).

Parmi les autres antibiotiques, les TETRACYCLINES, les AMINOSIDES, le

CHLORAMPHENICOL et l'AMPICILLINE ont souvent une bonne activité.

HELICOBACTER PYLORI

CARACTERES BACTERIOLOGIQUES

Il se distingue des autres Campylobacter par trois particularités morphologiques : sa taille est
plus grande (3 à 5 µm x 0,5 µm), sa ciliature peut être lophotriche et sa forme est en corne
de boeuf ou en U.

Comme pour les autres Campylobacter, sa croissance se fait en microaérophilie. En

atmosphère humide et à 37°C, des colonies apparaissent en 3-4 jours sur les milieux solides
suivants : gélose chocolat, TSA, Mueller-Hinton et Brucella-Agar. La croissance est difficile
ou nulle à 30°C, 40°C et en bouillon. Il possède une uréase très active, qui peut être mise en
évidence à partir des produits pathologiques (biopsie de la muqueuse gastrique). La
présence de la bactérie dans l'estomac peut également être recherchée par une méthode
non invasive, un test respiratoire à l'urée marquée. Ce test, acheté en pharmacie par le
patient (Helicobacter test Infai, Laboratoires Janssen-Cilag, AMM 1998), est effectué dans
un laboratoire d'analyses médicales selon le protocole suivant : insufflation à jeun d'air dans
 50

un tube, puis ingestion d'une briquette de jus d'orange (qui retarde la vidange gastrique) et
de 75 mg d'urée marquée au 13C (isotope stable non radioactif) puis insufflation après 30
mn dans un autre tube. Une différence élevée du taux de 13CO2 entre les 2 tubes, mesuré
par spectrométrie de masse, signe la présence d'Helicobacter pylori car ce germe
transforme, grâce à son uréase, l'urée en gaz carbonique et en ammoniac. Inoffensif,
sensible et spécifique, ce test est actuellement considéré comme le meilleur moyen de suivi
après traitement pour contrôler l'éradication du germe.

POUVOIR PATHOGENE

Les mécanismes du pouvoir pathogène de Helicobacter pylori sont encore peu connus.

Helicobacter pylori s'est sélectionné une niche écologique, la muqueuse gastrique, où il n'y a
pas de concurrence bactérienne. Sa morphologie spiralée et sa grande mobilité lui donnent
un avantage dans l'environnement visqueux du mucus digestif.

Helicobacter pyloriest mis en cause dans la genèse des gastrites, des ulcères et du cancer
de l'estomac.

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES

Helicobacter pylori est sensible à la PENICILLINE, l'AMPICILLINE, laGENTAMYCINE.

Il est peu sensible au METRONIDAZOLE et résistant à l'ACIDE NALIDIXIQUE et au

COTRIMOXAZOLE.

Le traitement actuellement préconisé en France pour éradiquer Helicobacter pylori est une
trithérapie associant l'amoxicilline (2 x 1000 mg/j) et la clarythromycine (2 x 500 mg/j) à un
inhibiteur de la pompe à protons (oméprazole 2 x 20 mg/j) pendant 14 jours.
 51

CHAPITRE .VI. Mycobactéries

Les bactéries du genre Mycobacterium sont des bacilles qui ne se

colorent pas facilement mais, une fois colorés, résistent à la décoloration
par l'acide et l'alcool et sont de ce fait dits «acido-alcoolo-résistants». Le
genre comprend de nombreuses espèces saprophytes ou commensales
et des espèces pathogènes dont les deux principales sont:
Mycobacterium tuberculosis, agent de la tuberculose, et Mycobacterium
leprae, agent de la lèpre.

VI.I.1. Mycobacterium tuberculosis

Malgré ces découvertes, la tuberculose est encore un des plus grands

fléaux de l'humanité. L'épidémiologie et la gravité de la maladie sont
aggravées par SIDA.

VI.I.1.2 Habitat

M.tuberculosis est un parasite strict de l'espèce humaine. La

transmission interhumaine est habituellement directe et se fait par voie
aérienne. Les animaux familiers de l'homme peuvent occasionnellement
être contaminés.

VI.I.1.3 Pouvoir pathogène

Emis par une source d'infection, le plus souvent un tuberculeux

pulmonaire, dans les gouttelettes de FLUGGE, M.tuberculosis est inhalé
et atteint l'alvéole pulmonaire. La maladie résulte de la multiplication du
bacille et de ses intéractions avec l'hôte infecté (immunité à médiation
cellulaire, activation des lymphocytes T et des macrophages).
M.tuberculosis ne produit pas de toxine.

VI.I.1.6.Etude bactériologique

 Microscope

M.tuberculosis est un bacille immobile sans capsule et sans spore.

Après coloration de ZIEHLNEELSEN (fuchsine phéniquée à chaud,
décoloration par acide-alcool, recoloration par le bleu de méthylène), il
apparaît comme un bacille rouge de 0,2 à 0,3 micron de large sur 3 à 5
microns de long, légèrement incurvé, à extrêmités arrondies.

 Culture
 52

M.tuberculosis ne pousse pas sur les milieux usuels. Il nécessite des

milieux très enrichis. Le plus employé est un milieu à l'œuf, le milieu de
LOEWENSTEIN-JENSEN. Sur ce milieu il donne des colonies de teinte
crème-beige, sèches, à surface rugueuse, en chou-fleur, tout à fait
caractéristiques. Fait important, les colonies n'apparaissent qu'en 21
jours en moyenne (temps de division de M.tuberculosis = 20heures).

VI.I.1.7. Caractères biochimiques

M.tuberculosis est aérobie strict. Il est catalase positive, nitrate positif.

Au cours de sa croissance il synthétise une quantité importante d'acide
nicotinique ou niacine qui peut être mise en évidence par une épreuve
biochimique, le test de KONNO ou niacine-test. La positivité de cette
épreuve est spécifique de M.tuberculosis.

VI.I.1.8.Constitution chimique et antigénique

M.tuberculosis est très riche en lipides. Ceux-ci représentent 20 à 45%

de l'ensemble de la bactérie. Surtout concentrés dans la paroi qu'ils
rendent peu perméable aux substances hydrophiles, ce sont des acides
gras complexes. Parmi ceux-ci les acides mycoliques jouent un rôle
important dans l'acido-alcoolo-résistance et dans la structure très
particulière de la paroi des mycobactéries, caractérisées par trois
couches successives de constituants liés par des lésions covalentes: le
peptidoglycane, l'arabinogalactane et les acides mycoliques.

 Résistance aux agents physiques et chimiques

M.tuberculosis est très sensible à la chaleur, aux rayons ultra-violets et

aux rayonsX. En revanche, il résiste au froid et à la dessication. La
lyophilisation est d'ailleurs un excellent moyen de conservation.

Détruit par l'alcool en 5 minutes, M.tuberculosis résiste plus que les

autres bactéries aux acides dilués, aux antiseptiques et aux détergents.
 53

VI.I.1.9.Pouvoir pathogène expérimental.

Le phénomène de Koch

 M.tuberculosis est pathogène pour de nombreux animaux de

laboratoire mais il n'est pas pathogène pour les bovidés. L'animal
le plus sensible est le cobaye. Quelle que soit la voie d'inoculation
et le nombre de bacilles inoculés, il fait une tuberculose
progressivement mortelle: 15 jours à 3 semaines après
l'inoculation d'un million de bacilles, un nodule se forme au point
d'inoculation.

VI.I.1.10. Diagnostic bactériologique

 Diagnostic direct

Le diagnostic de certitude de la tuberculose repose sur la mise en

évidence de Mycobacterium tuberculosis dans les prélèvements
pathologiques: crachats et tubages gastriques pour la tuberculose
pulmonaire; urines, liquides de ponction des séreuses, etc… pour les
autres localisations tuberculeuses.

L'examen microscopique des frottis colorés par la méthode de ZIEHL-

NEELSEN permet de mettre en évidence des bacilles acido-alcoolo-
résistants (b.a.a.r.). Lorsqu'il est positif il permet un diagnostic de forte
présomption de tuberculose.

 La culture permet l'identification biochimique et l'antibiogramme

des bacilles isolés.
 Diagnostic indirect
 L'intradermoréaction à 10 unités de tuberculine injectées par voie
intradermique sous le volume de 0,1ml, lue à la 72e heure, permet
uniquement de savoir si le sujet a ou non déjà été infecté soit
d'une manière spontanée (primo-infection par M.tuberculosis), soit
d'une manière artificielle (vaccination par le B.C.G.). Il n'y a pas
actuellement de sérodiagnostic fiable de la tuberculose.
 54

VI.I.1.11.Traitement

 Traitement curatif

Le traitement curatif de la tuberculose repose presque uniquement sur

l'administration quotidienne pendant 6 mois d'une association
antibiotique (2 mois d'isoniazide+ rifampicine+ pyrazinamide et
éthambutol suivi de 4 mois d'isoniazide+ rifampicine).

 Traitement préventif

Le traitement préventif repose (1) sur la vaccination B.C.G. (souche de

M.bovis ayant perdu sa virulence par repiquages successifs) qui donne
80% de protection et sur la chimioprophylaxie par l'isoniazide de
certains groupes de sujets infectés (nourrissons, adolescents, immuno-
déprimés

VI.I.2.Mycobacterium bovis

Agent de la tuberculose bovine, M.bovis est aussi pathogène pour

l'homme que M.tuberculosis. La contamination se fait par voie aérienne
au contact des animaux malades ou par absorption de lait de vache
contaminé.

Le diagnostic et le traitement des infections à M.bovis sont similaires à

ceux des infections à M.tuberculosis. La prévention contre l'infection par
M.bovis repose sur la pasteurisation obligatoire du lait et l'abattage
obligatoire des bovidés réagissant positivement à la tuberculine.

VI.I.3. Mycobacterium africanum

En Afrique de l'Ouest et en Afrique Centrale, on trouve dans une

proportion importante de cas (20 à 50%) une variété de bacilles de la
tuberculose dont les caractères culturaux et biochimiques sont
intermédiaires entre ceux de M.tuberculosis et ceux de M.bovis. Cette
variété d'intérêt épidémiologique a été dénommée M.africanum.
 55

VI.I.4. Mycobactéries atypiques

Il existe dans la nature de nombreuses mycobactéries autres que celles

de la tuberculose humaine ou bovine et dont les caractères culturaux et
biochimiques sont tout à fait particuliers. Ces mycobactéries ont été
appelées mycobactéries atypiques. Certaines sont parasites des
animaux (M.avium, M.marinum...), d'autres sont saprophytes
(M.gordonae, M.chelonae, M.flavescens...). Elles sont habituellement
isolées en tant que contaminant des cultures mais, à des degrés divers,
toutes sont susceptibles de se multiplier chez l'homme et de provoquer
des maladies simulant la tuberculose que l'on appelle mycobactérioses.

VI.II. Mycobactérium leprae

Considérée souvent comme une maladie du Moyen-Age qui aurait

maintenant disparu, la lèpre est une maladie d'actualité dans les pays en
développement avec 600000 à 800000 nouveaux-cas chaque année.
L'agent responsable de la lèpre, M.leprae, est une mycobactérie non
cultivable sur les milieux de culture artificiels mais seulement in vivo
dans le coussinet plantaire de la souris. Le diagnostic de la lèpre est
clinique et le rôle du laboratoire est de mettre en évidence le bacille
après l'examen microscopique des prélèvements cutanés, de la cultiver
et de mesurer sa sensibilité aux antibiotiques chez la souris. Il n'y a pas
de sérodiagnostic fiable de la lèpre.
 56

CHAPITRE VII. LES BACILLES A GRAM NEGATIF HEMOPHILES OU

EXIGEANTS

Les bacilles à gram négatif hémophiles ou exigeants Les bactéries

hémophiles forment un groupe hétérogène de petits bacilles qui ne
cultivent que sur des milieux enrichis en sang ou en extraits sanguins.
Certaines appartiennent à la flore normale des muqueuses; d'autres,
Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, sont des pathogènes.

VII.1 Genre Haemophilus

VII.1.1 Caractères généraux

Les Haemophilus sont de petits bacilles à Gram négatif, aérobies-

anaérobies facultatifs, immobiles, non sporulés, qui exigent pour leur
croissance un ou deux facteurs présents dans le sang et dans les tissus
animaux:

 Le facteur «V» (lettre «v» majuscule), thermolabile est le

coenzyme 1 ou NicotinamideAdénine-Dinucléotide (N.A.D.).
 Le facteur «X» (lettre «x» majuscule) ou hémine, thermostable est
une ferroprotoporphyrine. Plusieurs Haemophilus sont pathogènes
pour l'homme. Le principal est Haemophilus influenzae.

VII.1.2 Haémophilus influenzae

VII.1.2.1 Habitat

Découvert en 1892 par PFEIFFER qui pensait avoir trouvé l'agent de la

grippe, H.influenzae est un commensal de l'arbre respiratoire supérieur,
au moins sous sa forme non capsulée. La forme capsulée de type b, la
plus pathogène, pourrait être parasite strict de l'espèce humaine et
transmise par voie respiratoire.
 57

VII.1.2.2 Pouvoir pathogène

a. Chez le jeune enfant: H.influenzae provoque des rhinopharyngites qui

peuvent se compliquer de sinusites et d'otites (H.influenzae est l'agent le
plus fréquent des otites moyennes, immédiatement suivi par le
pneumocoque). Par voie hématogène, il peut atteindre les méninges et
provoquer une méningite (enfant de moins de 3 ans). Occasionnellement
il peut être responsable de laryngite et de laryngo-trachéite et
d'épiglottite.

b. Chez les sujets à moyens de défense diminués: Il peut être

responsable de bronchites (chez les bronchitiques chroniques), de
pneumonies, d'arthrites (plus rarement d'endocardites).

VII.1.2.3 Etude bactériologique

1. Microscope Dans les produits pathologiques, H.influenzae se présente

sous la forme de tout petits bacilles à Gram négatif, d'aspect
coccobacillaire, groupés en amas, en courtes chaînettes. Les souches
virulentes sont capsulées (comme pour le pneumocoque).

2. Culture H.influenzae exige pour sa croissance les facteurs X et V qui

sont présents dans la gélose au sang cuit (gélose chocolat) ou dans la
gélose ordinaire additionnée d'extrait globulaire. Les colonies
apparaissent en 24-48 heures.

3. Caractères biochimiques L'étude des caractères biochimiques n'a pas

d'intérêt pour le diagnostic mais un intérêt épidémiologique pour
différencier les biotypes. Celui-ci repose sur l'exigence en facteurs X et
V, et sur la mise en évidence des caractères antigéniques.

4. Structure antigénique Lorsque H.influenzae est capsulé, la capsule

est de nature polysaccharidique. Il existe, en fonction de la structure
antigénique de la capsule, 6 types: a, b, c, d, e et f. Comme pour
S.pneumoniae, le sérotypage de H.influenzae à l'aide d'immunserums
spécifiques se fait par le phénomène du gonflement de la capsule. Le
type b est de loin le plus pathogène.
 58

VII.1.2.4 Diagnostic bactériologique

Le diagnostic est uniquement direct. Les prélèvements consistent en

sécrétions bronchiques prélevées par brossage bronchique protégé, pus,
sang, liquide céphalo-rachidien.

1. L'examen microscopique est souvent très évocateur. Les bacilles

peuvent être identifiés directement sur le frottis par immunofluorescence.
En cas de méningite, la contre-immuno-électrophorèse ou l'agglutination
de particules de Latex portant des anticorps anticapsulaires de type b
permet d'identifier la présence d'antigène dans le liquide céphalo-
rachidien.

2. La culture se fait sur gélose chocolat et l'identification ultérieure des

colonies, par l'exigence en facteurs X et V, et par la mise en évidence de
l'antigène capsulaire. Elle sera toujours complétée par une recherche de
la sensibilité aux antibiotiques, notamment à l'ampicilline (existence ou
non d'une betalactamase) et au chloramphénicol.

VII.1.2.5 Traitement

Le problème thérapeutique est surtout celui des méningites car 10 à

20% des souches de H.influenzae sont résistantes à l'ampicilline, par
production de bêtalactamase d'origine plasmidique. Le traitement de
première intention, en attendant les résultats du laboratoire, repose soit
sur le chloramphénicol soit sur une céphalosporine non inactivée par la
bêtalactamase de la bactérie, par exemple une céphalosporine de 3e
génération comme le céfotaxime. Maintenant, une vaccination anti-
Haemophilus efficace est disponible. L'antigène vaccinal est constitué de
polysaccharide de H.influenzae de type b. Le but de la vaccination est de
protéger les enfants de la forme la plus grave de l'infection à
H.influenzae, la méningite. Il est nécessaire de vacciner les enfants
avant 6 mois pour qu'ils aient une protection immunitaire efficace
pendant la période de risque maximal située entre 6 et 11 mois. Parce
qu'avant 6 mois le système immunitaire n'est pas complétement mature,
plusieurs injections sont nécessaires pour obtenir des réponses
immunitaires satisfaisantes. Depuis la généralisation de la vaccination en
France, l'incidence annuelle des manifestations invasives (méningites,
epiglottites) dues à Haemophilus influenzae de sérotype b est passée de
21-25 pour 100.000 enfants âgés de 0 à 4 ans à moins de 4 pour
 59

100.000. L'incidence annuelle des méningites à H.influenzae de sérotype

b pour l'ensemble de la France est maintenant de 2 pour 100.000
enfants de la même tranche d'âge (Peltola, Clin. Microbiol. Rev. 2000;
13: 302-317).

VII.1.3 Autres haemophilus

 H.ducreyi est l'agent du chancre mou, une maladie sexuellement

transmise, qui après une incubation d'une semaine en moyenne
se traduit par une ulcération génitale, profonde, inflammatoire et
douloureuse et des adénopathies satellites également
douloureuses le plus souvent unilatérales (classique bubon). Pour
sa culture in vitro, le bacille exige le facteur X seulement. Le
chancre mou qui avait presque disparu de France est réapparu en
1973. A Paris, depuis cette date, près de 2000 cas ont été
signalés: traitement par l'association sulfaméthoxazole-
triméthoprime (Bactrim) pendant 3 semaines (MOREL P., CASIN
I., GANDIOL C., VALLET C., et CIVATTE J. Epidémie de Chancre
mou: traitement de 587 malades. La Nouv. Presse Médicale 1982,
11,655-656).
 H.aegyptus ou bacille de KOCH-WEEKS est l'agent de
conjonctivite épidémique dans les régions tropicales. Il exige les
facteurs X et V.
 H.parainfluenzae est un commensal du rhinopharynx. Il peut être
responsable d'endocardite infectieuse. Il exige le facteur V
seulement.
 H.haemolyticus et parahaemolyticus sont des commensaux du
rhinopharynx. Ils peuvent être associés à des infections de l'arbre
respiratoire supérieur. Comme leur nom l'indique, ils sont
hémolytiques sur gélose au sang.

VII.2 Genre bordetella

Les Bordetella sont de petits bacilles à Gram négatif, aérobies stricts qui
comprennent trois espèces: d'une part, B.pertussis qui est responsable
de la coqueluche, d'autre part, B.parapertussis et B.bronchiseptica qui
sont habituellement sans pouvoir pathogène pour l'homme.

VII.2.1 Bordetella pertussis

 60

VII.2.1.1 Habitat

Découvert par BORDET et GENGOU en 1900, B.pertussis est un

parasite strict de l'espèce humaine. Il se transmet directement d'individu
à individu par voie aérienne. Les malades sont les sources principales
de contamination mais il peut y avoir des porteurs sains.

VII.2.1.2 Pouvoir pathogène

1. Physiopathologie Après pénétration par voie aérienne, B.pertussis

adhère à la surface de l'épithelium trachéobronchique et s'y multiplie
rapidement. Il n'y a pas de diffusion sanguine. La lyse bactérienne libère
«une toxine» qui irrite les cellules superficielles (catarrhe) et provoque la
lymphocytose. Plus tardivement il y a nécrose de l'épithélium avec
infiltration de polynucléaires, inflammation péribronchique et pneumonie
interstitielle. La surinfection secondaire par Staphylococcus aureus ou
Haemophilus influenzae peut conduire à la pneumonie. L'obstruction des
petites bronches par des bouchons muqueux est responsable
d'atélectasie.

2. Clinique L'incubation silencieuse dure 2 semaines. Elle est suivie

d'une période dite catarrhale qui dure 1 à 2 semaines. Elle est marquée
par une fièvre modérée à 37,5-38ºC., une toux sèche. Le malade est très
contagieux. Vient enfin la période des quintes qui dure 3 à 6 semaines.
Elle est caractérisée par des épisodes de toux spasmodique, suivie
d'apnée et d'inspiration bruyante (chant du coq). Ces épisodes qui
fatiguent considérablement le malade, peuvent être associés à des
vomissements, de la cyanose et des convulsions. C'est une infection
grave chez le nourrisson et le sujet âgé. Il y a une hyperlymphocytose
(16 000 à 30000 par mm3). La convalescence est longue.

VII.2.1.3 Etude bactériologique

1. Microscope Petit bacilles à Gram négatif d'aspect coccobacillaire,

B.pertussis ressemble à H.influenzae. Les souches virulentes sont
capsulées.

2. Culture L'isolement de B.pertussi nécessite des milieux complexes,

très enrichis. Le milieu de culture le plus employé est le milieu de
BORDET-GENGOU (pomme de terre-sang-glycérine). Les colonies
n'apparaissent qu'en 2 à 3 jours seulement. Elles sont petites, «en
 61

gouttes de mercure», entourées d'une petite zone d'hémolyse. Après

repiquages, les colonies deviennent rugueuses, les bacilles perdent leur
capsule et leur virulence.

3. Caractères biochimiques B.pertussis est un aérobie strict qui ne

nécessite ni facteur X ni facteur V.

4. Les substances élaborées Deux substances jouent un rôle important

dans la physiopathologie:

 La toxine pertussique (Ptx) qui permet la fixation (rôle d'adhésine)

aux cellules ciliées de l'arbre respiratoire et provoque la
transformation de l'ADP en AMP cyclique (rôle de la toxine), ce qui
entraîne une hypersécrétion de mucine et la mort cellulaire.
 L'adénylate cyclase qui renforce l'action de la Ptx. Deux
substances jouent un rôle dans l'adhérence aux cellules de l'arbre
respiratoire: Ptx (cf. plus haut) et l'hemagglutinine filamenteuse
(FHA).

VII.2.1.4 Diagnostic bactériologique

L'isolement de B.pertussis est difficile parce que le diagnostic n'est

suspecté qu'à la période des quintes où il y a peu de bacilles, et parce
que B.pertussis pousse difficilement. Les prélèvements consistent (1) en
mucosités bronchiques émises au moment de la toux et qui sont
recueillies directement sur le milieu de culture devant la bouche du
malade, (2) en écouvillonnage nasal ou (3) en aspiration des mucosités
bronchiques. La culture se fait sur milieu de BORDETGENGOU et les
colonies isolées sont identifiées par agglutination sur lame. En pratique,
le diagnostic est clinique (quintes + lymphocytose) et épidémiologique
(notion de contage).

VII.2.1.5 Traitement

1. Traitement préventif

• Vaccin à germes entiers : Le vaccin anticoquelucheux à germes entiers

est une suspension tuée de B.pertussis capsulé virulent.

• Vaccins acellulaires : contiennent au moins les antigènes Ptx et FHA.

Le vaccin à germes entiers est administré en primo-vaccination dès le
3ème mois de la vie en association avec les anatoxines diphtérique et
 62

tétanique en 3 injections à 1 mois d'intervalle. La vaccination est

efficace. Elle donne lieu, dans un faible pourcentage de cas, à des
réactions neurologiques parfois graves (encéphalopathies). Le vaccin
acellulaire est administré lors des rappels.

VII.3 Genre brucella

VII.3.1 Définition

Les Brucella sont de petits bacilles à Gram négatif, aérobies stricts,

oxydase positifs qui comprennent trois espèces principales Brucella
melitensis, Brucella abortus, Brucella suis, qui sont responsables d'une
maladie animale transmissible à l'homme, la brucellose (Fièvre de
Malte).

VII.3.2 Habitat

Les Brucella sont des parasites des mammifères. Brucella melitensis

infecte principalement ovins et caprins, B.abortus, les bovins et B.suis,
les porcs. La transmission interanimale se fait par voie digestive,
aérienne, génitale. La transmission par voie digestive, cutanée, aérienne
à l'homme est accidentelle (maladie rurale et professionnelle).

VII.3.3 Pouvoir pathogène naturel

VII.3.3.1 Chez l’animal

Les Brucella sont responsables d'infections génitales avec avortement

chez les femelles et lésions testiculaires chez le mâle. Il existe de
nombreuses formes inapparentes.

VII.3.3.2 Chez l'homme

Les Brucella sont responsables de septicémie subaiguë (fièvre

ondulante sudoro-algique) avec localisations viscérales multiples
(articulaires, neuro-méningées, etc…).

VII.3.4 Diagnostic

VII.3.4.1 Le diagnostic direct

 63

Il repose sur l'isolement du germe par hémoculture à la phase

septicémique de la malade, par ponction ganglionnaire etc… La culture
est souvent très lente.

VII.3.4.2 Le diagnostic indirect

Il repose sur le sérodiagnostic de Wright: recherche d’anticorps

agglutinants dans le sérum des malades. Un taux supérieur à 1/40 est
significatif. Il est également possible de rechercher l'existence d'une
hypersensibilité cutanée à la mélitine (filtrat de culture de B.melitensis)
par intradermoréaction. Celle-ci est positive en 24-48h chez les sujets
qui ont été exposés aux Brucella.

VII.3.5 Traitement

VII.3.5.1 Le traitement préventif

Il consiste en un dépistage sérologique par les vétérinaires des animaux

infectés et l'abattage de ces animaux.
 64

CHAPITRE. VIII : La flore microbienne normale de l’organisme

 La flore bactérienne commensale

De nombreuses bactéries sont normalement présentes sur la peau et les

muqueuses des sujets sains. Elles constituent les flores commensales
résidentes. Celles-ci participent activement au maintien de la santé. Par
exemple, la flore intestinale synthétise de la vitamine K, aide à
l'absorption des aliments, prévient par son équilibre la prolifération de
bactéries commensales potentiellement dangereuses (Clostridium
difficile) et gêne la colonisation par des bactéries pathogènes. Les
bactéries commensales peuvent être réparties en 4 flores principales
(cutanée, respiratoire, génitale et digestive).

1. La flore cutanée est variable en qualité et en quantité (102 à

106/cm2) selon la topographie.

 La flore résidente est formée de germes Gram + potentiellement

peu pathogènes

• Staphylocoques à coagulase négative

• Corynébactéries

 La flore transitoire est plus polymorphe et peut comporter des

germes potentiellement pathogènes, provenant du tube digestif ou
du rhinopharynx:

• Entérobactéries

• Staphylocoque doré.

Les mains portent souvent une flore transitoire abondante (rôle dans la
transmission croisée).

2. La flore de l'arbre respiratoire supérieur est très variable et abondante

au niveau du rhinopharynx (108/ml de sécrétion pharyngée). Elle
contient de nombreux opportunistes majeurs:

• Staphylocoque doré (orifices narinaires en particulier)

• Streptocoques (groupables ou non, dont S.pneumoniae)

• Haemophilus
 65

• Neisseria (éventuellement Neisseria meningitidis dont le portage est

transitoire)

• Branhamella catarrhalis

• Anaérobies, corynébactéries, lactobacilles.

Au niveau de la trachée, la flore est minime et activement combattue par

le mucus, les cils, les macrophages, etc… L'arbre respiratoire inférieur
est stérile. 3. La flore génitale joue un rôle de protection, essentiel chez
la femme. Les lactobacilles acidophiles ou bacilles de Döderlein, par leur
sécrétion d'acide lactique entretiennent un pH bas qui limite la flore
commensale.

Cette flore commensale est réduite à:

• Streptocoque (Streptocoque B essentiellement)

• Corynébactéries

• Bifidobacterium.

Après la ménopause, les anaérobies et entérobactéries sont plus

abondantes. 4. La flore digestive est la plus abondante et la plus
importante. Elle varie en fonction des différents étages du tube digestif.
Au niveau de la bouche peuvent se trouver la plupart des germes
présents dans le rhinopharynx avec comme particularité l'abondance des
streptocoques surtout non groupables, la présence éventuelle
d'entérobactéries et d'anaérobies. Les streptocoques jouent un rôle
important dans la genèse de la plaque dentaire et ,s'ils essaiment, dans
le développement des endocardites. On dénombre habituellement 108 à
109 germes par ml de salive. L'estomac possède une flore très pauvre
du fait de son acidité. L'intestin grêle possède aussi une flore pauvre en
raison du péristaltisme et de l'abondance des sécrétions.

Les germes présents sont essentiellement des streptocoques,

staphylocoques et lactobacilles. La flore colique est en revanche
extrêmement variée et abondante. Elle comprend 1011-1012
bactéries/gr avec une nette prédominance des anaérobies stricts
(99,9%), surtout Bacteroïdes (≈1011 par gramme de selle),
Bifidobactérium, Clostridium. Viennent ensuite les Entérobactéries
(E.coli, 108/gr, Proteus, Klebsielle...), Entérocoques et Staphylocoques.
 66

Cette flore est habituellement stable et limite l'implantation d'espèces

pathogènes telles que Salmonelle, Shigelle ou Campylobacter et le
développement de bactéries commensales potentiellement
dangereuses.
 67

CHAPITRE : IX LES SPIROCHETES

Les spirochetes Les spirochètes sont des micro-organismes spiralés

(hélicoïdaux), flexibles, à parois très minces. Ils se déplacent par
ondulations du filament axial qui est constitué par deux ou trois touffes
de flagelles polaires (les fibrilles) situées entre la membrane
cytoplasmique et la paroi cellulaire (figure 1). Les spirochètes sont des
bactéries très répandues. Certains sont des commensaux des
muqueuses humaines, notamment des muqueuses buccales, digestives
et génitales. D'autres, qui sont pathogènes, sont rangés dans les genres
Treponema, Borrelia et Leptospira.

IX.1 Genre treponema

Quatre types de tréponèmes sont pathogènes pour l'homme. Treponema

pallidum est l'agent de la syphilis, probablement introduite en Europe au
15e siècle par les marins de Christophe COLOMB. Il est mis en évidence
pour la première fois en 1905 par SCHAUDINN et HOFFMANN, tandis
qu'en 1906 WASSERMANN applique au sérodiagnostic de la syphilis, la
réaction de fixation du complément décrite par BORDET. Treponema
pertenue est l'agent du pian, responsable de lésions cutanéo-osseuses
chez les enfants, dans les régions tropicales humides (aux Antilles par
exemple). Treponema carateum est l'agent de la pinta, ou maladie
cutanée qui frappe les enfants et adolescents des régions tropicales
d'Amérique Centrale et du Sud. Treponema pallidum, variété endémique,
est responsable du Béjel, ou maladie cutanéo-muqueuse qui touche les
enfants et adultes des régions désertiques.

IX.1.1 La maladie syphilitique

Comme toutes les tréponématoses (pian, pinta, béjel), elle présente

deux stades: • Un stade précoce qui couvre la période initiale d'évolution
de deux ans, • Un stade tardif qui groupe les accidents survenant après
deux ans d'évolution. La syphilis est une maladie strictement humaine.
L'infection humaine est habituellement transmise par contact sexuel et,
dans la plupart des cas, la lésion infectante siège sur la peau ou la
muqueuse des organes génitaux. Toutefois, dans 10% des cas, la lésion
primaire est extragénitale (buccale,rectal
 68

IX.1.1.1 L'incubation

Elle est de 3 semaines en moyenne (2 à 10 semaines). Les tréponèmes

se multiplient au point d'inoculation mais certains d'entre eux essaiment
jusqu'aux ganglions lymphatiques, d'où ils gagnent ensuite la grande
circulation.

IX.1.1.2 La lésion primaire

Elle est appelée chancre syphilitique. C'est une papule qui donne
rapidement naissance à une ulcération superficielle, indolore, reposant
sur une base indurée. Elle s'accompagne d'adénopathies satellites. Le
chancre et les adénopathies satellites sont riches en tréponèmes. Non
traité le chancre guérit spontanément en 3 à 6 semaines, les
adénopathies un peu plus tard.

IX.1.1.3 Lésions secondaires

Elles apparaissent 2 à 10 semaines plus tard (en moyenne 2 mois après

le contage). Elles consistent surtout en une éruption maculopapuleuse
rosée qui peut siéger n'importe où sur le corps (roséole, syphilides
papuleuses) et l'apparition de papules plus pâles siégeant dans la région
ano-génitale, le creux axillaire et la bouche (plaques muqueuses). On
peut aussi observer des signes de méningite, chorio-rétinite, hépatite,
néphrite et périostite. Toutes les lésions secondaires sont riches en
tréponèmes, donc contagieuses. Elles accompagnent une importante
septicémie tréponémique. Elles guérissent spontanément mais des
rechutes peuvent se produire pendant 3 à 5 ans. Les phases primaire,
secondaire et de latence constituent la phase précoce ou bactériologique
de la maladie.

IX.1.1.4 Evolution

Dans environ 30% des cas, la syphilis guérit spontanément. Dans 30%,
malgré l'absence de traitement, elle va rester latente et se traduire
uniquement par une sérologie positive. Dans les autres cas, la maladie
va évoluer d'une manière asymptomatique vers un stade tertiaire
caractérisé par le développement de lésions granulomateuses - les
gommes - de la peau, des os et du foie, et des lésions dégénératives du
système nerveux central (paralysie générale, tabès) ou du système
cardiovasculaire (aortite avec parfois formation d'anévrysme,
 69

insuffisance aortique). Une splénomégalie est possible. Dans toutes les

lésions tertiaires, les tréponèmes sont rares. Les lésions tissulaires sont
attribuées à un état d'hypersensibilité à l'égard du tréponème. Il s'agit de
la phase tardive de l'infection syphilitique.

IX.1.1.5 La syphilis congénitale

C'est la syphilis acquise intra-utero. Elle peut entraîner l'avortement, la

mort du fœtus, ou encore, si l'enfant est vivant, des lésions de syphilis
congénitale qui peuvent être du type précoce (bulles, ragades, floraison)
ou d'emblée de type tardif: kératite, malformations dentaire et nasale,
périostite et des anomalies du système nerveux central.

IX.1.2 Bactériologie

IX.1.2.1 Morphologie

Treponema pallidum a de 5 à 15 microns de long sur 0,2 micron de

large. Ses spires sont régulièrement espacées les unes des autres de 1
micron. Sa mobilité est caractéristique: rotation et flexion sinusoïdales.
Tréponèma pallidum ne se colore pas bien par les colorants habituels.
On l'observe habituellement à l'état frais au microscope à fond noir, ou
après coloration spéciale (immunofluorescence, imprégnation
argentique).

IX.1.2.2 Culture

Treponema pallidum, comme tous les tréponèmes pathogènes, n'a pas

encore été cultivé sur milieu artificiel. Seuls existent actuellement des
milieux de survie. Considérés longtemps comme anaérobies stricts, il est
prouvé qu'ils peuvent fixer l'oxygène grâce à une chaine de transport
d'électrons. Ce sont des microaérophiles.

IX.1.2.3 Structure antigénique

En l'absence de culture, la structure antigénique de Treponema pallidum

est peu connue. Toutefois, Treponema pallidum stimule le
développement, chez l'homme, d'anticorps capables de colorer
Treponema pallidum par immunofluorescence indirecte, d'immobiliser et
de tuer Treponema pallidum vivant, et de fixer le complément en
présence de suspension de Treponema pallidum ou de spirochètes
voisins. Treponema pallidum déclenche aussi la formation d'un anticorps
 70

- appelé réagine - qui positive des réactions de fixation du complément

et des réactions de micro-agglutination avec des suspensions aqueuses
de lipides extraits de tissus animaux (cardiolipide) fixés sur des cristaux
de cholestérol.

IX.1.2.4 Pouvoir pathogène expérimental

Le lapin peut être expérimentalement inoculé par voie cutanée, oculaire

et testiculaire avec Treponema pallidum. L'animal fait un chancre riche
en tréponèmes. Les tréponèmes vont persister pendant toute la vie de
l'animal dans les ganglions lymphatiques, la rate et la moelle osseuse.
Le singe fait expérimentalement des lésions primaires et secondaires
très semblables à celles de l'homme; il est le seul animal sensible à
l'infection par Treponema carateum.

IX.1.3 Diagnostic biologique

IX.1.3.1 Les prélèvements

Les prélèvements à faire sont des frottis de la sérosité dermique du

chancre et des lésions secondaires provoquées par grattage des lésions
avec un vaccinostyle pour recherche microscopique du germe, et des
prélèvements de sang pour recherche des anticorps (sérodiagnostic).

IX.1.3.2 La recherche du tréponème

La recherche du tréponème se fait soit par examen au microscope à

fond noir, soit par immunofluorescence. Dans le premier cas, une goutte
de sérosité dermique est placée sur une lame puis recouverte d'une
lamelle. Examinée à l'objectif à immersion, la préparation permet de
mettre en évidence des tréponèmes typiques, mobiles. Cette observation
doit être faite immédiatement après le prélèvement qui doit être effectué
au laboratoire. Dans le deuxième cas, la sérosité dermique est étalée sur
une lame, séchée, fixée et colorée par un sérum antitréponémique
marqué par la fluorescéine. Examinée au microscope à fluorescence, la
préparation permet de mettre en évidence des tréponèmes colorés en
vert, non déformés mais bien entendu immobiles. Il faut noter que les
trépomènes disparaissent des lésions quelques heures après le début
du traitement antibiotique. Au total, l'examen microscopique est peu
sensible mais très spécifique.
 71

IX.1.3.3 Le sérodiagnostic

Pour le diagnostic sérologique de la syphilis on emploie des antigènes

non tréponémiques et des antigènes tréponémiques. a. Les antigènes
non tréponémiques sont des lipides extraits de tissus normaux de
mammifères. On utilise le cardiolipide qui est un extrait de cœur de
bœuf. Il réagit avec une substance présente dans le sérum des sujets
atteints de syphilis et que l'on appelle pour cela la «réagine». La réagine
est un mélange d'IgM et d'IgA dirigés contre des antigènes présents
dans des tissus normaux. Elle apparaît dans le sérum des syphilitiques 1
à 2 semaines après le début du chancre et dans le L.C.R., 4 à 8
semaines après le début du chancre. Deux types de réactions
sérologiques sont couramment employées pour mettre en évidence la
réagine :

 Des réactions dites de floculation ou d'agglutination, type KAHN,

VDRL, KLINE;
 Des réactions de fixation du complément ou de BORDET-
WASSERMANN (B.W.). Toutes les réactions utilisant des
antigènes non tréponémiques peuvent donner des résultats
faussement positifs.

Les faux-positifs sont dûs à la présence de réagine dans de nombreuses

infections (paludisme, lèpre, rougeole, mononucléose infectieuse, etc…),
à des vaccinations, des maladies du collagène, etc… b. Les antigènes
tréponémiques sont des suspensions ou des extraits de T. pallidum. Ils
permettent de mettre en évidence des anticorps spécifiques anti-
tréponèmes. Trois réactions sérologiques peuvent être employées:

 La réaction d'immunofluorescence (FTA-abs) est une réaction

d'immunofluorescence indirecte (des T.pallidum tués + le sérum du
malade + des gammaglobulines antihumaines marquées à la
fluorescéine).
 La réaction d'hémagglutination passive des tréponèmes (TPHA)
utilise comme antigène des globules rouges de mouton, tannés et
formolés, sur lesquels a été fixé un sonicat de Treponema
pallidum. Cette réaction est aussi sensible et spécifique que le FTA
mais devient positive un peu plus tardivement.
 72

 La réaction d'immobilisation des tréponèmes (ou TPI ou encore

test de NELSON) utilise comme antigène Treponema pallidum
vivant mis en suspension dans un milieu de survie, à 37ºC, en
présence de 95% d'Azote, 5% de CO2 et du complément. Si le
sérum mis en contact avec la suspension de tréponème contient
des anticorps spécifiques, les tréponèmes sont immobilisés, sinon
ils restent normalement mobiles. Parce que cette réaction
nécessite des tréponèmes vivants entretenus chez l'animal, elle est
difficile à réaliser en routine. Elle est toutefois très spécifique, mais
ne devient positive que 2 mois après le début de la maladie.

IX.1.4 Traitement

La syphilis est une maladie à déclaration obligatoire et à traitement

obligatoire. Le traitement repose sur l'administration de 2,4MU de
benzathine-pénicilline en injection I.M. unique au stade précoce de la
maladie (primo-secondaire), ou 1 injection hebdomadaire pendant 3
semaines consécutives de 2,4MU de benzathine-pénicilline (soit une
dose totale de 7,2 millions d'unités) pour les stades tardifs. Ce traitement
doit s'adresser simultanément aux malades et à leurs partenaires
sexuels (alternative en cas d'allergie: érythromycine).

La prophylaxie de la syphilis repose sur

(1) le dépistage systématique obligatoire (mariage, grossesse),

(2) le traitement adéquat et précoce des malades connus et de leur(s)

partenaire(s),

(3) l'hygiène sexuelle individuelle (le «vagabondage sexuel» est bien

évidemment une source de risque) et (4) la prophylaxie mécanique
(préservatif) au moment de l'exposition. Aucun vaccin n'est actuellement
disponible. Il faut enfin souligner que plusieurs maladies vénériennes
peuvent être acquises simultanément. Par exemple un sujet atteint de
gonococcie peut avoir contracté en même temps la syphilis ou avoir été
infecté par le VIH et ne pas encore en avoir les signes.

IX.2 Borrelia

1. Les Borrelia sont des bactéries irrégulièrement spiralées responsables

des Fièvres récurrentes (ou borrélioses). Les rongeurs sauvages sont
 73

les réservoirs de virus et les pous ou les tiques, les agents de

transmission. La maladie se traduit par une septicémie à rechutes avec
tuphos, arthralgies, signes méningées et parfois hépato-spléniques et
rénaux. La courbe thermique traduit un état fébrile brutal et intense,
faisant se succéder des phases fébriles et des phases d'apyréxie. Le
diagnostic de la maladie se fait par la mise en évidence du germe à
l'examen microscopique du sang (centrifugation, goutte épaisse). Pas de
sérodiagnostic. Le traitement est basé sur l'administration d'ampicilline,
de tétracycline ou de chloramphénicol. La prophylaxie repose sur la lutte
contre les vecteurs (hygiène corporelle, vestimentaire et de l'habitat,
insecticides).

2. Une forme récemment reconnue (1983) de borreliose, due à

B.burgdorferi, transmise par une tique et dont le réservoir du germe est
constitué de mammifères sauvages ou domestiques, est la maladie de
LYME. Cette maladie est caractérisée par des manifestations cutanées
(erythema chronicum migrans), articulaires (oligoarthrites touchant les
grosses articulations), neurologiques (méningite lymphocytaire) et
cardiaques (troubles de la conduction) évoluant par poussées
successives. Le diagnostic biologique repose sur le sérodiagnostic et le
traitement sur l'administration de tétracyclineou de β-lactamine
(ceftriaxone pour les formes méningées).

IX.3 Les leptospira

Les leptospires sont de fins spirochètes responsables de la leptospirose

ictéro-hémorragique (Maladie à déclaration obligatoire nº18). Les
réservoirs de germes sont les rongeurs (rat, souris), mais aussi les
chiens, les porcs et les bovidés qui éliminent le germe dans leurs urines.
La contamination humaine se fait par absorption d'eau ou d'aliments
contaminés, ou par voie muqueuse ou cutanée (maladie des égoutiers).
La maladie se traduit par une hépato-néphrite avec atteinte méningée.
Son diagnostic biologique est surtout sérologique (sérodiagnostic de
Martin et Petit). Son traitement curatif repose sur l'administration de
pénicilline.
 74

CHAPITTRE X : LES RICKETTSIA ET BACTERIES VOISINES

X.1 Définition

Les rickettsia sont un ensemble de bactéries de petite taille, non

cultivables sur milieux inertes, responsables des rickettsioses qui se
traduisent par un syndrome infectieux évoquant la typhoïde (tuphos =
typhus; typhoïde) s'accompagnant d'un exanthème, sont transmises par
un insecte vecteur, et ont comme réservoirs des rongeurs sauvages.

X.2 Historique

 1900, transmissibilité du typhus d'homme à homme.

 1909, NICOLLE transmission du typhus par le pou.
 1910, RICKETTS aux USA découvre les rickettsies dans le sang
d'un malade atteint de fièvre pourprée.
 1913, VON PROWAZEK découvre les rickettsies dans les poux.

Sont pathogènes pour l'homme.

X.3.2 Les caractères généraux des rickettsies

X.3.2.1 Ce sont des bactéries

En effet : division par scissiparité, paroi qui contient de l'acide

muramique, DNA et RNA, sensibilité aux antibiotiques. Cependant, ces
bactéries sont incapables de se multiplier en dehors des cellules
vivantes, comme les virus.

X.3.2.2 Morphologie

 On peut observer la morphologie des rickettsies dans les cellules

des animaux infectés (rongeurs), dans les cellules du sac vitellin
des œufs infectés, dans les cellules intestinales des arthropodes
vecteurs (poux).
 Coloration: bactéries à Gram négatif, mais coloration non utilisée.
Les colorations usuelles sont la coloration de Giemsa et surtout
celle de Macchiavello et Stamp (coloration par la fuchsine 5mn,
décoloration par l'acide citrique à 0,5% quelques secondes,
recoloration par le bleu de méthylène 30 secondes).
 Forme: bacilles de 0,5µ de long, parfois des formes enrubannées,
sphériques. (grand polymorphisme).
 75

 Microscopie électronique: pas de flagelle, ni de capsule ni de

spore.

X.3.2.5 Structure antigénique

• Antigène thermostable, somatique, spécifique → anticorps qui sont: —

séro neutralisants — agglutinant — fixant le complément +++

— immunofluorescents+++ • Antigène thermosensible, peu spécifique.

X.3.2.6 Culture

Sur animal : endothelium pulmonaire des petits rongeurs et du lapin par

inondation de l'arbre respiratoire sous anesthésie. En 4-5 jours,
pneumonie rickettsienne : embryon de poulet des rickettsies mais fournit
les éléments indispensables, de nature pour l'instant inconnue.de 6 à 8
jours, à 36ºC : multiplication dans la paroi du sac vitellin avec récolte au
3e jour. Sur cultures cellulaires. Dans tous les cas, contrairement aux
virus, la cellule ne participe pas directement à la biosynthèse

X.4 Pouvoir pathogène chez l’homme

X.4.1 Bases du pouvoir pathogène

 Toxine(s) rickettsienne(s): par injection intraveineuse, toxicité par

atteinte de l'endothelium des capillaires. Par voie intradermique,
elles sont dermo-nécrotiques.
 Virulence: les rickettsies se multiplient dans les cellules
endothéliales des capillaires et des artérioles et entrainent des
périartériolites qui constituent les nodules de FRAENKEL
(polynucléaires, macrophages, lymphocytes) caractéristiques des
typhus. Les périartériolites sont généralisées mais prédominent
dans le derme et le cerveau. Les lésions capillaires expliquent le
purpura ; les périvascularites expliquent les atteintes viscérales,
nerveuses en particulier.

X.4.2 Les différentes rickettsioses humaines

X.4.2.1 Groupe du typhus épidémique

Typhus historique. Réservoir : l'homme; agent vecteur : le pou du corps

par ses déjections et non par sa piqûre (inoculation par les lésions de
grattage). Aux Etats-Unis une petite épidémie de typhus à R.prowazeki
 76

en rapport avec des écureuils «volants» a été rapportée. L'homme

pourrait donc ne pas être le réservoir unique de R.prowazeki. Clinique
incubation: 15 jours, début brutal, pseudogrippal, fièvre à 40ºC, tuphos
sans dissociation du pouls et de la température.

Au 5e jour = éruption: exanthème maculeux rosé du tronc et des

membres mais respectant le visage, la paume des mains et la plante des
pieds; énanthème pharyngé. Biologie : déshydratation, hyperurémie,
protéinurie, discrète leucopénie. Parfois discrète réaction méningée de
type lymphocytaire. Mortalité 30%. Complications cardio-vasculaires
(myocardites), nerveuses (encéphalites), rénales, pulmonaires, etc.

Typhus murin. Agent vecteur : puce du rat (piqûre). Réservoir : rongeurs

sauvages (rats, mulots, etc…). Etat endémique en Afrique du Nord et
dans de nombreux autres Pays du Monde.

Tableau plus bénin: incubation plus courte 8-12jours. éruption peut

atteindre plante et paumes. Évolution habituellement favorable.

X.4.2.2 Groupe des fièvres pourprées

Fièvre boutonneuse méditerranéenne. Agent vecteur et réservoir = tique

du chien. Réservoir : chien Maladie fréquente (≈50cas/100.000 habitants
chaque année) au pourtour du bassin méditerranéen, saisonnière
(estivale: 90% des cas entre Juillet et Septembre), à connaître.
Incubation: 4-15 ours (moyenne 6 jours). Début brutal : fièvre à 40ºC
sans dissociation du pouls et de la température (? typhoïde),
manifestations douloureuses (céphalées, myalgies). Eruption au 4e jour
évoluant par vagues successives atteignant le tronc, la face, les
membres, la paume des mains et la plante des pieds: macules rosées
non confluentes, qui deviennent des papules brunes et cuivrées avant de
disparaître. L'escarre d'inoculation (au début de la maladie), typique, est
une petite tache noire (croûte) recouvrant une petite ulcération indolore
entourée d'une auréole rouge avec parfois adénopathie satellite: «le
bouton ». Sans traitement, guérison en 12 jours avec asthénie.

Diagnostic : sérologique.

Fièvre pourprée des montagnes rocheuses (Etats-Unis seulement).

Agent vecteur = tique (réservoir = rongeurs sauvages) Incubation: 3-12
jours. Début brutal: syndrome grippal sévère avec fièvre en plateau,
 77

déshydratation, signes neurologiques. L'exanthème apparaît au 4e jour

et est constitué de taches rosées qui apparaissent aux extrémités et sur
le tronc: extensif, maculo-papuleux, purpurique (placard ecchymotique).
L'escarre d'inoculation est inconstante. Pronostic sévère (50% de
mortalité).

Fièvre vésiculeuse ou varicelliforme (R.akari) Se caractérise par son

vecteur (acarien), par son éruption vésiculeuse, la présence constante
de l'escarre d'inoculation et son évolution favorable. Sévit dans les villes
USA-URSS

X.4.2.3 Groupe des typhus tropicaux

Le groupe des typhus tropicaux est représenté par la fièvre fluviale du

Japon et le typhus des broussailles. Agent vecteur : larve hexapode de
moustiques. Réservoirs : rongeurs sauvages. Le tableau infectieux
associe une fièvre oscillant entre 38 et 40ºC, des troubles cardiaques
(myocardite) et des signes pulmonaires. Exanthème ± généralisé,
maculeux, escarre noirâtre, maladie grave.

X.1 Les rickettsia : classification

Tableau 3 Les principales rickettsies

 Plusieurs espèces voisines bien qu'antigéniquement différentes.

R. prowazeki = typhus épidémique R. typhi = typhus murin R. conori,

R. rickettsi, R. akari = groupe des fièvres pourprées. R. orientalis =

typhus oriental (ou Scrub typhus)

 Bartonella (Rochalimaea) quintana = Fièvre des tranchées ou

Fièvre des cinq jours.
 Coxiella burneti = Fièvre Q (Query Fever). A côté des Rickettsia, il
y a un autre groupe de bactéries à multiplication intraleucocytaire
qui infectent l'homme et les animaux domestiques et sauvages.
Ces bactéries appartiennent au genre EHRLICHIA au sein de la
famille des Rickettsiaceae. E.Sennetsu (Japon 1954)

X.5 Diagnostic des rickettsioses

1. Données cliniques et surtout épidémiologiques (saison, séjour en

zone d'endémie, chien, profession).
 78

2. Isolement et identification du germe sont difficiles, ne se font pas en

routine. Pourraient se faire avant l'éruption par l'inoculation du sang sur:

 cultures cellulaires,
 sac vitellin de l'œuf embryonné,
 cobaye,
 souris,
 milieu de culture riche (Bartonella quintana). Possibilité de mise en
évidence des rickettsies par immunofluorescence directe d'une
biopsie cutanée ou chez un insecte vecteur.

3. Anticorps +++

 apparaissent vers le 10e jour,

 antigènes spécifiques de chaque forme de typhus qui permettent
par conséquent le sérodiagnostic des rickettsioses.

X.6 Traitement des rickettsioses

 Préventif: chimioprophylaxie: doxycycline 100mg/1j sur 7,

épouillage. Rôle favorisant de l'immunodépression, l'alcoolisme,
l'exclusion sociale.
 Curatif: doxycycline 200mg/jour jusqu'à deux jours après la
guérison clinique (en moyenne une semaine). Ce traitement
s'applique aux infections à Rickettsia et Ehrlichia.
 79

CHAPITRE XI : LA CHLAMYDIA

Les chlamydias Les bactéries du genre chlamydia sont des bactéries de

petite taille incapables de faire la synthèse de leurs propres constituants
et, de ce fait, parasites intracellulaires obligatoires. Elles sont
représentées par trois espèces principales: C.trachomatis qui est
responsable du trachome épidémique, d'infections génitales et oculo-
génitales, et de la maladie de Nicolas et Favre ou lymphogranulomatose
vénérienne; C.psittaci, agent de l'ornithose-psittacose, dont les
réservoirs de germes sont les oiseaux (pigeon, perroquet, perruche) et
certains mammifères (ovins, bovins, chat), qui est responsable
d'infections respiratoires chez l'homme, et C.pneumoniae, dont le
réservoir de germe est l'homme, qui est responsable d'infections
respiratoires chez l'homme.

XI.1 Caractères généraux des chlamydias

Petite bactérie arrondie de 0,3µ de diamètre, la forme virulente des

chlamydia est le corps élémentaire. Celui-ci est adapté à la survie dans
le milieu extérieur, sans possibilité de multiplication mais avec l'aptitude
de pénétrer par phagocytose à l'intérieur de la cellule-hôte. Dans la
vacuole de phagocytose, le corps élémentaire se transforme en 6 à 8
heures en corps réticulé, élément plus grand dont l'ADN est réticulé, qui
est responsable de la multiplication des Chlamydia. En 18 à 24h, le
corps réticulé augmente de volume, se transforme en inclusion
intracytoplasmique contenant de nombreux corps réticulés qui vont
ensuite évoluer en corps élémentaires. La cellule-hôte va ensuite éclater
et libérer les corps élémentaires qui, à leur tour, vont recommencer un
nouveau cycle de multiplication intracellulaire.

Les Chlamydia possèdent des antigènes de genre communs à toutes les

espèces, des antigènes d'espèce différents chez C.trachomatis,
C.psittaci et C.pneumoniae, et des antigènes de type permettant de
distinguer parmi l'espèce C.trachomatis les types A, B, C du trachome, D
à K des infections génitales et le type L de la lymphogranulomatose
vénérienne. L'étude des anticorps spécifiques est intéressant pour le
diagnostic sérologique de l'infection par chlamydia, quoique la positivité
du sérodiagnostic puisse traduire l'infection passée et non pas l'activité
actuelle du processus infectieux.
 80

14.2 Chlamydia trachomatis

Le réservoir de germe de C.trachomatis est l'homme. La transmission

d'homme à homme est assurée par contact direct (sexuel, main, linge
souillé) ou indirect (mouche • trachome).

XI.2.1 Le trachome

Maladie endémique largement répandue dans les zones intertropicales,

le trachome touche 500 millions de personnes. Dues aux sous-types A,
B et C de C.trachomatis il se traduit par une kératoconjonctivite franche
avec altération conjonctivale (papilles rouges et follicules translucides,
pathognomoniques) et cornéenne (pannus = néovascularisation) qui
évolue vers la cécité par surinfection bactérienne, complications
mécaniques et ulcération cornéenne.

XI.2.2 Les infections génitales ou sexuellement transmissibles

D'incidence croissante, les infections génitales à Chlamydia trachomatis

des sous-types D à K provoquent chez l'homme des urétrites
mucopurulentes trainantes, et chez la femme, des cervicites souvent
latentes pouvant se compliquer de salpingite et de stérilité. Le nouveau-
né peut se contaminer au passage de la filière génitale et peut faire une
conjonctivite généralement bénigne et plus tardivement une pneumonie
interstitielle. Le syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter (arthrite+
conjonctivite+ urétrite) pourrait être dû à C.trachomatis.

XI.2.3 Lymphogranulomatose vénérienne ou maladie de Nicolas et

Favre

Due aux sous-types sérologiques L, la maladie de Nicolas et Favre est

une maladie sexuellement transmise. Après 3 à 30 jours d'incubation, un
micro-chancre apparaît au point d'inoculation (gland, vagin, anus) qui
s'accompagne quelques jours plus tard d'une polyadénopathie inguinale.
Celle-ci va ensuite donner lieu à de multiples fistules en pomme
d'arrosoir. Des localisations extragénitales peuvent survenir
(neurologiques, articulaires, oculaires).

XI.2.4 Diagnostic bactériologique

a. Examen microscopique des cellules lésionnelles prélevées par

grattage :
 81

 Coloration de Giemsa: inclusions. Méthode peu sensible pour les

formes génitales.
 Immunofluorescence avec anticorps monoclonaux: met en
évidence les corps élémentaires. C'est une méthode sensible
(90% de positivité dans les cas à culture+) et spécifique mais
sujette à des variations individuelles (difficulté habituelle de
l'interprétation microscopique de la fluorescence!).
 Hybridation avec des sondes spécifiques: méthode sensible,
spécifique et robuste.

b. Culture sensible et spécifique sur culture cellulaire (cellules McCoy ou

Hela) dont la positivité est révélée par immunofluorescence. c. Sérologie:
micro-immunofluorescente (titre significatif >64) intéressante pour le
diagnostic de la maladie de Nicolas et Favre.

XI.2.5 Traitement

Préventif: hygiène +++ pour le trachome Ciuratif: antibiotiques: cyclines,

macrolides, fluoroquinolones.

XI.3 Chlamydia psittaci

XI.3.1 Le réservoir de germes

Oiseaux (pigeon, perroquet, perruche) et mammifères. Distribution

mondiale.

XI.3.2 Le pouvoir pathogène

Après une période d'incubation de 1 à 2 semaines, les Chlamydia se

multiplient dans le poumon et entrainent une pneumonie à la localisation
radiologique atypique, fébrile qui peut se compliquer de myocardite,
glomérulonéphrite et méningo-encéphalite.

XI.3.3 Diagnostique bactériologique

Surtout indirect, par réaction de fixation du complément, spécifique de

genre, ou par immunofluorescence, ou technique ELISA, spécifiques
d'espèce (titre significatif >64).
 82

XI.3.4 Traitement

Règlements d'hygiène publique (pigeons) et d'importation des oiseaux

d'agrément. Antibiotiques: cyclines et macrolides.

XI.4.Chlamydia pneumoniae

XI.4.1 Réservoir de germes

Homme avec transmission exclusivement interhumaine.

XI.4.2 Pouvoir pathogène

Pneumonie atypique, bronchite, sinusite, pharyngite. Rôle dans la

genèse de l'athérosclérose en cours d'éclaircissement.

XI.4.3 Diagnostic bactériologique

Direct : immunofluorescence directe sur frottis d'écouvillonnage

pharyngé avec anticorps monoclonal. La culture est difficile Indirect : par
micro-immunofluorescence, les anticorps spécifiques apparaissent 3
semaines après la primoinfection (titre significatif >512).

XI.4.4 Traitement

Cycline,microline

Quelques exemples de diagnostic bactériologique :

Généralités sur les prélèvements :

EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES CRACHATS :(ECBC)

 Prélèvement :

Le matin, au réveil, après rinçage bucco-dentaire à l’eau du robinet, lors d’un effort de toux ou
aidé par kinésithérapie

 Germes recherchés :

- Pneumopathie communautaire (50% bactérienne) : S. pneumoniae, H. influenzae, S. aureus, B.

catarrhalis, K. pneumoniae …
- Pneumopathie nosocomiale : S. pneumoniae, H. influenzae, S. aureus, B. catarrhalis, K.
pneumoniae, P. aeruginosa, B. cepacia, Enterobacter spp., Serratia spp. …
- Surinfection de BPCO : S. pneumoniae, H. influenzae, S. aureus, B. catarrhalis, K. pneumoniae,
P. aeruginosa, Enterobacter, Serratia …
- Dans certaines conditions : C. pneumoniae, M. pneumoniae, L. pneumophila, Nocardia spp.,
Mycobactéries, C. burnetii, anaérobies, Candida spp., Aspergillus spp. …
 83

d
 Examen direct :

Frottis coloré au Gram, observé à l’objectif 100 : faire une moyenne sur 10 champs des cellules
épithéliales (témoins d’une contamination salivaire) et des leucocytes (en faveur d’un phénomène
infectieux). Les macrophages alvéolaires et les cellules bronchiques témoignent d’une origine
basse des sécrétions.
Cellules
Leucocytes/champ Conduite à tenir
épithéliales/champ
>25 <25 Ensemencement
Pas d’ensemencent ; contamination salivaire trop
<25 >25
importante
>25 >25 En fonction du contexte clinique

 Milieux ensemencés :

Fluidification du prélèvement et ensemencement avec une dilution permettant de dénombrer >

105UFC/ml
- Gélose chocolat +/- antibiotiques (Bacitracine, Vancomycine, Clindamycine) : H. influenzae
- Gélose au sang +/- ANC, CAP … : S. pneumoniae- Gélose sélective des BGN : Hektoën …
- Gélose Sabouraud + ATB (ou chromogène) : Candida, Aspergillus
d
 Examens complémentaires :

- Antigénémie ou antigénurie Pneumocoque

- Antigénurie Legionella pneumophila sérotype 1

: PRELEVEMENTS DE GORGE :

 Prélèvement :

- Amygdales (voire, palais ou pharynx)

 Germes recherchés :

- Streptococcus pyogenes, streptocoques des groupes C et G

- Association fusospirochétienne (Fusobacterium necrophorum + Treponema vincenti) : angine
ulcéro-nécrotique
- Arcanobacterium haemolyticum (angine aiguë + rash cutané)
- Corynebacterium diphteriae (angine pseudo-membraneuse)
 84

- Candida albicans
- N. gonorrhoeae
D
 Examen direct :

- Coloration de Gram, coloration au bleu de méthylène

D
 Milieux ensemencés :

- Gélose au sang +/- ANC sous CO2 +/- en anaérobie

- Recherche de gonocoque : gélose chocolat + mélange polyvitaminique + VCAT + CO2
- Recherche de C. diphteriae : gélose au sang ou milieu de Tynsdale

: EXAMEN CYTOBACTERIOLOGIQUE DES UNRINES : ECBU

.
 Prélèvement :

Prélèvement des urines à mi- jet après nettoyage et rinçage de la vulve (ou du gland)

 Germes recherchés :

E. coli
Autres entérobactéries : Proteus spp. Klebsiella spp. Enterobacter spp. …
Staphylococcus saprophyticus (surtout chez la femme jeune)
Pseudomonas aeruginosa
Enterococcus spp.
Levures : C. albicans …
d
 Examen direct :

Quantification de la leucocyturie (significative à partir de 104/ml) et de l’hématurie

Evaluation qualitative et semi-quantitative de la bactériurie (coloration de Gram)
Présence de cellules épithéliales (en faveur d’une contamination vaginale)
Présence de cylindres témoignant d’une atteinte rénale (cylindres hématiques, cylindres
granuleux)
d
 Milieux ensemencés :
 85

Ensemencement permettant une quantification de la bactériurie (2 seuils : 10 3 et 105 UFC/ml)

Gélose non sélective : CLED, BCP …
Gélose chromogène

COPROCULTURE :

 Prélèvement :

Selles liquides, molles, glaireuses, hémorragiques (selles solides uniquement sur indication
spécifique)

 Germes recherchés :

- Coproculture standard : Campylobacter spp. Salmonella spp. Shigella spp. (Yersinia

enterocolitica en cas de diarrhée)
- E. coli entéropathogène (enfant de moins de 2ans), entérotoxinogène, entérohémorragique
(O157 H7 : responsable du SHU), entéro-invasif
- Vibrio spp., Aeromonas spp. Pleisiomonas shigelloides …
- Dysmicrobisme : Clostridium difficile (colite pseudo-membraneuse, diarrhée post-antibiothérapie)
voire S. aureus, P. aeruginosa …
- Toxine préformée : Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens (toxine
préformée)
d
 Examen direct :

- Examen microscopique : présence de leucocytes dans les diarrhées invasives (Salmonella,

Shigella, Campylobacter…), absence de leucocytes dans les diarrhées toxinogènes (V. cholerae,
ETEC, C. difficile …)
d
 Milieux ensemencés :

- Bouillon d’enrichissement pour les salmonelles : Sélénite, Müller Kauffmann … (eau peptonnée
alcaline pour le Vibrio)
- Milieux non sélectifs pour diagnostiquer les dysmicrobismes (autre que C. difficile)
- Milieux sélectifs de Gram négatif : Mac Conkey, Drigalski, Hektoën, SS …
- Milieux sélectifs et enrichis (incubés en microaérophilie) pour l’isolement de Campylobacter spp.
: Karmali, Skirrow … (une incubation à 42°C augmente la sélectivité pour C. jejuni)
- Milieu CIN (Cefsulodine-Irgasan-Novobiocine) pour la recherche de Yersinia
- Milieux sélectifs et enrichis (incubés en anaérobie) pour la recherche de C. difficile
- Milieu TCBS (Thiosulfate Citrate Bile Saccharose) pour la recherche de Vibrio (V. cholerae :
saccharose +)
- Milieu Sorbitol-Mac Conkey en cas de suspicion de SHU (E. coli O157H7 : sorbitol -)
- Milieux pour la recherche de BMR : ERV, SARM, EBLSE …
d
 Examens complémentaires :

- Recherche des toxines (A et B) de C. difficile sur le prélèvement et la culture.

 86

- Recherche des toxines SLT1 et SLT2 (ECEH)

- Typage des souches d’E.coli, de Salmonella …

PRELEVEMENTS ANO-GENITAUX :

 Prélèvement :

- Prélèvement vaginal, prélèvement au niveau de l’endocol, prélèvement urétral

 Germes recherchés :

- Microorganismes toujours pathogènes :

Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Trichomonas vaginalis
- Microorganismes potentiellement pathogènes (au sein d’une flore déséquilibrée) :
Candida albicans, Gardnerella vaginalis, Staphylococcus aureus, Streptococcus spp.,
Entérobactéries, Mobiluncus spp, Mycoplasma spp., Ureaplasma spp., bactéries anaérobies
strictes
- Microorganismes à rechercher chez la femme enceinte : Streptococcus agalactiae
 Examen direct :

- Examen direct entre lame et lamelle puis coloration au MGG pour la recherche de T. vaginalis
- Coloration de Gram avec recherche de "Clue Cells" (signe de vaginose)
d
 Milieux ensemencés :

- Gélose au sang + gélose chocolat (état de la flore normale, H. ducreyi, S. aureus, Entérobactéries …)
- Gélose chocolat + mélange polyvitaminique + VCAT + CO2 (N. gonorrhoeae)
- Gélose Sabouraud + Chloramphénicol, voire milieux chromogènes pour la recherche de levures (C.
albicans)
- Gélose sélective au sang humain pour l’isolement de G. vaginalis (hémolyse β)
- Gélose type granada pour la recherche de S. agalactiae
- Milieux liquides sélectifs des mycoplasmes à base d’urée et d’arginine (U. urealyticum, M. hominis)

d
 Examens complémentaires :

- PCR pour C. trachomatis (germe intracellulaire : culture difficile)

PRELEVEMENTS CUTANES :

 Prélèvement :

- Nettoyer délicatement la lésion à l'eau physiologique stérile

- Prélever la lésion à l’aide d’un écouvillon humidifié à l’eau physiologique stérile

 Germes recherchés :
 87

- S. aureus
- S. pyogenes
- P. aeruginosa
- Enterobactéries
- C. minutissimum (infection des plis)
- M. marinum, M. ulcerans, autres mycobactéries atypiques, E. rhusiopathiae (rouget), N.
meningitidis (purpura), Nocardia spp. C. diphteriae …
d
 Examen direct :

- Coloration de Gram, coloration au bleu de méthylène

d
 Milieux ensemencés :

- Gélose au sang
- Bouillon
d

 Examen complémentaire :

- Erythème migrant de la maladie de Lyme : pose le diagnostic dans sa forme clinique typique.

Choix du milieu

Produits ouverts :

Les milieux liquides sont a priori à proscrire car ils faussent complètement la notion
numérique (il faut essayer de respecter la proportion des germes). Dans certains cas
cependant, on utilise un milieu liquide car un germe peut pousser dans un milieu
liquide alors qu'il ne pousserait sur un milieu solide. On utilise aussi des milieux
liquides comme milieu d'enrichissement lorsqu'on recherche un germe bien
spécifique (par exemple Salmonella).

Dans la plupart des cas, il faut faire un isolement : ensemencement sur boîte de Petri
= technique habituelle.

Produits de cavités fermées :

Il faut s'adresser également à un milieu liquide permettant un ensemencement

beaucoup plus massif (si le produit contient peu de germes) ; d'autre part, on s'attend
normalement à une culture mono-microbienne. Un très bel exemple est celui de
l'hémoculture où on ensemence 10 à 20 cm3 de sang.

Quelques produits biologiques couramment analysées aux laboratoires

de microbiologie :
: Urines
 88

 Prélèvement

L'aspect qualitatif joue un rôle très important surtout que maintenant on évite le
prélèvement des urines par sondage. Pour les urines, il existe en effet 3 modes de
prélèvement:

 sondage : pas de contamination mais risque important d'infections iatrogènes.

D'où ce mode de prélèvement est de plus en plus déconseillé.
 ponction sus-pubienne : méthode excellente mais elle reste une méthode
d'exception
 urines émises à la miction après nettoyage soigneux des organes génitaux :
c'est la méthode la plus utilisée cependant les germes de souillure sont
souvent identiques aux germes retrouvés, d'où le recours à la numération
pour interpréter la présence du germe identifié.

La règle de Kass est valable à condition de ne pas l'appliquer sans nuance :

 moins de 10 000 germes/ml : non pathologique

 10 000 - 100 000 germes/ml : discutable
 plus de 100 000 germes/ml : infection ou menace d'infection urinaire

 Nature des germes

1. Germes intestinaux

Entérobactéries - entérocoques - streptocoque B = germes d'origine basse

responsables d'infections ascendantes (cystite puis pyélite).

2. Germes d'origine hématogène

ex. : Staphylocoques responsables d'infection descendante.

3. Germes opportunistes

Chez des opérés, des personnes porteuses d'une sonde à demeure…

ex. : Pseudomonas et occasionnellement d'autres germes non fermentants.

4. Pyurie

Une pyurie doit toujours nous forcer à admettre qu'il y a infection. Si, lors d'une
pyurie, on ne retrouve pas de germe après l'examen bactériologique normal, il
faut absolument faire une recherche de BK par la coloration de Ziehl même si le
clinicien ne le demande pas : on peut ainsi détecter une tuberculose rénale.

 Schéma d'examen bactériologique des urines en routine

1) Examen direct sur urine non centrifugée

 89

Cet examen donne une appréciation quantitative et permet de voir si le germe est
gram + ou gram -. Attention : dans l'urine, les grams - se décolorent mal surtout s'il y
a trop d'urines → gram effectué à partir d'une anse et non d'une pipette.

2) Mise en culture

Il s'agit d'un schéma choisi parmi d'autres.

 Gélose lactosée au pourpre de bromocrésol (BCP).

Le BCP est un des seuls milieux ne contenant pas de NaCl. D'où on

bénéficie d'une inhibition relative du proteus pour ne pas avoir un
envahissement de la gélose par ce germe. Le bromocrésol permet de
faire la distinction entre germes lactose + ou lactose - (cela oriente déjà
un petit peu pour les entérobactéries. L'ensemencement se fait de
manière quantitative par le procédé Dip-slide intéressant pour le
médecin généraliste : il s'agit d'un flacon contenant une lame porte-objet
dont les 2 faces sont recouvertes de milieux de culture gélosés
différents : l'un est sélectif, l'autre pas. Ce procédé évite le transport de
l'échantillon et préserve la notion quantitative.

 Milieu de Mac Conkey (MC)

Le MC est un milieu sélectif laissant pousser uniquement les gram - : colonies

rouges = lactose + ; colonies incolores = lactose - ; à partir de chaque type de
colonies, on réalisera une galerie d'identification.
 90

REFFERENCE BIOLOGRAPHIQUE

1. Leclercq R, Derlot E, Duval S et al. Plasmid-mediated resistance to

vancomycin and teicopla- nin in Enterococcus faecium. New England J.
Med. 1988 ; 319 : 157-161.

2. Bulletin Epidémiologique Annuel. Résistance du pneumocoque aux

antibiotiques en France en 1997. 1997 ; 2 : 183-186

3. Schrag SJ, Beall B, Dowel SF. Limiting the spread of resistant

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effectiveness of alternative interventions. Clin. Microbiol. Rev. 2000 ; 13 :
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4. Abramson JS et coll. 2000 : Technical Reports : prevention of

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6.102 Jett, B. D., Huycke, M. M. & Gilmore, M. S. (1994). Virulence of

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7.Julio, A. (2015). Bactéries : anatomie fonctionnelle et classification

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8.Ladjouzi, R. (2013). Analyse des mécanismes de tolérance aux

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9. Meyer, A., Deiana, J. & Leclerc, H. (2000). Cours de microbiologie

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10. Prescott, L. M., Harley, J. P. & Klein, D. A. (2003). Microbiologie. De

Boeck.

11. Prescott, L. M., Willey, J. M., Sherwood, L., Woolverton, C. J. &

Prescott, L. M. (2013). Microbiologie. De Boeck 4ème édition.

12. Prieur, D., Geslin, C. & Payan, C. (2011). Mini manuel de

microbiologie: cours + QCM-QROC. Paris: Dunod.

13. Prof, Kandolo , (2023).Cours de diagnostic avancé des infections

bactériennes. Master I.istm/kinshasa.
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