UNIVERSITE ‘LA FRANCOPHONIE’

FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES

MASTER 1 : GENIE CHIMIQUE
ANNEE ACADEMIQUE : 2024-2025

TRAVAIL DE RECHERCHE EN
SIMULATIONS MOLECULAIRES

SPECIALITE : GENIE PETROCHIMIQUE

Rédigé par : Enseignant :

1. Ditar Bapeng Richard Dr. Amola liouna
2. Allata Yambaye
3. Nguemta Djimrangue

1
SOMMAIRES
Chapitre 1 : Introduction à la simulation moléculaire ............................................................................ 3
1.1 : Définition et Principe de la simulation moléculaire ..................................................................... 3
1.1.1: Définition .................................................................................................................................... 3
1.1.2 : Principe ...................................................................................................................................... 3
1.2 : Application de la simulation moléculaire ..................................................................................... 7
Chapitre 2 : Méthodes de la simulation moléculaire ......................................................................... 11
2.1 : Introduction .................................................................................................................................. 11
2.2 : Dynamique moléculaire (MD) ..................................................................................................... 11
2.2.1 : Principe Fondamental .............................................................................................................. 11
2.2.2 : Etape de simulation Moléculaire ............................................................................................. 12
2.2.3 : Types simulation moléculaires ................................................................................................. 13
2.2.4 : Potentiels d’Interaction ........................................................................................................... 13
2.2.5: Thermostats et Barostats .......................................................................................................... 14
2.2.6: Applications de la Dynamique Moléculaire .............................................................................. 14
2.2.7: Avantages de la Dynamique Moléculaire ................................................................................. 15
2.2.8: Inconvénients ............................................................................................................................ 15
2.3 : Monte Carlo (MC) ........................................................................................................................ 15
2.3.1 : Principe Fondamental .............................................................................................................. 16
2.2.2 : Méthode de Metropolis ........................................................................................................... 16
2.3.3: Types d’ensembles thermodynamiques ................................................................................... 17
2.3.4 : Applications de la Méthode Monte Carlo ................................................................................ 17
2.3.5: Avantages et inconvénients ...................................................................................................... 18
Les avantages et les inconvénients de la méthode MC sont récapitulés dans le tableau ci-dessous :
............................................................................................................................................................ 18
2.3.6 : les logiciels de la simulation Monte Carlo................................................................................ 18
3. CONCLUSION GENERALE .............................................................................................................. 19

2
Chapitre 1 : Introduction à la simulation moléculaire
1.1 : Définition et Principe de la simulation moléculaire
1.1.1: Définition
La simulation moléculaire est une technique informatique fascinante qui joue un
rôle crucial dans de nombreux domaines scientifiques et industriels. Elle permet de
modéliser et de prédire le comportement des molécules et de leurs interactions à
l’échelle atomique. Utilisée depuis plusieurs décennies, la simulation moléculaire
est devenue un outil incontournable pour comprendre, concevoir et améliorer
divers matériaux et processus biologiques. Cet article a pour objectif d’explorer les
bases, les techniques, les applications et l’avenir de la simulation moléculaire.

Elle se définit par la modélisation numérique des structures atomiques et

moléculaires. Elle repose sur des notions fondamentales telles que les atomes, les
molécules et les forces intermoléculaires. Différents types de simulations existent,
dont les plus courantes sont la dynamique moléculaire (MD) et la méthode de
Monte Carlo. La dynamique moléculaire simule le mouvement des atomes et des
molécules au fil du temps, tandis que Monte Carlo utilise des méthodes
probabilistes pour explorer l’espace des configurations moléculaires.

1.1.2 : Principe
La simulation moléculaire permet de modéliser et d'analyser le comportement et les
interactions des molécules à l'échelle atomique, offrant des prévisions précises sur
les propriétés matérielles. Elle aide à explorer les mécanismes, informant ainsi le
développement de nouveaux matériaux et l'optimisation des propriétés existantes
sans nécessiter d'expérimentation physique immédiate. Elle repose sur des principes
fondamentaux de la mécanique classique, statistique et quantique pour simuler le
comportement dynamique et les interactions entre les particules. Voici les
principes clés qui sous-tendent les simulations moléculaires.

a. Méthode de base : La Mécanique Classique

La plupart des simulations moléculaires classiques reposent sur des principes de la

mécanique newtonienne, en particulier l’équation du mouvement de Newton pour
prédire l’évolution des particules (atomes ou molécules) dans le temps.

3
 𝐹 =𝑚×𝑎

Où:

 F est la force agissant sur un atome,

 m est sa masse,
 a est son accélération.

Dans ce cadre, les forces qui agissent entre les atomes sont calculées par des
potentiels interatomiques, et la trajectoire de chaque atome est déterminée en
résolvant ces équations du mouvement.

b. Interactions entre les Particules (Potentiels Interatomiques)

Les interactions entre les particules sont modélisées par des potentiels
d’interaction, qui représentent les forces d’attraction et de répulsion entre les
atomes. Ces potentiels peuvent inclurent:

 Liaison covalente : Modélisée souvent par un potentiel harmonique (comme

dans le modèle de Morse).
 Forces de Van der Waals : Représentées par des termes de type Lennard-
Jones (qui modélisent l'attraction et la répulsion à courte distance).
 Réactions électrostatiques : Utilisation de la loi de Coulomb pour modéliser
l'attraction ou la répulsion entre des charges électriques (ions, dipôles).

Un exemple classique de potentiel est le potentiel Lennard-Jones :

𝜎 12 𝜎 6
𝑉𝐿𝐽 (𝑟) = 4𝜖 [( ) − ( ) ]
𝑟 𝑟
Où :

r : est la distance entre deux atomes,

ϵ: est la profondeur du puits de potentiel (mesurant l'intensité de l'attraction),

σ: est la distance à laquelle l'énergie est minimale.

4
c. Méthodes de Simulation : Dynamique Moléculaire (MD)

Dans la dynamique moléculaire (MD), les positions des atomes sont intégrées au
cours du temps en résolvant les équations de Newton. L’objectif est de suivre
l’évolution des atomes en fonction des forces qui leur sont appliquées.

La méthode typique est basée sur l'intégration numérique des équations du

mouvement, généralement via des schémas d’intégration comme le Schéma
d'Euler, Verlet, ou Leapfrog, qui calculent les nouvelles positions et vitesses des
particules à chaque étape de temps.

Exemple:

 Pour un atome i, la position ri(t) évolue comme suit :

𝑟𝑖 (𝑡 + ∆𝑡) = 𝑟𝑖 (𝑡) + 𝑣𝑖 (𝑡). ∆𝑡

Où : vi(t) est la vitesse à l'instant t.

 La force est obtenue à partir du potentiel :

𝐹𝑖 = −∇𝑖 × 𝑉(𝑟𝑖 )

Où : ∇iV est le gradient du potentiel par rapport à la position de l'atome i.

d. Méthodes d’Échantillonnage : Monte Carlo (MC)

L'échantillonnage Monte Carlo (MC) est une approche basée sur des essais
statistiques pour échantillonner les configurations du système, particulièrement
utile pour étudier des systèmes en équilibre thermodynamique.

 Dans MC, les configurations sont générées en acceptant ou en rejetant des

changements selon une probabilité basée sur le règle de Metropolis :

∆𝐸
𝑃(𝑎𝑐𝑐𝑒𝑝𝑡𝑎𝑡𝑖𝑜𝑛) = 𝑚𝑖𝑛 (1, 𝑒𝑥𝑝 (− ))
𝑘𝐵 𝑇

Où : ΔE est la différence d’énergie entre la nouvelle et l’ancienne

configuration, kB est la constante de Boltzmann et T la température.

5
Cette approche est idéale pour explorer des espaces de configuration sans suivre
directement l'évolution temporelle.

e. Simulation à Différentes Températures et Pressions

 Ensemble Canonique (NVT) : À température constante, le système échange

de l'énergie avec un réservoir thermique. La température est régulée,
généralement à l'aide de thermostats comme Berendsen ou Nosé-Hoover.
 Ensemble Microcanonique (NVE) : Le système est isolé, sans échange de
chaleur avec l’extérieur.
 Ensemble Canonique (NPT) : À pression constante, ce type de simulation
ajuste le volume pour maintenir la pression et la température constantes.

f. Intégration des Lois de la Thermodynamique

Les simulations moléculaires reposent sur les principes de la thermodynamique

statistique pour relier les propriétés microscopiques des particules aux propriétés
macroscopiques observables :

 L’énergie libre de Helmholtz (à température et volume constants) et

l’énergie libre de Gibbs (à température et pression constants) sont des
concepts essentiels pour calculer les propriétés thermodynamiques.
 La mécanique statistique permet de relier les fluctuations de l'énergie, de la
pression et d’autres grandeurs aux fonctions de partition.

g. Visualisation et Analyse des Résultats

Une fois les trajectoires générées, les résultats peuvent être analysés et visualisés
sous forme de graphes et de visualisations 3D :

 Analyse de la densité, de l’entropie, des propriétés de transport (diffusion,

viscosité).
 Cartographies de contacts et de liaisons pour observer les interactions entre
atomes ou molécules.
 Spectres de vibration et comparaison avec des données expérimentales pour
valider les modèles.

h. Limitations et Approximations

 Mécanique classique et quantique : Les méthodes classiques ignorent les

effets quantiques (comme l'effet tunnel ou la quantification des niveaux

6
 d'énergie), bien qu’elles puissent être adaptées à des systèmes où ces effets
sont négligeables.
 Taille des systèmes : Les simulations classiques sont limitées par le nombre
d'atomes ou de molécules que l'on peut modéliser, en raison des coûts
computationnels élevés.

Les principes de la simulation moléculaire reposent sur l'application de la

mécanique classique, statistique et parfois quantique pour étudier les interactions
atomiques et moléculaires. Ces simulations sont fondamentales pour prédire des
propriétés physiques, explorer la structure et la dynamique des molécules, et
comprendre des phénomènes à l’échelle atomique qui sont difficiles à observer
expérimentalement.

1.2 : Application de la simulation moléculaire

La simulation moléculaire est utilisée dans une vaste gamme de domaines
scientifiques et industriels pour modéliser, comprendre et prédire le comportement
des systèmes à l'échelle atomique et moléculaire. Voici un aperçu des applications
majeures de la simulation moléculaire dans différents secteurs :

 Chimie Théorique et Modélisation de Réactions Chimiques

 Optimisation de structures moléculaires : La simulation moléculaire est

utilisée pour prédire la géométrie stable des molécules en optimisant leurs
structures. Cela est essentiel pour la conception de nouveaux composés
chimiques et pharmaceutiques.
 Mécanismes de réaction chimique : Elle permet de simuler et d’analyser les
mécanismes réactionnels au niveau atomique, en suivant l’évolution des
atomes pendant une réaction chimique. Cela permet de prédire les énergies
d'activation et les produits de réaction.
 Catalyseurs : Les simulations peuvent être utilisées pour comprendre
comment les catalyseurs fonctionnent, en étudiant les sites actifs et les
interactions entre les molécules réactives et la surface du catalyseur.

 Biochimie et Biologie Moléculaire

 Conformation des protéines : La simulation moléculaire permet de prédire la

structure 3D des protéines à partir de leur séquence d’acides aminés. Elle est
utilisée pour la prédiction de structures dans le cadre de la biologie
computationnelle (ex. : méthode de repliement de protéines).

7
 Interdiction moléculaire : La simulation permet de modéliser les interactions
entre protéines et petites molécules, ce qui est essentiel pour la conception
de médicaments et la recherche de nouveaux médicaments (méthodes
comme docking moléculaire).
 Dynamique des membranes biologiques : Simuler le comportement des
membranes cellulaires, les canaux ioniques et les complexes biomoléculaires
permet de mieux comprendre le fonctionnement biologique au niveau
cellulaire.

 Pharmacologie et Conception de Médicaments

 Dépistage virtuel de médicaments : La simulation moléculaire permet de

screening virtuel de vastes bases de données de petites molécules pour
identifier les candidats médicaments les plus prometteurs avant les tests
expérimentaux.
 Conception de médicaments par structure (CADD) : Grâce à la modélisation
des interactions ligand-récepteur, la simulation permet de concevoir des
médicaments avec une affinité et une sélectivité élevées envers leur cible
biologique.
 Mécanismes de résistance aux médicaments : Étudier les mutations
génétiques dans les récepteurs ou les enzymes pour prédire les résistances
aux médicaments et guider la conception de nouveaux traitements.

 Matériaux et Nanotechnologie

 Propriétés des matériaux : La simulation moléculaire est utilisée pour étudier

la structure et les propriétés des matériaux à l’échelle atomique. Elle est
essentielle pour la conception de nouveaux matériaux, qu’il s’agisse de
polymères, de matériaux nanostructurés, ou de composites.
 Nanoparticules et nanomatériaux : Les simulations sont utilisées pour
concevoir des nanoparticules et analyser leurs interactions à l'échelle
atomique, ce qui est crucial pour les applications dans les domaines des
dispositifs électroniques et médicaux.
 Propriétés thermodynamiques des matériaux : Par exemple, les simulations
peuvent prédire la conductivité thermique, la viscosité ou la résistance
mécanique de nouveaux matériaux.

 Science des Polymères

8
 Conception de polymères : Les simulations moléculaires permettent de
prédire les propriétés macromoléculaires des polymères, tels que leur
fluidité, viscosité, et comportement mécanique. Cela aide à concevoir de
nouveaux polymères ayant des propriétés spécifiques.
 Assemblage de polymères : Étudier comment les chaînes polymériques
interagissent, se replient ou s'assemblent pour former des structures de type
gel, membranes, ou fibres.

 Chimie des Matériaux Énergétiques

 Batteries et supercondensateurs : Les simulations moléculaires sont utilisées

pour étudier les matériaux électrochimiques utilisés dans les batteries, en
simulant des phénomènes tels que le stockage et le transfert d'ions, et les
réactions redox.
 Catalyseurs pour la production d’énergie : Elles aident à concevoir des
catalyseurs plus efficaces pour des processus énergétiques comme la
conversion d’énergie solaire ou la réduction du CO₂.
 Matériaux pour les dispositifs photovoltaïques : La simulation moléculaire
permet de prédire le comportement des matériaux à base de pérovskites ou
autres structures organiques dans des dispositifs solaires.

 Environnement et Climat

 Modélisation des interactions chimiques atmosphériques : Les simulations

moléculaires peuvent être utilisées pour étudier les réactions chimiques dans
l’atmosphère, comme la formation d'ozone, la dissociation de polluants ou
les effets des gaz à effet de serre.
 Propriétés des solvants et de l'eau : Simuler les propriétés de l'eau et des
solvants permet de mieux comprendre des phénomènes comme l’adsorption,
l'humidité, ou les interactions biochimiques dans les environnements
aquatiques.

 Génie Chimique et Processus Industriels

 Conception de réacteurs chimiques : Les simulations permettent de
modéliser des réactions chimiques dans des réacteurs industriels,
optimisant ainsi les conditions de température, pression et concentration
pour améliorer le rendement.
 Modélisation des processus de séparation : Par exemple, simuler des
membranes de séparation ou des processus comme la distillation ou

9
 l'extraction pour optimiser la production de produits chimiques ou
pharmaceutiques.
 Simulations de polymérisation : Étudier les mécanismes de
polymérisation et les cinétiques de réaction pour mieux contrôler la
fabrication de polymères et de matériaux composites.

 Étude de Propriétés Thermodynamiques et Cinétiques

 Propriétés thermodynamiques : En étudiant l’équilibre et les fluctuations

dans un système, les simulations permettent de calculer des grandeurs
comme la pression, la densité, et l’entropie.
 Cinétique des réactions : En simulant l’évolution d’un système sur une
période de temps, il est possible d’étudier les vitesses de réaction et les
mécanismes de transitions de phase (ex. : solidification, fusion).

 Physique du Solide et Comportement des Liquides

 Études de l'état solide : Simuler les matériaux solides, comme les métaux,
les semi-conducteurs, ou les alliages pour comprendre leurs propriétés
mécaniques et électroniques.
 Propriétés des liquides : Étudier la viscosité, les propriétés de diffusion, et la
structure locale des liquides, particulièrement important pour des
applications en fluides ou en solvants industriels.

Les applications de la simulation moléculaire sont extrêmement diverses et

couvrent un large éventail de disciplines scientifiques et industrielles. En
combinant les principes de la mécanique quantique, de la thermodynamique et de
la dynamique moléculaire, ces simulations permettent de résoudre des problèmes
complexes, de concevoir de nouveaux matériaux, et de découvrir des mécanismes
de réaction et des interactions au niveau atomique.

10
Chapitre 2 : Méthodes de la simulation moléculaire
2.1 : Introduction
Les méthodes de simulation moléculaire sont des techniques utilisées pour
modéliser et étudier les comportements et les interactions des molécules et des
atomes à l’échelle microscopique. Ces méthodes reposent sur les principes de la
mécanique classique, statistique et parfois quantique pour résoudre les équations
du mouvement et analyser les propriétés thermodynamiques, dynamiques et
structurales des systèmes. Voici un aperçu des principales méthodes utilisées dans
la simulation moléculaire :
 Dynamique moléculaire (MD).
 Monte Carlo(MC).
 Théorie de perturbation.
 Quantique moléculaire (QM/MM).
 Théorie de la fonctionnelle densité (DFT).
 Densité de fluctuation.
 Simulations de surfaces et interfaces.
2.2 : Dynamique moléculaire (MD)
La dynamique moléculaire (MD) est une méthode numérique puissante qui permet
de simuler et d'analyser l'évolution de systèmes atomiques et moléculaires en
résolvant les équations du mouvement de Newton. L'objectif est de suivre la
trajectoire des atomes ou molécules dans le temps en calculant les forces qui
agissent sur chaque particule à chaque instant.

2.2.1 : Principe Fondamental

La base de la dynamique moléculaire repose sur l'équation de mouvement de

Newton pour chaque atome i du système :

𝑑 2 𝑟𝑖
𝐹𝑖 = 𝑚𝑖 × 𝑎𝑖 = 𝑚𝑖 × 2
𝑑𝑡
Où : Fi est la force agissante sur l’atome i, mi est la masse de l’atome i, ai est
l’accélération de l’atome i, ri est la position de l’atome i.
La force Fi est généralement calculée à partir du potentiel interatomique qui décrit
les interactions entre les atomes.

11
2.2.2 : Etape de simulation Moléculaire

 Définition du Système
 Choisir un ensemble de particules (atomes ou molécules) qui composent
le système.
 Définir leurs positions initiales et vitesses.
 Définir le potentiel d’interaction qui régit les forces entre les particules
(comme le potentiel Lennard-Jones, Coulomb, etc.).
 Calcul des Forces
 À chaque étape de la simulation, les forces entre les particules sont
calculées à partir des potentiels d’interaction.
 Ces forces sont ensuite utilisées pour déterminer les accélérations de
chaque atome via la loi de Newton.
 Intégration Numérique
 Pour obtenir les positions et vitesses des particules à chaque instant,
l'équation du mouvement est intégrée numériquement. Les méthodes
d’intégration les plus courantes sont les schémas de Verlet ou Leapfrog.
 Le schéma de Verlet est donné par :

𝑭𝒊 (𝒕) 𝟐
𝒓𝒊 (𝒕 − ∆𝒕) = 𝟐𝒓𝒊 (𝒕) − 𝒓𝒊 (𝒕 − ∆𝒕) + ∆𝒕
𝒎𝒊
Ou : ∆𝑡 est le pas de temps de la simulation

12
  Evolution dans le Temps : La position et la vitesse de chaque atome sont
mises à jour à chaque itération, et ainsi la trajectoire du système est
déterminée sur la durée de la simulation.
 Calcul des Propriétés : Une fois la simulation terminée, on peut calculer
diverses propriétés macroscopes du système, telles que la température, la
pression, l’énergie totale, la diffusion des molécules, etc., en utilisant des
fonctions de corrélation ou des moyennes temporelles.

2.2.3 : Types simulation moléculaires

 Ensemble Canonique (NVT)

 À température constante (T).
 Utilisation d'un thermostat (comme Nosé-Hoover) pour réguler la
température.
 Ensemble Microcanonique (NVE)
 Le système est isolé, sans échange d’énergie ou de matière avec
l’environnement.
 La conservation de l’énergie totale est utilisée pour contrôler le système.
 Ensemble Canonique (NPT)
 À température et pression constantes.
 Utilisation d’un barostat pour maintenir une pression constante, souvent
le barostat Berendsen.

2.2.4 : Potentiels d’Interaction

Les forces qui gouvernent les interactions entre atomes sont modélisées par des
potentiels interatomiques, qui peuvent prendre diverses formes selon les types de
systèmes étudiés :

 Potentiel Lennard-Jones (LJ) : Utilisé pour modéliser les interactions de

Van der Waals entre deux atomes non liés.

𝜎 12 𝜎 6
𝑉𝐿𝐽 (𝑟) = 4𝜖 [( ) − ( ) ]
𝑟 𝑟
Ou : r est la distance entre deux atomes, 𝜖 représente la profondeur du puits et 𝜎
est la distance de référence.

13
  Potentiel Coulombien : Modélise l’interaction électrostatique entre deux
particules chargées.
𝑞1 𝑞2
𝑉𝑐𝑜𝑢𝑙𝑜𝑚𝑏 (𝑟) =
4𝜋𝜖0 𝑟

Ou : 𝑞1 𝑒𝑡 𝑞2 sont les charge des atomes, r est la distance entre eux, 𝜖0 est la
permittivité du vide.

2.2.5: Thermostats et Barostats

 Thermostats

Un thermostat est utilisé pour maintenir la température du système à une valeur

constante pendant la simulation. Les thermostats les plus courants sont:

 Thermostat de Nosé-Hoover : Une méthode qui introduit un champ de

réservoir thermique pour ajuster les vitesses des particules et contrôler la
température.
 Thermostat de Berendsen : Un thermostat plus simple et plus stable, qui
ajuste l’énergie cinétique des particules.

 Barostats : Un barostat est utilisé pour contrôler la pression dans un

système, en ajustant le volume du système au besoin. Le barostat de
Berendsen est également largement utilisé.

2.2.6: Applications de la Dynamique Moléculaire

 Étude des Propriétés Thermodynamiques : La simulation MD permet de

calculer des propriétés telles que la température, la pression, l'énergie libre,
la densité, et la conductivité thermique.
 Dynamique des Fluides : La MD est utilisée pour étudier des phénomènes
comme la diffusion, la viscosité et l'écoulement dans des fluides complexes.
 Étude des Réactions Chimiques : La dynamique moléculaire permet de
simuler le mécanisme d’une réaction chimique, en étudiant les changements
de structure et d’énergie au fil du temps.
 Conception de Matériaux : La MD peut être utilisée pour simuler le
comportement des matériaux, par exemple pour l'optimisation des propriétés
mécaniques ou pour l’étude des transitions de phase dans des matériaux
solides.

14
  Biomolécules et Systèmes Complexes : Étude des protéines, ADN et
membranes biologiques pour comprendre leur structure, leur fonction et leur
dynamique dans des systèmes biologiques.

2.2.7: Avantages de la Dynamique Moléculaire

 Précision : Permet une modélisation détaillée des interactions atomiques.

 Flexibilité : Peut être appliquée à une grande variété de systèmes, y compris
les solides, les liquides, et les gaz.
 Simulation à long terme : Permet d’étudier des phénomènes à long terme
comme la diffusion ou les transitions de phase.

2.2.8: Inconvénients

 Coût computationnel : La simulation MD peut être coûteuse en termes de

temps de calcul, surtout pour des systèmes de grande taille ou sur des
périodes longues.
 Limites de la mécanique classique : Les méthodes classiques ne prennent
pas en compte les effets quantiques, comme l'effet tunnel ou les états excités,
ce qui peut être un inconvénient pour certains types de simulations (par
exemple, dans les réactions chimiques très rapides ou les systèmes à faible
température).

La dynamique moléculaire (MD) est une méthode de simulation très puissante

qui permet de modéliser la dynamique des systèmes à l'échelle atomique et
moléculaire, en suivant l'évolution des particules dans le temps. Elle est utilisée
dans une variété de domaines scientifiques et industriels, de la biophysique à la
chimie des matériaux, et offre une vision détaillée du comportement des
molécules dans différents environnements.

2.3 : Monte Carlo (MC)

La méthode de Monte Carlo (MC) est une technique statistique basée sur des
échantillons aléatoires pour estimer des propriétés physiques ou
thermodynamiques d'un système. Contrairement à la dynamique moléculaire qui
simule l'évolution d'un système dans le temps, la méthode Monte Carlo est
principalement utilisée pour simuler des systèmes en équilibre et pour estimer des
moyennes statistiques dans un ensemble thermodynamique donné.

15
2.3.1 : Principe Fondamental

Le principe clé de la méthode Monte Carlo repose sur l'utilisation de tirages

aléatoires pour explorer l'espace des configurations possibles du système. En
générant des configurations du système de manière aléatoire et en évaluant leur
probabilité en fonction de l'énergie ou d'autres variables, la méthode permet de
calculer des grandeurs macroscopiques telles que l'énergie moyenne, la pression,
ou d'autres propriétés thermodynamiques.

L'idée centrale est d'utiliser la distribution de Boltzmann pour pondérer les

différentes configurations :

1 −𝛽𝐸(𝑟)
𝑃(𝑟) = 𝑒
𝑍
Où : P(𝑟) est la probabilité d’une configuration r,
1
E(𝑟) est l′ energie de configuration, 𝛽 = (avec kB la constante de Boltzmann
𝑘𝐵 𝑇
et T la température), Z est la fonction de partition qui sert de facteur de
normalisation.

2.2.2 : Méthode de Metropolis

La méthode de Metropolis est la procédure de base utilisée dans les simulations

Monte Carlo pour accepter ou rejeter des configurations générées au hasard. Cette
méthode repose sur l'idée que les configurations à faible énergie sont plus
probables que celles à haute énergie, mais permet également une certaine exploration de
configurations de haute énergie pour simuler correctement les systèmes
thermodynamiques.

 Génération de nouvelles configurations : On part d'une configuration

initiale, et on génère une nouvelle configuration voisine en modifiant
légèrement les positions des particules (par exemple, en déplaçant une
particule au hasard).
 Calcul de l'énergie : On calcule l'énergie de la configuration initiale (Einitial)
et de la configuration voisine (Enew).
 Critère d’acceptation :
 Si Enew<Einitial, la nouvelle configuration est acceptée.
 Si Enew>Einitial, la nouvelle configuration est acceptée avec une probabilité
donnée par :

16
 𝑒 −𝛽(𝐸𝑛𝑒𝑤−𝐸𝑖𝑛𝑖𝑡𝑖𝑎𝑙)
𝑃𝑎𝑐𝑐𝑒𝑝𝑡 = 𝑚𝑖𝑛 (1, )
1
 Ce critère permet d'accepter certaines configurations de haute énergie, ce
qui est essentiel pour simuler des transitions de phase et éviter de rester
coincé dans un minimum local.

2.3.3: Types d’ensembles thermodynamiques

Selon les contraintes imposées au système, la méthode MC peut être adaptée à

différents ensembles statistiques :

Ensemble Contraintes Variables fluctuantes

NVT Nombre de particules N, volume V, température Énergie
T
NPT Nombre de particules N, pression P, température Volume, énergie
T
μVT Potentiel chimique μ, volume V, température T Nombre de particules,
énergie

2.3.4 : Applications de la Méthode Monte Carlo

La méthode Monte Carlo est utilisée dans une variété de domaines scientifiques
pour modéliser et estimer des propriétés des systèmes complexes. Voici quelques
applications clés:

 Physique Statistique
 Transition de phase : La méthode Monte Carlo est largement utilisée pour
étudier les transitions de phase (par exemple, transition solide-liquide-
gaz) en utilisant des modèles comme Ising, Potts, ou percolation.
 Propriétés thermodynamiques : Calcul des propriétés comme l'énergie
libre, la pression, la capacité thermique, etc.
 Chimie Computationnelle
 Dynamique chimique et réactions : Simuler les systèmes en équilibre
chimique, les réactions chimiques, et les mécanismes réactionnels en
chimie quantique.
 Conception de médicaments : Les simulations de docking moléculaire ou
de ligand-protéine utilisent souvent des méthodes Monte Carlo pour
évaluer les interactions entre petites molécules et cibles biologiques.
 Matériaux et Nanotechnologie

17
  Assemblage de nanomatériaux : Étudier la structure et la dynamique de
matériaux à l'échelle atomique, en particulier dans le cadre de la
conception de nanoparticules, de polymères, ou de nanostructures.
 Propriétés de surface : Modélisation des interactions et de l'adsorption sur
les surfaces solides et des interfaces dans des matériaux complexes.
 Biologie Moléculaire et Biochimie
 Modélisation de protéines : En chimie théorique, la MC est utilisée pour
simuler les conformations possibles des protéines, des acides nucléiques
et des membranes cellulaires à température et pression constantes.
 Interdiction moléculaire : Simuler les interactions entre un ligand et une
protéine pour prédire l’affinité de liaison.
 Astrophysique et Cosmologie
 Modèles de galaxies et de matière noire : Les simulations de Monte Carlo
sont utilisées pour simuler la structure à grande échelle de l'univers, la
dynamique des galaxies et de la matière noire.

2.3.5: Avantages et inconvénients

Les avantages et les inconvénients de la méthode MC sont récapitulés dans le

tableau ci-dessous :

Avantages 🟢 Inconvénients
Facile à implémenter Pas de dynamique temporelle (pas d’évolution dans
le temps)
Efficace pour systèmes à l’équilibre Difficulté à traiter des systèmes très denses
Adaptable à différents ensembles Nécessite un grand nombre d’itérations
Moins coûteux que la dynamique Moins adapté aux systèmes hors équilibre
moléculaire

2.3.6 : les logiciels de la simulation Monte Carlo

La méthode utilise plusieurs logiciels qui sont :

 GROMACS (implémente MC pour insertion de solvant)

 LAMMPS (possède des modules MC hybrides)
 Cassandra (spécialisé en grand canonique)
 Towhee (pour simulations de fluides)

La méthode Monte Carlo (MC) est un outil puissant pour la simulation de systèmes
en équilibre thermodynamique, en permettant d’estimer des propriétés
macroscopiques à partir de l’analyse des échantillons générés aléatoirement. Grâce

18
à sa simplicité et à sa flexibilité, elle est largement utilisée dans des domaines
variés tels que la physique, la chimie computationnelle, la biologie et la science des
matériaux.

3. CONCLUSION GENERALE

La simulation moléculaire est une technique informatique utilisée pour modéliser

le comportement des systèmes moléculaires sur un ordinateur, permettant ainsi
d'explorer les propriétés physiques et chimiques des substances à l'échelle
atomique. Elle est essentielle dans les domaines de la chimie, de la biologie et
de la science des matériaux pour tester des hypothèses et prédire des
comportements sans recourir à des expérimentations physiques coûteuses ou
complexes. En optimisant les algorithmes et les ressources informatiques, elle
contribue à accélérer la découverte scientifique et le développement de
nouvelles technologies.

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