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REPUBLIQUE ALGERIENNE DEMOCRATIQUE ET POPULAIRE

‫ا‬ ‫وا‬ ‫ا‬ ‫وزارة ا‬

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

Université des Frères Mentouri Constantine # $#%& ‫ ري‬# ‫ا! ة‬ "

Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie ‫وا ة‬ $‫) ما‬ *

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Département de Microbiologie
Mémoire présenté en vue de l’obtention du Diplôme de Master
Domaine: Sciences de la Nature et de la Vie
Filière : Sciences Biologiques
Spécialité : Microbiologie Générale et biologies Moléculaire des microorganismes
Intitulé:

Profil de sensibilité aux antibiotiques des Entérobactéries uropathogènes

(Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae)

Présenté et soutenu par: MENDACI AMEL Le : 23/06/2015

MIHOUBI SIHEM
Devant le jury:

Président: Mme MERGOUD L. Maître assistante classe A. Université des Frères Mentouri
Constantine
Rapporteur: Melle MEZIANI M. Maître assistante classe B. Université des Frères Mentouri
Constantine
Examinateur: Mme ZERMENE F. Maître assistante classe A. Université des Frères
Mentouri Constantine

Année Universitaire : 2014-2015

 REMERCIEMENTS

Nous remercions en premier lieu Allah le tout puissant de nous avoir guidés et donné le
courage d’arriver à ce stade.

Nous sommes très honorés et tenons à remercier les membres du jury:

Mme MERGOUD L. Maître assistante classe A à l’Université des Frères Mentouri de

Constantine pour avoir accepté de présider le jury.

Mme ZERMENE F. Maître assistante classe A à l’Université des Frères Mentouri de

Constantine Pour avoir accepté de lire et de faire l’analyse critique de ce mémoire en tant que
examinatrice.

Nous tenons à remercier tout particulièrement Melle MEZIANI M. Maître assistante classe B
à l’Université des Frères Mentouri de Constantine, de nous avoir encadrés et suivies durant la
réalisation de notre étude.

Nous remercions également: Mr KHMISSI S. médecin biologiste à l’hôpital militaire

régional universitaire de Constantine "Allaoua Benbaatouche" et Mr BELBEKOUCHE T.
technicien à l’hôpital militaire régional universitaire de Constantine "Allaoua Benbaatouche",
pour leur conseils et pour nous avoir facilitée l’accès au laboratoire et la réalisation de ce
travail.

Merci à toutes les personnes ayant contribué de loin ou de prés a la réalisation de cette étude.
 DEDICACES

C’est avec une profonde et sincères gratitude que je dédie ce modeste travail:

À celle qui m'a donné la vie, le symbole de tendresse de courage de responsabilité et

d’amour, votre prière, votre bénédiction, et votre patience qui s'est sacrifiée pour mon
bonheur et ma réussite. Que dieux te garde, te comble de santé, et te donne longue vie ma
douce maman

A mon défunt père qui est plus de ce monde mais sont âme reste toujours prêt de moi pour
me soutenir, que dieu t’accueille dans sont vaste paradis.

A mes chères sœurs Aziza, Warda, Radia, qui mon soutenues avec leur amour et bonté et
gentillesse. Je souhaite simplement que Dieu nous accorde une longue vie et une bonne santé
pour que nous puissions cheminer ensemble sur la route du destin avec amour, honnêteté,
sincérité, respect mutuel, solidarité, dignité comme nous l’ont enseigné nos parents.

A mes chers frères Boubakeur, Massoud, Bachir, Didine, Khaled, Azzedine, Billel, j’ai
beaucoup apprécié l’estime et la tendresse que vous me portez. Que Dieu vous protège.

A ma chère tante Djida, que Allah te bénisse et te protège te donne longue vie.

A mes belles sœurs, Soumaia, Wafa, Salima, Julie, que dieu vous protège et vous accorde une
longue vie pour que vous assisté les réussites de vos enfants.

A mon neveu Houssam et mes nièces Tawes, Julia, Rose, Batoul, votre innocence et gaieté
mon donner une bouffé d’énergie. Que Dieu fasse que vous suiviez mes traces et que vous
fassiez plus que moi. Je vous aime.

A ma chère Siham, tu as été pour moi durant ces années passées ensemble plus qu’une amie,
une sœur. Qu’Allah te protège, je t’aime.

À mes amies: Abir, Ahlam, Aziza, Imane, Amina, avec laquelle j'ai partagé de très bons
moments à l’université et l’hôpital.

MENDACI AMEL
 DEDICACES

Que ce travail témoigne de mes respects:

À mes parents:
Ma mère, qui a œuvré pour ma réussite, de par son amour, son soutien, tous les sacrifices
consentis et ses précieux conseils, pour toute son assistance et sa présence dans ma vie, reçois
à travers ce travail aussi modeste soit-il, l'expression de mes sentiments et de mon éternelle
gratitude.
Mon père, qui peut être fier et trouver ici le résultat de longues années de sacrifices et de
privations pour m'aider à avancer dans la vie. Puisse Dieu faire en sorte que ce travail porte
son fruit; Merci pour les valeurs nobles, l'éducation et le soutient permanent venu de toi.
Grâce à leurs tendres encouragements et leurs grands sacrifices, ils ont pu créer le climat
affectueux et propice à la poursuite de mes études.
Aucune dédicace ne pourrait exprimer mon respect, ma considération et mes profonds
sentiments envers eux.
Je prie le bon Dieu de les bénir, de veiller sur eux, en espérant qu’ils seront toujours fiers de
moi.
À ma sœur Kawthar et à mon frère Akram.

À la famille MIHOUBI.

Ils vont trouver ici l’expression de mes sentiments de respect et de reconnaissance pour le
soutien qu’ils n’ont cessé de me porter.
À tous mes professeurs: Leur générosité et leur soutien m’oblige de leurs témoigner mon
profond respect et ma loyale considération.
À ma chère amie Amel avec laquelle j'ai partagé de très bons moments.
À tous mes amis et mes collègues : Ils vont trouver ici le témoignage d’une fidélité et d’une
amitié infinie.

MIHOUBI SIHAM
 TABLE DES MATIERES
INTRODUCTION .................................................................................................................... 1
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ....................................................................................... 2
CHAPITRE1 : GENERALITES............................................................................................. 2
1. APPAREIL URINAIRE ....................................................................................................... 2
2. DEFINITION DE L’URINE ................................................................................................. 2
3. DEFINITION DES INFECTIONS URINAIRES ....................................................................... 2
4. ETIOLOGIE ...................................................................................................................... 3
5. TRAITEMENT MEDICALE ................................................................................................ 4
CHAPITRE2 : RESISTANCE BACTERIENNE AUX ANTIBIOTIQUES ...................... 5
1. DEFINITION DES ANTIBIOTIQUES .................................................................................... 5
2. NOTIONS DE RESISTANCE ET SENSIBILITE...................................................................... 6
2.1. Résistance naturelle et résistance acquise............................................................ 6
2.1.1. Résistance naturelle............................................................................................ 6
2.1.2. Résistance acquise .............................................................................................. 6
3. MODE D’ACTION ............................................................................................................. 7
3.1. Antibiotiques agissant sur la synthèse du peptidoglycane ................................. 8
3.2. Antibiotiques inhibant la synthèse des protéines ................................................ 8
3.3. Antibiotiques agissant sur les acides nucléiques ................................................. 8
3.4. Antibiotiques agissant sur les membranes ........................................................... 9
4. CLASSIFICATION DES ANTIBIOTIQUES............................................................................ 9
4.1. Critères de classification........................................................................................ 9
4.1.1. Classification selon l’origine .............................................................................. 9
4.1.2. Classification des antibiotiques en fonction de leur spectre d’activité ........ 10
4.1.3. Classification en familles d’antibiotiques....................................................... 10
CHAPITRE 3 : BIOLOGIE DES ENTEROBACTERIES UROPATHOGENES........... 12
1. BIOLOGIE DES ENTEROBACTERIES .............................................................................. 12
1.1. Définition .............................................................................................................. 12
1.2. Historique ............................................................................................................. 12
1.3. Classification ........................................................................................................ 13
1.4. Habitat .................................................................................................................. 15
1.5. Caractères bactériologiques ................................................................................ 15
1.5.1 Les caractères morphologiques ........................................................................ 15
1.5.2. Les caractères culturaux ................................................................................... 15
1.5.3. Les caractères biochimiques ............................................................................. 15
1.5.4. Les caractères antigéniques ............................................................................. 16
2. LES ENTEROBACTERIES UROPATHOGENES ................................................................. 17
2.1. Escherichia coli......................................................................................................... 17
2.1.1. Définition ............................................................................................................ 17
2.1.2. Habitat ................................................................................................................ 17
 2.1.3. Caractères morphologiques et culturaux ........................................................ 17
2.1.4. Caractères biochimique .................................................................................... 18
2.1.5. Pouvoir pathogène ............................................................................................. 18
2.1.6. Résistance aux antibiotiques ............................................................................ 18
2.2. Proteus mirabilis .................................................................................................. 19
2.2.1. Définition ............................................................................................................ 19
2.2.2. Habitat ................................................................................................................ 19
2.2.3. Caractères morphologique et culturaux ........................................................ 19
2.2.4. Caractères biochimiques................................................................................... 20
2.2.5. Pouvoir pathogène ............................................................................................. 20
2.2.6. Résistance aux antibiotiques ............................................................................ 20
2.3. Klebsiella pneumoniae ......................................................................................... 21
2.3.1. Définition ............................................................................................................ 21
2.3.2. Habitat ................................................................................................................ 21
2.3.3. Caractères morphologiques et culturaux ........................................................ 22
2.3.4. Caractères biochimiques................................................................................... 22
2.3.5. Pouvoir pathogène ............................................................................................. 22
2.3.6. Résistance aux antibiotiques ............................................................................ 22
MATERIELS ET METHODES ........................................................................................... 24
1. DUREE DE L’ETUDE ....................................................................................................... 24
2. LIEU DE L’ETUDE .......................................................................................................... 24
3. ECHANTILLONNAGE (POPULATION DE L’ETUDE) ........................................................ 24
4. METHODES .................................................................................................................... 24
4.1. Etude macroscopique............................................................................................... 24
4 .2. Etudes microscopique ............................................................................................. 25
4.2.1. Etat frais ............................................................................................................. 25
4.2.2. Coloration de Gram .......................................................................................... 25
4.3. Etude biochimique ................................................................................................... 26
4.3.1. Identification par galeries classique ................................................................ 26
4.3.2. Identification des entérobactéries par la galerie API 20 E ............................ 34
4.4. Etude de la sensibilité aux antibiotiques des entérobactéries .......................... 35
4.4.1. Milieu pour l’antibiogramme .......................................................................... 35
4.4.2. Réalisation de l’inoculum bactérienne ........................................................... 36
4.4.3. Ensemencement par écouvillonnage ............................................................... 36
4.4.4. Choix des antibiotiques .................................................................................... 36
4.4.5. Application des disques.................................................................................... 36
4.4.6. Lecture et interprétation ................................................................................. 36
RESULTATS ET DISCUSSION .......................................................................................... 37
1. RESULTATS ................................................................................................................... 37
1.1. Etude macroscopique........................................................................................... 37
1.2. Etude microscopique ........................................................................................... 38
1.2.1. Etat frais ............................................................................................................ 38
 1.2.2. Coloration de gram .......................................................................................... 38
1.3. Etude biochimique ............................................................................................... 39
1.3.1. Identification par La galerie classique ........................................................... 39
1.3.2. Identification par la galerie API 20 E............................................................. 46
1.4. Résistance des entérobactéries aux antibiotiques ............................................. 47
2. DISCUSSION ................................................................................................................... 50
2.1. Résultat de l’étude macroscopique et microscopique ....................................... 50
2.2. Résultats des tests biochimiques ......................................................................... 50
2.3. Résistance des entérobactéries aux antibiotiques ................................................. 55
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ................................................................................. 57
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUE ............................................................................... 58
ANNEXES ............................................................................................................................... 63
 LISTE DES ABREVIATIONS
ADN : Acide désoxyribonucléique
ADH : Arginine di hydrolase
AK : Amikacine
AMP : Ampicilline
AMC : Amoxicilline-Acide clavulanique
BLSE : Bêta-lactamases à spectre étendu
CA-SFM : Comité de l’antibiogramme de la société française de microbiologie
CFM : Céfixime
CIP : Ciprofloxacine
CN : Gentamycine
CT : Colistine
CTX : Céfotaxime
FT : Furanes
H2S : Sulfure d'hydrogène
IP : Imipénème
IU : Infection urinaire
KZ : Céfazoline
LDC : Lysine décarboxylase
MEVAG : Milieu d’étude de la voie d’attaque des glucides
ODC : Ornithine décarboxylase
OFX : Ofloxacine
ONPG : Orthonitrophényl-β-D-galactopyrannoside
PRL: Piperacilline
RM : Rouge de Méthyle
R : Resistance
S : Sensibilité
TDA : Tryptophane désaminase
TSI : Triple Sugar Iron
VP : Vosges-Proskauer
 LISTE DES TABLEAUX

Tableau 1: Principales familles d’antibiotiques……………………………………………...11

Tableau 2: Subdivisions hiérarchiques de classification des entérobactéries………………..13

Tableau 3: Classification des espèces d’Entérobactéries les plus fréquentes en clinique

humaine……………………………………………………………………………………….14

Tableau 4: Le profil de résistance/sensibilité pour les souches testées……………………..49

 LISTE DES FIGURES
Figure01 : Aspect des trois souches sur GN ........................................................................... 37
Figure02 : Aspect des trois souches sur Hektoen .................................................................... 38
Figure03 : Bacilles Gram négatif (coloration de Gram) ......................................................... 38
Figure04 : Aspect du milieu TSI ............................................................................................. 39
Figure05 : Aspect du milieu mannitol-mobilité ...................................................................... 40
Figure06 : Aspect du milieu citrate de Simmons .................................................................... 40
Figure07 : Aspect de l’eau peptoné exempte d’indole ............................................................ 41
Figure08 : Aspect du milieu urée-indole ................................................................................. 41
Figure09 : Aspect du milieu MEVAG .................................................................................... 42
Figure10 : Test ONPG ............................................................................................................ 43
Figure11 : Test VP-RM ........................................................................................................... 43
Figure12 : Test de Nitrate réductase ....................................................................................... 44
Figure13 : Test de catalase ...................................................................................................... 44
Figure14 : Test d’oxydase ....................................................................................................... 45
Figure15 : Milieu moeller ....................................................................................................... 46
Figure16 : [Link] par galerie API20E ...................................................................................... 46
Figure17 : [Link] par galerie API20E ............................................................................. 46
Figure18 : [Link] par galerie API20E ........................................................................ 47
Figure19 : Antibiogramme de P. mirabilis ............................................................................. 47
Figure20 : Antibiogramme de E. coli ...................................................................................... 48
Figure21 : Antibiogramme de K. pneumoniae ........................................................................ 48
Résumé
Les entérobactéries représentent une des principales familles de bacilles à Gram négatif
responsables des infections urinaires graves.
Notre étude menée au laboratoire de bactériologie de l’hôpital militaire régional
universitaire de Constantine "Allaoua Benbaatouche" et au niveau du laboratoire de
microbiologie à l’université des Frères Mentouri de Constantine ; sur une période de deux
mois (Mars, Mai 2015). Un totale de 740 prélèvements des urines de patients hospitalisés
sont effectués, trois souches d’entérobactéries ont été identifiées.
Le but de cette étude est de mettre en place un algorithme d’identification de ces 3
souches isolées à partir de l’urine, cette démarche a été réalisée d’une part selon les
caractères morphologiques et biochimiques qui ont été effectuée par la galerie classique et la
galerie API20E ; et d’autre part la détermination du profil de résistance vis-à-vis des
antibiotiques testés afin d’évaluer et mettre en évidence l’état de la résistance de ce groupe de
germes.
Une sensibilité totale à tous les β-lactamines chez E. coli a été révélé ; et le même profil
chez K. pneumoniae sauf à l’ampicilline auquel possède une résistance naturelle, ainsi que
chez P. mirabilis qui est une résistance acquise qui peut être due à une mutagénèse. En ce qui
concerne les autre familles d’antibiotiques les trois souches ont montré une sensibilité entière
envers ces antibiotiques ; à l’exception de p. mirabilis qui est résistant à la colistine et le
furane (caractère naturelle et spécifique). En terme globale ; aucune résistance acquise a été
observé chez Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli, ce qui indique que ces deux souches
isolées demeure sauvages.
Le changement permanant des résistances d’entérobactéries aux différents antibiotiques
doit conduire à renforcer la surveillance et organiser des contrôles périodiques dans notre
pays, afin de maitriser toutes sortes d’anomalies.

Mots clés: Entérobactéries, profil de Résistance, infections urinaires, identification.

 ‫ملخص‬
‫السالالت المعوية ‪ Enterobacteriaceae‬تمثل واحدة من أھم العائالت الرئيسية السلبية الغرام المسؤولة عن‬
‫االلتھابات البولية الخطيرة‪.‬‬
‫تمت دراستنا في مخبر علم الجراثيم في المستشفى العسكري الجامعي اإلقليمي لقسنطينة عالوة بن بعطوش وعلى‬
‫مستوى مخبر الميكروبيولوجيا في جامعة اإلخوة منتوري قسنطينة‪ .‬لمدة شھرين) ‪29‬مارس ‪7,‬ماي‪ , (2015‬من بين ‪740‬‬
‫عينة من البول لمرضى بالمستشفى تم انتقاء ‪ 3‬سالالت و دراستھا‪.‬‬
‫إن الغرض من ھذه الدراسة ھو وضع منھجية لتعريف السالالت الثالث التي تم عزلھا من عينات البول‪ ,‬و تم‬
‫تشخيصھا على أساس الخصائص المورفولوجية و البيوكيميائية من جھة وذلك بواسطة الطريقة الكالسيكية البيوكيميائية و ‪,‬‬
‫الطريقة المعتمدة ‪,API20E‬و من جھة اخرى دواسة رد فعل ھذه السالالت اتجاه المضادات الحيوية لتحديد حالة الحساسية‬
‫أو المقاومة لھذه المجموعة‪.‬‬
‫تم مالحظة حساسية تامة لمجموعة البيتاالكتام عند ‪ , E. coli‬و حساسية لھذه المجموعة ماعدا ‪ ampicilline‬التي‬
‫ھي عبارة عن مقاومة مكتسبة عند ‪ P. mirabilis‬التي يمكن أن تكون ناتجة عن طفرة و صفة طبيعية عند‬
‫‪K. pneumoniae‬‬
‫أما بالنسبة للمضادات الحيوية االخري تم مالحظة حساسية تامة للسالالت الثالث ماعدا ‪ P. mirabilis‬الذي اظھر‬
‫مقاومة اتجاه ‪ colistine‬و‪) furane‬صفة طبيعية و مميزة(‪ .‬بصفة شاملة لم يتم مالحظة أي نوع من المقاومة المكتسبة‬
‫عند ‪ K. pneumoniae‬و‪ E. coli‬مما يفسر أنھا سالالت نقية‪.‬‬
‫إن التغيير المستمر لمقاومة المضادات الحيوية للساللة البكتيرية ‪ Enterobacteriaceae‬يفرض تدعيم الرقابة في‬
‫بلدنا و تبني ممارسات جيدة في مجال المضادات الحيوية من اجل السيطرة على جميع أنواع الشذوذ‪.‬‬

‫الكلمات المفتاحية‪ :‬السالالت المعوية‪ ,‬نمط المقاومة تجاه المضادات الحيوية‪ ,‬االلتھابات البولية‪ ,‬التشخيص‪.‬‬
 Abstract

Enterobacteriaceae represent one of the main families of Gram negative bacilli

responsible for serious urinary tract infections.

Our study was conducted at bacteriological laboratory of regional military university

hospital in Constantine "Allawa Benbaatouche" and at microbiology laboratory of University
Mentouri Brothers Constantine 1; during two months (March, Mai 2015). A total of 740 urine
samples from hospitalized patients are performed, three Enterobacteriaceae strains were
identified.

The purpose of this study is to establish an identification algorithm of the 3 strains

isolated from urine, this has been achieved firstly by morphological and biochemical features
that have been performed by classical and API20E galleries; and secondly determining the
resistance profile with respect to antibiotics tested in order to evaluate and highlight the
resistance state of this group of germs.
A total sensitivity to the whole β-lactam in E. coli has been revealed; and the same
profile in K. pneumoniae except ampicillin to which it has a natural resistance, also an
acquired resistance in [Link] which may be due to mutagenesis. As regards to other
families of antibiotics the three strains showed a full sensitivity to these antibiotics; except the
p. mirabilis which is resistant to colistin and furan (natural and specific character). Globally;
no acquired resistance was observed in Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli,
indicating that these two strains remain wild.
The permanent change of Enterobacteriaceae resistance to different antibiotics should
lead to strengthen monitoring and organize periodic controls in our country, in order to
control all kinds of anomalies.

Key words: Enterobacteriaceae, resistance profile, urinary tract infections, identification

Introduction
 Introduction

Introduction

L’intérêt porté ces dernières années aux infections urinaires et leur prise en charge en
thérapeutique anti-infectieuse restent encore d’actualité. En effet ces infections constituent un
véritable problème de santé Publique et elles viennent en deuxième position après les
infections respiratoires (Achille, 2006).

Les IU sont habituellement causées par les bactéries qui proviennent de la flore
intestinale ou périnéale. Les bacilles à Gram négatif sont les germes le plus souvent isolés
et sont représentées essentiellement par les entérobactéries. Escherichia coli est le germe
le plus incriminé il est responsable dans 85% des cas, Klebsiella pneumoniae vient en
deuxième position avec 10 % des cas , Proteus mirabilis vient en troisième position avec 4%
des cas , d’autres bacilles à Gram négatif (Pseudomonas aeruginosa) ou cocci à Gram
positif (Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus aureus, Enterococcus sp) peuvent
être moins souvent en cause (Bruyère et al.,2008; Ben Abdallah et al., 2005).

L’épidémiologie bactérienne des infections urinaires à beaucoup changé ces 20

dernières années, les bactéries en cause étant de plus en plus variées et surtouts présentant
une résistance accrue aux antibiotiques ce qui aboutit dans certains des cas a un échec
thérapeutique. Cette évolution imprévisible de la résistance, doit inciter à une surveillance
régulière de la sensibilité des espèces bactériennes prédominantes aux différents antibiotiques
utilisés (Souna, 2011).

C'est dans cet ordre d'idée que nous sommes proposés de réaliser une étude
macroscopique et microscopique de quelques entérobactéries uropathogènes ( Escherichia
coli, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis) ainsi que leur identifications biochimiques, et
leur profil de sensibilités aux antibiotiques durant une période de deux mois au niveau de
l’hôpital militaire régional universitaire (HMRU) de Constantine "Allaoua Benbaatouche" et
au niveau du laboratoire de microbiologie à l’université des Frères Mentouri Constantine .

1
 Synthèse
bibliographique
 Chapitre1: Généralités

Synthèse bibliographique

Chapitre1: Généralités

1. Appareil urinaire
L'appareil urinaire correspond à l'ensemble des organes dont le rôle consiste en
l'expulsion après filtrage des déchets humains liquides sous forme d'urine. L'appareil urinaire
est composé des reins, des uretères, de la vessie, de l'urètre et du méat urinaire et de
nombreux vaisseaux sanguins permettant d'éliminer les déchets azotés produit par le
métabolisme cellulaire. Lors de l'utilisation de molécules, comme les protéines, par les
cellules, ces dernières rejettent de l'azote, une substance toxique pour le corps si elle est très
concentrée. On se doit donc de l'éliminer, sous forme d'urée. L'urée voyage dans le système
circulatoire jusqu'au rein, où le sang est filtré. L'urée ainsi qu'un peu d'eau se retrouve dans le
rein lui-même, puis descend l'uretère jusqu'à la vessie, où l'urine est stockée. Lorsqu’il est
accumulé en grande quantité, l'urine descend l'urètre vers l'extérieur du corps1.

2. Définition de l’urine
Issue du latin urina et du grec ouron, l’urine est un liquide organique de couleur jaune
ambrée, d’odeur safranée souvent acide. Elle est secrétée par les reins puis emmagasinée dans
la vessie entre les mictions enfin évacuée à travers l’urètre (Zitti, 2014).

3. Définition des infections urinaires

Une infection urinaire (IU) correspond à l’agression d’un tissu par un (ou plusieurs)
micro-organisme, en terme global elle est définit par la présence anormal de germe dans
l’urine. Elle regroupe à la fois la colonisation ou bactériurie asymptomatique et
l’infection du tractus urinaire symptomatique qui génère une réponse inflammatoire et des
signes de nature et d’intensité variables selon le terrain. La ‘’bactériurie’’ est comme étant la
présence de germes dans les urines vésicales et sous-vésicales. L’infection du ‘’tractus
urinaire’’ est comme étant l’infection de l’appareil urinaire, des muqueuses et parenchyme du
rein et des voies excrétrices sous-jacentes (uretère exclu). Elle associe au moins un des signes

1
[Link]

2
 Chapitre1: Généralités

ou symptômes suivants: fièvre (> 38 °C), impériosité mictionnelle, pollakiurie, brûlures

mictionnelles ou douleur sous-pubienne, douleur lombaire (Bruyère et al., 2008; Vorkaufer,
2011).
Les critères de l’infection urinaire sont l’existence d’une bactériurie significative
(supérieure à 105 UFC/ml) et la présence de polynucléaires en grand nombre (supérieur à 104
leucocytes/ml) dans les urines du matin quel que soit la symptomatologie clinique et parfois
en son absence (Zitti, 2014).

4. Etiologie
Les micro-organismes retrouvés le plus fréquemment chez les patients présentant une
infection urinaire sont décrits comme uropathogènes (Achille, 2006; Schmiemann et al.,
2010; Foxman, 2002). Ceci inclut :

Les bacilles à Gram négatif

La plupart des infections du tractus urinaire sont dues à la propagation par voie
ascendante des bactéries d’origine intestinale d’où la prédominance des entérobactéries au
sein desquels: Escherichia coli est le plus souvent mis en cause (60-85%)
Proteus (Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, Proteus rettgeri) et Klebsiella (Klebsiella
pneumoniae, Klebsiella oxytoca) qui comptent pour environ 4% chacune. Par ailleurs,
d’autres bacilles à Gram négatif sont responsables des infections urinaires nosocomiales,
résultant d’une contamination par manœuvres instrumentales, Pseudomonas aeruginosa et le
plus fréquemment retrouvé pour environ (5-10%).

Les cocci à Gram Positif

Les infections urinaires à cocci à Gram Positif sont rares. Ce sont: les Staphylocoques à
coagulase négative (S. saprophyticus, S. haemolyticus, S. epidermidis) sont retrouvés dans
moins de 4% des IU simples. Les Streptocoque des groupes D (Entérocoque), G et B sont
surtout rencontrés lors d’infection urinaire nosocomiales pour environ (5-10%).

Rarement, des virus sont responsables de cystites hémorragiques et Chlamydia

trachomatis ou Neisseria gonorrhoeae sont responsables d’urétrite.

3
 Chapitre1: Généralités

5. Traitement médicale

Comme pour toute maladie infectieuse, la prescription d'antibiotiques est le traitement le

plus indiqué pour les infections urinaires, il faut choisir un antibiotique qui s’éliminant en
quantité suffisante et sous forme active dans l’urine, de préférence qui atteigne des
concentrations sanguines et lymphatiques élevées pour stériliser l’ensemble de l’appareil
urinaire. L'antibiothérapie doit être adaptée aux résultats de l’antibiogramme, sa durée varie
d'une prise unique à des prises pluriquotidiennes sur plusieurs jours et dépendra de certaines
caractéristiques du patient toute en tenant compte du terrain: allergique ; précaution chez la
femme enceinte ; et précaution chez l’insuffisant rénal.

Les produits les plus prescrits et qui sont le plus régulièrement actifs sont: les sulfamides
l’association triméthoprime-sulfaméthoxazole, les nitrofurantoine, l’ampicilline et les produit
apparentés, une céphalosporine, l’acide nalidixique de préférence associé à un autre agent, les
aminosides et colimycine. Il faut toujours associer à l’antibiothérapie des mesures générales
tels que: boissons abondantes, une miction fréquentes, hygiène périnéale, traitement de toute
constipation ou diarrhée concomitance. Un Examen cytobactériologique des urines (ECBU)
de contrôle pratiqué 2 jours après l'arrêt des antibiotiques vérifie l'efficacité du traitement
(Pechère et al., 1991; Kernbaum, 1985).

4
 Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

La résistance des bactéries aux antibiotiques pose aujourd’hui un problème majeur de

santé publique, comme l’attestent de nombreux rapports publiés (Pechère et al., 1995 ; Wis et
al., 1998). Les entérobactéries sont souvent les bactéries responsables d’infections dues à des
souches multirésistantes.
Aucune espèce bactérienne, parmi celles croisées en pathologie humaine, et aucun
antibiotique, même parmi les plus récents, n’échappe aujourd’hui au phénomène de résistance,
notamment en pathologie infectieuse urinaire (Goettsch et al., 2003 ; Goldstein, 2000 ; Gupta
et al., 1999).
Les infections urinaires sont très fréquentes aussi bien en milieu communautaire
qu’hospitalier (Larabi et al., 2003). Elles occupent la deuxième position après les infections
respiratoires (Alvarez et al., 1992). Les bactéries les plus fréquemment isolées appartiennent à
la famille des entérobactéries avec E. coli en tête de liste.

1. Définition des antibiotiques

Du grec anti: «contre» et bios: «la vie». Au sens strict, les antibiotiques sont des agents
antibactériens naturels d’origine biologique ; qui, à basse concentration, peuvent inhiber la
croissance des micro-organismes. Ils sont élaborés par des microorganismes, champignons et
diverses bactéries. Les produits employés actuellement sont des dérivés semi-synthétiques
préparés par modification de produits de base naturels (Ndiaye, 2005).

Le premier antibiotique a été découvert par Flemming en 1929, c’était la pénicilline mais
Il a fini par abandonner cette recherche après avoir publié ses résultats. En 1939, Howard
Florey (professeur de pathologie à Oxford) testait l’activité de substances bactéricides. Son
collaborateur, Ernest Chain a entrepris de reprendre les travaux de Flemming et de purifier la
pénicilline avec l’aide de Heatley, un biochimiste. Ils réussirent et confirmèrent les résultats de
Flemming, ce qui leur valut le prix Nobel (Favet, 2014).

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 Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

2. Notions de résistance et sensibilité

La résistance bactérienne à un antibiotique est d’origine génétique. Les gènes de résistance

se trouvent soit dans le chromosome (résistance chromosomique), soit dans un élément mobile,
comme les plasmides, les éléments transposables ou les intégrons (résistance extra
chromosomique). La résistance peut être soit naturelle, soit acquise. En fait, une souche est dite
≪ résistante ≫ lorsque la concentration d’antibiotique qu’elle est capable de supporter est plus
élevée que la concentration que l’on peut atteindre in vivo à la suite d’un traitement (Sylvie,
2009).

2.1.Résistance naturelle et résistance acquise

2.1.1. Résistance naturelle

La résistance naturelle ou intrinsèque correspond à la capacité de résister à la présence
d'un antibiotique pour toutes les souches d'une espèce ou d'un genre bactérien. La Société
Française de Microbiologie (SFM) définit la résistance naturelle comme la caractéristique
d’une espèce bactérienne qui se traduit par des concentrations minimales inhibitrices (CMI)
supérieures à la concentration critique supérieure des tests de sensibilité pour l’antibiotique
concerné. Habituellement, le support de cette résistance est chromosomique (Peyrou, 2001).

2.1.2. Résistance acquise

On opposé à la résistance naturelle, propriété d'espèce ou de genre, la résistance acquise

qui est une propriété de souche. Cette dernière correspond à la capacité de supporter une
concentration d'antibiotique beaucoup plus élevée que celle supportée par les autres souches de
la même espèce. Elle peut s'acquérir soit par mutation chromosomique, soit par acquisition de
matériel génétique exogène (Peyrou, 2001).

[Link]. Résistance par mutation chromosomique

Le mécanisme chromosomique des résistances bactériennes peut être dû à une mutation
spontanée au niveau du génome ou à une recombinaison. La mutation est un changement fortuit
dans la séquence des acides nucléiques qui peut transformer la molécule cible d'un antibiotique
et rendre l'interaction avec l'antibiotique impossible. Quant à la recombinaison, elle consiste en
un transfert de fragments de gènes d'un endroit du chromosome bactérien à un autre. Si ces

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 Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

fragments sont incorporés à des endroits bien précis, ils sont appelés intégrons, alors que s'ils se
déplacent librement, il s'agit de transposons (Zogheib et al., 2005).

[Link]. Résistance par acquisition de matériel génétique exogène (extra-

chromosomique)

Ce type de résistance procède de l’acquisition de gènes de résistance par l'intermédiaire

d'un plasmide ou de transposons à la faveur de 3 mécanismes d'échange possibles: conjugaison,
transformation ou transduction.
a- Conjugaison

Dans le phénomène de conjugaison, une bactérie donneuse transmet à une bactérie

receveuse une copie de son plasmide porteur de gène de résistance (appelé plasmide R ou
facteur R). Ce mécanisme peut s’effectuer entre bactéries de la même espèce, au sein d’un
même genre ou parfois entre bactéries de genres différents d’où son efficacité. Par exemple,
Staphylococcus aureus peut échanger du matériel génétique avec E. coli (Peyrou, 2001).

b- Transformation
La transformation est le résultat d’un réarrangement de séquences d’ADN échangées entre
deux bactéries. On peut alors obtenir de nouveaux gènes de résistance. Ce processus se fait
généralement entre bactéries de genre proche car il doit y avoir une forte analogie entre les
séquences nucléotidiques pour permettre la recombinaison (Peyrou, 2001).
c- Transduction

Dans la transduction, un virus bactériophage incorpore une séquence d’ADN d’une

bactérie et la transmet à une autre bactérie. Du fait de la spécificité des bactériophages, ce
phénomène n’a lieu que pour les bactéries de la même espèce (Peyrou, 2001).

3. Mode d’action
Les antibiotiques bloquent de manière spécifique les processus métaboliques vitaux des
bactéries sensibles et arrêtent ainsi leur développement, le plus souvent seulement
temporairement (effet bactériostatique) mais parfois définitivement (effet bactéricide).
Il existe différents types d’antibiotiques capables d’agir sur les bactéries selon différents
mécanismes (Gaudy, 2005).

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 Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

3.1. Antibiotiques agissant sur la synthèse du peptidoglycane

Le peptidoglycane est un polymère réticulé fait de chaines de glycanes relié par des
peptides. Cette molécule n’existe que chez les bactéries et assure la rigidité de la paroi. Les
précurseurs du peptidoglycane sont synthétisés dans le cytoplasme et assemblé à l’extérieur de
la membrane cytoplasmique. Lorsque les bactéries sont en phase de croissance, il existe
simultanément des phénomènes de synthèse et de destruction du peptidoglycane. L’équilibre
entre ces deux phénomènes est rompu par les antibiotiques inhibant la synthèse du
peptidoglycane. Il en résulte une altération de la paroi ayant un effet létal pour la bactérie
(Perronne, 1999).

3.2. Antibiotiques inhibant la synthèse des protéines

Plusieurs familles d’antibiotiques peuvent inhiber par différents mécanismes, l’élongation
de la chaine polypeptidique chez les bactéries (Perronne, 1999).

Antibiotiques se fixant sur la sous unité 30S du ribosome: Les cyclines se fixent
de manière réversible et les aminoacides de manière irréversible sur la sous-unité
30S.

Antibiotiques se fixant sur la sous-unité 50S du ribosome: Le chloramphénicol,
les macrolides, les lincosamides et les synergistines se fixent de manière
réversible sur la sous-unité 50S.

Antibiotique inhibant le facteur d’élongation G: C’est le mode d’action de l’acide
fusidique.
3.3. Antibiotiques agissant sur les acides nucléiques

On distinguera les antibiotiques actifs d'une part sur la synthèse des ARN et d'autre part,
sur la synthèse des ADN ou de leurs précurseurs.

Les inhibiteurs de l'ARN polymérase sont représentés par la classe des ansamycines,
tandis que les inhibiteurs des topoisomérases regroupent les quinolones. Ces 2 familles
d'antibiotiques doivent leur spécificité d'action aux différences qui existent entre les
enzymes procaryotes et eucaryotes et qui permettent la reconnaissance spécifique d'un
type de cible exclusivement.

Les sulfamides agissent sur la synthèse de l'acide folique, un cofacteur de la synthèse
des bases puriques et pyrimidiques à incorporer dans les acides nucléiques. Leur
spécificité d'action provient du fait que les eucaryotes ne synthétisent pas d'acide
folique.

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 Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

Les diaminopyridines inhibent la réduction de l'acide folique en tirant parti de la

différence de sensibilité de la dihydrofolate réductase bactérienne par comparaison avec
l'enzyme des cellules eucaryotes (Agregé et al., 2015).

3.4. Antibiotiques agissant sur les membranes

Les polymyxines se fixent sur les membranes bactériennes (en particulier la

membrane externe des bactéries à Gram négatif) et les désorganisent (Perronne, 1999).

4. Classification des antibiotiques

Tableau A.1
Actuellement, il existe un nombre très important d’antibiotiques. Il est plus facile pour le
praticien, en vue d’une prescription, d’avoir un classement rigoureux des molécules existantes.
Une famille d’antibiotiques regroupe des composés dont les structures chimiques sont proches.
Les modes d’action, ainsi que les spectres d’action, sont aussi semblables. Cette famille pourra
ensuite être subdivisée en groupes et en sous-groupes. Cependant, il faut noter qu’il existe des
antibiotiques « orphelins », n’appartenant à aucune famille tels que l’acide fusidique, la
fosfomycine (Agregé et al., 2015).

4.1. Critères de classification

Les antibiotiques peuvent être classés selon plusieurs critères:

• Leur origine (bio-synthétisés par des champignons, des bacilles ou des Streptomyces,
artificiels)
• Le type de leur activité antibactérienne.
• Leur structure chimique (dérivés d’acides aminés, hétérosidiques ou polycycliques).

4.1.1. Classification selon l’origine

On distingue trois grands groupes d’antibiotiques:
 Les antibiotiques naturels, élaborés par les micro-organismes:
- Des champignons inférieurs: Penicillium, Cephalosporium
- Des bactéries: Bacillus et surtout Streptomyces (90% des antibiotiques sont
produits par des Streptomyces)
 Les antibiotiques hémisynthétiques ou de ½ synthèse: ils résultent de la
transformation chimique des composés naturels.

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 Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

 Les antibiotiques artificiels: obtenus par synthèse chimique (Agregé et al.,

2015).

4.1.2. Classification des antibiotiques en fonction de leur spectre d’activité

Le spectre d’activité d’un anti-infectieux correspond à l’ensemble des espèces

bactériennes qui lui sont sensibles. Lorsque le spectre d’activité est limité à un certain nombre
d’espèces bactériennes, il est dit « étroit », tandis qu’un antibiotique actif sur de nombreuses
bactéries est dit à spectre « large ».

Enfin, une bactérie insensible à un antibiotique est définie comme étant résistante. Un
antibiotique à spectre large agit sur un grand nombre de bactéries (sur les bacilles et coques
Gram + et Gram -). Un antibiotique à spectre étroit agit seulement sur les bacilles et coques
Gram + ou Gram - (Agregé et al., 2015).

4.1.3. Classification en familles d’antibiotiques

Cette classification est la plus utilisée car, fondée sur la structure chimique de base d’un
chef de file, premier d’une série, elle regroupe « en familles » ou « classes » des produits ayant
des caractéristiques communes: de structure, de spectre d’activité, de cible moléculaire
bactérienne, de sensibilité à des mécanismes de résistance (résistances croisées) et d’indications
cliniques (Agregé et al., 2015).

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 Chapitre2: Résistance bactérienne aux antibiotiques

Tableau1: Principales familles d’antibiotiques.

Famille Sous-famille Origine Molécule(s)

BêtaLactamines Pénicillines Naturelle Pénicilline G
Semi-synthétique Oxacilline et Cloxacilline
(groupe M)
Ampicilline et amoxicilline
(groupe A)
Céphalosporines Naturelle ou Semi- Céfalotine, Cefalexine (1 ère
synthétique génération)
Céfalonium (2 ème
génération)
Céfopérazone, Ceftiofur (3
ème génération)
Cefquinome (4ème
génération)
Polypeptides Naturelle Colistine
Bacitracine
Aminoside Naturelle ou semi- Streptomycine, kanamycine,
synthétique apramycine, gentamicine,
néomycine…
Spectinomycine
Macrolides Naturelle ou semi- Erythromycine, spiramycine,
synthétique tylosine, Tilmicosine
Apparentés aux Lincosamides Naturelle ou semi- Lincomycine, clindamycine
macrolides synthétique
Tétracyclines Naturelle ou semi- chlortétracycline,
synthétique Oxytétracycline, Doxycycline.
Phénicols Naturelle ou semi- Florfénicol,chloramphenicol
synthétique et thiamphenicol
Sulfamides Synthétique Sulfaguanidine,
sulfadimidine,
sulfadiméthoxine…
Quinolones Synthétique Acides nalidixique et
oxolinique (1ère génération)
Fluméquine (2ème
génération)
Enro-, dano-, marbo-,
difloxacine (3ème génération)

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

1. Biologie des Entérobactéries

1.1. Définition

Famille de bactéries usuellement rencontrées en bactériologie médicale. La plupart des

espèces sont des hôtes commensaux ou pathogènes du tube digestif de l’homme et des autres
mammifères. Mais des genres plus récemment décrits sont plutôt des bactéries de
l’environnement. En fait, les Enterobacteriaceae ont une définition bactériologique, ce sont
des bactéries (Bousseboua, 2005; Trystram, 2003).

- Bacilles ou coccobacilles à Gram négatif (2 à 4 µ de long sur 0,4 à 0,6 µ de large);

- Mobiles avec ciliature péritriche ou immobiles;

- Non exigeants poussant sur milieux de culture ordinaires ;

- Aérobies - anaérobies facultatifs ;

- Fermentant le glucose avec ou sans production de gaz ;

- Nitrate réductase positive (réduisant les nitrates en nitrites) ;

- Oxydase négatif;

- Catalase positif;

- Non sporulés.

1.2. Historique

La période de naissance de la famille des Enterobacteriaceae se situe entre 1937

lorsque Otoo Rahn proposa le genre Enterobacter pour regrouper les microorganismes
présentant des propriétés biochimiques et morphologiques communes et parmi lesquels on
trouve déjà des noms tels que Escherichia, Salmonella, Klebsiella, Proteus, Serratia ou
Shigella. Deux années après cette description qui concerne 112 espèces, ce nombre fut
ramené à 67. Avec les travaux de Don Brenner et de Patrick Grimont, cette famille a
connu un essor et beaucoup de nouveaux genres et espèces furent découvertes (Niang, 2003).

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

En 1972, Edward et Ewing intégraient 11 genres et 26 espèces dans la famille des

Enterobacteriaceae (Edwards et al., 1977). Une année après, 31 genres et 139 espèces
étaient caractérisés. En 1985, Farmer et Coll décrivaient 22 genres comprenant 69
espèces et 29 groupes entériques (Farmer et al., 1985).

1.3. Classification

Tableau2: Subdivisions hiérarchiques de classification des entérobactéries (Boone et al.,

2001).

Rangs taxonomiques Classification

Domaine Bacteria

Embranchement Proteobacteria

Classe Gammaproteobacteria

Ordre Enterobacteriales

Famille Enterobacteriaceae

La famille des Enterobacteriaceae comprend actuellement 100 espèces répertoriées.

Les espèces les plus communément isolées en bactériologie clinique appartiennent à 12
genres : Citrobacter, Enterobacter, Escherichia, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus,
Providencia, Salmonella, Seratia, Shigella, Yersinia. On peut les classer dans le tableau
suivant (Pilet et al., 1979):

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

Tableau3: Classification des espèces d’Entérobactéries les plus fréquentes en clinique

humaine.

Genre Espèces
Edwardsielleae Edwardsiella
GROUPE I
Salmonnelleae Salmonella Salmonella typhi
Salmonella paratyphi
Salmonella enteritidis
GROUPE II Escherichia Escherichia coli
Shigella Shigella dysenteriae
Escherichieae
Shigella flexneri
Shigella boydii
Shigella sonnei
Levineae Levinea
GROUPE III Klebsielleae Klebsiella Klebsiella pneumoniae
Klebsiella oxytoca
Enterobacter Enterobacter aerogenes
Enterobacter cloaceae
Serratia Serratia marcescens
Erwinia
GROUPE IV Proteae Proteus Proteus mirabilis
Proteus vulgaris
Proteus rettgerii
Providencia
GROUPE V Yersinieae Yersinia Yersinia enterolitica
Yersinia
pseudotuberculosis

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

1.4. Habitat

Les entérobactéries sont des hôtes du tube digestif de l’homme et de nombreux

animaux où ils sont retrouvés soit à l’état de pathogène, soit à l’état de commensaux. Mais
cette localisation digestive n’est pas exclusive. On les retrouve également dans
l’environnement (sols, eau) où ils participent à la dégradation des matières organiques, à
l’altération des plantes suite à des nécroses, à une dégénérescence ou à un ramollissement
(Carbonnelle et al., 1987 ; Drame, 2001).

1.5. Caractères bactériologiques

1.5.1 Les caractères morphologiques

Toutes les entérobactéries ont une morphologie habituellement typique de type
bacilles à Gram négatif de 2-3µ de long sur 0,6µ de large, généralement polymorphes.
De nombreuses espèces sont mobiles grâce à une ciliature péritriche, et d’autres sont
immobiles (Klebsiella, Shigella, Yersinia pestis). La présence d’une capsule visible au
microscope est habituelle chez les Klebsielles. La plupart des espèces pathogènes pour
l’homme possèdent des fimbriae ou pili qui sont des facteurs d’adhésion (Bakhoum, 2004 ;
Bossert et al., 1986 ; LE Minor et al., 1989).

1.5.2. Les caractères culturaux

Les entérobactéries poussent facilement sur les milieux ordinaires en 24 heures à
37°C en aérobiose et en anaérobiose. Sur milieux gélosés, les colonies d’entérobactéries sont
habituellement lisses, brillantes, de structure homogène «type S: smooth ». Cet aspect peut
évoluer après cultures successives pour donner des colonies à surface sèche rugueuse « type
R: rough ». Les Klebsielles forment des colonies souvent très muqueuses « type M »,
larges et luisantes. Les Proteus ont tendance à envahir la gélose et à y former un tapis
uniforme (Bakhoum, 2004 ; Pilet et al., 1979).

1.5.3. Les caractères biochimiques

- Aéro-anaérobie et de type fermentatif du glucose (respiration aérobie le plus souvent et
fermentation en anaérobiose).
- Réduisant en général les nitrates en nitrites (des souches réduisent les nitrates en diazote
Klebsiella et d’autre ne réduisent pas Yersinia, Shigella).
- Habituellement catalase (+), dépourvus d’oxydase (Kassama et al., 2013).

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

1.5.4. Les caractères antigéniques

L’étude des caractères antigéniques permet d’individualisés les espèces au sein de
chaque genre, Les entérobactéries possèdent toutes des antigènes de paroi « somatiques » ou
antigènes O, certains possèdent des antigènes de surface tel que les adhésines et les antigènes
d'enveloppe ou antigènes K, alors les entérobactéries mobiles possèdent en plus des antigènes
de flagelle «flagellaires» ou antigènes H. On peut identifier ces antigènes par plusieurs
techniques dont la plus courante est l'agglutination sur lame avec des sérums spécifiques: la
présence d'une agglutination indique qu'il y a correspondance entre le sérum utilisé et un
antigène de la souche étudiée.

a- Antigène ECA

Antigène ECA (Enterobacterial Common Antigen) ou antigène de Kunin, il n’existe que

chez les entérobactéries et de ce fait a un intérêt taxonomique. Sa présence chez les Yersinia a
permis d’inclure ce genre dans la famille des entérobactéries.

b- Antigène O

L'antigène O est l'endotoxine des bactéries à Gram négatif. Il est composé de

lipopolysaccharides (LPS) complexes qui sont thermostables et résistent à l’alcool, très
toxiques, Il est constitué d'une mosaïque d'antigènes dont certains sont des constituants
communs à toutes les entérobactéries et germes apparentés, et d'autres, des constituants
spécifiques de chaque espèce.

c- Antigène H

L'antigène H n'est pas toxique, de nature protéique (flagelline), il est thermolabile et

inactivé par l’alcool, il est constitué comme l'antigène O d'une mosaïque d'antigènes avec des
constituants communs à toutes les entérobactéries mobiles et des constituants spécifiques à
chaque espèce.

d- Antigène de surface
L’antigène K capsulaire, de nature polysaccharidique, qui entoure la paroi de certaines
entérobactéries et peut masquer l'antigène O, on le trouve chez les Escherichia coli, les
Shigelles ou chez certaines Salmonelles et Citrobacter (ex: antigène Vi, pour virulence, de
Salmonella typhi). Les antigènes d’adhérence ou andésines de nature protéique, portés par des
pilis communs encore appelés fimbriae (Sougakoff et al., 2003 ; Kassama et al., 2013).

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

2. Les Entérobactéries uropathogènes

Les entérobactéries sont les germes le plus souvent isolées dans les IU d’où on les a
nommées uropathogène. Cela s’explique par la physiopathologie ascendante de l’IU à
partir de la flore urétrale (colonisation du périnée par les entérobactéries d’origine
digestive) et par la présence de facteurs spécifiques d’uropathogénicité (adhésines,
uréase…) parmi les germes les plus incriminées arrive en première position Escherichia coli
avec des fréquences d’isolement allant de 65 à 85% , Klebsiella pneumoniae , vient en
deuxième position avec des fréquences d’isolement allant de 10,5 %, Proteus mirabilis
vient en troisième position avec des fréquences d’isolement allant de 4% (Ben Abdallah et
al., 2005).

2.1. Escherichia coli

2.1.1. Définition
E. coli est l’espèce type du genre Escherichia qui a été dénommé d’après le médecin
allemand Theodor Escherich (1857-1911), qui en 1885, publia ses travaux sur un court
bâtonnet à Gram négatif aux extrémités arrondies, présent dans les matières fécales et
l’intestin d’enfants. Cette espèce bactérienne fut baptisée Bacillus ou Bacterium coli
commune, puis renommée, en 1919 sur proposition, et en 1958 officiellement, Escherichia
coli (Mainil, 2003).

2.1.2. Habitat

E. coli est une espèce commensale du tubes digestif de l’homme est des animaux. Elle
représente à elle seul la plus grande partie de la flore bactérienne aérobie de l'intestin (espèce
aérobie dominante) à raison de 108 par gramme de fécès (flore totale: 1011à 10 12 bactéries par
gramme). La recherche d’E. coli dans l’eau d’alimentation (colimétrie) et faite pour apprécier
sa potabilité, sa présence dans l’eau est un indice de contamination fécale ce qui le rend
impropre à la consommation (Avril et al., 2000).

2.1.3. Caractères morphologiques et culturaux

Escherichia coli ou colibacille fait partie des Entérobactéries, c’est une bactérie fine et
allongée à extrémités arrondies, bacille à Gram négatif, aéro-anaérobie facultatif, asporulée,
mesurant 2 à 4µ de long sur 0,4 à 0,6 µ de large, mobile grâce à une ciliature péritriche. Ce
germe non exigeant, Culture facile sur milieux ordinaires. Sur milieux solides après 18-24 h
les colonies sont arrondies, lisses, brillantes et homogènes, à bords réguliers, de 2 à 3 mm de

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

diamètre. Pousse sur milieux sélectifs pour entérobactéries type Mac Conkey, Drigalski
(Clave, 2012 ; Oulymata, 2007).

2.1.4. Caractères biochimiques

E. coli possède les caractères biochimiques suivants (Clave, 2012 ; Oulymata, 2007) :

- Oxydase(-), catalase(+), uréase (+ /-), nitrate réductase (+), gélatinase (-), TDA (+) ;
- Glucose(+), lactose(+), mannitol(+), sorbitol(+), Gaz en glucose(+) ;
- ONPG (+), H2S(–), indole (+), citrate de Simmons(-), VP (-), RM(+) ;
- LDC variable (90% +), ODC (+ /-), ADH (+ /-).

2.1.5. Pouvoir pathogène

E. coli est souvent responsable de gastro-entérites graves pouvant être mortelles dans
certains cas à l’absence de traitement. Elle est classée dans le groupe des entérobactéries
pathogènes spécifiques avec les Shigelles, les Salmonelles qui sont responsables de
dysenteries et fièvres typhoïdes graves. Elle est également incriminée dans les infections
urinaires (80 % des infections urinaires), génitales, dans les méningites et dans diverses
suppurations (Perrière, 1992).

2.1.6. Résistance aux antibiotiques

Résistance naturelle
Les souches d’E. coli sont sensibles à toutes les bêta-lactamines, malgré la présence
d’une céphalosporinase chromosomique d’espèce de classe C qui est exprimée à très bas
niveau.

Résistance acquise
- Bêta-lactamase de classe A haut niveau (pénicillinase): Les souches d’E. coli présentent une
résistance de haut niveau à l’amoxicilline et la ticarcilline, qui est due à l’élaboration d’une
pénicillinase. L’inhibition de cette activité enzymatique et réalisée par l’acide clavulanique,
L’activité de cette pénicillinase est réduite pour les uréidopénicillines (piperacilline) et les
céphalosporines de 1ère et 2ème génération.

- Bêta-lactamase de classe A (pénicillinase TRI): Ces souches ont le même phénotype qu’E.
coli pénicillinase haut niveau, mais elles ont une résistance haut niveau aux associations
amoxilline-acide clavulanique (AMC) et ticarcilline-acide clavulanique (TCC) (pas d’activité
d’inhibition de l’acide clavulanique).

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

- Bêta-lactamase de classe A à spectre étendu: Résistance à l’ensemble des pénicillines et

céphalosporines, en particulier aux céphalosporines de 3ème génération, et aux
monobactames(ATM). L’activité des céphamycines et de l’imipénème n’est pas modifiée.
Une image de synergie (inhibition de l’activité enzymatique par l’acide clavulanique) est
souvent détectée entre les C3G et AMC ou TCC. Lorsque le niveau d’expression de l’enzyme
est trop élevé, l’image de synergie et plus difficile à mettre en évidence (Sougakoff et al.,
2003).

2.2. Proteus mirabilis

2.2.1. Définition
Le genre Proteus est classiquement placé dans la tribu des Proteae. Actuellement, ce
genre rassemble cinq espèces. Ce sont des bacilles à Gram négatif, mobiles, sont largement
répandus dans la nature et elles sont isolées du sol, de l’eau, de l’intestin de l’homme et de
nombreuses espèces animales. Proteus mirabilis est l’espèce la plus fréquemment isolée de
prélèvements cliniques. C’est la bactérie la plus souvent isolée des urines et elle est à l’origine
d’infections graves et parfois mortelles (Sougakoff et al., 2003).

2.2.2. Habitat
Les Proteus sont très répondu dans la nature, on les rencontre dans les eaux de surface,
les eaux usées, le sol, sur les légumes, dans la flore de putréfaction des matières organiques
Animales. Ils végètent en saprophytes sur la peau et les muqueuses, ils sont les hôtes
habituels du tube digestif de l’homme et des animaux (LE Minor, 1989).

2.2.3. Caractères morphologiques et culturaux

Les Proteus sp. Sont des bacilles à Gram négatif, très généralement mobiles,
polymorphes, mesurant de 0,4 à 0,8 µm de diamètre sur 10 µm à 80 µm de longueur. En
milieu gélosé. P. mirabilis et P. vulgaris peuvent envahir la surface de milieu en formant des
ondes concentriques. Cet essaimage ou swarming, est dû à la grande mobilité de la bactérie.
L’envahissement des cultures par les Proteus peut être réduit par la présence dans le milieu
des sels biliaires ou de détergents, par accroissement de teneur en gélose ou par une
diminution de la teneur en NaCl (milieu CLED) (Avril et al., 2000).

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 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

2.2.4. Caractères biochimiques

Les Proteus sont caractérisés par leur uréase très active, la production d’H2S, d’une
gélatinase et leur pouvoir glucidolytique faible (Sougakoff et al., 2003 ; Avril et al., 2000).

- Fermentation des sucres: glucose (+) ;

- Réduction des nitrates en nitrites: NO3+ ;

- Métabolisme du tryptophane en indole: indole (-) ;

- ONPG (-) ;

- Ornithine décarboxylase: ODC (+) ;

- TDA (+).

2.2.5. Pouvoir pathogène

- Infections urinaires communautaires ou nosocomiales. P. mirabilis grâce à son uréase
puissante peut alcaliniser les urines et être responsable de lithiases. Ces lithiases se
comportent comme du matériel étranger qui permet à l’infection de devenir chronique,
entraînant ainsi une destruction progressive du parenchyme rénal.

- P. mirabilis peut être responsable des infections localisées surtout cutanées, infections des
voies respiratoires, des septicémies et bactériémies (Sougakoff et al., 2003; Archambaud
et al., 2004).

2.2.6. Résistance aux antibiotiques

Résistance naturelle
P. mirabilis est naturellement résistant à la colistine, cyclines (spécificité de l’espèce
mirabilis) et furanes. Souches sensibles à toutes les bêta-lactamines (pas de céphalosporinase
chromosomique de classe C). Les autres antibiotiques testés sur les bacilles à Gram
négatif type Entérobactéries sont habituellement actifs (aminosides, quinolones,
cotrimoxazole, chloramphénicol).

20
 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

Résistance acquise
Mécanismes identiques à ceux décrits pour E. coli.

- Bêta-lactamase de classe A haut niveau (pénicillinase): des carbénicillinases (type PSE-4)

ont été décrites.

- Résistance aux inhibiteurs des bêta-lactamases: un mutant de type TEM, IRT-2

(Arg244Ser), a été décrit en association avec TEM-1 dans une souche insensible aux
inhibiteurs des bêta-lactamases de classe A.

- Bêta-lactamases de classe A à spectre étendu (BLSE): une souche produisant TEM-10 a été
décrite.

- Résistance à l’imipénème: chez P. mirabilis, elle n’est pas d’origine enzymatique. La

résistance à l’imipénème semble associée à une altération des PLP1A et 2 (protéines liant la
pénicilline) (Sougakoff et al., 2003; Archambaud et al., 2004).

[Link] pneumoniae

2.3.1. Définition
Les Klebsielles sont des Enterobacteriaceae toujours immobiles, bacilles gram négatif,
possèdent généralement une capsule, ONPG positive et VP positif caractère clé; car elles
font partie du groupe ‘’KESH’’. Le genre Klebsiella comporte cinq espèces dont l’espèce type
est Klebsiella pneumoniae. Cette espèce possède tous les caractéristiques des
Enterobacteriaceae. Sa taille est de 2 à 6 µ de longueur sur 1 µ de largeur, c’est une bactérie
commensale de l’homme et des animaux, est-elle est responsable d’infections
communautaires (urinaires et respiratoire) et d’infections opportunistes chez les malade
hospitalisés (Avril et al., 2000; Iliaquer, 2010).

2.3.2. Habitat
Klebsiella pneumoniae est répandue dans la nature on peut l’isoler de l’eau, de végétaux,
sol et d’aliments divers. Cette espèce est rencontrée dans la flore fécale de 30 à 40% des
animaux et de l’homme (bactérie ubiquitaire présente dans le tube digestif et dans l’appareil
respiratoire des hommes et des animaux en tant que bactérie commensale), elle végète sur la
peau, les muqueuses et les vois respiratoires supérieures. Fréquente dans les selles et peuvent
être un indicateur d’une contamination fécale (Avril et al., 2000).

21
 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

2.3.3. Caractères morphologiques et culturaux

Les Klebsieles sont des bacilles à gram négatif, immobiles, de dimensions comparables à
celles d’E. coli. En général ils ont une culture très facile sur tous les milieux usuels. Sur les
milieux classiques d’isolement pour entérobactéries (Drigalski, AMB, DCL, Hektoen, Mac
Conkey), les colonies de Klebsiella pneumoniae sont lactose positives, bombées, muqueuses,
parfois filantes à l’anse de platine, d’un diamètre de 3 à 4 mm (Sougakoff et al., 2003).

2.3.4. Caractères biochimiques

- Fermentation des sucres: glucose(+);

- Réduction des nitrates en nitrites: NO3+;

- Métabolisme du tryptophane en indole: indole (-);

- ONPG (+);

- LDC (+);

- H2S (-);

- Urease (+);

- TDA (-);

- VP (+) (Sekhri, 2011).

2.3.5. Pouvoir pathogène

Klebsiella pneumoniae est le chef de file du groupe des entérobactéries
pathogènes opportunistes très incriminé dans les infections nosocomiales, Elle est
responsable d'infections diverses: infections suppuratives, urinaires, respiratoires,
biliaires, hépatiques intra-abdominales, bactériemies, septicémies, Infections de sites
opératoires (Sekhri, 2011).

2.3.6. Résistance aux antibiotiques

Résistance naturelle
K. pneumoniae est naturellement résistant aux pénicillines (amoxicilline, ticarcilline) par
production d’une bêta-lactamase de classe A d’espèce (chromosomique) appelée K2, inhibée
par l’acide clavulanique.

22
 Chapitre 3: Biologie des Entérobactéries uropathogènes

Résistance acquise
-Résistance aux inhibiteurs des bêta-lactamases: des bêta-lactamases de classe A de type IRT
insensibles à l’acide clavulanique (mutants d’enzymes TEM) ont été décrites.

-Bêta-lactamases de classe A à spectre étendu (BLSE): de nombreuses souches de K.

Pneumoniae sont productrices de BLSE. Pour la plupart d’entre elles, la production de BLSE
se traduit par des images de synergie très caractéristiques entre les céphalosporines de 3ème
génération et l’acide clavulanique (disque d’augmentin ou de claventin).

-Bêta-lactamases plasmidiques de classe C: chez Klebsiella pneumoniae, on connait un grand

nombre de bêta-lactamases plasmidiques de classe C qui dérivent des céphalosporinases
chromosomiques.

-Résistance au céfépime et au cefpirome: elle a été récemment décrite chez K. pneumoniae et

semble liée à la combinaison de deux mécanismes: la production à haut niveau d’une BLSE
SHV-5 et une diminution de la perméabilité de la membrane externe.

-Résistance à l’imipénème: elle peut être due à l’association d’une imperméabilité de la

membrane externe, à une production à haut niveau d’une bêta-lactamase plasmidique de
classe C (Sougakoff et al., 2003).

23
Matériels et
méthodes
 Matériels et méthodes

Matériels et méthodes

1. Durée de l’étude

Notre étude s’est étalée sur une période de deux mois (du 29 mars au 7 mai 2015).

2. Lieu de l’étude
Notre étude a été réalisée au sein du laboratoire de bactériologie de l’hôpital militaire
régional universitaire (HMRU) de Constantine "Allaoua Benbaatouche" précisément au
niveau de la paillasse des infections urinaires, et au niveau du laboratoire de microbiologie à
l’université des Frères Mentouri de Constantine.

3. Echantillonnage (population de l’étude)

Durant la période de notre stage, 740 prélèvements des urines de patients hospitalisés et
externes ont été effectués, parmi ces prélèvement un total de 63 souches d’Escherichia coli,
Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis sont isolées. Parmi ces 63 souches, on a choisis
une souche pour chacune.

4. Méthodes

4.1. Etude macroscopique

L’étude macroscopique permet d’apprécier l’aspect des colonies leur couleur, leur taille,
leur forme, leur consistance, ainsi que leur capacités à fermenter le lactose.
• Sur gélose nutritive GN (Annexe 1) : la GN est un milieu qui convient à la culture
des germes ne présentent pas d’exigences particulières.
• Sur milieu Hektoen (Annexe 1) : le milieu Hektoen est un milieu sélectif pour les
trois germes.
• Ensemencement

Nous avant appliqué la méthode des trois cadrans. Cette méthode est la plus classique.
Elle consiste à diviser une boite de pétri en deux parties égales (50 % et 50 %), puis de
diviser de nouveau par deux une moitié afin d'obtenir 3 cadrans de 50 %, 25 % et 25 %.
Sur le plus grand cadran. Deux gouttes de l’urine sont déposées puis étalée à l’aide d’une
pipette pasteur. Ensuite on retourne la boîte afin d'étaler les bactéries sur un cadran plus petit,

24
 Matériels et méthodes

puis on retourne afin d'ensemencer le dernier petit cadran. Les stries doivent être serrées et la
pipette doit être flambée entre chaque cadran pour de meilleurs résultats. L’incubation se fait
pendant 24 h à 37 C˚.

4 .2. Etudes microscopique

4.2.1. Etat frais

• Principe et technique
C’est un examen de mise en œuvre très simple et qui a lieu au microscope
optique à l’objectif x 40. IL permet d’apprécier la morphologie des bactéries, leur mode
de regroupement, leur abondance et leur mobilité.
Sur une lame porte objet stérile, déposer une goutte d’eau physiologique et une colonie.
Homogénéiser et recouvrir d’une lamelle en évitant d’emprisonner les bulles d’air, lire au
microscope.

4.2.2. Coloration de Gram

• Principe et technique
La coloration de Gram est la coloration de base de la bactériologie. C'est une
coloration double qui permet de différencier les bactéries non seulement d'après leur
forme, mais surtout d'après leur affinité pour les colorants liées à la structure générale de la
paroi.
Le principe de cette méthode, mise au point de façon empirique par le médecin danois
Gram en 1884, est le suivant : on étale les bactéries sur une lame de verre, on les fixe par la
chaleur ou l'alcool, puis on les colore successivement avec une solution de violet de gentiane
et un mordant, la liqueur de Gram, ou solution de Lugol (mélange d'iode et d'iodure de
potassium) ; la préparation est ensuite traitée avec un solvant organique, tel que l'alcool.
Après le solvant, on procède à une contre-coloration avec un colorant rouge, comme la
fuchsine de Ziehl diluée.
Lecture
La lecture se fait au grossissement x 100 avec une goutte d’huile à immersion. Les
bactéries à Gram positif apparaissent colorées en violet, alors que les bactéries Gram négatif
sont roses.

25
 Matériels et méthodes

4.3. Etude biochimique

4.3.1. Identification par galeries classique

Préparation de la suspension bactérienne

La préparation de la suspension bactérienne consiste en transfert en condition aseptique

d’une colonie bien isolée sur GN vers un tube qui contient 1 à 2 ml d’eau physiologique
stérile. Cette suspension a servi à ensemencer différents milieux de culture en tubes
permettant ainsi de mettre en évidence différents caractères biochimiques.

Milieu TSI
• Principe

Le milieu Triple-Sugar-Iron est un milieu d’identification rapide pour les

entérobactéries, permet de mettre en évidence la fermentation du glucose (avec ou sans
dégagement gazeux), du lactose, du saccharose et la production de H2S.

• Technique
Elle consiste à ensemencer à l’aide d’une pipette pasteur en stries serrées la pente
de la gélose puis par piqûre centrale le culot, la lecture se fait après 24 h d’incubation à
37°C.
• Lecture

- la fermentation du glucose se traduit par le virage au jaune du culot , et la production de

gaz se traduit par la formation de bulles de gaz dans la gélose ou le décollement de
celle-ci.

- la fermentation du lactose et/ou du saccharose se traduit par le virage au jaune de la

pente.

- Production de H2S se traduit par noircissement du milieu.

Milieu mannitol-mobilité

• Principe

Le milieu mannitol-mobilité est utilisé pour la différenciation rapide des Entérobactéries.

Il permet de déceler la dégradation du mannitol et la mobilité de la bactérie.

26
 Matériels et méthodes

• Technique
L’ensemencement se fait au moyen d’une pipette pasteur par une simple piqure centrale
jusqu’au fond du tube, la lecture se fait après 24 h d’incubation à 37°C.
• Lecture

- La fermentation du mannitol ce traduit par un virage de couleur du rouge au jaune.

- La présence des bactéries au-delà de l’axe central signifie qu’elles sont mobiles; cependant
leur présence uniquement au niveau de la piqure centrale signifie qu’elles sont immobiles.

Milieu citrate de Simmons

• Principe

Le milieu citrate de sodium (Simmons) est utilisé pour l’identification des bacilles Gram
négatif. Il permet de rechercher l’utilisation de citrate de sodium comme seul source de
carbone.

• Technique
L’ensemencement se fait au moyen d’une pipette pasteur par des stries longitudinales de
la pente, la lecture se fait après 24 h d’incubation à 37°C.
• Lecture

L’utilisation du citrate de sodium se traduit par un virage de couleur du vert au bleu qui
signifie qu’il y a eu une alcalinisation du milieu et que la bactérie possède un citrate
perméase.

Eau peptonée exempte d’indole

• principe
L’eau peptonée exempte d’indole permet la culture des germes ne présentent pas
d’exigence particulière, et la recherche de la production d’indole par l’intermédiaire d’une
tryptophanase qui dégrade le tryptophane en acide indole-acétique ou en acide carboxylique,
seules les bactéries indologènes poursuivent cette dégradation jusqu’à la formation d’indole.

Remarque : L’indole peut être mis en évidence en utilisant L’eau peptonée exempte
d’indole ou le milieu urée-indole.

27
 Matériels et méthodes

• Technique

L’ensemencement se fait au moyen d’une pipette pasteur par l’ajout de quelques gouttes
de la suspension bactérienne dans un tube d’eau peptonée exempte d’indole, la lecture se fait
après 24 h d’incubation à 37°C.
• Lecture

Après l’incubation on ajoutant deux gouttes du réactif de Kovacs, le dimethyl-amino-4-

benzaldéhyde qui est un composant du réactif de Kovacs réagit avec l’indole, produit de
l’activité de la tryptophanase, et forme un anneau coloré en rouge, ce qui signifie que la
bactérie et indole positif.

Milieu urée-indole
• Principe

Le milieu urée-tryptophane appelé improprement milieu urée-indole c’est un milieu

complexe qui fournit un ensemble de résultats utiles pour la différenciation des
entérobactéries. Il permet de rechercher :

- L’uréase

Les entérobactéries peuvent dégrader l’urée qui est un composé organique et qui peut
servir de source d’azote unique aux bactéries possédant une uréase très active. En
présence de cette enzyme, les bactéries uréolytiques peuvent transformer l’urée en
ammoniac et en carbonate d’ammonium qui alcalinise le milieu, et qui fait virer l’indicateur
coloré de pH (le rouge de phénol) du jaune au rouge en milieu basique.

- La tryptophane-désaminase(TDA)

La désaminase agit sur le L-tryptophane en donnant l’acide pyruvique. Ce dernier donne

avec le perchlorure de fer (FeCl3) une coloration brune.

• Technique
L’ensemencement se fait au moyen d’une pipette pasteur par l’ajout de quelques gouttes
du milieu urée-indole dans un tube contenant la suspension bactérienne. La lecture se fait
après 24 h d’incubation à 37°C.

28
 Matériels et méthodes

• Lecture
- L’hydrolyse de l’urée

Le virage de la couleur de l’orange vers le rouge ou le rose violet signifie qu’il y a eu

une alcalinisation du milieu et que la bactérie possède une uréase.

- La TDA

Après adition du réactif TDA, l’apparition d’une coloration brun foncé montre que la
bactérie est TDA positive.

Milieu MEVAG

• Principe

Le milieu MEVAG permet de déterminer la voie d’attaque des glucides, qui peut être
catalysées par voie respiratoire ou par voie fermentaire. La dégradation d’un glucide
s’accompagne généralement d’une acidification du milieu.

• Techniques
Elle consiste à ensemencer 2 tubes contenant le milieu MEVAG au moyen d’une pipette
pasteur par une simple piqure centrale, l’un des tubes sera recouvert d’une couche d’environ
1-1.5 cm d’épaisseur d’huile de vaseline et sera bien fermé ; et l’autre tube sera moins fermer
on relâchant le couvercle, la lecture se fait après 24 h d’incubation à 37°C.

• Lecture
-Type fermentatif

- Coloration jaune dans les deux tubes: respiration ou fermentation aérobie du glucide et
fermentation anaérobie, cela signifie que la souche est aéro-anaérobie facultatif.

-Coloration jaune dans le tube fermé. Il est neutre en surface et acide en profondeur dans le
tube ouvert: fermentation anaérobie du glucide, cela signifie que la souche est anaérobie
stricte.

-Type oxydatif

- Coloration jaune seulement en surface du tube ouvert : respiration aérobie du glucide, cela
signifie que la souche est aérobie stricte.

29
 Matériels et méthodes

-Type inerte

- Coloration jaune en surface du tube ouvert: pas d’utilisation du glucide mais des peptones.
La souche peut être aérobie stricte ou non (vérifier le long de la piqure).

Test ONPG

• Principe
Le test ONPG (Ortho-Nitro-Phényl-Galactopyranoside) ou test de l’ONPG-hydrolase est
complémentaire, voir indispensable, à l’étude de la dégradation du lactose chez les
entérobactéries. Pour que des entérobactéries dégradent le lactose, il faut qu’elle possède deux
enzymes :

- Une perméase membranaire, nécessaire à la pénétration du lactose dans la cellule ;

- Une β-galactosidase permettant de dégrader la molécule de lactose en galactose et glucose.

Le test ONPG consiste à rechercher la présence de ß-galactosidase. On utilise comme

substrat, non pas le lactose, mais un autre ß-galactoside: l'ortho-nitro-phényl-galactoside
(ONPG) qui possède une structure analogue au lactose ; et qui présente l'avantage d'être
hydrolysé en l'orthonitrophénol: ONP qui est responsable de la coloration jaunâtre de milieu
selon la réaction suivante:

ONPG β-galactosidase Galactose + ONP

• Technique
Préparer une suspension dense d’une culture bactérienne à étudier dans un tube à essai
stérile contenant 0.5ml d’eau physiologique, puis y ajouter un disque ONPG. Incuber au bain-
marie à 37°C pendant un temps variant entre 15 à 30 minutes et jusqu’à 24h au maximum.

• Lecture

La lecture se fait à des intervalles de temps différents: après 15mn, 30mn, 1 heure, 6
heures et 24 heures. Le test ONPG est positif lorsque la suspension bactérienne se colore en
jaune.

30
 Matériels et méthodes

Milieu Clark et Lubs: test RM et VP

• Principe

Le milieu de Clark et Lubs permet l'étude des produits de fermentation du glucose:

différenciation entre les fermentations « acides mixtes » et « butylène glycolique ».
- Test RM (rouge de méthyle)
Ce test permet la mise en évidence, grâce au rouge de méthyle, de la fermentation acide
mixte par acidification d'un milieu glucosé après fermentation du glucose.
- Test VP (Vosges-Proskauer)
Ce test permet la mise en évidence de la production d'acétoïne (ou 3-hydroxy-butanone)
au cours de la fermentation butylène glycolique: en présence d'une base forte (soude ou
potasse) et d'a-naphtol, l'acétoïne donne une coloration rouge en milieu très oxygéné.
• Technique
Une colonie de la souche à étudier est ensemencée sur le milieu Clark et Lubs puis
incuber à 30°C pendant 24 à 48 heures. Après l’incubation, diviser le milieu dans deux tubes
stériles, verser quelques gouttes de VP I et quelques gouttes de VP II dans l’un des tubes, et
dans l’autre, ajouter quelques gouttes de réactif RM.
• Lecture
- Test RM: Coloration rouge: RM (+)
Coloration jaunâtre : RM (-)
- Test VP: Coloration rouge: VP (+)
Coloration jaunâtre: VP (-)

Recherche de nitrate réductase

• Principe
L'étude de la réduction des nitrates se fait par la mise en évidence des nitrites formés.
Ces derniers en milieu acétique ou sulfurique, donnent une coloration rose. L’enzyme nitrate
réductase catalyse la réaction des nitrates en nitrites.

NO₃- + NADH Nitrate réductase NO₂ - + H₂O +NAD⁺

31
 Matériels et méthodes

Les nitrates peuvent aller également jusqu’au stade azote (N2) ; Dans ce cas, on doit
compléter par l'épreuve de Zoo Bell, épreuve qui consiste à ajouter de la poudre de zinc au
milieu:
- Si le zinc réduit les nitrates encore présents en nitrites, la coloration rose apparaît et la
réaction est négative (bactéries sans nitrate réductase).
- Si au contraire, la teinte du milieu reste inchangée, le stade nitrite a été dépassé donc les
bactéries possédant un nitrate réductase très active.
• Technique
À une culture en bouillon nitraté de 24 h d’incubation à 37°C, on ajoute deux gouttes de
réactif de Griess (Nit 1 et Nit2). Après agitation, la lecture est immédiate.
• Lecture
- Coloration rose ou rouge: nitrates réduits en nitrites (nitrate réductase positive NR+).
- Milieu restant incolore: ajouter un peu de poudre de zinc (réducteurs des nitrates) ; agitation,
inclinaison du tube de culture en position presque à l'horizontale et attendre cinq minute
savant la lecture:
• Si le milieu devient alors rose ou rouge, il reste des nitrates, donc ces derniers n'ont
pas été réduits par la bactérie: nitrate réductase négative NR(-).
• Si le milieu reste incolore, il ne reste plus de nitrates, les bactéries les ont réduit au-
delà du stade nitrites: nitrate réductase positive NR(+).

Recherche de la catalase
• Principe
La catalase est un enzyme ayant la propriété de décomposer le peroxyde d'hydrogène
(H2O2) avec dégagement d'oxygène selon la réaction suivante:

Catalase

2H ₂O ₂ 2H₂O + O₂

• Technique

Sur une lame et à l’aide d’une pipette Pasteur, on dépose une colonie bactérienne à
laquelle on ajoute de l'eau oxygénée (à 10 volumes).

32
 Matériels et méthodes

• Lecture
- Catalase(+): effervescence.
- Catalase (-): pas d'effervescence.

Recherche de l’oxydase
• Principe
Le test de l’oxydase est fondé sur la production bactérienne d’une enzyme oxydase
intracellulaire. En présence d’oxygène atmosphérique et de cytochrome C, cette enzyme
oxyde le réactif pour former un composé coloré en violet « l’indophénol ».
• Technique
Sur un papier filtre stérile, déposer un disque d'oxydase imprégné de diméthyl-para-
phénylènediamine. Humidifier le disque avec quelques gouttes d'eau distillée stérile. Un excès
d'eau peut nuire à la lecture. À l'aide d'une anse de platine prendre une colonie de la bactérie à
identifier et la déposer sur le disque.
• Lecture
Apparition d'une coloration violette immédiatement : la souche est dite oxydase positive.

Recherche des décarboxylases: Lysine décarboxylase (LDC), Ornithine

décarboxylase (ODC) et Arginine dihydrolase (ADH)
• principe
Les décarboxylases ou carboxylases, scindent les acides aminés entraînant la formation
de l'amine correspondant avec la libération de CO2. Suivant la réaction:

R CH COOH R CO COOH + NH3

NH2 Désaminases Acide cétonique

Il s'agit d'enzymes induites dont la synthèse est favorisée par un pH acide (pH =3.5 - 5.5)
et des conditions d'anaérobiose.

33
 Matériels et méthodes

Les décarboxylases sont:

La lysine décarboxylase (LDC): Lysine LDC Cadavérine + CO₂

L’ornithine décarboxylase (ODC): Ornithine ODC Putricine + CO₂

L’argenine dihydrolase (ADH): Argénine ADH Agmatine + CO₂

• Technique
Le test est réalisé avec le milieu Moeller réparti dans 4 tubes à hémolyse différents:
- Le premier tube constitue le témoin. Il contient essentiellement du glucose en petite quantité
et du pourpre de bromocrésol comme indicateur de pH.
- Les trois autres tubes contiennent en plus du milieu témoins, un des trois acides aminés
suivants: Arginine, Lysine ou Ornithine.
- Après ensemencement, 1ml de vaseline stérile est ajouté dans chaque tube et le tout sera
incubé à 30°C pendant 24 à 48 h.
• Lecture

- une bactérie non décarboxylante utilisera les peptones du milieu, et produira des acides
organiques ainsi que des bases faibles comme l'ammoniac. Le milieu deviendra jaune.
- une bactérie décarboxylante après avoir utilisé le glucose va produire du dioxyde de carbone
et des amines. L'alcalinité des amines est importante, et le virage de l'indicateur de pH sera
obtenu : le milieu restera violet.

4.3.2. Identification des entérobactéries par la galerie API 20 E

La galerie API 20E est un système standardisé pour l'identification

des Enterobacteriaceae et autres bacilles à Gram négatif. C'est une technique de routine très
utilisée en milieu professionnel pour le diagnostic in vitro et le contrôle microbiologique.
Une galerie se compose de 20 micro-tubes contenant un substrat déshydraté pour réaliser 20
tests biochimiques miniaturisés. On inocule chaque tube avec la suspension bactérienne à
identifier, Certains des puits auront des changements de couleur résultants des différences de
pH qui se traduisent par des virages colorés ; d’autres produisent des sous-produits qui
doivent être identifiés avec des réactifs. Un numéro de profil est déterminé d’après la série de
tests (+ et -), qui permet d’identifier l’espèce (Derafa, 2012).

34
 Matériels et méthodes

• Technique
Après le développement de la bactérie en colonies isolées sur milieu gélosé, préparer la
suspension bactérienne :
- Introduire quelques ml d’eau distillée stérile (avec une pipette Pasteur) dans un tube à vis
stérile, avec la pipette Pasteur, prélever une seule colonie bien isolée sur milieu gélosé.
- Réaliser une suspension bactérienne en homogénéisant soigneusement les bactéries dans le
milieu.
- l’inoculation de la galerie API20 E: Il faut remplir à l'aide d'une pipette Pasteur les tubes et
les cupules des tests CIT, VP et GEL avec la suspension bactérienne, et pour les autres tests;
on va remplir uniquement les tubes (et non les cupules) avec la création d'une anaérobiose
dans les tests: ADH, LDC, ODC, URE, H2S en remplissant leur cupule par l'huile de vaseline
stérile. Enfin, on incube à 37 C° pendant 18-24 heures.
• Lecture

Les réactifs appropriés sont ajoutés aux compartiments :

-1 goutte de réactif de Kovac à l’IND (faire la lecture dans les minutes qui suivent).

-1 goutte de réactif de VP1 et VP2 (une réaction positive peut prendre jusqu'à 10minutes).

-1 goutte de réactif TDA.

Noter les résultats et comparer les réactions avec le tableau de différentiation (Annexe 2).

4.4. Etude de la sensibilité aux antibiotiques des entérobactéries

Pour déterminer la sensibilité des entérobactéries aux antibiotiques, l’antibiogramme est
réalisé par la méthode de diffusion de disques imprégnés d’antibiotiques et la mesure des
diamètres selon les recommandations du comité d’antibiogramme de la société française de
microbiologie (CA-SFM).

4.4.1. Milieu pour l’antibiogramme

On utilise un milieu non sélectif Mueller-Hinton (Annexe1), il doit être coulé en boites
de Pétri sur une épaisseur de 4mm, les boites doivent être séchées avant leur emploi.

35
 Matériels et méthodes

4.4.2. Réalisation de l’inoculum bactérienne

A partir d’une culture pure de 18 h à 24 h sur milieu d’isolement approprié, racler à
l’aide d’une pipette pasteur quelques colonies bien isolées et parfaitement identiques, et la
transférer dans un écouvillon contenant 2.5 ml d’eau physiologique stérile. Bien
homogénéiser la suspension bactérienne.
4.4.3. Ensemencement par écouvillonnage
- l’écouvillon est trempé dans l’inoculum, L’essorer en le pressant fermement (et en le
tournant) contre la paroi interne du tube, afin de décharger au maximum, puis Frotter
l’écouvillon sur la totalité de la surface gélosée, de haut en bas, en stries serrées, l’opération
est répéter 2 fois, en tournant la boite de 60° à chaque fois, sans oublier de faire pivoter
l’écouvillon sur lui-même. Finir l’ensemencement en passant l’écouvillon sur la périphérie de
la gélose.
4.4.4. Choix des antibiotiques
Dans notre étude, les antibiotiques utilisés sont :

L’ampicililline, Amoxicilline-acideclavulanique, Pipéracilline, Céfazoline,
Céfotaxime, Céfixime pour les β-lactamines.

Imipenèmes pour les carbapènemes.

Amikacine, Gentamicine pour les aminosides.

Ofloxacine, Ciproflaxacine pour les quinolones.

Colistine, Furanes.

4.4.5. Application des disques

Les disques choisis sont posés à l’aide d’une pince flambée qui sont parfaitement
appliqués à plat sans glissement en appuyant légèrement sur la surface de la gélose. Une
distance minimale de 15 mm doit séparer un disque périphérique du bord de la boite et deux
disques doivent être éloignés au minimum de 30mm de sorte que les zones d’inhibitions ne se
chevauchent pas. Les boites sont ensuite portées à l’étuve à 37°C pendant 18 à 24 heures ; en
position renversée.
4.4.6. Lecture et interprétation
Elle consiste à déduire à partir de la mesure des diamètres d’inhibition, le caractère
sensible, ou résistant de la bactérie en compare les résultats aux valeurs critiques (Annexe 3).

36
Résultats et
discussion
 Résultats et Discussion

Résultats et discussion
1. Résultats

1.1. Etude macroscopique

Les résultats de notre étude montrent que:

• Sur milieu GN

Escherichia coli apparait en colonies de 1-3 mm de diamètre généralement bombés,
brillante, opaques, blanchâtres et bien rondes à surface lisses plus un point ombiliqué
central.

Klebsiella pneumoniae apparait en colonies de 3-4 mm de diamètre bombés, grasses,
large, luisantes, très muqueuses et ayant tendance à la confluence.

Proteus mirabilis apparait sous forme d’un envahissement de la gélose en voile

montrant des vagues successives, avec une odeur désagréable.

(a):Escherichia coli (b):Klebsiella pneumoniae (c): Proteus mirabilis

Figure01: Aspect des trois souches sur GN.

• Sur milieu Hektoen

L'aspect des colonies sur milieu Hektoen est en relation de la capacité des
microorganismes à fermenter le lactose mis dans le milieu. Cela conduit à une
production d'acide qui abaisse le pH et modifie l'indicateur de pH placé dans le milieu
qui vire du vert au jaune-orongé, donc nos souches sont lactose positif pour
Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et lactose négatif pour Proteus mirabilis.

37
 Résultats et Discussion

(a): Escherichia coli (b): Klebsiella pneumoniae (c): Proteus mirabilis

Figure02: Aspect des trois souches sur milieu Hektoen.

1.2. Etude microscopique

1.2.1. Etat frais

L’observation microscopique montre que:

Escherichia coli se présente sous forme de bacilles polymorphes, avec une mobilité.

Klebsiella pneumoniae donne des bacilles immobiles courts.

Proteus mirabilis donne des bacilles sous forme bâtonnées, très polymorphes et
mobiles.

1.2.2. Coloration de gram

Les résultats obtenus par observation microscopique après coloration de Gram, montre
que les trois souches se présentent sous forme de bacilles ou diplobacilles colorées en rose.
Donc ce sont des bacilles à Gram négatif.

Figure03: Bacilles Gram négatif (coloration de Gram)

38
 Résultats et Discussion

1.3. Etude biochimique

1.3.1. Identification par La galerie classique

Milieu TSI
Après l’incubation, on a remarqué que pour Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae
il y a eu une acidification dans la pente et le culot, d’où le virage du rouge de phénol au jaune
avec présence des bulles d’air et absence de noircissement donc les deux souches sont: lactose
et saccharose(+), glucose (+), gaz(+), H2S(-).

Alors que pour Proteus mirabilis il y a eu une acidification que dans le culot, avec
présence des bulles d’air et absence de noircissement donc la bactérie est : lactose et
saccharose (-), glucose (+), gaz (+), H2S (-).

(a): Escherichia coli (b): Klebsiella pneumoniae (c): Proteus mirabilis

Figure04: Aspect du milieu TSI.

Milieu mannitol-mobilité

Les résultats qu’on a obtenus montrent que pour les trois souches il y a eu une
acidification du milieu, d’où le virage du rouge de phénol au jaune, donc les trois souches
sont mannitol(+).

En ce qui concerne la mobilité , les bactéries mobiles sont diffusées à partir de la

ligne verticale d’ensemencement en créant un trouble, ce qui a été observé pour

39
 Résultats et Discussion

Escherichia coli et Proteus mirabilis. Alors que Klebsiella pneumoniae a uniquement poussé
le long de la strie d’ensemencement donc elle est immobile.

(a): aspect du test positif (b): aspect du test négatif

Figure05: Aspect du milieu mannitol-mobilite

Milieu citrate de Simmons

Apres 24 h d’incubation on a remarquees qu’il y a eu une alcanisation du milieu, d’où le
virage du bleu de bromothymol du vert au bleu ,c’est ce qui a été observé pour Klebsiella
pneumoniae et Proteus mirabilis qui sont citrate(+), mais c’est pas le cas pour Escherichia
coli qui est citrate(-).

(a): aspect du test négatif (b): aspect du test positif

Figure06: Aspect du milieu citrate de Simmons.

40
 Résultats et Discussion

Eau peptonée exempte d’indole

Apres l’addition du reactif de Kovacs on a remarqué l’apparition d’un anneau rouge que
pour Escherichia coli, donc elle est indole (+). Mais pas pour Klebsiella pneumoniae et
Proteus mirabilis donc elles sont indole(-).

(a): Escherichia coli (b): Klebsiella pneumoniae (c): Proteus mirabilis

Figure07: Aspect de l’eau peptonée exempte d’indole.

Milieu urée-indole

- L’uréase
Concernant l’hydrolyse de l’urée, les deux souches Klebsiella pneumoniae et Proteus
mirabilis étaient urée (+) car il y a eu une alcalinisation du milieu d’où le virage de couleur de
l’orange vers le rouge, alors que Escherichia coli était urée (-) car il n y’a pas eu un virage de
couleur.

(a):aspectdu test positif (b): Aspect du test negatif

Figure08: Aspect du milieu urée-indole.

41
 Résultats et Discussion

- La TDA
Après l’addition du réactif TDA, on a remarqué l’apparition d’une coloration brun foncé
que pour Proteus mirabilis, qui montre que la bactérie est TDA (+). Alors que les autres
souches étaient TDA (-).

Milieu MEVAG
Les résultats obtenus montrent que pour les trois souches il y a eu une acidification dans
les deux tubes (le tube fermé et le tube ouvert) d’où le virage de couleur du rouge de phénol
au jaune qui signifie que les résultats sont positifs (+).

(a): tube à l’anaérobiose (b): tube à l’aérobiose

Figure09: Aspect du milieu MEVAG.

Production de la B-Galactosidase (test ONPG)

Les souches d’Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, sont Pourvues de la β-
Galactosidase, elles ont donné un résultat positif c'est-à-dire ONPG(+) où le milieu utilisé
devient jaune. Alors que la souche de Proteus mirabilis a donné un résultat négatif avec le test
ONPG c'est-à-dire le milieu restait incolore.

42
 Résultats et Discussion

(a): aspect du test négatif (b): aspect du test positif

Figure10: Test ONPG

Tests RM-VP
Les souches d’Escherichia coli, Proteus mirabilis sont VP négatif car après ajouts des
réactifs VP1 et VP2 il n’y a pas eu de réaction. Par contre la souche de Klebsiella pneumoniae
a donné un résultat positif VP(+) (Coloration rose à rouge).
Concernant le test RM, les souches d’Escherichia coli, et Proteus mirabilis sont RM
positif car le milieu est devenu rouge après l’addition du réactif de rouge de méthyle. Alors
que Klebsiella pneumoniae, est RM négatif car le milieu n’est pas devenu rouge donc
aucune réaction ne s’est produite.

(a): test VP positif (b): test RM positif

Figure11: test VP-RM

43
 Résultats et Discussion

Recherche de nitrate réductase

Après incubation 2 gouttes de solution d’acide sulfanilique (Nit1) et 2 gouttes de d’une
solution de naphtylamine (Nit2) sont ajoutées au [Link] coloration rose est apparait
chez les trois souches: Proteus mirabilis, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae.

(a): bouillon nitrate négatif (b): bouillon nitrate positif

Figure12: Test de nitrate réductase

Recherche de la catalase

Des colonies sont met en contact avec de l’eau oxygéné (à 10 volumes). Une
effervescence dû à un dégagement de dioxygène est apparait, signe la présence d'une
catalase.

(a): Proteus mirabilis (b): Escherichia coli (c): Klebsiella pneumoniae

Figure13: test de catalase positif

44
 Résultats et Discussion

Recherche de l’oxydase

La réaction positive s’est traduite par l’apparition d’une coloration violette à l’endroit où
la colonie a été déposée soit immédiatement, soit quelques secondes après. Les résultats
obtenus étaient les suivants:
Nos souches Proteus mirabilis, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae
étaient dépourvues d’oxydase et il n’y a pas eu de coloration, donc elles sont oxydase
négative.

(a): Oxydase négatif (b): Oxydase positif

Figure14: test d’oxydase

Recherche des décarboxylases : Lysine décarboxylase (LDC), Ornithine

décarboxylase (ODC) et Arginine dihydrolase (ADH)

Les milieux de Moëller (LDC: lysine décarboxylase, ODC: ornithine décarboxylase,

ADH: arginine dihydrolase) permettent de montrer la présence de ces enzymes par la mise en
évidence de l’acidification du milieu et sa réalcalinisation éventuelle. Après avoir effectué les
tests nous avons obtenu les résultats suivants :

Escherichia coli: les deux milieux de moëller LDC et ODC n’ont pas changé de
couleurs et sont resté violet donc LDC et ODC positifs.
Par contre le milieu ADH est devenu jaune car le milieu est devenu acide donc négatif
car il aurait fallu avoir une ré-alcalinisation.

Proteus mirabilis: les deux milieux de moëller LDC et ADH ont changé de couleurs
et sont devenu jaunes donc sont négatifs .alors que le milieu ODC est resté violet qui
signifie un résultat positif.

Klebsiella pneumoniae: est LDC positif et ADH positif, ODC négatifs.

45
 Résultats et Discussion

(a): Milieu moëller négatif (b): Milieu moëller positif

Figure15: milieu moëller

1.3.2. Identification par la galerie API 20 E

Escherichia coli
ONPG(+) ; LDC, ODC(+) ; CIT(-) ; H₂S(-) ; URE(-) ; TDA(-) ; IND(+) ; VP(-)
GLU(+)

Figure16: E. coli par galerie API20E

Proteus mirabilis

ONPG(-) ; LDC(-); ODC(+) ; CIT(+) ; H₂S(-) ; URE(+) ; TDA(+) ; IND(-) ; VP (-)

GLU(+)

Figure17: P. mirabilis par galerie API20E

46
 Résultats et Discussion

Klebsiella pneumoniae

ONPG(+) ; LDC(+); ODC(+) ; CIT(+) ; H₂S(-) ; URE(+) ; TDA(-) ; IND(-) ;VP(+)

GLU(+)

Figure18: K. pneumoniae par galerie API20E

1.4. Résistance des entérobactéries aux antibiotiques

Les diamètres d’inhibition autour des disques sont mesurés à l’aide d’une règle, puis ils
sont comparés aux diamètres critiques rassemblés dans l’annexe 3.
Il convient de noter toutefois, qu’une souche dont la sensibilité aux antibiotiques est
ainsi évaluée peut être déclarée " sensible (S), résistante (R) " après consultation des abaques
de lecture (Annexes 3).

Profil de la sensibilité aux antibiotiques de Proteus mirabilis, Escherichia coli et

Klebsiella pneumoniae

Figure19: antibiogramme de P. mirabilis

47
 Résultats et Discussion

Figure20: antibiogramme d’E. coli

Figure21: antibiogramme de K. pneumonae

48
 Résultats et Discussion

Tableau4: Le profil de résistance/sensibilité pour les souches testées.

E. coli P. mirabilis K. pneumoniae

Antibiotiques
Diamètre Phénotype Diamètre phénotype Diamètre phénotype
(mm) (mm) (mm)

β-lactamines
AMP 20 S ≤6 R ≤6 R

AMC 30 S 18 S 22 S
PRL 36 S 21 S 25 S
KZ 27 S 20 S 20 S
CTX 40 S 40 S 25 S
CFM 28 S 40 S 30 S
IPM 34 S 25 S 28 S
Aminosides
AK 28 S 30 S 24 S
CN 25 S 27 S 23 S
Quinolones
OFX 37 S 40 S 40 S
CIP 40 S 46 S 40 S
Divers

CT 16 S ≤6 R 16 S
FT 23 S ≤6 R 30 S

49
 Résultats et Discussion

2. Discussion
Les trois souches à Gram négatif isolées à partir de l’urine ont été identifiées sur la base
de leurs caractères morphologiques, biochimiques, et leur sensibilité aux antibiotiques.
L’identification de ces bactéries bénéficie depuis de nombreuses années déjà de l’existence de
plusieurs méthodes:
- galerie classique avec un nombre limité de caractères ;
- galeries API qui sont très performantes.

2.1. Résultat de l’étude macroscopique et microscopique

Les souches identifiées ont une morphologie habituellement typique de type bacilles à
Gram négatif de 2-3 µ de long sur 0,6 µ de large, généralement polymorphes. Et que ce
présentent sous forme de bacilles ou diplobacilles colorées en rose mobiles, ce qui est
observé pour Proteus mirabilis et Escherichia coli, et Certaines sont immobiles tel que
Klebsiella pneumonae.
On a constaté aussi que Klebsiella pneumonae forme des colonies souvent très
muqueuses, larges et luisantes. Et Proteus mirabilis a tendance à envahir la gélose et à y
former un tapis uniforme. Ces résultats sont compatibles avec ceux mentionnés par LE
Minor, 1989 ; Illiaquer, 2010 ; Oulymata, 2007 ; Kouta, 2009.

2.2. Résultats des tests biochimiques

L’identification présomptive des bactéries a été effectuée en comparant nos résultats

avec ceux relevés sur des références de systématiques bactériennes (Delarras, 2007 ; Denis,
2007).

Milieu TSI
Les résultats obtenus montre que Les deux souches: Escherichia coli et Klebsiella
pneumoniae ont fermenté les trois sucres : le lactose, le saccharose ainsi que le glucose avec
production du gaz mais pas du sulfure d’hydrogène H2S, donc elles sont incapables de réduire
les sulfates en sulfure. Alors que l’espèce Proteus mirabilis a fermenté le glucose avec
production de gaz alors que H2S n’a pas été détecté, mais elle n’a pas fermenté ni le lactose
ni le saccharose. Nous avons donc trouvé le même profil biochimique concernant la gélose
TSI, comme signalé par Delarras, 2007 ; Hajna, 1945.

50
 Résultats et Discussion

Milieu mannitol-mobilité
D’après notre étude, les résultats obtenus montrent que les trois bactéries sont capable
de fermenter le mannitol et de l’utiliser comme source de carbone et d’énergie. Concernant le
test de mobilité nous avons obtenu des résultats positifs avec les deux souches:
Escherichia coli et Proteus mirabilis et un résultat négatif avec la souche de Klebsiella
pneumoniae. Ces résultats sont en parfait accord avec ceux décrits par Meziani, 2012.

Milieu citrate de Simmons

Seules les bactéries autotrophes sont capables d’utiliser le citrate comme seule
source de carbone, notant que ce dernier est le premier composé du cycle de Krebs ; s’il est
utilisé, il y a croissance et le milieu s’alcalinise et cela se traduit par le virage de couleur du
vert en bleu, ceci a été constaté que pour Klebsiella pneumoniae et Proteus mirabilis, mais
pas pour Escherichia coli donc elle est dépourvus de citrate perméase et par conséquent elle
est incapable d’utilisé le citrate comme seule source de carbone ainsi que le cycle de
[Link] resultats sont compatible avec ceux obtenus par les traveaux de Meziani, 2012.

Eau peptonée exempte d’indole

L’indole est obtenu de la dégradation du tryptophane, grâce à une enzyme bactérienne «

la tryptophanase ». L’indole est apolaire, donc soluble dans les solvants organiques et
réagit fortement en milieu acide avec le dimethyl-amino-4-benzaldéhyde contenus dans le
réactif de Kovacs et forme un anneau rouge, ce qui est le cas pour Escherichia coli et non pas
pour Klebsiella pneumoniae et Proteus mirabilis qui ont depouvus de la tryptophanase. Les
resultats obtenus sont en conformité avec ceux de Souna, 2011; Meziani, 2012.

Milieu urée-indole

L’uréase

En présence de l’enzyme de l’uréase, l’urée est transformée en carbonate d’ammonium et

il en résulte une alcalinisation du milieu. Avec les deux souches Proteus mirabilis et
Klebsiella pneumoniae étudiées, nous avons constaté une réponse à l’urée fortement
positive. Ce phénomène s’explique par le fait que ces espèces possédant une uréase très
active qui entraîne la formation d’ions ammonium. Ces ions ammonium vont alcaliniser le
milieu et entraîner le virage de l’indicateur du pH (le rouge de phénol) de l’orange au rouge
en milieu basique.

51
 Résultats et Discussion

Par contre la souche Escherichia coli a donné une réaction négative avec le test de
l’uréase. Cela s’explique par l’absence de l’enzyme de l’uréase chez cette bactérie.

Les résultats obtenu du test uréase avec les trois souches sont vérifiés par ceux noté par
Meziani, 2012; Souna, 2011.

La TDA
La tryptophane-désaminase agit sur le L-tryptophane en donnant l’acide pyruvique. Ce
dernier donne avec le perchlorure de fer (FeCl3) une coloration brune. Cette réaction a été
constaté pour la souche Proteus mirabilis ce qui prouve que cette dernière possède une
tryptophane-désaminase. Les deux souches Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae ont
données une réaction négative avec le test de TDA. Cela s’explique par l’absence de
l’enzyme tryptophane-désaminase chez ces deux germes.

Les résultats obtenus du test TDA avec les trois bactéries sont compatibles avec ceux de
Souna, 2011.

Milieu MEVAG

Le milieu MEVAG permet de déterminer la voie d’attaque des glucides, qui peut être
catalysées par voie respiratoire ou par voie fermentaire. La dégradation d’un glucide
s’accompagne généralement d’une acidification du milieu cela a été constaté pour les trois
espèces.

Les résultats obtenus montrent qu’il a eu une respiration ou fermentation aérobie et

fermentation anaérobie du glucide, donc les trois souches sont aéro-anaérobies facultatifs. Ces
résultats sont en tout accord avec ceux mentionnés par Denis et al., 2007.

Production de la β -Galactosidase (test ONPG)

Un test ONPG positif montre que l’organisme qui est testé contient les enzymes
nécessaires à la fermentation du lactose et peut donc être classé comme un lactose fermenteur.
Dans notre étude, nous avons observé le caractère lactose (+) chez les souches
d’Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae. Ce sont des espèces lactose positif, donc capables
de scinder le lactose en glucose et galactose, grâce à l’enzyme intracellulaire la β-
galactosidase, cette réaction ne peut être possible qu’en présence d’une autre enzyme,
également intracellulaire, la β-galactoside perméase qui assure la pénétration du lactose dans
la cellule bactérienne et par conséquent sa fermentation. Dans le test ONPG, c’est donc la β-

52
 Résultats et Discussion

galactosidase qui est recherchée, cette enzyme permet de scinder le composé synthétique,
incolore, ONPG (orthonitrophényl- β-Dgalactopiranoside) et libérer l’orthonitrophénol
soluble qui donne la coloration jaune.
Selon Delarras, 2007, les bactéries Lactose (+) possèdent la β-galactosidase, et donc
elles sont toujours ONPG (+). En comparant nos résultats avec ces données, nous pouvons
déduire que nos résultats obtenus avec le test ONPG chez Escherichia coli, et Klebsiella
pneumoniae sont corrects.
Dans notre travail, la souche de Proteus mirabilis est ONPG (-), ces résultats sont
vérifiés par ceux notés par Denis et al., 2007.

Tests RM-VP
Selon Denis et al., 2007; les espèces de Proteus mirabilis ,Escherichia coli fermentent le
glucose en produisant de nombreux acides organiques plus ou moins forts par la voie des
fermentations acides mixtes. Par contre la souche de Klebsiella pneumoniae fermente le
glucose par la fermentation butanediolique en produisant l’acétoïne qui est mis en évidence
par le test VP. Cette distinction des deux voies peut justifier une règle parfois contestable
mais fréquemment vérifiée: les bactéries VP (+) sont toujours RM (-), les bactéries RM (+)
sont VP (-).
D’après notre étude, nos résultats sont en parfait accord avec ceux décrits par les auteurs
Denis et al., 2007.

Recherche de nitrate réductase

Le réactif de Griess prend une teinte rouge en présence d'ions nitrites. L'apparition de
cette teinte dans le milieu signe la présence d'ions nitrites. Cela signifie que la bactérie
possède un nitrate réductase et que cette dernière est capable de réduire les nitrates jusqu'au
stade nitrites: c'est le cas pour les Entérobactéries.

Donc nos souches: Proteus mirabilis, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae

possèdent une nitrate réductase (Nit+) qui a transformé les nitrates (NO3-) en nitrite (NO2-).
Ces résultats sont corroborés par les études de Denis et al. 2007 ; Delarras, 2007.

53
 Résultats et Discussion

Recherche de la catalase

Après avoir effectué le test catalase, toutes les souches d’entérobactéries que nous avons
étudiées ont présenté un caractère catalase (+), ces résultats sont confirmés par la Littérature
Khan et al., 2011.

Recherche de l’oxydase

Le réactif utilisé est le chlorhydrate ou l'oxalate de N-diméthyl paraphénylène diamine

(PDA) qui est de couleur violette. Si une bactérie possède l'enzyme respiratoire, appelée le
cytochrome oxydase (dernière enzyme de la chaîne), alors elle peut faire la réaction suivante :

Cytochrome oxydase
PDA PDA

(Chromogène (chromogène forme rose violacée)

forme réduite incolore)

Ce test est essentiel pour orienter l'identification des bacilles Gram negatif, est un bon
contrôle pour les bactéries appartenant à la famille des Enterobacteriaceae, car elles sont
toutes oxydases négatives. En réalisant ce test, nous avons obtenu des résultats conformes à
ceux rapportés par Delarras, 2007 ; qui prouvent que nos souches proteus mirabilis,
Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae sont tous oxydase négatives.

Recherche des décarboxylases : Lysine décarboxylase (LDC), Ornithine

décarboxylase (ODC) et Arginine dihydrolase (ADH)

Les enzymes décarboxylases (LDC, ODC) et décarboxylase et dihydrolase (ADH)

utilisées dans les galeries biochimiques réalisées pour l’identification des souches
bactériennes isolées, présentent toutes un intérêt taxonomique.
Pour la recherche de ces enzymes, nous avons utilisé les milieux de Moeller, contenant
l’acide aminé étudié (soit la lysine soit l’ornithine, soit l’arginine), du glucose et un indicateur
coloré le bromocrésol pourpre. la réaction s’effectue en deux temps lorsque le glucose est
fermenté,il y a virage au jaune du bromocrésol pourpre, lorsque l’acide aminé est
décarboxylé, il y a une réalcanisation du milieu qui vire au violet.

54
 Résultats et Discussion

En comparant nos résultats avec ceux rapportés par Denis, 2007 ; Dannessa, 2014 qui
indiquent que Escherichia coli est caractérisé par une lysine décarboxylase(LDC), alors que
Proteus mirabilis est identifié par une ornithine décarboxylase(ODC), par contre Klebsiella
pneumoniae possède une lysine décarboxylase(LDC) et arginine dihydrolase (ADH).
Nous pouvons alors dire que notre identification par rapport à ce caractère biochimique
a été conforme, nous avons trouvé presque les mêmes résultats.

Identification des entérobactéries par la galerie API 20 E

La détermination de la positivité et la négativité de chaque test consiste sur une lecture ;

soit directe (sans ajouter aucun réactif) soit indirecte(en ajoutant des réactifs spécifiques).la
lecture est faite en se basant sur le tableau de lecture de la galerie API20E (Annexe 2).

D’après les résultats qu’on a obtenu par la galerie API20E et ceux de la galerie classique
qui sont totalement identiques. Ces résultats sont compatibles avec ceux observé par Souna,
2011. On a conclus que nos souches sont des souches pures, donc la galerie API 20E vient de
confirmer les résultats qu’on a obtenus.

2.3. Résistance des entérobactéries aux antibiotiques

Les entérobactéries ont une résistance naturelle à certaines familles d'antibiotiques. De
nombreuses classes d'antibiotiques restent cependant actives comme la plupart des bêta-
lactamines, les aminoglycosides, les tétracyclines, les quinolones et les sulfamides.
Classiquement, on classe les entérobactéries en 4 groupes en fonction de leur sensibilité
naturelle aux β -lactamines.

Profil de résistance de Proteus mirabilis

P. mirabilis par son phénotype sauvage est naturellement sensible à toutes les β-
lactamines.
Notre souche isolée, possède une sensibilité à toutes les β-lactamines sauf l’Ampicilline
qui donne un phénotype résistant(R), donc c’est une résistance acquise qui peut être due à une
mutagénèse ou à un transfert de gènes, résultats relativement éloignés de ceux mentionnés
par Kassama et al., 2013.
Concernant les aminosides, une sensibilité totale est enregistrée vis-à vis de l’amikacine
avec un diamètre de (30mm), et Gnetamicine (27mm). résultats non conforme aux travaux de
Kassama et al., 2013 indiquant 100% de résistance.

55
 Résultats et Discussion

Une sensibilité totale est observée vis-à-vis des Quinolones .par contre une résistance
totale paraport à la colistine et furane qui est un caractère naturelle et spécifique de P.
mirabilis.

Profil de résistance de Klebsiella pneumoniae

K. pneumoniae présente une résistance naturelle (chromosomique) à l’ampicilline
correspond à une résistance naturelle de cette espèce par sécrétion d’une pénicillinase
naturelle inhibée par l’acide clavulanique.
Notre souche de K. pneumoniae demeure sensible à toutes les β-lactamines sauf à
l’ampicilline, observation similaire à celle rapportée par Kassama et al., 2013 et celle de
Sakhri-Arafa en 2011.
Concernant les aminosides, quinolones ainsi que la colistine et furane, notre souche
présente une sensibilité entière envers ces antibiotiques. Ce qui indique que notre souche
isolée de K. pneumoniae demeure sauvage et n’a aucune résistance acquise.

Profile de résistance d’Escherichia coli

E. coli fait partie du premier groupe (G1) des entérobactéries, qui présente une sensibilité
totale à toutes les β-lactamines, les aminosides, les quinolones et aux polypeptides (colistine
et furane) donc E. coli sont naturellement sensibles aux antibiotiques actifs sur les bacilles Gram
negatif.
Notre souche d’E. coli montre une sensibilité totale vis-à-vis toutes les familles
d’antibiotiques. Résultats non convenable à celle observé par Meziani, 2012.

56
Conclusion et
Perspectives
 Conclusion et Perspectives

Conclusion et Perspectives
Les entérobactéries sont les bactéries les plus retrouvées en pathologie humaine. Elles
sont associées à de nombreuses infections incluant (des abcès, des pneumonies, des
méningites, des septicémies, infections urinaires, des cystites...), elles représentent la
deuxième cause d’infections graves après les cocci Gram positif.

Ces germes ont acquis des capacités à produire des mécanismes de résistances divers.
Une antibiothérapie inadaptée initialement entraîne une augmentation du risque de résistances
bactériennes. Une meilleure connaissance des mécanismes de résistances des entérobactéries
et de leur traitement pourrait améliorer le pronostic des patients et diminuer la pression de
sélection des antibiotiques.
Notre travail qui a fait appel à des techniques biochimiques a permis d’une part
d’identifier des différentes espèces bactériennes incriminées dans les infections urinaires, et
d’autre part d’établir leur profil de résistance vis à vis des antibiotiques couramment utilisés .

De l’ensemble des résultats obtenus de ce travail, il ressort que :

- Le phénotype biochimique qui est révélé à l’aide de la galerie classique présente certaines
limites dans l’identification bactérienne.
-la galerie API20E qui est très performante qui permet une démarche simple, rapide et
cohérente pour une bonne identification des espèces d’entérobactéries.
-l’analyse de profil de résistance des entérobactéries vis-à-vis antibiotiques est un outil
important dans l’identification bactériennes.

Enfin, au point de vue perspective, nous insistons sur l’élaboration d’une approche plus
fiable pour permettre aux laboratoires de santé de renforcer la surveillance qui doit être
continue et systématique, et à mettre en place des bonnes pratiques en matière
d’antibiothérapie
Les études épidémiologiques menées dans les différents hôpitaux du pays sont ainsi
susceptibles de contribuer à l’adaptation des stratégies thérapeutiques pour le traitement des
infections urinaires.

57
 Références bibliographiques

Références bibliographiques

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62
 Annexes

Annexes
Annexe 1: Milieu de culture (Composition en g / l d’eau distillée)

- Gélose nutritive

Extrait de viande……………………………………………………………………………01g.

Extrait de levure…………………………………………………………………………….02g.

Peptone……………………………………………………………………………………...05g.

Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g.

Agar…………………………………………………………………………………………15g.

pH = 7,4

- Gélose Hektoen

Protéose-peptone....................................................................................................................12g.

Extrait de levure………………………………………………………….............................03g.

Lactose……………………………………………………………………….......................12g.

Saccharose……………………………………………………………………......................12g.

Salicine……………………………………………………………………….......................02g.

Citrate de fer III et d'ammonium...........................................................................................1,5g.

Sels biliaires……………………………………………………………...............................09g.

Fuchsine acide………………………………………………………...................................0,1g.

Bleu de bromothymol........................................................................................................0,065g.

Chlorure de sodium……………………………………………………………………........05g.

Thiosulfate de sodium............................................................................................................05g.

Agar........................................................................................................................................14g.

pH = 7,5
 Annexes

- Gélose Mueller-Hinton

Infusion de la viande de bœuf……………………………………………………………300ml.

Peptone de caséine………………………………………………………………………..17,5g.

Amidon de maïs……………………………………………………………………………1,5g.

Agar…………………………………………………………………………………………17g.

pH = 7,4

- Mannitol-Mobilité-Nitrate

Hydrolysat trypsique de caséine............................................................................................10g.

Mannitol................................................................................................................................7,5g.

Rouge de phénol..................................................................................................................0,04g.

Nitrate de potassium...............................................................................................................01g.

Agar.......................................................................................................................................3,5g.

pH = 7,6

- Milieu TSI

Peptones de caséine…………………………………………………………………………15g.

Peptones de viande………………………………………………………………………….05g.

Extraits de viande…………………………………………………………………...............03g.

Extrait de levure…………………………………………………………………………….03g.

Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g.

Lactose……………………………………………………………………………...............10g.

Saccharose…………………………………………………………………………………..10g
.
Glucose……………………………………………………………………………………...01g.

Citrate de fer III et d'ammonium…………………………………………………...............0,5g.

Thiosulfate de sodium……………………………………………………………...............0,5g.

Rouge de phénol…………………………………………………………………………0,024g.
 Annexes

Agar…………………………………………………………………………………………12g.

pH = 7,4

- Milieu citrate de Simmons

Citrate de sodium……………………………………………………………………...........02g.

Bleu de bromothymol……………………………………………………………………..0,08g.

Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g.

Sulfate de magnésium……………………………………………………………………...0,2g.

Hydrogénophosphate de potassium………………………………………………………...01g.

Dihydrogénophosphate d'ammonium………………………………………………………01g.

Agar………………………………………………………………………………………………….15g.

pH = 6,9

- Bouillon Clark et Lubs

Peptone trypsique ou poly peptone……………………………………………………05 à 07g.

Glucose……………………………………………………………………………………...05g.

Hydrogénophosphate de potassium………………………………………………………...05g.

pH = 7,5

- Bouillon nitraté

Infusion cœur-cervelle……………………………………………………………………...25g.

Nitrate de sodium…………………………………………………………………………...10g.

pH = 7,2

- L’eau peptonée exempte d’indole

Peptone de caséine………………………………………………………………………….10g.

Chlorure de Sodium………………………………………………………………………...05g.
 Annexes

pH = 7,2

- Milieu urée-indole

L-tryptophane ........................................................................................................................03g.

Urée .......................................................................................................................................20g.

Monophydrogénophosphate de potassium ............................................................................01g.

Dihydrogénophosphate de potassium ...................................................................................01g.

Chlorure de sodium ...............................................................................................................05g.

Éthanol à 95 °…………………………………………………………...............................10ml.

Rouge de phénol en solution à 1%......................................................................................2,5ml.

pH = 6,8

- Milieu MEVAG

Macération de viande………………………………………………………………….......50ml.

Chlorure de potassium………………………………………………………………...........05g.

Rouge de phénol…………………………………………………………………………..10ml.

Agar…………………………………………………………………………………………03g.

pH = 7-7,2

- LDC

Extrait de levure…………………………………………………………………………….03g.

L-lysine (monochlorhydrate)……………………………………………………………….05g.

Glucose……………………………………………………………………………………...01g.

Bromocrésol pourpre…………………………………………………………………...0,16mg.

Éthanol…………………………………………………………………………………….01ml.

Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g.

pH = 6,8
 Annexes

- ODC

Extrait de levure………………………………………………………………………….…03g.

L-ornithine (monochlorhydrate)……………………………………………………………05g.

Glucose……………………………………………………………………………………...01g.

Bromocrésol pourpre…………………………………………………………………...0,16mg.

Éthanol…………………………………………………………………………………….01ml.

Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g.

pH = 6,8

- ADH

Extrait de levure………………………………………………………………………….…03g.

L-arginine (monochlorhydrate)……………………………………………………………05g.

Glucose……………………………………………………………………………………...01g.

Bromocrésol pourpre…………………………………………………………………...0,16mg.

Éthanol…………………………………………………………………………………….01ml.

Chlorure de sodium…………………………………………………………………………05g.

pH = 6,8
 Annexes

Annexe 2: Tableau de lecture des résultats de la galerie api 20 E

Tests et réactifs Réactions/enzymes Résultats négatifs Résultats positifs

ONPG β-galactosidase Incolore Jaune
ADH Arginine-dihydrolase Jaune Rouge/orange
LDC Lysine-décarboxylase Jaune Rouge/orange
ODC Ornithine- Jaune Rouge/orange
decarboxylase
CIT Citrate utilisation Vert pâle/jaune Bleu-vert/bleu
H2S H2S production Incolore/grisâtre Dépôt noir/fin
liseré
URE Uréase Jaune Rouge/orange
TDA Tryptophane- Jaune Marron-rougeâtre
désaminase
TDA/immédiat
IND Indole production Incolore Rose
Kovacs/immédiat Vert-pâle/jaune
VP Acetoin production Incolore Rose/rouge
VP 1+ VP 2 / 10
min
GEL Gélatinase Aucune diffusion Diffusion du
pigmentnoir
GLU Glucose Bleu / bleu-vert Jaune/ jaune gris
fermentation/oxydation
MAN Mannitol
fermentation/oxydation
INO Inositol
fermentation/oxydation
SOR Sorbitol
fermentation/oxydation
RHA Rhamnose
fermentation/oxydation Bleu / bleu-vert Jaune
SAC Saccharose
fermentation/oxydation
MEL Melibiose
fermentation/oxydation
AMY Amygdalin
fermentation/oxydation
ARA Arabinose
fermentation/oxydation
 Annexes

Annexe 3: Tableau des Valeurs critiques des diamètres des zones

d’inhibition pour les entérobactéries (CA - SFM, 2010).

Familles Antibiotiques testés Charge des Diamètres critiques (mm)

d’antibiotiques Disques S R
Ampicilline 10µg ≥19 <16
Amoxicilline 20/10µg ≥21 <16
+[Link]
Pipéracilline 75µg ≥20 <16
β-Lactamines Céfazoline 30µg ≥23 ≤19
Céfotaxime 30µg ≥26 <23
Céfixime 10µg ≥25 <22
Imipénème/Meropénème 10µg ≥24 <17
Amikacine 30µg ≥17 <15
Aminosides Gentamicine 15µg ≥18 <16
(10UI)
Quinolones Ofloxacine 5 µg ≥25 <22
Ciprofloxacine 5 µg ≥25 <22
Divers Colistine 50 µg ≥15 <15
Furanes 300µg ≥17 ≤14
 MENDACI AMEL Date de soutenance : 23 / 06 / 2015
MIHOUBI SIHEM
Profil de sensibilité aux antibiotiques des Entérobactéries uropathogènes
(Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae)

Mémoire présenté en vue de l’obtention du Diplôme de Master

Spécialité : Microbiologie Générale et biologies Moléculaire des microorganismes

Résumé
Les entérobactéries représentent une des principales familles de bacilles à Gram négatif responsables des
infections urinaires graves.
Notre étude menée au laboratoire de bactériologie de l’hôpital militaire régional universitaire de
Constantine "Allaoua Benbaatouche" et au niveau du laboratoire de microbiologie à l’université des Frères
Mentouri de Constantine ; sur une période de deux mois (Mars, Mai 2015). Un totale de 740 prélèvements
des urines de patients hospitalisés sont effectués, trois souches d’entérobactéries ont été identifiées.
Le but de cette étude est de mettre en place un algorithme d’identification de ces 3 souches isolées à
partir de l’urine, cette démarche a été réalisée d’une part selon les caractères morphologiques et biochimiques
qui ont été effectuée par la galerie classique et la galerie API20E ;et d’autre part la détermination du profil de
résistance vis-à-vis des antibiotiques testés afin d’évaluer et mettre en évidence l’état de la résistance de ce
groupe de germes.
Une sensibilité totale à tous les β-lactamines chez E. coli a été révélé ; et le même profil chez K.
pneumoniae sauf à l’ampicilline auquel possède une résistance naturelle, ainsi que chez P. mirabilis qui est
une résistance acquise qui peut être due à une mutagénèse. En ce qui concerne les autre familles
d’antibiotiques les trois souches ont montré une sensibilité entière envers ces antibiotiques ; à l’exception de
p. mirabilis qui est résistant à la colistine et le furane (caractère naturelle et spécifique). En terme globale ;
aucune résistance acquise a été observé chez Klebsiella pneumoniae et Escherichia coli, ce qui indique que
ces deux souches isolées demeure sauvages.
Le changement permanant des résistances d’entérobactéries aux différents antibiotiques doit conduire à
renforcer la surveillance et organiser des contrôles périodiques dans notre pays, afin de maitriser toutes sortes
d’anomalies.
Mots clés : Entérobactéries, profil de Résistance, infections urinaires, identification
Laboratoire de recherche : Laboratoire de bactériologie de l’hôpital militaire régional
universitaire (HMRU) de Constantine "Allaoua Benbaatouche", et laboratoire de microbiologie à
l’université des Frères Mentouri de Constantine.

Président : Mme MERGOUD L. Maître assistante classe A. Université des Frères Mentouri
Constantine
Examinateur : Mme ZERMENE F. Maître assistante classe A. Université des Frères Mentouri
Constantine
Encadreur : Melle MEZIANI M. Maître assistante classe B. Université des Frères Mentouri
Constantine