Impact du séquençage complet du génome
dans la lithiase urinaire mixte infectieuse
[Link]* , [Link] , [Link] ,[Link]
Hôpital Trichine Ibrahim ; Ouargla . berrahalmounir@[Link]
Hôpital Mohamed Seghir Nekkache ; Alger
Post ; D97
il s'agit d’une expérience fort intéressante d’analyse génomique via séquençage complet du génome via New sequencing génération (NGS) et
données résumés via logiciel bio-informatique (fastqc) d’une souche émergente Enterobacter haermachii (BGN) ; n avons trouvés ; un génome en 21
morceaux, de 4,7 millions de bases, riche en GC. 4 552 gènes, dont la plupart ont une fonction connue ; associés à des fonctions enzymatiques, des
processus biologiques et des voies métaboliques. Bactérie multi-résistante et virulente, associées à une infection urinaire compliquées sur un lit de
lithiase urinaire mixte d’infection avec urosepsis sévère démontrant; la controverse des souches lithogènes ou urobiome dans la prise en charge
biologique de diagnostique et/ou la stratégie idoine pour une thérapeutique adéquate , personnalisée et pouvant empruntant un axe ,
de recherche sur la prévention par vaccination . !
Objectif, Exploration génomique complète d'une bactérie émergente lithogène
d'Enterobacter cloacaea complex ;espèce haermachii .
Matériels et méthodes
Patiente âgée de 68 ans , médecin , prise en charge à l’hôpital
universitaire Mohamed Seghir Nekkache , d’Alger . Admise , en
2019, pour urosepsis sévère sur lithiase urinaire mixte infectieuse
sur anomalie du tractus urinaire ; Étude bactériologique , ECBU photos , d‘un calcul non
pré-opératoire , type Stamey conventionnelle (EBC)du nidus fragmenté
calculaire per-opératoire après technique endoscopique URRS ; et FFig.1 ; schéma, séquençage complet via NGS illumina Miseq
Étude génomique complète ont également été réalisée de la
souche via séquence de son génome via méthodologie Draft
Map (NGS, illumina Miseq . Une banque de génomes bactériens L’assemblage a généré des séquences de l’échantillon WGS002-GLS. L’analyse de cet
(350 pb) a été préparée et séquencée à l'aide de la plateforme échantillon a été effectuée avec succès. La figure 1 montre le débit des données brutes. La figure
Novaseq PE150 à partir d'une culture pure (≥ 104 UFC/mL) 2 montre le pourcentage Q30 (% de bases avec une qualité supérieure au score phred 30) de
d'Enterobacter cloaceae complex isolée d'un calcul rénal chaque donnée brute de l’échantillon.
.
infectieux. Analyses bioinformatiques ont consistée en des
contrôles qualité (FastQC, fastp), l'assemblage du génome (SOAP
denovo, SPAdes, ABySS, CISA) et l'annotation fonctionnelle des Fig. 2 ; débit de données du génome brutes.
gènes à l'aide de RASTtk via les bases de données PATRIC (KEGG,
COG, VFDB, PHI, CARD, ARDB). Une analyse phylogénétique et une
validation génomique comparative ont été ainsi effectuée . Teneur en GC de 55,61 %
Fig. 3 ; scores Q20 / Q30 de données brutes (WGS).
Results
ECBU pré-opératoire, négatif . HEMMOCULTURE F1F2; négatives. CRP ; 45 ug/ml ,
HYPERLEUCOCYTOSE 18 103 , douleur dorso-pelvienne ++
EBC. Enterobacter cloaceae complex 5(ECC)
ANTIBIO-RESISTANCE , ampicilline , céfotaxime ; Céfazoline, ciprofloxacine et ggentamycine
Discussion , Conclusion et Perspective
+
ECC MULTIRESISTANTES ET VIRULEN l’émergence de telle uropathogene ou urobiome comme E h ,virulente et multi-résistante
Bactérie détectée ; ENTEROBACTER HAERMACHII E h ; aux antibiotiques constatés dans notre expérience génomique peut être un phénomène
longueur ADN: 4768842 pb ; 21 (reds) morceaux lu et aboutissant à une complexitée (formation biofilm-calculaire) dans la PEC biologique et du coup ;
t
assemblé
(MLST). , 4552 séquences codantes pour protéinés dont , à l’impasse thérapeutique ,chemin a éviter , impérativement ; ! ( Prince sharma., et Al.2019) ;
467 hypothétiques ( predit) et 4085 gènes fonctionnelles :
1272 EC . 1028 GO et 889 KEGG En effet , cette bactérie possède Ureases originals , alpha subunits (EC [Link]) , élément
E h, Analyse synthétique, non exhaustive, des gènes identifiés essentiel à la calculogenèse ( crystallization ) et la formation de la lithiase urinaire mixte
Gènes de résistance infectieuse au risque de colonization ou infection chronique et complexes(anomalies
Beta-lactamases de classe C (ACT/MIR family) : Confèrent une anatomique) dans le tractus urinaire ([Link] et .; al.2019 ; [Link] et.;al. 2020)
résistance aux céphalosporines de première à troisième
Par ailleurs , nous devons maitre le projecteur sur le potentiel de dissémination des mécanismes
génération et aux pénicillines.
de résistances ou de virulence via le dynamisme de l’urobiome ; fortement impliquée dans les
Mutations dans les gènes gyrA, parC, parE : Associées à une
infections associées , et en communautaire , vue le précédent mésusage des antibiotiques causé
résistance aux fluoroquinolones.
Mutations dans le gène rpoB : Confèrent une résistance à la par la peur panique de la pandémie du COVID 19 . Analyse génomique , nous dévoile et
rifampicine. impacte sur le détection de gènes non décrit auparavant en académique , comme suit ,
Gènes fosA, fosA2 : Codent pour des enzymes inactivant la Assemblage du génome
fosfomycine. 4 768 842 pb ; Cela correspond à la taille totale du génome assemblé, en paires de bases (pb).
Présence de multiples pompes à efflux (AcrAB-TolC, MdfA, MdtK, C’est une mesure de la longueur totale de l’ADN.
etc.) : Expulsent divers antibiotiques hors de la cellule. 21 contigs ; Un contig est une séquence continue d’ADN reconstruite à partir de fragments lus
Gènes de facteurs de virulence (reads). Donc ici, le génome n’a pas pu être assemblé en un seul morceau, mais en 21 morceaux
Adhésines (fimA, papA, etc.) : Facilitent l'adhésion aux cellules (contigs).
hôtes. Teneur en GC de 55,61 % : Cela indique que 55,61 % des bases du génome sont soit G (guanine)
Formation de biofilm : csgD, csgE, csgF soit C (cytosine). La teneur en GC donne des indices sur les propriétés structurales et l’origine de
Sidérophores (entB, fepA, etc.) : Permettent l'acquisition de fer, l’organisme
essentiel pour la croissance bactérienne. Annotation du génome
Toxines (hlyA, cnf1) : Endommagent les cellules hôtes et 4 552, CDS (séquences codantes) , Ce sont des régions de l’ADN qui codent pour des protéines.
modulent la réponse immunitaire.
467 CDS hypothétiques , Ce sont des gènes prédits, mais on ne connaît pas encore leur fonction.
Systèmes de sécrétion de type III et IV : Injectent des effecteurs
4 085 CDS avec des attributions fonctionnelles : Ce sont des gènes pour lesquels on a pu
toxiques dans les cellules hôtes
identifier une fonction en les comparant à des bases de données connues.
Gènes de transporteurs
Pompes à efflux multidrogues (AcrAB-TolC, MdtABC, EmrAB) : Ces annotations permettent de comprendre le rôle biologique des gènes :1 272 annotations de
Contribuent à la résistance en expulsant les antibiotiques. voies EC (Enzyme Commission) , Cela signifie que 1 272 protéines ont été identifiées comme
Transporteurs ABC pour l'acquisition de nutriments : Importent étant des enzymes, avec un numéro EC qui décrit leur réaction chimique spécifique
des acides aminés, des ions métalliques et d'autres nutriments 1 028 GO (Gene Ontology) : Ce sont des annotations qui décrivent les fonctions biologiques,
essentiels. processus cellulaires et localisations des protéines.
Transporteurs spécifiques aux métaux lourds (ArsB, TerC) : 889 annotations KEGG , Ces annotations relient les gènes à des voies métaboliques connues
Confèrent une résistance environnementale supplémentaire. dans la base de données KEGG, ce qui aide à comprendre comment l’organisme transforme
Gènes de cibles médicamenteuses l’énergie, fabrique des molécules, etc. ;
Enzymes essentielles du métabolisme bactérien (FabI, MurA, Il est a noter, des résultats génomiques fort intéressant afin de réfléchir sur des perspective ou
FolA, etc.) : Cibles potentielles pour de nouveaux antibiotiques. des stratégies de traitements innovants, tels que , anti-biofilm; cibles des fluoroquinolones ;
Protéines ribosomales (RpsL, RplP) : Cibles des antibiotiques ainsi que , vision de vaccin contre facteur de virulence (acquisition du Fer) retrouvées dans
inhibant la synthèse protéique. notre base de données,
ADN gyrase et topoisomérase IV (GyrA, GyrB, ParC, ParE) : Cibles Par conséquent , la place du séquençage génomique des pathogènes ;selon contexte bien
des fluoroquinolones, bien que des mutations confèrent une
établis , et via une formation applicative ne peux que , impacter positivement pour déloquer
résistance.
les fonds nécessaires car , il peut être le leitmotiv d’une révolution en biologie médicale
(Berrahal et.,al .metagenomic on renale failure children’s ,jaccr,2021 -European congress on nephrology , internal medicine and kidney diseases
pour PEC personnalisée et un contrôle optimum des infections ou affections ou néoplasies .
,2024 and mixed urinary stone infection ,doctoral thesis in medicine .Algiers ,2020-Reference in medical microbiology.7th edition, 2022).
