Généralités:

1
⚫Les entérobactéries constituent une très vaste famille de bactéries

⚫Nom d'entérobactéries: bactéries sont en général des hôtes

normaux ou pathologiques du tube digestif de l'homme et des
animaux
suivant les espèces microbiennes, du tube digestif de l'homme aux.

⚫Ayant des caractères bactériologiques communs

⚫ Qui représente près des trois quarts des isolements d'un

laboratoire de bactériologie médicale

• Bactéries responsables de deux grands types de manifestations

2
pathologiques:
❖ Pathologie spécifique:
• Les espèces fréquemment rencontrées en pathologie
humaine (fièvre typhoïde, peste, dysenterie)
Escherchia coli ,bactéries des genres Salmonella, Shigella
et Yersinia.

❖ Pathologie opportuniste:
Genres Proteus, Klebsiella ,Enterobacter, Serratia,
Citrobacter.
Impliquées dans les infections nosocomiales, et dans
les infections urinaires en particulier

3
 Caractères
bactériologiques
généraux:

4
1/-Caractères morphologiques:

-Bacilles Gram Négatif : 2- 4µ

long/0.4- 0.6µ large.

-Mobiles (flagelles )
ou immobiles (Klebsiella et Shigella)

-La plupart des espèces pathogènes pour l'homme possèdent des

fimbriae ou pili communs qui sont des facteurs d'adhésion.

-certains sont capsulés (klebsiella)

5
L’aspect général des colonies sur gélose nutritive
après 24h:

-Colonie de 1 à 3 mm de diamètre .
-Bombées, lisses et brillantes/ muqueuse/
envahissant la gélose/ lactose +ou lactose-

6
3/-Caractères biochimiques:
⮚ Caractères en communs :
⚫ fermentent le glucose
⚫ Oxydase -
⚫ Nitrate réductase +
⚫ Catalase +

Sinon grande diversité enzymatique , d'où une identification

biochimique : fermentation des glucides, dégradation des acides
organiques, des substances azotées; désaminases, décarboxylases
; formation d'indole, etc...........
identification exacte : galerie :API 20E

7
4/-Caractères antigéniques:
Les entérobactéries possèdent plusieurs types
d’antigènes différents:

-Antigène O : antigène de paroi

-Antigène H : antigène flagellaire
-Antigène K: antigène capsulaire

8
• La famille des entérobactéries comporte plusieurs genres ,
espèces et sérotypes.

• Classification actuelle : biologie moléculaire : 31 genres et de 139

espèces (sous espèces ou sérotypes)

• Classification basée sur les caractères biochimiques

• Seules certaines espèces dans la famille des entérobactéries

comportant un intérêt médical, seront détaillés

12 genres: Citrobacter, Enterobacter, Escherichia, Hafnia,

Klebsiella, Morganella, Proteus, Providencia, Salmonella, Seratia,
Shigella, Yersinia.

9
 Caractères
épidémiologiques:

10
 • Homme: 2/3 de la flore normale du tube digestif.
Réservoir : • Environnement (sol, plantes , hôpitaux…).
• Animaux.

▪ Directe (mains sales)

▪ Indirecte (eau , aliments souillés ,Cathéter, sondes)
Transmission: (ou par un vecteur : la puce « Yersinia »)
▪ Porteurs sains (Salmonelles mineurs : TIAC)
Réceptivité : Totale
Mauvaise Hygiène : Péril fécal
Facteurs
favorisants: Déséquilibre de la flore normale/ ATB
Défaillance immunitaire

Aspects • Endémique
Epidémiologiques:
• Epidémique
11
PHYSIOPATHOLOGIE:
1/Contamination :
Absorption d'eau ou aliments contaminés par des selles de malades ou
de porteurs sains.
2/ types de pathogènes:
Les pathogènes spécifiques:
⮚ A l’origine des diarrhées cholériformes ou dysentériques.
Les pathogènes opportunistes:
⮚ Dû à un déséquilibre de la flore
⮚ Défaillance du système immunitaire
3/ Mécanisme:
⚫ invasion et altération de la membrane
⚫Sécrétion des toxines

12
Principaux tableaux
cliniques:

13
1/ Infections opportunistes:
Normalement au niveau de l’intestin, puis
deviennent pathogènes si:
-Quantité importante
-Déficit immunitaire
Responsables d’infections diverses :
Digestives : gastroentérites, adénite mésentérite, abcès
profonds...
Urinaires : cystites, pyélonéphrites,
Septicémies à point de départ urinaire
Pneumopathie (klebsiella pneumoniae),
méningite néonatale (E. Coli K1),
suppurations diverses
14
2/ Pathogènes spécifiques:
-Bactéries non présentes au niveau intestinal
-Dès qu’elles sont dans l’organisme
-Responsables d’infections plus ou moins graves.

Syndrome dysentérique: ( Shigella ,Salmonella majeurs )

⮚ Diarrhée glaireuse et mucosanglante
⮚ Douleurs abdominales
⮚ Fièvre
Syndrome cholériforme: (E. coli)
⮚ Diarrhée liquide, aqueuse, abondante,
⮚ apyrétique
Peste: (Yersinia pestis)
⮚ adénopathie inflammatoire,
⮚ syndrome infectieux sévère
⮚ atteinte pulmonaire
15
 Diagnostic
bactériologique:

16
Caractères biochimiques communs des
entérobactéries:

Glucose +
Oxydase-
Nitrate réductase+
Catalase +

17
 Principales
entérobactéries:

18
Escherichia coli
([Link])

19
 Généralités:
• L’espèce la plus fréquemment isolée dans les laboratoires de
microbiologie.

• Elle est commensale du TD de l’homme et des animaux.

• C’est un bon marqueur de contamination fécale (récente) des

eaux.

• Elle est quantitativement la bactérie aérobie la plus représentée dans

la flore fécale

20
• Le 1er germe impliqué dans les infections communautaires et
nosocomiales

- Infections intestinales (gastro-entérites)

- Infection urinaires
- Méningites du nouveau-né
- Autres : infections sphère digestive, septicémies,
surinfections plaies

21
 Caractères bactériologiques:
Caractères morphologiques:
-Colonies lisses à bords réguliers lactose positif
-Bacille mobile à l’état frais/ Gram négatif après
coloration Gram
Caractères biochimiques:
lactose +, indole +, VP -, citrate -, H2S -, gaz +,
uréase –
Caractères antigéniques:
• Antigène de paroi O : ils comprennent 180 types
antigéniques détectables par agglutination.
• Antigène flagellaire H
• Antigène capsulaire K : les souches les plus
pathogènes possèdent l'antigène K1!

22
 Facteurs de virulence:

• Une capsule qui s'oppose à la phagocytose.

• Des protéines de la membrane externe et le LPS en s'opposant à la fixation du

complément.
• Des systèmes de captation du fer=les sidérophores (fournissant aux bactéries le
fer indispensable à leur multiplication)

• Des adhésines : une étape essentielle de la pathogenèse des infections

entériques.

23
Les toxines:
• l'endotoxine, commune aux entérobactéries,

• les entérotoxines ST (thermostables) et LT

(thermolabiles). Ce sont des toxines cytotoniques
qui agissent sur le contrôle entérocytaire de la
sécrétion hydro-électrolytique.

• les cytotoxines SLT1 et SLT2 (Shiga-like toxin). Ce

sont des toxines qui altèrent l'intégrité des
entérocytes.

24
 Les manifestations cliniques:
Infections urinaires:
• Se fait par migration de ces germes du
tube digestif vers l'arbre urinaire par
voie ascendante.

• Fréquence chez la femme(raison

anatomique) et si stase (lithiase,
prostatite, grossesse, malformation)

• Ne sont impliqué que les germes

possédant des adhésines

25
Infections abdominales et génitales:
suppurations péritonéales, biliaires,
appendiculaires ou génitales

Bactériémies: souche à fort pouvoir invasif

Choc endotoxinique : Fièvre, collapsus et

hémorragies
26
Méningites et bactériémies du nouveau né et
du nourrisson

-30% des méningites néonatales sont dues à

Escherichia coli K1, d’origine maternelle
-Grave car s'accompagnent d'un état
bactériémique, voire septicémique.

27
 [Link] et les infections intestinales:
On distingue différents pathovars
entérovirulents :
4 groupes d’[Link] producteurs de
toxine :
1/Les ECEP : E . coli entéropathogènes :
-Gastro-entérites de l’enfant (avant 2 ans).
- Fixation à la muqueuse : entraine une
destruction des villosités des entérocytes
une fuite hydrique

2/Les ECEI : E. coli entéro-invasifs:

- Sd dysentérique chez adultes et enfants
-Processus invasif avec atteinte de la
muqueuse digestive (réaction
inflammatoire locale intense, ulcérations,
micro-abcès ...)

28
3/Les ECET: E. coli entérotoxinogènes:
-Diarhée aigue aqueuse(choléra like), voyageurs(la Turista du voyageur)
-Action de toxines (ST et/ou LT)

4/Les ECEH : E. coli entéro-hémorragiques

-Diarrhées aqueuses puis hémorragiques
-Liées à la contamination d'un produit alimentaire
-Toxicité via une toxine : SLT1 et/ou SLT2
-Sérotype O157H7

« Possible complications : syndrome hémolytique et urémique (SHU) :

anémie hémolytique notamment chez l'enfant »

29
 Diagnostic bactériologique:
Prélèvement: en fonction du site de
l’infection :
ECBU/ LCR/ Selles….
Culture: sur milieux simples ou sur milieux
lactosés avec indicateur coloré
Examen microscopique(voir caractères
morphologique)
Identification:
Se basant sur caractères biochimiques décrits
auparavant 30
• Sérotypage n'est pratiqué couramment que pour les souches
entéropathogènes (EPEC) et pour les sérotypes O157 (EHEC)

• La mise en évidence des entérotoxines n'est pas facile. Les méthodes de

détection par techniques immunologiques ou par biologie moléculaire

• La recherche de l'antigène K1 dans le sérum, le LCR ou les urines du malades

par agglutination de particules de latex sensibilisées

31
Traitement:
En fonction de l’antibiogramme!!

Les bêtalactamines: les pénicillines du groupe A

(aminopénicillines), les carboxypénicillines, les
céphalosporines, les carbapénemes et les monobactams, les
aminosides, les polypeptides ,les fluoroquinolones ,le
cotrimoxazole

32
Prophylaxie:

-Mesures d'hygiène générale notamment

alimentaire et aux mesures d'hygiène
individuelle.
-Prévention de la transmission materno fœtale de
[Link] K1

33
Salmonella:

34
• Les salmonelles sont des parasites intestinaux des
animaux vertébrés qui se disséminent dans la nature
par les excrétas.
• Transmission à l’homme: ingestion d’eau ou
d’aliments contaminés
• Une seule espèce pathogène chez l homme :
Salmonella enterica
• Les sérovars: Thyphi, ParathyphiA, ParathyphiB
et Parathyphi C, sont dis majeurs, responsable de
fièvre thyphoide et parathyphoide

35
Classification:

36
 Genre salmonelle
2espèces

Salmonella enterica+++
Salmonella
6 sous espèce bongorii
Exceptionelle chez
Salmonella entercica subsp L’homme
enterica+++

1400 Sérovars:AgO/H/Vi=Classification de kaufmann-White :

4 sérovars majeurs: Sérovars mineurs,en portage

Thyphi/ParathyphiA/ asymptomatique,diarrhées
ParathyphiB/ParathyphiC: bénignes,nom
Fièvre thyphoide et parathyphoide géographique:Dublin… 37
• Pour faciliter la dénomination des sérovars
des salmonelles: juxtaposer le nom du
sérovars à celui du genre Salmonella

• Exp: -Salmonella Thyphi

-Salmonella Dublin

38
CLASSIFICATION DE KAUFFMANN - WHITE

• Cette classification repose sur la détermination des antigènes O, H, et Vi(Ag

capsulaire)

• Complexe :plus de 2000 sérovars !!!!!!

• Classe les salmonelles en groupe A/B/C et D

• Les antigènes H séparent les sérovars à l'intérieur de ces groupes.

• L'antigène Vi n'existe que chez trois sérovars ([Link], [Link] C, [Link]). Sa

présence peut masquer l'antigène O = chauffer la souche à 100° C

• Classification exacte : centres de références spécialisés!!!

39
 Caractères bactériologiques:

Les Salmonelles sont des entérobactéries et

en possèdent les caractères généraux.

Caractères biochimiques:
Bétagalactosidase - ,uréase - , indole - ,
lactose - , H2S +, citrate +

40
 Epidémiologie:

Contamination:
- Consommantion des aliments contaminés d’origine animale
(viande: volaille +++, œufs et produits laitiers) consommés crus, peu cuits
ou recontaminés après cuisson
-un contact direct avec un animal malade ou porteur
- la transmission manuportée
Deux grands groupes:
-Salmonelles majeures: agents de la fièvre typhoïde et para
typhoïde(Salmonelle thyphi et parathyphi A, B et C)
-Salmonelles mineurs : TIAC avec gastroentérite banale (évolution
spontanément favorable)

41
 Physiopathologie:
Les salmonelles majeures ont un
pouvoir entéro-invasif = pénètrent
dans les cellules de la muqueuse
intestinale.

se multiplient dans les ganglions

mésentériques
détruites et libèrent l'endotoxine
passent dans la circulation sanguine
(bactériémie)

42
 Manifestations cliniques:
Sépticémie:

Phase incubation( 48H après la contamination):

multiplication des multiplication des salmonelles dans les multiplication des salmonelles dans les ganglions
mésentérique):
une fièvre 40 °C , céphalée, asthénie, anorexie, insomnie.

Phase septicémique:
maux de tête, asthénie, insomnie, fièvre en plateeau à 40°, pouls dissocié, splénomégalie, langue saburrale,
douleurs abdominales, diarrhée ou constipation, abdomen augmenté de volume et tendu,un état de stupeur
et d’abattement extrême ou tuphos:
Le malade est prostré, la prostration pouvant aller jusqu'à la torpeur, le délire, et à des signes digestifs
intenses (diarrhées). C’est la destruction des salmonelles qui, libérant une substance toxique, l’

Complication:
C’est la destruction des salmonelles

libération d’endotoxine

hémorragie et perforation digestive

43
Décès dans 30% des cas en absence de traitement
 Manifestations cliniques:

Des toxi-infections alimentaires donnant lieu à des gastro-entérites dues à tous les
autres sérovars mais également à Para B et C

Des manifestations extra-digestives : divers sérovars sont en cause chez les sujets
fragilisés+++/

(infections pleuro-pulmonaires, atteintes otéo-articulaires ,infections cardio-vasculaires :

péricardites, artérites, infections sur prothèses, infections urinaires, infections abdominales,
méningites, abcès du cerveau…..)

44
Diagnostic bactériologique de la fièvre
thyphoide:
les cultures bactériennes, la sérologie et la PCR

1/les hémocultures sont positives dans 90% des cas à

la première semaine, 75% à la deuxième semaine et
seulement 40% à la troisième semaine.
2/ les coprocultures se positivent à la deuxième
semaine (entre 40 et 80% des cas).
culture sur milieu sélectif type milieu salmonelles-
shigelles (milieu SS): présence de nombreuses autres
bactéries dans les selles).

45
 3/sérodiagnostic de Widal et Felix:
Sang :présence d’AC dirigées contre les constituants de salmonella (Ag
somatique O et flagellaire H)

-Ac anti O : 7ème jour, max14ème J , plateau 4ème sem puis disparition en deux
à trois mois
-Ac anti H: 10ème jour, max 14ème J, plateau 4ème sem persistance plusieurs
années/ anti H apparaissent aussi après une vaccination TAB

Faible sensibilité́ et une faible spécificité́

La technique de référence est l'agglutination en tube +++
Deux sérums de 2-3 sem d’intervalle (élévation 4 fois du titre des Ac)

46
 Le principe de la technique:
mettre en contact une suspension d'antigènes
somatiques de la paroi cellulaire (O) et flagellaires
(H) de Salmonella avec le sérum du patient et de
visualiser une agglutination si les anticorps
correspondants sont présents.

Les antigènes principalement utilisés se

rapportent à Salmonella typhi et Salmonella
paratyphi A, B et C

47
-anti O+/ anti H- : une infection récente.
-Un taux élevé des anti O et Anti H : une infection dans
son deuxième septénaire (7ème jour et après).
-Une élévation isolée des anti H: salmonellose très
ancienne.
-La découverte d’anticorps anti H vis à vis de S. typhi et
paratyphi A et B signifie une vaccination ancienne(TAB)

4/ PCR+++ diagnostic rapide

Identification: sérotypge des salmonelles
agglutination avec sérums anti Vi/ OMA/OMB polyvalents puis
monovalent et anti H
48
Traitement :
⚫ Les Salmonelles sont généralement sensibles aux antibiotiques.
⚫ Pratique d'un antibiogramme(résistance)
⚫Les fièvres typhoïdes sont actuellement traitées par une
céphalosporine de troisième génération (ceftriaxone+++), et les
fluoroquinolones.
⚫Les gastro-entérites : traitement symptomatique
-Régime et réhydratation.
-Une antibiothérapie (sulfaméthoxazole-triméthoprime,
fluoroquinolones) dans les cas graves.

49
La prophylaxie:
Mesure hygiène:
contrôle bactériologique des eaux et des aliments, le
contrôle de personnel de cuisine
Vaccination: voyageurs en zone d’endémie
-Vaccin TAB: (S. typhi, paratyphi A et B) des
populations spécialement exposées (militaires,
personnel hospitalier, etc…).
mal toléré, efficacité incomplète
-Typhim Vi: en une seule injection, bien supporté et
protège pour une durée de 3 à 5 ans
-Vaccin par voie orale (3 capsules) contre la fièvre
typhoïde à jeun, une semaine avant le départ
50
Shigella:
4 espèces ou groupes dans le genre:
Sh. dysenteriae: groupe A
Sh. Flexneri: groupe B
Sérotypes
Sh. Boydii: groupe C
Sh. Sonnei: groupeD
Caractères biochimiques:
Glucose +/ sans production de gaz sauf certaines souches de
S. flexneri s et [Link]
Lactose (–) H2S (-) LDC (–) Uréase( –)
T.D.A (–) ONPG(-) sauf [Link], [Link] et certains
sérovars de [Link]
Immobilité
51
 -L’espèce S. dysenterie est la plus pathogène !
-La contamination se fait par voie digestive :
directe par les mains , indirecte par les eaux et les
aliments souillés .
-Shigelles envahissent la muqueuse intestinale,
détruisent les entérocytes par action de toxine.

52
⚫Adulte: colites infectieuse

⚫Enfant: gastro entérites sévères, diarhée mucopurulente ,

fièvre++, déshydratation

⚫Le diagnostic repose sur l’isolement de la bactérie dans

les selles / coproculture

⚫l'identification: Caractères généraux des entérobactéries

+ l'étude de l'équipement antigénique par agglutination à
l'aide de sérums spécifiques

53
Yersinia
Plusieurs espèces trois sont pathogènes pour l’homme:
1/Y. pestis : la transmission se fait par la puce du rat ou
inhalation d’aérosols infectés
(peste), trois tableaux cliniques:
- La peste bubonique ADP suppurée (bubon)+++, puis
septicémie
- La peste pneumonique : toux, dyspnée sévère hémoptysie
et la mort en 3 jours
- La peste septicémique d’emblée
2/Y. pseudotuberculosis :adénite mésentérique (syndrome
pseudo appendiculaire), touche le sujet de plus de 60 ans
3/[Link] : infections intestinales
« Selles abondantes sanglantes, fébricule, et douleurs
abdominales » 54
Mortalité importante dépendant de la précocité du
traitement
Diagnostic clinique est facile /bactériologique
isolement de yersinia
Traitement: aminosides(gentamycine),
fluoroquinolones et cyclines

55
Autres entérobactéries (opportunistes):
Klebsiella:
-Les Klebsiella sont des entérobactéries immobiles et
capsulées
-5éspèces dans le genre: [Link]/[Link]
-Les Klebsiella pneumoniae : sur milieux solides, de grosses
colonies muqueuses, luisantes. Elles expriment des
antigènes K(capsulaire)

56
 Caractères biochimiques: voir tableau

Clinique:
Infections respiratoires, infections urinaires , bactériémies ,
infections neuro méningées post traumatiques

57
Enterobacter:
-Plusieurs espèces, l’ Enterobacter claocae est
l'espèce type
pathogènes opportunistes, en milieu hospitalier
:infections urinaires,bactérièmies, meningite…
Caractères biochimiques: voir tableau
Protéus: mirabilis, vulgaris et penneri
-Bactéries de l'environnement et des
commensaux de l'intestin de l'homme et des
animaux
-Très mobile, envahissement surface de gélose
Protéus mirabilis: infections
urinaires+++,respiratoire haute ou
bactériémie
Caractères biochimiques: voir tableau
Résistance naturelle aux ATB polypeptidique 58