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MEMOIRE
Présenté à
MASTER
Filière : Chimie
Option : Chimie Théorique et Computationnelle
Par :
KOUIZI Rachida
Sur le thème
*A mes très chers parents qui m’ont soutenue tout au long de ma vie*
Avant toute chose, je tiens à remercier Dieu pour m’avoir donnée la force et le courage de
terminer le travail de ce mémoire.
Enfin, mes remerciements à tous mes enseignants qui ont contribué à cette formation et à
mes collègues de laboratoire de recherche « Thermodynamique Appliquée et Modélisation
Moléculaire ».
SOMMAIRE
Chapitres page
INTRODUCTION GENERALE 01
Bibliographie 06
CHAPITRE I : METHODES DE LA CHIMIE QUANTIQUE 07
II.1 Introduction 07
II.2 Equation de Schrödinger 07
II.3 Méthode de Hartree-Fock-Roothaan (HFR) 08
II.3.1 La méthode de Hartree –Fock 09
II.3.2 Les équations de Roothaan et Hall 09
II.4 La DFT conceptuelle 10
II.4.1 Généralités 10
II.4.2.1 Premier théorème de Hohenberg et kohn 11
II.4.2.2 Second théorème de Hohenberg et Kohn 12
II.4.3 Méthode de Kohn et Sham 12
II.4.4 Approximation du potentiel d’échange – corrélation 13
II.4.5 Les fonctionnelles hybrides B3LYP 14
II.4.6 La méthode M06L 15
II.5 Bases d’orbitales atomiques 15
II.6 Indices de réactivité dérivant de la DFT 18
II.6.1 Généralités 18
II.6.2 Indices locaux de réactivité 18
a) Indices de Fukui 18
b) Electrophilie locale 18
c) Nucléophilie locale 18
d) Modèles polaires basés sur les indices et 18
e) Fonction de Parr 19
II.7 Mécanisme de réaction en chimie théorique 19
II.7.1 Généralités 19
II.7.2 Optimisation de la géométrie 20
II.7.3 Surface d'énergie potentielle 20
II.7.4 Théorie de l’état de transition 21
II.8 Analyse topologique de la fonction ELF 22
Bibliographie du chapitre I 24
CHAPIRE II : RESULTAST ET DISCUSSION 26
I. Introduction 28
II. Résultats et discussions 29
II.1 Au niveau théorique B3LYP/6-31G* 29
a) Détermination du caractère électrophile ou nucléophile des réactifs 29
b) Prédiction de la régiosélectivité 31
c) Analyse de l’IRC de la réaction CD13 entre le 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène 37
(1) et le (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone (2-ag)
d) Analyse structurale des états de transition 39
II.2 Au niveau théorique M06L/6-31G* 42
a) Détermination du caractère électrophile ou nucléophile des réactifs 42
b) Prédiction de la régiosélectivité 43
c) Analyse de l’IRC de la réaction CD13 entre le 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène 48
(1) et le (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone (2-ag)
d) Analyse structurale des états de transition 51
II.3 L’analyse topologique de la fonction de localisation électronique (ELF) 54
Bibliographie du chapitre II 57
Conclusion Générale 58
*** LISTE des ABREVIATIONS ***
Les cycloadditions sont parmi les réactions les plus utiles pour les chimistes organiciens.
Elles permettent de construire des structures carbocycliques et hétérocycliques [1]. Ces
dernières constituent les structures de base pour plusieurs composés d’intérêt chimique,
biologique, pharmacologique … [2].
La cycloaddition décrit l'union de deux systèmes indépendants par le biais d'un processus
concerté [3] impliquant la formation de deux nouvelles liaisons σ via la rupture de deux
liaisons π. Ces réactions sont classées en fonction du nombre d'électrons impliqués dans
chaque composant réagissant. Il y a plusieurs classes de cycloaddition dont les principales
sont les [2+2], [3+2] et [4+2].
La réaction de cycloaddition [3+2] (schéma 1) est une des plus importantes manières
utilisées pour former un cycle à cinq chaînons [4]. Cette réaction est aussi appelée réaction
d’annélation assistée par les métaux de transition. Cette annélation fait intervenir deux
partenaires, le partenaire A possède trois électrons il est formé par action d’un métal de
transition, et le B qui est une espèce à deux électrons.
Büchner qui a réalisé la première réaction de cycloaddition-1,3 dipolaire [5], bien que le
premier dipôle fût découvert en 1883 par le chimiste allemand Curtius.
Pratiquement toutes les fonctions biologiques des organismes vivant, les animaux, les
microorganismes ont une base chimique. La base chimique des fonctions et des activités
biologiques est étudiée par des scientifiques du domaine de la chimie, de la biologique,
tandis que les hétérocycles à cinq chaînons sont largement utilisés comme composés
biologiquement actifs [5]. Les composés hétérocycliques avec deux hétéroatomes différents
sont particulièrement l'objet d'un intérêt croissant de la part des chimistes pour la
recherche.
Très peu de réactions de cycloaddition [3+2] sont décrites. Seuls quelques 1,3 dipôles ont
été impliqués dans la cycloaddition [3+2] comme les nitrones, les nitriles oxydes, les
diazoalcanes, et les ylures azotés.
Les nitrones sont connues pour être de très bonnes partenaires des réactions de
cycloaddition [3+2]. Ce sont des composés dipolaires qui contiennent le groupe azométhine-
N-oxyde. Elles réagissent avec une grande variété de dipolarophiles, comme par exemple
avec des alcènes.
Cette réaction est une cycloaddition 1,3-dipolaire, dans laquelle la nitrone agit comme le
dipôle, et l'alcène ou l'alcyne comme le dipolarophile [6].
Introduction Générale |2
Les réactions 1,3-dipolaires sont aussi des cycloadditions. Ce type de réactions a été bien
défini par Huisgen comme la réaction entre le 1,3 dipôle et le dipolarophile conduisant à la
création d’un cycle à cinq chaînons [7].
Le dipolarophile est décrit par une liaison multiple tandis que le dipôle est représenté par
une espèce zwittérionique c’est-à-dire il est chargé mais neutre globalement.
Les dipôles-1,3 sont définies comme une structure triatomique a−b−c qui subit les
réactions de CA32 avec un dipolarophile [8,9]. Ils existent deux différents types de dipôles-
1,3.
a) Anion allyle :
Ce type est défini par quatre électrons répartis sur trois orbitales parallèles et
perpendiculaires au plan du dipôle. L’atome b est l’atome central qui présente soit l’azote
(N), l’oxygène (O) ou le soufre (S).
b) Anion propargyle-allényle :
Il est de forme linéaire où l’atome central est l’azote (N). Ce dernier possède une charge
positive et il est lié à deux autres atomes (carbone C ou hétéroatome) dont l’un chargé
négativement.
Cependant, une réaction à deux centres peut avoir lieu dans trois types de mécanisme :
• Un mécanisme concerté en une seule étape définie où la formation de deux liaisons σ
se passe simultanément à des vitesses différentes.
• Un autre mécanisme a été proposé par Fireston [13] pour ces mêmes réactions ; c’est
le mécanisme non concerté en deux étapes passant par un intermédiaire
biradicalaire ou zwitterionique stable.
• Un mécanisme concerté en une seule étape et à deux phases. La première liaison σ
créée est suivie par la fermeture du cycle sans passage par intermédiaire réactionnel.
Dans les années 60 [14], Huisgen établie pour la première fois des études systématiques
pour l'application générale des dipôles-1,3 en chimie organique. En même temps le nouveau
concept de la conservation de la symétrie orbitalaire, développé par Woodward et
Hoffmann est apparu [15,16] pour la compréhension du mécanisme des réactions de
cycloaddition. Sur la base de ce dernier concept, Houk nous a donné une base pour prédire
la réactivité et la régiosélectivité des réactions de cycloaddition 1,3- dipolaire [17,18].
Bibliographie :
[1] A. T. Balaban, D. C. Oniciu, A. R. Katrizky, Chem. Rev. 104 (2004) 2777.
[2] a) S. Kumar, R. Saini, H. Singh, J. Inclusion. Phenom. Mol. Recognit. Chem. 11 (1991) 115.
b) A. W. Cuthbert, M. E. Hickman, P. Thorn, L. J. MacVinish, Am. J. Physiol. 277 (1999) 11.
[3] R. Bruckner, Advanced Organic Chemistry, Reaction Mechanisms, Elsevier, 2002.
[4] P. De Shong, J. [Link], S. W. Lander, J. Org. Chem. 51 (1986) 574.
[5] [Link], R. A. Jorgensen, Chem. Rev. 98 (1998) 863.
[6] C. H. Hassall, A. E. Lippman, J. Chem. Soc. 1059 (1953) 1063.
[7] R. Huisgen, Angew. Chem. Int. Ed. 2 (1963) 565.
[8] O. Diels, K. Alder, Liebigs. Ann. Chem. 98 (1928) 460.
[9] P. A. Wade, Comprehensive organic synthesis, B. M. Trost, I. Flemming, Eds. Pergamon
Press: Oxford, 4 (1991) 1111.
[10] L. R. Domingo, M. Ríos-Gutiérrez, A. L. Adjieufack , I. M. Zdassa , C. N. Nouhou , J. K.
Mbadcam . Chem Select. 3 (2018) 5412.
[11] L. R. Domingo, M. Ríos-Gutiérrez. Molecules. 22 (2017) 750.
[12] R. Huisgen, 1,3-Dipolar Cycloaddition Chemistry. In A. Padwa (Ed), Wiley, New York, 1
(1984) 733.
[13] R. A. Firestone, J. Org. Chem. 33 (1968) 2285.
[14] B. Lejczak, P. Kafarski, Biological Activity of Aminophosphonic Acids and Their Short
Peptide. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 20 (2009) 31.
[15] R. B. Woodward, R. Hoffmann, The Conservation of Orbital Symmetry, Verlag Chemie,
Weinheim, 1970.
[16] R. Huisgen, Angew. Chem. 75 (1963) 604.
[17] K. Houk, K. Yamaguchi, 1,3-Dipolar Cycloaddition Chemistry, A. Padwa, Ed. Wiley : New
York, 2 (1984) 88.
[18] K. Houk, J. Sims, C. R. Watts, L. J. Luskus, J. Am. Chem. Soc. 95 (1973) 7301.
[19] a) H. Eyring, M. Polanyi, Z. Phys. Chem. 12 (1931) 279.
b) R. G. Pearson, Inorg. Chem. 27 (1988) 734.
[20] P. Merino, Science of Synthesis, Ed. George Thieme. 27 (2004).
Chapitre I
METHODES DE LA CHIMIE
QUANTIQUE
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |7
II.1 Introduction
La chimie quantique est la discipline qui s’applique au calcul des propriétés structurales
(fréquences de vibration, géométries etc.), énergétiques (énergies de liaison, énergies
d’excitation, …) et réactionnelles (barrières d’activation, liaisons chimiques, …) des
molécules en appliquant les lois de la mécanique ondulatoire aux électrons.
« La Modélisation Moléculaire », est l’utilisation des méthodes théoriques pour la
création des modèles qui puissent comprendre et prédire les structures, les propriétés et les
interactions moléculaires. La modélisation moléculaire permet de donner une idée précise
sur la structure de l’état de transition pour une réaction donnée, ce qui est difficile, pour la
chimie expérimentale.
Grâce à des scientifiques et savants comme Schrödinger, Bohr, Born Oppenheimer,
Hartree et Slater, les fondements de la chimie quantique se sont beaucoup développés dans
les années 1920. La méthode du champ autocohérent qui a été développée par Hartree et
Fock permit d’effectuer les premiers calculs ab-initio sur des systèmes diatomiques. En 1964,
nombreuses méthodes de calcul se sont développées comme la théorie de la fonctionnelle
de densité par Hohenberg et Kohn c’est-à-dire après l’apparition de l’ordinateur en 1950. Les
méthodes semi empiriques et l’utilisation des bases de fonction gaussienne se sont
particulièrement développées dans les années 1970 et 1980. La modélisation s’est invitée
dans nos ordinateurs à partir des années 1990. La méthode B3LYP apparaît en 1993 est une
méthode hybride qui permet d’effectuer des calculs DFT. Les travaux de recherche
s’orientent vers la modélisation des systèmes de taille plus en plus importants comme les
peptides, les protéines…, tout ça grâce à des algorithmes performants et à de nouvelles
approches consistant à coupler les méthodes de la chimie quantique pour une petite région
réactive, et la mécanique moléculaire (QM/MM) ou un continuum, pour le reste du système.
Pour un système qui ne dépend pas du temps (c'est-à-dire un système stationnaire) et non
relativiste, l'équation de Schrödinger (2) s'écrit sous la forme suivante :
HΨ = EΨ (2)
Ψ représente les fonctions propres de H, tandis que les valeurs propres de H sont données
par E.
Ĥ est l'opérateur hamiltonien associé au système.
Dans le cas d'un système polyatomique moléculaire composé de N noyaux et de n
électrons, l'hamiltonien H du système est décrit sous la forme :
ħ² ħ² !² ' '( !² ' !²
H= - ∑ Δ- ∑ Δ +∑ %& +∑ %) -∑ ∑ (3)
"#$ " ( * #
Où les deux premiers termes correspondent aux termes cinétiques associés respectivement
aux électrons et aux noyaux, le terme suivant est associé à la répulsion électrons-électrons
et les deux derniers termes sont, dans l’ordre, les termes de répulsions noyaux-noyaux et
d’attractions électrons-noyaux.
Les noyaux sont supposés fixes d’après l’approximation de Born-Oppenheimer [1] car la
masse d’un électron étant près de deux mille fois inférieure à celle du noyau alors les
mouvements des noyaux sont très lents par rapport aux mouvements des électrons.
L’hamiltonien du système dans le cadre de l’approximation de Born-Oppenheimer est :
ħ² !² ' !²
H= - ∑ Δ +∑ %& -∑ ∑ (4)
"#$ * #
En tenant compte de cette approximation, le potentiel biélectronique pourra être écrit sous
la forme d’un potentiel monoélectronique moyen.
La fonction d’onde totale s’écrit sous la forme d’un produit de fonction monoélectronique
[3] :
Ψ (1,2, 3…n) =+, (1).+ (2)……………+- (n) (5)
./0 =
,
8 , 62) … … … . Ф< 62= − 1)Ф
4Ф, 61)Ф 8 < 62=)4 (6)
√2!
ħ² !²
H=- ∑ Δ + ∑ j& + ∑ g!kl 6r ) (14)
" #$
] de 6f)mf = n (15)
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |11
h J J
=ℇ J J
(20)
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |12
J
∶ orbitale de Kohn et Sham de l’électron i.
ħ²
Avec : h J
=− Δ + vy Ql y 6r )
h J
est l’hamiltonien monoélectronique de Kohn et Sham.
ħ²
Hy Ql y = ∑ H,o − Δ + vy Ql y 6r )q = ∑ H, h J
(21)
•€
w}~ = •ƒ6")
•‚
(23)
ƒ6"† )ƒ6"‡ )
et : ΔV!! = V!! oρq − 1/2 ∬ dr, dr (25)
"†‡
ΔT est l’écart de l’énergie cinétique entre les deux systèmes réel et fictif.
ΔV!! est l’écart de la répulsion réelle-coulombienne.
Alors, l’énergie s’écrit :
, ƒ6"† )ƒ6"‡ )
Eˆ oρq = ] ρ 6r)V6r)dr + TJ oρq +ΔT[ρ]+ΔV!! oρq+ ∬ "†‡
dr, dr (26)
Œ•Ž" •!
EŠ‹ = CŒ• EŠŒ• + C‘•’ EŠ‹
‘•’
(29)
EŠ‹
“”•–—
= 61 − ae − aŠ )EŠ•˜‘™ + ae EŠ!kšQl + aŠ EŠ“›› + 61 − a‹ )E‹œ• + a‹ E‹•–— (30)
M06 ∑ PBE6ρ
E = ¦ ] dr £F , ∇ρ¦ )f6w¦ ) + ε•˜‘™
Ц hk 6x¦ , z¦ )-
X Xσ ¦
(31)
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |14
PBE6ρ
F , ∇ρ¦ ) Est la densité d'énergie d'échange du modèle d'échange PBE [15] (qui est lui-
Xσ ¦
même une version modifiée de la fonction d'échange B86 [16]).
ε•˜‘™
Ц est l'approximation locale de la densité de spin pour l'échange [17].
f6w¦ ) est le facteur d'amélioration cinétique-énergétique-densité de spin.
hk 6x¦ , z¦ ) est une fonction de travail.
"
Ψ ® = NY® 6 , l)P6r) ²,
exp6− ) (32)
³´
P est un polynôme en r.
Pour les fonctions de base, il y a deux types qui sont d'un emploi courant. Les orbitales de
type Slater STO proposés par Slater et celles de type gaussien. Les orbitales de Slater sont les
meilleures [18] et sont données par :
Ψ =N r exp6−ζr)Y® 6 , ϕ)
∗ ²,
® (33)
Dans les systèmes polyatomiques, l’exponentielle pose de grandes difficultés dans ce type
de fonction. Boys [19] a remplacé cette exponentielle par gaussienne (αr²).
En effet, une orbitale atomique de Slater (STO) est rapprochée par plusieurs OA
gaussiennes (GTO).
Dans la base STO-3G, encore appelée base minimale, chaque orbitale atomique est décrite
par une combinaison linéaire de trois fonctions gaussiennes.
Les bases d’orbitales notées N-MLG (split valence) [21] proposées par Pople et ses
collaborateurs, où les orbitales de cœur sont représentées par une seule fonction composée
de N GTO, alors que les orbitales de valence sont représentées par 2STO, la première est
composée de LGTO et la deuxième de MGTO. Les deux bases les plus connues de cette
famille sont 3-21G et 6-31G.
Dans le cas des anions et des composés chimiques présentant plusieurs doublets
électroniques libres, les orbitales diffuses permet d’améliorer la description du nuage
électronique. Elles sont représentées par un signe. Un seul « + » signifie qu’on a ajouté des
fonctions diffuses pour les orbitales p, tandis qu’un « ++ » signifie qu’on a pris en compte les
deux orbitales, s et p. Par exemple : 6-31+G*et 6-311++G*.
E=E[ρ] (35)
] d6f) mf = (36)
•0¸¹
V (r) + =μ (38)
•º
»€
μ = (»2 )¼ = -½ (39)
dE = μ dN + ] d6f)·w6f)mf (40)
µ : potentiel chimique.
La dureté (hardness) globale η du système [24] est définie comme étant la première dérivée
partielle de µ par rapport à N.
»¾ »²€ ,
2η =(»2)¼6¿) =(»²2) = À (41)
La variation de l’énergie électronique d’un électrophile lors d’un transfert de charge peut
s’écrire :
,
ΔE = É e ΔN + η ΔN² (44)
µ²
ω= Ë
(45)
Selon Domingo et ses collaborateurs [25], si une molécule est faiblement électrophile, alors
elle est fortement nucléophile.
Dans le but de la prédiction des sites réactifs d’une molécule, nous donnons les
fondements théoriques des principaux indices locaux.
Par définition, la fonction de Fukui Î d’un site k d’une molécule est la première
dérivée de la densité électronique ρ(r) d’un système par rapport au nombre d’électrons N
à potentiel externe v(r) constant [30].
»º6¿) »¾
Î =£ »2
- = £»¼6¿)- (47)
¼6¿) 2
La fonction de Fukui n’est pas bien définie pour les molécules isolées à la température zéro
à cause de la discontinuité de la dérivée [31]. Le problème se réside dans les fonctions de
Fukui positive et négative données à l’aide des dérivées séparées à gauche et à droite.
Une molécule est capable de suivre l'attaque électrophile sur le site possédant la valeur de
ÎÓ² la plus grande, car c’est la localité où l’immigration d'électron déstabilise moins la
molécule. Par contre, une molécule est apte à subir l'attaque nucléophile au site possédant
la valeur de ÎÓÃ la plus grande.
Quel atome ou groupement fonctionnel est plus réactif ? La réponse à cette question se
réside dans la condensation des fonctions de Fukui [32].
Yang et Mortier [32] ont proposé l’expression condensée des fonctions de Fukui dans une
molécule à N électrons :
= ωÎ Ã (52)
avec : ω = ∑ (53)
Par contre, le site nucléophile peut être donné par l’indice [34].
= NÎ ² (54)
avec : N = ∑ (55)
× ×
e) Modèles polaires basés sur les indices ÕÖ , ØÖ :
f) Fonction de Parr :
Domingo et al. [35] ont proposé la fonction de Parr pour étudier les changements de densité
d'électrons le long de la formation de liaison C-C dans les réactions polaires.
Ã
L’indice d’électrophilie local a été défini comme suit:
Ù Ã
=ω (56)
²
L’indice de nucléophilie local a été défini comme suit:
Ù ²
=N (57)
chaque étape en spécifiant les états de transitions et les intermédiaires réactionnel, ainsi
que la quantité de chaque réactif consommé et la quantité de chaque produit formé.
L’analyse de la surface d’énergie potentielle (SEP), l’optimisation de la géométrie des points
stationnaires sont les moyens nécessaires pour la détermination du mécanisme réactionnel.
ÛÜ
Une surface d’énergie potentielle (SEP) en réalité est donc une hypersurface, fonction de 3N-
6 variables, qui joue un rôle important dans la description théorique de la réactivité
chimique, structure et des propriétés moléculaires [36]. Il est nécessaire d’utiliser les
coordonnées de réaction pour décrire un chemin de réaction et pour suivre l’évolution de la
géométrie du système en allant des réactifs jusqu’aux produits.
Les points stationnaires sont des points caractéristiques sur une SEP et on distingue : les
minima locaux (les réactifs, intermédiaires de réaction ou produits et sont des états stables)
et les maxima globaux qui sont des états de transition reliant ces minima.
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |21
Les maxima et les minima sont les points critiques de la surface. Pour déterminer leur
nature, il faut faire un calcul de fréquence. Un état de transition (maximum global) est
caractérisé par la présence d’une et une seule valeur imaginaire négative, tandis que les
réactifs et les produits sont caractérisés par un ensemble de fréquences de vibration
positives. Un point de selle à deux ou plusieurs fréquences imaginaires n’est pas un état de
transition.
Il est nécessaire de faire appel à un calcul IRC (Intrinsic Reaction Coordinate) pour s’assurer
que le mode de vibration correspond bien au passage des réactifs aux produits de la réaction
étudiée.
Figure-2- Principe d’un calcul IRC à partir de la structure d’un état de transition.
Il faut fournir de l’énergie qu’on appelle énergie d’activation (∆Þ ß ) pour atteindre l’état de
transition qui est l’état le plus énergétique dans le passage d’un réactif vers un produit. Pour
les réactions à plusieurs étapes, il apparaît des minimas secondaires qui correspondent aux
intermédiaires réactionnels (IR).
Elle est connue comme la TST (transition state theory). Cette théorie établie par Eyring [37] a
pour but d’expliquer la vitesse en fonction des paramètres thermodynamiques. Elle relie la
thermodynamique à la cinétique. Les réactifs doivent couvrir un état de transition (un
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |22
ãä∗
àÍ
K= á
â ²
åæ (59)
ãä∗
â ² åæ : est la constante d’équilibre entre le complexe activé (état de transition) et les
réactifs.
K : constante de vitesse.
çè : constante de Boltzman.
T : température thermodynamique.
ℎ : constante de Planck
Les bassins se répartissent en bassins de cœur (sont localisés autour des noyaux sauf pour
l’hydrogène) et les bassins de valence [39]. Les bassins de valence sont classés en fonction
de leur connectivité avec les bassins de cœur et on peut définir l’ordre synaptique [40]
(Tableau-1-)
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |23
0 Asynaptique V -
1 Monosynaptique V(ê{ ) paire libre
2 Disynaptique V(ê{ , ë& ) liaison covalente
≥3 Polysynaptique V(ê{ , ë& , …) liaison multicentrique
Les domaines de localisation sont colorés à chaque point de l’isosurface pour visualiser les
bassins ELF.
À titre d'exemple, on peut considérer la molécule d’azote qui possède cinq bassins :
C( ,) - Cœur ,
C( ) - Cœur
V( ,) 1 paire libre ,
V( ) 1 paire libre
w6 ,, ) 2 liaison C-O
Bibliographie chapitre I :
[1] M. E. Tuckerman, J. Condens. Matter. Phys. 14 (2002) 1297.
[2] D. R. Hartree, Proc. Camb. Phil. Soc. 24 (1928) 426.
[3] D. R. Hartree. Math. Proc. Camb. Phil. Soc. 24 (1928) 89.
[4] V. Fock, Z. Physik. 61 (1930) 126.
[5] M. Levy, Phys. Rev. A 26 (1982) 1200.
[6] R.S. Mulliken, Phys. Rev. 32 (1928) 186.
[7] Lennard-Jones, J. E. Trans. Farad. Soc. 25 (1929) 668.
[8] P. Hohenberg, W. Kohn, Phys. Rev. 136 (1964) 864.
[9] C. Michel, Etudes théoriques de la réactivité chimique des méthodes statiques à la
métadynamique. Université Joseph-Fourier - Grenoble I, 2007.
[10] F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, John Wiley & Sons, 1999.
[11] Y. Zhao, D. G. Truhlar, J. Chem. Phys. 125 (2006) 194101.
[12] Y. Zhao, D. G. Truhlar, Acc. Chem. Res. 41 (2008) 157.
[13] T. Van Voorhis, G. E. Scuseria, J. Chem. Phys. 109 (1998) 400.
[14] T. Van Voorhis, G. E. Scuseria, Mol. Phys. 92 (1997) 601.
[15] J. A. Montgomery, M. J. Frisch, J. W. Ochterski, G. A. Petersson, J. Chem. Phys. 110
(1999) 2822.
[16] A. D. Becke, J. Chem. Phys. 84 (1986) 4524.
[17] W. Kohn, L. J. Sham, Phys. Rev. 140 (1965) 1133.
[18] P. C. Hariharan, J. A. Pople, Theoret. Chim. Acta. 28 (1973) 213.
[19] R. Krishnan, J. S. Binkley, R. Seeger, J. A. Pople, J. Chem. Phys. 72 (1980) 650.
[20] M. J. Frisch, J. A. Pople, J. S. Binkley, J. Chem. Phys. 80 (1984) 3265.
[21] J. B. Collins, P. V. R. Schleyer, J. S. Binkley, J. A. Pople, J. Chem. Phys. 64 (1976) 5142.
[22] a) T. H. Dunning, J. Chem. Phys. 55 (1971) 716.
b) A. N. Khorief, Etude Expérimentale et Théorique des Réactions de Cycloaddition,
Université Badji Mokhtar-Annaba-, 2011.
[23] R. G. Parr, L. Szentpaly, S. Liu, J. Am. Chem. Soc. 121 (1999) 1922.
[24] R. G. Pearson. Hard and Soft Acids and Bases, Dowden, Hutchinson and Ross:
Stroudenburry, PA, 1973.
[25] P. Jaramillo, L. R. Domingo, E. Chamorro, P. Pérez, J. Mol. Struct. 865 (2008) 68.
Chapitre I Méthodes de la Chimie Quantique |25
RESULTAST ET DISCUSSION
C h a p i t r e II R é s u l t a t s e t D i s c u s s i o n | 26
Introduction
Les nitrones ont une grande importance dans la synthèse organique. Ce sont des composés
intermédiaires de nombreux produits d'intérêt biologique. L'efficacité thérapeutique des
nitrones a été reconnue depuis des années 30 [1]. Plusieurs nitrones ont été synthétisées et
utilisées en médecine. Une étude sur leurs capacités à piéger des radicaux libres in vitro ou
in vivo a été signalée [2]. Il y a eu aussi quelques rapports sur leur activité antimicrobienne
[3]. Les nitrones les plus connues sont le 5,5-diméthyl-1-pyrroline-N-oxyde (DMPO) et le
phényl-N-tertbutylnitrone (PBN). Le PBN montre une activité protectrice dans le cas de
l'ischémie cérébrale [4].
Les réactions de cycloaddition 1,3-dipolaire (1,3-DC) des nitrones avec les alcènes donnent
des isoxazolidines qui sont des hétérocycles à cinq chaînons saturés [5].
Le cycloadduit isoxazolidinique contient trois centres chiraux lui permettant une multitude
d’investigations aussi bien sur la régioselectivité que sur la stéréoselectivité.
La sélectivité endo/exo n’est qu’un des deux paramètres stéréochimiques les plus
importants déterminant la sélectivité cis/trans pour une nitrone qui peut subir une
interconversion Z/E dans la réaction de cycloaddition 1,3-dipolaire.
Les nitroalcènes conjuguées représentent l’un des plus importants matériaux pour la
synthèse organique grâce à la vaste gamme de transformations potentielles du groupe NO2,
comme les composés nitro qui peuvent être convertis en nitronates, amines, composés
carbonylés et de nombreux autres types de composés. Les composés nitro ont également de
diverses applications importantes [8] à cause de leurs activités biologiques.
Ces modes de cyclisation sont associés aux deux attaques régioisomériques, regio1 (A, B)
et regio2 (C, D), de (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone à la double liaison C=C de 2-méthyl-1-
nitroprop-1-ène. Ainsi quatre TSs ; TS1, TS2, TS3, et TS4 ont été localisés.
Dans ce qui suit, on explorera la surface d’énergie potentielle et on détermine les indices
statiques de réactivité pour justifier théoriquement la régiosélectivité, la stéréosélectivité et
élaborer le mécanisme réactionnel de la réaction de cycloaddition 1,3-dipolaire entre le 2-
méthyl-1-nitroprop-1-ène et le (Z)-C-aryl-N- phénylnitrone.
Méthodologie de calculs :
Tableau-1- Les propriétés électroniques (eV) des deux réactifs au niveau théorique
B3LYP/6-31 G*.
Les trois dipôles possèdent les indices d’électrophilie les plus faibles (ω = 1.78 eV,
1.60 eV, et 1.698eV) et les potentiels électroniques les plus élevés (µ = -3.63 eV, -3.50
eV, et -3.51eV) par contre pour le dipolarophile (ω = 2.20 eV et µ = -4.98 eV).
C h a p i t r e II R é s u l t a t e t d i s c u s s i o n |31
Pour l’indice de nucléophilie , les trois dipôles possèdent les indices de nucléophilie
les plus grands (N = 3.89 eV, 3.95 eV, et 4.02 eV) par rapport au dipolarophile (N =
1.76 eV).
On constate également que le caractère nucléophile du dipôle est augmenté par la
présence de substituant électrodonneur (OMe et Me).
Conclusion :
D'après ces résultats on constate que les trois dipôles (2-ag) agissent comme un nucléophile
(donneur d’électrons) alors que le 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène (1) agit comme électrophile
(accepteur d’électrons). Par conséquent, le transfert de la charge aura lieu du (Z)-C-aryl-N-
phénylnitrone vers 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène. La faible différence d’électrophilies entre le
dipôle et le dipolarophile indique un faible caractère polaire de cette réaction de
cycloaddition 1,3-dipolaire [18].
[Link]édiction de la régiosélectivité :
Ù Ù
Dans cette partie, on a calculé les indices de nucléophilie et d’électrophile locaux et
(Tableau 2 et 3) qui constituent un moyen crédible de l'étude de la réactivité chimique des
différents sites de la molécule avant et après l'attaque.
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Figure-6- : Numérotation (par défaut sur le GaussView 5.0) des atomes du composé 2-ag.
Figure-8- : Numérotation pour les calculs des fonctions de Parr au niveau B3LYP/6-31G* et
M06L/6-31G*.
à Ù
Tableau-2- : Fonction de Parr et électrophilie local pour les atomes C1 et C2 du
dipolarophile (1).
Réactifs ôÃ
Ö ÕôÖ
1 C1 0,135 0,297
C2 -0,061 -0,134
C h a p i t r e II R é s u l t a t e t d i s c u s s i o n |33
² Ù
Tableau-3- : Fonction de Parr et nucléophilie locale pour les atomes O, N, et C3 du
dipôle (2-ag).
ô²
Ö ØôÖ
Réactifs
H O 0.424 1.652
N 0.039 0.155
C3 0.146 0.571
O 0.435 1.654
Me N 0.049 0.188
C3 0.101 0.386
OMe O 0.438 1.761
N 0.049 0.199
C3 0.101 0.409
A partir des résultats des tableaux 2 et 3, on peut tirer les remarques suivantes :
Tableau-4- : Les énergies totales E(u.a.) et relatives (õ‰ ß , Kcal/mol) pour les quatre états de
transition de la réaction 32CA entre 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène (1) et (Z)-C-aryl-N-
phénylnitrone.
Tableau-5- : Energies totales B3LYP/6-31G* (E, u.a.) et relatives (ΔE, Kcal/mol), pour les
quatre cycloadduits de la réaction 32CA entre 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène (1) et (Z)-C-aryl-N-
phénylnitrone.
Me -1032.61686 -14.94
OMe -1107.81471 -13.77
5-ag H -993.320604 -10.90
Me -1032.60937 -10.24
OMe -1107.80804 -9.58
6-ag H -993.319395 -10.14
Me -1032.60923 -10.15
OMe -1107.80703 -8.94
Tableau-7- : Les énergies libres des quatre chemins réactionnels à différents substituants.
Composé R H (u.a.) ΔH (Kcal/mol) G (u.a.) ΔG (Kcal/mol)
1 -361.607358 - -361.648697 -
2-ag H -631.693982 - -631.743338 -
Me -670.983805 - -671.040582 -
OMe -746.18353 - -746.241154 -
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Les ordres de liaison (OL) ont été calculés à l’aide des indices de Wiberg [20].
Les résultats obtenus montrent que :
Pour la synchronicité de la cyclisation, on peut mesurer la différence entre les
longueurs des deux nouvelles liaisons sigma formées, c.-à-d. ∆d = dist1 - dist2. Les
∆ds calculées pour les TSs (TS1 et TS2), pour le chemin régioisomérique 1 (regio1),
montrent un caractère asynchrone plus élevé que celui du chemin régioisomérique 2
(regio2) pour les trois réactions. Par exemple, ∆d pour TS1-H (exo) est 0.57 Å, tandis
que pour TS3-H (exo) est 0.098 Å.
C h a p i t r e II R é s u l t a t e t d i s c u s s i o n | 41
Les valeurs de BO données dans le tableau-8- pour les deux nouvelles liaisons
formées indiquent aussi que le chemin régioisomérique 1 est plus asynchrone que le
chemin régioisomérique 2. Par exemple, pour la réaction de 32CA (R=H), les BOs sont
0.24 (C4-C3) et 0.50 (01-C2) pour TS1-exo, tandis que les BOs sont 0.32 (C1-C2) et
0.41 (O5-C3) pour TS2-endo. Pour le TS3-exo, les BOs sont 0.45 (C1-C2) et 0.38 (O5-
C3) pour TS-2-5-endo, tandis que les BOs sont 0.33 (O1-C2) et 0.46 (C4-C3) pour TS4-
endo.
Conclusion :
On conclut que les réactions de cycloaddition [3+2] entre le composé 1 et 2-ag avec le R = (H,
Me, et OMe) étudiées suivent un mécanisme concerté asynchrone.
C h a p i t r e II R é s u l t a t s e t D i s c u s s i o n | 42
Figure-11- : Structures des états de transition pour la réaction CD13 entre le 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène et le (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone
pour R (H, Me, et OMe) avec les longueurs de liaisons (Å) et les valeurs de l’indice de Wiberg (entre crochets).
C h a p i t r e II R é s u l t a t e t d i s c u s s i o n |43
C h a p i t r e II R é s u l t a t s e t D i s c u s s i o n | 44
Tableau-9- Les propriétés électroniques (eV) des deux réactifs au niveau théorique M06L/6-
31 G*.
Les trois dipôles possèdent l’indice d’électrophilie le plus faible (ω = 2.57eV, 2.29eV,
et 2.47 eV) et le potentiel électronique le plus élevé (µ = -3.64, -3.52, et -3.53 eV) par
contre le dipolarophile (ω = 2.96 eV et µ = -4.64 eV).
Pour l’indice de nucléophilie, les trois dipôles possèdent l’indice de nucléophilie le
plus grand (N = 4.43eV, 4.50eV, et 4.58eV) par contre le dipolarophile (N = 2.91eV).
On constate aussi que le caractère nucléophile du dipôle est augmenté par la
présence du substituant électrodonneur (OMe et Me).
Conclusion :
On constate que les trois dipôles (2-ag) agissent comme un nucléophile (donneur
d’électrons) alors que le 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène (1) agit comme électrophile (accepteur
d’électrons). Le transfert de la charge aura lieu du (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone vers 2-méthyl-
1-nitroprop-1-ène. La faible différence d’électrophilies entre le dipôle et le dipolarophile
indique un faible caractère polaire de cette réaction de cycloaddition 1,3-dipolaire et que la
réaction (Même remarque que pour B3LYP/6-31G*).
C h a p i t r e II R é s u l t a t e t d i s c u s s i o n |45
[Link]édiction de la régiosélectivité
Ù Ù
Les indices de nucléophilie et d’électrophile locaux et sont présentés dans les
Tableau 10 et 11.
Figure-12- : Numérotation (par défaut sur le GaussView 5.0) des atomes du composé 2-ag.
Figure-13- : Numérotation (par défaut sur le GaussView 5.0) des atomes du composé 1.
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Ã
Tableau-10- : Fonction de Parr et électrophilie local pour les atomes C1 et C2 du
dipolarophile (1).
Réactifs ôÃ
Ö ÕÖ
1 C1 0,456 1,351
C2 -0,003 -0,011
² x
Tableau-11- : Fonction de Parr et nucléophilie locale pour les atomes O, N, et C3 du
dipôle (2-ag).
Réactifs ô²
Ö ØÖ
H O 0.343 1.523
N 0.051 0.226
C3 0.170 0.756
Me O 0.351 1.571
N 0.058 0.264
C3 0.131 0.589
OMe O 0.353 1.619
N 0.069 0.319
C3 0.183 0.839
D’après les résultats des tableaux 2 et 3, on peut tirer les remarques suivantes :
Le site le plus électrophile est l’atome C1 du dipolarophile (1) car il possède une
Ù
valeur élevée de par rapport à celle de C2.
L'atome d’oxygène O du dipôle (2-ag) possède une valeur élevée de
Ù
par rapport à celle du carbone et d’azote, par conséquent, c’est le site le plus
nucléophile.
Conclusion :
L’interaction entre l’atome C1 du dipolarophile (1) et l’atome d’oxygène du dipôle (2-ag) est
la plus prédominante. Par conséquent le régioisomère 1 (regio1, Meta) est le plus favorisé.
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Tableau-12- Energies totales M06L/6-31G* (E, u.a.) et relatives (õ‰ ß , Kcal/mol), pour les
quatre états de transition de la réaction 32CA entre 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène (1) et (Z)-C-
aryl-N-phénylnitrone
Etat de transition R E(u.a.) ö÷ß (Kcal/mol)
TS1 H -993.166896 9.72
Me -1032.44975 9.37
OMe -1107.64305 8.97
TS2 H -993.166873 9.74
Me -1032.44921 9.71
OMe -1107.64161 9.87
TS3 H -993.154135 17.73
Me -1032.43638 17.76
OMe -1107.62905 17.75
TS4 H -993.158473 15.01
Me -1032.4407 15.05
OMe -1107.6327 15.46
Tableau-13- : Energies totales M06L/6-31G* (E, u.a.) et relatives (∆E, Kcal/mol), pour les
quatre états de transition de la réaction 32CA entre 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène (1) et (Z)-C-
aryl-N-phénylnitrone.
Au niveau M06L/6-31G* :
Figure-15- IRC forward et reverse pour TS2-OMe- au niveau M06L/6-31G* pour une
réaction CD13 entre 1 et 2-ag-OMe.
Tableau-14- : Les énergies libres des quatre états de transition à différents substituants.
Tableau-15- : Les énergies libres des quatre chemins réactionnels à différents substituants.
Pour le chemin regio2, TS4 (endo) est plus favorisé que TS3 (exo) pour R = (H, Me, et
OMe).
d. Analyse structurale des états de transition :
Les états de transitions TS1, TS2, TS3 et TS4 obtenus à M06L/6-31G* correspondent aux
quatre régioisomères étudiés. Ces états de transition à différents substituants sont
représentés dans la Figure-16-, après avoir vérifié leur existence.
régioisomérique 2 (regio2) pour les trois réactions (R = H, Me, et OMe). Par exemple,
∆d pour TS1-H (exo) est 0.66 Å, tandis que pour TS3-H (exo) est 0.12 Å.
La formation de TS2 (endo) est en retard par rapport à la formation de TS1 (exo).
Les valeurs de BO données dans le tableau-16- montrent que le chemin
régioisomérique 1 est plus asynchrone que le chemin régioisomérique 2. Par
exemple, pour la réaction de 32CA (R = H), les BOs sont 0.23 (C4-C3) et 0.55(01-C2)
pour TS1-exo, tandis que les BOs sont 0.37 (C1-C2) et 0.41 (O5-C3) pour TS2-endo,
pour le TS3exo, les BOs sont 0.48 (C1-C2) et 0.31 (O5-C3) pour TS-2-5-endo, tandis
que les BOs sont 0.26 (O1-C2) et 0.52 (C4-C3) pour TS4-endo.
Conclusion :
D’après les résultats obtenus, on peut conclure que les réactions de cycloaddition [3+2]
entre le composé 1 et 2-ag avec le R = (H, Me, et OMe) étudiées suivent un mécanisme
concerté asynchrone.
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Figure-16- : Structures des états de transition de la réaction CD13 entre 1 et 2-ag pour R = (H, Me, et OMe) avec les longueurs de liaisons (Å) et
les valeurs de l’indice de Wiberg.
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Tableau- 17- Les populations des bassins calculés, N, de quelques points de l’IRC TS2-OMe, I,
II de la réaction CD13 de 1 avec 2-ag-OMe au niveau théorique B3LYP/6-31G*.
Tableau- 18- Les populations des bassins calculés, N, correspondant à quelques points de
l’IRC TS2-OMe, I, II de la réaction CD13 de 1 avec 2-ag-OMe au niveau théorique M06L/6-
31G*.
Le 2-ag présente cinq bassins de valence V (C1, N), V (N, O), V(O), V(N), V(C1) où
V(C1-N) est le plus important N = 3.79e.
Les bassins de valence les plus importants du composé 1 isolé, ceux de la double
liaison C2=C3, sont les deux bassins V (C2, C3) avec N = 1.82e.
On note que TS2-OMe ne possède pas de bassin monosynaptique sur C2 et C3, ils
seront définis par la suite lors de la formation de la liaison σ.
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[Link] :
Dans ce travail, nous avons mené une étude théorique aux niveaux de calcul B3LYP/6-
31G* et M06L/6-31G* en phase gazeuse de la réaction CD13 du 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène
et le (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone à différents substituants R = (H, Me, et OMe).
Nous avons étudié le mécanisme, la stéréosélectivité et la régiosélectivité de la réaction
CD13 du 2-méthyl-1-nitroprop-1-ène et le (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone.
،ﺍﻟﻤﺒﺪﺋﻴﺔDFT ، ﺁﻟﻴﺔ ﺍﻟﺘﻔﺎﻋﻞ، ﺍﻻﻧﺘﻘﺎﻟﻴﺔ ﺍﻟﻔﺮﺍﻏﻴﺔ، ﺍﻻﻧﺘﻘﺎﻟﻴﺔ ﺍﻟﻤﻮﺿﻌﻴﺔ، ﻧﻴﺘﺮﻭﻥ،[2+3] ﺍﻹﺿﺎﻓﺎﺕ ﺍﻟﺤﻠﻘﻴﺔ:ﻟﻤﻔﺘﺎﺣﻴﺔ
ﻟﻜﻠﻤﺎﺕ ﺍ
ﺍ
.ELF ﺣﺎﻟﺔ ﺍﻟﺘﻤﻮﺿﻊ ﺍﻻﻟﻜﺘﺮﻭﻧﻲ،ﻧﻈﺮﻳﺔ ﺍﻟﺤﺎﻟﺔ ﺍﻻﻧﺘﻘﺎﻟﻴﺔ
Résumé
Dans ce travail, une étude computationnelle au niveau théorique B3LYP/6-31G* et
M06L/6-31G* de la réaction de Cycloaddition dipolaire-1,3 entre le 2-méthyl-1-nitroprop-1-
ène et le (Z)-C-aryl-N-phénylnitrone a été effectuée en absence et en présence de
substituants pour mieux comprendre l’influence de substituants portés par le dipôle sur la
régiosélectivité, la stéréosélectivité, et de comprendre le mécanisme de cette réaction.
L’étude théorique a été menée à l’aide de la DFT conceptuelle et la théorie de l’état de
transition.