Chapitre 1

Chapitre 1
Caractéristiques générales des acides nucléiques (ADN et ARN)

1. Définition
Les acides nucléiques sont des macromolécules formées d’une longue
chaîne (brin) de monomère, appelés nucléotides.

La fonction principale des acides nucléiques

 Stockage sous forme stable de l’information génétique
 La transmission de l’information génétique
 L’expression de l’information génétique
 La réparation de l’information génétique

Les acides nucléiques sont de deux types :

- l’acide désoxyribonucléique (ADN)
- l’acide ribonucléique (ARN).

1
 Chapitre 1

1.1. L’ADN : Acide DésoxyriboNucléique:

une molécule essentielle dans tout système vivant :
♦ Elle constitue le support biochimique de l’information génétique.
♦ Elle contient sous forme codée les instructions qui déterminent
le développement et le fonctionnement d’un organisme
♦ Elle assure la transmission de cette information de
génération en génération, et cela avec la plus grande fidélité
possible. C’est ce qu’on appelle l’hérédité.

Chromosome

Réplication de l’ADN

Deux molécules d’ADN

1.2. Les ARN: Acides RiboNucléiques

Rôle de support de l’information afin :
♦ d’être traduit en protéines (ARN messager),
♦ ou bien un rôle structurale (ARN ribosomiques),
♦ ou de transport (ARN de transfert),
♦ Ils peuvent aussi être impliqués dans certains processus cellulaires comme la
transcription, l’épissage, la régulation de l’expression des gènes (petits ARN :
Sn RNA).

Noyau

Protéine

2
 Chapitre 1

1.3. Structure de l’ADN

- L'ADN est un polymère non ramifié formé d’un enchaînement de monomères appelés
nucléotides.
- Chez les eucaryotes,: Localisation : noyau cellulaire, mitochondries, chloroplastes.
- Dans le noyau, l’ADN est linéaire et représenté sous forme de chromosomes.

1.3. Structure de l’ADN

- Chez les procaryotes (organismes unicellulaires sans noyau), tels que les bactéries,
l’ADN est en général présent dans le cytoplasme sous la forme d’un seul chromosome
circulaire superenroulé.
Chromosome bactérien Plasmides

3
 Chapitre 1

Structure de l’ADN

Unité structurale de l’ADN

Les nucléotides :
Un nucléotide comporte trois
composants :

3
2

2-oxy-4-aminopyrimidine
5-méthyl-2, 4-dioxypyrimidine 2, 4-dioxypyrimidine

4
 Chapitre 1

Les sucres: quelques caractéristiques

- 2’ H est moins attaquable qu’un OH.

 Le désoxyribose confère à cet acide nucléique une plus
grande stabilité propre à sa fonction de conservation de
l’information génétique.
 En 3’ la position sera bloquée par la liaison phosphodiester

Phosphates
Le phosphate inorganique est un ion stable formé à partir de
l’acide phosphorique PO4H3. On l’écrit souvent Pi.

 Le groupement acide phosphorique donne aux acides nucléiques

leur caractère acide (chargés négativement à pH neutre).

5
 Chapitre 1

Liaisons

6
 Chapitre 1

Structure des acides nucléiques :

les nucléosides mono-, di- et tri-Phosphates

Polymérisation des Acides nucléiques

Enchaînement des nucléotides

7
 Chapitre 1

Le premier nucléotide de la chaîne porte, par une

Enchaînement des nucléotides liaison ester sur le carbone 5’ de son ribose un
phosphate dont les deux autres fonctions acides
ne sont pas estérifiées. C’est l’extrémité 5’-
phosphate terminale de l’acide nucléique, qu’on
désigne par convention comme le début de la
séquence ou du fragment d’acide nucléique

PPi

1 molécule d’eau est éliminée entre un OH de

l’acide phosphorique et l’H de la fonction alcool
située en 3’ de l’ose
Liaison Phosphodiester
Nucléotide + Nucléotide Dinucléotide

Enchaînement des nucléotides

 Dans un acide nucléique, les nucléotides sont assemblés
entre eux par des liaisons phosphodiester associant le
désoxyribose de nucléotides voisins.
 Chaque phosphate lie le groupement hydroxyle (OH) du
carbone 3’ du désoxyribose d’un nucléotide à l’hydroxyle
du carbone 5’ du désoxyribose du nucléotide adjacent.
 Ainsi, le squelette désoxyribophosphate de la chaîne
polynucléotidique a la polarité spécifiée par les liaisons
phosphodiesters.
 La condensation se fait à partir d’un substrat « activé » :
un des nucléosides triphosphates.

8
 Chapitre 1

Sens de lecture d’un acide nucléique

Le squelette de l’ADN est formé
d’une succession de séquence de
sucre - phosphate.

Les 3'-hydroxyl et 5'-hydroxyl

groupements du désoxyribose sont
liés aux groupements phosphate

Le dernier nucléotide de la chaîne

porte une fonction alcool sur le
carbone 3’ de son ribose. Cette
fonction alcool n’est pas estérifiée.
C’est l’extrémité 3’-OH terminale de
l’acide nucléique, qu’on désigne par
convention comme la fin de la
séquence ou du fragment d’acide
nucléique.

Les expériences de Chargaff :

• Chargaff détermina la quantité relative de différentes bases dans des échantillons d’ADN.

• les rapports entre les 4 bases étaient assez variables suivant les types d’organismes
• Le nombre de purines égalait toujours le nombre de pyrimidines dans un
échantillon d’ADN donné :

• Ces observations ont suggéré que les nucléotides puriques et pyrimidiques soient
appariés dans l’ADN et ont mené à l’idée que des liaisons hydrogènes entre purines
d’une chaîne et pyrimidines de l’autre chaîne associent les brins de la double hélice.

9
 Chapitre 1

l’ADN est une double hélice car :

On dispose des données suivantes:

 Composition chimique de l’ADN est sucre, base et

phosphate
 Clichés de diffraction X en croix caractérisant la structure en
hélice
 Travaux de Chargaff sur le contenu en bases (A=T et G=C)
 Travaux en microscopie électronique montrant que le
diamètre de l’ADN est de 20 A suggérant que cette molécule
comportait 2 chaînes sucre - P

La double hélice d’ADN. Une molécule d’ADN est formée par deux brins d’ADN qui s’associent en
orientation opposée, avec les bases orientées vers l’intérieur et les squelettes sucre-phosphate en
surface. Les 2 brins s’enroulent en double hélice. La double hélice est stabilisée par des liaisons
hydrogène qui s’établissent entre les bases: les bases A ne peuvent s’apparier qu’avec les bases T, et
les bases C qu’avec les bases G. De ce fait, on dit que les 2 brins d’ADN sont de séquence inverse
complémentaire.

10
 Chapitre 1

L’enroulement en double hélice créé deux sillons, un majeur et un

mineur.

Caractéristiques de l'ADN
- elle est antiparallèle : L’ADN est formé de deux brins de
nucléotides. Ces deux brins sont disposés dans des directions
opposées. Un brin est orienté dans une direction 5’_3’, et le second
brin sera parallèle au premier et dans la direction inverse 3’-5’.
- elle est complémentaire : l’appariement des bases des deux
brins d’une molécule d’ADN se fait suivant la règle de
complémentarité: A toujours apparié avec T, C toujours apparié
avec G. Cette complémentarité repose sur des raisons stériques
(encombrement dans l’espace) et sur la formation de liaisons
hydrogène
- elle est hélicoïdale : dans l’espace les deux chaînes présentent une
configuration hélicoïdale. Elles s’enroulent autour d’un axe imaginaire
pour constituer une double hélice à rotation droite. L’ADN est en fait
composé de deux brins se faisant face, et formant une double hélice
-Comme une molécule d’ADN est double-brin, on dit qu’elle est
bicaténaire
- La double hélice de l’ADN est stabilisée par :
1- les liaisons hydrogènes entre les bases ;
2 - Les interactions hydrophobes et électroniques entre les bases ;
3- Les interactions des groupements sucre et phosphate avec le milieu aqueux
(interactions hydrophiles).

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 Chapitre 1

La double hélice (travers) : La double hélice (axe):

les bases azotées sont parallèles entre • Les désoxyriboses et les

elles, leurs noyaux empilés comme des phosphates se trouve à l’extérieur
assiettes au centre de la double hélice. de la molécule.

• Les bases azotées sont tournées vers l’intérieur

de la double hélice. Les nucléotides
complémentaires n’étant pas tout à fait
diamétralement opposés, l’axe de l’hélice est vide.

Des changements de conformation des sucres et des bases

produisent différentes formes d’hélices: A, B & Z

La forme (B) La plus répandue dans la cellule

♦ Les bases qui la composent sont planes et forment des
une double hélice droite. plans parallèles dans la double hélice.
♦ Ces plans sont perpendiculaires au grand axe de la double
hélice. Un tour = un pas = 10 paires de bases =34A.
♦ Les groupements phosphates créent des arêtes formant
deux sillons.
♦ C’est au niveau des ces sillons que s’effectuent les
interactions avec les facteurs de transcription permettant la
régulation de l’expression des gènes.

12
 Chapitre 1

La forme (A)
 Une hélice droite,
 diamètre plus grand,
 de pas plus petit (donc, plus resserre que l’hélice (B) Les plans
de paires de bases sont inclinés de 20° par rapport au plan
perpendiculaire au grand axe.
 Elles se trouvent en très faible quantité.
 Stable en milieu anhydre: apparaît si hygrométrie < 75%

La forme (Z)

 Hélice gauche (lévogyre).

 Physiologique mais présente en très faible quantité.

 Elle est stable à haute concentration en sel dans laquelle

la ligne qui joint les centres de gravite des
désoxyribonucléiques semblent former un zigzag lorsqu’on
les regarde de côté.

1- Taille des acides nucléiques :

La taille des acides nucléiques est exprimée en trois unités selon l'usage :
- la longueur
- la masse moléculaire en Dalton (Da).
- le nombre de nucléotides (ou bases), noté b, pour les molécules simple brin et le
nombre de paires de base, noté pb, pour les molécules double brin.
Pour les ARN, le nombre de nucléotides varie de plusieurs dizaines à plusieurs milliers :
- ARN ribosomaux : de 100 à 5000 b
- ARN de transfert : de 75 à 90 b
- ARN messagers : fonction du gène transcrit

Pour les ADN, le nombre de nucléotides varie de 5000 à plus de 100 millions de pb.

2- Solubilité :

L’ADN devient un sel d’acide en milieux aqueux et est ainsi soluble.

Il précipite en présence d’éthanol et d’une forte concentration saline. Cette

propriété permet sa purification.

13
 Chapitre 1

3- La charge :
- La charge de ces molécules à pH physiologique est négative.
- Charge dont la contribution est uniquement due aux groupements phosphates (à ce
pH, les bases ne portent aucune charge).
- Cette propriété est utilisée pour les séparer par électrophorèse.

4- Spectre d’absorption
Les hétérocycles des différentes bases ainsi que leurs dérivés, nucléosides ou
nucléotides, présentent des spectres d'absorption caractéristiques dans l'ultraviolet
et sous forme de courbe en cloche entre 230 et 320 nm avec un pic à 260 nm
L’absorbance à 260 nm est beaucoup plus intense
lorsque l’ADN est sous forme simple brin (facteur 12
à 40% à quantité de base égales évidemment).
Les protéines absorbent un peu à 260 nm, mais
surtout à 280 nm. Cette absorption dans l’UV
permet de détecter, de doser les acides nucléiques
et d’estimer la contamination par les protéines lors
de la purification des acides nucléiques.

5- Dénaturation et renaturation :
hybridation des brins de la double hélice :
 Les liaisons hydrogène qui maintiennent la structure en double hélice sont des
forces faibles
 Des quantités relativement petites d’énergie peuvent séparer les deux brins- un
processus appelée : dénaturation ou fusion.
 En solution, l’ADN en double hélice est aisément dénaturé en ses chaînes
polynucléotidiques simples, par chauffage à près de 100°C, ou par des agents déstabilisent
les liaisons hydrogènes comme les solutions alcalines ou les solutions concentrées de
formamide ou d’urée.
 La dénaturation se fait également si les liaisons hydrogènes entre les bases des deux
chaînes sont rompues à des PH extrêmes (inférieur à 3 ou supérieur 10).

Renaturation
(exige des
Chaleur, conditions
OH- particulières

État natif État dénaturé simple brin État renaturé

14
 Chapitre 1

Température de fusion « melting temperature » Tm

Tm = la température pour parvenir à 50% de séparation de deux brins.
brins
La Tm est influencée par deux facteurs principaux :
- sa taille (exprimée en nombre de bases, kb ou Mb …)
- son rapport (A+T)/(C+G) (composition en bases de l’ADN)
- par une variété de facteurs (tels que les cations monovalents ou divalents (Mg, Cu), les
polyamines et les protéines). Les brins d’une molécule donnée d’ADN se séparent à
l’intérieur d’une échelle de températures.

- Détermination de la température de fusion (Tm ) :

L’ADN est dissoute dans une solution saline standard à pH avoisinant

la neutralité.

La solution est placée dans une cuve de quartz dans un

spectrophotomètre puis la cuvette est chauffée doucement et on la
lecture se fait à 260 puis on trace la courbe DO en fonction de la
température.

La propriété de dénaturation est visible par lecture de l’absorption

optique de la solution contenant l’ADN à 260 nm. la densité optique
augmente au cours du désappariement (effet hyperchrome), dû à une
perte de l’empilement des bases (stacking) conduisant une meilleure
excitabilité des e- des cycles aromatiques des bases azotées.
L’énergie thermique apportée devient alors suffisante
pour rompre les liaisons H inter-brins.

15
 Chapitre 1

Ce sont d’abord les appariements A-T

qui se séparent les premiers au cours
de la montée de la température suivis
des G-C. Lors d’une élévation
progressive de la température, il se
forme des yeux d’ouvertures dans
l’ADN.

La température de fusion correspond au

domaine de température étroit dont le point
moyen est la Tm.
Un poly AT a une Tm de 70°C ; un poly GC a
une température entre 100 et 130°C.

L’effet hyperchrome :
L’effet hyperchrome de l’ADN consiste en un chauffage d’une solution d’ADN.
On assiste alors à une diminution de la viscosité et une augmentation
concomitante de la densité optique à 260 nm.

Variation de Tm en fonction de contenu en G et C

• L’ADN riche en paires G-C, qui ont trois liaisons hydrogène, fond à une température
plus élevée que celui riche en paires A-T, qui ont deux liaisons hydrogène.
• Plusieurs formules empiriques permettent de calculer la valeur de la
température de fusion. Elles tiennent compte du pourcentage de bases (G+C), la
taille de la molécule, de la salinité du milieu ainsi que de divers facteurs
correctifs, tels que la présence de structures secondaires intra ou extra
moléculaires (repliement de l’ADN sur lui-même, formation d’appariements
entre deux brins).
• Calcul du Tm:
Oligonucléotide inférieur à 20nt : Tm = (A+T)x2 + (G+C)x4
Oligonucléotide supérieur à 20nt : Tm =[ (A+T)x2 + (G+C)x4] x (1+{(N-20)/20})
Polynucléotide supérieur à 100nt : Tm = 81,5 + 16,6(log10[Na+]) + 0,41[(G+C)/N] – (600/N)

16
 Chapitre 1

Renaturation de l’ADN
 La dénaturation est un processus réversible et la reformation de la double hélice
d’ADN peut se faire même lorsque les deux brins ont été totalement séparés.

 Ce processus, appelé renaturation ou réassociation se produit si la température ou

le pH sont diminués. Si le changement de température ou de pH est graduel, les deux
brins s’alignent correctement et reforment toutes les paires de bases originelles.

 Cette propriété est également employée dans les techniques d’hybridation

nucléaire avec les sondes d’acide nucléiques (southern blot pour l’ADN et northern
blot pour l’ARN…).
Hybridation = Association spontanée, spécifique et réversible de deux brins d’ADN
complémentaires.
– spécifique : une séquence d’ADN monobrin ne peut s’apparier qu’à la séquence qui
lui est complémentaire dans le génome.

– réversible : En jouant sur les conditions expérimentales (température) on peut

entraîner ou briser (dissociation) l’hybridation de deux molécules d’ADN.

Les ARN présentent plusieurs caractéristiques propres et qui les opposent à l'ADN :
- Ils sont plus courts : (70 à 10000 nucléotides).
- Le sucre : le ribose (à la place du 2’-désoxyribose présent dans les ADN).

Les bases pyrimidiques et puriques qui sont A, C, G et U. L’uracile (U) remplace donc
la thymine (T) présent dans l'ADN;

 Une seule chaîne nucléotidique au lieu de deux dans les ADN. On dit que les ARN
sont monocaténaire (ou simple brin), (exception : certains virus possèdent un ARN
bicaténaire). Cette unique chaîne est plus courte que les chaînes d’ADN.
Structures secondaires : dans une même chaîne d’ARN des portions peuvent être sous
forme bicaténaire (ou double brin) avec un appariement suivant la règle : A apparié avec U
(deux liaisons hydrogène) et C apparié avec G (trois liaisons hydrogène). Dès lors, au niveau
des appariements.
on aura la constitution de sortes de tiges et des boucles.

17
 Chapitre 1

Boucle Epingle à cheveux

a- Les ARN messager (ou ARNm) :

• Les ARN messagers constituent le support essentiel de l’information
génétique entre l’ADN et le ribosome où s’effectuera la synthèse
protéique.

• Les ARNm sont très rapidement synthétisés et dégradés, leur durée de

vie est très courte.

• Ils sont formés d’une seule chaîne de nucléotides avec les bases
communes aux ARN : A, U, C et G. Cette chaîne comporte une succession
de triplets nucléotidiques. Chaque triplet nucléotidique constitue un
codon.
codon

18
 Chapitre 1

b- Les ARN de transfert (ou ARNt) :

Les ARNt présentent la structure générale des ARN, mais ils possèdent en plus
quelques particularités propres : certaines portions de la séquence
nucléotidique s'apparient entre elles pour former un ARN double brin. En
structure spatiale, on présente souvent les ARNt sous forme de trèfle.

c- Les ARN ribosomiques (ou ARNr) :

Les ribosomes sont des organites intra-cellulaires situés dans le cytoplasme et
qui sont l’usine de fabrication des protéines de la cellule (voir la partie du
cours sur la traduction). Les ARNr jouent un rôle essentiel dans la structure et
le maintien de l’intégrité des ribosomes en association avec les protéines
ribosomales.

19
 Chapitre 1

Caryotype : ensemble des chromosomes d'un

individu classés par paires d'homologues, par
morphologie identique, par la place du
centromère, par bandes identiques
(sombres/claires) et par ordre décroissant de
taille.
Les chromosomes ont des tailles et des formes
variées, avec des caractéristiques qui permettent
aux cytogénéticiens de les identifier

Les chromosomes = structures filiformes qui

contiennent l’ADN .

1 Chromosome = 1 molécule d’ADN

 Un chromosome non mitotique correspond à une chromatide.

 Les chromosomes se dupliquent lors de la phase S du

cycle cellulaire avant d’entrer en mitose.

 Un chromosome mitotique donne deux chromosomes identiques attachés l’un à l’autre

au niveau du centromère.

 Lors de la mitose, les chromosomes se condensent et sont inactifs sur le plan

transcriptionnel (les gènes ne s’expriment pas, sauf ceux des histones).

 Si l’on considère les molécules d’ADN humain porté par les 46 chromosomes:
 représente l’équivalent de 3.109 paires de bases.
 Le plus grand chr. = 85 mm (85000 µm)

 Or, cette molécule d’ADN rentre dans un noyau cellulaire de quelques µmètres (6 µm).

20
 Chapitre 1

Chaque molécule d’ADN présente différents niveaux d'enroulement et de compaction.

compaction

Dans le noyau des cellules eucaryote, l’ADN n’est pas nu, il est associé à d’autres
constituants pour constituer la chromatine.
La chromatine est constituée de : l’ADN
l’ADN, des ARN
ARN, d’une classe bien définie de protéines
appelée : les histones
histones, ainsi que de nombreuses autres protéines.
protéines

Euchromatine : claire, décompactée et active (riche en gènes transcrits).

Hétérochromatine : dense, compacte, inactive sur le plan transcriptionnel.
les dernières à se répliquer lors de la phase S.
L’hétérochromatine facultative

- L’état de condensation de la chromatine change d’une cellule à

une autre et d’un moment à un autre. Elle peut passer à l’état de
l’euchromatine.

L’hétérochromatine constitutive
- Ne se décondense pas durant l’interphase et qui se situe dans les régions
juxta-centromériques de tous les chromosomes chez presque toutes les
espèces, mais parfois dans d’autres régions aussi, par exemple sur le
chromosome Y.
- Fonction inconnue.

21
 Chapitre 1

Portion de la double
hélice d’ADN

Enroulement en ‘chapelet de perles’ de la

chromatine (une ‘perle’=un nucléosome

Surenroulement en hélice
nucléosomes empilés : solénoïde

Le solénoïde forme des boucles

qui se fixent à l’armature centrale.

L’armature et les boucles s’organisent en

un superenroulement géant.

La compaction est maximale dans le

chromosome métaphasique : chaque molécule
d’ADN et 50000 fois plus courte.

Le nucléosome :

L’unité structurale de base de la chromatine est constituée de petites

boules de 100 Å de diamètre appelées : Nucléosome. Les nucléosomes sont
reliés entre eux par une séquence d’ADN : l’ADN linker.
Un nucléosome est formé de : 8 histones (2 fois : H2a, H2b, H3 et H4)
autour duquel s’enroule une portion d’ADN double brin de 146 paires de
bases et qui est répété indéfiniment, donnant un aspect en “ chapelet de
perles ” à la fibre de chromatine d’environ 11 nm d’épaisseur.

22
 Chapitre 1

Solénoïde

Les protéines histones :

• Protéines de petit poids moléculaire (11-14 kDa), riches en acides aminés
basiques.
• Elles ont un rôle de protection de l’ADN vis-à-vis des enzymes qui le
dégradent.
• Elles permettent aussi l’accessibilité du grand et de petit sillon de l’ADN, lieu
d’interaction : ADN-facteurs de transcription.
• Très conservées.
• Au niveau des extrémités NH2 et COOH, on trouve deux bras riches en
acides aminés basiques (Lysine et Arginine). Ces régions sont chargées
positivement, ce qui permet d’interagir avec les charges négatives des
groupements phosphates des molécules d’ADN.

23
 Chapitre 1

Chromosome humain en métaphase après élimination des histones.

Notion du gène
♦ Le mot gène, introduit par W. Johannsen en 1910 = une hypothétique unité d’information
qui contrôle la transmission héréditaire d’un trait distinctif chez un organisme particulier.

Gène = d'acide désoxyribonucléique, constituant une unité physique et fonctionnelle, qui

mène à la formation d’un produit spécifique et fonctionnel du gène qui peut être soit une
molécule d’ARN, soit une protéine.

Unité de transcription
Un gène englobe:
• les nucléotides spécifiant la protéine (c'est-à-dire la région codantes) ou un ARN
fonctionnel (ARNr ou ARNt),
• et toutes les séquences d'ADN nécessaires à la formation du transcrit primaire.

24
 Chapitre 1

1- Les gènes procaryotes * Généralement, des régions codantes non interrompues.

Promoteur

1- Les gènes procaryotes : gènes polycistroniques

• Les gènes codant pour des enzymes contribuant à une fonction commune
sont d'habitude groupés sur le chromosome bactérien;
• Exemple: les cinq gènes codant les enzymes nécessaires à la synthèse de
tryptophane à partir de petites molécules précurseur se trouvent serrés
sur un morceau de 7 kb du génome de E. coli.
• Les gènes de cet amas forment une seule unité de transcription appelée
opéron.
• Une seule mutation peut influencer l'expression de plusieurs protéines.

25
 Chapitre 1

2- Les gènes eucaryotes

Eléments de
contrôle proximaux Promoteur Unité de transcription

Le promoteur : Les séquences minimales exigées pour une initiation de la

transcription correcte.
C’est l'emplacement où se lie l'ensemble de l'appareil de transcription et de
ses facteurs accessoires pour ouvrir l'ADN et initier la transcription

26
 Chapitre 1

Région régulatrice : Les éléments de séquence qui déterminent la fréquence d’initiation

de la transcription ; ceci comprend les séquences responsables de l’inductibilité et de la
répressibilité de la transcription et de la spécificité cellulaire, tissulaire et temporelle de
la transcription. Parmi celles-ci, il y a les éléments activateurs ou amplificateurs
(Enhancers) et les éléments modérateurs (Silencers).

L’unité de transcription : constituée par le segment d’ADN continu codant pour la séquence
du transcrit primaire ; ceci inclut :
1. les exons, c’est la séquence codante de l’ARN mature (ARNm, ARNt, ou ARNr..) ou de la
protéine produite
2. les introns
3. les séquences leader 5’ (5’ UTR) la queue 3’ (3’UTR).

27
 Chapitre 1

2- Les gènes des eucaryotes

Modifications post-transcriptionnelles :

Coiffe : Me-G-ppp-5’
Excision - épissage Queue poly-A

Modifications post-transcriptionnelles :

Coiffe : Me-G-ppp-5’

Une enzyme ajoute un nucléotide à Guanine sur les phosphates du Carbone 5’ du premier
nucléotide du transcrit et transfère des radicaux méthyle sur les premiers nucléotides. Ces
modifications font un début commun à tous les transcrits primaires précurseurs des RNA
messagers.

28
 Chapitre 1

Modifications post-transcriptionnelles :
Excision - épissage : les parties non codantes de la structure primaire du
transcrit sont coupées et les parties codantes rassemblées

Après l’excision des introns et l’épissage des exons, le messager ne contient

plus que les exons réunis en une seule séquence codante.

Modifications post-transcriptionnelles :

ARNm mature
Queue poly-A

Une enzyme coupe le transcrit environ 10 à 20 nucléotides au delà de

la séquence AAUAAA et synthétise sur le Carbone 3’ libre du dernier
nucléotide du transcrit restant une longue chaîne de 500 à 2000
nucléotides à Adénine polycondensés.

29
 Chapitre 1

Organisation des génomes

Structure des génomes

Tailles comparées de différents génomes: Les tailles des génomes sont

données en paire de nucléotides par génomes haploïdes.

30
 Chapitre 1

Le paradoxe de la valeur C

La valeur C = la quantité d’ADN dans un génome haploïde.

Cette valeur est de 3. 109 pb pour le génome humain.

• Si on compare la valeur C de différentes espèces, on devrait

s’attendre à ce qu’elle augmente en fonction de la complexité
d’un organisme.

• Certaines amibes ont un génome 200 fois plus grand que celui
de l’homme.
Il y a donc beaucoup plus d’ADN que prévu. Il y a donc un
paradoxe.

Taille du génome Nbre de gènes

(nucléotides) (protein-coding)

Amoeba dubia ~ 670 000 000 000 ?

Psilotum nudum ~ 250 000 000 000 ?

Fritillaria assyriaca ~ 100 000 000 000 ?

Necturus lewisi ~100 000 000 000 ?

Homo sapiens 3.2

3. 200 000 000 30 000

Vitis vinifera 487 000 000 30 400

Drosophila melanogaster 160 000 000 14 000

Arabidopsis thaliana 115 000 000 28 000

Caenorhabditis elegans 98 000 000 19 400

Saccharomyces cerevisiae 12 500 000 5 800

Escherichia coli 4 600 000 4 300

31
 Chapitre 1

• E. coli possède environ 4,300 gènes, pour un génome de 4.6 x 106 pb

l’homme 30,000 gènes, pour un génome de 3 x 109 pb.

Donc le génome humain est environ 600x plus grand, mais ne contient
qu’environ 5 fois plus de gènes.

Donc le génome humain est environ 600x plus grand, mais ne contient
qu’environ 5 fois plus de gènes.

32
 Chapitre 1

Génome humain
3100 Mb

Gènes et séquences de gènes ADN intergénique

Séquences Répétitions Autres régions

Gènes (Exons) apparentées intercalées intergéniques

Pseudogènes Microsatellites
LINES

Fragments de Divers
gènes SINES

Introns, UTRs
Eléments LTR

Transposons ADN

Types de séquences dans un génome

Pour comprendre comment on évalue la complexité du génome, on a
considère deux propriétés très importantes de la double hélice :
- la possibilité de se séparer en deux brins élémentaires lorsqu’ on
chauffe progressivement la solution d’ADN, c’est la dénaturation,
- la possibilité des molécules d’ADN monocaténaires
complémentaires de se réassocier lorsque la solution est refroidie
lentement. C’est la renaturation.
Facteurs influencent la vitesse de renaturation d’une préparation
d’ADN
1) la force ionique de la solution. +++
2) la température.
3) la concentration d’ADN.
4) la durée d’incubation.
5) la taille des molécules qui interagissent.

33
 Chapitre 1

Expérience :

Dénaturer puis à réassocier une molécule d’ADN dont

l’appariement des bases est parfait.

Si on a un grand génome, il faut au préalable casser

mécaniquement l’ADN en fragments de quelques milliers de
paires de bases pour favoriser l’association. Ce procédé est
exécuté par les ultrasons.

• Concentration de l’ADN et temps : notion de Cot et de Rot.

L’hybridation des séquences nucléiques est aléatoire. Cependant, si la

concentration de l’ADN est grande, le nombre de copies hybridées sera grand.
 Il en résulte donc que la vitesse d’hybridation augmente lorsque
la concentration de l’ADN augmente.
 la probabilité d’association des brins complémentaires est
importante lorsque le temps est long.
L’hybridation est quantifiée en fonction de ces deux variables prises ensembles
: C0 et t
Pour le cas des ADN, cette variable est nommée le Cot,
Pour le cas des hybrides ADN/ARN, elle est dite le Rot :

C0 =
concentration initiale en DNA monocaténaire T = temps exprimé en secondes
au temps 0 ( mol de nucléotide/l)

34
 Chapitre 1

courbe cot
Méthode d’estimation de l’hétérogénéité des séquences d’une préparation
d’ADN, basée sur l’observation que plus l’ADN est homogène et plus facilement
(plus rapidement) la réassociation d’un ADN simple brin peut se produire.
La courbe de cot représente la concentration en ADN double brin en fonction du
produit de la concentration totale en ADN par le temps d’incubation.

Cot (1/2) :
Le cot (produit de la concentration initiale et du temps) auquel la moitié de l’ADN a
été renaturé est le demi-cot, un paramètre indiquant le degré d’hétérogénéité d’un
mélange complexe et l’étendue de la complémentarité, dans un mélange de deux
molécules, d’ADN simple brin.

Complexité des génomes viraux et bactériens

Cot 1/2 (E. Coli) = 9 mol.s/l,

Cot 1/2 (T4) = 0,3 mol.s/l.

Le DNA d’E. Coli se réassocie environ 30 fois plus lentement que celui du phage T4.
La raison de cette différence est due au fait que le génome E. Coli est plus grand
que celui du phage T4

35
 Chapitre 1

Complexité des génomes eucaryotes

Trois types d'ADN différents : le premier type se renature très rapidement, le

second se renature nettement plus lentement, le troisième il ne se renature que
très lentement.

Interprétation

1. L'ADN qui se renature rapidement n'a 3

aucun mal à retrouver un brin qui lui soit
complémentaire parce qu'il contient une (ou
2
des) séquence très fréquente.

1
2. Le second se renature nettement plus
lentement.

3. Le troisième type a beaucoup de mal à

retrouver son complément parce que cette
séquence est " unique ".

L’hybridation moléculaire va permettre de mettre en évidence l’existence de

séquences hautement répétées et moyennement répétées, et de séquences
uniques dans les génomes d’eucaryotes.

36
 Chapitre 1

Séquences
uniques
Génome humain
3100 Mb

Gènes et séquences de gènes ADN intergénique

Séquences Répétitions Autres régions

Gènes (Exons) apparentées intercalées intergéniques

Microsatellites
Minisatellites
Pseudogènes LINES Satellites

ADN modérément Divers

Fragments de
répété gènes SINES
(voir cours S5-géné[Link]é.)

Introns, UTRs
Eléments LTR
ADN fortement
répété (5 – 300 pb)
(105 copies) Familles de gènes
(Histones, ARNt..) Transposons ADN

37