LICENCE 3 BIOLOGIE MEDICALE ESS

M. MEDZEGUE SEVERIN
Biologiste médical : Microbiologist, MSC.PhD2
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Principaux systèmes et microorganismes:

1. ● Infection des Voies respiratoires supérieures

○ LES STREPTOCOQUES, BORDETELLA PERTUSSIS, CORYNEBACTERIUM
DIPHTERIAE
2. ● Infection des voies respiratoires basses : Pneumonie aigue communautaire
○ PNEUMOCOQUE, MYCOPLASME, HAEMOPHILUS, MYCOBACTERIES
3. ● Infection du système cardio-vasculaire
○ ENDOCARDITES INFECTIEUSES
4. ● Infection du système digestif
○ SALMONELLA, SHIGELLA, VIBRIO CHOLERAE
5. ● Infections urinaires :

6. ● Infections du système génital :

CHLAMYDIA, NEISSERIA gonorhoea, TREPONEMA

7. ● Infection du Système Haemopoeïtique : BACTERIEMIE/SEPTICEMIE

8. ● Infection du système Nerveux

○ NEISSERIA meningitidis

9. ● Infections du Système Locomoteur :

Infection cutanée, Ostéomyélite : Staphylocoque

Pré requis
● Notion de microbiologie générale
● Éléments de biologie cellulaire
● Éléments d’immunologie générale

Objectifs Pédagogiques
A la fin de chaque cours l’étudiant sera capable de :
1. Décrire les caractères généraux de la bactérie
2. Reconnaître les caractéristiques bactériologiques
3. Décrire la pathogénèse liée à la bactérie
4. Décrire les méthodes de diagnostic direct et indirect au laboratoire
5. Reconnaître la sensibilité de la bactérie aux antibiotiques
6. Décrire les mécanismes et supports de résistance de la bactérie aux antibiotiques
7. Décrire les différentes classes d’antibiotiques actifs sur la bactérie
8. Décrire les mécanismes de prévention individuelle et collective

Méthodes d’enseignement
● Cours magistral
● Travaux Pratiques
● Travaux Dirigés
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Support Pédagogiques
● Présentation Power Point
● Tableau

Méthodes d’évaluation : QCM, CROQ

● Ouvrages de référence :
1. Azèle Feron, Bactériologie Médicale, 16ème édition C. R.
2. Léon le Minor et Michel Veron, Bactériologie Médicale 2ème édition Paris 1990
3. Jean freney, François Renaud, Willy Hansen et Claude Bollet, manuel de bactériologie Clinique Paris
2000
4. E Pilly 20ème Edition 2006, Maladies Infectieuses et Tropicales par le collège des Universitaires de
Maladies Infectieuses et
Tropicales(CMIT)
5. Consulter Google pour chaque pathogène
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Titre: Interprétation des résultats : dialogue avec les cliniciens et prélèvement en bactériologie

Introduction
Cible : Etudiants du niveau L3 d’Etudes Médicales, Masters en Microbiologie et Résidents SP3
Microbiologie.
Présentation : Ce cours introduit la relation à travers le dialogue entre le clinicien en charge d’établir le
diagnostic étiologique d’une maladie infectieuse et le bactériologiste chargé de réaliser l’analyse
bactériologique. Les notions telles que : examen direct, examen indirect et leur interprétation en passant
par les produits pathologiques à prélever, sont développées.
Pré requis
● Notion de microbiologie générale
● Éléments de biologie cellulaire
● Éléments d’immunologie générale

Objectifs Pédagogiques
1. Reconnaître les techniques de prélèvement, du transport et de conservation des produits pathologiques
au cours d’un processus infectieux
2. Reconnaitre les différentes étapes dans le diagnostic microbiologique lors d’un processus infectieux
3. Reconnaitre les limites des examens directs et indirects

Plan
1. Généralités
2. Prélèvement et Transport des Produits Pathologiques
3. Etapes du Diagnostic direct
4. Diagnostic Immunologique ou Indirect
Résumé
Le laboratoire de bactériologie médicale joue un rôle fondamental dans la détermination des pathogènes
responsables d’une maladie infectieuse. Le diagnostic peut se faire soit par isolement de la bactérie, ce qui
donne le diagnostic de certitude ; soit par l’examen indirect par la recherche des anticorps dirigés contre le
pathogène. Malheureusement, le diagnostic direct n’est pas toujours possible pour diverses raisons et il
s’avère donc nécessaire d’avoir un dialogue entre le clinicien et le bactériologiste pour orienter la recherche
étiologique et donner une bonne interprétation des résultats après que le clinicien ait donné des
renseignements cliniques sur le patient.
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1. INFECTIONS DU TRACTUS URINAIRE (ITU)
1.1. Signes cliniques
La dysurie est l'émission difficile et
douloureuse d'urine. La pollakiurie est une
miction excessive en petites quantités.

1.2. Prélèvement
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Etiologies et mécanismes physiopathologiques
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
1.3. Diagnostic

Démarche :

A l'état physiologique, l'urine contient moins de 10 000 éventuels micro-organismes présents et oriente le choix des
leucocytes et 5 000 hématies par ml. En cas d'infection milieux de culture. La présence de cellules épithéliales
urinaire, le processus inflammatoire se traduit le plus d’origine vaginale signe une contamination et entraîne le
souvent par la présence de : rejet de l’examen.
- > 50 000 leucocytes /ml, parfois en amas ; - Le milieu de type C.L.E.D. se prête bien à la culture des
> 10 000 hématies /ml témoins de urines. Certains milieux incorporant des chromogènes
microhémorragies ; - cellules du revêtement urothélial. directs (CPS ID 3, URISELECT 4) peuvent s'avérer utiles
L'examen du frottis réalisé à partir du culot de au repérage des colonies. Selon les résultats de l'observation
centrifugation et coloré au Gram permet d'observer les microscopique, on ensemence une gélose au sang voire une
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gélose chocolat sous 10% de CO2. L'interprétation des - Bactériurie > 105 CFU / ml : infection probable
cultures s'effectue de la manière suivante : (valeurs à contrôler si besoin)
3
- Bactériurie < 10 CFU / ml : absence d'infection
- Entre 103 et 104 CFU / ml : zone d'incertitude
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1.4. Traitement et prévention
La réalisation de l'antibiogramme dans le cadre de l'ITU ne diffère pas techniquement des méthodes
traditionnelles de mesure in vitro de sensibilité aux antibiotiques qu'elles soient manuelles ou automatisées.
Le choix des molécules à tester résulte d'un compromis entre le spectre attendu de sensibilité de la bactérie
incriminée et la diffusion de l'antibiotique au site de l'infection.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE

Bibliographie :
Microbiologie et pathologie infectieuse ; Moselio Schaechter, Gerald Medoff, Barry I. Eisenstein ; De Boeck Université.
Urologie ; Éric Chartier ; Estem.
REMIC (Référentiel en microbiologie médicale) ; Edition 2m2 (www.2m2.fr) ; http://bacterioweb.univ-
fcomte.fr/bibliotheque/remic.htm
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2. INFECTIONS DU TUBE DIGESTIF
2.1. Signes cliniques
Le malade atteint de diarrhée émet des selles liquides ou molles (non moulées), glaireuses ou hémorragiques.
La diarrhée peut être aiguë ou chronique, fébrile ou non. Tous les épisodes diarrhéiques ne sont pas
infectieux. Toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas bactériennes. Parasites, virus et accessoirement
levures y jouent un rôle important. La coproculture se pratique sur selles liquides, molles, glaireuses ou
hémorragiques ou sur indications très précises pour des selles solides.

2.2. Prélèvement
Les selles sont recueillies dès émission dans un récipient propre. Une aliquote du volume d’une noix au
minimum est prélevée à l’aide d’une spatule ou d’un flacon cuillère puis transférée dans un conteneur
hermétique type «pot à vis stérile». Un échantillon muco-purulent ou sanglant est choisi lorsqu’il en existe.
Un écouvillonnage rectal peut se révéler utile notamment chez le nourrisson et le petit enfant.
Les biopsies de muqueuses rectales ou coliques faites sous endoscopie sont analysées comme des matières
fécales à l’exception de demande de recherche spécifique de mycobactérie. Le prélèvement doit être
immédiatement acheminé au laboratoire ou conservé au maximum une nuit à + 4°C afin d’éviter la
dessiccation et la prolifération des bactéries et levures commensales. Au delà de ce délai on utilise un milieu
de transport (glycérine tamponnée).

2.3. Diagnostic
Al’état frais ou après coloration, dans le cas de selles liquides, cet examen est important pour orienter les
cultures :
- en cas de diarrhée à germes invasifs (Salmonella, Shigella, Campylobacter) : il y a présence de
leucocytes, cependant, dans certaines diarrhées à bactéries invasives, la présence de leucocytes n'est pas
toujours constante ;
- en cas de diarrhée à germes entérotoxigéniques : il n’y a pas de leucocytes (Vibrio. cholerae, E.
coli entérotoxinogènes ou ETEC, Clostridium difficile).
Après coloration l'examen du frottis permet d'apprécier le pourcentage des deux types tinctoriaux bactériens.
Une flore équilibrée est composée majoritairement de bacilles à Gram négatif, mais avec toujours présence
de bacilles à Gram positif. Toute perturbation notable de cet équilibre doit être signalée.
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Etiologies et mécanismes physiopathologiques
La finalité de la coproculture consiste à tenter d’isoler au sein d'une flore complexe un nombre limité
d'espèces réputées pathogènes. La flore colique de l'adulte se caractérise en effet par une grande densité et
une extraordinaire diversité. Elle contient de 109 à 1010 bactéries par gramme renfermant plus de 400
espèces différentes dont la très grande majorité est anaérobie stricte. Les Entérobactéries ne
représentent que 5 à 10% de cette flore et parmi lesquelles Escherichia coli prédomine. Entérocoques,
streptocoques, staphylocoques, lactobacilles et levures sont aussi présents mais en moins grande quantité.

A. Les bactéries entéro-invasives

Les Salmonella représentent encore aujourd’hui en France la principale cause de
gastro-entérite bactérienne. La transmission se fait par les aliments souillés ou par
porteur asymptomatique. Le tableau est celui d'une gastro-entérite aiguë.
Salmonella envahit l'entérocyte puis traverse la muqueuse et pénètre dans le tissu
sous-muqueux où elle se multiplie. L’invasion de la muqueuse intestinale par les
Salmonella requiert l’adhésion des bactéries à des récepteurs cellulaires spécifiques.
La fixation des Salmonella sur ces récepteurs active une phosphorylase et déclenche
ainsi une série de réactions aboutissant au remaniement du cytosquelette et au
gonflement des microvillosités. Une vacuole d’endocytose se forme, les salmonelles
s’y multiplient. La vacuole migre vers la membrane latérobasale et est expulsée de la
cellule. Les bactéries sont prises en charge par les macrophages. Si elles sont
éliminées, l’infection reste localisée et n’atteint pas le stade de la septicémie
(coproculture + et hémoculture -). Dans le cas inverse, les Salmonella sont déversées
dans le sang et sont responsables d’un épisode septicémique (coproculture + et
hémoculture +).
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Toute coproculture doit systématiquement mettre en oeuvre la recherche de Salmonella et de Shigella.
Outre un milieu sélectif d’isolement (gélose SS, XLD, ou Hektoen), un milieu d’enrichissement pour
Salmonella est indispensable. Différents bouillons peuvent être proposés (Mueller-Kauffmann, Sélénite).
Il est préconisé de repiquer le milieu d'enrichissement sur gélose sélective après 3 à 6 heures d'incubation à
37°C, afin d'éviter la multiplication des bactéries commensales moins bien inhibées passé ce laps de temps.
Leur identification complète jusqu’au « sérovar » précis ne se justifie que pour les plus fréquents ou les
plus pathogènes.
La recherche de Campylobacter spp est systématiquement réalisée chez les enfants et pour les adultes
sur demande spéciale ou en présence de selles liquides. La culture se fait sur un milieu spécifique (milieu
Karmali, de Skirrow ou de Buztler). Les cultures sont incubées pendant 48 heures minimum en micro-
aérophilie.
La recherche de Yersinia enterolitica n'est pratiquée que chez les enfants dont les selles sont
diarrhéiques ou les adultes dans un contexte de polyarthrite réactionnelle. Les selles peuvent être placées
dans un milieu d'enrichissement (milieu de Rappaport), incubées 24 h à 48 h à + 4°C et repiquées sur milieu
spécifique pour Yersinia (milieu à l'Irgasan-cefsulodine et novobiocine ou CIN) incubé pendant 48 h à
30°C.
Les E. coli entéropathogènes (EPEC) responsables de diarrhée chez l'enfant de moins de deux ans se
recherchent sur milieu type EMB ou Drigalski. En cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU),
l’isolement de E. coli entérohémorragique O157 (EHEC) s’effectue sur gélose Mac Conkey au sorbitol
; les colonies sorbitol négatif sont agglutinées avec un latex sensibilisé.
En cas de voyage récent en « pays tropical » et syndrome cholériforme, V. cholerae se recherche directement
et après enrichissement en eau peptonée alcaline repiquée toutes les 3 heures sur milieu TCBS (Thiosulfate
Citrate Bile Saccharose).
Cas particulier : les diarrhées secondaires à un traitement antibiotique (dysmicrobisme)
Clostridium difficile est responsable d'une diarrhée de moyenne importance accompagnant une
antibiothérapie. Plus rarement le tableau évolue vers celui d’une colite pseudomembraneuse.
Primitivement liée à un déséquilibre de la flore intestinale, la diarrhée est due à la germination des spores
de C. difficile puis à la sécrétion de l’entérotoxine A et de la cytotoxine B. C. difficile est également à
l’origine d’infections nosocomiales.
La technique de référence reste la mise en évidence de la cytotoxine dans les filtrats de selles et ne s'impose
que pour des malades sous traitement antibiotique ou présentant une colite pseudo-membraneuse. La
recherche d’un effet cytopathogène sur des cultures cellulaires (fibroblastes, cellules Vero, MRC-5). Cette
méthode est sensible et d’une excellente spécificité lorsque l’effet cytopathogène est neutralisé par un
antisérum spécifique. La lecture s’effectue au bout de 24 à 48 heures.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
L’isolement de Shigella est en constante régression en France. La transmission est inter-humaine. Le tableau
est celui d'un syndrome dysentérique. Shigella pénètre dans les cellules épithéliales intestinales et s'y
multiplie jusqu'à leur destruction (cette destruction n’est pas observée avec Salmonella).

La contamination par Campylobacter (C. coli ou C. jejuni) est essentiellement alimentaire (volailles et porc)
ou par l'intermédiaire de porteurs asymptomatiques. Ces bactéries représentent désormais la seconde cause
de gastro-entérite bactérienne en France. Elle peut s’internaliser dans des vacuoles intracytoplasmiques et
également sécréter des toxines.
La porte d’entrée de Yersinia enterocolitica est alimentaire (animaux de boucherie). Sa multiplication est
facilitée par sa psychrophilie (à faible température). Son isolement n’est pas fréquent. Y. enterocolitica est
une bactérie invasive se manifestant le plus souvent par une gastro-entérite fébrile avec douleurs
abdominales. Au stade des complications articulaires, sa détection dans les selles s’avère aléatoire.
Chez les enfant de moins de 2 ans, il est classique de rechercher les Escherichia coli entéropathogènes
(EPEC) dans les selles liquides de nourrissons présentant un tableau de fièvre avec déshydratation. Dans
cette tranche d’âge les causes principalesrestent d'origine virale (Rotavirus, Adenovirus).
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Il existe des méthodes rapides immunoenzymatiques, alliant rapidité de détection et facilité d’emploi :
détection de la toxine A ou celle des deux toxines A et B avec des délais de réponses inférieurs à trois
heures. En outre, un test immunofluorométrique est automatisé (Vidas Clostridium difficile toxine A).
Des méthodes de biologie moléculaire par amplification génique in vitro sont décrites avec des amorces
de séquences du gène de la toxine A, ou par hybridation directe à partir des filtrats de selles pour la toxine
B.
La recherche de la bactérie par culture nécessite des milieux spécifiques : gélose Columbia au sang à la
céfoxitine, cyclosérine et fructose incubée en anaérobiose pendant 48 heures.

2.4. Traitement et prévention

L’antibiogramme est impératif pour Salmonella, Shigella, E. coli et pour V. cholerae en milieu endémique
(prophylaxie par les sulfamides). En tout état de cause il est parfaitement légitime de pratiquer un
antibiogramme pour toutes bactéries pathogènes isolées de coproculture.
La lutte contre le péril fécal et le cortège des maladies qu’il peut transmettre passe avant tout par le
maintien, l’amélioration ou la mise en oeuvre des mesures d’hygiène générales, individuelles et
collectives, selon le degré de développement des pays considérés. Les vaccins ont une place dans la
prévention de ces maladies. Elle est même essentielle pour contrôler les maladies virales dont les agents
pathogènes résistent au traitement habituel des eaux de boisson. En revanche, contre les maladies
bactériennes dont les agents pathogènes sont détruits par la chloration de l’eau, la prophylaxie vaccinale ne
devrait être théoriquement que secondaire. En fait, devant les difficultés souvent rencontrées dans de
nombreux pays pour améliorer les conditions d’hygiène, afin de limiter la morbidité et la mortalité
importantes liées à certaines maladies, la recherche de nouveaux vaccins efficaces est actuellement
encouragée par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
Les progrès réalisés dans le domaine des biotechnologies permettent d’envisager, à plus ou moins long
terme, le contrôle des principales maladies d’origine bactérienne et virale liées au péril fécal. Contre les
maladies diarrhéiques d’origine bactérienne, de nombreuses approches vaccinales sont en cours d’étude,
contre les shigelloses (vaccins polyosidiques conjugués injectables ou vaccins vivants atténués), contre les
Escherichia coli entérotoxinogènes et Vibrio cholerae (vaccin inactivé administrable per os constitué de
plusieurs souches d’ETEC et la sous-unité B de la toxine cholérique).
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Dans le méconium du nouveau né, on se limite à la recherche de bactéries responsables d’infections
néonatales : Listeria monocytogenes, E. coli K1 et surtout Streptococcus agalactiae (groupe B).

B. Les bactéries entéro-toxinogènes

Les entérotoxines bactériennes sont généralement responsables de diarrhées caractérisées par l’émission
fréquente de selles liquides. L’exemple type de ces diarrhées sécrétoires est le choléra.
Le mécanisme d’action de la toxine cholérique peut être décrit en quatre étapes :
1. les bactéries (Vibrio cholerae) adhèrent à la muqueuse par l’intermédiaire de
leur pili, au niveau de récepteurs spécifiques des entérocytes ;
2. cette adhésion entraîne la libération de la toxine, qui se fixe sur les récepteurs
gangliosidiques GM1 par l’intermédiaire de la sous-unité B (« binding ») ;
3. la fixation de la sous-unité B permet l’entrée de la sous-unité A (« active »)
dans la cellule ;
4. l’activation de l’adénylate cyclase par la sous-unité A accroît considérablement
la concentration en AMPc dans les entérocytes, ce qui provoque une sortie massive
d’eau et d’électrolytes vers la lumière intestinale.
Les selles des diarrhées entérotoxiques sont dépourvues de sang et de leucocytes : il n’y
a pas de réaction inflammatoire. Les toxines thermolabiles (LT) des Escherichia coli
entérotoxiques (ETEC) présentent des propriétés identiques et agissent selon un
mécanisme comparable, de même que chez Campylobacter jejuni,
Clostridium perfringens, Bacillus cereus et probablement d’autres bactéries chez qui les
mécanismes physiopathologiques ne sont pas clairement identifiés.
Les Escherichia coli 0157 entéro-hémorragiques (EHEC) sont expriment leur pouvoir
pathogène au moyen d’une cytotoxine (vérotoxine). Celle-ci est responsable
de diarrhées hémorragiques qui peuvent secondairement se compliquer, surtout chez
l’enfant, d’un syndrome hémolytique et urémique (SHU).
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Bibliographie :
REMIC (Référentiel en microbiologie médicale) ; Edition 2m2 (www.2m2.fr).
Microbiologie et toxicologie des aliments : Hygiène et sécurité alimentaires ; Guy
Leyral , Elisabeth Vierling ; CRDP Aquitaine.
Les vaccins dans la prévention du péril fécal ; P. Saliou ; http://www.pathexo.fr/documents/articles-bull/1998/1998n5/T91-5-
PF14.pdf

3. INFECTIONS DE LA SPHERE O.R.L ET INFECTIONS OCULAIRES

(oto-rhino-laryngologie = étude de l'oreille du nez et du larynx)

3.1. Signes cliniques

 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
3.2. Prélèvement
Au cours des angines aiguës, la prescription de l'examen cyto-bactériologique d'un prélèvement de gorge
est devenu rare. Le prélèvement doit être réalisé avant toute antibiothérapie locale ou générale. On
procède à l'écouvillonnage des amygdales (ou de l'amygdale atteinte en cas d'amygdalite unilatérale) ou, en
leur absence, de la paroi postérieure du pharynx. On utilise deux écouvillons dont l'un sert à effectuer
extemporanément un étalement sur lame, l'autre étant destiné à la mise en culture.
Pus de paracentèse : le prélèvement est effectué par l'oto-rhino-laryngologiste, après nettoyage du conduit
auditif externe puis incision du tympan, à l'aide d'écouvillons fins (alginate ou dacron) montés sur tige
métallique. Otites chroniques ou externes : le prélèvement est en général effectué à l'aide de deux
écouvillons fins, l'un servant à réaliser extemporanément un étalement sur lame, l'autre étant destiné à la
mise en culture.
Pus de sinus ou de fosses nasales : aspiration de pus de sinus au méat moyen réalisé par l'ORL ou
prélèvement effectué par écouvillonnage.
Les prélèvements oculaires concernent essentiellement les prélèvements conjonctivaux soit pour un
examen préopératoire (le prélèvement doit alors être réalisé immédiatement avant l’intervention
chirurgicale) soit pour diagnostiquer une conjonctivite (le prélèvement sera effectué avant toute toilette
faciale au niveau de l’angle interne de l’œil).
Dans tous les cas, un milieu de transport permettant notamment la survie des bactéries anaérobies est
à prévoir si la mise en culture ne peut être effectuée dans un délai de moins de 2 heures.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Etiologies et mécanismes physiopathologiques
A Angines

B Otites

3.3. Diagnostic
Streptococcus pyogenes (du groupe A) est le principal agent étiologique des angines bactériennes. Malgré
l'existence de trousses de détection rapide, la culture demeure la méthode microbiologique de référence pour
la miseen évidence de cette bactérie. La sensibilité de la culture est en effet de 90-95 % contre 80-90 % dans
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
le meilleur des cas pour les trousses de détection rapide. D'autres streptocoques (groupes C et G) sont
possibles.
L'examen microscopique après coloration de Gram a surtout pour but de signaler la présence ou l'absence
de leucocytes, témoins de l'inflammation, mettre en évidence l'association fusospirochètienne
caractéristique de l'angine de Vincent, éventuellement décrire la flore de façon sommaire.
L’examen direct n’a pas d’intérêt pour les prélèvements avant chirurgie oculaire. Pour les autres prélèvements, deux frottis
peuvent être réalisés : le premier pour la coloration de Gram qui permettra de décrire la flore dominante ; le deuxième pour une
coloration de Giemsa à partir de laquelle l’aspect cytologique sera étudié, en particulier la présence de polynucléaires. D’autres
frottis pourront être réalisés selon le contexte clinique pour mettre en évidence Chlamydia trachomatis par
immunofluorescence, ou à l’état frais, des amibes libres chez les porteurs de lentilles cornéennes.

Il convient ensuite d'ensemencer les milieux de culture appropriés aux objectifs de chaque contexte.
Angine aiguë ou contexte par défaut : gélose au sang avec ou sans mélange inhibiteur (type ANC),
incubée sous 10 % de CO2 ou en anaérobiose. L'anaérobiose est recommandée, notamment pour une
meilleure mise en évidence de l'hémolyse ß.
Pour les autres contextes, les milieux seront appropriés aux micro-organismes recherchés :
- Haemophilus influenzae : gélose au sang cuit ou gélose chocolat enrichie en mélange polyvitaminique incubée en atmosphère
renfermant10 % de CO2 avec ou sans bacitracine, - S. aureus : gélose au sang sans inhibiteur ou gélose ordinaire,
- - Moraxella catarrhalis : bien que se développant sur milieu ordinaire, la détection est plus rapide et plus facile sur gélose
chocolat,
- Neisseria gonorrhoeae : gélose chocolat enrichie en mélange polyvitaminique additionnée d'un mélange inhibiteur (type
VCAT : (Vancomycine, Colimycine, Amphotéricine = antifongique, Triméthoprime) et incubée sous 10 % de CO 2,
- Corynebacterium diphtheriae : milieu de Tinsdale modifié,
- Candiada albicans : milieu Sabouraud + chloramphénicol ou gentamicine incubé à 30°C.

3.4. Traitement et prévention

Un antibiogramme sera réalisé notamment dans le cas d’une infection à Streptococcus pyogenes, il
comportera l'étude minimum de la pénicilline G, de l'érythromycine, et de la lincomycine, et de la
tétracycline. Dans les autres contextes, la réalisation de l'antibiogramme dépend notamment de la quantité
de micro-organismes isolés. Dans le cas où le rôle de H. influenzae et M. catarrhalis n'est pas clairement
établi, il est nécessaire d'effectuer, pour ces deux bactéries, une recherche de ß-lactamase.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
C. Sinusites et rhino-pharyngites

D. Conjonctivites

Bibliographie :
REMIC (Référentiel en microbiologie médicale) ; Edition 2m2 (www.2m2.fr).
O.R.L.: Edition 2002-2003 ; Denis Ayache, Pierre Bonfils ; Estem
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
4. INFECTIONS BRONCHIQUES ET PULMONAIRES
4.1. Signes cliniques

4.2. Prélèvement
De nombreuses espèces bactériennes responsables d’infections pulmonaires peuvent être présentes à l’état
de commensales dans l’oropharynx et la salive. Ce sont notamment de Haemophilus influenzae,
Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, des bactéries anaérobies strictes.
Une attention extrême doit être portée aux conditions de recueil de ces prélèvements. Il faut éviter la
présence de salive qui risque de diluer la flore pathogène et de la contaminer par des bactéries commensales.
Sont considérées comme bactéries salivaires : staphylocoques à coagulase négative, streptocoques autres
que S. pneumoniae, corynébactéries, Neisseria commensales… Pour remédier à cet écueil important,
plusieurs mesures sont préconisées : éliminer les prélèvements dont l’examen microscopique montre
une contamination salivaire évidente ; procéder à une analyse quantitative de la flore bactérienne ;
recueillir les sécrétions pulmonaires des malades ayant une pneumopathie grave au moyen de méthodes
invasives mais plus fiables : brossage bronchique protégé et lavage bronchoalvéolaire. Dans les
pneumopathies graves, l’examen bactériologique des sécrétions pulmonaires est complété utilement par la
pratique d’hémocultures.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Etiologies et mécanismes physiopathologiques
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Le recueil de l’expectoration doit respecter un protocole rigoureux : il doit se faire le matin, au réveil, après
rinçage bucco-dentaire à l’eau distillée stérile et lors d’un effort de toux aidé, si besoin d’une kinésithérapie.
L’examen bactériologique doit être effectué sans délai. Cet examen a une valeur informative à condition
que le recueil de l’expectoration soit de bonne qualité et que celle-ci soit confirmée par l’examen
microscopique . Une signification clinique sera accordée uniquement à l’espèce prédominante si elle atteint
ou dépasse le seuil de 107 bactéries/mL.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
5. INFECTION DES VOIES AERIENNES BASSES PAR LES MYCOBACTERIES
Contextes cliniques :
1) Recherche des mycobactéries devant des signes cliniques évoquant la tuberculose où sont très souvent
impliquées les mycobactéries du complexe tuberculosis : Mycobacterium tuberculosis,
Mycobacterium bovis, Mycobacterium africanum.
2) Recherche des mycobactéries devant des lésions diverses, susceptibles d'être rattachées à une
mycobactériose provoquée par une mycobactéries non tuberculeuses. Selon les organes, on rencontre
avec une plus grande fréquence les mycobactéries suivantes : Mycobacterium avium et intracellulare,
M. kansasii, M. xenopi, M. malmoense…

Démarche d’identification :
1) Mettre en évidence des Bacilles Acido-Alcoolo Résistants (B.A.A.R.) ;
L'examen microscopique est réalisé sur les frottis du produit pathologique ou du culot de centrifugation
obtenu après fluidification-décontamination des produits pathologiques contaminés. Deux colorations sont
utilisées : la coloration de Ziehl-Neelsen et la coloration à l'auramine.
• Dans la technique de Ziehl-Neelsen, la fuchsine colore en rouge les bacilles qui conservent cette coloration après
traitement par l'acide nitrique ou sulfurique dilué et par l'alcool. Le fond de la préparation est ensuite coloré au bleu
de méthylène. Les bacilles Acido-Alcoolo-Résistants (B.A.A.R.) apparaissent rouge sur fond bleu. La lecture se fait
à l'objectif à immersion (x100). Elle est longue car le champ observé est petit.
• L'auramine se fixe sur le bacille et le rend fluorescent, après traitement à l'acide-alcool et contre-coloration du fond
de la préparation. Celle-ci est examinée au microscope en fluorescence (x25). La lame est explorée plus rapidement,
le champ observé étant plus grand qu'à l'immersion. Les B.A.A.R. apparaissent fluorescents, brillants sur fond noir
de la préparation.

2) Observer l'apparition d'une culture : vérifier qu'il s'agit de B.A.A.R. et identifier la mycobactérie.
Le milieu de Löwenstein-Jensen, milieu à l'oeuf, est le milieu de référence recommandé par l'UICTMR
(Union Internationale Contre la Tuberculose et les Maladies Respiratoires).
Après un temps d'incubation variable selon les espèces, les cultures positives sont soumises aux épreuves d'identification. Que
la culture ait été obtenue sur milieu solide ou sur milieu liquide, le premier temps de l'identification consiste à vérifier le caractère
acido-alcoolo-résistant des bactéries par coloration de Ziehl. On note également le délai d'apparition des colonies, on vérifie
l'existence d'un seul type de colonies. L'aspect des colonies est pris en compte : taille, caractère rugueux ou lisse, pigmentées
à l'obscurité ou après exposition à la lumière ou non pigmentées. Tous ces caractères constituent des éléments d'orientation
importants. A l'issue de cette première étape, le diagnostic s'oriente, soit vers une mycobactérie du complexe tuberculosis, soit
vers une mycobactérie non tuberculeuse.
La mise en évidence de mycobactéries par Polymérase Chain Reaction permet de déceler en 24 heures la présence d'une
mycobactérie appartenant au complexe tuberculosis dans un prélèvement, en amplifiant des séquences génomiques spécifiques.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
4.3. Diagnostic
L’examen microscopique permet d’apprécier le degré de contamination par la salive. Il consiste à examiner
soit à l’état frais, soit un frottis coloré, au microscope à grossissement et à dénombrer en faisant une
moyenne sur 10 champs les cellules épithéliales et les leucocytes par champ.
Les expectorations de classe 1 et 2 sont fortement contaminées par la
salive. Elles ne sont pas utilisables pour la culture. Un autre prélèvement
est à demander. Les expectorations de classe 3 et 4 ont un nombre de
leucocytes qui témoigne d’une réaction inflammatoire mais sont
contaminées par la salive. Celles de classe 4 sont acceptables. Les
expectorations de classe 5 sont les plus appropriées pour l'examen
bactériologique.
Après fluidification du prélèvement on ensemence une dilution appropriée permettant un dénombrement
des bactéries au delà de 105 UFC/mL sur gélose chocolat enrichie (incubation sous 5 à 10 % de CO2),
gélose au sang, gélose sélective pour les bacilles Gram –. Habituellement on se limite à l'identification et à
l'antibiogramme d'une ou deux espèces bactériennes en quantité supérieure ou égale à 107 bactéries par
mL.
Pneumopathies à germes opportunistes chez l'immunodéprimé :
La méthode de prélèvement de choix est le lavage broncho-alvéolaire. Les micro-organismes à rechercher
sont : Pneumocystis carinii, Toxoplasma gondii, CMV, M. tuberculosis, Aspergillus, Candida,
Cryptococcus neoformans.
Pneumopathies atypiques :
- Recherche de Chlamydia psittaci et C. pneumoniae préférentiellement à partir de l’écouvillonnage de
l’oropharynx. Recherche de Chlamydia trachomatis dans les aspirations nasopharyngées ou la gorge.
- Recherche de Mycoplasma pneumoniae.
- Recherche de Legionella dans les sécrétions recueillies par brossage endo-bronchique ou lavage
broncho-alvéolaire par culture sur BCYE (Buffered Charcoal Yeast Extract) additionné d'antibiotiques.
L'incubation se poursuit durant 10 jours avec une observation journalière à la loupe binoculaire. La
recherche de Legionella par amplification génique est réalisée dans certains laboratoires
principalement sur les LBA, de même que la recherche précoce d’antigènes urinaires.
Recherche de Bordetella
La majeure partie des cas de coqueluche observés en France le sont chez des enfants de moins de 2 ans ou
chez des adultes anciennement vaccinés qui peuvent faire des formes atypiques de la maladie. Le
prélèvement doit être le plus précoce possible, La culture est délicate, elle s’effectue sur milieu de Bordet
et Gengou. La réaction de polymérisation en chaîne (PCR) est spécifique et sensible, mais elle n’est pas
disponible en routine. La recherche de l’adénylate cyclase sécrétée par B. pertussis est une méthode qui a
une bonne sensibilité, mais une spécificité moyenne.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
6. INFECTION PAR LES MYCOPLASMES
Les mycoplasmes sont dépourvus de paroi : ils ne sont pas colorés par la méthode de Gram et ont des
caractéristiques naturelles expliquant leur résistance intrinsèque à certaines familles d’antibiotiques
(bêtalactamines, rifampicine, polymyxine). Les antibiotiques potentiellement actifs sont les tétracyclines,
les fluoroquinolones, les macrolides et apparentés.

Ces bactéries sont également caractérisées par leur

petite taille < 0.5 µm et leur exigence en stéroïdes.
Elles sont fréquentes dans les
environnements naturels et sont retrouvées
régulièrement comme contaminants de cultures
de cellules animales.
Mycoplasma pneumoniae se fixe sur l’épithélium
respiratoire par l’intermédiaire d’une protéine
d’attachement. L’infection est limitée à la
muqueuse bordant les voies respiratoires : le
mouvement des cils des cellules épithéliales est
inhibé par les bactéries.

Le diagnostic biologique d’une infection à Mycoplasma pneumoniae est plus souvent réalisé par la
sérologie que par la culture ou la PCR. Ces dernières ont cependant l’avantage d’affirmer le caractère
actuel de l’infection. Seule la culture est réalisée couramment pour les mycoplasmes génitaux,
Ureaplasma urealyticum et Mycoplasma hominis.
Les milieux de culture sont complexes, rendus sélectifs par addition d’une bêta-lactamine ou de
polymyxine. Il n’y a pas de milieu standard convenant à toutes les espèces, en raison de leurs exigences
différentes en substrat et pH. La détection de la croissance, en milieux liquides, se fait d’après le virage
d’indicateurs colorés (acidification en 6 à 20 jours pour M. pneumoniae, alcalinisation pour M. hominis et
U. urealyticum en 18 à 48 h).
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
4.4. Traitement et prévention

Bibliographie :
Microbiologie et pathologie infectieuse ; Moselio Schaechter, Gerald Medoff, Barry I. Eisenstein ; De Boeck Université.
REMIC (Référentiel en microbiologie médicale) ; Edition 2m2 (www.2m2.fr).

7. INFECTION PAR LES CHLAMYDIAE

Les Chlamydiae sont responsables de maladies sexuellement transmissibles (cervicites, urétrites) dont les
conséquences peuvent être graves (stérilité, grossesse extra-utérine). Ces bactéries provoquent également
des infections oculaires (pouvant entraîner la cécité) et des pneumonies. Les Chlamydiae sont des bactéries
intracellulaires strictes et ne peuvent pas être cultivés en milieu de culture acellulaire.
Au moins trois espèces sont responsables de maladies chez l’homme :
Chlamydia trachomatis est elle même divisée en trois types pathologiques :
Trachome non génital : sérovars A,B,C
Trachome génital et oculaire : sérovars D à K
Maladie de Nicolas et Favre (lymphogranulomatose vénérienne) :sérovars L1, L2, L3

Chlamydophila pneumoniae, agent de pneumonies sévères chez l'homme ;

Chlamydophila psittaci agent de la psittacose et de l'ornithose (infections respiratoires).
Leur cycle de multiplication comprend deux formes :
• le corps élémentaire, forme de transit d’une cellule à une autre, pénétrant dans les cellules
épithéliales par phagocytose dirigée ;
• le corps réticulé, formé dans un phagosome de la cellule infectée et qui persiste car la bactérie
s'oppose à l'union phagosome-lysosome. Les corps réticulés se multiplient puis se redifférencient
en corps élémentaires avant de quitter la cellule hôte.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE

La mise en culture sur culture cellulaire étant une technique très lourde, le diagnostic direct peut être établi par
immunofluorescence (avec un anticorps monoclonal marqué à la fluorescéine) ou par PCR.
Le diagnostic sérologique est possible mais son intérêt est limité en raison de communautés antigéniques et de la fréquence des
infections, particulièrement respiratoires.
In vivo, peu d'antibiotiques sont actifs sur les Chlamydiae car ils doivent traverser la membrane de la cellule, la membrane de la
vacuole et les membranes de la bactérie. Les molécules les plus actives sont les tétracyclines, les macrolides et apparentés et les
fluoroquinolones. Une résistance naturelle est notée vis-à-vis des aminosides, de la colistine, du métronidazole, des quinolones
de première génération et de la vancomycine.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
8. Infections méningées
8.1. Signes cliniques
Les symptômes, lors des premières phases, sont similaires dans la méningite bactérienne et virale. Le
syndrome méningé (ensemble de symptômes survenant au cours d'une méningite) caractérisant une
méningite à liquide purulent comprend :
• une hyperthermie survenant rapidement,
• des maux de tête,
• des douleurs et une raideur de la colonne vertébrale,
• des photophobies (sensation pénible quand le patient regarde la lumière).

8.2. Prélèvement
La ponction lombaire est réalisée avec une asepsie rigoureuse. La quantité moyenne de LCR suffisante
pour la majorité des examens à réaliser est de 3 ml, recueillie dans 3 tubes stériles numérotés 1, 2, 3 servant
respectivement à l’examen biochimique, microbiologique et cytologique. Le patient est installé assis (ou
parfois allongé sur le côté), le dos le plus rond possible
afin de bien dégager le massif rachidien. Le point de
ponction est repéré par le praticien : il doit se situer
entre la 4e et la 5e , ou entre la 3e et la 4e vertèbre
lombaire (qui correspondent à deux espaces
intervertébraux où on ne risque pas de toucher la moelle
épinière.

L’acheminement du LCR vers le laboratoire doit se

faire sans délai (moins de 30 minutes) en raison de la lyse rapide des polynucléaires (jusqu’à 50 % en 2
heures), et à l’abri du froid en raison de la fragilité de certaines bactéries, notamment les méningocoques.
Un minimum de renseignements cliniques (en particulier l’âge, la présomption diagnostique, les traitements
antibiotiques antérieurement reçus par le malade), doit être transmis au laboratoire.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Etiologies et mécanismes physiopathologiques

Méningite lymphocytaire de l’immunodéprimé (SIDA) : Cryptococcus neoformans (levure capsulée)

 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
5.3. Diagnostic
En raison de l’importance de la précocité du diagnostic et du traitement d’une méningite aiguë, toute
suspicion de méningite doit faire procéder sans délai à l’examen du LCR. L’examen cytochimique du
LCR permet de reconnaître ou de suspecter une étiologie bactérienne justifiant un traitement
antibiotique immédiat.
Les milieux de culture permettant la croissance des bactéries les plus souvent responsables de méningites
sont ensemencés systématiquement d’urgence. Le LCR est classé en fonction de la cytochimie. Cela permet
de reconnaître les catégories suivantes : LCR normal, purulent, lymphocytaire, panaché, hémorragique et
d’orienter vers une étiologie bactérienne ou virale. Les examens macroscopique, cytologique et biochimique
du LCR sont réalisés. Il est à noter que la formule leucocytaire est irréalisable en dessous de 10 éléments
cellulaires par mm3 et difficilement réalisable en dessous de 20.

L’orientation étiologique rapide est en fonction de la morphologie des microorganismes mis en évidence
par l’examen microscopique après coloration de Gram. L’examen direct permet de préciser la présence ou
l’absence de bactéries, leur aspect (cocci ou bacilles, Gram positif ou négatif), la présence éventuelle d’une
capsule*, la situation intra ou extra leucocytaire. La détection d’antigènes solubles par technique
d’agglutination de particules de latex sensibilisées est généralement utilisée. Les antigènes recherchés
sont choisis en fonction de l’orientation diagnostique.
* L’examen à l’état frais en présence d’encre de chine permet de mettre en évidence de micro-organismes capsulés
(Streptococcus pneumoniae, Cryptococcus neoformans).
BACTERIOLOGIE CLINIQUE
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Dans tous les cas sont ensemencés des milieux permettant la croissance des bactéries exigeantes
responsables de méningites purulentes :
• gélose au sang cuit, supplémentée en facteurs de croissance, incubée à 37°C sous une atmosphère de 5 à
10 % de CO2 ;
• gélose au sang, incubée à 37°C sous une atmosphère de 5 à 10 % de CO2 ;
• un milieu pour anaérobies incubé à 37°C en anaérobiose ;
• un bouillon à l’extrait globulaire (facultatif) permet de diluer les antibiotiques éventuellement présents
dans le LCR.
Ces milieux sont observés après 18 h et 48 h d’incubation à 37°C et conservés 5 jours.
Selon les circonstances des milieux additionnels sont ensemencés :
• Méningite lymphocytaire chez un immunodéprimé (SIDA) : gélose de Sabouraud sans actidione ; •
Méningite lymphocytaire, hypoglycorachie, et suspicion de tuberculose : milieu de Löwenstein-Jensen (3
tubes ensemencés richement si possible) ou autre milieu spécifique.
8.4. Traitement et prévention
L’examen des colonies, le Gram, l’oxydase et la catalase permettent de préciser l’orientation diagnostique
qui détermine le choix de la galerie d’identification à ensemencer, les choix des techniques d’étude de la
sensibilité aux antibiotiques et les méthodes de typage à mettre en œuvre :
• H. influenzae : rechercher une bêtalactamase ;
• N. meningitidis : rechercher une bêtalactamase (exceptionnelle) et une sensibilité diminuée à la
pénicilline G par mesure du diamètre d’inhibition obtenu avec un disque d’oxacilline et
détermination de la CMI ;
• S. pneumoniae : Détecter la résistance aux bêtalactamines à l’aide d’un disque d’oxacilline et
détermination de la CMI de la pénicilline G, de l’amoxicilline et du céfotaxime ou ceftriaxone.

Bibliographie :
Microbiologie et pathologie infectieuse ; Moselio Schaechter, Gerald Medoff, Barry I. Eisenstein ; De Boeck Université.
REMIC (Référentiel en microbiologie médicale) ; Edition 2m2 (www.2m2.fr) .
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
9. Infections cutanées et suppurations
9.1. Signes cliniques
Les prélèvements parmi les plus examinés en bactériologie sont les produits de suppurations d’origines
diverses. On distingue habituellement les suppurations primitives (anthrax, furoncle) et les suppurations
secondaires dues à manœuvres chirurgicales (surinfections à bactéries opportunistes), à des traumatismes...
9.2. Prélèvement

6.3. Diagnostic
Examen direct : une coloration de Gram est indispensable. Il faut indiquer le nombre relatif de leucocytes
et la présence de cellules épithéliales (indiquant une contamination de surface), ainsi que l’abondance
relative des différents types de bactéries.
Cultures : au minimum pour les prélèvements superficiels, on ensemence une gélose au sang, un milieu
sélectif pour les bacilles à Gram négatif. Si l’échantillon est sous forme d’écouvillon, on le décharge dans
0,5 ml de bouillon et on isole. Pour les morsures, il est nécessaire d’incuber une gélose au sang sous CO2
(10%) durant 4 à 5 jours et une gélose au sang en anaérobiose.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Etiologies et mécanismes physiopathologiques

Bibliographie :
REMIC (Référentiel en microbiologie médicale) ; Edition 2m2 (www.2m2.fr) .
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
10. Septicémies
10.1. Signes cliniques
Le sang est normalement stérile. Un état
septicémique se caractérise par un passage répété de
microorganismes dans le sang. Toute fièvre d'origine
indéterminée, surtout si elle est accompagnée de
signes cliniques évocateurs d'infection, doit donner
lieu à la pratique d'hémocultures.
Prédiction de la bactériémie d’après Bates ►

10.2. Prélèvement
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
10.3. Diagnostic
Il est classique pour une même hémoculture d'ensemencer un jeu de deux flacons, l'un incubé en
aérobiose, l'autre en anaérobiose. Le sang des malades contient de nombreuses substances à activité
antibactérienne : complément, lysozyme, cellules phagocytaires et des antibiotiques dans environ un tiers
des cas. La dilution du sang dans le bouillon atténue l'effet de ces substances. La dilution au 1/10 est celle
qui donne le meilleur résultat.
10.4 Etiologies et mécanismes physiopathologiques
Les données épidémiologiques montrent que Staphylococcus aureus et Escherichia coli sont les deux
espèces les plus souvent isolées en situation de pathogénicité. La fréquence d'isolement des Staphylocoques
à coagulase négative (SCN) s'est accrue considérablement au cours des deux dernières décennies, mais
seulement 10 à 20 % de ces isolats ont une signification clinique. La majorité des
SCN isolés par hémoculture sont des contaminants, ce qui pose parfois des problèmes difficiles
d'interprétation.
D'autres micro-organismes ont vu leur fréquence d'isolement par hémocultures s'accroître : Enterococcus,
Levures, Mycobactéries. En revanche, la fréquence d'isolement des bactéries anaérobies reste faible
notamment chez les enfants.
Pour attribuer une signification clinique à une hémoculture il est dangereux de se baser sur le fait que
les deux flacons (aérobie et anaérobie) ou seulement l'un des flacons est positif. En pratique, la
signification clinique d'un microorganisme isolé par hémoculture est d'autant plus probable qu'il sera
retrouvé dans des prélèvements successifs.
La variété des micro-organismes pouvant être trouvés dans le sang s'est accrue à mesure que la proportion
de malades immunodéprimés augmentait. Les espèces en cause sont nombreuses et ont des exigences
nutritives variées qui font que le milieu de culture universel n'existe pas.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE

Le polyanéthol sulfonate de sodium (SPS) est l'anticoagulant très généralement utilisé dans les bouillons
pour hémoculture à une concentration de 0,025 à 0,05 %. Le SPS favorise la croissance de la plupart des
bactéries car il inhibe l'activité bactéricide du sérum, il inhibe la phagocytose, il inactive le complément,
neutralise le lysozyme et les antibiotiques de la famille des aminosides. Néanmoins, le SPS peut avoir un
effet inhibiteur sur certaines souches de Neisseria. Une mesure utile est de réaliser les prélèvements pour
hémocultures à distance de l'administration des antibiotiques.
Une incubation à l'étuve à 35°C pendant 7 jours est suffisante en routine. Avec les automates une durée
de 5 jours a été validée. Au delà de ce délai les bactéries détectées sont généralement des contaminants qui
étaient présents en faible quantité dans le prélèvement. Un temps d'incubation plus long peut toutefois être
nécessaire pour des micro-organismes particuliers (champignons, Haemophilus,
Legionella…)
Chaque jour ou mieux deux fois par jour, les flacons sont inspectés en vue de rechercher des signes
témoignant d'une croissance visible. Il est à signaler que certaines bactéries comme les Neisseria, les
Haemophilus et les Campylobacter troublent peu ou pas le bouillon de culture et que l'usage d'un flacon
diphasique s'avère utile pour ces espèces. Les systèmes diphasiques permettent la croissance précoce de
colonies sur le milieu gélosé. Ceci est intéressant pour les espèces bactériennes à croissance délicate.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
10.4. Investigations spécifiques
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
Automates :

Au cours des endocardites infectieuses, si les hémocultures sont négatives après 3 jours d’incubation,
il est recommandé de faire les examens sérologiques suivants :
- Chlamydia psittaci, C. pneumoniae, C. trachomatis ;
- Brucella ;
- Legionella ;
- Mycoplasma pneumoniae ;
- Candida (voire selon le contexte Aspergillus, Histoplasma).
Pour la détection des anticorps vis à vis de Candida ou Aspergillus il est recommandé d'utiliser deux techniques utilisant des
principes différents : une technique de précipitation (électrosynérèse, immuno-électrophorèse) et une technique de type IF ou
ELISA. Par ailleurs, la détection d'antigène circulant par méthode immunologique est réalisée par certains laboratoires.

Bibliographie :
Microbiologie et pathologie infectieuse ; Moselio Schaechter, Gerald Medoff, Barry I. Eisenstein ; De Boeck Université.
REMIC (Référentiel en microbiologie médicale) ; Edition 2m2 (www.2m2.fr) .
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
11. Infections génitales
11.1. Signes cliniques
L’étude des prélèvements de sécrétions et exsudats génitaux ou ano-génitaux est réalisée au laboratoire de
bactériologie pour la détection des micro-organismes responsables :
- chez la femme : des cervicites, vulvo-vaginites, urétrites, salpingites, endométrites, anites, des ulcères
ano-génitaux, des infections des glandes de Bartholin ou, en fin de grossesse, d’un portage d’une bactérie
potentiellement pathogène pour la mère et l’enfant avant ou au moment de l’accouchement ; - chez
l’homme : des urétrites, épididymites, prostatites, anites, ou des ulcères ano-génitaux.
- Dans les deux sexes, lors de l’exploration d’une hypofertilité.
Un grand nombre de ces infections sont des maladies sexuellement transmissibles, et nécessitent donc
l’examen du ou des partenaires sexuels.
11.2. Prélèvement
Les prélèvements effectués au laboratoire, par le biologiste, permettent de noter l’aspect des lésions et de la
leucorrhée (en particulier l’aspect et l’odeur évocateurs d’une vaginose ou d’une candidose).
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
11.3 Etiologies et mécanismes physiopathologiques
Les infections sexuellement transmissibles (IST) se transmettent la plupart du temps lors d'un rapport
sexuel. Il existe plus de trente bactéries, virus et parasites sexuellement transmissibles. Plusieurs, dont
le VIH et la syphilis, se transmettent aussi de la mère à l'enfant pendant la grossesse et à l'accouchement, et
par les transfusions sanguines et les greffes.
Infections bactériennes courantes :
• Neisseria gonorrhoeae (responsable de la gonorrhée ou de l'infection à gonocoque) ;
• Gardnerella vaginalis (responsable de la vaginose) ;
• Chlamydia trachomatis ;
• Treponema pallidum (responsable de la syphilis) ;
• Haemophilus ducreyi (responsable du chancre mou).
Infections virales courantes :
• Virus de l'immunodéficience humaine (responsable du sida) ;
• Virus Herpes simplex type 2 (responsable de l'herpès génital) ;
• Papillomavirus humain (responsable de condylomes et du cancer du col de l'utérus) ;
• Virus de l'hépatite B (responsable de l'hépatite et de cancers hépatiques) ;
• Cytomégalovirus (responsable d'inflammations de divers organes).
Autres :
• Trichomonas vaginalis (protozoaire responsable de la trichomonase vaginale);
• Candida albicans (levure responsable de la vulvo-vaginite chez la femme, de la balanite chez
l'homme).
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
11.3. Diagnostic
L’examen cytobactériologique direct des prélèvements est fonction du contexte clinique.

La culture est impossible pour Treponema pallidum, très difficile pour Haemophilus ducreyi (sur gélose au
sang cuit ou frais enrichie). Les prélèvements seront ensemencés au minimum sur :
- gélose au sang cuit avec et sans mélange inhibiteur (type VCN ou VCAT) pour la recherche de
Neisseria gonorrhoeae incubée en atmosphère à 10 % de CO2 ;
- gélose au sang (base Columbia) ± ANC pour la recherche de diverses bactéries à Gram positif, dont
Streptococcus agalactiae, Staphylococcus aureus ;
- une gélose lactosée est utile pour la recherche de divers bacilles à Gram négatif, en particulier les
entérobactéries qui ne seront prises en considération, dans les urétrites et vaginites, que si elles sont
abondantes, en l’absence d’autres germes.
L’isolement de Gardnerella vaginalis sur gélose au sang humain n’a de signification qu’accompagné d’une appréciation
semiquantitative. Gardnerella n’est pas le seul germe impliqué dans les vaginoses (association avec des bactéries anaérobies,
Mobiluncus spp).
Sur prescription explicite, d’autres cultures sont mises en oeuvre : cultures cellulaires pour l’isolement de Chlamydia trachomatis
(ou détection par amplification génique) ; milieux artificiels enrichis en sérum de veau et en extrait de levure pour l’isolement et
la numération de Mycoplasma hominis et de Ureaplasma urealyticum.
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE

11.4. Traitement
L’antibiogramme sera systématiquement réalisé dans les infections endocervicales du haut appareil génital
sur les germes pathogènes isolés, sur les souches de gonocoque avec recherche de bêtalactamases, et
dans le cas du portage des streptocoques du groupe B au cours du troisième trimestre de la grossesse.

LES SPIROCHETES

Les spirochètes sont des bactéries Gram négatives en forme d’hélice parfois peu visibles au microscope.
Leur type de mobilité est différent des autres bactéries : elles sont dépourvues de flagelles externes rotatifs
mais elles possèdent un filament axial à l’intérieur d’une membrane externe souple. Le filament axial est
constitué de flagelles périplasmiques responsables de la mobilité.
Les spirochètes sont extrêmement
variés du point de vue métabolique
comme du point de vue écologique
: on les retrouve dans les eaux
douces et marines, dans les sols,
dans l’appareil digestif des
animaux…
Les genres Treponema, Borrelia
et Leptospira sont des genres
pathogènes importants. Certains
spirochètes deviennent pathogènes
en association avec des bactéries
anaérobies (avec Fusobacterium
au cours de l’angine de Vincent).
Treponema pallidum : agent de la syphilis

T. pallidum est si fin qu’il est difficilement observable en microscopie photonique, et il est incapable de
cultiver sur des milieux artificiels. Il est très sensible aux désinfectants et à la chaleur. Les deux principales
voies de transmission sont les rapports sexuels et la voie transplacentaire. Les germes pénètrent à travers les
muqueuses ou au niveau de petites lésion de la peau. La multiplication des germes est locale et
extracellulaire, mais certains d’entre eux peuvent être transportés dans les vaisseaux lymphatiques puis la
circulation sanguine. La syphilis primaire au cours de laquelle apparaît le chancre syphilitique est
indolore, alors que la syphilis secondaire, résultat de la diffusion systémique du germe, engendre des
symptômes variables en fonction de la localisation des foyers infectieux secondaires. La syphilis tertiaire
 BACTERIOLOGIE CLINIQUE
peut se développer plusieurs années après l’infection primaire, les tréponèmes restant latents sans provoquer
de signes cliniques.
Borrelia burgdorferi : agent de la maladie de Lyme
Borrelia burgdorferi est de culture difficile (dans un milieu liquide complexe incubé à 33°C). La borreliose
de Lyme est une maladie transmise par les tiques. La maladie commence par une infection localisée : une
lésion locale apparaît puis a tendance à s’étendre (erythema migrans) autour du site de la morsure de
l’animal. Les germes peuvent migrer et coloniser secondairement d’autres sites de la peau, mais aussi le
système nerveux, les articulations, le cœur…
Leptospira interrogans : agents des leptospiroses
Le réservoir des leptospires est essentiellement animal et leur dissémination se fait surtout par les urines
contaminées. Les signes cliniques des leptospiroses sont variables : du syndrome grippal jusqu’à des
atteintes graves de certains organes (rein, système respiratoire, système nerveux…).