ELEMENT DE Biophysique
ELEMENT DE Biophysique
I.S.T.M/KASONGO
BP.108/KASONGO
Cours Biophysique
Table de matiere
Introduction générale
1. Définitions de la Biophysique
Chapitre 1 : Les solutions bioélectrolytiques
1. Définitions et propriétés des solutions électrolytiques
2. Grandeurs physiques : Mobilité ionique, conductivité, viscosité, osmolarité, solubilité,
résistivité
3. Applications biologiques
Chapitre 2 : Etude des interfaces solides-liquides
1. Définition de l'interface
2. Echange ioniques interface solide-liquide
3. Phénomènes de tension superficielle et d’écoulement des fluides
4. Application en biologie : la respiration chez les êtres vivants
Chapitre 3 : Etude des interfaces liquides-gaz
1. Mise en évidence de l’interface liquide-gaz
2. Dissolution des gaz, loi de Poiseuille, loi de Fick et applications biologiques
Chapitre 4 : Forces appliquées dans les interactions des molécules biologiques
1. Forces attractives, force répulsives
2. Notion d’affinité, d’avidité et applications biologiques
3
Introduction générale
1. Définitions de la Biophysique
La biophysique est l’étude des phénomènes physique des constituants des êtres vivants
et de l’action des agents externes physiques sur ces êtres vivants :
Etude de l’action des agents physiques: vibrations, rayonnements, électricité, sons…
Etude des méthodes et techniques physiques de diagnostic et de thérapie
Etude des phénomènes physiques dans l’organisme : biophysique des échanges et des
écoulements des fluides, les transferts transmembranaires, biophysique de la
circulation sanguine, de la respiration, l’équilibre acido-basique.
La biophysique a pour but l'étude des structures dont l'ensemble hiérarchisé constitue la
matière vivante ainsi que les phénomènes et mécanismes physiques par lesquels ces structures
manifestent leur fonctionnalité.
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On distingue ainsi:
Conductivité molaire
Constatant, tout au moins pour des concentrations peu élevées, on peut définir une
conductivité s'affranchissant de la concentration en divisant par la concentration molaire.
-1 2 -1
On définit ainsi la conductivité molaire Λm par: Λm= χ/C.1000 où Λm en Ω cm mol et
C est la concentration en mol/L. (On multiplie par 1000, car χ concerne la conductivité d'un
mL de solution).
Conductivité équivalente
Pour s'affranchir de la charge des ions, on définira la conductivité équivalente par :
Λ = (χ/C.z).1000 où z: charge commune.
2.3. Viscosité
a. Définitions
L'eau, l'huile, le miel coulent différemment : l'eau coule vite, mais avec des tourbillons ; le
miel coule lentement, mais de façon bien régulière. En effet, la viscosité peut être définie
comme la résistance à l'écoulement uniforme et sans turbulence se produisant dans la masse
d'une matière.
La viscosité se manifeste chaque fois que les couches voisines d’un même fluide sont en
mouvement relatif, c’est à dire lorsqu’il s’établit un gradient de vitesse.
La viscosité est la grande facilité avec laquelle les différentes couches d’un fluide se
déplacent les unes par rapport aux autres.
Elle est l’expression des forces mécaniques de frottement à l'intérieur du fluide et des
forces de liaisons intermoléculaires qu'il faut rompre pour mobiliser les unes par rapport aux
autres les molécules d'un fluide en écoulement.
La fluidité est l’inverse de la viscosité
b. Le coefficient de viscosité
b1. Principe
La définition du coefficient de viscosité découle de la formule de Newton, fondée sur
le modèle de plusieurs plans superposés de surface S, distants d’un espace dy et dont le plan
supérieur est animé d’une vitesse v.
Les plans successifs étant retenus entre eux par les forces de frottement, il s’établit
entre eux une force de cisaillement F responsables de la diminution de la vitesse de
déplacement des plans successifs d’une valeur dv.
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* Ecoulement turbulent : les vecteurs vitesse peuvent prendre toutes les directions, ce qui se
traduit par l'apparition de tourbillons, mais la résultante de ces vitesses reste malgré tout
dirigée dans le sens global de l'écoulement.
La valeur seuil de 2400 permet de définir une vitesse dite "vitesse critique" en dessous de
laquelle le régime est probablement laminaire et au-dessus de laquelle il aura tendance à
devenir instable, avec donc une possibilité de devenir turbulent :
d. Loi de Poiseuille
Le régime laminaire, dans le cas d'un liquide newtonien, suit une loi qui précise que:
la vitesse maximale se situe dans l'axe du tuyau
la vitesse décroît lorsqu'on s'approche des parois du tuyau
le profil des vitesses (l'extrémité des vecteurs vitesse) est parabolique.
Si l'on considère alors deux points A et B sur ce conduit séparés par une distance l, il
existe, du fait des frottements, une "perte de charge" (pression + énergie potentielle liée à
l'altitude + énergie cinétique) qui est donnée par la loi de Poiseuille :
Cette même loi permet également de trouver le débit d'écoulement par intégration des
différentes vitesses sur le profil parabolique de section du tuyau:
P osm
H2O
b. coefficient osmotique
on peut calculer l'osmolarité à l'aide de la formule suivante: osmolarité = (n/V).i.n: nombre
de moles de soluté; V: volume; n/V = molarité de la solution; i : nombre de particules formées
par dissociation du soluté; (phi) : coefficient osmotique ou le facteur de correction: 1
(= 1 100% de dissociation)
exemples : MgCl2 : = 0,89 i = 3, NaCl : = 0,93 i = 2
c. Loi de van’t Hoff
Définition
La pression osmotique d’une solution est donnée par la loi de van’t Hoff, dérivée de la
loi sur les gaz parfaits.
p = R.T.(n/V).i.
R : constante des gaz parfaits
T : température
n: nombre de moles de soluté
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V: volume (!!! l’unité internationale de volume est le m , et non le litre)
i : nombre de particules formées par dissociation du soluté
(phi) : coefficient osmotique = facteur de correction
Unité
Calcul de la pression osmotique en unités internationale : Pascal (Pa)
p = R.T.(n/V).i.
1 atm = 101,3 kPa
R = 8,314 (UI)
T : en Kelvin (0 K = -273,15°C ; 1 K = 1°C)
n : sans unité; i : sans unité F : sans unité; V : en m3.
Osmolarité d’un soluté
osmolarité = molarité x(i.)
Osmolarité d’un mélange de solutés
Osmolarité totale = S osmolarité de chaque soluté
Dans le cas d’une solution contenant des solutés perméants et non perméants, la
pression osmotique à l’équilibre est due aux solutés imperméants.
Osmolarité efficace : osmolarité des solutés non perméants.
2.5. Solubilité
a. Notion de solubilité-saturation:
Un morceau de sucre placé dans de l’eau disparaît dans celle-ci, on dit alors qu’il se
dissout; le sucre est donc soluble.
Toutefois si on met une grande quantité de sucre dans un petit volume d’eau, la totalité
du sucre ne se dissout pas: la solution de sucre est dite alors saturée.
b. Définition de la solubilité:
........La solubilité S d’un cristal ionique (un sel peu soluble) dans l’eau est le nombre de moles
du composé ionique capable de se dissoudre dans un litre de solution exprimé en mol L-1.
c. Principe
Pour qu’un solide soit soluble dans un solvant, il faut qu’il existe entre les particules
du solide et celles du solvant des forces d’attraction. L’eau est une molécule polaire, elle
exerce des forces d’attraction importantes sur les particules du solide, c’est pourquoi elle est
un bon solvant.
La molécule d’eau étant un dipôle permanant, l’association de ces dipôles entités
électrique entraine le phénomène d’hydratation, qui conduit à la formation de solution.
Trois types de forces sont à considérer:
Forces entre les molécules d’eau elles-mêmes: eau-eau
Forces entre les molécules d’eau et le soluté: eau-soluté
Forces entre les molécules de soluté elles-mêmes: soluté - soluté
La solubilité d’un corps quelconque dépond de l’abondance relative des propriétés
hydrophiles et hydrophobes qui y sont présentes. Plus de caractères aliphatique du corps
augmente, plus ses fonctions/propriétés hydrophobes vont croitre, alors sa solubilité dans
l’eau sera réduite en conséquence.
On parle de caractères lyophiles et/ou lyophobes, si le solvant en question est autre
que l’eau. En d’autres termes, de l’ordre de grandeur des forces précitées, dépondra la
solubilité ou non de ce corps dans l’eau.
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Ainsi les ions de chaque opposée sont séparés par les dipôles; ces derniers agissent par
le pole opposé à la charge à séparer. Les entités ioniques ainsi dissoutes (cations et anions)
sont transportée aux pôles opposé d’un courant électrique continu (conductivité électrique).
Plus le diamètre de ces particules chargées est petit, plus le nombre de dipôles qui les
entourent, augmente.
Par conséquent avec un ion plus petit, la gaine d’hydratation est plus importante et la
mobilité électrique se trouve ralentie, réduite: le potentiel d’électrode devient plus faible
(définition de la série électrochimique des ions).
d. Solubilité des corps polaires
Dans ce cas bien précis, se sont les interfaces O-H qui permettent la solubilisation des
composés comportant des groupements polaires, tels que: NH, COOH, OH, etc… la
formation de ponts hydrogène entre les atomes de H et/ou O de la molécule d’eau et les
atomes électronégatifs des corps polaires en question, comme N, F, O.
Tous les composés polaires, donc hydrophiles sont solubles dans l’eau grâce à
l’échanges de charges électriques partielles présentent au niveau des ponts hydrogènes.
e. Solubilité des corps apolaires
Par définition, les corps apolaires sont hydrophobes, donc insoluble dans l’eau. Les
corps gras de la matière vivante s’organisent (se structurent spatialement) pour co-exister avec
l’eau, donc d’être présent dans les milieux aqueux de la cellule vivante.
Les formations micellaires, les monolayers, les bilayers sont autant de « phénomènes »
structuraux qui expliquent l’interaction entre eau-corps polaire . Ce sont les interactions dites
hydrophobiques, les forces de Van der Waals.
La solubilisation dans l’eau, d’un corps apolaire peut être augmenter par l’atténuation
du caractère aliphatique ou hydrophobe du composé en question (formation micellaire des
acides biliaires, ajout de réaction hydrophile, processus de glucoronisation, etc…)
Pour établir le pont hydrogène, les radicaux suivants facilitent la formation:
carbonyl –COOH (acide gras)
hydroxyl –OH (sucres)
peptidyle -CO-NH (protéines)
amine -NH (acide nucléiques)
D’où l’importance structurale de la molécule d’eau dans le maintien et la stabilité des
conformations natives des biomolécules, ce qui garantit leurs propriétés biologiques et
fonctionnelles.
2.6. Résistivité
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a. Définition
Lorsqu’un objet solide se déplace dans un fluide, il subit de la part de ce dernier une
force de frottement qui s’oppose à son mouvement. Cette force dépond de la vitesse relative
du corps et du fluide, et est due à la viscosité du fluide.
Pour caractériser le mouvement, il est utile de définir un autre nombre de Reynolds.
• Albumine
• Globulines(alpha1, alpha2, Béta1, Béta2)
• Fibrinogène
La viscosité du plasma augmente en cas d’inflammation où il y’a surproduction des
macromolécules linéaires : fibrinogène, alpha 2 globulines, ou en cas d’injection de
macromolécules linéaires : les Dextranes
b. Régime d'écoulement dans les vaisseaux en cas de sténose
Si le rétrécissement de l'artère est provoqué, la vitesse localisés augmente puisque le
débit est constant. en effet, une turbulence naitra au niveau de la sténose. On note ainsi, une
turbulence qui est accompagnée d'un souffle systolique plus au moins frémissement palpable
(vibration de l'artère).
Lorsqu’on parle de sténose carotidienne, on s’intéresse à la carotide interne, celle qui
irrigue le cerveau. Lorsque celle-ci commence à se boucher, il y a un risque que le cerveau ne
reçoive plus suffisamment de sang, c’est ce qu’on appelle un accident vasculaire cérébral.
c. Régime d'écoulement dans les vaisseaux en cas d'anémie
La viscosité du sang diminue vc= 2400/d
Le cœur augmente son débit pour continuer à oxygéné les tissus
Conditions favorables d'apparition d'une turbulence et donc un souffle systolique
(auscultation aire cardiaque d'un sujet anémique).
d. Régime d'écoulement dans les vaisseaux au repos
-1
Vitesse moyenne dans l'aorte (Vmoy: 25-30 cm.s
Vitesse critique (Vc): 48 cm.s-1
-3 -3
(d=2 cm, =1 g.cm et ƞ = 4.10 Pa.s)
Vc>Vmoy flux laminaire
Pour des vaisseaux plus petits (vitesse est plus faible) on a aussi un flux laminaire
donc l'auscultation est silencieuse.
e. Régime d'écoulement dans les vaisseaux à l'exercice intensif
Débit cardiaque augmente
La vitesse du sang augmente
Pas rare d'entendre des souffles systoliques nullement pathologiques chez les sujets
normaux
f. Conduction du courant électrique dans les milieux biologiques
A priori, les liquides biologiques et les tissus vivants, par la quantité d'eau qu'ils
renferment, et tous les ions qui sont présents dans la solution, se comportent comme des
solutions aqueuses ioniques. C'est le déplacement des ions qui assure le passage du courant
électrique.
La mesure de la conductivité des liquides biologiques ne présente pas de difficulté
majeure, si ce n'est qu'il faudra tenir compte de la présence des protéines qui vont gêner les
déplacements ioniques.
Par contre, les tissus vivants comportent des membranes qui vont gêner, voire même
empêcher, la migration des ions, ce qui conduira a une conduction différente selon que l'on
utilise un courant continu ou un courant alternatif.
Un condensateur parfait ne laisse absolument pas passer le courant ionique.
Evidemment on n'est jamais en présence d'un condensateur parfait dans l'organisme. Mais il
n'empêche que les différentes membranes vont opposer une grande résistance au passage d'un
courant continu. Le résultat de l'expérience nous donnera donc une resistance apparente.
Par contre si on utilise un courant alternatif de très haute fréquence (de 1000 a
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a2. 0 < α < π / 2: Cas de mouillement partiel (de l’eau avec du verre en présence d’impuretés)
a3. π / 2 < α < π: Cas de non-mouillement partiel (du mercure avec du verre en présence
d’impuretés)
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a4. α = π : cas de non-mouillement parfait (cas du mercure pure avec du verre propre)
Les cas (a1) et (a4) sont des cas limites, en pratique, l’angle de contact correspond soit
au cas (a2) ou au cas (a3).
b. Agents mouillants
Ce sont des substances qui mises en solution dans un liquide favorisent le mouillement
des solides pour ce liquide et agissent en formant une couche d’adsorption sur le solide.
Les propriétés mouillantes des sels biliaires étaient mises à profit dans la réaction de
HAY destinée à détecter la présence de ces sels dans l’urine. Si on parsème la fleur du soufre
sur la surface d’une urine ne contenant pas le sel biliaire, le soufre reste en surface, dans le cas
contraire, la fleur de soufre tombe au fond.
c. Flottation
Une particule même plus dense que l’eau peut être maintenue en surface à condition
de ne pas être mouillée. C’est le phénomène de flottation.
En bactériologie, l’étude des propriétés de flottation des bactéries permet d’avoir des
renseignements sur les surfaces de celles-ci. Dans le groupe de Salmonella par exemple, les
formes S (Smooth) ne sont pas flottables alors que les formes R (Rough) le sont.
La recherche des Bacilles de Koch dans l’urine où ils sont peu nombreux est possible
grâce à leur propriétés non mouillables et donc facilement concentrées dans une mousse.
d. Relation de Young
Au voisinage des trois milieux (Liquide gaz solide), l’équilibre s’établis lorsque la
résultante des forces agissantes sur l’élément (dL) au contact des trois milieux est nulle.
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e. Adsorption
Lorsqu’on est en présence d’un flux gazeux à travers des particules solides,
l’adsorption est dite gazeuse. Lorsqu’on est en présence d’un mélange liquide (solution),
l’adsorption peut concerner certaines molécules et non pas d’autres, l’adsorption est dite
sélective. Parmi les solides adsorbants on peut citer le charbon de bois, la silice, l’alumine...
etc.
L’adsorption peut-être complète et peut aboutir au dégazage complet comme à la
disparition totale d’un corps dissous dans une solution.
Adsorption physique: Cette adsorption est liée aux forces de Van der Waals et
correspond en générale à une faible énergie.
Adsorption chimique: Cette adsorption est liée aux forces des liaisons chimiques
(atomiques ou ioniques) leur énergie est donc plus importante.
f. Phénomène capillaire et loi de Jurin
L’apparition de l’angle limite aboutit à la formation d’une courbure de la surface du
liquide au voisinage du plan du solide. Dans le cas des tubes capillaires cette courbure
englobe toute la surface du liquide.
Lorsque le liquide est du type mouillant, la forme de la courbure est concave et lorsque
le liquide est du type non mouillant la forme de la courbure est convexe.
Dans le cas du mercure (non-mouillement): π / 2 < α < π ⇒ Cosα < 0 ⇒ h < 0 ⇒ descente.
g. Theorie de la double couche électrochimique
Il est très rare que la distribution des charges électriques dans une solution soit
uniforme entre deux phases séparées par un isolant.
Chaque surface d’un solide (conducteur ou isolant) en contact avec de l’eau ou une
autre solution ionique induit la formation des charges électriques portées par les molécules de
la solution dont la distribution est graduelle de la surface en profondeur.
Une différence de potentiel apparaît alors entre la surface (interface solide-liquide) et
la profondeur du liquide.
Cette charge superficielle est liée à la nature même de la matière et forme une densité ionique
3+
ou électronique majoritaire en surface (positive ou négative): hydroxyde de Fer [Fe ] forme
des charges positives et les protéines par exemple forment des charges négatives.
L’effet de l’adsorption peut aussi induire la formation de cette charge et cela aura pour
conséquence la formation d’une double couche électrochimique.
A proximité d’une surface solide, le liquide porte une charge électrique majoritaire en
face de laquelle une charge opposée prend naissance pour sa neutralité électrique. La surface
du liquide au contact avec le solide se trouve alors dans un niveau de potentiel électrique (V)
décroissant en profondeur à quelques centaines d’ A°.
solide
Le potentiel électrique
Ces charges contenues dans un volume (v) de surface (S) et d’épaisseur (x) en forme
de parallèle pipète rectangle.
3. Tension superficielle et d’écoulement des fluides
3.1. Introduction
Bien que l’acier ait une masse volumique plus de sept fois supérieure à celle de l’eau,
on peut poser à la surface de l’eau une aiguille à coudre ou une lame de rasoir sans qu’elle ne
coule au fond du récipient.
Certains insectes tels que les gerris se déplacent à grande vitesse (1 m/s) à la surface
de l’eau comme s’ils glissaient sur un film souple.
Ces phénomènes donnent l’impression que la surface des liquides se comporte comme
une membrane élastique tendue.
Le phénomène de tension superficielle fait apparaitre une grandeur intensive propre
aux liquides, qui revêt une grande importance dans des cas bien définis.
Cette grandeur intervient principalement dans les phénomènes de capillarité et dans la
formation des gouttes, des gouttelettes et des bulles, ainsi que dans les propriétés de mouillabilité
des surfaces par les liquides.
3.2. Définitions
Toute augmentation de surface dS nécessite une consommation d’énergie dW. Le
coefficient de proportionnalité s’appelle « tension superficielle»: dW=σdS.
Donc, de point de vu dimensionnel la tension superficielle représente une énergie par
unité de surface en S.I. elle s’exprime en J.m-².
Une autre définition de la tension superficielle consiste à représenté σ comme force
superficielle à la surface. Supposant une surface de liquide de longueur l l’énergie
correspondante à une augmentation de surface dS=ldx est : dW= σ.l.dx= Fdx.
La tension superficielle σ=F/l apparaît comme une force par unité de longueur, elle
s’exprime en N.m-1 en S.I.
La tension superficielle est une propriété des liquides qui permet de maintenir en équilibre
leur surface libre.
Au sein d’un liquide au repos, chaque molécule est soumise à l’attraction des proches
voisines. La résultante de ces forces, dirigées dans toutes les directions, est nulle en moyenne
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A la surface de séparation entre le liquide et le gaz qui le surmonte, les forces de cohésion
ne présentent plus cette symétrie moyenne : chaque molécule subit de la part des molécules
placées à l’intérieur du liquide, des forces d’attraction dont la résultante, normale à la surface est
dirigée vers l’intérieur du fluide, n’est compensée par aucune autre force.
Ces molécules de surface se comportent donc comme une membrane tendue sur les
autres molécules, comme pour les retenir, membrane qui comprime le liquide dans certains
cas. D’où le terme de tension superficielle. L’épaisseur de cette couche superficielle de
molécules varie entre 1 et 100nm.
Ceci explique par ailleurs que tout liquide tend spontanément à diminuer sa surface.
Ainsi se forment les gouttes et les bulles. La forme sphérique présente le plus faible rapport
surface/volume.
3.3. Equations
Pour accroitre la surface il faut donc apporter de l’énergie. Il y a une proportionnalité
entre le travail dW que l’on fournit et l’augmentation dA de l’aire de la surface liquide ; on
écrit simplement : dW = σ dA, le coefficient de proportionnalité σ est appelé coefficient de la
Tension superficielle.
Quand le liquide considéré est en contact avec un autre liquide non miscible, on définit
de la même façon un coefficient de proportionnalité que l’on désigne par le terme de tension
interfaciale.
Remarquons que l’énergie dépensée pour augmenter l’aire superficielle correspond au travail
d’une force F: dF = σ dl
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La tension superficielle est donc la force de traction par unité de longueur agissant sur
un élément de surface, situé dans un plan tangent à la surface et qui s'oppose à la dilatation de
celle-ci. Elle est due à l'attraction entre les molécules et elle mesure la résistance à
l'augmentation de surface.
3.4. Unités
La tension superficielle est mesurée par le quotient de la norme de la force f par la
longueur l sur laquelle elle s’exerce.
L'unité de mesure de la tension superficielle est: N.m-1 qui est équivalent aux (J.m-2) ou
(dyne/cm).
On notera que la tension superficielle diminue lorsque la température augmente : cela
s’explique par le fait que les forces de cohésion intermoléculaires sont réduites par l’agitation
thermique.
r= rayon du tube
La résistance dépend donc en grande partie de la géométrie de la voie. Plus le rayon
est petit ou plus longue et la voie, plus grande est la résistance qu’elle offre.
Tout comme pour les résistances électriques, les résistances à l’écoulement d’un gaz
s’additionnent directement pour des voies placées en série (les unes après les autres;
Rtotale=R1 + R2 + …) ou inversement pour des voies placées en parallèle (les unes à côté des
autres; 1/Rtotale = 1/R1 + 1/R2 + … i.e. il y a addition directe des conductances).
S’agissant des voies respiratoires, ce sont plutôt les bronches de moyen calibre qui
offrent la plus grande résistance. Le grand nombre de petites bronches et leur disposition en
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c. Forces d’attraction
On distingue trois forces d’attraction entre les particules :
- Les forces entre ions;
- Les forces entre molécules neutres;
- Et les forces entre ions et molécules;
c.1. Forces entre ions
Les forces d’attraction F entre anions et cations obéissent à la loi de coulomb:
F = k.q.q’ /ε.d2
d : distance entre ions; ε : constante diélectrique; q et q’ : charges opposées; k: constante.
Cette loi indique que la force d’attraction entre ions de signes opposés est inversement
proportionnelle à la constante diélectrique ε.
c.2. Forces entre molécules neutres
C'est une forces de liaison physique appelée Forces de Van Der Waals: F=K/r où r est
la distance entre deux dipôles
Il existe des forces d’attraction dues à l’inégalité de répartition des charges électriques
à l’intérieur de la molécule; celle-ci se comporte alors comme un dipôle électrique et produit
donc un champ électrique capable d’attirer d’autres dipôles.
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Pour les substances moléculaires pures, les forces de Van der Waals sont les forces qui
attirent les molécules entre elles.
Pour les solides ces interactions sont fortes
Pour les liquides elles sont plutôt faibles
Pour les gaz elles sont très faibles ou nulles.
Pour les substances moléculaires pures, ces forces intermoléculaires se divisent en
trois groupes :
Les forces d’attraction dipôle-dipôle ou les interactions de Keesom.
Les forces d’attraction par dipôles instantanés ou les forces de dispersion de London
Les liaisons Hydrogène
Les forces de Van der Waals
Les interactions dipôle-dipôle : liées à l’attraction électrostatique entre molécules polaires.
La présence des atomes fortement électronégatifs induit dans la molécule des dipôles
électriques d+/d- permanents.
Il existe entre deux molécules polaires des forces d’attraction électrostatiques, le pôle
(+) de l’une attirant le pôle (‐) de l’autre. Forces d’autant plus fortes que les moments
dipolaires sont élevés.
Les forces de dispersion de London : Ce sont les interactions qui existent entre des
molécules covalentes apolaires. Ces molécules, à cause de la mobilité des électrons, même si
celles-ci sont apolaires, possèdent un moment dipolaire instantané due à un déséquilibre des
charges. Ce déséquilibre des charges se produit lorsque deux molécules entrent en contact.
Les deux premières molécules n’ont pas de dipôle. Lorsqu’elles sont proche l’une de l’autre, les
mouvements des électrons s’influencent mutuellement de manière à ce que les dipôles instantanés
(les moments dipolaires instantanés) s’alignent tête-à-queue.
Plus une molécule est massive, c’est-à-dire plus elle possède d’électrons, plus le nuage
électronique est mobile et plus elle sera polarisable. Ce type d’interaction est responsable de la
condensation des gaz non polaires.
Interactions entre un dipôle permanent et un dipôle induit : forces de Debye (entre une molécule
polaire et une molécule non) : Une molécule polaire crée autour d’elle un champ électrique et si
une molécule vient dans son voisinage, elle subit l’influence de ce champ.
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Une molécule polaire (qui possède un moment dipolaire qui est un grandeur
vectorielle (du moins vers le plus)) est un dipôle électrostatique.
Agoniste entier
Les agonistes partiels: Ce sont des substances qui provoquent une action biologique partielle du
récepteur.
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Les agonistes inverses: « Ligands produisant l’effet inverse des agonistes classique », il est
relativement rare.
Les antagonistes: « Substance ayant une affinité pour un récepteur mais ne déclenchant pas de
réaction cellulaire ». Les antagonistes n’ont pas d’action pharmacologique propre.
On distingue ainsi plusieurs types d'antagonistes:
Antagoniste + agoniste endogène
a.3. Affinité de la liaison Ligand-Récepteur
L'affinité est la capacité d’un ligand à se lier à un récepteur. Ainsi, sur deux ligands présent en
concentration égale, celui qui aura la plus grande constante d’affinité se liera au récepteur
préférentiellement. En outre, celui ayant la plus faible affinité peut néanmoins prendre sa place si
ça concentration augmente.
Pour les petits ligands, hormones et neurotransmetteurs par exemple, l'interaction est déterminée
par des liaisons très localisées de nature électrostatique (longue et courte distance, attractive ou
répulsive) et du type forces de « van der Waals » (courte distance, toujours attractive).
Pour les grands ligands il s'ajoute une attraction hydrophobe qui concerne des surfaces très
étendues. L'interaction est réversible, le ligand s'associe à son récepteur puis, après un certain
temps, s'en sépare.
Lorsque l'on étudie la liaison ligand-récepteur dans un espace temporel donné (quelques
secondes), et qu'on mesure la durée de l'association, une durée faible caractérise un ligand à faible
affinité (pour son récepteur), alors qu'une longue durée caractérise un ligand à forte affinité. Pour
occuper le maximum de récepteurs pendant un certain temps, un ligand de faible affinité doit
donc être présent en forte concentration. Ou contraire, une faible concentration suffit pour un
ligand de forte affinité.
L'avantage de la faible affinité est la réversibilité rapide de l'interaction alors que l'avantage de la
forte affinité est une économie dans la production du ligand lui-même.
L'acétylcholine, dont le récepteur est un canal sodium/potassium, est un exemple d'un ligand de
faible affinité permettant des contractions musculaires transitoires et rapides.
Les récepteurs de surface sont en général au nombre de 10.000 copies par cellule. Ceci est
nécessaire pour assurer un signal même en cas de faible concentration du ligand et donc de faible
pourcentage de récepteurs occupés.
c. Propriétés de l'interaction Ligand - Récepteur
Les 3 propriétés importantes sont:
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b. La réaction antigène-anticorps
b.1. Les bases moléculaires de la réaction
b.1.1. Le paratope (ou site anticorps)
Définition
Au sein des molécules de reconnaissance spécifique de l'antigène (anticorps, BCR, TCR) on
appelle paratope (ou site de liaison) la zone qui va interagir de façon stéréospécifique avec la
structure complémentaire appelée épitope ou déterminant antigénique sur la molécule d'antigène.
b.1.2. Les caractéristiques de la réaction entre un anticorps et antigène monovalent
(haptène)
La réaction antigène-anticorps dépend du point de vue thermodynamique de l'affinité. Elle est
spécifique, réversible et exothermique libérant de la chaleur (2 à 40 kCal par mole).
La spécificité:
Les réactions immunitaires tirent leur originalité de leur haute spécificité qui est l'élément
essentiel de la définition des antigènes et des anticorps. La spécificité d'un anticorps est définie
comme étant sa capacité à discriminer (distinguer) entre des épitopes différents mais de
structures semblables (très voisines).
Donc la spécificité c'est la capacité du paratope d'un anticorps de ne réagir qu'avec un seul
épitope ou encore la capacité d'une population de molécules d'anticorps de ne réagir qu’avec un
seul antigène en se liant à lui avec des affinités différentes. Les anticorps peuvent distinguer des
différences dans la structure primaire, secondaire ou tertiaire d'un antigène et dans ses différentes
formes isomériques. Une modification mineure de la structure de l'antigène empêche sa
reconnaissance par l'anticorps. La spécificité des anticorps antioligosaccharidiques peut être
déterminer par un seul sucre comme le montre l'exemple des groupes sanguins A et B. En effet,
la différence de structure entre ces deux antigènes est due exclusivement à la nature du sucre
situé en bout de la chaîne (un galactose pour le groupe B et N-acétylgalactosamine pour le
groupe A).
La spécificité est d'autant plus grande que l'affinité est plus élevée. En pratique, la spécificité
d'un anticorps se définit en général par rapport à une famille d'antigène ou d'haptènes (on mesure
l'affinité de l'anticorps vis-à-vis de plusieurs antigènes ou haptènes).
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La rapidité
La réaction entre un haptène et un anticorps est très rapide. Elle est de l'ordre de quelques
secondes, à 0°C, mais elle est 10 à 100 fois plus lente quand il s'agit d'une réaction entre une
protéine et un anticorps.
La réversibilité
Etant donné que l'interaction antigène-anticorps se produit via des liaisons non-covalentes, elle
est par nature réversible. Elle obéit aux principes de base de la thermodynamique de toutes les
interactions bimoléculaires réversibles (réaction enzyme-substrat, interaction entre: une hormone,
une cytokine, un neurotransmetteur, une toxine et leur récepteur respectif, liaison d'un
oligosaccharide à une lectine, etc.) et elle est caractérisée par des constantes d'association et de
dissociation mesurables, permettant de calculer l'affinité intrinsèque de cette interaction.
L'affinité
L'affinité d'un anticorps mesure la force de liaison entre le paratope de cet anticorps et l'épitope
qui lui est spécifique à la surface d'un antigène monovalent ou d'un haptène. Elle est la somme
des forces attractives et répulsives opérant entre le déterminant antigénique et le site anticorps
telle qu’elle est illustrée dans la Donc, le terme affinité est réservé aux constantes
d'association intrinsèque à un haptène monovalent (la détermination quantitative de l’affinité
d’un anticorps est exposée plus loin).
b.1.3. Les caractéristiques des réactions entre des anticorps et des macromolécules
Les macromolécules présentent de multiples déterminants antigéniques dont le nombre par
molécule est souvent inconnu. Il peut s'agir de déterminants identiques répétés (cas des
polysaccharides) ou de déterminants différents (cas des protéines).
Les anticorps dirigés contre les macromolécules
Dans le cas des antigènes multivalents, l'antisérum est constitué d'un mélange d'anticorps
d'affinité différente et de spécificité épitopique différente mais ils ont en commun la capacité de
se lier à un même antigène. Ils sont généralement appelés des anticorps polyclonaux.
Nature de la liaison anticorps-antigène macromoléculaires
- Les antigènes macromoléculaires ont la propriété de précipiter en présence de certains
anticorps.
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- Les antigènes homopolymériques présentent des épitopes répétés qui favorisent la liaison
bivalente (les deux paratopes d’un même anticorps se fixent sur deux épitopes identiques de
l’antigène homopolymérique).
- Les anticorps qui se fixent sur des épitopes différents d'un même antigène peuvent former de
grands complexes multimériques stables.
- La force d'interaction augmente lorsque les anticorps et les antigènes forment des complexes
multivalents
La notion d'avidité
Les seuls anticorps homogènes sont les anticorps monoclonaux et ceux dirigés contre certains
polysaccharides. Dans ce cas l'affinité est homogène. Cependant, dans le cas des anticorps
polyclonaux, les forces d'association des molécules d'anticorps et d'antigène ne dépendent pas
uniquement des constantes d'association mais aussi du nombre de liaisons par molécules
d'antigène. Donc, dans le cas d'un antisérum il est en règle impossible de définir une constante
d'association intrinsèque K pour un anticorps donné. C'est la raison pour laquelle on utilise
souvent le terme d'avidité (la mesure de l’avidité est exposée plus loin).