DIAGNOSTIC VIRAL

PLAN
INTRODUCTION
I-MÉTHODES DE DIAGNOSTIC VIRAL
II-APPLICATIONS
CONCLUSION

INTRODUCTION
Le diagnostic viral fait référence à l'identification de la présence d'un virus dans l'organisme.
Le diagnostic virologique regroupe l’ensemble des méthodes et stratégies permettant de
détecter, identifier, quantifier et suivre les infections virales chez l’humain.
Il s’agit d’un outil essentiel pour confirmer l’origine virale d’une maladie (déterminer le type
d'infection), guider la prise en charge thérapeutique (orienter le traitement approprié) ,
surveiller l’évolution d’une infection, ou encore contrôler les épidémies (prévenir la
propagation de maladies infectieuses) et réaliser des enquêtes épidémiologiques
Cela peut être réalisé par divers tests, tels que des analyses de sang, des prélèvements de
tissus ou des tests PCR (réaction en chaîne par polymérase), qui détectent l'ADN ou l'ARN
viral.

I-MÉTHODES DE DIAGNOSTIC VIRAL

Le diagnostic des infections virales repose sur deux grandes approches :
-les méthodes directes qui consistent à rechercher la présence du virus ou de ses constituants
dans les prélèvements biologiques du patient.
-les méthodes indirectes qui recherchent de la réponse immunitaire de l’hôte principalement
les anticorps.
Le choix de la méthode dépend du virus recherché, du contexte clinique, du stade de
l’infection et du type de prélèvement.

1. Méthodes directes
a)Méthodes directes pour détecter le génome viral
Techniques moléculaires
 PCR (Polymerase Chain Reaction):

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Méthode de référence, très sensible et spécifique, permettant de détecter et quantifier l’ADN
ou l’ARN viral. Les PCR multiplex et en temps réel offrent des résultats rapides et la
possibilité de rechercher plusieurs virus simultanément.(Voir exposés)
 Hybridation moléculaire:
L'hybridation moléculaire est une méthode fondamentale en virologie pour détecter et
caractériser les génomes viraux. Elle repose sur la complémentarité des bases nucléotidiques
entre une sonde marquée et la séquence cible virale.
L’utilisation de sondes spécifiques pour détecter les acides nucléiques viraux peut se faire
avec ou sans amplification du signal.
L’hybridation moléculaire reste un outil complémentaire aux techniques modernes (PCR,
NGS), notamment pour l'étude structurale des génomes viraux et le diagnostic ciblé.
 Séquençage:
Permet l’identification précise du virus et l’étude de la variabilité génétique.
Le séquençage viral est une technique clé pour identifier, caractériser et surveiller les virus.
Il combine des approches classiques et des innovations technologiques pour répondre aux
défis des infections émergentes et des variantes.
Les techniques de séquençage utilisent de didésoxyribonucléotides (ddNTP) comme
terminateurs de chaîne.
Ces ddNTP marqués par fluorescence (Méthode Sanger) et d’autres procédés pour permettre
la révélation de l’agencement des bases nucléotidiques.

b) Méthodes directes pour détecter des antigènes viraux (voir les exposés)
Méthodes immunologiques
 Immunofluorescence (IF) :
Permet une mise en évidence rapide des antigènes viraux dans les cellules infectées à l’aide
d’anticorps marqués. Technique rapide et économique, surtout utile chez l’enfant.
 ELISA, agglutination, immunochromatographie:
Tests rapides utilisant des anticorps spécifiques pour détecter des protéines virales dans les
prélèvements.
Autres méthodes de détection (voir exposés)
 Isolement viral en culture cellulaire
Méthode historique, permettant d’obtenir le virus vivant à partir d’un prélèvement. Utilisée
pour certains virus, mais de moins en moins courante en routine à cause de la rapidité
supérieure des techniques moléculaires.
 Microscopie électronique

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 Permet d’observer directement les particules virales. Réservée à des cas particuliers, non
utilisée en routine.
 La cristallographie (diffraction) aux rayons X :
Technique puissante utilisée pour déterminer la structure tridimensionnelle des molécules, y
compris celle des virus et permet d'approfondir notre compréhension de la biologie des virus
Cette méthode repose sur l'analyse de la diffraction des rayons X par des cristaux de la
substance étudiée.

2. Méthodes indirectes
Sérologie virale (voir exposés)
Les tests sérologiques pour les virus sont des analyses de sang qui permettent de détecter la
présence d'anticorps(AC) spécifiques produits par le système immunitaire en réponse à une
infection virale.
Détection des anticorps : Les tests sérologiques recherchent généralement des anticorps
(AC) IgM (indiquant une infection récente) et IgG (indiquant une infection passée ou une
immunité).
Interprétation des résultats : Un résultat positif indique que la personne a été exposée au
virus, mais cela ne signifie pas nécessairement qu'elle est actuellement infectée ou qu'elle est
immunisée.
Limites : Les tests sérologiques ne sont pas toujours fiables pour diagnostiquer une infection
active, car il peut y avoir un délai entre l'infection et la production d'anticorps détectables.
 ELISA
Technique la plus utilisée pour détecter les IgM (infection récente) et IgG (infection ancienne
ou immunité).
 Western blot/immunoblot
Combine la détection immunologique par les AC à l’électrophorèse sur gel.
Permet de détecter et d’identifier des protéines spécifiques au sein d’un mélange complexe.
Méthode fiable et spécifique
Techniques de confirmation après un ELISA positif, notamment pour le VIH ou le VHC
Autres tests sérologiques:
 Inhibition de l’hémagglutination
Détecte et quantifie les anticorps spécifiques qui bloquent la capacité des virus à agglutiner
les globules rouges.
Avantages

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- Technique simple et peu coûteuse.
- Résultats rapides.
- Adaptable à différents virus hémagglutinants.
Limites
- Subjectivité de la lecture des résultats.
- Manque de spécificité dans certains cas (réactions croisées).
- Nécessite des virus capables d'hémagglutiner.

 Fixation du complément
Détecte la présence d’AC spécifiques dans le sérum du patient.
Avantages
- Technique relativement simple et peu coûteuse.
- Adaptable à différents virus.
Inconvénients
- Moins sensible et spécifique que d'autres méthodes sérologiques modernes (ex : ELISA,
tests de neutralisation).
- Peut donner des résultats faussement positifs ou négatifs en raison de problèmes techniques
(ex : complément non fonctionnel).
- Difficile à standardiser et à automatiser.

 Neutralisation virale
Mesure la capacité des AC présents dans un sérum à neutraliser l'infectiosité d'un virus. Ils
sont considérés comme l'étalon-or pour évaluer l'immunité protectrice contre les virus.
Avantages : Quantitatif, spécifique.
Inconvénients : Long (plusieurs jours), nécessite des cultures cellulaires

II-APPLICATIONS
1. Méthodes directes
 PCR
 Dans le diagnostic des infections aiguës comme
- Infections respiratoires :
PCR multiplex pour détecter simultanément grippe, VRS, SARS-CoV-2 et autres virus.
- Infections neurologiques:

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 PCR sur LCR pour encéphalites herpétiques ou entérovirus.
 Comme innovations technologiques de la PCR :
Détection simultanée de 20+ pathogènes respiratoires
 Lors de la prise en charge des infections chroniques
-VIH : PCR ARN pour la surveillance de la charge virale
-VHB : PCR ADN pour le suivi de la réplication plus la recherche d’Ag HBs
-VHC : PCR ARN pour le dépistage et réponse thérapeutique en plus de la sérologie
-CMV PCR quantitative pour la prévention des réactivations post-greffe
 Immunodépression :
- détection précoce du CMV ou EBV par PCR quantitative
 Urgences néonatales :
- PCR entérovirus dans le sang et LCR
 Sécurité transfusionnelle :
- (PCR) pour VIH/VHB/VHC dans les dons de sang

 HYBRIDATION
 Diagnostic des infections chroniques:
-Détection de l'ADN du CMV dans les leucocytes par hybridation moléculaire.
-Identification du VHC via hybridation de la région 5' non codante.
 Recherche :
-Localisation de l'ADN du SV40 dans les noyaux cellulaires.
-Étude des sites d'intégration viraux(ex : VIH) dans le génome hôte.

 SÉQUENÇAGE
 Surveillance épidémiologique et génomique :
-Suivi des variants: Détection de mutations (variants) du SARS-CoV-2 (ex : Delta, Omicron)
via le séquençage complet du génome (30 000 bases).
-Enquêtes de cas groupés : Génotypage des norovirus lors de toxi-infections alimentaires.
 Diagnostic clinique:
-Infections complexes: Identification de virus non cultivables (ex : hépatites non A-E).
 métagénomique :
- Identification de virus émergents ou non cultivables
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-Identification de virus inconnus dans des échantillons complexes (eaux usées, LCR)
 Transcriptomique virale :
-Cartographie des ARN viraux et de leurs modifications (ex : m6a dans les virus à ARN)

 CRISTALLOGRAPHIE
Détermination de la structure des protéines virales
Étude des complexes viraux (protéines et acides nucléiques) leur interaction
Compréhension des mécanismes d‘infection: interaction entre protéines virales et cellules de
l’hôte
VHC: structure de la capside
VIH: étude des protéines clés ( intégrases et protéases) développement de médicaments
Virus de la grippe: structure de l’hémagglutinine
VHB: structure de ma protéine de surface

 ISOLEMENT VIRAL EN CULTURE

Utilisée pour diagnostiquer des infections virales, étudier la biologie des virus, tester
l'efficacité des antiviraux, et développer des vaccins

 MICROSCOPE ÉLECTRONIQUE
-utilisée pour identifier des virus, étudier leur structure et leur morphologie, et comprendre
les interactions entre les virus et les cellules hôtes.
-également utilisée dans la recherche sur les vaccins et les traitements antiviraux.
 ELISA
-Tests antigéniques (ELISA/immunochromatographie) pour Rotavirus et Norovirus dans les
selles au cours des gastroentérites virales chez les enfants surtout
- Détection d'antigènes grippaux en 15 minutes (immunochromatographie)
 IMMUNOFLUORESCENCE
Immunofluorescence(IF) pour identifier rapidement les antigènes viraux dans les
prélèvements nasaux

2. Méthodes indirectes
 ELISA
Sérologie pour rubéole, CMV et Zika (recherche d'IgM)

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  Dépistage pré-thérapeutique :
- Statut sérologique (VIH, VHB) avant chimiothérapie ou greffe.
 Suivi vaccinal :
- Dosage des anticorps anti-HAV/HBV post-vaccination

 IMMUNOBLOT/WESTERN BLOT
- VIH: Détection d'anticorps dirigés contre des protéines virales spécifiques (ex : gp120, p24)
pour confirmer un test ELISA positif.
-Hépatites virales Identification d'anticorps anti-VHC ou anti-VHB.
 Caractérisation des protéines virales:
-Étude de l'expression des protéines: Analyse de la quantité de protéines virales produites
dans différentes conditions (ex : infection, traitement antiviral).
- Détection de modifications post-traductionnelles : Glycosylation, phosphorylation, etc.
 Recherche antivirale :
- Évaluation de l'efficacité des antiviraux: Mesure de la réduction de l'expression des
protéines virales après traitement.
-Identification de nouvelles cibles thérapeutiques : Caractérisation des protéines virales
essentielles à la réplication.

 INHIBITEURS D’HÉMAGGLUTINATION
Diagnostic des infections virales: Détection d'anticorps spécifiques (IgG ou IgM) pour la
grippe, la rougeole, la rubéole, les oreillons, etc.
- Surveillance épidémiologique : Détermination de la prévalence des anticorps dans une
population.
- Évaluation de l'immunité post-vaccinale: Mesure du taux d'anticorps protecteurs après
vaccination.
- Typage des virus : Identification des types et sous-types viraux grâce à des anticorps
monoclonaux spécifiques.

 RÉACTION DE FIXATION DU COMPLÉMENT

Infections respiratoires (ex : grippe, adénovirus).
Rougeole, rubéole, oreillons.
- Infections herpétiques (HSV, VZV).

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  TESTS DE NEUTRALISATION
Évaluation de l'immunité post-infectieuse ou post-vaccinale : Mesure du titre d'anticorps
neutralisants.
Caractérisation des anticorps monoclonaux : Identification d'anticorps avec une forte activité
neutralisante.
Diagnostic des infections virales: Détection d'anticorps neutralisants spécifiques.
Études d'efficacité vaccinale: Corrélation entre le titre d'anticorps neutralisants et la protection
contre l'infection.

CONCLUSION
Le diagnostic viral repose sur une synergie entre méthodes directes et indirectes, nécessitant
une maîtrise technique rigoureuse et une collaboration étroite entre cliniciens et biologistes.
le diagnostic viral évolue vers une intégration technologique (biologie moléculaire +
sérologie) et une approche personnalisée, répondant aux défis des infections émergentes et des
résistances antivirales.
La maîtrise des outils diagnostiques et leur optimisation restent un enjeu clé pour la santé
publique.

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