La domestication des plantes

I)De la plante sauvage à la plante domestiquée : la reproduction et la

diversité contrôlée

La nourriture est vitale pour nous elle est un élément central à notre
survie, celle-ci est composé à 50% de végétaux mais aussi de protéines
animales qui sont nourris par des végétaux eux aussi. La domestication
des plantes permet ainsi de sélectionner les caractéristiques les plus
intéressantes. En effet, le syndrome de domestication favorise une récolte
plus facile avec dans le cas des céréales notamment des grains nus qui
restent attachés à la tige et qui sont plus facilement accessibles et des
graines qui arrivent à maturité toutes au même moment.
L’autofécondation est fréquente ce qui permet de garder les
caractéristiques de l’individu. On a aussi une abondance de réserves ce
qui permet de meilleurs rendements et une réduction de la teneur en
composé toxiques dans le but de rendre la consommation plus agréable.
Ces plantes domestiquées ne sont souvent plus aptes à survivre sans une
intervention humaine, on peut voir par exemple chez la pomme de terre
que la faible teneur en toxine les rend sensibles aux doryphores, qui sont
des insectes phytophages, mais que l’utilisation d’insecticides leur permet
d’être protégés contres ces phytophages. De plus, la sélection des plantes
dont la dispersion naturelle des graines est compliquée rend la
reproduction des espèces domestiques difficile sans une intervention
humaine. Cette maitrise de la reproduction est essentielle à la production
de variétés intéressantes. La production dites « empirique » d’une
nouvelle variété passe par le croisement d’individus de deux variétés
préexistantes. Cette maitrise permet d’être bien sûr que les individus qui
se croisent sont ceux qui présentent les caractères les plus intéressants.
Pour contribuer à la diversité génétique de ces plantes, des variétés
existantes de la plantes ou des espèces sauvages apparentés ou des
mutations spontanées vont apparaitre dans des lignées cultives. De plus,
les individus seront sélectionnés en fonction des caractères qu’ils
présentent, il faut ainsi bien identifier tous les caractères portes par les
descendant issus des croisements afin d’être sûr que tous les caractères
d’intérêts sont présents et qu’il n’y a pas d’allèle délétère conservé. Cette
étape correspond au phénotypage. Cette diversité des plantes domestique
est dû à une diversité génétique. En effet, il existe par exemple des
milliers de variétés de tomates qui ont des caractères phénotypiques
différents. Ces différentes variétés présentent une diversité nucléotidique
(plus faible que celle qu’on trouve au sein des tomates sauvages). De plus,
on peut voir que les caractères spécifiques de certaines variétés sont
codés par des allèles spécifiques comme par exemple l’allèle tagl-1 pour
les variétés jaune-oranges ou l’allèle fs5.1 pour les variétés à forme
allongée. Ces différents allèles d’intérêt sont issus de croisement avec des
espèces sauvages. Cette sélection artificielle lie à la domestication a pour
effet de diminuer la diversité au sein des espèces concernes, on retrouve
rarement des conséquences positives pur l’espèce végétale en dehors du
mutualisme avec l’espèce humaine. Cette baisse de diversité peut être
problématique pour la survie des plantes domestique. Dans notre cas des
tomates cultives, elle s’accompagne d’une réduction de la toxicité qui rend
la plante sensible a des prédateurs phytophages comme le doryphore.
Ainsi, la perte de diversité rend les espèces très sensibles aux pathogènes
mais la conservation de plusieurs variétés différentes (cultives en moins
grandes quantités) permet une certaine résistance de l’espèce. Il est donc
essentiel de conserver une certaine diversité au sein des espèces
domestiques. Dans ces différentes modalités de sélection on retrouve des
avantages et des inconvénients. La sélection par hybridation simple ne
nécessite qu’un seul croisement. Mais, elle permet d’obtenir des individus
uniquement hétérozygotes dont la descendance ne comportera pas
uniquement l allèle d’intérêt. Il faudra alors refaire le croisement a chaque
fois pour obtenir les semences d’intérêts. La sélection par hybridation
permet-elle d’obtenir des individus homozygotes pour l’allèle d’intérêt
mais aussi comportant d’autres allèles intéressants contrairement à la
sélection par hybridation simple qui s’intéresse à uniquement un gène.
Néanmoins, il faut au moins 8 croisements successifs : le croisement
initial, au moins 6 rétrocroisements et une autofécondation. Cette étape
des phénotypages est crucial dans le processus de sélection de nouvelles
variétés. Les individus sont sélectionnés en fonction des caractères qu’ils
présentent, il faut donc bien identifier tous les caractères portés par les
descendants issus des croisements afin d’être sûr que tous les caractères
d’intérêts sont présents et qu’il n’y a pas d’allèle délétère conservé. Le
phénotypage correspond à cette étape d’identification des caractères
portés.

II) Les biotechnologies chez les plantes domestiquées

Plusieurs sources de diversité génétiques sont utilisables par les

sélectionneurs grâce aux biotechnologies. Néanmoins, il n’esp pas
possible de savoir quelles seront les effets de ces mutations avant que la
descendance ait exprime les gènes. Il est possible grâce à la transgénèse
ou à l’édition des génomes d’intégrer des gènes d’intérêt venant d’autres
espèces même éloignées dans le génome de l’espèce que l’on souhaite
modifier. La transgénèse se différencie de l’édition génomique. En effet,
dans le cas de la transgénèse l’intégration se fait de manière aléatoire et
peut avoir des effets délétères pour d’autres gènes tandis que dans le cas
de l’édition génomique le site d’intégration du gène d’intérêt est contrôle
et choisi par l’expérimentateur. Mais, dans les deux cas on intègre un
nouveau gène dans le génome de la plante modifie. Ces méthodes
présentent de nombreux intérêts face aux méthodes empiriques de
production de nouvelles variétés. Il est possible d’obtenir rapidement sans
nécessite de croisements de variétés avec des gènes d’intérêts qui sont de
plus en plus possiblement issus d’espèces très éloignés évolutivement de
l’espèce modifiée. Par exemple, il est possible d’ajouter dans le génome
de pomme de terre, un gène issu des bactéries permettant de coder une
toxine nocive pour les doryphores mais pas pour l’espèce humaine. De
plus, ces techniques de séquençages ont de nombreux apports pour la
sélection de variétés intéressantes. Il n’est plus nécessaire d’attendre que
la plante pousse pour savoir si elle possède les caractères d’intérêt ou
non, la sélection des descendants devient alors beaucoup plus rapide. De
plus, cela permet d’économiser les ressources puisqu’à chaque
croisements seul les descendants qui possèdent les marqueurs et donc les
allèles et les gènes d’intérêts sont cultives puis recroises. En revanche, les
biotechnologies présentent des inconvénients. Les organismes produits
par transgénèse ou par édition génomique sont des organismes
génétiquement modifies. Aujourd’hui, on n’a pas encore réussi à prouver
que les OGM n’étaient pas sans danger pour la sante. De plus, il y a aussi
un risque de pollution génétique c’est à dire un risque que le gène qui a
été injecte, soit transmis à des populations sauvages avec des
conséquences plus ou moins graves pour l’écologie et la biodiversité.
Enfin, dans le cas de plusieurs espèces cultives, a été produite une variété
résistante aux herbicides ce qui favorise un recourt massif aux herbicides
sur les terrains agricoles ce qui a un impact négatif très fort sur la
biodiversité.

III) Nourrir l’humanité et réduire notre impact environnemental

En 1960 la production de céréales correspondait à 800 000 de tonnes,

mais en 2016 elle représentait 2 800 000 environ c’est à dire 2 millions de
plus. La production a donc été multiplie par presque 3,5 en 60 ans environ.
La sélection agricole a permis le développement de différentes variétés de
blé. On constate qu’au cours du temps les variétés produites ont des
rendements de plus en plus importants. On peut aussi constater que les
variétés sont d’abord devenues mieux adaptes à l’utilisation des intrants,
c’est à dire des pesticides et engrais, puis pour la dernière produite un peu
moins. Parmi les autres facteurs qui peuvent avoir permis cette
augmentation on peut trouver l’utilisation intensive des intrants chimiques
comme les engrais ou les pesticides. La sélection artificielle va mener à
une diversification génétique des allèles. Pour tous les gènes codant pour
des traits soumis à la sélection artificielle liée à la domestication, on
observe une diminution de près de 80 % de la diversité allélique Pour les
traits non soumis à la sélection artificielle on observe une baisse de
diversité de près de 50 %. Cette baisse de diversité s’accompagne
généralement d’une moindre capacité à résister aux pathogènes et à
mettre en place des relations bénéfiques avec d’autres êtres vivants.
Conserver des variétés anciennes permet de conserver une certaine forme
de diversité allélique qui pourrait permettre de garder une capacité des
espèces cultivées à résister à des pathogènes notamment. La sélection
biotechnologique est un outil pour répondre au double objectif de nourrir
l’humanité et de minimiser l’impact environnemental de notre agriculture.
En effet, c’est grâce au développement de nouvelles variétés qu’il a été
possible d’augmenter la production de céréales au même rythme que
l’augmentation de la population mondiale. De plus grâce à ces nouvelles
variétés, il a été possible d’obtenir cette augmentation de production sans
augmentation des surfaces agricoles ce qui a permis de ne pas avoir à
détruire des écosystèmes naturels et donc de ne pas trop augmenter
l’impact environnemental. Néanmoins, cette augmentation de production
s’est accompagnée d’un recours massif aux intrants agricoles qui ont, eux,
des conséquences négatives sur l’environnement.

IV) La relation êtres humains et plantes domestiques

On peut parler d’un mutualisme entre humains et plantes domestique car

ils entretiennent une relation bénéfique, l’espèce humaine peut se nourrir
et faire du commerce. Quant aux plantes, on peut constater que les
humains donnent aux plantes des conditions qui leurs sont favorables à
leur développement, notamment par le déboisement et l’apports
d’intrants, et ont permis d’accélérer la colonisation de nouveaux milieux
par les plantes cultives. De plus, on peut mettre en évidence une
coévolution entre les populations humaines et les plantes cultives. Les
populations humaines qui ont domestiques des plantes riches en amidon
ont impacte l’évolution de ces plantes par la sélection artificielle. Ces
populations vont avoir un régime riche en amidon, celles-ci présentent
globalement plus de copies du gène AMY1 qui est un gène codant pour
une amylase salivaire, ces amylases permettant la digestion de l’amidon.
Une grande abondance de ce gène permet une production plus importante
d amylase salivaire et une régulation de la glycémie plus efficace après
ingestion de l’amidon. Aujourd’hui, nos régimes alimentaires sont très
riches en amidon et les personnes en surpoids ont peu de copies du gène
AMY1, ainsi ils ne seraient pas adaptés à leur alimentation. Enfin, les
populations essentiellement nomades et consommant peu d’aliments
d’origine animale ainsi que les populations actuelles ont des régimes
riches en végétaux, les allèles majoritaires pour les enzymes impliques
dans le métabolisme des omega-6 et des omega-3 sont différents. Dans le
cas des populations actuelles ces alles sont favorables à la transformation
des omega-6 et des omega-3 contenues dans les plantes. Ce mutualisme
entre les Hommes et les plantes domestiquée ont des conséquences sur
notre génome. Les plantes cultivent comme les êtres humains bénéficient
de leur relation, les humains en tirent une grande partie de leur
alimentation et les plantes cultives en obtenant des conditions favorables
à leur développement. Cette relation a impacte le génome des plantes
cultives s comme on l’a déjà vu avec la sélection artificielle de certains
traits qui a causé une forte diminution de diversité mais aussi le génome
des êtres humains avec par exemple une augmentation du nombre de
copies du gène AMY1 dans les population consommatrices d’amidon et un
changement des allèles dominants pour les gènes impliqués dans le
métabolisme des oméga-3 et 6 en lien avec le changement de régime
alimentaire lié à la sédentarisation.