Elle constitue l'essentiel de la biomasse vivante et regroupe le plus grand nombre d'espèces.
Elle
peut être libre (planton) ou fixée. Son univers et échelle de vie est alors généralement – dans le
substrat – celui de l'échelle de l'agrégat (grains de 0,5 à 5 cm), sauf pour quelques espèces (ex. :
amibes, ou certains parasites d'animaux tels que les poux ou tiques) qui ont des capacités de
déplacement assez importantes.
De manière générale, c'est l'ensemble des animaux mesurant de 1 mm[2] à moins de 0,2 mm
(selon les définitions) et présents dans un espace donné.
Dans le domaine de la pédofaune, la microfaune désigne l'ensemble des tout petits animaux
présents dans la litière et dans les couches superficielles de l'humus ; ils mesurent en moyenne
moins de 0,1 millimètre. Ce sont par exemple des protozoaires, des rotifères, des acariens.
Pour les espèces marines, on parle aussi de nanozooplancton pour désigner les espèces animales
de la fraction la plus petite du plancton.
La microfaune joue un rôle majeur dans la production de l'humus et des complexes argilo-
humiques, pour certains équilibres agro-écologiques, l'épuration de l'eau et la résilience
écologique des sols, ainsi qu'en matière de puits de carbone et de cycle biogéochimique.