Les communautés

microbiennes associées
aux plantes

Responsable de l’UE : Mme Madjouma KANDA

Tél: 90161773
Email: [email protected]
 Objectifs pédagogiques
Décrire les différents Les interactions plantes-microorganismes et les
types d’interactions habitats microbiens associés aux plantes
entre plantes et (rhizosphère, phyllosphère, etc.).
microorganismes
(mutualisme,
commensalisme, Les types de microorganismes présents dans ces
parasitisme en habitats et leurs rôles (bénéfiques, pathogènes,
expliquant le rôle commensaux).
des
microorganismes
dans les habitats Influence de l’environnement sur la composition
rhizosphériques et et la dynamique des communautés microbiennes
phyllosphériques. associées aux plantes.
Introduction
Phyllosphère

Tout comme les êtres humains et d'autres

organismes, les plantes vivent en constante

interaction avec leur environnement, influencées

par la présence de microorganismes.

Jamais seul

Jamais seul

Rhyzosphère
 Définitions
The plant
Microbiome
(Gopal and
Gupta, 2016)

Phyllosphère
Rhizosphère
Définitions
Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes (bactéries, microchampignons,

protistes,..) vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un

hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air :

aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale).

 Les interactions plantes-microorganismes et les habitats microbiens
associés aux plantes (rhizosphère, phyllosphère, etc.)

Parmi cette diversité de micro-

organismes environnant les plantes,
certains peuvent interagir
directement avec elles, et même les
coloniser en surface ou à l’intérieur
de leurs tissus, pour former ce qu’on
appelle le microbiote des plantes.

Microbiome de la plante (phytobiome)

https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/9/95/Interaction_pla
nte-communaut%C3%A9s_microbiennes_de_la_plante.svg
 Les interactions plantes-microorganismes et les habitats microbiens
associés aux plantes (rhizosphère, phyllosphère, etc.)
Les interactions microorganismes-plantes
se divisent en deux classes :
• les microorganismes qui vivent à la
surface des plantes sont dits épiphytes.
• les microorganismes qui colonisent les
tissus végétaux internes sont dits
endophytes.
• En outre, on peut considérer
séparément les microorganismes qui
vivent dans et à la surface des plantes,
situés au dessus du sol (aériennes), et
ceux qui habitent les tissus végétaux au
dessous du sol.
Les interactions plantes-microorganismes et les habitats microbiens associés aux
plantes (rhizosphère, phyllosphère, etc.)
The plant
Microbiome
(Gopal and
Gupta 2016)

Phyllosphère
Rhizosphère
 L’écosystème rhizosphérique (qui habitent les tissus végétaux au
dessous du sol)
La rhizosphère est la région du sol autour
des racines des plantes

Rhizosphère
« rhiza » racine

« sphair » ce qui entoure

Il s’agit du volume de sol qui adhère

aux racines et qui est sous leur
influence.

https://www.bonobosworld.org/
 L’écosystème rhizosphérique (qui habitent les tissus végétaux au
dessous du sol)
L’intense activité Activité est due à la libération L’influence des racines
microbienne est la dans le sol de composés carbonés sur l’activité des
caractéristique ou rhizodépôts qui stimulent la microorganismes est
essentielle de la croissance et le développement appelée « effet
rhizosphère. des µorganismes du sol. rhizosphère ».

Cette intense activité microbienne dans, sur et autour de la racine résulte de la

libération dans le sol de grande variété de composés organiques servant de source
de carbone, d’azote et d’énergie pour les microorganismes: c’est le processus
d’exsudation racinaire appelé rhizodéposition, qui est commun à toutes les plantes
supérieures
 Les plantes sont capables de
transférer du carbone sous
forme de composés organiques
des racines vers le sol,
phénomène connu sous le nom
de rhizodéposition.

Cette rhizodéposition représente

un flux de carbone substantiel,
puisque 17 % du carbone net
photosynthétisé par la plante
est injecté dans la rhizosphère,
ce qui représente également 50
% du carbone exporté des
parties aériennes vers le sol
(Nguyen, 2003 ).
Nguyen C 2003 Rhizodeposition of organic C by plants:
mechanisms and controls. Agronomie, 23, 375-396.
 Nature des rhizodépôts
Catégories composition biochimique et leur mode de libération
Les exsudats diffusion passive hors des cellules des molécules hydrosolubles de faibles poids
moléculaires émises dans le sol. Ces exsudats regroupent essentiellement des sucres, des
acides organiques et des acides aminés. Les exsudats racinaires agissent comme des
messagers qui stimulent la communauté microbienne. Certains composés de la plante
favorisent la croissance des bactéries bénéfiques ; d’autres affaiblissent et repoussent les
bactéries nuisibles.
Les sécrétions processus actif consommant de l’énergie, concernent généralement des composés de poids
moléculaires élevés, comme enzymes ou mucilages (substances végétales, constituées de
polysaccharides, qui gonflent au contact de l’eau en prenant une consistance visqueuse).

Les lysats constitués des produits d’autolyse de cellules épidermiques sénescentes et desquamées.
La dégradation microbienne des parois permet de libérer le contenu cytoplasmique des cellules.
On trouve dans ces produits une grande quantité de carbone organique, source d’énergie
pour les microorganismes.

Les gaz les racines libèrent des composés volatils tels que le CO2, l’éthylène (phytohormone), les
alcools (éthanol, méthanol) et des aldéhydes (formaldéhyde, acétaldéhyde, propionaldéhyde),
qui peuvent influencer à distance la germination de spores fongiques.
 Nature des rhizodépôts

La composition des rhizodépôts,

leurs propriétés chimiques et leurs
modes de libération sont divers

Diagramme simplifié d’une racine et des

rhizodépots (Arango et Tarnawski, 2002)
 Nature des rhizodépôts
1. Les substances libérées par les racines varient aussi bien quantitativement que
qualitativement d’une variété de plante à l’autre.

2. Elles sont fortement influencées par tous les facteurs influençant l’activité
photosynthétique et la croissance de la plante :

• lumière,

• température,

• teneur en eau du sol,

• structure du sol,

• ect.
 Les types de microorganismes présents dans la
rhizosphère et leurs rôles

Diversité des
microorganismes
associés aux
plantes
 Les types de microorganismes présents dans la
rhizosphère et leurs rôles
• La rhizosphère comprend une grande diversité de microorganismes, elle
peut contenir jusqu’à 1010 bactéries par gramme de sol.

• La rhizosphère est une zone fortement active où ont lieu de nombreux

dialogues entre la plante et les bactéries.

• Les microorganismes de la rhizosphère interagissent entre eux et avec le

système racinaire des plantes, exerçant des effets délétères (parasitisme),
neutres (commensalisme) ou bénéfiques (mutualisme) sur la croissance
et la santé des plantes.
 Les types de microorganismes présents dans la
rhizosphère et leurs rôles

Effet neutre
Organismes
commensaux

Effet négatif sur

la croissance de Non symbiotiques vivant
la plante: librement dans le sol :
Rhizosphère Pseudomonas
compétition pour
les nutriments Symbiotique avec la plante
Effet hôte : Rhizobium,
Agents
bénéfique sur
pathogènes
la plante
Champignons symbiotiques
avec la plante hôte
 Microorganismes délétères: nombreuses bactéries et
champignons pathogènes

Ralstonia solanacearum (pourriture Agrobacterium tumefaciens (galle du

brune pomme de terre, tomate) collet)

https://ephytia.inra.fr/fr/C/23716/Prunier-d-Ent
 Microorganismes commensaux (indifférents)

Utilisent à leurs profits des ressources provenant de la plante sans lui

causer de dommage
 Microorganismes bénéfiques pour les plantes

• Bactéries fixatrices d’azotes : ex : Rhizobium, Frankia), alors que d’autres vivent

librement dans le milieu (Azotobacter, Azospirimum, etc.),

• Bactéries promotrices de croissance (PGPR : Plant Growth Promoting Rhizobacteria) :

certains bactéries (ex : genre Bacillus et Pseudomonas) sont des antagonistes capables

de protéger les plantes contre les attaques des microorganismes pathogènes.

 Microorganismes bénéfiques pour les plantes

Champignons
mycorhiziens

Plus de 80% des plantes

terrestres forment des
symbioses avec des
champignons mycorhiziens.
 L’écosystème phyllosphérique
Les parties aériennes des plantes créent un
habitat pour les micro-organismes, connu
sous le nom de phyllosphère, par analogie
avec le terme « rhizosphère ».

Ensemble des parties des plantes situées

au-dessus du niveau du sol et considéré
comme habitat pour les micro-organismes.

Le terme phyllosphère désigne la

communauté de micro-organismes qui vivent
en relation avec les plantes, en particulier
sur les feuilles, les tiges, les bourgeons, les
fleurs, c'est-à-dire dans les parties aériennes
de la plante​.
 L’écosystème phyllosphérique
❖La phyllosphère
comprend les parties
aériennes de la plante.

❖La phyllosphère (figure

contre) est définie
comme étant un
micro-écosystème,
constitué de la feuille
et de l’environnement
qui est soumis à son
influence.

Phyllosphère et topographie des feuilles

(d’après Vorholt, 2012)
 L’écosystème phyllosphérique
❖La phyllosphère : un ensemble d’habitats
de la partie aérienne des plantes.
❖Biologistes distinguent:
• la surface du système foliaire des plantes
= phylloplan;
• ou leurs fruits = carposphère
• et plus rarement aux tiges = caulosphère
• ou aux fleurs = anthosphère et autres
organes (bractées, bourgeons, écorces)
❖ Les organismes appartenant à la
phyllosphère sont aussi bien les
organismes vivant à l’extérieur (épiphytes)
ou à l’intérieur (endophytes) de la partie
aérienne de la plante.
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles

La phyllosphère se compose de diverses

communautés microbiennes: des bactéries,
des champignons filamenteux, des levures,
des algues et des protozoaires.

La nature des différents micro-organismes

(épiphytes et endophytes) associés à la
phyllosphère est présentée dans la figure
ci-contre.
https://doi.org/10.1007/978-3-030-38453-1_5
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles
• les flèches bleues des
bactéries aux jonctions
cellulaires,
• la flèche blanche la base
d’un trichome glandulaire,
• la flèche orange, un hyphe
fungique et
• la flèche verte un
agglomérat de bactéries à la Interactions entre microorganismes et le phylloplan (à
gauche) et microscopie par fluorescence du phylloplan
base du trichome
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles
• Colonisation de la feuille de
tomate par Xanthomonas
axonopodis pv. Vesicatoria
• La flèche indique la
localisation préférentielle
des massifs bactériens au
niveau des trichomes

Photographie de trichomes à la surface foliaire de tomate

observée au MEB (d’après Ojanen – Reuhs et al., 1997).
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles
Observations microscopiques de la
surface foliaire de la tomate inoculée
avec Xanthomonas euvesicatoria (75-
3R) marquée à la GFP (Zhang et al.,
2009).
Les bactéries fluorescentes colonisent
les crevasses formées entre les
cellules épidermiques (A),
Photographie de trichomes à la surface foliaire
les dépressions autour des stomates, de tomate observée au MEB (d’après Ojanen –

ainsi que l’ostiole (A et B). Reuhs et al., 1997).

 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles

Diversité des
microorganismes
associés aux
plantes
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles

Les micro-organismes de la phyllosphère sont importants pour la croissance des

plantes car ils favorisent la croissance de différentes manières:

❑ Certains micro-organismes phyllosphériques tels que les cyanobactéries et les

bactéries fixatrices d’azote comme Azotobacter, fixent l’azote atmosphérique
et le fournissent à la croissance des plantes;

❑ Les micro-organismes de la phyllosphère produisent différentes hormones de

croissance végétale, comme l’acide indol acétique (AIA), que les plantes
utilisent pour leur croissance.
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles
❑ Ils stimulent la production de phytoalexines par les plantes (Les phytoalexines sont
des substances chimiques défensives produites par les plantes en présence de
pathogènes).

❑ Ils décomposent les feuilles et contribuent à la formation d’humus après la chute des
feuilles.

❑ Certains micro-organismes de la phyllosphère ont des effets antagonistes contre les

champignons pathogènes et protègent donc les plantes contre les maladies
fongiques. Ils sont capables de coloniser la surface des feuilles en formant un biofilm
qui les protège.

❑ En outre, ils entrent en concurrence avec les micro-organismes pathogènes pour

l'habitat et les nutriments.
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles
❑ La surface des feuilles constitue un
habitat naturel pour la croissance et la
multiplication des micro-organismes de
la phyllosphère.

❑ De plus, la présence de cire dans la

cuticule et les exsudats des feuilles
favorise l’adhésion de ces micro-
organismes à la surface.
Représentation schématique des principaux composants
de la phyllosphère.
https://www.fertiberia.com/fr/la-phyllosphre-trop-souvent-
oublie/
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles
❑ Les acides aminés, le glucose et le
saccharose, présents dans les
exsudats des feuilles, sont essentiels
pour ces micro-organismes, car ils
fournissent la nutrition nécessaire à
leur développement.

❑ De même, l'eau libérée lors de la

transpiration fournit l'humidité
Représentation schématique des principaux composants de
nécessaire à la croissance. la phyllosphère.

https://www.fertiberia.com/fr/la-phyllosphre-trop-souvent-oublie/
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles
Les apports de la plante aux
Les phylloplan et phyllosphère en général microorganismes épiphytes de la
sont des milieux où les nutriments ne phyllosphère sont liés à des
sont pas aussi accessibles que dans la mécanismes comme:
rhizosphère puisque la plante dispose • l’excrétion,
d’une cuticule lipidique et cireuse qui • l’exsudation,
limite les flux à l’interface de la plante et • la guttation,
de l’atmosphère et qui sert de barrière • les entailles,
contre les microorganismes. • l’infiltration ou encore
• la lixiviation.
 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles

➢ métabolites de la plante tels que

• sucres solubles,
• les polyols,
Les microorganismes ont un • les acides aminés et les composés
accès limité aussi bien aux organiques volatiles (isoprénoides,
composés halogénés, ou alcools

➢ sels et à l’eau provenant de la plante

 Les types de microorganismes présents dans la
phyllosphère et leurs rôles

❖En général, les bactéries sont majoritairement réparties à la face inférieure

des feuilles probablement parce que la quantité de stomates ou de
trichomes y est plus élevée ou que la cuticule est plus fine.

❖Les sites les plus communément colonisés sont situés dans des cavités
comme les jonctions de la paroi cellulaire de l’épiderme, le long des
nervures, à l’entrée et dans les stomates, et à la base des trichomes. Elles
peuvent aussi être localisée sous la cuticule, dans les dépressions de la
cuticule, à proximité ou dans les hydathodes.
La composition du microbiote
varie en fonction du
compartiment végétal