Métabolisme secondaire
Présenté par : BENSANIA W.
3ème année Biochimie
I. Notion de produits naturels
Les espèces chimiques naturelles sont celles qui existent dans la nature et qui ne subissent pas
de modification chimique (structure) après les procédés de leur obtention (physiques ou
chimiques).
Les molécules naturelles ont toujours représenté une part importante des molécules
thérapeutiques utilisées en médecine. La diversité chimique et structurale des molécules
naturelles est immense et leur confère également une large gamme d’activité biologique dont
notamment des activités antimicrobiennes mais aussi des activités anticancéreuses ou encore
anti-inflammatoires. De plus, leurs propriétés pharmacocinétiques (absorption,
métabolisation, solubilité…) permettant d’intégrer plus rapidement les circuits de
développement pharmaceutiques.
Néanmoins, ces molécules naturelles peuvent être également modifiées par transformation
chimique, donnant ainsi naissance à de nombreux dérivés similaires à la molécule naturelle
mère mais aux propriétés biologiques plus intéressantes, comme de meilleures propriétés
pharmacocinétiques ou plus d’efficacité en termes d’activité biologique. On parle les espèces
chimiques semi synthétiques. Les espèces chimiques synthétiques sont préparées par
l’Homme à l’aide de transformations chimiques. Les espèces chimiques artificielles sont des
espèces chimiques synthétiques qui n’existent pas dans la nature (comme l’aspartame).
II. Métabolisme et Métabolites
Métabolisme = réaction
Métabolite = molécule
Un métabolite est un composé organique intermédiaire ou issu du métabolisme.
Le métabolisme est l’ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent au sein de la
cellule et qui conduisent à la synthèse des molécules nommées métabolites.
Chez les végétaux, on distingue deux classes de métabolismes/métabolites:
* Métabolisme primaire, qui produit des métabolites primaires ;
* Métabolisme secondaire, qui produit des métabolites secondaires.
Le métabolisme secondaire est défini comme l'ensemble des voies permettant la synthèse de
petites molécules, non essentielles mais pouvant procurer un avantage sélectif dans certaines
conditions. Ces molécules sont appelées métabolites secondaires. Le métabolisme secondaire
est généralement opposé au métabolisme primaire qui regroupe l'ensemble des voies
cataboliques et anaboliques indispensables à la survie et à la reproduction de la cellule.
II.1. Métabolites primaires
Un métabolite primaire est un type de métabolite qui est directement impliqué dans la
croissance, le développement et la reproduction normale d'un organisme ou d'une cellule. Ce
composé a généralement une fonction physiologique dans cet organisme, c'est-à-dire une
fonction intrinsèque.
• les glucides, source d’énergie, paroi cellulaire
• les lipides, source d’énergie, membranes cellulaires
• les acides aminés, source primaire de construction des protéines
• les acides nucléiques, support de l’information génétique
II.2. Métabolites secondaires
Ils représentent toute substance présente chez un organisme et qui ne participent pas
directement aux processus de base de la cellule vivante par opposition aux métabolites
primaires. Les métabolites secondaires sont historiquement d’origine végétale ou microbienne
(bactéries et champignons), mais on découvre également des métabolismes spécifiques à
certains groupes animaux.
Ils sont des composés organiques:
- existant en très grand nombre, d’une variété structurale extraordinaire
- marquant l’identité d’une espèce, familles ou genres
- impliquant dans une écologie chimique inter-espèces
- ayant des applications pharmaceutiques.
- se caractérisant généralement par de faibles concentrations.
Il existe une grande variété de métabolites secondaires pouvant avoir des structures chimiques
diverses et complexes et de très nombreuses activités biologiques. On peut citer la capacité à
tuer ou inhiber la croissance des bactéries (on parle alors d'antibiotiques), des champignons
(antifongiques) ou d'autres organismes eucaryotes, tels des protistes ou des helminthes
(antiparasitaires). D'autres composés peuvent jouer un rôle dans la régulation du métabolisme
de l'organisme. Certaines molécules peuvent également servir à la communication entre les
plantes.
III.Métabolites secondaires d’origine microbienne
La production des métabolites secondaires n’est pas indispensable à la croissance du
microorganisme lui-même. Ils sont de structure et d’activité biologique très diverses. Les
microorganismes produisent leurs métabolites secondaires après avoir terminé leur phase de
croissance et avoir entamé la phase stationnaire.
Les métabolites secondaires peuvent présenter un avantage pour le micro-organisme
producteur. Par exemple, dans des écosystèmes complexes où la compétition microbienne est
importante, la production de métabolites secondaires à activités antimicrobienne ou
cytotoxique est un avantage pour la compétition et la colonisation de la niche écologique par
le producteur.
Les métabolites secondaires englobent tout produit à activités antibiotiques, pharmaceutiques
et toxiques. Encore aujourd’hui, les molécules antimicrobiennes produites par les micro-
organismes occupent une place importante dans la recherche de nouvelles molécules
naturelles.
Les avancées technologiques dans le domaine du séquençage haut débit de l’ADN ont permis
d’accéder à de nombreux génomes de micro-organismes : presque 700 génomes de
champignons et plus de 18 000 génomes de bactéries ont été séquencés. Leur analyse fine à
l’aide d’outils bioinformatiques permet l’identification, par homologie de séquences, de gènes
impliqués dans les voies de biosynthèse de métabolites secondaires potentiellement actifs.
Parmi des procaryotes, les substances de bacille, de streptomyces et de pseudomonas
produisent les montants les plus élevés de métabolites. Les champignons, y compris des
ascomycètes, les substances fongiques de basidiomycètes, filamenteuses et endophytic
produisent 38% de tous les métabolites microbiens.
1. Les antibiotiques
Du grec « anti » (contre) et « bios » (vie), le terme antibiotique désigne toute molécule
capable de tuer ou d'inhiber la croissance des bactéries, et ce de façon sélective. Cette
terminologie ne s'applique pas si l'effet est dirigé contre un organisme eucaryote. De
nombreuses familles d'antibiotiques ont été identifiées. On peut citer les β-lactames, les
cyclines, les macrolides ou encore les aminoglycosides par exemple.
2. Agents antitumoraux
Le cancer constitue l'une des pathologies humaines responsables d'un grand nombre de décès
chaque année. Parmi les métabolites secondaires, certaines molécules se révèlent capables
d'inhiber la multiplication des cellules cancéreuses. On peut citer l'actinomycine D, les
anthracyclines (daunorubicine, doxorubicine), la bléomycine ou encore la mitomycine C.
Ces composés agissent en se fixant sur l'ADN.
Quelques structures de produits naturels ayant des propriétés anticancéreuses
3. Immunosupresseurs
Certains métabolites sont capables d'agir sur le système immunitaire de façon à inhiber celui-
ci. Une telle activité se révèle très utile pour le traitement de maladies auto-immunes ou
pour empêcher le rejet d'organes greffés. Par exemple, la rapamycine issue de
Streptomyces hygroscopicus est utilisée pour ses propriétés immunosuppressives et
antiprolifératives lors de transplantations de reins. Le tacrolimus (FK506 ou fujimycine) isolé
chez S. tsukubaensis, est utilisé à très faible dose pour la transplantation de foies depuis 1994.
Quelques structures de produits naturels ayant des propriétés immunosuppressives
4. Antifongiques et antiparasitaires
Le mot antifongique réfère à un composé capable de tuer ou d'inhiber la croissance d'un
champignon. De nombreux antifongiques sont utilisés en médecine. La nystatine produite par
Streptomyces noursei est par exemple utilisée pour le traitement de différentes infections par
des levures, notamment des Candida.
Le terme antiparasitaire désigne plus globalement un composé permettant de lutter contre
différents types d'organismes eucaryotes (protistes, insectes, helminthes). Ces métabolites
présentent des utilités en médecine humaine et vétérinaire, mais aussi en agriculture.
L'usage de métabolites insecticides en agriculture permet de diminuer fortement les pertes de
rendement. Ils sont aussi moins toxiques que les insecticides de synthèse. Par exemple les
spinosynes, produites par Saccharopolyspora spinosa, sont très spécifiques et ne présentent
aucun risque pour les animaux. L'avermectine produite par Streptomyces avermitilis est active
contre certaines espèces d'arthropodes et de nématodes. Ce composé est en revanche non
toxique pour les mammifères et ne possède pas de propriété antibiotique (donc pas d'effet sur
la flore intestinale).
Exemples de structure de molécules aux propriétés antiparasitaires (spinosyne) et
antifongiques (nystatine).
5. Inhibiteurs d'enzymes
Certains métabolites secondaires sont capables d'agir sur le niveau d'efficacité d'enzymes du
métabolisme primaire et de diminuer celui-ci. Ces propriétés ont donné lieu à de nombreuses
applications notamment en médecine. La lovastatine (isolée chez Aspergillus terreus) est
capable d'inhiber l'action de la réductase d'HMG-CoA, une enzyme permettant la synthèse
du mévalonate, précurseur du cholestérol. D'autres métabolites sont utilisés pour le
traitement du diabète de type 2. C'est notamment le cas de l'acarbose (produit par
Streptomyces glaucescens). Cette molécule ralentit l'hydrolyse de polysaccharides issus de
l'alimentation. En conséquence, le glucose est moins rapidement assimilé par l'intestin ce
qui fait chuter son taux sanguin.
Quelques structures de produits naturels ayant des activités inhibitrices d'enzymes
6. Toxines
Les toxines sont des molécules synthétisées par un organisme et capables de perturber
le fonctionnement de certaines cellules. Les toxines sont également plus ou moins
immunogènes: elles sont capables d'induire une réponse immunitaire.
