Année universitaire 2023-24

S3-Module Microbiologie
Pr Faiza CHBEL

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Plan du module
Objectifs du cours de microbiologie (cours +TD)
•Bases qui seront utilisées dans d’autres parties des modules
intégratifs: Structures, métabolisme et génétique des µo, ….
•Interactions avec les autres composants de la biosphère
•Importance dans les activités humaines.

Objectifs des TP de microbiologie

•Mettre en pratique quelques unes des principales méthodes
expérimentales utilisées en microbiologie: observation,
identification….

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Chapitre 1:

1- Microbiologie: introduction

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Définition de la Microbiologie:

• La microbiologie est la science qui étudie les

organismes microscopiques ou microorganismes
(µO).

• Ils comprennent les bactéries, les champignons,

les algues, les virus, et les protozoaires

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Définition d’un Microorganisme:
• Dérivé du grec: Mikros, «petit» et Organismos,
«organisme»
– Organisme microscopique qui comprend soit une seule cellule
(unicellulaire) ou un amas de cellules identiques (non
différentiée)

– Leur taille est généralement inférieure à un millimètre : ils doivent

être observés au microscope (photonique/optique ou électronique) et
cultivés dans des milieux permettant leur croissance et leur isolement.

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Microorganisme:

Microscope optique
Microscope électronique L’œil humain
0.1nm 1 nm 10 nm 100 nm 1 µm 10 µm 100 µm 1 mm 1 cm 0.1 m

Fourmi
Atome Acide Protéine Virus Bactérie
aminé Cellule de plante
Cellule animale
Protistes
Organites
Fungi

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Organisme?
• Qui est vivant
– Possède un métabolisme

• Qui peut vivre de façon indépendante

– N’est pas l’unité d’une organisation multicellulaire
• Ex. une cellule du foie n’est pas un organisme
Exception: Parasite obligatoire
– Ne peut pas vivre de façon indépendante, mais est un
organisme! (ex virus)
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Propriétés de la Vie:
• Les organismes vivants:
✓ Sont composés de cellules
✓ Réagissent à leurs environnements
✓ Peuvent se nourrir
✓ Sont capable d’obtenir et d’utiliser de l’énergie
✓ Ils maintiennent un équilibre interne
✓ Peuvent croître et se reproduire
✓ Ils sont assujettis à une adaptation évolutionnaire

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1-Unité de la Vie: La Cellule
• Composantes structurales :
– Membrane plasmique
– +/- Paroi cellulaire
– Noyau/Nucléoïde
– Cytoplasme
• Composantes chimiques :
– Protéines
– Lipides
– Polysaccharides
– Acides nucléiques
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La Cellule:

Eucaryote Procaryote
Membrane nucléaire Aucune membrane nucléaire
Noyau Nucléoïde
Plus d’une molécule d’ADN Une molécule d’ADN +/- plasmide
Division non-mitotique
Division mitotique
Fission binaire
Organites Pas d’organites

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2- Réagir à son Environnement:

• Les organismes interagissent avec leur

environnement et avec d’autres organismes.
• Les réponses aident à assurer la survie de l’organisme
et de poursuivre ses activités biologiques.
Ex: Se déplacer d’un endroit pauvre en nutriments à un endroit plus riche
– Chimiotaxie
– Phototaxie

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 3- Se Nourrir:
• Le Métabolisme:
– Absorption et transformation des composés chimiques:
Anabolisme + Catabolisme
– Anabolisme : Synthèse de macromolécules; Construction
– Catabolisme : Dégradation de macromolécules; Destruction
– Obtenir, générer et utiliser de l’énergie
– Élimination des déchets

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4- Maintenir un Équilibre Interne:
•La cellule essaie de maintenir un environnement
interne constant
– Ex. pH, concentration de soluté, pression osmotique,
température, etc.

• L’organisme essaie de maintenir un environnement

interne constant (Homéostasie)

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5- Reproduction:
–Capacité de tout type d’organisme de générer un autre
organisme tel que lui-même
•Organisme unicellulaire, tel que les bactéries se
divisent tout simplement en deux (Reproduction
asexuée: Fission binaire)
– Les organismes multicellulaires sont souvent le résultat
de l’union de deux cellules de différents individus
• Ex. Reproduction sexuée; Ex. Spermatozoïde + ovule
(méiose)
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Reproduction , Le Code Génétique
• Les instructions pour l’organisation et le développement
d’un organisme sont encodés dans les gènes.
• Les gènes sont des éléments codant du génome (ADN)

• Le Déchiffrage (Transcription + Traduction)

– Génération de la machinerie cellulaire
– Génération de nouvelles cellules
– Maintien de la cellule

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Le génome :

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6- Adaptation Évolutionnaire
• Les organismes acquièrent des changements
transmissibles aux générations futures qui permettent
de mieux répondre aux changements de leurs
environnements
– Changement au niveau du génome: (mutations)
• Le maintien de ces changements dépend des pressions sélectives
– Ex. Acquisition de résistances aux antibiotiques (bactéries)

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Organismes et Entités Étudiés:
• Cellulaire
– Champignons • Acellulaire
• Ex. Levure – Virus
– Protistes • Composé d’acides nucléiques
• Ex. Algue et de protéines
– Bactérie – Viroïdes
• Ex. E. coli • Composé d’ARN (extracel
– Archaea
• Ex. Méthanogènes
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Taille des microorganismes
Protozoaires 1 mm

Spirochètes Cellules
0,2 à 0,7 x 5 à 500 µm sanguines
Levures 10 µm

Escherichia coli Filtration

Bactéries 1 µm stérilisante
0,5 x 2 à 3 µm

Mycoplasma pneumoniae Virus 0,01

0,1 µm µm
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Morphologie des µO:

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 Lactococcus lactis
Neisseria gonorrhoeae Streptococcus thermophilus

Staphylococcus

Les coques
des streptocoques
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Les bacilles, vibrions

Vibrio E coli

Salmonella
Pseudomonas

Clostridium

Listeria Bacillus

Lactobacillu
s

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Les formes
hélicoïdales
Campylobacter jejuni

Helic obacter pilori

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Les formes
spiralées

spirochète

Treponema pallidum

Borrelia burgdorferi24
Les formes mycéliennes
actinomycète

Propioni-
bacterium
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Pourquoi étudier les microorganismes ?

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Pourquoi étudier les microorganismes ?

Les micro-organismes existent partout, sont très répandus

dans la nature.

Environnement : L’eau, Le sol, L’air, L’alimentation

Etres vivants dans leur flore normale : des milliards….

✓ La flore cutanée
✓ La flore intestinale
✓ La flore des voies aériennes supérieures
✓ La flore vaginale
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 Sites Bactéries
Couche cornée
Micrococcus, Staphylococcus epidermidis,
Peau
Poils et glandes sébacées
Staphylococcus aureus
Nez Entrée des fosses nasales
Staphylococcus aureus
Streptococcus mitis, sanguis, salivarius Lactobacilles
Cavité buccale
Staphylococcus epidermidis, Neisseria
Actinomyces, Fusobacterium, Bacteroides, Haemophilus
Estomac
Flore rare (pH = 2) Helicobacter
Flore très abondante (1011 bactéries/g), variée (400 espèces)
Gros intestin
Anaérobies : Bifidobacterium, Actinomyces, Clostridium,
Aérobies : Entérobactéries, Staphylococcus, Pseudomonas
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La flore microbienne normale de l'homme

• In utero : le fœtus reste microbiologiquement stérile

• A la naissance : premier contact avec des microorganismes

lors du passage de la filière maternelle, puis lors de
l'alimentation par le contact maternel
* L'installation d'une flore normale et stable prend environ 2 à
3 semaines pour les enfants nés à terme et nourris au sein

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La flore microbienne normale de l'homme

Certains sites sont normalement stériles. la mise en

évidence d'un micro-organisme à leur niveau signe une
infection :
✓Arbre respiratoire (sous les cordes vocales);
✓Sinus et oreille moyenne;
✓ Plèvre et péritoine;
✓ Foie et vésicule biliaire;
✓Arbre urinaire au-dessus de l’urètre antérieur;
✓Os, articulations, muscles;
✓Sang, Liquide céphalorachidien

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Pourquoi étudier les microorganismes ?
Effets néfastes:
❑ Maladies
▪ Pays en voie de développement : les maladies microbiennes font un
grand nombre de décès
▪ Chaque année: 5 à 10 millions de décès (principalement des enfants)
▪ Résurgence d’«anciens» germes infectieux: M. tuberculosis
▪ Identification, voire l’émergence de « nouveaux » agents pathogènes
▪ Microbiologie médicale : étude des microorganismes pathogènes pour
l’homme: - Epidémiologie, Pathogenèse, Origine des maladies
- Identification de nouvelles maladies d’origine infectieuse
- Traitement, soins et prévention des maladies infectieuses
❑ Contaminations alimentaires: intoxication
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Pourquoi étudier les microorganismes ?
Effets bénéfiques
Agriculture :
- Fixation de N2 (N2→2NH3)
- Cycle des nutriments, recyclage
- Production animale cellulose → CO2 + CH4 + protéine animale

Energie/environnement
- Biocarburants : Fermentation du Mais → éthanol (CH4)

Aliments
- Conservation des aliments
- Fermentation des aliments (fromage, yaourt, vins)
- Additifs alimentaires (levure)
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Pourquoi étudier les microorganismes ?
Effets bénéfiques

Biotechnologies
- Organismes génétiquement modifiés (OMG) / insertion des gènes
d’intérêt
- Production pharmaceutique : insuline, AB, hormones et autre
protéines humaines

Recherche & Thérapeutique

- Bactéries levures et virus utilisés comme vecteurs de gènes
- Thérapie génique pour certaines maladies

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Pourquoi étudier les microorganismes ?

34
Pourquoi étudier les microorganismes ?

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Domaines de la Microbiologie
• Bactériologie
– L’étude des bactéries
• Microbiologie environnementale
– L'étude des processus microbiens dans l'environnement (sol, air, eau..)
• Microbiologie alimentaire
– L’étude des microorganismes qui causent des maladies d'origine
alimentaire et la détérioration
– L’étude des microorganismes utilisés dans la fabrication des aliments
• Microbiologie industrielle
– Utilisation et développement de microorganismes en biotechnologie
• Microbiologie médicale
– L’étude, le diagnostic et le traitement des maladies microbiennes
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Domaines de la Microbiologie (Suite)
• Mycologie
– L’étude des champignons
• Protozoologie
– L’étude des protistes
• Virologie
– L’étude des virus
• Épidémiologie
– L’étude du rôle des microorganismes dans la santé et la maladie des
populations
• Immunologie
– L’étude des mécanismes de défense du corps contre les virus,
les bactéries, et les champignons
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• fin

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