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Identification et Prévalence des Entérobactéries des Patients Consultés au

Laboratoire d'Analyses Médicales Solabsen (Dakar/Sénégal)

Thesis · December 2023

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4 authors, including:

Mama Racky Ndiaye

Cheikh Anta Diop University
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 REPUBLIQUE DU SENEGAL

UN PEUPLE-UN BUT-UNE FOI

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR DE LA RECHERCHE ET DE L’INNOVATION

ACADEMIE INTERNATIONALE DES HAUTES ETUDES DE LA SECURITE

(AIHES)

MEMOIRE DE FIN DE CYCLE

POUR L’OBTENTION DU DIPLOME DE LICENCE

SPECIALITE : ANALYSES BIOLOGIQUES

Identification et Prévalence des

Entérobactéries des Patients Consultés au
Laboratoire d’Analyses Médicales Solabsen
(Dakar/Sénégal)

Présentée par
Aïcha Mouhayibou BEYE

Sous la direction :
Dr Abdoulaye CAMARA, Biologiste/SOLABSEN
Dr Mama Racky NDIAYE, Enseignante-Chercheuse/UCAD - PhD en Génétique des populations
Jaubert YELKOUNI, Technicien de Laboratoire/Major Administratif et Technique/SOLABSEN

ANNEE ACADEMIQUE : 2022-2023

 RESUME

Certaines entérobactéries sont responsables d’infections humaines parfois sévères, en raison de leur
fréquence et de leur morbidité, les infections causées par celles-ci représentent un risque croissant en
santé publique. Ainsi l’objectif de cette étude est d’identifier les infections aux entérobactéries des
patients consultés au Laboratoire de Solabsen à Dakar (Sénégal) et de déterminer leur prévalence. Le
diagnostic repose sur l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) et la coproculture avec la mise
en évidence des germes impliqués. En ECBU, il a été recensé 12 cas d’infection urinaire sur les 102
patients diagnostiqué, soit une prévalence de 11,76%. Parmi les isolats, 2 groupes de germes ont été
identifié : les bacilles gram négatif et les Cocci gram positif, ils représentent respectivement 75% et
25 % de la prévalence des isolats. Les espèces dominantes dans nos prélèvements ont été de la famille
des entérobactéries avec majoritairement Escherichia coli pour 58,34% des cas d’infection, ils sont
suivis des Cocci gram positif avec Staphylococcus aureus comme isolats dominants représentant
16,67 % des cas d’infections. Une prédominance du sexe masculin a été notifiée avec 58,33% mais
aussi des adultes et des personnes âgées avec respectivement 83,33% et 16,67% de la prévalence.
En coproculture, les résultats n’ont indiqué aucun cas parmi les 19 patients consultés, soit une
prévalence des infections digestives de 0%.
Mots-clés : Entérobactéries, Infection, ECBU, Coproculture, Prévalence, Sénégal.

ABSTRACT

Some enterobacteria are responsible for sometimes severe human infections, because of their
frequency and morbidity, infections caused by them represent a growing risk in public health. Thus
the objective of this study is to identify enterobacterial infections of patients consulted at the Solabsen
Laboratory in Dakar (Senegal) and determine their prevalence. The diagnosis is based on
cytobacteriological examination of urine (ECBU) and coproculture with the identification of the
germs involved. In ECBU, there were 12 cases of urinary tract infection among the 102 patients
diagnosed, a prevalence of 11.76%. Among the isolates, 2 groups of germs were identified: gram-
negative bacilli and gram-positive cocci, they respectively represent 75% and 25% of the prevalence
of isolates. The dominant species in our samples were from the family of enterobacteriaceae with
mainly Escherichia coli in 58.34% of cases of infection, they are followed by Cocci gram positive
with Staphylococcus aureus as dominant isolates representing 16,67% of infections. A predominance
of the male sex was reported with 58.33% but also adults and the elderly with respectively 83.33%
and 16.67% of the prevalence. In coproculture, the results indicated no cases among the 19 patients
consulted, a prevalence of digestive infections of 0%.

Keywords: Enterobacteries, Infection, ECBU, Coproculture, Prevalence, Senegal.

II
 DEDICACES

C’est avec un grand honneur :

Que je dédie ce modeste travail aux personnes qui y ont contribué, aux personnes qui m’ont
toujours encouragé dans mes études.

A mon très cher père Djery Amar, tu as toujours été à mes côtés pour m’encourager,
faisant tout ce qui est nécessaire pour que je ne manque de rien, dans ma vie comme dans mes
études, ceci est ma profonde gratitude pour ton éternel amour. Je n’ai pas les mots nécessaires
pour t’exprimer toute la reconnaissance qui t’est due.

A ma très chère mère Ndeye Ndoumbé Cissé, à la femme qui a souffert sans me laisser
souffrir, qui a tout fait pour ma réussite et qui n’a ménagé aucun effort pour cela. Ton affection
et ton soutien m’ont guidé, ta présence et ton courage ont été ma force.

A mes sœursMaimouna et Salymata Amar, à mes frères Abdou Khadre

Beye et Iba mar Amar, je vous aime plus que tout et vous avez été d’un soutien moral
exceptionnel.

A ma grand-mère Awa Déme, qui m’a élevé, soutenue et grâce à qui rien ne serait possible.
Karamo Mamady et El Hadj Daouda Seck, à mes tantes
A mes oncles

Ndeye Aida et Mamie Cissé, vos conseils durant toutes ces années m’ont été
précieux et m’ont donné l’envie de réussir. Merci pour vos encouragements et pour avoir cru
en moi.

A mon encadreur, le docteur Mama Racky Ndiaye, sœur, amie et professeur, sans qui
ce travail n’aurait pu être réalisé.

A toute Ma famille, merci pour toutes les valeurs humaines inculquées.

III
 REMERCIEMENTS

C’est avec sincérité et amour que je remercie, tous ceux et toutes celles qui ont
contribué de près ou de loin à ce travail et à ma réussite :

Au bon Dieu, le tout puissant, le seul et l’unique qui m’a guidé tout au
long de ma vie, sans qui rien ne se fait, sans qui rien n’est possible.

L’Académie Internationale des

Je tiens à exprimer ma profonde reconnaissance à

hautes Etudes de la Sécurité (AIHES), aux enseignants, à tout le

personnel qui ont contribué au bon fonctionnement de ma formation.
Mention spéciale :

Au Docteur Mama Racky Ndiaye, Pour vos compétences exceptionnelles, votre

dynamisme, votre disponibilité et vos conseils, ce travail est aussi le vôtre.

Au Docteur Adiouma Georges Robert Jacques Sarr, merci pour votre

assistance durant tout le long de notre cycle, pour votre compréhension, votre bienveillance, et
votre expertise scientifique inégalable.

A tout le personnel de laboratoire de Solabsen, Merci pour l’accueil et le partage.

AuDocteur Abdoulaye Camara (Biologiste) et à Jaubert Yelkouni
(Major administratif et technique) grâce à qui mon amour et mon ambition pour
cette formation n’a fait qu’augmenter, merci pour vos compétences, pour votre disponibilité,
vos conseils, mon apprentissage à vos côtés a été fructueux. Vous m’avez permis de travailler
dans une bonne ambiance, vous avez ma gratitude et mon respect.

Merci à tous de m’avoir guidé, d’avoir participé à l’élaboration de ce travail et à la réussite de

ma formation.

IV
 LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Eléments bactériens ................................................................................................. - 3 -

Tableau II : Classification des Entérobactéries les plus fréquentes en clinique humaine ............. - 7 -
Tableau III : Caractères biochimiques des Entérobactéries les plus fréquentes ........................... - 8 -
Tableau IV : Liste des antibiotiques testés pour les entérobactéries .......................................... - 32 -
Tableau V : La prévalence globale en ECBU ........................................................................... - 38 -
Tableau VI : La prévalence globale en Coproculture ................................................................ - 38 -
Tableau VII : Répartition de la prévalence en fonction du sexe ................................................ - 39 -
Tableau VIII : Répartition de la prévalence en fonction des catégories d’âge ........................... - 39 -
Tableau IX : Répartition de la prévalence en fonction des germes isolés et des familles ........... - 40 -
Tableau X : Répartition de la prévalence des germes isolés en fonction de l’âge et du sexe ...... - 40 -

V
 LISTE DES FIGURES

Figure 1 : Morphologie bactérienne ----------------------------------------------------------------------- 1 -

Figure 2 : Coloration de Gram ----------------------------------------------------------------------------- 2 -
Figure 3 : Taux de croissance des bactéries en fonction de la température --------------------------- 2 -
Figure 4 : Mobilité bactérienne ---------------------------------------------------------------------------- 3 -
Figure 5 : Structure générale d’une bactérie -------------------------------------------------------------- 4 -
Figure 6 : Structure de la paroi des bactéries Gram positif et Gram négatif -------------------------- 5 -
Figure 7 : Galerie biochimique API 20E ------------------------------------------------------------------ 8 -
Figure 8 : Automate Mini API ----------------------------------------------------------------------------- 8 -
Figure 9 : Structure et aspect microscopique des Enterobacteriaceae ------------------------------ - 10 -
Figure 10 : Structure de SOLABSEN ------------------------------------------------------------------ - 14 -
Figure 11 : Localisation de SOLABSEN -------------------------------------------------------------- - 15 -
Figure 12 : Cartographie du processus pré-analytique ----------------------------------------------- - 16 -
Figure 13 : Cartographie du processus analytique ---------------------------------------------------- - 16 -
Figure 14 : Cartographie du processus post-analytique ---------------------------------------------- - 17 -
Figure 15 : Prélèvement ECBU ------------------------------------------------------------------------- - 19 -
Figure 16 : Ponction sus pubienne ---------------------------------------------------------------------- - 19 -
Figure 17 : Coproculture --------------------------------------------------------------------------------- - 22 -
Figure 18 : Pot de prélèvement coproculture ---------------------------------------------------------- - 23 -
Figure 19 : Aspect des urines --------------------------------------------------------------------------- - 24 -
Figure 20 : Etapes de la coloration de gram ----------------------------------------------------------- - 26 -
Figure 21 : Bactéries après coloration de gram ------------------------------------------------------- - 26 -
Figure 22 : Technique d’ensemencement -------------------------------------------------------------- - 27 -
Figure 23 : Milieu CLED -------------------------------------------------------------------------------- - 27 -
Figure 24 : DGU UFC / mL d’urine -------------------------------------------------------------------- - 28 -
Figure 25 : Tableau d’interprétation de L’ECBU à Solabsen ---------------------------------------- - 28 -
Figure 26 : Distributeur automatique ------------------------------------------------------------------- - 30 -
Figure 27 : Antibiogramme Serratia marcescens ------------------------------------------------------ - 31 -
Figure 28 : Les différentes étapes de l’ECBU --------------------------------------------------------- - 33 -
Figure 29 : Gélose Hektoen et Gélose SS-------------------------------------------------------------- - 35 -
Figure 30 : Milieu EMB --------------------------------------------------------------------------------- - 35 -
Figure 31 : Milieu CIN----------------------------------------------------------------------------------- - 35 -
Figure 32: Milieu Mac Conkey ------------------------------------------------------------------------- - 36 -
Figure 33 : Chronologie de la coproculture------------------------------------------------------------ - 37 -

VI
 LISTE DES SIGLES, ACRONYMES ET ABREVIATIONS

ANSES : Agence Nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail

API : Appareils et procédés d’identification

AUF : Association française d’urologie

BGN : Bacille à Gram Négatif

BPO : Bactéries pathogènes opportunistes
BPS : Bactéries pathogènes spécifiques

BLSE : Bêta-Lactamases à Spectre Etendu (Elargie)

CA-SFM : Comité de l’Antibiogramme de la Société Française et Microbiologique

CeS : Centre eSanté

CLED : Cystine Lactose Electrolyte Deficient
CGP : Cocci à Gram Positif
DGU : Dénombrement des germes urinaires

ECBU : Examen cytobactériologique des urines

EMB : Eosine Methylene Blue ou Eosine au bleu de Méthylène
IU : Infection urinaire

ID : Infection digestive
JDF : Journal des femmes

LTS : Let’s Talk Science

MH : Mueller Hinton

MHSC : Mueller Hinton au Sang Cuit

OMS : Organisation Mondiale de la santé

TF : Test de filamentation
TIAC : Toxi-Infection Alimentaire Collective

SOMIPEV : Société Marocaine d’Infectiologie Pédiatrique et de Vaccinologie

SLM : Sous le microscope
PH : Potentiel Hydrogène

UFC : Unité Formatrice Colonie

VII
 TABLE DES MATIERES

RESUME ...................................................................................................................................... II
ABSTRACT ................................................................................................................................. II
DEDICACES ...............................................................................................................................III
REMERCIEMENTS................................................................................................................... IV
LISTE DES TABLEAUX ............................................................................................................ V
LISTE DES FIGURES................................................................................................................ VI
LISTE DES SIGLES, ACRONYMES ET ABREVIATIONS ................................................. VII
TABLE DES MATIERES ....................................................................................................... VIII
INTRODUCTION ..................................................................................................................... - 0 -
CHAPITRE I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE............................................................... - 1 -
I.1-GENERALITES .................................................................................................................. - 1 -
I.1.1-Caractéristiques bactériennes........................................................................................... - 1 -
I.1.2-Structure bactérienne ....................................................................................................... - 3 -
I.2-LES ENTEROBACTERIES ............................................................................................... - 5 -
I.2.1-Définition ........................................................................................................................ - 5 -
I.2.2-Morphologie ................................................................................................................... - 6 -
I.2.3-Habitat ............................................................................................................................ - 6 -
I.2.4-Taxonomie ...................................................................................................................... - 6 -
I.2.5-Caractères bactériologiques ............................................................................................. - 7 -
I.2.6-Pouvoir Pathogène ........................................................................................................ - 10 -
Chapitre II : MATERIEL ET METHODES ......................................................................... - 14 -
II.1-Cadre d’étude................................................................................................................... - 14 -
II.1.2-Présentation géographique de SOLABSEN .................................................................. - 15 -
II.1.3-Structure et Organisation du laboratoire ....................................................................... - 15 -
II.2-Type et période d’étude ................................................................................................... - 17 -
II.3-Technique de collecte de données ................................................................................... - 17 -
II.4-Méthodologie .................................................................................................................... - 17 -
II.4.1-Prélèvements................................................................................................................ - 17 -
II.4.2-Etape analytique........................................................................................................... - 24 -
Chapitre III : RESULTATS ET DISCUSSION..................................................................... - 38 -
III.1-RESULTATS .................................................................................................................. - 38 -
III.1.1-Caractéristique de la population d’étude ..................................................................... - 38 -
III.1.2-Prévalence des infections urinaires et digestives ......................................................... - 38 -
III.1.3-Répatition en ECBU en fonction des paramètres sociodémographiques…….…………....- 39-
III.1.4-Répartition en ECBU en fonction des germes isolés .................................................... - 39 -
III.2-DISCUSSION ................................................................................................................. - 41 -
CONCLUSION ....................................................................................................................... - 45 -
REFERENCE BIBLIOGRAPHIQUE ................................................................................... - 47 -
WEBOGRAPHIE ................................................................................................................... - 50 -

VIII
 INTRODUCTION

De nombreuses maladies humaines sont dues à l’action d’agents pathogènes microscopiques

principalement d’origine bactérienne, qui se développent au sein d’un tissu ou d’un organe causant
des maladies infectieuses (Kaim et Kouache, 2020), parmi les germes responsables d'infections
bactériennes, on retrouve les entérobactéries, ces derniers forment une vaste famille de bactéries à
Gram-négatif, qui sont à l’origine de maladies de gravité très variable, en raison de mécanismes
pathogéniques distincts (Bentabet, 2019). Ces bactéries, font partie des plus isolées en pathologie
clinique, représentant la plus grande partie de l’activité du laboratoire de bactériologie médicale. Elles
sont caractérisées par leur multiplication rapide et leur acquisition fréquente de la résistance aux
antibiotiques causant des infections nosocomiales ou communautaires telles que les infections
pulmonaires, urinaires, digestives etc...(Bouzeraa et Berrihil, 2018).

L’infection urinaire (IU) représente la deuxième pathologie infectieuse après celle des voies
respiratoires, elle représente environ 40% des infections nosocomiales et constitue à ce titre une
préoccupation de santé publique (Dembele, 2020), d’autre part, On a les infections du tractus digestif
qui se manifestent par divers syndromes fréquemment regroupés sous le terme de diarrhées
infectieuses aiguës. Ces infections digestives (ID) représentent l'une des principales causes de
morbidité et de mortalité dans le monde (Younes et Benammar, 2020).
En ce sens, quelles sont les principales entérobactéries responsables d’IU et d’ID fréquemment
rencontrées dans le service ? Pour répondre à cette question scientifique, cette étude a eu pour objectif
général de contribuer à la connaissance des caractéristiques des infections urinaires et digestives des
patients consultés au Laboratoire d’Analyses médicales SOLABSEN à Dakar, durant la période de
janvier à avril 2023.
Cet objectif est fractionné en trois objectifs spécifiques :
Déterminer la prévalence des entérobactéries isolées ;
Indiquer la répartition de ces entérobactéries en fonction des paramètres sociodémographiques tels
que l’âge et le sexe ;
Identifier les facteurs de risque de ces infections urinaires et digestives.
Afin d’atteindre ces objectifs, notre travail a été subdivisé en trois (3) chapitres. D’abord, le chapitre
I est consacré à la synthèse bibliographique. Ensuite, le chapitre II est voué au matériel et méthodes.
Puis, le chapitre III a présenté les résultats et leur discussion. Ces parties ont été parachevées par une
conclusion et des perspectives. Pour terminer, des recommandations ont été formulées.
 CHAPITRE I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

I.1-GENERALITES
I.1.1-Caractéristiques bactériennes
I.1.1.1-Définition
Les bactéries sont des êtres unicellulaires, à structure très simple, dépourvus de noyau et d'organites,
au matériel génétique diffus, généralement sans chlorophylle et se reproduisant par scissiparité
(Larousse, 2023). Elles ont été découvertes à la fin du 17ème siècle par Anthoni Van Leeuwenhoek,
naturaliste hollandais, qui inventa la microscopie, ce sont des organismes procaryotes qui ne
possèdent pas de noyau, mais un ADN chromosomique circulaire situé dans le cytoplasme, de
nombreuses bactéries contiennent une autre structure d’ADN extra-chromosomique, appelée
plasmide, elles sont entourées d’une paroi complexe et possèdent souvent des flagelles (Bouskraoui
et al., 2017).

I.1.1.2 Classification bactérienne

La classification bactérienne peut se faire selon plusieurs critères :
Morphologie microscopique : Généralement, ils sont en formes de Cocci (coques), bacilles
(bâtonnets), diplocoques (groupés en deux), en chaînette, en amas etc…. (Figure 1) ;

Figure 1 : Morphologie bactérienne (Bouskraoui et al., 2017)

Morphologie macroscopique : taille – couleur des colonies sur culture ;
La coloration de Gram : Gram positif ou Gram négatif (Figure 2) ;

-1-
 Figure 2 : Coloration de Gram (Jafstpe, 2016)
Température de croissance : Les bactéries peuvent pousser dans des conditions de températures
allant des points de congélation à quasiment l’ébullition de l’eau d’après Global (2022) :
 Les psychrophiles se développent mieux à des températures comprises entre 0 et 15 °C,
tandis que les psychrotrophes se développent entre 4 °C et 25 °C ;
 Les mésophiles se développent mieux à des températures modérées comprises entre 20 °C
et environ 45 °C. Les agents pathogènes sont généralement des mésophiles ;
 Les thermophiles et les hyperthémophiles sont adaptés à la vie à des températures
supérieures à 50 °C.
L'adaptation aux températures froides et chaudes nécessite des modifications de la composition des
lipides et des protéines membranaires (Figure 3). Notez que les courbes sont inclinées vers la
température optimale. L'inclinaison de la courbe de croissance reflète la dénaturation rapide des
protéines lorsque la température dépasse la valeur optimale pour la croissance du microorganisme.

Figure 3 : Taux de croissance des bactéries en fonction de la température (Global, 2022).

Types de respirations : Les bactéries peuvent être classées de différentes manières.
Une méthode se base sur leur besoin en oxygène, pour vivre et se multiplier selon Larry (2021) :
 Bactérie aérobie stricte : Elle a besoin d'oxygène pour vivre et se développer ;
 Bactérie anaérobie stricte : La présence d'oxygène est létale pour la bactérie ;
 Bactéries aérobie facultative : bactéries qui, normalement, ne se développent pas en
présence d'oxygène, mais qui, dans certaines conditions, sont capables de vivre dans un milieu
oxygéné ;

-2-
  Bactéries Micro-aérophiles : Bactérie pour laquelle l'oxygène est indispensable mais qui
ne se développe que dans des milieux dont la pression partielle d'oxygène est nettement
inférieure à celle de l'air ;
 Bactéries aérobie-anaérobies facultatives : celles qui peuvent vivre et se multiplier avec
ou sans oxygène.

Mobilité : Bruno (2020) dit que certaines bactéries sont mobiles et peuvent se déplacer grâce à
un ou plusieurs flagelles, d’autres bactéries peuvent se déplacer par glissement et comme d’autres
peuvent être immobiles (Figure 4) :

 Les flagelles des bactéries sont de longs appendices protéiques flexibles.

 Leur nombre et leur position peuvent différer selon les espèces de bactéries, la flagellation
ou ciliature polaire monotriche, ciliature lophotriche, ciliature péritriche, ciliature
amphitriche ;

Figure 4 : Mobilité bactérienne (Bruno, 2020)

Présence de spores ;

Besoins nutritionnels : nécessitée de substances particulières.

I.1.2-Structure bactérienne
I.1.2.1-Structure générale de la bactérie
De l’ordre du micromètre, les bactéries mesurent entre 0,5 et 10-15 μm, généralement, elles
comportent les éléments suivants constituant sa structure :
Tableau I : Eléments bactériens (Larry, 2022)

Eléments Constants ou obligatoires Eléments Inconstants ou facultatifs

Paroi Capsule
Membrane cytoplasmique Flagelles
Cytoplasme Pili communs ou sexuel
ADN nucléaire Plasmides
Ribosomes Spore
Polysomes Mésosome

-3-
LTS (2019), définit les éléments constituants la bactérie comme suit (Figure 5) :
Pili : structures semblables à des cheveux qui aident la bactérie à se fixer à des surfaces et à
d’autres bactéries ;
Plasmides : matériel génétique (molécules d’ADN) ;
Ribosomes : structures qui fabriquent des protéines ;
Cytoplasme : matière vivante semblable à un gel dans laquelle les ribosomes et le matériel
génétique sont contenus ;
Membrane plasmique : fine couche de phospholipides et de protéines qui régule le
mouvement des nutriments dans et hors de la cellule ;
Paroi cellulaire : structure rigide qui entoure la cellule et protège la membrane plasmique ;
Capsule : troisième couche qui aide à prévenir le dessèchement de la bactérie ou à empêcher
qu’elle soit engloutie par des microorganismes plus gros (présente uniquement dans certains
types de bactéries) ;
Nucléoïde : amas de matériel génétique (ADN) ;
Flagelle : prolongement cellulaire qui aide les bactéries à se déplacer et à percevoir leur
environnement.

Figure 5 : Structure générale d’une bactérie (LTS, 2019 )

I.1.2.2-Structure de la paroi bactérienne

La paroi cellulaire est une des plus importantes structures d’une cellule bactérienne et elle a plusieurs
fonctions. La paroi cellulaire bactérienne empêche la bactérie d’éclater et l’aide à conserver sa
forme. Elle permet également de réguler le passage de molécules vers l’intérieur et l’extérieur de la
cellule. L’épaisseur de la paroi cellulaire aide par ailleurs les scientifiques à identifier et classer les
différents types de bactéries (Davidson, 2015). De la structure de la paroi bactérienne dépend
l’appartenance des bactéries au groupe des bactéries à Gram positif ou à Gram négatif. Les deux
groupes possèdent en commun un constituant essentiel, spécifique au monde bactérien, le
peptidoglycane, ce constituant confère à la bactérie sa forme et sa rigidité qui lui permet de résister
à la pression osmotique intra cytoplasmique (Dessen, 2022); Figure 6).

-4-
Figure 6 : Structure de la paroi des bactéries Gram positif et Gram négatif (Bouskraoui et al., 2017)
C’est également une cible préférentielle pour le développement de nouveaux antibiotiques depuis des
décennies, les briques de fabrication du peptidoglycane sont synthétisées dans 3 compartiments
cellulaires différents : le cytoplasme, la membrane et le périplasme (Laddomada et al., 2019).
I.2-LES ENTEROBACTERIES
I.2.1-Définition
Les entérobactéries appartiennent à la famille des Enterobacteriaceae. C’est une famille très
hétérogène qui regroupe de nombreux genres et espèces bactériens retrouvés principalement dans le
tractus intestinal de l’homme ou de certains animaux. Les entérobactéries sont à la fois des bactéries
saprophytes, commensales et pathogènes (opportunistes ou obligatoires) (Zrardi, 2020).
La famille des Enterobactereacae comprend de nombreux genres bactériens répondant à la définition
suivante :
Ce sont des bacilles à Gram négatif ;
Mobiles par une ciliature péritriche ou immobiles ;
Aérobie ou anaérobie facultatifs ;
Fermentent le glucose avec ou sans production de gaz ;
Réduisent le nitrate en nitrite ;
Ne possèdent pas d’oxydase ;
Ne formant pas de spores ;
Possèdent un antigène commun appelé antigène de Kunin ou ECA (enterobacterial common
antigen).

Les différences entre ces nombreuses espèces bactériennes viennent de critères plus précis, tels que
la fermentation des sucres, la production ou non de sulfures et la production d’enzymes du
métabolisme (Exemple : les désaminases et les décarboxylases) (Delarras, 2014).

-5-
I.2.2-Morphologie
Toutes les entérobactéries ont une morphologie habituellement typique de type bacilles à Gram
négatif, de 2-3 microns de long sur 0.6 microns de large, généralement polymorphes. Les espèces
mobiles, qui sont les plus nombreuses, le sont grâce à une ciliature péritriche. Certaines sont
immobiles (Klebsiella, Shigella, Yersinia pestis). La présence d’une capsule visible au microscope
est habituelle chez Klebsiella. La plupart des espèces pathogènes pour l’homme possèdent des
fimbriae ou pili qui sont des facteurs d’adhésion (Millán et al., 2006).
Les Entérobactéries peuvent posséder des pili ou fimbriae qui leur permettent de se fixer sur des
cellules eucaryotes, entre autres aux hématies. Les pili peuvent être codés par des gènes
chromosomiques ou plasmidiques. Ces adhésines jouent un rôle dans le pouvoir pathogène puisque
l’adhésion aux cellules de l’hôte sensible en est une étape obligatoire (Seddaoui, 2018).
I.2.3-Habitat
Les Entérobactéries sont ubiquitaires avec un habitat très diversifié. On les trouve dans le sol, dans
l'eau, dans certaines denrées alimentaires et aussi dans la cavité buccale, au niveau des voies aériennes
supérieures et sur les organes génitaux. Ce sont des hôtes normaux ou pathogènes du tube digestif
de l’homme et de nombreux animaux (Moussa et Moussaoui, 2016).
Dans l’intestin terminal, ces bactéries représentent plus de 10% de la flore totale, elles sont, soit des
bactéries pathogènes opportunistes (BPO), soit des bactéries pathogènes spécifiques (BPS) comme
Escherichia, Salmonella, Shigella et Yersinia. Les BPS sont des agents de diarrhée, toutes ont un
rôle dans l'hospitalisme (Seddaoui, 2018).

I.2.4-Taxonomie
Pour Dembele (2020), les Entérobactéries sont des Eubactéries elles appartiennent à :

L'embranchement des Protéobacteria ;

La classe des Gamma-protéobacteria ;

L'ordre des Enterobacteriales ;

La famille des Enterobacteriaceae.

Ce sont des bactéries importantes en pathologie, de par leur faculté à devenir résistantes aux
antibiotiques - (infections nosocomiales). On en distingue 28 genres dont 12 genres sont d’intérêt
médical : Citrobacter, Enterobacter, Escherichia, Hafnia, Klebsiella, Morganella, Proteus,
Providencia, Salmonella, Serratia, Shigella , et Yersinia (CeS, 2018; Tableau II).

-6-
Tableau II : Classification des Entérobactéries les plus fréquentes en clinique humaine (Sarr,
2019)

Groupes Familles Genres Espèces

Edwardsielleae Edwardsiella
GROUPE I Salmonella typhi
Salmonelleae Salmonella Salmonella paratyphi
Salmonella enterica
Escherichia Escherichia coli
Shigella Shigella dysenteriae
GROUPE II Escherichiea
Shigella flexneri
Shigella boydii
Shigella sonnei
Levineae Levinea
Klebsiella Klebsiella pneumoniae
Klebsiella oxytoca
GROUPE III Enterobacter Enterobacter aerogenes
Klebsielleae Enterobacter cloacae
Serratia Serratia marcescens
Erwinia
Proteus mirabilis
Proteus Proteus vulgaris
GROUPE IV Proteae
Providencia Providencia rettgeri
Y. enterocolitica
GROUPE V Yersinieae Yersinia Y. pseudotuberculosis

I.2.5-Caractères bactériologiques
I.2.5.1-Caractères biochimiques
Les caractères d'identification des Enterobacteriaceae sont essentiellement "biochimiques" et
utilisent des tests qui étudient le métabolisme protéique (présence d'uréase, production d'indole,
dégradation du tryptophane) ou la fermentation des sucres (glucose, lactose, saccharose etc..), la
capacité d'utiliser le citrate comme seule source de carbone, la présence d'enzymes (décarboxylases,
désaminases), la production d'hydrogène sulfuré ou la formation de gaz, (Fatnassi, 2020).
L‘identification se produit dans des tubes, assurant à la fois la croissance et la réaction biochimique
en ce sens, les caractères biochimiques des entérobactéries (Tableau III) les plus fréquemment
rencontrées est résumé comme suit :

-7-
 Tableau III : Caractères biochimiques des Entérobactéries les plus fréquentes (Fatnassi, 2020)

Glucose Lactose ONPG Indole VP Citrate Mobilité Urée PDA H2S

Simmons
Escherichia + + + + - - + - - -
Citrobacter + + + - - + + - - +/-
Enterobacter + + + - + + + - - -
Klebsiella + + + +/- + + - + - -
Serratia + - + - + + + - - -
Salmonella + - - - - +/- + - - +
Shigella + - +/- +/- - - - - - -
Proteus + - - +/- - +/- + + + +/-
Providencia + - - + - + + + + -
Yersinia + - + +/- + - +/- + - -
Légende : VP : Voges-Proskauer ; PDA: Phénylalanine désaminase ; H2S: Sulfure d'hydrogène,
ONPG : Ortho-Nitro-Phényl-Galactopyranoside
°

De nouvelles approches à cette méthode notamment par l’élaboration des galeries API 20E, premières
galeries mises au point pour les entérobactéries et aussi la création d‘automate comme le MINI API
(Microbiologie, 2019 ; Figure 7 et 8).

Figure 7 : Galerie biochimique API 20E (Microbiologie, 2019)

Figure 8 : Automate Mini API (Médicale, 2023)

-8-
I.2.5.2-Caractères Culturaux
La plupart des espèces d’entérobactéries sont cultivées sur milieu minimal gélosé ou bouillon sans
facteurs de croissance car elles sont non exigeantes. La température optimale de croissance est
habituellement entre 35° à 37°C mais la culture est possible entre 20° et 40°C. Leur temps de division
varie de 20 à 40 minutes avec donc un maximum de culture atteint habituellement en moins de 24h
d’incubation (Laafifi et Bahi, 2020). En milieu gélosé, les colonies sont lisses et régulières et
atteignent 2 millimètres de large sauf celles des Yersinia qui sont plus petites. Les Proteus ont
tendance à envahir la gélose et à y former un tapis uniforme. Les colonies entièrement muqueuses
sont particulièrement fréquentes chez les cultures de Klebsiella, Leur diamètre peut dépasser 10 mm;
elles ont une tendance à la confluence, on peut les rencontrer aussi avec d’autres espèces, notamment
Salmonella Paratyphi B, dans un bouillon de culture, les entérobactéries donnent un trouble
homogène avec des ondes moirées (avec des reflets changeants) quand on agite le tube (Bourgoin,
2016).

I.2.5.3-Caractères antigéniques

L'étude des différents caractères antigéniques permet de classer en sérotypes les souches appartenant à une
même espèce ou au même genre (Laafifi et Bahi, 2020). Les entérobactéries possèdent différents types
d’antigènes (Mannel & Mayer, 1978), dont les principaux sont :

Les antigènes O (ou somatiques) :

Ce sont des antigènes de paroi présents chez toutes les entérobactéries, constitués de
lipopolysaccharides (LPS) qui sont thermostables à 100°C et résistent à l’alcool ou l’acide. Les
réactions d’agglutination se produisent lentement et sont constituées d’agglutinats granulaires
difficilement dissociables par agitation. La spécificité O est perdue par les souches R qui sont auto-
agglutinables en eau distillée (Sarr, 2019).

Les antigènes H :
Ce sont des antigènes flagellaires qui ne sont donc présents que chez les souches d’entérobactéries
mobiles constitués d’une protéine, la flagelline, ils sont thermolabiles et inactivés par l’alcool.
Les réactions d’agglutination se produisent rapidement et sont constituées d’agglutinats floconneux,
facilement dissociables par agitation (Rai et Mitchell, 2020).

L’antigène Kunin
Cet antigène commun des Enterobactericeae n’est pratiquement retrouvé que dans cette famille et a
un intérêt taxonomique (Dembele, 2020 ; Figure 9 )

-9-
 Les antigènes capsulaires K

Ces antigènes capsulaires (de l’enveloppe) sont généralement constitués d’une couche externe
polysaccharidique. Parmi les antigènes K, se trouvent les antigènes : L, A, B de E. coli et l’antigène
Vi de certaines Salmonella ou Citrobacter. Ces antigènes peuvent rendre la souche qui les possède
inagglutinable par les antisérums O. Ce sont des antigènes solubles et thermolabiles détruits par une
ébullition de 2 heures. Les antigènes d’adhérence ou adhésines, de nature protéique, en relation avec
la présence de pili sont classés parmi les antigènes K (K88, K99) (Sarr, 2019).

Figure 9 : Structure et aspect microscopique des Enterobacteriaceae (Kebaili et Azmani, 2019)

I.2.6-Pouvoir Pathogène
Leur pouvoir pathogène diffère selon les espèces qui composent cette vaste famille. Les maladies
qu’elles engendrent sont dues à un défaut d’hygiène et la contamination se produit soit par contact
direct soit par l’intermédiaire d’un vecteur.

Pathogènes opportunistes
Ce sont des bactéries présentes au niveau intestinal mais qui peuvent, à des degrés variables, devenir
agressives pour l’homme, on les dit "pathogènes opportunistes". La fréquence de leurs
manifestations pathologiques est en augmentation, car souvent due à l'existence chez ces espèces de
plasmides de résistance aux antibiotiques permettant leur sélection et favorisant à leur avantage les
dysmicrobismes. Ce caractère est particulièrement vérifié avec l'espèce Klebsiella pneumoniae, hôte
des voies respiratoires, il peut être responsable d'infections, ces infections ont un point de départ
endogène citons à titre d’exemple : Les infections urinaires, les infections intra abdominales
(cholicystites, appendicites), Septicémies à point de départ urinaire ou intra abdominale, Surinfection
respiratoire (Bouzeraa et Berrihil, 2019).

- 10 -
 Pathogènes spécifiques
Ce sont des bactéries non présentes au niveau intestinal qui dès qu’elles sont retrouvées dans
l’organisme sont responsables d’infections plus ou moins graves. Comme: Salmonella, Shigella, et
Yersinia (Bouzeraa et Berrihil, 2019).

I.2.6.1-Escherichia
Les bactéries Escherichia coli (E.coli) ou colibacille, sont l'hôte commensal aérobie le plus fréquent
du côlon, elles représentent 80% de la flore intestinale aérobie de l’adulte, on les retrouve aussi au
niveau de différentes muqueuses (Larry et Maria, 2022). Certaines en revanche peuvent devenir un
agent pathogène responsable de différents types d’infections : infections
urinaires, diarrhées, cholécystites. Il est aussi impliqué dans des infections nosocomiales. La
transmission peut se faire par contact direct ou via des contaminations fécales, les jeunes enfants, les
personnes immunodéprimées ou les personnes âgées sont surtout sujettes aux infections causées par
ces E. coli pathogènes (OMS, 2018).

I.2.6.2-Salmonella
Les salmonelloses sont des maladies provoquées par des entérobactéries du genre Salmonella. Les
salmonelles (Salmonella) sont l’une des 4 causes principales de maladies diarrhéiques dans le
monde (Pasteur, 2018). La plupart des Salmonella sont hébergées dans l'intestin des animaux
vertébrés et sont le plus souvent transmises à l'homme par le biais d'aliments contaminés. La durée
d’incubation est généralement de 1 à 2 jours et dépend de la dose de bactéries ingérées, de la santé de
l’hôte et des caractéristiques de la souche de Salmonella.
En pathologie humaine, les salmonelloses comprennent deux principaux types d'affections : les
gastro-entérites et les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes. Fièvre, diarrhée, vomissements et douleurs
abdominales sont les principaux symptômes de l’infection (Pasteur, 2016).
Canada, (2001) déterminent les salmonella :

Les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes, infections septicémiques strictement humaines dues à

Salmonella typhi, Salmonella paratyphi A, B et C ;
Les toxi-infections alimentaires dues à de très nombreux sérovars de Salmonella (Salmonella
typhimurium, Salmonella dublin, Salmonella enterica, Salmonella wien, Salmonella
Saintpaul, Salmonella Newport, Salmonella Panama, Salmonella Stanleyville, Salmonella
Havana) ;
Les infections urinaires, les méningites, les ostéites, les abcès.

- 11 -
I.2.6.3-Shigella
La shigellose est une maladie du péril fécal, c’est une maladie diarrhéique très contagieuse, elle est
provoquée par des bactéries nommées Shigella , quatre sérogroupes de Shigella sont décrits
(Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Shigella boydii et Shigella sonnei), le processus
pathologique induit par Shigella est très rapide, ces bactéries contiennent un plasmide de virulence
et envahissent les cellules épithéliales intestinales puis le tissu constituant la muqueuse recto-colique,
il aboutit donc à une intense inflammation qui s’accompagne d’une sévère destruction tissulaire
(Pasteur, 2015).

I.2.6.4-Klebsiella
Au sein des entérobactéries, les bactéries du genre Klebsiella se distinguent par leur immobilité
constante, leur groupement en diplobacilles généralement encapsulés. On distingue cependant
plusieurs espèces mais Klebsiella pneumoniae est la plus fréquemment retrouvée en clinique
humaine. Chez l’homme, elle est l’agent des pneumopathies aiguës, d’angines, d’otites, de cystites
et d’affections rénales (Kassis-Chikhani, 2012).

I.2.6.5-Proteus
Les Proteus en général constituent des bactéries uropathogènes majeures: infections non
compliquées du tractus urinaire, infections chez des patients prédisposés (altérations structurales du
tractus urinaire, diabète, acte chirurgical), ils sont également retrouvés fréquemment dans les
septicémies, surtout chez les personnes âgées, (surtout P. mirabilis) peuvent aussi infecter la peau et
les tissus (plaies, abcès divers), ce genre est souvent impliqué dans des infections nosocomiales,
deux tiers des infections à Proteus sont d'origine hospitalière, les infections urinaires sont les plus
fréquentes (Delmas, 2014).

I.2.6.6-Enterobacter
Les Enterobacter cloacae sont des espèces du genre Enterobacter, qui colonisent souvent les patients
hospitalisés et plus particulièrement ceux traités par antibiotiques. ils ont été associés à des
épidémies nosocomiales et sont considérés comme des pathogènes opportunistes (Guérin, 2015).

I.2.6.7-Serratia
Les espèces de Serratia sont des agents pathogènes opportunistes. Serratia marcescens est à l’origine
d’une multitude d’infections, elle colonise les systèmes respiratoires, digestifs et urinaires, cause
des bactériémies, des infections des voies respiratoires inférieures, des infections urinaires et cutanées
(Ennaceur et al., 2004).

- 12 -
I.2.6.8-Yersinia
Lemaître, (2019) transcrit que le genre Yersinia, 18 espèces, seules 3 espèces sont pathogènes pour
l’homme :

Yersinia pestis, l’agent de la peste, pathogène de classe III, MOT (Micro-organismes et

toxines hautement pathogènes), arme biologique.
Yersinia enterocolitica biovars 1B, 2 à 5 (le biovar 1A est avirulent)
Yersinia pseudotuberculosis (5 sérotypes) sont responsables de pathologies digestives
bénignes (yersinioses)
Celles-ci pour l’homme sont responsables d’anthropozoonoses, La transmission interhumaine a lieu
uniquement en cas de forme pulmonaire par voie aérienne.

I.2.6.9-Providencia
Le genre Providencia comprend de nombreuses espèces dont principalement Providencia stuartii,
Providencia rettgeri, ce genre est responsable d’infections urinaires, bactériémies nosocomiales
(Acadpharm, 2016).

I.2.6.10-Citrobacter
L'infection à Citrobacter survient chez des patients présentant de multiples comorbidités et
provoque parfois des maladies dans la population générale. Les nouveau-nés et les
immunodéprimés sont très sensibles aux infections à Citrobacter qui comporte plusieurs espèces
mais principalement causées par Citrobacter freundii et Citrobacter koseri (Kumar et al., 2020).

I.2.6.11-Morganella
Morganelle morganii initialement appelée Proteus morganii. Rencontrée le plus souvent à l’hôpital,
elle est la cause d’infection opportunistes chez les immunodéprimés, d’infection urinaire et
d’infections extra-digestives diverses et rarement dans les infections materno-faetale, bactériémies et
septicémies (très rarement) : est rencontrée dans < 1% de toutes les bactériémies (Clave, 2016).

- 13 -
 Chapitre II : MATERIEL ET METHODES

II.1-Cadre d’étude
Anciennement connu sous le nom de laboratoire ESPLAN, il a été créé en 1970 par le Docteur Jean
François ROBERT. Devenu SOLABSEN (Figure 10) depuis 2001, il a été repris en 2014 par Dr
Omar Adamou AROUNA, Pharmacien Biologiste.

Figure 10 : Structure de SOLABSEN (Solabsen, 2019)

Au fil des années le laboratoire a évolué avec une volonté permanente de qualité, de proximité,
d’accueil et de service rendu à la clientèle. Le laboratoire s’est engagé, dès 2015 dans une démarche
qualité invitant à l’amélioration continue du système de management et à la recherche de la
satisfaction des besoins de ses clients. Il est accompagné par un consultant externe issu d’une société
reconnue. Le laboratoire a obtenu en septembre 2016 une certification ISO 9001-version 2015 et
prépare la migration vers la norme métier NF EN ISO 15189 avec pour objectif une accréditation à
court et à moyen terme. A l’heure actuelle, le laboratoire est composé de deux biologistes, de trois
techniciens, d’une assistante technique, d’une secrétaire médicale, de deux infirmiers, d’une chargée
de clientèle, de deux coursiers et d’un agent d’entretien. Les ressources humaines sont en adéquation
avec la réglementation en vigueur qui impose un nombre suffisant d’employés par rapport à l’activité.
Cette activité concerne différents champs de la biologie médicale. Les analyses médicales concernent
les secteurs de l’hémato-immunologie, de la biochimie, de la microbiologie essentiellement. Le
laboratoire n’utilise que des techniques validées, approuvées. Les analyses pratiquées sont explicitées
dans le manuel de prélèvement déployé auprès des prescripteurs et des laboratoires confrères ; les
analyses spécialisées nécessitant une haute technologie sont sous-traitées auprès d’autres laboratoires
qui offrent tous les gages de sécurité analytique, eux-mêmes pour la plupart engagés dans une
démarche qualité conformément aux exigences de la norme NF EN ISO 15189 en vigueur.

- 14 -
II.1.2-Présentation géographique de SOLABSEN
Solabsen est situé au Sénégal, dans la région de Dakar, au 22 Boulevard Djily Mbaye x Rue Malang,
Rue Mohamed V (figure 11).

Figure 11 : Localisation de SOLABSEN (Solabsen, 2019)

II.1.3-Structure et Organisation du laboratoire

II.1.3.1-Structure du laboratoire
Le laboratoire dispose :
D’une salle d’accueil où sont reçus les patients ;
De deux salles de prélèvements ;
D’une Salle de prélèvement pour le patient (ECBU, coproculture, Spermogramme) ;
D’une Salle de bactériologie ;
D’une Salle d’hématologie ;
D’une Salle de biochimie, sérologie-immunologie et charge virale ;
Le bureau du responsable.

La Salle du service de bactériologie se compose comme suit :

Des paillasses pour le dépôt des prélèvements vaginaux, des pus et divers produits
pathologiques ;
D’un secteur réservé à l’examen cytobactériologique des urines ;
D’un secteur pour la coproculture, l’hémoculture ;
D’un secteur pour la recherche de bacilles de Koch dans les crachats et autres produits
pathologiques ;
Une laverie pour la stérilisation du matériel et la destruction du matériel usagé.

Le laboratoire de bactériologie réalise les activités suivantes :

L’examen cytobactériologique des urines ou ECBU;
L’examen cytobactériologique des selles ou Coproculture
L’examen cytobactériologique des prélèvements génitaux ;

- 15 -
 L’examen cytobactériologique des pus de diverses origines
L’examen cytobactériologique des liquides de ponction (LCR et autres liquides biologiques),
des prélèvements de gorge, de nez et de la bouche, des liquides prostatiques, des prélèvements
urétraux et de crachats.
II.1.3.2-Organisation du laboratoire
Le périmètre d’activité du laboratoire s’étend de l’accueil du patient, en passant par le prélèvement,
la réalisation d’analyses médicales jusqu’au rendu des résultats. Chaque fonction du laboratoire est
décrite à travers une fiche indiquant les missions et les responsabilités de chacun. L’encadrement
technique est assuré par les biologistes, suppléés par le major administratif et technique dument
qualifié et habilité. Il s’agit de superviser les analyses et l’affectation des ressources nécessaires pour
assurer la qualité requise par les règles de l’art. Doté d'un plateau technique équipé des dernières
générations d'automates, le laboratoire assure non seulement l'exactitude des analyses, mais aussi un
rendu rapide des résultats ainsi cela s’organise en 3 phases :

Processus pré-analytique
Ce processus est très important car c’est le début de chaine permettant d’obtenir lors de la phase
analytique des résultats assurés et conformes. L’objectif principal est d’accueillir convenablement le
patient et de s’assurer du respect des normes et procédures de prélèvement (Figure 12).

Figure 12 : Cartographie du processus pré-analytique (Solabsen, 2019)

Processus analytique
Ce processus a pour objectif principal la manipulation des échantillons prélevés dans le respect des
procédures et délais de rendu de résultats, et du caractère urgent de l’analyse (Figure 13).

Figure 13 : Cartographie du processus analytique (Solabsen, 2019)

- 16 -
 Processus post-analytique
Ce processus a pour objectif principal de vérifier la cohérence de l’ensemble des résultats des analyses
d’un même dossier, et de le confronter si possible avec les résultats antérieurs. Il permet également
d’assurer une communication rapide au biologiste médical, des résultats pathologiques urgents pour
lesquels le pronostic vital du patient est engagé (Figure 14).

Figure 14 : Cartographie du processus post-analytique (Solabsen, 2019)

II.2-Type et période d’étude
Nous avons mené une étude rétrospective et descriptive sur les résultats de l’examen
cytobactériologique des urines (ECBU) et de coproculture se déroulant du 1er janvier au 31 Avril
2023, soit une période de quatre mois.

II.3-Technique de collecte de données

Parmi les différentes méthodes de diagnostic des infections urinaires (ECBU) et digestives
(coproculture) sont les méthodes que nous avons effectuée lors de notre stage au niveau du laboratoire
d’analyses médicale SOLABSEN. La collecte de données a été faite en utilisant les bulletins
d’analyse enregistrés dans le registre d’ECBU et de coproculture pour les informations relatives à
l’âge, le sexe, le milieu de culture, le DGU, le germe isolé. Dans notre étude, les patients inclus sont
ceux ayant un bulletin d’analyse d’ECBU et/ou de coproculture et sont exclus tout patient venant en
dehors de cette période et qui n’ont pas de prescription d’analyse de coproculture et/ou d’ECBU.

II.4-Méthodologie
II.4.1-Prélèvements
II.4.1.1-ECBU
L’ECBU ou examen cytobactériologique des urines est la recherche de germe dans les urines. La
simple présence de germes dans les urines, normalement stériles, suffit à mettre en évidence une
infection urinaire. C’est une des analyses les plus demandées en pathologie médicale. Le prélèvement
peut être réalisé au laboratoire ou à domicile. Dans ce dernier cas, le prélèvement doit être apporte
sans délai au laboratoire.

- 17 -
Cet examen est réalisé en laboratoire et permet d’effectuer sur un échantillon d’urine :
Une cytologie (étude des différents types de cellules retrouvés dans l’urine) ;
Une bactériologie (recherche et identification des germes pouvant se trouver dans l’urine).

Les Circonstances conduisant à la demande d’un ECBU peuvent être : Une suspicion clinique :
Symptomatologie urinaire (Dysurie, pollakiurie, pesanteur vésicale, hématurie macroscopique),
incontinence urinaire, douleurs lombaires, leucocyturie, prostatite, absence de symptomatologie
urinaire, hyperthermie isolée, protéinurie ; Un porteur de sonde vésicale ; Un bilan systématique :
Femme enceinte, bilan préopératoire (en urologie), personne âgée, diabétique.

II.4.1.1.1-Fiche de renseignement
 Nom, sexe, âge ;
 Les motifs de la demande ;
 Les antécédents d’IU ;
 Notion de maladie concomitante ;
 Traitement éventuel déjà institué ;
 Mode de prélèvement ;
 Heure de prélèvement.

II.4.1.1.2-Conditions de prélèvement
 Matin au réveil : 1ère miction du matin ;
 Tout moment : après 3H d’abstention ;
 Aucun délai chez porteur sonde vésicale ;
 Avant toute antibiothérapie sinon « fenêtre thérapeutique de 3 à 5 jours » ;
 Nombre : au moins 1 échantillon ;
 Répéter après 24 heures de traitement.

II.4.1.1.3-Matériel de prélèvement
Patient non sondé

 Solution lavante ;
 Compresses stériles ;
 Antiseptique ;
 Flacon stérile.
Si la quantité d'urines recueillies est insuffisante (moins de 3 ml) : ne pas utiliser le tube boraté mais
un flacon stérile et transmettre le flacon stérile dans les 2 heures au laboratoire (ou stocker à 2-8°C
sans excéder 12 h) (Figure 15).

- 18 -
 Figure 15 : Prélèvement ECBU (Admin, 2021)

Patient sondé
 Antiseptique alcoolique ;
 Compresses stériles ;
 Clamp ;
 Gants de soins non stériles ;
 Kit tube boraté Kaki (tube avec conservateur + canule de transfert) ;
 Une aiguille stérile de calibre adapté en fonction de la consistance des urines + Corps de
pompe.
En plus si nourrisson
 Poche adhésive de recueil stérile ;
 Adaptateur Luer ;
 Corps de pompe (tulipe).

II.4.1.1.4-Technique de prélèvement
Le mode de prélèvement idéal est la ponction vésicale sus-pubienne (PSP) (Figure 16), elle permet
d’éviter toute contamination par la flore de l’urètre et la technique limitée par son caractère invasif
pour être utilisée en première intention. Ce type de prélèvement est pratiqué chez de très rares
malades, comme ceux atteint de rétention urinaire et doit être effectué au laboratoire de préférence.

Figure 16 : Ponction sus pubienne (AFU, 2012)

- 19 -
 Patient non sondé
Après lavage hygiénique des mains et toilette soigneuse au savon ou antiseptique doux de la région
vulvaire chez la femme et du méat urinaire chez l'homme suivi d'un rinçage :
 Ecarter les lèvres de la vulve pour la femme ;
 Recueil du milieu du jet des urines du matin de préférence, ou ayant séjourné au moins 3
heures dans la vessie ;
 Laisser couler 1ères gouttes ;
 Recueillir au milieu/fin du jet urinaire.
Patient Sondé
 Il ne faut jamais prélever dans le sac collecteur (pullulation microbienne+++) ou
déconnecter la sonde du sac collecteur ;
 Le recueil s’effectue par ponction sur le site spécifique du dispositif de sonde, après
désinfection soignée et clampage de la tubulure ;
 Clampage de la sonde (10 minutes) ;
 Ponctionner à la seringue en piquant à travers la sonde, préalablement désinfectée dans la
partie initiale de la sonde lorsque le collecteur est dépourvu de site de prélèvement ;
 Dans le cas d’un ECBU à réaliser lors d’un changement de sonde, recueillir l’urine à partir
de la nouvelle sonde (résultat plus représentatif des micro-organismes réellement présents).
Nourrisson
 Poche stérile à coller sur le pubis préalablement désinfecté (attention pas plus d’une heure
de pose ou changement de poche si prélèvement non réalisé) ;
 Transvaser dans le flacon stérile/tube ;
 collecteur, à vérifier après 30 mn.
II.4.1.1.5-Conservation
 Eviter la pullulation microbienne ;
 Une mauvaise conservation des urines peut conduire à des résultats aberrants surtout si la
contamination initiale est importante ;
 Si traitement > 30 mn après l’émission conserver l’urine immédiatement à 4 °C ; le nombre
de bactéries dans ce cas demeure stable pendant 24 h ;
 Une réfrigération trop prolongée (>24-48h) : Mise en évidence des microorganismes
difficiles, altération des éléments figurés (leucocytes +++) ;
 Agents de conservation : Acide borique ++++ inhibe la prolifération microbienne pendant
24 heures à Température ambiante, formiate de sodium stabilise le pH ;

- 20 -
II.4.1.2 Coproculture
Une coproculture ou examen bactériologique des selles consiste à rechercher la présence de
bactéries au niveau des selles. L’objectif est de déterminer si des bactéries pathogènes sont présentes
dans les selles. Les bactéries recherchées étaient : Campylobacter, Salmonella, Shigella mais de nos
jours, l’espèce Campylobacter n’est plus identifiée par les laborantins. Elle consiste donc à la
recherche systématique de Salmonelle et de Shigelle.
Mais selon le contexte et la demande du prescripteur d’autres germes peuvent être recherchés, en ce
sens il y a la coproculture standard et la coproculture avec recherche spécifique (figure 17).
Selon le contexte :
 Un voyage récent dans un pays tropical ou la remarque d’autres facteurs de risque, lors de
la coproculture, le laboratoire peut également rechercher d’autres bactéries: Escherichia
coli (E. coli entéropathogène (EPEC), E. coli entérotoxinogène, (ETEC), E. coli
entérohémorragique (EHEC), E. coli entéro-invasif (EIEC)), Yersinia entercolitica,
Aeromonas spp, Vibrio spp, Staphyloccus spp, Bacillus spp, Clostridium spp ;

 En cas d’intoxication alimentaire ou de toxi-infection alimentaire collective (TIAC) ;

 De suspicion d’infections gastro-intestinales. Celles-ci se manifestent par les symptômes
suivants : une diarrhée aiguë, une gastroentérite aiguë, de la glaire ou du sang dans les selles,
des douleurs abdominales, des nausées ou des vomissements, des globules blancs dans les
selles. Les bactéries responsables de maladies intestinales graves comme le choléra, la
fièvre typhoïde et la dysenterie peuvent être détectées ;

 Dans le cadre d’un bilan pour la colite ulcéreuse, la maladie de Crohn ou le syndrome de
l’intestin irritable.
Toutefois, la coproculture standard des selles n’est pas utile pour détecter les virus pathogènes
(comme le rotavirus) et les parasites (comme l’amibe et le giardia), en notant que l’origine d’une
diarrhée n’est pas toujours bactérienne.

Le grand nombre d’espèces différentes de bactéries naturellement présentes dans les selles peut
compliquer la détection des agents pathogènes, de ce fait un contexte diagnostique est nécessaire
(Figure 17) :
 Prévention du risque infectieux ;
 Détection de colonisation par des bactéries multirésistantes (BMR ;
 Recherche de bactéries particulières.

- 21 -
 Figure 17 : Coproculture (Microbiologie, 2022)

Adulte ou enfant de plus de deux ans et contexte par défaut :

 Réalisation d’une coproculture standard ;
 Comprenant la recherche de Salmonella spp, Shigella spp (voire Yersinia enterocolitica
en cas de diarrhée).
Enfant de moins de deux ans :
 Réalisation d’une coproculture standard ;
 En ajout la recherche des E. coli entéropathogènes en sachant que les diarrhées d’origine
virale prédominent dans cette tranche d’âge.

- 22 -
II.4.1.2.1-Condition de prélèvement
 Avant toute antibiothérapie ;
 À tout moment, à toute heure ;
 De jour comme de nuit ;
 Suivre son régime alimentaire normal la veille du recueil ;
 Il faut des selles fraîchement émises.

II.4.1.2.2-Matériel de prélèvement
 Coller une étiquette de la fiche suiveuse sur le pot stérile de recueil des selles (Figure 18) ;
 Noter la date et l’heure du recueil ;
 Ecouvillons.

Figure 18 : Pot de prélèvement coproculture

II.4.1.2.3-Technique de prélèvement
Adulte
 Fait par le patient ;
 Recueillir les selles dans le pot stérile fourni par le laboratoire.
Nouveau-né-Enfant et BMR
 Ecouvillonnage rectal ;
 Chez le nourrisson, le prélèvement dans la couche peut également être pratiqué.

II.4.1.2.4-Conservation
La durée de conservation d’une coproculture est de 24 heures maximum. En attendant de vous
rendre au laboratoire avec votre prélèvement, conservez-le dans le sac plastique hermétique au
réfrigérateur.

- 23 -
II.4.2-Etape analytique
II.4.2.1-ECBU
Cette étape se déroule en deux jours successifs et de manière suivante :

1er Jour

II.4.2.1.1-Fiche de renseignement
Il est favorable de revérifier les renseignements fournit par la fiche, et de compléter certains
renseignements comme l’aspect et la couleur des urines.

II.4.2.1.2-Examen macroscopique
Il permet d’apprécier à l’œil nu la couleur des urines : orangé, jaune citrin, jaunâtre, verdâtre ou d’en
apprécier l’aspect : limpide, légèrement trouble, trouble, très trouble, hémorragique, purulente
(Figure 19).

Figure 19 : Aspect des urines

II.4.2.1.3-Examen microscopique
Etat frais
Il est effectué sur les urines totales et permet de faire sur lame et lamelle :
 La cytologie quantitative : elle permet une appréciation quantitative des leucocytes, des
hématies, des cellules épithéliales qui sont exprimés en nombre/ champ ;
 La cytologie qualitative : elle permet de vérifier la présence de cristaux, de levures, de
parasites (Trichomonas vaginalis ; œuf de bilharzies) et de préciser la morphologie et la
mobilité des bactéries.
Préparation et lecture du culot urinaire
 Prélever 10(ou 5) ml de l’urine au préalable agitée pour remettre en suspension les
éléments ;
 Transverser les urines dans un tube à essai ;
 Centrifuger le tube pendant 5 minutes à vitesse modérée (3000 tours /min) ;
 Vider le tube de son surnageant en faisant attention de ne pas verser le culot ;
 Agiter le culot avec la pointe de la pipette pasteur flambée ;

- 24 -
  Récupère une goutte du culot avec la pipette et la déposer sur lame ;
 Recouvrir par la lamelle ;
 Observer au microscope à l’objectif × 40 a la recherche : des leucocytes, hématies, cellules
épithéliales, cellules rénales, bacilles ou Cocci, des parasites, des cristaux, cylindres ;
 Procéder à la coloration de Gram.

II.4.2.1.4-Coloration de Gram
La coloration de Gram permet de différencier la paroi bactérienne et de scinder les bactéries en
deux grands groupes. Les bactéries présentent toutes une paroi constituée d’une substance, la muréine
qui est un peptidoglycane.
Elle nécessite d’avoir un frottis fixé, en ce sens, il faut :
 Fixer par l’alcool durant 5 minutes (et rinçage à l’eau) ;
 Puis on enflamme la lame
Réalisation de la coloration
Voici succinctement les différentes étapes de cette coloration (Figure 20) :
 Coloration au Violet de Gentiane (Cristal violet) : la lame est plongée pendant 1 minute
dans cette coloration (toutes les bactéries sont colorées en violet), puis rincer à l’eau
déminéralisée. Le Violet de gentiane se fixe sur les composants cytoplasmiques de toutes
les bactéries ;
 Mordançage au Lugol : étalez le Lugol et laissez agir le même temps que le violet de
gentiane; rincez à l’eau déminéralisée. Cette étape permet de stabiliser la coloration
violette ;
 Décoloration (rapide) à l’alcool : c’est l’étape la plus importante de la coloration : versez
goutte à goutte l’alcool ou un mélange alcool-acétone sur la lame inclinée obliquement, et
surveillez la décoloration qui doit être rapide (10 secondes). Cette étape sert à décolorer
le cytoplasme des bactéries qui seront dites “Gram négatif”, pour les bactéries dites “Gram
positif”, elles resteront de couleur violette ;
 Contre coloration à la Safranine (ou à la Fuchsine) : Mettez de l’eau distillée sur la lame
et quelques gouttes de safranine. Laissez agir 1 minute. Lavez doucement à l’eau
déminéralisée. Laisser la lame séché 10 à 15 minutes. Cette contre-coloration a pour but
de donner aux bactéries Gram négatives précédemment décolorées une teinte rose
permettant de les visualiser au microscope. Les bactéries à Gram positif restées violettes
seront évidemment insensibles à cette contre-coloration plus pâle que le violet imprégnant
leur cytoplasme (Figure 21) ;
 Observez avec une goutte d’huile à immersion objectif 100 (grossissement ×1000).

- 25 -
 Figure 20 : Etapes de la coloration de gram (SLM, 2022)

Figure 21 : Bactéries après coloration de gram (JDF, 2022)

II.4.2.1.5-Ensemencement et isolement
L'ensemencement doit répondre au double but de dénombrer les bactéries et d'isoler la ou les bactéries
en cause en obtenant des colonies bien distinctes les unes des autres. Les méthodes utilisées à
Solabsen sont celui de KASS modifié ou de l’anse calibrée.

Méthode de Kass modifiée :

 L’urine est diluée au 1/100 en eau stérile. 0.1 ml d’urine bien mélangée est diluée dans 9.9
ml d’eau distillée stérile ;
 0.1 ml de cette dilution est ensuite aussitôt étalée sur gélose ;
 On ensemence parallèlement l’urine non diluée sur un milieu sélectif (Hektoen ou Mac
Conkey qui permet d’inhiber l’envahissement du proteus) ou enrichie (Gélose au sang) dans
le cas où on suspecte à l’examen direct ou au Gram des germes exigeants ou déficients ;
 Incubation pendant 18 à 24 heure sur l’étuve à 37ºC ;
 Chaque colonie qui pousse à partir de l’urine diluée correspond à 1000 UFC dans 0.1 ml
d’échantillon.

- 26 -
Méthode de l’anse calibrée :

 On ensemence directement avec une anse calibré de 1ul ou de 10 ul d’urine sur milieu
gélosé (figure 22);
 On prélève verticalement avec l’anse calibrée et par capillarité une goutte d’urine que l’on
ensemence par stries sur la boîte de gélose : une strie centrale (a) est ensemencée puis
perpendiculairement réaliser un isolement de haut en bas de la boite en desserrant
légèrement les dernières stries (b) ;
 Plusieurs milieux peuvent être utilisés allant de milieux classique type BCP ou CLED
(figure 23) à des milieux chromogènes plus performants, ces derniers ont comme avantage
de permettre une orientation rapide voire une identification directe des bactéries les plus
fréquemment isolés dans les IU ;
 Un abaque de lecture est utilisé (figure 24) correspondant aux différentes concentrations de
bactéries/ml d’urines. Après 24h d’incubation, le nombre de colonies présentes à la surface
de la gélose est dénombré c’est le DGU.

Figure 22 : Technique d’ensemencement (Microbiologie, 2022)

Figure 23 : Milieu CLED (Microbiologie, 2022)

A gauche, nous avons le milieu avant l’ensemencement et à droite le milieu après l’ensemencement
et 24h d’incubation.

- 27 -
 2ème jour Exploitation du milieu CLED
II.4.2.1.6-DGU : dénombrement des germes urinaires
Le DGU est un critère fiable pour le diagnostic de l’infection si toutes les précautions ont été prises
lors du recueil des urines, leur transport et leur conservation. En effet, les faibles contaminations liées
aux bactéries présentes au niveau du méat urétral se traduisent par des bactériuries bien inférieures à
celles des infections urinaires. Le DGU peut être réalisé par différentes méthodes, dans tous les cas il
est effectué à partir de l’urine entière bien homogénéisée. Le résultat doit être en nombre UFC /ml
d’urine et avec la méthode de l’anse calibrée, le DGU (Figure 24) repose sur une comparaison de la
densité des colonies présentes sur la partie supérieure de la gélose à celle du schéma suivant :

Figure 24 : DGU UFC / mL d’urine (Memobio, 2020)

 Une numération ≤104 germes/ml correspond le plus souvent à une contamination. Toutefois,
un tel résultat doit être interprété en fonction de la leucocyturie et du contexte clinique.
 Une numération ≥105 germes/ml correspond probablement à une infection à condition que
le prélèvement ait été correctement réalisé.
Solabsen a donc mit à la disposition des techniciens un tableau d’interprétation (figure 28).

Figure 25 : Tableau d’interprétation de L’ECBU à Solabsen

- 28 -
II.4.2.1.7-Tests supplémentaire
Après le DGU, si une infection est retenue, une identification est faite à partir des colonies et en
fonction du germe isolé, si on a des :

Bacilles à gram négatif

Des tests supplémentaires sont effectués tels que l’oxydase négative et la galerie classique :
 Test d’oxydase
Appelé aussi phénylène diamine oxydase est une enzyme intervenant dans divers couples
d'oxydoréduction. Ce test est à la base de l’identification des bactéries Gram (–), il faut donc :
 Placer un disque d’oxydase sur une lame propre et stérile ;
 Déposer à l’aide d’une pipette Pasteur (il est strictement interdit d’utilisé l’anse de platine
pour ne pas fausser le résultat) ;
 Une goutte de suspension bactérienne pure sur " un disque oxydase", celui-ci contient de
l’oxalate de diméthyle paraphénylène diamine.
Les bactéries oxydase-positives donnent rapidement une coloration violet foncé ; dans le cas
contraire, il n’y a pas de coloration.
 Mini galerie
La galerie est un test biochimique qui permet d’identification des Entérobactéries. Elle comporte
des micros tests permettant de déterminer 20 caractères biochimiques de la souche à identifier. Il
est à rappeler que cette liste n’est pas exhaustive et qu’elle a été choisie en fonction des tests
disponibles au niveau du laboratoire. Dans notre laboratoire on étudie pour la plupart 6 milieux pour
la galerie classique :

 CS (citrate de Simons) : on recherche l’utilisation du citrate comme seule source de

carbone par la bactérie. On prend une colonie qu’on ensemence directement sur la pente. Si
le CS vire (vert en bleu) et une pousse sur le milieu, c’est positif ;
 KH (Kliger Hajna) : on étudie 4 caractères la fermentation du glucose dans le culot (orange
en jaune), la dégradation du lactose sur la pente (orange en jaune), la production de H2S
(couleur noir) et la production de gaz (présence de bulle d’air ou décollement du milieu) :
 MMN (Mannitol Mobilité Nitrate) : on regarde la mobilité de la bactérie et si la bactérie
a consommé le mannitol (rouge en jaune) ;
 VP (Voges proskauer) : on recherche si la bactérie possède l’acétoïne. On met donc
quelque goutte de réactif NaOH et une goutte de l’activateur α naphtol après chauffage si
on a présence d’anneau rouge sur le tube, c’est positif ;

- 29 -
  Indole : il est recherché par le réactif de Kovacs si c’est positif, il y a la présence d’anneau
rouge sur le tube ;
 Urée : on mélange quelque colonie sur l’urée après incubation à l’étuve s’il y a virage du
jaune au rose, c’est positif.
Cocci a gram positif
Le test de la catalase et celui de la coagulase sont réalisés :
 Le test de catalase
C’est une enzyme décomposant l’eau oxygénée en eau et en oxygène gazeux. La méthode consiste à
prélever une colonie du germe à étudier sur l’extrémité d’une anse de platine que l’on plonge ensuite
dans une goutte d’eau oxygénée. Le dégagement de bulles gazeuses signe la présence de l’enzyme.

 Le test de coagulase
La coagulase est une protéine semblable à une enzyme qui provoque la coagulation du plasma en
convertissant le fibrinogène en fibrine. Pour ce faire on pipette 300 µl et 200 µl d’eau physiologie
plus quelque colonie après on incube à l’étuve pendant 4heure. S’il y a coagulation, c’est positif.

Levures
Un test de filamentation (TF) est réalisé et si il est positif, il s’agit de l’espèce Candida Albicans,
C’est un mélange entre une colonie suspecte et du sérum. Apres 3heures d’incubation dans l’étuve
37ºC l’étuve, on effectue une lecture au microscope sur lame et lamelle à l’objectif × 40.

II.4.2.1.8-Antibiogramme
L’antibiogramme a été réalisé selon les recommandations du comité d’antibiogramme de la
société française de microbiologie (CA-SFM). En ses termes, la méthode de diffusion de
concentrations à partir de disques imprégnés a été utilisée. Ces « confettis » ou disques
d’antibiotiques calibrés sont posés grâce à un distributeur automatique sur la boite de pétri
contenant de la gélose Mueller- Hinton (MH) par une suspension de concentration de 0.5Mc
Farland. Les antibiotiques sont choisis en fonction de l’espèce identifiée.

Figure 26 : Distributeur automatique

- 30 -
Les boites ont été incubées à l’étuve à 37°C pendant 18 heures. Après cela, un diamètre d’inhibition
est mesuré autour de chacun de ces disques : c’est la zone dans laquelle les bactéries présentes ne sont
pas développées car elles sont inhibées par l’antibiotique présent sur le disque.
En effet les antibiotiques présent dans le disque diffusent dans la gélose de manière graduellement
décroissante en s’écartant du disque : plus on s’éloigne du centre du disque, plus la concentration en
antibiotique présente dans la gélose diminue.
Lorsque la concentration diminue au-delà de la concentration minimale inhibitrice (CMI)
spécifique de la bactérie testée, celle-ci est capable de se multiplier et de former des colonies visibles
à l’œil nues. Il suffit alors de mesurer pour chaque antibiotique testé le diamètre d’inhibition puis de
lire et d’interpréter suivant le référentiel CA-SFM.

Figure 27 : Antibiogramme Serratia marcescens

 Détection de la production de bêta-lactamase

La recherche d’une bêta-lactamase à spectre élargi (BLSE) a été réalisée par le test de synergie en
disposant un disque de céphalosporine de troisième génération (Ceftriaxone, Ceftazidime,
Céfotaxime…) et/ou d'aztréonam (Monobactame) et un disque contenant un inhibiteur de bêta-
lactamases comme l'acide clavulanique (Amoxicilline-acide clavulanique). Ce dernier est placé au
centre à une distance de 30 mm des autres antibiotiques. La production d’une BLSE a été mise en
évidence par une image de synergie en forme d’un « bouchon de champagne ».

 Lecture et interprétation
Les boites d’antibiogramme sont lues et interprétées selon le référentiel CA-SFM. Les souches sont
ainsi catégorisées vis-à-vis des antibiotiques en sensibles, résistants, ou sensibles à forte posologie
selon leurs diamètres d’inhibition.

- 31 -
Tableau IV : Liste des antibiotiques testés pour les entérobactéries

Aminopénicillines Amoxicilline ou Ampicilline

Aminopenicillines + inhibiteur Amoxicilline-acide clavulanique

Pénicillines Uréidopénicillines Pipéracilline

Carboxypénicillines Ticarcilline

Céfalotine,

Céphalosporine 1 Génération Céfalexine

Céphalosporines Céphalosporine 2 Génération Céfoxitine

Céfotaxime

Céphalosporine 3 Génération Ceftriaxone

Ceftazidime

Céphalosporine 4 Génération Céfépime

Monobactame Aztréonam

Ertapénéme

Carbapénèmes Imipénème

Acide nalidixique

Quinolones Fluoroquinolones (ciprofloxacine, lévofloxacine, péfloxacine,

norfloxacine)

Kanamycine

Amikacine,

Aminosides Tobramycine

Gentamicine

Cotrimoxazole,

Autres antibiotiques Chloramphénicol

- 32 -
 URINES

I-Examen macroscopique III- Uroculture

Dénombrement des germes dans
les urines
*Urines claires
*Urines légèrement troubles
*Urines troubles
*Urines hématiques

II-Examen microscopique

Urines totales Culot urinaire Incubation 24h-37°C

(Après centrifugation)

Etat frais Coloration de Gram

*Leucocytes *Morphologie
*Cellules épithéliales *Gram
*Hématies *Mode de groupement
*Eléments lévuriformes
*Trichomonas vaginalis
*Cristaux

IV- Lecture

DGU < 104 germes/ml : Absence de colonie

DGU⩾105germes/ml : Entre 1 et 9 colonies

104 < DGU < 105 germes/ml : Plus de 9 colonies

Figure 28 : Les différentes étapes de l’ECBU

- 33 -
II.4.2.2-Coproculture
Une fois les prélèvements de selles parvenus au laboratoire d’analyses, la coproculture est pratiquée
avec la recherche systématiquement de 2 germes : Salmonelle et Shigelle, ou selon le contexte en ces
termes, différents types d’analyses sont pratiqués :

II.4.2.2.1-Examen macroscopique
Un examen macroscopique des selles, au cours duquel sont notés la consistance des selles (liquides,
molles, moulées), leur couleur, mais aussi la présence de glaires, de pus ou de sang. Il est important
de noter l'aspect macroscopique des selles, car il nous aidera à choisir les milieux de culture.
II.4.2.2.2-Examen Microscopique
Etat frais
L'état frais permet d'observer la morphologie des bactéries, leur mobilité ainsi de déceler la présence
de leucocytes et d'hématies. Il est possible de révéler des parasites. Si les selles sont solides ou molles,
nous devons préparer une suspension, mettre la selle dans une solution physiologique homogénéiser,
placer une à deux gouttes entre lame et lamelle lire au microscope à l’objectif X10 et X40. Si les
selles sont liquides, l'examen microscopique est important pour orienter les cultures, la présence de
leucocytes montre que la diarrhée est á germes invasifs (provoquent la lésion des tissus), les germes
caractéristiques sont : Salmonella spp et Shigella spp alors que l’absence de leucocytes indique une
diarrhée á germes enterotoxigéniques, les germes caractérisant ce cas sont : Vibrio cholerae,
Aeromonas sp. On note, en plus des leucocytes et hématies, la densité et la mobilité de la flore
bactérienne.

II.4.2.2.3-Coloration de Gram
Si les selles sont solides il faut diluer au 1/10 dans de l’eau distillée et si elles sont liquides déposer 2
gouttes sur lame étaler sécher et procéder à la coloration de Gram. Il permet d’apprécier l’importance
et l’équilibre de la flore entre les bactéries à gram+ et gram- (70% de germes à gram négatif(-),
30% de germes à gram positif (+)).

II.4.2.2.4-Culture
Selon le contexte clinique des milieux sélectifs d’isolement et des milieux d’enrichissement sont
utilisés mais les germes recherchés systématiquement sont : Salmonelles et Shigelles. Concernant les
Salmonelles, un milieu d'enrichissement est indispensable tel que : bouillon au sélénite - milieu
Leifson ou Muller Kauffmann avec 0.5ml de selle, puis incubation á 37°C, Il est important de repiquer
le milieu d'enrichissement des Salmonelles sur gélose sélective après 3-6h minimum d'incubation afin
d'éviter la multiplication des bactéries commensales mal inhibées au-delà de ce temps. Il n'existe pas
un milieu d'enrichissement pour les Shigelles.

- 34 -
Les milieux sélectifs (Figure 26) les plus utilisés pour l'isolement de Salmonelles et de Shigelles sont
: gélose SS, gélose Hektoen, l'incubation se fait pendant 24h à 37°C.

Figure 29 : Gélose Hektoen (à gauche) et Gélose SS (à droite)

Pour la recherche d’Escherichia coli :
 Cette bactérie se recherche chez le nouveau-né de 0 à 2 ans ou, dans certains cas (diarrhée
du voyageur).
 L’isolement requiert un milieu simple en particulier EMB = Eosine Methylen Blue (Figure
27) ou de milieu DRIGALSKI.

Figure 30 : Milieu EMB

Pour la recherche Yersinia enterocolitica (gélose spécifique) :
 Milieu CIN (Cefsulodine-Irgasan-Novobiocine) (Figure 28) peu sélectif à 48-72h, lire à 24h
 Milieu Wauters
 Incubation 48h à 30°C

Figure 31 : Milieu CIN

- 35 -
 Pour les recherches spécifiques en coproculture :
 Le milieu TCBS (Thiosulfate, citrate, Bile, Saccharose) pour Vibrio cholerae ;
 Gélose au sang pour Aeromonas spp.
Pour les entérobactéries :
 Le Milieu sélectif est Mac Conkey (Figure 29)

Figure 32: Milieu Mac Conkey (à gauche et à droite) (Microbiologie, 2022)

II.4.2.2.5-Identification biochimique
L’identification des bactéries par leurs caractères biochimiques est réalisée soit à l’aide de la galerie
minimale ou API.

II.4.2.2.6-Identification antigénique
L’identification antigénique est réalisée à l’aide de test d’agglutination spécifique à la bactérie isolée.

II.4.2.2.7-Antibiogramme
La sensibilité aux antibiotiques des souches bactériennes isolées est testée par la méthode de diffusion
en milieu gélosé selon les recommandations du CA-SFM.

II.4.2.2.8-Conservation des souches

Après identification les souches multi-résistantes sont conservées à -80°C.

- 36 -
Figure 33 : Chronologie de la coproculture (Microbiologie, 2022)

- 37 -
 Chapitre III : RESULTATS ET DISCUSSION

III.1-RESULTATS
III.1.1-Caractéristique de la population d’étude
Notre population d’étude était composée de patients d’âge et de sexe différents. Au total, 121 patients
consultés durant la période allant du 1 er janvier au 31 Avril 2023 ont subi un ECBU et/ou une
coproculture afin de déterminer une infection urinaire ou digestive. Les résultats selon la nature du
prélèvement se présentent comme :
En ECBU
Au total 102 patients ont été diagnostiqués en ECBU avec une répartition de 46,07% d’hommes pour
53,92% de femmes (Tableau VII) soit un sex-ratio (H/F) de 0.85. Notre population d’étude était
composée de 11,77% d’enfants, 79,41% d’adultes et 8,82% de personnes âgées (Tableau VIII) avec
un âge moyen de 40,6 ans. L’âge minimal était de 1 an et le maximal de 84 ans. Par ailleurs 50% des
patients ont au plus 42 ans.
En coproculture

Concernant les résultats en coproculture, 19 patients ont été enregistrés avec une distribution de
52,6% d’hommes pour 47,4% de femmes (Tableau XI) soit un sex-ratio (H/F) de 1,11.
Notre population d’étude était principalement répartit en deux catégories d’âge, les enfants et les
adultes avec respectivement 42,10% et 57,90% (Tableau XII) pour un âge moyen de 25,47 ans.
L’âge minimal était de 1 an et le maximal de 57 ans. D’autres part 50% des patients ont au plus 34
ans.
III.1.2-Prévalence des infections urinaires et digestives
Sur les 102 patients en ECBU, 12 ont été enregistrés présentant une infection urinaire, représentant
une prévalence globale des entérobactéries de 11,76% (Tableau V).
Tableau V : La prévalence globale en ECBU

ECBU(+) ECBU(-) TOTAL

Effectifs 12 90 102
Prévalence 11,76% 88,24% 100%

Parmi les 19 patients enregistrés, en coproculture, les cultures n’ont recensé aucun cas positif pour
les infections digestives, en ce sens aucune infection liée aux entérobactéries n’a été constatées. La
prévalence est donc de 0% (Tableau VI).
Tableau VI : La prévalence globale en Coproculture

COPRO(+) COPRO(-) TOTAL

Effectifs 0 19 19
Prévalence 0 100% 100%

- 38 -
III.1.3-Répartition en ECBU en fonction des Paramètres Sociodémographiques
Répartition de la prévalence en fonction du sexe

En ECBU, les résultats de la répartition de la prévalence en fonction du sexe ont indiqué que sur les
sur les 12 cas enregistrés, il y a une primauté du sexe masculin avec 58,33% contre 41,67% pour le
sexe féminin (Tableau VII).

Tableau VII : Répartition de la prévalence en fonction du sexe

Sexe Nombre Pourcentage ECBU+ Prévalence % ECBU- Prévalence %

Homme 47 46,07 7 58,33 40 44,44
Femme 55 53,92 5 41,67 50 55,56
Total 102 100 12 100 90 100
Répartition de la prévalence en fonction des catégories d’âge

Selon les statistiques Canada (2017), il y a 4 catégories d’âges :

 De 0 à 14 ans : enfants
 De 15 à 24 ans : adolescents
 De 25 à 64 ans : adultes
 De 65 et plus : personnes âgées

La répartition de la prévalence en fonction des catégories d’âges en ECBU, a montré parmi les 12 cas
que les adultes et les personnes âgées prédominent avec successivement une prévalence de 83,33%
et 16,67% (Tableau VIII).

Tableau VIII : Répartition de la prévalence en fonction des catégories d’âge

Nombre Pourcentage ECBU+ Prévalence % ECBU- Prévalence %

Enfants 12 11,77 0 0 12 13,33
Adolescents 0 0 0 0 0 0
Adultes 81 79,41 10 83,33 71 78,89
Personnes 9 8,82 2 16,67 7 7,78
âgées
Total 102 100 12 100 90 100

III.1.4-Répartition en ECBU en fonction des germes isolés

Répartition de la prévalence en fonction des germes isolés et des familles
L’analyse de la répartition de la prévalence en fonction des germes isolés et des familles en ECBU a
indiqué pour les 12 cultures positives que les entérobactéries (BGN) prévalaient, représentant 75%
de la prévalence des germes isolés et avec Escherichia Coli de la famille des Escherichiea comme
germe dominant avec 58,34%, suivis de Serratia marcescens et de Pseudomonas aeruginosa avec
chacun une prévalence de 8,33%. Les cocci à gram positif (CGP) s’en suivaient représentant 25% de

- 39 -
la prévalence avec Staphylococcus aureus de la famille des Staphylococcaecae comme germe
dominant avec 16,67 % et Streptococcus agalactiae avec 8,33% (Tableau IX).
Tableau IX : Répartition de la prévalence en fonction des germes isolés et des familles

Groupes Espèces Familles Nombre Prévalence %

Bacille à Gram Escherichia coli Escherichiea 7 58,34
négatif Serratia marcescens Klebsielleae 1 8,33
Pseudomonas aeruginosa Speudomodaceace 1 8,33
Cocci à Gram Staphylococcus aureus Staphylococcaecae 2 16,67
positif Streptocoque agalactiae Streptococcaceae 1 8,33
Levures 0 0 0 0
Total 5 5 12 100

Répartition de la prévalence des germes isolés en fonction de l’âge et du sexe

En fonction de l’âge, il a été noté en premier lieu que l’isolement des entérobactéries chez les adultes
et les personnes âgées primaient sur les autres catégories d’âge avec respectivement une prévalence
77,78% et 22,22 % des BGN isolés, pour les cocci, les adultes étaient la catégorie dominante avec
100% des CGP isolés. Concernant le Sexe, les hommes prévalaient avec 66,67% des entérobactéries
isolées contre 33,33% pour les femmes alors que pour les cocci, c’était les femmes qui dominaient
avec 66,67% des CGP isolés contre 33,33% pour les hommes (Tableau X).

Tableau X : Répartition de la prévalence des germes isolés en fonction de l’âge et du sexe

Germes
Age Bacilles à Gram Prévalence Cocci à Gram Prévalence Levures
négatifs % Positif %
Enfants 0 0 0 0 0
Adolescents 0 0 0 0 0
Adultes 7 77,78 3 100 0
Personnes 2 22,22 0 0 0
âgées
Sexe - - - - -
Femme 3 33,33 2 66,67 0
Homme 6 66,67 1 33,33 0

- 40 -
III.2-DISCUSSION
L’objectif général de cette étude a été d’identifier et de déterminer la prévalence des entérobactéries
(en d’autres termes leurs caractéristiques) des patients consultés au laboratoire d’analyses médicales
de Solabsen à Dakar (Sénégal), du 1er janvier au 31 Avril 2023.

III.2.1-Prévalence des infections urinaires et digestives

 La Prévalence globale en ECBU
La prévalence varie selon les pays, les hôpitaux et les services et peut être influencée par certains
facteurs de risque. Notre étude a porté sur l’ensemble de bactéries isolées en examen
cytobactériologique des urines ou ECBU au laboratoire d’analyses médicales de Solabsen. Parmi les
102 patients étudiés, nous avons enregistrés 12 cas, ce qui équivaut à une prévalence de 11,76%, ce
taux est proche de celui de l’étude de la prévalence des infections nosocomiales qui a été réalisé au
Centre Hospitalier National Universitaire (CHNU) de FANN à Dakar avec un taux de 10,9% (Dia et
al., 2008).

 La Prévalence global en Coproculture

Notre analyse a porté sur l’ensemble des bactéries isolées en coproculture à Solabsen. En ses termes,
sur les 19 patients, tous ont été enregistrés négatif en ce qui concernent les infections digestives liées
aux bactéries( entérobactéries) et aux levures, soit une prévalence de 0%, ce taux est différent de
l’étude sur le profil et antibio-sensibilité des bactéries pathogènes associées aux diarrhées à l’hôpital
régional Annexe de Kousseri, (extrême-Nord Cameroun) avec un taux de prévalence des
entérobactéries de 30% (Ateudjieu et al., 2018). Cette différence pourrait s’expliquer par le fait que :

 La taille de notre population d’étude ne soit pas représentative ;

 60% des patients de notre population d’étude venait pour un bilan générale, ils ne
présentaient pas de symptômes de diarrhées donc la probabilité pour qu’ils soient négatif
était élevé ;
 Concernant les 40%, on pourrait dire que la fréquence de positivité des coprocultures est
faible, 0,5 à 14 % sur selles pathologiques ;
 Selon Biominis (2015), toutes les diarrhées ne sont pas infectieuses ;
 Toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas d’origine bactérienne ou liées aux levures, ils
peuvent être viraux ou parasitaires ;
 Elles peuvent être le résultat d’une intolérance alimentaire ou médicamenteuse ;
 Le Stress ou l’anxiété
 Une intolérance au lactose

- 41 -
III.2.2-Répartition en ECBU en fonction des paramètres sociodémographiques
 Répartition de la prévalence en fonction du sexe
Parmi les cas en ECBU, il y avait plus d’hommes qui présentaient une infection urinaire, soit un taux
de positivité de 58,33% contre 41,6% pour les femmes, ces proportions sont différents de ceux
obtenus par l’étude Epidémiologique et Bactériologique des infections urinaires réalisée à l’hôpital
de Hakim Okbi (Guelma, Algérie), dans la répartition des sexes, enregistrant que les patients de sexe
féminin étaient plus confrontés à une infection urinaire avec un taux de 66,44% que les hommes pour
un taux de 33,55% (Raounak, 2020). D’une part cette fréquence pourrait être liée :

 A la longueur de l’urètre ;
 La grossesse ;
 L’âge avancé (ménopausé et postménopausé) ;
 L’utilisation des contraceptions (ex : Spermicide).

Par ailleurs, il a été noté dans notre étude, que la différence n’était pas significative, le sexe ne
représente pas un facteur de risque (P-value= 0.54) et n’influence donc pas le résultat.

 Répartition de la prévalence en fonction des catégories d’âge

Dans notre étude, une variabilité dans la distribution de l’âge a été remarquée, avec les adultes comme
catégorie dominante et représentant 83,33% de la prévalence, ils étaient suivis de loin des personnes
âgées avec une prévalence de 16,67%. Ce résultat est différent de celui qui a été transcrit par l’étude
du profil épidémiologique des entérobactéries à BLSE avec un taux de 47.15 %, mais ils démontrent
aussi que chez les catégories d’âges, celle des adultes étaient plus sujette à développer les infections
urinaires, ils étaient également suivis des personnes âgées avec une prévalence de 20,04%
(Boucefiane et Slimi, 2020). Selon Revue Médicale Suisse, ces résultats pourraient s’expliquer par :

 La fréquence de l’infection en générale, qui semble augmenter avec l’âge (Lajoso et al.,
2018) ;
 Les adultes sont aussi plus actives sexuellement ;
 Le diabète
 Le VIH
 La baisse des défenses immunitaires chez les ainés.

Suivant les différentes catégories d’âges, il est à notifié que la différence n’était pas significative (P-
value=0.2626) tandis qu’en fonction de l’âge, elle l’était (P-value=0.037), la différence est donc de
manière général et l’âge influence le résultat.

- 42 -
III.2.3-Répartition en ECBU en fonction des germes isolés
 Répartition de la prévalence en fonction des germes isolés et des familles
Les résultats ont montré, une majorités des entérobactéries comme espèces causales d’infection
urinaire avec une prévalence de 75%, en comparaison des résultats sur l’étude de la prévalence et
l’identification des infections urinaires au centre hospitalier Abass Ndao avec un taux de 73,62%
(Diedhiou, 2022), il y a proximité. Des isolats, Escherichia coli dominait avec une prévalence de
58,34%, ces résultats sont différents de ceux obtenus dans l’étude du profil épidémiologique et
bactériologique des infections du tractus urinaires au laboratoire médicale de Sikasso (Mali) avec
Escherichia coli qui représentait 75,40% des isolats. Ces proportions seraient expliquer par le fait
que :
 La physiopathologie ascendante de l’IU
 E.coli représente souvent en ECBU 80% des germes isolés ;
 La forte colonisation du périnée par les entérobactéries d’origine digestive en particulier par
E.coli, associés aux facteurs d’uropathogénicité telles que les adhésines bactériennes
capable de se lier à l’épithélium urinaire ;
 Leurs caractères de virulence : L’adhésivité bactérienne (grâce à des prolongements de
leur paroi (pili) qui adhérent aux récepteurs glycolipidiques spécifiques présents dans les
cellules uroépithéliales et permet de résister au flux urinaire), l’hémolysine bactérienne
(lyse les érythrocytes et les cellules épithéliales), l’antigène K capsulaire (protège la
bactérie contre la phagocytose), l’aérobactine sidérophore (séquestre le fer bactérien pour
permettre la multiplication d’E. coli dans l’urine (milieu pauvre en fer)).
Ce dernier était suivi de Serratia marcescens et Pseudomonas aeruginosa avec chacun 8,33% de la
prévalence, ces rapports différents de l’étude de Diedhiou, (2022) avec Pseudomonas aeruginosa
2,77 % et pour qui aucun Serratia Marcescens n’avait été isolés. Cela pourrait s’expliquer par le
fait que :
 Serratia marcescens soit considéré comme un pathogène opportuniste ;
 Ne provoque des infections que dans certaines conditions (ex : système immunitaire
affaibli).
En ajout, les cocci à gram positif représentait 25% de la prévalence des isolats, ce résultat est proche
de celui sur l’étude des bactéries responsables d’infections urinaires avec un taux de 23,27%
(Bounemeur et Bezziche, 2018). Des CGP isolés, Staphylococcus aureus a été le germe dominant
avec une fréquence de 16,67%, il était suivis de Streptocoque agalactiae avec une prévalence de
8,33%, ces résultats diffères en proportion de l’étude de Bounemeur et Bezziche avec Staphylococcus
aureus 9,47% et Streptococcus Spp 5,17% mais sont proches au niveau des différents types de germes
isolés.

- 43 -
  Répartition des germes isolés en fonction de l’âge et du sexe
Les Infections urinaires aux entérobactéries ont touché plus les adultes qui enregistraient avec les
BGN 77,78 % de la prévalence avec l’espèce E.coli comme germe dominant, ils étaient suivis des
ainés qui inscrivaient avec les germes Pseudomonas aeruginosa et Serratia marcescens 16,66% de
la prévalence des isolats. Ces proportions sont différents de ceux de l’étude du profil de résistance
aux antibiotiques des entérobactéries isolées des urines à l’INSP avec une répartition de 29,5% pour
les (20-40), 24,4% pour les (41-60) et 30,4% pour les plus de 60 ans (Dembele, 2020) . Cela pourrait
se justifier du fait que :

 Le choix des tranches d’âge diffère selon nos deux études ;

 Les adultes sont plus actifs sexuellement ;
 Les personnes âgées sont plus vulnérables aux infections à cause de la fragilité et du
vieillissement de leur système immunitaire.
Concernant les bactéries à grams négatif, les hommes étaient plus touchés que les femmes avec
66,67% des entérobactéries isolées contre 33,33% tandis que pour les bactéries à gram positif, les
femmes étaient plus infectées avec 66,67% des germes isolés contre 33,33% pour les hommes. Ces
pourcentages diffèrent de ceux obtenus par (Diedhiou, 2022) pour qui les femmes étaient plus
infectées par les BGN avec 69,64% contre 30,36% pour les hommes. A propos des bactéries à gram
positif, les hommes étaient plus touchés par celles-ci que les femmes. Selon Diedhiou, Cela pourrait
expliquer, par le fait que :
 Les bactéries d’origine périnéale, principalement les entérobactéries qui proviennent de la
partie anale colonisent l’urètre ;
 Ils envahissent successivement les régions périnéales, vulvo-vaginale, urétérale et
remontent à la vessie.

- 44 -
 CONCLUSION

Dans les infections urinaires comme digestives, les entérobactéries constituent les principales sources
d’infections communautaires et nosocomiales, il apparait donc essentiel de surveiller l’épidémiologie
des infections aux entérobactéries car ils demeurent une pathologie fréquente à prendre en
considération. En ce sens, notre étude a fait appel à des techniques épidémiologiques et nous avons
constaté que les sujets prévalant sur les infections aux entérobactéries étaient liés par un facteur :
l’âge. Les examens visant à déterminer s’il y a infections urinaires et digestives sont respectivement
l’examen cytobactériologique des urines et la coproculture.
En ce qui concerne les infections urinaires, l’analyse des résultats des patients diagnostiqués a
présenté un taux d’ECBU positif assez élevé (11.76%), les entérobactéries étaient les principaux
groupes de germes enregistrés avec une prévalence très importante (75%). L’espèce Escherichia Coli
représentait le germe dominant, soit plus de la moitié des isolats (58.34%), il était suivi de
Pseudomonas aeruginosa et Serratia marcescens. Il a aussi été repéré que les hommes étaient plus
sujets aux infections urinaires que les femmes de même que les adultes étaient la tranche d’âge la
plus sensibles aux IU. Le sexe ne représentait pas un facteur de risque de l’infection urinaire
contrairement à l’âge.
Par ailleurs, l’examen des patients pour les infections digestives a recensé un taux de positivité positif
nul (0)%, en outre, il n’a été noté aucune infection digestive liée aux bactéries (entérobactéries) ou
aux levures (0%).
Cependant notre étude était une étude observationnelle visant à identifier les entérobactéries et à
déterminer leur prévalence au Laboratoire d’Analyses Médicales de Solabsen, afin de mieux
consolider nos résultats il serait intéressant :

 D’élargir la taille de l’échantillon en ECBU et en coproculture ;

 De disposer des renseignements cliniques complets des patients ;
 D’élargir les variables étudiées telles que : la situation matrimoniale, l’habitat, le statut
socioprofessionnel ;
 De caractériser l’antibio-résistance chez les personnes diagnostiquées positives.

- 45 -
 RECOMMANDATIONS
Au terme de notre étude, nous souhaitons faire des recommandations à certaines parties spécifiques :
 Aux personnels du laboratoire
 Le personnel doit s’assurer que le patient a fait preuve de respect des mesures d’hygiène
(lavage des mains, port de gants stériles) et des conditions de prélèvement pour l’ECBU et
la Coproculture ;
 Des consignes de prélèvements doivent être transmises fidèlement aux patients, pour
minimiser les contaminations qui perturbent les résultats de l’ECBU et de Coproculture
causant des problèmes dans le diagnostic ;
 Bien renseigner les bulletins d’analyses (âge, sexe, prise d’antibiotique, structure et service
de provenance) ;
 Toute analyse bactériologique doit comporter une interprétation, sous forme de compte
rendu, un commentaire résumant les principaux pathogènes, en fonction du contexte
clinique.
 Aux Directeurs de Laboratoire
 Instaurer un dialogue entre cliniciens et microbiologistes pour la divulgation des profils
observés au fil du temps ;
 Il est nécessaire d’éviter la pénurie des réactifs, des disques d’antibiogramme et des pots
stériles de prélèvement dans les laboratoires d’analyses, afin d’évaluer la sensibilité aux
antibiotiques des germes uropathogènes.
 Aux autorités Sanitaires
 Eduquer la population pour éviter tout ce qui peut constituer un risque d’échecs
thérapeutiques ;
 Rendre les moyens disponibles ;
 Sensibiliser sur les méfaits et conséquences de l’automédication pour lutter contre la
résistance aux antibiotiques.

 A la population
 Des consultations doivent être entreprises devant tout trouble mictionnel ;
 Boire l’eau à des quantités suffisantes pour prévenir une éventuelle constipation qui est un
facteur favorisant la stase urinaire ;
 Donner de l’importance à l’hygiène intime et les respecter, une toilette intime correcte des
organes génitaux vers l’anus (pour les femmes surtout).

- 46 -
 REFERENCE BIBLIOGRAPHIQUE

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 Prévalence et Identification des Entérobactéries des Patients Consultés au
laboratoire d’analyses médicales Solabsen (Dakar/Sénégal)

Présentatrice : Aïcha Mouhayibou BEYE

Sous la direction :
Dr Abdoulaye CAMARA, Biologiste/SOLABSEN
Dr Mama Racky NDIAYE, Enseignante-Chercheuse/UCAD - PhD en Génétique des populations
Jaubert YELKOUNI, Technicien de Laboratoire/Major Administratif et Technique/SOLABSEN

Résumé : Certaines entérobactéries sont responsables d’infections humaines parfois sévères, en

raison de leur fréquence et de leur morbidité, les infections causées par celles-ci représentent un risque
croissant en santé publique. Ainsi l’objectif de cette étude est d’identifier les infections aux
entérobactéries des patients consultés au Laboratoire de Solabsen à Dakar (Sénégal) et de déterminer
leur prévalence. Le diagnostic repose sur l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) et la
coproculture avec la mise en évidence des germes impliqués. En ECBU, il a été recensé 12 cas
d’infection urinaire sur les 102 patients diagnostiqué, soit une prévalence de 11,76%. Parmi les
isolats, 2 groupes de germes ont été identifié : les bacilles gram négatif et les Cocci gram positif, ils
représentent respectivement 75% et 25 % de la prévalence des isolats. Les espèces dominantes dans
nos prélèvements ont été de la famille des entérobactéries avec majoritairement Escherichia coli pour
58,34% des cas d’infection, ils sont suivis des Cocci gram positif avec Staphylococcus aureus comme
isolats dominants représentant 16,67 % des cas d’infections. Une prédominance du sexe masculin a
été notifiée avec 58,33% mais aussi des adultes et des personnes âgées avec respectivement 83,33%
et 16,67% de la prévalence. En coproculture, les résultats n’ont indiqué aucun cas parmi les 19
patients consultés, soit une prévalence des infections digestives de 0%.

Mots-clés : Entérobactéries, Infection, ECBU, Coproculture, Prévalence, Sénégal.

Abstract : Some enterobacteria are responsible for sometimes severe human infections, because of
their frequency and morbidity, infections caused by them represent a growing risk in public health.
Thus the objective of this study is to identify enterobacterial infections of patients consulted at the
Solabsen Laboratory in Dakar (Senegal) and determine their prevalence. The diagnosis is based on
cytobacteriological examination of urine (ECBU) and coproculture with the identification of the
germs involved. In ECBU, there were 12 cases of urinary tract infection among the 102 patients
diagnosed, a prevalence of 11,76%. Among the isolates, 2 groups of germs were identified: gram-
negative bacilli and gram-positive cocci, they respectively represent 75% and 25% of the prevalence
of isolates. The dominant species in our samples were from the family of enterobacteriaceae wit h
mainly Escherichia coli in 58,34% of cases of infection, they are followed by Cocci gram positive
with Staphylococcus aureus as dominant isolates representing 16,67% of infections. A predominance
of the male sex was reported with 58,33% but also adults and the elderly with respectively 83,33%
and 16,67% of the prevalence. In coproculture, the results indicated no cases among the 19 patients
consulted, a prevalence of digestive infections of 0%.

Keywords: Enterobacteries, Infection, ECBU, Coproculture, Prevalence, Senegal.

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