GBM/EST/AGADIR
TP N 1 Bio-informatique
Mars 2025
Recherche d’Alignement des séquences du gène ARNr16S sur
NCBI
Étapes du travail
1. Ouverture du lien NCBI :
Utilisez un moteur de recherche comme Google pour accéder au site de NCBI. Tapez
"NCBI" dans la barre de recherche et cliquez sur le lien approprié.
2. Choix du programme BLAST :
Une fois sur le site de NCBI, recherchez l'outil BLAST. Vous pouvez le trouver dans
le menu principal ou en utilisant la barre de recherche sur le site.
Pr. ZEBIRI Mohamed
Pr. Kaoui Soukaina
3. Choix de l’outil Nucleotide BLAST (BLASTn) :
Sélectionnez l'option "Nucleotide BLAST" (BLASTn) pour aligner des séquences
d'ADN.
4. Insertion de la séquence ADN ou du Numéro d’Accès :
Vous pouvez soit coller votre séquence ADN dans la zone de texte, soit entrer un
numéro d'accès GenBank (par exemple, M55531.1) dans le champ prévu à cet effet.
Assurez-vous que la séquence est au format correct si vous la collez.
Pr. ZEBIRI Mohamed
Pr. Kaoui Soukaina
CTTCTCTCTCCATTCAGTGCACGCGTTACTTTGGCTAAAAGGAGGTGAGCGGCACTCTGCCCT
TCCAGAGCAAGCATGGAGCAACAGGATCAGAGCATGAAGGAAGGGAGGCTGACGCTTGTGC
TTGCCCTGGCAACCCTGATAGCTGCCTTTGGGTCATCCTTCCAGTATGGGTACAACGTGGCT
GCTGTCAACTCCCCAGCACTGCTCATGCAACAATTTTACAATGAGACTTACTATGGTAGGACC
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GGCCTTGCTGTTCAACAACATATTTTCTATCGTGCCTGCGATCTTAATGGGATGCAGCAGAGT
CGCCACATCATTTGAGCTTATCATTATTTCCAGACTTTTGGTGGGAATATGTGCAGGTGTATC
TTCCAACGTGGTCCCCATGTACTTAGGGGAGCTGGCCCCTAAAAACCTGCGGGGGGCTCTCG
GGGTGGTGCCCCAGCTCTTCATCACTGTTGGCATCCTTGTGGCCCAGATCTTTGGTCTTCGG
AATCTCCTTGCAAACGTAGATGGCTGGCCGATCCTGCTGGGGCTGACCGGGGTCCCCGCGGC
GCTGCAGCTCCTTCTGCTGCCCTTCTTCCCCGAGAGCCCCAGGTACCTGCTGATTCAGAAGA
AAGACGAAGCGGCCGCCAAGAAAGCCCTACAGACGCTGCGCGGCTGGGACTCTGTGGACAG
GGAGGTGGCCGAGATCCGGCAGGAGGATGAGGCAGAGAAGGCCGCGGGCTTCATCTCCGTG
CTGAAGCTGTTCCGGATGCGCTCGCTGCGCTGGCAGCTGCTGTCCATCATCGTCCTCATGGG
CGGCCAGCAGCTGTCGGGCGTCAACGCTATCTACTACTACGCGGACCAGATCTACCTGAGCG
CCGGCGTGCCGGAGGAGCACGTGCAGTACGTGACGGCCGGCACCGGGGCCGTGAACGTGGT
CATGACCTTCTGCGCCGTGTTCGTGGTGGAGCTCCTGGGTCGGAGGCTGCTGCTGCTGCTGG
GCTTCTCCATCTGCCTCATAGCCTGCTGCGTGCTCACTGCAGCTCTGGCACTGCAGGACACA
GTGTCCTGGATGCCATACATCAGCATCGTCTGTGTCATCTCCTACGTCATAGGACATGCCCTC
GGGCCCAGTCCCATACCCGCGCTGCTCATCACTGAGATCTTCCTGCAGTCCTCTCGGCCATC
TGCCTTCATGGTGGGGGGCAGTGTGCACTGGCTCTCCAACTTCACCGTGGGCTTGATCTTCC
CGTTCATCCAGGAGGGCCTCGGCCCGTACAGCTTCATTGTCTTCGCCGTGATCTGCCTCCTC
ACCACCATCTACATCTTCTTGATTGTCCCGGAGACCAAGGCCAAGACGTTCATAGAGATCAAC
CAGATTTTCACCAAGATGAATAAGGTGTCTGAAGTGTACCCGGAAAAGGAGGAACTGAAAGA
GCTTCCACCTGTCACTTCGGAACAGTGACTCTGGAGAGGAAGCCAGTGGAGCTGGTCTGCCA
GGGGCTTCCCACTTTGGCTTATTTTTCTGACTTCTAGCTGTCTGTGAATATCCAGAAATAAAA
CAACTCTGATGTGGAATGCAGTCCTCATCTCCAGCCTCCCCACCCCAGTGGGAACTGTGCAA
AGGGCTGCCTTGCTGTTCTTGAAGCTGGGCTGTCTCTCTCCATGTTGGCCTGTCACCAGACC
CGAGTCAATTAAACAGCTGGTCCTCCACTTTGCTGGTTCAGCCTTCGTGTGGCTCCTGGTAAC
GTGGCTCCACCTTGATGGGTCAACCTTTGTGTGGCTCCTGGTAACATAACAACAACAGTTACT
ATAGTGGTGAGATGGAAGGAATCAAATTTTGCCAGAGAAACTAACTCGGTGGCCCCAACAGG
TCTTCCGGGGCCATGGGCATTTGTTTAGAGCCAAATTCATCCTCTTACCAGATCCTTTTCCAG
AAATACCTGTCTAGGAAGGTGTGATGTCAGAAACAATGACATCCAGAAAGCTGAGGAACAGG
TTCCTGTGGAGACACTGAGTCAGAATTCTTCATCCAAATTATTTTGTTAGTGGAAAATGGAAT
TGCTTCTGTGTAGTCAATAAAATGAACCTGATCACTTTTC
Pr. ZEBIRI Mohamed
Pr. Kaoui Soukaina
5. Activation de l’outil BLAST :
Cliquez sur le bouton "BLAST" pour lancer la recherche. Cela peut prendre un certain
temps en fonction de la taille de la base de données et de la charge du serveur.
6. Lecture de la liste des résultats de l’Alignement :
Une fois la recherche terminée, vous verrez une liste de résultats qui montre les séquences
alignées avec votre requête. Chaque résultat inclura des informations sur la similarité et
l'identité des séquences.
7. Lecture du détail des résultats de l’Alignement :
Cliquez sur chaque résultat pour obtenir des détails supplémentaires, tels que l'alignement
des séquences, les scores, et d'autres informations pertinentes.
Pr. ZEBIRI Mohamed
Pr. Kaoui Soukaina
8. Récolte des informations sur l’individu par le numéro d’accès sur Gene Bank :
Pour chaque séquence alignée, vous pouvez obtenir des informations détaillées en cliquant sur
le numéro d'accès. Cela inclut des données sur l'auteur, l'affiliation, la publication, et la
séquence elle-même
Pr. ZEBIRI Mohamed
Pr. Kaoui Soukaina
