CHAPITRE 3: CLASSIFICATION BACTERIENNE

Qu’est ce que la taxonomie bactérienne ?

Le mot taxonomie provient du grec ancien :
"táxis" : signifiant ordre, arrangement, classification
"nómos" : signifiant règle, loi
C’est la science qui permet de nommer, classer et identifier les bactéries en
fonction de leurs caractéristiques, de façon hiérarchisée au sein de groupes
appelés taxons
Elle est en perpétuelle évolution. Chaque année, de nouvelles espèces sont
découvertes. A l’heure actuelle, à peine 10 à 15 % des microorganismes
existant sont connus. Le reste est à découvrir. Ce constat est dû à l'incapacité
d'isoler et de cultiver certains microorganismes.
 Qu’est ce que la taxonomie bactérienne ?

La taxonomie repose sur 3 domaines:

 Classification : Regroupement des bactéries selon leurs
similitudes.
 Nomenclature : Attribution d’un nom scientifique selon les
règles de la classification binomiale et ceci à chaque groupe
 Identification : Détermination de l’espèce d’une bactérie isolée
 But de la taxonomie bactérienne ?

Organiser la diversité bactérienne.

Faciliter l’étude et l’identification des bactéries.
Comprendre les relations évolutives entre espèces.
Améliorer le diagnostic et le traitement des infections.
 Qu’est ce que la phylogénie ?

Science qui étudie les relations évolutives entre les

différentes espèces bactériennes en se basant sur des
critères génétiques, moléculaires et morphologiques. Elle
permet de classer les bactéries selon leur histoire évolutive et
leurs liens de parenté.
 Les rangs taxonomiques
Les rangs taxonomiques permettent d’organiser les bactéries en catégories allant
du plus général (Domaine) au plus spécifique (Espèce).
Rang Exemple 1 Exemple 2
Domaine Bacteria Bacteria
Phylum Proteobacteria Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria Gammaproteobacteria
Ordre Enterobacterales Vibrionales
Famille Enterobacteriaceae Vibrionaceae
Genre Escherichia Vibrio
Espèce Escherichia coli Vibrio cholerea
L’espèce est le niveau le plus précis, regroupant des bactéries très proches
génétiquement.
 Les rangs taxonomiques
• Domaine (Bacteria, Archaea, Eukarya):
Niveau le plus large, séparant les bactéries des archées et des eucaryotes.
• Phylum (Pseudomonadota, Bacillota, Actinobacteria…)
Regroupe les bactéries selon leurs grandes caractéristiques évolutives.
• Classe (Gammaproteobacteria, Bacilli…)
Une subdivision plus fine des phylums selon des critères physiologiques et
génétiques.
• Ordre (Enterobacterales, Lactobacillales…)
Bactéries partageant des aspects biologiques et écologiques communs.
• Famille (Enterobacteriaceae, Streptococcaceae…)
Comprend des bactéries morphologiquement et biochimiquement proches.
 Les rangs taxonomiques

• Genre (Escherichia, Staphylococcus, Bacillus…)

Un ensemble d’espèces ayant des caractères génétiques similaires.
• Espèce (Escherichia coli, Staphylococcus aureus…)
Niveau le plus précis, définissant une population bactérienne capable de partager un
même patrimoine génétique.
• Sous-espèce et souches:
Certaines bactéries sont classées en sous-espèces ou souches selon leurs
différences génétiques ou pathogènes. Exemple : Escherichia coli O157:H7 est une
souche pathogène d’E. coli.
 Les rangs taxonomiques
Importance

• Identification des bactéries en laboratoire

• Étude des liens évolutifs entre micro-organismes
• Classification des bactéries pathogènes pour la médecine et
l’industrie
• Compréhension de l’écologie microbienne et de la biodiversité
 Les systèmes de classification
Classification artificielle
(phénétique)

• Depuis la classification proposée par Cohn en 1872 et jusqu'au début des

années soixante, toute la taxonomie bactérienne reposait sur une
classification phénétique
• La classification artificielle des bactéries repose sur des critères
pratiques et phénotypiques (phénétiques) observables, plutôt que sur
des relations évolutives (contrairement à la classification phylogénétique).
 Les systèmes de classification
Classification artificielle
(phénétique)

• La définition de chaque espèce en microbiologie n'utilisait donc, que la

prise en compte d'un certain nombre de caractères considérés comme
importants tels que:
• Morphologie bactérienne: forme (coques, batônnets, spirilles…),
arrangement (diplocoques, streptocoques, staphylocoques…), présence
de structures spécifiques (flagelles, pili, capsule, spores)
• Coloration de Gram: bactéries Gram + ou Gram –.
 Les systèmes de classification
Classification artificielle
(phénétique)

• Métabolisme et exigence nutritionnelle:

• Type trophique: bactéries autotrophes, hétérotrophes, chimiotrophes,
phototrophes….
• Besoin en oxygène: bactéries aérobies strictes, anaérobies,
microaérophiles….
• Source d’énergie et métabolisme respiratoire/fermentaire: Oxydatif
(respiration aérobie/anaérobie) ou fermentatif.
 Les systèmes de classification
Classification artificielle
(phénétique)
• Tests biochimiques et enzymatiques: Les tests biochimiques utilisent des milieux
de croissance, des nutriments, des produits chimiques ou des conditions de
croissances particulières, afin d'obtenir une réponse biochimique observable et
mesurable du microorganisme, permettant ainsi son identification et sa
caractérisation. Ces tests peuvent distinguer des bactéries très apparentées.
o Recherche d’enzymes: Production de catalase, oxydase, uréase, nitrate
réductase, etc.
o Fermentation du lactose et la production de gaz, l’utilisation de différents sucres
comme source de carbone, l’utilisation du citrate, la production d’acétoïne….
 Les systèmes de classification
Classification artificielle
(phénétique)

• Sensibilité aux antibiotiques et aux agents chimiques: Sensibilité ou

résistance aux antibiotiques, test du lysozyme, des agents antiseptiques,
etc.
• Température et conditions de croissance: Psychrophiles (croissance
≤15°C), mésophiles (15 - 45°C), thermophiles (45-80°C),
hyperthermophiles (>80°C).
• Besoins en sel : halophiles, non-halophiles.
 Les systèmes de classification
Classification naturelle
• La classification naturelle des bactéries repose sur des critères
génétiques et évolutifs, contrairement à la classification artificielle qui se
base sur des caractéristiques phénotypiques. Elle cherche à regrouper
les organismes selon leurs relations phylogénétiques et leur histoire
évolutive.
• Les modèles de classifications phylogénétiques proposés pour les
bactéries sont basés sur l’étude comparative de marqueurs
moléculaires, en raison de leur grande stabilité, ou de leur faible
variabilité.
 Les systèmes de classification
Classification naturelle

• L’identification microbienne par des méthodes génotypiques constitue une

alternative ou un complément aux approches phénotypiques
traditionnelles. Grâce aux avancées de la biologie moléculaire, de
nouveaux outils puissants ont émergé, permettant de détecter avec
précision les plus infimes variations entre les espèces microbiennes et
leurs différentes souches.
 Les systèmes de classification
Classification naturelle Analyse phylogénétique

• L’ARNr 16S: La méthode de référence

• Présent chez toutes les bactéries
• Contient des régions très conservées :communes à toutes les bactéries.
• Contient des régions variables: spécifiques à chaque espèce
• Permet d’établir des relations évolutives entre les bactéries.
• Seuil de similarité : Si deux bactéries ont une séquence ARNr 16S identique à
plus de 98,65%, elles appartiennent généralement à la même espèce.
 Les systèmes de classification
Classification naturelle Analyse phylogénétique
• Méthode MLST et MLSA: sont des techniques de classification et d’identification
des bactéries basées sur le séquençage de plusieurs gènes conservés.
• Un seul gène (ex : ARNr 16S) ne suffit pas toujours pour distinguer des bactéries
proches.
• L’étude de plusieurs gènes permet d’avoir une meilleure résolution
taxonomique
MLST (MultiLocus sequence Typing): Typage des souches pathogènes (comparaison
d’allèles).
MLSA (MultiLocus sequence Analysis): Étude de la phylogénie bactérienne
(comparaison de séquences nucléotidiques
 Les systèmes de classification
Classification naturelle Approche moléculaire
• Une des meilleures approches de la taxonomie est l'étude des protéines et des
acides nucléiques. Ces derniers étant soit les produits directs des gènes soit les
gènes eux mêmes,
• Comparaison des protéines:
• L’électrophorèse SDS-PAGE: (Sodium Dodecyl Sulfate - Polyacrylamide Gel
Electrophoresis): technique de séparation des protéines selon leur taille
moléculaire: Comparaison des profils protéiques de différentes bactéries ;
Détection des variations entre espèces, sous-espèces ou souches ; Distinction
de bactéries proches ayant des génomes similaires mais des profils d’expression
protéique différents.
 Les systèmes de classification
Classification naturelle Approche moléculaire

• Comparaison des protéines:

• MALDI-TOF : Spectrométrie de masse pour la classification bactérienne:
La spectrométrie de masse MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser
Desorption/Ionization - Time of Flight) analyse le profil protéique d’une
bactérie: Chaque espèce a une empreinte protéique unique, qui peut être
comparée à une base de données pour l’identifier.
 Les systèmes de classification
Classification naturelle Approche moléculaire
• Composition en bases des acides nucléiques:
Les génomes microbiens peuvent être directement comparés et la similitude
taxonomique estimée de nombreuses façons:
• Pourcentage de G+C : Avant l’ère du séquençage, le % G+C servait à regrouper
grossièrement les bactéries. Se base sur la détermination de la composition en
bases de l'ADN, ainsi le pourcentage de GC dans l'ADN.
L’ADN ayant un contenu en GC plus grand aura plus de liaisons hydrogène et ses
chaînes ne se sépareront qu'à des températures plus élevées.
• Hybridation ADN-ADN: Cette méthode permet la comparaison de la totalité du
génome de deux bactéries par la mesure du degré d’homologie des deux ADN
 Les systèmes de classification
Classification naturelle Approche moléculaire
• Composition en bases des acides nucléiques:
• La Prise d'Empreintes Génomiques: (DNA fingerprinting) est une méthode utilisée
pour identifier et comparer des bactéries en analysant les variations dans leur ADN.
o RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism): L’ADN est coupé en fragments par des
enzymes de restriction. Ces fragments sont séparés par électrophorèse. Chaque souche
bactérienne a un profil unique de fragments d’ADN.
o RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA): Utilise des amorces aléatoires en PCR pour
amplifier des fragments d’ADN. Les fragments amplifiés sont analysés par électrophorèse.
o PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis): variante de la RFLP où les gros fragments d’ADN sont
séparés en appliquant un champ électrique pulsé.
o AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism): Combinaison de RFLP et PCR, où des
fragments d’ADN sont amplifiés avant analyse.
 Les systèmes de classification
Classification naturelle
• Aujourd’hui, le séquençage du génome entier (WGS) remplace progressivement
ces techniques.
• Permet de lire l'intégralité du génome d'un organisme, y compris toutes ses
régions codantes et non codantes. Cette technique est devenue une
référence pour l’identification, la classification et l’analyse des bactéries.
• Donne des informations sur la pathogénicité, la résistance aux antibiotiques et le
métabolisme.
• Utilisé pour identifier de nouvelles espèces.
• Classification plus précise que l’ARNr 16S ou MLST.
 Les systèmes de classification
Classification numérique
• La taxinomie numérique ou taxométrie ou taxonomie adansonienne (du nom
d’ADANSON son auteur) est à la base une méthode de taxonomie botanique
proposée dès le 18ème siècle, et a été adaptée à la taxonomie bactérienne à la fin
des années 1950. Mais son utilisation n’est devenue significative que bien plus tard,
grâce à la puissance des ordinateurs.
• Approche de classification des bactéries qui repose sur l'analyse statistique d'un
grand nombre de caractères phénotypiques et génotypiques. L'objectif est de
regrouper les bactéries en fonction de leur similarité globale et de construire des
arbres de classification basés sur des coefficients mathématiques.
 Les systèmes de classification
Classification numérique
• Toutes les caractéristiques d’un organisme sont considérées comme également
importantes.
• On compare un grand nombre de caractères morphologiques, biochimiques,
physiologiques et moléculaires.
• On attribue le même poids à chacun des caractères qui sont codés 1 (présence du
• caractère) ou 0 (absence du caractère).
• L’analyse mathématique de ces données permet le calcul des distances existant
entre différents groupes taxonomiques. Les résultats obtenus peuvent être
représentés graphiquement sous forme de dendrogramme
 Les systèmes de classification
Classification numérique
• Exemple d’un dendrogramme de certaines souches de Bacillus:
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's
Manual
• Le BERGEY'S Manual est le plus remarquable travail de classification des bactéries.
Sa première édition était en 1923 aux USA sous le nom de « BERGEY's Manual of
determinative Bacteriology ».
• 1ère version 1923 – 1974: classification phénotypique, utile pour l’identification, mais
ne reflète pas les relations évolutives. A cette période , les procaryotes étaient
subdivisés en 4 divisions reconnues: Gracilicutes, Firmicutes, Tenericutes,
Mendosicutes.
• Transition vers une classification phylogénétique (années 1980-1990):
o Adoption de l’analyse de l’ARNr 16S grâce aux travaux de Carl Woese.
o Séparation des trois domaines : Bacteria, Archaea, Eukarya.
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's
Manual

• 2ème édition Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (1997-2012) en 5

volumes, Organisation basée sur la phylogénie :
o Volume 1 : The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria: Ce
volume traite des Archaea et des groupes bactériens anciens, ainsi que des
bactéries phototrophes.
o Volume 2 : The Proteobacteria: Ce volume est consacré à un phylum majeur de
bactéries Gram-négatives, comprenant des genres tels qu'Escherichia,
Salmonella, Vibrio, Pseudomonas…
o Volume 3 : The Firmicutes : bactéries Gram positif à faible G+C incluant des
genres comme Bacillus, Clostridium, Lactobacillus, Staphylococcus…
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's
Manual

o Volume 4 : Ce volume est dédié aux Actinobacteria, un groupe de bactéries

Gram-positif à haute teneur en GC, comprenant des genres tels que
Streptomyces, Mycobacterium, Corynebacterium, et Bifidobacterium.
o Volume 5 : autres groupes atypiques: Bacteroidetes, Spirochètes,
Chlamydiae…
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's
Manual

• Évolution récente (années 2010-2020) : Apport de la génomique

o Utilisation du séquençage à haut débit (NGS) et de la
métagénomique.
o Identification de nouvelles bactéries non cultivables (Candidatus).
o Mise à jour continue avec des bases de données modernes (NCBI,
SILVA, RDP).
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's
Manual

• Dans la deuxième édition du manuel de Bergey, les procaryotes sont

divisés en deux domaines: les Archaea (Archaeobacteria) et les Bacteria
(Eubacteria), qui comprennent 34 phylums. 29 pour Bacteria et 5 pour
Archaea.
• Tous ces organismes sont formés de cellules procaryotes. Chaque
domaine est divisé en embranchement (phylum), chaque embranchement
en classe et ainsi de suite…
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's
Manual
DOMAINES 2 Archaea Bacteria
Phylums 34 5 29
Classes 57 9 48
Sous-Classes 6 0 6
Ordres 119 15 104
Sous-ordres 20 0 20
Familles 292 26 266
Genres 2100 environ 108 2000 environ
Espèces 7300 environ 250 environ 7000 environ
Sous-espèces 450 environ 0 450 environ
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Volume 1

Euryarchaeota Archaea méthanogènes et d’autres halophiles

Hyperthermophiles, vivant dans des sources

Archaea Crenarchaeota
chaudes acides

Korarchaeota, Groupes moins connus, détectés par

Nanoarchaeota séquençage
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Volume 1

Anciennement appelées algues bleu-vert

Photosynthétiques capables de produire de l’oxygène (phototrophes

Cyanobactéries oxygéniques). Elles ont joué un rôle majeur dans l’évolution de
l’atmosphère terrestre.
Exemples de genres: Synechococcus (parmi les principaux
producteurs d’O2 des océans). Nostoc (capables de fixer l’azote
atmosphérique). Microcystis (responsable de certaines proliférations
toxiques d’algues)
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Volume 1

Inclut des bactéries qui effectuent la photosynthèse, mais sans

production d’oxygène (photoautotrophes anoxygéniques)
Bactéries
phototrophes non
Bactéries vertes sulfureuses: utilisent la lumière comme source
cyanobactériennes
d'énergie sans produire d'oxygène (O₂). Le donneur d'électrons est le
sulfure d'hydrogène (H₂S), Le genre principal est Chlorobium, dont
l’une des espèces, C. tepidum, est thermophile.
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Volume 1

Isolées de sources hydrothermales et de milieux extrêmes

Bactéries
profondes et Aquificae (Aquifex pyrophilus) : thermophiles chimioautotrophes
thermophiles

Deinococcus-Thermus:
D. radiodurans : résistant aux radiations extrêmes.
T. aquaticus : source de la Taq polymérase utilisée en PCR.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Anciennement appelé Proteobacteria phylum majeur de bactéries Gram négatif, très

diversifié sur les plans morphologique, métabolique et écologique.
• Ce groupe comprend des bactéries libres, symbiotiques et pathogènes, occupant
divers environnements (sols, eaux, hôtes vivants).

• Aérobies, anaérobies, facultatives ou strictes.

• Modes nutritionnels variés : chimiotrophes, phototrophes, autotrophes, hétérotrophes.
• Certaines sont pathogènes (Salmonella, Vibrio cholerae, Neisseria).
• D'autres jouent un rôle clé dans le cycle de l’azote (Rhizobium, Nitrosomonas).
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

Divisés en six classes principales, basées sur des critères phylogénétiques et métaboliques.

• Classe des Alphaproteobacteria:

• Aérobies ou anaérobies facultatives.
• Beaucoup de symbiotes et de bactéries fixatrices d’azote.
• Certaines sont intracellulaires obligatoires.
 Rhizobium : symbiote des légumineuses, fixation d’azote.
 Rickettsia : parasites intracellulaires, responsables du typhus et de la fièvre
boutonneuse.
 Caulobacter : bactéries aquatiques, capables d’adhésion via un pédoncule.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Betaproteobacteria:
• Bactéries aérobies ou anaérobies facultatif.
• Certaines sont pathogènes pour l’homme
• Impliquées dans le cycle de l’azote et la dégradation de matières organiques.
• Rôle de la bioremédiation
 Neisseria (N. meningitidis, N. gonorrhoeae) : pathogènes humains.
 Bordetella pertussis : responsable de la coqueluche.
 Nitrosomonas : participe à la nitrification (oxydation de l’ammonium en nitrites).
 Ideonella sakaiensis: dégrade le plastique (notamment le PET)
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Avec environ 250 genres c'est la plus grande des classes de Procaryotes.
C'est aussi l'une des plus étudiées car elle comporte de nombreux genres
d'intérêt médical, écologique et scientifique.
• Ce groupe est extrêmement diversifié et inclut des bactéries pathogènes,
des symbiotes, des bactéries libres et des micro-organismes
environnementaux.
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Caractéristiques générales:
 Gram négatif : Présence d'une membrane externe riche en lipopolysaccharides
(LPS)
 Métabolisme varié : Aérobies, anaérobies facultatives, chimiohétérotrophes,
phototrophes.
 Habitat diversifié : Eau, sol, organismes vivants, environnements extrêmes.
 Grande importance médicale et industrielle.
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordres des Enterobacterales:
Famille des Enterobacteriaceae, bactéries anaérobies facultatives.
Présentes dans le tube digestif des animaux et dans l’environnement.
Certaines sont commensales, d'autres pathogènes opportunistes.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordres des Enterobacterales: Les genres les plus importants:
Escherichia coli : Commensale intestinale, mais certaines souches sont pathogènes
(EHEC, ETEC, EPEC).
Salmonella : responsable de la salmonellose et de la fièvre typhoïde.
Yersinia : Yersinia pestis cause la peste.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:
• Ordres des Pseudomonadales:
• Aérobies stricts, métabolisme oxydatif
• Mobiles grâce à des flagelles polaires.
• Très résistantes aux antibiotiques
• Capables de métaboliser divers substrats.
 Pseudomonas aeruginosa : Pathogène opportuniste, responsable
d’infections pulmonaires (ex. mucoviscidose).
 Pseudomonas fluorescens : Bactérie environnementale, utilisée en
bioremédiation.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordres des Vibrionales:
• Bactéries aquatiques,
• anaérobies facultatives, courbées en forme de virgule.
• Certaines sont pathogènes pour l’Homme et les animaux marins.
 Vibrio cholerae : Agent du choléra (toxi-infection alimentaire).
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordre des Legionellales
• Bactéries intracellulaires facultatives, vivant dans l’eau et les amibes.
• Certaines sont des pathogènes humains.
• Legionella pneumophila : Agent de la légionellose, une pneumonie grave.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordre des Pasteurellales:
• Petites bactéries non mobiles,
• Parasites des voies respiratoires de mammifères et oiseaux.
• Aérobies ou anaérobies facultatives.
 Haemophilus influenzae : Peut causer des pneumonies, méningites et
otites.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordre des Xanthomonadales:
• Principalement des pathogènes de plantes.
• Certaines sont des pathogènes opportunistes pour l’homme
 Xanthomonas : Responsable de maladies chez les plantes agricoles.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordre des Thiotrichales:
• Comprend des bactéries sulfureuses filamenteuses.
 Thiomargarita namibiensis : Une des plus grandes bactéries connues
(750 µm), accumulant du soufre .
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordre des Methylococcales:
• Bactéries méthanotrophes: capables d’utiliser le méthane comme source
de carbone et d’énergie
 Methylococcus capsulatus : Utilisé en biotechnologie pour produire
des protéines à partir de méthane.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Gammaproteobacteria:

• Ordres des Chromatiales:
• Bactéries phototrophes utilisant le soufre pour la photosynthèse.
• Trouvées dans des environnements aquatiques anaérobies riches en
sulfures.
 Chromatium : Bactéries pourpres sulfureuses.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Deltaproteobacteria:

• Gram –, principalement anaérobies et impliquées dans le cycle du soufre. Elle
inclut:
• Bactéries sulfato-réductrices
• Bactéries électro-actives
• Bactéries prédatrices
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Deltaproteobacteria:

• Ordre des myxococcales:
• Bactéries prédatrices, capables de tuer et digérer d'autres bactéries.
• Capables de produire des métabolites bioactifs avec un potentiel antibiotique.
 Myxococcus : Dévore des bactéries Gram négatif en sécrétant des enzymes
digestives.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Deltaproteobacteria:

• Ordre des Desulfovibrionales:
• Bactéries sulfato-réductrices (SRB = Sulfate-Reducing Bacteria).
• Réduisent le sulfate en sulfure d’hydrogène (H₂S), jouant un rôle majeur dans le cycle
du soufre.
• Anaérobies strictes ou facultatives.
 Desulfovibrio desulfuricans : Produit du H₂S, cause la "puanteur" des zones
anaérobies.
 Les systèmes de classification
Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota
• Classe des Deltaproteobacteria:
• Ordre des Desulfuromonadales:
• Réduisent le soufre élémentaire, le fer (Fe³ ) et d’autres métaux
• Généralement anaérobies
 Geobacter : Peut transférer des électrons aux métaux
 Utilisé dans les piles microbiennes (Utilisation des bactéries pour produire de
l’électricité dans des piles à combustible microbiennes)
 Bioremédiation des eaux polluées (Dépollution des sols et eaux contaminées par
des métaux lourds).
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Epsilonproteobacteria:

• Principalement microaérophiles (croissent en faibles concentrations
d’oxygène).
• Comprend des bactéries commensales et pathogènes du tube digestif.
 Helicobacter pylori : responsable des ulcères gastriques.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Pseudomonadota

• Classe des Zetaproteobacteria:

• Groupe plus récemment identifié.
• Impliqué dans l’oxydation du fer en milieu marin.
• Mariprofundus ferrooxydans : oxydation du fer en milieu hydrothermal
marin.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

Anciennement Firmicutes, les bacillota sont un phylum de bactéries Gram positif à faible
% G+C, caractérisées par une paroi cellulaire épaisse riche en peptidoglycane. Elles
comprennent des espèces bénéfiques et pathogènes, et jouent un rôle clé dans divers
environnements, y compris le microbiote intestinal humain
• Bacilles ou coques
• Beaucoup peuvent sporuler
• Peuvent être aérobies ou anaérobies
• Hétérotrophes, avec des capacités fermentatives importantes
• Certaines fixent l’azote
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Bacilli:

o Ordre des Bacillales:
• Bactéries sporulées et non sporulées.
• Majoritairement aérobies ou anaérobies facultatifs.
• Comprend des bactéries commensales, pathogènes et
industrielles.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Bacilli:
o Ordre des Bacillales: Principaux genres:
 Bacillus (B. subtilis, B. anthracis, B. cereus) → Sporulés, production d’antibiotiques et
d’enzymes industrielles.
 Listeria (L. monocytogenes) → Pathogène alimentaire opportuniste.
 Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis) → Infections cutanées, résistances aux
antibiotiques (SARM).
 Paenibacillus (P. polymyxa) → Utilisé en biotechnologie et en agriculture (fixatrice
d’azote).
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Bacilli:

o Ordre des Lactobacillales (Bactéries lactiques):
• Gram positif, Non sporulées, fermentatives (production d’acide lactique).
• Anaérobies facultatifs ou microaérophiles.
• Utilisées dans la fermentation alimentaire et présentes dans le microbiote
intestinal.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Bacilli:

o Ordre des Lactobacillales (Bactéries lactiques): principaux genres
 Lactobacillus (L. acidophilus, L. plantarum): Présents dans le microbiote intestinal,
utilisés dans les probiotiques.
 Streptococcus (S. pyogenes, S. pneumoniae), S. pyogenes → responsable des angines
et des infections cutanées. S. pneumoniae → responsable de la pneumonie.
 Enterococcus (E. faecalis, E. faecium) Présents dans l’intestin, mais peuvent causer
des infections opportunistes.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Clostridia:

Bactéries Gram positif, principalement anaérobies strictes, avec une
faible teneur en G+C. Beaucoup sont sporulées, leur permettant de
survivre dans des conditions extrêmes. Certaines espèces sont
pathogènes et produisent des toxines puissantes
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Clostridia:

o Ordre des Clostridiales:
• Anaérobies strictes, sporulées.
• Présentes dans les sols, le microbiote intestinal et les milieux anaérobies.
• Certaines espèces sont responsables d’infections humaines graves.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Clostridia:

o Ordre des Clostridiales: principaux genres:
 Clostridium: C. botulinum → Produit la toxine botulique (botulisme). C.
tetani → Responsable du tétanos. C. difficile → Provoque des infections
intestinales sévères.
 Peptostreptococcus: (P. anaerobius): Bactéries commensales pouvant
devenir pathogènes
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Clostridia:

o Ordre des Halanaerobiales:
• Bactéries anaérobies strictes, vivant en milieux hypersalins. Métabolisme
basé sur la fermentation ou la réduction de soufre. Principal genre:
 Halanaerobium (H. praevalens): Présent dans les environnements marins
hypersalins, dégradation de composés organiques en anaérobiose.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des Clostridia:

o Ordre des Thermoanaerobacterales:
• Bactéries anaérobies thermophiles, vivant dans des environnements
chauds (sources hydrothermales, sols volcaniques). Métabolisme basé sur
la fermentation et la production d’hydrogène. Principaux genres:
 Thermoanaerobacter: Fermentation de sucres en conditions
thermophiles.
Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des mollicutes:

Les Mollicutes sont une classe de bactéries à paroi cellulaire absente,
appartenant au phylum Bacillota. Elles se distinguent par:
• Leur petite taille,
• Leur génome réduit
• Leur parasitisme obligatoire chez divers hôtes (humains, animaux,
plantes).
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Bacillota

• Classe des mollicutes:

o Ordre Mycoplasmatales
• Parasites des mammifères et des oiseaux.
• Transmission par contact direct ou par voie aérienne.
• Responsables de nombreuses infections humaines et animales.
 Mycoplasma: M. pneumoniae → Responsable de pneumonies
atypiques.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes

Bacillota
Classe des
Classe des Bacilli Classe des Clostridia mollicutes

Lactobaci- Clostridi- Halanae- Thermoanae

Bacillale Mycoplasmatale
ale robiale -robacterale
llale

Bacillus Lactobacillus Clostridium Thermoanaer

Ruminococcu obacter
Listeria Streptococcus Halanaerobiu
s Mycoplasma
Staphylococcus Enterococcus m
Peptostrepto- Caldicellulos
Paenibacillus Leuconostoc coccus iruptor
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Actinobacteria

• Les Actinobacteria sont un phylum de bactéries à Gram positif,

caractérisées par une teneur en G+C élevée (>55%) dans leur ADN.
• Elles sont connues pour leur diversité métabolique, leur présence dans
divers environnements (sols, eau douce, microbiote humain)
• Leur importance industrielle (production d’antibiotiques, enzymes, et autres
métabolites
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Actinobacteria
ORDRE Caractéristiques principales Exemples de genres
Bactéries filamenteuses, production
Actinomycetales Actinomyces
d’antibiotiques
Micrococcales Cocci ou bâtonnets, aérobies stricts ou facultatifs Micrococcus
Pathogènes ou commensaux, paroi riche en acides Corynebacterium,
Corynebacteriales
mycoliques Mycobacterium,
Fermentatives, présentes dans le microbiote Bifidobacterium
Bifidobacteriales
intestinal
Bactéries filamenteuses, production massive
Streptomycetales Streptomyces
d’antibiotiques
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Les grandes divisions des procaryotes Volume 5

• Ce volume regroupe principalement des bactéries difficiles à classer dans

les autres volumes, souvent caractérisées par une morphologie atypique ou
un mode de vie particulier.
 Les grands phylums bactériens selon la classification du Bergey's Manual

Volume 5
Phylum Caractéristiques principales Exemples de genres
Rôle clé dans la digestion des polysaccharides
Bacteroidetes Bacteroides
complexes.
Spirochaetes Bactéries spiralées mobiles, souvent pathogènes Treponema
Chlamydiae Parasites intracellulaires obligatoires Chlamydia
Chlorobi (Bactéries Phototrophes anaérobies stricts, utilisent le
Chlorobium
vertes sulfureuses) soufre comme donneur d’électrons
Chloroflexi (Bactéries
Phototrophes anoxygéniques ou
vertes non Chloroflexus
hétérotrophes, filamenteuses
sulfureuses)
 Unité de classification
• L'espèce est l’unité de base de la classification. Une espèce
bactérienne regroupe des bactéries qui partagent de nombreuses
caractéristiques communes.
Pourquoi l’espèce bactérienne est différente de l’espèce
biologique ?
• En biologie, une espèce : ensemble d’organismes capables de se reproduire
entre eux et d’avoir une descendance fertile. Mais chez les bactéries, cette
définition ne fonctionne pas car elles se reproduisent asexuellement (par
division cellulaire).
 Unité de classification

Définition d’une espèce bactérienne en taxonomie :

• Toutes les bactéries d’une espèce ont un ancêtre
commun.
• Tous les descendants de cet ancêtre appartiennent à
cette espèce.
 Unité de classification
Les sous espèces et les souches bactériennes:
Même si des bactéries viennent d’un même ancêtre, elles peuvent présenter de
légères différences dans leur métabolisme. C’est pourquoi, une espèce
bactérienne peut être divisée en sous-espèces, regroupant des bactéries avec
des différences stables.
• Qu'est-ce qu'une souche ?
C’est un clone, c’est-à-dire un groupe de bactéries issues d’une seule bactérie
mère.
Une souche pure est obtenue en cultivant les bactéries à partir d’une seule
colonie bien isolée sur un milieu spécifique.
 Unité de classification
Des subdivisions de l'espèce sont proposées par rapport à différents caractères spécifiques :
Biovars (biotypes) : souches appartenant à la même espèce mais présentant des marqueurs
biologiques chimiques différents.
Sérovars (sérotypes) : souches appartenant à la même espèce mais présentant des antigènes
différents.
Phagovars (lysovars): souches appartenant à la même espèce mais présentant des sensibilités
différentes aux phages.
Pathovars (pathotypes) : souches appartenant à la même espèce mais exprimant des pouvoirs
pathogènes différents.
Zymovars (zymotypes) : souches appartenant à la même espèce mais présentant des capacités
enzymatiques différentes.
Antibiovars (antibiotypes) : souches appartenant à la même espèce mais exprimant des sensibilités
différentes aux antibiotiques