Micro-organismes des aliments

Introduction

A. Origine des micro-organismes présents dans un aliment

A1 Préexistence avant la transformation des aliments

A2 Apport accidentel avant la transformation des aliments
A3 Addition volontaire

B. Facteurs influençant l’activité microbiologique dans les aliments

B1 Les nutriments dans les aliments

B2 Le pH
B3 L’activité de l’eau (aw)
B4 Le potentiel d’oxydo-réduction
B5 Les inhibiteurs de croissance
B6 La température appliquée sur l’aliment (réfrigération, chauffage)

C. La conservation des denrées

C1 Asepsie et élimination physique des micro-organismes

C2 Effets de la température
C3 Elimination de l’eau
C4 Diminution de la disponibilité en eau
C5 Conservation chimique
C6 Irradiation

D. Les micro-organismes qui revêtent une importance en microbiologie alimentaire

D1 Les micro-organismes indicateurs

D2 Les bactéries pathogènes et les maladies d’origine alimentaire qu’elles
provoquent

E. Micro-organismes provoquant l’autolyse (micro-organismes « nuisibles »)

E1 Altérations de l’aspect ou de la texture

E2 Altérations du goût et de l’odeur
E3 Altérations des qualités nutritives

F. Les micro-organismes « utiles » en microbiologie alimentaire

F1 Les bactéries lactiques

F2 Les levures de la fermentation éthanolique
F3 les bactéries acétiques
F4 Les micro-organismes sources de produits alimentaires

1
 Micro-organismes des aliments

Introduction

La présence de Bactéries, Levures, et Moisissures dans les aliments peut

être souhaitable ou indésirable. En effet, certains d’entre eux vont contribuer à la
transformation du produit et en améliorer la saveur (ex produit fermenté),
d’autres vont provoquer la détérioration du produit, conduisant à rendre
l’aliment impropre à la consommation. La prolifération de tels micro-
organismes sur un aliment peut être dangereux pour l’homme ou l’animal car
certains vont produire des substances toxiques ou cancérogènes.

A. Origine des micro-organismes présents dans un aliment

Les micro-organismes des aliments ont trois origines possibles :

- ils préexistent dans la matière brute ou l’aliment avant toute manipulation
ou transformation
- ils sont apportés accidentellement lors des manipulations ultérieures de
l’aliment
- ils sont ajoutés volontairement

Schéma présentant l’origine des micro-organismes des aliments

Flore initiale de l’aliment
(Cf A1)
Disparition Apport
des micro-organismes de micro-organismes

- antagonismes microbiens - Matériel et eau

- traitements destructeurs de - Homme sain, homme malade
la flore ou d’une partie de - Air
la flore - Insectes (Cf A2)

- Micro-orga. volontairement
ajouté à l’aliment (Cf A3)

Flore de l’aliment transformé

2
A1 Préexistence avant la transformation des aliments
Tous les aliments (sauf l’eau) sont des êtres vivants ou une partie d’être
vivant. Or les êtres vivants ne sont pas stériles pour les parties en contact avec
l’extérieur (peau, tube digestif) : les micro-organismes de ces zones peuvent
donc se retrouver dans l’aliment. Leur nombre dépendra des conditions de
conservation.
D’autre part, les animaux comme les végétaux peuvent être malades, et les
micro-organismes pathogènes responsables peuvent se retrouver dans l’aliment
correspondant.

A2 Apport accidentel avant la transformation des aliments

- avec le matériel utilisé pour les transformations (couteaux, broyeurs,

plats…), les eaux de lavage. Plus ce matériel est mal entretenu et plus la
contamination est importante
- les hommes manipulant les aliments peuvent apporter eux aussi de
nombreux micro-organismes : 1. par l’intermédiaire de la peau et des
cheveux 2. par l’intermédiaire de la bouche (éternuements, crachats) 3.
par le prélèvement d’aliments dans les plats avec le doigt pour goutter 4.
par l’intermédiaire des vêtements.
- L’air peut aussi transmettre des micro-organismes, par l’intermédiaire de
poussières par exemple
- Les insectes comme les mouches, forment des vecteurs très dangereux de
micro-organismes (mouche à m….), les rongeurs…

A3 Addition volontaire

Addition volontaire de bactéries, de levures ou de champignons

microscopiques (les moisissures) pour la transformation ou la conservation d’un
aliment. Dans de nombreux cas, le but recherché est de réaliser une fermentation
dans l’aliment. Les deux types de fermentations les plus utilisés par l’homme
sont la fermentation lactique et la fermentation alcoolique.

B. Facteurs influençant l’activité microbiologique dans les aliments

B1 Les nutriments dans les aliments

Les micro-organismes ont besoin des nutriments bien spécifiques tant

pour fabriquer leur énergie que pour leur croissance. Beaucoup ont besoin de
mono et disaccharides entre autre.

3
 B2 Le pH

De nombreux micro-organismes ont un pH optimal de croissance proche

de la neutralité. Dans les milieux acides, ce sont les souches acidorésistantes qui
sont avantagées (comme les moisissures ou les levures que l’on retrouve sur les
fruits par exemple). De nombreuses bactéries ne tolèrent pas l’acide c’est
pourquoi certains acides comme l’acide acétique, l’acide benzoïque et l’acide
proprionique sont utilisé comme conservateur alimentaire. Un pH égal ou
inférieur à 4,5 tue les salmonelles et les staphylocoques.

B3 L’activité de l’eau (aw)

L’aw correspond à la quantité d’eau libre d’un produit et l’humidité

relative (H.R.) qu’on lui associe correspond à l’ aw x 100 soit l’humidité à
l’équilibre que le produit étudié peut produire s’il est contenu dans un récipient
étanche à température constante. L’eau pure a une aw =1 et une humidité relative
de 100%.
Chaque micro-organisme a sa propre aw optimale caractéristique et sa
croissance nécessite une gamme de aw donnée. Ex Bactéries « normales » 0,91 ;
levures « normales » 0,88 ; moisissures « normales » 0,80 ; bactéries halophiles
0,77 ; champignons xérophiles 0,65 et levures osmophiles 0,60
Par conséquent, un aliment sec risque le plus d’être avarié par des moisissures,
les sirops et le miel favorisent la croissance des levures osmophiles, tandis que
les aliments humides et neutre comme le lait et les viandes sont avariés par les
bactéries.

B4 Le potentiel d’oxydo-réduction

On classe les micro-organismes selon leur besoin en oxygène à savoir, les

micro-organismes aérobies, anaérobies, anaérobies facultatifs ou encore micro-
aérophiles.
Le pouvoir réducteur et oxydant de l’aliment lui-même influe sur le type
de micro-organisme qui peut se développer. Ainsi un potentiel élevé (oxydant)
favorise la croissance des micro-organismes aérobies stricts et facultatifs et un
potentiel faible (réducteur) favorise les anaérobies stricts et facultatifs.

B5 Les inhibiteurs de croissance

Produits rajoutés à l’aliment pour inhiber la croissance des micro-

organismes, comme le Na Cl, les hypochlorites, les nitrates, les nitrites,
l’anhydride sulfureux, etc.

4
B6 La température appliquée sur l’aliment (réfrigération, chauffage)

On classe les micro-organismes selon leur température optimale de

croissance. On définit ainsi des souches psychrophiles (min 0-5°C, optimum 15-
20°C) mésophiles (min 10-25, optimum 30-40°C, max 45-50°C) et thermophile
(25-45, optimum 50-55°C, max 70-90°C). Aux températures cardinales la
croissance est possible mais avec un temps de génération moins bon qu’à la
température optimale. Donc suivant la température où est placé l’aliment on
favorise la croissance d’un type de micro-organismes par rapport à un autre.
Rappelons que la grande majorité des micro-organismes pathogènes pour
l’homme sont des souches mésophiles (une souche qui se développe bien au
froid (réfrigération) : Listeria monocytogenes).

C. La conservation des denrées

La conservation des denrées alimentaires est un problème qui est apparu

avec le début de l’agriculture et la sédentarisation des hommes.
L’usage du sel comme conservateur de la viande et la production de
fromages et de laits caillés furent introduits dans les civilisations du Moyen
Orient dès 3000 avant J-C. La production de vins ainsi que la conservation du
poisson et de la viande par fumage étaient également courantes à cette époque.
Ce n’est qu’au 19ème siècle que fut démontré l’altération microbienne des
aliments par Louis Pasteur. (Avant cela on ne parle pas des microbes, on
incrimine un peu tout sauf les germes peu connus). L’ère moderne de la
microbiologie alimentaire commence en 1857 lorsque Pasteur démontre que des
micro-organismes gâtaient le lait. Ses travaux suivants (dans les années 1860)
prouvèrent que la chaleur permettrait de maîtriser les organismes altérant les
vins et les bières.

5
Différentes méthodes permettent de conserver les aliments :

Technique
Exemple de méthodes
Asepsie, élimination des micro- Limitation de la contamination
organismes microbienne, filtration, centrifugation
(Cf C1), voir ci-dessous le paragraphe
C1
Basse température Réfrigération, congélation
(Cf C2)
Haute température Inactivation thermique partielle ou
(Cf C2) complète des micro-organismes
(pasteurisation et mise en conserve)
Elimination de l’eau Lyophilisation, utilisation d’un
(Cf C3) atomiseur dans de l’air chaud ou d’un
séchoir à chaud
Diminution de la disponibilité de Addition de solutés comme le sel ou le
l’eau sucre pour diminuer les valeurs d’Aw
(Cf C4)
Conservation chimique Addition de substances inhibitrices
(Cf C5) spécifi-ques (acide organiques, nitrates,
anhdride sufureux)
Irradiation Utilisation de radiations ultraviolettes
(Cf C6) et de radiations ionisantes (rayons X)

C1 Asepsie et élimination physique des micro-organismes

Asepsie :
Pour pouvoir conserver un aliment le plus longtemps possible, il faut que
celui-ci soit le moins possible au contact des germes.
Quelques règles d’hygiène élémentaires :
- Limiter les contacts humains avec les aliments (garder le produit dans son
emballage sans l’ouvrir)
- laver les ustensiles avec des désinfectants chimiques (composés chlorés
ou ammonium quaternaire)
- conserver l’aliment dans des conditions défavorables à la croissance des
micro-organismes pathogènes

Elimination physique :
- par filtration sur des produits comme l’eau, la bière, le vin, des jus des
boissons non alcoolisées etc…Elle permet une élimination totale ou
presque total des germes
- par centrifugation après passage souvent sur des préfiltres

6
Remarque : les micro-organismes sont éliminés du produit alimentaire, mais
sont toujours actifs. Destruction ensuite.

C2 Effets de la température

A basse température, les activités métaboliques des cellules se

poursuivent très lentement, habituellement sans destruction des protéines
cellulaires. Au point de congélation ou au-dessous, il se forme des cristaux de
glace qui peuvent provoquer le broyage mécanique des cellules. Toutefois, s’il
se forme de petits cristaux, la turgescence de la cellule est maintenue (comme
pour le procédé de lyophilisation), mais il n’y a pas de croissance.
Quelques espèces de moisissures se développent entre – 4°C et – 6°C
(Cladosporium, Sporotrichum, Penicillium) ainsi que les espèces bactériennes
comme Achromobacter, Alcaligenes, Flavobacterium et Pseudomonas croissant
à des températures supérieures à 0°C. Les espèces Salmonella, Enterococcus,
Staphylococcus et Clostridium botulinum résistent au gel. Par conséquent, il ne
faut pas perdre de vue qu’une basse température n’est pas un procédé de
stérilisation, mais plutôt une méthode pour susciter des conditions qui sont
défavorables à une croissance microbienne étendue.
A haute température : La cuisson détruit effectivement de nombreux
micro-organismes pathogènes qui peuvent être présents dans les aliments
(Salmonella, Shigella, Brucella…). Les toxines produites par les micro-
organismes demandent pour être détruites une durée de cuisson plus importante
que celle pratiquée usuellement sur l’aliment sain. A température d’ébullition on
peut détruire ou inactiver les toxines comme celle de Cl. botulinum mais pas les
spores.
Friture : destruction des micro-organismes moins efficace que
l’ébullition. Ne tue pas les thermophiles
Pasteurisation : pour les liquides : réduction des germes mais pas les
sporulants.
Mise en conserve : Le temps et la température exactes dépendent de la
nature et de l’aliment. Parfois seuls les germes pathogènes sont détruits.
Après le chauffage, les boîtes sont refroidies aussi rapidement que
possible, habituellement avec de l’eau froide.

C3 Elimination de l’eau

La multiplication des micro-organismes nécessite de l’eau. Le

dessèchement permet une bonne conservation des aliments. Voyons deux
procédés modernes actuels de séchage des produits (complémentaire des
méthodes de séchage au soleil traditionnelles) :

7
l’atomisation : méthode consistant à pulvériser l’aliment liquide en fines
gouttelettes, à l’état de brouillard dans un courant chaud ou de gaz inerte, puis à
évaporer l’eau pour obtenir une poudre
et la lyophilisation : méthode de conservation par dessiccation sous vide à basse
température

C4 Diminution de la disponibilité en eau

On peut contrôler l’activité de l’eau en ajoutant des solutés tels que le

NaCl ou des sucres ou en éliminant l’eau par dessiccation.

C5 Conservation chimique

On peut utiliser différents agents chimiques pour conserver les aliments.

Ils sont étroitement réglementés par la Food and Drug Administration (FDA)
américaine et par différentes administrations européennes.

Les conservateurs :
- Le propionate de sodium : ajouté au pain, aux gâteaux, à certains
fromages
- Le nitrite de sodium : utilisé pour inhiber la germination des spores de
Clostridium et pour stabiliser la couleur rouge des viandes

Les antibiotiques :
- Deux principaux antibiotiques sont utilisés dans beaucoup de pays
(interdit aux Etats-Unis) pour préserver les denrées alimentaires : la
natamycine (antifongique) et la nisine (antibactérien Gram négatif).
Aucun de ces produits n’est utilisé à des fins thérapeutiques.

Les gaz
- gaz carbonique : L’association du gaz carbonique et de l’oxygène,
respectivement dans les proportions de 20 et 80 %, permet de résoudre à
la fois les problèmes de lutte contre les micro-organismes et les problèmes
de couleur au cours du stockage de la viande.
- le dioxyde de soufre (ou anhydride sulfureux SO2) souvent utilisé pour
les fruits et leurs jus

C6 Irradiation

Rayons UV (260 à 270 nm) : levures et bactéries plus sensibles aux UV que les
champignons

8
Faible pénétration dans la matière. Utilisation réservée principalement à la
destruction des micro-organismes de l’air ou à la surface des produits et
matériels.
(ex stockage en chambre froide, stérilisation d’emballage)

Radiations ionisantes : ex Rayon gamma émis par le cobalt 60 (Co60)

Pouvoir pénétrant important. Stérilisant à froid des aliments. Elles permettent
donc de supprimer les contaminants microbiens d’aliments sans les chauffer.

D. Les micro-organismes qui revêtent une importance en microbiologie

alimentaire

Certains micro-organismes produisent des modifications souhaitables

dans les aliments (comme dans les produits fermentés), d’autres vont participer à
la détérioration de l’aliment et d’autres encore vont être, en se développant,
dangereux pour l’homme.

D1 Les micro-organismes indicateurs

La présence de micro-organismes indicateurs dans un produit alimentaire

(tels que Escherichia coli type I, les coliformes et les streptocoques fécaux)
indique une exposition à des conditions qui pourraient favoriser l’introduction
de micro-organismes dangereux ou permettrent la prolifération d’espèce
pathogènes ou toxinogènes.
Ces micro-organismes sont aussi bien utilisés pour déterminer la sécurité
biologique des aliments, que pour contrôler la qualité microbiologique des
aliments et de l’eau.
Leur présence, dans un aliment, est tolérée en dessous d’un seuil numérique
défini.

Nous allons voir quelques micro-organismes indicateurs :

a. Bactéries aérobies mésophiles

Un nombre élevé de bactéries aérobies mésophiles viables traduit souvent

une contamination des matières premières, un manque d’hygiène, des conditions
de durée ou de température impropres au stade de la production ou de
l’emmagasinage, ou une combinaison de ces facteurs.
En outre une numération élevée annonce la probabilité d’autolyse parce
que la plupart des aliments contiennent de 106 à 108 micro-organismes par
gramme au moment où la décomposition devient flagrante.

9
 Ces micro-organismes peuvent être considérés comme des micro-
organismes indicateurs même s’ils ne présentent pas la même précision et
fiabilité que d’autres indicateurs plus spécifiques (connus pour les toxi-
infections).

Remarque : dans des situations bien particulières on peut prendre d’autres

indicateurs, comme par ex le dénombrement des bactéries psychrophiles viables
pour prédire la durée de conservation d’un aliment entreposé au froid.

b . Coliformes, coliformes fécaux et E. coli

Le groupe des coliformes comprend toutes les bactéries en bâtonnet

aérobies et anaérobies facultatives, Gram négatives et non sporogènes, qui
fermentent le lactose avec formation de gaz dans les 48 h à 35°C. Il comprend
des espèces individuelles dont l’habitat est intestinal ou non-intestinal, par ex le
sol, l’eau ou le grain.
Le groupe des coliformes comprend les espèces E. coli, Citrobacter,
Enterobacter, Klebsiella et Serratia.
Les coliformes n’indiquent pas nécessairement une contamination à partir
d’une source fécale, au sens où cela impliquerait un contact immédiat avec les
féces. Les coliformes autres qu’E. coli sont des indicateurs utiles d’un
traitement peu satisfaisant ou d’un manque d’hygiène. La présence de
coliformes en grand nombre dans un aliment traité indique qu’il y a possibilité
de prolifération, ce qui aurait pu permettre la multiplication de Salmonella,
Shigella, Staphylococci , etc.
E. coli est l’indicateur auquel on accorde généralement la préférence pour
déterminer la contamination d’origine fécale relativement récente. Habitat
naturel : partie inférieure de l’intestin des vertébrés.
Les coliformes fécaux sont considérés comme étant les micro-organismes
qui, parmi les coliformes, sont capables de croître et de fermenter le lactose à
des températures supérieures à la normale (44°C-45,5°C). Ils englobent surtout
une forte proportion de E. coli type I et II, et sont donc utiles pour indiquer une
source fécale probable.

c. Enterobacteriacae totaux

Pour le dénombrement total de tous les membres de la famille des

Enterobacteriacae, qu’il s’agisse d’agents de fermentation lactosée ou non
lactosée, on utilise le glucose plutôt que le lactose comme source de carbone
dans un milieu de culture aux sels biliaires et au vert de brillant. Tous les
membres de la famille peuvent se développer sur ce milieu, y compris les
pathogènes tels que Salmonella et Shigella. Bien entendu, des épreuves
supplémentaires sont nécessaires pour identifier de tels micro-organismes.

10
d. Les entérocoques

En microbiologie alimentaire, on entend par entérocoque Streptococcus

faecalis et S. faecium. Habitat naturel : intestin de l’homme et des animaux.
Indicateur : d’un manque d’hygiène dans une usine grâce à leur résistance
relativement forte à la dessiccation, aux températures élevées et aux
détergents ou désinfectants.
e. Staphylocoques

La présence de Staphylococcus aureus peut avoir pour origine la peau, la

bouche ou le nez du personnel manipulant l’aliment. En règle générale, la
présence de Staphylocoques en grands nombres est une bonne indication de
déficiences en ce qui concerne l’hygiène et le contrôle de la température.

D2 Les bactéries pathogènes et les maladies d’origine alimentaire qu’elles

provoquent

Certaines maladies chez l’homme sont contractées lors de l’ingestion

d’aliments ou d’eau contaminés. Ces maladies sont essentiellement de deux
types : des infections et des intoxications.
Une infection a lieu lorsqu’une bactérie pathogène pénètre dans le tube
digestif et s’y multiplie. C’est le cas de la fièvre typhoïde et de la gastro-entérite
causée par des Vibrio.
Une intoxication a lieu suite à l’ingestion d’une toxine produite en dehors
de l’organisme, comme dans le cas du botulisme et de l’intoxication alimentaire
staphylococ-cique.

Tableau :Incidence des maladies

( Remarque : évaluation précise impossible car variable selon les pays)

Plus de 100 cas par an pour 100 000 habitants

o Entérite à Escherichia coli
o Campylobactériose (entérite)
o Salmonellose et shigellose (entérite souvent aïgue)
o Infection à rotavirus (entérite)
o Maladies à protozoaires – amibiase, giardiase, toxoplasmose…
o Maladies dues à des vers parasites – ascaridiases, trichocéphaloses
(affaiblissement général et divers symptômes plus bénins)

1 à 100 cas par an pour 100 000 habitants

o Typhoïde et paratyphoïde (fièvre et diarrhées)
o Hépatite A (nausées, fièvre, jaunisse)

11
Moins d’un cas par an pour 100 000 habitants
o choléra, absent en Europe, (diarrhées aiguës et vomissements)
o poliomyélite (paralysies)
o listériose (pneumonies, méningites et entérites fréquemment
mortelles)
o botulisme (paralysies allant jusqu’à la mort)

Qu’est-ce qu’une toxi-infection alimentaire ?

On est en présence d’une toxi-infection alimentaire quand une personne

tombe malade à la suite de l’ingestion d’aliments contaminés par les micro-
organismes pathogènes. Cet état est souvent appelé « empoisonnement
alimentaire ». Les bactéries, les parasites, les champignons et les virus en sont
responsables.
Beaucoup de toxi-infections alimentaires ne sont pas signalées parce que
les symptômes ressemblent souvent à ceux d’une grippe intestinale. Les
symptômes les plus communs des toxi-infections sont les crampes abdominales,
les nausées, les vomissements, la diarrhée et la fièvre.

Qu’est-ce qu’une toxi-infection alimentaire collective (T.I.A.C.) ?

Une T.I.A.C. est définie par l’apparition d’au moins deux cas similaires
d’une symptomatologie, en général gastro-intestinale, dont on peut rapporter la
cause à une même origine alimentaire.

a. Salmonella

Les Salmonella sont des bâtonnets GRAM négatif généralement mobiles

(grâce à la présence d’une ciliature péritriche)

Maladies provoquées par Salmonella :

La salmonellose est une infection transmise par les aliments dans
laquelle le sujet ingère un aliment contaminé par des bactéries vivantes du
groupe Salmonella. On trouve deux principaux types de maladie :
- Les fièvres typhoïde et paratyphoïde : responsables : S. typhi et S.
paratyphi
- La gastro-entérite : toxi-infection alimentaire
Les symptômes de la salmonellose sont des douleurs abdominales, de la
diarrhée, des frissons, des vomissements fréquents et un état de prostration.
Dans le cas de la fièvre typhoïde, les symptômes sont plus graves et l’on relève,

12
dans certains cas, une très forte fièvre et une ulcération de l’intestin grêle.
L’issue peut être fatale à cause de la fièvre ou d’une perforation de l’intestin.
Période d’incubation : de 7 à 72 h ; fièvre typhoïde de 7 à 21 jours.
Aliment véhiculant les salmonelles : œufs, ovoproduits, les viandes et la
volaille, les mollusques et crustacés, le poisson fumé, le lait en poudre.
Cependant, n’importe quel aliment peut être contaminé par un produit souillé et
par contact avec des insectes ou rongeurs.
Moyen de lutte contre la maladie : hygiène du personnel, de l’usine qui traite
l’aliment. Cuisson à point des aliments et conservation de ceux non consommés
à 4°C.

b. Shigella

Les Shigella sont des bâtonnets Gram négatif non mobiles.

Maladies provoquées par Shigella :

La shigellose est une infection où les bactéries Shigella sont ingérées, se
multiplient dans l’intestin et sont finalement détruites en libérant leur
endotoxine. Toutes les Shigellae produisent une endotoxine. Shigella
dysenteriae produit en plus une exotoxine.
Les symptômes de la shigellose sont la diarrhée avec selles
sanguinolentes, des douleurs abdominales et parfois de la fièvre.
Période d’incubation : moyenne 4 jours (jusqu’à 7 jours)
Aliment véhiculant les Shigellae : on soupçonne les aliments préparés à l’état
humide, le lait, les produits laitiers, l’eau, également une personne porteuse de la
maladie et les mouches.
Moyen de lutte contre la maladie : hygiène des fabriques d’aliments et hygiène
individuelle

c. Escherichia coli

Ce sont des bâtonnets droits GRAM négatif, isolés ou par paires,

possédant une ciliature péritriche ou non,mobiles.
On peut subdiviser Escherichia en biotype en utilisant la sérologie. Elle
repose sur les propriétés des différentes structures de surface exprimées en
antigènes O (somatiques), K (capsulaires) et H (flagellaires). La répartition des
antigènes sera enregistrée ainsi, par exemple : O111 : K58 : H2. Il existe 150
antigènes O reconnus, 90 antigènes K et 50 antigènes H.
Maladies provoquées par [Link]:
Preuve d’une contamination fécale c’est un micro-organisme indicateur.
Types sérologiques responsables de diarrhée infantile pouvant être mortelle :
O55, O127 etc. D’autres souches produisent une entérotoxine puissante capable
de provoquer une diarrhée aiguë. D’autres souches d’E. coli pénètrent dans

13
l’épithélium intestinal en y causant une inflammation qui évoque celle que
provoque la dysenterie à Shigella.
Période d’incubation : 1 à 3 jours
Aliment véhiculant E. coli : aliments crus et aliments cuits souillés par des
mains, surfaces ou récipients sales.
Moyen de lutte contre la maladie : se combat comme les Salmonellae.

d. Staphylococcus aureus

Ce sont des coques GRAM positif qui se présentent isolément ou par paire
et en se divisant forment des grappes irrégulières.

Toxi-infection staphylococcique : Dans ces toxi-infections alimentaires

Staphylococcus se développe dans l’aliment et forme une toxine qui y est
excrétée. Ces micro-organismes ne produisent aucune odeur ou saveur
prononcée et l’aliment contenant des millions de staphylocoques par gramme
peut ne différer que fort peu d’un aliment indemne, du point de vue de la saveur,
de l’odeur ou de l’aspect,.
Les symptômes sont la nausée, les vomissements, les crampes
abdominales, l’état de prostration et la diarrhée. Ils ne durent habituellement que
quelques heures ou, dans de rares cas, plusieurs jours.
Période d’incubation : après ingestion de la toxine de 1 à 7 heures,
généralement de 3 à 6 h
Aliment véhiculant Staphylocoque : jambon et produit à base de jambon,
produits de boulangerie fourrés à la crème, les produits à base de poulet, en
particulier la salade de poulet, la salade de pomme de terre et le fromage
cheddar
Les toxines produites par les staphylocoques résistent assez bien à la chaleur.
D’où problème même si la bactérie est tuée par la chaleur, la maladie est encore
possible.
La source la plus importante de St aureus est l’homme. 40 % des êtres vivants à
l’état normal hébergent ces micro-organismes dans le nez et le larynx, ce qui
explique pourquoi l’extrémité de doigts est souvent contaminée avec ces
bactéries. D’où la contamination facilité surtout si les aliments restent à
température ambiante , les staphylocoques se développent et produisent leurs
toxines.
Moyen de lutte contre la maladie : hygiène individuelle des manipulateurs de
produits et température du produit : en dessous de 4 °C s’il est conservé au froid
ou au dessus de 60 °C si l’aliment est maintenu sur une table chauffante avant
d’être consommé.

14
e. Listeria monocytogenes

Listeria est une bactérie qui vit souvent dans le sol, la végétation, le fourrage et
les excréments des humains et des animaux.
Une toxi-infection par Listeria peut survenir en ingérant ou simplement en
touchant des produits laitiers, des légumes, du poisson ou de la viande
contaminés par la bactérie.
Au début, les symptômes peuvent ressembler à ceux d’une grippe (nausées,
vomissements, crampes et fièvre). Dans les cas les plus graves, l’infection peut
se propager au cerveau et au sang ; décès.

f. Clostridium perfringens

On trouve ce micro-organisme dans le sol et l’eau, voire dans le contenu

de l’intestin de l’ho et d’animaux, ainsi que dans les mouches. Les spores de Cl.
perfringens résistent assez bien à la chaleur.
Clostridium perfringens produit 5 types de toxines nommées de A à
E. L’intoxication à Perfringens est une infection dans laquelle les bactéries sont
ingérées, se développent dans l’intestin grêle et produisent des toxines.
Les symptômes de la maladie sont des douleurs abdominales aiguës, une
diarrhée et des nausées, mais les vomissements sont rares.
Période d’incubation : après ingestion de l’aliment de 8 à 72 h
Aliment véhiculant Clostridium : les viandes, ou produits carnés préparés et la
volaille. Cl. perfringens est généralement présent dans la viande fraîche crue et
non traitée et à cause de la résistance de ses spores au traitement thermique (lors
de la cuisson) on peut retrouver des cellules végétatives après que les spores
aient germés dans la viande cuite non maintenue au froid.
Moyen de lutte contre la maladie : réfrigération en dessous de 4°C ou
chauffage à des températures supérieures à 65°C pour des aliments destinés à
être consommés immédiatement après cuisson.

h. Clostridium botulinum

Clostridium botulinum produit 6 types de toxines (A à F) qui sont

pathogènes pour l’homme et les animaux. Toxines A et E : les plus toxiques
pour l’ho (mortelles) Type E associé au produit de la pêche. Toxine B moins
létale. Toxine C : botulisme chez les animaux en particulier les oiseaux. Toxine
D : pour les animaux. Toxine F : ho y résiste bien.
Habitat naturel de Cl . botulinum : le sol. Cl . botulinum produisant toxine
de type E associé aux lacs et rivières d’eau douce, également aux poissons dans
les océans et à la boue.

15
 Cl . botulinum est l’agent causal du botulisme chez l’homme. Le
botulisme est une intoxication par des aliments dans lesquels Clostridium
botulinum s’est développé en produisant ses toxines, extrêmement dangereuse
pour l’ho et de nombreux animaux.
Les symptômes du botulisme sont les vomissements, la constipation, la
parésie oculaire (difficulté à remuer l’œil), la vision double, la paralysie du
pharynx, une distension de l’abdomen, une inflammation douloureuse du larynx
et parfois de la difficulté à parler. Dans les cas les plus graves, le mécanismes de
la respiration est affecté et il s’ensuit une défaillance cardiaque. La toxine
atteint les nerfs sensitifs périphériques, mais non le système nerveux central.
Période d’incubation : après ingestion de la toxine de 12 h à 6 jours
Aliment véhiculant Clostridium : aliments en boîte, les conserves faites à
domicile et rarement des conserves produites pour le commerce. Cas où le
poisson et les fruits de mer étaient responsables du botulisme.
Moyen de lutte contre la maladie : chauffer les aliments en boîtes de conserve
suffisamment pour détruire le micro-organisme et étant donné la thermolabilité
de la toxine botulique, si l’aliment est chauffé jusqu’au point d’ébullition de
l’eau avant sa consommation, les toxines présentes seront détruites. Puisque
certains types de Clostridium botulinum (E et des souches de F) se développent
à des températures ne dépassant pas 3°C, une méthode de lutte consiste à
appliquer à tout moment des températures suffisamment basses aux aliments
lorsqu’ils ne sont pas en cours de préparation pour être consommés.

i. Les moisissures productrices de mycotoxines

Les toxi-infections alimentaires affectent plus de 10 000 personnes en France

chaque année sur lesquels on enregistre près de 700 décès (liés à la
consommation d’aliments toxiques ou contaminés, toutes catégories
confondues) ; à comparer avec les 23 513 décès en 1995 liés à l’alcool
(cirrhoses, psychoses, intoxications et cancers, sans les accidents de la route).
« Peu » de décès par « empoisonnement » alimentaire, mais un coût économique
important (pour la sécu et l’employeur).

E. Micro-organismes provoquant l’autolyse (ceux qu’on qualifierait de

nuisibles)

Les micro-organismes que l’on qualifie de nuisibles sont des micro-

organismes pouvant causer des altérations des aliments. Certains micro-
organismes utiles dans des produits peuvent être nuisibles dans d’autres :
- les bactéries lactiques sont utiles au yaourt et nuisibles au lait

16
 - les moisissures sont utiles dans les fromages bleus et nuisibles dans la
plupart des autres aliments.
En règle générale, pour être nuisibles, les micro-organismes d’altération
doivent être en grand nombre pour que cette autolyse soit perceptible.

Quelles altérations provoquent-ils ?

E1 Altérations de l’aspect ou de la texture

- pigmentation anormale (Serratia marcescens qui produit un pigment

rouge lorsqu’il se développe sur des matières alimentaires humides, a été
associée sans en connaître l’existence à un miracle. Les historiens pensent
qu’il serait responsable des taches de « sang » sur les hosties et d’autres
pains. On peut obtenir des pigmentations noire ou verdâtres avec les
moisissures).
- Film visqueux ou irisé (= coloré des couleurs de l’arc-en-ciel) (dû aux
bactéries aérobies strictes dans les aliments conservés à l’air libre)
- Viscosité anormale (gélification par des bactéries capsulées ou par
production de dextrane à partir du saccharose par Leuconostoc)
Ces altérations peuvent ne pas présenter de toxicité mais rendent le produit
peu appétissant ou invendable.

E2 Altérations du goût et de l’odeur

- odeur de moisi (moisissures, Actinomycétales…)

- goût de rance (dû au diacéthyle (2,3 butane dione) produit par
Leuconostoc)
- présence d’H2S ou d’indole (Enterobactéries…)

E3 Altérations des qualités nutritives

- par l’apparition de substances toxiques (voir intoxication alimentaire)

- par destructions des molécules nutritives (comme par ex des acides
aminés essentiels) d’où une diminution de la valeur nutritive de l’aliment.

On trouve ainsi de nombreux micro-organismes responsables de l’altération et

de la décomposition des aliments
- Les micro-organismes psychotrophes (se développant à la température
de réfrigération, ex Achromobacter, Pseudomonas : modification de la
saveur et altérations des propriétés physiques de l’aliment) ;
- Les micro-organismes thermorésistants (Micrococcus, Enterococcus,
Lacto-bacillus, Bacillus et Clostridium : problème lors de la
pasteurisation, peuvent être utilisés comme indicateurs)

17
- Les micro-organismes lipolytiques (ceux qui peuvent provoquer par
hydrolyse et oxydation, une détérioration des matières grasses, ex
Pseudomonas, Achromobacter Staphylococcus, Aspergillus, Penicillium,
Rhodotorula…)
- Les micro-organismes protéolytiques (ceux qui peuvent hydrolyser les
protéines, produisant diverses altérations de l’odeur et de la saveur, ex
Bacillus, Clostridium, Pseudomonas et Proteus)
- Les micro-organismes halophiles (concentration minimale en sel, ex
Pseudomonas, Moraxella, Halobacterium…., contribuent à l’autolyse des
aliments salés poissons, lard et peaux conservés avec du sel marin
- Les micro-organismes osmophiles ( dans solution extrêmement sucrée,
ex levures essentiellement Saccharomyces rouxii et mollis, responsable de
l’autolyse du miel, des friandises au chocolat, des confitures, de la
mélasse…)
- Les micro-organismes pectinolytiques (décomposent la pectine
contenue dans les fruits et légumes, ex Achromobacter, Enterobacter,
ainsi que beaucoup de levures et moisissures, provoquent le
ramollissement de fruits et légumes emmagasinés en éliminant le pouvoir
gélifiant)
- Les micro-organismes acidifiants (bactéries qui produisent des acides
seuls (homofermentaires) ou avec un autre composant
(hétérofermentaires), Cf bactéries utiles) ainsi que certaines moisissures
et levures produisant de l’acide citrique, oxalique, etc.)
- Levures et moisissures (responsable de l’autolyse de nombreux types
d’aliments, s’attaquant aussi bien aux pectines, qu’aux glucides, acides
organiques, protéines et lipides. Elles résistent à la chaleur, au gel, aux
antibiotiques. Altération de l’odeur et de la saveur ainsi que décoloration
à la surface de l’aliment.)
- Aérobies sporulées mésophiles (= Bacillus se développant à 35°C et qui
provoque dans les aliments en conserve peu acides une détérioration du
type « flat sour » = ainsi appelé parce que le contenu devient aigre sans
gonflement de la boîte)
- Anaérobies sporulées mésophiles (provoque la putréfaction =
décomposition des protéines et acides aminés en anaérobiose, avec
dégagement de produits d’odeur fétide contenant du soufre, tels que H2S,
le sulfure de méthyle et d’éthyle et des mercaptans, ainsi que de
l’ammoniac, de l’indol et d’autres produits, ex Cl . sporogenes, Cl.
putrefaciens)
- Bactéries sporulées acidophiles « flat sour » (autolyse par sûrissement
acidophile, dans boîte de conserve contenant des tomates, de la crème…,
ex B. coagulans)
- Bactéries sporulées thermophiles « flat sour » (aérobies facultatifs
capables d’avarier certaines conserves faiblement acides en provoquant la

18
 fermentation des glucides avec production d’acides gras qui aigrissent le
produit, ex B. stearothermophilus)
- Anaérobies thermophiles (strictes fortement saccharolytiques,
produisant de l’acide et du gaz en abondance à partir de différents sucres.
pas d’H2S, ex Cl. thermo-saccharolyticum)

F. Les micro-organismes « utiles » en microbiologie alimentaire

L’utilisation de micro-organismes pour transformer un aliment modifie

forcément les qualités organoleptiques de l’aliment : le lait n’est pas du yaourt.
Mais le but initial de la fabrication d’un nouvel aliment est souvent la
conservation de l’aliment originel :
- yaourt et fromages, faciles à conserver au frais bien que le lait soit un
aliment très fragile et de conservation limitée (avant les techniques de
stérilisation U.H.T.)
- saucisson, facile à conserver longtemps, bien que la viande et le gras de
porc crus soient particulièrement sujets aux altérations.

La multiplication préférentielle des « micro-organismes utiles » peut être

réalisée de deux manières compatibles entre elles :
- l’ensemencement : addition de micro-organismes sous la forme d’un
« levain » ou d’une culture.
- La combinaison de diverses conditions permettant l’orientation de la flore
présente dans l’aliment vers le but recherché (salage et réfrigération du
caillé de lait dans la fabrication des fromages ; addition d’amylase sous
forme d’orge germé et de levures au mélange d’eau et de graines
amylacées pour la fabrication de la bière)

Lorsque les micro-organismes présents avant les transformations sont

gênants, ils peuvent être tués, par Pasteurisation, par exemple.

Quels sont ces « micro-organismes utiles » ?

F1 Les bactéries lactiques

Ces bactéries produisent de l’acide lactique et éventuellement d’autres

produits de fermentation qui interviendront dans le goût à partir de l’amidon des
céréales, ou du saccharose et du fructose des fruits et légumes ou encore du
lactose auxquelles ces bactéries doivent leur nom. L’acidité produite permet la
conservation de l’aliment en inhibant la culture de très nombreuses bactéries.
Ce sont :
- des Streptocoques lactiques (Lactococcus)

19
 - des Lactobacillus
- des Leuconostoc (famille des Streptococcaceae)
- des Bifidobacterium

La fermentation lactique est très utilisées pour la fabrication des yaourts, du

fromage, du beurre, de la choucroute (avec des levures) , du saucisson, du
jambon fumé, du salami, de nombreux légumes…….

F2 Les levures de la fermentation éthanolique

Ces levures (Saccharomyces essentiellement) fermentent les glucides en

éthanol et dioxyde de carbone. Elles sont utilisées pour la fabrication des
boissons alcooolisées (vin, bière, eaux de vie …) mais aussi du pain où le
dioxyde de carbone produit permet le gonflement (levée) de la pâte.

F3 les bactéries acétiques

Les bactéries acétiques (Acetobacter essentiellement) sont des bactéries

aérobies strictes oxydant l’éthanol en acide acétique (éthanoïque). Elles sont
utilisées pour la fabrication du vinaigre à partir du vin par exemple. Le vinaigre
peut être utilisé comme agent conservateur, l’antiseptique étant les ions H+.

En réalité, les micro-organismes ne se limitent pas à cette liste. Les

champignons microscopiques interviennent fréquemment dans la fabrication des
fromages, « bleus » par exemple, camembert….D’autre part, de très nombreux
micro-organismes peuvent intervenir dans l’arôme de l’aliment : pensons aux
vins ou aux fromages, à leur « goût de terroir » lié aux micro-organismes de ce
terroir pour le s meilleurs d’entre eux.

F4 Les micro-organismes sources de produits alimentaires

Outre un rôle dans la fermentation en tant qu’agents de transformations

physiques et biologiques, les micro-organismes peuvent, eux-mêmes, servir
d’aliments.
On consomme de la levure de bière déshydratée, des champignons de
couche (champignons de Paris, pleurotes…..)
Les micro-organismes sont utilisés comme source de protéines et on les
appelle dans ce cas des protéines d’origine unicellulaire (POU ou SCP pour
single cell protein). Il est possible d’utiliser les POU directement comme source
alimentaire ou en supplément à d’autres aliments. (attention POU possède une
teneur élevée en acide nucléique (16 %) engendrant une accumulation d’acide
urique à l’origine de la goutte et de la formation de lithiases rénales.)

20