Réalisation et caractérisation de puces de capteurs à

cristaux photoniques : Vers un dispositif de biodétection

intégré
Nicolas Gaignebet

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Nicolas Gaignebet. Réalisation et caractérisation de puces de capteurs à cristaux photoniques : Vers
un dispositif de biodétection intégré. Micro et nanotechnologies/Microélectronique. Université de
Lyon, 2020. Français. �NNT : 2020LYSEI128�. �tel-03199637�

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 N°d’ordre NNT : 2020LYSEI128

THESE de DOCTORAT DE L’UNIVERSITE DE LYON

opérée au sein de
l’INSA de Lyon

Ecole Doctorale N° 160

Électronique, Électrotechnique, et Automatique

Spécialité :
Electronique, micro et nanoélectronique, optique et laser

Soutenue publiquement le 11/12/2020, par :

Nicolas Gaignebet

Réalisation et caractérisation de puces de

capteurs à cristaux photoniques : vers un
dispositif de biodétection intégré

Devant le jury composé de :

M. CASSAN, Éric Professeur des Universités Rapporteur

M. WEHRSPOHN, Ralf Professeur Rapporteur
Mme LEREU, Aude Chargée de Recherche Examinatrice
M. HADJI, Emmanuel Ingénieur CEA (HDR) Examinateur
M. DUPOY, Mathieu Ingénieur CEA Invité
M. POUTEAU, Patrick Ingénieur Avalun Invité
M. BENYATTOU, Taha Directeur de recherche Directeur de thèse
Mme JAMOIS, Cécile Chargée de recherche Co-directrice de thèse

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© [N. Gaignebet], [2020], INSA Lyon, tous droits réservés
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 Département FEDORA – INSA Lyon - Ecoles Doctorales – Quinquennal 2016-2020

SIGLE ECOLE DOCTORALE NOM ET COORDONNEES DU RESPONSABLE

CHIMIE CHIMIE DE LYON M. Stéphane DANIELE

Institut de recherches sur la catalyse et l’environnement de Lyon
http://www.edchimie-lyon.fr IRCELYON-UMR 5256
Sec. : Renée EL MELHEM Équipe CDFA
Bât. Blaise PASCAL, 3e étage 2 Avenue Albert EINSTEIN
[email protected] 69 626 Villeurbanne CEDEX
INSA : R. GOURDON [email protected]

E.E.A. ÉLECTRONIQUE, M. Gérard SCORLETTI

ÉLECTROTECHNIQUE, École Centrale de Lyon
AUTOMATIQUE 36 Avenue Guy DE COLLONGUE
69 134 Écully
http://edeea.ec-lyon.fr Tél : 04.72.18.60.97 Fax 04.78.43.37.17
Sec. : M.C. HAVGOUDOUKIAN [email protected]
[email protected]

E2M2 ÉVOLUTION, ÉCOSYSTÈME, M. Philippe NORMAND

MICROBIOLOGIE, MODÉLISATION UMR 5557 Lab. d’Ecologie Microbienne
Université Claude Bernard Lyon 1
http://e2m2.universite-lyon.fr Bâtiment Mendel
Sec. : Sylvie ROBERJOT 43, boulevard du 11 Novembre 1918
Bât. Atrium, UCB Lyon 1 69 622 Villeurbanne CEDEX
Tél : 04.72.44.83.62 [email protected]
INSA : H. CHARLES
[email protected]

EDISS INTERDISCIPLINAIRE Mme Sylvie RICARD-BLUM

SCIENCES-SANTÉ Institut de Chimie et Biochimie Moléculaires et Supramoléculaires
(ICBMS) - UMR 5246 CNRS - Université Lyon 1
http://www.ediss-lyon.fr Bâtiment Curien - 3ème étage Nord
Sec. : Sylvie ROBERJOT 43 Boulevard du 11 novembre 1918
Bât. Atrium, UCB Lyon 1 69622 Villeurbanne Cedex
Tél : 04.72.44.83.62 Tel : +33(0)4 72 44 82 32
INSA : M. LAGARDE [email protected]
[email protected]

INFOMATHS INFORMATIQUE ET M. Hamamache KHEDDOUCI

MATHÉMATIQUES Bât. Nautibus
43, Boulevard du 11 novembre 1918
http://edinfomaths.universite-lyon.fr 69 622 Villeurbanne Cedex France
Sec. : Renée EL MELHEM Tel : 04.72.44.83.69
Bât. Blaise PASCAL, 3e étage [email protected]
Tél : 04.72.43.80.46
[email protected]

MATÉRIAUX DE LYON M. Jean-Yves BUFFIÈRE

Matériaux INSA de Lyon
http://ed34.universite-lyon.fr MATEIS - Bât. Saint-Exupéry
Sec. : Stéphanie CAUVIN 7 Avenue Jean CAPELLE
Tél : 04.72.43.71.70 69 621 Villeurbanne CEDEX
Bât. Direction Tél : 04.72.43.71.70 Fax : 04.72.43.85.28
[email protected] [email protected]

MEGA MÉCANIQUE, ÉNERGÉTIQUE, M. Jocelyn BONJOUR

GÉNIE CIVIL, ACOUSTIQUE INSA de Lyon
Laboratoire CETHIL
http://edmega.universite-lyon.fr Bâtiment Sadi-Carnot
Sec. : Stéphanie CAUVIN 9, rue de la Physique
Tél : 04.72.43.71.70 69 621 Villeurbanne CEDEX
Bât. Direction [email protected]
[email protected]

ScSo ScSo* M. Christian MONTES

Université Lyon 2
http://ed483.univ-lyon2.fr 86 Rue Pasteur
Sec. : Véronique GUICHARD 69 365 Lyon CEDEX 07
INSA : J.Y. TOUSSAINT [email protected]
Tél : 04.78.69.72.76
[email protected]
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*ScSo : Histoire,
© [N. Gaignebet], Géographie,
[2020], INSA Aménagement, Urbanisme,
Lyon, tous droits Archéologie, Science politique, Sociologie, Anthropologie
réservés
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 5 mars 2021

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 Remerciements

Cette thèse a constitué pour moi une étape importante, tant sur le plan profes-
sionnel que personnel. Elle est l’aboutissement de mes neuf années d’études à l’INSA de
Lyon, et m’a ainsi permis de développer mes connaissances et compétences, scientifiques
et humaines, au sein d’un projet qui m’a toujours motivé et tenu à cœur. Je ressors de
cette expérience grandi, et prêt à me lancer avec enthousiasme vers la prochaine étape !

J’aimerais donc remercier ici toutes les personnes qui m’ont accompagné durant
cette aventure. Je commencerai par remercier les membres de mon jury de thèse, pour
avoir étudié mon travail avec attention et avoir assisté à ma soutenance à distance
en cette période de crise sanitaire. Je tiens également à remercier mes directeurs de
thèse, Taha Benyattou et Cécile Jamois, ainsi que mon mentor expérimentateur, Lotfi
Berguiga, qui m’ont aidé à me développer et à grandir, m’ont apporté leur aide et leur
soutien durant ces quatre années parsemées d’épreuves mais aussi de succès. J’adresse
aussi mes remerciements aux partenaires du projet CLIPO, la société Avalun et le
CEA-Leti, et en particulier Mathieu Dupoy avec qui j’ai eu la chance de développer des
protocoles expérimentaux passionnants et motivants.

Je souhaite remercier également l’école doctorale EEA dirigée par Gérard Scorlet-
ti, et le laboratoire INL dirigé par Catherine Bru-Chevallier, pour m’avoir permis de me-
ner à bien mon travail de thèse. Et en particulier l’équipe i-Lum (ex-Nanophotonique),
l’équipe Nanobiotechnologies et notamment Yann Chevolot et Thomas Gehin avec qui
j’ai eu le plaisir de travailler sur l’aspect bio-chimie de ma thèse, et la plateforme Nano-
lyon. Merci également au personnel administratif, notamment Virginie Lagarde, Annie
Suslec et Sylvie Concalves au laboratoire, Patricia Langelot et Elisabeth Rey au dépar-
tement SGM de l’INSA de Lyon, et Marie-Christine Havgoudoukian à l’ED-EEA. Un
merci tout particulier également à Fabien Mandorlo, Philippe Girard et Bruno Masenelli,

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 pour leur soutien et la qualité de nos discussions, sur les plans scientifique, électronique
et humain. Je m’estimerais heureux d’avoir acquis le quart de la moitié de vos qualités.
Et un merci et non moins sincère à toutes les personnes avec qui j’ai échangé durant ces
quatre années : Lydie Ferrier, Erwann Fourmond, Alain Fave, Céline Chevalier, Xavier
Letartre, Tom Wood, Alexandra Apostoluk, Mustapha Lemiti, Daniel Vincent, Joëlle
Grégoire, et plus généralement tous ceux que j’ai pu côtoyer de près ou de loin à l’INSA,
l’UCBL et l’ECL. Vous avez été tant de sources d’enrichissement qu’il me faudrait de
nombreuses pages pour tout détailler !

Mes collègues doctorants ont occupé une place centrale dans ces quatre dernières
années, aussi je tiens à les remercier chaleureusement de s’être embarqués comme moi
sur le navire de la thèse. Un sââlut très amical et de grosses bises à Ali « Jaffar », Benoit
« Mulet », Florian « Loser », Li « Jade huā » Xiao , Michele « Trombettista », Nelly
« Moulin », Zhang « Victor you’re so annoying » Yu, et les plus nouveaux Alestair,
Ali, Éva et Jérémy (bon courage et tenez bon !), ainsi que Benjamin « le Fragile »
et Solène « Brôôôttet » malgré leur dédain manifeste pour toute forme de doctorat.
Merci également aux étudiants de SGM et mes stagiaires et PFEs : ces expériences
d’enseignement et d’encadrement ont été très fécondes pour moi, elles m’ont appris à
mieux formaliser mes idées, et m’ont apporté le plaisir du partage des connaissances
qui me tient à cœur.

Enfin je remercie tous mes amis (de l’INSA, du Sud, de Finlande et d’ailleurs...)
pour leur soutien et les moments de joie qu’ils m’ont procurés, dans les hauts comme
dans les bas. Et en vrac parmi mes sources d’inspiration et de culture : Science Éton-
nante, Mr. Phi et la Méthode Scientifique, Stephen Curry, Josef Průša, les fabricants
de puzzles, OGN, Zuppi et Rubenstock... Merci à mes deux partenaires de confinement,
ma minette Néfertiti (« Pâté ») et Émilie, pour m’avoir supporté dans tous les sens du
terme et avoir été mon refuge de bonheur. Merci enfin à ma famille, grâce à l’ADN et
l’éducation de laquelle je suis devenu celui qui écrit ces lignes avec émotion, fierté et
reconnaissance.

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 Table des matières

Introduction 9

1 La biodétection portative par voie optique : état de l’art et position-

nement 12

1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

1.2 La biodétection Point-Of-Care : éléments de définition . . . . . . . . . 14

1.2.1 Principe de fonctionnement des capteurs d’affinité . . . . . . . . 14

1.2.2 L’approche optique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

1.3 Revue bibliographique : la biodétection optique vers le Point-of-Care . 17

1.3.1 La voie métallique : dispositifs à résonance plasmonique . . . . 17

Résonance plasmonique de surface (SPR) . . . . . . . . . . . . 17

Résonance de plasmons de surface localisés (LSPR) . . . . . . . 20

Transmission optique extraordinaire (EOT) . . . . . . . . . . . 22

1.3.2 La voie diélectrique : dispositifs photoniques . . . . . . . . . . . 24

Interférométrie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Structures diélectriques résonantes . . . . . . . . . . . . . . . . 26

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 GMR . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

1.3.3 Tableau récapitulatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

1.4 Approche de la thèse : dispositif de biodétection portatif à cristaux pho-

toniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

1.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

2 Micro-réflectivité en milieu liquide : banc de mesure et méthodes ex-

périmentales 38

2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39

2.2 Banc de micro-réflectivité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

2.2.1 Présentation générale du banc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40

2.2.2 Caractéristiques du faisceau d’excitation . . . . . . . . . . . . . 43

2.2.3 Collecte du signal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46

2.3 Procédure expérimentale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

2.3.1 Préparation de surface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49

2.3.2 Préparation de la cellule fluidique . . . . . . . . . . . . . . . . . 50

2.3.3 Mesure d’indice de réfraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52

2.3.4 Normalisation des spectres de micro-réflectivité . . . . . . . . . 54

2.4 Stabilité et reproductibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55

2.4.1 Stabilité de la résonance en milieu liquide . . . . . . . . . . . . 55

2.4.2 Reproductibilité de la mesure de résonance . . . . . . . . . . . . 57

2.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58

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 3 Capteurs à cristaux photoniques pour application dans la biodétection 60

3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61

3.2 Conception des capteurs à cristaux photoniques . . . . . . . . . . . . . 61

3.2.1 Caractéristiques recherchées des capteurs optiques . . . . . . . 61

3.2.2 Conception des structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

3.2.3 Comparaison avec l’état de l’art . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

3.3 Réalisation expérimentale des cristaux photoniques . . . . . . . . . . . 72

3.3.1 Fabrication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72

3.3.2 Caractérisation structurale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74

3.4 Démonstration expérimentale de la transduction optique . . . . . . . . 75

3.5 Application à la détection surfacique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79

3.5.1 Détection d’une monocouche de BSA . . . . . . . . . . . . . . . 79

3.5.2 Sensibilité surfacique théorique . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84

3.5.3 Détection spécifique de streptavidine . . . . . . . . . . . . . . . 88

3.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

4 Vers les applications « Point-of-Care » : spectrométrie intégrée sur

silicium 97

4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

4.2 Intégration de la spectrométrie sur puce . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

4.2.1 Principe du spectromètre intégré . . . . . . . . . . . . . . . . . 99

4.2.2 Mise en membranes des cristaux photoniques . . . . . . . . . . 102

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 4.2.3 Conception des cristaux photoniques . . . . . . . . . . . . . . . 104

4.3 Démonstration expérimentale du spectromètre intégré . . . . . . . . . 109

4.3.1 Caractérisations structurales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109

4.3.2 Caractérisation optique du spectromètre intégré . . . . . . . . . 114

4.4 Démonstration de l’imagerie sans lentille . . . . . . . . . . . . . . . . . 121

4.4.1 Banc de caractérisation en transmission sans lentille . . . . . . 122

4.4.2 Visualisation du décalage spectral par caméra CMOS : analyse

qualitative . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123

4.4.3 Mesure du décalage spectral sur CPs uniques : analyse quantitative127

4.4.4 Détermination du décalage spectral sur le spectromètre intégré :

méthodologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130

4.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132

Conclusions et perspectives 134

A Simulation de la sensibilité en fonction de la forme des trous 137

B Gravure des cristaux photoniques par le PBS 139

C Fonctionnalisation de surface 144

C.1 Silanisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145

C.2 Greffage de l’ADN biotinylé . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146

D Méthodes de mesure de décalage spectral 149

D.1 Méthode par ajustement numérique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149

D.2 Méthode par corrélation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151

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 E Dimensions des cristaux photoniques du spectromètre intégré 153

E.1 Dimensions des CPs visées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153

E.2 Lois de variations de la résonance en fonction des dimensions . . . . . . 156

F Filtrage par polariseurs croisés 158

Bibliographie 160

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 Introduction

Les besoins en matière d’analyse moléculaire portative sont croissants, comme

dans le cadre de la médecine d’urgence [1], le dépistage médical précoce [2], ou en-
core le contrôle sanitaire des denrées alimentaires [3]. Aujourd’hui, la plupart des tests
biomédicaux et des analyses de denrées alimentaires sont opérés dans des structures
centralisées telles que les hôpitaux et les laboratoires d’analyses, avec des équipements
couteux et volumineux, utilisés par un personnel qualifié. Ces tests peuvent être longs,
notamment à cause du temps nécessaire à la collecte de l’échantillon à étudier, son
acheminement vers le centre d’analyse, sa préparation, et la transmission du résultat
sur le lieu d’intervention [4].

D’autre part, le coût de ces équipements les rend peu abordables dans les cam-
pagnes ou les pays en développement, ce qui empêche l’accès aux diagnostics, et donc
aux soins, à certaines populations [5]. De même, la disponibilité des tests de denrées
alimentaires est limitée dans les pays en développement, où les maladies liées à l’ali-
mentation sont plus courantes [6].

Ces besoins mènent au développement de biocapteurs performants répondant aux

critères du « Point-of-Care » (POC), c’est-à-dire la détection sur le lieu d’intervention,
que ce soit au chevet du patient, dans un cabinet de médecin, etc. Les capteurs POC ont
pour objectif principal de réduire la durée nécessaire aux analyses, afin d’être en mesure
de prendre une décision thérapeutique la plus rapide [7]. Le diagnostic de l’accident
vasculaire cérébral ischémique aigu est un exemple d’application possible des capteurs
POC, dans lequel la détection de biomarqueurs dans le sang permet une prise en charge
rapide du patient [8]. Les capteurs POC pourront aussi jouer un rôle important dans le
domaine du diagnostic précoce, notamment dans la détection des cancers [9]. De plus,
grâce à leur mobilité ils permettront de proposer des analyses médicales dans les zones
éloignées des centres hospitaliers et des laboratoires d’analyses.

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 INTRODUCTION

L’objectif de cette thèse est de développer un dispositif de détection optique

compatible avec les critères du POC, et qui permette en outre de répondre aux besoins
de criblage moléculaire. Ce dispositif devra être portable, rapide, bas-coût, et capable de
détecter plusieurs biomolécules en parallèle avec une puce jetable, tout en présentant
de bonnes performances de détection. Nous nous concentrerons sur la détection de
biomolécules, mais les principes de détection d’autres espèces comme les virus ou les
bactéries sont similaires, et diffèrent principalement par les dimensions des espèces
recherchées et la chimie associée.

Ce projet de thèse s’inscrit dans le cadre du projet collaboratif CLIPO

(plateforme optique CLIPsable pour la biOdétection), en partenariat avec le CEA-Leti
et l’entreprise Avalun, et financé par l’Agence Nationale de Recherche (ANR).

Le présent manuscrit est divisé en quatre chapitres :

• Dans le premier chapitre, après avoir précisé notre champ d’étude, nous présen-
terons une revue bibliographique de la biodétection optique. Nous comparerons
les caractéristiques des différentes approches décrites dans la littérature, afin de
mettre en évidence leurs avantages et inconvénients pour la conception d’un cap-
teur portatif de type Point-Of-Care. La fin de ce premier chapitre sera consacrée
à la description de l’approche que nous avons choisi de développer dans cette
thèse, qui consiste en un dispositif d’imagerie sans lentille d’une puce de cristaux
photoniques en silicium. Notre stratégie se base sur la mesure du décalage spec-
tral de la résonance de ces structures à l’aide d’un détecteur en intensité, afin de
détecter la présence de biomolécules à leur surface.

• Le second chapitre est dédié à la description détaillée du banc optique que nous
avons développé, dans le but de caractériser les propriétés optiques de nos cristaux
photoniques en vue de leur utilisation en imagerie. Nous décrirons également les
procédures de préparation des échantillons pour des mesures spectrales en milieu
liquide, ainsi que les outils et méthodes que nous avons utilisés pour ces mesures.
Enfin, nous déterminerons les limites de détection de ce banc optique en matière
de stabilité et de reproductibilité, afin de valider sa conception pour la détection
de biomolécules visée dans cette thèse.

• Dans le troisième chapitre, après avoir rappelé les caractéristiques recherchées

pour nos cristaux photoniques, nous présenterons leur conception, puis leur réa-

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 INTRODUCTION

lisation expérimentale. Nous étudierons ensuite les propriétés optiques de nos

échantillons par le biais de caractérisations spectrales. Ces études mèneront à la
démonstration de la détection spécifique de biomolécules à la surface des capteurs.

• Le quatrième et dernier chapitre de ce manuscrit est consacré à la démonstra-

tion de notre dispositif d’imagerie sans lentille. Nous verrons dans un premier
temps notre stratégie pour l’intégration d’une fonction de spectrométrie sur puce,
qui sera basée sur la variation de la longueur d’onde de résonance des cristaux
photoniques par conception. Par la suite, nous décrirons une étude préliminaire
d’imagerie visant à mesurer un décalage spectral à l’aide d’une caméra CMOS. En-
fin nous discuterons de l’interprétation des résultats de l’imagerie, et de la mise en
œuvre de cette technique pour la détection de faibles décalages spectraux, comme
ceux qui sont induits par une couche de biomolécules.

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 Chapitre 1

La biodétection portative par voie

optique : état de l’art et
positionnement

Sommaire
1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

1.2 La biodétection Point-Of-Care : éléments de définition . . . 14

1.2.1 Principe de fonctionnement des capteurs d’affinité . . . . . . 14

1.2.2 L’approche optique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

1.3 Revue bibliographique : la biodétection optique vers le

Point-of-Care . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17

1.3.1 La voie métallique : dispositifs à résonance plasmonique . . . 17

1.3.2 La voie diélectrique : dispositifs photoniques . . . . . . . . . . 24

1.3.3 Tableau récapitulatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33

1.4 Approche de la thèse : dispositif de biodétection portatif à

cristaux photoniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35

1.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

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 1.1. INTRODUCTION CHAPITRE 1

1.1 Introduction

Les capteurs Point-Of-Care (POC) visent à réduire le coût et le temps des ana-
lyses biomédicales, et permettre un diagnostic rapide sur le lieu d’intervention. Ces
outils pourront jouer un grand rôle en matière de santé publique, en permettant notam-
ment le dépistage précoce de maladies telles que les cancers, ou le contrôle de l’évolution
des épidémies. Ils pourront également fournir des analyses sanitaires de la nourriture,
et ainsi lutter contre les maladies d’origine alimentaire.

Pour remplir ces rôles, les capteurs POC devront répondre à de nombreuses
exigences. L’ergonomie est primordiale pour faciliter leur utilisation par des non-
spécialistes. Le caractère portable des capteurs POC est également essentiel pour assurer
leur mobilité, et ainsi permettre leur utilisation loin des centres hospitaliers et des labo-
ratoires d’analyse, comme dans les campagnes ou les pays en développement. Cependant
la portabilité ne doit pas être obtenue au détriment des performances : les capteurs POC
devront présenter une bonne sensibilité, tout en offrant une réponse rapide permettant
la prise de décision thérapeutique. Enfin la compatibilité avec les technologies de fabri-
cation de masse est importante, pour diminuer le coût des équipements et des puces
consommables et en permettre l’accès au plus grand nombre.

Parmi les différentes voies de recherche, les capteurs optiques constituent une
approche privilégiée, car leur robustesse associée à de hautes performances de détection
en font des candidats prometteurs vers les plateformes de détection POC. Ils permettent
également une intégration dense de nombreux capteurs, et donc présentent un fort po-
tentiel pour le criblage moléculaire. Dans ce chapitre, après avoir défini notre champ
d’étude, nous effectuerons une revue bibliographique des différentes techniques de biodé-
tection optique, afin de dégager les avantages et les inconvénients de chaque approche, et
ainsi évaluer leur intérêt dans le contexte du POC. Enfin nous présenterons l’approche
que nous avons choisie pour réaliser notre plateforme de détection.

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 CHAPITRE 1 1.2. LA BIODÉTECTION POINT-OF-
CARE : ÉLÉMENTS DE DÉFINITION

1.2 La biodétection Point-Of-Care : éléments de dé-

finition

1.2.1 Principe de fonctionnement des capteurs d’affinité

De nombreuses techniques de détection reposent sur la fonctionnalisation de

la surface d’un substrat, par greffage de molécules « sondes ». Les sondes ont une
affinité chimique sélective avec les biomolécules à détecter, appelées « cibles ». Ces
biocapteurs sont donc dits « d’affinité ». Si le substrat est mis en contact avec un analyte
contenant des cibles, celles-ci sont capturées par les sondes et immobilisées sélectivement
à la surface du substrat, tandis que les autres molécules éventuellement présentes dans
l’analyte ne sont pas capturées. Ainsi, en mesurant la densité de molécules capturées
sur la surface, on peut en déduire la concentration de l’analyte en biomolécules cibles.

Il existe aujourd’hui dans le commerce plusieurs types de capteurs d’affinité com-

patibles avec le POC : un premier exemple est celui des tests de grossesse, dont le but
est de détecter l’hormone chorionique gonadotrope humaine (hCG) dans l’urine. Son
principe de fonctionnement est illustré sur la figure 1.1a. Il s’agit d’un test immuno-
chromatographique : l’urine contenant l’hormone cible est déposée sur un substrat ab-
sorbant (1), et migre vers une région contenant des anticorps conjugués mobiles, liés
à des marqueurs colorés (2). La hCG se lie aux anticorps, et ce complexe migre vers
une bande de test, où il est capturé par des anticorps immobiles, ce qui a pour effet de
changer la couleur de la bande (3). Des anticorps mobiles migrent également vers une
bande témoin, indiquant que le test a bien fonctionné (4). Le résultat du test est alors
facilement lisible à l’œil nu [10].

Les capteurs de glucose sont un autre exemple très répandu de capteurs POC. La
majorité des capteurs de glucose actuels se basent sur une détection électrochimique de
type ampérométrique, et présentent une très bonne sensibilité et une bonne sélectivité,
ainsi qu’un faible coût de production. Le principe général de la détection de glucose par
ampérométrie est présenté sur la figure 1.1b : une électrode est recouverte d’une enzyme,
la glucose oxydase (GOx), qui transforme le glucose en acide gluconique et en peroxyde
d’hydrogène. Celui-ci s’oxyde ensuite et libère deux électrons qui vont circuler à travers
l’électrode. La mesure de ce courant permet alors de déterminer la concentration de
glucose dans l’échantillon [11–13].

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 1.2. LA BIODÉTECTION POINT-OF-CARE : ÉLÉMENTS CHAPITRE 1
DE DÉFINITION

(a) (b)

Fig. 1.1 : Principes de fonctionnement de deux exemples de capteurs POC grand

public : (a) test immuno-chromatographique de grossesse et (b) capteur électrochimique
enzymatique de glucose.

On peut également citer d’autres techniques de transduction, comme les transis-

tors à effet de champ sensibles aux ions (ISFET, Ion-Sensitive Field Effect Transistor),
qui convertissent les propriétés électriques d’une couche de biomolécules capturées en
un signal électrique mesurable : la présence des biomolécules chargées électriquement
modifie le potentiel électrique de la grille du transistor, qui à son tour influence le
courant le traversant [14, 15]. Un autre principe de transduction consiste à détecter le
surplus de masse apporté par les biomolécules capturées sur la surface d’un micro-levier
en mesurant sa fréquence de résonance mécanique [16].

Les deux exemples illustrés ci-dessus sont déjà commercialisés du fait de leur sim-
plicité de mise en œuvre et leur faible coût de production. Ils sont dédiés à la détection
d’une biomolécule particulière, et peuvent être utilisés par le grand public grâce à leur
facilité d’utilisation. Cependant ces techniques ne sont pas adaptées au développement
de plateformes de biodétection POC plus génériques, pouvant détecter une large variété
d’espèces biochimiques. En effet ces plateformes doivent être multiplexées, c’est-à-dire
être capables d’effectuer un criblage moléculaire pour répondre aux besoins de diagnos-
tic de maladies chez le patient, ou de contrôle sanitaire des denrées alimentaires [17].

1.2.2 L’approche optique

La transduction par voie optique est une alternative possible vers les plateformes
de biodétection POC. Elle est compatible avec les fluides physiologiques, est insensible

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 CHAPITRE 1 1.2. LA BIODÉTECTION POINT-OF-
CARE : ÉLÉMENTS DE DÉFINITION

à la force ionique de l’analyte, et permet de réaliser de nombreux tests en parallèle pour

faire du criblage moléculaire. De plus les biocapteurs optiques présentent de hautes per-
formances en matière de sensibilité et permettent une mesure rapide en temps réel [18].

Au sein des capteurs optiques d’affinité qui nous intéressent dans ce manuscrit, il
existe deux méthodes principales pour détecter une couche de biomolécules. La première
méthode est la détection par fluorescence, qui consiste à marquer les cibles avec des
fluorophores. On mesure ensuite l’intensité de la fluorescence par imagerie, qui traduit
la présence des cibles sur la surface fonctionnalisée. Cette technique est très sensible,
et peut aller jusqu’à la détection d’une molécule unique [19]. Il est également possible
d’effectuer de nombreuses mesures en parallèle. Cependant l’analyse par fluorescence
ne permet qu’une mesure semi-quantitative, car le nombre de fluorophores attachés
aux molécules cibles ne peut pas être contrôlé avec précision [18]. De plus, la présence
des fluorophores peut perturber l’activité biochimique de la molécule et peut interférer
dans la bioreconnaissance. D’autre part, l’analyse par fluorescence requiert une étape
de préparation longue et rigoureuse de l’échantillon. Ces différentes raisons font que la
fluorescence est peu adaptée à la biodétection POC.

La seconde méthode est la détection sans marquage, dont le principe général

est schématisé sur la figure 1.2. Un dispositif de détection sans marquage est composé
d’une surface fonctionnalisée mise en contact avec l’analyte, d’un transducteur et d’un
détecteur qui délivre un signal de sortie à l’utilisateur. Au cours du processus de capture
des cibles, on fait interagir un signal lumineux avec la couche de surface, ce qui modifie
certaines propriétés de la lumière. Le plus souvent on souhaite mesurer la variation
d’indice de réfraction induite par la capture des biomolécules au voisinage de la surface,
soit par interférométrie, soit par le suivi du décalage spectral d’une résonance optique,
qui constituent deux exemples de mécanismes de transduction. Un détecteur (spectral
ou en intensité) permet alors de mesurer le signal lumineux après interaction avec
l’analyte et fournir le signal de sortie.

La détection sans marquage présente l’avantage de ne pas nécessiter de prépa-

ration d’échantillon, et de préserver les fonctions biologiques des molécules cibles. Elle
permet également une mesure quantitative en temps réel de la densité de cibles cap-
turées. Elle est donc pertinente pour une application dans la détection POC. Il existe

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 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉTECTION CHAPITRE 1
OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Fig. 1.2 : Schéma de principe d’un biocapteur optique d’affinité.

d’autres techniques optiques, comme la mesure de la signature spectrale moléculaire [20],

mais nous nous restreindrons dans cette thèse aux techniques de mesure de l’indice de
réfraction, qui seront détaillées dans la partie suivante.

1.3 Revue bibliographique : la biodétection optique

vers le Point-of-Care

1.3.1 La voie métallique : dispositifs à résonance plasmonique

Résonance plasmonique de surface (SPR)

L’approche la plus répandue dans les capteurs optiques commerciaux exploite la

résonance plasmonique de surface (Surface Plasmon Resonance, SPR). Plusieurs fabri-
cants proposent des systèmes de détection basés sur la SPR, comme Biacore ou Corning.
Il s’agit de capteurs de haute performance dédiés principalement aux laboratoires, per-
mettant d’analyser de grandes quantités d’échantillons avec un haut rendement.

Au sein des capteurs SPR, la transduction est opérée par des plasmons de surface,
qui sont les quanta d’une onde de densité électronique à l’interface entre deux milieux
d’indices de réfraction de signes opposés, comme entre un métal (le plus souvent de

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 CHAPITRE 1 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉ-
TECTION OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Fig. 1.3 : Principe de fonctionnement d’un dispositif de détection exploitant la résonance

de plasmons propagatifs.

l’or) et un diélectrique. L’intensité de cette onde plasmonique décroit exponentielle-

ment dans les deux milieux, c’est pourquoi elle est qualifiée d’« onde de surface ». Elle
peut être excitée par une onde électromagnétique sous certaines conditions de polarisa-
tion, de vecteur d’onde et de fréquence. Ainsi le couplage entre l’onde électromagnétique
incidente et l’onde plasmonique n’a lieu qu’à une longueur d’onde particulière pour un
angle d’incidence donné. Il résulte de ce couplage une résonance plasmonique, qui induit
une forte concentration du champ électrique au voisinage de la surface (typiquement
quelques centaines de nanomètres), sous la forme d’une onde propagative dont la lon-
gueur d’onde est extrêmement sensible à l’indice de réfraction local [21].

On peut exploiter la SPR pour mesurer directement la présence d’une couche

mince à la surface du capteur, en tirant parti de la grande sensibilité de la résonance
plasmonique. Le principe général des capteurs à SPR est schématisé sur la figure 1.3 :
quand la surface du diélectrique est fonctionnalisée avec les molécules sondes (1), la
résonance plasmonique se manifeste par un pic d’intensité dans le spectre de réflexion.
Après capture des molécules cibles (2), l’indice de réfraction au voisinage de la surface
varie, et par conséquent la longueur d’onde de résonance se décale spectralement.

La sensibilité des dispositifs à SPR est très élevée, de l’ordre de quelques cen-
taines à plusieurs dizaines de milliers de nanomètres par unité d’indice de réfrac-
tion (nm · RIU−1 ) [22]. Un autre paramètre à prendre en compte est la largeur de la
résonance, quantifiée par le facteur de qualité Q, qui intervient dans les performances
de détection. Plus ce facteur est élevé, plus les résonances sont fines spectralement, et

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 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉTECTION CHAPITRE 1
OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

donc plus petit sera le décalage spectral minimum mesurable. Pour la SPR, le facteur
de qualité est faible, typiquement de quelques dizaines.

La technique la plus classique de couplage de la lumière avec l’onde plasmonique

utilise un prisme. Deux méthodes d’interrogation sont possibles : soit en mesurant le
spectre de réflexion à un angle fixé, soit en mesurant l’intensité de la réflexion selon
l’angle d’incidence sous excitation monochromatique. Ces deux méthodes permettent
de mesurer en temps réel le décalage spectral de la résonance. Le couplage par prisme
est largement utilisé dans des appareils de laboratoire du fait de sa simplicité de mise en
œuvre et sa robustesse. Il est plus orienté vers des hauts rendements (en nombre de tests
par jour) plutôt que vers la réduction des coûts, la miniaturisation et le multiplexage.

L’intégration de puces SPR dans des dispositifs portables est donc un point
d’amélioration vers le développement de la plasmonique POC [23]. Le dispositif de
Tokel et al., illustré sur la figure 1.4, est un exemple d’intégration d’une puce SPR dans
un boitier compact de 13.5 cm × 10 cm × 5.2 cm. Dans ce dispositif, une source LED
émet un faisceau collimaté par une lentille sur la surface d’une puce fonctionnalisée. Le
faisceau est ensuite réfléchi vers une caméra CMOS qui mesure l’intensité de la lumière
en fonction de l’angle d’incidence. Ce système est compact et portatif, et a démontré
la détection de bactéries. Cependant il nécessite un liquide d’adaptation d’indice entre
la puce et le prisme, ce qui demande une manipulation lors de l’installation de la puce.
L’installation de telles puces jetables reste en effet un obstacle à l’utilisation par le
grand public de ce type de capteur. En outre, ce système ne permet pas le multiplexage
car il ne peut opérer qu’une seule mesure par puce.

La SPR classique est peu adaptée à la détection POC du fait de son faible
potentiel de miniaturisation et de multiplexage. Une des voies possibles pour contourner
ces limitations consiste à imager une matrice de capteurs indépendants à la surface de
la puce à l’aide d’une caméra : ce principe s’appelle la SPR par imagerie (SPRi) [25].
Au lieu de mesurer une variation d’angle ou de longueur d’onde, on mesure l’intensité
de la lumière réfléchie ou transmise par la puce plasmonique illuminée par une source
de fine largeur spectrale. Cette intensité varie en effet avec la variation d’indice de
réfraction. La SPRi offre intrinsèquement une plus faible résolution que les dispositifs

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 CHAPITRE 1 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉ-
TECTION OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Fig. 1.4 : Exemple de dispositif de détection SPR intégré dans un boitier compact de
Tokel et al. : (a) et (b) plateforme de détection, (c) vue schématique de la plateforme
de détection plasmonique [24].

à SPR classiques [26], mais son potentiel pour le multiplexage en fait une approche
très prometteuse pour la détection POC. Nous verrons plus loin quelques exemples de
dispositifs exploitant la SPRi.

Résonance de plasmons de surface localisés (LSPR)

Les efforts de recherche en plasmonique POC se tournent également vers les na-
noparticules plasmoniques, plus faciles à exciter. Dans les nanoparticules, les plasmons
ne peuvent pas se propager car les dimensions sont inférieures à la longueur d’onde de
résonance. Les plasmons sont donc confinés dans les particules, comme illustré sur la
figure 1.5 : on parle alors de résonance de plasmons de surface localisés (Localized Sur-
face Plasmon Resonance, LSPR). L’utilisation de ces nanoparticules est rendue possible
par l’amélioration des techniques de nano-fabrication, car la taille des particules est cri-
tique [27]. Le champ y est concentré plus près de la surface des particules par rapport à
la SPR classique, la LSPR est donc moins sensible aux interactions avec le volume : la
sensibilité descend à quelques centaines de nm · RIU−1 . Cependant elle est plus sensible
à la présence de molécules très proches de la surface, c’est-à-dire à quelques dizaines de
nanomètres), ce qui est un avantage pour la détection de biomolécules. Les facteurs de
qualité en LSPR sont également de l’ordre de la dizaine [22].

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 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉTECTION CHAPITRE 1
OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Fig. 1.5 : Principe de la résonance de plasmons de surface localisés (LSPR).

Le principe général de la LSPR appliqué au POC consiste à mesurer l’extinction

avec un spectromètre (en utilisant une source large bande type LED) ou en intensi-
té (avec une source monochromatique). Des méthodes alternatives par microscopie en
champ sombre et par prisme permettent détecter une molécule unique, mais ne sont
pas compatibles avec l’intégration POC [26, 28]. Haes et al. ont développé le premier
dispositif exploitant la LSPR sur substrat vers l’utilisation en POC [29]. Dans ce dis-
positif, illustré sur la figure 1.6, une source blanche illumine le substrat sur lequel se
trouvent les nanoparticules d’argent, et le signal transmis est collecté et analysé par
un spectromètre CCD. Les nanoparticules sont fabriquées sur le substrat par dépôt à
travers un masque constitué de billes de polystyrène, qui forment une couche compacte
selon un réseau hexagonal. Ces particules sont ensuite fonctionnalisées pour détecter un
anticorps, l’ADDL, impliqué dans le diagnostic de la maladie d’Alzheimer. Ce dispositif
montre une sensibilité d’environ 200 nm · RIU−1 , et a permis de détecter avec succès
ces anticorps chez des patients. Par la suite, Endo et al. ont démontré la détection de
multiples protéines sur une même puce grâce aux mesures spectrales successives sur
300 points fonctionnalisés individuellement, chacun ayant une surface élémentaire de
4 mm2 [30]. Ces deux exemples tirent parti de l’auto-assemblage d’un réseau 2D de par-
ticules pour fabriquer les nanoparticules, mais cette technique limite les dimensions et
le rapport d’aspect des particules, qui conditionnent la sensibilité de la LSPR [31].

Pour aller plus loin, on peut utiliser la lithographie électronique, qui permet une
plus grande maitrise des dimensions des particules (notamment de leur rapport d’aspect)

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 CHAPITRE 1 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉ-
TECTION OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Fig. 1.6 : Exemple de dispositif de détection de Haes et al. utilisant la LSPR sur des
nanoparticules d’argent sur substrat [29].

et donc une augmentation de la sensibilité de la LSPR. Cette technique est exploitée

pour fabriquer des structures en croix dans le dispositif de Rodríguez-Fortuño et al [27],
pour atteindre une sensibilité volumique d’environ 650 nm · RIU−1 . Des puces basées
sur la LSPR ont ensuite été utilisées pour détecter des biomarqueurs de cancer [32, 33].
Cependant l’excitation et l’analyse de la lumière restent toujours une limitation de ce
type de structures, qui requièrent généralement l’utilisation d’un objectif de microscope
et d’un spectromètre, ce qui limite le potentiel de miniaturisation. Là encore, l’utilisa-
tion d’une caméra comme détecteur permet de multiplexer les puces à LSPR [34], ou
l’imagerie cellulaire [35].

Transmission optique extraordinaire (EOT)

Une autre stratégie de multiplexage consiste à imager les puces plasmoniques

en transmission, en exploitant la transmission optique extraordinaire (Extraordinary
Optical Transmission, EOT). Ce phénomène se manifeste par une très forte intensité
de transmission à travers un réseau de trous sub-longueur d’onde dans une couche mé-
tallique, lorsqu’il est illuminé à sa longueur d’onde de résonance [36]. Ainsi, Cetin et al.
proposent le système miniaturisé illustré sur la figure 1.7, composé d’une puce suppor-
tant un réseau de nanostructures, illuminé en incidence normale par une source LED,
et analysé en transmission par une caméra [37]. Chaque élément du réseau constitue

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 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉTECTION CHAPITRE 1
OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Fig. 1.7 : Dispositif d’imagerie sans lentille par l’exploitation de la transmission op-
tique extraordinaire (EOT) proposé par Cetin et al. : (a) photographie du dispositif de
détection, (b) vue schématique, (c) image MEB (microscopie électronique à balayage)
de la puce plasmonique et (d) simulation FDTD de l’intensité du champ au voisinage
des trous [37].

un capteur individuel de 100 µm × 100 µm, qui donne lieu à une tache lumineuse sur la
caméra, dont l’intensité dépend de sa longueur d’onde de résonance. Les performances
optiques de ces capteurs sont élevées, avec une haute sensibilité de 621 nm · RIU−1 , et
un facteur de qualité de 17.
Du fait de l’absence de lentilles afin de réduire les contraintes d’alignement, les cap-
teurs diffractent la lumière, et donc les taches lumineuses recouvrent les taches voisines,
formant ainsi des figures d’interférences. Un algorithme de reconstitution d’images est
alors utilisé pour retrouver l’intensité transmise par chaque capteur individuel. Dans
ce dispositif, le couplage en incidence normale autorise ainsi un fort multiplexage. Ce
système de mesure a ensuite été amélioré par l’utilisation de deux sources [38]. Des
systèmes similaires ont permis de détecter des bactéries [39] et des antigènes [40].

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 CHAPITRE 1 1.3. REVUE BIBLIOGRAPHIQUE : LA BIODÉ-
TECTION OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Les efforts de recherche tentent également d’exploiter des technologies existantes :

en particulier des smartphones, notamment pour leur puissance de calcul, et comme
éléments optiques (caméra, éclairage par flash), tout en limitant le coût et l’encombre-
ment des dispositifs [41]. D’autres technologies peuvent être associées à un smartphone,
comme les disques Blu-ray, dont les sillons jouent le rôle de réseau de diffraction et
assurent le couplage de la lumière [42].

L’approche plasmonique est déjà commercialisée pour des capteurs à haut rende-
ment, grâce à sa simplicité de fabrication et d’utilisation. Cependant l’usage de la SPR
propagative est peu adapté aux applications POC, notamment à cause de son faible
potentiel de miniaturisation et de multiplexage. Les recherches vers la plasmonique
POC évoluent donc vers des dispositifs compacts visant à utiliser des composants « sur
l’étagère » et des technologies pré-existantes (smartphones, Blu-ray), ce qui permet de
réduire les coûts.
Du côté des éléments sensibles, les nanoparticules et nanostructures plasmoniques
offrent la possibilité d’une miniaturisation grâce à l’amélioration des techniques de
fabrication de ces dernières années. Elles permettent un couplage de la lumière plus
facile, ce qui permet de les utiliser dans des boitiers compacts. Cependant leurs perfor-
mances optiques restent encore un domaine d’amélioration. En effet, la reproductibilité
des propriétés optiques est fortement dépendante des dimensions des structures, qu’il
est difficile de contrôler précisément à l’échelle de la puce [43, 44]. De plus, les struc-
tures plasmoniques présentent généralement des résonances larges, avec des facteurs
de qualité de l’ordre de la dizaine (ce qui correspond à une largeur spectrale de plu-
sieurs dizaines de nanomètres), or la finesse de la résonance joue un rôle clé dans la
détermination de la limite de détection des capteurs.

1.3.2 La voie diélectrique : dispositifs photoniques

À la différence des dispositifs plasmoniques, les biocapteurs photoniques peuvent

offrir une très faible largeur de résonance, tout en présentant une bonne sensibilité. Ces
très bonnes propriétés optiques font des structures photoniques une autre voie promet-
teuse pour la détection POC. Leur principe de fonctionnement général est illustré sur

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Fig. 1.8 : Principe de fonctionnement standard des biocapteurs diélectriques.

la figure 1.8 : le champ électromagnétique est confiné dans un matériau diélectrique,

comme un guide d’onde ou une structure résonante. La partie évanescente du champ
interagit avec l’environnement à la surface du diélectrique, et est donc sensible à l’in-
dice de réfraction au voisinage de la surface. Plusieurs techniques permettent ensuite
d’exploiter cette interaction, elles seront abordées dans la suite de cette section.

Interférométrie

Une première technique consiste à quantifier la variation d’indice de réfraction

en mesurant le décalage de phase entre les deux bras d’un interféromètre, l’un étant une
référence et l’autre étant sensible à son environnement. L’interférométrie n’est pas à pro-
prement parler une technique de mesure basée sur une résonance optique, mais mesure
plutôt un décalage de phase sur un long chemin optique. Elle permet d’atteindre parmi
les plus faibles limites de détection grâce à sa grande sensibilité [45–47]. Les capteurs
interférométriques sont capables de détecter de manière sélective des virus [48] et des
molécules de micro-ARN, avec une sensibilité de 461.6 π · RIU−1 [49]. Le multiplexage
de ces capteurs est possible en fabriquant plusieurs détecteurs en parallèle, à l’exemple
du dispositif de Liu et al., schématisé sur la figure 1.9 [50]. Ces interféromètres font 1 µm
de large pour une longueur développée totale de 7 cm.

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Fig. 1.9 : Exemple de capteur interférométrique multiplexé de Liu et al [50].

Un inconvénient intrinsèque des capteurs interférométriques est qu’ils fournissent

un signal ambigu (sens de variation de l’indice de réfraction impossible à déterminer),
et peu sensible aux alentours des extrema de leur fonction de transmission (courbe
sinusoïdale). Cela limite en général leur gamme dynamique à une variation de phase
de π, c’est-à-dire entre deux extrema de la fonction de transmission. On peut cepen-
dant s’affranchir de ces limitations en variant de longueur d’onde d’excitation, mais
cette approche complexifie l’intégration d’un système pour une application POC [51].
Une autre alternative est d’utiliser un interféromètre multimode utilisant trois mesures
d’intensité dans trois sorties déphasées de 120° les unes par rapport aux autres [52].
Cette technique a été mise en œuvre expérimentalement pour mesurer des variations
d’indice de réfraction entre des solutions de NaCl [53]. Cependant elle requiert un plus
grand nombre de détecteurs et augmente encore les dimensions des structures, ce qui
limite encore plus le potentiel de miniaturisation des dispositifs interférométriques.

Structures diélectriques résonantes

Les interféromètres ont besoin d’un long chemin optique pour obtenir une grande
sensibilité, ce qui les rend difficile à miniaturiser. Par conséquent, pour améliorer for-

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(a) (b) (c)

Fig. 1.10 : Exemples de structures résonantes : (a) anneau résonant [54], (b) disque
résonant [59] et (c) cavité à cristal photonique [60].

tement l’interaction avec l’analyte, on a recours à des structures résonantes, telles que
les anneaux [54–57] et disques résonants [58, 59], ou encore les cavités à cristaux pho-
toniques [60–62]. La figure 1.10 représente un exemple de chacune de ces structures.
Comme dans le cas des résonances plasmoniques, ces structures possèdent une longueur
d’onde de résonance qui varie avec l’indice de réfraction ambiant. Par ailleurs elles
peuvent fournir des résonances extrêmement fines, avec des facteurs de qualité de plu-
sieurs milliers [47]. À titre d’exemple, on peut citer les anneaux résonnants de Janz
et al. qui présentent une sensibilité de 110 nm · RIU−1 avec un facteur de qualité d’en-
viron 30 000 [63]. D’autre part, les structures résonantes ont généralement de faibles
dimensions qui les rendent compatibles avec le POC [64]. Ces avantages les placent
ainsi parmi les principaux concurrents des capteurs SPR.

Le principe des anneaux résonants est d’exciter un mode de galerie dans l’anneau
par le biais d’un guide d’onde, comme illustré sur la figure 1.10a. Le couplage avec le
guide d’onde n’a lieu que si la longueur de l’anneau est un multiple de la longueur d’onde
de la lumière. Il apparait donc des résonances à intervalles réguliers dans le spectre
de transmission du guide d’onde. Les guides d’onde sont généralement excités par un
faisceau focalisé sur un réseau de diffraction, qui assure le couplage entre l’extérieur et
le plan de la puce, comme l’illustre la figure 1.11 [56, 57].

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Fig. 1.11 : Principe du couplage de la lumière entre l’extérieur et le plan d’une puce
de détection, à l’aide de réseaux de diffraction (illustration issue de [63]).

L’utilisation des réseaux de diffraction permet donc de relaxer les contraintes

d’alignement, et d’exciter simultanément plusieurs structures. Ils ont été utilisés pour
adresser 128 capteurs en parallèle sur la même puce dans le dispositif de Janz et al. [63],
représenté sur la figure 1.12. Cependant ces réseaux de diffraction, ainsi que les guides
d’onde associés, complexifient l’organisation de la puce et augmentent fortement sa
taille : les anneaux résonants occupent une zone d’environ 2 mm × 2 mm sur une puce
de 25 mm2 , soit seulement 16 %.

Une autre famille de résonateurs est celle des cristaux photoniques (CPs), et
notamment les CPs à deux dimensions tels que celui présenté sur la figure 1.10c [65]. Ils
sont généralement constitués d’un réseau périodique de trous dans une couche mince
de diélectrique de haut indice de réfraction. Les CPs possèdent plusieurs propriétés
intéressantes de contrôle de la lumière : d’une part, l’arrangement périodique de l’indice
de réfraction donne naissance à des bandes interdites de propagation de la lumière selon
certaines directions et à certaines longueurs d’onde, similairement aux bandes interdites
électroniques dans les semiconducteurs. Il est également possible de ralentir la lumière,
et donc la concentrer « temporellement » dans la structure [66, 67]. D’autre part, la
lumière est confinée dans le plan de la couche par réflexion totale interne et ne peut
pas se propager dans la troisième dimension. Enfin, l’introduction de défauts dans le
réseau périodique (par exemple en supprimant un trou ou en changeant son diamètre)
permet de confiner fortement la lumière localement [60, 68].

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Fig. 1.12 : Puce de détection de Janz et al., constituée de 128 capteurs à anneaux
résonants adressés individuellement par des guides d’onde excités à l’aide d’un réseau
de diffraction [63].

Un des premiers capteurs à CP a été développé par Lee et al [69]. Celui-ci,

représenté sur la figure 1.13, est basé sur un CP constitué d’un réseau hexagonal de
trous cylindriques (l’image du CP est donnée sur la figure 1.10c). Un trou de diamètre
réduit au centre de la structure forme un défaut ponctuel qui concentre la lumière.
Excité à l’aide d’un laser accordable et analysé avec un détecteur infrarouge, ce CP
a pu démontrer la capture et la détection de streptavidine à l’état sec. Par la suite,
d’autres groupes ont développé des capteurs à cavités à CPs en milieu liquide, propices
à l’analyse d’échantillons biologiques, avec une sensibilité de 103 nm · RIU−1 [70] puis
de 74 nm · RIU−1 [71].

Pour améliorer la sensibilité des capteurs, on peut tenter d’augmenter le volume

d’interaction de la lumière avec l’analyte. Pour cela on peut utiliser des guides d’onde
à fente, qui permettent de confiner la lumière dans la région de bas indice, c’est-à-dire
dans le milieu environnant [72]. En combinaison avec un cristal photonique, on obtient
un confinement spatial de la lumière grâce à la fente, et un confinement temporel grâce à
l’effet de ralentissement de la lumière du CP [73–75]. La figure 1.14a représente l’exemple

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Fig. 1.13 : Principe du biocapteur à cavité à cristal photonique de Lee et al. (adapté
de [69]).

(a) (b)

Fig. 1.14 : Exemples de structures résonantes dans lesquelles la lumière est fortement
concentrée à au voisinage du diélectrique : (a) cristal photonique à fente de Scullion et
al. [76] et (b) anneau résonant à cristal photonique de Lo et al [79].

du capteur de Scullion et al. [76], qui est un CP à fente d’environ 100 µm2 présentant
une très grande sensibilité de 500 nm · RIU−1 avec un grand facteur de qualité de 3000,
ce qui offre de très bonnes performances en détection.
Par la suite, toujours dans le but d’améliorer le volume d’interaction lumière-matière,
Flueckiger et al. [77] puis Lo et al. [78] ont réuni les concepts d’anneaux résonants
et de cristaux photoniques pour fabriquer des structures hybrides, dont un exemple
est donné sur la figure 1.14b. Ces structures exploitent les propriétés des CPs pour
contrôler la répartition de la lumière dans l’anneau résonant, afin d’augmenter le volume
d’interaction avec la solution pour obtenir une meilleure sensibilité. Lo et al. ont ainsi
obtenu une sensibilité de 248 nm · RIU−1 ainsi qu’un grand facteur de qualité de 1200,
avec des anneaux de 14 µm de diamètre.

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D’autre part, pour améliorer leur capacité de multiplexage, les structures réso-
nantes peuvent être utilisées en série, avec des longueurs d’onde de résonance différentes,
que ce soit avec des anneaux résonants [80] ou des CPs [81]. Cette technique ne réduit
pas ou très peu l’encombrement des structures, mais permet de mettre en commun les
sources et les détecteurs de lumière.

Les résonateurs à anneaux résonants ou à CPs présentent de très bonnes perfor-

mances optiques, mais ils sont souvent utilisés dans le moyen infrarouge, dans la gamme
de transparence du silicium, et donc requièrent des détecteurs onéreux pour les analy-
ser. Une alternative est de travailler dans la gamme visible via l’utilisation d’autres
matériaux, mais qui présentent l’inconvénient d’un contraste d’indice de réfraction avec
la silice plus faible, ce qui limite leurs propriétés optiques. Un premier exemple est le
dioxyde de titane [82], notamment utilisé pour fabriquer des capteurs à CPs par Jahns
et al., avec faible facteur de qualité de l’ordre de la centaine [83]. Un autre matériau pos-
sible est le nitrure de silicium, exploité par exemple par Calvo et al. pour la réalisation
d’anneaux résonants [84] ; nous détaillerons également plus loin un autre exemple de
dispositif utilisant ce matériau dans des structures supportant des résonances de modes
guidés.

Résonance de mode guidé (GMR)

Pour faciliter le couplage de la lumière dans les structures, on peut utiliser une
autre classe de cristaux photoniques, qui supportent des résonances de modes guidés
(Guided Mode Resonance, GMR). Il s’agit de modes à pertes qui ont la propriété de se
coupler avec une onde incidente dans la troisième dimension, similairement à un réseau
de diffraction. Ces structures combinent donc l’excitation en incidence oblique et la
fonction de transduction, au prix d’un facteur de qualité plus faible.

On peut trouver plusieurs exemples de capteurs à GMR dans la littéra-

ture [83, 85, 86]. Un des dispositifs les plus aboutis est celui de Triggs et al. [87, 88],
représenté sur la figure 1.15. Pour mesurer un décalage spectral, ce dispositif utilise
une matrice de motifs élémentaires résonants, dont la longueur d’onde de résonance
est variée continument en modifiant le facteur de remplissage (Filling Factor, FF). La

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Fig. 1.15 : Dispositif de biodétection de Triggs et al. basé sur la résonance de mode
guidé : (a) motif résonant élémentaire, (b) matrice de motifs avec un gradient du facteur
de remplissage (FF), (c) résonances dans l’eau, (d) imagerie de la puce et (e) profil
d’intensité de l’imagerie [88].

matrice de motifs est imagée par une caméra CMOS. Un laser de large bande spec-
trale associé à un monochromateur illumine la structure en incidence normale, il n’y a
donc pas d’étape d’alignement précis. Ainsi il n’y a qu’une bande de motifs excitée à
la résonance, ce qui se traduit par une bande lumineuse sur la caméra. Puis lorsque les
motifs subissent un décalage spectral causé par la capture de biomolécules, la bande
lumineuse sur la caméra se décale spatialement, ce qui est facilement mesurable. La sen-
sibilité de ce capteur est de 137 nm · RIU−1 et son facteur de qualité est de 420, avec des
dimensions de 500 µm × 620 µm. Ces valeurs optiques relativement faibles s’expliquent
par l’utilisation du nitrure de silicium pour sa transparence dans la gamme du visible,
comme nous l’avons vu plus haut. Cette gamme de longueur d’onde est nécessaire pour
utiliser une caméra CMOS, mais limite les performances optiques du fait du plus faible
contraste d’indice de réfraction des matériaux utilisés.

Enfin, on peut citer d’autres techniques de détection qui ne sont pas détaillées
dans cette thèse, et qui pourraient constituer des voies d’amélioration de la détection
dans les dispositifs diélectriques. Un premier exemple est la détection de la phase par
spectroscopie à interférence réflectométrique [89], ou par l’excitation de structures mul-
ticouches [90]. Un autre exemple est la combinaison d’anneaux résonants avec la plasmo-
nique [91], qui combine les avantages des deux méthodes pour améliorer la sensibilité, et
également permettre une fonctionnalisation sélective facilitée par le contraste chimique
entre le métal et le diélectrique.

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OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Dans cette partie, nous avons vu que les structures diélectriques permettent d’ob-
tenir des résonances très fines avec de bonnes sensibilités. De plus, elles sont en général
facilement miniaturisables du fait de leurs faibles dimensions, et offrent la possibilité
de multiplexage. Ces avantages leur permettent d’entrer en compétition avec la plasmo-
nique pour le développement de biocapteurs intégrés. Cependant les critères du POC
imposent de fortes contraintes technologiques : l’utilisation de lasers accordables et de
spectromètres est difficile à cause de leur coût et leur encombrement. On doit donc avoir
recours à des techniques alternatives pour mesurer le décalage spectral de la résonance
des structures, en préférant les détecteurs en intensité. D’autre part, la plupart des
capteurs de la littérature fonctionnent dans l’infrarouge, afin d’exploiter les bonnes pro-
priétés optiques des structures à base de silicium. Le revers de la médaille est que cela
empêche l’utilisation de détecteurs en silicium bas-coût tels que les caméras CMOS.
Nous avons vu également que le couplage de la lumière est un enjeu majeur : pour
faciliter l’utilisation d’un dispositif POC, l’excitation des structures doit nécessiter le
moins de contraintes d’alignement optique possible. De nombreux groupes utilisent des
réseaux de diffraction pour coupler la lumière, mais ceux-ci sont sensibles à l’alignement
du faisceau incident et à la longueur d’onde, ce qui complexifie leur intégration dans un
dispositif POC. Enfin, la compatibilité de la fabrication des dispositifs avec l’industrie
du silicium est un enjeu majeur, car elle permet de réduire fortement les coûts des puces.
Celles-ci doivent donc être fabriquées de préférence par photolithographie, ce qui a des
conséquences sur les dimensions critiques des structures, et donc leurs performances
optiques.

1.3.3 Tableau récapitulatif

Le tableau 1.1 récapitule les caractéristiques des différentes technologies que nous
avons décrites dans les sections précédentes.

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TECTION OPTIQUE VERS LE POINT-OF-CARE

Technologie
Avantages Inconvénients
(références)
S ∼ 104 − 105 nm · RIU−1 Multiplexage
Résonance plasmonique
Maturité technologique Miniaturisation
de surface (SPR) [24]
Résonances dans le visible Q ∼ 10
Résonance de plasmons Densité d’intégration
de surface localisés Résonances dans le visible Q ∼ 10
(LSPR) [27, 32, 33] S ∼ 102 − 103 nm · RIU−1
Transmission optique S ∼ 102 − 103 nm · RIU−1
extraordinaire Couplage de la lumière Q ∼ 10
(EOT) [37, 38] Résonances dans le visible
Lecture du signal ambigu
Couplage de la lumière
Interférométrie [49, 50, 53] S ∼ 500 π · RIU−1
Densité d’intégration
(D ∼ 1 cm)
Q ∼ 105 Couplage de la lumière
Anneaux et disques
Densité d’intégration Résonances dans
résonants [56, 59, 63]
(D ∼ 100 µm) l’infrarouge
Multiplexage
Couplage de la lumière
Densité d’intégration
Cavité à cristal S ∼ 100 nm · RIU−1
(D ∼ 10 µm)
photonique (CP) [60, 67] Résonances généralement
Q ∼ 103 − 104
dans l’infrarouge
Robustesse de fabrication
S ∼ 500 nm · RIU−1
Cristal photonique à Couplage de la lumière
Q ∼ 103
fentes/anneaux résonants Robustesse de fabrication
Densité d’intégration
à CP [76–78] en photolithographie
(D ∼ 10 µm)
Sensibilité moyenne
(S ∼ 100 nm · RIU−1 )
Résonance de mode guidé
Couplage de la lumière Q = 100
(GMR) [86, 88]
Densité d’intégration
(D ∼ 100 − 1000 µm)

Tab. 1.1 : Comparatif des caractéristiques de différentes technologies de biodétection

(S : sensibilité ; Q : facteur de qualité, D : dimension caractéristique).

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 1.4. APPROCHE DE LA THÈSE : DISPOSITIF DE BIODÉ- CHAPITRE 1
TECTION PORTATIF À CRISTAUX PHOTONIQUES

1.4 Approche de la thèse : dispositif de biodétection

portatif à cristaux photoniques

Nous voyons dans le tableau 1.1 qu’aucune structure ne présente simultanément

une bonne sensibilité et un haut facteur de qualité, nécessaires à de bonnes performances
de détection, en plus d’être excitable en incidence normale. L’approche de cette thèse
va tenter de réunir ces trois avantages. Le dispositif de détection que nous proposons
est schématisé sur la figure 1.16 : il s’agit d’un dispositif d’imagerie sans lentille, com-
posé d’une source de lumière monochromatique qui excite une puce photonique, placée
devant une caméra CMOS. Cette puce supporte une matrice de cristaux photoniques
fonctionnalisés. On voit sur ce schéma que lorsque des biomolécules sont capturées à la
surface des CPs, la lumière est transmise à travers la puce, tandis qu’aucune lumière
n’est transmise si les biomolécules ne sont pas capturées.

En plus des bonnes performances optiques et de la facilité de couplage de la

lumière sans étape d’alignement, cette approche permet d’effectuer de nombreuses ana-
lyses en parallèle, et donc assurer le multiplexage. D’autre part, la fabrication des
capteurs est compatible avec les technologies de fabrication de la microélectronique. Ils
sont fabriqués dans des plaques de silicium sur isolant (Silicon On Insulator, SOI), par-
ticulièrement adaptées aux structures photoniques car elles permettent de confiner la
lumière dans la couche de silicium superficielle par réflexion totale.
Nous avons également vu que l’utilisation d’un laser accordable ou d’un spectromètre
est à éviter dans un dispositif POC. Par conséquent, nous avons donc choisi d’utiliser un
imageur CMOS pour son faible coût et sa capacité d’analyser tous les CPs en parallèle.
Cela impose cependant des contraintes sur la longueur d’onde de travail, car il nous
faut travailler dans la gamme de sensibilité de ces détecteurs, qui couvre le visible et
proche infrarouge. Nous avons donc choisi une longueur d’onde de travail de 950 nm,
qui est à la limite de la gamme d’absorption du silicium : ce choix permet à la fois de
détecter le signal avec l’imageur, et de limiter l’absorption dans nos résonateurs pour
conserver un haut facteur de qualité.

La conception de notre puce se base sur des concepts de l’équipe Nanophotonique

du laboratoire, et exploite des modes de Bloch lents excités en incidence normale dans les
CPs. Cette propriété peut être avantageusement utilisée pour concevoir notre dispositif,
car elle offre la possibilité d’exciter les CPs depuis l’espace libre avec une diode électro-

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TECTION PORTATIF À CRISTAUX PHOTONIQUES

Molécules cibles

Fig. 1.16 : Schéma du dispositif de biodétection : excitation en onde plane étendue

d’une puce photonique supportant une matrice de cristaux photoniques, placée en dessus
d’un imageur CMOS.

luminescente ou un laser. Elle permet également l’excitation en parallèle d’un grand

nombre de capteurs indépendants sur la même puce, sans avoir besoin d’un réseau de
guides d’ondes pour les exciter individuellement, comme c’est le cas dans le dispositif
de Janz et al [63].

Pour aller plus loin vers l’application POC, nous proposons la réalisation d’un
spectromètre intégré sur puce, toujours en utilisant l’imageur CMOS comme détecteur.
Ce spectromètre intégré est constitué d’une série de CPs, dont chacun se comporte
comme un élément sélectif en longueur d’onde. L’implémentation d’un spectromètre
intégré présente deux avantages : d’une part elle augmente la gamme de détection, et
d’autre part elle permet d’exploiter le signal de plusieurs CPs, ce qui facilite la détermi-
nation du décalage spectral et augmente la sensibilité du dispositif. Nous espérons ainsi
parvenir à mesurer des variations d’indice de réfraction correspondant à la capture de
différentes biomolécules cibles.

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 1.5. CONCLUSION CHAPITRE 1

1.5 Conclusion

Dans ce chapitre nous avons présenté le principe des capteurs optiques d’affi-
nité, visant la détection de biomolécules. En particulier, nous avons défini les critères
technologiques pour une application Point-Of-Care, à savoir les bonnes performances
optiques, la facilité d’utilisation et la compatibilité avec la production de masse. Une re-
vue bibliographique a permis d’identifier les avantages et les inconvénients de différentes
technologies, qui se divisent en deux approches principales : la résonance plasmonique
à la surface de métaux, et la résonance photonique de structures diélectriques.

Nous avons vu que les enjeux majeurs des dispositifs POC concernent différents
aspects : outre la sensibilité et la finesse des résonances, le couplage de la lumière hors
du plan de la puce est primordial pour relaxer les contraintes d’alignement. Également,
la longueur d’onde de travail détermine le type de détecteur à utiliser ; pour réduire les
coûts il est pertinent de travailler dans la gamme de sensibilité des détecteurs en silicium
tels que les caméras CMOS. Cette contrainte a des conséquences fortes sur les maté-
riaux utilisés, les dimensions critiques des structures et donc leur compatibilité avec les
technologies de fabrication bas-coût comme la photolithographie. Enfin le multiplexage
est fortement souhaitable afin d’assurer la fonction de criblage moléculaire.

L’approche que nous proposons tente de répondre à ces défis d’intégration dans
un dispositif POC. Nous avons choisi de développer une plateforme de détection sans
marquage, basée sur un système d’imagerie sans lentille d’une puce photonique. Celle-ci
supporte un réseau de cristaux photoniques en silicium, excitables en incidence normale
par un faisceau étendu, et imagés par une caméra CMOS. Nous avons également choisi
d’intégrer un système de spectrométrie sur puce, permettant d’augmenter la gamme
de détection et la sensibilité du dispositif. Notre approche permet donc d’éliminer les
contraintes d’alignement dans un système sans lentille, et d’analyser de nombreux cap-
teurs indépendants en parallèle grâce à l’imagerie. Les choix des matériaux sont compa-
tibles avec les technologies de fabrication et l’utilisation de détecteurs bas-coût. Dans la
suite de ce manuscrit, après avoir présenté notre banc et nos méthodes de caractérisation
optiques, nous étudierons les propriétés des CPs et leurs performances en biodétection,
puis nous détaillerons ensuite leur implémentation au sein du spectromètre intégré.

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 Chapitre 2

Micro-réflectivité en milieu liquide :

banc de mesure et méthodes
expérimentales

Sommaire
2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
2.2 Banc de micro-réflectivité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
2.2.1 Présentation générale du banc . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
2.2.2 Caractéristiques du faisceau d’excitation . . . . . . . . . . . . 43
2.2.3 Collecte du signal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.3 Procédure expérimentale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
2.3.1 Préparation de surface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
2.3.2 Préparation de la cellule fluidique . . . . . . . . . . . . . . . . 50
2.3.3 Mesure d’indice de réfraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
2.3.4 Normalisation des spectres de micro-réflectivité . . . . . . . . 54
2.4 Stabilité et reproductibilité . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
2.4.1 Stabilité de la résonance en milieu liquide . . . . . . . . . . . 55
2.4.2 Reproductibilité de la mesure de résonance . . . . . . . . . . 57
2.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58

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 2.1. INTRODUCTION CHAPITRE 2

2.1 Introduction

Dans ce chapitre, nous décrirons le banc optique, ainsi que les outils et procédures,
développés dans le cadre de la thèse pour la caractérisation des capteurs à cristaux
photoniques (CPs) en milieu liquide. L’objectif est de mesurer le spectre de micro-
réflectivité de structures individuelles, afin d’étudier leurs propriétés de résonance et la
sensibilité à l’indice de réfraction. Ces caractérisations spectrales permettront de valider
les performances de chaque élément de notre matrice de capteurs en vue de l’application
finale dans un dispositif de détection par caméra sans lentille.

Dans ce but, nous avons conçu un banc de micro-réflectivité dont le schéma de

principe est présenté sur la figure 2.1. Un cristal photonique baignant dans un analyte
encapsulé dans une cellule fluidique est excité en incidence normale par un faisceau
lumineux. Le faisceau réfléchi par l’échantillon est collecté simultanément par un ana-
lyseur de spectre et une caméra, et le faisceau transmis est également collecté par une
caméra. On obtient ainsi le spectre de micro-réflectivité du cristal, qui contient une
résonance d’une largeur de l’ordre du nanomètre.

La résonance du capteur étudié subit un décalage spectral sous l’effet du change-

ment d’indice de réfraction en passant d’un analyte à un autre, ou lors du greffage de
biomolécules. Ce décalage est mesurable en comparant les spectres de micro-réflectivité
dans l’état initial et dans l’état final. Afin d’obtenir une mesure significative, le banc
optique doit offrir une stabilité et une reproductibilité suffisante pour détecter les faibles
décalages spectraux attendus lors de la détection de biomolécules.

Dans la partie suivante, nous détaillerons le fonctionnement du banc et les diffé-

rents composants optiques qui le constituent. Les caractéristiques du faisceau d’excita-
tion seront spécifiées : l’adaptation de sa taille à celle des CPs, et le contrôle de sa pola-
risation pour qu’elle corresponde à celle du mode des structures. Ensuite, la procédure
expérimentale mise en œuvre, comprenant le nettoyage des échantillons, l’assemblage
de la cellule fluidique, et la méthode de normalisation des spectres, sera développée.
Enfin, nous quantifierons la stabilité du signal et la reproductibilité de la mesure de
décalage spectral des résonances.

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 CHAPITRE 2 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ

Fig. 2.1 : Schéma de principe de la mesure : un cristal photonique baignant dans un

analyte est excité par un faisceau émis par une source de lumière. Le faisceau réfléchi
par le cristal est collecté d’une part par une caméra pour la visualisation, et d’autre
part un analyseur de spectre pour la caractérisation spectrale. Le faisceau transmis est
également collecté par une caméra.

2.2 Banc de micro-réflectivité

2.2.1 Présentation générale du banc

Nous avons développé au cours de ce travail de thèse le banc de micro-réflectivité

schématisé sur la figure 2.2, et illustré sur la figure 2.3. Le montage du banc a été
supervisé par Lotfi Berguiga, et a notamment fait l’objet du Projet de Fin d’Études de
Ania Pasecan (étudiante à l’INSA) au laboratoire. Nous avons fait le choix de construire
un banc de réflectivité, d’une part pour pouvoir caractériser des échantillons opaques,
et d’autre part car nous voulions laisser la voie de la transmission libre pour pouvoir
faire évoluer le montage pour des applications en transmission, comme une visualisation

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 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ CHAPITRE 2

de type caméra sans lentille.

Fig. 2.2 : Schéma du banc de micro-réflectivité dans le proche infrarouge utilisé pour
la caractérisation individuelle de cristaux photoniques.

Ce banc permet d’exciter un cristal photonique en incidence normale et de col-

lecter les faisceaux transmis et réfléchi par l’échantillon. Il est constitué de plusieurs
modules, représentés dans les cadres de la figure 2.2, dont le rôle est décrit dans les
paragraphes ci-dessous.

Module « Excitation » : Une diode super-électro-luminescente (SLED) génère un

faisceau lumineux collimaté par la lentille (L1) et devient un faisceau gaussien.
Un contrôleur de polarisation permet d’obtenir une polarisation linéaire selon
l’axe désiré. Ensuite, une partie du faisceau traverse le cube séparateur 50 : 50
(R : T )1 (BS1) puis est réfléchie par le miroir (M ). L’objectif (O1) focalise le fais-
ceau sur l’échantillon, placé sur un jeu de platines pour l’alignement. Un plateau
porte-échantillon ajustable permet d’en contrôler l’horizontalité, et une sonde
1. 50 % de l’intensité du faisceau est transmise, et 50 % est réfléchie vers un cache noir.

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 CHAPITRE 2 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ

Fig. 2.3 : Photographie du banc schématisé dans la figure 2.2.

Thorlabs TSP01 mesure la température. Après réflexion, le faisceau fait le che-

min inverse : re-collimation par l’objectif (O1) et réflexion par le miroir (M ). Une
partie du faisceau est alors réfléchie par le cube (BS1) et transmis à travers le
cube (BS2) vers le module de collecte et d’analyse spectrale. Les caractéristiques
du faisceau d’excitation seront présentées plus en détail dans la section suivante.

Module « Collecte et analyse spectrale » : Le faisceau est collecté par la lentille

(L2) et injecté dans un analyseur de spectre (OSA). On obtient ainsi le spectre
de micro-réflectivité de l’échantillon. Les méthodes de collecte et d’analyse du
spectre de micro-réflectivité seront détaillées dans la section 2.2.3.

Modules « Visualisation » : Le faisceau est également réfléchi par le cube (BS2)

vers la caméra (Cr). Le faisceau transmis à travers l’échantillon peut également
être recueilli par l’objectif (O2) et imagé par la caméra (Ct). Ces caméras per-
mettent une visualisation simultanée du faisceau et de l’échantillon, nécessaire au
positionnement du premier dans le second.

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 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ CHAPITRE 2

2.2.2 Caractéristiques du faisceau d’excitation

Dans cette section, nous détaillerons les composants du module « Excitation »

de notre banc. Nous verrons comment le faisceau est mis en forme pour obtenir les
caractéristiques nécessaires à l’excitation des CPs.

Pour générer le faisceau lumineux, on utilise une diode super électro-luminescente

Broadlighter M-Q-920-HP de marque Superlum, notée (SLED) sur la figure 2.2.
Elle est constituée de quatre LEDs dont la superposition des spectres d’émission couvre
la gamme 750 à 1050 nm. La puissance totale de la source est de 3.7 mW. Elle est
couplée à une fibre optique monomode, dont la taille de mode est ωf ibre−SLED ≈ 5 µm
autour de 900 nm. En sortie de fibre, la lentille (L1) de distance focale 12 mm permet
de collimater le faisceau en espace libre.

Pour pouvoir coupler le faisceau avec le mode du CP étudié, il doit y avoir un

recouvrement spectral et spatial du faisceau et du mode. Le recouvrement spectral est
assuré en choisissant la bonne longueur d’onde d’excitation. La figure 2.4a représente le
spectre incident sur l’échantillon, mesuré par réflexion sur un miroir de référence placé
sur le porte-échantillon. Les résonances visées étant dans la gamme 850 à 980 nm, le
spectre d’excitation convient donc bien aux mesures que nous souhaitons effectuer.

1.0
un miroir d'argent (u.a.)
Puissance réfléchie sur

0.8

0.6

0.4

0.2

0.0

750 800 850 900 950 1000 1050 1100

Longueur d'onde (nm)

(a) (b)

Fig. 2.4 : Caractéristiques du faisceau incident sur l’échantillon : (a) spectre du faisceau
de réflexion sur un miroir de référence placé sur le porte-échantillon, et (b) diagramme
de polarisation, décrivant son intensité en fonction de la direction. La polarisation du
faisceau est linéaire selon l’axe horizontal (axe X).
⃗

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 CHAPITRE 2 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ

La polarisation du faisceau doit également correspondre à la polarisation du mode

du cristal photonique. Dans notre cas, nous avons besoin d’une polarisation linéaire du
champ électrique, placé selon l’axe X ⃗ par convention. Nous utilisons donc un contrôleur
de polarisation, composé de trois lames (quart d’onde, demi-onde, quart d’onde) dont
les orientations sont ajustées manuellement pour obtenir la polarisation désirée. Pour
vérifier l’état de polarisation après réglage, on place un polariseur et un photo-détecteur
après le cube (BS1). Le photo-détecteur mesure la puissance transmise à travers le
polariseur dont on fait tourner l’axe de transmission. On obtient ainsi le diagramme de
polarisation de la figure 2.4b. Ce diagramme est caractéristique d’un état de polarisation
linéaire selon l’axe X.
⃗

Ensuite, pour assurer le bon recouvrement spatial, la taille du faisceau doit cor-
respondre à celle de la structure (ici 100 µm), et respecter les mêmes symétries. Dans
notre cas, la structure peut être excitée par un faisceau gaussien, dont l’intensité théo-
rique est tracée sur la figure 2.5a. Dans un faisceau gaussien, l’intensité est à symétrie
axiale, elle est maximale sur l’axe de propagation du faisceau à r = 0 et décroit quand
on s’en éloigne d’un rayon |r| > 0. La taille d’un faisceau gaussien est caractérisée par
son rayon de gorge (waist), noté ω0 : il s’agit du rayon auquel l’intensité est égale à
l’intensité au centre du faisceau divisée par e2 .

Le rayon de gorge de notre faisceau est mesuré expérimentalement avec la tech-

nique de la « lame de couteau », illustrée sur la figure 2.5b : une lame de silicium clivée
est régulièrement avancée pour occulter le faisceau, et un photo-détecteur mesure la
puissance transmise. À partir du graphe de puissance non occultée T en fonction de la
position de la lame x, on mesure le rayon de gorge ω0 par un ajustement numérique
utilisant l’équation 2.1 :

( (√ ))
2 × (x − x0 )
T (x) = 0.5 × Tmax × 1 + erf + Tmin (2.1)
ω0

Où Tmax et Tmin sont des constantes et x0 la position du centre du faisceau.

Le rayon de gorge est mesuré dans les deux directions orthogonales du plan (X,
⃗ Y⃗ )
pour vérifier la symétrie du faisceau. Dans l’exemple de la figure 2.6, on obtient un
faisceau de rayon de gorge ω0 ≈ 35 µm selon l’axe X, ⃗ en utilisant un objectif de gros-
sissement de 5× (ouverture numérique ON = 0.14). On obtient sensiblement le même

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 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ CHAPITRE 2

(a) (b)

Fig. 2.5 : Propriétés géométriques d’un faisceau gaussien. (a) intensité d’un faisceau
gaussien au niveau de la gorge (où sa taille est minimale), en fonction de la distance
réduite ωr0 à l’axe de propagation du faisceau. L’insert de gauche représente l’évolution
du rayon ω du faisceau le long de son axe de propagation Z.
⃗ L’insert de droite représente
l’intensité du faisceau vu en coupe au niveau de la gorge. (b) Principe de la mesure du
rayon de gorge ω0 : on déplace une lame de silicium clivée dans le faisceau, et un photo-
détecteur mesure l’intensité non occultée par la lame.

résultat selon l’axe Y⃗ , notre faisceau est donc bien symétrique. Les paramètres de l’ajus-
tement numérique La taille du faisceau peut être ajustée en changeant le grossissement
de l’objectif (O1), mais cette valeur de 35 µm convient aux mesures que nous souhaitons
effectuer.

Nous avons montré ici que le faisceau gaussien incident sur l’échantillon a les
caractéristiques requises pour permettre une bonne excitation des modes exploités des
échantillons à étudier. La section suivante décrira les méthodes de collecte du faisceau
après son interaction avec l’échantillon.

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 CHAPITRE 2 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ

Axe X
⃗ Axe Y⃗
Tmax 1 1
Tmin 0.09 ± 0.01 0.10 ± 0.01
x0 (µm) 49.4 ± 0.3 47.5 ± 0.3
ω0 (µm) 36 ± 1 37 ± 1
(b)

(a)

Fig. 2.6 : Mesure du rayon de gorge du faisceau incident suivant l’axe X, ⃗ par la
technique de la « lame de couteau » : (a) puissance lumineuse transmise en fonction
⃗ et (b) paramètres de
de la position de la lame quand elle est déplacée selon l’axe X,
l’ajustement numérique par l’équation 2.1 pour les mesures de rayon de gorge suivant
les axes X
⃗ et Y⃗ .

2.2.3 Collecte du signal

Pour pouvoir aligner le faisceau dans un cristal photonique, il est nécessaire

de visualiser les deux simultanément. Pour cela, la caméra (Cr) de modèle Basler
acA1300-60gmNIR2 image le plan de l’échantillon. La figure 2.7 montre le faisceau au
centre d’un CP, imagé par la caméra en réflexion. Le banc permet également d’imager
l’échantillon en transmission.

Fig. 2.7 : Visualisation du faisceau au centre d’un CP, dont les contours sont représentés
en rouge (100 µm×100 µm).

2. Résolution : 1280×1024 pixels, taille de pixel : 5.3 µm, efficacité quantique : 35 % à 850 nm - 10 %
à 980 nm.

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 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ CHAPITRE 2

En parallèle, on collecte le faisceau réfléchi par l’échantillon dans une fibre optique
qui l’amène à un analyseur de spectre (OSA) de modèle Anritsu MS9710B avec une
résolution de 0.02 nm. Pour cela, le faisceau passe par les cubes séparateurs (BS1) et
(BS2) puis est injecté dans une fibre optique. Celle-ci est connectée à l’analyseur de
spectre, qui est interfacé sur un ordinateur par Labview pour faciliter la collecte et le
traitement des données.

La figure 2.8 montre un spectre de micro-réflectivité typique de la résonance d’un

cristal photonique à double période sur substrat de silicium sur isolant (SOI), dont la
conception sera présentée dans le chapitre 3. Il présente un profil de Fano [92–94]
bien marqué. Le minimum de réflectivité du spectre est proche de zéro, ce qui est
caractéristique d’un bon couplage du mode avec le faisceau d’excitation. Le rapport
signal/bruit est très bon, la puissance de la source et l’alignement des chemins optiques
sont donc satisfaisants.

Fig. 2.8 : Exemple de spectre de micro-réflectivité d’un cristal photonique à double

période sur substrat de silicium sur isolant, et ajustement numérique utilisant l’équation
de Fano (équation 2.2).

Le spectre de la figure 2.8 peut être décrit par l’équation 2.2 :

(q + δ)2 + P ω − ω0
RF ano (δ) = R0 · avec δ =2· (2.2)
1 + δ2 Γ

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 CHAPITRE 2 2.2. BANC DE MICRO-RÉFLECTIVITÉ

Avec R0 et P des constantes, ω la pulsation (Hz) et ω0 la pulsation de résonance,

q le paramètre d’asymétrie de Fano, Γ la largeur de résonance (Hz). On peut déduire
de cette équation la longueur d’onde de résonance λ0 et le facteur de qualité Q :

2π · c ω0
λ0 = et Q =
ω0 Γ

Avec c la vitesse de la lumière. La largeur du pic de résonance est déterminée

par le facteur de qualité Q : plus il est élevé, plus la résonance est fine. Le paramètre q
caractérise la forme du spectre, qui provient de l’interférence entre le mode du cristal
en résonance et la réflexion spéculaire.

Un ajustement numérique du spectre permet d’extraire les paramètres de réso-

nance (λ0 , Q et P ). Pour ce faire, on module l’équation de Fano par un polynôme de
degré 2 pour tenir compte de la réponse des couches minces composant l’échantillon. À
titre d’exemple, les paramètres de l’ajustement numérique du spectre de la figure 2.8
sont consignés dans le tableau 2.1. La longueur d’onde de résonance obtenue par ajuste-
ment numérique est typiquement estimée avec un intervalle de confiance de ±0.02 nm,
et de ±3 % pour le facteur de qualité.

r (λ) = RF ano (λ) × (a · λ2 + b · λ + c) Intervalle de confiance typique

λ0 936.5 nm ±0.02 nm
θ 1.16 ±0.01
Q 962 ±3 %

Tab. 2.1 : Paramètres du modèle d’ajustement numérique r (λ) utilisé pour modéliser
le spectre de la figure 2.2 : la fonction « RF ano » correspond à l’équation 2.2 exprimée
en longueur d’onde. Le polynôme a · λ2 + b · λ + c permet de modéliser la réflectivité des
couches minces composant l’échantillon par une ligne de base parabolique

Cette mesure démontre ainsi la capacité du banc pour caractériser nos échan-
tillons, et valide donc sa conception et son montage. Maintenant que nous pouvons
mesurer nos spectres de résonances, nous allons décrire les procédures de préparation
les échantillons et de traitement des données.

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 2.3. PROCÉDURE EXPÉRIMENTALE CHAPITRE 2

2.3 Procédure expérimentale

Dans cette partie, nous décrirons les procédures expérimentales mises en œuvre
pour nettoyer et préparer les échantillons. Tout d’abord, nous nettoierons la puce pho-
tonique et la rendrons hydrophile. Ensuite, nous monterons une cellule fluidique sur la
puce pour permettre la caractérisation dans un milieu liquide, dont nous mesurerons
l’indice de réfraction à l’aide d’un réfractomètre. Enfin, nous détaillerons le calcul de
normalisation des spectres bruts mesurés.

2.3.1 Préparation de surface

Nous étudions des capteurs dont la surface est sensible à la présence de bio-
molécules. Ils sont par conséquent également très sensibles aux résidus, impuretés et
pollutions déposés lors de la fabrication ou de la manipulation. Or nous voulons assurer
une bonne reproductibilité des mesures, d’une part pour la caractérisation de plusieurs
cristaux photoniques identiques à l’échelle de la puce, et d’autre part pour des mesures
successives dans différents milieux. Il est donc essentiel de nettoyer minutieusement
les puces avant caractérisation, de manière à ce que tous les CPs se trouvent dans les
mêmes conditions. Ensuite, pour assurer la bonne pénétration de l’analyte, la puce doit
être rendue très hydrophile.

La procédure de préparation de l’échantillon décrite ci-dessous a été développée

avec Ania Pasecan pendant son Projet de Fin d’Études.

Le nettoyage de la puce commence par un rinçage dans l’acétone puis l’éthanol,

puis une oxydation dans une étuve à 300 ◦C pendant 45 min. On forme ainsi une couche
très mince d’oxyde (< 1 nm) à la surface du silicium, sous les résidus. La puce est
ensuite plongée pendant 60 s dans un bain de solution tamponnée d’acide fluorhydrique
à une concentration de 12.5 % ( BOE : Buffered Oxide Etchant), diluée vingt fois dans
l’éthanol. L’oxyde en surface est lentement dissous, et emporte avec lui les résidus de
surface. Cette opération est réalisée une seule fois avant la première utilisation des
puces.

La surface des puces est initialement hydrophobe. En effet, même si l’oxyde natif
du silicium est par nature hydrophile, la surface est nano-structurée, ce qui augmente

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 CHAPITRE 2 2.3. PROCÉDURE EXPÉRIMENTALE

fortement l’hydrophobie [95]. Or nous souhaitons travailler dans des solutions polaires,
comme l’eau ou l’éthanol.

Avant chaque utilisation d’une puce en milieu liquide, la surface est donc traitée
pour la rendre très hydrophile. Après un bain dans l’acétone puis l’éthanol, on réalise
un traitement à l’UV-ozone (120 s) qui permet de ré-oxyder légèrement la surface et
créer des liaisons pendantes qui la rendent hydrophile (figure 2.9). Ce traitement est
effectué sur la puce avant chaque mise en contact avec un liquide, si la surface n’est pas
fonctionnalisée avec des biomolécules, auquel cas un traitement UV-ozone détruirait la
fonctionnalisation. Dans ce cas, l’ajout d’un tensioactif comme le tween 20 peut être
nécessaire pour assurer la bonne pénétration de l’analyte.

Fig. 2.9 : Procédé de nettoyage avant chaque mise en milieu liquide. Un bain dans
l’acétone puis l’éthanol élimine les impuretés en surface, et un traitement UV-ozone
ré-oxyde légèrement la surface et la rend hydrophile en créant des liaisons pendantes, ce
qui permet un bon mouillage de l’analyte.

2.3.2 Préparation de la cellule fluidique

On utilise une cellule fluidique afin de travailler en milieu liquide. La cellule

fluidique remplit plusieurs rôles :

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 2.3. PROCÉDURE EXPÉRIMENTALE CHAPITRE 2

• confiner l’analyte sur la puce,

• limiter son évaporation et maintenir la même concentration (en sels, éthanol...),

• protéger des poussières et des contaminants de l’air,

• offrir une surface plane et fixe propice à l’excitation des CPs et à l’imagerie, plutôt
que la surface d’une goutte de liquide courbe et oscillante.

La cellule fluidique consiste en un anneau de PDMS (polydiméthylsiloxane) avec une

ouverture carrée en son centre où se loge le liquide, placé sur la puce puis recouvert par
une lamelle de microscope. Un schéma d’une cellule est représenté sur la figure 2.10a,
et la figure 2.10b présente une photographie de l’assemblage sur une puce.

(a) (b)

Fig. 2.10 : Cellule fluidique utilisée pour les mesures en milieu liquide : (a) coupe
schématique de la cellule remplie d’analyte, assemblée sur une puce, et (b) photographie
de la cellule sur la puce, sur laquelle on peut distinguer une zone carrée contenant les
cristaux photoniques, contenue dans l’ouverture de l’anneau de PDMS.

Pour fabriquer l’anneau, une plaque de PDMS d’environ 1 mm d’épaisseur est

découpée en un carré de 2 cm de côté, qui est percé en son centre en un carré de 1.2 cm
de côté. La surface du PDMS étant légèrement poreuse, elle peut stocker des solvants et
les relarguer dans l’analyte, c’est pourquoi l’anneau est stocké dans un dessicateur avant
utilisation et n’est pas rincé avec des solvants. À la place, il est rincé avec l’analyte et
trempé pendant plusieurs minutes dans un cristallisoir pour que l’analyte en remplisse
les pores. En parallèle, une lamelle de microscope (épaisseur 150 ± 20 µm) est nettoyée
dans des bains d’acétone puis d’éthanol. La puce, l’anneau de PDMS et la lamelle sont

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 CHAPITRE 2 2.3. PROCÉDURE EXPÉRIMENTALE

ensuite assemblés dans le cristallisoir rempli de l’analyte. Un échantillon de l’analyte

est prélevé pour mesurer son indice de réfraction.

2.3.3 Mesure d’indice de réfraction

Pour tester la sensibilité des CPs à l’indice de réfraction environnant, on utilise

des solutions de référence. On mélange des solutions (par exemple de l’eau déionisée
avec un solvant, ou avec du glucose) pour faire varier l’indice de manière très fine. Il
est donc nécessaire de connaitre l’indice de réfraction de ces solutions.

Dans ce but, il est possible d’extrapoler les valeurs prises dans des abaques.
Cependant, ces derniers sont souvent donnés à des longueurs d’onde différentes de notre
longueur d’onde de travail. De plus, les modèles d’indice de réfraction en fonction de
la composition de la solution sont parfois non linéaires et difficiles à mettre en œuvre,
notamment pour des mélanges eau-éthanol [96].

Nous avons donc préféré mesurer directement l’indice de réfraction à l’aide d’un
réfractomètre, ce qui présente l’avantage de mesurer directement la solution de travail,
et d’être insensible aux éventuelles variations de composition lors de la préparation des
solutions (erreur de dilution, pollution, évaporation de solvants dans l’eau, etc).

L’appareil que nous avons choisi est un réfractomètre ATR-L de marque

Schmidt+Haensch stabilisé en température, effectuant sept mesures de 400 à 950 nm,
ce qui nous permet d’avoir une mesure directe à notre longueur d’onde de travail. Les in-
dices de solutions usuelles sont tracés sur la figure 2.11. La valeur d’indice de réfraction
typiquement utilisée est celle à 950 nm. La précision de la mesure est de 4 × 10−5 RIU,
ce qui est suffisant car nous souhaitons mesurer des variations d’indice de réfraction de
l’ordre de 10−4 RIU.

Les mesures d’indices de nos solutions expérimentales sont effectuées en deux

temps : une première mesure d’indice de l’analyte est faite sur l’échantillon prélevé
dans le cristallisoir dans lequel la cellule fluidique a été assemblée, comme indiqué plus
haut. Puis la solution contenue dans la cellule est analysée après les mesures optiques,
de manière à contrôler si elle a évolué en fonction de son environnement (évaporation
d’un solvant, interaction avec la surface de la puce, pollution...). La comparaison des

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 2.3. PROCÉDURE EXPÉRIMENTALE CHAPITRE 2

Fig. 2.11 : Réfractomètre ATR-L de marque Schmidt+Haensch utilisé pour mesurer

les indices de réfraction, et mesures pour des solutions usuelles. La gamme de travail
typique des CPs est de 850 à 980 nm.

deux mesures permet de contrôler la stabilité de l’indice de la solution dans la cellule

fluidique lors de la caractérisation optique de la puce à CPs.

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 CHAPITRE 2 2.3. PROCÉDURE EXPÉRIMENTALE

2.3.4 Normalisation des spectres de micro-réflectivité

Lors de nos caractérisations optiques, nous cherchons à mesurer la réponse spec-

trale RCP (λ) de nos échantillons. Or le spectre brut de micro-réflectivité Imesure CP (λ)
mesuré n’est pas exploitable en l’état, car c’est le produit de la réponse spectrale avec
le spectre du faisceau incident Iincident (λ), comme l’indique l’équation 2.3 :

Imesure CP (λ) = Iincident (λ) × RCP (λ) (2.3)

Pour obtenir RCP (λ), il faut donc connaitre le spectre du faisceau incident. Ce-
pendant ce dernier est difficilement mesurable par une mesure classique de réflectivité
sur un miroir de référence, car en changeant ainsi d’échantillon on change les conditions
d’alignement du banc. En effet, l’échantillon n’étant jamais parfaitement horizontal, le
faisceau réfléchi peut être très légèrement dévié de l’axe optique. Ce léger désaxement
suffit à modifier l’injection du faisceau réfléchi dans la fibre de collecte de l’analyseur
de spectre, ce qui a une influence sur le spectre mesuré. Pour surmonter cette difficulté,
nous effectuons deux mesures supplémentaires.

Premièrement, on mesure le spectre de micro-réflectivité Iµ substrat (λ) sur le sub-

strat dans les mêmes conditions d’alignement. Ce spectre est le produit de la réponse
spectrale du substrat Rsubstrat (λ) par le spectre du faisceau incident, comme l’indique
l’équation 2.4 :

Iµ substrat (λ) = Iincident (λ) × Rsubstrat (λ) (2.4)

Secondement, on mesure le spectre de réflectivité du substrat sur un banc de

macro-réflectivité séparé (taille du spot ≈ 2 mm), non sujet aux contraintes d’aligne-
ment. A partir de ces trois mesures, il est facile de déduire la réponse spectrale RCP (λ)
en utilisant la relation 2.5 :

Imesure CP (λ)
RCP (λ) = × Rsubstrat (λ) (2.5)
Iµ substrat (λ)

Grâce à cette technique de normalisation, il est possible de mesurer avec une plus
grande rigueur la longueur d’onde de résonance de nos capteurs photoniques. Dans la

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 2.4. STABILITÉ ET REPRODUCTIBILITÉ CHAPITRE 2

partie suivante, nous étudierons la stabilité et la reproductibilité du banc optique, qui

doivent garantir que les mesures de décalage spectral ne sont pas entachées d’erreurs
dues au système de mesure.

2.4 Stabilité et reproductibilité

Nous utilisons le banc de caractérisation pour mesurer le décalage spectral de

nos capteurs photoniques en réponse à une variation d’indice. Toute autre perturbation
du spectre mesuré est donc une erreur qui entache la mesure. Parmi les perturbations
possibles, on peut notamment citer la variation d’indice de réfraction du CP et de
l’analyte avec la température, qu’on peut quantifier avec un suivi de la température,
en connaissant l’évolution de l’indice de l’analyte grâce au réfractomètre. La stabilité
du spectre d’émission de la SLED et de la fonction de transfert du montage sont
également susceptibles d’évoluer avec la température ; les vibrations mécaniques, le
bruit de mesure de l’analyseur de spectre sont également sources d’instabilité et de
fluctuation du spectre mesuré.

D’autre part, la mesure du décalage spectral se déduit de la comparaison de deux

spectres dans deux analytes. Nous cherchons à détecter de très faibles décalages, nous
sommes donc fortement dépendants de la reproductibilité des mesures, qui doivent être
pratiquées dans les mêmes conditions. Or le fait de changer d’analyte dans la cellule
fluidique peut introduire de la pollution qui change sa composition. La préparation
et la manipulation de l’échantillon doit donc être extrêmement précautionneuse. De
plus, lors de la mesure du second spectre l’échantillon doit être positionné de la même
manière, et le faisceau d’excitation doit être placé rigoureusement au même endroit que
lors de la première mesure. C’est pourquoi nous avons voulu quantifier la stabilité et
la reproductibilité de notre système de détection, afin d’en contrôler la justesse et la
précision.

2.4.1 Stabilité de la résonance en milieu liquide

Nous avons dans un premier temps évalué la stabilité de la mesure de résonance

dans une solution homogène. Pour cela, nous avons suivi la résonance d’un CP dans

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 CHAPITRE 2 2.4. STABILITÉ ET REPRODUCTIBILITÉ

de l’eau déionisée pendant 20 min. On négligera la variation d’indice de réfraction de

l’analyte avec la température, puisque les variations de température sont inférieures au
dixième de degré Celsius.

Les spectres de résonance ainsi mesurés sont présentés sur la figure 2.12. On
observe que la position de la résonance est très stable, tandis que des interférences
périodiques sur tout le spectre semblent instables. Au niveau de la résonance, les spectres
sont contenus dans une bande de ∆λgamme ≈ 0.01 nm de largeur. On n’observe aucune
dérive continue, la répartition des valeurs des résonances mesurées apparait aléatoire.
Les interférences périodiques sont dues à l’effet Fabry-Perot dans l’analyte (oscillations
de période ≈ 0.3 nm) et la lamelle de la cellule fluidique (période ≈ 1.7 nm). Leur
instabilité est attribuée aux variations de température, même minimes, qui impactent
le spectre incident et l’épaisseur des couches optiques.

Fig. 2.12 : Spectres de micro-réflectivité dans l’eau déionisée, montrant la stabilité de

la mesure de la résonance sur 20 min. La résonance est contenue dans une bande de
≈ 0.01 nm de largeur. Les interférences de Fabry-Perot visibles hors de la résonance
sont instables.

On peut estimer que l’impact des conditions extérieures sur la mesure de la

résonance est de :

δλstabilité = ±∆λgamme ≈ ±0.01 nm

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 2.4. STABILITÉ ET REPRODUCTIBILITÉ CHAPITRE 2

2.4.2 Reproductibilité de la mesure de résonance

Les mesures présentées dans cette section ont été effectuées par Mubdiul Islam
Rizu (étudiant à l’ENS Cachan) pendant son stage de Master 2 au laboratoire.

Nous avons ensuite souhaité quantifier l’erreur de reproductibilité de la mesure

de résonance, causée par la pollution des échantillons lors de l’assemblage des cellules
fluidiques, et par les réglages du banc de caractérisation. Pour cela, nous avons mesuré le
spectre de résonance d’un cristal photonique à deux reprises, selon le protocole suivant :

1. Mise en place d’une cellule fluidique contenant de l’eau déionisée ;

2. mesure d’un premier spectre de micro-réflectivité ;

3. démontage de la cellule fluidique et nettoyage de la puce ;

4. mise en place d’une nouvelle cellule fluidique avec la même solution ;

5. mesure du second spectre.

Si la reproductibilité de la mesure était parfaite, les deux spectres ainsi obtenus seraient
identiques. La comparaison des deux mesures expérimentales nous donne donc la gamme
de reproductibilité. Nous avons représenté les deux spectres d’un cristal sur la figure 2.13.
On observe un très bon recouvrement des spectres, avec un décalage spectral inférieur
à 0.004 nm.

Nous avons opéré ce protocole sur quinze CPs différents appartenant à la même
puce afin d’obtenir une information statistique. Le décalage moyen entre deux mesures
est de ∆λ ≈ 6 × 10−5 nm sur les quinze mesures, ce qui est négligeable ; l’écart-type est
de σreproductibilité = 0.03 nm. On peut ainsi estimer que l’erreur de reproductibilité du
décalage spectral est de :

δreproductibilité = ±σreproductibilité = ±0.03 nm

On y ajoute l’erreur de stabilité pour obtenir la résolution de notre capteur δλ :

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 CHAPITRE 2 2.5. CONCLUSION

Fig. 2.13 : Comparaison des spectres de micro-réflectivité d’un CP dans deux cellules
fluidiques successives contenant de l’eau déionisée, montrant la reproductibilité de la
mesure. Le décalage spectral entre ces deux spectres est inférieur à 0.004 nm.

δλ = δstabilité + δreproductibilité = ±0.04 nm

Cette valeur constitue le décalage spectral minimal que l’on peut détecter sur
un cristal photonique entre deux mesures (typiquement, d’une solution par rapport à
une autre, ou avant/après mise en présence de biomolécules). Compte tenu de notre
objectif de détecter des décalages autour de 0.1 nm, notre stabilité et notre reproducti-
bilité sont suffisamment bonnes pour obtenir des résultats significatifs, ce qui valide la
fonctionnalité de notre banc de caractérisation.

2.5 Conclusion

Dans ce chapitre, nous avons décrit le banc de micro-réflectivité en milieu liquide,

et les procédures expérimentales rigoureuses développées pendant la thèse pour la carac-
térisation de nos capteurs à cristaux photoniques. Le banc optique permet d’exciter les
structures en incidence normale avec un faisceau gaussien de rayon de gorge w0 = 35 µm
dont la polarisation est contrôlée, et de mesurer leur spectre de micro-réflectivité. Nous

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 2.5. CONCLUSION CHAPITRE 2

avons démontré l’efficacité de l’excitation en mesurant des spectres caractéristiques de

résonances de Fano.

Nous avons développé les procédures de nettoyage et de préparation de cellule

fluidique pour travailler en milieu liquide. Nous avons ensuite mesuré la stabilité du
signal à 0.01 nm et la reproductibilité entre deux mesures à 0.03 nm, ce qui nous permet
de mesurer un décalage spectral d’une résonance jusqu’à 0.04 nm.

Dans le chapitre suivant, nous présenterons l’étude des CPs individuels en ma-
tière de sensibilité à l’indice de réfraction effectuée sur ce banc optique. Les perfor-
mances expérimentales de nos capteurs seront comparées à l’état de l’art. L’application
à la détection de biomolécules sera également présentée.

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 Chapitre 3

Capteurs à cristaux photoniques

pour application dans la
biodétection

Sommaire
3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
3.2 Conception des capteurs à cristaux photoniques . . . . . . . 61
3.2.1 Caractéristiques recherchées des capteurs optiques . . . . . . 61
3.2.2 Conception des structures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
3.2.3 Comparaison avec l’état de l’art . . . . . . . . . . . . . . . . 68
3.3 Réalisation expérimentale des cristaux photoniques . . . . . 72
3.3.1 Fabrication . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
3.3.2 Caractérisation structurale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
3.4 Démonstration expérimentale de la transduction optique . . 75
3.5 Application à la détection surfacique . . . . . . . . . . . . . . 79
3.5.1 Détection d’une monocouche de BSA . . . . . . . . . . . . . . 79
3.5.2 Sensibilité surfacique théorique . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
3.5.3 Détection spécifique de streptavidine . . . . . . . . . . . . . . 88
3.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95

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 3.1. INTRODUCTION CHAPITRE 3

3.1 Introduction

Comme nous l’avons vu dans le chapitre 1, nos capteurs à cristaux photoniques

doivent présenter de bonnes performances de détection, tout en étant compatibles avec
l’application finale visée de lecture sans lentille, ainsi qu’une fabrication « bas-coût »
avec des procédés standard de la microélectronique. Ces multiples contraintes consti-
tuent un défi important pour la conception et la fabrication de tels dispositifs.

Ce chapitre est consacré à la conception et à l’étude des performances des cris-

taux photoniques. Après un rappel des principales propriétés et figures de mérite qui
caractérisent ces structures, nous présenterons l’architecture originale à double période
qui a été mise au point pour satisfaire toutes les conditions énoncées ci-dessus, ainsi
que la réalisation expérimentale des puces photoniques.

L’étude expérimentale des performances des capteurs a été menée sur le banc
optique qui a été présenté dans le chapitre 2, et fera l’objet des dernières parties de ce
chapitre. Deux types d’études seront présentées : nous étudierons d’abord la sensibilité
des CPs à l’indice de réfraction de l’analyte environnant, afin d’en déduire la figure de
mérite expérimentale de nos capteurs. Nous mesurerons ensuite la réponse des structures
à la présence d’une couche mince de molécules à leur surface, dans le but de démontrer
les performances de nos capteurs pour la biodétection.

3.2 Conception des capteurs à cristaux photoniques

3.2.1 Caractéristiques recherchées des capteurs optiques

Le principe de transduction de nos capteurs est de détecter une faible variation

d’indice de réfraction. Nous utiliserons donc des structures résonantes, dont le décalage
spectral de la résonance permet de mesurer cette variation d’indice. L’amplitude du
décalage doit être la plus élevée possible pour obtenir la plus grande sensibilité. On
recherche donc des structures qui maximisent l’interaction lumière-matière, à la surface
des structures, là où des biomolécules seront capturées.

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 CHAPITRE 3 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS
À CRISTAUX PHOTONIQUES

(a) (b)

Fig. 3.1 : Illustration de l’influence du facteur de qualité dans le cas d’un décalage spec-
tral : spectres de transmission montrant une résonance à ( a) faible et ( b) haut facteur
de qualité, avant et après décalage spectral de 1 nm, et signal différentiel correspondant
(courbes bleues). Le signal différentiel maximal est de 14 % pour le faible facteur de
qualité (Q = 100), et de 82 % pour le haut facteur de qualité (Q = 1000).

De plus, les résonances doivent être les plus fines possibles pour que leur décalage
spectral se traduise en une forte variation d’intensité. Afin d’illustrer cela, nous avons
reporté dans la figure 3.1 les spectres de transmission correspondant à deux résonances,
pour un facteur de qualité de 100 (3.1a) et de 1000 (3.1b). Nous y avons superposé
les mêmes spectres décalés de 1 nm, qui pourraient correspondre à une détection de
biomolécules. Pour mieux estimer la variation de transmission liée à la biodétection,
nous avons aussi tracé la différence d’intensité entre les deux spectres pour ces deux
configurations. Pour le faible facteur de qualité, la variation d’intensité maximale est
de ∆I < 14 %, alors que pour le haut facteur de qualité, la variation d’intensité est 6
fois plus élevée. Aussi l’amplitude de la variation du signal est d’autant plus grande que
le facteur de qualité est élevé. On peut également montrer que la variation du signal
mesuré en fonction du décalage spectral est d’autant plus abrupte que le facteur de
qualité est élevé, ce qui est avantageux pour la sensibilité d’un système de mesure en
intensité.

Les cristaux photoniques sont des structures qui répondent à ces deux enjeux :
la versatilité de leur conception permet une ingénierie de la répartition du mode, lo-
calisé proche de la surface avec un très haut facteur de qualité. Cette approche est
complémentaire des structures plasmoniques, qui permettent de confiner le mode à la
surface et donc de le rendre très sensible à la présence d’analytes, mais dont le facteur
de qualité est plus faible, limité à quelques dizaines [31].

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 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS À CRISTAUX PHO- CHAPITRE 3
TONIQUES

Pour évaluer les performances optiques de nos structures et les comparer à

d’autres dispositifs de la littérature, on peut utiliser la sensibilité volumique S, ex-
primée en nm · RIU−1 :

∆λ
Sv =
∆n

Où ∆n est la variation de l’indice de réfraction entre deux analytes, et ∆λ le dé-

calage spectral de la résonance correspondant. La sensibilité volumique caractérise donc
l’amplitude du décalage spectral induit par une variation d’indice. Elle tient compte de
la répartition du mode (fraction de l’intensité dans les trous), et constitue une valeur
numérique simple pour comparer deux structures entre elles.

Cependant la sensibilité volumique n’est pas suffisante pour décrire les perfor-
mances optiques d’un capteur, car elle ne tient pas compte du facteur de qualité Q.
Il faut également tenir compte de la gamme de longueur d’onde de résonance λ0 : en
effet, plus la longueur d’onde est faible, et plus un décalage spectral donné est significa-
tif. Pour prendre en considération ces trois paramètres on introduit alors une nouvelle
grandeur, appelée « figure de mérite » ou F OM , exprimée en RIU−1 :

S×Q
F OM =
λ0

Cette grandeur, souvent utilisée dans la littérature [22, 31], permet de comparer
les performances de différents dispositifs optiques entre eux et d’en déduire leur potentiel
en matière de détection optique. Nous verrons dans la section suivante comment nous
avons conçu nos cristaux photoniques pour optimiser cette F OM .

3.2.2 Conception des structures

La conception des structures présentées dans cette section, ainsi que les simula-
tions numériques présentées dans cette thèse, ont été effectuées par Taha Benyattou.

Nous recherchons un mode photonique avec les meilleures performances de détec-

tion de molécules. Nous devons donc sélectionner un mode dont la répartition du champ

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 CHAPITRE 3 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS
À CRISTAUX PHOTONIQUES

est la plus appropriée, c’est-à-dire concentrée à l’intérieur des trous, au plus près de
la surface. En outre, les résonances doivent être suffisamment fines pour maximiser la
F OM . Comme nous l’avons vu dans le chapitre 1, le mode doit également être excitable
en incidence normale.

Enfin, la conception des structures doit être compatible avec les technologies
de fabrication à bas coût basées sur le silicium, notamment la lithographie deep-UV.
Nous avons vu dans le chapitre 1 que nous avons choisi d’utiliser des plaques de SOI
(Silicon On Insulator), et de travailler à une longueur d’onde autour de 950 nm. Or ce
choix a des conséquences sur la conception : plus la longueur d’onde est faible, plus les
dimensions des CPs sont faibles, ce qui augmente les contraintes sur la lithographie. En
outre, l’épaisseur de la couche de silicium SOI doit être optimisée pour limiter les pertes
par absorption vers 950 nm tout en permettant un fort confinement du mode dans la
structure.

Pour obtenir une structure ayant les propriétés photoniques désirées, nous nous
appuierons sur un CP constitué d’un réseau carré de trous ronds, schématisé sur la
figure 3.2a. Le diagramme de bandes associé, calculé par simulation FDTD (Finite-
Difference Time-Domain) est représenté sur la figure 3.3a en traits pointillés. Celui-ci
est constitué de deux bandes : la bande rouge représente les modes « diélectriques »,
dont l’intensité est concentrée dans le silicium, et la bande verte représente les modes
« d’air », dont l’intensité est concentrée dans les trous. La zone de Brillouin de ce cristal,
délimitée par les points Γ, X et M , est également représentée en noir sur la figure 3.3b.

Le CP classique possède un mode de lumière lente1 en limite de sa zone de

Brillouin (« mode d’air » sur la figure 3.3a), dont l’intensité est concentrée dans les
trous à l’interface avec le silicium, similairement au champ de la figure 3.4. Cela permet
une forte interaction lumière-matière au voisinage de sa surface. Cependant ce mode
d’air se situe au-dessous de la ligne de lumière (courbe bleue, figure 3.3a), il ne peut
pas être excité en incidence normale (c’est-à-dire au point Γ) et est donc inutilisable
pour notre application.

En introduisant une perturbation dans le réseau cristallin, il est possible de replier

le mode d’air au point Γ. Pour ce faire, on modifie le CP en alternant les rayons des trous
1. La vitesse de groupe d’un mode étant proportionnelle à la pente de la bande à laquelle le mode
appartient, elle est nulle là où la bande est plate.

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 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS À CRISTAUX PHO- CHAPITRE 3
TONIQUES

(a) (b)

Fig. 3.2 : Illustration du concept de cristal photonique à double période dans l’exemple
d’un réseau carré de trous ronds et de période a : ( a) CP « classique » à simple
période constitué de trous de rayon constant R et ( b) avec une double période obtenue
via l’alternance du rayon des trous, R1 et R2 , une rangée sur deux.

(a) (b)

Fig. 3.3 : (a) Diagrammes de bandes du CP classique (pointillés) et du CP à double

période (traits pleins), obtenus par simulation FDTD (Finite-Difference Time-Domain),
avec les paramètres optimisés et (b) zone de Brillouin des CPs classique (en noir) et à
double période (en rouge).

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 CHAPITRE 3 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS
À CRISTAUX PHOTONIQUES

(a) (b) Vue en coupe selon les pointillés de la

sous-figure (a) montrant le confinement
du champ électrique dans les trous

Fig. 3.4 : Simulation RCWA de la répartition de l’intensité du champ électrique, orienté

selon l’axe de polarisation du mode X,
⃗ dans la maille élémentaire d’un cristal photonique
à double période de paramètres optimisés, et excité par une onde plane : ( a) vue dans
le plan du cristal (coupe à mi-épaisseur), et ( b) vue en coupe verticale dans un trou
suivant l’axe Y⃗ (le plan de coupe est représenté en pointillés sur la figure (a)).

R1 et R2 une ligne sur deux, comme schématisé sur la figure 3.2b. Cette perturbation
a pour effet de doubler la période du cristal, et donc de diviser par deux sa zone de
Brillouin, qui s’étend maintenant jusqu’au point X ′ . Celle-ci est représentée en rouge
sur la figure 3.3b. La conséquence de cette « double période » est que les bandes sont
repliées par symétrie autour du point X ′ , comme illustré sur la figure 3.3a. Le mode
d’air est ainsi replié au point Γ, et devient excitable en incidence normale.

Le facteur de qualité de la résonance est contrôlé par le rapport R2/R1 . Plus ce

rapport se rapproche de 1, plus le facteur de qualité augmente. Le contrôle technologique
précis de ce rapport va nous permettre d’obtenir de fines résonances.

Le mode d’air possède une répartition de champ concentrée au voisinage de

l’interface entre le silicium et le milieu ambiant, il est donc particulièrement indiqué
pour détecter des molécules greffées à la surface du CP. La figure 3.4 représente la

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 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS À CRISTAUX PHO- CHAPITRE 3
TONIQUES

répartition de l’intensité du champ électrique dans une maille élémentaire du CP à

double période, obtenue par simulation RCWA (Rigourous Coupled-Wave Analysis). Le
mode est majoritairement polarisé selon l’axe X.⃗ On peut voir sur la figure que le champ
est concentré majoritairement en deux lobes à l’intérieur des trous. Nous avons donc
un bon recouvrement avec le volume dans lequel des molécules peuvent être piégées.
Ce mode permet ainsi une forte interaction lumière-matière et garantit une détection
efficace de molécules adsorbées en surface.
Ce type de CPs a été notamment utilisé dans la thèse de Laurent Milord, en tirant parti
de la concentration de la lumière à l’intérieure des trous pour fabriquer des nano-pinces
optiques [97, 98]

En fixant la longueur d’onde de travail à 950 nm, on peut calculer les dimensions
de nos CPs. Les dimensions optimales pour obtenir un facteur de qualité voisin de 1000
sont ainsi les suivantes (pour l’architecture de la figure 3.2b) :

• période : a = 300 nm ;

• rayons : R1 = a/3 = 100 nm et R2 = 0.9 × R1 = 90 nm ;

• épaisseur de la couche de silicium SOI : 58 nm.

Afin de valider la conception de nos structures, nous avons calculé des spectres
de réflectivité d’un CP excité par une onde plane par simulation RCWA. Le spectre
dans l’eau déionisée (neau DI = 1.328) est représenté en bleu sur la figure 3.5. On peut
y voir une résonance bien marquée avec un profil de Fano. Un ajustement numérique
permet d’extraire la longueur d’onde de résonance et le facteur de qualité :

λeau DI = 947.6 nm et Qeau DI ≈ 1300

Ce spectre confirme ainsi qu’il est possible d’exciter nos structures en milieu
aqueux en incidence normale avec une bonne finesse de résonance.

On peut également calculer la sensibilité volumique des structures en simulant

un autre spectre dans l’éthanol (néthanol = 1.357), représenté en rouge sur la figure 3.5.
La résonance y est décalée spectralement de 5.8 nm par rapport à l’eau déionisée. Ce

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 CHAPITRE 3 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS
À CRISTAUX PHOTONIQUES

Fig. 3.5 : Spectres de réflectivité dans l’eau déionisée et l’éthanol d’un cristal photo-
nique à double période excité par une onde plane. Dimensions (d’après le schéma de la
figure 3.2b) : e = 58 nm, a = 300 nm, R1 = a/3 = 100 nm, R2 = 90 nm (simulations
RCWA).

décalage ∆λ en fonction de la variation d’indice de réfraction ambiant ∆n nous donne

ainsi la sensibilité volumique :

∆λ
S= = 200 nm · RIU−1
∆n

Ce qui nous permet de calculer notre figure de mérite :

F OM = 274 RIU−1

Ces valeurs seront comparées à celles d’autres dispositifs similaires décrits dans
la littérature dans la section suivante.

3.2.3 Comparaison avec l’état de l’art

Pour comparer nos indicateurs de performance à la littérature, nous choisirons

des références bibliographiques illustrant les principales approches de biodétection op-
tique portable. Cependant, cette simple évaluation numérique n’est pas suffisante pour

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 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS À CRISTAUX PHO- CHAPITRE 3
TONIQUES

évaluer le potentiel des dispositifs pour la biodétection. En effet, au delà des perfor-
mances optiques, d’autres facteurs entrent en ligne de compte, comme la facilité d’émis-
sion, de couplage et de détection de la lumière, la densité d’intégration des structures
et la compatibilité avec la fabrication bas-coût, qui représentent les obstacles majeurs
vers le Point-Of-Care (POC). Ces différents points seront également discutés dans la
comparaison ci-dessous.

Nous avons sélectionné et répertorié dans le tableau 3.1 les références suivantes :
la revue sur la résonance plasmonique de surface (SPR) de Otte et al. [31] ; le capteur
à réseaux plasmoniques de Cetin et al. [37] ; l’anneau à cristal photonique et l’anneau
résonant conventionnel servant de témoin, développés par Lo et al. [78] ; la cavité à CP
à fente de Scullion et al. [76] ; et les réseaux à GMR de Triggers et al. [88] Ces travaux
reposent tous sur le décalage spectral d’un signal optique comme moyen de transduction,
mais ils ont adopté différentes voies vers le POC, et nous allons comparer ci-dessous
les intérêts et les inconvénients de chaque approche. Nous ne considèrerons pas ici les
capteurs interférométriques, car leur principe de fonctionnement diffère des capteurs
résonants, et leur taille limite fortement leur potentiel d’intégration et de multiplexage
malgré leur haute sensibilité.

La SPR est la technique la plus mature, elle est utilisée dans des applications
commerciales, et bénéficie de sa simplicité de fabrication et d’utilisation. Elle présente
des F OM s moyennes allant de 25 RIU−1 à 130 RIU−1 , qui reposent sur de très hautes
sensibilités jusqu’à 13 000 nm · RIU−1 , et des faibles facteurs de qualité de quelques di-
zaines. Mais le potentiel de la SPR conventionnelle pour la détection POC est fortement
limité par la taille et le coût des équipements.

L’approche de Cetin et al. tire parti de la miniaturisation de nombreux réseaux

plasmoniques excitables en parallèle en incidence normale. Leur F OM de 28 RIU−1 reste
limitée, car leur sensibilité de 621 nm · RIU−1 est inférieure à la SPR conventionnelle
(même si elle reste supérieure aux transducteurs diélectriques), et les résonances restent
larges (Q ∼ 30). Les résonances plasmoniques dans le visible permettent cependant une
détection par caméra CMOS, compatible avec une application bas-coût. La proximité
des capteurs à la caméra élimine le besoin de lentilles et d’alignement optique, ce qui
est essentiel pour la robustesse d’utilisation du dispositif.

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 CHAPITRE 3 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS
À CRISTAUX PHOTONIQUES

Type de S FOM
Référence Q λ0 (nm)
structure (nm · RIU−1 ) (RIU−1 )
Otte et
SPR 1000-
al., 15-9.5 600-950 25-130
conventionnelle 13 000
2010 [31]
Cetin et
Micro-réseaux
al., 621 ∼ 30 675 28
plasmoniques
2014 [37]
Anneau résonant
Lo et al., 111 ∼ 35 000 1555 2498
témoin
2017 [78]
Anneau résonant à
248 ∼ 1200 1625 183
CP
Cavité à CP à Scullion
500 (théo-
fente (largeur et al., 3000 1550 968
rique)
120 nm) 2011 [76]
Résonance de
Triggs et
mode guidé
al., 137 ∼ 420 840 69
(GMR) dans un
2017 [88]
réseau en Si3 N4
Cavité à CP
Ce travail 200 1300 950 274
(théorique)

Tab. 3.1 : Tableau comparatif des performances optiques de différents dispositifs de

biodétection. S : sensibilité volumique ; Q : facteur de qualité ; λ0 : longueur d’onde de
résonance ; F OM : figure de mérite

L’approche diélectrique permet d’obtenir des F OM s beaucoup plus élevées, grâce

à l’utilisation de résonateurs qui présentent des facteurs de qualité beaucoup plus hauts
que les dispositifs plasmoniques. Par exemple, l’anneau résonant conventionnel de Lo
et al. présente une F OM de 2498 RIU−1 grâce à un très grand facteur de qualité de
∼ 35 000. En contrepartie, sa sensibilité de 111 nm · RIU−1 est peu élevée à cause du
faible volume d’interaction de la lumière avec l’analyte. Les auteurs ont donc ajouté un
cristal photonique dans l’anneau, ce qui a pour effet d’augmenter le volume d’interaction
lumière-matière et par conséquent augmenter la sensibilité de plus d’un facteur deux, au
détriment du facteur de qualité qui tombe à ∼ 1200, et de la F OM réduite à 183 RIU−1 .

La cavité à fente dans un CP 2D de Scullion et al. présente la deuxième meilleure

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 3.2. CONCEPTION DES CAPTEURS À CRISTAUX PHO- CHAPITRE 3
TONIQUES

F OM de notre corpus, d’une valeur de 968 RIU−1 . La fente permet un fort recouvrement
du mode photonique et de l’analyte, et produit une grande sensibilité de 500 nm · RIU−1 ,
tout en conservant un fort facteur de qualité de 3000. De plus, la petite taille des cap-
teurs permet une intégration dense de nombreux capteurs sur puce. Mais les perfor-
mances de ce type de structure sont fortement dépendantes des dimensions des fentes
(ici 120 nm). La reproductibilité de la lithographie deep-UV est donc critique pour ob-
tenir une bonne homogénéité des performances à l’échelle de la puce.

Les transducteurs diélectriques décrits ci-dessus sont excités par des guides
d’onde, dans lesquels le couplage de la lumière est difficile, ce qui reste un verrou
technologique pour les dispositifs POC. D’autre part, ils utilisent le silicium comme
matériau guidant, ce qui impose de travailler dans sa gamme de transparence dans l’in-
frarouge. Les sources et les détecteurs de lumière dans ces longueurs d’onde sont chères
et difficilement intégrables, et constituent un autre obstacle majeur vers le POC.

Les réseaux à GMR en Si3 N4 de Triggers et al. répondent à ces enjeux. Malgré
une faible F OM de 69 RIU−1 due à sa sensibilité et son facteur de qualité moyens
(respectivement 137 nm · RIU−1 et 420), ce dispositif a l’avantage de ne pas nécessiter
d’alignement optique, et d’acquérir l’information spectrale par une caméra en silicium.
Toutefois le contraste d’indice entre le nitrure et le substrat de verre est faible, ce qui
limite les performances optiques ; et d’autre part, les structures ne sont pas suffisamment
miniaturisées pour offrir la possibilité d’un multiplexage.

Le système à cristaux photoniques que nous proposons répond à tous les enjeux
cités précédemment : sa F OM de 274 RIU−1 est bonne en comparaison avec les autres
capteurs diélectriques, et excellente comparée aux capteurs basés sur la SPR. Parmi
les trois dispositifs du corpus excitables en incidence normale (avec les micro-réseaux
plasmoniques et les réseaux à GMR), notre système possède la meilleure F OM . Par
ailleurs, on peut constater que les F OM s du corpus dépendent majoritairement du fac-
teur de qualité, tandis que la sensibilité est toujours de l’ordre de quelques centaines de
nm · RIU−1 . La tendance est donc généralement de maximiser le facteur de qualité pour
maximiser la F OM . Or dans notre approche, le facteur de qualité répond à des impéra-
tifs technologiques, et pourrait être largement augmenté en augmentant le rapport de
rayons R2/R1 des trous des CPs, ce qui augmenterait sensiblement leur F OM .

En ce qui concerne le système de détection global, notre approche répond à tous

les critères du POC : l’excitation se fait aisément en incidence normale, avec une source

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 CHAPITRE 3 3.3. RÉALISATION EXPÉRIMEN-
TALE DES CRISTAUX PHOTONIQUES

de fine largeur spectrale, mais il existe des solutions utilisant des sources plus larges de
type LED à très bas-coût. Le signal est mesuré avec une simple caméra CMOS sans
lentilles, en parallèle sur plus de mille capteurs, ce qui constitue un atout majeur pour
le multiplexage. Enfin, le compromis sur la gamme de longueur d’onde dans le proche
infrarouge permet d’utiliser des matériaux entièrement compatibles avec l’industrie du
silicium, et donc avec une fabrication de masse à bas-coût. Ainsi, en plus des bonnes
performances optiques essentielles pour la biodétection, notre système se positionne
comme une voie sérieuse pour répondre aux besoins du POC.

3.3 Réalisation expérimentale des cristaux photo-

niques

Dans cette partie, nous présentons d’abord le procédé de fabrication de nos struc-
tures, puis leur caractérisation structurale par microscopie électronique à balayage. Nous
nous concentrons sur des cristaux photoniques sur substrat de silicium afin d’étudier
leurs propriétés optiques, que nous étudierons par micro-réflectivité.

3.3.1 Fabrication

Les échantillons ont été réalisés à Grenoble par le CEA-Leti, sous la direction de
Maryse Fournier, partenaire du projet CLIPO. Certains échantillons ont été fabriqués
par photolithographie deep-UV dans le cadre du projet, afin de démontrer la compa-
tibilité de nos puces avec la fabrication à grande échelle. Mais dans ce chapitre nous
étudierons uniquement les échantillons fabriqués en lithographie électronique. Cette
technique, bien que plus coûteuse, est plus facile et rapide à mettre en œuvre pour
fabriquer des motifs de très petites dimensions, et garantit ainsi la bonne performance
des structures photoniques.

Les étapes de la fabrication sont schématisées sur la figure 3.6. Les puces sont
fabriquées à partir de plaques SOI de 200 mm de diamètre, constituées d’une couche de
silicium (couche SOI) de 220 nm d’épaisseur, sur une couche de silice enterrée (Burried
OXide, ou BOX) de 2 µm, elle-même sur un substrat épais de silicium (figure 3.6a).

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 3.3. RÉALISATION EXPÉRIMENTALE DES CRISTAUX CHAPITRE 3
PHOTONIQUES

(a) (b) (c)

(d) (e) (f)

Fig. 3.6 : Étapes de fabrication des cristaux photoniques : (a) schéma d’une plaque de
SOI (Silicon on Insulator) ; (b) amincissement de la couche SOI par oxydation thermique
et gravure chimique partielle de l’oxyde. La silice ainsi formée servira de masque dur
pour la gravure du silicium sous-jacent ; (c) dépôt de résine et transfert des motifs par
lithographie électronique (balayage d’un faisceau d’électrons) ; (d) développement de la
résine insolée ; (e) gravure sèche du masque dur et (f) gravure sèche de la couche SOI
pour former le CP. La fabrication a été réalisée avec le savoir-faire des équipes de salle
blanche et de filière du CEA-Leti (Grenoble).

La couche SOI est d’abord amincie à 58 nm par oxydation thermique (figure 3.6b). Ce
procédé permet de contrôler précisément l’épaisseur de la couche SOI restante après
oxydation. La silice ainsi formée, après réduction de son épaisseur à 80 nm par gravure
chimique, servira de masque dur pour la gravure de la couche SOI.

On dépose ensuite une couche de résine électro-sensible, puis on transfère les

motifs des CPs dans la résine par lithographie électronique (figure 3.6c). Après dé-
veloppement de la résine insolée (figure 3.6d), on grave le masque dur par gravure
RIE (Reactive Ion Etching, gravure ionique réactive) en utilisant un mélange de gaz
CF4 /O2 (figure 3.6e). On grave ensuite le silicium de la couche SOI par gravure ICP-
RIE (Inductively Coupled Plasma, plasma à couplage inductif) avec un mélange de gaz
CL2 /He–O2 /HBr/CF4 (figure 3.6f). On obtient ainsi les motifs des CPs gravés dans le
silicium.

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 CHAPITRE 3 3.3. RÉALISATION EXPÉRIMEN-
TALE DES CRISTAUX PHOTONIQUES

(a) (b)

Fig. 3.7 : Imagerie par microscopie électronique à balayage (MEB) de cristaux photo-
niques à double période fabriqués par lithographie électronique : (a) vue de dessus, mon-
trant l’alternance des rayons des trous R1 = 99 nm et R2 = 90 nm (période a = 300 nm)
et (b) vue en coupe inclinée à 30° illustrant la verticalité des parois des trous et leur
faible rugosité (image du CEA-Leti). La période du cristal est autour de 300 nm.

3.3.2 Caractérisation structurale

La figure 3.7 présente l’imagerie de nos échantillons par microscopie électronique

à balayage (MEB). La figure 3.7a représente une vue de dessus d’un cristal photo-
nique à double période. Elle montre que les trous sont régulièrement espacés, et les
périodes horizontale et verticale sont égales à 300 nm. On peut reconnaitre l’alternance
de rangées de grands trous de rayon moyen R1 = 99 nm et de petits trous de rayon
moyen R2 = 90 nm. Les dimensions ont été évaluées par analyse statistique avec le
logiciel ImageJ. Ces valeurs sont en accord avec les paramètres de l’architecture de
base présentée dans la section 3.2.2. Nous avons également varié ces dimensions pour
fabriquer une gamme de cristaux photoniques de périodes allant de 288 nm à 307 nm,
en respectant les mêmes rapports rayons/période. On peut constater en outre que les
trous sont légèrement polygonaux, ce qui est expliqué par la forme polygonale des motifs
programmés dans le masque de lithographie.

La figure 3.7b représente une image MEB d’un cristal vu en coupe inclinée à 30°.
On y voit trois couches différentes, dont deux sont gravées. La couche la plus en surface
est le résidu de masque dur en silice conservé après la gravure. La couche inférieure est
le silicium de la couche SOI, dans laquelle est gravé le CP, et qui repose sur la silice

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 3.4. DÉMONSTRATION EXPÉRIMENTALE DE LA CHAPITRE 3
TRANSDUCTION OPTIQUE

BOX. On peut voir que les parois des trous sont bien verticales, et de faible rugosité.

Les caractérisations structurales ont montré la bonne conformité de la forme et

des dimensions des trous des CPs modulo la résolution du MEB, nous pouvons donc va-
lider la fabrication. Dans la partie suivante, nous mesurerons la sensibilité volumique de
nos capteurs en comparant leurs spectres de micro-réflectivité dans différents analytes.

3.4 Démonstration expérimentale de la transduc-

tion optique

Dans cette partie, nous allons mesurer expérimentalement le décalage de la lon-

gueur d’onde de résonance de nos dispositifs en fonction de l’indice de réfraction du
milieu homogène ambiant. Pour cela, plusieurs analytes ont été successivement utilisés
pour varier les indices. Nous avons étudié des solutions d’eau déionisée avec des solvants,
puis avec du glucose.

Nous allons d’abord étudier le décalage spectral de la résonance entre l’eau déio-
nisée et l’éthanol. La figure 3.8 représente le spectre de micro-réflectivité d’un CP dans
les deux solutions. Ces spectres sont caractéristiques d’une résonance de Fano fine, avec
un facteur de qualité de Q ≈ 800. Leur minimum de réflectivité est très proche de 0, ce
qui est témoin d’un bon couplage avec le faisceau d’excitation. On peut remarquer des
oscillations sur les spectres, qui sont dues aux interférences dans la lamelle de verre de
la cellule fluidique (oscillations de période d’environ 1 nm) et dans la fine épaisseur de
solution dans la cellule (oscillations à plus haute fréquence, peu visibles).

En comparant les figures 3.5 et 3.8, on peut voir que les résonances expérimen-
tales sont décalées d’une cinquantaine de nanomètres par rapport à la simulation. Ce
décalage peut être expliqué par les variations de dimensions expérimentales par rapport
à la conception. Premièrement, l’épaisseur du silicium de la couche SOI est plus faible
que prévu ; ensuite, les rayons des trous proposés dans la section 3.3.2 sont mesurés
avec une incertitude de 5 nm correspondant à la taille du faisceau du MEB, à laquelle
s’ajoute l’incertitude due à la binarisation des images MEB par le logiciel ImageJ ;
enfin, les traitements de surface préalables aux caractérisations optiques (oxydation-
désoxydation, et UV-ozone, voir section 2.3.1 du chapitre 2) ont pour conséquence une

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 CHAPITRE 3 3.4. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DE LA TRANSDUCTION OPTIQUE

1.0

Micro-réflectivité (u.a.)
0.8

0.6 Δ n = 0.030 RIU

Δ λ = 6.21 nm

0.4
Eau déionisée
Ajustement
0.2
numérique
Éthanol
0.0 Aj. Num.

890 895 900 905 910 915

Longueur d'onde (nm)

Fig. 3.8 : Micro-réflectivité dans l’eau déionisée et dans l’éthanol, et ajustements nu-
mériques permettant d’extraire les longueurs d’onde de résonance.

Eau déionisée Éthanol Différence

Longueur d’onde de résonance 900.1 nm 906.3 nm ∆λ = 6.21 nm
Indice de réfraction 1.326 RIU 1.356 RIU ∆n = 0.030 RIU

Tab. 3.2 : Longueurs d’onde de résonance des spectres de la figure 3.8 et indices de
réfraction des solutions mesurés au réfractomètre.

légère oxydation du silicium. Toutes ces contributions ont pour effet une diminution de
la longueur d’onde de résonance.

Le spectre dans l’éthanol a une forme très semblable au spectre dans l’eau, on
peut ainsi aisément extraire le décalage spectral entre les deux solutions. Les longueurs
d’onde de résonance de chaque spectre sont obtenues par ajustement numérique et sont
consignées dans le tableau 3.2, de même que l’indice de réfraction des solutions. Les
courbes du modèle d’ajustement numérique sont superposées aux spectres expérimen-
taux de la figure 3.8. On déduit de ces mesures une première valeur de la sensibilité
volumique du CP :

S(eau→éthanol) = 207 nm · RIU−1

Nous avons confirmé ce résultat en effectuant des mesures similaires dans l’eau
déionisée puis dans une solution de glucose à 100 g · L−1 sur 24 autres structures : on ob-

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 3.4. DÉMONSTRATION EXPÉRIMENTALE DE LA CHAPITRE 3
TRANSDUCTION OPTIQUE

serve un décalage spectral moyen de 2.83 ± 0.04 nm avec ∆n = 0.013 12 ± 0.000 08 RIU,
soit une sensibilité moyenne de :

S(eau→glucose) = 216 ± 8 nm · RIU−1

La sensibilité volumique mesurée expérimentalement est légèrement plus élevée

que les simulations numériques présentées dans la partie 3.2. Cela peut s’expliquer par
la forme légèrement carrée des trous des CPs. Nous avons en effet simulé la sensibilité
volumique de CPs dans le cas extrême où les trous sont carrés, et avons montré que la
sensibilité était légèrement supérieure. Cette simulation est présentée dans l’annexe A.
Ce résultat permet de valider les bonnes performances des échantillons fabriqués par
lithographie électronique.

Nous pouvons ensuite calculer notre figure de mérite expérimentale :

F OM = 192 RIU−1

La F OM expérimentale est du même ordre de grandeur que les simulations

numériques, bien qu’elle soit pénalisée par le facteur de qualité Q, légèrement plus
faible que la valeur visée. Il serait cependant facile de rehausser le facteur de qualité
en corrigeant les dimensions des CPs, notamment le rapport des rayons R2/R1 . Nos
structures peuvent ainsi se positionner dans l’état de l’art comme des capteurs optiques
performants, qui bénéficient en plus de la facilité de fabrication et de mise en œuvre
nécessaire pour répondre aux besoins et contraintes des applications POC.

On peut également calculer la limite de détection LOD de notre système, qui

est la plus petite variation d’indice optique détectable, définie comme la résolution
du système divisée par sa sensibilité. Comme nous l’avons vu dans le chapitre 2, la
résolution expérimentale, qui tient compte de la stabilité du signal et la reproductibilité
de la mesure du décalage spectral, est de δλ = 0.04 nm. On en déduit alors la LOD :

δλ
LOD = = 1.9 × 10−4 RIU
S

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 CHAPITRE 3 3.4. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DE LA TRANSDUCTION OPTIQUE

Cette valeur de LOD pourrait être améliorée : en effet, elle est limitée par la
reproductibilité de la mesure de décalage spectral, due au réalignement du faisceau
après changement de l’analyte dans la cellule fluidique (voir chapitre 2, section 2.4.2). En
faisant évoluer notre cellule statique vers un montage dans lequel les fluides pourraient
circuler, on éliminerait ce problème de reproductibilité car le faisceau reste dans le
cristal photonique pendant le changement de fluide. On deviendrait alors limité par la
stabilité du signal, que nous avions mesurée à δλstabilité = 0.01 nm dans le chapitre 2.
La nouvelle limite de détection deviendrait donc :

δλstabilité
LODstabilité = = 4.6 × 10−5 RIU
S

Dans ce cas, la LODstabilité devient limitée par le bruit lié à la température.

Ajouter un module de stabilisation thermique permettrait de diminuer l’instabilité de
la mesure spectrale, et donc d’améliorer encore la limite de détection.

Il faut noter que la limite de détection « volumique » peut être utilisée pour com-
parer les performances de différents capteurs, au même titre que la F OM . Cependant
la définition de la résolution diffère selon les auteurs [99], et surtout elle caractérise la
performance de notre banc optique, et donc ne dépend pas uniquement des propriétés
intrinsèques du capteur, ce qui rend la comparaison difficile. C’est pourquoi nous avons
préféré utiliser la F OM pour positionner nos cristaux photoniques avec la littérature.

La sensibilité volumique que nous avons mesurée dans cette partie est une pre-
mière évaluation des performances de nos échantillons, mais ne suffit pas pour décrire
pleinement les performances en matière de biodétection. Elle permet de comparer entre
eux différents capteurs à l’aide de figures de mérite numériques simples. Elle peut éga-
lement être pertinente pour des applications visant la détection de cibles volumineuses,
comme des cellules ou des bactéries, car ces dernières modifient l’indice à grande dis-
tance de la surface. Ce n’est pas notre cas car les trous de nos CPs sont plus petits que
la plupart des bactéries, qui ne peuvent pas pénétrer dans la zone sensible. En revanche,
la détection de virus, d’une taille similaire à celle des trous, pourrait être envisagée.

Nos capteurs sont conçus pour mesurer l’adsorption de molécules à leur surface :
une caractérisation des performances de détection surfacique est donc nécessaire. Dans
la partie suivante, nous présenterons deux expériences de détection surfacique, qui ont

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

pour but de quantifier le décalage spectral des résonances induit par la présence de
molécules à la surface des capteurs. Nous évaluerons ainsi la sensibilité de nos structures
à des phénomènes d’adsorption de molécules à l’interface entre les CPs et l’analyte.

3.5 Application à la détection surfacique

Dans cette partie, nous présenterons les expériences de détection de biomolécules

à la surface de nos cristaux photoniques, réalisées en collaboration avec Yann Chevolot
et Thomas Gehin de l’équipe Chimie et Nanobiotechnologies du laboratoire. Ces expé-
riences se déclinent en deux volets : dans un premier temps, nous décrirons la détection
d’une couche uniforme d’une protéine, la BSA (Bovine Serum Albumin, albumine de
sérum bovin), sur des CPs silanisés. Cette détection non spécifique n’implique pas de
reconnaissance de molécules biologiques, mais constitue un test préliminaire pour me-
surer la sensibilité surfacique de nos CPs. Puis dans un second temps, nous décrirons
la détection spécifique d’une autre protéine, la streptavidine, capturée sur une surface
fonctionnalisée avec de la biotine, qui présente une forte affinité avec la streptavidine.
Ce test représente ainsi la preuve de concept de la détection par bioreconnaissance d’une
molécule organique, qui est un des objectifs principaux de cette thèse.

3.5.1 Détection d’une monocouche de BSA

Dans cette section, nous présenterons l’expérience de détection d’une mono-

couche de BSA à la surface de nos CPs. La BSA (albumine de sérum bovin) est une
protéine utilisée pour divers usages en biologie et biotechnologie. En particulier, elle
sert d’agent de passivation « universel », pour empêcher l’adsorption indésirable de
molécules sur une surface, grâce à sa faible interaction avec les autres protéines et son
fort pouvoir couvrant. La passivation des lames de verre est une de ses principales
utilisations dans l’équipe Chimie et Nanobiotechnologies du laboratoire.

Nous souhaitons tirer parti de cette propriété pour évaluer la sensibilité de nos
cristaux photoniques. Dans une certaine gamme de concentration, la BSA forme une
monocouche relativement dense. Sa masse molaire élevée (MBSA ≈ 66 kDa) en fait une
molécule volumineuse, et son indice de réfraction en couche dense est estimé entre 1.4

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

et 1.5 RIU pour une épaisseur de l’ordre du nanomètre [100]. Elle devrait donc générer
une variation d’indice de réfraction suffisante pour être détectée par nos capteurs.

Étude de l’adsorption de la BSA dans le PBS

Nous avons préparé une solution de BSA dans un tampon phosphate salin (Phos-
phate Buffered Saline, PBS) de concentration standard « 1X »2 . Il s’agit d’une solution
physiologique usuelle contenant différents sels, largement utilisée pour sa compatibilité
avec les molécules biologiques. Toutefois, des tests préliminaires avaient montré que le
PBS grave lentement la surface du silicium des CPs, à une vitesse d’environ 1 nanomètre
par jour. Ces tests sont détaillés dans l’annexe B. Cette gravure du silicium a un impact
sur la longueur d’onde de résonance des CPs, qui diminue progressivement lorsque les
structures sont en contact avec le PBS (cela représenterait un décalage spectral non
négligeable de −0.125 nm sur une expérience de 180 min). Nous avons donc décidé de
protéger la surface des échantillons en y greffant une couche de molécules de silane.

Le greffage du silane sur la surface des échantillons s’appelle la silanisation. C’est

la première étape de la fonctionnalisation, qui est détaillée dans l’annexe C. Nous ver-
rons dans la section 3.5.3 l’intérêt de la silanisation dans le procédé de fonctionnalisation
complet, mais dans les paragraphes qui suivent le rôle de la couche de silane est sim-
plement de ralentir la gravure du silicium par le PBS. Nous espérons ainsi étudier la
cinétique de l’adsorption de la protéine en suivant la longueur d’onde de résonance d’un
CP en temps réel.

Lorsque la BSA s’adsorbe sur un CP, l’indice de réfraction à proximité de sa

surface augmente, et sa longueur d’onde de résonance augmente en conséquence. On
peut donc suivre le processus d’adsorption en enregistrant le spectre de micro-réflectivité
du CP au cours du temps. Nous avons donc placé un échantillon dans une cellule
fluidique contenant du PBS 1X seul, puis à t = 0 dans une nouvelle cellule contenant
une solution de BSA à 10 mg · L−1 dans du PBS 1X, et avons enregistré le spectre
de micro-réflectivité d’un CP en temps réel dans les deux solutions. Ensuite, grâce
au développement d’un algorithme d’ajustement numérique automatisé, nous en avons
extrait la longueur d’onde de résonance.
2. Le PBS 1X est une solution de concentration standard ([N aCl] = 137 mM, [KCl] = 2.7 mM,
[N a2 HP O4 ] = 10 mM, [KH2 P O4 ] = 1.8 mM). Le PBS nX a une concentration n fois supérieure.

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

934.7 Longueur d'onde de résonance (nm) Dans PBS 1X (t<0)

Longueur d'onde de résonance (nm)
1.0

t=0 : Mise en présence de BSA

Ajustement numérique exponentiel Ajustement numérique
Après saturation (t=172 min)
Aj. num.

Micro-réflectivité (u.a.)
934.6 0.8

0.6
934.5 Saturation : λsat = 934.60 nm

0.4 λi = 934.34 nm
934.4 λsat = 934.60 nm
0.2
PBS 1X seul
λi = 934.34 nm
934.3 0.0

0 30 60 90 120 150 180 928 930 932 934 936 938 940
Temps (min) Longueur d'onde (nm)
(a) (b)

Fig. 3.9 : Réponse optique d’un CP mis en présence d’une solution de BSA
de 10 mg · L−1 dans du PBS 1X : (a) suivi temporel de la longueur d’onde de résonance
et (b) spectres de micro-réflectivité dans le PBS 1X (référence, en bleu) et après satura-
tion de l’adsorption de la BSA sur la surface du cristal (à t = 172 min, en rouge). Les
ajustements numériques des spectres sont également représentés (courbes plus sombres).

Les résultats de cette expérience sont représentés sur la figure 3.9. La figure 3.9a
représente l’évolution de la longueur d’onde de résonance du CP au cours du temps. La
résonance est initialement de λi = 934.34 nm dans le PBS (points bleus), puis augmente
progressivement jusqu’à λsat = 934.60 nm après saturation de la surface (points rouges).
Le saut entre les points bleus et rouges correspond au temps nécessaire à la mise en
place de la seconde cellule fluidique et à l’alignement du banc de micro-réflectivité sur le
CP. Les spectres de micro-réflectivité avant mise en présence de BSA et après saturation
de la surface, ainsi que les ajustements numériques correspondants, sont représentés sur
la figure 3.9b.

Le suivi de la résonance de l’échantillon permet de caractériser la cinétique de

l’adsorption de la BSA : un ajustement numérique de croissance exponentielle amor-
tie3 donne une constante de temps de τ ≈ 15 min. La solution utilisée se situe dans
une gamme de concentration permettant théoriquement d’obtenir une monocouche de
BSA ; en outre, le fait qu’on atteigne la saturation de la réponse du cristal conforte
l’hypothèse de la formation de la monocouche. Cette information nous permet d’esti-
mer l’épaisseur de la couche à environ eBSA = 1 nm à partir de la littérature [100].
3. λ(t) − λi = ∆λ × (1−e− τ ) où τ est la constante de temps.
t

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

En effet, les autres méthodes de mesure d’épaisseur de couches minces (microscopie à

force atomique, ellipsométrie, interférométrie...) sont difficiles à mettre en œuvre sur
nos échantillons, du fait de la faible épaisseur de la couche de BSA et de la structuration
de la surface des CPs. Nous exploiterons cette estimation d’épaisseur pour évaluer la
sensibilité surfacique des CPs dans la section 3.5.2.

Étude de l’adsorption de la BSA dans l’eau déionisée

Dans l’expérience ci-dessus, nous avons utilisé le PBS comme milieu de mesure,
ce qui a motivé notre choix de silaniser la surface de l’échantillon pour la protéger
de la gravure indésirable par la solution. Par la suite, nous avons souhaité réitérer
l’expérience en mettant en œuvre la BSA dans de l’eau déionisée, pour s’affranchir
complètement d’un éventuel effet de gravure du PBS. Par ailleurs, nous avons conservé
les autres paramètres identiques (même concentration de BSA et surface de l’échantillon
silanisée). La BSA est compatible avec l’eau déionisée [101], même si elle peut adopter
une différente conformation par rapport au PBS, ce qui n’est pas gênant car on ne
recherche pas de bioreconnaissance spécifique de la protéine.

Dans cette nouvelle expérience, nous avons préparé une puce dans une cellule
fluidique contenant de l’eau déionisée pure, et nous avons mesuré le spectre de micro-
réflectivité de plusieurs CPs. Nous avons ensuite installé une nouvelle cellule fluidique
remplie d’une solution de BSA à 10 mg · L−1 dans de l’eau déionisée, et avons à nouveau
procédé aux mesures optiques. Nous avons ainsi pu mesurer le décalage spectral sur
plusieurs CPs entre l’eau déionisée pure et après saturation de la BSA, et obtenir
une information statistique. Dans cette analyse, le décalage spectral est déterminé de
manière précise grâce à un algorithme de corrélation développé pour cette application,
dont le principe est détaillé dans l’annexe D. Cet algorithme compare deux spectres
de formes très similaires et décalés spectralement, et détermine le décalage spectral
par une analyse de corrélation. Seuls les spectres de micro-réflectivité parfaitement
superposables ont été conservés pour l’analyse statistique, à l’exemple des spectres
représentés sur la figure 3.10a. Les décalages spectraux ainsi mesurés sont reportés sur
la figure 3.10b, dont l’axe des abscisses représente la position des CPs sur l’échantillon
(coordonnée de la ligne).

On peut observer que tous les CPs ne montrent pas la même réponse. En par-

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

1.2

1.0

Décalage spectral (nm)

1.0
Micro-réflectivité (u.a.)

0.8
0.8

0.6
0.6

0.4
0.4

0.2
Eau déionisée (référence) 0.2
0.0 Après saturation
0.0
916 918 920 922 924 926 928 930 932 934 1 5 10 15 20 25 30

Longueur d'onde (nm) Indice du CP (ligne)

(a) (b)

Fig. 3.10 : Mesure du décalage spectral entre l’eau déionisée (référence) et après sa-
turation d’une monocouche de BSA : (a) spectres illustrant la bonne superposition des
mesures et (b) décalage spectral de la résonance de 21 CPs silanisés. Les points bleus
de la figure (b) sont aberrants et ne sont pas pris en compte dans le calcul des valeurs
statistiques.

ticulier, les trois derniers points (représentés en bleu) ont des valeurs anormalement
élevées. Ces structures ont subi un fort décalage spectral, qui pourrait être dû à une
contamination locale de la surface, perturbant l’adsorption de la BSA. Nous n’avons
cependant pas identifié l’origine exacte de cette contamination, car cela demanderait
des analyses chimiques trop avancées. Les autres points (en rouge) sont relativement
homogènes : le décalage moyen mesuré est de ∆BSA−eau DI = 0.44 nm avec un écart-
type de 0.10 nm. L’erreur de mesure est estimée à ±0.06 nm. Ces valeurs sont obtenues
avec un algorithme de corrélation détaillé dans l’annexe D. Les faibles variations sont
attribuées d’une part à une évolution locale de l’état de surface, liée à des contamina-
tions éventuelles induites lors de la manipulation de l’échantillon ; et d’autre part à une
fluctuation de la densité de BSA adsorbée, liée à une fluctuation de la densité de silane
qui pourrait être due à des variations de la rugosité des parois.

Malheureusement, nous n’avons pas pu caractériser la cinétique d’adsorption

dans l’eau déionisée, car notre protocole ne permet pas de mesurer des réactions plus
rapides que la dizaine de minutes. En effet, nous sommes limité par le temps nécessaire
à la fermeture de la seconde cellule fluidique et au réalignement optique du faisceau sur
le CP d’intérêt. La saturation de la surface a été atteinte plus rapidement dans l’eau
déionisée que dans le PBS, et l’évolution temporelle n’a donc pu être mesurée avec

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

précision. On peut supposer que l’adsorption est plus rapide à cause de la différence de
conformation de la molécule. Pour étudier cette cinétique, il faudrait implémenter un
montage fluidique dynamique, dans lequel on pourrait remplacer l’eau déionisée par la
solution de BSA sans perdre l’alignement optique sur le CP étudié.

Le décalage spectral mesuré dans l’eau déionisée est en moyenne plus élevé que
dans le PBS. Cela peut être l’indication de la gravure des CPs par le PBS, qui diminue
la longueur d’onde de résonance au cours du temps, et qui n’aurait pas lieu dans l’eau.
De plus, la BSA n’ayant pas la même conformation dans l’eau et le PBS, l’épaisseur et
la densité de la couche peuvent être différentes dans les deux expériences. Toutefois, le
décalage spectral mesuré dans le PBS (figure 3.9b) est compris dans la gamme des me-
sures dans l’eau déionisée, la différence de réponse peut donc être un hasard statistique,
qu’on pourrait confirmer par des mesures sur de nombreux CPs dans le PBS.

En conclusion, ces deux expériences ont montré que la sensibilité surfacique des
CPs était suffisante pour rendre possible la détection d’un décalage spectral significatif,
tout en s’assurant qu’une monocouche de BSA se forme grâce à la mesure de cinétique.
Dans la section suivante, nous mettrons en perspective cette réponse expérimentale avec
des simulations numériques.

3.5.2 Sensibilité surfacique théorique

Nous avions mesuré dans la section 3.5.1 la sensibilité volumique de nos CPs.
Bien que cette grandeur soit pratique pour comparer les performances de divers dispo-
sitifs, elle décrit le comportement du CP dans différents milieux homogènes, mais ne
caractérise pas l’aptitude du CP à détecter une couche de molécules sur sa surface.

On peut définir une nouvelle grandeur plus applicative, qui quantifie le décalage
spectral de la résonance induit par une couche de molécules greffées à la surface du
CP, d’une densité exprimée en pg · cm−2 . Cette sensibilité « surfacique » s’exprime
alors en nm · pg−1 · cm2 . Elle permet d’évaluer plus directement la performance d’un
biocapteur pour détecter des molécules. Cependant, cette grandeur n’a de sens que pour
une molécule donnée, et peut difficilement être comparée avec la sensibilité à d’autres
molécules, car de nombreux facteurs influencent la sensibilité surfacique sous une telle
définition. Parmi ces facteurs, on peut lister :

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

Fig. 3.11 : Schéma de la simulation d’une couche biologique (en rouge) à la surface
d’un cristal photonique vu en coupe. Dans la simulation, on fait varier l’épaisseur de la
couche entre 0 et 20 nm, et l’indice de réfraction entre 1.40 et 1.50 RIU.

• le poids moléculaire de la molécule, exprimé en Dalton (Da), qui influence l’épais-

seur de la couche formée ;

• sa conformation, qui détermine la façon dont elle s’organise pour former une
couche en surface, et dont dépend la densité et l’épaisseur ;

• la disponibilité des sites d’accrochages sur la surface (densité, encombrement sté-

rique), qui est le plus souvent fonctionnalisée pour capturer spécifiquement la
molécule ciblée, etc.

Pour caractériser de manière plus générale les performances de nos structures en matière
de détection surfacique, nous avons simulé la réponse du cristal photonique à l’ajout
d’une couche mince homogène émulant la présence d’une couche de biomolécules. Une
telle simulation permet ainsi d’estimer l’amplitude du décalage spectral lorsque la sur-
face est recouverte par des molécules.

Nous avons simulé l’ajout d’une couche homogène d’une épaisseur et d’un indice
de réfraction variables. Le schéma de la structure simulée est donné sur la figure 3.11.
Les indices de réfraction choisis sont de n1 = 1.40 RIU et n2 = 1.50 RIU pour couvrir la
gamme d’indices des biomolécules, notamment la BSA et la streptavidine. L’épaisseur
de la couche simulée est variée entre 0 et 20 nm. Le milieu ambiant est l’eau déionisée,
d’indice neau DI = 1.33 RIU.

Les résultats de la simulation sont présentés sur la figure 3.12. Le décalage spec-
tral de la résonance du cristal induit par la couche de biomolécules augmente avec
l’épaisseur de la couche, et cette augmentation est d’autant plus significative que le

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

12.0
n2=1.50
11.0
Ajustement numérique linéaire
10.0 n1=1.40

Décalage spectral (nm)

9.0 Aj. num.
8.0
7.0 m
/n
6.0 nm
56
5.0 0.
= nm
a2 nm/
4.0
0.25
3.0 a1 =
2.0
1.0
0.0
-1.0
0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20
Épaisseur de la couche en surface (nm)

Fig. 3.12 : Simulation de l’impact d’une couche biologique à la surface d’un cris-
tal photonique sur sa longueur d’onde de résonance, en fonction de l’épaisseur de la
couche. L’indice de réfraction de la couche est de n1 = 1.40 RIU pour la courbe rouge,
et de n2 = 1.50 RIU pour la courbe noire. Le milieu ambiant est l’eau déionisée, d’in-
dice neau DI = 1.33 RIU (simulation RCWA).

contraste d’indice de réfraction avec le milieu ambiant est élevé. Le décalage spec-
tral est linéaire dans la gamme d’épaisseurs étudiée, avec une pente de respectivement
a1 = 0.25 nm · nm−1 et a2 = 0.56 nm · nm−1 pour les indices n1 et n2 . On peut ainsi
considérer ces pentes comme un coefficient de sensibilité surfacique si l’épaisseur de la
couche est suffisamment faible, ce qui est le cas de nos couches de biomolécules. Pour
une biomolécule donnée, d’indice de réfraction intermédiaire entre 1.40 et 1.50 RIU, la
sensibilité surfacique attendue est donc de quelques dixièmes de nanomètres de décalage
spectral par nanomètre d’épaisseur de couche dense. Si l’arrangement des molécules est
peu dense, on peut soit calculer l’épaisseur équivalente en couche dense (en raisonnant à
volume de molécules constant), soit considérer que l’indice effectif de la couche diminue
d’autant pour se rapprocher de celui du milieu ambiant.

La simulation de la figure 3.12 permet d’estimer le décalage spectral induit par

une couche de BSA, d’épaisseur eBSA ≈ 1 nm : sa valeur se situe entre 0.27 et 0.62 nm
pour les indices n1 et n2 respectivement. Selon l’indice de réfraction de nos couches
de BSA réelles, qui dépend notamment de sa densité et que nous n’avons pas pu me-
surer avec précision, on peut estimer que le décalage spectral se situera dans cette
gamme de valeurs. Les mesures de décalage spectral présentées dans la section 3.5.1
(∆BSA−eau DI = 0.44 nm) sont en accord avec ces simulations, ce qui nous permet de

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

valider la sensibilité surfacique de nos cristaux photoniques.

Limite de détection surfacique

La limite de détection LOD d’un capteur peut s’exprimer comme la concentra-

tion minimale de molécule détectable. Or dans de nombreuses publications, on étudie
la réponse du capteur exposé à la circulation d’un analyte sur la surface sensible. La
circulation du fluide ayant tendance à déplacer les molécules en surface, il s’établit un
équilibre entre les molécules adsorbées et arrachées. Cet équilibre dépend notamment
de la molécule étudiée et de la concentration de l’analyte, ce qui justifie la définition de
la LOD ci-dessus. Ce type d’expérience n’a cependant pas été effectué pendant la thèse :
nos mesures sont effectuées en milieu statique. Nous pouvons néanmoins proposer une
LOD sous forme de densité surfacique minimale détectable.

Nous avons vu plus haut que la sensibilité surfacique est de

Ssurf −min = 0.25 nm · nm−1 dans le cas le plus pessimiste. Sachant que le plus
petit décalage spectral mesurable est de δλ < 0.04 nm dans les meilleures conditions
(section 2.4.2 du chapitre 2), on peut calculer l’épaisseur minimale δe que l’on peut
détecter avec nos CPs avec l’équation 3.1 :

δλ 0.04 nm
δe = = = 0.16 nm (3.1)
Ssurf −min 0.25 nm · nm−1

D’après les travaux de Jachimska et al. [100], la masse volumique de la BSA

est autour de 1.3 g · cm−3 . On peut alors calculer que l’épaisseur δe correspond à une
densité surfacique de BSA de 21 ng · cm−2 . Dans un cas plus réaliste, où la sensibilité
surfacique est intermédiaire, on peut donc supposer que l’épaisseur minimale détectable
correspond à une densité surfacique de BSA inférieure ou égale à 10 ng · cm−2 . Cette
valeur est à comparer avec la littérature : par exemple, Scullion et al. ont obtenu une
LOD de 6 ng · cm−2 avec de la streptavidine, grâce à un CP à fente [76]. Notre valeur
en est proche, notre capteur se positionne ainsi à l’état de l’art de la détection optique.

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

3.5.3 Détection spécifique de streptavidine

L’objectif de cette section est de démontrer les performances de nos capteurs à CP

dans une expérience de détection spécifique, c’est-à-dire une détection basée sur l’affinité
particulière entre deux biomolécules. Dans cette nouvelle expérience, la surface des
capteurs est fonctionnalisée avec de la biotine (molécule sonde), qui présente une forte
affinité avec la streptavidine (molécule cible). Celle-ci est donc capturée spécifiquement
par les surfaces fonctionnalisées avec la biotine.

La streptavidine est une molécule volumineuse, qui peut former une couche
d’épaisseur entre 2.8 et 4.1 nm dans des conditions de densité de couche optimales [102].
Comme pour l’expérience de la BSA, on cherche à former une monocouche de quelques
nanomètres d’épaisseur que l’on cherche à détecter. Mais en outre, cette expérience
vise la détection d’une molécule cible que l’on aura sélectivement capturée grâce à son
affinité avec la molécule sonde immobilisée à la surface des CPs. Il s’agira ainsi d’une
première preuve de concept en vue de l’application de criblage moléculaire visée.

Le principe de la détection spécifique est schématisé sur la figure 3.13. Le test

de capture de la streptavidine (test positif) est schématisé sur la première ligne : la fi-
gure 3.13a représente la surface d’un cristal photonique fonctionnalisé avec de la biotine,
dont le procédé de fonctionnalisation est détaillé dans l’annexe C. Pour fonctionnaliser
une surface de silice, on a recours à des silanes comportant une fonction ester activée,
leur permettant de réagir grâce à la fonction silane avec les fonctions silanol de surface
et grâce à la fonction ester activée avec des fonctions amine. Il est ainsi possible de
greffer sur la surface de l’échantillon de manière covalente des brins d’oligonucléotides
(brins d’ADN) portant une fonction amine. Ces brins d’ADN possèdent à leur autre
extrémité une fonction biotine, est destinée à interagir avec la streptavidine.

La première étape est donc le greffage d’une couche de silane. On greffe ensuite
les brins d’ADN (comportant une douzaine de bases nucléiques) avec la fonction biotine
à leur extrémité libre. Ces brins d’ADN, dits « biotinylés », jouent un rôle d’espacement
horizontal pour permettre à la biotine d’être orientée vers l’opposé de la surface, et d’es-
pacement vertical pour limiter l’encombrement stérique et favoriser la disponibilité de
la biotine. Ils permettent également d’inclure un marqueur fluorescent, que nous exploi-
terons par la suite. Lorsque ce CP est mis en présence de molécules de streptavidine,
celles-ci sont capturées spécifiquement par la biotine (figure 3.13b). Certaines molécules

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

(a) (b) (c)

(d) (e) (f)

Fig. 3.13 : Schémas des tests positif et témoin de capture spécifique de streptavidine à
la surface d’un cristal photonique. Test positif : (a) CP silanisé et fonctionnalisé avec
des brins d’ADN biotinylé, (b) capture de la streptavidine et adsorption non spécifique
sur des brins d’ADN non biotinylés, et (c) rinçage et élimination de la streptavidine
adsorbée non spécifiquement ; test témoin : (d) CP silanisé et fonctionnalisé avec des
brins d’ADN simples, (e) adsorption non spécifique de la streptavidine, et (f) rinçage et
élimination de la streptavidine adsorbée non spécifiquement.

peuvent également s’adsorber de manière non spécifique à la surface, et devraient être

éliminées par rinçage (figure 3.13c).

Le test négatif (témoin) que nous avons réalisé est schématisé sur la seconde
ligne : la figure 3.13d représente la surface d’un CP fonctionnalisé avec des brins d’ADN
simples. Quand le CP est mis en présence de molécules de streptavidine, celles-ci s’ad-
sorbent non spécifiquement sur sa surface (figure3.13e). Des études préliminaires avaient
montré que les brins d’ADN utilisés ont un effet de passivation de surface, empêchant
la streptavidine de rester adsorbée non spécifiquement sur la surface. Après rinçage
(figure 3.13f), la surface du CP devrait donc vierge dans le cas idéal. Selon la fonction-
nalisation de surface que l’on a élaborée, on peut ainsi capturer la streptavidine de

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

manière spécifique pour un test positif sur les CPs « biotinylés », ou garder la surface
vierge pour un témoin négatif sur les CPs non biotinylés, sensibles à une éventuelle
adsorption non spécifique.

Préparation de l’échantillon

Nous avons utilisé un appareil de projection de micro-gouttelettes (spotting) pour

fonctionnaliser individuellement de multiples CPs d’une même puce, comme illustré sur
la figure 3.14. Ce procédé est réalisé par Thomas Gehin, dans l’équipe Chimie et Nano-
biotechnologies du laboratoire. Après avoir silanisé la puce (figure 3.14a), on projette
des gouttelettes de solution contenant soit des brins d’ADN biotinylé, soit des brins
d’ADN simple à 10 µmol · L−1 dans un tampon de PBS 5X (figure 3.14b). On laisse
ensuite incuber pendant une nuit à température ambiante. La puce est ensuite rincée
à l’eau déionisée et séchée sous flux d’azote. Puis on la place dans une solution d’ADN
simple à 2.5 µmol · L−1 pendant 1 h pour saturer les surfaces qui n’ont pas réagi avec
l’ADN biotinylé (entre les CPs, ainsi que sur les sites qui n’auraient pas réagi avec
l’ADN biotinylé sur les CPs), comme schématisé sur la figure 3.14c. La puce est enfin
rincée et séchée sous flux d’azote. On obtient ainsi un groupe de CPs fonctionnalisés
avec de l’ADN biotinylé destinés à capturer la streptavidine, et un groupe de CPs fonc-
tionnalisés avec de l’ADN simple, qui seront donc sensibles à l’adsorption non spécifique
et constitueront nos témoins négatifs.

Caractérisation optique

Pour notre expérience de détection spécifique, nous avons réalisé les tests posi-
tif et témoin schématisés sur la figure 3.13, sur deux CPs fonctionnalisés soit avec de
l’ADN biotinylé, soit avec de l’ADN simple. Dans un premier temps, nous avons im-
mergé la puce dans un tampon de PBS 1X, additionné d’un tensioactif qui garantit le
bon mouillage des trous des CPs. Nous avons mesuré les longueurs d’onde de résonance
de tous les CPs dans ce tampon, qui sert de référence. Puis, sans sécher la puce, nous
avons remplacé le tampon par une solution de streptavidine à 0.1 µM dans du PBS 1X,
et laissé incuber pendant 30 min. Nous avons ensuite rincé la puce avec le tampon de
PBS 1X additionné de tensioactif pour détacher les éventuelles molécules de strepta-

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

(a) (b) (c)

Fig. 3.14 : Cartographie schématique de l’échantillon étudié, sur lequel des lignes de
CPs sont fonctionnalisées soit avec de l’ADN biotinylé, soit avec de l’ADN simple par
projection de micro-gouttelettes ( spotting) : (a) après silanisation, (b) après spotting de
solutions d’ADN biotinylé (en rouge) et d’ADN simple (en bleu) et (c) après passivation
de la surface avec une solution d’ADN simple.

vidine adsorbées à sa surface, et enfin mesuré la nouvelle résonance des CPs dans ce
tampon. On obtient ainsi les spectres représentés sur la figure 3.15.

La figure 3.15a représente les spectres d’un CP fonctionnalisé avec des brins
d’ADN biotinylé, avant et après mise en présence de streptavidine. Les spectres ont
une forme très similaire, ce qui nous permet de mesurer un décalage spectral entre les
deux avec précision. Ici, on mesure un décalage spectral significatif de sa résonance
d’une valeur de ∆λcapture = 0.42 ± 0.04 nm. La figure 3.15b représente les spectres
d’un CP témoin fonctionnalisé avec des brins d’ADN simples, et le décalage spectral
mesuré est de ∆λtémoin = 0.06 ± 0.04 nm. Ce décalage est négligeable car dans la gamme
d’incertitude de mesure, et confirme l’efficacité de la passivation par les brins d’ADN
simples, qui empêchent l’adsorption non spécifique de la streptavidine sur le CP.

Ces mesures ont été répétées sur 18 CPs fonctionnalisés avec de la biotine et 16
CPs fonctionnalisés avec de l’ADN simple, répartis sur deux colonnes (voir figure 3.14).
Chaque colonne contient une variante de la même architecture des CPs, avec une période
de 304 nm pour la première et de 307 nm pour la seconde. Nous n’avons conservé que les

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

1.0 Avant streptavidine 1.0 Avant streptavidine

Après streptavidine Après streptavidine
Micro-réflectivité (u.a.)

Micro-réflectivité (u.a.)
0.8 0.8

0.6 0.6

0.4 ∆λcapture=0.42±0.04 nm 0.4

0.2 0.2

930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942 930 931 932 933 934 935 936 937 938 939 940 941 942
Longueur d'onde (nm) Longueur d'onde (nm)
(a) (b)

Fig. 3.15 : Spectres de micro-réflectivité de CPs fonctionnalisés dans une solution

tampon de PBS 1X avant (spectres en noir) et après mise en présence d’une solution de
streptavidine de concentration 0.1 µM dans du PBS 1X pendant 30 min (spectres rouge
et bleu) : (a) CP fonctionnalisé avec des brins d’ADN biotinylé et (b) CP fonctionnalisé
avec des brins d’ADN simple.

mesures sur lesquelles les spectres avant et après la mise en présence de streptavidine
sont superposables. La figure 3.16 représente le décalage spectral mesuré sur ces CPs,
en fonction de leur position sur la puce (coordonnée de la ligne, voir figure 3.14). Les
données représentées en rouge correspondent à des CPs fonctionnalisés avec de l’ADN
biotinylé (test positif), et celles en bleu correspondent à des CPs fonctionnalisés avec de
l’ADN sans biotine (témoin négatif). Nous n’avons pas noté de différence significative
entre les deux colonnes étudiées. Le décalage spectral est de ∆λpositif = 0.52 nm en
moyenne pour le test positif, dans lequel la streptavidine est capturée par les sondes de
biotine à la surface des CPs. Les valeurs obtenues s’échelonnent entre 0.29 et 0.72 nm
avec un écart-type de 0.13 nm : ces différences sont attribuées majoritairement à l’in-
homogénéité de la distribution de la streptavidine d’un CP à l’autre, comme nous le
verrons plus loin.

En revanche, le décalage spectral est de ∆λtémoin = 0.03 nm en moyenne pour le

groupe de témoins négatifs, ce qui est négligeable dans la gamme de reproductibilité
(±0.04 nm). On peut en déduire que les contributions à un décalage positif (comme une
adsorption non spécifique due à un mauvais rinçage) et négatif (comme une potentielle
gravure du substrat, ou un décrochage de biomolécules de la surface) sont nulles ou s’an-
nulent. La différence entre le test positif et le témoin de ∆λpositif − ∆λtémoin = 0.49 nm

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 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE CHAPITRE 3

0.8
Test positif
0.7
Témoin
0.6

Décalage spectral (nm)

0.5

0.4

0.3

0.2

0.1

0.0

-0.1

1 4 7 10 13 16
Indice du CP (ligne)

Fig. 3.16 : Décalage spectral de la résonance de CPs après mise en présence d’une
solution de streptavidine à 0.1 µM pendant 30 min, par rapport à un état de référence
dans un tampon de PBS 1X. Les points rouges correspondent à des CPs fonctionnalisés
avec de l’ADN biotinylé, et les points bleus correspondent à des CPs fonctionnalisés
avec de l’ADN simple (voir figure 3.14). Le décalage spectral moyen est respectivement
de 0.52 nm et 0.03 nm. Les symboles triangulaires et carrés représentent des CPs de
période 304 nm et 307 nm respectivement.

serait alors due à la capture spécifique de la streptavidine. Une analyse par fluorescence
permet de confirmer l’absence d’adsorption non spécifique de la streptavidine sur nos
CPs, comme présenté ci-dessous.

Analyse par fluorescence

Afin de permettre un contrôle indépendant de la répartition des biomolécules sur

nos CPs, les biomolécules que nous avons utilisées étaient marquées de groupements
fluorescents. Plus spécifiquement, nous avons utilisé de la biotine marquée avec un
marqueur fluorescent Cy3 rouge et de la streptavidine avec un marqueur Cy5 vert.
Une analyse de l’échantillon par fluorescence permet ainsi d’imager indépendamment
la présence de biotine et de streptavidine en excitant ces marqueurs fluorescents. Sur
l’image obtenue, l’intensité est ainsi proportionnelle à la densité de molécules à la surface
de l’échantillon.

La figure 3.17 représente la cartographie par fluorescence de la biotine (fi-

gure 3.17a) et la streptavidine (figure 3.17b) sur l’échantillon étudié. Chaque image

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 CHAPITRE 3 3.5. APPLICATION À LA DÉTECTION SURFACIQUE

ADN biotinylé

ADN simple

ADN biotinylé

300 µm 300 µm
(a) (b) (c)

Fig. 3.17 : Carte de fluorescence de (a) la biotine marquée par le marqueur Cy3
et (b) la streptavidine par (marqueur Cy5) sur une zone de 8 × 6 CPs de l’échantillon
étudié. Les trois premières lignes et les trois dernières sont fonctionnalisées avec de
l’ADN biotinylé, et les deux lignes centrales avec de l’ADN simple (voir figure 3.14).
Les échelles de couleurs sont arbitraires.

comprend une matrice de 8 × 6 éléments contenant chacun un capteur, et dont les deux
lignes centrales apparaissant noires. Les éléments de la figure 3.17a sont constitués d’un
grand disque correspondant à la gouttelette d’ADN biotinylé déposée lors du spotting,
d’un carré plus intense correspondant au CP, et d’un point très intense. La plus forte
intensité de la fluorescence dans la zone du CP peut s’expliquer par sa structuration,
offrant plus de surface et donc de sites d’accroche sur lesquels peut se greffer l’ADN
biotinylé, et par un éventuel effet d’exaltation de la structure. Le point très intense
correspond à une zone fortement concentrée en ADN biotinylé, qui s’est formée sous
l’effet de l’évaporation de la gouttelette de solution déposée au cours du processus de
fonctionnalisation, comme schématisé sur la figure 3.17c.

On peut voir en comparant les deux images que les zones riches en biotine sont
également riches en streptavidine. Les CPs fonctionnalisés avec des brins d’ADN bioti-
nylé apparaissent intenses sur la figure 3.17b, ce qui traduit le fait que la streptavidine
est effectivement capturée par la biotine. En revanche, les lignes fonctionnalisées avec
des brins d’ADN simple y apparaissent noires, car la streptavidine ne peut pas s’y adsor-
ber du fait de l’effet de passivation par l’ADN. Le rapport d’intensité de la fluorescence

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 3.6. CONCLUSION CHAPITRE 3

de la streptavidine entre les CPs fonctionnalisés avec la biotine et les CPs témoins est
d’environ 50, ce qui confirme la bonne passivation des CPs témoins et l’efficacité de la
capture par la biotine. On peut ainsi conclure de cette analyse par fluorescence que le
décalage spectral des résonances des CPs est bien induit par la capture spécifique de la
streptavidine par la biotine greffée à leur surface.

On peut noter cependant que la streptavidine ne s’est pas greffée sur les points
très riches en biotine à l’intérieur des CPs. Cela peut provenir d’un encombrement
stérique de la biotine, qui empêche le greffage de la streptavidine. On peut également
remarquer que la position de ces points varie sur les différents capteurs, allant du
centre aux extrémités des structures. Cela signifie que la densité de streptavidine varie
au centre des CPs, où est effectuée la mesure optique, ce qui peut expliquer l’inhomogé-
néité du décalage spectral mesuré sur la figure 3.16. Ce problème pourrait être corrigé
en optimisant le procédé de fonctionnalisation, notamment en réduisant le temps d’in-
cubation de l’ADN biotinylé pour limiter le séchage de la goutte (figure 3.17c).

Dans cette expérience, nous avons utilisé des CPs fonctionnalisés avec des brins
d’ADN biotinylé sur une puce, pour détecter la présence de streptavidine en mesurant
un décalage spectral significatif de leurs résonances. Des CPs fonctionnalisés avec des
brins d’ADN non biotinylé ont constitué un témoin négatif, et prouvé que le signal
mesuré est dû à la capture de la streptavidine par la biotine. Les molécules cibles
ont donc été sélectivement capturées par les sondes qui leur sont spécifiques, dont le
positionnement est contrôlé par la technique de projection de micro-gouttelettes. Nous
avons ainsi démontré que nos CPs sont suffisamment sensibles à leur environnement
proche pour détecter le greffage de biomolécules à leur surface. Nos puces photoniques
sont donc bien adaptées à l’application de criblage moléculaire visée.

3.6 Conclusion

Nous avons décrit dans ce chapitre les cristaux photoniques qui constituent les élé-
ments sensibles des capteurs développés dans ce travail de thèse. À l’aide d’une architec-
ture à double période, nous avons obtenu une sensibilité importante de 200 nm · RIU−1
et un haut facteur de qualité autour de 800, qui mènent à une haute figure de mé-
rite de 192 RIU−1 . Ces résultats expérimentaux sont en accord avec les simulations

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 CHAPITRE 3 3.6. CONCLUSION

numériques. Nos capteurs présentent donc des performances bien supérieures aux dis-
positifs plasmoniques conventionnels, et à l’état de l’art des autres dispositifs utilisant
l’optique intégrée, tout en offrant une facilité de couplage en incidence normale. Cette
caractéristique permet d’exciter les structures et collecter le signal sans les contraintes
d’alignement propres aux autres capteurs intégrés tels que les guides d’onde ou les
anneaux résonants, et rend notre dispositif intégrable dans un système d’illumination
planaire, comme nous le verrons dans le chapitre suivant.

Un des résultats les plus importants de cette thèse est la détection sub-
monocouche de molécules par notre dispositif, que nous avons décrite dans ce chapitre.
Nous avons en effet démontré la détection d’une monocouche de BSA en mesurant
un décalage spectral de la résonance de cristaux photoniques de 0.44 nm. Ces mesures
ont permis d’évaluer une limite de détection surfacique à l’état de l’art, de l’ordre
de 10 ng · cm−2 . Nous avons ensuite démontré la capture spécifique de streptavidine sur
des CPs fonctionnalisés individuellement avec de la biotine, en réalisant une série de
tests positifs sur des CPs fonctionnalisés avec de l’ADN biotinylé, et de tests témoins
sur des CPs passivés avec de l’ADN simple. Les décalages spectraux mesurés sont res-
pectivement de 0.52 nm et 0.03 nm. La différence entre les deux tests a ainsi montré
l’absence d’adsorption non spécifique, ce qui a ensuite été confirmé par analyse de fluo-
rescence. Ce résultat clé permet de valider le potentiel de nos capteurs pour l’analyse
biomoléculaire, et d’envisager de nouvelles expériences de détection de (bio)molécules
avec ces cristaux photoniques, vers des applications concrètes dans le domaine de la
santé.

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 Chapitre 4

Vers les applications

« Point-of-Care » : spectrométrie
intégrée sur silicium

Sommaire
4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98

4.2 Intégration de la spectrométrie sur puce . . . . . . . . . . . . 98

4.2.1 Principe du spectromètre intégré . . . . . . . . . . . . . . . . 99

4.2.2 Mise en membranes des cristaux photoniques . . . . . . . . . 102

4.2.3 Conception des cristaux photoniques . . . . . . . . . . . . . . 104

4.3 Démonstration expérimentale du spectromètre intégré . . . 109

4.3.1 Caractérisations structurales . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109

4.3.2 Caractérisation optique du spectromètre intégré . . . . . . . . 114

4.4 Démonstration de l’imagerie sans lentille . . . . . . . . . . . 121

4.4.1 Banc de caractérisation en transmission sans lentille . . . . . 122

4.4.2 Visualisation du décalage spectral par caméra CMOS : ana-

lyse qualitative . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123

4.4.3 Mesure du décalage spectral sur CPs uniques : analyse quan-

titative . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127

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 CHAPITRE 4 4.1. INTRODUCTION

4.4.4 Détermination du décalage spectral sur le spectromètre inté-

gré : méthodologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130

4.5 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132

4.1 Introduction

Dans ce chapitre, nous allons présenter notre système de spectrométrie par ima-
gerie sans lentille, qui répond aux critères de l’application Point-of-Care (POC) que
nous visons, à savoir la portabilité, le faible coût, la facilité de mise en œuvre et la
possibilité de multiplexage. Après avoir détaillé le principe et la conception de notre
puce de spectrométrie, nous présenterons les caractérisations spectrales des différents
capteurs qui la composent, et enfin une étude préliminaire d’imagerie sans lentille vers
la détection de biomolécules.

4.2 Intégration de la spectrométrie sur puce

Notre système repose sur la mesure de décalage spectral par imagerie sans len-
tille. Il est composé d’une puce en silicium intégrant un réseau de cristaux photoniques,
excités en incidence normale par une source lumineuse émettant dans le proche infra-
rouge. Une caméra CMOS mesure l’intensité transmise par chaque cristal. Le réseau de
CPs sera appelé « spectromètre intégré » dans la suite de ce chapitre.

Le système de mesure repose sur l’intégration de la fonction de spectrométrie,

c’est-à-dire que la puce transforme l’information spectrale en information spatiale,
comme illustré sur la figure 4.1. La source lumineuse illumine les cristaux photoniques,
dont le spectre de transmission est contrôlé par ses paramètres géométriques (période,
position et taille des trous). Chaque CP joue ainsi le rôle de filtre en transmission pour
une longueur d’onde particulière. Une caméra mesure ensuite l’intensité transmise par
chaque structure. En échantillonnant les longueurs d’onde de résonance des CPs, on
peut ainsi convertir l’image obtenue par la caméra en information spectrale.

98

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 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE CHAPITRE 4

Fig. 4.1 : Illustration du principe de spectrométrie intégrée.

4.2.1 Principe du spectromètre intégré

La mesure de décalage spectral se fait en deux étapes : une première mesure

d’imagerie qui correspond à l’état de référence de nos CPs, par exemple lorsqu’ils sont
plongés dans de l’eau déionisée ; puis une seconde mesure d’imagerie correspondant à
l’état final des CPs, par exemple après greffage de biomolécules à leur surface. Pour
des raisons de simplification, nous allons réaliser une explication du fonctionnement
avec seulement 4 capteurs, mais le système final reproduira les mêmes principes avec
davantage de capteurs.

Nous allons prendre ici l’exemple de l’imagerie d’un réseau de capteurs dont
les longueurs d’onde de résonance sont échelonnées entre λ1 et λ4 , comme schématisé
sur la figure 4.2. L’écart de résonance entre deux CPs consécutifs est noté λinc . Les
CPs sont illuminés en incidence normale par une source quasi-monochromatique à la
longueur d’onde incidence λi = λ3 pour l’imagerie dans l’état de référence. Dans cette
configuration, le 3e CP est donc excité à sa résonance et transmet le maximum de
lumière, tandis que les autres CPs transmettent d’autant moins de lumière que leur
résonance est éloignée de λi . On notera sur cette figure que le substrat de silicium a été
supprimé sous les cristaux, de manière à laisser passer la lumière : nous reviendrons sur
ce point par la suite.

Pour mieux comprendre l’intensité des pixels spectraux mesurée par la ca-

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 CHAPITRE 4 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE

Fig. 4.2 : Schéma d’un réseau de CPs dont les résonances sont échelonnées entre λ1
et λ4 par pas de λinc , illuminés en incidence normale par une source monochromatique,
et imagés par une caméra CMOS.

méra, nous avons représenté les spectres de transmission des quatre structures sur
la figure 4.3a. Ces spectres présentent un profil de Lorentz. Sous excitation quasi-
monochromatique à λi , l’intensité transmise par chaque cristal correspond à la valeur
de leur coefficient de transmission à λi . Ainsi, dans la configuration de la figure 4.3a,
le 1er CP ne transmet pratiquement pas de lumière, car sa fenêtre de transmission ne
recoupe pas l’émission de la source. Les 2e et 4e CPs transmettent un faible signal,
tandis que le 3e CP transmet l’intégralité de la lumière, car sa résonance correspond
exactement à l’émission de la source.

Ensuite, la caméra mesure l’intensité transmise à travers la puce : chaque CP

donne lieu à une tache lumineuse qu’on appellera un « pixel spectral ». Pour notre
exemple, l’intensité des pixels spectraux est reportée sur la figure 4.3b : les quatre
points échantillonnent un profil de Lorentz1 , et on constate que le pic d’intensité se
situe en effet sur le 3e pixel spectral. Cette courbe représente donc l’intensité des pixels
spectraux pour notre mesure dans l’état de référence.

1. L’allure de la courbe correspond en réalité au produit de convolution du spectre de transmission des

CPs avec le spectre d’excitation de la source, qui est un profil de Lorentz si la source est parfaitement
monochromatique.

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 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE CHAPITRE 4

Intensité mesurée (u.a.)

CP 1 i 1.0 Référence
1.0 CP 2
l
Transmission (u.a.)

CP 3 inc 0.8
0.8 CP 4
0.6
0.6
0.4
0.4
0.2 0.2

0.0 0.0

λ1 λ2 λ3 λ4 1 2 3 4
Longueur d'onde (nm)
Indice du pixel spectral
(a) (b)

Fig. 4.3 : Principe de l’imagerie de la puce de spectrométrie dans l’état de référence :

(a) spectres de transmission des CPs (les points de couleur représentent l’intensité de
la transmission sous un éclairage monochromatique à λi ) et (b) intensité des pixels
spectraux mesurée par la caméra.

Pour l’imagerie dans l’état final de notre expérience, on suppose que nos CPs ont
tous subi un décalage spectral de ∆λ, causé par exemple par le greffage de biomolécules.
Leurs nouveaux spectres de transmission sont donc décalés spectralement, comme re-
présenté sur la figure 4.4a. Dans cette nouvelle configuration, le 2e CP a maintenant
sa résonance le plus proche de la source. On trace à nouveau l’intensité de chaque
pixel spectral sur la courbe grise de la figure 4.3b, sur laquelle le 2e pixel spectral est
maintenant le plus intense. En superposant la courbe de la référence (courbe noire), on
constate que le pic d’intensité s’est déplacé vers la gauche et que l’intensité maximale
a diminué, passant de 1 à environ 0.7.

La comparaison des deux courbes de la figure 4.3b permet de mesurer le déca-

lage spectral ∆λ qu’ont subi les cristaux photoniques : le déplacement du pic d’intensité
d’un pixel spectral à l’autre traduit un décalage spectral de l’ordre de l’incrément de
résonance λinc entre les CPs. Néanmoins, on peut exploiter les niveaux d’intensité des
pixels spectraux pour mesurer des décalages spectraux inférieurs à l’incrément des ré-
sonances des CPs. Pour cela, on peut utiliser un ajustement numérique : d’un point de
vue mathématique, ces deux courbes décrivent deux profils de Lorentz décalés l’un par
rapport à l’autre selon l’axe des abscisses, et échantillonnés par quatre points chacun.
En calculant numériquement le décalage entre les deux profils, il est possible d’obtenir
la valeur d’un décalage spectral inférieure à l’incrément des résonances λinc . La précision

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 CHAPITRE 4 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE

Intensité mesurée (u.a.)

CP 1 i 1.0 Référence
1.0 CP 2
l Final
Transmission (u.a.)

CP 3 inc 0.8
0.8 CP 4
0.6
0.6
0.4
0.4
0.2 0.2

0.0 0.0

λ1+∆λ λ2+∆λ λ3+∆λ λ4+∆λ 1 2 3 4

Longueur d'onde (nm)
Indice du pixel spectral
(a) (b)

Fig. 4.4 : Imagerie de la puce de spectrométrie dans l’état final : (a) spectres de
transmission des CPs après décalage spectral de ∆λ et (b) intensité des pixels spectraux
mesurée par la caméra.

de mesure de ∆λ, et donc la limite de détection LOD de notre dispositif d’imagerie, est
par conséquent conditionnée par la largeur spectrale des résonances des CPs : plus la
résonance est fine, et plus il est facile de mesurer de faibles valeurs de décalage spectral.

4.2.2 Mise en membranes des cristaux photoniques

Comme nous l’avons vu dans les chapitres précédents, nous avons choisi de tra-
vailler dans le proche infrarouge, aux alentours de 950 nm. Cela nous permet tout à la
fois de fabriquer les CPs dans des plaques de SOI (Silicon On Insulator), et d’utiliser
une caméra CMOS standard pour la détection. Cependant nous souhaitons mesurer le
signal optique transmis à travers les CPs, or le substrat épais de silicium est un obstacle
à la lumière infrarouge. Nous avons donc choisi de supprimer localement ce substrat,
pour former des structures membranaires, comme schématisé sur la figure 4.5. Cette
stratégie offre plusieurs avantages :

• permettre l’imagerie en transmission des CPs à travers une puce silicium norma-
lement opaque (signal « blanc ») ;

• éliminer la transmission non désirée à travers les zones entre les CPs (fond
« noir ») ;

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 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE CHAPITRE 4

Fig. 4.5 : Vue en coupe schématique des cristaux photoniques membranaires sur la puce
de spectrométrie : un puits circulaire sous chaque CP permet à la lumière de traverser
la puce, tandis que le substrat épais de silicium élimine la transmission à travers les
zones entre les CPs.

• limiter les interférences entre CPs voisins.

Pour réaliser cette ouverture, un puits circulaire est gravé sous les cristaux par
un procédé de gravure ionique réactive profonde type procédé Bosch. 2 Cette opération
est effectuée par les équipes de salle blanche et de filière du CEA-Leti à Grenoble, de
même que la fabrication des CPs, qui est identique au procédé que nous avons détaillé
dans la section 3.3.1 du chapitre 3.

La formation de membranes s’accompagne d’une fragilisation mécanique, qui

contraignent leur taille maximale. Par contre l’intensité de la lumière transmise aug-
mente avec leur taille ; on a donc abouti à la taille optimale des CPs de 100 µm de côté,
avec des puits sous-jacents de 100 µm de diamètre. Des tests préliminaires ont montré
que ces membranes résistent mécaniquement à tout le procédé de fonctionnalisation de
surface. De plus, afin d’empêcher la coalescence des gouttes déposées lors de l’étape de
spotting tout en préservant une bonne densité du réseau de CPs, l’espacement entre les
structures a été choisi à 200 µm. Les gouttelettes étant projetées avec une précision de
l’ordre de la dizaine de micromètres, cela laisse suffisamment de latitude pour qu’elles
ne fusionnent pas.

Maintenant que nous avons déterminé la taille optimale des structures membra-
naires, nous allons maintenant détailler la conception des cristaux photoniques pour
réaliser notre spectromètre intégré.
2. Ce procédé consiste en une gravure isotrope alternative et cyclique.

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 CHAPITRE 4 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE

Paramètre
Grandeur Valeur Commentaire
technologique clé
Longueur Compatibilité avec Dimensions des
d’onde de ≈ 950 nm technologie SOI et détecteur motifs (période,
travail CMOS rayons, épaisseur)
Limité par la reproductibilité
Incrément des Décalage des petits
2 nm technologique de la position des
résonances trous s
résonances
Largeur spectrale minimale pour
Facteur de Rapport des
1000 qu’au moins un CP soit à sa
qualité rayons R2/R1
résonance
Couvre la gamme de
Gamme 920 à
reproductibilité des dimensions Période des motifs a
spectrale 970 nm
des CPs et de la source (±25 nm)
Échelonnage des résonances sur
Nombre de CPs 32 Taille de la puce
la gamme spectrale

Tab. 4.1 : Cahier des charges de la conception des cristaux photoniques composant la
puce de spectrométrie.

4.2.3 Conception des cristaux photoniques

Nous allons dresser le cahier des charges des cristaux photoniques composant
notre puce de spectrométrie, puis nous détaillerons la stratégie mise en œuvre pour
le dimensionnement des structures. Nous nous appuierons sur les structures que nous
avions présentées dans la section 3.2.2 du chapitre 3, et nous les adapterons pour réaliser
un réseau de capteurs constituant un spectromètre intégré. Les grandeurs clés du cahier
des charges sont résumées dans le tableau 4.1, et seront détaillées dans les paragraphes
suivants.

Comme nous l’avons rappelé dans la section précédente, la longueur d’onde de

travail se situe dans le proche infrarouge autour de 950 nm, avec pour conséquence des
contraintes technologiques fortes sur la fabrication des CPs, notamment pour l’étape de
lithographie. La maitrise précise des dimensions des structures constitue ainsi un enjeu
majeur dans le développement de notre système de mesure. Pour répondre à cette
problématique, nous utiliserons les caractéristiques géométriques appropriées des CPs
, qui permettront d’ajuster finement la position des résonances sur une large gamme

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 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE CHAPITRE 4

spectrale tout en étant compatible avec les contraintes technologiques.

L’imagerie du spectromètre intégré repose sur la maitrise des résonances des CPs,
qui doivent être espacées d’un incrément constant en longueur d’onde. Nous avons choi-
si un incrément de 2 nm, pour pouvoir mesurer des décalages spectraux de l’ordre de
quelques dixièmes de nanomètre, qui pourraient correspondre à la détection de biomo-
lécules. Le choix de cet incrément est influencé par deux facteurs : plus cet incrément
est petit, meilleure est la résolution spectrale ; mais d’autre part il est limité par le
contrôle technologique sur la position des résonances. Or nous visons dans cette thèse
un écart-type de l’ordre de 0.5 nm sur l’incrément des résonances, qui sera fonction des
aléas technologiques. C’est pourquoi nous avons choisi un incrément de 2 nm, qui offre
une bonne résolution spectrale tout en restant technologiquement réalisable.

La largeur à mi-hauteur des spectres de transmission des CPs doit être dans
l’idéal du même ordre de grandeur que l’incrément des résonances, afin qu’au moins
un pixel spectral soit allumé dans n’importe quelle configuration. D’autre part, des
résonances fines améliorent la sensibilité au décalage spectral, comme nous l’avons vu
dans la section 3.2.1 du chapitre précédent. On aboutit à un bon compromis avec un
facteur de qualité de 1000, qui produit une largeur de résonance de l’ordre du nanomètre.

Enfin, la gamme couverte par le spectromètre intégré doit être suffisamment

large pour encaisser la variabilité de deux éléments : d’une part la longueur d’onde
d’émission de la source se situe dans une gamme de reproductibilité d’environ ±15 nm ;
d’autre part les dimensions des CPs sont susceptibles de subir des altérations lors de
la fabrication, ce qui pourrait décaler leurs résonances de ±10 nm. Le compromis entre
la taille de la puce et la gamme de longueur d’onde couverte mène à la disposition
suivante : une puce de 1 cm composée de 32 structures espacées en longueur d’onde
de 2 nm avec un espacement de 200 µm entre chaque élément, couvrant la gamme 920
à 970 nm. Ces valeurs sont choisies pour la réalisation d’une preuve de concept dans le
cadre de cette thèse.

Dimensionnement des cristaux photoniques

Afin de concevoir nos cristaux photoniques, nous allons modifier l’architecture de

base présentée dans le chapitre 3, rappelée sur la figure 4.6a. Ces CPs sont constitués

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 CHAPITRE 4 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE

(a) (b)

Fig. 4.6 : Architecture des CPs : (a) à double période (alternance du rayon des trous,
R1 et R2 ) et (b) avec introduction du déplacement des petits trous (paramètre s).

d’un réseau carré de trous ronds avec une alternance de rayons R1 et R2 < R1 . Les
paramètres de base sont : période a = 300 nm, grand rayon R1 = 100 nm et petit
rayon R2 = 0.9 × R1 = 90 nm. Pour modifier la longueur d’onde de résonance de
structures photoniques, on peut jouer sur les paramètres structuraux (période et taille
des motifs) en tirant parti de la loi d’échelle, conséquence des équations de Maxwell.
Celle-ci stipule que si on multiplie les dimensions des structures par un certain facteur
d’échelle, la longueur d’onde de résonance sera également multipliée par le même facteur.
On peut également trouver dans la littérature une méthode alternative qui consiste à
accorder la résonance en changeant le facteur de remplissage, c’est-à-dire le rapport
de la taille des motifs par rapport à leur période [86, 88]. La variation du facteur de
remplissage peut être obtenue soit en variant les dimensions des motifs visées, soit en
variant la dose d’exposition lors de l’étape de lithographie.

On rappelle qu’on souhaite utiliser la photolithographie à terme, pour son faible

coût. Or la variation des résonances repose sur la maitrise technologique des dimensions
des motifs, et n’est pas applicable dans notre cas car nos motifs sont à la limite de réso-
lution de notre appareil de lithographie. La variation de dose n’est pas possible non plus
en photolithographie. En outre il est difficile de conserver le facteur de qualité constant
en variant les dimensions des motifs. Nous avons donc écarté cette stratégie, pour favori-
ser un procédé de fabrication plus reproductible et compatible avec la photolithographie
deep-UV.

Pour lever cette limitation, nous avons adopté une stratégie originale dans la-
quelle on décale la position des petits trous pour des incréments fins, comme illustré
sur la figure 4.6b. On fait également varier la période a pour réaliser des grands in-
créments de résonance en utilisant la loi d’échelle. Afin de déterminer les dimensions

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 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE CHAPITRE 4

18 1000
16 λrés=2.56a+183 nm
Décalage spectral (nm)

Longueur d'onde (nm)

14 980 Adj. R²=1.00
12
10 960

8
940
6
4
λrés=7.33×10-3s² 920
2
Adj. R²=1.00 R1=a/3
0
900 R2=0.9×R1
0 10 20 30 40 50 280 290 300 310 320
Décalage s des petits trous (nm) Période a des trous (nm)
(a) (b)

Fig. 4.7 : Évolution de la résonance des cristaux photoniques en fonction des paramètres
structuraux : (a) décalage de la résonance en fonction du décalage s par rapport au
cas s = 0 (avec la période de base a = 300 nm) et (b) résonance en fonction de la
période a (avec s = 0 et en conservant les rapports rayons/période constants). Les
symboles des graphes sont issus de simulations RCWA. Les courbes bleue et rouge
représentent respectivement des ajustements numériques linéaire et polynomial d’ordre 2.

des CPs du spectromètre intégré, nous nous sommes appuyés sur les résultats de si-
mulations RCWA (Rigourous Coupled-Wave Analysis) présentés sur la figure 4.7. Ces
simulations investiguent la longueur d’onde de résonance en fonction de ces paramètres
structuraux, en conservant les rapports rayons/période constants.

La figure 4.7b représente l’évolution de la résonance des CPs sur une large gamme
spectrale en fonction la période, avec s = 0. La longueur d’onde de résonance augmente
linéairement, avec un coefficient de 2.56 nm · nm−1 . Nous allons donc procéder par incré-
ments de période de 4 nm entre 288 et 307 nm, pour obtenir des incréments de résonance
de 10 nm dans la gamme 920 à 970 nm.

Pour incrémenter plus finement la résonance, nous allons exploiter le décalage

spectral engendré par le décalage s des petits trous, dont l’évolution est représentée sur
la figure 4.7a. Cette courbe représente le décalage spectral par rapport au cas s = 0, qui
augmente proportionnellement au carré de s. Par exemple, on peut obtenir un décalage
spectral de 2 nm en passant d’un décalage s de 0 à 16 nm, puis à 23 nm, etc. Pour chaque
période, on augmente ainsi progressivement le décalage des petits trous pour réaliser
cinq incréments de 2 nm.

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 CHAPITRE 4 4.2. INTÉGRATION DE LA SPECTROMÉTRIE SUR PUCE

Décalage s 0 16 23 28 33 37
(nm) →
920 922 924 926 928 930
Période 288 nm :
(A) (B) (C) (D) (E) (F)
930 932 934 936 938 940
Période 292 nm :
(G) (H) (I) (J) (K) (L)
940 942 944 946 948 950
Période 296 nm :
(M) (N) (O) (P) (Q) (R)
950 952 954 956 958 960
Période 300 nm :
(S) (T) (U) (V) (W) (X)
960 962 964 966 968 970
Période 304 nm :
(Y) (Z) (AA) (BB) (CC) (DD)
970 972
Période 307 nm : - - - -
(EE) (FF)

Tab. 4.2 : Longueur d’onde de résonance des 32 CPs du spectromètre intégré en fonction
de leur période et leur décalage s. Les lettres entre parenthèses sont les noms attribués
aux CPs.

On aboutit alors aux dimensions répertoriées dans le tableau 4.2, et dé-

taillées dans l’annexe E. On rappelle que les rayons sont proportionnels à la période,
avec R1 = a/3 et R2 = 0.3 × a. Nous avons également représenté graphiquement les
incréments de résonance sur la figure 4.8. Nous avons fait en sorte que la résonance
du dernier CP d’une période coïncide avec celle du premier CP de la période suivante,
par exemple pour les CPs F et G. Nous avons en effet souhaité contrôler la robus-
tesse de notre conception en vérifiant qu’on retrouve la même résonance, que ce soit en
changeant la période ou le décalage s.

Notre méthode d’ajustement fin de la résonance repose donc sur des leviers tech-
nologiques judicieux : il est plus facile de contrôler précisément le positionnement des
trous que de contrôler leur rayon. Combiner les variations de période et de décalage
des petits trous nous permet une maitrise précise des résonances sur une large gamme
spectrale, avec un procédé technologiquement robuste malgré les faibles dimensions des
motifs. C’est ce que nous allons contrôler dans la partie suivante grâce à des caractéri-
sations structurales, puis optiques.

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 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMENTALE DU SPEC- CHAPITRE 4
TROMÈTRE INTÉGRÉ
B D F H J L N P R T V X Z BB DD FF
980
Incrément
970
Résonance (nm) période a
960
950
Incréments
940 décalage s
930
920
A C E G I K M O Q S U W Y AA CC EE
Indice CP (colonne)
Fig. 4.8 : Longueurs d’onde de résonance visées le long du spectromètre intégré.

4.3 Démonstration expérimentale du spectromètre

intégré

Dans cette partie, nous présenterons les caractérisations structurales, puis les
caractérisations spectrales des cristaux photoniques constituant le spectromètre inté-
gré, afin de valider leur conception et leur réalisation expérimentale. Le procédé de
fabrication est identique à celui décrit dans la section 3.3.1 du chapitre 3, qui utilise
la lithographie électronique. Il comprend en plus l’ouverture de la face arrière sous les
CPs, afin de les mettre en membrane.

4.3.1 Caractérisations structurales

La mise en membrane des CPs permet à la lumière infrarouge de traverser la

puce, mais apporte une fragilisation mécanique. Nous avons donc d’abord vérifié la
bonne tenue des membranes au procédé de fabrication, en les observant au microscope
optique. La figure 4.9 représente une zone de 3 × 4 CPs carrés de 100 µm×100 µm
espacés de 200 µm, en vue de dessus. On peut distinguer les puits circulaires creusés
dans le substrat de silicium sous les CPs, qui débouchent sur les structures comme
attendu. Toutes les membranes ont résisté aux différentes étapes de fabrication et sont
intactes. On précisera ici que les CPs d’une même colonne sont identiques, tandis que

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 CHAPITRE 4 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DU SPECTROMÈTRE INTÉGRÉ

Fig. 4.9 : Imagerie au microscope optique de CPs membranaires vus de dessus.

leur longueur d’onde de résonance visée augmente de gauche à droite pour former le
spectromètre intégré. Cette image nous permet de valider le dimensionnement de la
taille et l’espacement CPs, qui sont robustes mécaniquement, et le succès de l’ouverture
du substrat de silicium.

Nous avons ensuite observé tous les CPs d’un spectromètre intégré par microsco-
pie électronique à balayage (MEB), afin de contrôler la qualité et les dimensions des
motifs. Nous avons reporté trois images de structures représentatives sur la figure 4.10.
La figure 4.10a représente un CP de période visée aA = 288 nm avec un décalage des
petits trous de sA = 0. Cette image confirme la bonne qualité des trous des CPs, qui
sont bien définis et régulièrement espacés ; on peut noter que les trous sont toujours
légèrement polygonaux, comme nous l’avions déjà vu dans le chapitre 3.

La figure 4.10b représente une structure similaire mais agrandie d’un facteur
d’échelle d’environ 104 % : la période visée est de aS = 300 nm, avec toujours avec un
décalage sS = 0. La figure 4.10c représente un CP de même période aX = 300 nm,
avec cette fois un décalage visé sX = 37 nm, soit la valeur maximale que nous avons
utilisée. Cette image illustre le décalage de la position des trous, qui permet un réglage
fin de la résonance. On peut remarquer que même avec un paramètre s élevé, c’est-
à-dire quand les petits trous sont au plus proche des grands trous, on n’observe pas
de déformation visible liée aux effets de proximité lors de la lithographie. Enfin, la
figure 4.10d représente l’image de la figure 4.10c binarisée par le logiciel ImageJ ; nous
nous servirons de ce type d’image pour mesurer les dimensions des CPs.

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 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMENTALE DU SPEC- CHAPITRE 4
TROMÈTRE INTÉGRÉ

(a) (b) (c) (d)

Fig. 4.10 : Imagerie par MEB de cristaux photoniques membranaires fabriqués par
lithographie électronique : (a) CP A de période aA = 288 nm et décalage des petits
trous sA = 0, (b) CP S de période aS = 300 nm et décalage sS = 0, (c) CP X de
période aX = 300 nm et décalage visé sX = 37 nm et (d) image du CP X binarisée par le
logiciel ImageJ. Les traits pointillés rouges matérialisent des lignes régulières espacées
d’une période, et les jaunes représentent le milieu des rangées de petits trous décalés.

Nous avons mesuré les dimensions des structures à l’aide d’une analyse statis-
tiques des images MEB par le logiciel ImageJ, et les avons consignées dans les ta-
bleaux 4.3. Le tableau 4.3a contient les valeurs des rayons et de périodes : pour le
rendre plus lisible, nous avons seulement reporté les moyennes des dimensions de tous
les CPs partageant les mêmes valeurs visées, par exemple les CPs A à F qui ont une
période de 288 nm. On peut voir que les rayons mesurés sont systématiquement plus
grands que prévu dans la conception d’environ 6 nm : cet agrandissement est attribué
à une dose de lithographie trop importante, qui aurait surexposé les motifs. On note-
ra un agrandissement supplémentaire des rayons des CPs S à X qui sont plus grands
d’environ 8 nm par rapport aux dimensions visées. Nous pensons que ce défaut local est
dû à un effet d’interférences dans la résine lors de la lithographie, car il apparait uni-
quement pour la période aS−X = 300 nm sur toutes les puces étudiées ; il pourrait donc
être facilement corrigé par conception. En revanche, les rapports de rayons R2/R1 sont
conformes aux valeurs visées. On notera que les rayons sont mesurés avec une précision
minimale de 5 nm, qui correspond à la taille du faisceau du MEB, à laquelle s’ajoute
l’incertitude due à la binarisation des images MEB.

Quant aux périodes mesurées, elles sont régulièrement incrémentées de 4 nm.

Cependant elles sont en moyenne 0.5 % plus élevées que prévu : cela peut s’expliquer
par la légère déformation mécanique des membranes, sous l’effet de la relaxation des
contraintes internes dans la couche de silice (BOX) de la plaque SOI, comme schématisé

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 CHAPITRE 4 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DU SPECTROMÈTRE INTÉGRÉ

CPs A-F G-L M-R S-X Y - DD

R1 visé (nm) 96 97 99 100 101
R1 mesuré (nm) 103 104 105 108 107
R2 visé (nm) 86 87 89 90 91
R2 mesuré (nm) 93 95 96 98 98
a visé(nm) 288 292 296 300 304
a mesuré (nm) 289 294 298 301 305
(a)

CPs A, G... B, H... C, I... D, J... E, K... F, L....

s visé (nm) 0 16 23 28 33 37
s mesuré (nm) 1 17 26 31 36 40
s corrigé (nm) -0.1 14 23 28 32 37
(b)

Tab. 4.3 : Dimensions des CPs du spectromètre intégré, mesurées par analyse statistique
d’images MEB : (a) rayons et périodes moyens des CPs de même période, et (b) moyenne
du décalage des petits trous s pour les CPs partageant le même s visé. Le s corrigé tient
compte de la légère déformation des trous par les effets de proximité.

sur la figure 4.11a. L’imagerie par microscopie confocale, réalisée au CEA-Leti et

présentée sur la figure 4.11b, montre que les membranes sont légèrement bombées, avec
une flèche f = 3.3 µm au centre. À cet endroit les membranes s’étirent, ce qui explique
les périodes plus élevées (les images MEB sont prises au centre). Cette déformation
n’avait pas observée sur les CPs sur substrat dans le chapitre 3. Un autre facteur à
prendre en compte est la calibration du MEB, qui peut induire une légère erreur de
mesure.

Le tableau 4.3b contient les valeurs des décalages s des petits trous que nous
avons mesurés. Là encore, nous avons moyenné les valeurs de s de tous les CPs parta-
geant les mêmes valeurs visées. Par exemple, les CPs A, G, M, S, Y, et EE doivent avoir
un décalage nul. On peut constater que les valeurs mesurées suivent bien l’évolution pa-
rabolique visée dans la conception ; cependant elles sont toutes supérieures aux valeurs
visées d’environ 9 %. Pour expliquer cet agrandissement, nous avons étudié la forme

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 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMENTALE DU SPEC- CHAPITRE 4
TROMÈTRE INTÉGRÉ

(a) (b)

Fig. 4.11 : Déformation des membranes : (a) coupe schématique d’un CP, illustrant la
relaxation des contraintes de compression internes du BOX et (b) imagerie au micro-
scope confocal réalisée par le CEA-Leti, montrant la topologie d’une membrane, avec
une flèche f = 3.3 µm.

des trous sur les images MEB par analyse statistique. Il apparait que les trous sont
légèrement allongés dans la direction verticale, comme schématisé sur la figure 4.12, et
ce d’autant plus que le décalage s est élevé. Cet allongement, difficilement visible à l’œil
nu sur les images, est attribué aux effets de proximité lors de la lithographie. En effet,
l’allongement des trous déplace leur barycentre d’une distance de s1 = (α − 1) × R1
et s2 = (β − 1) × R2 respectivement pour les grands et les petits trous, avec α et β leurs
rapports d’aspect.

Il est possible de quantifier cet allongement grâce à notre analyse d’images MEB
pour corriger les valeurs de s mesurées, en leur enlevant les contributions des effets de
proximité. Les valeurs corrigées sont consignées dans la dernière ligne du tableau 4.3b, et
correspondent bien aux valeurs visées. Cette observation permettra d’ajuster la concep-
tion des trous pour la fabrication de nouveaux lots d’échantillons, en aplatissant légè-
rement les trous pour compenser les effets de proximité.

Les caractérisations structurales que nous venons de présenter montrent que

les échantillons sont conformes à la conception. Nous avons mis en lumière de faibles
variations de dimensions par rapport aux valeurs visées : les rayons des trous sont
légèrement plus grands, tandis que les décalages des petits trous sont légèrement plus
élevés. Nous allons étudier l’impact de ces variations dans les caractérisations spectrales
de la section suivante.

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 CHAPITRE 4 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DU SPECTROMÈTRE INTÉGRÉ

Fig. 4.12 : Illustration du décalage s apparent des petits trous : l’élongation des trous
ajoute un décalage additionnel au décalage visé. α et β sont respectivement les rapports
d’aspect des grands et des petits trous.

4.3.2 Caractérisation optique du spectromètre intégré

À la suite des caractérisations structurales, nous avons effectué des caractérisa-

tions spectrales des capteurs composant le spectromètre intégré afin de contrôler leurs
propriétés optiques, en vue de leur utilisation en imagerie. La figure 4.13 représente
l’évolution de la résonance des CPs membranaires de périodes visées entre 288 nm et
307 nm, pour les dispositifs avec un décalage des petits trous visé s = 0 (CPs A, G, M,
etc.). La figure 4.13a représente les spectres de micro-réflectivité des CPs, tandis que la
figure 4.13b représente la longueur d’onde de résonance obtenue par ajustement numé-
rique, en fonction de la période expérimentale. Les résonances sont régulièrement incré-
mentées entre 882.9 nm et 936.5 nm et augmentent linéairement avec la période, comme
le montre l’ajustement numérique linéaire (courbe bleue), conformément à la simulation.
L’incrément de résonance moyen est de 10.7 nm entre CPs consécutifs, pour 10 nm visés.
Les facteurs de qualité des résonances sont en moyenne de Q ≈ 1000, avec un écart-type
de 14 %, ce qui est conforme aux valeurs attendues. On notera que le CP S ne suit pas la
tendance linéaire et n’a pas été inclus dans l’ajustement numérique de la figure 4.13b :
en effet, les caractérisations structurales de la section précédente ont montré que ses
trous sont anormalement plus grands (voir tableau 4.3a), ce qui a pour conséquence un
abaissement de sa résonance par rapport aux autres CPs.

Nous avons ensuite représenté les données similaires pour des CPs de même
période, avec différentes valeurs de s, sur la figure 4.14. La figure 4.14a représente

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TROMÈTRE INTÉGRÉ

1.0 940 Expérimental

Aj. Num.
Micro-réflectivité (u.a.)

930
0.8

Résonance (nm)
920 λrés = 2.8a+74 nm
0.6 Adj. R²>0.99
Périodes visées 910
0.4 a=288 nm Exclu de
a=292 nm 900 l'aj. num.
a=296 nm
0.2 a=300 nm
a=304 nm 890
Y
G S a=307 nm
0.0 EE 880
A M
870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 288 292 296 300 304 308
Longueur d'onde (nm) Période a expérimentale (nm)
(a) (b)

Fig. 4.13 : Évolution de la longueur d’onde de résonance dans l’eau déionisée en fonction
de la période, avec décalage des petits trous s = 0 : (a) spectres de micro-réflectivité et
(b) longueurs d’onde de résonance obtenues par ajustement numérique.

les spectres de micro-réflectivité dans l’eau déionisée des CPs M à R, tandis que
la figure 4.14b représente les longueurs d’onde de résonance en fonction du décalage
des petits trous s mesuré. Là encore, les résonances sont régulièrement incrémentées
entre 905.9 nm et 916.5 nm, ce qui correspond à un incrément moyen entre deux CPs
consécutifs de 2.1 nm, pour 2 nm visés. On constate que les incréments sont moins ré-
guliers ; nous quantifierons plus loin la régularité des incréments sur toute la gamme
du spectromètre intégré. On retrouve cependant l’augmentation parabolique de la ré-
sonance avec le décalage s sur l’ajustement numérique de la figure 4.14b, ce qui est
conforme aux simulations.

On peut remarquer que certains spectres de la figure 4.14a présentent des réso-
nances doubles, comme le spectre du CP P : nous avons attribué ce phénomène aux
imperfections géométriques des trous (forme et rugosité), ce qui a ensuite été confirmé
par une simulation FDTD. Cela montre que le dédoublement de la résonance est un
problème mineur qui peut être résolu en optimisant le procédé de fabrication.

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 CHAPITRE 4 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DU SPECTROMÈTRE INTÉGRÉ

1.0
M N O P Q R Expérimental
918 Ajustement numérique
Micro-réflectivité (u.a.)

Décalage spectral (nm)

0.8 916
R

914
0.6 ∆λrés = 6.5×10-3s
Q
Décalages visés 912 Adj. R²>0.98
P
0.4 s= 0 nm
910
s= 16 nm
s= 23 nm O
0.2 908
s= 28 nm N
s= 33 nm 906
0.0 s= 37 nm M
904
905 910 915 920 0 5 10 15 20 25 30 35 40
Longueur d'onde (nm) Décalage s expérimental (nm)
(a) (b)

Fig. 4.14 : Évolution de la longueur d’onde de résonance en fonction du décalage des

petits trous s, pour la période a = 296 nm : (a) spectres de micro-réflectivité et (b)
longueurs d’onde de résonance obtenues par ajustement numérique.

Impact de la mise en membrane sur les propriétés optiques

Nous avons décrit précédemment la déformation des CPs due à leur mise en mem-
brane. Cette déformation a des conséquences sur leurs propriétés optiques. D’une part,
pour les caractérisations en micro-réflectivité avec un faisceau focalisé, la membrane se
comporte comme un miroir convexe qui change légèrement l’angle d’ouverture du fais-
ceau, comme illustré sur la figure 4.15a. Elle peut également dévier le faisceau de son
axe si celui-ci n’est pas parfaitement centré sur la membrane. Cela rend plus difficile
l’injection de la lumière réfléchie par les CPs dans la fibre optique de l’analyseur de
spectre, et surtout cela réduit la quantité de lumière reçue, et donc diminue le rapport
signal/bruit.

D’autre part, pour les futures caractérisations en imagerie où la puce sera illu-
minée en incidence normale par une source étendue, la déformation des membranes
pose un problème de couplage des CPs. En effet, comme le centre des membranes se
trouve plus haut que les bords, l’onde plane incidente atteint d’abord le centre puis
progressivement les bords avec un retard de phase, comme illustré sur la figure 4.15b.
Cela implique que l’onde n’est pas reçue en phase sur toute la surface du CP, ce qui
pourrait gêner le couplage de la lumière. Ce phénomène ne s’est cependant pas révélé

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 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMENTALE DU SPEC- CHAPITRE 4
TROMÈTRE INTÉGRÉ

(a) (b)

Fig. 4.15 : Impact de la déformation des membranes sur la caractérisation optique :

(a) élargissement et déviation du faisceau en micro-réflectivité et (b) déphasage entre le
centre et le bord en excitation en onde plane (OSA : analyseur de spectre).

problématique pour les premiers tests en imagerie présentés plus loin dans ce manuscrit.
Il pourrait être résolu soit en corrigeant la déformation des membranes, soit en adaptant
la conception des CPs pour optimiser le couplage.

Échelonnage des résonances du spectromètre intégré

Les longueurs d’onde de résonance expérimentales de tous les CPs du spectro-

mètre intégré sont reportées sur la figure 4.16. On peut constater que les résonances
du spectromètre intégré augmentent linéairement sur une gamme allant de 882.9 nm à
938.8 nm. La pente moyenne des résonances, calculée par ajustement numérique linéaire
(en excluant les CPs S à X), est de 1.8 nm par CP, soit 9 % plus élevée que la pente
attendue de 1.68 nm. Ce faible écart est dû à des incréments de périodes légèrement trop
élevés : en effet l’incrément moyen induit par le changement de période est de 10.8 nm
pour 10 nm visés, ce qui pourrait être la conséquence de la discrétisation des motifs de
la lithographie, qui sont définis au nanomètre près. L’écart pourrait être compensé en
diminuant les différentes valeurs du décalage des petits trous.

En revanche, l’incrément moyen des résonances au sein d’une période est

de 2.1 nm, ce qui est conforme à la valeur visée de 2 nm. Pour calculer cette moyenne,
nous n’avons pris en compte que les CPs consécutifs d’une même période, et n’avons
pas compté les incréments entre le dernier CP d’une période et le début de la suivante

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 CHAPITRE 4 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DU SPECTROMÈTRE INTÉGRÉ

B D F H J L N P R T V X Z BB DD FF

970 Visé
960 Expérimental
Extrapolation
950
Résonance (nm)

940
930
920
910
900
890
880
A C E G I K M O Q S U W Y AA CC EE
Indice CP (colonne)
Fig. 4.16 : Longueurs d’onde de résonance visées et mesurées expérimentalement sur
les CPs d’un spectromètre intégré. Les symboles en étoile représentent l’extrapolation
des résonances à partir des dimensions des CPs.

(par exemple l’incrément entre les CPs F et G n’est pas compté). La valeur expéri-
mentale est légèrement plus élevée que la valeur visée du fait des décalages des petits
trous légèrement trop grands, ce que nous avons étudié dans la section précédente (voir
tableau 4.3b).

D’autre part, l’écart-type de ces incréments est supérieur à 0.8 nm. Cependant la
répartition des incréments est irrégulière, car les résonances des CPs A à F sont moins
marquées et donc sujettes à des fluctuations plus importantes. Cela est dû à un rap-
port signal/bruit plus faible dans la gamme spectrale correspondant aux spectres des
premiers CPs, qui rend l’ajustement numérique utilisé pour déterminer les résonances
moins précis. Ainsi, si l’on exclut les CPs A à F, l’écart-type de l’incrément est réduit
à environ 0.6 nm. Cela signifie que nous avons un contrôle technologique de l’incrémen-
tation des résonances à moins d’un nanomètre près sur une large gamme spectrale de
près de 60 nm, ce qui constitue un résultat important de la thèse.

On peut observer sur la figure 4.16 que les résonances expérimentales du spectro-
mètre intégré subissent un décalage constant vers le bleu d’environ −35 nm par rapport
aux valeurs visées. Pour expliquer ce décalage, nous devons revenir aux mesures des di-

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 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMENTALE DU SPEC- CHAPITRE 4
TROMÈTRE INTÉGRÉ

mensions des structures de la section précédente. Nous avons vu que les rayons des trous
sont plus grands que les valeurs visées d’environ 6 nm, et de 2 nm supplémentaires pour
les CPs S à X. Nous avons pu quantifier l’impact des variations de dimensions sur les
résonances à l’aide de lois de variations issues de simulations RCWA, similaires à celles
de la figure 4.7. Ces lois sont données dans l’annexe E, ainsi que le détail du calcul des
extrapolations. Nous avons superposé les résultats de ces extrapolations aux mesures
optiques sur la figure 4.16 (symboles en étoile). On peut y voir que les extrapolations
sont proches des mesures optiques, ce qui indique que l’agrandissement des trous serait
la cause principale du décalage de −35 nm observé. Ces extrapolations ont ensuite été
confirmées par une nouvelle simulation RCWA de la réflectivité d’une structure, dont
les motifs sont importés à partir d’une image MEB. La source du décalage de −35 nm
semble donc être la taille des trous, et une simple correction de la conception des struc-
tures ou de la dose de lithographie permettrait de rehausser les résonances aux valeurs
visées.

Homogénéité et reproductibilité des résonances

Maintenant que nous avons confirmé expérimentalement l’incrémentation des

résonances du spectromètre intégré, nous allons étudier l’homogénéité du décalage
spectral induit par un changement d’indice de réfraction, également important pour
l’utilisation de notre puce en imagerie. La figure 4.17a représente les spectres de micro-
réflectivité du CP X dans l’eau déionisée et dans l’éthanol, qui présentent une variation
d’indice de ∆n = 0.030 RIU. Le décalage spectral entre les deux spectres est mesuré par
l’algorithme de corrélation (voir annexe D) et vaut 5.5 nm pour ce CP, ce qui corres-
pond à une sensibilité d’environ SX = 183 nm · RIU−1 . Nous avons procédé de la même
manière pour le reste du spectromètre intégré, et nous avons consigné leur sensibilité sur
la figure 4.17b. La sensibilité est en moyenne de 186.6 nm · RIU−1 , ce qui est légèrement
plus faible que les valeurs présentées dans le chapitre 3, mais toutefois conforme aux si-
mulations numériques de la section 3.2.2. En outre, l’écart-type des décalages spectraux
mesurés est de 0.3 nm, soit 6 % de la valeur moyenne de 5.6 nm. Cet écart-type est d’un
ordre de grandeur supérieur à l’incertitude due à la stabilité et la reproductibilité de
la mesure de décalage spectral, il est donc attribué à la reproductibilité des propriétés
optiques des CPs. Cette étude montre la bonne homogénéité du décalage spectral, et
par conséquent de la sensibilité des CPs (écart-type inférieur à 6 %), et constitue un

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 CHAPITRE 4 4.3. DÉMONSTRATION EXPÉRIMEN-
TALE DU SPECTROMÈTRE INTÉGRÉ

B D F H J L N P R T V X Z BBDD FF
1.0
Micro-réflectivité (u.a.)

200
0.8

Sensibilité (nm.RIU-1)
175
150
0.6 +5.5 nm
125
0.4 100
75
0.2 Eau déionisée
50
Éthanol
0.0 25
0
910 915 920 925 930 935 940 A C E G I K M O Q S U W Y AACC EE
Longueur d'onde (nm) Indice CP (colonne)
(a) (b)

Fig. 4.17 : Étude de l’homogénéité de la longueur d’onde de résonance et du décalage

spectral entre l’eau déionisée et l’éthanol sur un spectromètre intégré : (a) exemple des
spectres de réflectivité du CP X dans l’eau déionisée et l’éthanol, et (b) sensibilité des
CPs.

résultat important pour le fonctionnement du spectromètre intégré en imagerie.

Nous avons également étudié la reproductibilité de la position de la résonance,

et de la sensibilité à l’échelle de la puce, qui sont indispensables pour la fonction de
multiplexage que nous visons. En effet, pour pouvoir opérer la détection de plusieurs
molécules en parallèle sur plusieurs spectromètres intégrés, il est nécessaire que les CPs
possèdent des propriétés optiques identiques. Dans ce but, nous avons caractérisé 32
cristaux photoniques identiques réalisés sur la même puce, et avons reporté les résultats
sur la figure 4.18. La longueur d’onde de résonance des structures dans l’eau déionisée
est en moyenne de 936.8 nm, avec un écart-type de 0.5 nm. La position de la résonance
est donc très homogène sur toute la puce, et les faibles variations sont attribuées aux
fluctuations de la fabrication et à la reproductibilité de la mesure optique, ce qui est
cohérent avec les fluctuations des incréments le long du spectromètre intégré. Nous
avons ensuite mesuré le décalage spectral sur 16 de ces CPs entre l’eau déionisée et
l’éthanol : la valeur moyenne est de 5.8 nm avec un écart-type de 0.1 nm. Cela correspond
à une sensibilité de 192 nm · RIU−1 avec un écart-type inférieur à 2 %. La réponse des
CPs à l’indice de réfraction est donc très homogène à l’échelle de la puce, ce qui est
indispensable pour le multiplexage.

Nous avons présenté les caractérisations spectrales des cristaux photoniques fa-

120

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 4.4. DÉMONSTRATION DE L’IMAGERIE SANS LENTILLE CHAPITRE 4

Résonance dans l'eau (nm)

200

Sensibilité (nm.RIU-1)
945 175
150
940 125
100
935 75
50
930 25
0
1 6 11 16 21 26 31
Indice CP (ligne)
Fig. 4.18 : Position des résonances de la colonne EE dans l’eau déionisée et sensibilité
entre l’eau et l’éthanol.

briqués par lithographie électronique, ayant permis de valider la conception de notre

puce à spectromètre intégré. L’incrémentation simultanée de la période des structures
et du déplacement des petits trous s permet un échelonnage des résonances sur une
large gamme supérieure à 50 nm. Nous avons également démontré la bonne reproducti-
bilité de la position des résonances des CPs, ainsi que de leur sensibilité. Le décalage
systématique des résonances vers le bleu est corrélé aux caractérisations structurales
par MEB, et peut être facilement corrigé en adaptant le masque de lithographie. Nous
pouvons donc mettre en œuvre notre puce photonique dans un dispositif d’imagerie
sans lentille, dans le but de mesurer un décalage spectral avec une caméra CMOS.

4.4 Démonstration de l’imagerie sans lentille

Dans cette partie, après avoir présenté le dispositif d’imagerie sans lentille que
nous avons utilisé pour caractériser nos échantillons, nous présenterons une étude pré-
liminaire d’imagerie qui constitue une première approche de la mesure de décalage
spectral avec notre puce de spectrométrie intégrée.

121

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 CHAPITRE 4 4.4. DÉMONSTRATION DE
L’IMAGERIE SANS LENTILLE

Source
monochromatique
étendue
Puce à CPs

Einc (-45°)
ECPs (0°)
Eout (45°)

Polariseur
Analyseur

Fig. 4.19 : Schéma de principe du dispositif d’imagerie sans lentille, composé d’une
source monochromatique étendue, deux polariseurs croisés de part et d’autre de la puce
photonique, et une caméra CMOS.

4.4.1 Banc de caractérisation en transmission sans lentille

Le banc de caractérisation utilisé est schématisé sur la figure 4.19. Il a été dévelop-
pé au CEA-Leti par Mathieu Dupoy. Il est composé d’une source monochromatique
émettant un faisceau étendu, qui traverse un polariseur puis illumine en incidence nor-
male la totalité de la surface de la puce photonique, placée sur un porte-échantillon
amovible. Le faisceau transmis à travers la puce passe ensuite à travers un analyseur
de polarisation perpendiculaire à celle du polariseur, et est enfin imagé par la caméra
CMOS. Les polariseurs croisés permettent de filtrer le signal de fond, et transmettre
uniquement le faisceau rayonné par les CPs : le principe du filtrage par polariseurs
croisés est détaillé dans l’annexe F.

Une photographie du dispositif est donnée sur la figure 4.20. La source utilisée
est une diode laser QLD-920-50S de Qphotonics, émettant autour de 912 nm à tem-
pérature ambiante, avec une largeur spectrale inférieure à 2 nm. La caméra est une
daA1600-60um de marque Basler, qui possède une efficacité quantique > 5 % dans
la gamme d’intérêt. La puce est placée au plus près de la caméra, à une distance d’en-
viron 3 mm limitée par l’épaisseur de la cellule fluidique. On notera que comme nous
travaillons en transmission, l’utilisation de puces à CPs membranaires transparents est
nécessaire. La taille du dispositif est d’environ 10 cm de haut pour 5×5 cm de base.

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 4.4. DÉMONSTRATION DE L’IMAGERIE SANS LENTILLE CHAPITRE 4

Fig. 4.20 : Photographie du dispositif d’imagerie sans lentille.

4.4.2 Visualisation du décalage spectral par caméra CMOS :

analyse qualitative

Cette section porte sur la validation expérimentale du banc d’imagerie sans len-
tille schématisé sur la figure 4.19. Pour cette validation, nous avons effectué plusieurs
mesures en imagerie en faisant varier l’indice de réfraction. Pour cela nous avons utilisé
des solutions de glucose de concentrations croissantes de 0 à 200 g · L−1 , et avons ima-
gé la puce pour chaque concentration. Entre chaque expérience, la cellule est remplie
avec de l’eau déionisée pour s’assurer que l’échantillon revient dans les conditions ini-
tiales avant d’utiliser la solution suivante. Nous espérons ainsi voir expérimentalement
le décalage spectral induit à l’aide de la caméra.

Les images de la puce dans les différentes solutions (de 0 à 200 g · L−1 ) sont
reportées sur la figure 4.21. On peut voir sur chaque image une matrice de taches
relativement circulaires : ce sont les pixels spectraux, que nous avons délimités par des
lignes blanches, et qui sont associés aux CPs de la puce. Chacune des 16 lignes visibles
sur l’image représente une portion d’un spectromètre intégré (entre les colonnes G
et CC), et chaque colonne est composée de CPs de conception identique. Les colonnes
présentent logiquement une intensité quasi-homogène, car les CPs baignent dans la
même solution. C’est pourquoi nous parlerons de colonne par la suite, pour désigner
tous les CPs de la puce supportant une résonance identique.

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 CHAPITRE 4 4.4. DÉMONSTRATION DE
L’IMAGERIE SANS LENTILLE

(a) (b)

(c) (d)

Fig. 4.21 : Imagerie de la puce dans des solutions de glucose de différentes concentra-
tions dans l’eau déionisée : (a) eau pure, (b) 50 g · L−1 , (c) 100 g · L−1 et (d) 200 g · L−1 .
Les lignes blanches délimitent les pixels spectraux correspondant aux CPs de la puce.

Sur chaque image, la colonne la plus intense contient les structures dont la réso-
nance est la plus proche de la longueur d’onde d’émission de la source. C’est le cas par
exemple de la colonne X dans l’eau déionisée (figure 4.21a). Par suite, plus la résonance
des CPs est éloignée de la longueur d’onde d’émission de la source, plus l’intensité des
pixels spectraux correspondants est faible.

Par ailleurs, au fur et à mesure que la concentration en glucose augmente, les

résonances de tous les CPs se décalent vers les hautes longueurs d’onde. Par conséquent
l’intensité des pixels spectraux de la colonne X diminue progressivement de la première à
la dernière image. En revanche, les résonances des colonnes plus à gauche se rapprochent
de la longueur d’onde d’excitation : la colonne W devient ainsi la plus intense sur la
figure 4.21d. Cela confirme qualitativement le bon fonctionnement de notre dispositif.

On peut enfin remarquer que les pixels spectraux sont légèrement plus grands

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que les mailles de la grille qui les délimitent, ce qui signifie que les pixels spectraux
sont perturbés par leurs voisins. Cela correspond à de la diaphotie (crosstalk) entre les
CPs. En effet, la puce est éloignée d’environ 3 mm de la caméra, or des expériences
préliminaires ont montré qu’à cette distance, le faisceau lumineux issu de chaque CP
s’élargit et devient plus grand que la période entre les CPs, ce qui cause la diaphotie.
Ce problème pourra être corrigé en optimisant l’épaisseur de la cellule fluidique.

Pour visualiser de manière plus rigoureuse l’évolution de l’intensité des pixels

spectraux avec l’indice de réfraction, nous avons représenté sur la figure 4.22 la réparti-
tion de l’intensité des pixels spectraux d’une ligne choisie arbitrairement, pour les dif-
férentes solutions de glucose. Pour obtenir ce graphe, nous avons normalisé l’intensité
des pixels spectraux de chaque image en éliminant le signal de fond, et en compen-
sant numériquement la diaphotie entre CPs voisins. Plusieurs observations qualitatives
peuvent être notées, en écho avec les remarques des paragraphes précédents :

1. la colonne la plus intense est la colonne X dans l’eau déionisée ;

2. au fur et à mesure que la concentration en glucose augmente, le pic d’intensité se

déplace vers la gauche, et son intensité maximale diminue ;

3. de plus, un autre pic apparait, centré sur la colonne R ;

4. pour toutes les concentrations, alors que le pic d’intensité est étalé sur son côté
gauche, il existe un fort contraste entre les colonnes X et Y, cette dernière étant
presque complètement éteinte alors que la colonne X est très intense.

Ces mesures peuvent être expliquées par les mesures spectrales présentées sur la
figure 4.23 : elle rappelle l’évolution de la résonance le long du spectromètre intégré
dans l’eau déionisée (courbe bleue), similairement à la figure 4.16. Nous y avons en plus
superposé le spectre d’excitation de la source lumineuse, ce qui permet de visualiser
le recouvrement de la gamme d’excitation avec la gamme de transmission des CPs.
Sur cette figure, on voit que le CP dont la résonance est la plus proche du spectre
d’excitation est bien le CP X dans l’eau déionisée, ce qui explique que le pic d’intensité
des pixels spectraux soit sur la colonne X.

De plus, quand la concentration en glucose augmente, l’indice de réfraction am-

biant augmente également, et avec lui les longueurs d’onde de résonance des capteurs.

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L’IMAGERIE SANS LENTILLE

1.0
0g/L

Intensité normalisée (u.a.)

50 g/L
0.8 100 g/L
200 g/L
0.6

0.4

0.2

0.0

M N O P Q R S T U V W X Y Z AA
Pixel spectral (colonne)
Fig. 4.22 : Évolution de l’intensité des pixels spectraux de la ligne 2 pour chaque solution
de glucose.

920
0 g/L (exp.)
918 50 g/L
Longueur d'onde (nm)

916 100 g/L (extrap.)

200 g/L
914
912
910
908
Spectre
906 d'excitation
904
902
900
M N O P Q R S T U V W X Y Z AA
Indice CP (colonne)
Fig. 4.23 : Évolution des longueurs d’onde de résonance mesurées dans l’eau déionisée
le long d’une ligne de la puce étudiée (courbe bleue), et extrapolation des résonances
dans les différentes solutions de glucose.

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Concentration en glucose (g · L−1 ) 0 50 100 200

Indice de réfraction (RIU) 1.3258 1.3312 1.3368 1.3483
Décalage spectral théorique (nm) 0.0 1.1 2.1 4.2

Tab. 4.4 : Indice de réfraction des solutions utilisées, et décalage spectral théorique pour
une sensibilité de 186.6 nm · RIU−1 .

Nous avons consigné les indices de réfraction des solutions utilisées dans le tableau 4.4,
ainsi que les décalages spectraux attendus. Avec ces données, nous avons tracé l’extrapo-
lation de la résonance des CPs dans les différentes solutions de glucose sur la figure 4.23
(courbes en pointillés). Ainsi, plus l’indice de réfraction augmente, plus les résonances
augmentent, et tous les CPs à gauche de la colonne Y se rapprochent de la gamme
d’excitation. Cela explique le déplacement vers la gauche du pic d’intensité sur la fi-
gure 4.22. En particulier, la résonance de la colonne R constitue un décrochement et est
anormalement élevée, ce qui explique le pic d’intensité des pixels spectraux correspon-
dants. Enfin, le contraste entre les colonnes X et Y est la conséquence de l’écart élevé
entre les résonances de ces CPs. Alors que la résonance de la colonne X est proche de
la longueur d’onde d’excitation, celle de la colonne Y est éloignée, celle-ci ne transmet
donc pas de lumière. Nous avons ainsi pu interpréter qualitativement les résultats de
l’imagerie.

4.4.3 Mesure du décalage spectral sur CPs uniques : analyse

quantitative

Après ces observations qualitatives, nous pouvons mener une analyse quantitative
de l’évolution de l’intensité d’un seul pixel spectral, afin de déterminer le décalage
spectral. Nous avons représenté l’intensité théorique du pixel spectral en fonction du
décalage spectral sur la figure 4.24 (en gris). Cette courbe, que nous appellerons « courbe
de calibration », correspond au produit de convolution du spectre d’excitation de la
source avec le spectre de transmission des CPs.3 Grâce à cette courbe, nous pouvons
retrouver l’évolution du décalage spectral à partir des mesures de l’intensité du pixel
spectral.
3. La courbe grise de la figure 4.24 a été calculée à partir du spectre de la source mesuré expérimen-
talement.

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L’IMAGERIE SANS LENTILLE

Mesure de l’intensité du pixel

Intensité du pixel spectral (u.a.)

1.0 100 g/L
spectral par caméra pour les
50 g/L différentes solutions
0.8 0 g/L
Courbe
0.6 de calibration Normalisation par rapport au
maximum d’intensité mesuré
200 g/L
0.4

Report des points de mesure sur

0.2
Décalage la courbe de calibration
spectral (nm) : -0.5 -0.3 0 0.9
0.0
Lecture du décalage spectral
-4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 correspondant pour chaque
Écart spectral au pic d'intensité (nm) solution

Fig. 4.24 : Méthode de mesure du décalage spectral à partir des variations d’intensité
d’un CP unique (exemple du CP 2X).

Parmi les différentes colonnes d’intensité non nulle, une colonne en particulier
semble la plus indiquée pour cette analyse : la colonne X. En effet, c’est la seule co-
lonne dont l’intensité décrit un pic, tandis que celle des autres colonnes est soit toujours
croissante, soit toujours décroissante (voir figure 4.22). Cela indique que le pic d’inten-
sité a été atteint entre deux solutions de glucose, ce qui nous donne une estimation de
l’intensité maximale atteignable par les pixels spectraux, et donc permet de normaliser
l’intensité expérimentale par rapport à la courbe de calibration. Dans la suite de notre
calcul, nous pourrons considérer que l’intensité maximale est atteinte dans la solution
de glucose à 100 g · L−1 . Nous avons placé les valeurs d’intensité du pixel spectral 2X sur
la courbe de calibration de la figure 4.24, et avons déduit l’écart spectral correspondant.
Il suffit ensuite de comparer entre elles les valeurs obtenues pour en déduire le décalage
spectral entre les différentes solutions. Nous avons ensuite répété la même opération
pour quinze autres CPs de la colonne X, et avons tracé le résultat de ces interpolations
sur la figure 4.25.

On peut constater que le décalage spectral mesuré est linéaire, et reproductible

d’un CP à l’autre, ce qui montre que le comportement des CPs est bien homogène. La
pente moyenne des points de la figure 4.25, correspondant théoriquement à la sensibili-
té des CPs, est d’environ 50 nm · RIU−1 , contre 200 nm · RIU−1 attendus. Cet écart est
important, mais ce calcul repose sur un certain nombre d’approximations qui peuvent
causer une erreur de mesure significative : premièrement, nous avons supposé que le

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2.0

Décalage spectral mesuré (nm)

1.5

1.0

0.5

0.0

1.325 1.330 1.335 1.340 1.345 1.350

Indice optique (RIU)

Fig. 4.25 : Mesure du décalage spectral subi par les CPs de la colonne X par rapport à
l’eau déionisée, en utilisant la technique décrite sur la figure 4.24.

maximum d’intensité des pixels spectraux était atteint pour la concentration de glu-
cose à 100 g · L−1 , ce qui n’est probablement pas le cas dans la réalité. De plus, la
diaphotie entre les CPs est source d’erreur, même si nous avons tenté de la compenser
numériquement.

Enfin, la température n’était pas contrôlée dans cette expérience, ce qui engendre
une grande incertitude sur le décalage spectral mesuré : d’une part, le spectre d’excita-
tion émis par la source se décale spectralement de 0.3 nm · ◦C−1 sous l’effet de fluctua-
tions thermiques, il est donc susceptible de varier de plusieurs nanomètres en l’absence
de contrôle de la température. D’autre part, l’indice de réfraction de l’eau déionisée
diminue de −10−4 RIU · ◦C−1 quand la température augmente [103]. Ces deux compo-
santes s’ajoutent pour sous-estimer le décalage spectral si la température augmente, ce
qui a probablement été le cas puisque le dispositif d’imagerie subit l’échauffement de
la source et celui de l’électronique de la caméra. Par exemple, une variation de 5 ◦C
engendrerait un décalage supplémentaire de −1.5 nm dû à la variation du spectre d’ex-
citation, et de −0.1 nm dû à la variation d’indice de la solution. La combinaison de
toutes ces sources d’erreur permettrait ainsi d’expliquer le trop faible décalage spectral
mesuré dans cette première expérience d’imagerie.

Nous pouvons néanmoins estimer la limite de détection LOD de notre système,

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 CHAPITRE 4 4.4. DÉMONSTRATION DE
L’IMAGERIE SANS LENTILLE

sous l’hypothèse que l’erreur de mesure est uniquement due à la variation de tempéra-
ture. Cela revient à considérer qu’on mesure un décalage spectral plus faible qu’atten-
du, mais avec la sensibilité des CPs déterminée plus haut par les mesures spectrales,
soit 186.6 nm · RIU−1 . Sous cette hypothèse, la LOD est le décalage spectral minimum
mesuré expérimentalement, soit la valeur de 0.2 nm entre l’eau déionisée et la solution
de glucose à 50 g · L−1 . Nous pouvons donc bien mesurer un décalage spectral plus faible
que l’incrément des résonances de 2 nm, grâce à l’analyse des niveaux d’intensité des
pixels spectraux.

La LOD correspond ainsi à une variation minimale d’indice de réfraction

de δnmin = 1.1 × 10−3 RIU, soit une valeur seulement 5 fois supérieure à celle obte-
nue en micro-réflectivité dans le chapitre 3. Cette limite de détection est comparable
à l’état de l’art des capteurs par imagerie (4 × 10−3 RIU pour Cetin et al. [37] et
2.37 × 10−4 RIU pour Triggs et al. [88]). Elle est suffisante pour détecter des biomo-
lécules d’après l’étude réalisée dans le chapitre précédent, avec une densité minimale
détectable d’environ 50 ng · cm−2 .

4.4.4 Détermination du décalage spectral sur le spectromètre

intégré : méthodologie

Nous avons présenté une méthode d’analyse sur un seul CP, qui constitue un
« pixel » élémentaire de notre spectromètre intégré. Cette approche pourra être étendue
à l’analyse de l’ensemble des CPs du spectromètre intégré. En effet, il est possible de
mesurer le décalage spectral entre deux images en traçant l’intensité des pixels spectraux
en fonction de la répartition de leurs résonances. Nous avons donc représenté sur la
figure 4.26 de tels graphiques, avec les données théoriques sur la figure 4.26a et les
données expérimentales sur la figure 4.26b4 . Or on peut montrer que cette intensité suit
également la courbe de calibration, en fonction de la longueur d’onde de résonance des
CPs, et que cette courbe se déplace avec le décalage spectral.

Nous avons représenté la courbe de calibration dans l’eau déionisée (courbe conti-
nue bleue) et dans la solution de glucose à 200 g · L−1 (courbe marron). On pourrait
facilement mesurer le décalage spectral subi par les CPs entre ces deux courbes par
4. L’origine de l’axe des abscisses est arbitraire, seule l’échelle est importante. Nous avons choisi de
représenter l’incrément des résonances des CPs par rapport au premier CP.

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Intensité des pixels spectraux (u.a.)

4.5 nm
Intensité des pixels spectraux (u.a.)

1.0 1.0
Théorique Expérimental

0.8 0.8
0 g/L 0 g/L
0.6 200 g/L 0.6 200 g/L

0.4 0.4

0.2 0.2

0.0 0.0

0 4 8 12 16 20 24 28 32 0 4 8 12 16 20 24 28 32
Incrément de la résonance (nm) Incrément de la résonance (nm)
(a) (b)

Fig. 4.26 : Représentation de l’intensité des pixels spectraux en fonction de l’incrément

de la résonance des CPs par rapport au premier CP : (a) données théoriques et (b)
données expérimentales pour la ligne 2.

ajustement numérique, qui est ici de 4.5 nm. Or ce décalage spectral est difficilement
mesurable avec les seuls points correspondant aux pixels spectraux (symboles), car ils
sont trop peu nombreux pour échantillonner correctement la courbe de calibration de
chaque solution, ce qui rendrait l’ajustement numérique imprécis. Cela est encore plus
évident sur les données expérimentales de la figure 4.26b : dans notre expérience, il
est pratiquement impossible d’associer la courbe de calibration aux courbes d’intensité
expérimentales. Les raisons principales en sont : les points de données sont trop peu
nombreux, la position des résonances est soumise à une incertitude (environ 0.6 nm,
voir section 4.3.2), et enfin la diaphotie perturbe les données.

Deux solutions pourraient permettre d’améliorer la mesure du décalage spectral

sur une ligne complète selon cette technique : premièrement, échantillonner la courbe
de calibration avec plus de points, c’est-à-dire avoir plus de CPs dont la résonance est
proche de celle de la source. Cela permettrait de mieux décrire la courbe de calibration,
et donc d’améliorer la sensibilité de la mesure du décalage spectral. Secondement, me-
surer l’intensité des CPs en temps réel en variant continument l’indice de réfraction de
l’analyte, pour pouvoir suivre l’évolution temporelle de chaque CP. La première solution
pourrait être implémentée en diminuant l’incrément des résonances du spectromètre in-
tégré, tandis que la seconde nécessite une cellule fluidique dynamique permettant la
circulation des fluides. En optimisant le dispositif de détection, ces deux solutions pour-

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 CHAPITRE 4 4.5. CONCLUSION

raient être mises en œuvre et permettraient une lecture du décalage spectral précise.

En conclusion de cette partie, nous avons démontré la mesure d’un décalage

spectral de l’ordre du dixième de nanomètre avec un simple dispositif d’imagerie sans
lentille. Ce travail sera suivi de futures expérimentations dans des conditions mieux
contrôlées, qui permettront d’augmenter la résolution, la robustesse et la reproductibi-
lité du dispositif de mesure. Notamment, la diminution de l’incrément de la résonance
entre CPs consécutifs, via l’optimisation de la conception du spectromètre intégré, per-
mettrait d’augmenter la résolution ; d’autre part, dans le système d’imagerie lui-même,
la circulation de fluides dans la cellule fluidique permettrait une mesure en temps réel,
plus robuste. De plus, la distance entre la puce et la caméra peut être diminuée, afin de
diminuer fortement la diaphotie entre les CPs. Enfin, le contrôle de la température est
primordial, afin de garantir que les conditions expérimentales sont constantes tout au
long de l’expérience, et reproductibles d’une expérience à l’autre. Mais malgré toutes
les limitations que nous avons évoquées, cette expérience préliminaire a démontré le
potentiel de notre dispositif d’imagerie pour mesurer de faibles variations d’indice de
réfraction.

4.5 Conclusion

Dans ce chapitre, nous avons d’abord présenté notre stratégie de mesure d’un
décalage spectral avec un dispositif d’imagerie sans lentille. Ce dispositif repose sur
l’illumination en incidence normale d’une puce de spectrométrie intégrée, comportant
un réseau de capteurs à cristaux photoniques dont les longueurs d’onde de résonance
sont échelonnées sur une large gamme spectrale dans le proche infrarouge. Nous avons
détaillé la conception des structures, qui permet un contrôle technologique précis et
robuste des incréments de résonances.

Nous avons ensuite validé expérimentalement la conception des capteurs par

des caractérisations structurales et spectrales. Celles-ci ont confirmé l’incrémentation
régulière des résonances de 2 nm avec un écart-type de 0.5 nm, sur une gamme de
plus de 50 nm. Une étude sur des structures identiques a également validé la bonne
reproductibilité du décalage spectral en réponse à un changement d’indice de réfraction,
avec un écart-type de 1.4 %.

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 4.5. CONCLUSION CHAPITRE 4

Nous avons enfin mis en œuvre une puce de spectrométrie intégrée dans un dis-
positif d’imagerie sans lentille. Ces mesures ont démontré l’obtention d’une information
spectrale à partir d’images prises par une caméra CMOS dans des solutions de glucose
de différentes concentrations. Elles ont permis d’extraire un décalage spectral des ré-
sonances des capteurs de 0.2 nm, avec une limite de détection LOD à l’état de l’art,
d’une valeur de 1.1 × 10−3 RIU, soit une densité de biomolécules à la surface du capteur
d’environ 50 ng · cm−2 . Néanmoins, en considérant toutes les pistes d’optimisation que
nous avons identifiées, cette LOD pourrait être largement optimisée afin de détecter des
variations d’indice de réfraction plus faibles de l’ordre de 10−4 RIU, et par conséquent
des quantités plus faibles de biomolécules. Ces études préliminaires ont ainsi validé le
principe du dispositif de détection qui fait l’objet de ce chapitre, et appellent un travail
d’optimisation vers une application dans la détection de biomolécules.

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 Conclusion générale et perspectives

Conclusion

Dans cette thèse, nous avons réalisé un dispositif de biodétection par voie optique,
compatible à la fois avec une application de criblage biomoléculaire et une utilisation en
Point-Of-Care. Ce système, qui a fait l’objet d’un dépôt de brevet, intègre une puce de
capteurs à cristaux photoniques dans un dispositif compact d’imagerie sans lentille. Les
capteurs à cristaux photoniques sont basés sur un design à double période, ce qui permet
d’une part une excitation en incidence normale par un faisceau étendu, et d’autre part
des performances optiques appropriées à la biodétection. Ces performances optiques sont
obtenues grâce à la localisation du champ électromagnétique au voisinage de l’interface
avec le milieu environnant. Nous nous sommes intéressés aux deux principaux défis liés
à ce système : la démonstration des performances des capteurs pour la détection de
couches biomoléculaires, et la mise en œuvre de ces capteurs au sein d’une plateforme
optique sans lentille avec une lecture directe en intensité, par un imageur CMOS.

Nous avons montré que nos capteurs présentent une bonne sensibilité volumique
de 200 nm · RIU−1 dans différentes solutions de glucose, et un haut facteur de qualité
d’environ 800, en accord avec les simulations numériques. Ces valeurs donnent une
figure de mérite expérimentale de 192 RIU−1 , supérieure à l’état de l’art des dispositifs
optiques intégrés. Ensuite, nous avons démontré expérimentalement la détection d’une
monocouche de BSA adsorbée à la surface des CPs. Nous en avons déduit la limite
de détection surfacique de nos capteurs, qui est de 10 ng · cm−2 , ce qui est comparable
à l’état de l’art. Nous sommes allés plus loin en fonctionnalisant nos capteurs avec
des sondes de biotine, et avons démontré la capture spécifique et la détection d’une
monocouche de streptavidine grâce à des mesures spectrales couplées à un contrôle par

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 CONCLUSION GÉNÉRALE ET PERSPECTIVES

fluorescence. Cette démonstration constitue un des résultats phare de la thèse.

Par la suite, nous avons souhaiter mettre en œuvre ces capteurs au sein d’une
plateforme de détection sans lentille, avec lecture directe sur un imageur CMOS. Nous
avons donc proposé l’intégration de la fonction de spectrométrie sur la puce, par le biais
d’un échelonnage fin et contrôlé des longueurs d’onde de résonance des capteurs. Cet
échelonnage est obtenu en variant la période et le décalage d’une rangée de trous sur
deux, ce qui permet de balayer une grande gamme spectrale de 60 nm tout en réalisant
des incréments de résonance très fins de 2 nm. Les résultats expérimentaux de caractéri-
sation structurale et optique ont mis en évidence une très bonne reproductibilité et une
bonne homogénéité des dispositifs, ce qui valide la conception du spectromètre intégré.

Nous avons ensuite effectué des mesures au sein d’un module d’imagerie sans
lentille, dont l’encombrement d’environ 10 × 5 × 5 cm est compatible avec les critères du
Point-of-Care. Le principe de fonctionnement du système a été validé en utilisant diffé-
rentes solutions de glucose. Après une analyse de la variation d’intensité de capteurs indi-
viduels mesurée par imagerie, nous avons présenté les éléments de méthode pour mesurer
le décalage spectral avec le spectromètre intégré. Lors d’une première démonstration,
nous avons obtenu une première évaluation de la limite de détection de 1.1 × 10−3 RIU,
ce qui correspondrait à une densité de biomolécules d’environ 50 ng · cm−2 . Nous avons
montré que l’optimisation du dispositif permettrait de descendre la limite de détection
autour de 1 × 10−4 RIU. Cette valeur est à l’état de l’art des dispositifs similaires. Cette
démonstration de l’imagerie sans lentille constitue ainsi l’aboutissement de ce travail
de thèse.

Perspectives

Les perspectives directes de ce travail se situent principalement dans le domaine

des capteurs photoniques et de l’imagerie sans lentille. Sur le plan technologique, la
conception de cristaux photoniques proposée dans cette thèse est compatible avec une
fabrication par photolithographie deep-UV. Cette technique de photolithographie per-
met d’envisager la fabrication de masse de dispositifs à cristaux photoniques. Cela ouvre
des perspectives dans de nombreux domaines où le coût de production est un enjeu.

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 CONCLUSION GÉNÉRALE ET PERSPECTIVES

Un champ important qui n’a pas été abordé dans cette thèse est l’intégration
d’un circuit microfluidique sur la puce photonique. Cette fonctionnalité permettra d’ef-
fectuer des mesures dynamiques de première importance pour la biodétection, ainsi que
d’améliorer la limite de détection. Mais elle sera surtout indispensable à terme, car
elle aura pour rôle d’acheminer les fluides biologiques depuis le lieu de collecte vers les
éléments sensibles de la puce. L’implémentation d’un circuit microfluidique constituera
ainsi une étape importante vers une application concrète de nos dispositifs.

Une des perspectives importantes de cette thèse est le criblage moléculaire. Les
puces ont été conçues pour ce criblage, via la fabrication de nombreux spectromètres
intégrés sur une faible surface. Nous avons fait un premier pas en démontrant la détec-
tion spécifique d’une protéine, la streptavidine. Il reste alors à étendre cette étude à la
détection simultanée de plusieurs marqueurs biologiques dans des milieux complexes,
qui se rapprochent des conditions d’analyse réelles. De telles démonstrations pourront
trouver un intérêt bien au-delà d’une utilisation en Point-of-Care, et pourraient toucher
des domaines allant de l’analyse environnementale à la recherche pharmaceutique.

À la suite de la démonstration de l’imagerie sans lentille, un travail d’ingénierie

est nécessaire pour réaliser un outil robuste et versatile. Ce travail couvre des enjeux
concrets comme le contrôle de la température, mais peut s’étendre jusqu’à des fonction-
nalités telles que l’apprentissage automatique (machine learning) pour l’analyse des
données. La prochaine étape sera la réalisation d’un prototype opérationnel, qui sera
transférable industriellement.

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 Annexe A

Simulation de la sensibilité en
fonction de la forme des trous

Comme on peut le constater sur les images MEB de la figure A.1, la forme des
trous de nos cristaux photoniques est polygonale, en raison de la forme polygonale des
motifs programmés dans le masque de lithographie utilisé lors de la fabrication des
échantillons. Pour étudier l’impact de la forme des trous sur la sensibilité volumique,
nous avons réalisé une simulation comparative d’un CP à double période de période
a = 300 nm avec des trous carrés de côté c = 2·a/3 et des trous circulaires de diamètre c.

Les résultats de cette simulation sont représentés sur la figure A.2 : elle repré-
sente l’évolution de la longueur d’onde de résonance d’un CP en fonction de l’indice
de réfraction ambiant, dans le cas où les trous sont ronds (courbe rouge) et carrés
(courbe noire). La sensibilité autour de l’indice de réfraction de l’eau (n = 1.33 RIU) est
de S◦ = 200 nm · RIU−1 pour les trous ronds, et de S = 219 nm · RIU−1 pour les trous
carrés, soit une valeur supérieure de 10 %. Pour nos CPs, la forme des trous réelle étant
entre ces deux cas extrêmes, nous pouvons estimer que la sensibilité sera une valeur
intermédiaire.

On peut noter que l’écart constant entre les deux courbes d’environ 50 nm s’ex-
plique par la différence du taux de remplissage du milieu ambiant dans le cristal (15.8 %
pour des trous ronds, 20.1 % pour des trous carrés) : plus cette fraction est élevée, plus
la longueur d’onde de résonance est faible.

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 ANNEXE A

Fig. A.1 : Imagerie par microscopie électronique à balayage (MEB) vu de dessus d’un
cristal photonique à double période fabriqués par lithographie électronique (rayons des
trous R1 = 99 nm et R2 = 90 nm (période a = 300 nm).
Longueur d'onde de résonance (nm)

980 Trous circulaires (diamètre a) Cellule élémentaire

Trous carrés (côté a) du cristal :

960 c
TR :
2·a
940 SO = 200 nm/RIU 15.8%
0.9c

920
c
900 TR :
2·a
S฀ = 219 nm/RIU 20.1% 0.9c
880
1.30 1.35 1.40 1.45
Indice de réfraction ambiant (RIU)

Fig. A.2 : Simulation comparée de la longueur d’onde de résonance d’un CP à double

période de période a = 300 nm avec des trous carrés de côté c = 2a/3 et circulaires
de diamètre c, en fonction de l’indice de réfraction du milieu ambiant (TR : taux de
remplissage du milieu ambiant).

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 Annexe B

Gravure des cristaux photoniques

par le PBS

Dans cette annexe, nous allons mettre en évidence la lente gravure de nos cristaux
photoniques par la solution de PBS (tampon phosphate salin) utilisée pour mettre
en solution les biomolécules. Cet effet a d’abord été observé expérimentalement en
mesurant en temps réel le spectre de micro-réflectivité d’un CP1 dans une solution de
PBS pendant 90 min. Ces spectres sont représentés sur la figure B.1, ainsi que l’évolution
de la longueur d’onde de résonance du CP au cours du temps, mesurée par un algorithme
d’ajustement numérique avec un modèle de Fano (courbe noire sur la figure B.1b).

On peut constater sur cette figure que la longueur d’onde de résonance diminue
au cours du temps, avec une vitesse d’environ −0.19 nm · h−1 . Sur cette expérience
de 90 min, on observe donc une diminution d’environ 0.3 nm. Nous avons également
mesuré le décalage spectral des spectres au cours du temps par rapport au premier
spectre mesuré, à l’aide de l’algorithme de corrélation présenté dans l’annexe D, et
cette mesure apporte des résultats similaires.

Deux facteurs peuvent expliquer cette diminution de la longueur d’onde de ré-

sonance : soit l’indice de réfraction de la solution diminue, soit les dimensions du CP
évoluent. Malheureusement, nous n’avons pas mesuré l’indice de réfraction de la solu-
tion avant et après les mesures optiques, nous ne pouvons pas exclure une évolution
1. Nettoyé selon la procédure décrite dans la section 2.3.1.

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 ANNEXE B

Décalage spectral de la résonance (nm)

Longueur d'onde de résonance (nm)
1.0 896.3 0.0
Micro-réflectivité (u.a.)

0.8 896.2 -0.1

t=0
0.6 t=10min
t=20min 896.1 -0.2
t=30min
0.4 t=40min
t=50min 896.0 -0.3
0.2 t=60min
t=70min Ajustement numérique linéaire
0.0 t=80min 895.9 pente : -0.19nm/h -0.4

894 895 896 897 898 899 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90

Longueur d'onde (nm) Temps (min)
(a) (b)

Fig. B.1 : Dérive de la longueur d’onde résonance d’un CP dans le PBS due à la gravure
de la structure : (a) spectres de micro-réflectivité et (b) suivi de la longueur d’onde de
résonance au cours du temps, mesurée par ajustement numérique avec un modèle de
Fano (courbe noire), et décalage spectral de la résonance par rapport au premier spectre,
mesuré par l’algorithme de corrélation détaillé dans l’annexe D (courbe rouge).

de celui-ci. Cependant, nous avons pu comparer des images MEB (Microscopie Électro-
nique à Balayage) de CPs avant et après exposition à la solution de PBS, présentées
sur la figure B.2.

La figure B.2a représente un CP avant exposition, et la figure B.2b après 18 jours

d’exposition au PBS. On peut observer que le rayons des trous a considérablement aug-
menté. Une analyse statistique sur une quarantaine de trous de chaque variété montre
une augmentation de 99 nm à 115 nm pour les petits trous, et de 109 nm à 126 nm
pour les grands trous, soit une augmentation d’environ 15 %. D’autre part, la période
du cristal reste inchangée. Le CP a donc été gravé, c’est-à-dire que l’oxyde natif et le
silicium sous-jacent ont été dissous dans la solution. Le mécanisme de gravure envisagé
est une dissolution de la silice par les ions contenus dans le PBS, puis une oxydation du
silicium mis à nu par l’eau, formant ainsi une nouvelle couche de silice, qui à son tour
se dissout.

Pour estimer l’impact de ces changements de dimensions sur la longueur d’onde

de résonance, nous avons utilisé une extrapolation basée sur les simulations de la lon-
gueur d’onde de résonance en fonction des paramètres structuraux (rayons des trous

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 ANNEXE B

(a) (b)

Fig. B.2 : Images MEB comparatives d’un échantillon avant et après exposition à
une solution de PBS 1X, illustrant la corrosion sous l’effet des ions contenus dans la
solution : (a) avant exposition au PBS 1X et (b) après exposition au PBS 1X pen-
dant 18 jours.

et période), qui avaient été utilisées pour déterminer le design des CPs lors de leur
conception (voir annexe E).
En première approximation, on peut estimer que la variation de longueur d’onde de
résonance devrait être d’environ −35 nm sous l’effet de l’agrandissement des trous. On
devrait donc observer une diminution d’environ 0.12 nm sur une expérience de 90 min.
Cette valeur extrapolée est certes plus faible que la valeur expérimentale de 0.3 nm, mais
nous n’avons pas d’information sur la linéarité de la gravure au cours du temps. Comme
la solution de PBS n’est pas renouvelée, la gravure de la silice peut être plus rapide au
début de l’exposition au PBS (au moment de la mesure optique) et diminuer avec le
temps, en raison de l’accumulation des produits de réaction qui ralentissent celle-ci. On
peut donc conclure que la surface des CPs a été gravée au cours de l’expérience, et cette
gravure est la cause principale de la diminution de la longueur d’onde de résonance.

Le comportement de la silice dans le PBS a été étudié dans les travaux de John
A. Rogers et al [104–106]. Ces publications étudient le comportement de la silice ther-
mique comme barrière de protection pour des dispositifs de type « électronique bio-
dégradable » (en anglais : transient electronics) implantables dans le corps humain,
et qui ont la propriété de se dissoudre en un temps contrôlé dans un milieu aqueux.
Dans la référence [105], les auteurs montrent que la silice thermique se dissout effective-
ment dans le PBS, à une vitesse de l’ordre de 10−2 nm · jour−1 à 22 ◦C dans le PBS 1X.
Cette vitesse est deux ordres de grandeur en dessous de la vitesse de gravure que nous
avons déterminée expérimentalement (environ 1 nm · jour−1 ). Cependant, notre étude
porte sur de la silice sous forme d’oxyde natif moins dense que la silice thermique, sur

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 ANNEXE B

1.0

Micro-réflectivité (u.a.)
0.8

0.6

0.4

0.2
Avant eau déionisée
0.0
Après eau déionisée

904 906 908 910 912 914 916 918 920

Longueur d'onde (nm)

Fig. B.3 : Spectres de micro-réflectivité d’un CP avant (courbe noire) et après exposition
à l’eau déionisée pendant 17 jours (courbe rouge).

des surfaces ayant subi la gravure des trous. On peut donc supposer que la vitesse de
dissolution de notre silice est plus élevée.

Contrôle dans l’eau déionisée

Pour aller plus loin, afin de confirmer que la gravure observée est bien causée
par le PBS, nous avons également comparé la longueur d’onde de résonance d’un CP
similaire avant et après exposition à de l’eau déionisée pendant 17 jours. Les spectres
de micro-réflectivité de ce CP sont représentés sur la figure B.3. On peut voir que la
résonance est identique sur les deux spectres. D’autre part, nous avons contrôlé que
l’indice de réfraction de l’eau déionisée n’avait pas évolué entre les deux mesures, ce
qui assure qu’aucun effet de gravure n’aurait été compensé par une variation d’indice.
On peut conclure de ces deux arguments que les dimensions des CPs n’ont pas évolué,
et que l’eau déionisée n’a pas d’effet de gravure sur l’échantillon. Le PBS semble donc
responsable de la gravure mise en évidence sur la figure B.2.

On peut conclure de cette étude que le PBS a une influence sur la longueur
d’onde de résonance des CPs qui y sont exposés à cause d’un effet de gravure qui
modifie leurs dimensions. Sur des temps d’expositions assez courts, cette gravure a une
influence négligeable sur la mesure optique. Cependant, si le décalage spectral dû à la
gravure du CP est du même ordre de grandeur que le décalage spectral que l’on souhaite

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 ANNEXE B

originalement mesurer, cet effet de gravure peut être problématique. Une des solutions
possibles pour éviter ce problème est d’utiliser de l’eau déionisée à la place du PBS
quand c’est possible, ou de protéger la surface, par exemple avec une couche de silane
(voir annexe E).

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 Annexe C

Fonctionnalisation de surface

Dans cette annexe, nous décrirons le procédé de fonctionnalisation des cristaux

photoniques. L’objectif de ce procédé est de fonctionnaliser la surface des structures avec
de l’ADN biotinylé, pour permettre la capture spécifique de molécules de streptavidine.
La fonctionnalisation de la surface est effectuée selon un protocole issu d’un procédé
standard applicable aux substrats de verre et de silicium (plein ou poreux) avec oxyde
natif, développé dans l’équipe Chimie et Nanobiotechnologies du laboratoire [107].
Ce procédé se base sur la chimie des silanes, qui sont particulièrement adaptés à la
fonctionnalisation de la silice. On leur greffe des brins d’ADN présentant une molécule
de biotine à leur extrémité, qui constitue la molécule « sonde » destinée à la capture de
la streptavidine, qui est la molécule « cible ». Ce couple est très utilisé dans la littérature,
car il présente plusieurs avantages pour une preuve de concept de biodétection :

• l’affinité entre ces deux molécules est forte : leur interaction est une des plus
fortes interactions non-covalentes connues (constante de dissociation de la réac-
tion B − S −−−−−−−→ B + S : Kd ≈ 1 × 10−15 mol · L−1 ), le complexe biotine-
dissociation

streptavidine est donc stable et difficile à briser ;

• la streptavidine a un fort poids moléculaire (Mstreptavidine = 52.8 kDa), elle est

donc volumineuse et induit une forte variation locale de l’indice de réfraction, ce
qui maximise le signal mesurable par notre capteur.

La figure C.1 schématise les étapes successives de la fonctionnalisation, qui seront dé-
taillées dans la suite de cette annexe. Les échantillons sont d’abord nettoyés puis oxydés

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 ANNEXE C

(a) (b) (c) (d) (e)

Fig. C.1 : Procédé de fonctionnalisation des cristaux photoniques : (a) nettoyage, (b)
silanisation, (c) acidolyse, (d) activation et (e) greffage de l’ADN biotinylé.

par traitement UV-ozone, afin de préparer la surface (a). Ils sont ensuite silanisés en
phase gazeuse selon un procédé développé dans le laboratoire [107] (b). Le silane ain-
si greffé à la surface est ensuite déprotégé par acidolyse (c), puis activé par réaction
avec du N-hydroxysuccinimide (NHS) pour former l’ester de NHS (d). Enfin, des micro-
gouttelettes d’une solution contenant des brins d’ADN modifiés avec un groupe amine
et porteurs de la biotine sont projetées individuellement sur chaque CP de l’échantillon.
Le groupe amine réagit avec l’ester de NHS (e), ce qui permet aux brins d’ADN de se
greffer au silane. Les CPs sont ainsi fonctionnalisés individuellement avec de la biotine.

C.1 Silanisation

Le procédé commence avec un nettoyage de la surface : l’échantillon est oxydé

dans une étuve à 300 ◦C pendant 45 min puis désoxydé dans une solution de BOE
à 12.5 % diluée 20 fois dans l’éthanol pour éliminer les impuretés en surface. La surface
est ensuite oxydée dans un ozoneur sous flux d’oxygène pendant 30 min pour rendre la
surface riche en liaisons Si−OH (fonctions silanol), sur lesquels se grefferont les chaines
de silane. Enfin, l’échantillon est déshydraté dans une étuve sous vide à 140 ◦C pendant
2 h, avant d’être silanisé.

Ensuite, la première étape de la fonctionnalisation consiste en la formation d’une

couche dense d’un silane, le tert-butyl-11-(dimethylamino)silylundecanoate, ou TD-

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 ANNEXE C

Fig. C.2 : Molécule de tert-butyl-11-(dimethylamino)silylundecanoate monofonctionnel

(TDSUM) utilisée pour greffer les molécules sondes à la surface des échantillons.

SUM, à la surface des puces. Cette molécule, schématisée sur la figure C.2, est un silane
monofonctionnel : à une extrémité de la chaine carbonée, un groupement silyle permet
à la molécule de réagir avec une liaison Si−OH disponible à la surface de l’échantillon,
tandis que l’autre extrémité est protégée par un groupe tert-butyle.

Il existe deux méthodes pour greffer la couche de silane : la méthode d’impré-

gnation en phase liquide, où l’échantillon est plongé dans un bain de pentane contenant
le TDSUM, et la méthode en phase gazeuse que nous utiliserons. Bien que la méthode
d’imprégnation en phase liquide produise une couche de silane généralement plus dense,
la méthode de silanisation en phase gazeuse produit des résultats plus reproductibles, et
est plus compatible avec l’industrialisation. Elle consiste en la vaporisation de TDSUM
liquide dans une étuve à 8 × 10−2 mbar à 140 ◦C pendant environ 15 h. Le silane se
condense sur l’échantillon et réagit avec les liaisons Si−OH disponibles. L’échantillon
est ensuite rincé au tétrahydrofurane puis au dichlorométhane. La surface est alors
recouverte de molécules de silane, dont l’extrémité libre est toujours protégée.

C.2 Greffage de l’ADN biotinylé

Nous allons maintenant décrire l’étape de greffage des molécules sondes sur un
échantillon silanisé, constituant la deuxième étape de la fonctionnalisation. Elle consiste
à modifier l’extrémité libre de la molécule de silane, protégée un groupe tert-butyle, en
remplaçant celui-ci par la molécule d’intérêt.

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 ANNEXE C

Une fois que la couche de silane est formée, son extrémité libre doit être déproté-
gée pour la rendre disponible à la réaction de greffage d’un brin d’ADN. On procède à
une acidolyse de l’ester carboxylique par un bain d’acide formique glacial pendant 7 h à
température ambiante. Le groupement de protection tert-butyle est éliminé, et la fonc-
tion acide carboxylique en bout de chaine du silane est désormais active. On effectue en-
suite une estérification du groupe carboxyle dans une solution de N-hydroxysuccinimide
(NHS) et N-N’-diisopropylcarbodiimide, pour obtenir un ester de NHS pouvant réagir
avec un groupe amine. Puis on rince l’échantillon au tétrahydrofurane puis au dichloro-
méthane.

On projette ensuite des micro-gouttelettes d’une solution contenant des brins

d’ADN biotinylés individuellement sur chaque CP, comme schématisé sur la figure C.3.
Cette technique, également appelée « spotting », est couramment utilisée pour réaliser
des biopuces (microarrays). De cette manière, l’ADN biotinylé est greffé uniquement
sur les cristaux, et l’espace entre les cristaux est laissé vierge.

Nous avons utilisé une solution de PBS 5X contenant 2 µmol · L−1 d’ADN bio-
tinylé, à laquelle on a ajouté 1.5 mol · L−1 de bétaïne pour ralentir l’évaporation de
la gouttelette et prolonger le temps de réaction. Le volume projeté sur chaque cristal
est d’environ 2 nl. Le groupement amine des brins d’ADN biotinylé réagit avec l’ester
de NHS présent à la surface de l’échantillon. Une incubation d’environ 2 h à tempé-
rature ambiante sous 60 % d’humidité relative permet le greffage des brins d’ADN
biotinylé. Après rinçage au PBS additionné d’un tensioactif facilitant le décrochage
des molécules adsorbées à la surface de la puce, puis à l’eau déionisée, on obtient des
cristaux photoniques fonctionnalisés avec la biotine, utilisables dans une expérience de
bio-reconnaissance de la streptavidine.

147

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 ANNEXE C

Fig. C.3 : Schéma de la fonctionnalisation individuelle des CPs par projection de

micro-gouttelettes d’une solution contenant des brins d’ADN biotinylé à la surface d’un
échantillon silanisé.

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 Annexe D

Méthodes de mesure de décalage

spectral

Un des défi expérimentaux de la thèse a été la mesure précise du décalage spec-

tral des résonances de cristaux photoniques, en comparant deux spectres de micro-
réflectivité mesurés dans différentes conditions expérimentales. Les décalages attendus
dans cette thèse sont typiquement de l’ordre du dixième de nanomètre pour la détection
de biomolécules (voir section 3.5 du chapitre 3). Cette valeur représente environ 10 %
de la largeur spectrale des résonances, ce qui est faible et rend difficile la mesure précise
du décalage spectral. Cela signifie que nous avons besoin de méthodes de mesure de
décalage spectral les plus précises possibles pour limiter les incertitudes. Dans cette
annexe, nous allons présenter succinctement une première méthode de mesure basée
sur des ajustements numériques, puis une seconde méthode basée sur un algorithme de
corrélation.

D.1 Méthode par ajustement numérique

Une première méthode pour obtenir la valeur du décalage spectral est d’effectuer
des ajustements numériques successivement sur les deux spectres, avec un modèle basé

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 ANNEXE D

sur l’équation de résonance de Fano, rappelée ci-dessous (équation D.1) :

(q + δ)2 + P ω − ω0
RF ano (δ) = R0 · avec δ =2· (D.1)
1 + δ2 Γ

Avec R0 et P des constantes, ω la pulsation (Hz) et ω0 la pulsation de résonance,

q le paramètre d’asymétrie de Fano, Γ la largeur de résonance (Hz). Ce modèle est
affiné pour prendre en compte les oscillations observables sur nos spectres de micro-
réflectivité1 . Après ajustement numérique sur les données expérimentales, on peut dé-
duire de ce modèle la longueur d’onde de résonance λ0 et le facteur de qualité Q pour
chacun des spectres :

2π · c ω0
λ0 = et Q =
ω0 Γ

On peut enfin extraire le décalage spectral en soustrayant les deux valeurs de λ0

ainsi obtenues. Cette méthode s’applique bien quand les spectres de micro-réflectivité
sont bien décrits par l’équation de notre modèle, comme dans l’exemple des spectres 1
et 2 tracés sur la figure D.1a. Cependant elle manque de précision quand la qualité
de l’ajustement est faible, comme dans le cas des spectres 3 et 4, représentés sur la fi-
gure D.1b. Sur cette figure, on peut en effet constater que les ajustements numériques ne
décrivent pas correctement les données expérimentales (en particulier sur le spectre 3),
ce qui rend impossible la détermination précise de la position de la résonance.

1. Voir chapitre 2, section 2.4.1 : ces oscillations sont dues à l’effet Fabry-Perot dans l’analyte
(oscillations de période ≈ 0.3 nm) et la lamelle de notre cellule fluidique (période ≈ 1.7 nm).

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 ANNEXE D

932 934 936 938 940 942 922 924 926 928 930 932 934
1.0 ∆λ 1.0
0.8 0.8
0.6 0.6
Micro-réflectivité (u.a.)

Micro-réflectivité (u.a.)
λ2
0.4 0.4
0.2 Expérimental 0.2 Expérimental
Spectre 2 Ajustement numérique Spectre 4 Ajustement numérique
0.0 0.0
1.0 1.0
0.8 0.8
0.6 λ1 0.6
0.4 0.4 Expérimental
0.2 Expérimental 0.2 Ajustement numérique
Spectre 1 Ajustement numérique Spectre 3
0.0 0.0
932 934 936 938 940 942 922 924 926 928 930 932 934
Longueur d'onde (nm) Longueur d'onde (nm)
(a) (b)

Fig. D.1 : résultats d’ajustements numériques de spectres de micro-réflectivité avec

un modèle basé sur l’équation de Fano : (a) bonne qualité et (b) mauvaise qualité
d’ajustement.

D.2 Méthode par corrélation

Nous avons donc développé une deuxième méthode de mesure du décalage spec-
tral basée sur un algorithme de corrélation, pour les cas où l’ajustement numérique ne
donne pas de résultats satisfaisants. L’algorithme se base sur la comparaison de deux
spectres de formes superposables : il décale le second spectre en cherchant à le superpo-
ser au premier, et le décalage spectral ∆λ retourné par l’algorithme est celui optimise
la superposition, comme l’illustre l’exemple de la figure D.2, qui reprend les mêmes
spectres que la figure D.1b.
Sur la figure D.2b, on peut constater que si on décale le spectre 4 de la valeur ∆λ déter-
minée par l’algorithme (spectre tracé en vert), celui-ci se superpose bien au spectre 3
dans la zone d’intérêt, c’est-à-dire au voisinage de la résonance.

Avec cette méthode, on ne mesure donc plus individuellement la longueur d’onde

de résonance des deux spectres, mais on mesure directement le décalage spectral. Cela
offre l’avantage de ne pas nécessiter de modèle mathématique pour décrire des spectres,
en plus de proposer une mesure robuste à condition que les spectres aient la même
forme.

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 ANNEXE D

Micro-réflectivité (u.a.)

Micro-réflectivité (u.a.)
1.0 1.0

0.8 0.8
∆λ
0.6 0.6

0.4 0.4
Spectre 3
0.2 Spectre 3 0.2 Spectre 4
Spectre 4 Spectre 4 décalé de ∆λ
0.0 0.0

922 924 926 928 930 932 922 924 926 928 930 932
Longueur d'onde (nm) Longueur d'onde (nm)
(a) (b)

Fig. D.2 : Mesure du décalage spectral entre les spectres de la figure D.1b par notre
algorithme de corrélation : (a) spectres de micro-réflectivité expérimentaux et (b) déter-
mination du décalage optimal ∆λ du spectre 4 pour correspondre au spectre 3.

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 Annexe E

Dimensions des cristaux

photoniques du spectromètre
intégré

Cette annexe récapitule les dimensions visées des cristaux photoniques compo-
sant notre spectromètre intégré. La comparaison des valeurs visées et expérimentales des
CPs permet d’extrapoler leur longueur d’onde de résonance, à l’aide de lois de variation
issues de simulations RCWA. Ces lois nous ont permis d’expliquer les caractérisations
optiques présentées dans la section 4.3.2 du chapitre 4.

E.1 Dimensions des CPs visées

L’architecture des CPs est rappelée sur la figure E.1, et les dimensions visées de
chaque CP sont répertoriées dans le tableau E.2. Comme détaillé dans la section 4.2.3 du
chapitre 4, la variation des paramètres structuraux permet d’échelonner les résonances
des CPs par incréments de 2 nm sur la gamme spectrale 920 à 972 nm.

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 ANNEXE E

Fig. E.1 : Architecture des cristaux photoniques composant le spectromètre intégré :

structure à double période (alternance du rayon des trous R1 et R2 ) avec déplacement
des petits trous s.

Résonance Période Grand Petit Décalage

visée rayon rayon petits trous
λres (nm) a (nm) R1 (nm) R2 (nm) s (nm)
CP A 920 288 96 86 0
CP B 922 288 96 86 16
CP C 924 288 96 86 23
CP D 926 288 96 86 28
CP E 928 288 96 86 33
CP F 930 288 96 86 37
CP G 930 292 97 87 0
CP H 932 292 97 87 16
CP I 934 292 97 87 23
CP J 936 292 97 87 28
CP K 938 292 97 87 33
CP L 940 292 97 87 37
Tab. E.2 : Dimensions des cristaux photoniques au sein du spectromètre intégré.

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 ANNEXE E

Résonance Période Grand Petit Décalage

visée rayon rayon petits trous
λres (nm) a (nm) R1 (nm) R2 (nm) s (nm)
CP M 940 296 99 89 0
CP N 942 296 99 89 16
CP O 944 296 99 89 23
CP P 946 296 99 89 28
CP Q 948 296 99 89 33
CP R 950 296 99 89 37
CP S 950 300 100 90 0
CP T 952 300 100 90 16
CP U 954 300 100 90 23
CP V 956 300 100 90 28
CP W 958 300 100 90 33
CP X 960 300 100 90 37
CP Y 960 304 101 91 0
CP Z 962 304 101 91 16
CP AA 964 304 101 91 23
CP BB 966 304 101 91 28
CP CC 968 304 101 91 33
CP DD 970 304 101 91 37
CP EE 970 307 102 92 0
CP FF 972 307 102 92 16

Tab. E.3 : Dimensions des cristaux photoniques au sein du spectromètre intégré (suite).

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 ANNEXE E

E.2 Lois de variations de la résonance en fonction

des dimensions

Nous avons présenté une analyse statistique des images MEB des structures dans
la section 4.3.1 du chapitre 4. Nous allons détailler ici le calcul du décalage spectral
induit par les variations de dimensions, à l’aide des lois de variation de la résonance
issues de simulations RCWA, et données par les équations E.1 à E.3 :

( )
2R1
∆λR1 = −1.57 × ∆ × a0 (E.1)
a

( ) ( )
2R1 R2
∆λR2 = −0.816 × ∆ ×∆ × a0 (E.2)
a R1

∆λa = 2.56 × ∆a (E.3)

Où a0 = 300 nm est la période de l’architecture de base. Ces lois ont été utilisées
dans le chapitre 4 pour extrapoler les longueurs d’onde de résonance des CPs à partir
de leurs dimensions mesurées expérimentalement (voir section 4.3.2 et figure 4.16). Un
exemple d’extrapolation pour le CP X de la figure 4.16 est donné dans le tableau E.4.
On précisera que l’impact du décalage s suit la loi d’évolution présentée dans la section
conception du chapitre 4 (figure 4.7). La résonance de ce CP est visée à 960 nm et mesu-
rée expérimentalement à 920.0 nm, soit un écart de ∆λexp = −40.0 nm. L’extrapolation
montre que cet écart est majoritairement dû au rayon R1 trop grand ; et la somme des
contributions des différents écarts de dimensions de ∆λextrap = −37.4 nm permet de
retrouver la valeur expérimentale.

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 ANNEXE E

Visé (nm) Expérimental (nm) Écart (nm) Impact sur la résonance

a 300 301 +1 ∆λa = +3.7 nm
R1 100 108.7 +8.7 ∆λR1 = −42.9 nm
R2 90 98.3 +8.3 ∆λR2 = −0.2 nm
s 37 40 +3 ∆λs = +2.0 nm
λres 960.0 920.0 −40.0
Total ∆λextrap = −37.4 nm

Tab. E.4 : Exemple d’extrapolation de la longueur d’onde de résonance d’un CP à partir

de ses dimensions mesurées expérimentalement à partir d’images MEB.

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 Annexe F

Filtrage par polariseurs croisés

Dans le dispositif d’imagerie sans lentille présenté dans le chapitre 4, on utilise

des polariseurs croisés afin de filtrer la portion du spectre lumineux hors de la résonance.
Cette annexe détaille l’intérêt de ce filtrage pour avoir le meilleur rapport signal/bruit
en imagerie.

Nous avons vu dans le chapitre 3 que le spectre de réflexion de nos CPs présente
un profil de Fano ; par conséquent, le spectre de transmission correspond également à
un profil de Fano, tel que celui représenté en bleu sur la figure F.1. Or dans un tel
profil, l’intensité au voisinage de la résonance varie peu par rapport à l’intensité hors
résonance, et par conséquent le contraste d’intensité entre le signal utile (autour de la
résonance) et le signal de fond est faible.

Ce profil de Fano est le résultat de l’interférence entre un mode continu et un

mode discret à la résonance. Ici, le mode continu est la partie du faisceau incident qui
traverse la structure, et le mode discret est le faisceau rayonné par le cristal. L’intensité
de ce dernier présente un profil de Lorentz (courbe rouge sur la figure F.1), décrit par
l’équation F.1 :

T0
TLorentz (λ) = ( )2 (F.1)
λ−λ0
1 + 2Q × λ0

Où T0 est une constante, λ0 est la longueur d’onde de résonance et Q est le

facteur de qualité. Dans ce profil, l’intensité est proche de zéro partout en dehors de la

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 ANNEXE F

1.0 Fano
Lorentz
0.8

Intensité (u.a.)
0.6

Signal utile
0.4

0.2

0.0

Longueur d'onde (nm)

Fig. F.1 : Comparaison des profils de Fano et de Lorentz de même facteur de quali-
té Q = 1000.

résonance. Le contraste entre le signal utile et le signal de fond est donc élevé, ce qui
est avantageux pour notre système de mesure.

Le faisceau rayonné par le CP est polarisé suivant les directions privilégiées de la

−
→
structure, en l’occurrence le champ électrique E CP s est parallèle aux rangées de trous
de même rayon, comme nous l’avons vu dans le chapitre 3. Pour améliorer le contraste et
donc le rapport signal/bruit, on peut tirer parti de cette polarisation avec un système
de filtrage du mode continu en configuration de polariseurs croisés, similairement à
la technique de microscopie en lumière polarisée [108]. Dans cette configuration, on
−
→
excite les CPs avec un faisceau dont le champ électrique E inc est polarisé à −45° par
−
→
convention. On dispose le cristal de telle manière que E CP s soit à 0°, c’est-à-dire à 45°
de la polarisation du faisceau incident, ce qui assure le couplage entre les deux. À ce
stade, le faisceau transmis à travers le CP présente un profil de Fano. On place ensuite
−
→
un polariseur à 45° : celui-ci va absorber le signal continu E inc polarisé à −45°, et
−
→
transmettre la projection de E CP s sur son axe de transmission. On obtient ainsi un
−
→
faisceau E out polarisé à 45°, présentant un profil de Lorentz, plus propice à un bon
rapport signal/bruit.

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 FOLIO ADMINISTRATIF

THESE DE L’UNIVERSITE DE LYON OPEREE AU SEIN DE L’INSA LYON

NOM : GAIGNEBET DATE de SOUTENANCE : 11/12/2020

Prénom : Nicolas

TITRE : Réalisation et caractérisation de puces de capteurs à cristaux photoniques : vers un dispositif de biodétection intégré

NATURE : Doctorat Numéro d'ordre : 2020LYSEI128

Ecole doctorale : Electronique, Electrotechnique, Automatique et traitement du signal (EEA)

Spécialité : Electronique, micro et nanoélectronique, optique et laser

RESUME : Les besoins en matière d'analyse moléculaire portative sont croissants, comme dans le cadre de la médecine
d'urgence, le dépistage médical précoce, ou encore le contrôle sanitaire des denrées alimentaires. Ces besoins mènent au
développement de biocapteurs performants répondant aux critères du « Point-of-Care » (POC), c'est-à-dire la détection sur le
lieu d'intervention, que ce soit au chevet du patient, dans un cabinet de médecin, etc. Les capteurs POC ont pour fonction
principale de réduire la durée nécessaire aux analyses, afin d'être en mesure de prendre une décision thérapeutique la plus
rapide. De plus, grâce à leur mobilité ils permettent de proposer des analyses médicales dans les zones éloignées des centres
hospitaliers et des laboratoires d’analyses.
L'objectif de cette thèse est de développer un dispositif de détection optique compatible avec les critères du POC et permettant
de répondre aux besoins en termes de criblage moléculaire dans ce type d’analyses. Afin de répondre à ces critères, ce dispositif
devra être portable, rapide, bas-coût, et capable de détecter plusieurs biomolécules en parallèle avec une puce jetable, tout en
présentant de bonnes performances de détection. L'approche présentée dans ce manuscrit consiste en un dispositif d'imagerie
sans lentille, utilisant une puce de cristaux photoniques en silicium, avec une illumination en incidence normale par une source
lumineuse bas-coût.
Les résultats phare de cette thèse sont d’une part la démonstration d’une détection spécifique de biomolécules à l'aide de nos
capteurs à cristaux photoniques, et d’autre part la démonstration de puces à cristaux photoniques intégrant une fonction de
spectrométrie pour une application de détection en imagerie sans lentille compatible avec les critères du POC.

MOTS-CLÉS : Nanophotonique, biocapteur sans marquage, Point-of-Care, cristal photonique, imagerie sans lentille.

Laboratoire (s) de recherche : Institut des Nanotechnologies de Lyon – UMR5270

Directeur de thèse: Taha Benyattou

Président de jury :

Composition du jury :
M. CASSAN, Éric Professeur des Universités Rapporteur
M. WEHRSPOHN, Ralf Professeur Rapporteur
Mme LEREU, Aude Chargée de Recherche Examinatrice
M. HADJI, Emmanuel Ingénieur CEA (HDR) Examinateur
M. DUPOY, Mathieu Ingénieur CEA Invité
M. POUTEAU, Patrick Ingénieur Avalun Invité
M. BENYATTOU, Taha Directeur de recherche Directeur de thèse
Mme JAMOIS, Cécile Chargée de recherche Co-directrice de thèse

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