SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE

SEGOU
Ministère de l’Education Nationale REPUBLIQUE DU MALI
l’Enseignement Supérieur et de la
Recherche Scientifique
UN PEUPLE- UN BUT – UNE FOI

UNIVERSITE DES SCIENCES DES

TECHNIQUES ET DES TECHNOLOGIES
DE BAMAKO

FACULTE DE PHARMACIE
ANNEE UNIVERSITAIRE 2020-2021 N°……/…….

THESE

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES

BACTERIES ISOLEES DES URINES A
LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

Présentée et soutenue publiquement le 12/02/2021 devant la

Faculté de Pharmacie par

M. Tahirou COULIBALY
Pour obtenir le grade de Docteur en Pharmacie
(Diplôme d’Etat).

Jury
Président : Pr AMAGANA DOLO
Membres : Dr AMINATA MAIGA
: Pr SAHARE FONGORO
Co-Directrice : Dr MARIAM TRAORE
Directeur : Pr IBRAHIM IZETIEGOUMA MAIGA

Thèse de Pharmacie Cheick

 SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

LISTE DES ENSEIGNANTS DE LA FACULTÉ DE PHARMACIE

ANNÉE UNIVERSITAIRE : 2019-2020
ADMINISTRATION
Doyen : Boubacar TRAORE, Professeur
Vice-Doyen : Sékou BAH, Maître de conférences
Secrétaire principal : Seydou COULIBALY, Administrateur civil
Agent comptable : Ismaël CISSE, Contrôleur des Finances.
PROFESSEURS HONORAIRES

N° PRENOMS NOM SPECIALITE

1 Flabou BOUGOUDOGO Bactériologie-Virologie
2 Boubacar Sidiki CISSE Toxicologue
3 Mahamadou CISSE Biologie
4 Daouda DIALLO Chimie Générale et Minérale
5 Souleymane DIALLO Bactériologie - Virologie
6 Kaourou DOUCOURE Physiologie
7 Ousmane DOUMBIA Législation
8 Boulkassoum HAÏDARA Législation
9 Gaoussou KANOUTE Chimie analytique
10 Alou A. KEÏTA Galénique
11 Mamadou KONE Physiologie
12 Mamadou KOUMARE Pharmacognosie
13 Brehima KOUMARE bactériologie-Virologie
14 Abdourahamane S. MAÏGA Parasitologie
15 Saïbou MAÏGA Législation
16 Elimane MARIKO Pharmacologie
17 Sékou TRAORE Zoologie

DER : SCIENCES BIOLOGIQUES ET MEDICALES

1. PROFESSEURS/DIRECTEURS DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Mounirou BABY Hématologie
2 Bakary Mamadou CISSE Biochimie
3 Abdoulaye DABO Biologie/Parasitologie
4 Mahamadou DIAKITE Immunolgie-Génétique
5 Alassane DICKO Santé Publique
6 Abdoullaye DJIMDE Parasitologie-Mycologie
7 Amagana DOLO Parasitologie – Mycologie
8 Akory Ag IKNANE Santé Publique / Nutrition

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY I

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9 Ousmane KOITA Biologie-Moléculaire

10 Boubacar TRAORE Parasitologie-Mycologie
2. MAITRES DE CONFÉRENCES/MAITRES DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Aldjouma GUINDO Hématologie
2 Kassoum KAYENTAO Santé publique/ Bio-statistique
3 Bourèma KOURIBA Immunologie Chef de DER
4 Issaka SAGARA Bio-statistique
5 Mahamadou Soumana SISSOKO Bio-statistique
6 Ousmane TOURE Santé Publiq/Santé environnement
3. MAITRES ASSISTANTS/CHARGES DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Mohamed AG BARAIKA Bactériologie-virologie
2 Charles ARAMA Immunologie
3 Boubacar Tiétiè BISSAN Biologie clinique
4 Djibril Mamadou COULIBALY Biochimie clinique
5 Seydou Sassou COULIBALY Biochimie clinique
6 Antoine DARA Biologie moléculaire
7 Souleymane DAMA Parasitologie-Mycologie
8 Djénéba Koumba DABITAO Biologie moléculaire
9 Laurent DEMBELE Biotechnologie Microbienne
10 Klétigui Casimir DEMBELE Biochimie clinique
11 Seydina S. A. DIAKITE Immunologie
12 Yaya GOÏTA Biochimie clinique
13 Ibrahima GUINDO Bactériologie-virologie
14 Aminata KONE Biologie moléculaire
15 Birama Apho LY Santé publique
16 Almoustapha Issiaka MAÏGA Bactériologie-Virologie
17 Dinkorma OUOLOGUEM Biologie Cellulaire
18 Fanta SANGHO Santé Publiq/Santé communautai
19 Oumar SANGHO Epidémiologie
4. ASSISTANTS/ATTACHES DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Djénéba COULIBALY Nutrition/Diététique
2 Issa DIARRA Immunologie
3 Fatou DIAWARA Epidémiologie
4 Merepen dit Agnès GUINDO Immunologie
5 Falaye KEÏTA Santé publiq/Santé Environnemen
6 N’Deye Lallah Nina KOITE Nutrition
7 Amadou Birama NIANGALY Parasitologie-Mycologie
8 Djakaridia TRAORE Hématologie
DER : SCIENCES PHARMACEUTIQUES
1. PROFESSEURS/DIRECTEURS DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Drissa DIALLO Pharmacognosie
2 Rokia SANOGO Pharmacognosie Chef de DER

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY II

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2. MAITRES DE CONFÉRENCES/MAITRES DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM SPECIALITE
- Néant - -

3. MAITRES ASSISTANTS/CHARGES DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Loséni BENGALY Pharmacie hospitalière
2 Bakary Moussa CISSE Galénique
3 Yaya COULIBALY Législation
4 Issa COULIBALY Gestion
5 Balla Fatogoma COULIBALY Pharmacie hospitalière
6 Mahamane HAÏDARA Pharmacognosie
7 Hamma Boubacar MAÏGA Galénique
8 Moussa SANOGO Gestion
9 Adiaratou TOGOLA Pharmacognosie

4. ASSISTANTS/ATTACHES DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Seydou Lahaye COULIBALY Gestion pharmaceutique
2 Daouda Lassine DEMBELE Pharmacognosie
3 Adama DENOU Pharmacognosie
4 Sékou DOUMBIA Pharmacognosie
5 Assitan KALOGA Législation
6 Ahmed MAÏGA Législation
7 Aïchata Ben Adam MARIKO Galénique
8 Aboubacar SANGHO Législation
9 Bourama TRAORE Législation
10 Karim TRAORE Sciences pharmaceutiques
11 Sylvestre TRAORE Gestion pharmaceutique
12 Aminata Tiéba TRAORE Pharmacie hospitalière
13 Mohamed dit Sarmoye TRAORE Pharmacie hospitalière

DER : SCIENCES DU MÉDICAMENT

1. PROFESSEURS/DIRECTEURS DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Benoît Yaranga KOUMARE Chimie Analytique
2 Ababacar I. MAÏGA Toxicologie

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY III

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2. MAITRES DE CONFERENCES/MAITRES DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Sékou BAH Pharmacologie Chef de DER

3. MAITRES ASSISTANTS/CHARGES DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Dominique Patomo ARAMA Pharmacie chimique
2 Mody CISSE Chimie thérapeutique
3 Ousmane DEMBELE Chimie thérapeutique
4 Tidiane DIALLO Toxicologie
5 Madani MARIKO Chimie Analytique
6 Hamadoun Abba TOURE Bromatologie

4. ASSISTANTS/ATTACHES DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Mahamadou BALLO Pharmacologie
2 Dalaye Bernadette COULIBALY Chimie analytique
3 Blaise DACKOUO Chimie analytique
4 Fatoumata DAOU Pharmacologie
5 Abdourahamane DIARA Toxicologie
6 Aiguerou dit Abdoulaye GUINDO Pharmacologie
7 Mohamed El Béchir NACO Chimie analytique
8 Mahamadou TANDIA Chimie analytique
9 Dougoutigui TANGARA Chimie analytique

DER : SCIENCES FONDAMENTALES

1. PROFESSEURS/DIRECTEURS DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Mouctar DIALLO Biologie/ Chef de DER
2 Mahamadou TRAORE Génétique

2. MAITRES DE CONFÉRENCES/MAITRES DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Lassana DOUMBIA Chimie appliquée

3. MAITRES ASSISTANTS/CHARGES DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Mamadou Lamine DIARRA Botanique-Biologie végétale
2 Abdoulaye KANTE Anatomie
3 Boureima KELLY Physiologie médicale

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY IV

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4. ASSISTANTS/ATTACHES DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Seydou Simbo DIAKITE Chimie organique
2 Modibo DIALLO Génétique
3 Moussa KONE Chimie Organique
4 Massiriba KONE Biologie Entomologie

CHARGES DE COURS (VACATAIRES)

N° PRENOMS NOM SPECIALITE
1 Cheick Oumar BAGAYOKO Informatique
2 Babou BAH Anatomie
3 Souleymane COULIBALY Psychologue
4 Yacouba COULIBALY Droit commercial
5 Bouba DIARRA Bactériologie
6 Moussa I DIARRA Biophysique
7 Babacar DIOP Chimie
8 Aboubakary MAÏGA Chimie organique
9 Massambou SACKO SCMP/SIM
10 Modibo SANGARE Anglais
11 Satigui SIDIBE Pharmacie vétérinaire
12 Sidi Boula SISSOKO Histologie-embryologie
13 Fana TANGARA Maths
14 Djénébou TRAORE Sémiologie/Pathologie médicale
15 Mamadou B TRAORE Physiologie
20 Boubacar ZIBEÏROU Physique

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY V

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DEDICACES
Je dédie ce travail :
A ALLAH, Le Tout Miséricordieux Le Très Miséricordieux pour sa grâce
Puisse ALLAH le Tout Puissant m’éclairer de Sa lumière à cause de celui sans
lequel le monde ne serait jamais sorti du néant (paix et salut sur lui !).
Au prophète Mouhammad (paix et salut d’ALLAH soient sur lui)
A mon grand-père Moctar coulibaly
A mon père Adama coulibaly en plus de ton nom, tu m’as aussi donné ta
religion, la foi et surtout la discipline.
A la famille feue karim Coulibaly
Vous m’avez traité plus qu’un membre de votre famille. Je n’ai pas de mot pour
exprimer l’affection et le soutien que vous avez fait envers ma personne. Que
l’âme de mon cher Grand-père repose en paix. Je souhaiterais longévité et
meilleure santé à ma chère Tante Mariam coulibaly
A ma mère Adiaratou Coulibaly
Chère mère, tu es tout pour nous. Qu’ALLAH Le Tout Puissant t’accorde
longue vie et meilleure santé pour rester toujours auprès de nous !
A mes encardreurs et aux membres du jury
Pour votre réceptivité et encadrement.
A mes oncles, tantes, frères, sœurs, cousins, cousines de la famille à Ségou,
Je ne citerai pas de nom sinon je risquerais de ne pas mentionner les tous.
Retrouvez toutes et tous mon affection et ma profonde reconnaissance pour
votre soutien. Qu’ALLAH unifie notre lien de parenté !
A mes oncles, tantes, cousins, cousines, nièces, neveux de nos familles à
Bamako,
Les mots me manquent pour exprimer ce que je ressens. Recevez ici ma
profonde reconnaissance. Qu’ALLAH le tout puissant vous accorde une longue
vie afin de bénéficier de ce modeste travail !

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY VI

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REMERCIEMENTS
Aux familles Coulibaly de Ségou et Bamako,
A la famille Coulibaly de Bamako,
Je me suis senti chez moi grâce à votre hospitalité et votre affection, vous
m’aviez accueilli comme un de vous. Je vous remercie infiniment.
Qu’ALLAH vous bénisse !
Aux personnels de laboratoire de Ségou,
ZAMBLE SOGODOGO, DAOUDA DAOU, OUMAR FAYE, LASSINE
COULIBALY MARIAM BAGAYOKO SOULEYMANE KANTA
BOURAMA KOLO OUSMANE KASSOGUE AMINATA COULIBALY
ALASSANE BAGAYOKO KALIFA COULIBALY, FATOUMATA
TRAORE etc. … Vous m’avez accueilli chaleureusement dans votre Service.
Ma thèse fut une de votre préoccupation majeure. Une de vos qualités qui m’a
beaucoup impressionné, c’est votre conseil quotidien. Qu’ALLAH le Tout
Puissant vous protège et vous accorde une longue vie couronnée de santé et de
bonheur !
Recevez tout mon respect et toute ma reconnaissance pour le soutien sans faille
que vous m’avez accordé.
A mon encadreur Dr MARIAM TRAORE,
Pour votre disponibilité, sens de partage et votre patience.
A mes aînés
Dr SOULEYMANE SOGOBA, Dr Ahmadou HAIDARA, Dr MARIAM
SOW, Dr BAKARY TRAORE , Dr Cheick Sangaré, Dr Michel Coulibaly
pour la bonne collaboration et vos soutiens.
A tous ceux qui ont, de près ou de loin, bien voulu guider ce travail,
Merci pour vos aides financières et matérielles.
A tous mes enseignants qui m’ont enseigné du primaire au supérieur en
passant par le secondaire,
Retrouvez ici tout mon respect et toute ma reconnaissance

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY VII

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A mes amis de la dixième promotion du Numerus,

Chers camarades, nous avons eu des moments haut et bas, et cela ne nous a pas
empêché de persévérer et Dieu merci nous récoltons aujourd’hui ce fruit,
recevez mes respects les plus distingués.
A mes amis,
Aser Diarra, Dr Souleymane sogoba, Dr Magni dembélé, Dr Ousmane
coulibaly, Dr Bakary coulibaly, Dr Samba bagayoko, Dr Cheick Massour
haidara, Ahamadou Maiga, Amadou Diakité et ma très chère épouse
Habibatou Diakité Pour l’assistance et les conseils.
A l’amicale des étudiants ressortissants de Ségou et sympathisants :
AMERS
A ma patrie le Mali
Merci à tous qui de près ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail.

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY VIII

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HOMMAGE AUX MEMBRES DU JURY

A notre Maitre et Président du jury
Professeur AMAGANA DOLO
 Professeur titulaire de parasitologie-mycologie à la faculté de
pharmacie ;
 Directeur de l’école doctorale des sciences et des technologies du
Mali (EDSTM) ;
 Coordinateur du DES de biologie clinique a la faculté de
pharmacie ;
 Enseignant-chercheur au MRTC ;
Cher Maitre,
C’est un grand honneur que vous nous faites en acceptant de présider ce jury.
Nous avons été profondément touchés par la qualité de votre enseignement,
votre pédagogie, votre rigueur dans la démarche scientifique et votre simplicité
font de vous un maître admiré et respecté de tous.
Veuillez recevoir ici cher maître, l’expression de notre sincère reconnaissance.

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY IX

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A notre Maitre et Juge

Professeur Saharé Fongoro
 Professeur de néphrologie
 Chef de service de néphrologie et hémodialyse au CHU du point G
 Praticien hospitalier au CHU du point G
 Officier de l’ordre de mérite de la santé
Cher maître,
Permettez-nous de vous remercier pour vos remarques pertinentes dont nous
avons tenu compte pour l’amélioration de notre travail. Nous sommes persuadés
qu’au-delà de ce jury, vous resterez pour nous un maître, un juge et un expert
auprès de qui nous pourrons nous ressourcer dans l’exercice de la profession

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY X

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A notre maitre et juge

Docteur Aminata MAIGA
- Maitre-assistante de Bactériologie-virologie à la FMOS de
l’Université des sciences des Techniques et des Technologies de
Bamako (USTTB)
- Praticien hospitalier au CHU du point-G
- Membre du groupe de coordination multifactorielle pour la lutte
contre la résistance antibactérienne (RAM)
- Chef de service par intérim du Laboratoire de Bactériologie-
virologie.

Cher maître,
Nous avons beaucoup admiré vos qualités scientifiques, pédagogiques et
humaines. Votre disponibilité, la valeur de vos connaissances font de vous un
exemple.

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XI

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

A notre maitre et co-directrice de thèse

Dr MARIAM TRAORE
 Docteur en pharmacie
 Chef de service de laboratoire d’analyse médicale de L’Hôpital
NIANAKORO FOMBA de Ségou
 Responsable de contrôle de qualité des réactifs d’analyse
En plus de votre éloquence et de votre haute culture scientifique, la rigueur,
l’abnégation dans le travail, le sens élevé de la responsabilité sont des vertus qui
caractérisent votre réussite et votre maintien au plus haut niveau, faisant de vous
un exemple.
Trouvez ici toute notre admiration ainsi que notre profond respect.

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XII

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A notre maitre et directeur de thèse

Professeur Ibrahim I Maïga
 Professeur de bactériologie-virologie à la faculté de médecine et
d’odontostomatologie ;
 Ancien vise doyen à la FMPOS ;
 Chef de service du laboratoire de biologie médicale et hygiène
hospitalière du CHU du point G ;
 Chevalier de l’ordre de mérite de la santé ;

Cher maître,
Votre disponibilité nous a permis d'apprécier en vous vos imminentes qualités
humaines et scientifiques.
Nous ne saurions jamais trouver les mots pour vous témoigner de notre
reconnaissance non seulement pour l'intérêt que vous accordez à notre bonne
formation, mais aussi la spontanéité avec laquelle vous avez accepté de la
présider.
Votre rigueur dans la démarche scientifique et votre amour pour le travail bien
fait font de vous un maître exemplaire.
Veuillez accepter cher maître, le témoignage de notre profond respect et de
notre sincère gratitude.

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XIII

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LA LISTE DES ABREVIATIONS :

IU : infection urinaire
ECBU : examen cytobactériologique des urines
I : intermédiaire
R : résistant
S : sensible
CASFM : Comite d’antibiotique de la société française de microbiologie.

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XIV

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I. INTRODUCTION
1. Objectif général
2 .Objectifs spécifique
II. GENERALITE
1-PHYSIOPATHOLOGIE DE L’INFECTION URINAIRE :
1-1-Les voies de pénétration des germes :
1-1-1 La voie ascendante :
1-1-2 La voie descendante ou hématogène :
1-1-3 La voie lymphatique :
1-2 Moyens de défense de l’hôte :
1-3 Facteurs favorisant l’infection :
1-3-1 Facteurs liés à l’hôte :
1-3-1-1 Facteurs urologiques :
1-3-1-2 Facteurs selon le terrain :
1-3-1-3 Certaines attitudes:
1-3-2 Pouvoir pathogène des bactéries :
2- ASPECTS CLINIQUES DES INFECTIONS URINAIRES :
2-1- L’urétrite aigue :
2-2- La prostatite aigüe :
2-3- Cystite :
2-4- Pyélonéphrite :
3- DIAGNOSTIC DES INFECTIONS URINAIRES AU LABORATOIRE :
3-1-Bandelette urinaire :
3-2-Examen cytobactériologique des urines (ECBU) :
3-2-1-Le recueil des urines :
3-2-2-Transport des urines :
3-2-3-Examen proprement :
3-2-3-1- L’examen macroscopique permet de noter les principaux
3-2-3-2- L’examen microscopique :

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XV

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3-2-3-2-1- Examen direct :

3-2-3-2-2- Examen direct avec coloration de Gram :
3-2-3-2-3-Mise en culture :
3-2-3-2-4-Identification
3-2-3-2-5- Interprétation :
3-2-3-3 L’antibiogramme :
4- GERMES RESPONSABLES D’INFECTIONS URINAIRES :
5-ANTIBIOTIQUES COURAMMENT UTILISES DANS LE
TRAITEMENTDES
INFECTIONS URINAIRES :
5-1- Bêta-lactamine :
5-2- Aminosides :
5-3- Cyclines :
5-4- Macrolides :
5-5- Phénicolés :
5-6- Sulfamides + Triméthoprime :
5-7-Quinolones :
6-Resistance bactérienne aux antibiotiques :
6-1-Définition de la résistance bactérienne aux antibiotiques :
6-2-Mécanisme de résistance :
6-3-Support génétique de la résistance bactérienne :
6-3-1- La résistance naturelle :
6-3-2- Résistance acquise :
6-4- Résistance par mutation :
6-5- Résistance plasmidique :
6-6-Persistance des bactéries :
6-7-Résistancecomposite pour un antibiotique :
6-8-Expression de la résistance :

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XVI

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III. MATERIELS ET METHODES

I. Type et période d’étude
II. Lieu d’étude
III. Echantillonnage
IV. Critère d’inclusion
V. Critère de non inclusion
VI. Collecte des données
VII. Matériels et Méthodes
IV. RESULTATS
4-1 Fréquence des infections urinaires
4-1-1 Fréquence des infections urinaires en fonction du sexe
4-1-2 Fréquence des infections en fonction de l’âge
4-1-3 Fréquence de l’infection urinaire en fonction de l’ethnie
4-1-4 Répartition des malades en fonction de la profession
4-1-5 Répartition des malades en fonction de la résidence
4-2 Données cliniques
4-2-1 Répartition des malades en fonction des signes cliniques
4-3 Données biologiques
4-3-1 Répartition en fonction de l’aspect des urines
4.3.2 Répartition des bactéries isolées
4.4. Sensibilité aux antibiotiques
4.4.1 Sensibilité aux antibiotiques des entérobactéries
4.4.1.1 Sensibilité aux antibiotiques d’Escherichia coli
4.4.1.2. Sensibilité aux antibiotiques de Klebsiella pneumoniae
4.4.1.3 Sensibilité aux antibiotiques de Proteus mirabilis
4.4.1.4 Sensibilité aux antibiotiques d’Enterobacterspp
4.4.1.5 Sensibilité aux antibiotiques deSalmonella enterica
4.4.1.6Sensibilité aux antibiotiques de Klebsiella oxytoca
4.4.1.7 Sensibilité aux antibiotiques de Citrobacter freundii

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XVII

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4.4.2Sensibilité aux antibiotiques des bactéries non fermentaires

4.4.2.1Sensibilité aux antibiotiques de Pseudomonas aeruginosa
4.4.2.2Sensibilité aux antibiotiques d’Acinetobacter sp
4.4.3 Sensibilité aux antibiotiques des bactéries à Gram positif :
4.4.3.1 Sensibilité aux antibiotiques de Staphylococcus aureus
4.4.3.2 Sensibilité aux antibiotiques de Staphylococcus à coagulase négatif
4.4.3.2Sensibilité aux antibiotiques des streptocoques :
V.DISCUSSION
5.1 Méthodologie :

5.2 Infection Urinaire :

5.2.1 Données sociodémographiques
5.2.2 Données cliniques :
5.2.3 Etiologie des Infections Urinaires :
5.3 Sensibilité aux antibiotiques des bactéries responsables d’infection urinaire :
5.3.1 Sensibilité aux antibiotiques des entérobactéries :
5.3.1.1 Sensibilité aux antibiotiques d’Escherichia coli :
5.3.1.2 Sensibilité aux antibiotiques Klebsiella pneumoniae :
5.3.1.3 Sensibilité aux antibiotiques Entérobacter sp :
5.3.1.4 Sensibilité aux antibiotiques Salmonella enterica :
5.3.1.5 Sensibilité aux antibiotiques Klebsiella oxytoca :
5.3.1.6 Sensibilité aux antibiotiques Citrobacter freundii :
Sensibilité aux antibiotiques des bactéries à Gram négatif non fermentaires :
5.3.2.1 Sensibilité aux antibiotiques Pseudomonas aeruginosa :
5.3.2.2 Sensibilité aux antibiotiques Acinetobacter sp :
5.3.3 Sensibilité aux antibiotiques des cocci à Gram positif :
5.3.3.1 Sensibilité aux antibiotiques Staphylococcus aureus :
5.3.3.2 Sensibilité aux antibiotiques Staphylococcus à coagulasse négatif :
5.3.3.3 Sensibilité aux antibiotiques Streptocoques :
VI CONCLUSION

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XVIII

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VII.RECOMMANDATIONS
1- Aux personnels du laboratoire :
2- Aux personnels soignants :
3- Aux autorités sanitaires :
4- Aux partenaires techniques et financiers
REFERENCES
FICHE D’ENQUETE
RESUME :
Summary:
FICHE SIGNALETIQUE
PROFILE SHEET
SERMENT DE GALIEN

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY XIX

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I. INTRODUCTION
Une infection urinaire est une infection qui touche le système urinaire. Selon les cas, il peut
s’agir des reins, de la vessie, de l’urètre, ou encore de la prostate chez l’homme. Elle peut être
aigue ou chronique.
Les infections du tractus urinaire sont fréquentes aussi bien en milieu hospitalier qu’en milieu
communautaire ; elles constituent les plus fréquentes des infections nosocomiales [1, 2].
Au Mali des études ont prouvé que le risque de l’infection urinaire s’accroit en milieu
hospitalier et peut dépasser 10% chez l’homme et 30% chez la femme [2, 3]. Cela explique
que l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) soit une des analyses microbiologiques
les plus demandées.
Le laboratoire a un rôle essentiel dans le diagnostic et le suivi du traitement de l’infection du
tractus urinaire ; celle-ci représente une des causes principales de demande d'examens
bactériologiques et de prescription d'antibiotiques [4,5].
L'uroculture sert de référence pour l'établissement du diagnostic et l’antibiogramme qui teste
la sensibilité des germes aux différents antibiotiques permet d’établir une antibiothérapie
conséquente [4, 6].
Plusieurs études ont été consacrées aux infections urinaires en raison de leur fréquence, de
leur gravité et surtout de l’émergence des multiples souches résistantes aux antibiotiques dans
le temps et dans l’espace [2].
En effet la résistance aux antibactériens a officiellement commencé le jour de la première
administration d’une molécule antibiotique, et restera probablement un compagnon de route
pour une durée indéterminée (tant que les Hommes et les bactéries « cohabiteront » [7]
Les germes responsables des infections urinaires ne font pas exception à cette règle. Les
principaux germes du système urinaire sont Escherichia coli, Proteus mirabilis, Enterococcus
faecalis, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, etc.…,
tous susceptibles de présenter des résistances dites acquises qui m’a motivé à chercher à
connaitre ce phénomène afin de trouver des antibiotiques sensibles à ces germes résistants. La
mutation est un changement, spontané ou provoqué par un agent mutagène, héréditaire
(stable), brusque (discontinu), rare (10-6 à 10-9et indépendant dans les caractères d'une
bactérie, et qui est lié à une modification du génome bactérien (ADN) [3].
Nous avons initié cette étude sur les examens cytobactériologiques des urines (ECBU) dans le
laboratoire d’analyse de biologie médicale de l’hôpital NIANANKORO FOMBA de Ségou

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par uroculture afin d’isoler et de décrire le profil antibiotique des principaux germes
rencontrés.
1. Objectif général
Identifier les principaux germes isolés dans les urines.
2. Objectifs spécifiques
· Déterminer la prévalence des germes couramment isolés dans les urines.
· Caractériser leur profil antibiotique
· Etudier la sensibilité des germes couramment isolés aux antibiotiques utilisés
habituellement dans le traitement des infections urinaires.

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II. GENERALITE

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1-PHYSIOPATHOLOGIE DE L’INFECTION URINAIRE :

Les voies urinaires sont normalement stériles à l’exception de l’urètre distal et du méat qui
sont colonisés par des micro-organismes commensaux poussant difficilement dans les urines.
Les urines qui les parcourent sont dépourvues de germes et peuvent être physiologiquement
contaminées par les germes de l’urètre distal, du méat urétral ou du périnée [2, 5].
1-1-Les voies de pénétration des germes : La colonisation de l’arbreurinaire par les germes
de la flore exogène ou endogène peut se faire selon trois voies :
La voie ascendante
La voie hématogène
La voie lymphatique
1-1-1 La voie ascendante : C’est la voie de pénétration la plus fréquente. Les germes
provenant habituellement de la flore intestinale, colonisent successivement les régions
périnéale, vulvo-vaginale, urétrale et remontent à la vessie où à la faveur d’un reflux vésico-
urétéral, aboutissent au haut appareil urinaire.
La vascularisation importante du parenchyme rénal favorise le passage systémique des
germes avec possible septicémie et choc septique. L’atteinte prostatique est aussi possible par
passage du germe de l’urètre à la glande prostatique [1, 5].
1-1-2 La voie descendante ou hématogène : C’est une éventualité rare ; elle concerne
essentiellement les staphylocoques et les salmonelles [10, 11].
1-1-3 La voie lymphatique : Cette voie est contestée. Les germes intestinaux traverseraient
les anastomoses entre le colon et le rein droit ou à partir d’un point de départ génital (col
utérin notamment) [2, 12].
1-2 Moyens de défense de l’hôte :
Plusieurs facteurs interviennent dans la défense de l’hôte contre la colonisation des voies
urinaires par les germes. Ce sont :
Flux permanent de l’urine urétérale,
Longueur de l’urètre masculin et les propriétés antibactériennes des secrétions prostatiques,
Fréquence des mictions,
Intégrité de la muqueuse vésicale avec une couche de mucopolysaccharides acides et la
présence d’uromucoïde ou protéine de Tamn-Horsfall (sécrétée par le rein, elle améliore la
clairance bactérienne lors des mictions),
Constantes biochimiques de l’urine : pH acide, osmolarité faible.

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1-3 Facteurs favorisant l’infection :

La présence des germes dans les urines, leur persistance et leur multiplication dépendent des
facteurs liés aux germes et des facteurs liés à l’hôte : [1,2].
1-3-1 Facteurs liés à l’hôte :
1-3-1-1 Facteurs urologiques :
Anomalies de l’appareil excréteur : sténoses urétérales ou urétrales, gène à l’écoulement de
l’urine (hypertrophie de la prostate), reflux vésico-urétéral, vidange incomplète de la vessie,
malformations de l’appareil urinaire.
Corps étrangers intra vésicaux (lithiases, textilomes, caillots de sang, membranes de sonde
urétrale, fil de suture non résorbable)
Manœuvres iatrogènes (sondage, endoscopie, chirurgie urologique).
1-3-1-2 Facteurs selon le terrain :
Le sexe féminin à cause de la courte taille de l’urètre, de la situation du méat urétral très
proche de l’orifice vulvaire.
La grossesse et la ménopause par modification hormonale et de la trophicité de la muqueuse
vésicale.
L’âge.
Le diabète, la constipation, les infections génitales chez la femme, la bilharziose, les vessies
neurologiques.
1-3-1-3 Certaines attitudes :
Les rapports sexuels, surtout l’absence de miction post-coïtale précoce.
Les vêtements moulants.
1-3-2 Pouvoir pathogène des bactéries : Il répond à deux mécanismes :
La virulence propre des bactéries par leur pouvoir de multiplication. La capacité de
contamination de l’appareil urinaire et de dissémination de l’infection, dépendant des facteurs
d’uropathogénicité :
- les antigènes somatiques (Ag O) ou capsulaires (Ag K) des bacilles
Gram négatif,
- Les adhésines fimbriales. On distingue les adhésines de type I mannoses sensibles,
présentes sur 85% des Echericha coli uropathogènes et fixées par l’uromucoïde, et les
adhésines mannose résistantes ou pili fimbriae plus souvent responsables de
pyélonéphrites (90%) que de cystites (20%) ;
- La production d’enzymes comme l’uréase, chez certains genres (Proteus, Klebsiella et
Pseudomonas), qui métabolise l’urée en ammoniaque ; cela entraine une augmentation du

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pH et une précipitation des ions normalement solubles (cristaux de phosphate ammoniaco-

magnésien) et une stase rénale qui favorise le développement des bactéries ;
- La production de toxines comme l’hémolysine et l’aérobactine qui inhibent les synapses
noradrénergiques des fibres musculaires lisses ; ce qui entraine une diminution du
péristaltisme urétéral et une stase urinaire [13, 14].
2- ASPECTS CLINIQUES DES INFECTIONS URINAIRES : Ils sont très variés ; notons
:
2-1- L’urétrite aigue :
C’est une inflammation aiguë de l’urètre ; elle est primaire ou secondaire à une sténose, à une
sonde (uropathogènes). C’est une infection fréquente de l’homme jeune, la contamination se
fait le plus souvent lors d’un rapport sexuel (germes sexuellement transmissibles dans le
cadre plus global des IST ou suite à une uropathie : germes urinaires (bacilles Gram négatif).
L’urétrite gonococcique réalise la forme typique. La symptomatologie est habituellement aigu
; après une incubation de 3 à 10 jours, apparaît un écoulement urétral, signe le plus fréquent,
classiquement important, épais, purulent. Les signes généraux peuvent être marqués (fièvre si
complication). Des troubles mictionnels sont fréquents : brûlures mictionnelles, brûlures et
douleurs urétrales, pollakiurie, dysurie, impériosités mictionnelles [15, 16].
2-2- La prostatite aigüe : La prostatite aiguë définit comme l’inflammation aiguë de la
glande prostatique avec augmentation des cellules inflammatoires dans les sécrétions
exocrines. Elle touche l’homme à tout âge, mais est exceptionnelle avant la puberté. Le germe
en cause est le plus souvent Escherichia coli ; mais il n’est pas rare de rencontrer d’autres
germes comme Proteus, Klebsiella,Enterobacter, Staphylocoques, Gonocoques, voire parfois
Pseudomonas. Plus spécifiques mais aussi plus rares sont les prostatites à Ureaplasma
urealyticum, à Chlamydia et à Mycoplasma. La prostatite s’accompagne très souvent d’une
infection urinaire (cystite) secondaire à l’infection prostatique [16, 17].
2-3- Cystite : La cystite aigüe se définit comme une inflammation de la muqueuse vésicale se
traduisant par l’association d’une pollakiurie (PK), de brûlures mictionnelles (BM), d’une
infection des urines vésicales et par l’absence de fièvre. La cystite aigue de la femme est très
fréquente et souvent primitive tandis que la cystite aigue chez l’homme est rare et secondaire
à une cause urologique. L’infection des urines vésicales sur le plan biologique associe
obligatoirement deux éléments : une leucocyturie c’est à dire la présence dans les urines de
globules blancs en nombre supérieur à 10/mm3 ou supérieur à 10000/ml, un ou deux germes
en nombre supérieur à 105/ml [15,18].

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2-4- Pyélonéphrite : La pyélonéphrite aigüe (PNA) est définie comme une inflammation
aigüe du haut appareil urinaire (épithélium urinaire caliciel, pyélo-urétéral et parenchyme
rénal adjacent). Elle est dite primitive et non compliquée quand elle survient chez les femmes
de 15 à 65 ans sans anomalie organique ou fonctionnelle de l’appareil urinaire, en l’absence
de grossesse et de pathologie associée, notamment de déficit immunitaire. Elle est dite
compliquée quand :
- Elle survient chez l’homme, chez la femme de plus de 65 ans, l’enfant, la femme enceinte ; il
existe des antécédents urologiques (reflux vésico-urétéro-rénal, syndrome de jonction…) ou
néphrologiques (insuffisance rénale, rein unique, polykystose…)
- Le patient porte une sonde à demeure ;
- La pyélonéphrite survient en postopératoire ;
- Il existe un obstacle anatomique ou fonctionnel sur le haut appareil urinaire (lithiase, tumeur,
vessie neurologique, résidu post-mictionnel) ;
- Le patient est diabétique ;
- Le patient est traité par des corticoïdes et des immunodépresseurs. La
vascularisation importante du parenchyme rénal favorise le passage systémique des germes
avec possible septicémie et choc septique [5, 17].
3- DIAGNOSTIC DES INFECTIONS URINAIRES AU LABORATOIRE :
3-1-Bandelette urinaire : Il s’agit de bandelettes réactives détectant la présence de
leucocytes, témoins de la réaction de l’hôte à l’infection, et de nitrites, signant la présence de
bactéries à nitrate réductase. Ce test de diagnostic rapide de l’infection urinaire doit être
réalisé dans les mêmes conditions que l’ECBU. Leur principal intérêt est lié à une valeur
prédictive très élevée (98%). Cette méthode est réservée à un usage clinique, auprès du
malade. Ainsi, certains laboratoires de bactériologie demandent d’effectuer une bandelette
urinaire dans un premier temps ; en cas de négativité, l’ECBU n’est pas réalisé [19,20].
3-2-Examen cytobactériologique des urines (ECBU) : Le diagnostic de certitude de
l’infection urinaire repose sur l’ECBU, dont les résultats lorsqu’ils sont positifs, sont
accompagnés d’un antibiogramme testant la sensibilité du germe isolé aux différentes classes
d’antibiotiques. L’ECBU doit être pratiqué avant tout traitement antibiotique ; sa réalisation
obéit à une technique rigoureuse pour éviter les souillures par les bactéries des voies génitales
[21, 22].
3-2-1-Le recueil des urines : Le recueil des urines doit être pratiqué si possible avant toute
antibiothérapie, sur la première miction matinale ne concernant que les urines du milieu du
jet, après une toilette locale périnéale réalisée [21, 22].

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Il existe des cas particuliers :

· Chez le petit enfant : poches stériles autocollantes.
· En cas de globe vésical : ponction sous-pubienne à l’aiguille fine.
· Prélèvement à l’aiguille directement dans la sonde près du méat
Urinaire et jamais dans le sac collecteur.
3-2-2-Transport des urines : Le transport des urines doit être réalisé dans les plus brefs
délais pour éviter une pullulation microbienne ex vivo qui fausserait l’interprétation des
résultats. L’échantillon d’urine doit être traité à moins d’une heure de temps. A défaut, l’urine
doit être conservée à +40c pour une durée moyenne de 4 heure, ou acheminée dans des
milieux de transport spéciaux [23, 24].
3-2-3-Examen proprement : Il a pour but d’isoler et d’identifier le germe responsable de
l’infection urinaire et de pratiquer enfin un antibiogramme. Il comporte un examen
macroscopique, un examen microscopique et la mise en culture [21, 22].
3-2-3-1- L’examen macroscopique permet de noter les principaux
Caractères des urines :
- Leur aspect : qui peut être limpide, claire, louche, trouble ;
- Leur couleur : qui peut être jaune pâle, ambrée, hématique ou éventuellement colorée par
les médicaments ;
- La présence de sédiments dont l’abondance peut leur donner un aspect floconneux,
cristallin, blanchâtre (phosphate), rouge brique (acide urique) ou rose.
3-2-3-2- L’examen microscopique : L’examen microscopique s’effectue avec un
microscope optique à fond clair.
Il est cytologique : numération des leucocytes altérés (pyurie) ou non, des globules rouges,
des éventuels cylindres et cristaux, et bactériologique
[19, 20].
3-2-3-2-1- Examen direct : La préparation est observée au microscope avec l’objectif x40.
Le comptage des cellules s’effectue à l’état frais, dans une cellule à numération (cellule de
Malassez, ou Kova® slide). 0n dénombre les différents éléments figurés contenus dans un
volume donné de l’urine. Leur nombre est rapporté au ml.
· Hématies – leucocytes : normalement les hématies sont < 104/ml et les leucocytes < 104/ml.
En cas d’infection urinaire, le processus inflammatoire se traduit le plus souvent par la
présence de plus 50 000 leucocytes/ml et de plus de 10 000 hématies/ml témoins de
microhémorragies associées à des cellules du revêtement urothélial.

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· Cellules épithéliales : il existe quelques cellules épithéliales rénales et vésicales à l'état

normal ; leur présence est augmentée en cas de néphropathies tubulo-interstitielles aiguës.
· Cylindres : Les cylindres sont formés dans la lumière du néphron par précipitation de la
muco-protéine de Tamm-Horsfall sécrétée par ces mêmes cellules pour être éliminées
dans l'urine.
- Les cylindres hyalins sont sans signification pathologique,
- Les cylindres leucocytaires signent une réaction inflammatoire aiguë du parenchyme
rénales cylindre L’épithélium tubulaire lors d'une desquamation massive du néphron,
- Les cylindres granuleux sont un agglomérat de débris cellulaires,
- Les cylindres cireux s’observent au stade ultime de la dégénérescence des cylindres
granuleux après une stase prolongée, en cas d'insuffisance rénale chronique avancée.
Cristaux : l'urine est normalement saturée en sels de calcium, de phosphate, d’acide urique ;
leur présence n'a pas de signification pathologique sauf pour l’acide urique : en cas
d'insuffisance rénale aiguë donnant une hyper uricémie.
- Cystine : en cas de cystinurie [19, 20].
3-2-3-2-2- Examen direct avec coloration de Gram : L’examen du frottis réalisé à partir du
culot de centrifugation et coloré au Gram permet d’observer les éventuels micro-organismes
présents et oriente le choix des milieux de culture selon leur(s) morphologie(s) et leur(s)
affinité(s) tinctoriale(s) [25, 26].
3-2-3-2-3-Mise en culture : Elle permet d’obtenir des colonies isolées sur les milieux
gélosés coulés en boite de Pétri. Les milieux liquides qui apportent aux bactéries les
substances indispensables à leur croissance : carbone, azote, hydrogène. Ces milieux
d’isolement sont :
- La gélose ordinaire nutritive convient à la culture des germes ne présentant pas
d’exigences particulières.
- Le milieu EMB ; c’est un milieu utilisé pour l’isolement des bacilles Gram négatif.
- Le milieu de Chapman est utilisé pour la culture des Cocci Gram positif.
- Une gélose au sang, voire une gélose chocolat sous 10% de co2 selon les résultats de
l’observation microscopique.
- Les milieux d’enrichissement, ce sont des milieux qui permettent de par leur constitution,
- Une multiplication importante des germes.
La culture se fait à la température de 37° C et pendant un temps d’incubation de 18heures à
24 heures [18, 19].

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3-2-3-2-4-Identification : La technique à utiliser découle de la morphologie des colonies

complétée si besoin d’une coloration de Gram et de recherche de l’oxydase et de la catalase.
Elle est basée sur des tests biochimiques et réalisée au moyen du portoir réduit de Le Minor à
partir d’une colonie. Ce portoir comprend le milieu Kliger Hajna, le milieu Mannitol
Mobilité, le milieu Lysine de Fer, le milieu citrate de Simmons et le milieu Urée Indole de
FERGUSSON. La lecture est effectuée après au moins 18 heures d’incubation à 37°C [27,
28].
3-2-3-2-5- Interprétation : Classiquement, on parle de bactériurie significative lorsqu’il
existe au moins 100 000 bactéries par ml d’urines ; une leucocyturie est significative à partir
de 10 000 leucocytes par ml.
Interprétation de la leucocyturie : la leucocyturie est comptée soit enmm3soit en ml (à la
cellule de Malassez), soit par champ. La leucocyturie normale est inférieure ou égale à 10
leucocytes par mm3 ou 10 000 leucocytes par ml. Dans certains cas, elle ne peut être
énumérée du fait de la présence d’amas leucocytaires et est alors cotée en croix.
Seule la leucocyturie bactérienne mérite une interprétation précise à la recherche de sa
cause, généralement aisée à retrouver ; il s’agit de :
- antibiothérapie récente,
- éradication du germe avec disparition plus lente des leucocytes, - recueil défectueux de
l’urine : contamination vaginale, prépuciale, 1er jet urinaire,
- Diurèse abondante,
- Infections génitales : urétrite, prostatite,
- Anomalies urologiques (dérivation urinaire à travers un segment intestinal ; sonde ;
stase urinaire)
- Néphropathie interstitielle aiguë ou chronique,
- tuberculose à éliminer de principe.
Interprétation de la bactériurie : Inférieure à 103 /ml la bactériurie est non significative, et
l’urine est considérée comme stérile.
Voisine de 104 /ml la bactériurie doit être interprétée en fonction de la leucocyturie, du germe
et du contexte clinique.
Supérieure ou égale à 105 /ml elle témoigne d’une infection urinaire, à condition qu’il ne soit
retrouvé qu’une seule bactérie ou, éventuellement deux bactéries différentes.
En dehors de ces cas, il faut soupçonner un prélèvement défectueux, une contamination par
les flores de voisinage, sinon une fistule digestive. Une bactériurie à105/ml permet
l’identification du germe responsable de l’infection. Cependant son rôle pathogène

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s’interprète en fonction de la leucocyturie et du contexte clinique. Ainsi, bactériurie

supérieure à 105/ml associée à une leucocyturie inférieure à 50/mm3 nécessite de faire
préciser les conditions de recueil de l’urine car un intervalle d’au moins trois heures avec la
miction précédente est nécessaire.
La nature de la bactérie reste l’élément déterminant :
- E. coli, Klebsiella et autres entérobactéries (sauf Proteus) : infectionurinaire ;
-Proteus ou staphylocoques : contamination possible ;
- Pseudomonas : contamination certaine en absence de cathétérismeurinaire ;
- Streptocoques D à considérer comme pathogènes.
Dans ces cas il est nécessaire de refaire l’ECBU.
Il faut savoir qu’il existe d’authentiques infections urinaires à leucocytose normale ou
subnormale ; toute bactérie peut être à l’origine d’une infection urinaire et devant tout résultat
insolite ou incohérent il faut préciser les conditions exactes de recueil de l’urine [27, 28].
3-2-3-3 L’antibiogramme : Il permet l’étude de la sensibilité d’unesouche bactérienne aux
divers antibiotiques. Cette sensibilité est définie par la concentration minimale inhibitrice
(CMI). L’antibiogramme peut se réaliser selon deux méthodes :
- la méthode de dilution en milieu liquide ou solide. Elle est plus précise mais peu utilisée
car plus longue, fastidieuse et coûteuse nécessitant de nombreux tubes pour chaque
antibiotique.
- la méthode de diffusion en milieu gélosé, elle est couramment utilisée et plus rapide. Dans
ce cas, elle consiste à déposer à la surface de la gélose d’une boite de pétri ensemencée
avec la souche bactérienne, des disques de papier buvard imprégnés de différents
antibiotiques testés. Chaque antibiotique diffuse au sein de la gélose à partir du disque et y
détermine des concentrations. La souche ensemencée va entrer en contact avec des
concentrations variables de l’antibiotique et la croissance sera inhibée là où sera atteinte la
CMI. L’inhibition va se traduire par une zone circulaire dépourvue de culture autour du
disque.
La lecture se fait par mesure du diamètre de la zone d’inhibition de la pousse autour du
disque d’antibiotique : on dit que le germe est sensible (S), résistant (R) ou intermédiaire (I)
[16, 20].
4- GERMES RESPONSABLES D’INFECTIONS URINAIRES :
Les micro-organismes retrouvés le plus fréquemment chez les patients présentant une
infection urinaire sont décrits comme uropathogènes. [31]
· Bactéries des infections urinaires communautaires :

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- Entérobactéries :
E. coli > 80-90 % ;
Proteus (P mirabilis) = 5 % ;
Klebsiella, Enterobacter= 2 % ;
- Cocci Gram+
Staphylocoques ‹‹ blancs ›› DNase- (S. saprophyticus, S.
epidermidis) = 5%
· Streptocoque des groupes D (E.faecalis, entérocoque) =2%
- Bactéries insolites
- Bactéries anaéobies.
· Bactéries des infections urinaires nosocomiales : -
Entérobactéries
- Pseudomonas aeruginosa = 15 %.
- Autres bacilles à Gram- : Acinetobacter, Achromobacter = 2-3 %.
– Cocci à Gram+ :
Staphylococcus aureus = 5-10 % ;
Streptocoques D (entérocoques) = 10-15 %.
5-ANTIBIOTIQUES COURAMMENT UTILISES DANS LE TRAITEMENTDES
INFECTIONS URINAIRES :
5-1- Bêta-lactamine :
- Les pénicillines du groupe « G » ordinaire ont un spectre surtout actif sur les Cocci et
bacilles à Gram positif autre que le staphylocoque.
- Les pénicillines du groupe « M » sont actives sur les staphylocoques
[29, 30].
- Les pénicillines du groupe « A » ont un spectre élargi aux germes à Gram négatif en
particulier le colibacille [32, 33].
- Les céphalosporines (Céfalotine, Céfoxitine, Céfotaxime) sont actives sur le
staphylocoque avec un spectre élargi aux bactéries Gram négatif [29, 30].
- Les monobactames (l’Aztreonam) ont un spectre d’activité étroit sur les bactéries à Gram
négatif aérobies. Ils n’ont aucune activité sur les anaérobies et les bactéries à Gram positif
[29, 30].
5-2- Aminosides : Les aminosides sont habituellement actifs sur les bacilles à Gram négatif
(BGN), les staphylocoques Méti-S, les Cocci à Gram négatif [34, 35].

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5-3- Cyclines : Les Cyclines sont actives sur les germes intracellulaires (Brucella, Chlamydia
et Ureaplasma). Elles doivent être évitées chez la Femme si possible au cours de la grossesse
et chez les enfants de moins de 8 ans [36, 37].
5-4- Macrolides : Les macrolides sont actifs sur les Cocci à Gram positif (à l’exception des
staphylocoques Méti-R et de 40% de pneumocoque), les germes intra cellulaires (sauf
Coxiella burnetti) [38, 39].
5-5- Phénicolés : Ils sont actifs sur lesS. pneumoniae, N. meningitidis,
H.influenzae
5-6- Sulfamides + Triméthoprime : Ils sont surtout actifs sur les staphylocoques, les
salmonelles, Shigella .[34, 35].
5-7-Quinolones : Elles sont beaucoup utilisées actuellement. -1ère génération ou Quinolones
urinaires : elles sont habituellement actives sur E. coli, P. vulgaris, K. oxytoca.
– 2ème génération ou Quinolones systémiques : elles sont actives sur les entérobactéries, les
germes intra cellulaires, les staphylocoques Méti-S,H.influenzae, M. catarrhalis et B.
pertussis.
- 3ème génération ou Quinolones anti pneumococciques : la levofloxacine et la
Moxifloxacine sont les plus actives in vitro sur le pneumocoque y compris les souches
résistantes à la pénicilline et aux macrolides [34, 35].
6-Resistance bactérienne aux antibiotiques :
6-1-Définition de la résistance bactérienne aux antibiotiques : Une souche bactérienne
devient résistante lorsqu’elle peut croitre en présence d’une concentration d’antibiotique plus
élevée que la concentration qui inhibe normalement les souches de l’espèce.
Par exemple : les souches de Staphylococcus aureus sont normalement sensibles à des
concentrations de pénicilline G inferieures à 0,25µg/ml. Au sein de cette sous-espèce,
certaines souches ont acquis la capacité de résister à des concentrations de pénicillines
supérieures à 16µg/ml. De telles souches sont dites résistantes car, à la suite d’un traitement,
les concentrations maximales sériques et tissulaires de pénicillines G ne dépassent pas
16µg/ml [44, 46]
6-2-Mécanisme de résistance : Les conditions de l’activité d’un antibiotique peuvent être
schématisées de la manière suivante :
L’antibiotique doit pénétrer dans la cellule bactérienne ; Trouver la cible
moléculaire de son action ;
Y parvenir sous forme active et se maintenir au contact de cette cible à une concentration
suffisante pour inhiber l’agent pathogène.

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Les mécanismes de résistance peuvent concerner une ou plusieurs de ces conditions :

Inactivation enzymatique de l’antibiotique : la souche bactérienne résistante produit des
enzymes spécifiques à chaque groupe ou famille d’antibiotique ; ainsi l’antibiotique est soit
détruit par une hydrolyse (bêta-lactamase et céphalosporinase), soit modifié dans sa structure
chimique (aminosides et chloramphénicol) [47, 48].
Modification de la cible : cette modification de la cible peut se faire par altération ou par «
by-pass ».
L’altération : est une transformation de la cible de telle sorte que la nouvelle configuration
n’est plus reconnue par l’antibiotique ; c’est le cas des bêta-lactamines, aminosides,
quinolones, rifamycines, tétracyclines et des glycopeptides [47, 48].
Le « by-pass » : c’est une déviation par duplication de la cible de l’antibiotique, la seconde
version étant résistante à l’antibiotique ; cas des sulfamides et triméthoprime [47, 48].
Diminution de l’accumulation de l’antibiotique dans la cellule bactérienne : elle se fait par :
Diminution de la perméabilité membranaire aux antibiotiques : ce qui entraine une réduction
de la diffusion de l’antibiotique dans l’espace péri plasmique et par là même une réduction de
la quantité
De l’antibiotique pouvant accéder à la cible.
Elle est généralement liée à une diminution quantitative des différentes protéines de
membrane externe appelée porines et qui ont normalement pour rôle de laisser diffuser les
substances
Hydrophiles dont certains antibiotiques. Exemple : chez Pseudomonas aeruginosa, la perte
d’une porine spécifique(D3) servant de canal d’entrée pour l’imipenème peut entraîner une
résistance spécifique à cet antibiotique [47, 48]. - L’afflux actif : c’est la mise en route d’un
système d’énergie-dépendant qui permet à la bactérie d’extraire la molécule d’antibiotique
qui la pénètre (résistance aux cyclines).
Plusieurs mécanismes de résistance peuvent se présenter simultanément dans la même souche
bactérienne : c’est le cas en particulier lorsque plusieurs gènes déterminant différents
mécanismes de résistances sont portés par le même plasmide ou par mutation chromosomique
[47, 48].
6-3-Support génétique de la résistance bactérienne :
6-3-1- La résistance naturelle : La résistance naturelle ou intrinsèque correspond à la
résistance de toutes les souches d’une même espèce ou d’un même genre bactérien à un
antibiotique. Elle est généralement due soit à une absence de cible pour l’antibiotique soit une
imperméabilité de la paroi à l’antibiotique. Le mécanisme de cette résistance est variable,

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mais son support génétique est généralement chromosomique. La résistance naturelle fait
partie du patrimoine génétique habituel de l’espèce [47, 48].
Exemple : Les entérobactéries sont naturellement résistantes aux macrolides.
6-3-2- Résistance acquise : La résistance acquise correspond l’acquisition d’une résistance à
un antibiotique par une souche
Normalement sensible.
L’acquisition de la résistance peut être liée :
- Soit à l’altération de l’information génétique endogène (mutation au niveau de l’ADN
chromosomique).
- Soit à l’acquisition d’information génétique exogène (acquisition de plasmides ou de
transposons).
6-4- Résistance par mutation : Elle concerne surtout les informations qui contrôlent la
pénétration de l’antibiotique et/ou la structure de la cible. La survenue des mutations est à
fréquence variable selon les bactéries [4,7].
Les caractères de la mutation chromosomique :
- La mutation est spontanée, c’est -à- dire non induite par l’antibiotique ;
- La mutation est rare ; sa fréquence moyenne est de l’ordre 10-7 à 10-8 et varie selon les
espèces bactériennes et les antibiotiques ;
Exemples : E. coli résistante à la Rifamycine =10-9, pour Enterobactercloacae la résistance
aux céphalosporines de 3èmegénération est del’ordre10-4.
- La mutation est discontinue, elle obéît à la loi du tout ou rien ;
- les mutations sont stables, c’est-à-dire un caractère muté devient héréditaire (obéît à la
transmission verticale) ;
- La mutation est spécifique, c’est-à-dire qu’elle affecte un caractère précis qui intéresse en
général un seul antibiotique ;
- La mutation est indépendante, c’est-à-dire que la mutation de deux antibiotiques n’est pas
liée (elle est de l’ordre de 10-14) [6, 18].
6-5- Résistance plasmidique : Elle a été découverte pour la première fois au JAPON en
1955 par OCHIAÏ et AKIBA au cours d’une épidémie bacillaire à Shigella flexneri.
L’apparition des souches résistantes simultanément aux chloramphénicols, sulfamides et aux
tétracyclines ne pouvait être expliquée par la sélection de mutant car le traitement de la
dysenterie avait été fait par un seul antibiotique.

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Dans les selles des malades, la présence d’Escherichia coli résistant aux mêmes antibiotiques
et de quelques souches de Shigella sensibles entraîne l’hypothèse d’un transfert de gènes
entre bactéries. Cette hypothèse fût vérifiée au laboratoire quelques années plus tard. La multi
résistance acquise est transférable en bloc d’une bactérie résistante à une bactérie sensible par
l’intermédiaire d’un plasmide. Comme les plasmides, les transposons sont des facteurs de
dissémination des gènes de résistance. Leur grande mobilité entre plasmides différents
participe à la large distribution des gènes et à la constitution de plasmides résistants [39, 49].
Les caractères de la résistance plasmidique :
La résistance plasmidique est transférable de bactérie en bactérie : on dit qu’elle est
Contagieuse et épidémique. Elle concerne plusieurs antibiotiques à la fois : c’est la multi
résistance. Les gènes de résistance sont portés par le plasmide et codent le plus souvent pour
la production d’enzyme d’inactivation des antibiotiques : c’est la multi résistance acquise la
plus fréquente. La résistance plasmidique est instable, c’est –à-dire qu’une bactérie peut
perdre son ou ses plasmides :
- Soit de façon spontanée avec une fréquence de l’ordre 10-2 à 10-4
- Soit par un traitement ou cure plasmidique par divers agents chimiques comme les sels
d’acridine ou de bromure d’éthilium [33,50].
6-6-Persistance des bactéries : C’est une forme de résistance des bactéries dont le
mécanisme implique une perte ou une diminution structurale ou fonctionnelle d’un gène,
entraînant une modification du métabolisme bactérien.
Ce phénomène se manifeste par la persistance du germe in vivo en présence de l’antibiotique.
Après l’arrêt de l’antibiotique, il existe une forte pression sélective pour revenir au germe
initial car la perte métabolique induit souvent une diminution de la virulence. Le phénomène
a été observé avec de nombreux antibiotiques : bêta-lactamines, aminosides, quinolones,
tétracyclines, rifampicines et poly myxines.
6-7-Résistancecomposite pour un antibiotique : On appelle résistance composite une
association chez certaines souches de résistances provenant d’un même mécanisme (exemple
: Présence de
2-lactamases) ou de deux mécanismes différents (exemple : Imperméabilité
et inactivation enzymatique) [15, 17].
6-8-Expression de la résistance : La résistance peut être :
- Constitutive : expression constante, même en l’absence d’antibiotique, par exemple
pénicillinase d’Escherichia coli.
- Ou inductive : expression en présence d’un antibiotique inducteur [15, 17].

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III. MATERIEL ET
METHODES

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VIII. Type et période d’étude

Il s’agit d’une étude prospective sur une période de 10 mois allant du 1er mars
2018 au 31 décembre 2018.
IX. Lieu d’étude

Notre étude s’est déroulée à l’hôpital Niamankoro Fomba de Ségou en 4e

région du Mali

Région de Ségou

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- Cadre

La loi N° 03-017 / du 14 juillet 2003 portant création de l’hôpital Nianankoro Fomba de

Ségou Situé au centre de la ville, au bord de la route Nationale N°6 reliant Bamako aux
régions du Nord du Mali. Cet hôpital comporte les services suivants :
- Box de consultation médicale ouvert du lundi au vendredi de 8h à 16H.
- Service de médecine et spécialisé médicale (cardiologie, urologie,
odontostomatologie ; oto-Rhino-laryngologie)
- Service de chirurgie et spécialisé chirurgicales (chirurgie pédiatrique, gyneco-
obstetrique, ophtalmologie, traumatologie-orthopédie
- Service de pharmacie
- Service d’urgence et anesthésie –réanimation.
- Un plateau technique

Service d’imagerie
Service de laboratoire ou s’est déroulée notre étude
 Personnels
- Pharmacienne (1)
- Assistant médicaux (3)
- Techniciens de laboratoire (5)
- Aide soignantes (2)
- Interne en pharmacie (2)
- Biologistes de la faculté des sciences (3)
- Techniciens de laboratoire (4)
- Secrétaire (1)
 Organisation du laboratoire
- Une unité d’hématologie
- Une unité de parasitologie
- Une unité de biochimie
- Une unité d’immunologie
- Une unité pour les CD4 et CD8 et la charge virale
- Une unité de banque de sang
- Une unité de bactériologie, ou s’est déroulée notre étude
-

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X. Echantillonnage

Il s’agissait des échantillons des patients pour qui un examen bactériologique a été
demandé.
XI. Critère d’inclusion

Ont été inclus dans notre étude tous les patients (ambulant ou hospitalises) de 15 ans et
plus avec une demande d’examen cytobactériologique des urines ayant donné son
consentement.
XII. Critère de non inclusion

N’ont pas été inclus les patients de moins de 15 ans et qui n’avaient pas d’examen
cytobactériologique des urines.
XIII. Collecte des données
- Définition : c’est la colonisation par les germes du contenant (appareil urinaire) et du
contenu (urine), biologiquement l’infection urinaire se définit par l’existence d’une
bactérie significative (supérieure à 105UFC/ML et la présence de polynucléaires en
grand nombre supérieurs à 104 leucocytes /ML dans les urines
- Technique de collecte :
Un questionnaire standard individuel pour chaque patient était élaboré. Il comportait
les renseignements démographiques et cliniques.
XIV. Technique de laboratoire
Matériel consommables
Pipettes pasteur stériles
Des boites Pétri
Une huile à immersion
Des gants d’examen
Des tubes coniques à centrifuges de 15 ML
Un panier
Lames porte objets lamelles
Anse calibre stérile 10 ul
 Réactifs
- Des colorants
- Les milieux de culture (Mueller Hinton, Chapman ,Uriselect)
- Des galeries d’identification : Api Staph, Api20E

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- De l’eau distillée.
 Petits matériels
- Un bec bunsen avec bouteille de gaz
- Des micropipettes
- Un poire
- Un briquet
- Un marqueur à encre
- Un crayon diamant
- Bac à coloration.

Les disques d’antibiotique

Famille d'antibiotiques Charge
Béta-lactamines :
Amoxicilline 25 µg
Amoxicilline + Acide clavulanique 25 µg + 10 µg
Céfalotine 30 µg
Céfamandole 30 µg
Céftazidime 30 µg
Céfotaxime 30 µg
Pénicilline G 10 UI, 6 µg
Ticarcilline 75 µg
Impénème 10 µg
Sulfamides
Cotrimoxazole 15µg
Aminosides:
Gentamicine 10 UI, 15 µg
Amikacine 30 µg
Tobramycine 10 µg
Nétilmicine 30 µg
Kanamycine 30 UI
Fluoroquinolones :
Ciprofloxaine 5 µg
Norfloxacine 5 µg
Ofloxacine 5 µg
Nitrofuranes :
Nitrofurantoïne 300 µg
Polvmyxines :
Colistine 50 µg
Marolicles et apparentés

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Erythromycine 15 UI
Lincomycine 15 µg
Pristinamycine 15 µg
Glycopeptides
Vanconycine 30 µg
Teicoplanine 30 µg
Autres :
Fosfomycine 50 µg

Méthode du travail
1- Prélèvement :
Les consignes ont été données aux patients à savoir le lavage hygiénique des mains et toilette
soigneuse au savon de la région vulvaire chez les femmes et du méat chez l’homme. Il a été
demandé aux patients d’éliminer le premier jet d’urines puis de recueillir dans un tube stérile
une quantité d’urine en prenant soin de ne pas toucher le bord supérieur du récipient. Les
échantillons ont été identifiés, étiquetés, avec le nom et prénom, numéro laboratoire, et la date
de prélèvement.
- Préparation du Colot urinaire :
Les urines ont été mélange délicatement et centrifuger pendant 5 à 10 minutes à 3000
tours par minute. Les urines ont été décantés, le surnageant a été séparé du culot.
Aspect quantitatif :
Le culot urinaire a été observé avec la cellule de Mallassez à l’objectif ×40.
Les résultats ont été interprétés comme suit :
- 0- 5 par champ : rares leucocytes
- 0- 10 par champ : quelques leucocytes
- 10-20 par champ : Assez nombreux leucocytes
- 20-30 par champ : nombreux leucocytes (présence de plusieurs leucocytes)
- Plus de 30 par champ : très nombreux (dominance des leucocytes dans le champ)
Aspect qualificatif
L’examen du frottis réalisé à partir du culot de centrifugation et coloré au Gram a permis la
sélection de nos milieux de culture.

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Coloration de Gram

2- Isolement du germe :
C’est après la coloration de Gram que les milieux ont été choisis en fonction du type de
bactérie retrouvée.
- Les cocci Gram positif sur le milieu Chapman
- Les bacilles Gram négatif sur le milieu Uri select
Le milieu Chapman a été utilisé pour ensemencer les urines mono microbiennes en amas.
Les boîtes ensemencées ont été ensuite incubées à l’étuve à une température de 37°c
pendant 24h.
Au bout de 24h, les cultures positives ont été sélectionnées afin de passer à
l’identification des bactéries et les cultures négatives ont été notées négatives et mis de
côté.
3- Identification du germe :
Certains tests biochimiques ont été pratiqués.
Les cocci Gram positif ont été soumises aux tests de catalase en mettant en contact une
colonie pure avec de l’eau oxygénée
Résultat
- Production de gaz, la catalase est dite positive et les galeries Api Astaph ont été
utilisées pour l’identification de l’espace.
Non production du gaz, la catalase est dite négative et nous avons considéré comme les
streptocoques.
Disque d’oxydase :
 Présence de Coloration – oxydase +
 Pas de coloration – oxydase –
Pour les colonies oxydase + les souches ont été soumisse au DL – 96 pour être identifiées.
Pour les colonies oxydase – une galerie Api20E a été faite pour identifier les souches.
4°) Antibiogramme :
La gélose Mueller Hinton a été utilisée pour l’antibiogramme. Cette gélose était coulée dans
des boites de Pétri et garder au réfrigérateur.
Les boites ensemencées la veille ont permis de pratiquer l’antibiogramme.

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Une colonie pure a été raclée à l’aide d’une anse de Platine et déchargée dans 5 à 10 mL
d’eau physiologique stérile, puis homogénéisé à l’aide du vortex.
La densité de la suspension a été dosée à 0.5 Mc forland.
L’ensemencement a été fait dans les 15 minutes après la préparation de l’inoculum.
Ensemencement : par écouvillonnage (ou de Kieber Baüer) a été adopté
Après avoir trempé l’écouvillon dans la suspension bactérienne, en frottant l’écoulement sur
toute la surface gélosée de haut en bas. Nous avons répété cette opération deux fois en
tournant la boite de 60° à chaque fois.
Application : des disques d’antibiotiques :
Les disques ont été posés par une pince avec une distance de 24mm centre à centre sur la
boite de 90mm.
Lecture :
La mesure des diamètres d’inhibition a été faite à l’aide d’une règle graduée la boite étant
fermée et les valeurs critiques de CASFM2019 ont été utilisées comme référentiel de nos
valeurs critiques.
L’interprétation a été Sensible, Intermédiaire, ou Résistante.
Sensible : l’antibiotique sera efficace sur la bactérie isolée.
Intermédiaire : si la souche bactérienne est intermédiaire, cela signifie la concentration
d’antibiotique sera dans certains cas suffisante et dans d’autres non.
Résistante : l’antibiotique ne sera pas efficace sur la souche bactérienne.
- Saisie des données :
Les données ont été saisies sur Excel 2016 et analysées par le logiciel SPSS version 1.0.0-
2482.

-Aspect éthique :
Nous avons demandé le consentement de chaque patient avant de prendre les renseignements
démographiques.
Les résultats sont enregistrés dans le registre du laboratoire.

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IV. RESULTATS

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4-1 Fréquence des infections urinaires

4-1-1 Fréquence des infections urinaires en fonction du sexe (tableau I)
Les infections urinaires ont été plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes : la
différence est significative.

Tableau I : Distribution de 200 malades en fonction du sexe et de l’infection urinaire.

Sexe Infectés (%) Non infectés (%) Total
Masculin 32 89 121
(26 ,4 %) (73 ,6 %) (100 %)
Féminin 37 42 79
(47 %) (53 %) (100 %)
Total 69 131 200
(34,5 %) (65,5 %) (100 %)
χ2 = 7,913 ; ddl = 1 ; P=0,0049.

4-1-2 Fréquence des infections en fonction de l’âge

L’infection urinaire a été indépendante de l’âge (tableau II).
Tableau II : Distribution de 200 malades en fonction de l’âge et de l’infection urinaire
Age (ans) Infectés Non infectés Total
< 20 4 11 15
(26,7 %) (73,3 %) (100 %)
[20-40[ 38 74 112
(34 %) (66 %) (100 %)
[40-60[ 19 33 52
(36,5 %) (63,5 %) (100 %)
> 60 8 (38 %) 13 (62 %) 21
(100 %)
Total 69 131 200
(34 ,5 %) (65,5 %) (100 %)

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4-1-3 Fréquence de l’infection urinaire en fonction de l’ethnie

La prévalence des infections urinaires a été plus faible chez les Bozos et les Dogons que chez
les autres (tableau III).
Tableau III : Distribution de 200 malades en fonction de l’ethnie et de l’infection urinaire
Ethnies Infectés Non infectés Total
Bambara 23 32 55
(42 %) (58 %) (100 %)
Peulh 14 17 31
(45 %) (55 %) (100 %)
Bozo 6 30 36
(17 %) (83 %) (100 %)
Somono 12 15 27
(44 %) (56 %) (100 %)

Malinké 7 8 15
Dogon 7 29 36
(19 %) (81 %) (100 %)
Total 69 131 200
(34,5 %) (65,5 %) (100 %)
Χ² = 12,349 ; d.d.l. = 1 ; P = 0,000441

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4-1-4 Répartition des malades en fonction de la profession

L’infection urinaire a été plus fréquente chez les ménagères que chez les autres (tableau IV)
Tableau IV : Distribution de 200 malades en fonction de la profession et de l’infection
urinaire
profession Infectés Non infectés Total
Etudiants 5 20 25
(20 %) (80 %) (100 %)
Ménagères 27 21 48
(56 %) (44 %) (100 %)
Commerçants 7 20 27
(26 %) (74 %) (100 %)
Cultivateurs 16 34 50
(32 %) (68 %) (100 %)
Comptables 4 4 8
Ouvriers 3 12 15
Fonctionnaires 7 20 27
(26 %) (74 %) (100 %)
Total 69 131 200
(34,5 %) (65,5 %) (100 %)
2
χ =11,985 ; d.d.l. =1 ;P=0,000536

4-1-5 Répartition des malades en fonction de la résidence

Tableau V : Distribution de 200 malades en fonction de la résidence
Résidence Effectifs Fréquence
Ségou ville 70 35%
Bapho 17 8,5 %
Macina 16 8%
San 16 8%
Niono 16 8%
Markala 16 8%
Point A 16 8%
Banankoro 16 8%
Siribala 16 8%
Autre 1 0,5 %
Total 200 100
Les malades de la ville de Ségou ont été les plus nombreux.

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4-2 Données cliniques

4-2-1 Répartition des malades en fonction des signes cliniques (tableau VI)
Tableau VI : Distribution de 200 malades en fonctions des signes cliniques et de l’infection.
Signes cliniques Infectés Non infectés Total
Brûlures mictionnelles 16 57 73
(22 %) (78 %) (100 %)
Dysurie 26 32 58
(39 %) (61 %) (100 %)
Pollakiurie 15 19 34
(44 %) (56 %) (100 %)
Douleur abdominale 7 14 21
(33 %) (67 %) (100 %)
Fièvre 5 6 11
Hématurie macroscopique 0 3 3
total 69 131 200
(34,5 %) (65,5 %) (100 %)

4-3 Données biologiques

4-3-1 Répartition en fonction de l’aspect des urines (tableau VIII)
Tableau VIII : Distribution de 200 malades en fonction de l’aspect des urines.
Aspect Effectif Pourcentage%
Trouble 107 60,94
Non Trouble 93 39,06
Total 200 100
Un malade sur deux a eu des urines troubles
Trouble : changement dans la composition de l’urine ou à la présence de bactéries

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4.3.2 Répartition des bactéries isolées

Les bactéries isolées sont indiquées dans le tableau IX.

Tableau IX : Distribution de 346 bactéries isolées d’urines en fonction de l’espèce

Morphologie Espèces bactériennes Effectifs Fréquence

Escherichia coli 51 14 ,7 %
Klebsiella pneumoniae 30 8,7 %
Proteus mirabilis 24 7%
Entérobactéries (57,2%) Enterobactercloacae 24 7%
Klebsiella oxytoca 23 6,6 %
Salmonella enterica 23 6,6 %
Citrobacterfreundii 23 6,6 %

Pseudomonas aeruginosa 28 8,1 %

Bactéries à Gram négatif Acinetobacter sp 25 7,2 %
non fermentaires
(15,3 %)
Staphylococcus à coagulase 33 9,5 %
Cocci à Gram positif négative
(27,5%) Staphylococcus aureus 31 9%
Streptococcus sp 31 9%
Total 346 100 %

Tableau x:
SERVICE ECHANTILLONS
Gynécologie 67
Urologie 58
Médecine Générale 75
La plupart de ces trois services ont demandé l’ECBU pour déterminer s’il y a une infection
urinaire, et si oui d’identifier la bactérie responsable et d’évaluer l’importance de
l’inflammation.
Le service de gynécologie dit avoir demandé pour éviter l’éclampsie chez les femmes
enceintes.

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4.4. Sensibilité aux antibiotiques

4.4.1 Sensibilité aux antibiotiques des entérobactéries
4.4.1.1 Sensibilité aux antibiotiques d’Escherichia coli
La colistine, l’imipénème, la ceftazidime, l’amikacine, la nétilmicine, la gentamicine, la
tobramycine, la ciprofloxacine, l’ofloxacine, la nitrofurantoïne ont été les antibiotiques les
plus actifs sur nos souches d’E. coli (tableau X)

Tableau X : Distribution de 51 souches d’Escherichia coli en fonction de la sensibilité aux

antibiotiques
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Amoxicilline 20 24 7 51
(39 %) (47 %) (14 %) (100 %)
Amoxicilline + acide 31 12 8 51
clavulanique (61 %) (23 %) (16 %) (100 %)
Céfalotine 34 16 1 51
(67 %) (31 %) (2 %) (100 %)
Céfamandole 40 11 0 51
(79 %) (21 %) (0 %) (100 %)
Ceftazidime 49 1 1 51
(96 %) (2 %) (2 %) (100 %)
Imipénème 51 0 0 51
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Gentamicine 46 5 0 51
(90 %) (10 %) (0 %) (100 %)
Tobramycine 46 3 2 51
(90 %) (6 %) (4 %) (100 %)
Nétilmicine 47 2 2 51
(92 %) (4 %) (4 %) (100 %)
Amikacine 49 1 1 51
(96 %) (2 %) (2 %) (100 %)
Ofloxacine 45 3 3 51
(88 %) (6 %) (6 %) (100 %)
Norfloxacine 42 8 1 51
(82 %) (16 %) (2 %) (100 %)
Ciprofloxacine 46 5 0 51
(90 %) (10 %) (0 %) (100 %)
Cotrimoxazole 30 8 13 51
(59 %) (16 %) (31 %) (100 %)
Colistine 51 0 0 51
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Nitrofurantoïne 45 0 6 51
(88 %) (12 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 31

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

4.4.1.2. Sensibilité aux antibiotiques de Klebsiella pneumoniae

L’imipénème, le céfamandole, la colistine, l’amikacine et la ceftazidime ont été les molécules
les plus actives sur nos souches de Klebsiella pneumoniae (tableau XI).

Tableau XI : Sensibilité aux antibiotiques de 30 souches de Klebsiella pneumoniae

Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total

Amoxicilline 0 0 30 30
(100 %) (100 %) (100 %) (100 %)
Amoxicilline + acide 18 3 9 30
clavulanique (60 %) (10 %) (30 %) (100 %)
Céfalotine 14 4 12 30
(47 %) (13 %) (40 %) (100 %)
Céfamandole 30 0 0 30
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Ceftazidime 24 0 6 30
(80 %) (0 %) (20 %) (100 %)
Imipénème 30 0 0 30
(100 %) (0 %) (0 % (100 %)
Gentamicine 19 9 2 30
(63 %) (30 %) (7 %) (100 %)
Tobramycine 22 5 3 30
(73 %) (17 %) (10 %) (100 %)
Nétilmicine 21 4 5 30
(70 %) (13 %) (17 %) (100 %)
Amikacine 27 3 0 30
(90 %) (10 %) (0 %) (100 %)
Ofloxacine 15 7 8 30
(50 %) (23 %) (27 %) (100 %)
Norfloxacine 15 10 5 30
(50 %) (33 %) (17 %) (100 %)
Ciprofloxacine 17 10 3 30
(57 %) (33 %) (10 %) (100 %)
Cotrimoxazole 14 4 12 30
(47 %) (13 %) (40 %) (100 %)
Colistine 30 0 0 30
(100 %) (0 %) (0 % (100 %)
Nitrofurantoïne 18 10 2 30
(60 %) (33 %) (7 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 32

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

4.4.1.3 Sensibilité aux antibiotiques de Proteus mirabilis

Le céfamandole, l’imipénème, l’amikacine, la tobramycine, la nétilmicine, la ciprofloxacine,
la gentamicine, l’ofloxacine et la norfloxacine ont été les antibiotiques les plus actifs sur nos
souches de Proteus mirabilis (tableau XII).

Tableau XII : Distribution de 24 souches de Proteus mirabilis en fonction de la sensibilité

aux antibiotiques
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Amoxicilline 9 11 4 24
(37,5 %) (46 %) (16,5 %) (100 %)
Amoxicilline + 16 6 2 24
acide (67 %) (25 %) (8 %) (100 %)
clavulanique
Céfalotine 16 7 1 24
(67 %) (29 %) (4 %) (100 %)
Céfamandole 23 0 0 24
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Ceftazidime 23 0 1 24
(96 %) (0 %) (4 %) (100 %)
Imipénème 24 0 0 24
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Gentamicine 21 2 1 24
(88 %) (8 %) (4 %) (100 %)
Tobramycine 22 1 1 24
(92 %) (4 %) (4 %) (100 %)
Nétilmicine 22 1 1 24
(92 %) (4 %) (4 %) (100 %)
Amikacine 23 1 0 24
(96 %) (4 %) (0 %) (100 %)
Ofloxacine 21 1 2 24
(88 %) (4 %) (4 %) (100 %)
Norfloxacine 21 1 2 24
(88 %) (4 %) (8 %) (100 %)
Ciprofloxacine 22 1 1 24
(92 %) (4 %) (4 %) (100 %)
Cotrimoxazole 14 4 6 24
(58 %) (17 %) (25 %) (100 %)
Colistine 0 0 100 24
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Nitrofurantoïne 0 0 100 24
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 33

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4.4.1.4 Sensibilité aux antibiotiques d’Enterobacter spp

L’imipénème, la colistine, la ceftazidime, l’amikacine, la ciprofloxacine, la gentamicine,
l’ofloxacine, la norfloxacine, la tobramycine et la nétilmicine ont été les molécules les plus
actives sur les Enterobacter sp (tableau XIII).

Tableau XIII : Distribution de 24 souches d’Enterobacter sp en fonction de la sensibilité aux

antibiotiques
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Amoxicilline 0 0 24 24
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Amoxicilline + 0 4 20 24
acide (0 %) (17 %) (83 %) (100 %)
clavulanique
Céfalotine 0 0 24 24
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Céfamandole 0 0 24 24
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Ceftazidime 20 0 4 24
(83 %) (0 %) (17 %) (100 %)
Imipénème 24 0 0 24
(100 %) (0 %) (0 %) (100%)
Gentamicine 19 1 4 24
(79 %) (4 %) (17 %) (100 %)
Tobramycine 18 2 4 24
(75 %) (8 %) (17 %) (100 %)
Nétilmicine 17 2 5 24
(71 %) (8 %) (21 %) (100 %)
Amikacine 20 1 3 24
(83 %) (4 %) (13 %) (100 %)
Ofloxacine 19 2 3 24
(79 %) (8 %) (13 %) (100 %)
Norfloxacine 18 3 3 24
(75 %) (12,5 %) (12,5 %) (100 %)
Ciprofloxacine 20 0 4 24
(83 %) (0 %) (17 %) (100 %)
Cotrimoxazole 13 3 8 24
(54 %) (13 % (33 %) (100 %)
Colistine 24 0 0 24
(100 %) (0 %) (0 %) (100%)
Nitrofurantoïne 13 3 8 24
(54 %) (13 %) (33 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 34

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4.4.1.5 Sensibilité aux antibiotiques deSalmonella enterica

La colistine, l’imipénème, le céfamandole, l’amikacine, la ceftazidime, la nétilmicine, la
gentamicine, la tobramycine, la céfalotine, l’association amoxicilline + acide clavulanique et
la nétilmicine ont été les antibiotiques les plus actifs sur nos souches de Salmonella enterica
(tableau XIV).

Tableau XIV : Sensibilité aux antibiotiques de 23 souches de Salmonella enterica

Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Amoxicilline 3 0 20 23
(13 %) (0 %) (87 %) (100 %)
Amoxicilline + 20 2 1 23
acide (87 %) (9 %) (4 %) (100 %)
clavulanique
Céfalotine 20 2 1 23
(87 %) (9 %) (4 %) (100 %)
Céfamandole 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Ceftazidime 22 1 0 23
(96 %) (4 %) (0 %) (100 %)
Imipénème 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Gentamicine 14 4 5 23
(61 %) (17 %) (22 %) (100 %)
Tobramycine 21 2 0 23
(91 %) (9 %) (0 %) (100 %)
Nétilmicine 18 5 0 23
(78 %) (22 %) (0 %) (100 %)
Amikacine 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Ofloxacine 9 11 3 23
(39 %) (48 %) (13 (100 %)
Norfloxacine 16 5 2 23
(69 %) (22 %) (9 %) (100 %)
Ciprofloxacine 16 2 5 23
(69 % (9 %) (22 %) (100 %)
Cotrimoxazole
Colistine 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 %) (100%)
Nitrofurantoïne 4 14 5 23
(17 %) (61 %) (22 %) (100%)

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4.4.1.6Sensibilité aux antibiotiques de Klebsiella oxytoca

La colistine, l’imipénème, le céfamandole, l’amikacine, la ceftazidime, la nétilmicine, la
gentamicine, la tobramycine, la ciprofloxacine, la nitrofurantoïne et la norfloxacine ont été les
molécules les plus actives sur nos souches de Klebsiella oxytoca (tableau XV).
Tableau XV : Sensibilité aux antibiotiques de 23 souches de Klebsiella oxytoca
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Amoxicilline 0 0 23 23
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Amoxicilline + 15 5 3 23
acide (65 %) (22 %) (13 %) (100 %)
clavulanique
Céfalotine 15 7 1 23
(65 %) (30 %) (4 %) (100 %)
Céfamandole 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Ceftazidime 21 1 1 23
(91 %) (4 %) (4 %) (100 %)
Imipénème 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 % (100 %)
Gentamicine 20 1 2 23
(87 %) (4 %) (9 %) (100 %)
Tobramycine 20 2 1 23
(87 %) (9 %) (4 %) (100 %)
Nétilmicine 21 1 1 23
(91 %) (4 %) (4 %) (100 %)
Amikacine 22 1 0 23
(96 %) (4 %) (0 %) (100 %)
Ofloxacine
Norfloxacine 19 1 3 23
(83 %) (4 %) (13 %) (100 %)
Ciprofloxacine 20 3 0 23
(87 %) (13 %) (0 %) (100 %)
Cotrimoxazole
Colistine 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 % (100 %)
Nitrofurantoïne 20 0 3 23
(87 %) (0 %) (13 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 36

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4.4.1.7 Sensibilité aux antibiotiques de Citrobacter freundii

La colistine, l’imipénème, la nitrofurantoïne, l’ofloxacine, la norfloxacine et la ciprofloxacine
ont été les antibiotiques les plus actifs sur nos souches de Citrobacter freundii (tableau XVI).

Tableau XVI : Sensibilité aux antibiotiques de 23 souches de Citrobacter freundii

Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Amoxicilline 0 0 23 23
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Amoxicilline + 0 17 6 23
acide (0 %) (74 %) (26 %) (100 %)
clavulanique
Céfalotine 0 0 23 23
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Céfamandole 0 0 23 23
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)
Ceftazidime 9 10 4 23
(39 %) (43,5 %) (17,4 %) (100 %)
Imipénème 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Gentamicine 4 2 17 23
(17 %) (9 %) (74 %) (100 %)
Tobramycine 10 5 8 23
(43,5 %) (22 %) (34,5 %) (100 %)
Nétilmicine 6 7 10 23
(26 %) (30 %) 43,5 %) (100 %)
Amikacine 5 1 17 23
(22 %) (4 %) (74 %) (100 %)
Ofloxacine 20 0 3 23
(87 %) (0 %) (13 %) (100 %)
Norfloxacine 20 2 1 23
(87 %) (9 %) (4 %) (100 %)
Ciprofloxacine 19 2 2 23
(83 %) (9 %) (9 %) (100 %)
Cotrimoxazole
Colistine 23 0 0 23
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Nitrofurantoïne 22 0 1 23
(96 %) (0 %) (4 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 37

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4.4.2Sensibilité aux antibiotiques des bactéries non fermentaires

4.4.2.1Sensibilité aux antibiotiques de Pseudomonas aeruginosa
La colistine, l’imipénème, l’amikacine, la ceftazidime, la gentamicine, la ticarcilline et la
nétilmicine ont été les antibiotiques les plus actifs sur nos souches de Pseudomonas
aeruginosa (tableau XVII).
Tableau XVII : Sensibilité aux antibiotiques de Pseudomonas aeruginosa
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Ticarcilline 24 2 2 28
(86 %) (7 %) (7 %) (100 %)
Ceftazidime 26 1 1 28
(93 %) (3,5 %) (3,5 %) (100 %)
Imipénème 28 0 0 28
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Gentamicine 24 2 2 28
(86 %) (7 %) (7 %) (100 %)
Tobramycine 19 3 6 28
(68 %) (11 %) (21 %) (100 %)
Nétilmicine 23 0 5 28
(82 %) (0 %) (18 %) (100 %)
Amikacine 26 2 0 28
(93 %) (7 %) (0 %) (100 %)
Ofloxacine 13 3 12 28
(46 %) (11 %) (43 %) (100 %)
Norfloxacine
Ciprofloxacine 15 3 9 28
(57 %) (11 %) (32 %) (100 %)
Cotrimoxazole 1 1 26 28
(3,5 %) (3,5 %) (93 %) (100 %)
Colistine 28 0 0 28
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Nitrofurantoïne 0 0 28 28
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 38

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4.4.2.2Sensibilité aux antibiotiques d’Acinetobacter sp

La colistine et l’imipénème ont été les antibiotiques les plus actifs sur nos souches
d’Acinetobacter sp (tableau XVIII).
Tableau XVIII : Sensibilitéde 31 souches d’Acinetobacter sp
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Ticarcilline 13 12 7 31
(42 %) (39 %) (19 %) (100 %)
Ceftazidime 13 7 5 25
(52 %) (28 %) (20 %) (100 %)
Imipénème 23 4 4 31
(74 %) (13 %) (13 %) (100 %)
Gentamicine 4 12 15 31
(13 %) (39 %) (48 %) (100 %)
Tobramycine 9 15 7 31
(29 %) (48,4 %) (22,6 %) (100 %)
Nétilmicine 7 20 4 31
(22,6 %) (64,5 %) (13 %) (100 %)
Amikacine 16 4 11 31
(51,6 %) (13 %) (35,4 %) (100 %)
Ofloxacine 9 5 17 31
(29 %) (16 %) (55 %) (100 %)
Norfloxacine
Ciprofloxacine 9 3 19 31
(29 %) (10 %) (61 %) (100 %)
Cotrimoxazole 9 11 11 31
(29 %) (35,5 %) (35,5 %) (100 %)
Colistine 31 0 0 31
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Nitrofurantoïne 0 0 31 31
(0 %) (0 %) (100 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 39

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4.4.3 Sensibilité aux antibiotiques des bactéries à Gram positif :

4.4.3.1 Sensibilité aux antibiotiques de Staphylococcus aureus
La vancomycine, la teicoplanine, la pristinamycine, l’érythromycine, la lincomycine,
l’oxacilline, la gentamicine, la kanamycine, la tobramycine et la fosfomycine ont été les
molécules les plus actives sur nos souches de Staphylococcus aureus (tableau XIX).

Tableau XIX : Sensibilité aux antibiotiques de 31 souches de Staphylococcus aureus

Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total

Oxacilline 27 3 1 31
(87 %) (10 %) (3 %) (100 %)
Gentamicine 27 1 3 31
(87 %) (3 %) (10 %) (100 %)
Tobramycine 25 1 5 31
(81 %) (3 %) (16 %) (100 %)
Kanamycine 26 1 4 31
(84 %) (3 %) (13 %) (100 %)
Erythromycine 29 1 1 31
(94 %) (3 %) (3 %) (100 %)
Lincomycine 29 1 1 31
(94 %) (3 %) (3 %) (100 %)
Pristinamycine 31 0 0 31
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Fosfomycine 25 5 1 31
(81 %) (16 %) (3 %) (100 %)
Vancomycine 31 0 0 31
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Teicoplanine 31 0 0 31
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Cotrimoxazole 17 7 7 31
(55 %) (22,5 %) (22,5 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 40

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

4.4.3.2 Sensibilité aux antibiotiques de Staphylococcus à coagulase négatif

L’oxacilline, la tobramycine, le cotrimoxazole, la kanamycine, l’érythromycine, la
pristinamycine, la vancomycine, la teicoplanine, la gentamycine et la lincomycine ont été les
antibiotiques les plus actifs sur nos souches Staphylococcus à coagulasse négative (tableau
XX).
Tableau XX : Sensibilité aux antibiotiques de 33 souches de Staphylococcus à coagulasse
négative
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Oxacilline 33 0 0 33
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Gentamicine 26 3 4 33
(79 %) (9 %) (12 %) (100 %)
Tobramycine 33 0 0 33
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Kanamycine 31 1 1 33
(94 %) (3 %) (3 %) (100 %)
Erythromycine 29 3 1 33
(88 %) (9 %) (1 %) (100 %)
Lincomycine 26 4 3 33
(79 %) (12 %) (9 %) (100 %)
Pristinamycine 29 2 2 33
(88 %) (6 %) (6 %) (100 %)
Fosfomycine 18 10 5 33
(55 %) (30 %) (15 %) (100 %)
Vancomycine 29 1 3 33
(88 %) (3 %) (9 %) (100 %)
Teicoplanine 28 2 3 33
(85 %) (6 %) (9 %) (100 %)
Cotrimoxazole 33 0 0 33
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 41

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

4.4.3.2Sensibilité aux antibiotiques des streptocoques :

La vancomycine, la teicoplanine, l’amoxicilline, l’association amoxicilline + acide
clavulanique, la pénicilline G et la pristinamycine ont été les molécules les plus actives sur
nos souches des Streptococcus sp (tableau XXI).
Tableau XXI: Sensibilité aux antibiotiques de 31 souches des Streptococcus sp
Antibiotiques Sensible Intermédiaire Résistant Total
Pénicilline G 25 4 2 31
(81 %) (13 %) (6 %) (100 %)
Amoxicilline 31 0 0 31
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Amoxicilline + 31 0 0 31
acide (100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
clavulanique
Céfalotine 20 7 4 31
(64,5 %) (22,5 %) (13 %) (100 %)
Erythromycine 20 10 1 31
(64,5 %) (32,3 %) (3 %) (100 %)
Lincomycine 18 4 9 31
(58 %) (13 %) (29 %) (100 %)
Pristinamycine 22 6 3 31
(71 %) (19 %) (10 %) (100 %)
Fosfomycine 20 4 7 31
(64,5 %) (13 %) (22,5 %) (100 %)
Vancomycine 31 0 0 31
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Teicoplanine 31 0 0 31
(100 %) (0 %) (0 %) (100 %)
Cotrimoxazole 14 4 13 31
(45 %) (13 %) (42 %) (100 %)

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 42

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

V.DISCUSSION

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 43

SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES DES BACTERIES ISOLEES DES URINES A LHOPITAL NIANAKORO FOMBA DE SEGOU

5.1-Méthodologie :
. Cette étude décrivait les caractéristiques des techniques chimiques et bactériologiques des
infections urinaires. Elle est quelque peu biaisé par les difficultés d’ordre technique en
rapport avec le prélèvement, le traitement des échantillons, et le manque de certains disques
d’antibiotiques pour bien caractériser tous les germes isolés.
5.1.1-Le prélèvement :
Dans notre étude, les prélèvements des échantillons urinaires pour l’analyse bactériologiques
ont été au laboratoire, avec un délai de traitement moyen de 2heures. La littérature
recommande de recouvrir le délai d’attente le plus possible ; un délai d’une heure est
acceptable pour la plupart des auteurs
5.1.2- Infection Urinaire :
L’infection urinaire constitue la pathologie dominante des consultations ambulatoires en
médecine générale ; elle représente la deuxième cause des maladies infectieuses, après les
affections respiratoires (pulmonaires) Maiga AB [11]. Parmi les infections contractées dans le
milieu hospitalier, les infections urinaires viennent en première position et sont l’une des
principales étiologies des septicémies à Gram négatif (-).
En regard de cette recrudescence et surtout de leur caractère asymptomatique, l’examen du
culot urinaire reste un moyen privilégié pour aider les praticiens hospitaliers à poser leur
diagnostic et à prévoir un meilleur suivi thérapeutique Maïga AB [11].
5.2- Données sociodémographiques
- Infections urinaires et l’âge : nos résultats confirment ceux de MAÏGA AB en 1993
[11].
- Infections urinaires et sexe :
Dans notre étude les femmes sont majoritairement représentées avec 47% des cas,
cela pourrait s’expliquer par des raisons anatomiques du sexe de la femme plus
proches de l’anus. Touré FB [12] avait des résultats proches des nôtres.
Infections urinaires et Ethnies :
La prévalence des infections urinaires a été plus faible chez les Bozos et les Dogons
que chez les autres ethnies. Nos résultats sont contraires à ceux de Diarra M. [9].
Infection urinaires et la profession :
L’infection urinaire a été plus fréquente chez les ménagères que chez les autres, Epok
J.C. [3] en 2000 avait eu les mêmes résultats.

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5.3-Données cliniques :
Les germes en cause sont Escherichia coli ; Proteus, Klebsiella ; Entrerobacter ;
Staphylocoques ; Voire parfois Pseudomonas, nos résultats confirment ceux de Maïga AB
[11]
L’infection urinaire staphylococcique vient en 4eme position alors que l’infection
streptococcique se trouve en 5eme position, dans l’étude de Dembélé M [2].
5.4-Etiologie des Infections Urinaires :
La cystite est une infection urinaire localisée au niveau de la vessie. Le plus souvent, elle est
due à la bactérie �“Escherichia Coli” (naturellement présente dans le gros intestin). Lorsque
celle-ci pénètre dans l’urètre, puis remonte dans la vessie et commence à s’y multiplier : c’est
l’apparition de la cystite. Certains facteurs peuvent favoriser cette apparition. Parmi les
multiples facteurs augmentant le risque d’infections urinaires, le plus important est sans doute
d’appartenir au sexe féminin, Archambaud M. [13].
En effet, le méat urinaire, le vagin et l’anus sont proches les uns des autres et l’urètre de la
femme est plus court que celui de l’homme. Or, cette proximité entre l’urètre et l’anus
favorise le passage des germes entre les deux orifices, malgré le nettoyage régulier réalisé par
le passage de l’urine lors des mictions. Les rapports sexuels sont un facteur déclenchant
d’infection urinaire bien connu. Certaines femmes souffrant de cystites à répétition ont un
épisode après chaque rapport. Dans ce cas, on les recommande d’uriner après les rapports
sexuels et de vider complétement la vessie, pour chasser les bactéries qui pourraient être
présentes dans l’urètre, Briset JM, collaborateurs et alls [8].
5.5-Sensibilité aux antibiotiques des bactéries responsables d’infection urinaire :
5.5.1- Sensibilité aux antibiotiques des entérobactéries : Ils sont les germes les plus
fréquemment rencontrés dans les infections urinaires.
5.5.2-Sensibilité aux antibiotiques d’Escherichia coli :
Les souches d’E. coli étaient sensibles à la colistine, la ceftazidime, l’imipenèmeet
l’amikacinela gentamicine, tobramycine, ciprofloxacine, ce qui confirme l’étude de Ya Bi
Foua AR.et alls [5], et 14% pour ceftazidime. De même Diarra M. avait trouvé les souches
d’E. coli sensibles à l’amikacine la gentamicine, tobramycine, ciprofloxacine mais les
souches d’E. coli dans l’étude de Diarra étaient résistantes à la ceftazidime. Cela pourrait
s’expliquer par les résistances acquises d’E. coli étant donné que c’est la première isolée des
urines.
Nos souches étaient également sensibles à la netilmicine, contrairement aux souches de
Bamba M [14] qui trouve 34% pour Netilmicine.

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5.5.3-Sensibilité aux antibiotiques de Klebsiella pneumoniae :

Klébsiella pneumoniae a été sensible au céfamondole, à la ceftazidime, à l’imipénème, à la
colistine,à l’amikacine. Chilala avait des souches de K. pneumoniae résistantes à l’amikacine
[19]. Nous n’avons pas eu d’explication à cela car l’amikacine fait partir des aminosides
sensibles
5.5.4-Sensibilité aux antibiotiques d’entérobactérie sp :
En ce qui concerne la sensibilité aux Entérobacter, nos résultats concordent avec ceux de
Dembélé M [2] pour l’imipénème, la colistine, l’amikacine et la ciprofloxacine. Champetier
D. [18] avait des résultats semblables. En revanche Touré FB [12] et Hannedouche T. [30]
avaient des sensibilités légèrement diminué pour ces antibiotiques.
5.5.5-Sensibilité aux antibiotiques de Salmonella enterica :
La sensibilité a connu une augmentation de 100% pour cefamandole, Imipenème, Amikacine,
colistine ces résultats sont comparables à ceux de Touré FB 61% des souches de Salmonella
enterica étaient sensible à la Gentamicine 87% , à l’association amoxicilline + acide
clavulanique ce qui est comparable aux résultats de Zech P. [23]
5.5.6-Sensibilité aux antibiotiques de Klebsiella oxytoca :
, Klebsiella oxytoca est resté sensible à l’imipenème, la colistine la gentamicine, la
tobramycine et la ciprofloxacine ces résultats sont comparables à ceux de Koffi KD [20] mais
diffèrent des résultats de Moati J. [32] c’est-à-dire moins sensible à la gentamicine mais
sensible pour la norfloxacine dans l’étude de Diarra M. [9].
5.5.7-Sensibilité aux antibiotiques de Citrobacter freundii :
Cette bactérie a montré une très bonne sensibilité à la colistine, à l’imipenème Diarra M. [9],
avait les mêmes résultats. Nous constatons une sensibilité de 87% pour ofloxacine, résultat
qui part à l’encontre de 83% pour ciprofloxacine différent de celui de Toure FB [12], et de
Diall. Mg. [31] qui trouve 64% de sensibilité pour ciprofloxacine.

5.6-Sensibilité aux antibiotiques des bactéries à Gram négatif non fermentaires :

5.6.1-Sensibilité aux antibiotiques de Pseudomonas aeruginosa :
La sensibilité a été de 100% pour l’imipenème, la colistine, ces résultats contestent l’étude de
Toure FB [12] qui trouve des souches résistantes à la colistine, Bamba M. [14] qui trouve
aussi 12% pour colistine.

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La sensibilité a eu un pourcentage de 86 % pour Gentamicine et Ticarcilline. La ceftazidime a

connu une sensibilité de 93%, qui est différent à celui de Diarra M. [9] et de Maïga AB [11]
qui trouvent 52% et 41% pour ceftazidime.
5.6.2- Sensibilité aux antibiotiques de Acinetobacter sp :
Le même pourcentage de 100% a été retrouvé pour colistine comme sensibilité et une baise
remarquable de 74% l’imipenème, résultat proche de celui de Bamba M. [14], et de François
B. [15] qui trouve 88% pour l’imipenème.
5.7- Sensibilité aux antibiotiques des cocci à Gram positif :
5.7.1- Sensibilité aux antibiotiques de Staphylococcus aureus :
Toutes nos souches étaient sensibles à la Vancomycine, Teicoplanine et à la pristinamycine
out comme celles de Diouara M. [9] qui trouve les mêmes résultats, et celles
d’Abdourhamane Sangaré [17] pour la vancomycine.
En ce qui concerne l’Erythromycine, la lincomicine nos résultats étaient différents de ceux
de certains auteurs : Zech P. [23] et Kouadio K. [25].
Il a été observé une sensibilité de 87% pour oxacilline, Gentamicine par contre elle est de
81% pour Tobramicine, et de 84% pour Kanamicine dans l’étude de Touré FB [12] mais
Sangaré A. [17] dans son étude trouve 63% pour Kanamicine, et 14% pour oxacilline.
5.7.2- Sensibilité aux antibiotiques Staphylococcus à coagulasse négatif :
La sensibilité demeure de 100% pour l’oxacilline, Tobramicine, cotrimoxazole qui part au
contraire avec les résultats de Touré FB [12] qui trouvait 95% pour l’oxacilline. Elle est de
même pour Erythromycine 88%, Pristinamycine 88%, Vancomycine 88% résultat différent de
celui de Kouakou K A. [16] avec 16 % pour Vancomycine, et de 22% pour Sangaré A. [17].
La gentamicine et teicoplanine ont eu respectivement 79% et 85% comme sensibilité.
5.7.3-Sensibilité aux antibiotiques Streptocoques :
La sensibilité couvre 100% pour l’amoxicilline, l’amoxicilline + acide clavulanique, la
teicoplamine, la vancomycine qui est presque que celle de François B [15] qui trouve 74%
pour amoxicilline, mais 50% des souches étaient sensibilité à l’amoxicilline dans l’étude de
Sangaré A. [17].
Nos souches de streptocoques restent sensibles à pénicilline G avec un taux de 81% et une
légère baisse de 71% pour pristinamycine dont résultat inférieur à celui de Diarra M. [9] qui
trouve 56% de sensibilité, et celui de Sangaré Abdourhamane [17] avec 29% pour
pristinamycine.

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VI CONCLUSION

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Les demandes d’analyse bactériologique des urines étaient représentées par les gynécologues
dans 56,4% des cas et par les médecins généralistes 16,8%, les urologues venaient en
troisième position avec 26,8% des demandes. Les germes les plus isolés ont été Escherichia
coli (14.7%), Klebsiella pneumoniae (8.7%) Staphylococcus à Coagulasse négative (9.5%) et
Staphylococcus aureus (9%) la sensibilité de ces germes aux antibiotiques montre que la
majorité des germes présentaient une résistance acquise aux différents antibactériens utilisés.
Les antibiotiques des plus sensibles ont été colistine imipenème, cefamandole.
Face à la famille d’antibiotique des quinolones, les entérobactéries présentaient également des
résistances acquises.
Nous demandons aux patients d’éviter l’automédication en particulier la prise d’antibiotique
avant l’examen cytobactériologique des urines qui peut être la cause des résistances acquises.

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VII.RECOMMANDATIONS
Au terme de cette étude et au vu des résultats obtenus, nous formulons les recommandations
suivantes :
1-Aux personnels du laboratoire :
- Une meilleure explication aux patients les conditions de prélèvements des urines
- Améliorer le traitement et la conservation des échantillons avant les techniques
2-Aux personnels soignants :
- Encourager les patients à procéder aux prélèvements des urines au laboratoire ;
- Adopter l’antibiothérapie à l’antibiogramme.
3-Aux autorités sanitaires :
- Rendre les moyens disponibles pour les bonnes pratiques de prélèvement,
- Doter le laboratoire des réactifs et consommables
4-Aux partenaires techniques et financiers

Appuyer les laboratoires et les institutions de recherche par :

- La formation continue des personnels ;
- La mise en place de contrôle interne et externe de qualité

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2. DEMBELE M.: 2M2 ed 1997 :169-72.

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- Intérêt du travail Bactériologie :

L’analyse de l’examen cytobactériologique des urines permet d’identifier les bactéries,
levures responsables des infections urinaires afin d’adapter une antibiothérapie.
La réalisation de l’antibiogramme permet à éviter l’utilisation d’antibiotique de façon
inattendu, qui mettra mois la résistance bactérienne.
- Santé publique :

La détermination de l’antibiogramme permet de savoir au sein de la population les genres

résistants (bactéries) aux antibiotiques couramment utilisé par celle-ci.
L’utilisant abusive des antibiotiques favorise la résistance bactérienne au sein de la
population.

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FICHE D’ENQUETE
L’examen cytobactériologique des urines au laboratoire d’analyse médicale de l’hôpital régional de Ségou.
I. N°DONNEES ADMINISTRATIVE ET SOCIO-DEMOGRAPHIQUES
1- N° Fiche d’enquête……………………………………….
2- Nom ……………………………………………………………...
3- Prénom………………………………………………………….
4- Age………………………………………………………………….
5- Résidence ………………………………………………………
6- Nationalité………………………………………………………
7- Ethnie …………………………………………………………….
8- Profession ……………………………………………………….
9- Sexe …………………………………………………………………
II. DONNE CLINIQUE
1- Fièvre
a=oui b=non
2- Dysurie
a=oui b=non
3- Brulures mictionnelles
a=oui b=non
4- Pollakiurie
a=oui b=non
5- Hématurie macroscopiques
a=oui b=non
6- Douleur abdominale
a=oui b=non
7- Si autre préciser :……………………………………………………………………………
............................................................................................
III. EXEMENS PARACLINIQUES
A- Macroscopie
I- Aspect de l
a=claire b=hématique c=trouble
B-Microscopie
1- Aspect de l’urine
a= claire b = hématique c= trouble
2- Type de Germe retrouvé au Gram :
a= bacille Gram négatif b= Cocci Gram négatif
C= bacille Gram positif d= Cocci Gram positif

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FICHE SIGNALETIQUE
Nom : Coulibaly
Prénom : Tahirou
Section : Pharmacie
Téléphone : 75 42 77 01
E-mail : tahiroucoulibaly 1991 @ live.fr
Titre de la thèse : Sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées des urines.
Pays de soutenance : Mali
Ville de soutenance : Bamako
Année universitaire : 2019 – 2020
Lieu de dépôt : Bibliothèque de la faculté de pharmacie et de la faculté de médecine et
d’odontostomatologie.
RESUME :
Au mali des études ont prouvé que le risque de l’infection urinaire s’accroit en milieu
hospitalier et peut dépasser 10% chez l’homme et 30% chez la femme Cela explique que
l’examen cytobactériologique des urines soit une des analyses les plus demandées.
L’uriselect a été le milieu utilisé pour l’isolement des germes. L’Antibiogramme a été réalisé
par la méthode de kieber Bauer l’âge moyen des patients était entre 20-40 ans. Le sexe ratio
était de (12) .Les entérobactéries ont été les germes les plus isolés avec une dominance
d’Escherichia coli (14,7%) suivi de Klebsiella pneumoniae (8.7%) et les antibiotiques les
plus actifs ont été la colistine, l’imipenème.

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PROFILE SHEET
Name: Coulibaly
First name: Tahirou
Section: Pharmacy
Phone: 75 42 77 01
E-mail: tahiroucoulibaly 1991@ live .fr
Thesis title: antibiotic sensitivity of bacteria isolated from urine translation
Defense country: Mali
Defense town: Bamako
Academie year: 2019 – 2020
Place of deposit: Library of the faculty of pharmacy and the faculty of medicine and
odontostomatology.

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SERMENT DE GALIEN

Je jure en présence des maîtres de la faculté, des conseillers de l’ordre des Pharmaciens et de

mes condisciples ;

D’honorer ceux qui m’ont instruit dans les préceptes de mon art et de leur témoigner ma

reconnaissance en restant fidèle à leur enseignement

D’exercer dans l’intérêt de la Santé Publique ma profession avec conscience et de respecter non

seulement la législation en vigueur, mais aussi règles de l’honneur, de la probité et du

désintéressement

De ne jamais oublier ma responsabilité et mes devoirs envers le malade et sa dignité humaine

En aucun cas, je ne consentirai à utiliser mes connaissances et mon état pour corrompre les

mœurs et favoriser les actes criminels.

Que les hommes m’accordent leur estime si je suis fidèle mes promesses.

Que je sois couvert d’opprobres et de méprisé de mes confrères si j’y manque.

Thèse de Pharmacie 2019-2020 TAHIROU COULIBALY 58