Introduction à la Génétique et Évolution
Introduction à la Génétique et Évolution
► Au niveau d’une espèce, la majorité des caractères reste constante, l’étude génétique passera en
fait par l’analyse de la variation….ou Etudes des caractères variables
► Quelle est l’origine de la vie ? Pourquoi l’organisme vivant se reproduit-il semblable à lui
même ? Comment la vie peut-elle se développer à partir d’un œuf fécondé ou d’une
graine ?
Jusqu’au 19ème siècle, ces questions relevaient surtout de la religion et de la philosophie.
Nombreux faux concepts prédominaient la pensée ,dont celle biologique : Fixisme, vitalisme, Génération
spontanée…
Ces théories ont transformé la biologie d’une technique d’observation en une science
expérimentale : Elle constituent le cadre conceptuel de la Biologie Moderne
Théorie de l’évolution: Rectification de faux concepts tels que ceux
du « Fixisme » et « l’hérédité des caractères acquis »
► Darwin (1809-1882) et Alfred Wallace : En répertoriant la distribution géographique et des animaux et des végétaux et en
observant les similitudes et les différences anatomiques de groupes d’organismes étroitement apparentés, ils :
Constatèrent que le monde vivant manifeste une grande variabilité et que les espèces vivantes, lorsqu’elles sont observées
pendant une longue période, s’avèrent changeantes.
Emirent l’hypothèse que certaines forces du milieu environnant, comme les changements géologiques, les fluctuations de
la températion et des précipitations locales ainsi que les tendances climatiques à long terme, agissent comme des agents
de « sélection naturelle » sur les génération successives d’organismes chez lesquels des modifications transmissibles
héréditairement son survenues.
Dans un tel environnement « sélectif », de nouvelles espèces apparaissent continuellement et des espèces
anciennes qui ne peuvent plus s’adapter au milieu disparaissent.
► « Comme il naît beaucoup plus d’individus de chaque espèce qu’il n’en peut survivre et que, par conséquent, chaque individu doit
constamment lutter pour son existence, tout être vivant, s’il subit des variations qui lui sont profitables, dans ses conditions de
vie complexes et parfois variables, aura de meilleures chances de survie et sera naturellement sélectionné. En vertu de
l’implacable principe de l’hérédité, toute variété sélectionnée tend à propager sa nouvelle forme modifiée. »
Théorie cellulaire : Rectification d’autres faux concepts tel que
celui de la «Génération spontanée»
La querelle entre les deux camps dura longtemps : En 1858, l’académie des sciences pouvait encore mettre au
concours le sujet suivant : « essayez par des expériences bien faites de jeter un jour nouveau sur la
question des générations spontanées »
► Par des expériences qui constituent le modèle le plus parfait de la méthode expérimentale, Pasteur montre en 1862
que des microbes pouvaient croître dans un milieu de culture à condition que celui-ci soit ensemencé avec quelques
microbes et que la multiplication par génération spontanée n’est qu’une légende.
► A la fin du 19ème siècle, la théorie cellulaire est largement acceptée. Elle comportait une implication
fondamentale :
Si les cellules peuvent croître et se diviser, elles peuvent donc servir à l’étude de l’organisme vivant.
► La théorie de l’évolution associée à la théorie cellulaire ont fourni le cadre intellectuel nécessaire au développement de
la biologie comme science expérimentale : Deux disciplines majeures de cette nouvelle science se sont développées
indépendamment durant plusieurs années :
- La biochimie qui vise à isoler et à analyser chimiquement des substances cellulaires.
- La génétique qui étudie la transmission des caractères héréditaires chez les êtres vivants.
Théorie Cellulaire
La biochimie démontre d’abord que des transformations chimiques peuvent s’accomplir dans des extraits cellulaires.
Claude Bernard en 1872 traduit ainsi les orientations, la pensée et les convictions des chimistes et physiologistes cellulaires
de l’époque :
« Tout comme la physique et la chimie découvrent les constituants minéraux des corps composés, par la
recherche expérimentales, pour comprendre les phénomènes complexes de la vie, il est nécessaire de
scruter l’organisme en profondeur et d’analyser ses organes et ses tissus, si nous voulons atteindre les
constituants organiques. »
Au cours des dernières décennies du 19ème siècle, les constituants majeurs des cellules furent identifiés et en partie
purifiés. Ver 1900, 16 acides aminés (aa) (parmi les 20 aa constituant les protéines) étaient connus, la thréonine,
dernier aa découvert, ne fut isolée qu’en 1935.
Ces théories ont transformé la biologie d’une technique
d’observation en une science expérimentale : Elle
constituent le cadre conceptuel / Intellectuel de la Biologie
Moderne
► Expériences de A.D Hershey et M. Chase (1952) : l’ADN est bien la molécule porteuse de
l’information génétique ;
► Données de l’UV : Les acides nucléiques présentent une absorption maximale de la lumière ultraviolette
à 260 nanomètres ce qui correspond exactement à la longueur d’onde pour laquelle on observe le
maximum de mutations chez les cellules soumises aux à une irradiation en lumière ultraviolette. Cette
observation a fourni une indication supplémentaire (à l’époque) que les acides nucléiques sont bien le
matériel génétique et non les protéines dont le maximum d’absorption est à 280 nm.
Expérience de Griffith
1866 1944 – Oswald Avery
C'est Oswald Avery (1877-1955) et ses collègues Colin McLeod et McLyn McCarthy, qui
réussissent à purifier le facteur transformant du pneumocoque après d'innombrables
tentatives infructueuses de nombreux chercheurs pendant 10 ans. Leur publication date
de 1944.
•Modèle expérimental:
Bactériophage T2
Queue
Fibre caudale
Experience
du
Waring blender
Preuves expérimentales montrant que l’ADN
est le matériel génétique :
► Expériences de F.Griffith (1928) : Phénomène de la transformation bactérienne ;
► Expériences de A.D Hershey et M. Chase (1952) : l’ADN est bien la molécule porteuse de
l’information génétique ;
► Données de l’UV : Les acides nucléiques présentent une absorption maximale de la lumière ultraviolette
à 260 nanomètres ce qui correspond exactement à la longueur d’onde pour laquelle on observe le
maximum de mutations chez les cellules soumises aux à une irradiation en lumière ultraviolette. Cette
observation a fourni une indication supplémentaire (à l’époque) que les acides nucléiques sont bien le
matériel génétique et non les protéines dont le maximum d’absorption est à 280 nm.
Exigences auxquelles le matériel génétique doit
satisfaire.
► Il doit contenir l’information nécessaire à la structure, à la fonction et à la stabilité de reproduction des cellules.
Cette information est codée dans la séquence des éléments de base (ou unités mendéliennes) qui composent le
matériel génétique.
Etude de la
Structure du matériel génétique
Il doit se répliquer avec précision de telle sorte que la même information génétique soit présente chez les
cellules filles au cours des générations successives.
Etude de la
Réplication
► l’information codée dans le matériel génétique doit pouvoir être décodée afin de produire les molécules
nécessaires à la structure et au fonctionnement des cellules.
Etude du :
Code Génétique
et de la Biosynthèse des macromolécules biologiques : ARN, Protéines
► le matériel génétique doit être capable de variations rares puisque mutations et recombinaisons du matériel
génétique sont la source du processus d’ évolution ;
Etude des
Événements génétiques (Mutations..)
Composition chimique et structure des acides
nucléiques
Composition chimique: Les molécules simples
Le phosphate inorganique est un ion stable formé à partir de l’acide phosphorique PO4H3. On l’écrit souvent Pi.
Des esters de phosphate peuvent se former entre un phosphate et un groupement hydroxyle libre (alcool, énol, phénol...).
La condensation d’un phosphate et d’un autre acide, par exemple un autre phosphate, donne un anhydride. Il y a aussi des
anhydrides mixtes avec les acides carboxyliques par exemple.
Le pyrophosphate est un ion dérivé de l’acide pyrophosphorique (P2O7H4), qui est lui-même un anhydride d’acide phosphorique.
Composition chimique: Les molécules simples
Le ribose est un pentose de la série D, dont tous les hydroxyles sont orientés à droite (représentation de Fisher).
Dans les acides ribonucléiques (RNA), il est cyclisé en ribofuranose : anomère β spécifiquement.
Le désoxyribose, composant des acides désoxyribonucléiques (DNA) est dérivé du ribose par une réduction de
la fonction alcool secondaire du carbone n°2. Le désoxyribose confère à cet acide nucléique une plus grande
stabilité propre à sa fonction de conservation de l’information génétique.
Composition chimique: Les molécules simples
Les bases azotées des acides nucléiques appartiennent à deux classes de molécules selon le noyau aromatique
qui en constitue le squelette.
Le noyau pyrimidine est le plus simple : c’est un noyau aromatique à six atomes, quatre carbones et deux azotes
; les deux azotes en position méta (n° 1 et 3).
Le noyau purine est constitué de deux noyaux hétérocycliques accolés, un de six atomes et l’autre de cinq
atomes, ayant deux carbones en commun au milieu. Par rapport à ces carbones communs, les azotes occupent
des positions symétriques (n° 1 et 3 à gauche, n° 7 et 9 à droite).
Les différentes bases rencontrées dans les acides nucléiques en dérivent selon les substituants que portent les
atomes de ces noyaux. De nombreux médicaments appartiennent aussi à ces deux classes de bases azotées.
Composition chimique: Les molécules simples
Bases puriques:
L’adénine est constituée d’un noyau purine dont le carbone 6 est substitué par une fonction amine. Elle est la seule des
bases nucléiques dont la formule ne contient pas d’atome d’oxy gène.
La guanine est constituée d’un noyau purine dont le carbone 2 est substitué par une fonction amine et le carbone 6 par une
fonction cétone.
Composition chimique: Les molécules simples
Bases pyrimidiques
Les pyrimidines ont un noyau aromatique hexagonal de 4 carbones et 2 azotes.
La cytosine est constituée d’un noyau pyrimidine dont le carbone 4 est substitué par une fonction amine et le carbone 2 par une fonction cétone.
L’uracile est constituée d’un noyau pyrimidine dont les carbones 2 et 4 portent des fonctions cétone.
La thymine est aussi constituée d’un noyau pyrimidine dont les carbones 2 et 4 portent des fonctions cétone, mais dont le carbone 5 est substitué par un
méthyl.
Nucléosides et nucléotides
Les sucres se lient aux bases azotées par des liaisons impliquant un des azotes de la base (azote n°1 des
pyrimidines ou azote n°9 des purines) et le carbone n°1 de l’ose (carbone réducteur). Ce sont des liaisons
N -osidiques.
Un nucléoside est donc formé d’une base et d’un sucre liés par une liaison N -osidique. Dans un nucléoside, on
numérote les atomes de la base par des chiffres : 1, 2, 3, etc... et pour les distinguer, les carbones du sucre sont
numérotés 1’, 2’, 3’, etc...
La liaison d’un nucléoside avec un phosphate se fait par une estérification de la fonction alcool primaire
(carbone n°5’) du sucre et une des trois fonctions acides du phosphate.
L’ester obtenu est un nucléotide. Un nucléotide est donc formé d’une base azotée, liée par une liaison osidique
avec un sucre, lui-même lié par une liaison ester avec un phosphate.
Dans le métabolisme des acides nucléiques interviennent des substrats riches en énergie, les nucléosides
triphosphates. Un nucléoside triphosphate est un nucléotide dont le phosphate est lui-même lié à un ou deux
autres phosphates par des liaisons anhydride d’acides.
Nomenclature des unités nucléotidiques
Chaque nucléoside peut être lié à un, deux ou trois phosphates. On les désigne par des sigles conventionnels : GMP pour
guanosine monophosphate, CDP pour cytidine diphosphate, ATP pour adénosine triphosphate, etc...
On désigne par nucléotides les nucléosides monophosphates : AMP ou acide adénylique, dTMP ou acide
désoxythymidylique, etc...
Les nucléosides polyphosphates sont des diphosphates : ADP ou GDP... ou encore des tri- phosphates, les plus riches en énergie :
ATP ou GTP ; etc...
Les acides nucléiques sont formés par une polycondensation de nucléotides AMP, CMP, GMP et UMP pour les acides
ribonucléiques, dAMP, dCMP, dGMP et dTMP pour les acides désoxyribonucléiques.
Exemples de Nucléosides et Nucléotides
Structure des Acides Nucléiques:
Pour former un acide ribonucléique les nucléotides (GMP, AMP, UMP, CMP), sont condensés les uns sur les
autres avec des liaisons phosphodiester entre le carbone 3’ d’un premier nucléotide et le carbone 5’ du
nucléotide suivant.
De sorte que ces liaisons définissent un sens à la molécule : le début étant le nucléotide dont le phosphate en 5’
ne serait lié à aucun autre nucléotide et la fin correspond au nucléotide dont la fonction alcool en 3’ n’est pas
estérifiée.
Selon leurs fonctions, on distingue plusieurs espèces d’acides ribonucléiques :
— rRNA = acide ribonucléique ribosomique, qui participe à la structure des ribosomes ;
— tRNA = acide ribonucléique de transfert, transporteur des acides aminés activés pour la traduction ;
— mRNA = acide ribonucléique messager, produit de la transcription d’un gène qui porte l’information à
traduire.
Structure secondaire du RNA
4. Les RNA sont simple brin mais certaines régions sont appariées sur une courte distance par leurs bases
complémentaires selon un ajustement au hasard (épingles à cheveux).
Acide désoxyribonucléique
Structure primaire
Les molécules d’acide désoxyribonucléiques sont formées de deux chaînes dont les nucléotides sont hybridés
deux à deux sur toute la longueur.
Les deux chaînes sont antiparallèles, c’est à dire que l’extrémité 5’ de l’une est du côté de l’extrémité 3’ de
l’autre.
Pour que tous les nucléotides puissent s’hybrider ; il faut que l’ordre dans lequel ils sont liés ensemble soit
complémentaire de la chaîne opposée.
Les bases azotées liées par les liaisons hydrogènes sont tournées vers l’intérieur, tandis que les riboses et les
acides phosphoriques, hydrophiles sont tournés vers l’extérieur.
Cet appariement des deux chaînes , à travers l’appariement des bases , rend compte en grande partie de la
structure secondaire de l’ADN.
Liaisons hydrogène
Une liaison hydrogène est une liaison de faible énergie entre deux atomes attirés l’un vers l’autre pour des raisons
électrostatiques l’un étant riche en électrons donc nucléophile et l’autre n’ayant que les protons de son noyau donc
électrophile.
Ainsi l’atome d’hydrogène, dont l’unique électron est par nécessité dans l’orbitale qui unit cet atome au reste de la molécule, ne
peut qu’être électrophile et comme tel attiré par les atomes ayant des doublets électroniques libres.
Les atomes d’azote et surtout d’oxygène possèdent respectivement deux et quatre électrons
de leur couche périphérique qui ne participent pas aux orbitales des liaisons covalentes de la molécule. Ceci leur confère un
caractère nucléophile qui leur permet d’exercer une attraction sur les atomes électrophiles voisins, en particulier les atomes
d’hydrogène : cette attraction constitue une liaison hydrogène.
Lorsque les orbitales qui unissent d’un côté l’atome d’hydrogène à la molécule de gauche etde l’autre côté les doublets
électroniques libres avec l’atome nucléophile sont dans le même axe, la liaison hydrogène est plus forte.
Liaisons hydrogène
Lorsqu’un acide nucléique est en solution les molécules forment des liaisons hydrogènes associant les
nucléotides deux par deux, de sorte qu’un nucléotide à adénine se lie avec un nucléotide à thymine (ou à uracile
dans un RNA) et un nucléotide à guanine avec un nucléotide à cytosine.
L’hybridation adénine-thymine est moins stable (2 liaisons hydrogène, -21 kJ) que celle entre guanine et
cytosine.
1866 1953 – Watson et Crick
Référence
Chargaff, E. (1950) Chemical specificity of nucleic acids and mechanism of their
enzymatic degradation. Experientia 6, 201.
•Chargaff montre par ailleurs que le rapport C/G ou A/T est à
l'inverse constant et quasiment égal à un chez toutes les espèces
étudiées.
1866 1953 – Watson et Crick
1866 1953 – Watson et Crick
C'est en élaborant successivement plusieurs modèles moléculaires que Watson et Crick réussissent à
proposer une structure en accord avec l'ensemble des données cristallographiques et biochimiques qui
étaient, à l’époque, disponibles. Les deux chercheurs disposaient alors des éléments suivants :
la composition chimique de l'ADN (désoxyribose, bases azotées, et groupements phosphate);
les clichés de diffraction aux rayons X d'ADN cristallisé, clichés dus principalement à Rosalind Franklin et
Maurice Wilkins :La figure en croix, constituée par les taches sombres résultant de la réflexion des rayons X
sur les molécules d’ADN est caractéristique des structures en hélice. L’étude des arcs sombres du haut et du
bas de la photographie montre que les bases puriques et pyrimidiques sont épaisses de 3.4 Å et qu’elles sont
empilées perpendiculairement à l’axe de l’hélice. (voir transparent)
les travaux de Erwin Chargaff, qui avaient montré que pour toute molécule d'ADN, le nombre de molécules
d'adénine est égal au nombre de molécules de thymine, et que celui de cytosine est égal à celui de guanine ;
les analyses en microscopie électronique, qui avaient montré que le diamètre de la molécule d'ADN est de 2
nanomètre (20Å), ce qui suggérait que cette molécule comportait deux chaînes de désoxyribose-phosphate.
Structure secondaire: La double hélice (modèle J.D.Watson et F.H.CCrick,1953)
La structure secondaire du DNA est telle que les deux brins sont enroulés l’un autour de l’autre. Chacun des
deux brins est orienté (5’vers 3’) dans le sens opposé à celui de l’autre brin(3’vers5’). On dit qu’ils sont
antiparallèles.
Les bases azotées sont tournées vers l’intérieur de la double hélice de façon à ce que chacune s’hybride avec
une base de l’autre brin (A avec T, C avec G, etc..). On dit que les bases successives de chacun des brins sont
complémentaires.
La double hélice a un « pas » de 3,4 nm c’est à dire qu’il y a environ 10 paires de nucléotides pour chaque tour
d’hélice.
La double hélice:
Une vue perspective de la double hélice montre bien comment les bases azotées sont parallè- les entre elles, leurs noyaux empilés
comme des assiettes au centre de la double hélice.
Lorsqu’on représente la double hélice selon son axe, on met en évidence deux particularités.
L’ensemble des désoxyriboses et des phosphates se trouve à l’extérieur de la molécule et les fonctions acides des phosphates sont
orientées vers l’extérieur.
Les bases azotées sont tournées vers l’intérieur de la double hélice et unies à la base complé mentaire par des liaisons hydrogène.
Les nucléotides complémentaires n’étant pas tout à fait diamétralement opposés, l’axe de l’hélice est vide.
La stabilité thermodynamique de la molécule d’ADN est assurée par les liaisons hydrogènes, les forces de Van der waals et les
interactions hydrophobes.
Structure tertiaire de l’ADN
Comment un fil moléculaire d’ADN d’un noyau cellulaire des eucaryotes, par exemple, et qui a plusieurs dizaines
de centimètres de long peut-il être contenu dans un noyau de quelques micromètres de diamètre ?
En fait, l’axe de la double hélice s’enroule dans l’espace pour former une nouvelle hélice d’ordre supérieur ; on
dit alors que l’ADN est surenroulé et ce au moins à un certain stade de son cycle vital. Le surenroulement prend
des formes variées et s’applique à des molécules d’ADN de tailles très diverses ( 350 à 1 750 000 nucléotides
dans chaque chaîne polynucléotidique)) et de structures très différentes (même à celles qui n’ont pas la structure
en double hélice) et ce aussi bien pour l’ADN du noyau, de la mitochondrie et du chloroplaste chez les eucaryotes
que pour l’ADN des procaryotes.
Chez les eucaryotes, l’ADN nucléaire est enroulé autour d’un noyau protéique selon une super-héice solénoïdale
lévogyre. Ces protéines associées à la molécule d’ADN forment le complexe appelé chromatine. Elles sont de
deux types :
Les proteines non histoniques constituant un groupe très hétérogène qui comprend : De l’actine, essentielle à la
mécanique du fuseau achromatique de la métaphase, toutes les enzymes nécessaires à la réplication, à la
transcription, à l’exission-réparation, à la maturation des ARN messagers et à l’excission-epissage ; (Voir fin de
cette partie) , des molécules réceptrices sensibles à l’action des hormones et les protéines constitutives de
l’architecture du noyau lui-même que ce soit à l’interphase ou lors des mitoses.
Les protéines histoniques : constituant un groupe assez homogène de protéines basiques entièrement responsables
de la structure tertiaire de l’ADN ;
Exigences auxquelles le matériel génétique doit
satisfaire.
► Il doit contenir l’information nécessaire à la structure, à la fonction et à la stabilité de reproduction des cellules.
Cette information est codée dans la séquence des éléments de base (ou unités mendéliennes) qui composent le
matériel génétique.
Etude de la
Structure du matériel génétique
Il doit se répliquer avec précision de telle sorte que la même information génétique soit présente chez les
cellules filles au cours des générations successives.
Etude de la
Réplication
► l’information codée dans le matériel génétique doit pouvoir être décodée afin de produire les molécules
nécessaires à la structure et au fonctionnement des cellules.
Etude du :
Code Génétique
et de la Biosynthèse des macromolécules biologiques : ARN, Protéines
► le matériel génétique doit être capable de variations rares puisque mutations et recombinaisons du matériel
génétique sont la source du processus d’ évolution ;
Etude des
Événements génétiques (Mutations..)
La réplication de l’ADN: Synthèse d’acide désoxyribonucléique qui reproduit
exactement le génome d’une cellule au cours du cycle cellulaire afin de préparer la division de cette cellule.
Position des différentes bandes d'ADN au cours du temps. Les chiffres donnent le nombre de
divisions.
Après 1 génération, tout l'ADN est hybride (du point de vue de sa densité). Il n'y a plus d'ADN 15N. Ensuite,
l'ADN hybride disparaît progressivement au profit d'ADN "léger" (14N).
L'expérience : comparaison avec les modèles
L'expérience de Meselson et Stahl montre donc la présence d'un ADN hybride au bout d'une génération cellulaire. Or,
qu'attend-on pour les trois modèles proposés ?
Au bout de deux générations cellulaires, Meselson et Stahl observent la présence d'ADN hybride et d'ADN léger.
Ceci permet de conclure quant aux deux modèles restants :
résultat attendu pour le modèle semi- résultat attendu pour le modèle
conservatif ADN hybride et ADN léger dispersif ADN hybride seul
En conclusion, seul le modèle semi-conservatif permet d'aboutir à des résultats attendus correspondant
aux résultats observés.
► • Les DNA-polymérases sont des enzymes du noyau cellulaire qui agissent en phase S du cycle pour doubler
systématiquement l’ensemble du génome diploïde.
► • Elles utilisent des désoxyribonucléotides triphosphates (dATP, dCTP, dGTP et dTTP) et des amorces de RNA
synthétisées par une DNA primase (RNA polymérase capable de synthétiser un court brin de RNA complémentaire
d’un brin de DNA).
► Elles synthétisent l’ADN nouveau par fragments qui sont liés entre eux par une DNA-ligase.
► • Elles ont aussi une activité exonucléasique, qui leur permet en particulier d’hydrolyser l’ARN des amorces.
Les cellules possèdent de multiples ADN polymérases :
E. Coli : ADN polymérases I, II, II. Toutes peuvent jouer des rôles importants dans la synthèse rigoureuse des
chaînes d’ADN ou durant la réparation des chaînes d’ADN endommagées. Cependant, la polymérase III est la
plus remarquable dans la synthèse de l’ADN au cours de la réplication du génome ; elle est celle qui catalyse,
in vitro, le plus rapidement l’élongation de la chaîne, soit près de 100% de la vitesse in vivo.
Cellules animales : aussi, trois sortes d’ADN polymérases : , ,
► L’ADN polymérase : ne se trouve que dans le noyau, son activité (ou nombre) fluctue durant le cycle
cellulaire, en fonction du taux de synthèse de l’ADN ; par conséquent , il se peut que la polymérase soit l’enzyme la
plus importante dans la réplication de l’ADN : L’aphidicoline , qui inhibe partiellement la polymérase purifiée mais
non les deux autres polymérases, arrête la synthèse de l’ADN dans les cellules en croissance.
► Les ADN polymérase et : auraient un rôle dans la synthèse de l’ADN, la polymérase peut être responsable de
la réplication de l’ADN mitochondrial.
► les DNA polymérases partagent deux propriétés avec toutes les autres enzymes semblables isolées jusqu’à présent :
1) elles ne peuvent amorcer la synthèse d’une chaîne d’ADN, elles ne peuvent qu’allonger un brin amorceur d’ADN ou
d’ARN déjà existant
2) toutes les ADN polymérases catalysent l’addition de nucléotides à l’extrémité hydroxyle 3’ du brin amorceur et
dirigent donc la croissance dans le sens 5’ 3’.
► Cette seconde propriété crée un dilemme : comment cette unidirectionnalité peut-elle être maintenue
alors que les deux brins sont répliqués dans des directions opposées ?
Réplication
Une fourche de réplication possède un brin continu précoce ou avancé et un brin discontinu
tardif ou retardé :
Les DNA-polymérases commencent leur synthèse en de nombreux points d’initiation. La synthèse
de DNA commence sur des amorces de RNA constituées par la DNA-primase. La réplication se
poursuit dans une direction : dans ce sens l’un des deux brins de l’ADN (brin « avancé ») est
parcouru par l’enzyme dans le sens 35’ ce qui permet la synthèse d’un autre brin dans le sens
53’. Les DNA-ligases assurent ensuite la liaison entre les différents fragments de l’ADN
nouveau.
La synthèse de l’autre brin (brin « retardé ») est plus complexe parce que l’enzyme parcourt ce
brin de 53’. La DNA primase synthétise des amorces de quelques nucléotides en avant de la
zone de réplication, et la DNA polymérase construit à la suite de petits fragments d’ADN dans le
sens 53’. La DNA polymérase hydrolyse en avançant l’amorce de RNA du fragment précédent
(activité exonucléasique). Les petits fragments seront ensuite reliés entre eux par la DNA-ligase
Réplication: Schéma synthétique de la fourche de réplication
La nécessité d'une amorce et la polarité 5' -> 3' obligatoire posent un sérieux problème: comment peut-on synthétiser de façon
coordonnée deux brins à la polarité antiparallèle? La solution a été d'utiliser des mécanismes différents pour les deux brins: alors
que sur le brin primaire ("leading strand") la polymérisation se fait en continu, sur le brin secondaire ("lagging strand") elle est
discontinue. De courtes amorces sont d'abord préparées par une RNA polymérase (qui peut démarrer sans amorce), puis
allongées par une DNA polymérase, puis enlevées, les trous restants sont réparés, et les brins sont recollés par une "DNA ligase".
Compliqué, mais ça marche!
Exigences auxquelles le matériel génétique doit
satisfaire.
► Il doit contenir l’information nécessaire à la structure, à la fonction et à la stabilité de reproduction des cellules.
Cette information est codée dans la séquence des éléments de base (ou unités mendéliennes) qui composent le
matériel génétique.
Etude de la
Structure du matériel génétique
Il doit se répliquer avec précision de telle sorte que la même information génétique soit présente chez les
cellules filles au cours des générations successives.
Etude de la
Réplication
► l’information codée dans le matériel génétique doit pouvoir être décodée afin de produire les molécules
nécessaires à la structure et au fonctionnement des cellules.
Etude du :
Code Génétique
et de la Biosynthèse des macromolécules biologiques : ARN, Protéines
► le matériel génétique doit être capable de variations rares puisque mutations et recombinaisons du matériel
génétique sont la source du processus d’ évolution ;
Etude des
Événements génétiques (Mutations..)
Biosynthèse des autres
macromolécules informationnelles : ARN et
Protéines
Définitions:Texte du brin « sens » (apoA-II)
Ecrire à la suite les lettres A, C, G et T dans l’ordre où on rencontre les nucléotides sur l’un des
brins de l’ADN de l’extrémité 5’ à l’extrémité 3’ aboutit à un texte indéchiffrable (voir l’image).
Pourtant sur cette diapositive le texte ainsi transcrit contient toute l’information nécessaire pour la
synthèse d’une protéine (l’apolipoprotéine A-II). C’est pourquoi on appelle ce brin d’ADN le brin «
sens ». L’autre brin est le brin complémentaire ou brin « antisens ».
L’ensemble de l’information génétique transmise par chacun des parents à un enfant (génome
haploïde) peut s’écrire ainsi en 3 milliards de lettres (une bibliothèque de 7000 livres de 300 pages
chacun !)
Les protéines du noyau savent chercher sur les brins de la double hélice de l’ADN des suites de
lettres (séquences) sur lesquelles elles se fixent spécifiquement. Les effets de cette fixation de
protéines sur l’ADN vont permettre l’expression de l’information contenue dans l’ADN pour faire
vivre un individu.
Définitions:Gène
L’expression d’un gène est une suite de synthèses chimiques et de réactions aboutissant à la
production d’un acide ribonucléique ou d’une protéine.
Dans un premier temps a lieu la synthèse d’un acide ribonucléique, dont la séquence est
complémentaire d’un des deux brins du gène donc identique à celle de l’autre brin : c’est la
transcription.
Après des réactions de maturation le transcrit primaire (RNA) devient RNA messager (mR- NA) et
sort du noyau vers le cytoplasme.
Dans le second temps, le RNA messager est « lu » par groupe de trois nucléotides (lettres) grâce à
un RNA complémentaire qui porte l’acide aminé correspondant.
La « lecture » du mRNA se fait de 5’ vers 3’ et la synthèse de la protéine se fait en même temps de
l’extrémité NH2 terminale vers l’extrémité COOH terminale.
Après des réactions de maturation, la protéine « mature » est prête à remplir sa fonction dans la
cellule.
Définitions:Transcription
Lecture d’un gène par une ARN-polymérase qui synthétise un acide ribonucléique
dont la structure primaire reproduit celle du brin « sens » de ce gène
— RNA-polymérase I qui synthétise les RNA cytoplasmiques : RNA ribosomiques (18 S- 5,8 S- 28 S)
— RNA-polymérase II qui synthétise les RNA messagers qui contiennent l’information destinée à la
traduction et certains des snRNA
— RNA-polymérase III qui synthétise les petits RNA (tRNA, rRNA 5 S, snRNA, 7SL- RNA).
1866 1960 – Jacob et Monod
On avait d’abord émis l’hypothèse que le code devait être au moins à trois lettres :
► Un nucléotide / un acide aminé (aa) ne permettrait pas de traduire les 20 aa connus des
protéines
► Non plus un code à 2 lettres aurait permis de former 4 x 4 =16 « mots » ce qui est insuffisant
► Au contraire, un code à trois lettres permettrait par combinaison des 4 nucléotides trois par trois
de former 4x 4 x 4 = 64 combinaisons → ce qui est supérieur à 20
Les preuves que le code génétique est bien formé de combinaisons de trois nucléotides résultent
principalement des études des effets de mutations ( substitution, insertion, délétion) dans le
génome du phage T4 et l’analyse des résultats de croisements entre différents mutants.
Code génétique :un aa est codé par 3 nucléotides
Partant du constat que la lecture du message génétique débute au niveau d’une origine déterminée
de la matrice et se fait par groupes successifs de trois bases :
► Le point de départ était lorsque Niremberg montra en 1961 qu’un extrait d’E. coli était capable
d’incorporer des aa dans des proteines .La synthèse protéique in vitro est stimulée par l’addition
de l’ARNm
► Le fait que ces protéines puissent être synthétisées sous une forme biologiquement active dans
un système acellulaire montre que la traduction in vitro peut être d’une grande fidélité : la
spécificité de la traduction dans les systèmes acellulaire est préservée.
Le premier polyribonucléotide synthétisé fut le
PolyU → une chaîne polypeptidique contenant
seulement Phe ; des expériences analogues : Poly
C → → Chaîne de Proline et PlyA → Chaîne de
Lysine. La formation de liaison H entre les
différents G n’a pas permis de déterminer dans ce
cas la correspondance codon aa ; le poly G
forme des triples hélices à brins multiples ne
pouvant se fixer sur les ribosomes.
L’utilisation de copolymères mixtes permet
d’identifier la composition d’un grand nombre
de codons : Les molécules de poly AC, peuvent
contenir huit codons différents dont les
proportions dépendent du rapport A/C du
copolymère La fréquence d’incorporation d’un aa
est liée à la fréquence d’apparition du triplet qui
le code. Des expériences analogues avec d’autres
copolymères ont permis d’identifier un certain
nombre d’autres codons. Cependant, l’ordre de
nucléotides de ces codons n’est pas déterminé par
ces expériences. Il n’y a par exemple aucun
moyen de déterminer si le codon histidine qui a
deux C et un A est CCA, CAC ou ACC .
Élucidation du code génétique :
► Détermination de l’ordre des nucléotides dans un codon par la méthode de fixation de l’ARNt :
Il s’agit d’une méthode, particulièrement élégante, qui est mise au point par M. Niremberg et
P.Lederen 1964 ; elle est basée sur le fait qu’en absence de synthèse protéique, des molécules
d’ARNt spécifiques s’attachent aux complexes ribosome-ARNm. Plus précisément, le
trinucléotide s’associait à la sous-unité 30S comme un ARNm, facilitant ainsi l’addition de
l’aminoacyl-ARNt possédant l’anticodon complémentaire. Le complexe aminoacyl-ARNt
ribosome-trinucléotide est par la suite séparé du reste des aminoacyl-ARNt non complexés par
passage au travers un filtre à pores assez larges pour laisser passer les ARNt non complexés mais
assez étroit pour retenir le complexe ribosomal.
► Après des efforts considérables, les 64 trinucléotides différents ont été synthétisés dans l’espoir
d’élucider l’ensemble du code génétique, plus d’une trentaine de correspondances ont été établies
mais certains trinucléotides se sont avérés très peu efficaces de sorte qu’il est impossible de
savoir s’ils codent pour un acide aminé spécifique.
Élucidation du code génétique :
► Détermination de l’ordre des nucléotides dans un codon par la méthode de fixation de l’ARNt :
Il s’agit d’une méthode, particulièrement élégante, qui est mise au point par M. Niremberg et
P.Lederen 1964 ; elle est basée sur le fait qu’en absence de synthèse protéique, des molécules
d’ARNt spécifiques s’attachent aux complexes ribosome-ARNm. Plus précisément, le
trinucléotide s’associait à la sous-unité 30S comme un ARNm,facilitant ainsi l’addition de
l’aminoacyl-ARNt possédant l’anticodon complémentaire. Le complexe aminoacyl-ARNt
ribosome-trinucléotide est par la suite séparé du reste des aminoacyl-ARNt non complexés par
passage au travers un filtre à pores assez larges pour laisser passer les ARNt non complexés mais
assez étroit pour retenir le complexe ribosomal.
► Après des efforts considérables, les 64 trinucléotides différents ont été synthétisés dans l’espoir
d’élucider l’ensemble du code génétique, plus d’une trentaine de correspondances ont été établies
mais certains trinucléotides se sont avérés très peu efficaces de sorte qu’il est impossible de
savoir s’ils codent pour un acide aminé spécifique.
Identification des codons grâce à l’emploi de copolymères réguliers :
Des techniques alliant la chimie organique aux méthodes enzymatiques furent mises au point pour
préparer des polyribonucléotides synthétiques ayant des séquences répétitives connues où deux ,
trois et même quatre nucléotides alternent régulièrement . A titre d’exemples :
CUCUCUCU.. : Leucine et Sérine alternent ; UGUGUGUG.. : Cysteine et valine ;
ACACACA.. : Thréonine et Histidine…
L’utilisation d’un copolymère constitué par la répétition de la séquence AAG programme la
synthèse de trois types de polypeptides : polylysine, polyarginine et l’acide polyglutamique (
fixation au hasard du ribosome sur les codons AAG, AGA, GAA.), d’autres copolymères de
ce type ont été étudiés (UUC ;UUG ..)
De la même manière, des Copolymères où quatre nucléotides alternent régulièrement ont
permis d’établir l’ordre des nucléotides dans d’autres codons (Ex : UAUC ; UUAC)
► UAUC UAU CUA UCU AUC UAU ..: Tyrosine ; Leucine ; Sérine ; Isoleucine
► UUAC UUA CUU ACU UAC UUA.. : Leucine ; Leucine ; Thréonine ; Tyrosine
► la combinaison de l’ensemble de ces méthodes et techniques a permis d’attribuer définitivement
à des acides aminés spécifiques 61codons sur les 64 possibles. En fait il est montré que les
trois restant sont des codons de terminaison de la chaîne protéique.
1866 1961 – Nirenberg
Exemple :
Génon = ACC
Codon = UGG
A. Aminé = Trp
Définitions:Code génétique et codon
Codon:Ensemble de trois nucléotides de la séquence d’un acide nucléique portant l’information génétique
permettant l’incorporation d’un acide aminé dans la séquence primaire d’une protéine
La séquence codante est une suite de codons dont chacun permet d’incorporer spécifiquement un acide aminé
dans la synthèse d’une protéine.
Le code génétique est le même pour tous les êtres vivants de la biosphère (universel). Il existe quelques
variations (codons propres à la biosynthèse des protéines dans les mitochondries).
Le code génétique comporte 61 codons pour signifier les 20 acides aminés qui participent à la synthèse des
protéines : chaque acide aminé peut être codé par plusieurs codons (de un à six) qui diffèrent en général par leur
troisième nucléotide. On dit que le code est dégénéré.
Définitions:La traduction
Lecture d’un ARN-messager par des ribosomes qui synthétisent des protéines dont la structure
primaire est déterminée par celle de cet ARN-messager
Exigences auxquelles le matériel génétique doit
satisfaire.
► Il doit contenir l’information nécessaire à la structure, à la fonction et à la stabilité de reproduction des cellules.
Cette information est codée dans la séquence des éléments de base (ou unités mendéliennes) qui composent le
matériel génétique.
Etude de la
Structure du matériel génétique
Il doit se répliquer avec précision de telle sorte que la même information génétique soit présente chez les
cellules filles au cours des générations successives.
Etude de la
Réplication
► l’information codée dans le matériel génétique doit pouvoir être décodée afin de produire les molécules
nécessaires à la structure et au fonctionnement des cellules.
Etude du :
Code Génétique
et de la Biosynthèse des macromolécules biologiques : ARN, Protéines
► le matériel génétique doit être capable de variations rares puisque mutations et recombinaisons du matériel
génétique sont la source du processus d’ évolution ;
Etude des
Événements génétiques (Mutations..)
Initiation de la traduction
Élongation de la chaîne
polypeptidique
Terminaison de la traduction
Exemple de traduction1
Utiliser le code génétique pour traduire les séquences d’ARNm en
polypeptides
a) ….5’ G A A A U G G C A G U U U A C 3’…..
b) .....3’ U U U U C G A G A U G U C A A 5’....
c) …. 5’ AAA ACC UAG AAC CCA 3’…
Exigences auxquelles le matériel génétique doit
satisfaire.
► Il doit contenir l’information nécessaire à la structure, à la fonction et à la stabilité de reproduction des cellules.
Cette information est codée dans la séquence des éléments de base (ou unités mendéliennes) qui composent le
matériel génétique.
Etude de la
Structure du matériel génétique
Il doit se répliquer avec précision de telle sorte que la même information génétique soit présente chez les
cellules filles au cours des générations successives.
Etude de la
Réplication
► l’information codée dans le matériel génétique doit pouvoir être décodée afin de produire les molécules
nécessaires à la structure et au fonctionnement des cellules.
Etude du :
Code Génétique
et de la Biosynthèse des macromolécules biologiques : ARN, Protéines
► le matériel génétique doit être capable de variations rares puisque mutations et recombinaisons du matériel
génétique sont la source du processus d’ évolution ;
Etude des
Événements génétiques (Mutations..)
Définitions:Événements génétique
Les substitutions de purine à purine ou de pyrimidine à pyrimidine (transitions) sont les plus fréquentes
Exemple:Expression d’un gène et Mutation
Une maladie héréditaire, l’anémie falciforme se manifeste par l’existence de globules rouges en forme de faucille et
contenant une hémoglobine anormale désignée par HbS. Cette hémoglobine est non fonctionnelle contrairement
à l’hémoglobine normale HbA. La synthèse de l’hémoglobine est déterminée par un gène.
3’ C A T G T G G A G T G A G G T C T T C T C 5’
5’ G T A C A C C T C A C T C C A G A A G A G 3’
3’C A T G T G G A G T G A G G T C A T C T C 5’
5’ G T A C A C C T C A C T C C A G T A G A G 3’
► Reconstituer les fragments d’hémoglobine A et d’hémoglobine S.(seul le premier brin est transcrit)
► Quelle conclusion peut-on tirer quant à l’origine de cette maladie
Conclusions
Évolution Événements
génétiques ADN Réplication
↓Transcription
ARN
↓Traduction
PROTEINES
Bibliographie générale :