Licence 3, Spécialité : Microbiologie

Unité d’enseignement fondamentale 2 (UEF 3.1.2) :

Microbiologie moléculaire

Matière :

Biologie Moléculaire
&
Génie Génétique
Année universitaire : 2018-2019

Dr Souheyla BENSALMA
 PLAN

Introduction générale : de la cellule à la molécule

Partie 1 : La biologie moléculaire

Partie 2 : Le Génie Génétique

Partie 3 : Les techniques de base de la biologie moléculaire

Partie 4 : Introduction à la bio-informatique.

 Partie 1 : La biologie
moléculaire

Chapitre 1 : Le matériel génétique, L’ADN

Chapitre 2 : Organisation du génome

Chapitre 3 : L’expression de l’information génétique

Chapitre 4 : Régulation de l’expression de l’information génique

 Partie 1 : La biologie
moléculaire
Chapitre 3 : Expression de l’information génétique

I. La transcription

II. La maturation de l’ARN pré-messager chez les eucaryotes

III. La traduction

Chapitre 4 : Contrôle ou régulation de l’expression de l’information

génétique

[Link] les procaryotes

[Link] les eucaryotes

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 Partie 1 :
La biologie Moléculaire

Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de
l’expression de l’information
génétique

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Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités
I.2. L’opéron
I.3. Régulation inductible d’un opéron
I.4. Régulation positive d’un opéron par recrutement de l’ARN
polymérase
I.5. Régulation répressive d’un opéron
I.6. Régulation de l’atténuation
I.7. Régulation par transformation d’un répresseur en activateur
I.8. Régulation par des facteurs sigma alternatifs

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Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique
I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités

A. Pourquoi il y a régulation de l’expression des gènes ?

L’expression d’un gène en une protéine comporte plusieurs étapes pouvant

faire l’objet d’une régulation. Cette régulation est primordiale pour permettre
aux cellules de s’adapter à des conditions environnementales changeantes,
voire à des stress, mais aussi pour permettre la différenciation cellulaire.

La question posée dans ce chapitre est celle du choix des portions du

génome devant être exprimées à un moment donné dans un
environnement donné.

7
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique
I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités

B. Qu’est ce que la régulation de l’expression génique ?

Un moyen pour la cellule de développer des mécanismes qui lui permettent de

réprimer les gènes qui codent pour des protéines inutiles et de les activer au
moment où ils deviennent nécessaires.

Deux modes de régulation de l’expression d’un gène cible par une molécule
régulatrice :

1- d’une façon positive : l’interaction déclenche la transcription du gène

2- d’une façon négative : l’interaction empêche la transcription du gène

8
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique
I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités

C. Quel est le niveau de régulation de l’expression génique ?

 Un organisme unicellulaire, avec un temps de génération très court, doit

pouvoir répondre rapidement à des changements de son environnement.
 Les demi-vies de la plupart des ARNm sont courtes (de l’ordre de quelques
minutes).
 La transcription et la traduction sont couplées et se réalisent dans le même
compartiment cellulaire.

La régulation génique doit prendre effet tôt

Effectivement, le point de contrôle majeur est l’initiation de la

transcription
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Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique
I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités

La cellule bactérienne vit en contact direct avec son environnement,

dont la composition chimique peut se modifier considérablement d’un
moment à l’autre. Un élément peut être présent à certains moments et
absent à d’autres.

Pensez aux conséquences du transfert d’une culture de bactéries du

milieu minimum à un milieu qui contient soit (1) du lactose, soit (2) du
tryptophane.

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 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités
Le lactose est un disaccharide composé de
glucose et de galactose, dont la dégradation
peut donner à la cellule des intermédiaires
métaboliques et de l’énergie.
La première étape de la dégradation
(catabolisme) de cette molécule est l’hydrolyse
de la liaison (une liaison β-galactoside) qui unit
les deux sucres ; cette réaction est catalysée
par une enzyme, la β-galactosidase.

En conditions minimales, une cellule

bactérienne contient moins de 5 exemplaires de
l’enzyme β-galactosidase et une seule copie
d’ARNm correspondant.
Quelques minutes après l’addition de lactose au
milieu de culture, les cellules contiennent
environ 1000 fois plus de molécules de
β-galactosidase. La présence du lactose a
induit la synthèse de cette enzyme 11
 Chapitre 4 :
Partie 1
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités

Le tryptophane est un acide aminé nécessaire à la synthèse

protéique. Quand il n’y en a pas dans le milieu, la bactérie doit
dépenser une certaine quantité d’énergie pour la synthèse de
tryptophane. Les cellules qui se développent en absence de
tryptophane contiennent les enzymes et les ARNm
correspondants, nécessaires à la synthèse de tryptophane.
Cependant, si cet acide aminé devient subitement disponible dans
le milieu, les cellules n’ont plus besoin de synthétiser leur propre
tryptophane et, en quelques minutes, la production des enzymes
de la voie de la synthèse du tryptophane cesse.

En présence de tryptophane, les gènes qui codent ces enzymes

sont réprimés.
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Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.2. L’opéron bactérien

13
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.2. L’opéron bactérien
Chez les bactéries, les gènes qui codent pour les enzymes d’une voie métabolique sont généralement groupés
sur le chromosome en un complexe opérationnel, un opéron.

Un opéron bactérien typique est composé de plusieurs gènes de structure, d’une région promotrice, d’une
région opératrice et d’un gène de régulation :

1. Les gènes de structure codent les enzymes. Les gènes de structure d’un opéron sont généralement
contigus et l’ARN polymérase passe d’un gène de structure au suivant, transcrivant tous les gènes en un
seul ARNm. Cet ARNm géant est ensuite traduit en polypeptides distincts qui seront les différentes
enzymes de la voie métabolique. Par conséquent, la mise en route d’un gène entraîne celle de tous les
gènes responsables d’une enzyme de l’opéron.

2. Le promoteur (P) est le site auquel l’ARN polymérase s’unit à l’ADN avant de commencer la transcription.

3. L’opérateur (O) qui est habituellement contigu au promoteur ou le chevauche est un site de fixation pour
une protéine appelée : répresseur. Le répresseur est un exemple de protéine de régulation génique,
protéine capable de reconnaitre une séquence spécifique de l’ADN et s’y fixer avec une forte affinité.

4. Le gène régulateur code la protéine répresseur

14
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique
I. Chez les procaryotes
I.3. Régulation inductible d’un opéron

L’opéron lac c’est le groupe de gènes qui contrôle la production des enzymes nécessaires au métabolisme du
lactose dans les cellules bactériennes.

L’opéron lac est un exemple d’opéron inductible, pour lequel la présence de la substance métabolique clé (le
lactose dans ce cas) induit la transcription des gènes de structure. L’opéron lac renferme trois gènes de
structure en tandem : 1. Le gène Z qui code la β-galactosidase 2. Le gène Y codant la galactoside perméase,
protéine qui fait entrer le lactose dans la cellule 3. Le gène A qui code la thiogalactoside transacétylase,
enzyme dont le rôle physiologique n’est pas clair. 15
 Chapitre 4 :
Partie 2 Contrôle ou régulation de l’expression
de l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.3. Régulation inductible d’un opéron
En présence du Lactose dans le milieu :
Le lactose pénètre dans la cellule et s’unit au
répresseur lac (une protéine tétramérique), modifiant
sa conformation et empêchant sa fixation à l’ADN de
l’opérateur. A ce stade, les gènes de structures sont
transcrits, les enzymes sont synthétisées et les
molécules du lactose sont métabolisées.
Dans un opéron inductible comme l’opéron lac, le
répresseur n’est donc capable de s’unir à l’ADN qu’en
absence du lactose, qui fonctionne comme inducteur.

En absence du Lactose dans le milieu :

Quand la concentration du lactose diminue dans le
milieu, le lactose se sépare de sa liaison à la
molécule répresseur. La libération du lactose permet
au répresseur de s’unir à l’opérateur, empêche
physiquement la polymérase d’atteindre les gènes de
structures et arrête la transcription de l’opéron.
16
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de l’information
génétique

I. Chez les procaryotes

I.4. Régulation positive d’un opéron par recrutement de l’ARN polymérase
•Ce type de régulation est observé au niveau de l’opéron lac. Nous avons vu que le lactose est un des
signaux qui influence la transcription de cet opéron. Cependant, le glucose a aussi un effet à ce
niveau : il est en effet une source de carbone plus facilement utilisable et donc préféré.

•En présence du glucose, et même si du lactose est présent, le niveau de transcription de l’opéron
lactose est très faible. Par contre, si le lactose est présent et que le glucose est absent, le niveau de
transcription est maximal.

•Les gènes de l’opéron lac ont un fort niveau d’expression seulement en présence du lactose, et en
absence du glucose (source de carbone et d’énergie préférée). En plus du répresseur, une autre
protéine régulatrice est impliquée : Un activateur appelé CAP (Catabolite Activator Protein), appelée
aussi CRP (cAMP receptor protein). CAP se fixe sur l’ADN sur un site spécifique site CAP.

• Chacune de ces protéines régulatrices répond à un signal de l’environnement et le communique aux

gènes lac. Le répresseur transmet le signal du lactose, alors que le CAP transmet le signal du glucose.

• L’opéron lac ne possède pas un promoteur fort (faible séquences consensus surtout la région -35)
pour cette raison la fixation de l’ARN polymérase doit être stimulée par une protéine activatrice
(contrôle positif), c’est la protéine CAP ou CRP. En absence du glucose le niveau d’AMPc augmente,
aboutissant à la fixation de la CRP à l’AMPc. Le complexe CRP-AMPc se fixe sur le site CAP. L’ADN
subit alors une inclinaison de 90°, ce qui va stimuler la fixation stable de l’ARN polymérase au
promoteur pour augmenter le taux de transcription de 50 fois. 17
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de l’information
génétique

I. Chez les procaryotes

I.4. Régulation positive d’un opéron par recrutement de l’ARN polymérase

La régulation de
l’opéron lactose
intègre donc deux
signaux : le lactose
et le glucose.

18
 Chapitre 4 :
Partie 2 Contrôle ou régulation de l’expression
de l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.5 Régulation répressive d’un opéron
L’opéron trp est un opéron répressible. Dans ce type
d’opéron le répresseur ne peut pas s’unir à l’ADN de
l’opérateur. Il se lie à l’ADN après formation d’un complexe
avec le tryptophane, qui agit comme corépresseur.

En absence de tryptophane

Le site opérateur est disponible pour s’unir à l’ARN

polymérase, qui transcrit les gènes de structure de l’opéron
Trp (5 gènes E D C B et A) et conduit à la production des
enzymes nécessaires à la synthèse du tryptophane.

En présence de tryptophane

Quand le trp est disponible, les enzymes de la voie de

synthèse de cet acide aminé ne sont plus nécessaires. Dans
ces conditions, l’augmentation de la concentration du trp
aboutit à la production du complexe tryptophane-répresseur
qui bloque la transcription.
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 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de l’information
génétique
I. Chez les procaryotes
La biologie moléculaire I.6 Régulation de l’atténuation

20
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.6 Régulation de l’atténuation
-il existe un autre pool de trp dans la cellule, celui qui est constitué des ARNt chargés de cet acide aminé (trp).
- L’opéron trp est régulé par ce deuxième signal par modulation de l’atténuation.
- En amont des cinq gènes de structure se trouve un court cadre de lecture ouvert. Il s’agit d’une séquence
leader de 161 nucléotides localisés en amont du premier codon du gène trp E, elle contient 4 régions (1,2, 3 et
4). Cette séquence contient aussi deux codons pour le trp, alors s’il y a manque de trp la synthèse du peptide
leader sera incomplet à cause du manque des ARNt chargés par le Trp.
- L’atténuation (l’arrêt de l transcription) dépend de la capacité de l’ARN à former des structures secondaires
entre des régions complémentaires (2 et 3 ou 3 et 4).
Si le trp est abondant, le ribosome traduira la séquence leader jusqu’au codon stop, le reste de l’ARNm leader
forme une structure secondaire entre les régions 3 et 4 suivi par une séquence riche en uracile qui provoque
finalement la terminaison.
Si le trp est absent ou en faible quantité, la synthèse du peptide leader sera incomplet. Le blocage du
ribosome permet dans ce cas la formation d’une autre structure secondaire (entre les régions 2 et 3), cette
structure n’est pas un signal de terminaison de la transcription et empêche la formation du signal de
terminaison (un phénomène appelé anti-terminaison). Ceci permet à l’ARN polymérase de transcrire tous les
gènes de structure de l’opéron trp.
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 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de l’information
génétique
I. Chez les procaryotes
I.7 Régulation par transformation d’un répresseur en activateur
La biologie moléculaire

ON

22
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique
I. Chez les procaryotes
La biologie moléculaire

I.8 régulation par des facteurs sigma alternatifs

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Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique

I. Chez les procaryotes

I.1. Généralités
I.2. L’opéron
I.3. Régulation inductible d’un opéron
I.4. Régulation positive d’un opéron par recrutement de l’ARN
polymérase
I.5. Régulation répressive d’un opéron
I.6. Régulation de l’atténuation
I.7. Régulation par transformation d’un répresseur en activateur
I.8. Régulation par des facteurs sigma alternatifs

II. Chez les eucaryotes

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Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique

25
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique

II. Chez les eucaryotes

II.1. contrôle au niveau de la transcription

II.2. contrôle au niveau de la maturation

II.3. contrôle au niveau de la traduction

II.4. contrôle post-traductionnel

26
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

II.1. Contrôle au niveau de la

La biologie moléculaire

transcription
Régulation chromatinienne

- L’organisation de la chromatine eucaryote impose des contraintes

supplémentaires. Le niveau de la condensation de la chromatine limite
l’accessibilité des facteurs de transcription. En particulier la structure
nucléosomique doit être partiellement démontée pour permettre la
transcription. 27
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
La biologie moléculaire l’information génétique

II.1. Contrôle au niveau de la

transcription

Activation de la transcription Répression de la transcription

Activer la chromatine Inactiver la chromatine
Positions des nucléosomes Méthylation de l’ADN
Modifications des histones Méthylation de certaines histones
Facteurs activateurs Facteurs répresseurs

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Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique
II.1. Contrôle au niveau de la transcription
La biologie moléculaire
Régulation chromatinienne
A. Etat de condensation de la chromatine :
La chromatine condensée est appelée hétérochromatine. Dans cette phase, l'accessibilité des
éléments de transcription à l’ADN est réduite. L’ADN est alors principalement silencieux et
faiblement transcrit. L’euchromatine est sa phase décondensée. L’ADN y est plus accessible et
peut être potentiellement transcrit.

B. Position des nucléosomes

Si les nucléosomes sont déplacés le long de l’ADN par des enzymes, ils libèrent la séquence
d’ADN reconnue par le facteur de transcription. La position des nucléosomes peut donc limiter
l’accès à l’ADN.

C. Modifications des histones

l’acétylation (par l’enzyme histone
acétyltransférase HAT),
la méthylation,
la phosphorylation.
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D. Méthylation de l’ADN
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique
II.1. Contrôle au niveau de la transcription
La biologie moléculaire

Régulation chromatinienne

D. Méthylation de l’ADN
- L’ajout de groupes méthyles (-CH3) peut empêcher la fixation à l'ADN des facteurs de transcription et ainsi
réprimer l’accès de la machinerie de lecture.
- 5 à 10% des cytosines sont méthylées : au niveau des répétitions CG : Ilots CpG
- Enzyme responsable : DNA méthyl transférase

30
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique
II.1. Contrôle au niveau de la transcription
La biologie moléculaire

Régulation chromatinienne
D. Méthylation de l’ADN

31
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique
II.1. Contrôle au niveau de la transcription
La biologie moléculaire
Régulation transcriptionnelle

32
Partie 1 Chapitre 4 :
Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

II.1. Contrôle au niveau de la transcription

La biologie moléculaire

Régulation transcriptionnelle
A. Séquences Cis-régulatrices :
 Promoteur : en amont du site d’initiation, motifs (CAAT, TATA…..)
 Séquences régulatrices, activatrices ou modératrices : elles sont nombreuses, de
localisation variable et elles sont parfois spécifique d’un tissu donné
 Eléments de réponse RE (Response Element) : ERE, GRA, CRE, IRE ……

B. Protéines Trans-régulatrices :
 Facteurs de transcription :
 Généraux
 Spécifiques (tissus, stade de développement, …)
 Spécifiques inductibles (phosphorylation, protéolyse, ligands …)

 Ces protéines présentent des caractéristiques structurales communes, avec

au moins au minimum deux domaines:

33
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de l’information génétique

II.1. Contrôle au niveau de la transcription

Régulation transcriptionnelle
La biologie moléculaire

34
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

II.2. Contrôle au niveau de la maturation

Régulation Post- transcriptionnelle

exon cassette

exons
mutuellement
exclusif
extrémité 5'
alternative
extrémité 3'
alternative
Rétention
d’intron
35
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

II.2. Contrôle au niveau de la maturation

La biologie moléculaire

Régulation Post- transcriptionnelle

Éléments cis-régulateurs de l'épissage
ESE Exonic Splicing Enhancer
ESS Exonic Splicing Silencer
ISE Intronic Splicing Enhancer
ISS Intronic Splicing Silencer

Facteurs auxilliaires trans-régulateurs de l'épissage

36
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

II.3. Contrôle au niveau de

la traduction

A. Mécanisme de régulation
globale : en cas de stress,
choc thermique ou infection
virale : Phosphorylation des
facteurs de traduction : eiF2 et
eiF4….. Par des kinases
spécifiques

37
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

II.3. Contrôle au niveau de la

traduction

A. Mécanisme de régulation globale :

en cas de stress, choc thermique
ou infection virale : Phosphorylation
des facteurs de traduction : eiF2 et
eiF4….. Par des kinases spécifiques

B. Mécanisme de régulation
spécifique : exemple contrôle de
synthèse de FER chez les
mammifères

38
 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

II.4. Contrôle post-traductionnel

Les principales modifications post-traductionnelles sont :

- La phosphorylation ( au niveau des résidus Ser, Thr ou Tyr) important
pour la transmission du signal à travers les membranes
- L’élimination de l’AcAm initiateur : formyl-Met ou Met
- Clivage de la chaine polypeptidique (exple : insuline)
- La glycosylation
- Addition des lipides
- Formation des ponts disulfures
- Acétylation (il y a environ 100 protéines cytoplasmiques qui ont une
extrémité Nt acétylée comme le cas des histones)
- Hydroxylation
- Biotinylation
- Elimination des séquences surnuméraires au niveau protéique
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 Chapitre 4 :
Partie 1 Contrôle ou régulation de l’expression de
l’information génétique

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