UE Microbiologie &

Immunologie

LES VIRUS
Introduction - Structure – Cycle viral

Pr Abdala Gamby DIEDHIOU

UCAD

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 PLAN
1. Introduction
2. Historique
3. Caractères généraux des virus
4. Structure de la particule virale
5. Taxonomie
6. Cycle viral

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 Objectifs
• Énumérer et expliquer les caractères généraux des virus
• Nommer les différentes parties de la structure des virus
• Enumérer et expliquer brièvement les caractères pris en
compte dans la taxonomie des virus
• Donner des exemples de différents « types » de virus,
en fonction de leur classification
• Enumérer et expliquer brièvement les étapes générales
du cycle viral

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 Comparaison entre virus et organismes cellulaires
 VIRUS  ORGANISMES CELLULAIRES
• Organisation simple et acellulaire • Organisation complexe
• Contiennent soit de l’ADN ou de • Contiennent de l’ADN et de
l’ARN mais pas les deux (à l’ARN
quelques exceptions). • Effectuent la division
• Ne peuvent se multiplier et se cellulaire pour se multiplier
diviser indépendamment des • Certains sont des parasites
cellules vivantes intracellulaires obligatoires
• Ce sont tous des parasites
intracellulaires obligatoires

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 Bref historique de la virologie
 1879, Meyer découvre la nature infectieuse de la
mosaïque du tabac
 1892, Ivanovsky montre que c’est un agent ultrafiltrable
(n’est pas retenu par les filtres bactériens)
 1901, Reed et al découvrent le virus de la fièvre jaune
(1er virus humain)
 1903, Remlinger Riffat-Bay : virus de la rage
 1909, Landsteiner et Popper : poliovirus
 1933, Smith et al : virus de la grippe humaine

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PLAN
1. Introduction
2. Historique
3. Caractères généraux des virus
4. Structure de la particule virale
5. Taxonomie
6. Cycle viral

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Taille des virus

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 Structure des virus

Structure très variable et peut servir dans la classification

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 Structure générale des virus
Le virion ou particule virale mature
est constitué de :
 Deux éléments constants :
• Un acide nucléique ou
génome
 soit un ADN ou un ARN
• Une coque protéique =
capside
 Assure la protection et le
transport du génome
 L'ensemble de ces éléments
forme la nucléocapside
 Un élément inconstant  Le virus du SIDA entre dans le
= enveloppe entourant la corps grâce à ses protéines gp120
capside et gp41. Ces dernières sont à
l'origine de la fixation et la fusion
du virion dans la cellule.
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PLAN
1. Introduction
2. Historique
3. Caractères généraux des virus
4. Structure de la particule virale
5. Taxonomie
6. Cycle viral

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 Composants du virion
1. Génome viral
2. Protéines de capside
3. Protéine de matrice
 La protéine de la matrice du VIH, appelée p17,
est libérée par les cellules infectées et permet
la multiplication du virus et sa diffusion dans le
corps.
4. Enveloppes virales
5. Anti-récepteurs

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 Génome viral
 Comparé au génome de procaryotes ou celui des eucaryotes, la
quantité de gènes codés par l'acide nucléique est faible : 3 à 200
gènes.
 Il en découle des capacités de codage très différentes
• Le génome du virus de l'hépatite B est constitué de 4 gènes
• Celui du virus herpes simplex contient plus de 80 gènes.
 Malgré cette diversité, le génome de tous les virus encode trois
types de protéines, celles qui :
• assurent la réplication du génome
• encapsident le génome en particules virales (virion)
• altèrent la structure et/ou fonction de la cellule infectée.
 On distingue les génomes viraux à ADN et ceux à ARN

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 Les génomes viraux à ADN
 L’ADN est linéaire et parfois circulaire
 L’ADN peut être soit à simple brin (ssDNA) ou à double brin
(dsDNA), ces derniers étant les plus courants.
 Certains ADN viraux possèdent des nucléotides contenant des bases
inhabituelles
• Ex. la 5-hydroxyméthylcytosine qui remplace la cytosine.
 Le virus n'utilise pas d'intermédiaire à ARN durant sa réplication. Il
se réplique en utilisant une ADN polymérase ADN-dépendante.
Exemples de virus à ADN
• le phage T4 qui infecte les bactéries Escherichia coli
• le phage lambda qui infecte les bactéries E. coli
• les herpesvirus humains, comme le virus de la varicelle
• le virus de la peste porcine africaine
• le virus de la vaccine
• le virus de la variole… 13
 Les génomes viraux à ARN
 Beaucoup de génomes à ARN sont des génomes
segmentés (divisés en fragments séparés).
 Un virion contient >1 ARN unique
 Les virus à ARN peuvent provoquer diverses maladies
humaines :
• la maladie à virus Ebola,
• le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère),
• la grippe,
• l'hépatite C,
• la fièvre du Nil occidental,
• la poliomyélite
• la rougeole.

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 Les génomes viraux à ARN
1. Virus à ARN simple brin à polarité positive
• La séquence des gènes sur l'ARN viral est identique à celle des ARN messagers susceptibles
d'être traduits en protéines.
• Certains virus de ce type, comme les coronavirus, peuvent produire directement des
protéines à partir de l'ARN viral sans même devoir recourir à une ARN polymérase ARN-
dépendante.
• Les ARN positifs viraux peuvent diriger la synthèse protéique immédiatement après avoir
pénétré dans la cellule.
2. Virus à ARN simple brin à polarité négative
• La séquence des gènes sur l'ARN viral est complémentaire de celle des ARN messagers
susceptibles d'être traduits en protéines.
• Par conséquent, les gènes doivent d'abord être transcrits en ARNm par une ARN polymérase
ARN-dépendante pour produire des protéines
• Ils ne peuvent pas être utilisés directement pour ce faire.
 C'est par exemple le cas du virus Ebola.
3. Virus à ARN simple brin à double polarité (ambisens)
• Les gènes présents sur l'ARN viral peuvent être, selon les cas, encodés positivement ou
négativement
• Certaines protéines peuvent être synthétisées directement par l'ARN viral tandis que d'autres
le sont à partir d'un ARN messager préalablement produit par une ARN polymérase ARN-
dépendante.
 C'est par exemple le cas des bunyavirus 15
 Les génomes viraux à ARN
4. Les virus à ARN bicaténaire
• Virus à ARN double brin (dsRNA)
• Le matériel génétique est constitué d'ARN bicaténaire formant une
double hélice semblable à celle de l'ADN
• Ils constituent un groupe hétérogène de virus largement répandus
chez toute une gamme d'hôtes (humains, animaux, plantes,
mycètes et bactéries)
• Leur génome présente un nombre variable de segments (de un à
douze) dont la géométrie de la capside est également très
variable.
• Ex. Rotavirus, responsables fréquents de gastro-entérites chez
l'enfant,
• le virus de la fièvre catarrhale, pathogène du bétail

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 La capside
 Elle a essentiellement un rôle de protection du génome viral.
 C'est une structure polymérisée à base de sous-unités protéiques
appelées capsomères.
Le génome des virus étant petit, il ne peut coder que pour un petit
nombre de polypeptides différents.
 Ainsi les capsides sont constituées par la répétition d'un seule
capsomère, lui-même constitué d'une ou de quelques protéines.
 Selon les rapports que les capsomères contractent entre eux et
avec le génome, deux grands types de structure virale ont été mis en
évidence :
• les virus allongés, à structure hélicoïdale, soit nus ou enveloppés
• les virus quasi-sphériques, à structure icosaédrique.
• les nucléocapsides complexes

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 Les types morphologiques
20 faces  Modèle cubique
12 sommets Répétition de capsomères,
30 arêtes unités de structure constituées
de quelques protéines

 Modèle hélicoïdal
Les sous-unités s'assemblent en un
ruban autour de l'acide nucléique, et
le ruban enroulé autour d'un axe
central constitue un tube plus ou
moins rigide. Il s’agit surtout de virus
de plantes et de quelques
bactériophages (Virus de la mosaïque
du tabac)

 Modèle icosaédriques Coliphage T-pairs

Polyèdre régulier ayant 3 axes de symétrie
avec 20 faces triangulaires equilatérales,  Capsides à symétrie complexe
12 sommets et 30 arêtes. Virus à symétrie binaire, ils
• Capsomères, unités en forme d’anneau contiennent la symétrie en
composées de 5 ou 6 protomères. icosaèdre (la tête) et la symétrie
• Pentamères – 5 sous-unités. en hélice (la queue).
• Hexamères – 6 sous-unités.
 Enveloppe virale
• La plupart des virus de végétaux sont des virus nus,
• De nombreux virus d’animaux ou d’insectes ont une
structure capsidiale enveloppée.
• Les bactériophages peuvent être nus, enveloppés
ou bien avoir une membrane à l’intérieur de la
capside, enveloppant ainsi le génome (cas des
Tectiviridae).
• L’enveloppe provient des systèmes membranaires de la cellule hôte par bourgeonnement.
Trois origines sont possibles :
• la membrane nucléaire
• la membrane d'une organelle comme le réticulum endoplasmique ou l'appareil de Golgi
• la membrane cytoplasmique
• Cette structure glucido-lipido-protéique qui entoure la capside virale, pour les virus
enveloppés est constituée :
• d'une double couche lipidique provenant des membranes de la cellule infectée.
• de glycoprotéines d'origine virale ancrées à la face externe de la couche lipidique. Ces
protéines glycosylées forment des spicules appelés péplomères à la surface de la
particule virale.
 Ces spicules servent à la fixation du virus à la surface de la cellule hôte et sont très
antigéniques. 19
 Enveloppe virale
• Les protéines constituent généralement des antigènes remarquables, tout en exerçant plusieurs
fonctions :
• l’hémagglutinine sert d’éliciteur (liaison à un récepteur cellulaire)
• permet la fusion membranaire.
• L’enveloppe virale permet aussi l’initiation de l’infection, en permettant la délivrance de la
nucléocapside au niveau du cytoplasme cellulaire.
• Le bourgeonnement permet la sortie du virus de la cellule sans provoquer la lyse complète de
celle-ci, en permettant ainsi d’éviter de soumettre l’hôte à une pression trop élevée
• Les enveloppes virales comportent
 Des protéines de transport membranaires, comprenant plusieurs domaines hydrophobes
transmembranaires. Ces protéines assurent les échanges entre le virion et l’extérieur et
jouent un rôle essentiel dans la maturation biochimique des particules virales.
• Le caractère lipidique de l'enveloppe la rend très sensible aux solvants tels que détergents, éther
ou sels biliaires.
• L'enveloppe ne constitue pas un élément de protection supplémentaire de la particule. Cette
fragilité a des conséquences :
• en épidémiologie : faible résistance dans le milieu extérieur et dans les selles, transmission
par contact immédiat et rapproché
• pour le diagnostic : faible probabilité de retrouver le virus à certains niveaux défavorables
comme les matières fécales et nécessité d'un transport rapide du produit pathologique au
laboratoire.
• Pour certains virus, la face interne de l'enveloppe est tapissée d'une couche protéique
virale supplémentaire (matrice). 20
PLAN
1. Introduction
2. Historique
3. Caractères généraux des virus
4. Structure de la particule virale
5. Taxonomie
6. Cycle viral

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 Les principes de la taxinomie virale
Classification basée sur de nombreuses caractéristiques:
 Les plus importantes sont habituellement reliées au génome.
 Caractéristiques importantes:
• Nature de l’hôte (animal, végétal, bactérien, etc.).
• Type d’acides nucléiques (ADN, ARN, simple ou double brin, segmentation
ou non, etc.).
• Symétrie de la capside
• Présence de l’enveloppe.
• Diamètre du virion.
• Nombre de capsomères chez les virus icosaédriques.
• Propriétés immunologiques
• Homologie de la séquence nucléotidique et carte génétique
• Site intracellulaire de multiplication
• Maladies engendrées et/ou caractères cliniques particulier…

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 Classification des virus
 La classification des virus a été établie depuis 1962 par Lwoff, Horne
et Tournier. Elle tient compte des caractéristiques des virus. Quatre
critères sont retenus pour cette classification :
1. Nature de l'acide nucléique viral : ADN ou ARN
2. Symétrie de la capside : cubique ou hélicoïdale
3. Présence ou non d'enveloppe ce qui permet de distinguer les
virus nus et ceux enveloppés.
4. Nombre de capsomères pour les virus à symétrie cubique
et Diamètre de la nucléocapside pour les virus à symétrie
hélicoïdale.
 La Classification de Baltimore, utilisée aujourd’hui comme base par
l’ICTV, a été proposée initialement par David Baltimore, lauréat du
prix Nobel de médecine en 1975.
 Classification par type de génome

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 Classification par type de génome
 Virus à ADN
• Groupe I - Virus à ADN à double brin
• Groupe II - Virus à ADN à simple brin
 Virus à ARN
• Groupe III - Virus à ARN à double brin
• Groupe IV - virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+)
ssARN ou de type ARNm)
• Groupe V - virus à ARN simple brin à polarité négative
 Virus à ADN ou à ARN à transcription inverse
• Groupe VI - rétrovirus à ARN simple brin
• Groupe VII - rétrovirus à ADN double brin

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 Taxinomie des virus
 Le Comité International sur la Taxinomie des Virus (CITV)
a développé un système de classification qui divise les virus
en :
• 3 Ordres (-virales)
• 73 Familles (-viridae)
• 9 Sous-familles (-virinae)
• 287 Genres (-virus)
• 2000 Espèces (-virus)
• Certains espèces sont subdivisés en plus en Sérotypes (1,2,3...)
correspondant à tous les virus réagissant aux mêmes anticorps

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PLAN
1. Introduction
2. Historique
3. Caractères généraux des virus
4. Structure de la particule virale
5. Taxonomie
6. Cycle viral

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 Cycle viral
 Le cycle d’infection d’une cellule par un virus peut être
décomposé en trois grandes étapes :
1. L’attachement, la pénétration, et la décapsidation qui
conduisent à l’internalisation du génome viral dans la cellule
cible.
2. L’expression des gènes et la réplication qui vont,
respectivement :
• assurer la synthèse des protéines codées par le génome viral
• permettre la multiplication de ce génome.
3. L’assemblage et la sortie qui vont mener à :
• la production et la libération de particules virales infectieuses,
capables de propager l’infection à d’autres cellules.

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 Cycle viral
 Fixation et la fusion du virion
sur les lymphocytes T4 grâce
aux protéines gp120 et gp41.
 Après la fusion, l'ARN du virus
entre dans le cytoplasme de la
cellule et se transforme en
ADN pour rentrer dans la
cellule.
 L'ARN du virus s'intègre à
l'ADN de la cellule.
 Cette transcription permet
alors au virion de se
développer et de créer Le cycle du VIH SIDA en 8 étapes
d'autres protéines du virus.

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 Conclusion
 Un virus est un agent infectieux nécessitant un hôte,
souvent une cellule, dont il utilise le métabolisme et ses
constituants pour se répliquer.
 Le débat sur la nature des virus (vivants ou pas) repose
sur des notions complexes et reste aujourd'hui ouvert.

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