Introduction générale

Les mycoses sont des lésions provoquées chez l’homme par des champignons et des
levures microscopiques. Les champignons toxiques par ingestion concernent la réanimation
médicale et la toxicologie.

La mycologie médicale étudie les champignons microscopiques susceptibles de

provoquer chez l’homme l’installation d’un état pathogène lié à :

1 – Une localisation superficielle ; Avec atteinte de la peau et des phanères ainsi que de
l’ensemble des muqueuses, en particulier les tractus digestifs et génitaux

2 – une localisation profonde Avec atteinte organique, multi-organique, viscérale,

septicémique.

Soupçonnées depuis l’antiquité, les mycoses ne deviennent une entité clinique qu’avec
l’apparition du microscope vers le 18 ième siècle. Les premières cultures sont obtenues et
codifiées en laboratoire à la fin du 19 ième siècle et au début du 20ième siècle. C’est à partir des
années 1970 – 1980 que la mycologie médicale prend son véritable essor.

Les champignons sont des eucaryotes dépourvus de chlorophylle et ne comportent ni

feuilles, ni tiges, ni racines. Ils se nourrissent par absorption transmembranaire. Ils sont en
général saprophytes ou commensaux mais peuvent devenir parasites sous différentes
conditions. C’est le passage de la forme saprophyte à la forme parasite (opportunisme) qui
génère la pathogénicité d’un champignon.

Un parasite est un organisme vivant qui ne peut vivre et se développer que dans un
autre organisme. Le terme de parasiter est plus général mais répond au même principe : un
organisme quelconque va s'introduire chez un autre organisme pour vivre à ses dépens. Il va
donc utiliser ses cellules, ses aliments, ses tissus, etc. pour se développer et assurer sa
descendance. Il y a donc une petite nuance : tous les parasites ne peuvent vivre qu'en
parasitant un autre organisme, mais ce n'est pas parce qu'un organisme en parasite un autre
qu'il est un parasite. Ainsi, les virus vivent en parasite mais ne sont pas des parasites.
CHAPITRE 1 : Les structures des levures /champignons

Introduction
Des champignons microscopiques unicellulaires sont présents partout dans la nature au
contact des plantes, des animaux et même des êtres humains. Ils sont réputés pour contribuer à
la fermentation naturelle de différentes matières, ils entrent dans la composition du pain, des
pâtisseries, du vin, de la bière ou encore du cidre. Si on les retrouve donc dans les boissons
alcoolisées, les levures présentent des effets sur la santé.

Généralité sur les champignons

Les champignons ont longtemps fait partie du règne des plantes. Ils sont actuellement
classés dans un règne (phylum) propre : Fungus. Il existe plus d’un million d’espèces
regroupées dans environ 4 000 genres. Plus de 500 espèces ont été décrites comme
susceptibles d’être pathogènes pour l’Homme. Mais seule une cinquantaine d’espèces sont
régulièrement isolées de prélèvements d’origine humaine.

Parmi les nombreuses classifications existantes concernant les champignons telles que,
leur taille (soit macro ou micromycètes), soit sur des critères morphologiques (tel que le genre
ou l’espèce), le classement de mycologie médicales en trois grands groupes distincts reste le
plus simple et le plus adopté. On distingue ainsi :

1 – Les champignons filamenteux

2 – Les champignons levuriformes (levures)

3 – Les champignons dimorphiques.

1 – Les champignons filamenteux

Ils naissent de la germination d’une spore. De la spore naît un filament qui va se

développer puis se diviser en se ramifiant et va constituer un enchevêtrement de filaments
formant le mycélium. Les filaments forment des tubes limités par des parois et contiennent
des noyaux et du cytoplasme. Dans la majorité des espèces, les filaments sont cloisonnés. Les
champignons filamenteux sont identifiés généralement sur les caractères morphologiques de
leur reproduction non sexuée qui a pour finalité la pérennité d’une espèce. En produisant des
spores appelées aussi conidies. Elles peuvent être de formes et de tailles très variables. Ces
spores sont des organes de résistance et de dissémination. Elles peuvent naître directement du
filament ou à partir d’organes spécialisés (phialides, sporocystes…). Dans certains cas, un
filament spécialisé appelé conidiophore porte ces organes de reproduction.

Le diagnostic de genre et d’espèce des champignons filamenteux repose sur :

– L’aspect macroscopique

– La couleur des colonies

– La morphologie microscopique

– Les caractères des organes de fructification

2 – Les levures ou champignons levuriformes

Une levure est constituée d’une cellule, élément de base. Cette levure se reproduit par
bourgeonnement unique ou multiple. Dans certains cas ce bourgeonnement s’allonge générant
une expansion qu’on appelle pseudo filament.

Les principaux genres retrouvés chez l’homme sont :

– Candida
– Cryptococcus
– Saccharomyces

NB :– Certaines espèces restent toujours sous forme levures, d’autres présentent les deux
formes : levures avec des pseudos filaments. Dans les tissus humains on retrouve les deux
formes (levure et pseudo filament).

– Certaines particularités de morphologie microscopique orientent vers l’identification

immédiate de genres ou d’espèces particulières :– Les chlamydospores (Candida albicans)
Ou – Les formes encapsulées (Candida neoformans).

– Dans d’autres cas, les aspects morphologiques d’identification sont insuffisants et doit faire
alors appelles :– Aux caractères microscopiques – Aux caractères de croissances – À l’aspect
des cultures sur milieux spéciaux
3 – Les champignons dimorphiques

Ce sont des champignons plus rarement rencontrés et ont une origine beaucoup plus
tropicale et ceux sont des agents responsables des « mycoses exotiques ». Ils ont un
développement intermédiaire entre les champignons précédents. La contamination se fait à
partir d’une spore de champignon soit par voie aérienne (pulmonaires surtout), soit par voie
transcutanée. Après pénétration dans l’organisme, les spores germent et prennent une forme
levure. Toute la symptomatologie clinique est due au développement de ces levures. Lorsque
ces levures sont extraites de leur hôte et se retrouvent dans l’environnement ou sont
ensemencées sur un milieu de culture, elles évoluent à nouveau en un champignon
filamenteux.

Les levures

Les levures sont des champignons microscopiques unicellulaires - appartenant donc au

règne fungique - très répandus dans la nature (vivant sur les fruits, les fleurs et autres sources
contenant des sucres). Elles ont la capacité de fermenter des matières organiques minérales ou
végétales pour produire des substances variées. Ces levures sont le plus souvent rondes ou
ovales, d’environ 6 à 8 micromètres (à peu près dix fois plus grandes que les bactéries) et
peuvent aller jusqu’à 50 micromètres.

La levure a été utilisée de façon empirique pendant des millénaires pour la panification
et la fermentation des sucres en alcool. C’est seulement à partir de 1857 que Louis Pasteur
décrit le microorganisme à l’origine de ces deux activités agroalimentaires majeures. Dès lors,
les souches de levure ont pu être sélectionnées et modifiées sur une base rationnelle pour
optimiser leurs usages agroalimentaires, permettant ainsi l’essor de la levure comme modèle
biologique eucaryote. Cette utilisation a conduit à de très nombreuses découvertes de biologie
cellulaire fondamentale. Depuis une vingtaine d’années, la levure est également utilisée
comme modèle et outil pour la santé humaine. Ces approches s’étendent de la production de
molécules thérapeutiques à la recherche de candidats-médicaments et de sondes chimiques, en
passant par la mise au point de tests diagnostiques et la découverte de nouvelles cibles
thérapeutiques.

a) Structure d’une levure

Les levures sont des champignons unicellulaires : c’est donc une et une seule cellule.
Cette cellule est composée de plusieurs organites :

- Tout d’abord une paroi cellulaire imperméable pour permettre une forte résistance au pH.

- La vacuole assure la turgescence cellulaire : elle contient de l’eau, des glucides, des ions, et
des pigments et elle permet le stockage de différentes substances.

- Le cytoplasme contient le noyau de la cellule et les autres organites.

- Le noyau de la cellule porte le programme génétique et comme toute cellule une paroi
nucléaire est présente.

- Les mitochondries permettent de produire de l’énergie pour la cellule.

- Les ribosomes ont pour fonction de synthétiser les protéines en décodant l'information
contenue dans l'ARN messager.

- Le réticulum endoplasmique modifie les protéines. Des parties de la membrane du réticulum

sont en continuité avec la membrane externe du noyau.

- Le nucléole est un domaine du noyau et est le siège de la transcription des ARNr qui
entreront dans la fabrication des ribosomes.

Chez les Saccharomyces, les chromosomes situés dans le noyau sont au nombre de 16 simples
ou 16 paires selon la forme haploïde ou diploïde de la cellule.
b) Différentes espèces de levures

Les champignons peuvent être également classées par leur mode de multiplication :

- Les ascomycètes se reproduisent par un processus sexué à l’origine des ascopores contenus
dans un asque et résultant de la transformation d'une cellule oeuf après méiose. Les levures
appartiennent à cette partie de champignons.

- Les basidiomycètes réalisent une reproduction sexuée avec formation de basidiospores sur
une baside.

- Les deutéromycètes regroupent l'ensemble des levures ne présentant pas de mode connu de
reproduction sexuée.

Cependant, il existe plusieurs centaines d’espèces de levures : certaines sont capables

de provoquer une fermentation, comme Saccharomyces Cerevisiae. Nous trouvons aussi des
levures consommant du lactose (dans les produits laitiers et certains fromages). Enfin, nous
connaissons un petit nombre de levures pathogènes : Candida albicans (responsable du
muguet des jeunes enfants et des vaginites et Cryptococcus neoformans (disséminée par les
pigeons, pouvant provoquer des méningites fatales). Nous en trouvons également dans le tube
digestif des insectes, et certaines sont responsables de mycoses (connues sous le nom de
candidoses).

Les espèces de levures diffèrent par leur équipement enzymatique : certaines ne

peuvent utiliser comme substrat que le glucose, d’autres sont capables d’assimiler l’amidon,
le saccharose, le maltose, le lactose, … La plupart des levures suivent une multiplication
asexuée mitotique qui est la forme majeure de multiplication. Cependant, il existe deux types
de divisions mitotiques chez les levures : par bourgeonnement (cas des Saccharomyces), ou
par scission.

Une deuxième classification existe : les scientifiques se basent sur le système de

reproduction sexuée des levures. Nous distinguons deux groupes majeurs :

- Les levures « vraies » ou levures ascosporogènes ont un mode de reproduction sexuée qui
s’apparente à celui des champignons ascomycètes (pézizes, morilles, truffes…). Elles
produisent des spores, qui sont stockées dans une sorte de sac : l’asque. Les Saccharomyces
cerevisiae font parties de ce groupe.

- Les levures « imparfaites », ou levures anascosporogènes : certaines ne forment pas de

spores, d’autres ont un système de reproduction plus complexe comme les champignons
supérieurs.

c) Condition de croissance
Les levures survivent à un large spectre de types environnementaux. Leur gamme de
tolérance de température varie de 0 à 55°C. Leur température de prolifération est comprise
entre 12 et 40°C, avec une température idéale de croissance, dans un milieu aérobique, entre
30 et 40 °C.

Ayant une paroi imperméable aux ions H + et OH-, la tolérance au pH des

Saccharomyces cerevisiæ se trouve dans une gamme variant du pH 2,4 au pH 8,6.

Comme les autres champignons, les levures se nourrissent de matières organiques,

minérales et /ou végétales.

L’espèce Saccharomyces cerevisiae est très répandue. Elle intervient dans la

fermentation du pain et la bière (entre autre). Elle est communément appelée « levure de bière
» ou « levure de pain » et c’est celle que nous étudierons. En effet, la plupart des levures
utilisées par l’homme appartiennent au genre Saccharomyces, littéralement « champignon du
sucre ».

Classification selon Saccardo des levures/champignons

Elle est faite suivant la Forme et structure. Ainsi, on distingue :

 Amérospore: 1 cellule

 Didymospore: 2 cellules

 Phragmospore: > 2 cellules, parois ll

 Dictyospore: > 2 cellules, parois ⊥

 Scolécospore: filiforme, uni ou pluricellulaire

 Hélicospore: en forme d'hélice

 Staurospore: ramifiée

Amérospores Didymospores
Phragmospores Dyctiospores

Scolécospores Hélicospores

Staurospores
Hyalospore: incolore ou hyaline Mélanospore ou Phaeospore: pigmentée

Les champignons filamenteux

Classification traditionnelle
Historiquement, les champignons filamenteux étaient souvent classés sur la base de
caractéristiques morphologiques telles que la structure de leurs organes reproducteurs
(conidiophores, sporanges, etc.) et les caractéristiques des spores. Cette approche a conduit à
la reconnaissance de plusieurs groupes distincts, dont les Ascomycota et les Basidiomycota,
qui constituent aujourd'hui des embranchements bien établis au sein du règne fongique.

Classification phylogénétique moderne

Les systèmes de classification modernes s'appuient fortement sur les données
moléculaires, en particulier le séquençage de l'ADN, pour déterminer les relations
phylogénétiques. Le royaume des champignons est actuellement divisé en plusieurs grands
embranchements, dont les suivants :

 Chytridiomycota : Comprend les champignons à zoospores flagellés.

 Blastocladiomycota : Anciennement inclus dans les Chytridiomycota, ils sont
désormais reconnus comme un phylum distinct.
 Neocallimastigomycota : Champignons anaérobies présents dans la panse des
herbivores.
 Glomeromycota : Champignons mycorhiziens à arbuscules.
  Ascomycota : Le plus grand phylum, comprenant des moisissures comme Penicillium
et Aspergillus.
 Basidiomycota : Comprend les champignons et les rouilles.
 Microsporidies : Parasites intracellulaires obligatoires.

Les champignons filamenteux se trouvent principalement dans les phyla Ascomycota et

Basidiomycota. De nombreuses espèces sont des pathogènes importants ou des organismes
bénéfiques pour l'agriculture et la biotechnologie.

Différentiation d'hyphes

Rhizoïdes
Stolons

Cycle de reproduction
Références

Bach, S., Colas, P., & Blondel, M. (2020). Budding yeast, a model and a tool… also for
biomedical research. Medecine Sciences: M/S, 36(5), 504-514.

[:fr]CONNAITRE LES MYCOSES PAR CHAMPIGNONS ET LEVURES — Médecine,

Science et Recherche[:] (salimdjelouat.com)

Mycologie Médicale - CHAMPIGNONS FILAMENTEUX (crihan.fr)

Mycologie Médicale - LES LEVURES (crihan.fr)

Mycologie Médicale - Levures Ascomycotina (crihan.fr)

Mycologie Médicale - Levures Basisiomycotina (crihan.fr)