Enzymologie
Cours de biochimie fondamentale
1ère année médecine dentaire/2021-2022
Dr . GAGI
Introduction
Les organismes vivants sont le siège d’un grand nombres de réaction
biochimiques très diverses.
Ces réactions s’effectuent dans des condition "douces" où, normalement
seraient très lentes.
Si elles ont lieu, c’est parce qu’elles sont catalysées par des molécules
biologiques : les enzymes.
Glucose + O2 CO2 + H2O
∆G = -2885 kJ/mol
Saccharose Glucose + Fructose
∆G = -29,3 kJ/mol
Introduction
Le déroulement rapide et efficace des réactions biochimiques doit se
faire en présence de catalyseurs biologiques: Biocatalyseurs,
Certaines protéines sont douées d’activité catalytique spécifique ; il
s’agit des enzymes.
Elles sont doués :
Une spécificité d’action
Une spécificité de substrat
Un pouvoir catalytique qui est soumis à régulation
1. Enzymes:
Les enzymes sont des protéines (protéines globulaires), douées d’activité catalytique
spécifique, agissent à très faible concentration dans des conditions spécifiques
(Température, Pression et concentration)
Catalyseurs
- ↑ la vitesse de réactions chimique, sans modifier les résultats.
- Intacts à la fin de la réaction,
Biologiques
- Ils sont produits par la cellule : protéines / sauf ribosyme (ARN
catalytique)
Schéma général d’une réaction
enzymatique
Enzyme
Substrat Produit
Cofacteur
2. Substrat:
Molécule qui entre dans une réaction pour y être transformée grâce à l’action
catalytique d’une enzyme.
3. Produit:
Molécule qui apparaît au cours d’une réaction catalysée par une enzyme. Cette
molécule résulte de la transformation du substrat.
4. Cofacteur :
Certaines enzymes sont actives par elles mêmes, sans autres groupes fonctionnels,
d’autres, au contraire nécessitent la présence d’un composé non protéique appelé :
Co-facteur,
Corps chimique intervenant dans une réaction enzymatique :
Pour transporter ou compléter un substrat ;
Pour accepter un produit ;
Comme participant à la structure de l’enzyme.
Les cofacteurs peuvent être :
Des ions métalliques activateurs, Ex : Zn 2+, Fe2+, Mg2+.
Des molécules organiques appelés coenzymes,
4. Cofacteur :
Cofacteurs
Ions Métalliques Coenzymes
Zn, Mg,
Mn, Mo, Grpts Prosthétiques
Cosubstrats
Ni, Se, Fe,
Faiblement Fortement
K ATP liés FMN/FAD
liés
NAD/NADP TPP
CoA PLP
Tétrahydrofolate Biotine
Adénosyl/méthyl
cobalamine
Acide lipoïque
4. Cofacteur :
Le terme Holoenzyme désigne le complexe enzymatique catalytiquement activé
par ses cofacteurs,
La partie protéique de l’enzyme: Apoenzyme.
La partie non protéique : Cofacteur.
Structure des Enzymes
Les enzymes sont des protéines globulaires, elles adoptent plusieurs degrés d’organisation :
1. Structure primaire :
La séquence en acides aminés.
2. Structure secondaire :
La séquence des acides aminés subit des repliements pour
former des motifs (hélices α et feuillet β).
3. Structure tertiaire :
Formée par l’association de plusieurs motifs, donnant
une forme spatiale à la protéine.
Cette organisation entraine une localisation:
- Des acides aminés polaires en surface externe,
- Les acides aminés non polaires vers l’intérieur
de la molécule (zone hydrophobe interne)
C’est au niveau de cette zone que se situe
le site actif d’une enzyme
Pour qu’une enzyme soit fonctionnelle, il faut qu’elle
adopte une structure tertiaire.
4. Structure quaternaire :
Association de plusieurs chaines protéiques :
Une chaine : monomère
Plusieurs chaines : oligomère
Cette structure est adoptée par les enzymes régulatrices
5. Le Site Actif :
Le site actif est une zone privilégiée, qui a la forme d’une cavité, située dans la
zone interne hydrophobe de la protéine, au niveau de laquelle s’exerce
électivement le pouvoir catalytique de l’enzyme.
Il est subdivisé en 2 parties :
Site de liaison, fixation, et reconnaissance : Reconnait la
complémentarité de forme avec un substrat spécifique de l’enzyme.
Site catalytique : Permet la réaction transformant le substrat en
produit.
5. Le Site Actif :
Site de liaison
du substrat
Site catalytique
5. Le Site Actif :
Il comprend 3 types d’acides aminés :
Acides aminés contributeurs : Permettent à l’enzyme d’adopter une
conformation spatiale pour que le ligand puisse s’y adapter.
Acides aminés auxiliaires : Assurent la mobilité des zones situées au
voisinage du site actif.
Acides aminés de contact :
- Lieu de la réaction enzymatique.
- Fait intervenir des groupements particuliers de ces AA de
contact, qui interagissent avec un ou plusieurs groupements
particuliers du substrat.
Mécanisme d’action entre l’enzyme
et le substrat
La réaction enzymatique fait appel à la fixation du substrat au niveau
du Site Actif.
Le Site Actif doit être dans une conformation spatiale de telle sorte
que le substrat puisse s’y fixer, il existe différents modèles :
Modèle de FISHER « 1890 » et Modèle de KOSHLAND « 1958 »
1. Le Modèle de Fisher (1890) : Clé-Serrure
Dans ce modèle, la formation du complexe enzyme-substrat ES nécessite
une interaction entre un ou plusieurs groupes fonctionnels ou domaines
du substrat avec des motifs de la cavité enzymatique.
Ce modèle explique la spécificité de l’enzyme pour son substrat, mais il
n’explique pas l’effet des effecteurs.
1. Le Modèle de Fisher (1890) : Clé-Serrure
1. Le Modèle de Fisher (1980) : Clé-Serrure
2. Le Modèle de Koshland (1958) : Ajustement induit
L’association enzyme-substrat est permise après une modification de la
conformation de l’enzyme induite par l’entrée partielle du substrat.
2. Le Modèle de Koshland (1958) : Ajustement induit
3. Le Modèle de Strain-Jenks : Tension - Déformation
L’enzyme et le substrat lorsqu’ils ne sont pas dans le milieu présentent
chacun une conformation particulière
La présence mutuelle de ces 2 molécules entraine une déformation
partagée de l’enzyme et du substrat, de manière à ce que le substrat se fixe
sur les fonctions complémentaires des acides aminés de contacts.
Propriétés générales des enzymes
Les enzymes possèdent des caractéristiques qui les rendent uniques.
1. Propriétés d’un catalyseur chimique:
Augmente la vitesse d’une réaction , mais ne provoque pas de
réaction, ou rend possible une réaction qui ne l’est pas sur le plan
thermodynamique.
Diminue l’énergie d’activation .
Se trouve intact à la fin de la réaction .
Au cours des réactions chimiques réversibles, le catalyseur accélère
de la même manière les 2 vitesses de réaction évoluant simultanément
en sens inverse.
Il ne modifie pas l’équilibre final de la réaction.
Propriétés générales des enzymes
1. Spécificité des enzymes :
Les enzymes sont hautement spécifiques :
Spécificité d’action : l’enzyme ne catalyse, pour un substrat donné,
qu’un seul type de réactions
Kinases : Ne catalysent que les réactions de phosphorylation
en présence d’ATP,
Décarboxylases : catalysent la décarboxylation des molécules
contenant un groupement carboxyle.
1. Spécificité des enzymes :
Spécificité de substrat : l’enzyme agit sur un substrat ou une classe de
substrats, on distingue :
Spécificité absolue : l’enzyme n’agit que sur un substrat unique.
Exemple : Glucokinase : ne phosphoryle que le glucose.
Spécificité large : l’enzyme agit sur plusieurs substrats d’une même classe.
Exemple :Hexokinase : phosphoryle divers hexoses, dont le glucose.
La spécificité d’une enzyme est liée à son Site Actif.
Propriétés générales des enzymes
2. Efficacité des enzymes :
Les enzymes sont plus efficaces que les catalyseurs
Agissent à très faible concentration ;
Abaissent l’énergie d’activation d’une manière plus importante
qu’un catalyseur.
Énergie d’activation avec et sans Enzyme
Propriétés générales des enzymes
3. Nature protéique :
Toutes les enzymes sont des protéines sauf les ribozymes,
et de ce fait elles se dénaturent sous l’effet de la chaleur.
Propriétés générales des enzymes
4. Régulable:
L’activité de certaines enzyme est contrôlée par des modulateurs :
- Les activateurs augmentent l’activité.
- Les inhibiteurs la diminuent.
Ce qui permet l’ajustement de l’offre métabolique à la demande cellulaire.
Exemple: La phosphofructokinase: activée par l’AMP et inhibée par l’ATP.
Cette modulation active ou inhibe la glycolyse selon que la charge
énergétique est faible ou élevée.
Propriétés générales des enzymes
5. Variétés moléculaires : iso-enzymes :
Différentes formes d’une même enzyme,
Les isoenzymes catalysent la même réaction sur le même substrat.
Elles diffèrent par certaines de leurs propriétés:
Physico-chimiques ( pH, mobilité électrophorètique, Température ) ;
Cinétique (Km, Vmax) ;
Sensibilité à certains effecteurs (activateurs, inhibiteurs) ;
Répartition dans les différents tissus de l’organisme.
5. Variétés moléculaires : iso-enzymes :
Propriétés générales des enzymes
5. Variétés moléculaires : iso-enzymes :
La mesure de l’activité d’une iso-enzyme renseigne sur l’état du tissu dont
elle est spécifique.
Cette différence est due à des variations au niveau de leurs structures
primaires (Séquence en acides aminés similaires mais non identique)
Nomenclature et classification
des enzymes
La commission des enzymes et l’union internationale en biochimie a établi
une classification et une nomenclature systémique, comportant :
6 classes
Chacune subdivisée en sous classe
Nomenclature et classification
des enzymes
1) Oxydoréductase : assure une oxydoréduction
2) Transférase : assure un simple transfert
3) Hydrolase : assure une hydrolyse
4) Lyase: assure une addition sur une double liaison
5) Isomérase : assure une réaction d’inter conversion d’isomères
6) Ligase ou synthétase : catalyse les réactions de création de
liaisons (C-C/ C-N / C-S)
Nomenclature et classification
des enzymes
A chaque enzyme est attribué un numéro à 4 chiffres et un nom
systématique qui identifie la réaction catalysée
1er chiffre : Classe
2eme chiffre : sous classe de l’enzyme
3eme chiffre : sous sous classe de l’enzyme
4eme chiffre : groupe
Nomenclature et classification
des enzymes
