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2. Réponses 4 - 6 (Transcription)
Biologie Moléculaire Fondamentale (Université de Bordeaux)
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Questions en lien avec les cours 4 – 6 : Génome et Transcription
1. Quelles sont les différences entre les ARNm des eucaryotes et des procaryotes ?
Chez les eucaryotes, l’ARNm subit des modifications des extrémités (coiffe en 5’, queue poly(A) en 3’ et
épissage). Chez les procaryotes, l’ARNm est organisé en ARN polycistronique.
2. Chez les eucaryotes, par quelle ARN polymérase sont transcrits les gènes ribosomiques, les
gènes de protéines ribosomiques et les gènes d’ARNt ?
Respectivement par l’ARN polymérase I, puis II, puis III.
3. Quelle est la structure de l’ARN polymérase procaryote core-enzyme ? Holo-enzyme ?
L’ARN polymérase procaryote core-enzyme possède deux grande sous-unités β et β’, deux sous-unités α, et
une sous-unité ω. L’holo-enzyme est constitué du core-enzyme est du facteur σ.
4. Qu’est-ce qu’un gène non codant ?
C’est un gène qui ne code pas pour des protéines mais pour des ARN fonctionnels (non traduits).
5. Quelles sont les différences majeures dans l’organisation des gènes chez les procaryotes et les
eucaryotes ?
Chez les procaryotes, l’organisation des gènes se fait en opéron (question suivante). Chez les eucaryotes, il y
a un promoteur pour chaque gène. Il y a de plus des introns chez les eucaryotes supérieurs.
6. A quoi correspondent les régions UTR dans un ARNm (schéma) ?
UTR signifie UnTranslated Region, ce sont les régions non traduites qui stabilisent l’ARN, sa traduction et
parfois son adressage. Ce sont des régions en amont du codon initiateur AUG et en aval du codon Stop.
7. Qu’est-ce qu’un opéron ? Sous forme de schéma, représentez l’organisation de l’opéron
lactose
Un opéron est une regroupement de gènes (appelés gènes de structure) codant des fonctions liées et étant co-
exprimés, cad sous le contrôle d’un même promoteur. L’opéron n’existe que chez les procaryotes.
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8. Qu’est-ce que la valeur C et à quoi correspond le paradoxe de la valeur C ?
La valeur C est la taille d’un génome haploïde en pb ou pg (10 -12 grammes), cette valeur est utilisée pour
comparer les organismes. Le paradoxe de cette valeur est qu’il n’existe pas de relation entre la complexité
d’un organisme et la taille de son génome.
9. Quel pourcentage de l’ADN correspond à des gènes chez l’homme ? A quoi correspondent les
autres séquences ?
Chez l’homme, environ 1,5% de l’ADN correspond à des gènes. Les autres séquences correspond à de
l’ADN non codant ou à des gènes répétés non transcrits (pseudo-gènes).
10. Combien d’ARN polymérases y a-t-il chez les eucaryotes ? Donner un exemple d’ARN
synthétisé par chacune d’entre elles
Chez les eucaryotes, il y a 3 ARN polymérases : ARN polymérase I, polymérase II et polymérase III
→ La polymérase I synthétise les ARNr 28s, 18s, 5.8s.
→ La polymérase II synthétise les ARNm et certains snARN.
→ Enfin la polymérase III synthétise les ARNt, l’ARNr 5s, snARN U6 et ARN SRP.
11. A quoi sert le facteur sigma qui entre dans la composition de l’ARN polymérase
holoenzyme des procaryotes ?
Ce facteur sert à initier la transcription au bon endroit puisqu’il reconnaît le promoteur.
12. Pourquoi les ARNm matures sont-ils plus courts que les pré-ARNm chez les eucaryotes ?
Ils sont plus courts car ils subissent un épissage (élimination des introns).
13. A quoi correspond la bulle de transcription ? Quelles en sont les caractéristiques
principales ?
La bulle de transcription est la dénaturation des deux brins d’ADN autour du point +1 de transcription. Elle
possède une activité hélicase portée par le complexe de transcription, elle avance avec le complexe de
transcription de 1000 à 2000 bases par minutes in vivo, elle est constituée d’environ 15 nucléotides, et enfin
l’ARN est hybridé à l’ADN sur 8 paires de bases côté 3’ de l’ARN.
14. Dans quel sens sont synthétisés les ARN et à quelle vitesse avance une ARN polymérase in
vivo ?
Les ARN sont synthétisés dans le sens 5’ vers 3’ et une ARN polymérase in vivo avance de 1000 à 2000
bases par minutes.
15. Quels sont les éléments caractéristiques des promoteurs procaryotes ?
Les promoteurs procaryotes possèdent deux boîtes conservées en -10 et -35.
16. Quels types de gènes sont reconnus par l’ARN polymérase II chez les eucaryotes ?
Cette polymérase reconnaît les gènes codant, et certains gènes de snARN.
17. Comment se fait la terminaison de transcription rho indépendante chez les bactéries ?
Il y a la formation d’une structure en tige-boucle composée d’une séquence riche en GC d’environ 16 à 20
nucléotides et de 4 à 8 A (ou U dans l’ARN) qui déstabilise l’ARN polymérase. Ainsi l’ARN polymérase se
décroche et c’est la fin de la transcription.
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18. Chez les eucaryotes, que possède l’ARN polymérase II que les autres ARN polymérases
n’ont pas ? Quelles conséquences cette particularité aura sur les ARN qu’elle synthétise ?
Elle possède un domaine C terminal CTD composé de 25 à 50 répétitions d’un motif Tyr Ser Pro Thr Ser Pro
Ser permettant le recrutement de complexes protéiques spécifiques (coiffe, queue…).
19. Sous forme de schéma, représentez les structures caractéristiques d’un promoteur de gène
codant eucaryote ?
20. A quoi correspondent les enhancers et silencers ?
Ce sont des séquences activatrices ou inhibitrices situées en amont, en aval ou à l’intérieur de la séquences.
Ils sont composés de sites de fixation pour différents facteurs.
21. Quelle est la particularité des promoteurs reconnus par l’ARN polymérase III chez les
eucaryotes ?
Ces promoteurs sont internes aux gènes cad en aval de la séquence.
22. Qu’est-ce que la TBP ? Que reconnaît-elle ?
C’est la TATA Binding Protein, c’est une protéine du facteur de transcription général de TFIID (mais aussi
TFI et TFIII) qui, avec des TAFs (TBP Associated Factors), permet la courbure de l’ARN et la fixation de
TFIIB. Elle reconnaît la TATA box.
23. Dans un gène, à quoi correspondent le brin codant et le brin matrice ?
Le brin codant est le brin répliqué qui ne sera pas transcrit alors que le brin matrice est celui contenant
l’information génétique et qui sera transcrit en ARN.
24. Qu’est-ce qui différencie fondamentalement l’ADN et les ARN ?
L’ADN est composé de désoxyribonucléotides dNTP alors que l’ARN est composé de ribonucléotides rNTP.
25. Quels sont les ARN les plus abondants chez les eucaryotes ?
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Chez les eucaryotes, les ARN les plus abondants sont les ARNr (80%) puis les ARNt (15%).
26. Comment peut-on déterminer expérimentalement la taille (longueur) d’un ARN ?
Extraction des ARN et purification (élimination des RNP) → Séparation des ARN par électrophorèse sur gel
avec des agents dénaturants → Coloration → Détection.
27. De quoi a-t-on besoin pour faire de la transcription in vitro ?
On a besoin d’une matrice ADN (gène), de rNTP, d’une ARN polymérase et de facteurs de transcription (les
deux derniers correspondant au complexe de transcription).
28. Que codent les gènes ribosomiques ? Par quelle ARN polymérase sont-ils transcrits chez les
procaryotes et chez les eucaryotes ?
Les gènes ribosomiques codent des ARN riboosmiques. Ils sont transcrits par la polymérase I chez les
eucaryotes et par l’holo-enzyme chez les procaryotes.
29. Que peut-on étudier par la technique de gel-retard ? Quel en est le principe ?
Par cette technique on peut montrer la fixation d’une protéine sur un promoteur. Principe : Fragment d’ADN
marqué radio activement (promoteur) → Incubation avec un extrait protéique ou une protéine purifiée →
Migration sur gel non dénaturant (plus la protéine fixée est grosse plus elle ralentit la migration de l’ADN).
30. Que peut-on étudier par la technique du foot-printing ? Quel en est le principe ?
Par cette technique on peut cartographier le site de fixation d’une protéine sur l’ADN. Principe : Marquage
d’un fragment d’ADN sur l’extrémité d’un seul brin → Ajout de la protéine d’intérêt → Digestion ménagée
par une endonucléase aspécifique (Dnase I ou microcoque) → Migration sur gel des fragments de digestion
(le trou représente la fixation de la protéine car elle protège l’ADN de la nucléase).
31. Que peut-on étudier par la technique du Northern-Blot ? Quel en est le principe ?
Par cette technique on peut détecter spécifiquemenent un ARN parmi d’autres. Principe : Extraction des
ARN → Séparation sur gel dénaturant → Transfert sur membrane → Hybridation avec sonde dénaturée
(marquée spécifiquement, antiparallèle, complémentaire) → Lavages → Révélation.
