Examen
cytobactériologique
des urines
(ECBU)
L’ECBU est l’analyse la plus demandée au
laboratoire de microbiologie médicale.
Il permet de :
mettre en évidence des signes d’inflammation
de l’arbre urinaire (traduits par une leucocyturie)
identifier, dénombrer et étudier la sensibilité
aux antibiotiques de l’agent pathogène.
L’interprétation de l’ECBU repose sur 5 critères :
leucocyturie,
bactériurie,
classe d’uropathogénicité des espèces
isolées.
nombre d’espèces isolées
contexte clinique (symptômes, antécédents
médicaux, grossesse, sondage urinaire,..)
Cette interprétation n’est pas toujours aisée, elle
exige que la prescription soit accompagnée de
certains renseignements et que les modalités de
prélèvement, de transport et de conservation de
l’urine soient scrupuleusement respectées.
PLAN
Exigences préanalytiques
Renseignements utiles
Recueil de l’urine vésicale
Conservation et acheminement au laboratoire
Examen macroscopique
Examen cytologique
Leucocyturie
Hématurie
Test HLM ou compte d’Addis
Cellules épithéliales
Cylindres
Cristaux
Examen bactériologique
Examens microscopiques
Bactériurie ou DGU
Isolement
Interprétation des résultats
Exigences préanalytiques
Renseignements utiles à l’interpréation de
l’ECBU
Une fiche de renseignements doit accompagner
le prélèvement mentionnant :
les indications de l’ECBU : les symptômes
cliniques, le contexte de prescription (suspicion
d’IU, contrôle préopératoire et postopératoire en
urologie, contrôle après traitement d’une
infection urinaire…) ;
le mode de recueil de l’urine ;
le port d’une sonde urinaire ;
les particularités du patient : âge, sexe, notion
d’hospitalisation actuelle ou récente, grossesse
éventuelle en précisant la date des dernières
règles ;
la présence de pathologies préexistantes :
diabète, immunodépression, anomalie de
l’appareil urinaire, infection urinaire récidivante ;
l’existence d’un traitement antibiotique ou
chimiothérapeutique récent ou en cours.
Recueil de l’urine vésicale
L’urine ne doit pas être souillée par la flore
commensale de voisinage (digestive et/ou
vaginale) qui colonise l’urètre et la région
périnéale ni par la flore des mains du patient.
Cette contamination est très fréquente,
notamment par les sécrétions vaginales chez la
femme. Les conditions d’asepsie doivent être
rigoureuses et bien expliquées au patient
lorsqu’il réalise lui-même le recueil.
Chez l’adulte et l’enfant, le recueil est dit « à la
volée » ou « du milieu du jet »
Le patient réalise lui-même le prélèvement en
respectant les consignes suivantes :
recueil dans un flacon stérile (20-30mL) ;
de préférence le matin car il faut que les
urines aient séjourné au moins 3 ou 4 heures
dans la vessie (temps nécessaire pour
permettre la multiplication des germes) ;
après lavage des mains et nettoyage
soigneux du pourtour de l’orifice urinaire, à l’aide
d’une compresse stérile imprégnée d’un soluté
de Dakin ou de savon antiseptique ;
recueil des urines en milieu de jet afin
d’éliminer les bactéries de la flore commensale
de l’urètre antérieur (donc éliminer le 1er jet
urinaire) ;
ne pas toucher le bord supérieur du flacon
avec les doigts ou les parties génitales.
Il faut préciser l’heure du recueil sur le flacon.
Chez le nourrisson et le jeune enfant jusqu’à 3 ans
Le prélèvement à la volée est réalisable.
Cependant le prélèvement le plus fréquent mais
aussi le plus critiqué utilise un collecteur d’urine.
Après une désinfection soigneuse du méat
urinaire, on place, autour de l’orifice urinaire,
une poche plastique stérile adhésive. Dans tous
les cas, la poche ne doit pas rester en place
plus de 30 minutes. On transvase ensuite les
urines dans un pot stérile.
Fig.7 : Collecteur d’urine
Chez un porteur de sonde urinaire
Il existe sur la sonde urinaire, une zone dédiée
au prélèvement. Après désinfection de cette
zone à l’alcool iodé, l’urine est prélevée à l’aide
d’une seringue montée d’une aiguille fine (Fig.
8). Il ne faut jamais recueillir les urines dans le
sac collecteur car les germes y prolifèrent.
On peut aussi recueillir l’urine à partir d’une
sonde neuve lors d’un changement de dispositif
pour éliminer toute possibilité de souillure par
des bactéries adhérentes à la paroi interne de la
sonde.
Fig. 8 : Sondage urinaire
Source cclinparisnord
La ponction sus-pubienne
Exceptionnellement utilisé, ce geste consiste à
prélever l’urine, de manière stérile directement
dans la vessie au travers de la paroi
abdominale. La qualité bactériologique de ce
mode de prélèvement est évidemment
excellente, mais il présente l’inconvénient pour
le malade d’être inconfortable. La ponction sus-
pubienne permet :
de savoir s’il y a infection, dans le cas d’un
faible nombre de germes ;
de connaître l’identité du ou des germes
présents dans la vessie, dans le cas d’une urine
polymicrobienne ou chez un patient sondé.
Conservation et acheminement au
laboratoire
La bactériurie est un critère majeur pour
l’interprétation de l’ECBU. Pour ne pas
surestimer la bactériurie, il est donc
indispensable d’empêcher la multiplication des
germes.
La meilleure des solutions consiste à
ensemencer immédiatement les milieux de
culture (moins de 2 heures dans le cas d’une
conservation à température ambiante).
Comme ce n’est pas toujours possible, de
nombreux laboratoires utilisent actuellement des
tubes contenant un stabilisateur de la
croissance bactérienne (comme l’acide borique).
Ils permettent de conserver les urines pendant
48 heures à température ambiante.
Il est possible de conserver les urines à + 4 °C
jusqu’à 24 heures mais les leucocytes risquent
de s’altérer au-delà de la 12ème heure.
Enfin dans certains services et aussitôt après le
prélèvement, le personnel soignant plonge dans
l’urine une lame utilisée pour le dénombrement
(voir technique de la lame immergée). Le
laboratoire reçoit l’urine accompagnée de la
lame immergée ensemencée.
Examen macroscopique
Une urine normale est jaune et limpide.
Il est indispensable d’homogénéiser les urines
avant de les observer. On note :
la présence ou pas d’un trouble : un trouble
correspond souvent à une infection bactérienne
mais la présence de nombreux cristaux peut
également troubler l’urine ;
la couleur : une coloration rose ou rouge de
l’urine permet de suspecter une hématurie mais
certains traitements médicamenteux comme la
prise de rifampicine peuvent également colorer
l’urine.
Les urines d’apparence limpide sont infectées
seulement dans 5 % des cas.
Examen cytologique
Le diagnostic des infections urinaire demande
une cytologie quantitative pour certains
éléments comme les leucocytes.
Après avoir longtemps utilisé des dispositifs de
dénombrement manuels, les laboratoires
s’équipent désormais d’automate de cytologie
urinaire.
Une page est dédiée aux dispositifs de
dénombrement manuels et une autre aux
automates de cytologie urinaire.
Leucocyturie
Une leucocyturie > 104/mL signe une réaction
inflammatoire consécutive à une infection
urinaire.
Attention : un patient porteur d’une sonde à
demeure montrera quasi constamment une
leucocyturie. Ce paramètre n’a donc pas de
valeur chez ces patients. C’est également le cas
des sujets présentant une vessie neurologique
(trouble urinaire dû à un dysfonctionnement ou à
une lésion du système nerveux).
Le diagnostic de l’infection urinaire ne peut donc
pas se limiter à ce seul paramètre (voir
interprétation des résultats)
Une leucocyturie < 104/mL indique qu’il n’y a
pas de réaction inflammatoire ce qui permet
souvent d’exclure une infection urinaire sauf
chez le sujet neutropénique ou s’il s’agit d’une
infection débutante.
Hématurie
Une urine normale contient moins de 1 000
hématies/mL
Une hématurie > 104/mL est anormale. Les
hématies intactes ont une forte probabilité de
provenir de la vessie ou de l’urètre. Les
hématies altérées viennent du rein.
L’hématurie s’observe dans les cas suivants :
formes hémorragiques des néphrites : on
peut alors découvrir des cylindres hématiques
à l’examen du sédiment ;
atteinte glomérulaire ;
cystites hémorragiques qu’elles soient
tuberculeuses, gonococciques ou à germes
banals ;
tuberculose rénale ;
L’hématurie peut être associée aussi à d’autres
affections d’étiologie non infectieuse : lithiase
rénale, tumeurs de la vessie.
Test HLM ou compte d’Addis
Voir la page le test d’Addis
Cellules épithéliales
Des cellules épithéliales peuvent être retrouvées
en petite quantité dans l’urine : elles proviennent
du renouvellement normal de l’épithélium
urinaire de surface (exfoliation). Suite à une
pathologie cette exfoliation peut être accentuée
et le type de cellules observé pourrait, en
théorie, permettre de déterminer si l’infection
urinaire est haute ou basse. En pratique, c’est
difficile car les conditions de leur cheminement
le long des voies urinaires et le milieu urinaire
ne sont pas favorables au maintien des
structures cellulaires.
En routine, sur une préparation à l’état frais de
l’urine homogénéisée, on se contente de
différencier :
les cellules urothéliales ;
les cellules rénales ;
et les cellules pavimenteuses.
Pour chaque type, il faut quantifier les résultats :
rares, quelques, assez nombreuses,
nombreuses, très nombreuses.
Les cellules provenant de l’urètre, de la
vessie ou du bassinet
On les appelle aussi cellules urothéliales (Fig.9)
ou encore cellules de transition : leur forme
change légèrement selon le lieu. Par exemple la
cellule typique de la vessie est ronde avec un
noyau rond au centre. Mais les cellules
urothéliales sont aussi souvent piriformes,
parfois ovalaires, avec un noyau lui aussi
ovalaire et relativement petit par rapport à la
taille de la cellule.
Fig. 9 : Cellules urothéliales
Leur taille varie de 2 à 4 fois la taille d’un
leucocyte.
Elles peuvent être nombreuses lors d’infections
urinaires basses.
Les cellules provenant du rein (cellules
rénales ou tubulaires)
Elles sont rondes, réfringentes et le cytoplasme
est légèrement granuleux. Le noyau est rond et
en général, au centre de la cellule.
Fig. 10 : Cellules rénales
Leur taille est d’environ 1,5 fois la taille d’un
leucocyte.
Elles peuvent être nombreuses lors d’infections
urinaires hautes.
Les cellules pavimenteuses vaginales
Elles ne proviennent pas des voies urinaires
mais des organes génitaux externes de la
femme : ce sont de grandes cellules à petit
noyau.
Fig. 11: Cellules vaginales
De nombreuses cellules vaginales associées à
la présence de Lactobacillus (bacilles Gram
positif droits) sont le signe d’une contamination
vaginale du prélèvement : le prélèvement est
alors impropre à l’analyse.
Cylindres
Les cylindres sont des éléments de grande taille
épousant la forme d’une partie des tubules
rénaux.
Formation des cylindres
Au cours d’une néphrite ou d’une pyélonéphrite,
les glomérules défaillants laissent filtrer des
protéines (habituellement elles sont absentes de
l’urine).
Dans une première étape se forme donc un
moule protéique, les protéines étant précipitées
lorsque l’acidité et la concentration de l’urine
atteignent des valeurs suffisantes. À ce stade
apparaissent dans l’urine des cylindres
exclusivement protéiques : les cylindres hyalins.
A partir du moule protéique, peuvent se
constituer d’autres types de cylindres selon que
s’ajoutent à la matière fondamentale diverses
cellules présentes dans le tubule rénal :
leucocytes : cylindres leucocytaires ;
hématies : cylindres hématiques ;
cellules épithéliales : cylindres épithéliaux
(beaucoup plus rares).
Remarque : Il existe aussi des cylindres mixtes.
Lorsque les leucocytes ou les cellules
épithéliales tubulaires dégénèrent, leur contour
devient moins net, le cytoplasme plus granuleux
: on les appelle cylindres granuleux.
Lieu de la formation des cylindres
C’est au niveau du tubule distal et du tube
collecteur que l’urine se concentre et s’acidifie
suffisamment pour permettre la formation des
cylindres. Il est rare qu’un cylindre se forme au
niveau du tube proximal (c’est le cas pourtant
des cylindres hyalins accompagnant le myélome
multiple, et composés principalement de la
protéine de Bence Jones).
Selon leur lieu de formation, la forme et les
dimensions des cylindres seront variables.
Fig. 12 : Lieux de formation des cylindres
Observation au microscope à l’état frais
On réalise une évaluation semi-quantitative sur
le sédiment urinaire (culot de centrifugation) ou
sur l’urine entière.
Les cylindres peuvent être courts ou longs : ils
traversent alors presque tout le champ au
grossissement X400.
Tableau 7 : Description des cylindres
urinaires
Fig.13 :
Cylindres
urinaires
Signification d’une cylindrurie
La présence de quelques cylindres hyalins
dans une urine n’a pas une grande
signification. On peut l’observer chez des
individus normaux lorsque l’urine est très
concentrée ou très acide, ou encore après un
effort musculaire très intense. L’excrétion de
cylindres hyalins peut accompagner d’autre part
n’importe quelle protéinurie quelle qu’en soit
l’origine.
L’observation de cylindres hyalins en
nombre important indique, par contre, une
affection sévère du parenchyme rénal.
La présence de cylindres cellulaires
(leucocytaires, hématiques, épithéliaux,
granuleux) est presque toujours pathologique et
signe alors une néphrite grave.
Les cylindres graisseux sont rares et
s’observent dans les cas de néphrose
lipoïdique.
Cristaux
Bien que les cristaux ne soient pas des cellules,
leur recherche est abordée ici car elle se fait en
même temps que l’étude cytologique.
Les résultats de la cristallurie varient
considérablement en fonction du mode de
conservation de l’urine : la réfrigération du
prélèvement (mais aussi le pH urinaire)
augmentent considérablement la fréquence, le
nombre et la taille des cristaux. Le prélèvement
idéal est une urine fraîchement émise et
conservée à 37°C. A défaut une urine
conservée moins de 2 heures à température
ambiante (20°C minimum) peut être utilisée.
Observation à l’état-frais
L’étude qualitative et semi-quantitative des
cristaux est effectuée en observant un état frais
de l’urine homogénéisée au grossissement
X400. Les résultats sont rendus en donnant des
indications relatives à leur nombre : rares,
quelques, assez nombreux, nombreux, très
nombreux pour chaque cristaux identifié.
Signification d’une cristallurie
La plupart des cristaux faits de substances
normalement présentes dans l’urine n’ont
pas de valeur diagnostique. C’est le cas des
cristaux d’oxalate de calcium, de phosphate de
calcium, de sulfate de calcium, d’acide urique et
urates, de leucine, de tyrosine, de médicaments,
de cholestérol. On pourrait penser que la
présence de cristaux urinaire est un facteur de
risque de lithiase et pourtant la plupart des
personnes avec une cristallurie ne formeront
jamais de calculs.
Seule la présence en abondance et à
plusieurs examens de cristaux de même
nature est en faveur d’une lithiase rénale en
formation. En France l’incidence des calculs est
de 2 à 5 % de la population générale ce qui
représente de 1 à 2 % du total des entrées aux
urgences.
Cas particuliers :
La présence de cristaux de phosphates
ammoniaco-magnésien (encore appelés struvite
ou phosphates triples), est un indice d’infection
urinaire à germes ammoniogènes (germes
uréase + et donc producteur de NH3) comme
Proteus, Klebsiella, Corynebacterium
urealyticum, Ureaplasma urealyticum etc. On les
retrouve dans les urines alcalines. (voir
paragraphe 3.2). La struvite représente
seulement 1,3 % des calculs.
Les cristaux de cystine sont présents chez
des patients atteints de cystinurie : maladie
génétique responsable de troubles de la
réabsorption des acides aminés dibasiques
(lysine, arginine, ornithine, cystine). Seul un
faible nombre de ces patients formeront des
calculs
Examen bactériologique
Examens microscopiques
État frais
La recherche de germes à l’examen
microscopique se fait simultanément à la
détermination de la leucocyturie en cellule de
dénombrement. Une estimation de la bactériurie
est alors possible mais le résultat, très
approximatif, ne permet pas de différencier les
bactéries mortes des bactéries vivantes.
Comme les levures cultivent lentement sur les
milieux habituellement ensemencés, leur
observation à l’examen direct invite à
ensemencer des milieux adaptés (exemple :
gélose Sabouraud ou milieu chromogénique,
type ChromID Candida).
Les automates de cytologie urinaire estime
également la bactériurie mais sans différencier
les bactéries mortes des bactéries vivantes. Un
dénombrement sur gélose reste nécessaire.
Coloration de Gram
Elle manque de sensibilité et pour les urines
présentant une faible bactériurie (≤ 104
UFC/mL), il est nécessaire d’observer le culot
de centrifugation. Cette coloration que ce soit
sur l’urine non centrifugée ou sur le culot de
centrifugation, est peu pratiquée. Elle présente
pourtant certains avantages :
repérer s’il existe plusieurs types de bactéries
;
repérer des germes cultivant mal sur les
milieux ordinaires (streptocoques,
corynébactéries). Ainsi l’observation de coque
Gram + en diplocoques et courtes chaînettes ou
de bacilles corynéformes doit conduire à un
isolement supplémentaire sur une gélose au
sang.
supposer une contamination vaginale du
prélèvement lors de l’observation de
lactobacilles (bacille Gram positif) le plus
souvent associés à la présence de cellules
épithéliales pavimenteuses.
Coloration de Ziehl Neelsen ou à
l’auramine
En absence de germes alors que la leucocyturie
est supérieure à 104/mL et dans des contextes
bien particuliers, il faut rechercher des
mycobactéries. Pour cela, un frottis préparé à
partir du culot de centrifugation des urines est
coloré par une méthode révélant l’acido-alcoolo
résistance de ces bactéries : coloration de Ziehl
Neelsen, coloration à l’auramine). En présence
de BAAR, il faut procéder à une
décontamination des urines et ensemencer des
milieux spécifiques : MGIT, Loewenstein Jensen
et Colestos. Pour plus de détails se référer à la
page dédiée aux diagnostic des infections à
mycobactéries.
Bactériurie ou DGU (= Dénombrement des
Germes Urinaires)
Intérêt pour le diagnostic
Le dénombrement des germes urinaires (=
DGU) est un critère fiable pour le diagnostic de
l’infection si toutes les précautions ont été prises
lors du recueil des urines, leur transport et leur
conservation (Cf. paragraphe 7.1). En effet, les
faibles contaminations liées aux bactéries
présentes au niveau du méat urétral se
traduisent par des bactériuries bien inférieures à
celles des infections urinaires.
Méthodes de dénombrement
Le DGU peut être réalisé par différentes
méthodes, dans tous les cas il est effectué à
partir de l’urine entière bien homogénéisée.
1. Méthode des dilutions
On réalise plusieurs dilutions de l’urine dans
l’eau physiologique dans la gamme 10-2 à 10-7.
On incorpore 1 mL de chaque dilution, en boîte
de Petri, à 20 mL de gélose nutritive fondue et
refroidie à 45 – 50 °C. Mélanger soigneusement,
laisser solidifier.
Après 24 h d’incubation à 37 °C, on compte les
« unités formant colonies » (UFC) dans la boîte
qui en contient entre 30 et 300. Le nombre ainsi
déterminé, multiplié par la dilution, fournit le
nombre d’UFC/mL d’urine.
Cette méthode longue et délicate ne peut
être appliquée aux séries, donc à la routine.
Elle sert encore de méthode de référence pour
étalonner les méthodes plus adaptées à la
routine et présentées ci-dessous.
2. Méthode de la lame immergée
Cette méthode est détaillée à la page Méthodes
de dénombrement
Cette méthode est intéressante car utilisable par
le personnel soignant directement au chevet du
malade.
Elle présente cependant comme inconvénient
de ne pas permettre d’obtenir des colonies
isolées avec les urines fortement infectées. Pour
cette raison, on ensemence systématiquement
un milieu d’isolement en parallèle.
3. Méthode de l’anse calibrée de 10 µL
Cette méthode est détaillée à la page Méthodes
de dénombrement
C’est la méthode la plus prisée actuellement.
Des erreurs de quantification sont possibles qui
proviennent d’un ensemencement incorrect de
l’urine (volume mal calibré, mauvaise technique
d’isolement) voire de conditions d’incubation et
de durée non adaptées.
Les milieux utilisés sont des milieux non
sélectifs.
Il existe des systèmes d’ensemencements
automatisés de gélose en boite de Petri (annexe
5 : PREVI™ Isola (bioMérieux)
Isolement
Choix des milieux
La plupart des infections urinaires sont
monomicrobiennes et dues à des
entérobactéries donc à des bactéries non
exigeantes. Un milieu de base NON SÉLECTIF
suffit le plus souvent.
Si ces milieux sont ensemencés selon la
technique de l’anse calibrée alors les opérations
isolement et dénombrement des germes
urinaires seront simultanées.
Les milieux chromogènes (chromID™ CPS®
(CPS3), UriSelect4®..)
Malgré un prix élevé, on les préfère aux milieux
classiques (BCP, CLED). Ils permettent :
une très bonne différenciation des colonies
grâce à leur coloration et donc une bonne
sensibilité de détection des urines
polymicrobiennes,
une identification directe d’Escherichia coli, du
genre Enterococcus, et de Proteus mirabilis
moyennant la réalisation de tests
complémentaires simples (EF, indole),
une orientation de l’identification des KESC et
des autres espèces de Proteus, des genres
Providencia ou Morganella,
une économie de réactifs (galeries…) et de
temps de manipulation pour le technicien.
l’instauration plus rapide d’une antibiothérapie
rationnelle.
Voir les pages Gélose UriSelect4® et Gélose
ChromID™CPS®
Tableau 8 : Enzymes recherchées sur les
milieux chromogènes
a
Proteus Providencia Morganella
b
Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Citrobacter
c
le test indole sera positif pour Escherichia coli
et les Proteus indologènes et négatif s’il s’agit
de Proteus mirabilis
Limites des milieux chromogènes
Parfois des bactéries (surtout en milieu
hospitalier) n’ont pas les caractères
enzymatiques attendus ou en ont acquis
d’autres. Exemples :
De rares souches de Citrobacter freundii
indole +et ß-glucosidase – peuvent être
identifiées comme étant Escherichia coli
Streptococcus agalactiae peut donner des
colonies turquoise mais elles sont plus pâles
que celles des Enterococcus
Certaines souches de Proteus vulgaris
possèdent une ß-glucosidase, ceci peut se
traduire par une coloration verte des colonies
avec ou sans brunissement de la gélose
Ces quelques exemples montrent l’importance
de rester vigilant et de confronter les résultats
de l’antibiogramme avec l’identification. En
outre, ces milieux ne prétendent pas isoler tous
les germes urinaires ; il conviendra donc
d’ensemencer un ou plusieurs milieu(x)
supplémentaire(s) choisi(s) en fonction des
résultats de l’examen microscopique et du
contexte (exemple : gélose au sang pour la
recherche de Streptococcus B ou de
corynébactéries).
On ajoutera une gélose Sabouraud ou un milieu
chromogène adapté en cas de présence de
levures à l’examen direct. Incubation à 37°C.
Les milieux non sélectifs sont suffisants en
général mais si on observe plusieurs germes à
l’examen microscopique, la suite de l’analyse
sera facilitée en ajoutant des milieux
SELECTIFS.
Conditions d’incubation
On place les boîtes à 37°C pendant 18 à 24
heures.
Pour ne pas sous estimer la bactériurie, on
prolonge l’incubation de 48 heures si on
suspecte un germe à croissance lente ou en cas
de discordance entre le Gram et la culture.
Interprétation des résultats de
l’ECBU
L’interprétation de l’ECBU est difficile et tient
principalement compte de 5 critères :
la leucocyturie,
la bactériurie,
le nombre d’espèces isolées,
la classe d’uropathogénicité des espèces
isolées
le contexte clinique.
Voir les tableaux A, B et C qui montrent
l’interprétation de l’ECBU en fonction de ces
différents critères.
La leucocyturie
Elle renseigne sur le présence ou l’absence
d’une inflammation du tractus urinaire
Une leucocyturie (< 104 leucocyte/mL) indique
qu’il n’y a pas de réaction inflammatoire ce qui
permet souvent d’exclure une infection urinaire
sauf si le sujet est neutropénique ou s’il s’agit
d’une infection débutante.
Une leucocyturie (³ 104 leucocyte/mL) est le
signe d’une inflammation, témoin d’une infection
urinaire.
Attention : on observe très souvent une
leucocyturie chez les patients porteurs d’une
sonde urinaire à demeure, dans ce cas ce
critère ne contribue pas au diagnostic.
La bactériurie
Dans une urine de milieu de jet recueillie en
évitant toute contamination est le reflet de la
concentration bactérienne dans l’urine
vésicale. C’est donc le paramètre principal pour
le diagnostic de l’infection.
Une bactériurie < 103 UFC/mL indique une
absence d’infection (si le patient n’est pas sous
antibiothérapie, ni hyperhydraté et si le temps
de d’abstinence urinaire est supérieur à 3 h)
Une bactériurie ≥ 105 UFC/mL indique très
souvent une infection urinaire chez un sujet
symptomatique.
Le groupe d’uropathogénicité des espèces isolées
Selon les recommandations de « l’european
guidelines for urine analysis » les
microorganismes sont classés en 4 groupes
selon leur pouvoir uropathogène. Chez un
sujet présentant les symptômes d’une cystite
et une leucocyturie ≥ 105 leucocyte/mL, les
seuils de bactériurie permettant de conclure
à une infection urinaire dépendent du groupe
d’uropathogénicité. Ils sont de 103 UFC/mL
pour le groupe 1, de 104 UFC/mL pour le
groupe 2 et de 105 UFC/mL pour les groupes
3 et 4.
Groupe I
Escherichia coli, Staphylococcus saprophyticus.
Ces bactéries sont reconnues responsables
d’infections urinaires même en faible quantité (à
partir de 103 UFC/mL). Les Salmonella spp et
les mycobactéries font également partie de ce
groupe mais on les rencontre rarement.
Groupe II
Les autres entérobactéries (Klebsiella spp,
Proteus spp, Enterobacter spp, Citrobacter spp,
Morganella morganii, Providencia stuartii…),
Enterococcus spp, Pseudomonas aeruginosa,
Staphylococcus aureus, Corynebacterium
urealyticum, et Haemophilus spp (rare) et
Streptococcus pneumoniae (rare). Ces bactéries
sont moins fréquemment responsables
d’infections urinaires et quand elles le sont, il
s’agit le plus souvent d’infections nosocomiales
ou bien il existe des facteurs anatomiques ou
iatrogènes favorisants. Le seuil de pathogénicité
est fixé à 104 UFC/mL pour la femme et 103
UFC/mL pour l’homme.
Groupe III
Streptococcus agalactiae, Aerococcus urinae,
les staphylocoques à coagulase négative
(autres que S. saprophyticus)
Acinetobacter baumanii, Stenotrophomonas
maltophilia, Burkholderia cepacia, autres
Pseudomonadaceae et Candida spp. Pour ces
germes, plusieurs critères doivent être réunis
pour les impliquer dans une infection urinaire.
Ces critères sont :
une quantité élevée (≥ 105 UFC /mL),
au moins 2 échantillons d’urines positifs à un
même germe (ou présence dans une urine
recueillie par ponction sus-pubienne)
et, si possible, des critères cliniques ou
d’inflammation.
Isoler des staphylocoques à coagulase négative
(autres que S. saprophyticus) dans une urine
est souvent le fait d’une contamination ou d’une
simple colonisation plutôt que d’une réelle
infection. Candida spp peut être responsable
d’infection urinaire mais surtout chez des
patients porteurs de matériel étranger ou ayant
subi une endoscopie ou un acte chirurgical et
traités par des antibiotiques
Groupe IV
Streptocoques alpha hémolytiques,
Lactobacillus spp, Gardnerella vaginalis et
bacilles corynéformes (autres que C.
urealyticum et C. seminale). Ce sont des
bactéries de la flore urétrale ou génitale de
proximité à considérer en général comme des
contaminants.
On les prend en compte seulement s’il s’agit
d’une ponction sus-pubienne.
Le nombre d’espèces isolées
Les infections urinaires sont le plus souvent
monomicrobiennes.
Les infections communautaires
bimicrobiennes sont rarissimes.
15% des infections urinaires nosocomiales
sont bimicrobiennes, le plus souvent à la
suite d’un geste invasif ou de sondage.
Retrouver plus de 2 germes dans une urine
est le signe d’une contamination du
prélèvement : il faut refaire un ECBU sur un
autre prélèvement.
Dans le cas des urines bimicrobiennes, deux
éventualités sont à envisager :
présence d’un germe à signification
pathologique et d’un contaminant
provenant généralement de la flore
cutanée, vaginale ou intestinale ;
présence de deux germes à signification
pathologique.
Souvent un deuxième ECBU
permettra de trancher. Un pronostic
peut cependant s’appuyer sur les
proportions de chaque germe :
si un germe est largement
majoritaire, il est probable que le
second soit un contaminant ;
si les deux germes sont en
proportion équivalente, l’infection
bimicrobienne est le plus probable.
Dans tous les cas, la présence de
deux types de colonies doit être
signalée et décrite dans le compte
rendu.
Le contexte clinique
Il faut particulièrement tenir compte :
des symptômes ;
de la présence d’un facteur de risque
(sondage urinaire, intervention sur les voies
urinaires) ;
d’un éventuel traitement antibiotique en cours
;
d’une grossesse.
La présence de symptômes permet de
distinguer une infection urinaire d’une
colonisation. On parle de colonisation lorsque
l’urine présente des critères d’infection urinaire
pour un patient sans symptôme.
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