Organisation, évolution et fonction du génome humain 345

Zone promotrice

Initiation transcription

+1
 -110  -90  -25

5’ CAAT TATAAAA 3’

TBP
CTF
TFII D

Facteurs généraux
de transcription
INITIATEURS
TBP : TATA box Binding Protein TFII D : Transcription Factor II D

Figure 93 : schéma simplifié d'un promoteur eucaryote-type

S’interroger pour mieux mémoriser

149. Qu’appelle-t-on gènes de classe I, de classe II et de classe III ?
150. Quelle est la différence entre une séquence promotrice et une séquence
régutrice de l’ADN ?
151. Donnez la définition du brin matrice ; du brin codant.
152. Par quelles variations du processus de transcription un même gène peut-il
donner naissance à des ARNm codant pour des protéines différentes ?

Exercices

Exercice 1
Associer aux protéines A à H la ou les fonctions (1 à 8) auxquelles elles sont
associées (certaines protéines peuvent n’être associées à aucune fonction et
certaines fonctions peuvent ne correspondre à aucune protéine).
Protéine (s) Fonction
A ARNPol III 1 Épissage des introns
B Guanylyltransférase 2 Synthèse des ARNt
C Complexe TFII D 3 Reconnaissance de la séquence AAUAAA
D Ribonucléoprotéine U1 4 Phosphorylation du domaine C-terminal de l’ARNPol II
E Protéine CPSF* 5 Addition de la coiffe en 5’
F RNAse H 6 Initiation de la transcription
G TFII H 7 Liaison à la boite TATA
H PAP* 8 Maturation du pré-ARNm en 3’
* CPSF : Clivage and Polyadénylation Specify Factor * PolyA Polymérase
346 Transcription

Exercice 2
 Soit la séquence génique suivante :
5’ CATGGCGTATCGGTACGGTACGTGCTTAATAAAGCTCGTCA 3’
3’ GTACCGCATAGCCATGCCATGCACGAATAAACTCGAGCAGT 5’
 Et l’ARNm qui a été transcrit à partir de cette séquence
5’ UGACGAGCUCAAAUAAGCACGUACCGUACCGAUACGCCAUG 3’
1- Quel est le brin d’ADN qui a servi de matrice ?
2- Quelle séquence remarquable voyez-vous dans cette séquence d’ARN ?

Vrai ? Faux ? Pourquoi ?

320) Concernant la transcription des gènes eucaryotes :
a. Elle consiste en la synthèse d’ARN complémentaire d’un brin d’ADN.
b. Lors de la transcription, deux ARN sont synthétisés, un par lecture du brin
d’ADN 5’-3’, l’autre par lecture du brin d’ADN 3’-5’.
c. La transcription utilise comme matrice d’ADN le brin codant.
d. Les ARNPol fonctionnent dans le sens 5’-3’.
e. Elle nécessite l’interaction physique entre l’ADN et de nombreuses
protéines.
321) Concernant les modalités de la transcription des gènes eucaryotes :
a. Elle est assurée par un seul type d’ARNPol.
b. Elle nécessite la présence d’amorces.
c. Un brin d’ADN peut être transcrit par plusieurs molécules d’ARNPol
simultanément.
d. L’ARN synthétisé reste lié à sa matrice d’ADN jusqu’à ce que la
transcription soit terminée.
e. La transcription basale des gènes de classe II est faible.
322) Quelles sont les points communs entre la transcription et la réplication
chez les eucaryotes ?
a. Elles nécessitent la décondensation de la chromatine.
b. Les deux brins de la double hélice d’ADN sont lus simultanément.
c. Elles sont assurées par différents types de polymérases.
d. Elles nécessitent une amorce pour démarrer la polymérisation.
e. Elles sont initiées au niveau de séquences d’ADN particulières.
323) Concernant les sites promoteurs des gènes eucaryotes :
a. Ce sont des séquences d’ADN recrutant le complexe d’initiation de la
transcription.
b. Ils sont toujours situés en amont du site d’initiation de la transcription.
c. Il existe parfois plusieurs promoteurs potentiels pour un seul gène.
d. Ils peuvent fixer des facteurs de transcription généraux ou régulateurs.
e. Ils contiennent toujours les mêmes séquences consensus.
324) Concernant les facteurs de transcription (FT):
a. Ce sont des protéines dotées de domaines de liaison à l’ADN.
b. Chacune des trois ARNPol possède des FT généraux qui lui sont propres.
c. La TBP (protéine de liaison à la boite TATA) est un FT spécifique.
d. Les FT spécifiques peuvent activer ou réprimer la transcription.
Organisation, évolution et fonction du génome humain 347

e. Les FT régulateurs peuvent se lier à des séquences cis situées à l’intérieur

ou à l’extérieur du promoteur.
325) Concernant les ARNPol eucaryotes :
a. L’ARNPol  est une ARNPol eucaryote.
b. Elles transcrivent les deux brins d’ADN simutanément.
c. Elles sont constituées de plusieurs sous-unités.
d. Elles ouvrent et referment la double hélice d’ADN.
e. Elles possèdent une activité exonucléasique 3’5’ permettant les corrections
en cours d’appariement.
326) Concernant la synthèse des ARN :
a. L’ajout d’un ribonucléotide nécessite l’apport d’énergie sous forme d’ATP.
b. Les ribonucléotides sont associés par une liaison 5’-3’ phosphodiester.
c. Pour les gènes de classe II, la transition entre initiation et élongation est
secondaire à la phosphorylation de l’ARNPol II.
d. La phase d’élongation par l’ARNPol II nécessite le maintien du complexe
d’initiation sur l’ADN.
e. La transcription des ARNm se termine au niveau de la séquence de
polyadénylation.
327) Concernant la maturation des ARN :
a. La coiffe des ARNm est ajoutée en même temps que l’extrémité polyA.
b. La polyadénylation des ARNm est indispensable à leur interaction
ultérieure avec les ribosomes.
c. L’épissage retire les exons et lie les introns entre eux.
d. L’épissage nécessite l’intervention de ribonucléoprotéines.
e. Les ARNt et les ARNr ne subissent pas de maturation.
328) Concernant la coiffe des ARNm :
a. Elle est positionnée à l’extrémité 5’.
b. Elle est composée d’une 5-méthyl guanosine.
c. Elle est reliée au premier nucléotide par une liaison phosphodiester 3’-5’.
d. L’addition de la coiffe peut s’accompagne de la méthylation en 2’ des deux
premiers ribonucléotides.
e. La coiffe protège l’ARNm de la dégradation par des endonucléases.
329) Concernant la polyadénylation des ARNm :
a. Elle intervient après l’action d’une endonucléase à l’extrémité 5’ de l’ARN
nouvellement synthétisé.
b. Elle est assurée par l’ARNPol II.
c. Elle nécessite la liaison de facteurs protéiques sur une séquence consensus.
d. Environ une vingtaine de molécules d’ATP sont nécessaires.
e. Pour un même ARNm, elle peut démarrer à des endroits différents.
330) Concernant l’épissage des ARNm :
a. Il se déroule dans le cytosol.
b. Il se produit après la polyadénylation de l’extrémité 3’.
c. Il est systématique pour tous les pré-ARNm.
d. Il induit un allongement de la chaîne ribonucléotidique.
e. Il nécessite de l’énergie sous forme d’ATP.
331) Concernant le mécanisme d’épissage des ARNm :
a. Les coupures à la frontière exon-intron sont effectuées par une
endonucléase.
b. Les sites donneurs et accepteurs sont des séquences GCGCGCGC.
c. Il fait intervenir des ARNsn.
348 Transcription

d. Il fait intervenir deux réactions de transestérification.

e. Il fait intervenir la fonction 2’-OH du ribose de l’AMP contituant le point
de branchement.
332) Concernant la synthèse et la maturation des ARNr :
a. Les ARNr sont synthétisés dans le nucléole.
b. Tous les ARNr sont issus de la scission d’un transcrit primaire commun.
c. Les séquences promotrices des gènes codant pour les ARNr sont situées en
aval du +1 de transcription.
d. La maturation des ARNr implique des modifications chimiques des bases
azotées.
e. Les ARNr s’associent à des protéines avant de passer dans le cytosol.
333) Concernant la synthèse et la maturation des ARNt :
a. Les ARNt sont, parmi les ARN cellulaires, ceux synthétisés en plus grande
quantité.
b. Les ARNt sont synthétisés par l’ARNPol III.
c. Tous les ARNt sont issus d’un transcrit primaire commun.
d. La maturation des ARNt implique des modifications chimiques des bases
azotées.
e. Certains ARNt subissent l’épissage d’un intron.
334) Concernant la synthèse et la maturation des ARN mitochondriaux :
a. Elles s’effectuent au sein de la mitochondrie.
b. La transcription de l’ADN mitochondrial est assurée par l’ARNPol II.
c. Les deux brins d’ADN mitochondrial sont transcrits simultanément.
d. Chacun des 37 gènes mitochondriaux donne naissance à un ARN différent.
e. Les ARNm mitochondriaux subissent le même type de maturation que les
ARNm nucléaires.
Organisation, évolution et fonction du génome humain 349

Solutions

S’interroger pour mieux mémoriser

149
Les gènes eucaryotes sont classés en fonction de l’ARNPol qui les transcrit :
 Gènes de classe I transcrits par l’ARNPol I : ARNr sauf ARN 5S.
 Gènes de classe II transcrits par l’ARNPol II : ARNm, ARNsn, ARNsno.
 Gènes de classe III transcrits par l’ARNPol III : ARNt, ARNr 5S.
Les ARNmi sont synthétisés par clivages successifs dans le cytoplasme de précurseurs
repliés en forme de tige-boucle (pré-ARNmi).
150
La séquence promotrice d’un gène est la séquence minimale permettant d’initier la
transcription en recrutant les FT généraux nécessaires et l’ARNPol.
Une séquence régulatrice est également une séquence d’ADN cis mais elle fixe des
FT trans plus ou moins spécifiques du gène, qui vont activer (enhancers) ou
réprimer (repressors) la transcription basale induite par le promoteur.
151
Le brin matrice est celui qui est lu par l’ARNPol : sa séquence est complémentaire
de l’ARN synthétisé. On parle aussi de brin (-).
Le brin codant est le brin complémentaire du brin matrice. C’est celui qui n’est pas
lu par l’ARNPol. Sa séquence est identique à celle de l’ARN synthétisé (à la
substitution T/U près bien sûr). On le nomme aussi brin (+).
D’une unité de transcription à l’autre, le brin matrice peut ne pas être le même.

152
La transcription des gènes peut aboutir à des ARNm et donc des protéines
différentes car :
 Il peut exister des promoteurs alternatifs dont la position est différente,
générant des ARNm plus ou moins longs.
 Il peut exister des sites de polyadénylation alternatifs qui vont induire une
terminaison plus ou moins précoce et là aussi la formation d’ARNm de
longueur variable.
350 Transcription

 L’épissage alternatif offre une possibilité importante de combinaisons en

fonction des exons qui sont conservés (ou pas) dans l’ARNm mature.
 Enfin, l’édition de l’ARN peut modifier la séquence de l’ARNm mature en
modifiant, insérant ou délétant des bases. Ceci modifie le cadre de lecture
et/ou la séquence de la protéine qui sera synthétisée.

Pré-ARNm CAA

Épissage

ARNm mature CAA

Édition de l’ARN
Pas d’édition de l’ARN (désamination de C en U)
CAA UAA

Gln STOP

TRADUCTION

ApoB 100 : 4563 AA ApoB 48 : 2153 AA

Figure 94 : édition différentielle d'un ARNm, exemple du gène de l'apolipoprotéine B

Exercices

Exercice 1
A:2 B:5 C : 6, 7 D:1 E : 3, 8
F: G : 4, 6 H:8

Exercice 2
1- La séquence 5’-3’ de l’ARNm n’est pas complémentaire du brin d’ADN 3’-5’ :
ce n’est donc pas celui-ci qui a servi de matrice.
Le brin qui a servi de matrice est donc le brin d’ADN 5’-3’ ; le brin 3’-5’est le brin
codant (sa séquence est la même que celle de l’ARNm à la substitution A/T près).
 : ceci peut ne pas vous paraître évident mais n’oubliez pas le piège que constitue la
convention du sens d’écriture (de 5’ à gauche vers 3’ à droite)
2- La séquence remarquable est la séquence AAUAAA : site de polyadénylation.

Vrai ? Faux ? Pourquoi ?

320
a. VRAI
b. FAUX : la transcription d’un gène se fait par lecture d’un seul des deux
brins, le brin matrice.
c. FAUX : le brin codant est le brin complémentaire du brin matrice. Sa
séquence est la même que celle du transcrit (à la substitution T/U près).
d. VRAI
e. VRAI : les différents FT (facteurs d’initiation, d’élongation, de régulation).
Organisation, évolution et fonction du génome humain 351

On parle aussi d’éléments « trans », les éléments « cis » étant les séquences d’ADN
auxquelles se fixent ces protéines.
321
a. FAUX : ARNPol I, II et III (+ une ARNPol mitochondriale).
b. FAUX
c. VRAI : ceci permet d’amplifier la synthèse d’ARN si nécessaire.
d. FAUX : l’hybride ADN-ARN ne persiste que sur 8 à 9 nucléotides.
e. VRAI : ce n’est que par action de FT activateurs que leur transcription (et
donc la synthèse des protéines correspondantes) peut devenir
quantitativement importante.
322
a. VRAI : la double hélice doit être accessible et pouvoir s’ouvrir.
Lors de l’élongation, des facteurs généraux de transcription permettent le démantèlement
des nucléosomes en amont de l’ARNPol et leur reformation en aval.
b. FAUX : ceci n’est vrai que pour la réplication.
c. VRAI
d. FAUX : seulement la réplication.
e. VRAI : origines de réplication et promoteurs de la transcription.
323
a. VRAI
b. FAUX : ils peuvent se situer en amont ou en aval (en aval pour les gènes
de classe III par exemple).
c. VRAI : ils sont localisés à des endroits différents et sont plus ou moins
efficaces en fonction de leur affinité pour le complexe d’initiation
Ex : il existe 8 promoteurs pour le gène de la dystrophine humaine, utilisés dans des tissus
différents.
d. VRAI
e. FAUX : il existe un certain nombre de séquences consensus pour des FT
généraux dans les promoteurs eucaryotes (boite TATA, boite CAAT, BRE,
Inr) mais elles ne sont pas toutes présentes dans un même promoteur et
leur combinaison est variable. De plus, les séquences consensus liant des
régulateurs trans sont le plus souvent différentes d’un gène à l’autre.
Ex : les promoteurs des gènes régulés par les oestrogènes comportent une séquence
consensus ERE (Estrogen Responsive Element) alors que ceux des gènes contrôlés par les
androgènes contiennent une séquence consensus ARE (Androgen Responsive Element).

324
a. VRAI : les principaux types de domaines de liaison à l’ADN sont :
 Les domaines hélice-boucle-hélice
 Les domaines à fermeture éclairs à leucine
 Les domaines en doigts de zinc.
b. VRAI : ils sont numérotés grâce au même chiffre romain que l’ARNPol
correspondante (TFI, TFII, TFIII).
c. FAUX : c’est un facteur général de transcription. À noter qu’il est commun
aux 3 ARNPol eucaryotes.
d. VRAI
e. VRAI
352 Transcription

Ex : le gène codant pour l’antigène spécifique de la prostate (PSA) contient 3 zones cis
régulatrices permettant l’activation de la transcription par les androgènes : 2 dans le
promoteur et une 4200 kb en amont.
325
a. FAUX :  est le nom d’une sous-unité de l’ARNPol procaryote.
b. FAUX : un seul brin est lu lors de la transcription d’un gène. Il peut varier
d’une unité de transcription à l’autre.
c. VRAI
 : si votre enseignant vous a parlé de l’ARNPol mitochondriale n’oubliez pas qu’elle est
monomérique ; sa structure est proche de celle du bactériophage T7.
d. VRAI : elles créent une bulle de transcription s’étendant sur environ 20 nt.
e. FAUX
326
a. FAUX : comme lors de la réplication, c’est l’hydrolyse de la liaison
phosphoanhydride du nucléoside triphosphate à insérer qui fournit
l’énergie.
b. FAUX : liaison 3’-5’ phosphodiester.
c. VRAI : cette phosphorylation est effectuée dans le domaine C-terminal de
l’ARNPol II, grâce au TFII H.
d. FAUX : pour que l’élongation ait lieu, les FT d’initiation doivent céder la
place à des FT d’élongation.
e. FAUX : la transcription des ARNm se poursuit après la séquence de
polyadénylation (AAUAAA). Ce n’est qu’un peu plus loin que l’ARNm
est clivé et se détache de l’ARNPol II. La polyA polymérase, qui n’a pas
besoin de matrice, prend le relais pour synthétiser la queue polyA.

327
a. FAUX : la coiffe est ajoutée dès la transition initiation/élongation.
b. FAUX : c’est la coiffe qui est indispensable à l’interaction des ARNm avec
la petite sous-unité des ribosomes lors de l’initiation de la traduction.
Organisation, évolution et fonction du génome humain 353

c. FAUX : retrait des introns, liaison des exons entre eux.

d. VRAI : l’ensemble de ces ribonucléoprotéines constitue le splicéosome
(150 protéines + 5 ARNsn : U1, U2, U4, U5, U6).
e. FAUX : seul l’ARN 5S ne subit aucune maturation.
328
a. VRAI
b. FAUX : elle est composée d’une 7-méthyl-guanosine.
c. FAUX : par une liaison phosphodiester 5’-5’.
d. VRAI
e. FAUX : elle le protège des exonucléases (qui hydrolysent les acides
nucléiques à partir d’une extrémité et non au sein d’une séquence comme
les endonucléases). Elle le protège aussi des phosphatases.

Figure 95 : la coiffe 7-méthyl-guanosine des ARNm est fixée au pré-ARNm par une
liaison 5'-5' phosphodiester

329
a. FAUX :  piège, tout se passe à l’extrémité 3’.
b. FAUX : par la polyA polymérase.
c. VRAI : la séquence de polyadénylation sur le pré-ARNm est AAUAAA.
Elle est reconnue par la protéine CPSF (Clivage and Polyadenylation
Specify Factor) et la protéine CstF (Cleavage Stimulation Factor).
d. FAUX : ce sont 100 à 200 molécules d’ATP qui sont nécessaires pour
incorporer autant de résidu adénosyl-monophosphate.
e. VRAI : il peut exister des sites de polyadénylation alternatifs. Ceci
participe à la variabilité des pré-ARNm issus d’un même gène.
354 Transcription

330
a. FAUX : la totalité de la maturation des ARNm (et des autres ARN sauf
ARNmi) se déroule dans le noyau.
b. VRAI
c. FAUX : certains gènes ne possèdent pas d’introns.
d. FAUX : après épissage, l’ARNm est plus court que le pré-ARNm puisque
les introns ont été supprimés.
e. FAUX : le nombre de liaisons phosphodiester 3’-5’ restant le même,
l’épissage ne nécessite pas d’apport d’énergie sous forme d’ATP.
331
a. FAUX : les coupures sont assurées par l’attaque nucléophile d’une liaison
3’-5’ phosphodiester par le OH (2’ ou 3’) du ribose d’un autre nucléotide.
b. FAUX : les sites donneurs et accepteurs sont des séquences consensus
différentes l’une de l’autre.
c. VRAI : au sein de ribonucléoprotéines.
d. VRAI
e. VRAI : lors de la première transestérification.

3 : Transestérification : attaque par le OH en 3’

Coupure intron/exon n+1

5’ 3’
 20 nt
Exon n Intron Exon n+1
…C/AG GUA/GAGU……………………A .........…….AG G…
Donneur Branchement Accepteur

1 : Transestérification : attaque par le OH en 2’

Coupure exon n/intron

2 : L’extrémité 5’P libre de l’intron se fixe en 2’

du A du branchement : formation du lasso

4 : L’extrémité 3’OH de l’exon n estérifie l’extrémité 5’P de l’exon n+1 : soudure

(l’intron est dégradé)

Figure 96 : mécanisme de l'excision-épissage pour les gènes de classe II

332
a. VRAI
b. FAUX : tous ceux synthétisés par l’ARNPol I (précurseur = ARN 45S)
mais pas l’ARN 5S.
c. FAUX :  ne pas confondre avec les gènes de classe III (ARNt, ARNr 5S)
dont le promoteur est effectivement en aval du +1 de transcription.
d. VRAI
e. VRAI : ils forment des pré-ribosomes.
333
Organisation, évolution et fonction du génome humain 355

a. FAUX : ce sont les ARNr (80% de la masse totale en ARN cellulaire ;

15% pour les ARNt, 2% pour les ARNm, 3% autres).
b. VRAI
c. FAUX : , ne pas confondre avec les ARNr.
d. VRAI
Tous les pré-ARN peuvent subir ce type de modifications (méthylation, désamination,
formation de pseudo-uridine,..) mais c’est particulièrement vrai pour les ARNt et les ARNr.
e. VRAI : pas tous les ARNt cependant.
334
a. VRAI.
Il existe une machinerie transcriptionnelle et traductionnelle mitochondriale.
b. FAUX : il existe une ARNPol spécifique à la mitochondrie (PolRMT).
c. FAUX : un seul brin d’ADN sert de matrice lors de la transcription d’un
gène, qu’il soit procaryote, nucléaire ou mitochondrial.
d. FAUX : un seul ARN, polycistronique (37 gènes mitochondriaux).
e. FAUX : il n’y a pas d’introns dans les gènes mitochondriaux ; de plus les
ARNm proviennent d’un pré-ARN polycistronique.
Les ARNm mitochondriaux sont cependant polyadénylés en 3’ comme les ARNm nucléaires.