Faculté d’Agronomie et de Médecine Animale

(FAMA)

Unité d’Enseignement (UE) : Production végétale

Support pédagogique de l’ECUE

Phytopathologie (II)
Bactériologie-Virologie générales et spéciales

Licence 2, S3, Agroéconomie

(L2, S3-AE)

Unité pédagogique Professeur principal Professeur assistant

Défense des cultures/ Dr. Metaga Coulibaly Dr. Moussa KANTE

Protection des végétaux PhD. Ing in Agriculture PhD in Plant pathology

Année académique 2023-2024

Contenu
Chapitre 3 : BACTERIOLOGIE ................................................................................................................... 5
Sous-Chapitre 3-1 : BACTERIOLOGIE GENERALE ..................................................................................... 5
I. Historique ........................................................................................................................................ 5
II. Rôles et Importance des bactéries : ................................................................................................ 6
1. Rôle positif ................................................................................................................................... 6
2. Rôles négatifs .............................................................................................................................. 7
I. STRUCTURE ET COMPOSITION DE LA CELLULE BACTERIENNE ........................................................ 8
II. Reproduction : ................................................................................................................................. 9
III. Classification des bactéries phytopathogènes : ........................................................................ 10
1. Selon la forme ........................................................................................................................... 10
2. Selon la coloration au gramme ................................................................................................. 10
3. Selon l’exigence pour l’oxygène ................................................................................................ 11
4. Selon la présence des flagelles .................................................................................................. 11
5. Selon la disposition des flagelles ............................................................................................... 11
A. Bactéries Gram Négatives ......................................................................................................... 12
B. Les bactéries Gram positives ..................................................................................................... 13
IV. Spécificité du parasitisme et spécialisation des bactéries phytopathogènes: ......................... 15
V. Voies de pénétration et types de bactérioses : ............................................................................. 16
VI. Méthodes d’expansion et milieu de conservation des bactéries.............................................. 17
1. Milieu de conservation : ............................................................................................................ 17
2. Action des conditions du milieu naturel.................................................................................... 17
3. Symptômes des bactérioses : .................................................................................................... 18
VII. Méthodes de lutte : ................................................................................................................... 18
Sous-Chapitre 3-2: BACTERIOSE DES CULTURES ................................................................................... 19
I. Maladies bactériennes du blé : maladies des taches noires du blé .............................................. 19
II. Maladie bactérienne du riz : Stries bactériennes translucides ..................................................... 19
III. MALADIES BACTERIENNES DU MIL AU SAHEL ........................................................................... 20
IV. BACTERIOSES DES CITRUS ......................................................................................................... 20
1. Nécrose bactérienne des citrus ................................................................................................. 20
2. Tumeurs des Citrus : .................................................................................................................. 20
V. AUTRES BACTERIOSES DES CULTURES PERENNES......................................................................... 21
1. Le Greeming des agrumes : (le Huanglungbin) ......................................................................... 21
2. Les maladies des taches noires du manguier : .......................................................................... 21
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 3. Le Chancre bactérien des agrumes : ......................................................................................... 21
Chapitre 4: VIROLOGIE .......................................................................................................................... 24
Sous-Chapitre 4-1: VIROLOGIE GENERALE ............................................................................................ 24
I. Historique et définition : ............................................................................................................... 24
II. Rôles des virus ............................................................................................................................... 25
III. Forme, Structure et Classification des virus .............................................................................. 25
1. La taille et la forme .................................................................................................................... 25
2. Structure du virus ...................................................................................................................... 26
3. Classification .............................................................................................................................. 26
ii. Système ICTV : ........................................................................................................................... 27
iii. Systeme de la classification de Baltimore : ............................................................................... 27
IV. CARACTERES GENERAUX ET CONSTITUTION DES PHYTOVIRUS ............................................... 31
V. REPRODUCTION : ........................................................................................................................... 34
1. La pénétration ........................................................................................................................... 34
2. La décapsidation : ...................................................................................................................... 34
3. La réplication et traduction : ..................................................................................................... 34
4. L’assemblage et migration ........................................................................................................ 35
VI. SIGNES DE L’INFECTION VIRALE : .............................................................................................. 35
VII. TYPES DE VIROSES : ................................................................................................................... 36
VIII. SPECIFICITE DES MALADIES VIRALES ET PHYTOPLASMIQUES : ................................................. 36
IX. METHODE DE CONSERVATION DE TRANSPORT ET DE TRANSMISSION DE L’INFECTION : ....... 36
X. METHODES DE LUTTE .................................................................................................................... 38
1. Prévention ................................................................................................................................. 38
2. Traitement ................................................................................................................................. 38
Sous-Chapitre 4-2: VIROSES DES CULTURES ......................................................................................... 40
1. LA STRIURE OU STREAK DU MAÏS : ................................................................................................ 40
2. VIROSE DU MIL : ............................................................................................................................ 40
3. LA MOSAÏQUE DE LA CANNE A SUCRE (Saccharum virus)............................................................. 41
4. LA MOSAÏQUE DU TABAC .............................................................................................................. 41
5. LA MOSAIQUE DE LA POMME DE TERRE ....................................................................................... 42
6. VIROSES DE LA TOMATE : .............................................................................................................. 43
7. LA MOSAIQUE DU BLE ................................................................................................................... 43
8. LA MALADIE DES FEUILLES JAUNES DU RIZ : (Panachure jaune du riz) ......................................... 44
9. VIROSES DU NIEBE : ....................................................................................................................... 45
10. VIROSE DU MANIOC .................................................................................................................. 45
11. VIROSES DE L’ARACHIDE............................................................................................................ 46
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LES VIROSES DES CULTURES PERENNES ................................................................................................ 46
1. LE DEPERISSEMENT FOLIAIRE DU COCOTIER : (cocomut foliar decay) ..................................... 46
2. La Tristeza des agrumes : Citrus Tristeza Virus. ........................................................................ 47
3. Le Swollen shoot du cacaoyer : ................................................................................................. 47
4. Les maladies à viroïdes : ............................................................................................................ 47
ANNEXES................................................................................................................................................ 49
BIBLIOGRAPHIE ...................................................................................................................................... 51

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 Chapitre 3 : BACTERIOLOGIE

Sous-Chapitre 3-1 : BACTERIOLOGIE GENERALE

I. Historique
Les procaryotes sont des organismes unicellulaires dépourvus de noyau différencié.

Parmi les procaryotes phytopathogènes, on distingue les bactéries sensu stricto dotées
de paroi donnant une forme rigide à la cellule et les mollicutes (phytoplasmes et
spiroplasmes) dépourvus de paroi.

L’étude des bactérioses a débuté à la fin du 19ème siècle. L’idée de la possibilité d’infection
des plantes par les bactéries a été avancée par le professeur M.C Voronine en 1866.

La même année Heckel a créé le règne des Protistes divisés en protistes supérieurs ou
Eucaryotes (algues inférieurs, champignons inférieurs, protozoaires) et en protistes
inférieurs ou procaryotes (bactérie).

En 1875, le savant anglais E. Xalir a été le 1er à signaler la présence des bactéries dans
les tubercules pourries de la pomme de terre.

En 1879, les savants allemands I. Reïke et A. Bertolde ont signalé que les bactéries
présentes dans les tubercules pourries de pomme de terre sont les causes de cette
pourriture.

En 1880, l’Américain T. Berile pour la première fois a démontré que les bactéries sont la
cause des maladies des plantes et l’a prouvé expérimentalement (brûlures bactériennes
des arbres fruitiers).

E. Smith (1854 – 1927) a fait la découverte, la description et l’étude profonde de beaucoup

de bactéries phytopathogènes tout en élaborant la méthode de recherche.

Actuellement, il existe près de 400 espèces différentes de bactéries phytopathogènes.

Les bactéries sont des microorganismes végétaux microscopiques (1 µm – 10 µm)

unicellulaires, dépourvus de chlorophylle. Elles sont hétérotrophes. Les bactéries, en
majorité, sont des saprophytes dans certaines conditions et des parasites dans d’autres.

Toutes les bactéries parasites des végétaux sont des bacilles (longueur 1-2 µm et largeur
0,3-0,5 µm).

Les maladies causées par les bactéries sont des bactérioses.

Les bactéries phytopathogènes ont différentes formes mais la forme dominante est la
forme de bâtonnet (bacilles). Certaines bactéries sont immobiles, d’autres se déplacent
à l’aide de flagelles, cils et mouvements contractiles.

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 Les bactéries ont une spécificité génétique. La cellule bactérienne est composée de
protoplasme et de membrane cellulaire. Le noyau de la cellule est dans un état diffus.

Majoritairement, les bactéries phytopathogènes ne forment pas de spores, c’est pourquoi

la capsule visqueuse couvrant la membrane joue un grand rôle dans la survie des
bactéries.

Les bactéries se nourrissent par osmose. La membrane cellulaire laisse passer les
éléments nutritifs dans la cellule et expédie les déchets de métabolisme (diffusion et
absorption).

Beaucoup de bactéries sont aérobiques, exigent l’oxygène, donc vivent à la surface des
corps solides pouvant servir de nourriture. Elles forment des colonies brillantes dont la
forme, la couleur, les contours sont caractéristiques du type de bactérie.

Les différentes compositions des protides bactériens déterminent leur réaction de

coloration qui est une méthode importante dans le diagnostic des bactérioses.

On utilise pour cela un colorant du groupe para rosaniline (cristal violet) et une solution
d’iode :

- pour les organismes Gram+, on obtient une coloration qui ne s’enlève qu’à l’acétone ou
à l’alcool ;
- pour les Gram-, on n’obtient pas de coloration violette.
La réaction Gram+ et Gram- est fonction de la composition chimique de la paroi. Les Gram+
ont une paroi composée essentiellement de Peptidoglucane (50 %) et les Gram- ont une
paroi complexe constituée de couche de Peptidoglucane (10 %) recouverte d’une double
couche de lipopolysaccharides et de phospholipides.

II. Rôles et Importance des bactéries :

Les bactéries jouent un rôle important dans la nature.

1. Rôle positif
a. Agriculture

- dégradation des débris organiques

- fixation de l’azote atmosphérique (Rhizobium, Bacillus polymyxa, Achromobacter)

- fermentation des terreaux et substrats de pépinières (Rhizobium, Streptomyces)

- production de préparation bactérienne utilisable dans la lutte biologique

Ex. Entobacterine, insectine, biotrole, bactopenine, dipel.

On peut utiliser plusieurs types de bactéries dans la lutte biologique

Ex. : Bacillus thuringiensis contre les insectes,

- Pseudomonas mycophaga contre les champignons (pourriture des graines,

anthracnose),
- Pseudomonas fluorescens contre Rhizoctonia et Pythium (fonte des semis),
- Salmonella typhimurida rodentia (bactérie n° 5170) contre les rongeurs,
- Salmonella decumanicidum contre les rongeurs, les chats.

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 L’existence des maladies bactériennes des insectes a été pour la première fois annoncée
par I.I. Mechnikov en 1879.

Actuellement il y a plus de 250 espèces de bactéries liées aux insectes.

Les bactéries causent rarement l’épizootie chez les insectes mais certaines provoquent de
grands dégâts.

Ex. - Serratina marcesceus bizio (bactériose rouge des insectes)

- Pseudomans pyocynnea Migulo et Bacillus mycoïdes Flug (bactérioses noires)

- Coccobacillus acridiorum D’Her (dysenterie épizootique)
- Bacillus papilliae Dut, Bacillus lentimorbus (bactériose laiteuse)
- Bacillus cereus et Bacillus thuringiensis Berl
L’utilisation effective des bactéries dans la protection des plantes passe par la mise en place
de préparations biologiques (endo et exotoxine)

• Technologie de production des préparations bactériennes : 3 étapes

- culture de bactéries et production de spores en masse

- séparation des spores du liquide de culture

- mélange de spores obtenues à un milieu neutre et séchage

Pour les bactéries qui ne produisent pas de spores on fait la culture dans les chenilles
d’insectes hôtes qu’on place dans des serres 10-12 jours.

La problématique des préparations bactériennes se situe au niveau de la virulence, de la

capacité de contagion et de la durabilité de l’épizootie.

b. Industrie

- fermentation lactique des graines de Néré (Bacillus subtilus)

- le lait contient des bactéries lactiques (Lactobacillus, Streptococus)

c. Médecine

- Production d’antibiotiques et de vaccins

- production d’organismes génétiquement modifiés

- localisation de l’ADN (Agrobactérium tumefasciens)

- évaluation de l’activité des antibiotiques CMB (Concentration Minimale Bactéricide) et CMI

(Concentration Minimale Inhibitrice).

2. Rôles négatifs
Les bactéries sont agents de plusieurs maladies des plantes des animaux et de l’homme.

a. Agriculture

Ex. - Pectobactérium carotovarum – pourriture des carottes

- Pseudomonas tabaci – bactériose du tabac

- Xanthomonas malvacearum – gommose du cotonnier
- Xanthomonas campestris – bactériose des choux taches noires de la tomate
- Corynebactérium nichigenneuse – tumeur de la tomate
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 - Corynebactérium sepedonium – pourriture de la pomme de terre
- Pseudomonas syringea – bactériose du sorgho
- Erwinia stewartii – pourriture du maïs
b. Santé humaine

Ex. - Treponema pallidum – bactérie agent de la syphilis

- Mycobactérium tuberculosis/M. africanum – agent de la tuberculose

- Mycobactérium leprae (bacille de Hansens) – agent de la lèpre

- Streptococcus pneumonia – agent de la pneumonie

- Bacilles du cholera – agent du cholera

- Neisseria méningitidis – agent méningite cérébro-spinale

- Salmonella typhi – agent de la fièvre typhoïde

- Neisseria gonorrhoeae – le gonocoque

c. Santé animale

Ex.- Mycobactérium bovis – tuberculose bovine

- Bacillus anthracis – charbon bactéridien

- Clostridium choréa – charbon symptomatique

- Pasteurella – Pasteurelloses (septicémie hémorragique bovine)

I. STRUCTURE ET COMPOSITION DE LA CELLULE

BACTERIENNE

PILI

Figure 1 : Schéma global d'une bactérie

La capsule : est une couche gélatineuse. Elle joue le rôle de protection de la cellulaire bactérienne.
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Elle contient beaucoup d’eau qui permet à la bactérie de survivre à la dessiccation et de résister aux
bactériophages.

La paroi : Elle entoure la cellule, lui confère la forme et assure la résistance aux faibles pressions
osmotiques. Elle contient les composants qui déterminent la réaction de coloration (GRAM+ GRAM-
). Elle est perméable aux solutions minérales et organiques.

La membrane Cytoplasmique: (Plasmalème). Elle est composée de lipides et de protéines.

Elle contient la totalité des cytochromes bactériens. Elle régularise la perméabilité cellulaire, le
transport d’éléments nutritifs et la respiration. C’est le site du mesosome (contrôle de la division
cellulaire).

Figure 2 : Structure de la membrane cytoplasmique chez

les Procaryotes

Le Cytoplasme: Contient les ribosomes constitués d'ARN et beaucoup d'enzymes et de ferments

indispensables pour la synthèse.

II y a aussi les chromosomes qui assurent la synthèse des protéines, les plasmides (fragment d'ADN
circulaires de petite taille) ; et les granules de réserves. Les pillis sexuels jouent un grand rôle dans
le transfert génétique lors de la conjugaison bactérienne

Les fimbriae sont présents chez le genre Erwinia. Ils contrôlent l’adhésion aux surfaces et la
conjugaison bactérienne. Les appendices externes (flagelles) assurent la mobilité de la bactérie. Ils
peuvent être absents ou présents. Le nombre de flagelles et la disposition varient selon les espèces.

Certaines bactéries possèdent des endospores qui assurent la survie dans les conditions
défavorables d’environnement.

II. Reproduction :
La température optimale pour la reproduction est comprise entre 25 et 35 °C avec un pH neutre
ou alcalin.

Les bactéries se reproduisent par voies végétatives (simple division des cellules
maternelles).

Dans les conditions favorables, la division s’effectue chaque 20 – 30 minute (300 milliards
d’éléments/jour).

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Chez certaines bactéries et dans certaines conditions, il existe la reproduction sexuée (fusion
binaire) qui conduit à l’échange des informations génétiques (transformation). Dans les
conditions très défavorables (pauvreté alimentaire, sécheresse), certaines bactéries cessent
de se diviser et ne tardent pas à sporuler par rupture de la membrane cellulaire. Ces spores
permettent à la bactérie de supporter les mauvaises conditions du milieu.

III. Classification des bactéries phytopathogènes :

La classification peut être phénotypique ou moléculaire (chémotaxonomie ou systématique

biochimique).

Il existe quelques classifications des bactéries phytopathogènes basées sur les signes
morphologiques des bactéries (taille, formes, présence de d’endospore, de flagelle et de cils,
capacité de mobilisation, disposition des flagelles) et sur les propriétés physiologiques,
biochimiques (source de carbone, d’azote, constituants de la paroi cellulaire, optimum et
gamme de température de croissance, tolérance osmotique, relation avec l’oxygène,
sensibilité aux antibiotiques)

On distingue les bactéries visibles au microscope ou bactéries géantes. Elles sont arrondies,
allongées et rectilignes, courbées. On rencontre aussi des bactéries filamenteuses (bactéries
aquatiques).

1. Selon la forme on distingue : les bactéries sphériques, rondes (appelées coque) les
bactéries en forme de bâtonnet droit (appelées bacilles), et incurvées (appelées
vibrions).

On trouve aussi des bactéries avec des formes spiralée, hélicoïdale. Certaines bactéries
s’agrègent pour donner des bicoques (2 bactéries) des staphylocoques (bactéries en
grappe) et des streptocoques (bactéries en chapelet). Les bactéries invisibles au microscope
(ultramicrobes) peuvent traverser les filtres les plus fins.

2. Selon la coloration au gramme on distingue : Gram+ et Gram -,

Figure 3 : Schémas de la paroi de Bactéries Gram positives (à gauche) et de la paroi de

Bactéries Gram Négatives (à droite)

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 3. Selon l’exigence pour l’oxygène : aérobie stricte, anaérobie stricte, anaérobie
facultative.
4. Selon la présence des flagelles : on distingue les bactéries avec flagelles et sans
flagelles.
5. Selon la disposition des flagelles : on distingue : les monotriches, lophotriches,
amphitriches, péritriches.

Monotriche Lophotriche

Amphitriche Péritriche

6. Selon la pathogénéité :

- galle : genre Coryne bactérium,

- pourriture : genre Erwinia,
- nécrose : genre Xanthomonas, Pseudomonas.
- Fanaison et chancre : Xanthomonas

7. Selon la source d’énergie : on classe les bactéries (santé humaine) en :

- chimiotrophes qui utilisent comme source d’énergie le glucose,

- phototrophes qui utilisent la lumière comme les végétaux chlorophylliens,
- paratrophes qui utilisent les cellules hôtes comme source d’énergie.

8. Selon la température optimale de croissance : On les classe (santé humaine) en :

- bactérie psychrophile : température optimale inférieure à 20° C,

- bactérie mésophile : température optimale comprise entre 25° C et 45° C,
- bactérie thermophile : température optimale supérieure à 45° C.
Les spores de bactérie peuvent résister à 80° C mais la plupart des bactéries meurent à 110°
C.

Systématique des bactéries phytopathogènes

Les niveaux taxonomiques les plus couramment utilisés chez les Procaryotes en
phytopathologie sont dans un ordre ascendant : l’espèce, le genre, la famille, l’ordre, la classe,

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le règne et le domaine. Il est important de connaître le pathovar (spécificité parasitaire vis-à-
vis d’une espèce hôte).

Les bactéries phytopathogènes appartiennent au règne végétal, sous règne des sans noyau
(Procaryotes) au Groupe des Protistes inférieurs à l’embranchement des Schizomycetes, à
la division des Bactéria, classe Eubacteria auxquelles appartiennent tous les genres
phytopathogènes.

A. Bactéries Gram Négatives

Parmi les bactéries phytopathogènes, les bactéries Gram – (Protéobactéries) semblent être
issues d’une bactérie pourpre photosynthétique. Elles ont perdu la capacité photosynthétique
en s’adaptant métaboliquement à de nouvelles niches écologiques. On les regroupe en
section :

a. Section α -Protéobactéria
Elle comprend la famille des Rhizobiaceae, Genre Agrobactérium et Rhizobium qui sur les
légumineuses fixent l’azote atmosphérique.

b. Section ϐ-Protéobactéria

Les bactéries de l’ancien genre Pseudomonas sont reparties en quatre nouveaux genres :
Acidovorax, Burkholderia, Ralstomia (ϐ-Protéobactéria) et Pseudomonas (γ-Protéobactéria)

Ex. Burkholderia andropogonis (parasite le cafeier , maïs, sorgho)

B. cepacia- pourriture des écailles de l’oignon

Ralstonia solonaceurearum (Pseudomonas solonacearum)- responsable des maladies

vasculaires de la pomme de terre, aubergine, banane, tabac, tomate et gingembre (exsudation
de mucus laiteux)

Acidovorax est retenu pour designer l’espèce anciennement appelée Pseudomonas

avenae.

A. avenae-agent des taches foliaires des graminées

Xylophilius ampelinus (anciennement Xanthomonas ampelina).

c. Section Ϫ-Protéobactéria

Pseudomonas syringea provoque les chancres et une exsudation de gomme, perforation

des feuilles, taches nécrotiques angulaires

Erwinia et Pantoea regroupent les bactéries phytopathogènes Gram-, anaérobies

facultatives, bâtonnet munis de Peritriches.

Xanthomonas Gram-, bâtonnet, un flagelle polaire, aérobie strict

Ex. X. campestris

d. Section Ϭ-Proteobactéria
Cette section ne renferme aucune bactérie phytopathogène.

e. Section Ɛ-Protéobactéria

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Plusieurs espèces des bactéries colonisent le phloème (phloem -limited bactéria) par analogie
avec le xylem-limited bactéria parasites obligatoires intracellulaires.

Liberobacter les agents responsables du Greeming de citrus. Liberobacter asiaticum, L.

africanum sont transmis par les psylles trioza erytreae).

B. Les bactéries Gram positives

Figure 4 : Morphologie d’une cellule bactérienne Gram positive

a. Section des Clostridia

Genre clostridium. Ce sont des bactéries anaérobies strictes en forme de bâtonnets formant
des spores et responsables de pourriture molle. C. butytricum, C. puniceum

b. Section des mollicules (microorganismes à peau molle dépourvue de paroi)

❖ les phytoplasmes
L’appellation phytoplasme a été retenue en 1994 par le comité de taxonomie des mollicutes
en remplacement de mycoplasme.

Chez les plantes infectées par des phytoplasmes on observe fréquemment du nanisme, des
jaunisses de la polyphyllie, des balais de sorcière de la virescence, la panachure, les
bois souples.

Les phytoplasmes bloquent l’activité des Rhizobium chez les légumineuses.

Le diagnostic de phytoplasme est compliqué par :

- localisation irrégulière des agents dans la plante,

- masquage des symptômes,
- difficultés d’identification par des méthodes sérologiques.
❖ Les Spiroplasmes
La découverte des mollicutes spirales (les spiroplasmes) date de 1972 chez le maïs.

Ex. Spiroplasma citri

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Principaux symptômes des spiroplasmes : le nanisme, la chlorose, les jaunisses, la
réduction de la taille des fruits et fleurs, le flétrissement. Les agents vecteurs sont des insectes.

c. Section des Bacilli

Genre Bacillis. Ces bactéries sont principalement des saprophytes, des agents de lutte
biologique.

Trois espèces sont pathogènes : B. megaterium (blé), B. circulans (palmier dattier) et

B. polymyxa (sur la tomate).

Les bactéries corynéformes. Ce sont des bactéries plus ou moins incurvées (2-6 µm),
aérobie strict. La plus part des corynebactéries phytopathogènes peuvent être transmises par
les graines ou par les insectes.

L’unique genre Corynebactérium est aujourd’hui subdivisé en 4 principaux nouveaux genres :

Arthrobacter, Curtobactérium, Clavibacter et Rhodococcus.

Les genres Clavibacter et Rhodococcus présentent une réelle importance en phytopathologie.

Genre Clavibacter

Ex. Clavibacter michiganeuse/corynebactérium michiganeuse

Clavibacter sepedonicum/C.sepedonium

Les symptômes sont : flétrissements rapides et unilatéraux des feuillages et tiges, nécroses
annulaires, nécroses brunes au niveau du xylème. La transmission est liée aux nématodes

Clavibacter xyli-maladie du nanisme de la canne à sucre

Genre Rhodococcus

Ex. R. fascians – croissance anormale et fasciation

Genre Streptomyces

Les cellules s’associent pour former de pseudomycelium. Le genre streptomyces forme des
spores.

Ce sont des organismes aérobies et hétérotrophes, généralement saprophytes. Ils participent

à la dégradation de la matière organique en jouant le rôle d’agent dénitrifiant.

Beaucoup d’espèces de streptomyces secretent des antibiotiques puissants qui inhibent le

développement des bactéries, des champignons, d’algues, de virus, de protozoaires et
d’insectes. Les espèces pathogènes provoquent des pustules subéreuses

Ex. Streptomyces scabies – gale de la pomme de terre ; S. ipomoeae – infecte la patate douce.

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 Tableau 1 :Familles et genres des bactéries phytopathogènes

FAMILLES – SIGNES GENRE COLORATION CARACTERE DE MALADIE

MORPHOLOGIQUES AU GRAM LA COLONIE

Micobacteriaceae Corynebacteriu + Jaune ou sans - tumeur

m coloration
- bâtonnet immobile - Pourriture
ronde
- sans flagellle
Aplanobacteriu - Bactériose
- pas de spores m -

Pseudomonodaceae Pseudomonas - Sans coloration - bactériose des

choux,
- bâtonnets mobiles gommose du
- flagelle sur deux Jaunes cotonnier
bouts consistants
Xanthomonas -
- pas de spores

Bacteriaceae Erwinia - Sans coloration

Brûlure et
pourriture
- Bâtonnet mobile Sans coloration

- présence de flagelle Pectobacteriu -

sur toute la cellule m

- sans spores

Bacillaceae

- Bâtonnet mobile Bacillus + Colonie Coloration

brune des
- présence de flagelle gri-blanche pastèques
- formation de spores.

IV. Spécificité du parasitisme et spécialisation des bactéries

phytopathogènes:
La plupart des bactéries sont issues d’organismes saprophytes après une longue évolution.

Selon le degré de parasitisme, les bactéries sont des parasites conditionnels et des
saprophytes :

Le déroulement du cycle parasitaire exige l’existence d’une phase de conservation de

l’inoculum suivie de phase d’infection et de dispersion.

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- Le mécanisme de pénétration est lié à la présence d’enzymes. Ces derniers
permettent à la bactérie d’agir sur la paroi pectocellulaire de l’hôte. Ce sont des pectinases
qui provoquent la dissolution des cellules de la paroi, entraînant des nécroses, des
pourritures.
Trois principales familles d’enzymes sont à noter : Polygalacturonases (PG) ;
Polygalacturonides-lyases (PGL) ; Pectines-methyles-esterases (PME).

- la capacité de parasitisme est liée à la présence de ferments (phosphorilases,

oxydase, lipases, ferments d’hydrolyses) grâce auxquels les bactéries transforment les
produits en formes assimilables pour leur vie.

Certaines bactéries peuvent transformer la cellulose, la grande majorité des bactéries

phytopathogènes infecte un grand nombre de cultures (pourritures bactériennes, les

tumeurs bactériens). Les bactéries attaquent près de 59 familles de plantes.

V. Voies de pénétration et types de bactérioses :

En principe, les bactéries pénètrent dans les plantes par les terminaisons radiculaires, les
ouvertures naturelles, le pistil des fleurs, les blessures des écorces, des tiges et par des
stomates.

Chez certaines bactéries, la mobilité liée ou non aux flagelles semble favoriser l’aptitude de
pénétration dans les plantes sans constituer toutefois une condition indispensable à l’infection.

L’apparition des bactérioses dépend du niveau de parasitisme de l’agent pathogène donc des
enzymes et ferments qu’il contient.

Les bactéries endophytes sont transmises par la voie végétative mais la contamination via le
rhizosphère représente la principale voie d’entrée.

Les bactérioses peuvent être systémiques ou locales. On distingue trois types de

bactérioses :

1. les bactérioses qui attaquent le parenchyme. Elles se propagent par les voies
intercelluraires du tissu du parenchyme et produisent une toxine qui provoque la destruction
des tissus et des cellules entraînant ainsi la pourriture des organes frais (oignon et tubercules).

Ex. Pectobacterium carotovorum. (W.) pourriture de la carotte

Pseudomonas lachryman (Sm et Br) bactériose des concombres

Pseudomonas tabaci (Wolfet Foster) bactérioses du tabac),

Xanthomonas malvacearum (Dov) Gommose du cotonnier.

Ces bactéries provoquent des actions stimulantes, entraînant une division cellulaire intensive,
une augmentation du nombre et de la dimension des cellules, provoquant ainsi des
déformations (cancer).

2. Bactérioses vasculaires : elles attaquent le système vasculaire, bouchent les vaisseaux.

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Les agents produisent des toxines et des enzymes de dégradation des parois, bloquent le
transport de l’eau vers les feuilles, entraînent des flétrissements et des fanaisons.

Ex. Corynebacterium michiganensis – Jenser Clavibacter michigense (tumeur de la

tomate)

Xanthomonas campestris – Dowson – bactérioses des choux.

Corynebacterium sepedonium (Clavibacter sepedonicum) – pourriture de la pomme de

terre.

3. Bactérioses mixtes : Elles attaquent et le système vasculaire et le parenchyme des

plantes, provoquant le flétrissement des feuilles, la fanaison, les pourritures et les taches sur
les fruits et tubercules.

Ex. Pectobacterium phytophtorum (pourriture Pomme de Terre).

VI. Méthodes d’expansion et milieu de conservation des bactéries

Les bactéries phytopathogènes se transportent avec :

- semences infectées,

- matériels de repiquage (bouture),

- eaux souterraines, rosée et pluies,

- insectes, nématodes, rongeurs,

- travaux champêtres (coupes des feuilles et autres),

- vent (souvent), transport constant de plante en plante.

1. Milieu de conservation :
Les bactéries phytopathogènes majoritairement ne forment pas de spores c’est pourquoi ils
ne se conservent pas longtemps.

- Le sol (la rhizosphère) est la source de conservation, de multiplication et d’infection tant qu’il
y a des débris organes végétaux infectés,

- La surface aérienne des plantes pour les bactéries épiphytes

Il existe un antagonisme entre les bactéries et d’autres micro-organismes du sol et cela

favorise le nettoyage du sol des bactéries.

L’infection bactérienne se conserve aussi dans les graines (en surface ou à l’intérieur), les
débris organiques, les insectes et les mauvaises herbes. Certaines bactéries peuvent se
conserver sous forme d’endospores et d’exospores de cellules en repos physiologiques.

2. Action des conditions du milieu naturel

L’action des conditions du milieu naturel sur les bactéries sur leur conservation et dispersion
est grande. Les bactéries se développent dans les conditions suivantes :

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- températures de 18 – 25°c à 35 – 37°c
- humidité élevée de l’air et du sol,
- présence d’oxygène pour les aérobies stricts
- réaction neutre et faiblement basique du sol,
- la grande lumière a une action négative sur les bactéries, c’est pourquoi les semis touffus
souffrent de bactérioses.

- L’eau de pluie à la surface constitue une dispersante efficace.

3. Symptômes des bactérioses :

a .Les pourritures molles : liées à l’altération enzymatiques des pectines, elles entraînent la
décomposition des tissus.

b .Les nécroses : Les lésions sont circulaires, angulaires ou de différentes formes sur les
limbes, pétioles, fruits.

c. Les tumeurs et galles : liées à une croissance accélérée des cellules (tumeurs) ou dépôt
massif lié à la réaction de la plante.

d. Les fanaisons : liées à l’obstruction totale des vaisseaux conducteurs (altération du

xylème).

e. Les chancres : nécrose profonde avec destruction des tissus ligneux du cambium.

VII. Méthodes de lutte :

Les mesures prophylactiques constituent la base de la lutte contre les bactérioses :

- les mesures de quarantaine,

- la rupture de la chaîne d’infection par renforcement de la résistance des plantes grâce à
la sélection et des mesures agro-techniques (labour profond et rotation des cultures),
- introduction de variétés résistantes aux bactéries et aux vecteurs,
- désinfection des semences et du matériel végétatif,
- destruction des débris organiques,
- élimination des plantes malades pendant la végétation,
- normes de semis respectées,
- apport rationnel d’engrais,
- normes optimales d’irrigation,
- lutte contre les insectes qui transportent la maladie,
- traitement chimique des plantes pendant la végétation (sulfate de cuivre, pulvérisation
avec la bouillie bordelaise).

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 Sous-Chapitre 3-2: BACTERIOSE DES CULTURES

I. Maladies bactériennes du blé : maladies des taches noires

du blé
Agent pathogène: Xanthomonas campestris pv. Undulosa Younge

Ce sont des bâtonnets mobiles Gram négatifs avec flagelle sur un bout. Température optimale
25-30°C, à 50°C cette bactérie meurt.

− Apparaît sur les feuilles, les tiges, les épis, les graines,
− Sur les feuilles apparaissent des petites taches qui après grandissent deviennent brunes
ou noires,
− Sur les tiges atteintes sous les nœuds apparaissent des bandes brunes ou noires, la tige
sous l’épi change de couleur (brune).

Symptômes :

− Noircissent des grains sur l’épis surtout la partie supérieure,

− Tout l’épis devient brun (c’est pourquoi souvent on l’appelle bactériose noire du blé),
− Les graines ne se développent pas et souvent portent des bandes jaunes,
− Souvent les graines sont couvertes de tâches noires (peu de graine).
− Les rayons solaires agissent négativement sur cet agent ainsi que la sécheresse.
− Le transport de plante en plante se fait grâce aux gouttes de pluies, insectes et souvent le
vent (grâce aux débris végétaux atteints)
− Le développement de la maladie s’intensifie pendant les années de grandes humidités et
surtout au moment de l’épiaison.

II. Maladie bactérienne du riz : Stries bactériennes

translucides
Agent pathogène: Xanthomonas oryzae

C’est une maladie importante au Mali.

Symptômes :

− apparition de taches en bandes sur les bords des limbes

− lésions longitudinales blanches – jaunes, sur un ou les deux côtés de la feuille.
− les taches peuvent couvrir tout le limbe
- les gouttes visqueuses jaunes – orange s’observent sur les feuilles atteintes
- les feuilles flétrissent.
Méthode de lutte

- variétés résistantes
- repiquage des plantules saines
- apport optimal d’azote
- destruction des résidus de récolte.

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 III. MALADIES BACTERIENNES DU MIL AU SAHEL
Les stries « bactériennes » et le « bactérial blocth » sont les maladies bactériennes fréquentes
aux Sahel.

Au Mali, les bactérioses responsables des stries foliaires chez le mil et le sorgho sont dues à
l’agent pathogène Pseudomonas rubrilineans (yong 1988)

Symptômes : Cette bactériose provoque sur les feuilles des fines stries de couleur rouge ou
brune :

- les stries peuvent atteindre plusieurs centimètres de long

- les stries se coalisent et forment des bandes plus larges
- lorsque les bandes sont nombreuses la croissance des plantes peut en être perturbée.
L’incidence de cette bactériose est encore très limitée dans le Sahel.

Le bactérial blocth (Pseudomonas sp.) peut attaquer aussi le sorgho et le maïs mais son
incidence est négligeable. Elle est peu connue.

IV. BACTERIOSES DES CITRUS

1. Nécrose bactérienne des citrus
Agent pathogène: Pseudomonas citriputeale (stapp)

La maladie attaque la tige, les feuilles et fruits des Ctrus reticulata, Citrus limon, Citrus
chinensis.

Symptômes :

- apparition de taches vert-claires sur l’écorce des rameaux (à la base des rameaux)
- diamètre des taches 1 – 2 mn au début, ces taches se développent et deviennent brunes.
- Les rameaux se dessèchent,
- La chute massive des feuilles se produit sous l’effet des vents.
- La branche devient nue.
- Au niveau des taches s’effectue une sécrétion de gomme (patte visqueuse).
- L’écorce se détache de la drevesine au niveau des taches,
- Sur les fruits atteints on observe des taches,
- Les fruits malades tombent.
L’agent pathogène meurt sous des températures supérieures à 50°C

2. Tumeurs des Citrus :

Agent pathogène : Xanthomonas campestris (bactérie).

Répandue en Afrique, Asie, la maladie attaque les rameaux, les feuilles et les fruits.

Symptômes :

− Apparition de taches sur la face inférieure des feuilles,

− Les taches sont vert-sombres, elles se développent ensuite,
− La chlorophylle se détruit et la feuille devient (jaune),
− Les tissus du centre de la tache se fissurent et deviennent sombres ou blancs,
− L’agent pénètre dans la plante par les blessures.

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Méthode de lutte :

− Variétés résistantes,
− Terrains bien drainés,
− Coupe des rameaux malades et désinfection de la blessure avec une solution de cuivre,
− Pulvérisation avec la bouillie bordelaise,
− Lutte contre les insectes.

V. AUTRES BACTERIOSES DES CULTURES PERENNES

1. Le Greeming des agrumes : (le Huanglungbin)
Cette maladie d’origine bactérienne est transmise par les insectes, comme en Asie et en
Afrique subsaharienne.

Les symptômes ressemblent aux symptômes de carence minérale :

- les chloroses foliaires sectorielles,

- la phénologie perturbée,
- des anomalies du fruit,
- apparition de taches vertes sur fond jaune,
- développement de petites feuilles jaunes pâles en forme de cuillère,
- la marbrûne du limbe,
- la phénologie perturbée se manifeste par la chute des feuilles chlorosées,
- les rameaux peuvent se dessécher,
- les fruits en maturité ne changent pas de coloration,
- les teneurs en jus et en sucre faibles.

2. Les maladies des taches noires du manguier :

Agent pathogène : Xanthomonas mangiferaeindicae, la maladie induit des lésions sur tous
les organes aériens du manguier :

Symptômes :

- petites taches angulaires d’aspect huileux sur les feuilles (dimension 1 – 3 mm),
- les taches prennent une teinte noire et visible sur les deux faces des feuilles,
- les jeunes lésions sont bordées d’un halo chlorotique,
- les vieilles lésions prennent une teinte brune puis gris cendre.

Le parasite n’entraimes pas la mort de l’arbre mais provoque la baisse de rendement grâce à
la défoliation.

Les symptômes sur les fruits apparaissent sous la forme de petites lésions d’aspect huileux.

- Les lésions prennent une teinte noire et un aspect cratériforme (diamètre 8-10),
- Les lésions s’étendent en profondeur dans la chair sur 10mm environ,
- Production d’exsudat gommeux très infectieux qui parasite tout au long de
l’écoulement.
La maladie provoque une chute importante des jeunes fruits.

3. Le Chancre bactérien des agrumes :

Agent pathogène : Xanthomonas axonopolis et Xanthomonas citri

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Cette maladie est répandue au Brésil, Afrique de l’Est et du Sud, Madagascar, Inde et
Australie. Elle présente des symptômes sur les feuilles, tiges, épines et fruits en provoquant :

- des lésions sous la forme de petites taches aqueuses qui évoluent en petits points blancs,
- les lésions sont circulaires ensuite de couleur beige (dimension 1-1,5cm de diamètre),
- un halo chlorotique est généralement visible autour des lésions,
- des défoliations sévères sur les hôtes sensibles.

Méthode de lutte :

Dans le cadre des bactérioses des cultures pérennes,

- Eviter les blessures sur les plantes pendant les opérations d’entretien des vergers et
pépinières,
- Lutter efficacement contre la mineuse des agrumes (phyllocnistes cirtella) et le vent,
- Traitement chimique avec des composés de cuivre qui ont une action antibactérienne et
insecticides : diflubenzuron, malathion etc pour contrôler les attaques de mineuses,
- Irrigation par aspersion favorise le développement du chancre donc il faut un système
d’irrigation localisée au pied des arbres,
- Plantation de brise-vent autour du verger,
- Tailler, brûler les pousses malades,
- Désinfecter des outils lors des opérations de taille.

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 BIBLIOGRAPHIE

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2. Golovine, P.H., Arsenieva, M.V. Haleva, Z.H., Shestiperova, Z.I, 1980,
Phytopathologie. Kolos ; L, 319 p.
3. Perssipkine, V.F., 1989 Phytopathologie agricole. Agroprom ; M, 480 p.
4. Phytopathologie. 2007. Sous la Direction de Philippe Lepoivre. Belgique. Presse
Agronomique de Gembloux, 427 p.
5. Semal, J., 1989. Traité de pathologie végétale-Presse Agronomique de Gembloux,
A.S.B.L 621 p.
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7. Singleton Paul, 2012. Bactériologie pour la médecine, la biologie, et les
biotechnologies, cours, 6ième édition, 542 p.
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10. Oei Peter, 1993. La culture des champignons. Le Point, 320 p.

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 Chapitre 4: VIROLOGIE

Sous-Chapitre 4-1: VIROLOGIE GENERALE

I. Historique et définition :
La virologie est la science qui étudie les virus et les maladies virales (viroses). Le mot virus
signifie poison.

Les virus constituent un groupe spécifique de forme de vie non cellulaire. Ils sont composés
d’un génome spécifique capable de se reproduire dans les cellules de tous les organismes.

Les virus sont des microorganismes encore plus petits que les bactéries. Ils se mesurent en
nanomètre (1 nanomètre = 1/1000 µ).

Ils sont responsables de certaines maladies les plus dévastatrices : la peste bovine, le sida, le
choléra, la variole, la poliomyélite, l’hépatite A et B, la rougeole, la rage, les rhumes, les
mosaïques des plantes.

Les conséquences économiques des dégâts causés par les infections virales dans le secteur
agricole demeurent sous-estimées.

La notion de maladie virale remonte au 19e siècle quand Pasteur, Ivanovski, Toffler et
Frosch montrèrent respectivement pour une maladie pouvant atteindre l’homme (la rage) les
végétaux (la mosaïque du tabac) et les animaux (la fièvre aphteuse).

Dans les années 1886-1892, Adolf MAYER (Hollande) et M.V.Bejerinc le botanicien danois
ont donné le non latin Virus à l’agent d’infestation.

Les virus proviendraient soit de la dégénérescence d’organismes autotrophes devenus

parasites obligatoires, soit des pièces d’information cellulaire qui a un moment donné auraient
échappé aux mécanismes de contrôle et de régulation de la cellule.

A. Mayer a décrit la mosaïque du tabac tout en notant que cette maladie pouvait se transmettre
à des plantes saines par frottement. Il démontra que le fluide contagieux pouvait traverser les
filtres en porcelaine de Chamberland donc pouvait conclure que l’agent pathogène n’était ni
un champignon ni une bactérie.

L’idée de Toxine produite par les bactéries ou de batteries filtrante a été émise par Ivanovski.

M.V Beijerinck en 1892 a montré que l’agent de la mosaïque du tabac était capable de se
multiplier dans les cellules des plantes donc ne pouvait pas être une toxine.

En conclusion de ses recherches, il aboutit à une substance fluide qu’il nomma. Contagion
virum, fluidum. Par la suite l’agent de la mosaïque fut alors qualifié de virus filtrant puisqu’il est
à mesure de se reproduire dans les cellules vivantes.

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En 1935 Y. Stenli le 1ER dans l’histoire a obtenu le virus du tabac en état propre, et prouve
que le virus est composé d’albumine (ARNet ADN).

Il réussit à cristalliser le TMV alors que d’autres (Bawden et Pirie 1936) obtinrent des vrais
cristaux avec le Tomato Bushy Stunt Virus (TBSV) et montrent que ces cristaux étaient des
nuléoprotéines. Gere et Schram ont à leur tour prouver que l’infectiosité du TMV était localisée
dans l’acide ribonucléique (ARN).

II. Rôles des virus

Les viroses provoquent des pertes considérables liées à l’altération de la qualité des produits
et la baisse de rendement.

Ex. - African Cassava mosaîc virus peut entraîner des pertes de 24-75% sur les plantules de
manioc

- Maize streak virus peut anéantir la production si le maïs est attaqué une semaine
après la levée

Les virus sont des parasites qui vivent et se multiplient obligatoirement à l’intérieur des cellules
vivantes de l’homme, des animaux, des insectes, des plantes, des champignons et des
bactéries.

Il existe plus de 200 viroses des insectes. L’utilisation des virus dans la lutte biologique a eu
un succès les 20-40 dernières années. Beaucoup de préparations virales ont vu le jour, les
techniques de production des préparations virales ont été élaborées et les produits mis au
marché. Biotrole VHZ, biotrole VTH, viron H2, virine

En santé humaine et animale les types de virus sont multiples : Adénovirus (conjonctivite
virale), Coccivirus (variole), Picarnavirus (poliomyélite, hépatite A et B), Paramycovirus
(rougeole, oreillon), Caranovirus (rhumes), Rhabdovirus (rage), Retrovirus (sida), Aphtovirus
(fièvre aphteuse), Morbilivirus (peste bovine).

Les virus sont privés de système de synthèse de protéine, de ferments et d’énergie donc
dépourvus de toutes propriétés métaboliques propres.

Ce sont des agents ultrafiltrables, capables de traverser les filtres en porcelaine de

Chamberlin connus pour retenir les bactéries.

III. Forme, Structure et Classification des virus

1. La taille et la forme
La taille et la forme des différents types de phytovirus sont variables. La classification et la
taxonomie des virus sont basées sur les dimensions et la morphologie des virions au
microscope électronique.

Les particules virales présentent des formes isométriques ou globuleuses (25-70 nm), des
formes de bâtonnets rigides ou des formes filamenteuses, d’autres possèdent des
particules bacilliformes.

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Les virus sont des polymères d’unités, appelées nucléotides et associés à une gaine en
protéine (nucléoprotéines). Dans le cas des virus à enveloppe la nucléoprotéine peut être
revêtue d’une gaine de nature lipidique ou glycoprotéine.

Le nucléotide est constitué d’un sucre à 5 atomes de carbone (pentose) d’une base azotée
et d’un groupement phosphate.

La molécule d’acide nucléique est composée de nucléotides attachés les uns aux autres par
des liaisons covalentes ester- phosphates qui relient le 5 phosphate d’un nucléotide au 3’ OH
du nucléotide suivant.

La chaîne polynucléotide est généralement monocaténaire (une chaîne) et peut aussi être
bicatenaire (2 chaînes). Dans le dernier cas, les bases de chaque chaîne sont disposées face
à face et sont reliées entre elles par des liaisons hydrogènes.

2. Structure du virus
- pas de noyau, pas de cytoplasme

- un seul acide, soit ARN soit ADN

Capsomère (enveloppe de protéine et de lipide)

ARN ou ADN
Enzyme (transcriptase)

La découverte quasi-fréquente des nouvelles maladies à virus sur des nouvelles plantes ne
simplifie pas l’étude du phénomène viral. Plusieurs classifications ont été élaborées mais
aucune n’est définitive à l’heure actuelle. Le plus souvent on classe les maladies d’après le
type de symptômes plutôt que les virus.

3. Classification
i. Système LHT :

Depuis 1960 un système de classification dit LHT (Lwoff, Horne, Tournier) basée sur :

a. la nature (type) d’acide nucléique

Le type de l’acide nucléique, son pourcentage dans le virus, le nombre de fibre de l’acide et
son architecture permettent de distinguer les virus à ARN et les virus à ADN.

b .la symétrie de la nucléocapside

On distingue 05 types de morphologies virales :

- Les virus à symétrie hélicoïdale (symétrie par rapport à un point) ces virus se
présentent au microscope électronique sous forme de bâtonnets rigides ou filaments
flexueux.
- Les virus isométriques : la symétrie est isocaéodrique (par rapport à un point).

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 - Virus à symétrie cubique : Cette forme de virus résulte de l’assemblage des
capsomères et est caractérisée par le nombre de capsomères par arrête.
- Bactériophage : où virus à symétrie complexes possédant une tête à symétrie
hélicoïde entourée par une gaine contractile pouvant former une queue par laquelle
passe le matériel génétique pour atteindre la bactérie.
- Les virus à enveloppe : Qui sont de gros virus enveloppés dans un tube lipoprotéine et
à symétrie généralement hélicoïdale.

La nomenclature des virus peut être définie sous la base de la plante hôte, le type de
symptôme (nomenclature symptomatique).

Ex. Tabaco Mosaïque Virus symptôme principal (mosaïque) sur la plante hôte (tabac).

La taxonomie a pour but de distinguer et de nommer les différentes entités virales.

La taxonomie moléculaire des virus ne tient pas compte de la symptomatologie et de la

gamme d’hôte mais est basée sur l’organisation génomique et les homologies de
séquences génomiques pour établir une fiche d’identité de chaque virus particulier.

L’opinion consensuelle actuelle est qu’une taxonomie hiérarchique stricte des virus ne peut
être établie pour deux raisons :

1- les virus ont une origine polyphyletique c’est – à- dire que les divers groupes de virus se
sont formés de façons indépendantes à différents moments.

2- l’évolution des virus dans différentes combinaisons hôtes/vecteurs a entraîné l’acquisition

de modules géniques supplémentaires issus d’autres virus ou provenant de l’hôte.

ii. Système ICTV :

Le Comité International de Taxonomie des virus (ICTV) a préconisé le mode de classification
reposant sur des regroupements basés sur l’organisation du génome dans les particules
virales.

Ce système universel de taxonomie des virus englobe les agents viraux infectant l’homme,
les animaux, les plantes et établit les niveaux hiérarchiques d’ordres, familles, sous-
familles, genres et espèces.

Des niveaux inférieurs de sous-espèces, souches et de variants peuvent être définis sur la
base des propriétés biologiques comme la symptomatologie ou l’interaction avec les gènes
de résistances de l’hôte.

iii. Systeme de la classification de Baltimore :

La classification de Baltimore (2001) retient sept (7) groupes fondamentaux en fonction du

mode de réplication et du type d’acide nucléique contenu dans le virion.

Au sein de ces groupes, les virus sont classés en ordre (suffixe « -ales », en famille
(suffixe « - viridea »), en genres (suffixe « -virus »).
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Ce système de taxonomie des virus englobe les agents viraux infectant l’homme, les
animaux, les plantes et établit des niveaux hiérarchiques d’ordres, familles, sous familles,
genres et espèces.

Des niveaux inférieurs de sous-espèces, souches et variants peuvent être définis sur la base
de propriétés biologiques comme la symptomatologie ou l’interaction avec les gènes de
résistance de l’hôte.

Les différents types de génome viraux sont divisés en sept groupes fondamentaux selon la
classification de Baltimore.

Au sein de ces groupes les virus sont classés en ordres, familles, genres et espèces.

Les ordres –suffixe (-ales), les familles-suffixe (-viridae), les genres-suffixe (-virus)

La distribution des phytovirus en genres et familles est basée sur trois critères :

- la nature (ADN/ARN) et la structure du génome (monocaténaire, bicatenaire),

- le niveau d’homologie des séquences,

- La morphologie des particules virales (nombre de pièces génomiques),

- la masse moléculaire.

Si les gènes viraux forment un seul filament d’ADN ou d’ARN génomique le virus est appelé
virus à génome monopartie, mais si le génome est divisé en plusieurs espèces distinctes,
le virus est un virus à génome fractionné ou multipartite.

Tableau 2 :Système de classification des virus sur la base de l’organisation génomique

et de la stratégie de réplication

Groupe Types d’acide nucléique

Groupe I Virus à génome d’ADN bicatenaire

Groupe II Virus à génome d’ADN monocatenaire

Groupe III Virus à génome d’ARN bicatenaire

Groupe IV Virus à génome d’ARN monocatenaire de type messager (ARN +)

Groupe V Virus à génome d’ARN monocatenaire de type antimessager (ARN -)

Groupe VI Virus à génome monocatenaire se répliquant par transcription inverse

via l’ADN bicatenaire

Virus à génome bicatenaire se répliquant par transcription inverse via

Groupe VII l’ARN monocatenaire

Tableau 3 : Classification des différents groupes de phytovirus

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(Quelques éléments du tableau de classification)

Famille Genre Virus type

Luteoviridae Enamovirus PEMV virus de la mosaïque enation du pois

Polerovirus PLRV- virus de l’enroulement de la pomme de terre

Machlomovirus MCMV-virus de la marbrune chlorotique du maïs

Necrovirus TNV-virus de la nécrose du tabac

Tombusviridae Panicovirus PMV-virus de la mosaïque du panicum

Tombusvirus TBSV-virus du rabougrissement de la tomate

Sobemovirus SBMV-virus de la mosaïque du haricot

Umbravirus CMOV- virus de la marbrune de la carotte

Comaviridae Comovirus CPMV- virus de la mosaïque du niébé

Nepovirus TRSV- virus des taches annulaires du tabac

Bromoviridae Cucumovirus CMV- virus de la mosaïque du concombre

Ilarvirus TSV- virus de la striure du tabac

Closteroviridae Closterovirus BYV- virus de la jaunisse de la betterave

Crinivirus LIYV- virus de la jaunisse infectieuse de la laitue

Ipomovirus SPMMV-virus de la marbrure de la patate douce

Potyviridae Potyvirus PYV-virus Y de la pomme de terre

Tritimovirus WSMV-virus de la mosaïque striée du blé

Bunyaviridae Tospovirus TSWV-virus de la maladie bronzée de la tomate

Cytorhabdovirus LNYV-virus de la jaunisse nécrotique de la laitue

Rhabdoviridae Nucléorhabdovirus PYDV-virus de la jaunisse manisante de la pomme

de terre
Ophiovirus
CPsV-virus de la psorose des citrus
Tenuivirus
RSV-virus de la struire du riz

Reoviridae Fijivirus FDV-virus Fiji de la canne à sucre

Orysavirus RRSV-virus du rabougrissement du riz

Geminiviridae Begomovirus BGMV-virus de la mosaïque dorée du haricot

Mastrevirus MSV-virus de la striure du maïs

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Caulimoviridae Cassava vein CsVMV-virus de la mosaïque des nervures du
mosaice-like manioc
viruses
SbCMV-virus de la marbrune chlorotique du soja
Soybean chlorotic
mottle-like viruses

Badnavirus BSV- Banana streak virus

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En santé
Figurehumaine les virus
5 : Présentation sont multiples
schématique et causent
des familles beaucoup
et genres de maladies
(ou groupes) et les voies de
de phytovirus
transmissions sont diverses.

Adénovirus  conjonctivite virale ; Coccivirus  variole ; Picarnavirus  polymyelite,

hépatite A et B ; Paramycovirus  rougeole, oreillon ; Caranovirus  rhumes ;

Rhabdovirus  rage ; Rétrovirus  SIDA ;

Ex. Aérienne – Pneumopathie, rhumes ; Digestive – Oreillon, cholera ; Sexuelle – HIV,

Virus Zona ; Rougeole ; Sanguine – HIV, Varicelle, Zona, Herpes ;

Transcutanée – Varicelle, Zona, Herpes, HIV ; Transplacentaire – Rougeole, Sida.

IV. CARACTERES GENERAUX ET CONSTITUTION DES

PHYTOVIRUS
Les phytovirus sont des entités infectieuses porteuses d’information génétique, parasites
obligatoires des cellules vivantes dont ils condamnent à former de nouvelles particules
infectieuses.

Le génome viral est constitué de molécules porteuses de l’information génétique. C’est

l’ARN ou l’ADN associé à des protéines de structure (capsomères) dont l’ensemble
forme une enveloppe (capside) qui stabilise la nucléoprotéine virale (virion ou particules
virales). Le virus est la particule virale mature infectieuse. C’est la forme de
dissémination du virus. Chez certains phytovirus, la capside renferme des molécules
d’une enzyme ARN polymérase viral capable de transcrire l’acide ribonucléique viral.
Chez d’autres la capside est entourée d’une enveloppe lipidique appelée Peplos.

L’ensemble (capside + génome) constitue une unité fonctionnelle appelée

Nucléocapside.

L’enveloppe proviendrait d’un système membranaire de la cellule hôte par

bourgeonnement.

Trois origines de l’enveloppe sont possibles : la membrane nucléaire, la membrane

intracytoplasmique comme le reticulum endoplasmique ou l’appareil de Golgi ; la
membrane cytoplasmique.

L’enveloppe virale porte des protéines ou glycoprotéines appelées Péplomères ou

spicules

Enveloppe
Capside

31
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 Génome Spicule

Virus nu Virus enveloppé

Caractères généraux : Les virus se caractérisent par :

▪ l’absence de structure cellulaire
▪ la composition chimique simple (albumine + seulement ARN ou seulement ADN)
▪ le conservatisme héréditaire (solidement conserve son aspect dans la nature)
▪ l’autoreproduction, une reproduction qui se fait uniquement dans les cellules
vivantes des plantes.
▪ l’ARN du virus peut provoquer l’infection, et le rôle de la protéine se résume à la
protection de l’ARN.

Dans certaines conditions du milieu naturel, certains virus phytopathogènes se cristallisent

pour former une structure corpusculaire (composée de particules microscopiques).

Les virus pathogènes possèdent les propriétés d’organismes vivants. La reproduction virale
très souvent s’accompagne de mutation, aboutissant à l’apparition chez le virus de nouveaux
signes caractéristiques différents de ceux des parents.

La capacité du virus de former de nouvelles formes de virus rend très difficile la lutte contre
les maladies virales.

Les virus se conservent généralement dans les tissus et les cellules des plantes.

IL y a des formes résistantes qui peuvent vivre dans les produits de récolte pendant des
mois voir même l’année.

EX. le virus de la mosaïque du tabac peut se maintenir dans les feuilles sèches pendant 50
ans.

On parle d’infection systémique quand un virus est capable de se mouvoir du site d’infection
primaire pour atteindre d’autres régions de la plante après une étape d’amplification du
génome.

Les virus se déplacent d’abord de cellule à cellule à travers les plasmodesmes et ensuite à
longue distance via le phloème. Le mouvement de cellule à cellule implique la participation
d’une ou plusieurs protéines spécialisées (protéines de mouvement).

La liaison coopérative de la protéine de mouvement et de l’ARN/ADN entraîne le

déroulement de l’ARN en un filament très fin qui passe par le plasmodesme. Ce mouvement
peut être particulier selon les types de virus.
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Le mouvement à longue distance résulte du passage de l’entité infectieuse dans le phloème
via le parenchyme phloèmique et suivi de la translocation passive.

Les mouvements du virus dans le phloème est gouverné par les mêmes paramètres qui
régissent le mouvement des photoassimilats selon le schéma « source – puits » où les
feuilles matures photosynthetiquement actives (sources) produisent et fournissent les
photoassimilats tandis que les jeunes feuilles non photosynthétiquement actives agissent en
tant que puits pour ces assimilats.

Mouvement des virus de cellule à cellule

33
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 V. REPRODUCTION :
La reproduction virale s’effectue exclusivement dans les cellules vivantes.

La pénétration ne s’effectue que par des ouvertures artificielles (blessure, lésion) ou des
vecteurs (arthropodes, nématodes, champignons).

La reproduction virale comprend quatre (04) phases : pénétration (inoculation) ;

décapsidation nucléoprotéique ; traduction et réplication ; encapsidation.

1. La pénétration :

Elle débute pat l’adsorption liée à l’interaction électrostatique entre protéines membranaires et
protéines capsidiques. Les virus pénètrent en s’associant aux protoplastes.

Les virus nus pénètrent par pinocytose et son d’abord contenus dans les vacuoles
intracytoplasmiques avant d’atteindre leur site de multiplication.

Les virus enveloppés pénètrent par fusion-lyse. L’enveloppe et la membrane cellulaire

fusionnent et la nucléocapside est introduite directement dans le cytoplasme

Virus enveloppé

Fusion-lyse

Membrane cellulaire

2. La décapsidation :
Une fois dans la cellule de l’hôte l’acide nucléique (ARN) se libère de sa couche protectrice
exprime l’information génétique. Chaque type de virus s’octroi d’un environnement moléculaire
particulier correspondant à « une niche écologique » où il effectue sa reproduction.

3. La réplication et traduction :
L’acide nucléique viral inséré dans le flux de l’information cellulaire communique ses propres
instructions aux mécanismes de synthèse de la cellule. Il y a détournement du métabolisme
cellulaire en faveur du virus et formation de particules virales par duplication de l’acide
nucléique viral et synthèse des protéines de la capside. Le complexe réplicatif est lié à des
structures membranaires appelées viroplasmes.

Quelque soit le virus, la multiplication repose sur deux processus fondamentaux : la

réplication de génome et la transcription des ARN messages viraux qui seront traduits en
protéine virale par les ribosomes cellulaires.
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❖ Cas des virus à ADN
Une première transcription conduit à la synthèse de protéine dite précoce qui intervient dans
la synthèse de l’ADN viral. Cet ADN viral n’est pas incorporé dans la particule virale et c’est
pourquoi il est appelé protéine non structurale.

Après la réplication de l’ADN viral (protéine non structurale), une transcription tardive
s’effectue et aboutit à la synthèse de la protéine structurale capable de s’incorporer dans
l’édifice viral.

❖ Cas des virus à ARN

Le processus diffère selon la nature de l’ARN génomique. Si l’ARN génomique a la structure
d’un ARN messager (ARN+, ARN de polarité positive), il est lu directement par les ribosomes
en protéine virale. Dans le cas contraire il est transcrit en un ARN complémentaire qui jouera
le rôle d’ARN messager.

ARN – transcrit en ARN complémentaire qui sert de messager

Virus à ARN

ARN + lu directement

4. L’assemblage et migration : (en capsidation).

Les nouvelles particules virales migrent vers les cellules voisines et sont entraînées par la
sève vers tous les organes de la plante.

C’est un auto-ensemblage à partir des composants viraux. Les virus enveloppés tirent leur
enveloppe des membranes cellulaires cytoplasmiques ou moléculaires qui sont modifiées par
l’adjonction de spicules sur la face externe et de protéine de matrice sur la face interne.

La libération des virus nus se fait par éclatement des cellules de l’hôte.

La libération des virus enveloppés se fait par bourgeonnement à travers la membrane

cellulaire.

VI. SIGNES DE L’INFECTION VIRALE :

Les symptômes de l’infection virale peuvent être divers mais dépendent de la plante, de la
durée de l’infection, du virus et des conditions climatiques.

Les symptômes sont atypiques (chlorose, nanisme etc.). Ils peuvent être regroupés par leur
effet sur :

- La couleur des organes : (mosaïque, striure, chlorose, jaunissement, marbrure etc.) ;

- La forme des organes : (enroulement foliaire, tumeur, ondulation, frisolée gonflement) ;
- L’anatomie et physiologie des tissus : (hypertrophie, hypotrophie) ;
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 - La durée de vie des tissus : (nécrose) ;
- La croissance générale : (nanisme, rabougrissement, gigantisme) ;
- La fertilité des fleurs : (stérilité partielle ou totale, chute des fleurs et fruits immatures).

VII. TYPES DE VIROSES :

Au début, les maladies virales étaient de 2 types : la mosaïque; la jaunisse (mosaïque
jaune). A partir de 1967, il a été prouvé que beaucoup de maladies de genre jaunisse
(jaunissement des feuilles) ne sont pas dues aux virus mais aux Mycoplasmes
(phytoplasmes) (qui sont des microorganismes saprophytes et parasites ressemblant aux
bactéries. Ils sont privés de membranes cellulaires, mais entourées de membrane simple).

Les mycoplasmes (phytoplasme) se distinguent des virus par le fait qu’ils contiennent à la
fois l’ARN et l’ADN.

Les cellules de mycoplasmes contiennent aussi des ribosomes de type bactérien. Ils se
multiplient par division binaire.

Dans la plante les mycoplasmes s’installent dans les vaisseaux, dans les nervures des
feuilles, les tiges et dans les fleurs déformées.

VIII. SPECIFICITE DES MALADIES VIRALES ET

PHYTOPLASMIQUES :
- basée sur les symptômes de la maladie et la biologie des agents pathogène,
- transport des virus par les insectes,
- nécessité d’une blessure sur la plante pour la pénétration de la maladie (blessure
mécanique pendant les travaux, insectes, nématodes, etc…),
- changement de couleur des organes infectés,
- coloration tapissée (figure mosaïque), liée à la destruction des chloroplastes par endroit,
- mort des feuilles,
- déformation par endroit des organes végétatifs (enroulement des feuilles, feuilles ridées
et plissées),
- les feuilles se froissent (chez la pomme de terre, la tomate),
- modification de l’harmonie entre croissance et développement de la plante (le processus
de croissance dominent sur,le processus de développement entraînant la formation de
beaucoup de rameaux (souvent plus de 40-50 rameaux),
- déformation de la feuille, de la plante et des organes génératifs (fleurs). Les viroses
provoquent la stérilité des plantes.

Ex : La Mosaïque de l’oignon, du tabac, de la pomme de terre, du gombo, des concombres,

et de la tomate.

IX. METHODE DE CONSERVATION DE TRANSPORT ET DE

TRANSMISSION DE L’INFECTION :

Certains virus sont très résistants, se conservent dans les débris végétaux, les graines
(haricots, tomates), les bulbes d’oignon, les tubercules et dans le sol (virus du tabac et la
tomate).

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La conservation d’inoculum se fait principalement par les semences, les plantes hôtes et les
vecteurs.

Les agents de la maladie des feuilles jaunes (mosaïque jaune) sont moins résistants. Ils vivent
seulement dans les parties vivantes des plantes et les éléments de bouturage. L’agent des
viroses se trouve dans la plante, dans le jus donc la phytovirus, les pluies est impossible.

En phytovirologie on distingue la transmission verticale (transmission à la descendance de

la plante infectée) et la transmission horizontale (transmission à d’autres plantes de la même
espèce ou d’autres espèces).

On peut noter Trois (3) modes de transmission des virus

1. Transmission générative/végétative. Elle s’effectue grâce aux

- Transmission par le pollen

- Plants provenant des pieds mères malades
- Bouture, tubercule, bulbe, greffon, ailleton, souches issues des plants malades.
- Les graines infectées constituent le foyer primaire
Elle correspond à la transmission verticale.

2. Transmission mécanique : Elle s’effectue grâce aux :

- Frottements entre les plantes dans les semis denses.

- Action des animaux au cours de leur nutrition
- L’homme pendant les opérations culturales (binage, taille, récolte)
- Greffe de plantes

Cette transmission peut être conduite au laboratoire à partir du jus des feuilles contaminées
qui donne l’inoculum viral. L’inoculum peut être, porté sur les feuilles des plantes saines à
l’aide de doigts ou d’instruments. C’est la transmission horizontale.

L’infectiosité dépend de trois facteurs essentiels :

- la quantité et la qualité de l’inoculum ;

- La stabilité des particules virales ;
- La nature de la plante.

3. Transmission vectorielle : Elle s’effectue grâce aux :

- Nématodes par ingestion et éjection
- Champignons de l’ordre des Chytridiales et Plasmodiophorales par les zoospores mobiles
dans l’eau. Les zoospores peuvent ne pas être infectées mais servent de vecteurs.
- Insectes et acariens : 99 % des agents vecteurs aériens sont des insectes et
majoritairement des Homoptères (pucerons), des cochenilles, des cicadelles, des
aleurodes, la punaise et 1% des acariens. Selon leur capacité de transmettre l’Inoculum,
les vecteur aériens se catégorisent en :
• Vecteur non persistant (Stylet borne virus à particules virales accolées au stylet) ;
• Vecteurs semi persistants ;
• Vecteurs semi persistants circulants (circulatoire viruses)
• Vecteurs persistants circulants avec multiplication (circulative propagative viruses).

Epidémiologie de la transmission des phytovirus

Les paramètres épidémiologiques de l’extension de maladies transmises par vecteurs

dépendants de l’agent vecteur, de la plante hôte, du virus et de l’environnement.
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La connaissance précise de ces paramètres peut permettre la mise sur pied de systèmes
prévisionnels de lutte efficace.

X. METHODES DE LUTTE
1. Prévention
❖ Mesures agrotechniques
- Elimination des sources d’infections et des vecteurs
- Nettoyage des outils de travail et des mains avec une solution de 3-10 % de phosphate
trisonique ;
- Variétés résistantes ou tolérantes aux virus et aux vecteurs ;
- Semences propres (sélection sanitaire aux champs des semences) ;
- Respect des normes et dates des semis ;
- Rotation des cultures ;
- Destruction des mauvaises herbes, des plantes malades, des débris de végétaux qui sont
des réservoirs ;
- Conditions optimales de croissance et de développement.
❖ Prémunition par vaccination :
Inoculer une souche virale produisant des symptômes atténués pour protéger les plantes
contre l’infection par les souches sévères du même virus.

Les virus qui font l’objet de prémunition et en commerce sont le virus de la Tristeza des
agrumes, Le virus de la mosaïque du tabac.

❖ La biotechnologie : offre des solutions de prévention qui sont :

• Introduction d’ARN qui supprime les symptômes satellites
• Production d’ARN complémentaire qui freine la traduction de l’information virale.
• La culture méristematique.

2. Traitement
La thermothérapie :

On expose le végétal à une forte température qui est capable de détruire les virus à l’image
de la fièvre chez les humains (par bains chauds, ou en serre chauffée).

La cryothérapie.

Technique in vitro de stockage du matériel biologique à très basse température (azote liquide
à -196°c). C’est une technique d’assainissement des virus chez les plantes à multiplication
végétative.

La chimiothérapie :

Utilisation des produits chimiques pour guérir les viroses . La chimiothérapie est confrontée au
problème de toxicité des plantes traitées. L’application est de nos jours difficiles mais on peut
retenir la désinfection chimique des semences ; l’utilisation d’antibiotique et autres produits.

Tableau 4 CARACTERES DIFFERENCIELS DES BACTERIES ET DES VIRUS

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 BACTERIES VIRUS
Deux types d’acides nucléiques ADN et Un seul type d’acide nucléique ADN ou
ARN ARN

Croissance et division par scissiparité Absence de croissance et division

Système enzymatique de biosynthèse Absence d’enzyme nécessaire à la

biosynthèse essentielle et à l’obtention
d’énergie

Reproduction par division à partir de la Reproduction par réplication à partir du seul

totalité des constituants matériel génétique

Structure cellulaire Structure non cellulaire

Vivent en surface et à l’intérieur des Vivent obligatoirement à l’intérieur des

organismes cellules vivantes

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 Sous-Chapitre 4-2: VIROSES DES CULTURES

1. LA STRIURE OU STREAK DU MAÏS :

La striure est la maladie virale du maïs (unique hôte). Les dégâts atteignent 50 % si les plantes
sont contaminées trois semaines après la levée.

Agent : Maize streak virus.

Elle est transmise par des cicadelles (Cicadulina sp) de manière persistante et est la maladie
la plus importante du maïs.

Symptômes :

formation sur les feuilles de longues stries chlorotiques discontinues qui réduisent la surface
photosynthétique, perturbent le développement de la plante.

Les pertes sont fonction des périodes d’infection :

une semaine après la levée – la production de maïs est anéantie,

trois semaines après la levée- la production baisse de 50%,

au déla de 8 semaines- les attaques n’ont pas d’effet.

Méthode de lutte :

Résistance variétale au virus et au vecteur,

Eviter les semis tardifs,

Lutte contre les vecteurs.

2. VIROSE DU MIL :
Freckled Yellow Disease (maladie jaune)- Attaque le mil, le sorgho et le maïs.

Symptômes

- au début, petites tâches de couleur jaune crème disposées en ligne entre les nervures,

- plus tard ces tâches se lient et forment des bandes jaunes,

- formation de grains de rousseur sur les bouts des feuilles,

- avortement des fleurs,

- pas d’épiaison très généralement.

Les pertes sont limitées sur le mil.

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 3. LA MOSAÏQUE DE LA CANNE A SUCRE (Saccharum virus)

- attaque aussi le mil,

- symptômes de mosaïque sur les feuilles supérieurs, marbrûne irrégulière (vert-sombre

alterné au vert claire),

- stries longitudinales blanches ou jaunes,

- souvent pas d’épiaison ou pas de formation de graines.

- dans les cas graves, la plante est rabougrie, la maladie cause des dégâts peu importants.

Méthode de lutte:

- résistance variétale au virus et au vecteur,

- contrôle des insectes vecteurs de la maladie.

4. LA MOSAÏQUE DU TABAC
Agent pathogène

a.: Nicotiana virus-1 (Smith)

le tabac est attaqué pendant toutes les phases de végétation au point de blessure mécanique.

Le virus reste dans le liquide de la plante, détruit les chloroplastes,

Il peut résister dans les feuilles sèches et dans les débris de tabac,

Formation de taches vert claires de formes variables,

Les taches apparaissent sur les feuilles supérieures qui se fissurent quand elles se
dessèchent.

b. Nicotiana virus12. Agent de la mosaïque des taches rondes du tabac.

- commence par les feuilles inférieures,

- taches rondes qui aboutissent à des nécroses,

- couleur jaune dorée des feuilles surtout au bout des feuilles,

- Les étamines ne se développent pas, elles deviennent stériles.

Méthode de lutte

- variétés résistantes,

- semences améliorées,

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 - désinfection des semences (avec formaline),

- désinfection des pépinières,

- rotation des cultures,

- labour et hersage,

- coupe des feuilles inférieures.

La transmission peut se faire pendant la coupe des feuilles.

5. LA MOSAIQUE DE LA POMME DE TERRE

Il y a plusieurs types de mosaïque chez la pomme de terre.

a. Salanium virus 1 : Agent de la mosaïque ordinaire.

Symptômes :

Le virus attaque les feuilles à partir des extrémités supérieures qui prennent des colorations
vert-claires,

les feuilles se déforment et les extrémités se dessèchent.

La baisse du rendement peut atteindre 20 – 25 %.

Les virus X et S se transmettent quant il y a contact entre les tiges malades et saines
(transmission par voie de contact et par le sol)

b. Salanium virus 2 –S- Y

Symptômes :

déformation des tissus entre les nervures,

surface des feuilles plissées (petit pli, rigueur),

les bordures des feuilles se courbent vers le bas,

arrêt de la croissance et du développement,

La baisse du rendement peut atteindre les 30 – 70 %.

c. Salanium virus 14 – S - L

Symptômes:

les feuilles supérieures s’enroulent,

enroulement des feuilles inférieures vers le haut,

apparition de chlorose des feuilles,

les feuilles souvent prennent la couleur violette,

retard dans la croissance et le développement.

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Les pertes de rendement peuvent atteindre 30 – 70 %.

Salanium virus 14 fait une période d’incubation de 16 – 24 heures dans l’agent vecteur et peut
demeurer dans l’insecte pendant 3 semaines.

Salanium virus 14 se conserve dans les tubercules, les mauvaises herbes et est répandu par
les insectes piqueurs.

Méthode de lutte :

variété résistante au virus et au vecteur,

sélection par clonage,

production de semences contrôlées,

lutte contre les insectes (puceron) et les mauvaises herbes,

rotation des cultures.

6. VIROSES DE LA TOMATE :
Enroulement des feuilles de la Tomate

Agent pathogène: Tomato yellow leaf curl (TYLC)

TYLC est fréquent dans la zone sahélienne. Les pertes peuvent atteindre 15% en cas
d’attaque avant la floraison.

L’Agent vecteur est Bemissia tabaci par voie persistante

Symptômes :

Chlorose internervaire sur les jeunes feuilles

Les feuilles apparaissent petites et s’enroulent souvent

Un rabougrissement peut s’en suivre

Méthode de lutte :

Variétés résistantes au virus et aux vecteurs

Lutte contre les vecteurs

Elimination des pieds malades.

7. LA MOSAIQUE DU BLE

Agent pathogène : Triticum virus – 8 (2 ach).

Plantes attaquées : Principalement le blé, mais aussi le maïs, le sorgho, le riz et le petit mil.
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Symptômes

coloration mosaïque des feuilles (alternance de couleur verte et jaune),

sur les feuilles, des petites taches (bandes) jaunes,

les taches et bandes se rejoignent donnant de grandes bandes,

stérilité totale ou en partie de l’épis,

sur la feuille on peut observer des parties sèches,

dessèchement des tiges et fruits dans les cas graves,

formation de nécrose le long des nervures,

les plantes se rabougrissent,

déformation des feuilles et souvent prolifération des fleurs stériles.

8. LA MALADIE DES FEUILLES JAUNES DU RIZ : (Panachure

jaune du riz)

La maladie est causée par le virus RYMV (Rice Yellow Mottle Virus).

Les plantes attaquées par cette virose présentent les symptômes suivants :

Une mosaïque vert claire sur les jeunes feuilles,

Les feuilles jaune claires apparaissent ensuite,

Un rabougrissement avec réduction de tallage,

Le dessèchement total de la plante,

Les rizières atteintes présentent un aspect jaune orange.

épis déformés à la maturité,

sortie partielle des épis avec des graines vides.

Trois à quatre semaines après repiquage, les signes apparaissent chez la plante attaquée.

Cette maladie est transmise par les insectes Sessibia pusila (Coléoptère) par un mode
persistant. Elle peut anéantir toute une récolte.

Méthode de lutte :

utilisation de variétés résistantes au virus et au vecteur,

destruction des résidus de récolte,

lutte contre les insectes vecteurs.

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 9. VIROSES DU NIEBE :

Mosaïque dorée du Niébé :

Agent pathogène : Cowpea golden mosaic virus (CGMV)

Le CGMV n’est signalé que sur le Niébé en zone Soudano - sahélienne. Il provoque des dégâts
variables. Il est transmis par une mouche blanche Bemissia tabaci de manière persistante.

Symptômes :

-Formation de taches jaune vives qui se joignent pour donner une coloration dorée à
toutes les feuilles attaquées.

Méthodes de lutte :

Variétés résistantes au virus et aux vecteurs

Lutte contre les vecteurs.

Mosaïque jaune du Niébé :

Agent pathogène: Cowpea yellow mosaic virus (CYMV)

Cette maladie est fréquente en zone sahélienne ou les pertes peuvent atteindre 60%. Elle peut
attaquer aussi l’arachide. Elle est transmise par Cotheca métabilis (Coléoptère) dé manière
semi persistante

Symptômes :

Mosaïque jaune vif à vert claire très marquée sur les jeunes feuilles. Le jaunissement peut
toucher les nervures.

Le limbe foliaire est déformé, les plantes restent chétives.

Méthodes de lutte :

Variétés résistantes au virus et aux vecteurs

Lutte contre les vecteurs.

10. VIROSE DU MANIOC : Mosaïque africaine du manioc

Agent pathogène : African cassava mosaic virus (ACMV)

Ce virus est fréquent en Afrique. Les pertes de rendement peuvent atteindre 50 - 95 %

L’agent vecteur est Bémissia tabaci (mouche blanche) selon le mode persistant.

La maladie peut se transmettre par greffage et bouturage.

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Symptômes :

mosaïque bénigne au départ

mosaïque couvrant parfois 100% du limbe

Raccourcissement des entre nœuds et rabougrissement

Méthode de lutte :

Lutte contre les vecteurs

Utilisation de boutures saines

Culture meristématique doublée de thermothérapie

11. VIROSES DE L’ARACHIDE : Rosette de l’arachide

Agent pathogène : Groudnut Rosette Virus (GRV)

On distingue deux souches : le Groundnut Chlorotic Rosette Virus (GCRV) communément

appelé rosette verte.

L’agent vecteur est A. gossypii par voie persistante

Symptômes :

Mosaïque ou chlorose des feuilles

Nanisme lié à des courts nœuds

Rabougrissement des plants

Coloration vert foncée et nécroses sur les feuilles=

Méthodes de lutte

Variétés résistantes aux virus et vecteurs

Lutte contre les vecteurs.

LES VIROSES DES CULTURES PERENNES

1. LE DEPERISSEMENT FOLIAIRE DU COCOTIER : (cocomut foliar decay)

apparition de taches diffuses jaune-orangées et ou des taches nécrotiques marronnes selon

les plantes sur les folioles,

le jaunissement se généralise, les feuilles se dessèchent puis tombent,

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la pourriture du pétiole des feuilles moyennes se propage sur les inflorescences, ces derniers
brunissent et se nécrosent,

le cocotier cesse de produire durant la maladie.

La production reprend plusieurs années après la guérison.

2. La Tristeza des agrumes : Citrus Tristeza Virus.

Elle est très destructrice dans le monde (plus de 25 millions d’arbres en Amérique du Sud) :

- dépérissement rapide et généralisé,

- apparition de nécrose sur les tissus du phloème,
- perturbation de l’activité du cambium,
- invagination de l’écorce dans le tronc.

3. Le Swollen shoot du cacaoyer :

Maladie virale connue au Ghana :

- apparition de symptôme de mosaïque sur les feuilles,

- gonflements sur les tiges,
- gonflements à l’extrémité des rameaux formant une masse,
- le méristème terminal cesse de fonctionner,
- le Swollen shoot entraîne des perturbations dans la formation des graines,
- provoque un dessèchement et souvent la mort de l’arbre.
La maladie est décrite sous forme grave en Afrique (Sierra Leone, RCI, Nigeria, Togo, Ghana).

4. Les maladies à viroïdes :

Les maladies à viroïdes connues sur les plantes pérennes sont le Cadang-Cadang du
cocotier, l’exocortis et la cachexie des agrumes.

a. Le cadang-cadang du cocotier :
Cette maladie conduit doucement à la mort de l’arbre. Gadang-gadang en langue philippine
veut dire mourant, très répandue au Philippine (30 000 000 de cocotiers détruits).

Les cocotiers atteints se caractérisent par :

- un nombre réduit de feuilles,

- une coloration jaune bronzée du feuillage due à une multitude de petites tâches jaunes
circulaires d’aspect huileux,
- production réduite de noix,
- nécrose des inflorescences,
- aspect chlorotique de la couronne,
- au dernier stade la production de noix cesse,
- la mort peut intervenir dix ans après les premiers symptômes.
On la considère comme la maladie des vieux cocotiers.

b. L’exocortis et la cachexie des agrumes :

Les agents de ces deux maladies sont transmis par greffage et de façon mécanique par le
transport de la sève sur les outils de travail.

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Aucune transmission par insecte n’est connue.

L’exocortis se manifeste par :

- un écaillement et un craquèlement du porte-greffe apparaissent 4 années après greffage

du matériel infecté,
- développement d’un nanisme plus ou moins important et réduction de la production.

La cachexie attaque essentiellement les mandariniers, les tangelos et les tangors :

- dépression dans le bois au dessus de la ligne de greffage,

- apparition des pointes sur la partie intérieure de l’écorce qui s’enfoncent dans le bois,
- des sécrétions de gomme sont visibles sur l’écorce,
- arbres peu développés, chlorotiques suivis de dépérissement.

Il faut des greffons indemnes des viroïdes.

c. Psorosis des Citrus : (Viroses)

Elle est provoquée par différentes colonies de virus.

Psorosis A sur les jeunes feuilles sous la forme de taches blanches ou jaunes entre les
nervures.

Psorosis B sur les vieilles feuilles, les taches rondes s’observent avec formation de boutons.
Il y a 4 autres formes de psorosis.

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ANNEXES
Annexes 1 : caractéristique et symptômes typiques des bactéries

Caractéristiques Nutrition Reproduction Types de Bactérie

morphologiques
*Organismes -Hétérotrophes -Reproduction 1-B. Gram (-)
procaryotes, ->osmose(diffusion et par division *Acidovorax,
unicellulaires absorption) cellulaire *Agrobacterium,
*cellule avec ->dégradation (scission binaire *Erwinia,
noyau haploïde , (enzymatique & toxine): ou scissiparité) *Pseudomonas,
membrane -Saprophytes(lignivores), ou fusion *Ralstonia,
cellulaire -Parasite (biotrophe, binaire *Serratia,
précédée par nécrotrophe *Xanthomonas
une paroi -symbiotique *Rhizomononas
* mobile -Autotrophe 2-B. Gram (+)
(présence de *Clavibacter
flagelle) *Corynebacterium
*Streptomyces

Symptômes Cibles /Partie du végétal

1 Ooze, exsudation tiges, feuilles
2 Taches angulaires (Halo jaunes) Feuilles, fleurs et fruits
Pourritures [ (i) molles/puanteurs; (ii)
3 Tiges, racines , fruits
vasculaires)
Flux bactérien (Microscope ou dans un
4 Tige, rameau/pétiole
contenant/récipient)
Dessèchement (Flétrissement/eau,
5 Feuilles
brûlure/ dessèchement prononcé)
6 Balai de sorcière Feuilles, rameaux, branches
7 Galles/excroissance morphologique Tiges (galle de la couronne)
En bleu symptômes causés par les bactéries et mais aussi par d’autres agents pathogènes

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Annexes 2: Caractéristique et symptômes typiques des virus

Caractéristiques
Nutrition Reproduction Types de Virus
générales
*Particule à base Parasitisme -Pas possible de se 1-Virus à ADN
de nucléotides obligatoire/vivant reproduire eux *Geminivirus
(acide nucléique) même *Caulimovirus
*vivant que -Uniquement dans *Badnavirus
lorsqu’introduit la cellule de leur 2-Virus à ARN
dans un vivant cible/hote vivant *Phytoreovirus
(parasite qui est dit parasité *Cytorhabdovirus
obligataire) *Cucumovirus
*immobile
(Transport via des
vecteurs
*1000 types de
virus /plantes

Symptômes Cibles /Partie du végétal

1 Chlorose (jaunisse-jaunissement) Feuilles
2 Retard de croissance ou nanisme Plante entière
3 Mosaïques Feuilles, fruits
4 Marbrure Feuille
5 Panachure (Pause en floraison) Feuille
6 Courbure des feuilles Feuilles
7 Déformation des fruits Fruits
En rouge, le symptôme typique (sans aucun doute causé par les virus)

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BIBLIOGRAPHIE

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2. Golovine, P.H., Arsenieva, M.V. Haleva, Z.H., Shestiperova, Z.I, 1980,
Phytopathologie. Kolos ; L, 319 p.
3. Perssipkine, V.F., 1989 Phytopathologie agricole. Agropom ; M, 480p.
4. Phytopathologie. 2007. Sous la Direction de Philippe Lepoivre. Belgique. Presse
Agronomique de Gembloux, 427 p.
5. Semal, J., 1989-Traité de pathologie végétale-Presse Agronomique de Gembloux,
A.S.B.L 621 p.
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9. Oei Peter, 1993. La culture des champignons. Le Point, 320 p.

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