Informatique médicale
Imagerie médicale
Dr. Mirela Frandes
[email protected]
http://moodle.umft.ro/
INTRODUCTION AUX TECHNIQUES
D’IMAGERIE
LES ÉTAPES DU TRAITEMENT NUMÉRIQUE
D’UNE IMAGE
• 3 étapes fondamentales :
▫ Acquisition : scène physique - représentation numérique.
▫ Traitement : Extraction de l’information pertinente par segmentation
- description structurelle de l’image.
▫ Interprétation : description structurelle - description sémantique.
• Il est composé d’une partie matérielle (hardware) et logicielle (software)
• Matérielle
▫ système d’acquisition (images multimodales 3D+t) ;
▫ système de traitement (ordinateur) ;
▫ système de stockage, archivage ;
▫ systèmes de visualisation et restitution.
• Logicielle
▫ Acquisition
▫ Traitement
▫ Archivage
IMAGE NUMÉRIQUE
•Pour pouvoir être traitée sur un calculateur
(ordinateur), une image doit être discrétisée (en
espace et en amplitude)
•La discrétisation des coordonnées spatiales (x,y)
est appelée échantillonnage spatial de l’image.
• La discrétisation de l’amplitude f est appelée la
quantification en niveau de gris.
NUMERISATION
• Échantillonnage: consiste à passer d'un signal continu en
une suite discrète de valeurs (valeurs mesurées à
intervalles réguliers)
• Quantification: faire correspondre une valeur discrète
à la valeur mesuré de l’échantillon par rapport aux
niveaux de quantification (niveaux de gris ou couleur)
• Codage binaire: 1 / 0 , vrai / faux, présent / absent….
pour coder et stocker dans la mémoire de l’ordinateur
la valeur et les coordonnées de chaque point
ECHANTILLONNAGE SPATIAL
(DISCRÉTISATION DE L’ESPACE)
QUANTIFICATION
• Soit une image représentée par un tableau de NxN,
est codé sur R niveaux de gris, 64, 256 ou pour des
nécessités de calcul sur 24 bits, généralement R et N
sont de puissance de de 2
• R = 2r
•b = N x N.r le nombre de bits nécessaire à son
stockage.
INTRODUCTION AUX TECHNIQUES
D’IMAGERIE
•Un système de traitement d’images permet d’acquérir,
de lire, de visualiser, de modifier et stocker les images.
•Il est composé d’une partie matérielle (hardware) et
logicielle (software)
• Matérielle
▫ système d’acquisition (images multimodales 3D+t) ;
▫ système de traitement (ordinateur) ;
▫ système de stockage, archivage ;
▫ systèmes de visualisation et restitution.
• Logicielle
▫ acquisition ;
▫ traitement ;
▫ archivage.
L'INFORMATIQUE ET LE TRAITEMENT
DES IMAGES
L'informatique intervient:
• Directement dans la génération de certains types d'images
qui ne peuvent être obtenues autrement
• Dans le traitement de tous types d'images pour
▫ Améliorer la qualité de l'image : luminosité, contraste,
filtrage.
▫ Déterminer des paramètres quantitatifs d'intérêt clinique :
taille d'une tumeur, densité osseuse.
▫ Proposer des interprétations : reconnaissance de forme,
calcul de doses de radiothérapie, calcul de trajets.
▫ Etablir des boucles de rétrocontrôle : gestes chirurgicaux
assistés par ordinateur
TRAITEMENT D’IMAGES
Bas Niveau
•Acquisition, numérisation
•Transmission, compression
•Rehaussement, restauration,amélioration, filtrage
(prétraitements)
• Segmentation (contours, régions, texture)
• Reconnaissance des formes
• Compréhension de l’image
▫ aide au diagnostic,
▫ commande d’automatismes
Haut niveau
• indexation, fouille d’images
• interprétation d'images utilisant des connaissances de
haut niveau (connaissances expertes)
EXEMPLES DE TRAITEMENT D’IMAGES
FILTRAGE
Buts:
• Atténuer et/ou éliminer le bruit.
• Détecter les traits caractéristiques.
Linéaire vs non-linéaire:
• Linéaires: moyenne, gaussienne.
• Non-linéaires: min, max, médiane.
Filtrage – Convolution (1)
Filtrage – Convolution (2)
Filtre linéaire –Moyenne (1)
Filtre linéaire –Moyenne (2)
• Exemple: Filtre 3 x 3
Filtre linéaire - Gaussienne
FILTRES NON-LINÉAIRES
TRAITEMENT DES IMAGES MÉDICALES
L'image en médecine
•Occupe une place prépondérante et vient juste
après l'interrogatoire et l'examen clinique.
•Provient soit d'une observation directe : lésion
cutanée, lame d'histologie, endoscopie, soit de
système biophysique : radiographie, échographie,
soit enfin d'une reconstruction mathématique e.g.,
scintigraphie, IRM.
• Peut être statique : RP, ou dynamique
coronarographie
Traitement des images médicales
La numérisation primaire (scintigraphie) ou secondaire
(histologie) des images :
• Facilite leur traitement
• Permet un stockage aisée (place, indexation, recherche...)
• Permet la transmission à distance
Les traitement des images
• Nécessite des stations de travail puissantes tant en terme
de capacité de calcul que de mémoire de masse
• Représente tout une branche de l'informatique médicale
rattachée à la biophysique
Dans la pratique
•Les systèmes d'acquisition d'image utilisent
des matrices de puissance de 2
•Le codage de la couleur se fait sur chaque
pixel par un certains nombres de bits pour les 3
couleurs Rouge, Vert, Bleu
• Devant la taille gigantesque que peuvent
atteindre certaines images, des techniques de
compression des images ont été proposées
SOURCES D'ACQUISITION DES IMAGES
MÉDICALES
La radiographie conventionnelle
• Utilise les rayons X. L'image est enregistrée sur un
film radiographique. La digitalisation est faite à
partir du film à l'aide d'un scanner. La digitalisation
peut également être faite directement grâce à
l'utilisation de systèmes spécifiques (plaques au
phosphore en remplacement des films
traditionnels).
L'angiographie numérisée
• Visualise la vascularisation en sous-trayant de
l'image les structures indésirables (os, tissus mous)
Sources d'acquisition des images
médicales
La tomodensitométrie
• Utilise les rayons X. Mais l'image est reconstruite à
partir de l'atténuation des rayons dans différentes
directions et n'est pas une observation directe
L'imagerie par résonance magnétique nucléaire
• Permet de créer une image reconstruite à partir des
émissions radio réalisées par le retour à l'état initial
des atomes soumis à un champs magnétique intense.
• L'image dépend de la nature du tissus et du
métabolisme.
Sources d'acquisition des images
médicales
L'échographie
• Est basée sur l'émission à partir d'une sonde acoustique
d'ultrasons et l'analyse de leurs réflexions.
La scintigraphie
• Est obtenue à partir de l'injection d'un traceur radioactif
dont la gamma caméra permet de capter les émissions.
L'endoscopie, l'examen du fond d’oeil, les images issues de
l'examen au microscope... Peuvent également donner lieu
à numérisation.
CONTEXTE ACTUEL DEL’IMAGERIE
MÉDICALE
• Génération de données 3D (pile images 2D)
• Réduire le stockage et rendre la transmission efficace.
• Mettre en place des PACS.
• Insérer la compression dans le Standard DICOM
• Compression avec perte vs compression sans perte.
• Actuellement compression sans perte
• Coûts de stockage :
▫ Ex : La taille d’une IRM (512x512x128x16 bits) = 64 Mo
▫ Production annuelle d’un service de radiologie estimée à
plusieurs dizaines de Teraoctets !
PRINCIPES DE BASE DU TRAITEMENT
DES IMAGES MÉDICALES
Traitements des images medicales
Traitements
• Augmentation du rapport signal / bruit par des techniques de
filtrage
• Modification du contraste et de la luminosité
• Mise en pseudo-couleurs
• Extraction de contours
• Calculs de paramètres : surface, densité, volume...
• Interprétation automatique
Liaison avec des systèmes à base de connaissances
• La liaison avec des systèmes à base de connaissances peut
intervenir dans toutes les phases du traitement pour améliorer
les performances du système
DICOM - Digital Imaging COmmunication in
Medicine
• Structurer l’information du monde médical
Norme mondiale
• Normalisation des données (images)
• Normalisation des échanges (réseau, média)
Modalité CT (scanner)
• Imagerie à rayons X
• Taille de l’image 512 x 512.
• Obtention de séries d’images
• Reconstruction volumique
( 3D ) à partir des coupes.
Modalité MR (IRM)
• Imagerie à résonance
magnétique
• Taille de l’image 512 x 512 ou
256x256.
• Obtention de séries d’images.
• Reconstruction volumique
(3D) à partir des coupes.
Modalité US (échographie)
• Imagerie Ultrasons
• Images fixes ou dynamiques
• Résolution 768 x 576
• Images en niveaux de gris
(N&B) ou en couleur
• La couleur est utilisée pour le
mode doppler pour identifier
le flux
Modalité NM (médecine nucléaire )
• Imagerie nucléaire
(radioactivité )
• Images de médecine
nucléaire sont soit en niveaux de
gris soit en couleurs (fausses
couleurs)
L’imagerie PET permet
d’obtenir des coupes et
des reconstructions 3D.
• Taille des images 256 x 256 ou
64 x 64
Le format DICOM
