Bactériologie spécifique

Plan
• Cocci à gram positif
• Mycobactéries
• Entérobactéries
• Chlamydia
• Spirochètes
• Cocci à gram négatif
• Bacille à gram négatif
• Pseudomonas
• Helicobacter
• Anaérobies
• Vibrions
• Campylobacter
• Acinetobacter
• Bacille à gram positif
• Mycoplasmes
• Legionella

Fait par : Salma RADKI, Dina Thithrit QSIR et Aya ASSABAR

 Cocci à gram positif (immobiles)
Staphylococcus aureus
La présence ou l’absence d’une coagulase permet de distinguer :
• Les staphylocoque coagulase + : S. aureus pathogène spécifique
Taxonomie • Les staphylocoque coagulase – (SCN) : S. non aureus qui sont des bactéries opportunistes responsables
d’infections nosocomiales
Appartient à la famille des micrococcacae
Réservoir :
• Homme : muqueuses et peau surtout les fosses nasales (rhino-pharynx), (peau du visage et des mains, périnée)
• Environnement : largement répandu : eau, sol et aliments
Transmission :
Epidémiologie
• Directe interhumaine : manuportage
• Indirecte : matériel hospitalier, stéthoscopes
Alimentaire
Lésions suppuratives et nécrotiques : peau et muqueuse (furoncle), os (ostéomyélite), arthrites, tissu
• Septicémies, endocardites
Pathologie • Pneumopathies secondaires ou nosocomiales
• Intoxications alimentaires dues aux entérotoxines
• Syndrome toxique (toxic shock syndrome)
• Coagulases
• Hémolysines
• DNAse
• Fibrinolysine
Facteur de virulence
• Entérotoxines
• Hyaluronidase détruit le TC
• Leucocidine de Panton et Valentine
• Toxine du choc toxique
 Diagnostic Prélèvement : Les prélèvements sont variés et concernent le site de l’infection
bactériologique Examen direct : (observation au microscope)
• Etat frais : bactérie immobile non sporulée.
• Coloration de Gram : Cocci à Gram+ disposés généralement en amas
Culture :
• Facile sur milieu ordinaire
• Milieu de chapman : Nacl+ mannitol (S. aureus est reperé par ses colonies jaunes pigmentées)
• Milieu Baird-Paker : colonies noires entourés d’un halo clair
• Gelose au sang + ANC : les colonies sont entourées d’une zone d’hémolyse
Identification :
• Coloration de Gram à partir des colonies : Cocci Gram +
• Caractères du genre Staphylococcus :
 Catalase : Staph. Formation de bulles d’oxygène = catalase +. (Ce test permet de faire la différence entre
Staphylococcus (+) et Streptococcus (-))
 Oxydase permet de faire la différence entre staphylococcus (oxydase-) et micrococcus (oxydase+)
• Caractères d’espèce Aureus :
 Coagulase : principal test qui caractérise S. aureus=> Aptitude de la bactérie à coaguler le plasma
 Désoxyribonucléase thermostable : Test + = zone claire autour de la strie
Streptococcus et Enterococcus :
Taxonomie Streptococcus :
• Groupés en diplocoques et en chainettes
• Bactéries anaérobies aérotolérantes et catalase –
Les critères de classification
Elle fait appel à 3 caractères :
Hémolyse sur gélose au sang frais (GS) : On distingue
• Streptocoques beta hémolytiques
Hémolyse totale = halo clair autour des colonies
 • Streptocoques alpha-hémolytiques
Hémolyse partielle (verdâtre)
Streptocoques viridans (oraux), pneumocoque
• Streptocoques non hémolytiques
Absence d’hémolyse (ancienne appellation : streptocoques gamma- hémolytiques)
Caractères antigéniques :
• Liés à la présence de l’antigène de groupe pariétal = Polysaccharide C de Lancefield
• Présent chez les Beta hémolytiques
• Permet de distinguer ≈ 20 groupes de Streptocoques notés A, B, C, D, F, G...V
• Les groupes ABCDFG impliqués en pathologie
Caractères biochimiques :

Epidémiologie Réservoir :
Homme et animaux : commensaux des muqueuses :
• Cavités oro-pharyngées (ABCDE non groupables)
• Tube digestif, vagin (Groupes BD entérocoques)
Transmission :
• Directe : salive, per-partum, main
• Indirecte : objet, eau
Vitalité :
 • Faible pour les espèces oro-pharyngées
• Importante pour les espèces intestinales
• Persistance dans les selles
Streptocoque A
• Manifestations locales et régionales
 ORL : angines érythémateuses (enfants), abcès amygdaliens, otites..., complications : RAA (0,15/100.000),
GNA, érythème noueux
 Cutanées et sous-cutanées : érysipèle, impétigo, surinfections de plaies, cellulites gangréneuses,
complications : GNA
• Manifestations générales
 Scarlatine (phage) : fièvre + pharyngite + exanthème + énanthème
 Localisations septiques diverses : pleuropulmonaires, ostéoarticulaires
 Syndrome de choc toxique
• Porteurs asymptomatiques (naso-pharynx, peau...)
Streptocoque B
Pathologie
• Infections néonatales : contamination par voie trans- placentaire ou lors de l'accouchement
• Infections chez les sujets à risque (âgé, diabète) : infections urinaires, septicémies, arthrites, endocardites
Facteur de virulence :
Streptocoque A :
• Capsule (ac. Hyaluronique), immunogène, pouvoir invasif - Protéine M, immunogène, adhérence, pouvoir invasif
• Enzymes et toxines
 Toxines érythrogènes
 Streptolysine O, hémolysine, immunogène -> ASLO
 Streptokinase est une fibrinolysine (dissémination) -> ASK
 Hyaluronidase permet la diffusion dans les tissus -> ASH
 DNAse ou streptodornase dépolymérise l'AND -> ASD
Streptocoque B : Capsule (ac. Sialique), pouvoir invasif
Entérocoques : Adhésines : attachement aux épithéliums et valves cardiaques
Prélèvement : Selon le site de l’infection :
 • Gorge : écouvillonnage amygdales et pharynx
• Peau : ponction ou écouvillonnage de vésicules
• Plaie : écouvillonnage
• Méningite : LCR
• Autres : urine, placenta, Hémocultures ...
Examen direct après coloration de Gram : Cocci à Gram + groupés par paires ou en chainettes
Recherche directe d’Ag ou d’Enzymes à partir du prélèvement : hometests
Culture : gélose enrichissie
• Gélose à 5% de sang défibriné (mouton, cheval)
Diagnostic • Milieu d’enrichissement (Brain Heart infusion = BHI)
bactériologique • Incubation
Identification :
• Aspect des colonies et type d’hémolyse
• Coloration de Gram à partir des colonies
• Recherche de la Catalase (enzyme respiratoire) : négative
• Recherche des caractères biochimiques : galerie d’identification, pour les entérocoques : hydrolyse de l’esculine
• Détermination des groupes de Lancefield :
 Basée sur la présence dans la paroi des Streptocoques d’un polyoside C spécifiques. Il existe 17 groupes
sérologiques : A, B, C, E, F, G, H, K, L, M, O, P, R, S, T, U et V
 Chez le streptocoque du groupe A de Lancefield, la protéine M est le principal antigène de la paroi (60 types
différents)
Diagnostic indirect sérologique (Streptocoque A) :
• Les Ac spécifiques contre les enzymes du strepto A sont recherchés dans les syndromes post streptococciques
(RAA, GNA ...)
• On recherche ainsi : ASLO (antistreptolysine O), ASK (antistreptokinase) et ASD (antistreptodornase)
Streptococcus pneumoniae :
 Pneumocoque
• Famille des streptcocaccae
Taxonomie • Groupe Streptococaccae oralis
• Espèce : Streptococcus pneumoniae
• Diplocoques

Réservoir : Hôte normal de l’arbre respiratoire supérieur de l’Homme (rhino-pharynx)

Epidémiologie Transmission :
• Interhumaine : par voie aérienne, contact direct et étroit
• Souvent retrouvée chez le sujet jeune (enfant)
A l’occasion d’une baisse de l’immunité, anomalies du tractus respiratoire, affections générales, asplenie (splénectomie,
fonctionnelle = drépanocytose), malnutrition ...le pneumocoque va entrainer :
• Des affections loco-régionales : Bronchites, trachéobronchites, sinusites, otites, conjonctivites, pneumonies
franches lobaires aiguës (accompagnées dans 15 pleurésies)
• Des affections à distance : Péricardites, méningites, péritonites, arthrites
Un caractere important des infections pneumocoque est à retenir : la fréquence des réactions fibrineuses génératrices
de cloisonnements aggravant le pronostic
Pathologie Facteur de virulence :
• Pneumolysine qui permet l’envahissement tissulaire et vasculaire
• La capsule polyosidique qui le protège de la phagocytose. Les souches encapsulées sont très virulentes
• Proteine de surface : permet l’adhésion aux cellules cibles
• Acides teichoiques et peptidoglycane : inflammation et choc
• Autre : neuraminidase, hyaluronidase ...

Prélèvement :
• Selon le site de l’infection : crachat, LCR, pus d’oreilles, hémocultures si méningite ou pneumonie
• Germe fragile : prélèvement avant toute antibiothérapie et transport rapide au laboratoire
Examen microscopique :
 • Etat frais : recherche de la capsule par le test à l’encre de chine
• Coloration de Gram : Cocci ovoïdes ou lancéolés en « flamme de bougie » ou appariés par leurs extrémités
pointues - Gram+
Diagnostic rapide par recherche directe des Ag solubles :
• Les Ag capsulaires sont libérés dans :
 Les produits pathologiques : LCR, urine
 Dans les milieux de culture
• Détection par agglutination de particules de latex sensibilisées
Diagnostic • Intérêt dans les infections décapitées (patent ayant déjà reçu une antibiothérapie)
bactériologie Culture : geme exigent, gélose avec polyvitamine
• Gélose à 5% de sang défibriné (disque d’optochine sur un quadrant)
• Gélose chocolat polyvitex
• Incubation
Identification :
• Aspect des colonies : plates et ombiliquées
• Hémolyse Alpha
• Sensibilité à l’optochine
• Coloration de Gram : Cocci à Gram +
• Catalase négative
• Agglutination avec les particules sensibilisées aux Ac capsulaires
• Caractères biochimiques : galerie Api 20 Strept

Mycobactéries
Les bactéries du genre Mycobacterium sont des bacilles « acido-alcoolo-résistants » BAAR
Particulières par : structure et mode évolutif des infections
Le genre comprend :
• Des espèces saprophytes ou commensales : Mycobactéries atypiques
• Des espèces pathogènes responsables essentiellement de maladies respiratoires qui ont traversé l’histoire :
→ Mycobacterium tuberculoses : agent de la tuberculose
→ Mycobacterium leprae : agent de la lèpre
Les espèces :
• Complexe Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch /BK) :
→ Mycobacterium tuberculosis (Espèce prédominante)
→ Mycobacterium tuberculosis bovis ou caprae
→ Mycobacterium tuberculosis africanum
• Mycobacterium leprae
• Mycobactéries atypiques : Mycobactéries non tuberculeuses, plus de 100 espèces
Mycobacterium tuberculose :
• Ordre des Actinomycétales Famille des Mycobacteriaceae
Taxonomie • Genre unique : Mycobacterium
• La définition du genre Mycobacterium repose sur : L’acido-alcoolo-résistance des bacilles et l’analyse des
constituants pariétaux : acides mycoliques
• La détermination du contenu en GC% de l’ADN génomique : 61 à 71% sauf M. leprae (54 à 57%)
Morphologie :
• Mal coloré par le Gram : Gram+
• Immobiles, non sporulés, non capsulés
• Coloré par la méthode de Ziehl-Neelsen : Acido-Alcoolo-Résistance BAAR
Constitution chimique et antigénique :
Lipides :
• M. tuberculosis : lipides 20 à 45 %
• Paroi riche (60 %) en acides mycoliques
 Peu perméable aux substances hydrophiles + AAR
Protéines : support de l’activité tuberculinique
Polysaccharides –> formation AC circulants qui n'ont pas de rôle protecteur, médiocres outils diagnostiques
Tuberculose : immunité est à médiation cellulaire
Résistance aux agents physiques et chimiques :
• Résiste au froid, à la dessiccation, aux acides dilués, antiseptiques et détergents.
• Très sensible à la chaleur, aux UV et rayons X
• Peut survivre longtemps dans des produits contaminés : exportations
 Caractères culturaux :
• Aérobie stricte : localisation pulmonaire
Caractères • Ne pousse pas sur les milieux usuels, nécessite milieux enrichis
• La durée de culture des M.africanum est plus lente que celle des M.Bovis qui aussi est plus lente que celle des M.
bactériologiques
tuberculosis
Immunité :
Deux types de réaction à support cellulaire qui ont pour base expérimentale le phénomène de KOH :
• Etat de sensibilisation vis-à-vis des protéines du BK ou allergie tuberculeuse : hypersensibilité retardée
 Mise en évidence même les extraits bacillaires (tuberculine)
 Apparition signifie que le sujet a fait sa primo-infection
• Etat de forte résistance à l’égard du bacille : Imparfaite, macrophages activés par les cellules T-lymphocytes, rôle
de la souche vaccinale : bacille de Calmette et Guérin (BCG)
Génétique :
• Aucun plasmide n’a été mis en évidence chez M.tuberculosis
• Des séquences d’ADN spécifiques et répétées en plusieurs endroits du chromosome : outil de l’étude
épidémiologique de la tuberculose
• La résistance aux antituberculeux par sélection de mutants résistants
Réservoir, transmission :
M. tuberculosis ou bacille de Koch (BK) :
• Réservoir :
 Pathogène spécifique stricte de l’homme
 Animaux familiers de l'homme peuvent occasionnellement être contaminés : chien, chat, singe...
• Transmission :
 Interhumaine directe par voie aérienne : lésions pulmonaire cavitaires riches en bacille
 Contamination par mains, aliments ou objets souillés : exceptionnelle
 Contamination digestive : possible
M. africanum : Variant de M. tuberculosis en Afrique noire (20- 80% de tuberculose dans ces pays)
• Réservoir: homme
• Contamination interhumaine par voie aérienne
 Mycobacterium bovis :
Caractères • Réservoir animal (zoonose)
épidémiologiques • Tuberculose pulmonaire des bovins, mammite tuberculeuse avec contamination du lait
• Contamination humaine
 Ingestion de lait cru contaminé (non pasteurisé)
 Voie aérienne au contact des animaux : Rare

Physiopathologie :
• M. tuberculosis est émis dans les gouttelettes de PFLÜGGE
• La maladie résulte de la multiplication du bacille et ses interactions avec l’hôte
• Substratum anatomique : granulome et surtout caséification
• M. tuberculosis ne produit pas de toxine
• Si multiplication bacillaire limitée, apparition en 3-6 semaines : petit tubercule, les bacilles meurent
progressivement (primo-infection latente avec l’hypersensibilité tuberculinique et l’immunité de surinfection)
• Si la multiplication est important : envahissement des ganglions : primo infection patente avec deux éventualités :
 Favorable le plus souvent
 Défavorable 10% : tuberculose maladie
Physiophatologie de l’infection :
• La maladie tuberculeuse : Multiplication des bacilles de la primo-infection soit immédiatement ou après un
temps de latence, (réinfection endogène)
• Deux types de localisation : pulmonaires ou extra-pulmonaires (pauvres en bacilles mais invalidantes ou
gravissimes)
• Chez le VIH+, l'infection par le BK : Mène très fréquemment à la tuberculose, souvent généralisée et dans 50 %
localisations multiples, pulmonaires et extra pulmonaires
Diagnostic direct :
Le diagnostic de certitude repose sur : La mise en évidence de M. tuberculosis dans les prélèvements pathologiques
Règles de sécurité
• Respect scrupuleux des procédures de prélèvements, d’analyse et d’interprétation
• Laboratoire de niveau de sécurité 2 -3 :
 Diagnostic  Poste de sécurité microbiologique protégeant opérateur et échantillon
bactériologique  Organisation du laboratoire
• Précautions et mesures de protection : gants, lunettes, masques FFP2, blouses et surblouses
Quels prélèvements réaliser ?
Respiratoires :
• Expectorations : matin à jeun, rinçage de la bouche avec du SS est expectorations des secrétions pulmonaires
dans un flacon stérile à large ouverture
• Tubage gastrique (Patient à jeun, en décubitus)
• Aspiration bronchique, lavage broncho-alvéolaire
→ Les crachats doivent être répétés si possible 3j de suite
Autres prélèvements :
• Urines, Liquides de ponction (LCR)
• Biopsies : ganglions, os....
• Suppuration
Hémocultures : peu d’indications
Prélèvements à éviter ou à limiter
• Selles (sauf chez le patient HIV+)
• Prélèvement sur écouvillon
→ Diagnostic de lèpre (Bacilles de Hansen)
→ Frottis de fosses nasales
Pus recueilli sur seringue (sécurité++)
Transport
• Dans les flacons stériles à fermeture étanche et correctement étiquetés
• Accompagnés des renseignements administratifs et cliniques
• Acheminés le plus rapidement au laboratoire
• Si traitement différé, mettre à +4°C (sauf Sang et Moelle osseuse => 37°C ou 22°C)
Diagnostic immunologique :
Intérêt
• Diagnostic de tuberculose latente
 • Diagnostic de tuberculose extra-pulmonaire
• Enquête au tour d’un cas de tuberculose
Principe commun
• Cellules T-mémoire
• Cytokines inflammatoires : Interféron gamma (IFN-γ)
Tests
• Test in vivo : IDR
• Test in-vitro :
 Réalisé sur sang total
 Dosage de la sécrétion d’interferon-gamma par les lymphocytes stimulés en présence d’Ag spécifiques de M.
tuberculosis cibles majeures de la réponse immune
• Technique :
 ELISA : QuantiFERON-TB Gold (Cellestis)
 ELISpot: T-SPOT.TB test (Oxford Immunotech)
 Sensibilité bonne, spécificité améliorée/BCG
 Réactions croisées avec certaines mycobactéries non tuberculeuses
Sérodiagnostic :
Il n’y a pas actuellement de sérodiagnostic fiable de la tuberculose
NB :
Sensibilité ATB : recherche de gènes et mutations de résistance à :
→ RIF et INH (anti bacillaires de première ligne)
→ Fluoroquinolones et aminosides (anti bacillaires de deuxième ligne)
→ Pénicilline G
Mycobactéries atypiques :
Mycobactéries non tuberculeuses
• Nombreux groupes émergents :
 Meilleure connaissance : apport de la biologie moléculaire
 Terrains immunodéprimés (sida, transplantés)
• Infections nosocomiales
• Infections chroniques
• Presque la même structure que M. tuberculosis conférant le caractère AAR
Taxonomie • >100 espèces reconnues actuellement (hybridation ADN/ADN)
• Classer en fonction des critères de Runyon :
 Croissance lente ou rapide
 Colonies non pigmentées ou pigmentées
• Croissante lente non chromogène : M.avium, M.intracellulaire
• Croissance lente, photochromogène : M.kansasii, M.marinum
• Croissance lente scotochromogène : M.xenopi, M.scrofulaceum
• Croissance rapide non chromogène : M.fortuitum, M.abcessus
Ubiquistes de l’environnement (réservoir hydrique, eau du robinet...)
• Certaines sont parasites des animaux (M.avium, M.marinum...)
Epidémiologie • D‘autres sont saprophytes (M.gordonae, M.chelonae, M.flavescens..)
• Elles sont habituellement isolées en tant que contaminant
Grande résistance aux antiseptiques ex : chlore, stérilisation à froid du matériel médical thermosensible
Peuvent contaminer certaines solutions antiseptiques, les liquides de dialyse, certains réactifs de laboratoire
L’homme peut être colonisé au niveau des muqueuses
• Toutes sont susceptibles de se multiplier chez l'homme et de provoquer des maladies simulant la tuberculose
que l'on appelle mycobactérioses
Pouvoir pathogène • Infections communautaires ou de plus en plus souvent nosocomiales
Formes pulmonaires : Chroniques sur terrain à risque : pneumoconiose, emphysème, dilatation des bronches, BPCO
(M.avium, M.kansasii)
Formes extra pulmonaires
→ Adénites chez l’enfant (M.avium, M.scrofulaceum)
→ Infections cutanées et sous cutanées: M.fortuitum et piercing, M.haemophilum et Sida
→ Infections osseuses et articulaires post traumatiques ou post chirurgicales: Ex: M.Xenopi
Formes générales disséminées chez immunodéprimé : M.avium, M.haemphilum
Diagnostic direct :
• Prélèvement : fonction du site
 Diagnostic • Examen direct: Ziehl Neelsen (BAAR)
bactériologique • Culture en milieu Loewenstein Jensen ou Coletsos, croissance variable en milieu liquide
• Cas particuliers :
→ M.haemophilum: hémine (sang)
→ M.fortuitum: croissance à 25-30 °C, sur milieu enrichi, en < 7 jours.
• Identification :
 Critères biochimiques : long et complexe
 Sondes ADN : M.avium-intra-cellulaire
 Amplification et séquençage de l’ADNr 16S
• Antibiogramme mal standardisé et souvent peu prédictif de l’efficacité clinique
• Détection moléculaire à partir des prélèvements
Mycobacterium leprae :
• Une seule espèce : Mycobacterium leprae
• 216 108 cas de lèpre ont été enregistrés à l’échelle mondiale
• Maladie chronique connue depuis 600 ans avant JC (inde)
• Au Maroc : un total de 801 cas a été notifiés entre 2000 et 2017
• Réservoir : humain
Epidémiologie • Transmission interhumaine : difficile, par les secrétions nasales, oro- pharyngés, ulcères cutanés.
• Maladie exotique : Afrique noire, Antilles, Amérique centrale, latine, inde, extrême orient.
Clinique • Tropisme cutané et muqueux (zones froides)
• 4 formes cliniques en fonction de la réponse immunitaire :
→ Lèpre indéterminée : débutante
→ Lèpre tuberculoïde (T) : bactéries, lésions nerveuses
→ Lèpre lépromateuse (L) : bactéries, lésions nerveuses
→ Lèpre intermédiaire (I) ou borderline
 Diagnostic direct :
Le diagnostic de la lèpre est clinique et le rôle du laboratoire est de mettre en évidence le bacille à l'examen
microscopique
Prélèvement : frottis
→ Muqueuse nasale
→ Suc dermique (lobule de l’oreille)
→ Biopsie cutanée ou rarement nerveuses
Diagnostic Examen direct après coloration de ZN
bactériologique • Mise en évidence des bacilles sur frottis après coloration de Ziehl : BARR groupé en amas sous forme de
globes
• M. leprae est non cultivable
• Isolement chez l’animal : coussinet plantaire
• Amplification génique : Technique de PCR : gène codant pour l’ARNr16S
• Diagnostic non spécifique :
• Test à la lépromine : IDR à la lépromine (test de Mitsuda), permet de définir la forme de la maladie :
→ Positif dans la forme T
→ Négatif dans la forme L
Il n'y a pas de sérodiagnostic fiable de la lèpre
Entérobactéries
• Test de contamination fécale
• Bacilles à Gram négatif
• Caractéristiques biologiques communes
• Localisées dans le TD, plantes et sol
• Pathogènes strictes, opportunistes ou occasionnels
Caractères morphologiques : Bacille gram -
Caractères culturaux : Poussent sur milieu ordinaire
Caractères antigéniques : Présentent 3 types d’antigènes O (paroi), H (flagelle), et K (capsule) -Permettent de
classer en sérotypes les souches de même espèce ou genre
Caractères biochimiques : Communs :
 • Aéro-anaérobies
• Fermentent le glucose
Caractères • Oxydase –
• Nitrate réductase + (réduction du nitrate en nitrite)
bactériologiques
Facteurs de virulence :
• Reconnaissance de l’hôte
• Fixation aux tissus ou aux cellules
• Invasion et destruction tissulaire
• Présence de capsule
• Exotoxines
• Destruction et désorganisation du système immunitaire
Transmission :
• Directe : Manuportée
• Indirecte : Eau, aliments souillés, Cathéter, sondes, Vecteurs (puces « Yersinia »)
• Porteurs sains : (ex : salmonelles mineurs)
Epidémiologie
Réceptivité :
Totale chez les sujets à immunité faible
• Sujets prédisposés : pers âgées, ID, NN (méningites à E.coli)
• Il existe une immunité acquise aux entérobactéries (vaccin à renouveler /3 ans pour salmonelle
Contamination : Ingestion d’aliments ou d’eau contaminés par des éjections de malades ou porteurs sains
Mécanisme :
• Invasion et altération de la muqueuse intestinale
Physiopathologie
• Sécrétion de toxine
Types de pathogènes :
• Pathogènes spécifiques : Responsables des diarrhées cholériformes ou dysentériques
• Pathogènes opportunistes : Dus à un déséquilibre de la flore ou une défaillance du SI
Pathogènes spécifiques : Syndrome dysentérique (diarrhée glairosanglante, douleurs abdominales, fièvres)
Pathogènes opportunistes :
• Infections urinaires
Clinique
 • Infections neurologiques (méningite)
• Infection ostéoarticulaire
• Infections nosocomiales
Diagnostic bactériologique :
• Différents types de prélèvements : Urines, sang, LCR, épanchements, pus…
• Le prélèvement doit être de bonne qualité, ce qui conditionne les conditions de transport et de
conservation sont variables selon le prélèvement ex : yersinia (triple emballage pour la protection du
manipulateur, prélèvement)
Examen microscopique :
Diagnostic • Examen direct entre lame et lamelle : mobilité caractéristique
bactériologique • Coloration : Gram
Ensemencement :
• Choix des milieux de culture
• Types de milieux : Sur gélose ou bouillon ordinaires : CLEP, BCP chocolat, sang (ordinaire / sélectif)
Identification :
• Sérotypage : Le but est de différencier les souches des microorganismes en fonction de leurs
compositions antigéniques
• Caractères biochimiques
• Recherche de toxines
• Identification par biologie moléculaire
Antibiogramme :
Grande résistance naturelle à certaines familles d’ATB hydrophobe

Différentes entérobactéries Escherichia Coli Salmonella Shigella

Taxonomie Le genre d’entérobactérie le plus Salmonella enterica : 6 espèces : • Faible pouvoir
souvent responsable d’infections 1, 2, 3, 3a, 3b, 4, 6 métabolique, toujours
humaines Salmonella bovisori : Rare immobiles.
Genre : Escherichia
 Espèce : Escherichia coli • Génotypiquement très
voisines des Escherichiae
• 4 espèces
Facteurs de pathogénicité • Une capsule
• Des protéines
• Le LPS
• Des systèmes de
captation du fer Des
adhésines
• Des toxines
Habitat – pouvoir Habitat : Hôte normal du tube Habitat : commun de la sous- Habitat : Sont strictement
pathogène digestif espèce enterica (I) sont les humaines
Pouvoir pathogène : E. coli animaux à sang chaud, tandis Elles ne font pas partie de la flore
(germe opportuniste) est que l’habitat commun des sous- intestinale normale
responsable de : espèces II, IIIa, IIIb, IV et VI sont Pouvoir pathogène : Elles sont
• Infections de l’arbre les animaux à sang froid et responsables de la dysenterie
urinaire l’environnement bacillaire
• Infections abdominales Pouvoir pathogène : la gastro-
• Bactériémies entérite, la bactériémie, la fièvre
• Choc endotoxique (fièvre, entérique ou typhoïde et l’état
collapsus, hémorragie) de portage asymptomatique
• Méningites et
bactériémies du nouveau-
né et du nourrisson
• Les pathovars (4) d’E. Coli
peuvent donner des
syndromes diarrhéiques
et des pathos
A partir de prélèvements divers, Diagnostic direct : Prélèvement : coproculture à la
urines, selles, sang, LCR, pus, phase aigüe de la maladie.
 liquide d'ascite, on recherche le Prélèvement : Cas des fièvres Culture :
colibacille par des techniques typhoïdes • Milieu sélectif (SS ou
bactériologiques : La règle : il faut faire Hektoen)
• Examen microscopique : hémoculture + coproculture pour • Incubation pendant 24 h
présence de bacilles à avoir un diagnostic dans 90% des à 37°C
Gram- cas Agglutination à l’aide de sérums
• Culture : milieux Cas des toxi-infections spécifiques
ordinaires ou lactosés alimentaires
Diagnostic bactériologique • Un sérotypage : pour les Culture : Milieu sélectif et milieu
souches- liquide d’enrichissement
entéropathogènes (EPEC) Diagnostic indirect : Le
et pour les sérotypes sérodiagnostic d'une fièvre
O157 (EHEC) typhoïde ou de Félix
• La mise en évidence des • Consiste à rechercher les ac du
entérotoxines n'est pas malade en présence de
facile suspensions antigéniques O et H
de S. Typhi, Para A, B et C
• La recherche de
• Les ac anti O apparaissent les
l'antigène K1
1ers mais disparaissent plus vite,
les ac anti H persistent plus
longtemps. L'analyse des
résultats permet de suspecter
l'agent causal et de fixer la date
de l'infection (cinétique des AC)

Chlamydiae :
• Bactéries intracellulaires obligatoires regroupant plusieurs espèces, certaines sont pathogènes pour l’Homme
• Responsables d’affections polymorphes
• Méthodes de diagnostic varient fonction de l’espèce
Classification :
Famille : Chlamydiaceae
 Genre :
• Chlamydia : C. trachomatis
Taxonomie  3 biovars : trachoma, lymphogranuloma venereum (LGV) et pneumonia de la souris
 19 sérovars dont 15 pour le biovar trachoma et 4 pour LGV
• Chlamydophila : comprend actuellement 6 espèces: deux rencontrées chez l’Homme: C.pneumoniae,
C.psittaci
Morphologie :
• Gram négatif
Caractères • Possèdent membrane externe, avec LPS mais absence de peptidoglycane
bactériologiques • Se présente sous trois formes antigéniquement distinctes :
→ Les corps réticulés CR : intracellulaire, non infectieux
→ Les corps élementaires CE : Extracellulaire, particules infectieuses
→ Corps aberrant : responsable d’infection chronique, viable mais non cultivable
Structure antigénique : La paroi contient plusieurs structures antigéniques :
→ Antigène de genre
→ Antigène spécifique d’espèces
→ Antigènes spécifiques de type : protéine majeure de la Membrane externe : MOMP
Espèce Trachomatis (sérovars domiants E 50%, F 20%, Pneumoniae Psittaci
D 10%)
Sérovars A, B, Ba, C D, Da, E, F, G, Ga, L1, L2, L2a, Un Nombreux
H, I, Ia, J, K L3
Hôte Homme Homme Homme Homme Oiseaux
Mammifères
Chaîne Homme
Transmission Indirecte Contact sexuel Contact Voie aérienne Contact avec les oiseaux
épidémiologique (mouche, Accouchement sexuel Poussières infectantes
mains, objets)
 Pouvoir Trachome Genitale Infections Pneumonie
pathogène Occulaire (NNé) broncho- Encéphalite
Pulmonaire (NNé) pulmonaires
Réceptivité Immunité humorale et cellulaire n’empêchent Immunité humorale et cellulaire
pas les recontaminations n’empêchent pas les recontaminations
• Cycle de développement : identique pour toutes les espèces
• Intracellulaires obligatoires, comprend plusieurs étapes :
→ Attachement initial du CE à la cellule hôte et entrée par phagocytose
→ Différenciation du CE en CR puis multiplication dans inclusion cytoplasmique
Physiopathologie → Différenciation des CR en CE
→ Sortie des CE par éclatement de la cellule, infectant les cellules voisines
→ Le cycle dure 48 à 72 heures
→ Parfois altération du cycle et persistance du CR : infection chronique
• Ce cycle a pour conséquence :
→ Des prélèvements cellulaires et l’utilisation des cultures cellulaires pour le diagnostic
→ Traitement par des ATB à pénétration cellulaire
Clinique Chlamydia trachomatis :
• Les infections à C.trachomatis sont sérovars-spécifiques
• Le trachome : Sérovars A-C (Kératoconjonctivite) multiple et surinfections
• Les IST : Sérovars D-K (urétrite)
• Lymphogranulomatose vénérienne : sérovars L1-L3
C.psittaci : Ornithose-psittacose
C.pneumoniae : (Incubation plusieurs semaines)
• Infections broncho-pulmonaires
• Maladie coronarienne, asthme
 Diagnostic direct :
Prélèvement
• La qualité du prélèvement doit ramener les cellules qui contiennent le corps bactérien
• IST :
→ Chez la femme : Biopsies (endomètre, trompes) liquide de Douglas et prelevemene urétral, 1er
jet d’urines
→ Chez l’homme : Ne pas avoir uriné dans l’heure précédente
• LGV : Ponction ganglion infecté non fistulisé, si non, prélèvement de pus
• Conjonctivite : grattage de conjonctive inférieure après élimination des exsudats car purulents
• Trachome : grattage de la conjonctive supérieure
• Infections pulmonaires :
Diagnostic → Prélèvement pharyngé́ ou aspiration endotrachéale
bactériologique → Le crachat est possible pour C.psittaci
• Transport spécifique
• Traitement de l’échantillon
Culture cellulaire
• Inoculation des cellules, incubation 2 à 3 jours
• Révélation coloration MGG ou iodo-iodure, mieux IF, ELISA
• Performance de la culture cellulaire fonction de l’espèce :
 C.trachomatis :
Technique de référence : car Spécificité 100%, Sensibilité 80-90%
Typage : intérêt épidémiologique
Inadéquat : urines, sperme, liquide articulaire, péritonéal
 C.pneumoniae : Moins sensible, non utilisé en routine
 C.psittaci : rarement réalisé
Détection des Ag :
C.trachomatis (pours les infections basses) : prélèvement accessible et facile
• Immuno- enzymatique EIA :
→ Tests sur membrane
 → Rapide, faible sensibilité et spécificité
• Immunofluorescence directe :
→ Utilise anticorps monoclonaux spécifiques d’espèce
→ Rapide, sensibilité : 80 à 90%
NB :
• Si Immunofluorescence sur produit pathologique : on va voir comme un ciel étoilé (révélation du CE)
• Si Culture + Immunofluorescence : l’anticorps monoclonal va se fixer sur les CR qui sont intracellulaires
: aspect d’inclusions intracellulaires
Détection du génome :
• Hybridation ADN/ARN : non recommandée
 Seulement C.trachomatis
 Sensibilité́ variable : 60 à 90%
 Bonne spécificité
• Amplification : (type PCR)
Trousses personnalisées pour C.trachomatis
→ Plus sensible que la culture, IF et EIA
→ Peut être réalisée sur l’urine (1er jet)
→ Sensibilité́ 98%, spécificité 99%
PCR “maison” pour C.pneumoniae et C.psittaci
Diagnostic indirect : (place importante pour diagnostic surtout de C.pneumoniae mais aussi des infections
hautes à C.trachomatis)
Techniques :
• Prélèvement : sanguin sur tube sec
• Micro Immunofluorescence (MIF) : technique de référence : car elle va chercher d’une manière
spécifique les IgA, IgG et IgM :
→ Différencie et titre toutes les classes
→ Distingue l’espèce : C.pneumoniae et C.trachomatis
→ Réactions croisées : nombreuses
• Tests immunoenzymatiques : Diagnostic d’espèce : C.pneumoniae et C.trachomatis
 • Western Blot
Interprétation :
• Indications :
→ Deux prélèvements à 15 jours
→ Utilisation des antigènes des trois espèces
• Infections à C.trachomatis :
→ Pas d’intérêt : infections urogénitales basses (faux négatifs et IgM fugaces)
→ Intérêt : infections profondes ou hautes :
 Séroconversion (1er prélèvement : pas d’anticorps, 2ème prélèvement : présence d’Ac) ou
augmentation significative (multiplication X4 des Ac entre les deux prélèvements) : infection
en évolution
 Ig totaux ou IgG≥1/64 : infection passée ou en cours
• Infections à C.pneumoniae : Le diagnostic de certitude repose sur la sérologie
• Infections à C.psittaci : Même chôse que diagnostic de C.pneumoniae avec seuil différent
NB :
• Résistance à plusieurs ATB de la famille des B lactamine
• Pas de vaccin
Spirochètes
Morphologie caractéristique :
• Flexibles à paroi mince
• Forme hélicoïdale ou spiralée
• Se déplacent par ondulations
• Mise en évidence selon trois procédures :
→ Examen à fonds noir
→ Coloration par imprégnation argentique
→ Coloration cytologique, May-Grunewald-Giemsa
Culture : soit impossible (Treponema), soit difficile et longue (Leptospira, Borrelia)
Diagnostic : plus souvent sérologique => Recherche d’Ac (IgM et/ou IgG) +PCR possible +Traitement efficaces à base de : pénicilline G,
amoxicilline, ceftriaxone, tétracyclines ou encore macrolides
Genre Treponema :
Morphologie :
• Bacille très fin spiralé avec des spires régulières serrées à extrémités effilées
• Prenant mal le Gram d'où̀ le nom de T. pallidum
• Observables au microscope à fond noir
• Mobilité en pas de vis, pendulaire
Caractères Culture :
bactériologiques • Non cultivable in vitro, survie quelques heures dans le milieu de Nelson
• Fragile, sensible aux : antiseptiques, chaleur (42°), froid, dessiccation
Structure antigénique : Cardiolipide ou haptène lipidique de Wassermann :
• Commun aux tréponèmes
• Présent dans foie, cœur et tissus humains
• Ac correspondants = Réagines : Ag protéique spécifique de genre tréponème, Ag polyosidique d’enveloppe
spécifique de T. pallidum, Ag du corps tréponémiques spécifique de T. Pallidum
Réservoir : Strictement humain
Transmission : sexuelle, maternofœtale (vers le 4ème mois), transplantation, sanguine
Réceptivité : Totale, immunité acquise ne protège pas
Epidémiologie
Facteurs favorisants : recrudescence
• Migrations, tourisme exotique, homosexualité́...
• Rapports non protégés
Aspects épidémiologiques : Endémiques, groupes à risques
• Pénétration muqueuse ou effraction cutanée
• Multiplication locale et diffusion sanguine et lymphatique
Physiopathologie • Tissus cibles : ganglions, peau, muqueuses, foie, rate...
• Multiplication responsable des différentes phases cliniques
• Réponse immunitaire responsable de la disparition des symptômes
Syphilis vénérienne : évolue en quatre phases successives : grande simulatrice
Syphilis primaire (4-6 semaines) :
• Incubation : 3 semaines : dépend de la taille de l’inoculum et immunité́, silencieuse
 • Chancre d’inoculation :
→ Exulcération unique, indolore à base induré
→ Localisation : génitale, anale, buccale...
→ Très contagieux
• Adénopathie satellite : Unilatérale, multiple, indolore, dure
• Evolution : guérison spontanée sans séquelles en 4 à 6 semaines
Syphilis secondaire :
• Dissémination septicémique
• Début : 2mois à 2ans après contage
• Lésions cutanéo-muqueuses contagieuses
• Manifestations générales :
Clinique → Asthénie, fébricule, céphalées, alopécie diffuse
→ Polyadénopathies
• Évolution : guérison spontanée 1 à 3ans
Syphilis latente ou sérologique :
• Phase de syphilis latente > 10 ans : Sérologie
• Asymptomatique
• Non contagieuse
• Durée : 2 à 20ans
Syphilis tertiaire :
• Début : 2 à 10 ans après début de maladie chez 20 à 30%
• Complications viscérales (mécanisme immunitaire) :
→ Lésions osseuses ou cutanéo-muqueuses : gommes
→ Lésions viscérales non contagieuses
• Cardio-vasculaires : aortite, anévrysme de l'aorte
• Neurologiques : tabès, paralysie générale
Syphilis congénitale :
• Mère présentant une syphilis active
• Passage transplacentaire dès 2ème trimestre
 • 3 tableaux si la grossesse est menée à terme : Syphilis fœtale, Syphilis congénitale précoce et Syphilis congénitale
tardive
Diagnostic direct :
Prélèvement : (avant prise ATB ou application antiseptique)
• Syphilis vénérienne (I et II aire) : raclage/vaccinostyle du centre des lésions (sérosités exempte du sang)
• Syphilis congénitale : Bulles, coryza, sang du cordon, placenta, secrétions, parfois LCR et liquide amniotique
Examen direct : Seul argument si sérologie non contributive : chancre, syphilis congénitale précoce
Examen à l’état frais :
• Immédiatement au MO à fond noir
• Bactérie mobile à spires régulières et réfringentes
• Ne différencie pas les tréponèmes pathogènes
Diagnostic Examen après coloration (peu d’intérêt)
bactériologique Immunofluorescence :
• Utilise un AC antisyphilitiques marqué
• Différencie les tréponèmes pathogènes des tréponèmes saprophytes
• Meilleure sensibilité
PCR dans LCR
NB : culture non réalisable
Diagnostic indirect :
Prélèvement : sang et LCR (deux sérums à 15j d’intervalle)
Deux grands groupes de réactions sérologiques selon l’antigène utilisé :
• Réactions à Ag non tréponémique : test de dépistage
→ Détection des Ac dirigés anti-Ag cardiolipidique
→ Réaction d’agglutination passive VDRL
→ Se positive 8 à 20j après le début du chancre
→ Meilleur critère sérologique de guérison
→ Peu spécifique mais sensible et simple
• Réactions à Ag tréponémique : (TPHA : T.Pallidum hemagglutination assay)
→ Test de dépistage
 → Se positive environ une semaine après l’apparition du chancre
→ Reste le plus souvent positif chez un malade guéri
→ Faux négatif : phénomène de zone
TPPA : T. Pallidum particle agglutination assay
TPHA ou TPPA : même utilité pour diagnostic sérologique de la syphilis
TPPA donne des titres légèrement plus élevés
• Fluorescent Treponema Antibody (TFA) : technique de confirmation
• ELISA
• Test de NELSON : Immobilisation des tréponèmes abandonné
• Test d’immunotransfert (Western blot) : Détection séparée des IgG et IgM. (Détection précoce)
• Recherche des IgM (en cas de suspicion de S. congénitae)
Genre Leptospira :
Morphologie :
• Bactéries spiralées en forme de tire-bouchon
• Différentes des autres spirochètes par la présence de crochets fins
• Trop fins pour être visibles au M. ordinaire
Caractères
• Visible au microscope à fond noir
bactériologiques • Tous les leptospires semblent pareils
Caractères antigéniques :
• Différents antigènes pour : le genre, le groupe et les sérovars qui différencient les leptospires pathogènes
• Résistance dans milieu extérieur : Survie plusieurs mois dans les milieux aqueux à l’ombre et à pH alcalin, la
dessiccation tue rapidement les leptospires
Epidémiologie Réservoir :
• Animaux mammifères (les rongeurs)
• Homme : hôte accidentel
• Milieu extérieur humide : contaminé par les urines des animaux
Transmission :
• Directement par exposition à l’urine d’animaux infectés
• Indirectement : eau souillée par ces mêmes urines
 • Pénétration des leptospires par les muqueuses intactes (oculaires, buccales, nasales…) et la peau lésée
Sujet réceptif :
Immunité est acquise soit par la maladie (par réponse humorale spécifique aux sérovars : protège contre le même sérovar
pour les réinfections), soit par vaccination
Facteurs favorisants :
Chaleur, contacts avec l’eau douce, professions exposées.
Clinique • Incubation 5 à 20 jours
• Début brutal pseudo-grippal
• Leptospirose ictéro-hémorragique
• Formes anictériques
Diagnostic Prélèvement : avant toute antibiothérapie et ne doivent pas être congelés. Leptospira interrogans => groupe de risque 2
bactériologique En fonction de la phase de la maladie :
• Sang pour la culture (jusqu’à 10j après la maladie)
• Urine, LCR (quelques jours après le début de la maladie) + Sang pour la sérologie (après 10j car les Ac apparaissent
au 5-10j après le début de la maladie)
Diagnostic spécifique :
Diagnostic direct :
• Examen direct : Etat frais après concentration : microscope à fond noir (examen diffcile : artefact, faux positifs et
faux négatifs)
• Culture : Isolement de l’AP : examen de référence + centre spécialisé
• PCR / Immunohistologie / inoculation à l’animal
Diagnostic indirect :
• ELISA : Ag du genre (moins spécifique) pour le dépistage
• MAT : Réaction d’agglutination lyse de Martin et Pettit (Gold standard, sensible et spécifique du sérogrp et du
sérovar) pour la confirmation
NB : Toujours interpréter la sérologie en fonction de la clinique et du contexte épidémiologique

Genre Borrelia :
Taxonomie • Famille : Spirochaetaceae
 • Genre : Borrelia
Caractères Morphologie : Hélicoïdale, non colorés au Gram
bactériologiques Culture : dans milieux liquides spécifiques uniquement
Facteurs de pathogénicité : mal connus
Caractères antigéniques :
• Flagelline : Ag immunodominant
• Protéine de surface OspC : facteur de virulence (IgM)
• Protéine immunogène de surface
Mobile culturable
Epidémiologie Réservoir : (vaste) rongeurs, mammifères…
Transmission : par piqures de tiques (B.burgdorferi) ou de poux du corps (B.reccurrentis)
Réceptivité : totale
Facteurs favorisants : régions chaudes, humides et boisées. Contact avec animaux sauvages
Clinique • Maladie de Lyme : assez polymorphe (3 phases)
• Fièvres récurrentes
Diagnostic Prélèvements : biopsie cutané, LCR, liquide synovial et/ou biopsie synoviale, sang total, sérum
bactériologique Examen direct : état frais : microscope à fond noir -IF (directe ou indirecte) : liquides biologiques ou coupes histologiques
Culture : milieu spécifique liquides BSK : très riche (observation hebdo pendant 2 mois)
Biologie moléculaire : PCR
Diagnostic sérologique : sérum, LCR
Les coccis à GN :
• Bactéries strictement humaines
• Impliquées dqns des infections graves
• Maroc : concerné
 Pathogène pour N. Meningitidis agent de la MCS :
l'humain surtout les • Méningocoque : Diplocoque CGN fragile et exigent
Neisserias • Urgence absolue
• Possède une capsule polysaccharidique : plusieurs sérogroupes dont A, B, C, Y et W135 sont les plus fréquent
(épidémies)
N. gonorrhoeae agent d’IST :
Gonocoque d’une IST (souvent co-transmis avec Chlamydia trachomatis (bactérie très exigeante))
Epidémiologie N. Meningitidis agent de la MCS :
Réservoir : Bactérie strictement humaine. Surtout au niveau du rhino-pharynx, portage selon l’âge, les populations et
les saisons
Transmission : Interhumaine directe par voie aérienne (bactérie extrêmement fragile)
Réceptivité : Totale, enfants et adultes non immunisés. Le monde entier est concerné
N. gonorrhoeae agent d’IST :
Réservoir : Muqueuses des voies génitales de l’humain. Pas de portage sain, mais existence de formes
asymptomatiques surtout chez la femme => favorise la dissémination de l’infection.
Transmission : Directe par voie vénérienne (sexuelle) ou prénatale pour les NN
Immunité : Maladie non immunisante (réinfections possibles)
Pouvoir pathogène N. Meningitidis agent de la MCS :
Physiopathologie :
• Début : rhino-pharyngite souvent inaperçue.
• Phase d’invasion : dissémination vers les méninges par voie hématogène.
• Phase d’état :
✓ Inflammation
✓ Septicémie (méningoccocémie)
✓ Méningite cérébrospinale. Le pronostic vital peut être mis en jeu.
Facteurs de virulence :
• Pili ou fimbriae de surface
• IgA protéase dégradant IgAS
• L’endotoxine = lipo-oligosaccharide (LOS) (Ag O des BGN)
• La capsule polysaccharidique
 • AG protéiques de surface
N. gonorrhoeae agent d’IST :
Chez l’homme : Blennorragie (urétrite ant souvent aiguë avec écoulement purulent et brulures mictionnelles
importantes)
Chez la femme : Souvent inaperçue, parfois cervicite + leucorrhées, les formes non traitées peuvent entrainer des
complications
N. Meningitidis agent de la MCS :
Prélèvements biologiques :
• LCR
• Sang (hémoculture)
• Écouvillonnage des lésion purpuriques
Examen bactériologique :
• DCGN en "grain de café", intra et extracellulaires
• MGG (aspect en grain de café)
Diagnostic immunologique => recherche d’Ag solubles (surtout en cas de méningite) : Technique la plus utilisée :
Diagnostic agglutination latex
essentiellement direct Culture et identification : se fait dans un milieu gélosé au sang cuit avec polyvitamines et une atmosphère riche en
CO2. Oxydase + / Catalase +
N. gonorrhoeae agent d’IST :
Prélèvements :
• Ecouvillonnage local
• 1er jet d’urine chez l’Homme
• Nature des prélèvements : Pus et sécrétions au niveau : Endocervical (F), urétral (H) -Oculaire et cutané (NN) -
Urines 1er jet (H). Nb : c’est un germe fragile
Examen direct : (après coloration de Gram) :
• DCGN en "grain de café", intra et extracellulaires
• Sensibilité Gram chez l’homme 98% et chez la femme 50%
Culture et identification : dans les milieux enrichis (gélose sang cuit +polyvits), l’identification spécifique fait appel aux
caractères biochimique
 Bacille à gram négatif de culture difficile
Brucella :
Généralités Pathogènes potentiellement utilisables à des fins de bioterrorisme
Brucellose (fièvre de Malte) :
• Zoonose : maladie animale, plus rarement humain
• Sévère et invalidante, rarement fatale
Morphologie : petits coccobacilles, à Gram négatif
Caractères Culture :
• Aérobies stricts
bactériologiques
• Culture lente sur milieux enrichis au sang (T° optimale : 34 °C)
Caractère antigénique : lipopolysaccharide est le plus immunogène
Facteurs de virulence : bactéries intracellulaires facultatives du monocyte-macrophage
Réservoir : mammifères terrestres et marins
Réceptivité́ : totale
Transmission :
• Directe au contact d’animaux infectés (cutanée, conjonctivale ou aérienne)
Chaîne épidémiologique • Indirecte (ingestion de lait contaminé)
• Interhumaine exceptionnelle (sexuelle, transcutanée)
Facteurs favorisants : professions à risque (éleveurs, vétérinaires, techniciens)
• Période d’incubation variable : 1 à 3 semaines
• Phase aiguë : septicémie d’origine lymphatique + fièvre ondulante
Clinique • Phase subaiguë̈ : localisations secondaires (neuroméningées, cardiaques, ostéoarticulaires...)
• Phase chroniques : asthénie (physique, psychique et sexuelle)
• Femme enceinte : avortements, accouchements prématurés, mort in utero
Diagnostic Diagnostic bactériologique direct :
bactériologique A la demande
Prélèvement :
• Groupe de risque : 3 (extrême contagiosité)
• Hémoculture
 • Autres prélèvements en fonction du contexte clinique : biopsie, pus, sérum
• Transporter rapidement les prélèvements au laboratoire, sinon, congeler
Examen direct :
• Microscope otique après coloration de Gram
• Peu d'utilité́, du fait du matériel clinique (sang le plus souvent), de la très petite taille et de la faible coloration
de la bactérie par la coloration de Gram
Culture :
Germe très exigeant, durée d’incubation d’à peu près 5 jours
Identification :
Uréase rapide et intense, catalase + et oxydase +
Biologie moléculaire
Diagnostic indirect : sérologie : N’est utile que lorsque la culture est négative
Traitement et Les antibiotiques les plus actifs sont les aminosides (streptomycine et gentamicine), les tétracyclines, la rifampicine, et
prévention les fluoroquinolones
✓ Un traitement chirurgical du foyer infectieux est parfois nécessaire
Pas de vaccin anti-Brucella efficace et bien toléré chez l’homme
Haemophilus influenzae :
Taxonomie H.influenzae comporte 6 sérotypes a,b,c,d,e,f
Le plus important étant le sérotype b
Caractères • Petits bacilles ou coccobacilles à Gram négatif avec un polymorphisme important (formes longues)
bactériologiques • Immobiles, non sporulées, parfois capsulées, aérobies et anaérobies facultatifs
• Leur croissance exige des milieux de culture enrichis contenant des facteurs de croissance : les facteurs X et
V, et une température optimale de 34-37 °C
• Les souches capsulées donnent des colonies volumineuses, muqueuses ayant tendance à s'étaler ou des
colonies lisses, rondes à bords réguliers, bombées, facilement dissociables
• Les souches non capsulées donnent des colonies lisses, plus petites que les précédentes, difficile à prélever
Caractères anti géniques • Certaines souches d’H.influenzae possèdent une capsule polysaccharidique permettant de définir 6 différents
sérotypes, de a à f
• Chaque type capsulaire à sa spécificité antigénique sans réactions croisées
 • Le type b est le plus fréquent dont le polysaccharide capsulaire est le polyribosyl-ribitol phosphate (PRP)
Facteurs de virulence • Polysaccharide capsulaire : Résistance à la phagocytose
• Pili : adhésion -IgA protéase
Réservoir : Portage : oropharyngée + muqueuses. H.Aphrophilus : présent au niveau plaque dentaire
Transmission : interhumaine par voie aérienne. Nouveau-né́ : au moment de l'accouchement
Réceptivité : Sujets fragiles : enfant, sujet âgé, immunodéprimé.
Épidémiologie
Facteurs favorisants :
• Co-infection bactérienne ou virale, tabagisme, pollution, bronchite chronique
• Facteurs liés au germe : Facteurs de virulence
• Infections invasives : Hib chez l’enfant
• Méningites : syndrome méningé fébrile (céphalée, vomissement, photophobie, raideur de la nuque). 2 à 6 %
Clinique de mortalité avec des séquelles neurologiques malgré le ttt
• Infections ORL : Epiglottite : grave (difficultés respiratoires), otite moyenne aigue, sinusites, conjonctivites,
pneumonies, autres états septicémiques : arthrite, péricardite...
Diagnostic Prélèvement
bactériologique direct • Produits mono-microbiens obtenus par ponctions : LCR, liquides articulaires, pleural, hémoculture
• Produits poly-microbiens: secrétions bronchiques, prélèvement ORL (éviter la contamination par la flore
saprophyte)
Acheminement
Bactérie fragile ➔ transport rapide au laboratoire
Examen microscopique à partir du PP
• Petit bacilles à gram négatif
• Souvent cocco-bacillaire
• Aspect plus long, parfois filamenteux
• Immobile
• Non sporulés
• Parfois encapsulés
Culture
Bactérie exigeante en facteurs de croissance V et X présents dans les globules rouges :
 • V = NAD (nicotinamide adénine dinucléotide)
• X = hémine
Identification
Identification par caractères biochimiques :
Mise en évidence de l’exigence en facteurs X et V
• Technique 1 : disques
• Technique 2 : cultures comparées
• Technique 3 : satellitisme
• Techniques immunologiques : Diagnostic rapide
→ Repose sur la recherche d’Ag solubles, polysaccharidiques
→ Directement dans le LCR, le sérum ou dans les urines en cas de méningite, de septicémie ou d’infection
pulmonaire
Heamophilus ducreyi :
Bactérie pathogène spécifique, responsable du chancre mou, infection à transmission sexuelle
Généralités et taxonomie Ordre : Pasteurellales
Famille des Pasteurellaceae
Genre : Haemophilus
Espèce : H. ducreyi
• De distribution mondiale, le chancre mou est une maladie en actuelle recrudescence
Épidémiologie • On note une nette prédominance masculine de l’affection qui touche neuf hommes pour une femme
• Cette répartition est peut-être faussée par l’existence de formes inapparentes ou de diagnostic difficile chez
la femme
Caractères Petit bacille à gram négatif, exigeant en hémine= facteur X, culture difficile
bactériologiques
Diagnostic Prélèvement :
bactériologique direct • Grattage du chancre
• Ponction de l’adénopathie avant fistulisation
Transport : rapide
• Germe fragile
 • Le transport au laboratoire doit être rapide
Examen au microscopique :
• Petit BGN
• En courte ou longue chaînette parallèle (aspect en chaîne de vélo)
Culture :
• Culture difficile
• Exigeant en hémine = facteur X
Pseudomonas
Généralités et taxonomie : Les bactéries genre sont aérobie strict, mobiles et oxydase (+)
Pseudomonas aeruginosa :
Caractères • Bactérie Gram négatif, ubiquitaire
bactériologiques • Présente dans l’environnement (eau, sol, plantes) et aussi dans l’environnement hospitalier humide (matériel
de dialyse, robinets, éviers, siphons, solutions désinfectantes...)
• Possède naturellement des résistances à des antibiotiques, problème des souches multi-résistantes.
• Peut former des biofilms.
• Cause d’infections pulmonaires nosocomiales 1ère cause d’infection pulmonaire des patients atteints de
mucoviscidose
Épidémiologie Habitat :
• Bactérie saprophyte (flore bactérienne).
• Présente dans l’environnement naturel : eau, milieux humides.
• Environnement du patient : douches, lavabos, éponges, bocaux d’urine, solutions désinfectantes,
endoscopes, respirateurs
• Bactérie présente chez le patient lui-même :
→ Portage transitoire dans le TD, voies resp, peau.
→ Colonise les zones corporelles humides : aisselles, pli de l’aine, conduit auditif.
Transmission :
Sources environnementales :
• Directe
 • Indirecte (matériel lavé à l’eau du réseau)
Interhumaine (sujet colonisé)
Pression de sélection des antibiotiques : augmente le risque de colonisation. (Les souches sensibles cèdent la place
aux souches résistantes).
Facteurs de pathogenicité :
Facteurs liés à l’hôte :
• Pseudomonas aeruginosa = pathogène opportuniste
• Infections chez les patients à immunité affaiblie locale ou générale (grands brulés, chimiothérapie,
transplantés, hémodialysés chroniques ...)
• Malades d’unité de soins intensifs avec manœuvres invasives (respirateurs, cathétérisme, sonde ...)
Facteurs liés à la bactérie : les plus importants
• Présence de pigments diffusibles : pyocyanine (pigment bleu) et pyoverdine (pigment jaune vert) = produits
siderophores
• Pili et autres protéines de la membrane externe = adhésion bactérienne aux sites d’infection
• Sécrétion d’enzymes = fixation de la bactérie aux glycosphingolipides = rôle dans la résistance à la
phagocytose.
• Protéase = action nécrotique et hémorragique
Pouvoir pathogène 2 types d’infections :
• Infections nosocomiales
• Infections communautaires : généralement localisées
Diagnostic Prélèvements : Urine, crachat, LCR, pus, matériel médicochirurgical, environnement humide du malade...
bactériologique Examen microscope : État frais : bacille mobile (mobilité polaire), après coloration : Bacille Gram –
Culture : pas d’exigence particulière, peu se cultiver dans n’importe quel milieu
Identification biochimique : oxydase +
Antibiogramme : Très grande résistance (nb mécanismes de résistance)
Hélicobacter pylori
Caractères Bacilles Gram négatif arqués ou spiralés, mobiles (flagelles polaires)
bactériologiques Absence de spores et de capsule
Culture en microaerophilie, 5 à 10% de CO2 en 4 à 12 jours
 Facteurs de virulence :
• Cytokine vacuolisante → vacuoles acides dans les cellules
• Uréase très active : libération des ions ammonium qui pourraient neutraliser l’acidité́ gastrique autour de la
bactérie
• L’homme est le principal réservoir de HP
• HP isolé chez des animaux vivant proche de l’homme et contaminés à son contact (porcs, moutons, singes en
Épidémiologie captivité, cafards)
• La transmission est strictement interhumaine précoce dans l’enfance et intrafamiliale - Trois voies de
transmission sont suspectées : gastro-orale, oro-orale et feco- orale
• La prévalence s’élève progressivement avec l’âge dans les pays industrialisés. Le taux d’infection est de 5 à
10% chez l’enfant et atteint 25 à 50% chez l’adulte
L’infection à HP provoque constamment une gastrite le plus souvent asymptomatique qui persiste toute la vie en
absence d’éradication
Elle peut évoluer vers des pathologies plus sévères :
Clinique
• Ulcère gastrique ou duodénal (10% des cas)
• Cancer gastrique (1% des cas)
• Lymphome de Malt rarement
Méthodes non invasives :
• Sérologie : utile pour le dépistage (ELISA, Western-blot)
• Test respiratoire
• Recherche d’Ag dans les selles : intérêt important pour les sujets dont l’infection a été prouvée par
Diagnostic
fibroscopie/biopsie
bactériologique Méthode invasive :
• Biopsie lors d’une endoscopie au nb de 3 (pour l’examen anatomopathologique, test à l’uréase et la culture)
• Culture (faite par la dernière biopsie) :
→ Germe très exigeant, milieux spécifiques et atmosphère microaérophile
→ Identification : uréase
Traitement • Germe de plus en plus résistant
• Le traitement est actuellement recommandé chez :
 → Les malades ayant un ulcère prouvé
→ Ceux ayant un lymphome du MALT
→ Voire lors d'atrophie gastrique identifié simplement par recherche d’AG dans les selles
Si diagnostic réalisé culture + antibiogramme : Inhibiteur de la pompe à protons (anti –acide) + 2 antibiotiques
Sinon :
• Quadrithérapie bismuthéé (IPP + Citrate de bismuth, métronidazole, tetracycline)
• Traitement concomitant : Amoxicilline, Métronidazole, Clarithromycie + IPPv
Les anaérobies
• Bactéries incapables d’utiliser et de se multiplier en présence de 20% d’O2
• Difficulté d’isolement et d’identification
• Elles sont responsables d'une grande variété d'infections localisées ou généralisées
• Urgence du traitement
Elle se fait selon leur habitat, leurs caractères morphologiques et culturaux et leur pouvoir pathogène.
On distingue :
• La flore tellurique : bactéries saprophytes du sol et commensales des cavités naturelles de l'homme et des
Classification
animaux
• La flore de Veillon : bactéries commensales des voies respiratoires, digestives et génitales de l'homme et des
animaux et qui ne peuvent survivre dans le sol, non sporulées.
Caractères Métabolisme en l’absence d’oxygène
bactériologiques On distingue selon leur sensibilité à l’oxygène :
• Anaérobies stricts : 0.5% de O2
• Anaérobies modérés : 2-8% de O2
• Aérobies tolérants : croissent en aérobiose mais préfèrent les conditions anaérobies
Anaerobies telluriques :
• BGP sporulés du genre Clostridium
• La spore permet leur survie en milieu hostile, sur le sol. Sont aussi commensaux de l’intestin.
• Leur pouvoir pathogène est dû à la production de toxines
Anaérobies non telluriques = flore de Veillon
• Non sporulés
 • Commensales des cavités naturelles de l’homme
• N’élaborent pas de toxines
• Sont pathogène par leur pouvoir de multiplication
Anaérobies telluriques : Contamination, multiplication puis élaboration de toxine
Physiopathologie Anaérobies non telluriques :
• Multiplication très importante dans le site naturel
• Colonisation de cavités et d’organes normalement stériles
Aspect clinique Intoxination, les toxi-infections et infections mixtes
Diagnostic Prélèvement :
bactériologique • Tous les sites peuvent être contaminés. Il faut être un prélèvement de qualité non contaminé par l’O2.
• Toujours avoir des sachets anaérobies.
• Transport rapide
Examen direct : Aspect macroscopique : Il est souvent évocateur
Examen microscopique après coloration de Gram : Flore bactérienne abondante et polymorphe
Mise en culture :
• Une bactérie exigeante (milieux avec polyvitamines)
• Milieux usuels incubés en aérobiose : infection mixte
Sensibilité aux antibiotiques : Sont résistantes aux aminosides

Genres Genre Clostridium Flore de Veillon

Espèces C. Neurotoxine Clinique : Les circonstances favorisantes sont liées à un
Botulinum Epidémiologie : Présente aussi dans traumatisme, un trouble nutritionnel, un déficit
l’intestin de plusieurs animaux et de immunitaire ou une infection conjointe. Types d'infections
l’homme sont ainsi individualisées :
Clinique : Intoxination et toxi-infection • Angine fusospirochetienne
Diagnostic : Recherche de toxine dans • Suppurations diverses : suppurations pulmonaires
l’aliment (inoculation à l’animal), ou sérum et digestives
(ELISA) - Culture sur GS - Pas Diagnostic : il est d’abord clinique, parfois bactériologique
d’antibiogramme
C. difficile Toxine A/ Toxine B • Le prélèvement selon le type d'infection peut
Clinique : présenter une odeur fétide caractéristique
• Portage asymptomatique de la • Coloration de Gram : aspect protéiforme à Gram
bactérie positif et à Gram négatif
• Antibiothérapie au long cours et à • La culture en anaérobiose
large spectre responsable de colite Prophylaxie :
pseudomembraneuse. • Vaccination
Diagnostic : • Antibioprophylaxie en préopératoire
• Prélèvement de selles • Parage de toute plaie infectée
• Recherche de toxine dans les selles • Corriger les tares
• Culture sur GS • Pour C. Botulinum : bonne stérilisation des
Traitement : arrêt de l’antibiothérapie. conserves industrielles et familiale
Vancomycine ou Métronidazole
C. T. Beta/T. Alpha
Perfringens Epidémiologie :
• Présente aussi dans l’intestin de
l’animal et de l’homme
• Contamination endogène ou
exogène (plaie souillée de spores
de Clostridium)
Clinique :
• Infections tissulaires des tissus
mous
• Myonécrose et gangrène gazeuse
• Entérite nécrosante
Diagnostic : Examen direct : grands
bacilles Gram +
• Culture sur GS
• Recherche de l’entérotoxine
 C. Tetani Exotoxines /Tétanolysine
Clinique : Tétanos : trismus puis
contractions généralisées douloureuses
permanentes avec paroxysmes
Diagnostic : Sans intérêt
NB : Le traitement sera débuté sans attendre en ayant recours aux antibiotiques des familles suivantes : Bêtalactamines, imidazoles,
glycopeptides, lincosamides et cotrimoxazole
Vibrions
Caractères généraux :
• Les vibrions sont des bacilles à Gram négatif incurvés
• Bactéries très mobiles (ciliature polaire)
• Hôtes naturels du milieu marin (supportent de fortes concentrations en sel)
• On distingue les vibrions cholériques (comprennent les isolats appartenant aux sérogroupes O1 et O139 de l’espèce vibrio cholerae), et
les vibrions non cholériques qui présentent en plus de ces isolats d’autres isolats appartenant aux autres espèces du genre vibrio
• 12 parmi les 51 espèces connus ans le genre vibrio sont considérées comme pathogènes pour l’homme
• Bacilles gram négatif, non sporulés, à la forme de bâtonnets droits et incurvés
• Très mobiles grâce à un cil polaire
Caractères • Les vibrio possèdent une oxydase
• Fermentent le glucose sans production de gaz
bactériologiques
• Aero-anaérobies
• Le germe cultive facilement sur milieu ordinaire, supporte un pH de 9 et une concentration de 3% de NaCl
• Le vibrio cholerae possède :
→ Ag flagellaire H
→ Ag somatique O
• Seuls les groupes O1 et O139 entraînent le cholera épidémique
Physiopathologie Il produit une exotoxine protéique qui est responsable de la maladie en activant l'adénylcyclase cellulaire
Diagnostic Prélèvement :
bactériologiques • Selles recueillies rapidement au cours des 24 h qui suivent la symptomatologie
 • Vomissements
• Autres : aliments, eau
Examen direct : rapide et facile
• Intérêt certain pour diagnostic présomptif (1er cas)
• État frais : bacilles très mobiles et incurvés.
• Coloration de Gram : Flore monomorphe constituée de bacilles Gram négatif en virgules ou en bâtonnets
Transport : Par eau peptonée alcaline ou par papier buvard imbibé par la selle et placé dans flacon hermétique (permet
de garder les bactéries viables pendant 4 sems)
Culture :
• Sans enrichissement : Culture facile en 24 h à 37°C sur milieux usuels avec aspect caractéristique des colonies
en bris de verre
• Avec enrichissement : l’ensemencement doit être réalisé à la fois dans :
→ Bouillon d’enrichissement : eau peptonée saline alcaline
→ Milieu sélectif : TCBS (gélose nutritive alcaline). Incubation à 37°C. Aspect jaune des colonies. GNA :
colonies bleutées à bord régulier
→ Repiquages ultérieurs à partir du bouillon d’enrichissement (voile en surface)
Identification :
• Caractères biochimiques : (Api 20E, Api NH) Glucose +, saccharose +, Nitrate réductase +, Indole +
• Caractères antigéniques : L’identification biochimique doit être poursuivie par l’étude antigénique : sérums
agglutinants anti vibrion cholérique (V. cholerae O1, O139) + Technique Rapide par bandelette réactive +PCR
+IFD
Campylobacter
Caractères • Bacilles Gram négatif arqués ou spiralés, mobiles (flagelles polaires)
bactériologiques • Absence de spores et de capsule
• Culture en microaerophilie, 5 à 10% de CO2 en 48 heures
Facteurs de virulence :
• Capacité d’envahir la muqueuse intestinale :
→ Mobilité
→ Adhérence aux cellules épithéliales
 → Invasion par internalisation dans vacuoles intracellulaires
→ Affinité pour cellules endothéliales
• Toxine qui distend le cytosquelette
• C.fetus responsable d’infections systémiques : résistance à la phagocytose
• Le mimétisme moléculaire entre le lipopolysaccharide de certains serogroupes de C.jejuni et les terminaisons de
la myéline est à l’origine du syndrome de Guillain – Barré
• Les Campylobacter sont des bactéries commensales du tube digestif de nombreux oiseaux (poulet) et
mammifères
• Survie dans l’environnement plusieurs semaines à 4°C particulièrement l’eau et le lait
• La transmission est essentiellement d’origine alimentaire
Epidémiologie
• Source principale : volaille crue
• Contamination croisée des aliments crus en cuisine
• Rares épidémies, mais surtout cas sporadiques
• Les épidémies qui surviennent sont dues à la consommation de lait cru ou à une origine hydrique
Entérite, bactériémie et complications non infectieuses
• Considérés comme étant la principale cause bactérienne de gastroentérites dans le monde avec une incidence
croissante dans les pays développés
Clinique
• Les espèces du genre Campylobacter sont principalement responsables de zoonoses avec de nombreuses
espèces animales impliquées comme réservoir infectieux
Diagnostic Diagnostic bactériologique direct :
bactériologique Prélèvement : La recherche de Campylobacter doit faire partie intégrante des coprocultures devant une diarrhée
infectieuse aigue
• Echantillon de selles qui pourra être conservé 24 heures à +4°C
• Ecouvillonnage rectal : l’écouvillon doit être ensemencé immédiatement ou stocké en milieu de transport car
les Campylobacter sont sensibles à la dessiccation
• Hémocultures : rares
Examen direct :
• Etat frais ou microscopie à contraste de phase : Mise en évidence des Campylobacter grâce à leur mobilité
caractéristique en « vol de moucherons « (proche de celle observée avec Vibrio cholerae)
 • Coloration de Gram : Présence de petits bacilles Gram -, incurvés souvent associés aux hématies et au leucocyte
Culture :
• Germe exigeant Incubation en micro aérobie à 37°C pendant 48 heures
• Une incubation prolongée de 5 à 8 jours est parfois nécessaire
Diagnostic bactériologique indirect :
• La sérologie n’a pas d’intérêt dans les épisodes diarrhéiques aigus
• Intérêt en cas de :
→ Arthrite réactionnelle
→ Syndrome de Guillain-Barré
• Les tests utilisés : - Réaction de fixation du complément - Méthode ELIS
Acinetobacter
• Résistance extrême dans l’environnement : même sur des surfaces sèches
Généralités • Bactérie opportuniste responsable d’infections nosocomiales impliquées dans de grandes épidémies
• Homme = principal réservoir à l’hôpital
• Bactérie multi résistante
Morphologie :
Caractères • Bacile Gram – d’aspect coccoide (CBGN)
bactériologiques • Caractère polymorphe, non sporulée et immmobiles
Caractères biochimiques :
• Bactéries aérobies stricts
• Oxydase -
Caractères culturaux : Isolement facile sur milieu de culture des BGN
Epidémiologie Réservoir :
• Bactérie ubiquiste de l’environnement naturel et hospitalier
• Fait partie de la flore commensale cutanée (25% des individus), du tube digestif et du pharynx
• Acinetobacter baumanii = agent fréquent de colonisation cutanée et muqueuse chez les patients hospitalisés en
unités de soins intensifs
Transmission :
 • Croisée de patient à patient par l’intermédiaire du personnel (transmission manuportée)
• Par aérosols : respirateurs, humidificateurs, matériel de ventilation
Facteurs de risque :
• Gestes invasifs
• Fragilité du patient
• Acinetobacter baumanii est une bactérie qui peut infecter n’importe quel organe.
• Infections nosocomiales : arbre respiratoire, appareil urinaire, plaies, cathéter pouvant évoluer vers une
Clinique bactériémie
• Autres manifestations : pleurésies, péritonites chez les dialysés, méningites
• Ces infections se manifestent par bouffées épidémiques et sont dues à des souches multirésistantes
Prélèvement : les plus fréquents : urines, cathéters, aspirations bronchiques, hémocultures
Diagnostic Examen direct :
• Coccobacilles Gram-
bactériologique
• Immobiles
Antibiogramme : multirésistance à de nombreux antibiotique
Bacilles à gram positifs
Les Corynebactéries :
Taxonomie Famille : Corynebacteriaceae
Genre : Corynebacterium
Espèces : Corynebacterium diphteriae, pathogène spécifique pour l’Homme
Morphologie Bacilles à Gram positif possédant des renflements aux extrémités, ce qui compose le genre Corynebacterium
Corynebacterium diphteriae :
Responsable de la maladie de diphtérie :
• Urgence clinique, biologique et prophylactique
• Maladie à déclaration obligatoire
Caractères Morphologie
bactériologiques • Bacille à Gram positif immobile, non ramifié, non sporulé, non capsulé
• Forme de massue groupées en amas : images en palissade, en paquets d’épingles ou en lettres d’alphabet
 Culture
• Aérobie ou Aéro anaérobie facultatif
Exige des facteurs de croissance (fer) : sérophile
• Nécessite des milieux riches : milieu de Loeffler au sérum coagulé, milieux sélectifs
Caractères biochimiques
• Distinguent le bacille diphtérique des autres corynébactéries
• Catalase +, Nitrate reductase + ...
Caractères antigéniques
• Antigènes O polyosidiques, communs à toutes les souches
• Antigènes protéiques de surface K : types sérologiques (mais peu utilisé car non standardisé)
Facteurs de virulence
• Toxine diphtérique :
→ Exotoxine protéique très puissante
→ Produite par les souches possèdant le gène “tox+”, fourni par un bactériophage β
→ Ce gène est inhibé par un répresseur chromosomique qui est actif en présence de fer
• Produit des bactériocines : permettent le typage des souches
Chaîne • Réservoir : strictement humain
épidémiologique • Transmission aérienne interhumaine
• Réceptivité : la maladie immunise mal (vacciner les convalescents)
Anticorps antibactériens : Spécifiques de la souche incriminée
Immunité antitoxique : protectrice --> Suffisante si le titre des Ac atteint le 1/30 d’unité antitoxique/ml
Physio- pathologie
L’infection se manifeste par des :
• Lésions locales : multiplication de colonisation des tissus par la bactérie
• Manifestations générales dues à l’action de la toxine
Toxine : blocage des synthèses protéiques de la cellule
Clinique
• Incubation : moins de 7 jours
• La forme typique :
 → Angine pseudomembraneuse
→ Signes d’intoxination dans les formes sévères :
✓ Paralysies vélo-palatines, troubles de la phonation
✓ Polynévrites des membres, myocardite, troubles de rythme, collapsus
✓ Troubles rénaux et digestifs, hémorragies
• Autres localisations :
→ Diphtérie laryngée ou croup
→ Diphtérie nasale
→ Extra-respiratoires
Diagnostic bactériologique direct
Le diagnostic : mise en évidence d’une souche toxinogène de Corynebacterium diphteriae
Le prélèvement :
• Pharyngé, nasal, cutané ou autre
• Par écouvillonnage des lésions
• Le laboratoire doit être prévenu préalablement
L’examen microscopique après coloration de Gram :
• Rarement concluant
• Suspicion en cas de présence de bacilles à Gram positif dont la morphologie et la disposition sont évocatrices
• PCR direct sur prélèvement
Culture :
• Milieu spécifique de Loeffler
• Produits biologiques non stériles
• Detection de la toxine : Recherche directe du gène “tox+” par amplification génique
Diagnostic bactériologique indirect
• N’est pas utilisé́ en routine
• Réservé à définir un statut vaccinal ou à établir un diagnostic rétrospectif dans le cas de patients non
préalablement vaccinés
• Technique Elisa
Traitement
 • Urgence thérapeutique
• Sérothérapie antidiphtérique
• Pénicilline G ou érythromicine pour détruire la source de toxine
Autres Corynébactéries :
• De plus en plus impliquées dans des infections nosocomiales ou iatrogènes chez des immunodéprimés ou perfusés, sondés ou
cathétérisés
• Généralement considérées comme contaminant le prélèvement
• Augmentation de l’isolement C.ulcerans
• Produit une toxine similaire à la toxine diphtérique
• Peut être transmise via un contact avec un animal (chats et chiens)
• C.jeikeium et C.urealyticum : Espèces lipophiles responsables de bactériémies et d’infections urinaires, respectivement
• Majoritairement résistantes aux principaux antibiotiques sauf aux glycopeptides
Le genre Bacillus :
• Grands bacilles à Gram positif sporulés, parfois à bouts carrés, en chaînettes
• Culture facile : Aérobie stricte ou aéroanaérobie
• Epidémiologie : Ils sont fréquemment isolés comme contaminants
• Pouvoir pathogène : La plupart sont saprophytes du sol, de l’eau, de l’air et des plantes :
→ Bacillus cereus et Bacillus subtilis....
→ Bacillus cereus : peut se multiplier dans les aliments (notamment le riz) et y produire une entérotoxine.
→ Pathogènes opportunistes
→ Bacillus anthracis : Pathogène par excellence du genre Bacillus
Listeria :
• Les Listeria : Bactéries à Gram positif ubiquitaires
• Une seule espèce est pathogène pour l’Homme et l’animal : Listeria monocytogenes, responsable de la listeriose
TIAC très médiatisée mortelle notamment chez ID, NNé, femme enceinte
Létalité : 20 à 30% des cas, 40% de séquelles neurologiques
• Répartition: mondiale en augmentation avec le développement de la restauration collective
Taxonomie • Genre : Listeria
• Seule Listeria monocytogenes est pathogène pour l’Homme. Elle est pathogène aussi pour l’animal
 Caractères Morphologie
bactériologiques • Petit cocobacilles à Gram +, extrémités arrondies, non capsulé, non sporulé, mobile à 20 – 25°C et immobile à
37°C
• Isolées ou groupées en V ou en L ou en palissades, parfois, en chaîne courtes ou petits amas
Culture
• Préfèrent la microaérophile
• T° de réfrigération des aliments
• Milieux usuels, préfèrent gélose au sang
Caractères antigéniques
• AG somatiques O : au nombre de I à XI
• AG flagellaires H : au nombre de 5 de A à E
• 17 sérovars pour L.monocytogenes
• Sérotypes 1/2a, 12b et 4b 95% des listérioses humaines
• Sérotypage utile dans les enquêtes épidémiologiques
Facteurs de virulence : Internaline; Listeriolysine O, Actine A, Phospholipases
Résistance dans le milieu extérieur : Capacité à survivre longtemps dans l’environnement -6 mois à 5 ans dans
l’ensilage 5 à 10000 Listeria/g
Chaîne Réservoir
épidémiologique Animaux : 15 espèces
• Portage sain 10-30% des ovins, bovins, porcins, poulets et 80% si élevage industriel
• Poisson, insectes, crustacés, ...
Les aliments :
• Charcuteries, produits laitiers (fromages au lait cru ...)
• Conserves : poissons fumés et conserves végétaux
Homme :
• 5 à 10% des humains hébergent L.monocytogenes dans leur TD
• Parfois hébergées au niveau du rhino-pharynx -Milieu extérieur: sol, eau, plantes.
Transmission
 Indirecte associée à l’alimentation
• Lait(mammite), fromages, viande crue contaminée lors de l’abattage
• Végétaux : sols engrais
Directe : transmission foeto-maternelle
Réceptivité
• Totale
• Terrain particulier : NNé, enfants en bas âge, diabétiques, personnes âgées, Immunodéprimés etc....
Aspects épidémio- logiques
• Cas sporadiques : surtout en automne et au printemps
• Epidémies
• Formes materno-fœtales : 26%
• Sujets ID : 59%
• Sujets sans facteurs de risque : 17%
• L.monocytogenes : bactérie invasive intracellulaire facultative
• Porte d’entrée : digestive ou rhino-pharyngée
• Gagnent les ganglions lymphatiques puis la circulation sanguine
• Elles se multiplient dans le foie et la rate organes cibles :
Physiopathologie → La plupart sont phagocytées (Internaline)
→ Dans certaines circonstances (inoculum massif, sujets fragiles), elles échappent aux phagosomes et gagnent
le cytoplasme
• Dissémination aux cellules adjacentes
• --> Bactériémie --> SNC, placenta
Clinique Forme de l’adulte
• Septicémie d’origine digestive
• Les infections du système nerveux central : Méningites, méningo-encéphalites, encéphalites pures
• Rarement : endocardite, abcès de localisations diverses, hépatites, pleurésies, formes cutanées, pneumonie,
arthrites, péritonite, ostéomyélite, abcès cérébral
Listériose foeto- maternelle
L’infection materno-infantile souvent inapparente :
 • Syndrome pseudo-grippal 2 à 14 jours avant l’accouchement
• Rechute fébrile, avec bactériémie
Après le 5ème mois : Accouchement prématuré/ avortements
Le nouveau-né : Infecté in-utéro : tableau évident à la naissance
Souffrance néo-natale, éruption cutanée, méningite
La mortalité est élevée (parfois supérieure 50%)
Contaminé dans la période périnatale ou au cours de l’accouchement, sans infection placentaire : méningite
purulente fébrile 8 à 60 jours après accouchement
Les prélèvements
Femme enceinte :
• Hémoculture devant tout épisode fébrile inexpliqué
Amniocentèse par voie trans- abdominale en l’absence de rupture des membranes
• Placenta, lochies
Adulte et grand enfant :
• Hémoculture, LCR
• Lésions cutanées
NNé :
Diagnostic
• Hémoculture, LCR
bactériologique direct • Secrétions nasales, pharyngées, conjonctivales, méconium et liquide gastrique
Une enquête environnementale : Aliments suspects, surtout en cas de suspicion d’épidémie
Examen direct
Coloration au Gram de produits pathologiques :
• Petit bacille gram positif non sporulé intra ou extracellulaire
• Risque de confusion : Corynébactéries, streptocoques, pneumocoque voir Haemophilus
LCR :
• Aspect : trouble avec formule panachée ou liquide clair
• Bactéries peu abondantes surtout intracellulaires
• Protéinorachie peu élevée voire normale
Glycorachie diminuée voire normale
• Lactacidorachie/Lactacidémie élevée
 Culture
Milieux non sélectifs : usuels
• Gélose au sang de mouton ou cheval
• Bouillon nutritif glucose 0.5% pour le LCR
Milieux sélectifs : prélèvement polycontaminé :
• Techniques d’enrichissement sélectif (+4°C)
• Isolement sur des milieux sélectifs
Identification
• Caractères morphologiques : bacille à Gram positif allongé en palissade
• La mobilité à 25°C
• Caractères biochimiques : L’hydrolyse à l’esculine : rapide en 2 à 3h
• Biologie moléculaire
• Sérogroupage, Lysotypie et typage moléculaire
• Techniques
→ Détection d’AC dirigés contre la bactérie
Diagnostic indirect → Détection d’AC anti-listériolysine O (LLO)
• Sans intérêt si germe isolé
• Peu sensible et peu spécifique
• Resistance naturelle aux :
→ Céphalosporines de 3ème génération (traitement de choix méningite), Aztréonam
→ Acide nalidixique, olfoxacine, fluoroquinolones récentes
→ Fosfomycine
Antibiogramme • Sensibilité intermédiaire pour : Céfalotine, clindamycine, chloramphénicol (Céphalosporine 1ère G) et
ciprofloxacine
• Sensibilité constante : amino-pénicilline, aminosides
• Résistance acquise à la tétracycline est la plus fréquente
Prévention • Hygiène alimentaire, réglementation
• Education des groupes à risque
• Absence de vaccin contre la listériose
 Mycoplasmes
Taxonomie • Classe : Mollicutes (Mollis cutis : « peau molle »)
• Ordre : Mycoplasmatales
• Famille : Mycoplasmataceae
• Genre :
→ Mycoplasma : 100 espèces dont 13 rencontrées chez l’Homme
➢ M. pneumoniae, M. hominis, M. genitalium
➢ M. fermentans et M. penetrans
→ Ureaplama : 6 espèces dont une U. urealyticum rencontrée chez l’homme
Critères Morphologie
bactériologiques • Dépourvues de paroi, petite taille (300 nm) non observable au MO
• Polymorphes, coccoides ou filamenteux non colorables par le Gram
• Extrémité effilée, adhérent aux cellules eucaryotes
AG spécifiques de groupes et d'espèces
Sensibles à l'environnement : pH, température, agents tensioactifs, pression osmotique
Anaérobies facultatifs
Culture longue nécessite des milieux complexes
• Enrichis en sérum
• Sources d’énergies
→ Arginine : genre Mycoplasma
→ Urée : genre Ureaplasma
• Les colonies, très petites : observées au microscope inversé ou à la loupe
Chaine Réservoir :
épidémiologique • Largement répandu dans la nature
• Colonisent les muqueuses
• Respiratoires : plus de 100 mycoplasmes respiratoires dont seul M. pneumoniae est pathogène
• Génitales : U. urealyticum et M. hominis sont les plus fréquentes et M. genitalium chez le VIH +
Transmission :
• Inter-humaine
 • Lors de l'accouchement
• Contagiosité modérée
Réceptivité : totale
• Facteurs favorisants : terrain particulier
Aspects épidémiologiques
• Endémique avec des petites poussées épidémiques tous les 4 à 7 ans pour M. pneumoniae
• La frontière entre portage et pathogénicité est difficile à établir pour M. hominis et U.urealyticum : colonisation
à 10-50 % de la flore vaginale des femmes sexuellement actives
Physiopathologie M. pneumoniae
• Vit attachée aux cellules
• Pénètre dans l'organisme par voie aérienne
• Adhère aux cellules épithéliales respiratoires, résiste aux flux
• Produit à leur contact des peroxydes qui :
→ Altèrent le mouvement ciliaire et produisent des lésions cellulaires
→ Pas d’envahissement tissulaire mais réaction inflammatoire locale
• Apparition parfois d'auto-anticorps : lésions parfois à distance
Mycoplasmes génitaux
• Processus d’adhésion
• Diverses activités enzymatiques : uréase, phospholipase
• Infections gynécologiques souvent association avec d'autres bactéries
Clinique Atteinte respiratoire : M.pneumoniae
• Tout âge mais surtout chez l'enfant et l'adulte jeune
• Incubation : trois semaines
• Trachéobronchite fréquente
• Pneumonie atypique primitive (rarement) :
→ Début progressif
→ Fièvre, malaise, céphalées, myalgies et rachialgies, l'état général est peu altéré, Toux sèche, signes ORL
→ Images radiologiques impressionnantes : infiltrats diffus
 → Complications et localisations extra-pulmonaires : pleurésie, myocardites, péricardites, arthrite, anémie
hémolytique...
→ Évolution lentement
• Rôle dans l'asthme
Infections génitales masculines : Urétrites, Épididymites
Infections gynécologiques : Vaginite, Endométrites, Salpingites
Diagnostic Diagnostic direct : prélèvements :
bactériologique • Prélèvements doivent ramener des cellules auxquelles le mycoplasme adhère
• Usage de milieux de transport spécifiques si les prélèvements ne peuvent parvenir rapidement au laboratoire
Respiratoires :
• Prélèvements de gorge, aspirations nasopharyngées
• Brossage bronchique et lavages broncho alvéolaires
• Expectoration : peu adaptée (mais + d’inhibiteurs de PCR)
• Brosse bronchique
• LBA
• Milieux de transport : 2SP ou milieu de transport pour bactérie fragile
Génitaux :
→ Chez les hommes
• Prélèvements uréthraux, premier jet d’urine, spermes
• Secrétions prostatiques
→ Chez les femmes
• Prélèvements cervico-vaginaux, endométriaux
• Biopsies, brossages tubaires, liquides amniotiques, placenta,
→ Écouvillon à olive terminale strié de type Bactopick ou cytobrosse
→ Transport
• Milieu type A3 ou 2SP
• Conservation maximum 48H à +4° et au-delà à – 70°
Autres prélèvements : LCR, biopsie, liquide articulaire, cutanéomuqueux, …
Incubation à 37 °C sous CO2
 Détection de la croissance et identification
• Virage de l’indicateur coloré pour le milieu liquide
• Très petites colonies, visibles à la loupe binoculaire pour le milieu solide :
→ Granulaire pour M. pneumonia
→ En œuf sur le plat pour M. hominis
→ En oursin pour U. urealyticum
• Caractères biochimiques :
→ Il existe des galeries pour la détection, quantification et étude de la résistance des Mycoplasmes génitaux
→ Méthode semi-quantitative utilisant le seuil de 104 UFC/ml
→ PCR :
➢ Intéressante pour les mycoplasmes fastidieux
➢ Approche syndromique pour M.pneumonia (pneumopathie atypique) : Infections aiguës - PCR multiplexes -
Détection simultanée de bactéries atypiques respiratoires : M. pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae,
Legionella pneumophila et Virus respiratoires - Se ≥ culture et sérologie, Spécificité ? : PCR + chez patients
asymptomatiques
• Techniques immunologiques : Immunofluorescence directe non commercialis
Résistance naturelle Résistances acquises Traitement
• Antibiotiques actifs sur la paroi, • Exceptionnels de M pneumoniae • M. pneumoniae : les macrolides ou
au polypeptide et rifampicine aux macrolides fluoroquinolones
• Macrolides et kétolides : M. • Ureaplasma et M. hominis : 5% de • M génitaux, traitement fonction de
hominis, résistance à laTétracyclines, l’espèce isolée, des associations et du
Sensibilités aux ATB • Lincosamides : Ureaplasma Macrolides, fluoroquinolone terrain : cyclines, macrolides ou
fluoroquinolones
• Résistance naturelles au
bêtalactamines et autres à action sur
la paroi
Legionella
• Les légionelles : bactéries hydro-telluriques, thermophiles
• Largement répandues dans les milieux aquatiques
• Responsables d’affections respiratoires : forme bénigne (la fièvre de Pontiac), forme grave (la maladie des légionnaires) et parfois des
formes extra pulmonaires
• Maladie à déclaration obligatoire
• Réceptivité totate
• Légionelle est devenue de plus en plus préoccupante : responsable d’épidémies surtout nocosomiales et grave par sa survenue chez
des sujets fragilisés (mortalité de 10 à 20%)
Caractères Caractères morphologiques
bactériologiques Petit BGN (prend mal la coloration de gram), incurvé
Non capsulé et non sporulé
Polymorphisme : cocobacille à l'ED et aspect filamenteux en culture
Mobile : Flagelles polaires ou latéraux
Caractères culturaux
Absence de culture sur les milieux bactériologiques usuels
Exigence en cystine et en fer
pH : 6,85- 6,95, incubation: 25°- 48°C, durée: 15j
Aérobie stricte + 2,5% de CO2
Milieu spécifique BCYE (Buffered Charcoal Yeast Extract) : à base de charbon activé et d'extrait de levure
L'aspect des colonies est caractéristique en verre fritté
Caractères biochimiques
Bactérie aérobies strictes, à métabolisme respiratoire
Oxydase (+) mais faible et inconstante,
Catalase (+),
Gélatinase (+),
Amidon (+),
Nitrate réductase (-),
Uréase (-),
Glucose (-), sucres (-)

Caractères physicochimiques
Thermophile : 20 à 45°C
 Tolèrent une large gamme de pH : 5,5 à 8,1
Sensible à la chloramine et à une T° supérieure à 60°C
Caractères antigéniques
Lipopolysaccharide LPS : différencie les sérogroupes de L.pneumophila
Ils sont impliqués dans l’adhésion et l’internalisation des légionelles
Epidémiologie Réservoir :
Bactérie hydrotellurique ubiquitaire et cosmopolite, appartient à la flore aquatique
Nombreux réservoirs : naturels et artificiels
Transmission :
Hydrique et aérienne
Indirecte → inhalation d’eau contaminée
Il n’existe pas de transmission interhumaine
Réceptivité :
Totale
Pas d’immunité naturelle ni acquise
Facteurs favorisants :
Sexe masculin, tabac, éthylisme chronique, âge plus de 50 ans, immunodépression
Aspect épidémiologique :
L’infection à Legionelle sévit sous 3 formes
• Epidémique
• Endémique : en milieux hospitalier
• Sporadique : forme la plus fréquente
Clinique Forme bénigne ou la fièvre de Pontiac
Période d’incubation : 1 à 2 jours
Atteinte bénigne : voies respiratoires supérieures : Fièvre, myalgies, céphalées
Pas d’atteinte pulmonaire : Evolution spontanée favorable après 2 à 5 j
Taux d’attaque est élevé, de l’ordre de 95 %
Forme sévère ou maladie des légionnaires
Incubation : 2 à 10 jours
Altération de l’état général :
 Fièvre, symptômes pulmonaires, manifestations digestives, troubles neurologiques ….
Maladie à déclaration obligatoire → Evolution vers le décès de 15 à 20 % ou favorable en 8 j et le taux d’attaque est
faible < à 5 %
Formes extra pulmonaires
Rares mais très sévères
Localisations : cœur, appareils digestif, musculaire ou du SN
Espèces impliquées sont : L. pneumophila, L. dumofii, L. jordanis, L. micdadei
Diagnostic biologique Circonstances de demande :
Pneumonie → Absence d’amélioration sous TTT par les bêtalactamines → Patients (terrain favorisant) → Situation
sporadique / épidémique → Pneumoniae : communautaire / nosocomiales
Diagnostic bactériologique direct
Recherche des Ag solubles dans les urines :
• La détection des antigènes se fait par méthode d’immunochromatographie sur membrane
• Apparition précoce des Ag dans les 2 à 3 jours suivant les signes cliniques
• Excrétion est longue et variable : de quelques jours à 2 mois, voire un an. Non influencée par l'antibiothérapie
(diagnostic rétrospectif)
• La technique immunochromatographique est simple, rapide mais limitée au sérogroupe 1 de L. pneumophila Lp1
Recherche de Legionella par culture bactérienne :
o Prélèvements :
Origine pulmonaire : lavage broncho-alvéolaire, prélèvement distal protégé, aspiration bronchique, expectorations
Dès les premiers signes cliniques et avant antibiothérapie
Transmis au laboratoire le plus rapidement possible
Conservation à 4°C avant ensemencement
o Ensemencement :
3 milieux : Milieu BCYE, milieu BCYE supplémenté en acide alpha-cétoglutarique, gélose au sang de mouton
Incubation à l’étuve à 35°C ± 1°C, + CO2 à (2 %)
Observation des cultures J3, J5, J10
Durée de 3 à 4 jours mais certaines cultures sont plus tardives
Forte suspicion de Legionella si la culture est :
• Positive sur milieu BCY
 • Négative sur Gélose au sang ou milieu sans cystéine
o Identification :
Colonies : verre fritté (brisé)
GRAM : BGN
Galerie (API 20E) :
• Présence d’une oxydase, une catalase, une gélatinase
• Absence d’une nitrate-réductase
Identification d'espèce et de sérogroupe : par test d’agglutination au latex (slidex legionella)
o Sensibilité aux ATB (antibiogramme) :
La culture est lente, la détection de la sensibilité est très peu réalisée en pratique courante
Legionella est :
Sensible à : Rifampicine, Erythromycine, Azithromycine, Aminosides, Tétracyclines, Chloramphénicol et Fluoroquinolones
Résistante à : Bêtalactamines (betalactamase)
Recherche de Legionella par immunofluorescence direct IFD :
Examen direct sur frottis des sécrétions respiratoires ou d’échantillons de tissus
Diagnostic rapide et de forte probabilité
Ac monoclonaux conjugués à des marqueurs fluorescents et reconnaissent tous les sérogroupes de L. pneumophila
Inconvénients :
• Sensibilité faible : 25 à 40 % (seuil de détection de 104 UFC/ml)
• Spécificité faible : 60 à 70 % (réactions immunologiques croisées)
Biologie moléculaire :
Rapide : résultats en quelques heures
Détection par sondes nucléiques, par techniques PCR et PCR TR
Détection d'autres espèces de Legionella que L. pneumophila 1
Sensibilité et spécificité supérieures
Diagnostic bactériologique indirect : IFI
• L’IFI permet la détection des Ac anti-Legionella dirigés contre le lipopolysaccharide
• Réalisée sur une séquence de sérum : un sérum précoce et un sérum tardif (prélevé 3 semaines après)
• Les anticorps sont de type IgA, IgG et/ou IgM n’apparaissant qu’une à deux semaines après le début de la
maladie
 • Examen sérologique fournit un Dc rétrospectif
• L’IFI est la méthode la plus utilisée pour le titrage de ces anticorps
• L’infection est démontrée si le titre du sérum tardif est au moins 4 fois plus élevé que le titre du sérum précoce
• Un sérum unique ayant un titre de 1/256 est considéré comme preuve présomptive d’infection.
• Malgré l’existence de réactions croisées, la spécificité reste bonne
Traitement Le choix thérapeutique antibiotique dépend de la gravité de la légionellose et du terrain sous-jacent :
• Formes non graves :
Si patient ambulatoire ou hospitalisé en médecine ou aux urgences : Macrolide en monothérapie par (Azithromycine de
préférence)
• Formes graves : Soit association de deux antibiotiques au sein des 3 familles suivantes :
Macrolides IV (Spiramycine plutôt qu'érythromycine),
Fluoroquinolones (par ordre de préférence : Lévofloxacine, ofloxacine, ciprofloxacine),
Rifampicine (n'est pas recommandée en monothérapie et n'est à utiliser qu'en association avec un macrolide ou une
Fluoroquinolone)