Le cycle d’azote
Comme les autres éléments essentiels de la chimie du vivant , l’azote n’est assimilable par
les plantes que sous forme minérale . Cependant, bien qu’ils constitue 80%de l’atmosphère
terrestre , l’azote gazeux n’est pas utilisable.
L’azote doit être utilisé que sous sa forme minérale ( nitrates , sels amoniacaux)
Une petite part a été apporté par les eaux de pluies formés au cours des orages ( 02- 10 ) kg
/ an .
Des retombés d’azotes ammoniacaux issus des zones industrialisés peuvent être ajoutés
mais représentent toute fois une faible grandeur.
L’essentiel des importations naturelles d’azote dans le sol et eau est dû à l’activité des
microorganismes fixateurs, procaryotes libres ou symbiotiques dont l’apport annuel est de
l’ordre de (2 à 30) kg /Ha.
Cependant, l’azote incorporé dans la biomasse microbienne ou végétale doit être
minéralisé ; des
décomposeurs microbiens transforment d’abord cet azote organique en ammoniac, qui est
à son tour oxydé en nitrates plus facilement assimilables donc il pourra être utilisé par les
végétaux non symbiotiques , puis transmis aux autres maillons de la chaine alimentaire à
l’’origine de laquelle ils se trouvent . cette matière organique « secondaire » peut etre ,
elle-même minéralisée et recyclée à chaque étape. Figure 01
on observe donc , selon le schéma , un flux permanent d’azote atmosphérique vers le sol /
eau ; ou il est fixé et transformé en matière organique susceptible d’être recyclée .
L’accumulation est évitée et l’équilibre est rétabli, dans les écosystèmes naturels, par
l’action d’organismes dénitrifiant qui assurent le retour à l’état gazeux de l’azote nitrique en
excès .il n’en est cependant plus de même dans les systèmes d’agriculture intensive ou les
apports d’engrais azotés s’ajoutent à la fixation naturelle. Une partie seulement de la fumure
azotée est utilisée par les cultures. le reste, facilement entrainé par les eaux de pluie et
d’irrigation, échappe aux organismes dénitrificateurs (dont il dépasse les capacités de
transformation) et va polluer les nappes phréatiques. à cette pollution diffuse peut s’ajouter
localement , celle qui résulte de la nitrification des lisiers ou des ordures ménagères .
nous étudierons successivement : la fixation de l’azote atmosphériques, l’ammonification et
la nitrification, qui constituent les deux étapes de la transformation de l’azote organique en
azote soluble assimilable , et la dénitrification qui assure son retours à l’état gazeux
Figure 01 Schéma du cycle de l’azote
1. Fixation de l’azote atmosphérique
Les microorganismes fixateurs remplissent une fonction écologique irremplacable puisque , jusqu’à la
découverte des procédés de synthèse industrielle de l’ammoniac , ils étaient les seuls capable de faire entrer
l’azote dans les cycle biologiques .
La fixation de l’azote est catalysé par une enzyme appélée nitrogénase . chez Klebsiella pneumoniae ,
20 gènes différents déterminent la structure et le fonctionnement de la nitrogénase . une remarquable
conservation des séquences de nucléotides des génes de structure de cette enzyme a pue etre mise en
evidence chez toutes les especes fixatrices étudiées . la nitrogénase est en fait constitué de deux proteines ,
l’une contenant du fer , l’autre du fer et du molybdène . une autre nitrogénase a été découvrte chez des
mutants d’Azotobacter vinelandii incapble de fixer l’azote dans les milieux usuels de molybdéne. Cette
enzyme a été mise en évidence ,par la suite , chez des souces sauvages ainsi que chez A . chroococcum ey
Anabaena variabilis, et sa présence parait probable chez Clostridium pasteurianum ainsi que chez d’autres
especes . cette nitrogénase » alternative « est comme l’autre , constitué de deux proteines ( l’une contenant
le fer et l’autre du fer et du vanadium) codées par des génes Vnf très voisin des génes Nif de la nitrogénase
au molybdene .Une autre nitrogénase utilisant seulement le fer , a été découverte plus récemment.
L’azote atmosphérique est réduit par la nitrogénase en présence de NADPH et de ferrédoxine , qui
assurent les transferts d’électrons
N 2 + 8 H+ + 8 é 2 NH3 + H2
Cette réaction consomme une grande quantité d’énergie (fournie par 16 molécules d’ATP) et produit de
l’hydrogène moléculaire, émis sous forme gazeuse.
Aussi certains chercheurs sont très intéressés par l’existence , chez certaines Bactéries d’ une hydrogénasse
qui assure le recyclage de l’ hydrogène par l’intermédiaire du métabolisme respiratoire
Figure 02
2
les nitrogénases sont dénaturées irréversiblement par l’oxygène. C’est pourquoi les Bactéries aérobies
fixatrices d’azote ont mis en place des systèmes de protection de l’enzyme . les mécanismes peuvent etre
variés :
intensification de la respiration (Azotobacter), synthèse d’une protéine protectrice ( azotobacter), enveloppe
muqueuse polysacharidique ( beijerrinckia) , confinement (nodosites des vésicules des symbiotes ,
hétérocystes de certaines Cyanobacteries) ,etc .
la présence d’azote minéral soluble ( ammoniacale ou nitrique) inhibe aussi , mais de façon réversible , le
fonctionnement de la nitrogénase : la fixation n’est active que lorsque le milieu est déficient en azote soluble
.
les microorganismes fixateurs d’azote se trouvent , soit à l’état libre dans le sol/ eau , soit associés de façon
étroite à d’autres organismes : champignons ( lichens) ou végétaux chlorophylliens .
Fixateurs libres d’azote :
De nombreuses bactéries appartenant à des groupes taxonomiques différents, sont capable de fixer l’azote
atmosphérique . les plus anciennement connues sont des organotrophes ( incapable d’utiliser la cellulose ,
elles sont besoin de substrats carbonés facilement métabolisable , mais beaucoup vivent en association avec
des organismes cellulolytiques dont elles consomment les sous produits . on les rencontre en condition
anaérobies ou micro aérophiles , mais aussi en conditions aérobies. Beaucoups d’espèces en effet ont réussi
mettre au point des systèmes protecteurs de la nitrogénase et peuvent fixer activement l’azote en présence
de l’oxygène. Les bacteries phototrophes fixatrices d’azote sont en général cantonnées à des habitats
aquatiques . Certaines peuvent avoir un role agronomique important , dans les rizières par exemple
L’intensité de la fixation de l’azote par les Bactéries libres est très variable selon les lieux et les conditions
climatiques. L’apport annuel représente en général quelques kilogrammes par hectare , mais il peut , dans
certains cas, atteindre une trentaine de kg . En milieu liquide , les Cyanobactéries fixent entre 30 et 70 Kg par
hectare et par an.
Elles ont , de ce fait , un rôle important dans les cultures de riz traditionnelles . la quantié d’azote fixé par les
bactéries libres , chaque année , représente environ 50 millions de tonnes .
Les Azospirilium , qui sont étroitement associés aux racines de la plupart des graminées ont été l’objet de
recherches ces dernières années .
De nombreux essais ont montré que des souches d ‘ [Link] introduite dans la rhizosphère de plantes
cultivés permettaient d’obtenir des augementation significatives de rendement en grains et en matière séche
totale . Mais les dosages réalisés avec 15 N conduisent à rejeter l’hypothèse d’une assimilation accrue de
l’azote par les plantes traités . Les stimulations observées sont due vraisemblablement à la production
d’hormones de croissance par ces Bactéries
Fixateurs d’azote symbiotiques
La fixation d’azote par des Bacteries symbiotiques introduit chaque année dans les cycles biologiques 120
millions de tonnes d’azote, soit plus du double de l’apport du aux Bacteries libres
L’un des principaux groupes , et les plus anciennement connu, est celui du Rhizobium ( à croissance rapide)
et des Bradyrhizobium) ( a croissance lente) assocés aux légumineuses .
Les Rhizobiums sont des Bactéries souvent abondantes au voisinage des racines des plantes , hôtes ou non
hôtes , particulièrement dans les sols à PH voisin du 7 .elles peuvent persister à l’état saprophytique mais ,
dans ce cas, fixent très peu ou pas d’azote. Les étapes qui précèdent la mise en route de l’association
symbiotique sont expliquer de cette manière ;
Le processus commence par un échange de signaux entre la plante et la bactérie, les graines en germination
et la partie apicale des racines excrètent des flavonoides qui , à des concentrations nano molaires ,
stimulent de façon sélective les Rhizobiums présents dans leurs environnement . les Rhizobiums ,eux-
mêmes exercent vraisemblablement aussi une réaction stimulante sur la plante car la synthèse de
flavanones et des chalcones est accrue lorsqu’ils sont à proximité des racines .
Ces signaux ont un effet chimiotactique , d’autres part ils activent la transcription d’un ensemble de gènes
de nodulation dont les produits déclenchent chez la plante les processus aboutissant à l’entrée de la
Bactérie compatible . leur effet le plus notable est la déformation des poils absorbants qui précède
l’infection, mais ils semblent intervenir aussi dans la fixation des Rhizobium sur leurs sites de pénétration.
Chez la luzerne ou le soja , les bactéries s’attachent sur la racine dans une zone très localisée , à la limite de
la zone d’élongation. Elles infectent les poils absorbants après qu’ils se soient recourbés en prenant une
forme en crosse caractéristique. Chez les arachides, elles se fixent aux points d’émergence des racines
latérales.
La cellule infectée élabore une sorte de conduit revêtu de cellulose, le cordon d’infection, dans lequel
s’engagent les Bactéries. Leurs expressions dont les produits (nodulines ) provoquent la dédifférenciations de
certaines cellules corticales. Celle-ci se multiplient et forment une excroissance. la nodosité ( ou nodules)
reliée à l’appareil vasculaire de la plante.
Figure 03
L’efficacité de la fixation de l’azote dépend beaucoup des souches de Rhizobium ou de Bradyrhizobium.
Les Frankia , actinomycètes qui forment des associations symbiotiques avec les arbres et les arbustes
capables de pousser sur sols pauvres , acides secs , hydro -morphes ou salés
Comme les Rhizobium , les Frankia pénètrent par les poils absorbants et infectent les cellules du cortex
racinaire , mais les nodosités se forment à partir des racines latérales , cette activité est soumise à des
variations saisonnières .
Les mécanismes de protection de la nitrogénase des Frankia contre l’oxygène sont plus variés que celle du
Rhizobium ; elle peut être incluse dans les vésicules , organes assimilables au hétérocystes des
cyanobacteries , ou abritée par des parois épaissies et subérisées de la nodosite ; les transport d’oxygene
sont alors assurés par une hémoglobine proche de celle des légumineuses . des situations intermidiaires
existent ; le gène Hup permenttant le recyclage de l’hydrogène est beaucoup plus fréquent dans les
associations symbitiques à Frankia que dans celle du Rhizobium .
Les Cyanobactéries ( Nostoc et Anabaena) participent également des associations symbiotiques fixatrices
d’azotes avec des partenaires extrêmement variés ; Cycadales tropicales , Fougères , Hépatiques et Lichens .
MINÉRALISATION DE L'AZOTE ORGANIQUE
La plus grande partie du stock d'azote se trouve dans le sol sous forme organique, plus ou moins
labile Sous cette forme il n'est pas assimilable directement par les microorganismes ou les plantes.
Les constituants azotés des débris végétaux ou animaux, ou des microorganismes morts, sont
décomposés par la microflore avec libération d'acides aminés et de bases azotées. Ces composés plus
simples sont à leur tour attaqués par fermentation ou oxydation.
La décomposition anaérobie (putréfaction) ne produit pas en général d'ammoniaque, mais des
amines, qui sont ensuite oxydées avec production de CO2 et d'ammoniaque. L'ammonification aérobie
est le processus le plus important dans le sol.
a. Protéolyse
Les protéines sont des chaînes d'acides aminés constituées par un nombre plus ou moins grand de
"résidus", leur poids moléculaire varie de 103 à 106 daltons environ. L'hydrolyse par des exoenzymes
microbiens provoque la coupure en tronçons plus courts (peptides) puis en acides aminés libres. Ceux-
ci sont pour environ 4/5 utilisés par la microflore pour la synthèse des constituants cellulaires.
b. Ammonification
L'ammonification est une fonction banale de la microflore bactérienne et fongique, intervenant à
des conditions très variées de pH, d'humidité ou de température. Par exemple, l'optimum de pH étant
la neutralité, l'ammonification reste active entre pH 3,5 et 9,5 , donc dans une gamme de pH couvrant
la majorité des sols. De même, l'ammonification se produit aux très basses teneurs en eau (pF < 4,9 ):
dans les sols arides il peut en résulter une accumulation d'ammoniaque, la nitrification étant plus
ralentie. Aux premières pluies se produit alors une intense nitrification, et une perte importante
d'azote par lessivage
Les bactéries ammonifiantes les plus connues ce trouvent dans les genres Bacillus, Proteus,
Micrococcus, Pseudomonas. Les champignons (Aspergillus) semblent jouer un rôle important dans les
sols tropicaux acides. Les germes ammonifiants sont très abondants, ils peuvent former 20% de la
microflore totale du sol .
C. Putréfaction
C'est un processus anaérobie dû à des bactéries sporulantes (Clostridium ) qui se produit dans une
masse compacte de matière organique. La putréfaction est moins importante dans le sol que
l'ammonification des résidus végétaux, même s'il y a un apport de cadavres de petits animaux, car
ceux- ci sont dispersés et mélangés avec des résidus végétaux donc subissent une ammonification.
Le rapport C/N des substances qui peuvent putréfier est plus faible que celui des résidus végétaux. Il
se forme des composés malodorants: acides gras (acide butyrique), mercaptans, indol. Une faible
production d'acide indol-acétique par putréfaction peut avoir une influence sur la croissance des
plantes, ce composé étant un facteur de croissance. Le stade ultime est encore l'eau, le CO2 et
l'ammoni
La NITRIFICATION
Les germes nitrifiants ne sont jamais très abondants dans le sol, ce qui est probablement dû à
leur faible taux de croissance et à leur exigence pour des quantités importantes d'ammonium ou
de nitrite comme source d'énergie. Ils sont alors peu compétitifs par rapport à la microflore
hétérotrophe contingente qui, bien que moins active, peut jouer un certain rôle dans la nitrification
dans le sol.
Les conditions optimales pour l'activité et la croissance des bactéries nitrifiantes sont aussi
celles qui favorisent la croissance des plantes: bonne aération, pH voisin de la neutralité, apports
d'azote: il a donc été envisagé d'utiliser comme indice de fertilité le nombre de bactéries
nitrifiantes du sol.
En culture pure, le pH optimum est voisin de 7, mais la nitrification est encore active dans un sol
à pH 5, en raison de l'hétérogénéité du milieu : in situ, certaines microniches dans les aggrégats
peuvent avoir un pH plus élevé que le pH moyen mesuré sur la pâte. Aux pH alcalins, l'oxydation du
nitrite est proportionnellement plus ralentie que l'oxydation de l'ammonium, ce qui peut entraîner
une accumulation de nitrite très toxique pour les plantes.
Les bactéries nitrifiantes sont aérobies strictes, la nitrification se produit donc surtout dans les sols
bien aérés. En rizière submergée, l'oxygène dégagé par photosynthèse des algues ou excrété
dans la rhizosphère du riz permet une nitrification des engrais ammoniacaux, donc une perte
eventuelle d'azote par lessivage ou dénitrification
La nitrification, c'est-a-dire l'oxydation de l'ammonium en nitrate, est réalisée en deux étapes
par deux groupes distincts de bactéries autotrophes qui utilisent le CO2 comme seule source de
carbone et respectivement l'ammoniaque et le nitrite comme source d'énergie.
L'intervention des hétérotrophes, et en particulier des champignons, est certaine mais il est
difficile d'établir leur rôle quantitatif dans le sol.
1 1 2
NH4+ ------> NH2OH ------> NO2- ------> NO3-
1: nitrosation 2: nitratation
a. Oxydation de l'ammonium en nitrite: nitrosation
La taxonomie des espèces oxydant sont principalement les genres Nitrosomonas,
Nitrosocystis, Nitrosococcus, Nitrosospira et Nitrosolobus qui ont été isolés du sol
comme des eaux douces et marines. De façon schématique, le premier intermédiaire
de l'oxydation est l'hydroxylamine, qui est ensuite oxydée en nitrite sans qu'un
composé intermédiaire avant le nitrite ait été mis en évidence de façon certaine :
b. Oxydation du nitrite en nitrate: nitratation
Le principal germe responsable est Nitrobacter, mais d'autres genres ont été
également décrits (Nitrospira , Nitrococcus). Ces bactéries sont aérobies strictes et
hétérotrophes facultatives, mais la croissance sur carbone organique est plus lente
que sur CO2. Ces microorganismes sont difficiles à isoler et nécessitent l'utilisation de
cultures d'enrichissement. On ne connaît donc que peu d'espèces de bactéries
oxydant le nitrite dans le sol.
DÉNITRIFICATION
Découverte à la fin du siècle dernier, la dénitrification est un processus respiratoire
anaérobie. Le nitrate (ou d'autres composés oxygénés minéraux de l'azote) est utilisé
comme accepteur final d'électrons en remplacement de l'oxygène, pour l'oxydation
de composés carbonés. Les composés oxygénés de l'azote étant réduits finalement en
gaz (N2O ou N2), la dénitrification aboutit à une perte de l'azote présent initialement
sous forme nitrique ou apporté par les engrais. De très nombreux travaux ont été
effectués pour mettre en évidence les étapes intermédiaires de la dénitrification et
pour préciser l'influence de certains paramètres physico-chimiques sur le processus
dans le sol.
8.1.1. Etapes intermédiaires et germes responsables
Les études enzymologiques sur plusieurs genres bactériens ont montré que le
nitrate est réduit en azote en plusieurs étapes :
NO3- -> NO2- -> NO -> N2O -> N2
Chez les bactéries aérobies, la dénitrification est une voie respiratoire alternative
qui permet éventuellement en l'absence d'oxygène, de transférer les électrons au
nitrate (ou aux autres composés intermédiaires). Cependant, en présence d'oxygène
(et même si le nitrate est lui aussi présent), la respiration se fait uniquement au
dépens de l'oxygène, les enzymes de la dénitrification étant réprimés par l'oxygène,
bien que l'on ait démontré tout récemment l'existence de bactéries capables de
dénitrifier en présence d'air. Quelques souches anaérobies facultatives fermentaires
appartenant au genre Bacillus ont été décrites comme dénitrifiantes.
[Link]. Réduction du nitrate
La réduction dissimilatrice du nitrate (par opposition à la réduction assimilatrice
de ce composé) est une propriété commune à de nombreuses espèces de bactéries
appartenant à divers groupes de la classification (Tableau 11.12). Seul un petit
nombre conduit la réduction du nitrate jusqu'au stade de l'azote, les autres nitrato-
réducteurs accumulant le nitrite dans le milieu.
L'enzyme responsable est la nitrate-réductase. On en connaît actuellement 5 types:
• Nitrate-réductase A; elle est particulaire et utilise le chlorate comme substrat.
• Nitrate-réductase B; elle est soluble, n'utilise pas le chlorate et est inhibée par ce
composé.
• Chlorate-réductase C; elle n'utilise pas le nitrate.
• Nitrate-réductase D; c'est celle que l'on rencontre dans les mitochondries des
eucaryotes. Elle présente les même caractéristiques que l'enzyme A.
• Nitrate-réductase E; elle est particulaire, n'utilise pas le chlorate, mais n'est
pas inhibée par ce composé.
Figure 04 Devenir s des ions nitrates dans le sol
