INSTITUT NATIONAL SUPERIEUR DES CLASSES

PREPARATOIRES AUX ETUDES D’INGENIEUR

BIOLOGIE POUR L’INGENIEUR

L2 INSPEI

Dr CHABI SIKA B. Kamirou

Table des matières
Chapitre 1 : Support de l'information génétique ......................................................................3

Introduction ............................................................................................................................3

1. ADN comme matériel génétique......................................................................................3

2. Composition chimique de l'ADN ........................................................................................5

3. Structure de l'ADN ..........................................................................................................6

3.1. Liaison hydrogène ....................................................................................................7

3.2. Stabilisation de la double hélice de l'ADN ................................................................7

3.3.1. Forme B.................................................................................................................8

3.3.2. Forme Z .................................................................................................................9

4. Propriétés physico-chimiques de l'ADN...........................................................................9

4.1. Température de fusion ............................................................................................ 10

4.2. Facteurs influençant la Tm ..................................................................................... 10

4.3. Absorption de la lumière ultraviolette ......................................................................... 10

Chapitre 2 : Expression de l'information génétique ............................................................... 11

1-Transcription ..................................................................................................................... 11

1.1. Gène ....................................................................................................................... 11

1.2. ARN polymérase .................................................................................................... 12

1.3. Étapes de la transcription chez les procaryotes........................................................ 13

1.3.2. Initiation .............................................................................................................13

1.3.2. Elongation ...........................................................................................................15

1.3.3. Terminaison ......................................................................................................... 15

1.4. Transcription chez les eucaryotes ...........................................................................17

1.4.1. Etapes de la transcription chez les eucaryotes .................................................. 18

1.5. Maturation des ARNm............................................................................................ 20

2. Traduction ..................................................................................................................... 22

2.1. ARN messager et le code génétique............................................................................ 22

1
 2.1.1. Code génétique ................................................................................................ 23

2.1.2. Reconnaissance, activation et chargement des ARNt ....................................... 23

3. Etapes de la traduction chez les procaryotes................................................................... 24

3.1. Initiation de la traduction ........................................................................................ 24

3.2. Elongation .............................................................................................................. 26

3.3. Terminaison de la traduction .................................................................................. 27

4. Traduction chez les eucaryotes ...................................................................................... 27

4.2. Elongation .............................................................................................................. 27

2
Chapitre 2 : Support de l'information génétique

Introduction
La variété des organismes vivants est extraordinaire, on estime qu'il y a de nos jours plus de 10
millions d'espèces. Chaque espèce est différente des autres. Cette différence est due au contenu
en information génétique de chaque espèce. Les généticiens ont envisagé que des molécules
spécifiques étaient porteuses de cette information génétique. Les êtres vivants sont subdivisés
en deux groupes: les eucaryotes et les procaryotes, se différencient par la présence ou non d'un
noyau.

1. ADN comme matériel génétique

En 1869: Fredrich Micher utilisa une protéase (pepsine: découverte en 1836) pour séparer le
noyau du cytoplasme. Il a observé une petite tache de poudre grise qui s'était détachée d'un
liquide claire jaunâtre (cytoplasme). Il l'appela nucléine.

En 1889: Le biologiste Altman a précisé que la nucléine c'est un acide nucléique.

En 1928 : L’expérience de Griffith a montrée que la souche S tuée ne tue pas la souris, mais
lorsqu'elle est mélangée avec la souche R vivante, la souris injectée meurt. Comme conclusion
la souche R est transformée en souche S, et le facteur transformant est l'ADN.

3
En 1931: J. Hammerling, il travaille sur l’Acetobularian qui est une algue unicellulaire, verte
ayant l'aspect d'une petite ombrelle (tige + chapeau). Il existe plusieurs formes selon le type
d'algues.

- Il a mis les noyaux d'une souche de type A dans une souche de type B (différent chapeaux)
dont les chapeaux furent coupés.

- Il a observé que des chapeaux de type A se développent sur le type B.

Les travaux de Hammerling ont démontré pour la première fois dans l'histoire que le noyau est
le seul responsable de la production des êtres vivants (eucaryotes).

En 1944: Avery O.T., Macleod C. M. et Mc Carty M. (Rockfeller institute - New York) ont
repris les expériences effectués en 1928 par Fred Griffith en utilisant les extraits de différentes
biomolécules de la cellule S traités ou non par des enzymes spécifiques. Les résultats obtenus
montrent qu'il ya transformation d'un nombre de souches R en souche S lorsque l'ADN purifié
est utilisé (selon la fréquence de transformation). Les mêmes résultats ont été obtenus en
dégradant les protéines et les ARN par des enzymes spécifiques. En conclusion, l'ADN est le
facteur transformant et le support de l'information génétique

En 1952: Expérience de Hershey et Chase. L'utilisation de l'ADN et des protéines phagiques

marqués, montre que seulement l'ADN qui est injecté dans les cellules bactériennes, entraînant
la production des phages. C'est donc l'ADN qui est porteur de l'information génétique du virus.

En 1946: Lederberg et Tatum ont recombiné génétiquement des bactéries de souches

auxotrophes incapables de pousser sur un milieu dépourvu de facteurs de croissance).

En 1950: Chargaff a fait l'équivalence en bases dans l'ADN des animaux, végétaux, bactéries
et phages. En conclusion il a trouvé que :

- Le rapport A + G / T + C ≈ 1 (purines / pyrimidines ≈ 1) chez tous les organismes testés.

- Le rapport AT / GC est variable selon les espèces.

En 1952-1953: - Franklin a obtenu une excellente photographie d'ADN par diffraction des
rayons X.

- La même année Watson et Crick utilisant les données de Chargaff et l'image obtenue par
Franklin ont établi le modèle de la double hélice (la forme B).

4
2. Composition chimique de l'ADN
Les travaux de Kornberg révélèrent que les précurseurs de l'ADN étaient des nucléotides riches
en énergie (dNTP, dCTP, dTTP, dGTP). Chaque nucléotide est composé d'acide phosphoriques
(3), base azotée (A, T, C, G) et un pentose(2'-désoxy-β-D-Ribose). La liaison formée entre deux
phosphates donne un anhydride avec une liaison très riche en énergie, et la liaison entre le
groupement acide du phosphate et l'hydroxyle du sucre donne une liaison ester.

La liaison formée entre le sucre et la base est une liaison osidique de type β-N-glycosidique.

5
 3. Structure de l'ADN

Les acides désoxyribonucléiques sont de très grandes molécules composées de deux chaines
polynucléotidiques enroulées l'une autour de l'autre pour former une double hélice régulière (La
forme B a un diamètre de 2,47 nm).

Structure détaillée de la double hélice de l'ADN (forme B). Un tour d'hélice recouvre environ
10.5 pb (34 Å). Le squelette de chaque brin est formé de sucre et de phosphate. Les bases
azotées sont projetées vers l'intérieur de la molécule mais restent accessibles au solvant par les
deux sillons (petit et grand sillon).

-Interactions entre C-G et A-T

6
Deux types de paires de bases, souvent appelées paires de bases complémentaires prédominants
dans la plupart des ADN A-T et C-G. La paire de base A-T est associé par deux liaisons
hydrogène et le G-C par trois.

3.1.Liaison hydrogène

Les liaisons hydrogène entre les bases complémentaires sont l'une des caractéristiques
fondamentales de la double hélice, car elles assurent la stabilité thermodynamique de l'hélice et
la spécificité de l'appariement. Une liaison hydrogène est formée entre un atome ou groupement
donneur d'hydrogène chargé positivement et un autre accepteur chargé négativement. Dans
l'ADN, les liaisons hydrogène stabilisent les paires de base de la double hélice. La
complémentarité entre les bases repose sur des raisons stériques.

L'appariement de base entre deux purines, deux pyrimidines ou des bases non complémentaires A-C ou
G-T est défavorisé, parce que les liaisons hydrogènes appropriées ne peuvent se former sous peine de
rompre la géométrie de l'hélice. Une conséquence de cette règle d'appariement des bases est que la
séquence d'un brin définit la séquence des bases de l'autre brin.

3.2.Stabilisation de la double hélice de l'ADN

La stabilisation de la double hélice s'effectue par des liaisons chimiques faible et non covalentes
à la fois internes et externes :

- Liaisons hydrogène entre les bases.

- Interactions hydrophobes et électroniques entre les bases

7
- Interactions des groupements sucre et phosphate avec le milieu aqueux (interactions
hydrophiles).
3.3. Formes de l'ADN
Dans l'espace les deux chaines présentent une configuration hélicoïdale. Elles s'enroulent autour
d'un axe imaginaire pour constituer une double hélice à rotation droite (Ex. Forme A et B) ou
bien a rotation gauche (Ex. Forme Z). Il existe plusieurs structures hélicoïdales de l'ADN
jusqu'à maintenant présent, six formes ont été décrites (A à E et Z), mais la plupart d'entre elles
ont été trouvées dans des conditions expérimentales contrôlées.

3.3.1. Forme B
La forme B de l'ADN est la forme biologique la plus importante, elle correspond à la forme
décrite par Watson et Crick en 1953. Cette forme est caractérisée par un pas (tour) d'hélice de
10.5 pb (34 Å) et un diamètre de 2,37nm (fig. 8). La forme B de l'ADN est caractérisée aussi
par la présence de deux sillons, le petit sillon et le grand sillon.

8
Les protéines font des liaisons avec l'ADN au fond des sillons (le grand, le petit ou les deux),
ces liaisons sont spécifiques (liaisons hydrogène) ou non spécifiques (interactions de Vander
Waals, et interactions électrostatiques générales).
Les différentes formes de l'ADN se distinguent par :
- Nombre de paires de bases dans chaque tour d'hélice.
- Pas de l'hélice (longueur)
- Diamètre hélicoïdal de la molécule
- Sens de la double hélice (droit, gauche).
3.3.2. Forme Z
Forme une double hélice à rotation gauche (fig. 10); nombre de paires de bases par tour d'hélice
est de 12, le pas d'hélice est de 4.56 nm, et un diamètre de 1.8 nm. Cette forme présente les
caractéristiques suivantes :
- Le squelette présente une conformation en zigzag favorisée par un taux de GC élevé (moins
lisse que l'ADN-B).
- Il y a un seul sillon, qui ressemble au petit sillon de l'ADN-B
- Les phosphates sont plus proches les uns des autres que dans l'ADN-B.
- L'ADN-Z ne peut pas former de nucléosomes.
- La transformation de l'ADN-B en ADN-Z se fait lors de la transcription des gènes (au site
d'initiation de la transcription).

4. Propriétés physico-chimiques de l'ADN

9
Les liaisons hydrogènes et les interactions hydrophobes qui maintiennent la structure en double
hélice sont des forces faibles et des quantités relativement petites d'énergie peuvent séparer les
deux brins, un processus appelé dénaturation.
4.1. Température de fusion
Si une solution d'ADN est chauffée, à une certaine température, les liaisons hydrogènes qui
assurent la cohésion des 2 brins appariés se rompent. On parle de fusion de l'ADN caractérisée
par la température de fusion (Tm : melting temperature).
La dénaturation et la renaturation des brins d'ADN en solution sont des reconstitutions critiques
pour diverses fonctions biologiques normales (réplication; transcription …etc.).

4.2. Facteurs influençant la Tm

La température de fusion est influencée par plusieurs facteurs :
- C + G % : la Tm augmente avec l'augmentation du% CG. Pour les petites séquences comme
les amorces (17 à 31) Tm= 4(C+G) + 2(A+T)
- Les cations (mono ou divalent).
- Les polyamines.
- Les protéines.
4.3. Absorption de la lumière ultraviolette
La propriété d'absorption des purines et pyrimidines dans l'UV à 260nm, et les protéines à
280nm permet de doser les acides nucléiques (C: concentration), et aussi bien d'estimer la
contamination par les protéines lors de la purification des acides nucléiques.

10
Chapitre 2 : Expression de l'information génétique

1-Transcription
La transcription est le premier processus de régulation utilisé par les cellules, tissus et
organismes pour faciliter et contrôler les programmes complexes de l'expression génétique, le
métabolisme cellulaire, et le développement des tissus et les organes. L'information génétique
est stockée dans l'ADN. Cependant, l'expression de cette information génétique nécessite le
passage de l'ADN à l'ARN, puis aux protéines (transcription, traduction). On appel transcription
la synthèse de brin d'ARN dont la séquence est dictée par celle de la molécule d'ADN
correspondante.
Les trois principaux types d'ARN connus sont:
- ARN messager (ARNm) : Spécifie les codons
- ARN de transfert (ARNt): Spécifie les anticodons
- ARN ribosomique (ARNr): Constituant de ribosomes et impliqué dans la synthèse des
protéines.
Chez les procaryotes ces ARN sont synthétisés par une seule ARN polymérase. Chez les
eucaryotes elles sont synthétisées par trois types de polymérases, ARN pol I, ARN poI II, et
ARN pol III (tableau 1). La réaction nécessite un brin d'ADN qui sert de modèle, les nucléosides
trois phosphate (ATP, GTP, CTP, UTP) et Mg++
Tableau 1: Les ARN polymérases chez les cellules eucaryotes

1.1.Gène
Le gène est l'unité fonctionnelle de l'information génétique. Il est constitué d'un ensemble de
nucléotides qui contient toutes les informations nécessaires pour transcrire un
ARNm.
ARNm : Une succession de nucléotides sous forme de long filament a un seul brin. C'est un
vecteur du message dictant la séquence des protéines entre chaque gène et la protéine
correspondante.
(CRE [Cyclic AMP Responsive Element], TRE [12-O-Tetradacanoylphorbol 13-acetate
Responsive Element]: des éléments de réponse).

11
Promoteur: Site sur l'ADN d'une centaine de bases auquel l'ARN polymérase (ainsi que les
facteurs d'initiation requis) se fixe pour commencer la transcription. Chez E. coli il y a environ
2000 sites promoteurs (4.8 x106 pb), elles sont qualifiés d'éléments cis.

1.2.ARN polymérase
L'ARN polymérase assume de multiples fonctions dans le processus de la transcription :
- Elle cherche les promoteurs
- Elle déroule le fragment à transcrire pour produire une matrice simple brin
- Elle sélectionne les NTPs corrects et catalyse la formation des liaisons phosphodiester.
- Elle détecte les signaux de terminaison.
- Elle interagit avec les protéines de régulation de l'expression génétique (activateurs,
répresseur).
Les ARN polymérases réalisent essentiellement les mêmes réactions dans toutes les cellules
procaryotes et eucaryotes. Les bactéries possèdent une seule ARN polymérase (l'enzyme
minimale) capable à elle seule de synthétiser de l'ARN, elle est composée de quatre sous unités,
chacune codée par un gène différent (tableau 2). Elle comprend la sous-unité σ et deux sous-
unité α et un exemplaire de chacune des sous-unités β, β', et une sous-unité ω (n'est pas
essentielle à la transcription mais elle a un rôle dans la stabilisation du complexe). La forme
active de l'enzyme contient les sous-unités α2 ββ'ω-σ (PM ≈ 500000 Da). Parmi ces sous unités
les polypeptides β, β' sont à l'origine de l'activité catalytique et constituent le site actif de la
transcription, ce site ressemble à celui de l'ADN polymérase par le fait que sous sa forme active,
il contient deux ions métalliques. La sous unité σ aide à trouver un site promoteur ou' doit
commencer la transcription.
Cette enzyme est très proche des polymérases eucaryotes. Plus particulièrement, les deux
grandes sous-unités β, β' sont homologues des deux grandes sous unités de pol II (RPB1, EPB2).

12
Les sous-unités α sont homologues de RPB3 et RPB11 et la sous-unité ω est homologue de
RPB6.

La transcription chez les procaryotes se fait au niveau du cytoplasme, elle est polycistronique
car plusieurs gènes peuvent être transcrit par la même polymérase (Ex. L'opéron lactose). Par
contre chez les eucaryotes, celle-ci se fait au niveau du noyau, et une polymérase transcrit un
seul gène, on dit qu'elle est monocistronique.

1.3.Étapes de la transcription chez les procaryotes

La synthèse de l'ARN, comme presque toutes les réactions biologiques de polymérisation

comprend trois étapes: l'initiation, l'élongation, et la terminaison.

1.3.2. Initiation
Cette étape initiale est appelée "fixation sur le brin matrice". Chez les bactéries, cette fixation
est établie quand la sous unité σ (élément trans) de l'ARN polymérase reconnaît le promoteur
(éléments cis) localisé dans la région 5' (en amont) du point de transcription initiale d'un gène.

13
 ✓ Séquences consensus
Ces séquences présentent des homologies avec celles des autres gènes du même organisme ou
d'un ou plusieurs gènes d'organismes apparentés. Leur conservation au cours de l'évolution
atteste la nature critique de leur rôle dans les processus biologiques. Dans les promoteurs
bactériens deux séquences ont été détectées:
- TATAAT: Localisée 10 nucléotides en amont (upstream) du site d'initiation de la transcription
(région -10, ou Pribnow Box)
- TTGACA : Localisée 35 nucléotides en amont du site d'initiation de la transcription (région
35).
Ces séquences sont appelées "éléments agissant en cis" (sur le même coté de la molécule d'ADN
dans le gène lui même). Contrairement aux "facteurs agissant en trans" qui sont des molécules
qui se fixent à ces éléments d'ADN.
Une séquence consensus comparable à celle de la région -10 a été identifiée dans la plupart des
gènes eucaryotes étudiés. Elle est appelée boite TATA (TATA Box).
✓ Fixation de l'ARN polymérase
Le degré de la fixation de l'ARN polymérase aux différents promoteurs varie considérablement
(promoteur fort, promoteur faible), en provoquant la variation de l'expression génétique.
Généralement ce phénomène est attribué à la variation des séquences dans les promoteurs.
✓ Eléments trans
Chez les bactéries, il existe plusieurs formes alternatives de l'ARN polymérase, chaque forme
contient une sous-unité σ particulière (σ32, σ54, σ70, σS et σE). La sous-unité σ70 est la plus
grande forme (70 kDa). Ces éléments trans reconnaissent les séquences consensus de différents
promoteurs et permettent une spécificité de l'initiation de la transcription. Cela permet de
contrôler leur expression.

14
Une fois qu'elle a reconnu le promoteur, et qu'elle s'y fixée, l'ARN polymérase catalyse
l'initiation, c'est-à-dire l'insertion du premier NTP du site d'initiation du brin d'ADN matrice
(aucune amorce n'est nécessaire : initiation de la synthèse de novo). Ce processus se poursuit
dans la direction 5' 3', créant un duplexe ADN-ARN temporaire de 8 pb.
1.3.2. Elongation
Une fois le duplexe temporaire est formé, la sous-unité σ se dissocie de l'holoenzyme et
l'élongation de la chaine se poursuit sous la direction de la partie centrale de l'enzyme.
Chez E. coli ce processus progresse à la vitesse d'environ 50 nucléotides/seconde à 37°C. Par
la suite la polymérase parcourt le gène entier jusqu'à rencontrer une séquence dite de
terminaison.

1.3.3. Terminaison
La terminaison commence dès l'enzyme rencontre un signal de terminaison d'une séquence de
40 pb. Un aspect intéressent de la terminaison chez les bactéries est que la séquence de
terminaison ci-dessus est en fait transcrite en ARN. Cette dernière forme une structure en tige
boucle par appariement de bases du même brin. L'ADN au niveau de la séquence de terminaison
est inversé au centre duquel une zone non répétée est insérée.

15
Ces structures secondaires suivies d'une série d'uridines sont des terminateurs efficaces de la
transcription. Des séquences riches en GC suivie par autres riche en AT sont aussi des sites
spécifiques de terminaison. Ces régions qui ne nécessitent pas de facteurs additionnels sont
nommées "terminateurs intrinsèques".
D'autres types de terminateurs nécessitent des facteurs protéiques spécifiques. Chez E. coli la
protéine Rho se fixe fortement à l'ARN (mais pas ni à l'enzyme ni à l'ADN), elle parcourt alors
la chaine jusqu'au complexe ARN polymérase-ADN. Dés que l'ARN polymérase s'arrête à un
site de terminaison Rho dépendant. Le facteur Rho favorise la libération de l'ARN et de
l'enzyme positionnée sur l'ADN, terminant ainsi la transcription (fig. 10). Il y a aussi d'autres
protéines comme Rho sont aussi impliquées dans la terminaison de la transcription.
Dans tous les cas, les séquences impliquées dans la terminaison sont localisées au niveau de
l'ARN, cependant l'ARN étant transcrit depuis l'ADN, la terminaison est au final toujours
déterminée par des séquences nucléotidiques spécifique sur l'ADN.

16
 1.4.Transcription chez les eucaryotes
La transcription chez les eucaryotes est prise en charge par des ARN polymérase très
apparentées à celles présentent chez les procaryotes. Mais c'est un processus beaucoup plus
complexe et il existe plusieurs différences notables:
- La transcription chez les eucaryotes est prise en charge par 3 ARN polymérases (Pol I, II, et
III) très apparentées à celles présentes chez les procaryotes.
- La transcription au contraire de la traduction se fait au niveau du noyau.
- Elle nécessite plusieurs facteurs d'initiation (facteurs généraux de transcription (FGT: TFII A,
TFII B, TFII D (TBP, TAF), TFII E, TFIIH).
- Remodelage de la chromatine par des protéines régulatrices et des enzymes de modification
de la chromatine ----> : changement de conformation lors de l'ouverture de la double hélice de
l'ADN (ADN inclus dans les nucléosomes).
- En plus des éléments cis (ex: TATA Box) il existe en plus du promoteur des autres séquences
ou unités de contrôle :
• Activateurs : Enhencers

17
 • Extincteurs: Silencers.
Ces séquences peuvent être localisées dans la région régulatrice en 5', en amont du point
d'initiation, mais aussi parfois à l'intérieur du gène ou même dans la région 3' en aval de la
séquence codante.

1.4.1. Etapes de la transcription chez les eucaryotes

Comme chez les procaryotes, la transcription se fait en 3 étapes : initiation, élongation et
terminaison.
✓ Initiation
Chez les eucaryotes, plusieurs facteurs d'initiation sont nécessaires pour une initiation efficace,
alors que les procaryotes besoin d'un seul (σ).
L'ARN polymérase II est régulée à la fois par les éléments agissant en cis (dans le gène lui
même) et par certains nombres de facteurs agissant en trans qui se fixent à ces éléments d'ADN.
Au moins trois éléments d'ADN agissant en cis régulent l'initiation de la transcription par l'ARN
polymérase II. Les facteurs généraux de la transcription (agissant en trans) aident la polymérase
à se fixer au promoteur et à séparer les brins d'ADN. Ils aident aussi la polymérase à se détacher
du promoteur et à s'engager dans la phase d'élongation.
✓ Complexe de préinitiation
La reconnaissance du promoteur et la mise en place du complexe de pré initiation chez la plupart
des pol II débute au niveau du TATA box, ce dernier est reconnu par TFIID, plus précisément
par la sous unité TBP (TATA box Binding Protein). Les bases A et T sont préférées parce
qu'elles sont plus aisément déformables pour permettre l'élargissement initial du petit sillon.
D'autres sous unités de ce complexe sont appelées TAF (TBP associated factors) reconnaissent
d'autres éléments du promoteur, tels Inr, DPE et DCE, bien que la liaison la plus forte soit celle
entre TBP et TATA. Le complexe TBP-TATA attire sur le promoteur d'autres facteurs généraux
de transcription [TFIIA liaison du Pol II au promoteur (upstream), TFIIB liaison du Pol II au
promoteur (downstream), TFIIF accompagne Pol II dés qu'elle se fixe sur le promoteur, TFIIE
essentiel pour l'élongation et la libération du Pol II du promoteur , et TFIIH il a un rôle dans la
phosphorylation du CTD du Pol II et il a aussi un rôle dans l'élongation] et la polymérase elle

18
même. La double hélice à ce niveau se sépare par l'intermédiaire du TFIIH en hydrolysant la
liaison anhydride de l'ATP (comme l'hélicase dans la réplication).
✓ Libération de la polymérase du promoteur
Cette étape d'initiation abortive (car le complexe est instable, donc elle se répète un certain
nombre de fois avant que se forme un hybride ADN: ARN stable incluant un transcrit de 11
nucléotides) implique deux étapes :
- Hydrolyse de l'ATP
- Phosphorylation de la polymérase
La grande sous unité de pol II possède sur l'extrémité C-terminale une série de séquence répétée
de 7 acides aminés (heptapeptide: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser) appelée domaine carboxy
terminal (CTD) ou la queue. Le nombre de répétitions dépond des espèces: 27 fois chez les
levures, 45 fois chez la mouche Drosophila, et 52 fois chez l'homme. Chaque motif répété
contient des sites de phosphorylation par des kinases spécifiques, notamment une qui est une
sous unité de TFIIH. La régulation du niveau de phosphorylation du CTD de Pol II contrôle
aussi les étapes ultérieures (élongation, maturation).

✓ Elongation
Dès qu'il y’a formation de l'hybride ADN/ARN stable l'élongation du transcrit d'ARN
progresse. A partir de ce moment on peut dire que la transcription devient un processus de
polymérisation de l'ARN hautement efficace.
Dans l'étape de l'élongation la Pol II se débarrasse de la plupart de ses facteurs d'initiation,
comme les FGT et le médiateur (requis pour atteindre des niveaux élevés de transcription in
vivo : car l'ADN est empaqueté sous forme de chromatine). De nouveaux facteurs appelés

19
facteurs d'élongation vont les remplacer. Différents protéines sont supposées stimuler
l'élongation comme la kinase P-TEFb (phosphoryle des résidus Ser de CTD, et active le facteur
d'élongation hSPT5), TAT-SF1, P-TEFb (stimule l'élongation par trois vois distinctes). Il existe
aussi des facteurs d'élongation de type ELL (suppriment les arrêts temporaires de l'enzyme).
Un autre facteur important dans l'élongation et n'a aucun rôle dans l'initiation est le TFIIS, ce
facteur joue de rôle important le premier est de réduire les pauses de la polymérase et le
deuxième est de corriger les erreurs (mésappariements) par l'activité RNase.
Comme l'initiation de la transcription, l'élongation se déroule en présence d'histones, ce qui fait
appel à des facteurs facilitant la transcription en présence de chromatine. Le facteur FACT
(facilitates Chromatin Transcriprion) rend la transcription sur type de matrice chromatine
beaucoup plus efficace. C'est un hétérodimère de deux protéines, la première Spt16 se lie sur le
module H2A/H2B et la deuxième SSRP1 se lie sur le module H3/H4 pour démanteler les
nucléosomes.
Durant l'élongation la polymérase est associée à un nouvel ensemble de facteurs protéiques
requis pour différents types de modification de l'ARN avant d'être exporté du noyau pour être
traduit. Ces modifications incluent la coiffe, l'épissage et la polyadénylation.
✓ Terminaison
Lorsque la transcrit progresse jusqu'a la portion d'ADN qui signale la terminaison, le complexe
devient "instable". Le clamp s'ouvre, l'ADN et l'ARN étant tous deux libérés de l'enzyme
lorsque la transcription est terminée.
1.5.Maturation des ARNm
La maturation des ARNm prématurés se fait au niveau du noyau et entraîne des changements
dans leur structure :
- Addition d'une coiffe (7mG) en 5' et d'une queue (poly A) en 3' pour la plupart des transcrits
destinés à devenir des ARNm.
- Autres modifications ont lieu à l'intérieur des séquences nucléotidiques.
- Pré-ARNm: les transcrits initiaux se trouvent uniquement dans le noyau. Elles sont désignées
par l'appellation collective d'ARN nucléaires hétérogènes (ARNnh). 25% d'ARNnh sont
convertis en ARNm par excision des introns et assemblage des exons. Concept de gènes
discontinus et d'épissage (splicing) chez les eucaryotes.

20
La transcription et la maturation des ARNm sont couplées, elles sont coordonnées par le
domaine carboxyle terminal (CTD) de la pol II. Nous avons vu que le CTD est constitué d'une
répétition d'une séquence unique et conservée de sept acide aminés (YSPTSPS). Soit S2, soit
S5, soit les deux sont phosphorylés dans les diverses répétitions. L'état de phosphorylation du
CTD est contrôlé par un grand nombre de kinases et de phosphatases. Cela rend le CTD capable
de fixer beaucoup de protéines et enzymes ayant des rôles variés dans la transcription et la
maturation de l'ARN. Elles comprennent:

- Les enzymes de la formation de la coiffe, qui méthyle la guanine 5' du ARN pm (pré-mRNA)
immédiatement après que la transcription commence.

- Les composants de la machinerie d'épissage qui initient l'excision de chaque intron au fur et à
mesure de la synthèse. Il ya plusieurs classes des introns (GA-AG, AT-AC, Groupe I, II, et III,
Twintrons…etc.), la plus fréquente est GT-AG (ou GU-AG dans le transcrit d'ARN).

- Une endonucléase qui clive le transcrit au niveau du site d'addition du poly(A), créant un
groupe 3'-OH libre qui est la cible de l'adénylation 3'.

21
 2. Traduction
Dans la réplication et la transcription le transfert de l'information génétique nécessite une
matrice d'ADN pour produire un acide nucléique (ADN, ARN), mais dans la traduction la
matrice est l'ARN et le produit final est un polypeptide ou protéine.
La traduction est parmi les événements les plus conservés chez tous les organismes, et les plus
coûteuses en énergie. Dans des bactéries en croissance rapide, jusqu'à 80% de l'énergie
cellulaire et 50% du poids sec de la cellule sont consacrés à la synthèse des protéines. En effet,
la synthèse d'une protéine nécessite environ 100 protéines et ARN.
Quatre composants principaux sont impliqués dans la traduction:
- ARNm: Cette macromolécule fournit l'information qui doit être interprétée par la machinerie
de la traduction et constitue la matrice pour la traduction. La région de l'ARNm codant la
protéine est constituée d'une série ordonnée d'unités de trois nucléotides appelées codons
(spécifient l'ordre des acide aminés).
- ARNt: Ils fournissent l'interface entre les acides aminés ajoutés à la chaine peptidique en
croissance et les codons dans l'ARNm.
- Aminoacyl-ARNt synthétase:Ces enzymes couples des acides aminés avec des ARNt
spécifiques qui reconnaissent le codon approprié.
- Ribosomes: Le ribosome coordonne la reconnaissance de l'ARNm par chaque ARNt et
catalyse la formation de la liaison peptidique entre la chaîne polypeptidique en croissance et
l'acide aminé chargé sur l'ARNt sélectionné.
2.1. ARN messager et le code génétique
On a vue en détail la structure d'un transcrit ou ARNm dans le chapitre de la transcription. La
question qui se posent, est-ce que toute la séquence de l'ARNm est décodé ?
Dans tout ARNm, la région (ou les régions) codant un polypeptide est composée d'une suite de
codons adjacents et non chevauchants (au moins 100 codons) appelée cadre de lecture ouvert
ou ORF (Open Reading Frame). Chaque ORF spécifie un seul polypeptide. La traduction
commence à l'extrémité 5' de l'ORF et procède par le codon d'initiation (AUG: N-formyle
méthionine chez les bactéries, et méthionine chez les Eukarya et Archaea) puis continue codon
par codon jusqu'à le codon stop (UAA, UAG, UGA) à l'extrémité 3'. La traduction doit
commencer à un point de départ précis (fig. 18), si non le cadre de lecture sera décalé (différente
protéine, aucune protéine s'il y a introduction d'un ou plusieurs codons stop). Il y a des logiciels
permettant la recherche des ORF a partir d'une banque d'ADN.
L'analyse correcte des ORF permet d'identifier plus de 90% des gènes des bactéries et les
levures. Ces logiciels permettent aussi de rechercher les promoteurs, les séquences de Shine

22
Dalgarno et les différents codons (voir TD bioinformatique). La recherche de ces éléments est
trèsimportante en génomique et en génie génétique. La génomique a montré que l'utilisation
des codons varie selon les organismes. Par exemple, chez les polypeptides d'E. coli, seule 1
isoleucine sur 20 est codé par le codon AUA, les 19 autres le sont par AUU et AUC.

2.1.1. Code génétique

Le code génétique établit une correspondance entre la matrice d'acides nucléiques et le
polypeptide produit (Un acide aminé correspond à un codon). Le code génétique est écrit en
ARNm plutôt qu'avec l'ADN. L'aspect le plus intéressant du code génétique est que certains
acides aminés sont codés par plusieurs codons apparentés mais différents. Parmi un total de 64
codons, 4 sont dédiés à l'initiation et à l'arrêt de la traduction (tableau 2).
2.1.2. Reconnaissance, activation et chargement des ARNt
Les ARNt agissent comme adaptateurs entre les codons et les acides aminés qu'ils spécifient. Il
ya plusieurs types d'ARNt mais chacun reconnaît un codon particulier, ou quelques codons
particuliers, dans l'ARNm. La réaction spécifique entre l'acide aminé et l'ARNt est catalysée
par l'aminoacyl-ARNt synthétase. Il ya deux classes de ces enzymes:
Classe I: Attache l'acide aminé à l'extrémité 2' de l'ARNt et sont généralement monomérique
(Glu, Gln, Arg, Cys, Met, Val, Ile, Leu, Tyr, Trp).
Classe II: Attache l'acide aminé à l'hydroxyle 3' de l'ARNt et sont typiquement dimériques ou
tétramériques (Gly, Ala, Pro, Ser, Thr, His, Asp, Asn, Lys, Phe).
La réaction est catalysée en deux étapes, premièrement il y a activation de l'acide aminé par
l'ATP:

L'acide aminé est attaché à l'AMP via une liaison acyle riche en énergie dans lequel le groupe
carbonyl de l'acide aminé est lié au groupe phosphoryle de l'AMP. L'intermédiaire formé par
adénylylation (transfert d'AMP) reste lié solidement à l'enzyme jusqu'à ce qu'il y ait une
rencontre avec l'ARNt appropriée, l'acide aminé est transféré sur l'extrémité 3' de l'ARNt sur le
groupe hydroxyle 2' ou 3' avec libération de l'AMP.

23
La formation de l'aminoacyl-ARNt est très précise. L'anticodon du fait de son caractère unique
est une région essentielle dans la reconnaissance par l'enzyme. Un petit nombre de nucléotides
sont aussi impliqués dans cette reconnaissance

3. Etapes de la traduction chez les procaryotes

La synthèse protéique par la voie ribosomale est un processus complexe. C'est aussi un
processus continu mais il est possible d'y distinguer trois étapes : l'initiation, l'élongation et la
terminaison.
Au delà des aminoacyl-ARNt synthétases, des ARNt, les ribosomes, et les ARNm cette
synthèse nécessite plusieurs protéines appelées : facteurs d'initiation, d'élongation et de
terminaison, tandis que l'énergie est fournie par la molécule de GTP .
Les structures différentes dans les ARNm procaryotes et eucaryotes impliquent des voies
différentes pour ces événements.
3.1.Initiation de la traduction
Pour que la traduction soit initiée avec succès, trois événements doivent se produire
- Le ribosome doit être recruté sur l'ARNm
- Un ARNt initiateur chargé par N-formyl-Met doit s'insérer dans le site P du ribosome
- Le ribosome doit être positionné de manière précise sur le codon d'initiation.

24
ARNt initiateur procaryote chargé par N-formyl-Méthionine. Les bases surlignées en bleu claire
permettent la rentrée dans le site P du ribosome.
Chez les procaryotes trois facteurs d'initiation dirigent l'assemblage d'un complexe d'initiation.
-Facteur d'initiation 3 : IF-3 se lie à la petite sous-unité et l'empêche de s'associer avec la grande
sous-unité libre, et favorise la liaison correcte de l'ARNm.
- Facteur d'initiation 2 : IF-2 c'est une protéine liante et hydrolysant la GTP (GTPase), il lie le
GTP au fMet-ARNt initiateur pour faciliter sa liaison à la sous unité 30S et empêche la fixation
de d'autre ARNt chargé.
- Facteur d'initiation 1: IF-1 c'est un facteur semble nécessaire à la libération du IF-2 et du GDP.
Il empêche la fixation d'ARNt sur la partie de la petite sous-unité qui fera partie du site A. IF-
1 peut aussi faciliter l'assemblage des deux sous-unités.
Chacun des facteurs d'initiation se lie sur, ou à proximité, d'un des trois sites de liaison de
l'ARNt sur la sous-unité 30S. En accord avec son rôle de bloquer de l'accès d'ARNt chargé au
site A, IF-1 se lie directement à la zone de la petite sous-unité qui fera partie du site A. IF-2 se
lie à IF-1 et s'étend jusqu'au site P où il prend contacte avec le fMet-ARNti fMET. Enfin, IF-3
occupe la zone de la sous-unité qui fera partie du site E. Ainsi, des trois sites de liaison d'ARNt
potentiels sur la petite sous unité, seul le site P est disponible pour lier un ARNt en présence
des facteurs d'initiation. L'appariement de bases entre le fMet-ARNt et l'ARNm permet de
positionner le codon d'initiation au niveau du site P.

25
Quand le codon d'initiation et le fMet-ARNt s'apparient, la sous-unité 30S subit un changement
de conformation. Cette modification entraîne la libération de IF-3, en absence de cet facteur la
grande sous-unité peut se lier à la petite. Cette liaison stimule l'activité GTPase d'IF-2-GTP
provoquant l'hydrolyse du GTP et la libération d'IF-2-GDP à cause de la réduction de l'affinité
au ribosome et fMet-ARNt fMet.
Le résultat de l'initiation est la formation d'un ribosome complet (70S) un niveau du site
d'initiation de l'ARNm, avec le fMet-ARNti-fMet occupant le site P, et un site A libre.
Les aminoglycosides comme la streptomycine sont des antibiotiques largement utilisés contre
les infections bactériennes comme la tuberculose. Ces antibiotiques inhibent la formation du
complexe d'initiation 70S en bloquant l'assemblage des deux sous unités.
3.2.Elongation
Une fois le ribosome 70S assemblé, avec l'ARNt initiateur chargé au site P, la synthèse de
polypeptide peut commencer. Trois événements clés doivent se produire pour l'addition
correcte des acides aminés.
- La liaison de l'aa-ARNt au niveau du site A en concordance avec le codon qui est exposé.
- La réaction de transpeptidation.
- La translocation vers le site P.
Après la translocation (libération du site A) le ribosome est prêt pour un autre cycle de
polymérisation. Deux protéines auxiliaires (facteurs d'élongation) contrôlent ces événements.
Les deux facteurs utilisent la GTP comme source d'énergie pour accroître la vitesse et la
précision du fonctionnement du ribosome. L'aminoacyl-ARNt est ramené au site A par le
facteur d'élongation EF-Tu, ce facteur est lié à une GTP. L’activité GTPase est activée juste
après l'établissement d'un appariement codon-anticodon correcte, et le EF-Tu-GDP sera libéré
et converti en EF-Tu-GTP de nouveau par l'intermédiaire d'un deuxième facteur d'élongation
appelé EF-Ts.
Après la réaction peptidyl-transférase, l'ARNt du site P est désacylé est l'acide aminé se lie à
l'ARNt chargé du site A. Au cours de cette réaction, le groupe α-aminé de l'acide aminé au site
A réalise une attaque nucléophilique du groupe α-carboxyle de l'acide aminé lié à l'ARNt du
site P (Position C-terminale). L'ARNr 23 S est le composant majeur de la peptidyl transférase,
il n'y a pas des protéines dans la région du site actif. Une adénine spécifique semble participer
à la catalyse de la formation de la liaison peptidique.
Le chloramphénicol c'est un antibiotique inhibant la synthèse des protéines chez les bactéries.
Il empêche le positionnement correct de l'Amino-acyl-ARNt dans le site A pour la réaction
peptidyl transférase dans la grande sous-unité.

26
Pour qu'une nouvelle élongation puisse se produire l'ARNt du site P doit se déplacer vers le site
E et l'ARNt du site A doit ce déplacé au site P. En même temps l'ARNm doit se déplacer de
trois nucléotides pour présenter le codon suivant. Cette phase finale d'élongation nécessite l’EF-
G ou translocase et l'hydrolyse de GTP.
3.3.Terminaison de la traduction
La terminaison de la traduction se fait quand un codon stop (non-sens: UAA, UAG, et UGA)
est atteint, les ARNt ne pouvant plus s'y fixer. Trois facteurs de libération RF (RF-1, RF-2, et
RF-3) aident le ribosome à reconnaitre ces séquences et coupent le polypeptide attaché à l'ARNt
terminal, libérant le produit fini. Par la suite les sous-unités se dissocient, elles peuvent alors
former de nouveaux complexes d'initiation et recommencer le processus.
4. Traduction chez les eucaryotes
Comme chez les procaryotes on distingue trois étapes dans la synthèse protéique chez les
eucaryotes (initiation, élongation et terminaison).
4.1.Initiation de la traduction chez les eucaryotes
L'initiation est similaire à celle chez les procaryotes par plusieurs aspects. Les deux utilisent un
codon d'initiation et un ARNt initiateur, et les deux font appel à des facteurs d'initiation pour
former un complexe avec la petite sous-unité ribosomique qui lie l'ARNm avant l'ajout de la
grande sous-unité. Néanmoins, les eucaryotes utilisent une méthode complètement différente
pour reconnaître l'ARNm et le codon d'initiation.
Chez les eucaryotes, la petite sous unité est déjà associée avec un ARNt initiateur. Au contraire
des procaryotes la liaison de l'ARNt initiateur (chargé par une méthionine non modifiée) à la
sous unité 40S précède toujours l'association avec l'ARNm. La reconnaissance de l'ARNm fait
appel à plusieurs facteurs auxiliaires. Le ribosome recruté au niveau de la coiffe 5' de l'ARNm
scanne l'ARNm dans le sens 5' - 3' jusqu'à atteindre la séquence de Kozaki 5'CCAUGG3', cette
séquence permet de connaître le codon d'initiation (AUG). Enfin, la grande sous unité du
ribosome est recruté Après l'appariement de bases de l'ARNt initiateur avec le codon
d'initiation. A la fin d'un cycle de traduction, le ribosome eucaryote se dissocie en ses sous-
unités constitutives.
4.2.Elongation
Une fois le ribosome assemblé, avec l'ARNt initiateur chargé au site P, la synthèse du
polypeptide peut commencer.
4.3.Terminaison de la traduction
Tous comme l'initiation et l'élongation, la terminaison de la traduction est contrôlée par une
série d'attachement-relâchement de facteurs dans un ordre précis.

27