LEÇON EN MICROBIOLOGIE : EXAMEN CYTOBACTÉRIOLOGIQUE
DES EXPECTORATIONS
INTRODUCTION
1. Définition
o L'examen cytobactériologique des expectorations est un
ensemble d'examens réalisés sur des échantillons de crachats
(expectorations) provenant des voies respiratoires. Il permet
de détecter la présence d'agents pathogènes, d'observer les
signes d'une infection et de déterminer la nature des
anomalies cellulaires. Cet examen est essentiel dans le
diagnostic des infections respiratoires, telles que la
pneumonie, la tuberculose et d'autres infections pulmonaires
bactériennes ou virales.
2. Intérêt de la leçon
o L'examen cytobactériologique des expectorations est crucial
dans le diagnostic de nombreuses affections respiratoires. Il
permet de distinguer les infections bactériennes des infections
virales ou fongiques, de guider le traitement antibiotique en
fonction de la sensibilité des agents pathogènes et de
rechercher d’éventuelles complications ou co-infections. Il a
un rôle prépondérant dans la gestion des infections
pulmonaires et la surveillance des maladies chroniques
comme la tuberculose.
1. RAPPELS CLINICO-BIOLOGIQUES
Physiologie des expectorations : Les expectorations proviennent
des voies respiratoires profondes, notamment des bronches et des
poumons, et sont expulsées par la toux. Elles contiennent des
sécrétions respiratoires, des cellules mortes, des débris et des
agents pathogènes lorsqu'il y a infection.
Pathologies associées : Les expectorations peuvent être
observées dans une large gamme de pathologies pulmonaires telles
que la pneumonie, la bronchite, la tuberculose, et les infections
chroniques des voies respiratoires comme la mucoviscidose.
2. DIAGNOSTIC (PAR SYNDROME)
2.1 Prélèvement
Produits pathologiques :
o Le prélèvement pour l'examen cytobactériologique des
expectorations consiste généralement en un échantillon de
crachats. Les expectorations doivent être récoltées de
manière stérile pour éviter toute contamination et doivent
provenir des voies respiratoires profondes.
o Il est important que les patients ne prélèvent pas simplement
des sécrétions de la gorge ou du nez, car celles-ci peuvent
être contaminées par des agents pathogènes extrinsèques et
ne pas refléter l'état des voies respiratoires profondes.
Transport :
o Les expectorations doivent être transportées rapidement au
laboratoire après le prélèvement pour éviter la dégradation
des agents pathogènes. Le transport doit être effectué à
température ambiante ou dans un milieu de transport
approprié pour préserver les caractéristiques de l'échantillon.
Conservation :
o Si un transport immédiat au laboratoire n'est pas possible, les
expectorations doivent être conservées à une température de
réfrigération (4°C) pour éviter toute prolifération bactérienne
ou virale non spécifique. Les échantillons ne doivent pas être
congelés, car cela pourrait altérer les résultats de certains
tests.
2.2 Diagnostic bactériologique direct
Le diagnostic bactériologique direct repose sur l'examen direct des expectorations en vue de
l'identification des agents pathogènes, de leur culture et de leur sensibilité aux antibiotiques.
2.2.1 Examen bactériologique direct
Examen macroscopique :
o Les expectorations sont d'abord observées visuellement pour
détecter toute anomalie (couleur, consistance, présence de
pus, de sang, etc.). Par exemple, des expectorations vertes ou
jaunes suggèrent une infection bactérienne, tandis que des
expectorations claires sont généralement associées à des
infections virales.
Examen microscopique (Examen direct et colorations) :
o Coloration de Gram : Elle permet d’observer la présence de
bactéries, leur morphologie (cocci, bacilles) et leur réaction à
la coloration (gram positif ou négatif).
o Examen au microscope : Après coloration, les échantillons
sont examinés au microscope pour identifier les bactéries, les
cellules inflammatoires (comme les polynucléaires) et
d'éventuelles cellules épithéliales.
o Coloration de Ziehl-Neelsen : Cette coloration est utilisée
pour identifier la présence de mycobactéries, telles que le
Mycobacterium tuberculosis, dans les expectorations.
Culture :
o Les expectorations sont ensuite inoculées sur des milieux de
culture appropriés pour favoriser la croissance des agents
pathogènes. Les milieux classiques incluent les milieux pour
les bactéries aérobies, anaérobies, les mycobactéries (milieux
spéciaux pour la culture de Mycobacterium tuberculosis), et
les champignons.
Identification :
o Une fois que les bactéries ont été isolées en culture, elles sont
identifiées par différentes méthodes : tests biochimiques
(fermentation des sucres, production de gaz, etc.), tests
enzymatiques (catalase, oxydase), et identification
moléculaire.
Antibiogramme :
o Un antibiogramme est réalisé pour tester la sensibilité des
bactéries isolées aux antibiotiques. Cela permet de
déterminer le traitement le plus approprié et d’éviter
l’utilisation de médicaments inefficaces.
Interprétation des résultats :
o La présence de bactéries pathogènes dans les expectorations,
en particulier celles qui sont identifiées comme responsables
de pneumonies, de bronchites ou de tuberculose, conforte le
diagnostic. Un antibiogramme peut guider le choix du
traitement antibiotique.
2.2.2 Examen immunologique direct
L’examen immunologique direct consiste à détecter directement les
antigènes spécifiques des agents pathogènes présents dans les
expectorations. Les méthodes les plus utilisées incluent les tests
ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) et les tests rapides de
détection d'antigènes spécifiques (par exemple pour le
Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, ou
Mycoplasma pneumoniae).
2.2.3 Biologie moléculaire
La biologie moléculaire (PCR, RT-PCR) permet la détection directe
des acides nucléiques des agents pathogènes dans les
expectorations. Cette technique est particulièrement utile pour les
virus (comme les virus respiratoires syncytiaux, les coronavirus, ou
la grippe) ou les mycobactéries, et permet d’obtenir des résultats
plus rapides et plus sensibles que les techniques classiques.
2.3 Diagnostic indirect (Immunologique indirect)
Le diagnostic indirect se base sur la détection des marqueurs immunitaires de l'infection dans
le sang ou d'autres échantillons biologiques, tels que les anticorps spécifiques produits par
l’hôte en réponse à l'infection.
2.3.1 Marqueurs (au besoin)
Anticorps spécifiques : L’apparition d’anticorps IgM et IgG
spécifiques contre un pathogène peut confirmer une infection en
cours ou une infection antérieure. Ces tests sont souvent utilisés
pour diagnostiquer des infections virales, comme la grippe ou le
SARS-CoV-2.
2.3.2 Méthodes et résultats
Les tests sérologiques permettent de rechercher des anticorps
spécifiques dans le sérum ou le plasma du patient. Ces tests sont
utiles lorsqu’il est impossible de cultiver le pathogène ou pour les
infections qui se manifestent principalement par une réponse
immunitaire, comme les infections virales.
2.3.3 Interprétation des résultats
Les résultats des tests sérologiques doivent être interprétés en
fonction du moment où l’échantillon a été prélevé. Les anticorps IgM
indiquent une infection récente, tandis que les IgG indiquent une
exposition antérieure. L’interprétation des tests doit être réalisée en
tenant compte des antécédents cliniques du patient et des autres
résultats microbiologiques.
CONCLUSION
L'examen cytobactériologique des expectorations est un outil diagnostique précieux dans
l'identification des infections respiratoires. Il permet de détecter la présence d'agents
pathogènes (bactéries, virus, champignons) et d'évaluer leur sensibilité aux traitements. La
combinaison de méthodes classiques de culture, d'examen direct et de biologie moléculaire
permet une détection rapide et fiable, essentielle pour la prise en charge et le traitement
approprié des infections pulmonaires. Le diagnostic précis est crucial pour limiter les risques
de complications et d’épidémies, notamment dans les infections respiratoires graves comme
la tuberculose ou les pneumonies communautaires.
