Biochimie
Biochimie
1
Définition
Les acides aminés ou amino-acides
sont des composés biochimiques dont
la molécule porte simultanément une
fonction carboxylique (acide) et une
fonction amine (basique).
2
Ils sont au nombre d'une
suivantes :
COOH COOH
H---CH CH3---CH
NH2 NH2
3
CH3 COOH
CH---- CH
CH3 NH2
Leucine ( Leu )
CH3 COOH
CH---- CH2---- CH
CH3 NH2
Valine (Val)
CH
N NH COOH
CH --C---CH2---CH
4
Ce sont:
la Lysine ( Lys )
Le Tryptophane (Try)
La Méthionine (Meth)
La Phénylalanine (Phe)
La Thréonine (Thr)
La Valine (Val)
La Leucine (Leu)
L'Isoleucine (Ileu)
L’Histidine
Réaction de transamination
5
R1--CH--COOH + R2--CO--COOH
Amino-acide 1
transaminases ou
amino transferases
R2--CH--COOH + R1--CO--COOH
Amino-acide 2
6
Ce sont l'Alanine Amino-Transférase
et cardiaque
7
L'acide glutamique donne
l'α cétoglutarate
8
METHODE D'ANALYSE DES AC.AMINES
Réaction à la ninhydrine:
9
Ce produit aminé se condense à
chaud avec une deuxième
molécule de ninhydrine pour
donner à la fin un chromogène
coloré en bleu violacé selon la
réaction suivante:
CO
OH
C + R---CH---COOH
OH
CO NH2
1ère molécule de ninhydrine Ac.aminé
CO
NH2
C + R—CH=O + CO2
H
CO
10
CO CO
NH2 OH
C + C
H OH
CO CO
Produit aminé 2ème molécule de ninhydrine
CONDENSATION
CO CO
C -C--N=C-
CO CO
11
La réaction xanthoprotéique :
l'ac. nitrique concentré à chaud
donne avec la Phénylalanine, la
Tyrosine ,le Tryptophane et
l'Histidine un complexe jaune qui
vire à l'orangé en présence
d'ammoniaque
La réaction au plombite de Na
à chaud donne avec les ac.aminés
contenant un groupement thiol SH
ou un pont disulfure tel que la
Méthionine, la Cystine et la Cystéine
un précipité brun noir de sulfure de
plomb
12
Séparation et analyse des ac.aminés par
chromatographie
La chromatographie est la technique de
choix pour la séparation des ac. aminés d'un
milieu biologique complexe, elle offre la
possibilité d'analyse ( identification et
dosage) de presque la totalité des ac. aminés
utilisées sont:
13
Un collecteur de fraction est
connecté aux dispositifs
chromatographiques permet la
collecte de chaque fraction qui
correspond à un ac. aminé du
mélange pour être étudié
séparément.
LES PEPTIDES
14
DEFINITION et CLASSIFICATION
De ce fait la classification va se
15
On distingue les oligopeptides qui
ac.aminés )
suivant,
16
par conséquent l'extrémité
porteuse de la fonction amine
terminale est située à gauche
tandis que l'extrémité porteuse
du carboxyle figurera à droite
NH2--CH2--CO--NH--CH--COOH Glycyl-alanine
Glycine Alanine
17
CH3
NH2—CH--CO--NH--CH2--COOH Alaninyl-glycine
Alanine Glycine
CH3
NH2--CH2--CO--NH--CH--CO--NH--CH2--COOH
Glycyl-alaninyl-glycine
18
quelque soit la structure du
Exemple
Try-Ala-Gly-His-Glu-Asp-Tyr-Phe-Méth-Val-Leu etc…..
19
Analyser la structure d'un peptide,
c'est déterminer sa composition en
ac.aminés et établir leur séquence
c'est-à-dire leur modèle
d'enchaînement . Il a été démontré
que la chaîne peptidique adopte une
configuration en " zig-zag"
H2O H2O
R2
NH2---CH---CO---HN---CH---CO---HN---CH---COOH
R1 R3
20
Structure en "zig-zig" avec liaisons peptidiques
O R2 H
NH2 C CH N COOH
CH N C CH
R1 H O R3
LES PROTEINES
21
DEFINITION
Les protéines sont des
macromolécules résultant de
l'enchaînement de nombreux
ac. aminés par des liaisons
peptidiques autrement dit, les
protéines sont des polypeptides de
grande taille.
22
Cette architecture orientant
certains groupements d'une
façon qui confère à la
protéine ses propriétés
biologiques
les étapes
La dénaturation d'une molécule
protéique est un phénomène physico-
chimique qui cause des changements
irréversibles de structure dus à une
altération marquée de ses propriétés
physiques et biologiques
23
Lorsqu'elles sont en solution, les
protéines sont facilement
dénaturées, il suffit de les mettre
en contact avec des acides ou
des bases, de les agiter
vigoureusement,
24
ou les exposer aux rayons
ionisants ( rayons X, β, ou
) ou tout simplement à
la lumière
Certains effets de la
dénaturation se traduisent
par la perte de l'activité
biologique, ( par exemple
l'activité enzymatique pour
les enzymes ) ,
25
les agents dénaturants
la chaleur
Lorsqu'on chauffe la plupart des
solutions protéiques ,les protéines
deviennent insolubles et se
transforment en protéines
coagulées .
(réaction de thérmo-coagulation
acétique )
26
l'éthanol
27
Un alcool à 95° n'est pas
efficace car il coagule
seulement les substances
membranaire de la bactérie
( fixation)
les acides
Les acides minéraux forts HCl,
H2SO4 , HNO3 concentrés et certains
acides organiques CH3COOH et
CCl3COOH ,précipitent les protéines
avec dénaturation ,
28
par exemple la caséine du lait
est coagulée par HCl du suc
gastrique, ou encore dans la
réaction de Heller utilisant HNO3
pour la recherche des protéines
dans les urines
Réactions colorées
Les protéines donnent des
réactions colorées qui sont
souvent utilisées dans leur
analyse qualitative ou quantitative
Ces réactions sont basées sur:
29
la caractérisations des liaisons
peptidiques: réaction de biuret
la caractérisation du groupement
Thiol SH ou des ponts disulfure :
réaction au plombite de sodium
30
la possibilité de combinaison des
protéines à des pH bien déterminés
avec des colorants ou des
indicateurs de pH tels que le rouge
de pyrogallol ou le vert de
bromocrésol et le méthylorange pour
l'albumine
Propriétés biologiques
Presque toutes les protéines de
mêmes que les polypeptides de
masse moléculaire élevée
présentent un pouvoir
antigénique,
31
par conséquent elles sont
immunogènes ceci s'explique
par l'expérience suivante:
si on injecte du sérum humain à
un lapin il va développer des
anticorps dirigées contre les
protéines sériques humaines
toxiques : exotoxines
bactériennes et venins
enzymatiques
hormonales
immunologiques : anticorps
32
METHODES D'ANALYSE DES PROTEINES
Méthodes physiques
Les méthodes physiques
présentent un grand intérêt
pour l'étude des solutions pures
de protéines,
33
La diffraction des rayons X ,
l'ultracentrifugation et même la
détermination de l'indice de
réfraction ne sont pas utilisées
pour les analyses de routine
34
L'électrophorèse est la méthode
de choix de séparation des fractions
protéiques d'un milieu complexe tels
que les liquides biologiques ce qui
permet l'analyse qualitative et
quantitative des fractions .
analytique
35
La chromatographie sur échangeurs
d'ions trouve des applications dans le
domaine de la recherche analytique des
protéines comme méthode de
séparation des autres constituants d'un
milieu biologique. On utilise des
celluloses échangeuses d'ions
Méthodes chimiques
Les méthodes chimiques d'analyse
qualitative et quantitative des
protéines en biochimie clinique sont
basées sur certaines propriétés
physico-chimiques de ces dernières
36
Réactions de précipitation :
les techniques de
précipitation des protéines
sont très utilisées dans
l'analyse :
37
quantitative pour la
détermination de la concentration
opacimétrie et néphélométrie
38
Techniques immuno-
chimiques ces techniques
reposent sur les propriétés
immunogènes des protéines ,en
effet les protéines sont le plus
souvent d'excellents antigènes,
39
La combinaison Ag—Ac est
souvent insoluble surtout
lorsqu'il s'agit d'anticorps
précipitants, ce qui permet en
milieu liquide une détermination
par opacimétrie
l'immuno-diffusion dont le
40
dans une gélose coulée sur une lame
on creuse deux godets ou puits, dans
l'un on place un immun-sérum
l'Ac ,
41
il se forme un arc de
précipitation au point de
rencontre des deux
substances qu'on révèle par
un colorant spécifique
Sol.de protéines
Ag
Ac. Spécifique
Arc de précipitation
42
l'immuno-diffusion sur gel pour la recherche
d’une protéine par plusieurs Ac
Ac
Arc
de précipitation Echantillon ( Ag )
43
Il est possible d'associer
l'électrophorèse à l'immuno-
diffusion :c'est l'immuno-
électrophorèse qui se résume
dans le principe suivant:
44
On dépose un immun-sérum
polyvalent ( mélange d'Ac) dans
une rigole
45
Godet contenant l'éch(Ag).
+ -
Arcs de précipitation
du complexe Ag—Ac
46
A ces méthodes s'ajoutent
d'autres méthodes d'analyse et
de détermination des protéines
dans divers liquides biologiques
telles que :
l'immuno-électrodiffusion
bidimentionnelle
la radio-immunologie ( utilisation
des Ag ou Ac radio-marqués par des
éléments isotopes)
l'immuno-enzymologie (couplage
d'une protéine à une enzyme )
47
ETUDE DES PROTEINES PLASMATIQUES
48
Les protéines totales sériques dont le
taux chez l'homme est de 60 à 80 g/l ont
été subdivisées par électrophorèse en
plusieurs fractions en fonction de leurs
vitesses de migration dans un champs
électrique, ces fractions sont
représentées par les schémas ci-
dessous
49
Courbe des DO en fonction des colorations du
protidogramme
50
Les pourcentages normaux par rapport
au taux des protéines sériques sont:
Albumine 59 %
α1 globulines 4%
α2 globulines 7,5 %
β globulines 12 %
globulines 17,5 %
51
La sérum-albumine
C'est la protéine la plus abondante et la
plus mobile en électrophorèse à pH = 8.
Elle a un P.M = 69000 da . Dans le
plasma ,cette protéine intervient dans
la pression osmotique et dans le
transport de nombreuses substances du
métabolisme
52
Les anticorps ou immuno-
globulines constituant la majeure
partie des globulines qui
peuvent être subdivisées en IgA ,
IgE , IgM , IgG ( Ig = immuno
globuline )
53
Les facteurs de la coagulation
tels que la prothrombine, le
plasminogène
Le fibrinogène
C'est une protéine qui ne migre pas
en électrophorèse des P.T sériques et
dont le taux dans le plasma est de 2
à 4 g/l, peu soluble de PM = 330.000 da
dont la structure est en forme
allongée.
54
Cette protéine qui sous l'action
de la thrombine et le Ca++ est
facilement transformée en une
autre protéine fibreuse: la fibrine
qui est responsable de la
coagulation du sang
55
METABOLISME DES PROTEINES
Digestion enzymatique
Les protéines ingérées sont
complètement dégradées et
réduites à leurs unités de base
qui les constituent : les
Ac.aminés.
56
Les enzymes protéolytiques
peuvent être classées en
deux classes les
endopeptidases et les
exopeptidases :
les endopeptidases:
enzymes s'attaquant aux liaisons
peptidiques à l'intérieur de la
chaine polypeptidique, parmi
lesquelles on distingue :
57
la pepsine : enzyme de PM = 35000
da, pH optimum 1,5 – 2 ,spécificité
préférentielle : les liaisons peptidiques
formées à partir de groupement NH2
d'un Ac.aminé aromatique (Tyrosine,
Phényl-alanine,Tryptophane ) et d'un
autre Ac.Aminé
58
la chymotrypsine : son PM = 24000 ,
son pH optimum 7,8 , spécificité
préférentielle: les liaisons peptidiques
établies entre le carboxyle d'un ac
aminé cyclique et le groupement
aminé d’un autre ac.aminé cyclique
Les exopeptidases :
59
la carboxypeptidase : son PM =
34000, réagit à un pH optimum de 7,5.
cet enzyme hydrolyse les liaisons
peptidiques à partir du résidu carboxyle
terminal, il s'avère cependant incapable
d'hydrolyser un résidu Proline lié à un
autre A.A
Les aminopeptidases
intestinales : PM de 75000 à
60
Les di et tripeptidases intestinales
résidu amino-acide
61
Les A.A libérés et absorbés
au niveau de l'intestin grêle ,
sont véhiculés vers le foie et
des tissus extrahépatique,
sites de leur utilisation
métabolique
62
d’autres systèmes de transport
et la proline
63
responsable de cette séquence d'une
l'ADN et L'ARN
le mécanisme de la
biosynthèse protéique
comporte plusieurs étapes
résumées comme suit :
64
l'initiation :
elle consiste en l'activation des A.A , ce
processus intervient alors que l'A.A se
combine avec l’ATP (adénosine
triphosphate) et avec une enzyme
spécifique à l'A.A il y a libération de
deux molécules d'ac. Phosphorique
Réaction 1: activation
NH2
R – CH – COOH
ATP
Aminoacyl-synthétase
PPi
O- O NH2
Enz – Adénine – Ribose – O – P – O – C – CH – R
65
L'élongation :
66
un site sous forme de
un site de conjugaison
ARNt spécifique
67
Le transfert de l'A.A activé s'effectue
sous l’action de la même enzyme
ayant provoqué son activation. Cette
enzyme doit avoir 2 sites de liaison
l'un afin de se combiner avec le site
de reconnaissance de l'ARNt, l'autre
se liant à l'A.A spécifique
Réaction 2 : transfert
Aminoacyl-synthétase
ARNt-AA-AMP + Enzyme
68
Le transfert de l'AA attaché à l'ARNt
vers les ribosomes du cytoplasme
cellulaire ou se réalise l'élongation
de la chaîne au niveau des sites
peptidyles par la création de liaisons
peptidiques entre les A.A.
69
En effet c'est dans le cytoplasme
ou les ribosomes sont unis par des
chaînes d'ARNm pour former de
polysomes qui sont des ensembles
linaires de 4 à 6 ribosomes . Les
molécules d'ARNt et d'ARNm sont
toutes liées par les ribosomes
terminaison et libération :
cette étape correspond à l'arrêt
de la biosynthèse avec libération
de la chaîne synthétisée dans le
cytoplasme cellulaire
70
Le vecteur actif contrôlant la
synthèse protéique est l'ARNm ,il
résulte d'une synthèse par l'ARN-
polymérase sous la direction de
l'ADN au niveau du noyau . On dit
toujours "l'ADN fabrique l'ARN et
l'ARN fabrique les protéines"
Le premier processus
d'information globale passe de
l'ADN à l'ARNm se nomme la
transcription, l'attachement des
A.A activés liés à l'ARNt
dépend du code génétique
71
Il existe un site spécifique sur
l'ARNm qui attire un A.A particulier,
ce site s'appelle le codon, l'ARNt
pour ce même A.A possède aussi un
site qui s'appelle l'anticodon qui lie
l'ARNt au site de l'ARNm du
ribosome
72
Elongation au niveau du ribosome
73
En biochimie clinique on
s'intéresse plutôt aux variations
des concentrations des protéines
plasmatiques, du LCR, et des
liquides d'épanchement.
examiner de près
74
la protéinémie (P.T sériques)
variations pathologiques :
l'hyper-protéinémie s'observe dans:
- l'insuffisance cortico-surrénalienne
75
l'hypo-protéinémie
s'observe dans:
l'insuffisance de synthèse
( insuffisance hépatique,
cirrhose )
la sérum-albuminémie
valeurs usuelles : 36 à
50 g/l
76
variations pathologiques:
l'hyper-albuminémie : elle
l'hypo-albuminémie :
l'hépatite aigue
La nécrose hépatique
77
diminution aussi par :
augmentation de la
dégradation
pertes importantes
surtout dans l'insuffisance
rénale
valeurs usuelles:
α1 1,4 à 6,2 %
α 2 6,5 à 11,3 %
78
variations pathologiques :
augmentation dans :
- les inflammations aigues ou
chroniques
- les états cancéreux
- les syndromes néphrotiques
- le diabète
les β globulines
valeurs usuelles:
6,6 à 20,6 %
79
variations pathologiques :
augmentation dans :les
cirrhoses
les globulines
valeurs usuelles :
6 à 12 ,4 %
80
augmentation variations pathologiques
dans
- la maladies de Kahler
- les maladies infectieuses bactériennes ,
bronchites ,pneumonies
- les maladies virales: mononucléose
infectieuse ,rubéole
- les maladies parasitaires
- les états inflammatoires
valeurs usuelles :
3 g/l
81
variations
pathologiques
augmentation dans les
processus inflammatoires, les
cancers, et les atteintes
hépatiques
les haptoglobines
Ce sont des α2 globulines qui ont les
propriétés de former avec l'hémoglobine
des complexes stables doués de
propriétés peroxydasiques
valeurs usuelles 0.50 - 2.50 g /l.
Le taux est nul à la naissance et
augmente régulièrement pour atteindre le
taux adulte vers 2 ans.
82
variations pathologiques
augmentation dans toutes les
affections de type inflammatoire
83
Sa concentration est maximale à la
2 ème semaine de la grossesse,
pour décroître ensuite et disparaître
à la naissance . Elle réapparaît dans
les cancers du foie
l' α2 macroglobuline
valeurs usuelles 2,5 g/l
variations pathologiques
augmentation considérable
dans la néphrose lipoїdique
84
la céruléoplasmine
variations pathologiques
diminution dans la maladie de
Wilson, qui est caractérisée surtout
par une diminution de la capacité de
fixation du cuivre entraînant le dépôt
de ce métal au niveau des cellules du
système nerveux, du rein et du foie
causant leur altération
85
la sidérophiline ou transferrine
variations pathologiques
86
diminution dans les maladies
inflammatoires, dans les
insuffisances hépatho cellulaires,
dans les fuites protéiques urinaires
et digestives et dans la surcharge
en fer
la protéine C
globulines
87
elle apparaît chez l'homme quand
en quelque point de l'organisme
évolue une réaction tissulaire
inflammatoire microbienne ou non
ou quand l'organisme réagit dans
son ensemble à une agression
variations pathologiques
88
Actuellement on parle de hs-
CRP( high sensitive CRP ) test
permettant de déceler un taux
de CRP < 1 mg/l et qui est un
examen qui évalue le risque
cardiovasculaire
les troponines
Les déterminations de la Troponine I et T
sont des examens spécifiques de l’infarctus
de myocarde.
Leur dosage en urgence permet maintenant
de diagnostiquer des IDM même à ECG
normal (IDM : infarctus de myocarde)
89
Leur dosage en urgence permet
infarctus de myocarde)
90
TROPONINE Ic Normale : < 0,35 ng/ml
.C'est le marqueur idéal de l'IDM car :
Précoce : 2 à 4 heures et il reste
élevée 5 à 9 jours après
Spécificité cardiaque à 100 %
même en cas de lésions musculaires
ou rénales associées
Comparativement CK et CK-MB
demande 6 à 8 heures pour se
positiver et spécificité largement
moindre ( maladie musculaire, sportif,
traumatisme, chirurgie, embolie
pulmonaire, insuffisance rénale
chronique, asthme
91
La protéinorachie
valeurs usuelles
variations pathologiques
Augmentations
92
de 0,40 à 1 g/l dans la
méningite lymphocytaire aigue
bénigne
93
les protéinuries
L'élimination journalière urinaire
est de l'ordre de 10 à 50 mg,
indécelable par les techniques
de recherche habituelles
La présence de protéines
dans les urines est un
indicateur de divers troubles
rénaux dont le déclin
progressif du glomérule
94
Au point de vue clinique et
analytique on distingue 5
catégories de protéinuries
la microalbuminurie
la protéinurie transitoire
la protéinurie intermittente
la protéinurie permanente
la protéinurie thérmosoluble
de Bence-Jones
95
la microalbuminurie
La microalbuminurie est définie
comme une protéinurie comprise
entre 50 et 300 mg/24 heures, c'est
un facteur important et reconnu
dans le suivi des patients
diabétiques.
96
La microalbuminurie est aussi
un marqueur précoce du risque
cardiovasculaire en dehors du
diabète c'est à dire chez des
patients "seulement "
hypertendus.
la protéinurie transitoire
Le taux de la protéinurie dépasse
rarement 2 g/24H ,ce type de
protéinurie accompagne
généralement un trouble pathologique
et disparaît sans laisser de traces
lors de la guérison
97
Cette protéinurie s'observe dans
administration de cardio-
toniques .
98
la protéinurie intermittente
99
Une protéinurie en fin de grossesse
la protéinurie permanente
Ce type de protéinurie
accompagne les néphropathies
glomérulaires, le taux des
protéines peut varier de quelques
grammes à 50 g/24H .
100
Dans les glomérulonéphrites
d'albumine et de globulines
101
L'albuminurie apparaît aussi dans
diverses affections localisées du
rein : cancers et tuberculose rénale.
la protéinurie de Bence-Jones
Les protéines de Bence Jones sont
des protéines particulières par leur
PM de 24000 à 70000, leur mobilité
éléctrophorétique: situées entre les β
et les globulines , leur teneur en A.A
basiques et leur réactions
immunologiques
102
Ce type de protéines apparaît dans
les urines de la majorité des sujets
ayant une gammapathie et
notamment dans le myélome
(maladie de Kahler ou myélome
multiple des os) ou la maladie de
Waldenström
103