Introduction à la biologie générale
Introduction à la biologie générale
Biologie
generale
Tcacenco Dumitrita
⑱ûõS
Intro:Biochimie Cours 1-2
01
Cette pondération est expliquée par la grande fréquence en nombre de
l’hydrogène et par la masse plus importante de l’oxygène.
4%
-> Les composés carbonés ( C,O,H,N,S et P) sont présents dans un
pourcentage de 25% ( pour la même personne de 60% ils occupent les
15 kg)
-> Enfin les mois présents sont les minéraux les gaz et les ions
OLIGO-> 6g pour une personne de 60 kg ( O2,CO2,HCO3-,Ca++ ,phosphate, K+,Na+ etc.)
1.2 L’eau
L’eau est la molécule la plus fondamentale et la plus abondante
-> 65/90% du poids chez un organisme ( 70% chez l’homme)
-> Grâce à sa structure tétraédrique l’eau possède :
ËËÏÏ ËIÏ
1. Une forte cohésion
2. Tension superficielle élevée
3. Un point de fusion, ébullition et une chaleur de vaporisation élevé.
4. Densité élevé ( glace < que l’eau).
.tn
solubiliser la plupart des sels .
:
Ex: NaCl -> Cl- vas être neutralisée par H+ et Na+ par O2-
÷
1.Molécules hydrophiles les molécules qu’aime l’eau (des ions comme
Na+,Cl- etc).
2.Molécules hydrophobes ne se dissociant pas dans l’eau (graisse et
hydrocarbures)
Électrons partagés
Autres molécules
-> pour qu’une molécule soit soluble elle doit
établir liaison avec l’eau ( les halogènes).
Conséquences de la formation des ponts hydrogènes :
1. Cohésion de l’eau
Température de fusion/ébullition élevé coexistence glace vapeur et l’eau sur TERRE. Pour transformer de la
glace en eau il faut chauffer beaucoup.
Tension superficielle élevé : car les molécules d’eau s’associent parfaitement entre elles le moustique par
exemple qui a une substance hydrophobe sur ses pâtes ne s’enfonce pas dans l’eau.
2. Solubilisation : pour les substances hydrophile (avec qui l’eau forme des ponts hydrogènes) car l’eau arrache
les ions des cristaux.
3. Densité élevé ( car structure plus compacte ) donc glace< l’eau
-> pH de l’eau
Autoprotolyse de l’eau
L’acidité des solutions est égale à
pH = -log (H3O+)
PKa=10.3
c- PKa : 7.2
Les glucides Cours 3
#
-> Composition : "
je -0 ¥0 ,
H
÷÷÷
aldéhydes
1. Les OSES ou monosaccharides
-> Sucres simples (n=m)
-> Formule générale : CnH2nOn 3<n<6
Fonction alcool
-> En fonction du nombre carbone on distingue :
° n=3 -> trioses ( glucéraldéhyde ).
° n=4 -> tétroses
° n=5 pentoses (ribose dans l’ADN et l’ARN)
° n=6 hexoses (les glucides les plus importantes -> glucose, fructose, galactose.)
-> Les hexoses : il existe un certain nombre des isomères suivant la position de la fonction cétone/aldéhyde.
-> si la fonction carbonyle est a la fin de la chaîne
(aldéhyde) la molécule appartient a la famille des
aldoses.
-> si la fonction carbonyle est positionnée au milieu de
la chaîne (cétone).La molécule appartient a la famille
des cétose.
←
Isomères
-> Les isomères cycliques du D-glucose OH
H q
De que le nombre de C atteint 5 : la fonction C=O
M¥0
,
0 f3
12
interagit avec un OH a l’autre extrémité pour former : H C- OH H OH
HEMIACETAL CYCLIQUE
-
tou
- -
t' EH /
-> Bêta : fonction alcool vers le haut.
-
4 OH
-> Alpha : fonction alcool vers le bas. H -
C- OH ) x
←
Éon
6
/
CHZOH OH
2. Les OSIDES : holosisides
-> Polymères constitués uniquement d’OSES. n>m
-> Formation par condensation entre 2 ou plusieurs oses :
-> La réaction inverse est une hydrolyse % Lien cavalante
,
a. 2 oses : DISACCARIDES ou diholosides tu
HYDROLYSE
HÉËÏÜ ¥
→
-> D-glucose alpha est condensé en chaîne linaire : une centaine. Substance de réserve chez les plantes.
-> Tous les monomères possèdent la même orientation ( le groupement OH orienté vers le bas).
GLYCOGÉNE (stockage glucose chez les animaux)
-> tendance de faire des ramifications ( plusieurs hélice) structure qui ressemble a l’amidon.
-> stokes dans le fois et dans les muscles ( le fois stokes la glucose pour former le glycogéne.
EËËÏËËÏÏËË
-> Ne sont pas des hélices
-> insolubles dans l’eau
"
CELLULOSE
-> Dans la cellulose chaque monomère Bêta et inversée par rapport au monomère adjacent.
-> Les molécules forment des fibres rigides qui interagissent avec l’eau ( mais pas assez).
-> Car les fibres forment entre elles des ponts hydrogène ( elles restent ensemble). Dans l’eau elles
vont se mouiller mais pas dissocier.
-> Dans notre système digestif les fibres alimentaires ne sont dégradées par nous enzymes. La
cellulose reste dans notre corps jusqu’à la fin de la digestion et on sait pas retirer de l’énergie de la
cellulose.
ÏËËÆ? ?
Microfibrilles Environ 80 fibres s’associent pour former
un microfibrille
i. Parois cellulaires
HÉË
O I 0
/
←
a
\ CHZOH \
CHZOH
/ l l
O .
&
O
¥ Hzot
partie insoluble. La forme ionisée est partialement soluble dans l’eau (savon Marseille).
¥0
mNi
Hydrophobe
-Hydrophile
18 -> Acide stéarique C18 H36 O2 -> une double liaison : acide oléique ( huile végétale)
-> 2 doubles liaisons : acide linoléique
-> 3 doubles liaisons : acide linolénique
-> 4 doubles liaisons : acide arachidonique
c. Lipides saponifiables = dérivés des acides gras
Des triglycérides ou phospholipides qui en présence d’une base forte ( KOH) se transforment dans des sels
d’acides gras => savons.
Alcool + acides gras -> Lipide saponifiables + H2O
-> Si la majorité des acides gras sont saturés : graisse animale - ils ont unité température de
fusion élevé (30°) elles sont solides à température ambiante ( liaison flexible donc on peut les
compacter, les ranger entre elles). Beurre ; margarine.
-> Si majorité des acides gras sont mono et poly insaturés ( huiles végétaux et poissons) à
température ambiante sont liquides car leurs température de fusion est base ( 5°) a cause de la
double liaison qui est rigide ( plus difficile de ranger les chaînes; moins compactes). Meilleurs pour la
santé. 0 Fonction ester
-> TRIGLYCÉRIDES te -0
:%ËËÏ÷÷÷÷÷÷i÷
CHz-LCHzln.sn -
COOH -
Ha
%:-c:*:-c
- -
-> le glycérol n’est pas une glucose car il possède pas une fonction aldéhyde ou cétone.
-> 16< n < 18
-> graisse ; huile ; stockage des lipides, réserve énergétique et isolante
-> hydrophobes
-> PHOSPHOLIPIDES
2 acides gras glycérol -> 16 < n < 18
-> le groupement phosphate est chargé négativement
Phosphate (-) et le groupement amine positive.
-> pH neutre
-> ex : lécithine ( jaune d’œuf )
2. LES STÉROÏDES
-> 3 cycles a 6 carbones -> Chaque règne a ses stéroïdes caractéristiques
-> 1 cycle a 5 carbones ° Animaux
-> petite partie hydrophile ( HO) 1. Cholestérol - dans la membrane cellulaire, molécule
-> grande partie hydrophobe très importante qui est indispensable. Est fabriqué par
le foi ( non essentielle).
Ex. Cholestérol 2.Acide biliaire ( bile) - fabriqué dans le foi par le
÷
cholestérol. Facilite la digestion ( la digestion des
ygophobl
Hzc
lipides). HO MR
/
Coo -
Chz CH
ET
,
Hzc
.
OH
3. Hormones stéroïdiennes
HO -> Hormone sexuelle ( fabriqué par le cholestérol)
hydrophile ° Testostérone
° Progestérone
° Oestrogene
° Végétaux
-> pas de cholestérol 4. Cortisone ( médicaments) pour régler
-> structure similaire des animaux l’homéostasie. Exemple inflammation.
1. Phytostérole ( LSD) : dans les 5. Anabolisante ( stimulation, fabrication muscles)
champignons, dragues hallucinogènes.
3. LES CIRES
-> Lipides tensio-actifs.
-> Solubles dans les solvants apolaires ( le point commun entre les lipides) d'ophite
¥÷
-> A l’ajout d’un composé tensioactifs dans un mélange ou les
graisses et l’eau sont bien séparés il va y avoir une émulsion
( l’eau et graisse se mélangent).
a. Membrane biologique
-> les agents tension actifs forment
une Bi couche lipidique.
-> les parties hydrophobes placés
face a face empêche a l’eau de
traverser la membrane.
÷. Ë÷÷ËË÷+
-
-> Membrane biologiques animale
-> phospholipides
-> Cholestérol
-> N phospholipides = N cholestérol
-> Poids phospholipides > poids cholestérol
-> Car le cholestérol est plus hydrophile il rendre
g
la membrane plus élastique
-> phospholipide on -> Cholestérol
e- -> les SPHINCOLIPIDES ( analogues phospholipides) et parfois glycolipides
( SHINGOSIDES et CÉRÉBROSIDES ).
-> Membrane biologiques végétale
-> Composé des phospholipides ( pas de cholestérol ou sphincolipides)
-> Degré tensionactif
-> Les protéines représentent plus de 50% de la masse sèche de la plupart des cellules et interviennent dans presque
toutes les activités cellulaires.
-> Molécules les plus complexes
-> La protéines est une molécule constituée des plusieurs acides aminés ( polymères) chacun étant replié et enroulé
dans une structure tridimensionnelle spécifique.
-> On y retrouve 6 atomes : C ; O ; N ; H ; S et P
-> A pH neutre dans la solution la base capte un
④
'
Chaîne latérale
proton de l’acide COOH et devient acide ( NH3+)
Carbon central
et COOH devient COO-( basique )
În -
Han -
Êcoo-
-> Il y a 2 isomères : L et D en fonction de la
position du groupement amine par rapport au carbone
-
?
ğ
HZNT -
-
c-
| Il
H 0
Glycine
Gly :O 2
2. CYSTÉINE
Hydrophile
L
{H fonction thiol
~
CHZ
HZNT
t c-
où
-
-
cystéine
cys.sc -> 8 aa sont essentiels : on a besoin mais on ne les fabrique pas. On
3. ACIDE GLUTAMATE doit les trouver dans notre alimentation . On les trouve plus dans la
viande que dans l’alimentation animale.
O_0
Y 2.Les Peptides
Ùlz -> C’est le résultat de la condensation par lien peptidique de plusieurs aa.
Ùdz avec perte de l’eau
° Dipeptide ° TRIPEPTIDE
HZNT -
¢ -
G-
° -
§
0
R" R2
l
manière linéaire.
Acide glutamique
Ola ;E
Moi
Acide car charge négativement
ttbN-CH-co-NH.CH
cool THZN
4.TYROSINE Coo
ÇH
- - -
§
1
OH
Ra R2
µ Rz
Lien peptidique c- N
là
Il
°
.
+
GHz HZN -
ÇH
-
co -
NH -
ÇH
-
co -
NH -
ÇH
- Coo
HZNT
q G-
- -
o ra R2 Ros
3. Polypeptides
¥¥
âme à
-> La diversité et les propriétés des
:-c
début . -
Fin
polypeptides sont due à :
° nombre aa ( n)
° Nature groupement R
a. Structure première. ° l’ordre dans lesquels les aa sont rangés.
-> enchaînement acides aminés Séquence acide aminés.
b.Structure secondaire
-> Chaîne polypeptidiques pas droites.
° Soit Hélice alpha . R vers extérieur
° Soit feuillet étiré et plissé : Beta : 2 séquences parallèles l’un par rapport a l’autre.
-> Les 2 structures sont stabilisées par des ponts hydrogène
-> Un même polypeptide peut contenir des zones alpha et beta.
R3
R4
émus
R1
R2 Vue d’haut
c. Structure ternaire
-> Déterminé la forme tridimensionnelle d’un polypeptide dans l’espace.
-> Grâce a des interactions entre les chaînes latérales des acides amines par des liaisons de différentes
natures il y a le repliement de la chaîne polypeptidique.
Interacions
hydrophobe 1. Pont hydrogène
da
# / 2. Répulsion hydrophobes
3. Liaison ionique (entre 2 charges
Hzc CHZ
opposées)
.
|
Liaison 0 HZÇ ,CHz
4. Pont désulfures ( liaison très solide ).
i
H CH
hydrogène :
o
Il
1 Liaison cavalante
c- OH
CHz-S-S-CHzct zl-CHz-CHz-c.t
-
,
-
CHZ
-
NHZT -0 -
Ê
-
( Hz
-
Liaison ionique
d. Structure quaternaire
-> Formation complexe polypeptidique par association de plusieurs polypeptides.
-> Type interactions : 1. Pont hydrogène
2. Interaction entre aa de charges opposées
3. Interaction entre aa hydrophobes
4 Pont disulfure.
Forme
tridimensionnelle
5. Solubilité protéines
-> La solubilité dépend de la chaîne latérale dirigé vers l’extérieur :
R
1. Solubles dans l’eau
÷÷÷÷
-> Chaîne hydrophile vers extérieur
-> Chaîne hydrophobe vers intérieur
2. Insolubles dans l’eau
-> Chaîne hydrophobe vers l’extérieur
-> Solubles dans la membrane lipidique
A ala alanine
C cys cystéine
D asp acide aspartique
E glu acide glutamique
F phe phenylanine
! G gly glycérine
H his histidine
I île Isoleucine
K lys lysine
L leu leucine
M met mthionine
N asn asparagine
P pro proline
Q
R arg arginine
S ser serine
T thr thréonine
V val valine
W
Y tyr tyrosine
Charge a pH neutre: pont H et liaison ionique
Lysine lys K
Acide aspartique asp D
6. Fonction protéines Acide glutamique glu E
Arginine arg R
-> Base de toutes les fonctions vitales de la cellule. Hydrophile: pont H
Serine ser S
-> Structure : collagène ( la plus abondante protéine de notre corps ) , actine. Asparagine asn N
Glutamine gln Q
-> Enzymes Threonine thr T
Antigène
Partie constante
7.Les anticorps
-> Structure
° Complexe quaternaire constitué de 4 polypeptides : deux lourdes et deux
légères.
° Une partie variable ( fixation antigène) et une partie constante.
° Les ponts disulfure attachent les polypeptides entre eux.
° Présence des polysaccarides ( glycolipides ) sur la partie constante.
° Taille 150 kDa
° Principalement constituée feuillet bêta
t
Partie flexible
8. L’hémoglobine
-> Structure secondaire et ternaire de l’hémoglobine
-> 2 Polypeptides qui se ressemble mais ne sont pas identiques.
-> Construites par des hélices alpha
-> L’Héma - groupe prosthétique de
l’hémoglobine va permettre la fixation de
l’oxygène sur l’atome de Fe aux cœur du
polypeptide.
Cobalamine
Les acides nucléiques Cours 6
10230 -
11
-> 2 grandes types : ARN et ADN OH
¥
0
)
OH OH
carbone 5’
S'
CHZ
a
Base azotée
S'
CHZ
on
Base azotée
ËËËË! ÏËË:*
0 0
' 1 '
1
A
'
AI
" : .
S'
CHZ
a
Base azotée
S'
CHZ
on
Base azotée
¥ ¥
0 0
" "
Fin ribose
OH
§!
OH
§!
V carbone 3’
b. Le nucléotide
-> groupement phosphate : phospho-glucide sur C5 par lien covalant
-> Une pentose : ribose à 5 C - OH ou désoxyribose à 5C-H. :
!m
-> Base azoté : structure cyclique aromatique plane.
1. Base puriques
Double cycle ( purine ) -> molécule assez longue a 4 azotes. rr
Adénine A et Guanine G "base
Honey
2. Base pyrimidiques
Courte cycle a 2 N
Thymine T ( ADN) et Uracile U ( ARN) et Cytosine C § N H