Module : Maturation des protéines et modulation de leurs fonctions (MPMF) Master 2
biologie
moléculaire
Chapitre 1 :Biosynthèse des protéines dans le REG
1. Généralités
Les protéines sont les molécules les plus complexes et les plus variées des êtres vivants. On
fabriquerait plus de 100000 protéines différentes qui constituent plus de 50% du poids sec des
cellules. Elles assurent une multitude de fonctions au sein de la cellule vivante et dans les
tissus.
La biosynthèse des protéines est l'ensemble des processus biochimiques permettant aux
cellules de produire leurs protéines à partir de leurs gènes afin de compenser les pertes en
protéines par sécrétion ou par dégradation. Elle recouvre les étapes de transcription de l'ADN
en ARN messager et de traduction de l'ARN messager en chaînes polypeptidiques, des
modifications post-traductionnelles de ces dernières, et enfin de repliement des protéines ainsi
produites. Elle est étroitement régulée à de multiples niveaux, principalement lors de la
traduction (Adressage vers leurs destination finale: REG, Noyau, Chloroplaste,
mitochondrie…..).
Le REG assure plusieurs fonctions :
Synthèse, translocation et maturation des protéines
Glycosylation des protéines
Conformation spatiale des protéines.
Contrôle qualité des protéines avant exportation
2. L’adressage des protéines vers le REG: La synthèse nécessité un signal d'adressage:
[Link] des protéines solubles (luminale) : La translocation co-traductionnelle se fait par les
étapes suivantes :
L'insertion se déroule à proximité de la membrane externe du REG. La traduction commence
dans le cytosol par une séquence N-terminale particulière appelée peptide signal (PS)
(séquence riche en AA hydrophobe)
Le PS est reconnu par une particule ribonucléoprotéique SRP (Signal de
reconnaissance de particule) dès sa sortie du ribosome. SRP se fixe au PS et au
ribosome, ralentissant, voire stoppant, la traduction.
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Le SRP va fixer sur son récepteur sur la membrane du REG (R-SRP),
l’interactionSRP-RS est regulée par le GTP, la fixation du GTP sur la sous unité
alppha du SR permet la stabilisation du complexe SRP-RS.
Hydrolyse GTP en GDP induit la dissociation du SRP de son récepteur ce qui induit
l’ancrage du ribosome dans le Translocon (sec 61).
la sortie du SRP induit le redémarrage de traduction (élongation de la chaine
peptidique). le ribosome n’est plus bloqué et reprend la traduction de ARMm.
Ouverture du translocon et pénétration du peptide signale et chaine peptidique.
Le peptide signale (PS) a clivé de la chaine peptidique sur son extrémité C- terminal
par le peptidase (enzyme situé dans la face interne de la membrane du REG) et sortie
a travers un pore latéral vers le cytosol ou il se dégrade.
Entrée de la chaine peptidique dans la lumière du REG jusqu’à l’arrêt de la synthèse et
fermeture du translocon.
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Figure 1: Translocation des protéines solubles
2.2. Cas des protéines Trans-membranaires:
Le processus de translocation des protéines membranaires intrinsèques est plus complexe que
celui des protéines solubles car :
- certaines parties de la protéine ne sont pas transloquées,
- certaines protéines transmembranaires traversent plusieurs fois la double couche lipidique
- Signal de transfert START suivi d'un signal de transfert STOP.
Nous décrirons 3 mécanismes d’insertion de protéines à traverser unique dans la membrane
du RE :
-Dans le premier mécanisme, la translocation est initiée par un peptide signal N-terminal qui
s’ancre dans le translocon. Un second peptide hydrophobe, appelé peptide de terminaison de
transfert, situé dans la protéine, interrompt la translocation avant qu'elle ne soit terminée.
Après clivage du peptide signal N-terminal, ce peptide de terminaison de transfert sert de
point d'ancrage de la protéine dans le translocon puis dans la membrane du RE. La protéine
trans-membranaire est à traverser unique et son extrémité N-terminale est située du côté
luminal du RE et C-terminale cytosolique.
-Dans les deux autres mécanismes, le peptide signal est plus interne dans la protéine. Ce
signal est également reconnu par la SRP et s’insère dans le translocon. Il n’est pas clivé et sert
donc d’ancrage de la protéine dans la membrane du RE. Selon l’orientation du peptide signal
dans le translocon, la protéine aura son extrémité N-terminale dans la lumière du RE ou dans
le cytosol (Figure 2).
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Figure 2 : Translocation des proteines membranaire
3. Modifications post-traductionnelles des protéines :
De nombreuses modifications chimiques se produisent après l’incorporation des acides
aminés dans la structure primaire de la protéine (traduction) ; on les appelle modifications
post-traductionnelles qui ont lieu dans la cellule, dans les organites ou hors de la cellule.
Les modifications post-traductionnelles majeures sont :
Glycosylations
Elimination d’acides aminés (Méthionine)
Acétylation
Biotinylation
Ubiquitinylation
Ancrage lipidique
Clivage de chaine polypeptidique
Phosphorylation
3.1. Glycosylation des protéines: La plupart des protéines transloquées dans le REG sont
glycosylées. La glycosylation d’une protéine est l’ensemble des phénomènes qui assurent la
transformation d’une protéine en une glycoprotéine. Ce phénomène concerne seulement les
protéines synthétisées au niveau du RE. Il existe d eux types de glycosylation : l’O-
glycosylation et la N-glycosylation. c’est la N-glycosylation est la plus fréquente et
l'asparagine est l'acide aminé de la protéine qui sera glycosylée.
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3.1.1. N-Glycosylation: S'effectue en deux étapes. Dans un premier temps, une chaine
ramifiée de quelques oses est ajoutée co-traductionnellement sur la protéine à modifier via
l'établissement d'une liaison covalente entre un hydroxyl (-OH) d'un N-acétylglucosamine
situé à une extrémité de la chaine glucidique et l'amide (-CO-NH2) de la chaine latérale d'un
résidu asparagine appartenant à la protéine. La liaison ainsi formée est une liaison dite N-
glycosidique, d'où le nom de N-glycosylation. La réaction établissant cette liaison covalente
est contrôlée par une enzyme, une glycosyl transférase qui est localisée dans la lumière du
RE. En effet, l'arbre glucidique est initialement porté par un dolichol, un lipide
spécifiquement présent à la face interne de la membrane du réticulum endoplasmique. Il est
alors transféré par la glycosyl transférase sur la chaîne polypeptidique en cours de synthèse.
Les ribosomes, responsables de la biosynthèse des protéines, se trouvant dans le cytoplasme,
cela suppose que la chaîne polypeptidique a traversé la membrane du réticulum
endoplasmique pour être accessible à l'enzyme.
3.1.2. Acétylations
-Environ 100 protéines cytoplasmiques ont un N-terminal acétylé
• La réaction est catalysée par des N-acétyl transférase à partir d’acétyl-CoA comme
donneur d’acétyl
• Acétylation en présence ou non du résidu MET1
• Importance de la nature des premiers acides aminés, mais difficulté de trouver une règle
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3.1.3. Elimination de la méthionine
• Groupement formyl de la méthionine 1 (Nt) est pratiquement toujours enlevé chez les
procaryotes
• 50% des protéines des cellules procaryotes et eucaryotes ont la MET1 enlevée par l’enzyme
Met-aminopeptidase (MAP), liée au ribosome.
• Enzyme saturable, inactive dans les corps d’inclusion.
• Aboutit à un mélange de protéines avec et sans MET1
3.1..4. Clivage de chaine polypeptidique
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3.1.5. Biotinylation
La biotine ou vitamine B8 est un coenzyme de quelques enzymes de transfert du CO2
• La vitamine est fixée par covalence sur la protéine.
• Enzyme: la biotine protéine ligase (BPL)
3.1.6. Ubiquitination
• Fixation covalente d’ubiquitine, petite protéine de 76 AA
• Protéine uniquement eucaryote, très conservée
• Fixation par la glycine C-terminale aux NH2 des lysines des protéines
• Par action d’un complexe enzymatique composé de 3 enzymes
• Permet la destruction des protéines par protéasome
• Rôle dans le cycle cellulaire, la réparation de l’ADN, l’embryogenèse, la régulation de la
transcription, l’apoptose
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3.1.7. Phosphorylation
Ajout d’un phosphate sur la sérine, la thréonine ou la tyrosine. Important dans la transduction
de signaux à travers les membranes.
1.2.8. Ancrage lipidique : Important pour l’adressage des protéines à la membrane des
cellules.
Myristoylation: liaison d’un lipide avec la glycine
Palmitoylation : liaison d’un lipide avec n’importe quelle cystiène de la protéine.
Glypiation : liaison d’un GPI (glycosyl phosphatidyl inositol) avec n’importe quel
AA.
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