PEPTIDES Dr E.

Feraga

Universités 3 de Constantine
Faculté de médecine
Module de Biochimie

PLAN DU COURS

I. LIAISON PEPTIDIQUE.
A. DEFINITION.
B. CARACTERISTIQUES.
II. NOMENCLATURE DES PEPTIDES.
III. MODE DE REPRESENTATION D’UNE SÉQUENCE PEPTIDIQUE.
IV. PROPRIÉTÉS PHYSIQUES DES PEPTIDES.
V. PROPRIÉTÉS CHIMIQUES DES PEPTIDES.
VI. PROPRIÉTÉS BIOLOGIQUES.
VII. QUELQUES EXEMPLES DE PEPTIDES
1ère année médecine

Année universitaire 2021/2022

Dr. [Link] (1 séance)

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I -A- DEFINITION DE LA LIAISON PEPTIDIQUE (figure1) :

• Les acides aminés sont les éléments de construction des protéines.
• Il y a 21 acides aminés standards, mais un seul type de liaison utilisé pour les relier entre eux : c'est la liaison
peptidique ou liaison amide.
• La liaison peptidique est formée durant l'étape de traduction par une liaison covalente entre un groupement α-
aminé d'un acide aminé et le groupement α-carboxylique d'un autre acide aminé avec élimination d’une
molécule d'eau.
• L'union de deux acides aminés donne un dipeptide.

Figure 1

I-B- CARACTERISTIQUES DE LA LIAISON PEPTIDIQUE :

❖ La liaison peptidique est un hybride de résonance :
- Les électrons doublet de l’azote et les électrons 𝜋 𝑑𝑒 la liaison C=O occupent la même orbitale délocalisé entre
les atomes d’azote et oxygène.

Mésomères

-Le caractère partiellement double de la liaison C-N, fait que la liaison peptidique est :
• Très Stable.
• Plane.
• Rigide : la rotation autour de C-N est impossible.

❖ La liaison peptidique est plane :

-Les six atomes du groupe peptidique Cα-CO-NH-Cα sont coplanaires situés dans un même plan, (Cα représente les
atomes de carbone sur lesquels sont fixées les fonctions amines et carboxyles).
-Les groupements C=O et N-H sont parallèles.
-La longueur d'une liaison peptidique est de 1,33 Å, elle est donc plus courte qu'une liaison simple ordinaire mais plus
longue qu'une liaison double.

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❖ La liaison peptidique est polaire :

-L’oxygène carbonyle porte une fraction de charge négative et peut servir comme accepteur de proton H dans la
liaison d’hydrogène.
-L’azote amide a une fraction de charge positive et le groupe NH peut servir comme donneur de proton H dans la
liaison d’hydrogène.

❖ Configuration de la liaison peptidique :

– La liaison peptidique peut adopter une Configuration Cis ou Trans
– Dans la configuration Cis Les Cα sont situé sur même franc de la liaison peptidique et son plus
proche l’un de l’autre
– Généralement, la configuration Trans est favorisée du fait d'interactions stériques entre les chaînes
latérales R de carbone α adjacents.
– Une des exceptions est l'enchaînement X-Pro (X représente un acide aminé et pro est la proline) pour

lequel la configuration cis est privilégiée

❖ Bien que la liaison peptidique soit rigide et plane, Dans une chaine polypeptique, 2 liaisons
peptidiques consécutives peuvent pivoter autour du Cα, dans la limite des contraintes (la rotation est
possible autour de la liaison N-C et C-C).

– Par convention, l’angle de rotation autour de la liaison Cα-N est désignée par la lettre Ф (phi) et
l’angle de rotation autour de la liaison Cα-C par la lettre (psy)Ψ.
– Le plan de référence est celui passant par N, Cα, et C de CO la valeur absolue de l’angle est
comprise entre 0° et 180°, le signe est négatif si la rotation a lieu dans le sens des aiguilles d’une
montre et positif dans le cas contraire.

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– La plupart des valeurs de Ф et de Ψ ne sont pas permises, celles qui sont autorisées déterminent les
structures secondaires des protéines.

II. NOMENCLATURE DES PEPTIDES :

Le terme pour désigner les molécules sera différents en fonction du nombre d’acides aminés constitutifs (reliés par
liaisons peptidiques). On parlera de :

✓ Oligopeptides pour moins de 10 acides aminés (entre 2-10 Aa) ; 2Aa

dipetide, 3Aa tripeptide, …

✓ Polypeptides entre 10-100 acides aminés.

✓ Protéines plus de 100 acides aminés.

III. MODE DE REPRESENTATION D’UNE SÉQUENCE PEPTIDIQUE :

10-100 acides aminés
L’enchainement d’acides aminés doit être représenté avec les règles d’écriture suivante :
Protéines plus de 100 acides aminé
– Écriture de gauche à droite dans le sens N-terminale vers la C-terminale.
– Numérotation dans le même sens (N-terminale vers la C-terminale).
– Écriture des liaisons peptidiques orientées dans le sens CO-NH.
– Tous acide aminé constitutif de la chaine peptidique est appelé résidu.
– Un acide aminé engagé dans une liaison peptidique porte son nom au quel on additionne du suffixe yl :
exemple : Lys : lysyl, Ala : alanyl, … . Sauf pour le dernier qui garde son nom complet, sans suffixe.
– Chaque acide aminé pourra être représenté par son abréviation à 3 lettres ou 1 lettre.

Exemple : il s’agit d’un tripeptide (3 acides aminés dans ordre suivant : Alanine-Glycine-serine).

Alanyl- Glycyl –serine

NH3+-Ala-Gly-Ser- COO- AGS

1 2 3 1 2 3

La chaîne polypeptidique est constituée d’une :

– Partie régulièrement répétitive dite chaine principale ou squelette.
– Partie variable comportant les chaines latérales caractéristiques (R1, R2,…..).

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La chaîne polypeptidique

La chaîne principale

IV. PROPRIÉTÉS PHYSIQUES DES PEPTIDES :

– Les peptides sont d’autant plus solubles dans l’eau qu’ils sont plus petits et contiennent d’avantage d’Aa
hydrophile (Sérine, acide aspartique ….).
– Ils sont dialysables.
– Ils absorbent la lumière dans l’ultraviolet :
o λ: 220 à 230 nm.
o λ: 260 ou 280 nm s’ils contiennent un Aa aromatique.
– Les peptides sont des molécules chargées et peuvent migrer dans un champ électrique :
• Chargés aux extrémités N et C terminales par :
– une fonction amine.
– une fonction acide carboxylique.
• Chargés au niveau des chaînes latérales (selon la composition) par :
– des fonctions amines.
– des fonctions acides carboxyliques.

V. PROPRIÉTÉS CHIMIQUES DES PEPTIDES :

➢ Un peptide peut comporter un ou plusieurs ponts disulfures qui résulte de l’oxydation des groupements SH de
deux cystéines (forme réduite) et donne lieu à la forme oxydée S-S appelée cystine.

➢ Le plus petit peptide donne la même réaction que les acides aminés avec la ninhydrine.
➢ La liaison peptidique peut être rompue par :
o Hydrolyse chimique (Hcl).
o Hydrolyse enzymatique (Protéases spécifiques : trypsine, chymotrypsine…).
➢ Les peptides présentent les réactions chimiques de radicaux portés par les chaines latérales des résidus
d’acides aminés (les fonctions alcool peuvent être estérifiées par un phosphate ou un sulfate).
➢ Le biuret qui (le sulfate de cuivre CuSO4) en milieu alcaline forme en présence de protéines un complexe de
coloration bleu violette par liaison spécifique du cuivre (cation) à l’azote des liaisons peptidiques.
– Condition : Il faut aux moins 3 liaisons peptidiques pour une réaction positive.
– Utilisation :
o Mise en évidence des liaisons peptidique (plus de 3).
o Dosage des protéines.

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[Link]ÉTÉS BIOLOGIQUES : Les rôles sont nombreux, mais on peut citer

➢ Structural.
➢ Peptides hormonaux (insuline, glucagon, ocytocine, ….)
➢ Neuropeptides (endorphines, enképhalines)
➢ Peptides antibiotiques provenant de bactéries ou de champignons, exemple : pénicilline.
[Link] DE PEPTIDES :
1-EXEMPLES DE DIPEPTIDE :

❑ L’aspartame : L Aaspartyl- Phenylalanine méthyl ester

• Sucre artificiel ou édulcorant (possède un pouvoir sucrant élevé et pas de pouvoir calorique car non
métabolisé).
• Résulte de l’association de 3 éléments :
– Deux acides aminés : Aspartate et Phénylealanine.
– Un alcool : le méthanol

❑ La carnosine : β alanyl histidine : résulte de la digestion des viandes. On la trouve particulièrement

concentrée dans les tissus musculaires et cérébraux.

2-EXEMPLE DE TRIIPEPTIDE :

❑ Le glutathion : (pseudo-tripeptide)

• Toutes les cellules en contiennent, il possède un

rôle important dans la protection des cellules Liaison pseudo-peptidique
contre les agressions de l’oxygène et de ses
formes actives (peroxydes et radicaux libres).
• Le glutathion peut exister sous 2 formes
✓ GSH (forme réduite)
✓ GSSG (forme oxydée)

3- EXEMPLES D’HORMONES :

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❑ L’ocytocine : Hormone synthétisée par le thalamus puis stockée et libérée par la posthypophyse.
• Nanopeptide avec pont disulfure Cys1-S-S-Cys6.
• Rôle : stimule la contraction utérine lors de l’accouchement.
❑ La Vasopressine ou hormone antidiurétique (ADH) : Hormone synthétisée par le thalamus puis
stockée et libérée par la posthypophyse.
• Nanopeptide avec pont disulfure Cys1-S-S-Cys6.
• Rôle : favorise la réabsorption de l’eau au niveau des tubules rénaux distaux.
• La différence de structure entre la vasopressine et l’ocytocine : nature des acides aminés en position 3et 8.
❑ Le glucagon : hormone hyperglycémiante synthétisée par le pancréas, constituée d’une seule chaine
polypeptidique de 29 acides aminés.

❑ L’insuline : hormone hypoglycémiante synthétisée par le pancréas

• Constituée de deux chaines polypeptidiques :
– Chaine B 30 Aa.
– Chaine A 21 Aa avec un pont disulfure intra-chaîne Cys-S-S-Cys (Cys 6-11).
• Les 2 chaines sont reliées par deux ponts disulfures (inter-chaînes) Cys-S-S-Cys
(Cys 7-28 et Cys 20-39).