‫الجمهورية الجزائرية الديمقراطيـة الشعبيــة‬

République algérienne démocratique et populaire

‫وزارة التـعليــم العالـي والبحــث العلمــــي‬
Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique
‫جامعة عين تموشنت بلحاج بوشعيب‬
Université –Ain Temouchent- Belhadj Bouchaib
Faculté des Sciences et de Technologie
Département Sciences de la Nature et de la Vie

Projet de Fin d’Etudes

Pour l’obtention du diplôme de Master en : Microbiologie Appliquée
Domaine : Sciences de la Nature et de la Vie
Filière : Sciences Biologiques
Spécialité : Microbiologie Appliquée

Thème

Contribution à l’étude de caractérisation de la flore bactérienne isolée à partir de

produits pathologiques en milieu hospitalier.

Présenté Par :
Mlle. KHIRI Rachida
Mlle. BENDEHNNOUNE Sarra

Devant le jury composé de :

Mr. ZIANE M MCA UAT.B.B (Ain Temouchent) Président
Mr. Mouaden R.N MAA UAT.B.B (Ain Temouchent) Examinateur
Mlle. Chibani H.R MCB UAT.B.B (Ain Temouchent) Encadrant

Année Universitaire 2020/2021

 Remerciements

Tout d'abord, nous tenons à remercier Dieu notre Créateur de nous avoir donné la
force et la santé pour acomplir ce travail.

Nous remercions chaleureusement nos parents pour leur soutien et leurs

encouragements lors de notre etude.

Je tiens à remercier notre encadrante de mémoire , Mlle. CHIBANI HIBA

RAHMAN pour sa présence lors de la préparation de ce Memoire .

Nous dressons nos sincères remerciements aux membres de jury Mr. Mouaden Riad
Mr. ZIANE Mohamed pour avoir bien voulu examiner ce travail.

Un grand merci pour le service du laboratoire de l'hôpital (Dr Benzerdjeb ) d'Ain

Temouchent. Nous sommes reconnaissants pour l'aide et les informations données.

Enfin, nous adressons nos remerciements à université de Ain Temouchent et à tous ceux
qui ont contribué à la réalisation de ce projet de près ou de loin.
 Dédicaces

Tout d'abord, nous tenons à remercier Dieu le tout puissant de nous avoir donné la santé, la force et la
patience qu'il m'a donnés pour acomplir ce travail. El'hamdullilah
Je dédie ce mémoire a mes très chers parents pour leur soutien moral et pour leurs encouragements.

Mon très cher père Tout l’encre du monde ne pourrait suffire pour exprimer mes sentiments envers un être
très cher.Vous avez toujours été mon école de patience, de confiance et surtout d’espoir et d’amour.Vous êtes
et vous resterez pour moi ma référence, la lumière qui illumine mon chemin.

Ma très chère mère aucune dédicace très chère maman, ne pourrait exprimer la profondeur des sentiments
que j’éprouve pourvous, vos sacrifices innombrables et votre dévouement firent pour moi un
encouragement.Vous avez guetté mes pas, et m’avez couvé de tendresse, ta prière et ta bénédiction m’ont été
d’un grand secours pour mener à bien mes études.

Mon amour pour vous peut-être difficilement exprimer avec des mots , J’implore Dieu, tout puissant, de vous
accorder une bonne santé, une longue vie et beaucoup de bonheur.

Aux personnes dont j’ai bien aimé la présence dans ce jour, à mes chères Soeurs : Salima , nadjet , khadidja ,
nassima , rabia et sarah et mon grand frére Guen Mohamed ,aussi à mes neveux : Akram , ilies , Anes et mes
petite niéce : sirine et yasimine , Puisse dieu vous accorde santé, longue vie et prospérité
A mon encadreur madame HIBA CHIBANI Pour l'aide et du soutien.
Je dédie ce travail à tous ceux qui m'ont soutenu de près ou de loin par leurs conseils, leur aide et leurs
encouragements. Aux personnes qui m'ont toujours aidé et encouragé, et qui ont toujours été à mes côtés, je
vous remercie de tout mon cœur et je vous aime.
Je dédie ce travail à tous ceux qui en bénéficieront un jour.
Merci à Toute et à Tous !
 Dédicaces

Je dédie ce mémoire

Á ma mère ma source d’énergie et à mon père, qui ont tant

veillé sur mon parcours éducatif de ma première année

primaire jusqu’à maintenant.

Á mes frères mohamed ;aymen ;yacine

A mon mari kader

Et à toute ma famille ;Et à tous ceux qui m’ont soutenu

Et à tous mes camarades de promotion de la spécialité de

microbiologie appliquée. et tous ce qui connaisse sarra

 Table des matières
Résumé .................................................................................................................................................. I

Liste des abréviations ....................................................................................................................... III

Listes des figures ............................................................................................................................... IV

Liste des tableaux ................................................................................................................................ V

Introduction ............................................................................................................................................ 1

CHAPITRE I : Synthèse Bibliographique

I. Les infections nosocomiales ......................................................................................................... 3

I.1. Définition ......................................................................................................................................... 3

I.2. Origine et facteurs favorisants les infections nosocomiales ............................................................ 3

I.3. Mode de transmission ...................................................................................................................... 4

I.4. Les agents infectieux bactériens responsables des IN ..................................................................... 4

I.5. Les principaux types d’infections Nosocomiales ............................................................................ 9

I.5.1. Infections Urinaires Nosocomiales ....................................................................................... 9

I.5.2. Les infections respiratoires.................................................................................................. 10

I.5.3. Infection du Site Opératoire (ISO) ...................................................................................... 10

I.5.4. Bactériémie – Septicémie .................................................................................................... 10

I.6. L’impact des infections nosocomiales........................................................................................... 11

I.7. La résistance des bactéries responsables d’IN ............................................................................... 12

II. Bactériologie de produits pathologiques .................................................................................. 12

II.1. Le sang ......................................................................................................................................... 12

II.2. L'urine .......................................................................................................................................... 13

II.2.1. Pathogénèse ....................................................................................................................... 13

II.2.2. Infection urinaire ................................................................................................................ 13

II.2.3. Les germes responsables .................................................................................................... 14

II.3. Les selles ...................................................................................................................................... 17

 II.3.1. Pathogénèse ....................................................................................................................... 17

II.3.2. Diarrhée infectieuse ........................................................................................................... 17

II.3.3. Les germes responsables .................................................................................................... 18

III. Prévention et traitement des infections nosocomiales ............................................................. 20

III.1. Prévention ................................................................................................................................... 20

III.1.1. Mesure générale de prévention ......................................................................................... 20

III.1.2. Mesure spécifique de prévention des IUAS ..................................................................... 20

III.2. Traitement ................................................................................................................................... 21

III.2.1. L’antibiothérapie .............................................................................................................. 21

III.2.2. Antibiotique à action urinaire ........................................................................................... 21

III.2.3. Phagothérapie ................................................................................................................... 21

CHAPITRE II : Approche Méthodologique

I. Prélèvement d’urine ................................................................................................................... 23

II. Méthodologie de diagnostic ....................................................................................................... 23

II.1. Examen cytobactériologique des urines (ECBU) ........................................................................ 23

II.1.2. Examen microscopique (Examen cytologique) ................................................................. 24

II.1.3 Mise en culture des urines................................................................................................... 24

III. Identification des bactéries isolées ............................................................................................ 24

III.1. Identification macroscopique :.................................................................................................... 25

III.2. Identification microscopique : .................................................................................................... 25

III.3. Identification par la galerie API 20E .......................................................................................... 25

III.4. Test de catalase : ......................................................................................................................... 26

III.5. Test de coagulase ........................................................................................................................ 26

IV Antibiogramme ........................................................................................................................... 26

CHAPITRE III : Résultats et Discussion

I.1 Répartition de l’infection urinaire dans les échantillons ................................................................ 28

I.2. Aspect macroscopique des urines .................................................................................................. 29

I.3. Répartition des infections urinaires selon le sexe.......................................................................... 30

I.4. Répartition des patients selon les tranches d’âge ..................................................................... 31

I.5. Répartition des germes responsables d’infection urinaire ............................................................. 32

I.6. Antibiogramme .............................................................................................................................. 33

Conclusion et Perspectives .................................................................................................................. 36

Références bibliographiques ................................................................................................................ 34

Annexes ............................................................................................................................................... 43
 Résumé
Les infections nosocomiales sont l'une des principales causes de morbidité et de mortalité
chez les patients, car cette infection constitue un véritable problème de santé publique qui entraîne
des coûts économiques et humains importants. Parmi les infections les plus courantes, les infections
urinaires qui occupent une place majeure dans les maladies infectieuses. En effet, l’ECBU est le
meilleur test pour diagnostiquer de telles infections. Dans notre étude 76 échantillons de
cytobacteriologie urinaire qui ont été réalisés au niveau de l'hôpital de Dr Benzerdjeb sur des patients
des deux sexes avec differentes tranches d'âge ont été traités. Parmis ces échantillons 21.05% ont été
révelés comme positifs pour l’infection urinaire, et elle était significativement répandu chez les
femmes avec 62.5% par rapport aux hommes. L’identification des bactéries isolées a montré une
prédominance de Escherichia coli (87.5%), suivis de Staphylococcus et Enterobacter en proportions
égales (6.25 %). La répartition selon l’âge montre que les patients les plus atteints d’infections
urinaires sont les personnes agées (<50 ans) , avec un pourcentage de 50% par rapport aux adultes et
aux enfants. L’antibiogramme a montré que les germes bactériens réagissent différemment aux
antibiotiques dont la majorité des échantillons (E. coli) sont sensibles aux antibiotiques Céfalexine
et Colistine, et résistant aux Amoxicilline, Oxacilline, et Pénicilline. On conclure que même s'il
existe plus d'antibiotiques actifs, le meilleur contrôle des infections nosocomiales est la prévention,
considérée comme économiquement nécessaire sur la base d'une application stricte des mesures
d'hygiènes.
Mots clés : ECBU, Infection nosocomiale, Infection urinaire, Germes bactériens, Produits
pathologiques.

Abstract
Nosocomial infections are one of the main causes of morbidity and mortality in patients, as
this infection is a real public health problem with significant economic and human costs. Among the
most common infections, urinary tract infections occupy a major place in infectious diseases.Indeed,
ECBU is the best test to diagnose such infections. In our study 76 samples of urinary
cytobacteriology that were performed at the hospital of Dr Benzerdjeb in patients of both sexes with
different age groupes . Of these samples 21.5% were Detecting as positive for urinary tract
infection, and it was significantly prevalent in women with 62.5% compared to men. Identification of
isolated bacteria showed a predominance of Escherichia coli (87.5%), followed by Staphylococcus
and Enterobacter in equal proportions (6.25%). The age distribution shows that the patients most
affected by urinary tract infections are the elderly (<50 years) with a percentage of 50% compared to
adults and children. The antibiogram showed that bacterial germs react differently to antibiotics, the
majority of which E. coli are sensitive to Céfalexine and Colistine , and resistant to Amoxicillin,
Oxacilline, and Penicillin. It is concluded that even if there are more active antibiotics, the best
control of nosocomial infections is prevention, considered as economically necessary on the basis of
a strict application of hygienic measures.
Keywords : nosocomial infections, urinary tract infections, pathological products, bacterial germs

I
 ‫ملخص‬
‫تعد عدوى المستشفيات من األسباب الرئيسية للمراضة والوفيات لدى المرضى ‪ ،‬ألن هذه العدوى تشكل مشكلة صحية‬
‫عامة حقيقية تترتب عليها تكاليف اقتصادية وبشرية كبيرة‪ .‬من بين أكثر أنواع العدوى شيو ًعا ‪ ،‬التهابات المسالك البولية‬
‫هو أفضل اختبار لتشخيص مثل هذه العدوى‪ .‬في ‪ ECBU‬التي تحتل مكانًا رئيسيًا في األمراض المعدية‪ .‬في الواقع ‪ ،‬فإن‬
‫دراستنا تم عالج ‪ 67‬عينة من الجراثيم الخلوية البولية التي أجريت في مستشفى الدكتور بنزرجب على مرضى من كال‬
‫الجنسين من مختلف الفئات العمرية‪ .‬من بين هذه العينات ‪ ،‬وجد أن ‪ ٪50.12‬كانت إيجابية بالنسبة لعدوى المسالك البولية‬
‫‪ ،‬وكانت منتشرة بشكل ملحوظ لدى النساء بنسبة ‪ ٪75.21‬مقارنة بالرجال‪ .‬أظهر التعرف على البكتيريا المعزولة غلبة‬
‫بنسب متساوية (‪ .)٪7.52‬يوضح التوزيع ‪ Enterobacter‬و ‪ ، Staphylococcus‬تليها )‪Escherichia coli (87.5٪‬‬

‫العمري أن المرضى الذين يعانون من معظم التهابات المسالك البولية هم من كبار السن (أقل من ‪ 21‬سنة) ‪ ،‬بنسبة ‪٪21‬‬
‫مقارنة بالبالغين واألطفال‪ .‬يتفاعلون بشكل مختلف مع المضادات الحيوية التي تكون غالبية عيناتها (اإلشريكية القولونية)‪.‬‬
‫حساسة للمضادات الحيوية سيفاليكسين وبولي ببتيدات ‪ ،‬ومقاومة لألموكسيسيلين ‪ ،‬أوكساسيللين ‪ ،‬والبنسلين‪ .‬استنتج أنه‬
‫حتى لو كانت هناك مضادات حيوية أكثر فاعلية ‪ ،‬فإن السيطرة األفضل على عدوى المستشفيات هي الوقاية ‪ ،‬التي تعتبر‬
‫ضرورية اقتصاديًا على أساس التطبيق الصارم للنظافة اإلجراءات‬
‫الكلمات المفتاحية‪ :‬عدوى المستشفيات ‪ ،‬التهابات المسالك البولية ‪ ،‬المنتجات المرضية ‪ ،‬الجراثيم البكتيرية‬

‫‪.‬‬

‫‪II‬‬
 Liste des abréviations

IN : Infection nosocomiale
IU : Infection Urinaire
BMR : Bactérie Multirésistante
ITUS : Infection du Tractus Urinaire.
ECBU : Examen Cytobactériologique des Urines.
IUAS : Infections Urinaires Associées aux Soins
ISO : Infection du Site Opératoire
ATB : Antibiotique(s)
BGN : Bacille Gram Négative
BGP : Bacille Gram Positif
GN : Gélose Nutritif
CDT : Cytolethal Dstending Toxin
API 20 E : Appareillage et Procédé d'identification
OMS : Organisation Mondiale de Santé
SCN : Staphylocoques à Coagulasse Négatif
CMI : Concentration Minimale Inhibitric

III
 Liste des figures

Figure 1 : Répartition par site des infections nosocomiales.................................................................. 9

Figure 2 : Forme topographique de types d'infection urinaire ............................................................ 14
Figure 3: La galerie API 20 E ............................................................................................................. 25
Figure 4 : Application de la méthode d'ATB sur gélose MH ............................................................. 27
Figure 5 : Fréquence des ECBU positifs et négatifs dans les prélèvements totaux ............................ 29
Figure 6 : Répartition de l'aspect macroscopique des urines prélévée dans la totalité des échantillions
............................................................................................................................................................. 29
Figure 7 : Répartition des ECBU positifs selon le sexe...................................................................... 30
Figure 8 : Répartition des échantillons selon l'âge ............................................................................. 32
Figure 9 : Répartition des germes isolés ............................................................................................. 33

IV
 Liste des tableaux

Tableau 1: Les germes bactériens responsables d'IN ........................................................................... 5

Tableau 2: Principales espèces bactériennes responsables de l'IU ..................................................... 16
Tableau 3 : Fréquence des ECBU positifs et négatifs dans les prélévements totaux ......................... 28
Tableau 4 : Répartition de l'aspect macroscopique des urines prélevées dans la totalité des
échantillons .......................................................................................................................................... 29
Tableau 5 : Répartition des ECBU positifs selon le sexe ................................................................... 30
Tableau 6 : Résultats de l'antibiogramme des souches isolées ..................Erreur ! Signet non défini.

V
VI
Introduction
 Introduction

L’hôpital qui est normalement considéré comme un lie de savoir, d’enseignement médical
et d’hygiène, peut devenir dans certaines circonstances, une source d’infection (Ghernaout,
2013). Les infections nosocomiales (INs) ou infections associées aux soins (IAS) sont des
infections acquises dans un établissement de soins et qui n’étaient pas présentes à l’admission, ni
en incubation au moment de l’hospitalisation (Kaoutar et al., 2004). Elles sont reconnues à
travers le monde comme étant un problème de santé publique (Njall et al., 2013). Leurs
fréquences et leurs gravités sont particulièrement élevées au milieu de soins intensifs en raison
des pathologies présentées par les patients, des comorbidités associées ainsi que la densité des
techniques invasives utilisées (Brun-Buisson et al., 2004).

Parmi les agents responsables de l’infection nosocomiale, on y trouve donc une grande
diversité de microbes. Celle-ci est constituée de virus, champignons, parasites et de bactéries qui
ont une origine soit endogène ou exogène. Selon l’OMS, les infections nosocomiales sont l'une des
causes principales de la morbidité et la mortalité chez les patients hospitalisés ; alors que l’infection
nosocomiale constitue un problème de santé publique, réel qui génère un coût économique et
humain considérable (OMS, 2008)
Dans les pays en développement notamment en l'Algérie, les infections nosocomiales
continuent d'augmenter en raison de la forte pression démographique et du manque d'hygiène,
parmi les infections nosocomiales on peut citer les infections urinaires, définies par une
multiplication microbienne au sein des voies urinaires, associée à une réaction inflammatoire locale
(Riegel, 2003). Les infections urinaires sont majoritairement causées par les entérobactéries (84%)
avec la prédominance d’Escherichia coli (60 %). Les bactéries à Gram positif arrivent au second
rang avec une fréquence de 11%. (Bentroki et al., 2012).
Le risque des produits pathologiques dans la création d’’infection hospitalière ou l’IN
varie d’un établissement à l’autre mais il reste toujours possible et effroyable, ces IN même celles
de faible gravité mais très fréquentes comme les infections urinaires (IU) (Brun-Buisson et al.,
1999). Le profile bactériologique de divers produits pathologiques (urine, sang, selles,..) montre que
Les bactéries responsables des IN étaient en majorité des cas des BMR (Njall et al., 2013) qui
jouent un rôle majeur dans la dissémination aux espèces pathogènes (Andremont, 2002).
Bien que parmi les efforts utilisés par le personnel de santé pour diminuer ces risques,
une politique globale de prévention des IN doit être mettre dans l’hôpital qui repose en particulier
sur le respect par le personnel de précautions d'hygiène aussi sur un contrôle bactériologique
régulier, complétée d'une stratégie active de maîtrise de la dissémination des (BMR) (Njall et al.,
2013). Cette stratégie s’appuie sur un contrôle de consommation des AB et sur une sensibilisation

Page | 1
 Introduction

de l'ensemble des professionnels desanté pour leur bon usage de réduire le risque des pathologies
humains dans l’hôpital et garantir la sécurité des soins (Barbut, 2004).
- Dans ce contexte l'objectif de ce travail est
- D’estimer la prévalence de l'infection nosocomiale à l'hôpital Banzerjab à Ain
Temouchent.
- D’identifier les agents pathogènes
- D’étudier des propriétés de résistance de ces bactéries aux antibiotiques.

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Chapitre I

Synthèse Bibliographique
Ⅰ
Chapitre I Synthèse Bibliographique

I. Les infections nosocomiales

I.1. Définition

L’infection est aussi définie comme une pénétration dans un organisme d’un agent étranger
(bactérie, virus, champignons, parasite) capable de s’y multiplier et d’y induire des lésions
pathologiques. L’infection peut s’accompagner de manifestations cliniques.
Nosocomial : vient du grec « nosokomeone », qui signifie "hôpital". Qualifie ce qui se rapporte aux
hôpitaux, ce qui se contracte à l’hôpital .Une infection est dite nosocomiale (Infection Nosocomiale)
si elle apparait au cours ou à la suite d’une hospitalisation (prise en charge) d’un patient, et si elle
n’était ni présente, ni en incubation au moment de l’admission. Lorsque l’état infectieux au début de
la prise en charge n’est pas connu précisément, un délai d’au moins 48 heures ou un délai supérieur à
la période d’incubation est couramment accepté pour définir une IN (Vincent, 2008).

I.2. Origine et facteurs favorisants les infections nosocomiales

L’origine principale des infections est d’une part le manque d'hygiène, en particulier le lavage des
mains et d'autre part des soins et des thérapeutiques de plus en plus agressifs qui rendent possibles
l'infection (Soulami, 2010).

Tous les patients ne sont pas égaux devant les infections nosocomiales, la colonisation de
certains individus est favorisée par des mécanismes facilitant et garantissant l’accès des agents
pathogènes jusqu’au patient voire jusqu’à un organe ou un milieu habituellement Stérile (Baudin,
2012).

Parmi, les facteurs de risque on retrouve les facteurs intrinsèques qui sont des facteurs
propres au patient (Leoni, 2004), non maîtrisables et qui dépendent du sexe, de l’âge du Patient, de
sa profession et de la diminution de l’efficacité de son système immunitaire (Bachina et al., 2014 ;
Biertuempfel et al., 1981 ; Caroll, 2002).

D’autres facteurs extrinsèques entrent en jeu, ils dépendent de la qualité de la préparation du

patient, de l’antisepsie mise en œuvre ainsi que la durée et le type de procédure invasive, tels que les
Prothèses, les sondes urinaires, les cathéters vasculaires, les drains et les sondes digestives (Johnson,
2002 ; Lippert et al., 1988 ; Remede, 2003).

Page |3
Chapitre I Synthèse Bibliographique

I.3. Mode de transmission

La transmission des INs peut se faire par voie endogène (auto-infection) lorsque le malade
s’infecte par ses propres germes soit in situ, soit à partir de l’environnement immédiat comme la
surface de la peau, les vêtements et les lits. Ces infections sont dues généralement aux germes
saprophytes qui deviennent pathogènes à la suite d’une antibiothérapie itérative ou d’un traitement
immunosuppresseur (Kone, 2010).

La transmission peut également se faire par voie exogène, la plus fréquente étant l’infection
croisée ou l’hétéro-infection, dans ce cas, le germe responsable de l’IN provient d’un autre malade,
la transmission étant de plus souvent manu porté, par le personnel soignant intervenant au prés de
plusieurs patients (Bachina et al., 2014).
La contamination des patients peut être également causée par des germes importés au sein
de la structure de soins par l’admission de nouveaux malades, rarement du personnel ou des visiteurs
porteurs d’une maladie infectieuse. Ce type d’infection est appelé xéno-infection, elle peut être fatale
pour les patients fragiles (Samou, 2004).
Enfin, un autre mode de transmission est appelé éxo-infection qui résulte d’une défaillance
de type erreur ou à une insuffisance dans les procédures d’asepsie (Haddadi, 2013)

I.4. Les agents infectieux bactériens responsables des IN

Ce sont les plus courants des agents pathogènes. Ce groupe représente 90% des
microorganismes impliqués dans les infections nosocomiales. Parmi ces bactéries, on trouve :
 Les bactéries commensales :
Elles sont présentes dans la flore normale des sujets en bonne santé, elles jouent un rôle
protecteur significatif en empêchant la colonisation par des micro-organismes pathogènes.
Certaines bactéries commensales peuvent provoquer une infection si les défenses immunitaires de
L’hôte est affaiblie. Par exemple, les staphylocoques à coagulasse négatif (SCN) cutanés provoquent
des infections sur cathéter vasculaire et les Escherichia coli présentes dans l’intestin sont la cause la
plus courante des infections urinaires (Michel et al., 2004).

 Les bactéries pathogènes :

Elles ont une virulence plus élevée et provoquent des infections (sporadiques ou épidémiques) quel
que soit l’état immunitaire de l’hôte.
- Le tableau 1 ci-dessous représente les principaux germes, ceux qui sont le plus souvent rendus
responsables d’infections nosocomiales.

Page |4
Chapitre I Synthèse Bibliographique

Tableau 1: Les germes bactériens responsables d'IN.

Source : https://webcache.googleusercontent.com/;traitée par l'étudiante

Les souches Porte(s) Caractères bactériologique Pouvoir pathogène

bactériennes d’entrée à etbiochimiques
l’hôpital
BACILLES A GRAM POSITIF

Caractères bactériologique : -Diarrhée post-antibiothérapie.

- Bacille à gram positif, - Colite pseudo-membraneuse.

anaérobie strict, mobile.
- Digestive.
Clostridium - Endogène. Caractères biochimiques :
difficile -Nitrate réductase(-)

- Uréase (-).

- Métabolisme glucidique :
fermentation du glucose, du
fructose, du mannitol, et du
mannose.
Caractères bactériologique : -Listériose chez
l’immunodéprimé (méningite,
- Bacille à Gram positif, en
méningo-encéphalite,
chaînes courtes ou petits amas.
Listeria monocytogenes - Digestive. septicémie …).
- Mobile 22°C (péritriche),
- Respiratoire. immobile 37°C.

- Non capsulé, non sporulé.

- Aéro-anaérobie facultative.

Caractères biochimiques :

- Catalase (+) ; oxydase(-) ;

citrate(-) ; uréase(-) ;

indol (-), H2S(-).

- Fermente le glucose sans

production de gaz.
BACILLES A GRAM NEGATIF (ENTEROBACTERIES)

Caractères bactériologique : -Suppuration.

E. coli -Digestive. - Bacilles à gram négatif, -Infections urinaire et génitale.
aérobie, soit mobiles par
-Endogène. -Bactériémie.
ciliature péri triche, soit
immobiles, parfois capsulé. -Méningite néonatales.
Caractères biochimiques : - Toxi-infection alimentaire.

Page |5
Chapitre I Synthèse Bibliographique

- Indoles (+). - Infections intestinales : les

entérites (diarrhée aigüe).
- ONPG (+).

- Mannitol (+).

Caractères bactériologique : - Pneumopathie.

-Cutanéo- - Bacilles gram négatif. - Suppuration.
muqueuse.
- Anaérobies. - Bactériémie.
- Digestive.
- Mobile (flagelle péritriche). - Infection urinaire.
Enterobacter - Respiratoire.
sp Caractères biochimiques :
- Endogène.
- La fermentation du glucose,
donnent une réaction négative à
l'épreuve au rouge de méthyle
et une réaction positive au test
de Voges-Proskauer.

-Digestive. Caractères bactériologique : -Infection cutanée, surinfection

des plaies chirurgicales des
-Endogène. - Bacilles à Gram
brûlures.
négatifpolymorphes.
-septicémie grave chez le
Proteus sp - Très généralement mobiles.
nouveau-né).
caractères biochimiques :
- Infection des voies
- Glucose(+) ; ind (-) respiratoires chronique
supporté sinusites, et infection
Lactose(-) ; ONPG(-) ;Mobilité(+) ; H2S(+) ; uréase(+)
broncho pulmonaire.
; TDA(+) ; VP- donc RM (+)
;
Saccharose(-).

Page |6
Chapitre I Synthèse Bibliographique

Caractères bactériologique : - Suppuration.

-Cutanéo- - Bactéries Gram négatif. - Bactériémie.
muqueuse.
Klebsiella sp - Forme bâtonnet. - Pneumopathie.
- Digestive.
- Non mobile. - Infection urinaire.
- Respiratoire.
- Généralement encapsulées.
- Endogène.

caractères biochimiques :

Ces bactéries produisent de la

lysine-décarboxylase, mais pas
d'ornithine-décarboxylase.

- Digestive. Caractères bactériologique : - Fièvres typhoïde et

paratyphoïdes.
Salmonella entirica - Bacille à Gram négatif.
- Toxi-infections alimentaires.
(typhi, paratyphi) - Mobile.

Caractères biochimiques :

Catalase (+) ; Oxydase (-)

lactose (-) ; H2S (+) ; uréase(-

).
AUTRES BACILLES A GRAM NEGATIF
-Cutanéo- Caractères bactériologique : - Pneumopathie.
muqueuse.
- Bacilles à gram négatif. - Infection urinaire.
- Digestive.
- Pseudomonas aeruginosa - Infection de la peau et des
- Respiratoire. doit son nom à sa pigmentation parties molles (plaie, brûlure).
liée à la production des
- Endogène. - Bactériémie.
Pseudomona pigments hydrosolubles.
- Suppuration.
saeruginosa - Mobile par flagelle polaire.

caractères biochimiques :

- P. aeruginosa possède une

catalase, un cytochrome
oxydase et une arginine
dihydrose.

Page |7
Chapitre I Synthèse Bibliographique

-Cutanéo- Caractères bactériologique : - Pneumopathie.

muqueuse.
Acinetobacter sp - bacilles courts à gram négatif - Bactériémie.
-Digestive. souvent en diplocobacilles.

- Aérobie stricts.

- Immobiles,
souventencapsulés.

caractères biochimiques :

- catalase (+).

- Oxydase (-).

- ne réduisent pas les nitrates.

COCCI A GRAM POSITIF

-Cutanéo- Caractères bactériologique : - Staphylococcie.
muqueuse
- Les staphylocoques sont des - Infection de la peau et des
- Percutanée cocci à gram positif en amas, en parties molles (plaie, brûlure).
Staphylococcus aureus
diplocoques en courtes
- Digestive - Pneumopathie.
- Respiratoire chainettes, voir - Bactériémie, septicémie.
engrappetypique.
- Endogène - Infection urinaire.
- Sont des bactéries aérobies
anaérobies facultatives. - Infection osteo-articulaire.

- Ils sont immobiles, a - Infection sur cathéter et sur

sporulés,parfois capsulés. prothèse.

Caractères biochimiques : - Toxi-infection alimentaire.

- Catalase(+).

- Coagulase (+).

- Mannitol (+).
-Cutanéo- Caractères bactériologique : - Staphylococcie.
muqueuse.
- Cocci à gram positif - - Bactériémie.
- Percutanée. - Anaérobie facultative.- -
- Infections sur cathéter et sur
- Petites colonies blanches
- Endogène. prothèse.
Staphylococcus à oubeiges.
coagulase negative
Caractères biochimiques :
(S.epidermidis)
- Catalase(+).

- Coagulase (-).

- Mannitol (-)

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

-Respiratoire. Caractères bactériologique : - Pneumonie.

- Endogène. - Cocci à Gram positif - Bronchite.

Streptococcus - Diplocoque, courtes chaînettes. - Infections ORL.

pneumoniae
- Non sporulé ; - Bactériémie.
(pneumocoque
immobile ;capsulé.
) - Méningite.
Caractères biochimiques :
- Arthrite.
- Catalase (-).

- Oxydase (-).

I.5. Les principaux types d’infections Nosocomiales

L’étiologie des INs est très variable, selon la région étudiée, le type de service hospitalier et les
patients concernés, quelques catégories d’infections se distinguent néanmoins des autres (Zeroual,
2010). Les sites les plus fréquemment infectés sont les sites urinaires, opératoires, et pulmonaires
(Gribi, 2016) (Figure 1).

Figure 1 : Répartition par site des infections nosocomiales.

Source : https://slideplayer.fr/

I.5.1. Infections Urinaires Nosocomiales

L'infection urinaire (IU) reste la plus fréquente des infections nosocomiales en dépit
desefforts de prévention, elle occupe le premier rang avec 35 à 45% des infections acquises à
l'hôpital (kama et al., 2009)
L’IU exclut désormais la bactériurie asymptomatique (ou colonisation) du champ de
l'infection nosocomiale, quant à l’infection urinaire symptomatique, elle est basé sur la présence

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

d'au moins un symptôme ou des signes cliniques (fièvre > 38°C, brûlure mictionnelle, ou douleur
sous-pubienne….), soit la présence d’uroculture positive (Espinasse et al., 2010), leur principal
facteur de risque est l'existence d'une sonde urétrale (chamoune, 2009).
Les microorganismes les plus fréquemment impliqués dans les IU restent dans 60 % des cas,
des entérobactéries avec prédominance d’E.Coli , ainsi que Pseudomonas aeruginosa (16
%), Candida spp (15 %) et les entérocoques (12 %) (Raisin, 2009).

I.5.2. Les infections respiratoires

Les infections respiratoires arrivent en 3éme position avec 15 à 20% et sont parmi les causes
majeures de mortalité des IN, elles sont très rarement d’origine hématogène (Chablou, 2011) mais
plutôt avec comme principale source la flore oropharyngée digestive ou encore la résence d’une
sonde d'intubation ou une canule de trachéotomie qui entraînent un processus inflammatoire de la
muqueuse laryngée et/ou trachéale à leur contact (Langlois, 2000).

I.5.3. Infection du Site Opératoire (ISO)

Elle représente la troisième cause des INs (17%) (Haddadi, 2013), elle est dite
nosocomiale lorsqu’elle survient dans les 30 jours qui suivent l’intervention, ou dans l’année s’il y
a mise en place d’une prothèse ou d’un implant. (Pebert, 2003).
Son risque varie selon l'état préopératoire du patient, la durée de l'intervention et le degré de
contamination du site opératoire (Haddadi, 2013). L'lSO se définit par l'écoulement purulent
autour de la plaie ou du site d'insertion
Dudrain, ou cellulite extensive à partir de la plaie. En général, elle est acquise
pendantl'intervention elle-même, avec une origine soit exogène (air, matériel médical, chirurgiens
etautres soignants), soit endogène (flore cutanée ou flore présente sur le site opératoire ou, dansde
rares cas, sang utilisé en préopératoire) (Tayeb et al., 2011). Trois types d’ISO sont définis selon la
profondeur de l’infection : Infection superficielle de l’incision (touche uniquement la peau et le
tissu sous cutané), Infection profonde de l’incision (au niveau des fascias et des muscles) et
infection de l’organe (site ou de l’espace) (Brunbuisson, 2015).

I.5.4. Bactériémie – Septicémie

Ce sont des infections graves, en particulier chez les patients atteints de pathologies sévères,
demeurant aux services de réanimation ou immunodéprimés (Raisin, 2004), Les principales causes
favorisant ce type d’infection sont les défaillances cardiocirculatoires l’hypertension artérielle, les
cathéters veineux centraux, les sondes urinaires, et les sondes nasogastriques (Chablou, 2011).

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

On distingue cependant deux types : les bactériémies dues à un passage bref et transitoire de
bactéries dans le sang, ne donnant lieu à aucune manifestation clinique ; et les septicémies qui
constituent des infections générales dues à des décharges microbiennes massives et répétées, issues
d’un foyer septique (Hygie, 1988). Cette dernière, se définit comme une hémoculture positive
associée à la présence de signes cliniques évocateurs d’un état septique (fièvre isolée,
hyperleucocytose, dysfonctionnement d’organe…) (Albrecht, 2015).

I.6. L’impact des infections nosocomiales

L’impact des infections nosocomiales, s’évalue principalement par la prolongation de la durée

de séjour, l'augmentation de la consommation en moyens de diagnostic et de soins et la mortalité.
Parmi les principales conséquences des infections nosocomiales.

- Coût de l’IN

La mesure effective des coûts est complexe, en effet le surcoût financier est lié à
l’augmentation de la charge de travail, l’accroissement des besoins en personnel (Astagneau et
al.,2002). Tant que ce surcout est en raison d’une durée de séjour d’hospitalisation importante, parfois
plus de 10 jour et de l’emploi supplémentaire de médicament des divers soins (Pebret, 2003)

- Morbidité

Les services les plus touchés sont par ordre décroissant : la réanimation avec des taux de
prévalence moyens de l’ordre de 30%, la chirurgie avec des taux de 7 à 9%, et la médecine avec des
taux de prévalence de 5 à 7% (Pebret, 2003).

- Mortalité

Tous les travaux qui se sont intéressés à la mortalité due aux IN, ont montré une relation
entre les infections nosocomiales et la mortalité. Toutefois, l’évaluation de la part de mortalité
attribuable à l’infection nosocomiale, chez les patients infectés varie selon les études.
Cette mortalité attribuable varie également en fonction du type d’infection nosocomiale et du
service d’hospitalisation. Ainsi elle est plus élevée pour les pneumopathies nosocomiales, de 7 %
(pour l’ensemble des patients) à 30 % (pour les patients hospitalisés en réanimation). Le taux de
létalité est particulièrement élevé chez les patients ventilés en réanimation. Les pneumopathies
nosocomiales contribueraient directement au décès dans un tiers à deux tiers des cas selon les études
(Astagneau, 2002).
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Chapitre I Synthèse Bibliographique

I.7. La résistance des bactéries responsables d’IN

Une souche bactérienne est considérée résistante à un ATB donné, lorsqu'elle est capable de croître
en présence de cet ATB, à une concentration significativement plus élevée que celle normalement
active sur les souches sensibles de cette espèce (Mainardi, 2018).
Les résistances bactériennes aux antibiotiques peuvent être naturelles ou acquises. Certaines
bactéries sont naturellement résistantes à des antimicrobiens. Plus préoccupante, la résistance
acquise concerne l’apparition d’une résistance à un ou plusieurs antibiotiques chez une bactérie
auparavant sensible.
Ces résistances peuvent survenir via une mutation génétique affectant le chromosome de la
bactérie, ou bien être liées à l’acquisition de matériel génétique étranger porteur d’un ou plusieurs
gènes de résistance en provenance d’une autre bactérie (Mainardi, 2018).

II. Bactériologie de produits pathologiques

La composition des différents microbiotes humains (microbiote urinaire, microbiote
intestinal...) et surtout l’élucidation de leurs dynamiques sont capitales dans la compréhension de
nombreuses pathologies en particulier les maladies infectieuses qui liées à divers produits
pathologiques tel que l’urine a longtemps été considérée stérile cependant la prise d’AB est un
facteur principal qui influence le microbiote urinaire en induisant l’IU, en plus l’hôpital est considéré
comme une niche écologique qui peut induire des variations au seins des microbiotes humains. Les
produits pathologiques regroupent le sang, l’urine, les selles..., présentent une menace pour la santé
humaine (Denis et al., 2016).

II.1. Le sang

Le sang est un liquide rouge biologique circulant dans les artères et les veines sousl’impulsion
du cœur. Un individu en contient de 5à 7 litres de sang dans son corps, ce quireprésente environ 8%
de son poids total.
Le sang est habituellement un milieu stérile, quand les bactéries se retrouvent en quantité
importante dans le sang, on parle de septicémie. Dans la majorité des cas, le pathogène provient d’un
foyer infectieux déjà existant chez le patient, comme une infection des poumons, de la cavité
abdominale ou du système urinaire. pathogènes à l’origine d’infection du sang sont des bactéries
Gram+, 40% des bactéries Gram- (Bisceglia, 2013).
L’hémoculture permet de mettre en évidence le passage des micro-organismes dans le sang,
de les identifier et de caractériser leur profil de sensibilité aux anti-infectieux. De très nombreux

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

agents pathogènes peuvent être isolés à partir d'hémocultures. L'infection sanguine était définie
comme une bactériémie avec des symptômes d'infection (frissons, de fièvre, de signes de toxicité et
d’hypotension...) (Mohee et al., 2016). E. coli et Staphylococcus aureus sont les deux germes les
plus fréquemment isolés des hémocultures. Les infections urinaires sont à l’origine de la majorité des
bactériémies à E. coli et ces dernières s’observent surtout chez les personnes âgées (Vandenbos et
al., 2004).

II.2. L'urine

II.2.1. Pathogénèse

L’urine est un liquide organique de couleur jaune ambrée et d’odeur safranée, très souvent
acide, elle est secrétée par les reins ensuite accumulée au niveau de la vessie entre les mictions (Ait
Miloud, 2011). L’urine est un liquide biologique normalement stérile, ce n’est pas un milieu
favorable à la croissance d’un grand nombre d’espèces bactériennes et son pH acide inhibe sa
croissance (Bérézin, 2006). Toute présence confirmée de germes dans l’urine intra vésicale est
pathologique. La présence de plus de 108 microorganismes/L dans l’urine doit être reconnue comme
un signe d’une (IU) possible (Thirion et al., 2003).

II.2.2. Infection urinaire

Une infection urinaire(IU) est une infection qui touche le système urinaire. Selon les cas, il
peut s’agir des reins, de la vessie, de l’urètre, ou encore de la prostate chez l’homme (Appit, 1997).
Les infections du tractus urinaire (ITUS) sont fréquentes aussi bien en milieu hospitalier qu’en milieu
communautaire (Pechere et al., 1991).
Les microorganismes qui infectent les cavités excrétrices et le parenchyme rénal ou
prostatique provoquent dans la majorité des cas une réaction inflammatoire locale. Ces
microorganismes et les cellules de l'inflammation retrouvée dans l'urine sont les témoins de l'infection
urinaire (Tiouit, 2009). Il existe quatre types d'infections urinaires (Figure 2) , selon l'organe qu'elles
touchent :
- La cystite ou l'infection de la paroi vésicale.
- La pyélonéphrite ou infection du parenchyme rénal.
- La prostatite ou infection de la prostate.
- Urétrite (atteinte de l'urètre)

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

Figure 2 : Forme topographique de types d'infection urinaire (Djaballah et Talbi, 2013).

Le diagnostic d’IU se définit biologiquement par la présence d’une bactériurie significative

Associée à une leucocyturie pathologique (supérieure à 104/ml), qu’il existe ou non des signes
Cliniques d’accompagnement (Olivier , 2005).
Les définitions actuellement proposées dans la littérature et par la dernière recommandation
française (Bruyere et al, 2008) ; Séparent deux entités :
− L’IU simple : avec la cystite (infection de la vessie), ou la pyélonéphrite (infection du rein)
Simple de la femme de 15 à 65 ans sans antécédent ni complication.
− L’IU compliquée : survenant chez des patients ayant au moins un facteur de risque pouvant
rendre l’infection plus grave et le traitement plus complexe. L’examen cytobactériologique des
urines (ECBU) est l’examen clé pour diagnostiquer l’IU, adapter la thérapeutique et Suivre son
efficacité (Olivier ,2005).
Les infections urinaires sont les infections les plus fréquentes dans la communauté par
Rapport aux autres infections. Sont cinquante fois plus fréquentes chez la femme que chez l’homme.
Un tiers des femmes ont une infection urinaire avant 24 ans et que 40 à 50% ont une infection au
cours de leur vie .Il Ya deux périodes propices aux infections urinaires chez la femme : la période
d’activité sexuelle et la période de ménopause. Chez l’homme la prostatite s’observe généralement
âpres 18 ans, et devient plus fréquente à partir de 50 ans (Vorkaufer, 2011)

II.2.3. Les germes responsables

Sur le plan bactériologique, les germes les plus fréquemment responsables des infections
urinaires sont les bacilles Gram négatifs et notamment E.coli (dans 80% des cas) mais également le
Proteus mirabilis (dans 5% des cas) (Puech et al., 2004).
Par rapport à la ville, la fréquence et la nature des germes sont différentes en milieu
hospitalier : outre
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Chapitre I Synthèse Bibliographique

les deux germes cités ci-dessus, on rencontre d’autres germes tels Pseudomonas, Klebsiella,
Enterobacter, Staphylococcus, et d’autres entérobactéries. Cette différence de spectre provient
essentiellement des antécédents d’infection et de manoeuvre urologique et surtout de l’utilisation
antérieure d’antibiotiques (Puech et al., 2004)
- E. coli :
Escherichia coli est l’espèce appartenant du genre Escherichia qui colonise généralement
le tractus gastro-intestinal des nourrissons humains en quelques heures après la naissance.
Comprenant l'anaérobie facultatif le plus abondant de la microflore intestinale humaine.
Une hypothèse intéressante suggère qu'E. Coli pourrait exploiter sa capacité à utiliser le
gluconate dans le côlon plus efficacement que les autres espèces résidentes, lui permettant ainsi
d'occuper une niche métabolique très spécifique. Cependant, il existe plusieurs clones d'E. Coli
hautement adaptés qui ont acquis des attributs de virulence spécifiques, ce qui confère s'adapter de
nouvelles niches et leur permet de provoquer un large spectre de maladies (Kaper et al., 2004).
Certaines souches d’E. Coli colonisent les voies urinaires sans produire d’(IU), et auraient
ainsi même un rôle protecteur sous forme «d’effet de niche». Au contraire, les facteurs de virulence
d’autres souches d’E. Coli incluent la capacité de former des communautés bactériennes
intracellulaires (protection contre les neutrophiles et les antibiotiques) (Emonet et al., 2011). Parmi
les facteurs de virulence concernant E. coli :
- Adhérence : Les P. fimbriae donneraient en fait des signes d’inflammation notamment dans
le cas de pyélonéphrites (Riegel, 2003), en effet les adhésines capables de lier la bactérie à
l’épithélium urinaire et d’empêcher son élimination par les vidanges vésicales.

- Les aérobactines sont considérées comme des sidérophores qui permettent aux bactéries de
capter le fer de l’hôte au bénéfice de leur croissance, leur présence est plus fréquente dans le cas de
pyélonéphrites.

- Les hémolysines lysent les érythrocytes et sont aussi toxiques pour diverses autres cellules et
il semblerait que les souches isolées de pyélonéphrites soient plus souvent hémolytiques que celles
isolées des infections urinaires basses, démontrant un pouvoir invasif.

- Présence d’une capsule pour E. coli K1 (Riegel, 2003). Les IU sont les infections extra-
intestinales à E. coli, les plus courantes sont causées par des E. coli uropathogènes (UPEC), dont
plusieurs toxines sont produites (l’hémolysine,..) (Kaper et al., 2004).
- Klebsiella spp
Klebsiella spp appartient au genre Klebsiella, se présentant de manière isolée, ou groupés par
deux ou en courtes chaînes. Ce sont des bactéries d’aspect muqueux des colonies (Lagha, 2015).
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Chapitre I Synthèse Bibliographique

Klebsiella est un pathogène opportuniste courant pour les humains et les autres animaux en
Particulier dans le tractus gastro-intestinal, ce qui présente comme source la plus courante des IU et
de bactériémie nosocomiale à Gram négatif (Schjørring et al, 2008). Différents facteurs de
pathogénicité de quel les adhésines et les aérobactines ont été notés chez K. pneumoniae (Riegel,
2003), en plus ce germe pathogène présente comme le plus tolérant à la chaleur de tous les agents
pathogènes entériques (Anderson et al., 2008).
- Enterobacter cloacae
Les Enterobacter cloacae sont des espèces du genre Enterobacter en forme de bâtonnet
présentent sous forme de microflore commensale dans les voies intestinales des humains et des
animaux .Également est un pathogène nosocomial contribuant à la bactériémie ainsi aux (IU) et aux
infections intra-abdominales. E. cloacae a tendance à contaminer divers appareils médicaux,
intraveineux et autres appareils hospitaliers dont les mécanismes pathogènes d’E. cloacae sont
expliqués par sa capacité à former des biofilms et à sécréter diverses cytotoxines (entérotoxines,
hémolysines, toxines porogènes) (Regli et al., 2015).
- Proteus mirabilis
Les Proteus mirabilis sont des bactéries généralement mobiles et polymorphes une
caractéristique importante de P. mirabilis est la capacité à pulluler sur les surfaces de gélose et à
former des colonies très ordonnées et en terrasses qui ont un aspect bull-eye caractéristique (Rather,
2005). Augmentation de pH chez Proteus qui possède une uréase très active qui transforme l’urée en
ammoniaque se détermine comme un caractère de pathogénicité (Riegel, 2003).
Ces microorganismes sont largement coloniser le tractus intestinal ce qui permet à Proteus d'établir
des réservoirs pour transmission dans les voies urinaires par colonisation intermittente de la région
périurétrale où les P. mirabilis produisent divers fimbriae et hémagglutinines impliquées comme des
facteurs de pathogénicités dans les IU (Jacobsen et al., 2008) (Tableau 2) .
Tableau 2: Principales espèces bactériennes responsables de l'IU(Pourrat et Guibert, 1993).
Espèces bactériennes origine
Entérobactéries E. coli iléon terminal, colon.
Proteus mirabilis, -voies génitales basses, urètre
Providencia antérieur.
Klebesiella
Entérobacter -environnement hospitalier
Serratia

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Cocci Gram positif Entérocoques iléon terminal, colon

Streptocoque du groupe D -voies génitales basses
-l'urètre antérieur et postérieur

Staphylocoques -voies genitales basses

- S. aureus -urétre antérieur
- S.épidermidis -peau (commensaux)
- S.saprophytica -environnement hospitalier
Bacilles Gram négatif Pseudomonas -Colon
-peau
-environnement hospitalier

II.3. Les selles

II.3.1. Pathogénèse
Les agents infectieux responsables de diarrhée sont considérés comme pathogènes dans la
mesure où ils modifient l’équilibre de la flore intestinale et où ils interagissent sur les cellules de la
muqueuse digestive en provoquant des symptômes digestifs inhabituels. (Pierre et Anne, 2007).
On distingue classiquement les germes pathogènes capables de provoquer une infection
symptomatique chez les sujets bien portants des germes saprophytes censés être tolérés dans
l’organisme. Certains germes saprophytes peuvent cependant être à l’origine de maladie digestive,
soit s’ils ont pu pénétrer la muqueuse digestive, soit si le terrain fragilisé (par exemple dans le cas
d’une immunodépression) permet leur expression, ces germes sont alors considérés comme des
germes opportunistes (Pierre et Anne, 2007).

II.3.2. Diarrhée infectieuse

Diarrhée repose sur l’existence d’une modification des émissions intestinales habituelles avec
augmentation de la quantité, de la fréquence, ou du volume des selles (liquides ou mol) qui sont de
consistance liquide ou semi-liquide.
On s’accord à retenir comme pathologique l’émission d’au moins 3 selles (ou émissions
intestinales) de consistance modifiée par jour. On parle de diarrhée aiguë quand l’épisode dure moins
de 10 à 14 jours, et de diarrhée persistante (ou chronique) quand elle persiste plus de 14 jours
(Pierre et al.,2007).
Les diarrhées aiguës infectieuses dénommées dans le grand public des « gastro-entérites », une
diarrhée aiguë est dite nosocomiale lorsqu’elle survient plus de trois jours après l’admission du
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Chapitre I Synthèse Bibliographique

patient en milieu hospitalier. Ces diarrhées aiguës nosocomiales sont dans la majorité des cas dues à
une infection intestinale où l’antibiothérapie est le principal facteur de risque (Beaugerie et al, 2013).
- On distingue selon Le mécanisme des diarrhées infectieuses bactériennes :

Les diarrhées sécrétoires avec syndrome toxinique liées à des germes entéro-adhérents et
toxinogéniques, la diarrhée est fréquente, aqueuse et abondante.
- les diarrhées invasives, liées à des bactéries invasives de la muqueuse intestinale, il s’agit d’un
syndrome dysentérique avec émissions glairosanglantes (Pierre et al., 2007).

II.3.3. Les germes responsables

- E. coli
On estime entre 106 et 107 le nombre d’E. Coli par gramme de selles chez l’humain sain, le
pathogène provoque une virulence intestinale dont la majorité des diarrhées infantiles dans les pays
en voie de développement est due à cette espèce et son implication dans les syndromes diarrhéiques
est également importante chez l’adulte. Le mode de transmission se fait par ingestion d’aliments ou
d’eaux contaminés comme par transmission interhumaine directe en conditions de proximité et
d’hygiène douteuse (Bleibtreu, 2016).
EPEC est le germe le plus fréquemment isolé de diarrhée infectieuse nosocomiale peut
avoir une propension innée à persister plus longtemps dans l'intestin que les autres E. coli
diarrhéiques (diarrhée persistante) .Le mécanisme central de la pathogenèse de ce germe est une
lésion appelée «attacher et effacer» (A / E) qui se caractérise par une adhérence intime des bactéries
à l'épithélium intestinal (Afse et al., 2003).
- Clostridium difficile
Les bactéries du genre Clostridium sont des bacilles anaérobies en forme de bâtonnet à
Gram+, chimio-organotrophes, constituent un groupe prédominant de bactéries commensales dans
notre intestin (Guo et al., 2020).
C. difficile, est à l’ origine de diarrhées postantibiotiques majoritairement impliqué dans les
diarrhées nosocomiales, en particulier chez l’adulte (Kurkdjian et al., 2016) due à leurs propriétés
d’une survie prolongée dans l’environnement et une résistance à la plupart des désinfectants
hospitaliers et donc un risque élevé de transmission (Carré, 2004).
La colonisation du C. difficile produit dans le gros intestin et par la suite la croissance
bactérienne, la multiplication et la production de toxines. Les toxines A (une entérotoxine) et B (une
cytotoxine) sont les principaux facteurs de virulence de C. difficile contribuant à sa pathogénicité qui

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

induit une inflammation des muqueuses et une diarrhée (Goudarzi et al., 2014).
- Salmonella
Le genre Salmonella appartenant à la famille des Enterobacteriaceae, la plupart du temps
doués d’une mobilité propre grâce à des flagelles péritriches. Le pathogène peut être trouvé dans le
tractus gastro-intestinal des animaux homéothermiques et poïkilothermiques, c’est la principale cause
des maladies bactérienne d'origine alimentaire en engendreront une diarrhée fébrile, des fièvres
entériques, et septicémies (Korsak, 2004).

Salmonella est déterminé par des flagelles peuvent être requis pour les processus de
pathogénicité spécialement dans la chimiotaxie et l’attachement à la cellule, aussi par des fimbriae
(adhésines) permettent à salmonelles d’adhérer le plus rapidement possible à la muqueuse intestinale
et une gastro-entérite aiguë va produite (Korsak, 2004).

- Shigella
Les Shigella sont des bactéries non mobiles appartenant à la famille des entérobactéries, en
forme de bâtonnets. Ces bactéries sont des pathogènes intracellulaires facultatifs qui présentent une
spécificité élevée pour les hôtes humains. Le premier rapport sur l'isolement et la caractérisation des
bactéries responsables de la dysenterie bacillaire (Schoroeder et al., 2008).
La contamination est interhumaine (manuportage) mais est possible à partir d’aliments
contaminés. . La shigellose atteint surtout les enfants de moins de 5 ans dans les régions à l’hygiène
insuffisante, où elle est responsable d’une forte mortalité (Aumaître et al., 2004).
- Campylobacter
Les bactéries du genre Campylobacter appartiennent à la famille Campylobacteraceae,
(Lehours, 2005) se présentent en forme spiralés ou en bâtonnets, mobiles (sauf Campylobacter
gracilis, Campylobacter hominis et Campylobacter ureolyticus) grâce à un ou deux flagelles polaires.
Ces bactéries sont pour la plupart thermotolérantes (capable de se multiplier à 42°C) (Guibout et
Munier, 2016) et parfaitement bien adaptés à la vie dans le mucus (Lehours, 2005).
Ces germes sont commensaux du tube digestif humain et de divers animaux (Guibout et
Munier, 2016) où C. jejuni, et Campylobacter fetus sont les espèces les plus fréquemment isolées
des infections intestinales chez l’homme (Lehours, 2005). Différents facteurs conduisant à la
pathologie de Campylobacter où la mobilité permet la survie des bactéries dans le tractus digestif et
leur accession à la cellule hôte, en effet elle est assurée par 2 facteurs : les flagelles et le
chimiotactisme aussi différentes toxines sont synthétisés chez Campylobacter (cytolethal distending
toxin (CDT) (Guibout et al., 2016).

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

III. Prévention et traitement des infections nosocomiales

III.1. Prévention

La prevention est un elément fondamental de la politique d'amélioration de la sécurité et de la

qualité des soins de tout établissement de santé, la lutte contre les infections nosocomiales est une
priorité de santé et constitue le thème d'une partie des référentiels d'accréditation. (Mahmoud et al.,
2013)

III.1.1. Mesure générale de prévention

En tout temps la prévention des infections est la meilleure lutte contre les agresseurs
microbiens. (Tortora, 2003)
Les principes généraux de prévention pour les hôpitaux :
- Les bâtiments : Ils doivent être dans les normes par leurs surfaces, leur aération ; ils doivent
être nettoyés matin et soir avec des désinfectants à la, serpillière sans balayage préalable. Le sol de la
salle d'opération est nettoyé après chaque opération avec de l'eau de Javel diluée, l'ensemble du bloc
lavé à grande eau à la fin de chaque semaine.
- Le personnel : Il faut insister sur la formation et l'éducation du personnel socio sanitaire dans
le respect strict des règles d'hygiène et de fonctionnement des services.
- Le déchet : A l'hôpital, les circuits propres et sales doivent être clairement individualisés et
distincts. Tous les objets piquants et tranchants doivent être jetés dans des conteneurs spéciaux Les
déchets d'activité de soins à risque infectieux sont éliminés dans des récipients spéciaux et suivent
une filière spécifique de ramassage et de transport visant à une incinération ou à un enfouissement.
L'emballage, le ramassage, le transport et les modalités d'incinération font l'objet d'une
réglementation très précise. (Popi, 2003).

III.1.2. Mesure spécifique de prévention des IUAS

Elle repose sur le respect des règles d'hygiène lors de la pose des sondes urinaires (asepsie
rigoureuse), l'utilisation préférentielle d'étuis péniens et de système clos de drainage, et l'interdiction
de clamper avant ablation de la sonde.
Quand la sonde urinaire d'un patient est installée, il faut respecter les règles suivantes :
- Toilette génitale et péri anale avec un savon doux médical (journalière et après chaque
selle) ;
- Lavage les mains avant et après les soins ;
- Respect du drainage clos ;
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Chapitre I Synthèse Bibliographique

- Ne pas laisser trainer le sac terre :

- Hydratation abondante du patient ;
- Changement de la sonde et du système de drainage quand il y'a écoulement défectueux ou s'il
existe une infection urinaire confirmée lorsque des patients sondes sont infectés ou colonisées,
- Isolation des patients infectés ou colonisés par rapport aux autres patients de la chambre
(Pebret, 2003)

III.2. Traitement

III.2.1. L’antibiothérapie

L’antibiogramme : est un examen de laboratoire permet l’étude de la sensibilité d’une souche

bactérienne aux divers antibiotiques. Cette sensibilité est définie par la concentration minimale
inhibitric (CMI) (ouattara, 2013).

III.2.2. Antibiotique à action urinaire

Un ATB à action urinaire doit posséder certaines qualités ;

✓ Etre bactéricide et bactériostatique.

✓ S’éliminer dans les urines sous forme active.

✓ Atteindre les concentrations suffisantes dans le parenchyme rénal et les urines.

✓ Etre aussi peu tributaire que possible des conditions physico-chimiques des milieux (pH,
osmolarité, composition ionique, etc.). Dans certains cas, des modifications de pH sont nécessaires
pour permettre à un antibiotique d’avoir un effet maximal (pH alcalin pour les aminosides et les
macrolides, pH acide pour les pénicillines et les tétracyclines.
✓ Etre peu affecté par la densité des bactéries. Certains produits comme les polymyxines
perdent une partie de leur activité en présence d’inoculums denses tels que ceux de la plus part des
IUs (généralement >107/ml).
✓ Induire un faible taux de mutation bactérienne
✓ Convenir aux malades les plus exposés aux IUs, femmes enceintes, sujets âgés, sujets
opérés, sujets avec insuffisance rénale (Pechere et al., 1991).

III.2.3. Phagothérapie
La phagothérapie qui tire son nom du grec «phagos » signifiant «manger », faire intervenir
le plus vieil ennemi des bactéries que sont les virus bactériophages.

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Chapitre I Synthèse Bibliographique

C'est un ancien traitement découvert à la fin des années 1910 et utilisée autrefois comme traitement
contre les bactéries notamment en Pologne et en Géorgie, Il fut abandonné lors de l'arrivée des
antibiotiques (Bodin, 2012).
En 2011, face à l'augmentation des infections nosocomiales et de la résistance des
microorganismes aux antibiotiques habituelles, et la carence en nouvelles molécules thérapeutiques,
des recherches encouragées par l'OMS ont été entreprises. Les premiers résultats ont montré que
les bactériophages avaient de l'effet sur les infections en plus également d'améliorer l'action des
antibiotiques lorsqu'ils sont utilisés conjointement. Aussi Les phages se multiplient qu'en présence
de la bactérie cible, ils sont auto-répliquant et auto limitants au niveau du foyer infectieux
(Dublanchet et al., 2011).

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Chapitre II
Ⅱ
Ⅱ
Approche Méthodologique
Chapitre II Approche Méthodologique

I. Prélèvement d’urine
Après lavage hygiénique des mains et toilette soigneuse des organes génitaux externes, de
préférence les urine du matin. Après élimination du premier jet, les urines sont recueillis dans un tube
stérile (environ 10 à 20 ml), le tube est fermé hermétiquement et porté au laboratoire dans une demi-
heure, sinon il faut le placer dans de la glace (Djennane et al., 2009). Chez les nouveaux nés et les
petits enfants, un collecteur stérile spécifique est utilisé. Ce dispositif à usage unique se pose après
désinfection soigneuse du périnée.
A la fin de la miction, le collecteur est ôté et fermé hermétiquement et porté au laboratoire dans
une demi-heure, sinon il faut le placer dans de la glace. Chez le patient porteur d’une sonde urinaire,
il ne faut en aucun cas prélever dans le sac collecteur, le recueil est effectué par ponction à l’aide
d’une seringue dans la paroi de la sonde après désinfection. On distingue le sondage avec des
systèmes ouverts qui sont de moins en moins utilisés et le sondage avec un système fermé est plus
représentatif, car il s’oppose à la colonisation par les bactéries grâce aux valves anti
retour (Djennane et al., 2009).

II. Méthodologie de diagnostic

Les milieux utilisés et l’interprétation des résultats dépendent de la nature du prélèvement à
analyser.

II.1. Examen cytobactériologique des urines (ECBU)

L’ECBU est une analyse d’urines prescrite dans le cadre d’un diagnostic ou du suivi d’une infection
du tractus urinaire, celui-ci étant normalement stérile. L’ECBU permet de confirmer l’infection
urinaire et d’identifier l’agent responsable (Berthélémy, 2016).

II.1.1 Examen macroscopique

L’ECBU débute par un examen macroscopique ; consiste à visualiser l’aspect de l’échantillon
Par l’œil nu et de noter les principaux caractères des urines :
- L’aspect limpide, trouble ou avec des hématies ;
- La couleur : jaune pâle ou jaune foncé qui renseigne sur la concentration en eau de l’urine,
sachant toutefois que certains médicaments peuvent la teinter.
- Odeur : nauséabonde surtout si le germe en cause est pyogène.
- Corps étrangers : présence de sédiments de couleur variable (blanchâtre pour les phosphates,

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Chapitre II Approche Méthodologique

rouge brique pour l'acide urique, et rose pour l’urate) (Berthélémy, 2016).

II.1.2. Examen microscopique (Examen cytologique)

Cet examen est pour but : d’apprécier de façon quantitative et qualitative la présence
d’éléments figures (leucocytes, hématies, cellules épithéliales) et de bactéries (Janvier et al., 2008).

II.1.2.1. Examen qualitatif

Correspond à la description et l’appréciation des différentes cellules présentes dans

l’échantillon, hématies, les leucocytes, polynucléaire, les cylindres, les cristaux urinaires, les
parasites et autres éléments : levures, spermatozoïdes (Berthélémy, 2016).

II.1.2.2 Examen quantitatif

Il permet hématies. Ce nombre est rapporté par millilitre. Homogénéiser un volume donné
d’urine puis déposer une goutte sur cellule de type de dénombrer les cellules présentes dans l’urine
surtout les leucocytes et les Malassez et observer sous le microscope optique à l’objectif x 40.
En cas d’(IU), un processus inflammatoire se traduit par la présence de plus de 104 Leucocytes/ ml,
parfois en amas, fréquemment associée à une hématurie supérieure à 104 hématies/ml dans environ
30 % des cas. La présence de cylindres doit être signalée (Berthélemy, 2016).

II.1.3 Mise en culture des urines

La mise en culture permet de quantifier la bactériurie ainsi que d’identifier les germes
infectants les urines. Elle repose sur le dénombrement des UFC/ml d’urine.
- La numération a été réalisé sur gélose nutritive.
- L’ensemencement a été fait par la méthode de l’anse calibrée. Il s’agit de déposer 10μl
d’urine bien homogénéisée sur un rayon de la boite à l’aide d’une anse calibré stérile(a). Ensuite
d’étaler le dépôt en stries perpendiculaires au rayon sur toute la surface de la gélose (b) avant
d’incuber les boites pendant 24h à 37°C (Djennane et al., 2009).

III. Identification des bactéries isolées

L’identification bactérienne est réalisée par les méthodes conventionnelles de microbiologie.

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Chapitre II Approche Méthodologique

III.1. Identification macroscopique :

Cette étude est basée essentiellement sur l’observation macroscopique des colonies directe à
l’œil nu ou par une loupe binoculaire. Elle permet de décrire la taille, l’aspect, la couleur, la
consistance, le contour, l’opacité, et la forme des colonies obtenues (Denis et al., 2007).

III.2. Identification microscopique :

Permet une classification des bactéries selon leur structure, leur forme, leur regroupement et
leur Gram. L'observation microscopique s’effectue à l'aide d'un microscope optique à l'état frais (à
différents grossissements : X 40 et à l’immersion) et par coloration de Gram (10X 100 par l’ajout
d’une goutte d’immersion) (Benkahoul et al., 2017).

III.3. Identification par la galerie API 20E

 Principe : La galerie API 20E est un système standardisé pour l'identification des
entérobactéries et autres bacilles à Gram-, elle comprend 20 tests biochimiques miniaturisés
contenant un milieu réactionnel déshydraté (Lagha, 2015).
 Technique : La préparation de la galerie se fait en incubation avec la répartition environ 5ml
d'eau distillé dans les alvéoles pour créer une atmosphère humide sans oublié d'inscrire la référencede
la souche sur la languette latérale de la boîte. La galerie est ensuite déposée de façon stériledans la
boite d’incubation puis on prépare une suspension bactérienne en dissociant une colonie dans 5ml
d'eau physiologique, Après ensemencement des 20 tests, la galerie est couverte puis incuber à 37°C
pendant 18 à 24 h. L’interprétation des résultats s’effectue en se référant au tableau de lecture API
20E (Lagha, 2015) (Figure 3).

Figure 3: La galerie API 20 E.

Source : https://www.sonodis.fr/.

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Chapitre II Approche Méthodologique

III.4. Test de catalase :

La catalase a la propriété de décomposer l’eau oxygénée avec dégagement d’oxygène,

c’est l’action directe de l’enzyme qui est mise en évidence dans la masse bactérienne. Ce test est
appliqué pour les cocci Gram positif, il permet de différencier entre les Streptococccus, les
Micrococcus et les Staphylococcus (Jaouhar, 2017).
A partir de la culture de cocci Gram positif purifiée, une ou deux colonies sont mises sur une
lame stérile. Une réaction positive se traduit par un dégagement gazeux d’oxygène suite à
l’élimination du peroxyde d’hydrogène selon la réaction suivante : au contact d’une goutte d’eau
oxygénée à l’aide d’une pipette pasteur.
2H2O2 → 2 H2O + O2

III.5. Test de coagulase

Dans un tube à hémolyse stérile, 1 ml de plasma sanguin additionné de 1 ml d’une

suspension bactérienne de la souche à étudier sont déposés. Le mélange est incubé à 37°C pendant 4
à 5 heures. La réaction est considérée comme positif lorsque le plasma est coagulé, donc le
fibrinogène a été transformé en fibrine, cela permet de confirmer que le germe est un Staphylococcus
aureus. Si le plasma ne coagule pas, cela indique une espèce autre que Staphylococcus aureus.
(Malki, et al., 2019)

IV Antibiogramme
L’antibiogramme permet d’analyser la sensibilité des éventuelles bactéries aux différents
antibuitiques afin de prescrire le traitement adapté (Berthélemy, 2016). Le principe consiste à
déterminer l'effet de ou des ATB sur le développement et la survie des souches. Il existe trois
possibilités d'interprétation selon le diamètre du cercle qui entoure le disque d'antibiotique : bactérie
sensible, intermédiaire ou résistante (Mrich, 2018). La technique et l’interprétation ont été faites selon
les recommandations du Comité de l’ATB de la Société Française de Microbiologie (CFA-SFM)
(Berthélemy, 2016).(Figure 4).

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Chapitre II Approche Méthodologique

Figure 4 : Application de la méthode d'ATB sur gélose MH.

Source : http://www.reseau-canope.fr/

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Chapitre III Résultats et Discussion

Chapitre Ⅲ

Résultats et Discussion
Chapitre III Résultats et Discussion

I.1 Répartition de l’infection urinaire dans les échantillons

Un ECBU a été realisé sur la totalité des patient suspect d’une infection urinaire par
l’hopital de Dr. Benzerjeb d’Ain Témouchent dans une periode de 2 mois depuis le 03 Janvier
jusqu’au 03 Mars 2021 (Annexe). Sur les 76 prélèvements effectués, nous constatons que le taux
des cas négatifs (60 prélèvements; 78.94%) est nettement supérieur à celui des cas positifs (16
prélèvements; 21.05%) (Tableau 3; Figure 5).

Nos résultats sont en accord avec ceux de Hailaji et al., (2016) en Mauritanie qui ont
également montré que sur une série de 586 ECBU, 18,4% étaient positifs. Une étude marocaine
menée par Oukhouya et al., (2019) et une autre étude tunisienne de Alaya et al., (2006) ont aussi
montré un taux de 26,2% et 14,4% cas positifs respectivement. Le plus souvent, les erreurs d'analyse
d'urine se produisent avant que l'échantillon ne soit introduit dans le laboratoire, Par ailleurs les
malades font mal leur prélèvement, alors que les premières urines du matin doivent être recueillies
(de sorte que s’il y a infection, les bactéries se soient "concentrées" dans la vessie pendant la nuit, en
nombre suffisant pour pouvoir être détectées) en évitant la contamination par des bactéries de
l’environnement. La qualité du recueil des urines est primordiale, elle conditionne la qualité des
résultats de l’examen.

A cet égard Collet et al., (1996) Cette première étape d'analyse bactériologique
conditionne la qualité et la fiabilité des résultats, mais dans la majorité des cas, il n'y aucune
précisions ou détails sur la méthode de prélèvement. Donc il est possible d’avoir des résultats
faussement positifs par un recueil non aseptique, ou un délai trop long entre le recueil et l'examen ,
ce qui favorise la prolifération microbienne.

Tableau 3 : Fréquence des ECBU positifs et négatifs dans les prélévements totaux.
Voir Annex

Prélèvement Positive Négative Total

Nombre de cas 16 60 76
Pourcentage (%) 21.05% 78.94% 100

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Chapitre III Résultats et Discussion

Figure 5 : Fréquence des ECBU positifs et négatifs dans les prélèvements totaux.

I.2. Aspect macroscopique des urines

L’ECBU débute par un examen macroscopique ; consiste à visualiser l’aspect de

l’échantillon par l’œil nu et de noter un principal caractère des urines qui est leur l’aspect (clair
ou trouble), D’après les données collectées nous avons constaté que 61 % des urines avaient un
aspect clair tandis que 39 % avaient un aspect trouble (Tableau 4; Figure 6).
Tableau 4 : Répartition de l'aspect macroscopique des urines prélevées dans la totalité des
échantillons.

Aspect Clair Trouble Total

Echantillons
Nombre de cas 46 30 76
Pourcentage (%) 61 39 100

Figure 6 : Répartition de l'aspect macroscopique des urines prélévée dans la totalité des
échantillions.
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Chapitre III Résultats et Discussion

I.3. Répartition des infections urinaires selon le sexe

Cette partie est réservée à l’analyse des caractéristiques personnelles de notre échantillon
d’étude, qui sont les patients de secteur sanitaire de la wilaya d'Ain-Temouchent. Ces
caractéristiques constituent l’ensemble des données et d’informations sur les patients selon le sexe
et l’âge.
Les résultats obtenus indiquent que sur l’ensemble des 16 cas chez lesquels l’ECBU était
positif, la prédominance était pour le sexe féminin avec un pourcentage de 62.5% et 37.5% pour le
sexe masculin (Tableau 5; Figure 7).
Des résultats similaires ont été rapportés par de Ouédraogo et al., ( 2012) et Anoukoum et al.,
(2001) en France avec 55% et 61,71% respectivement. Cette prédominance féminine s’explique par
l’anatomie de l’appareil urinaire féminine, qui est composée d’un urètre court qui mesure environ
5cm de longueur et s’ouvre entre le clitoris et l’ouverture du vagin dans le vestibule de celui-ci. Son
ouverture est insuffisante pour protéger contre les souillures du vagin et du rectum ; de ce fait, il y a
souvent des contaminations microbiennes avec des irritations inflammatoires. Contrairement à celui
de l’homme qui mesure environ 20 à 25cm ce qui diminue le risque d’infection urinaire. L’effet des
secrétions prostatiques permet d’offrir chez l’homme une protection supplémentaire.
Tableau 5 : Répartition des ECBU positifs selon le sexe.
Sexe Féminin Masculin Total
Echantillons
Nombre de cas 10 6 16
Pourcentage (%) 62.5 37.5 100

Figure 7 : Répartition des ECBU positifs selon le sexe.

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Chapitre III Résultats et Discussion

I.4. Répartition des patients selon les tranches d’âge

La répartition selon l’âge montre que les patients les plus atteints d’infections urinaires sont
les personnes âgés de plus de 50 ans avec un pourcentage de 50 % suivi par la tranche d’âge de (1 à
17 ans) avec un pourcentage de 31.25% et en dernière position les adultes âgés de (18 à 50 ans)
avec un pourcentage de 18.75 % (Tableau 6; Figure 8).

L'IU est l'infection la plus fréquente chez les personnes âgées (<50 ans). Sa fréquence
augmente avec l'âge et dépend de plusieurs facteurs :
- Stase urinaire

La stase urinaire qui est la diminution ou l'arrêt complet de la circulation d'un liquide est le
principal facteur de risque d'IU chez les personnes âgées. Elle favorise la croissance bactérienne.
Cette stase peut être la conséquence de plusieurs caractéristiques du sujet âgé comme le
vieillissement du système vesico-sphinctérien qui ne permet plus une vidange complète de la vessie,
d'ou la présence de résidus post-mictionnels. Les médicaments anticholinergiques entrainent une
hypoactivité vésicale et majorent la rétention d'urine (Barrier., 2014).

- Déficit hormonal

Le déficit en œstrogènes chez la femme ménopausée joue un rôle important dans la survenue
d'IU (Barrier., 2014).

- Protéine Tamm-Horstfall

La protéine de Tamm-Horsfall fixe les bactéries possédant des pili de type 1 et permet leur
élimination lors de la miction. Cependant, le taux de protéine de Tamm-Horsfall diminue avec l'âge,
expliquant la encore le nombre plus important d'IU chez les personnes âgées (Barrier., 2014).

- Immunodéprimées.

Tableau 6 : Répartition des patients selon les tranches d'age.

Age Enfant (1-17) ans Adulte (18-50) ans Vieux + 50

Nombre de cas 5 3 8
Pourcentage (%) 31.25 18.75 50

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Chapitre III Résultats et Discussion

Figure 8 : Répartition des échantillons selon l'age.

I.5. Répartition des germes responsables d’infection urinaire

Les statistiques montrent que les entérobactéries représentent le nombre le plus élevé des
bactéries responsables d’infections urinaires avec une prédominance d’E. Coli, quelque soit l’âge et
le sexe des patients. Cependant, nous avons remarqué que la fréquence des infections urinaires
causées par E. coli est représentée avec un pourcentage de 87.5% suivi par Staphylococcus et
Enterobacter en proportion égales avec 6.25%. Donc on peut dire selon nos résultats qu’E. Coli est
l’espèce la plus fréquemment isolée lors des infections urinaires (Figure 9).

D'aprés l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), les infections urinaires à E.coli sont de
loin les plus fréquentes au sein de l’hôpital et de la communauté (WHO, 2014) ce qui concorde
parfaitement avec nos résultats. Selon les études rapportés par Adonis et al., (2003) un taux élevé de
d’Entérobactéries a été isolé (89%) avec une predominanace d’E.coli avec un pourcentage de
44% . En effet, selon Bégué (1998) E.coli est donc la bactérie la fréquante dans l’IU.

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Chapitre III Résultats et Discussion

Figure 9 : Répartition des germes isolés.

I.6. Antibiogramme

Le principe de l’antibiogramme consiste à déterminer l'effet des ATB sur le développement

et la survie des souches. Il existe trois possibilités d'interprétation selon le diamètre du cercle qui
entoure le disque d'antibiotique : bactérie sensible, intermédiaire ou résistante. Dans notre étude nous
avons cherché à déterminer la sensibilité et la résistance des microorganismes identifiés aux
différents antibiotiques (Tableau 7).
Lorsqu’une bactérie est isolée à partir d’un prélèvement, sa sensibilité aux antibiotiques
doit être recherchée. Ce test est capital, il permet de choisir un antibiotique adéquat pour le
traitement, et l’interprétation a été faite selon les normes du Comité de l’antibiogramme de la
Société Française de Microbiologie (CASFM).
Les souches E. coli sont résistantes à l’Amoxicilline avec 64%, ainsi qu’à l'Oxacilline avec
64%, et 36% pour la Pénicilline. d'autre part la Colistine est très active sur les souches isolées avec
un taux de 80%, et un taux de 66% pour Céfalexine.
L’ensemble d’étude des résultats de l’atibiogramme obtenus par Djafer et Kliel (2019),
Benabdelkrim et Bouazza (2017) et Touchene et Ghalmi (2015) montre que la totalité des espèces
d’entérobactéries isolées des urines sont résistantes aux β- lactamines (l’Ampicilline et
Amoxicilline) avec un taux le plus élevé cependant il y’a une activité élevée pour les antibiotiques
Gentamicine, Ciprofloxacine et Amikacine sur l’activité des espèces isolées.

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 Chapitre III Résultats et Discussion

Tableau 7 : Résultats de l'antibiogramme des souches isolées.

ANTIBIOTIQUE
ATB OX P VA CN E
GERME

Staphylocoque
R R S S I
N° : 31
ANTIBIOTIQUE

ATB
SXT P CS NA AML CN
GERME

Enterobacter
R R R R R S
N° : 33

ANTIBIOTIQUE

ATB
SXT OX VA CN NA TE
GERME

E. Coli N° : 02 S R R S S R

ATB SXT OX AML GM NA CS

E. Coli N° : 09 S R R S S R

ATB ST CS AML P NA /

E. Coli N° : 12 R S R R R /

ATB SXT CS AML P NA /

E. Coli N° : 13 S S R R R /

ATB SXT CS AML VA NA TE

E. Coli N° : 29 S S R R S R

ATB CN CS AML NA VA OX

E. Coli N° : 30 S S R S R R

ATB CN CS AML P AN /

E. Coli N° : 35 S R R R S /

ATB CN CS AML P NA ST

E. Coli N° : 37 S S R R R R

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Chapitre III Résultats et Discussion

ATB CN SXT AML OX NA E

E. Coli N° : 40 S S R R S R

ATB CS SXT AML OX NA VA

E. Coli N° : 45 S S R R R R

ATB CS P CN OX NA AUG

E. Coli N° : 57 S R S R R I

ATB CS SXT CN OX NA AUG

E. Coli N° : 58 S R S R S S

ATB CS SXT CN OX NA TE

E. Coli N° : 65 S R R R R I

ATB SXT CN OX NA TE /

E. Coli N° : 66 S S S S S /

ABT : Antibiotique; S : Sensible ; R : Résistant ; I : Intermédiaire ; OX : Oxacilline ; VA : Vancomycine; P:

Pénicilline; E : Erythromycine; CN : Céfalexine; SXT : Cotrimoxazone;TE : Tétracycline; CS : Colistine; NA
: Acide nalidixique; AUG: Acide clavulanique; AML : Amoxicilline; ST : Streptomuycine; AN : Amikacine.

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 Conclusion et Perspective000000000000000000000000000000

Conclusion et Perspectives
 Conclusion et Perspective000000000000000000000000000000

Ce mémoire traite le thème de la transmission des maladies et de l'infection nosocomiale, ce qui

est vraiment une recherche intéressante et très enrichissante dans notre domaine de la microbiologie
appliquée qui a coïncidé avec la situation épidémiologique actuelle.
En raison de la fréquence élevée des infections dans les hôpitaux de notre pays et de la
prolifération des germes, ainsi que de l'augmentation de leur résistance aux antibiotiques, il est
devenu nécessaire de suivre un plan médical pour prévenir la propagation de ces infections au sein
de la population.
A la lumière de nos recherches basées sur les résultats obtenus auprès des patients au niveau
de l'hôpital Dr Benzerjab, un ECBU a été réalisé sur 76 cas, 16 cas sont révélés positifs, avec un taux
de 21.05 % , il s'avère que les femmes sont le groupe le plus exposé aux infections des voies
urinaires, qui était représenté par un pourcentage élevé estimé à 62.5% , et nous constatons que le
pourcentage chez les hommes ne dépasse pas 37.5%.
De plus, les personnes âgées ou immunodéprimées sont à haut risque d'infection urinaire et
représentent une proportion important. Notre étude a montrée que les entérobactéries représentent
le nombre le plus élevé des bactéries responsables d’infections urinaires avec une prédominance d’E.
coli, quelque soit l’âge et le sexe des patients. Cependant, la fréquence des infections urinaires
causées par E. coli est représentée avec un pourcentage très élevées estimé à 87.5% suivi par
Staphylococcus et Enterobacter en proportion égales avec 6.25%.
Donc on peut dire selon nos résultats qu’E. Coli est l’espèce la plus fréquemment isolée lors
des infections urinaires.
À cet égard, la prévention demeure le meilleur moyen de réduire le taux d'infection et de
l'éviter quelque peu, de sorte qu'elle doit être complète et stricte, depuis les soins infirmiers jusqu'au
suivi des techniques de stérilisation et de nettoyage en utilisant des moyens efficaces pour prévenir la
propagation des épidémies dans les hôpitaux.

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 Conclusion et Perspective000000000000000000000000000000

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Page | 42
Annexes
Date de Nom et
service code âge aspect cytologie culture
prélèvement prénom
03/01/21 EXT 01 Mazouche 58ans Claire Absence Négative
Khadija

EXT 02 Masoudi 80ans Trouble Abs E coli

03/01/21 AEK germes ATB
SXT S
CN S
VA R
NA I
OX R
NA S
TE R

03/01/21 EXT 03 Medah kheira 71ans Claire Absence Négative

EXT 04 16 Claire Absence Négative

03/01/21 Hadj bouchkara mois
med amine

EXT 05 4ans Trouble qq cristaux Négative

03/01/21 Harzi yousra d'autre
amorphe

04/01/21 EXT 06 Foolane 70ans Claire absence Négative

Med
Larbi med

EXT 07 Belili badra 05ans Claire Absence Négative

04/01/21

05.01.2021 EXT 08 1955 Trouble Nbrs des Négative

cristaux
d’exalatede
Ca++
Nbrs des
cristaux de
phosphates
amorphes
06.01.21 EXT 09 Bouzidi houaria 58ans Clair Nbr germes .coli
Nbr / ATB :
neucocytes Gentamycine
Présence ds S
cs Acide
épthétéales Nalidixique
S
Bactrin S
Oxacillum
R
Colistruie
R
Amoxillin
 R
06.01.21 EXT 10 Abdel illah Trouble absence Négative

10.01.21 EXT 11 BOUZADA 16ans Trouble Présence Négative

ABDELRAHM de germes
AN
10.01.21 EXT 12 Bouzed moumi 21ans clair Nbreux E.Cali
moussa leucocytes ATB :
Assez AML
nbreuses R
hrematies NA R
P R
ST R
CS
S
10.01.21 EXT 13 Belkheir aicha 16ans Clair absence E.Cali
chaimae ATB :
AML
R
NA R
P R
CS S
SXT
S
10.01.21 EXT 14 Battloul karim 24ans Clair Nbr Négative
lecocytes
Nbr
cristaux
d’oxalate
de Ca ++
Chimie
urinaire
S :-
C :-
Glu : -
Prot :
traces
Ph : 6
10.01.21 EXT 15 Oulhaçi sahar 55ans Clair Présence Négative
de cs
épthétéales
Chimie des
urines
S:+
Cet : -
Glu : -
Prot : -
Ph : 08
10.01.21 Ext 16 Bouhas ikram 20ans clair Nbr cs Neg
épthétéales
11.01.21 Ext 17 Balariti abdelah 26ans Clair Présence Neg
de cs
épthétéales
11.01.21 Ext 18 Moussi 43ans Clair absence Neg
abdellah
11.01.21 Ext 19 Kailalin 61ans Clair absence Neg
bouhdjar

11.01.21 Ext 20 Amuche melak 09ans Clair Présence cs Neg

épthétéales
13.01.21 Ext 21 Amer ali Trouble Rares Neg
leucocytes
16.01.21 Ext 22 Benkou 06ans Clair Cristaux Neg
soundous d’oxalate
de Ca++
16.01.21 Ext 23 Benayad latifa 61ans Clair Rares Neg
leucocytes
Rares des
cs
épthétéales
16.01.21 Ext 24 Otmani djamila 41ans Clair Très nbr Neg
cristaux
d’oxalate
de Ca++
Nbr des cs
épthétéales

19.01.21 Ext 25 Mammar 63ans Trouble Présence Neg

khadra des
cristaux
d’oxalates
de Ca++
20.01.21 Ext 26 Dekhissi 11ans Clair Rares Neg
khadra leucocytes

24.01.21 Ext 27 Benmansour 10ans Clair Absence Neg

salsabil

24.01.21 Ext 28 Snoussi hichem 14ans Trouble Rares Neg

leucocytes

25.01.21 Ext 29 Bouidi fatima 63ans Trouble N°leucocyt Positif : E.

es qlq cs coli
épthétéales ATB :
Chimie des Sxt
urines S
S:+ AML
Cit : - R
Glu : - NA
troubleProt S
: ++ TE
Ph : 7 R
VA
R
OX
R
CS
S
E
R
25.01.21 EXT 30 Malioui zahra 75ans Trouble Presences ATB :
 de germes CS S
Très nbrs NA S
des CN S
lecocytes SRT S
QQ cs AML R
épthétéales VA R
OX
R

25.01.21 EXT 31 Boudaoud 08ans Clair QQ POSSITI:

amina leucocytes STAPH.AUR
EUS
ATB :
OX R
P R
VA S
CN S
E I
27.01.21 EXT 32 Benani 48ans clair Absense Neg
abdeillah

27/01/21 EXT 33 Bouzada 22ans Trouble Presences Enterobacter

Mounir De germes 8p
Antibiogram
QQ me
Leucacytes CN S
SXT R
QQ CS R
Cristaux AML R
De P R
phosphates NA R
Ammoniac
o
Mg ++

28.01.21 EXT 34 Bahdada 32ans Trouble Qlq cs Neg

chaimaa épthétéales
Qlq
leucocytes
Presence
des germes

01.02.21 EXT 35 Benafla asmaa 04ans Trouble N° cs E.COLI

épthétéales antibiogranne
rare
leucocytes Pemig R
Présence An S
cristaux AML R
d’acide CN S
urique Cs R

01.02.21 EXT 36 Rabou med 09ans Clair Absences Neg

01/02/21 EXT 37 08ans Trouble Présence

Koudi rihabe des germes E.Coli
 Nbrs antibiogranne
leucocytes Cs S
P R
AML R
ST R
NA R

03/02/21 EXT 38 18ans Trouble Absence Neg

Arbaoui
Aicha

03/02/21 Ext 39 Onzirin Basma 37 Clair Absence Neg

ans
10/02/21 EXT 40 Riffi Safia 87ans Trouble Présence Positif : E
des germes coli
Nbrs ATB :
cellues SXT
epitheliales S
-qq AML
leucocytes R
NA S
CN S
OX
R
E R
15/02/21 EXT 41 Maliaur 27ans Clair Chimie Neg
meriem d'urines :
S : +++
CET : -
GLU :-
PROT :
traces
PH : 06
Cytologie :
absence

15/02/21 EXT 42 Zenasni Hind 24ans Trouble Nombreuse Neg

s
Cellules
épithéliales
.
.QQ
cristaux
d'autre
amorphes

17/02/21 EXT 43 Moussaoui 53ans Clair Absence Neg

badra

17/02/21 EXT 44 Belokrattou 52ans Clair Absence Positif : e

hakim coli
ATB:
Arefaire
21/02/21 EXT 45 Belbachir 69ans Trouble Très n° Positif: e coli
Fatima germe ATB
Présence SXT S
éphi AML
Présence R
Leucocytes CS S
CN S
NA
R
OX
R
VA
R

21/02/21 EXT 46 AZZI taimama 45ans Trouble Neg

Nbrs C
epith
absence

21/02/21 EXT 47 Saffi fatima 32ans Trouble -qq Cellule Neg

Epithéliales
-qq
leucocytes

22/02/21 EXT 48 Boukambouche 54ans Clair Absence Neg

houari

23/02/21 EXT 49 Bailiche ilham 21ans Trouble Neg

qq Cellule
Epithéliales
-qq
leucocytes

24/02/21 EXT 50 Zenagui sarah 25ans Clair Chimie de Neg

urines :
S:-
Cet : -
Glu : -
PROT:
traces
PH: 06
Cytologie :
Absence

28/02/21 EXT 51 Tijini abdellah 13ans Clair Absence Neg

Ben youcef

28/02/21 EXT 52 Kabouri nadia 32ans clair Chimie des Neg

urines
Ph : 05
Prot :
traces
Negative
Absence

01/03/21 EXT 53 Benayed ghania 25ans Trouble -qq Neg

 cristaux
d'autre
amorphe
-qq cellule
épithéliales

01/03/21 EXT 54 Bengaid 55ans Clair -qq Neg

zoulikha cristaux
d'autre
amorphe
-qq
leucocytes

02/03/21 EXT 55 Bencharfi 04ans Trouble Présence Neg

rahma des
Cristaux
d'oxalate
de ca++
absence

02/03/21 EXT 56 Amer 12ans Trouble Présence Neg

bousabeur cristaux
sid'ahmed d’acide
urique
Présence
cristaux
d'autre
amorphe
03/03/21 EXT 57 Boualem 52ans Troublr -qq epith Positif: Ecoli
Khadija Absence ATB :
OX R
NA R
CS S
RD S
AUG I
P R

03/03/21 EXT 58 Belarbi rayaa 5ans Trouble Présence Positif : Ecoli

des germes ATB :
N° OX R
leucocytes SXT R
Assez n° CN S
hématies CS S
NA S
AUG S
RD S

07/03/21 EXT 59 Djalouli med 6ans Clair Absence Neg

07/03/21 EXT 60 Belouadi med 14ans Clair qq cristaux Neg

08/03/21 d'autre
amorphe

08/03/21 EXT 61 Bouha 25ans Clair absence Neg

mustapha chimie des
urines :
 S : (-)
CET : (-)
GLU : (-)
PROT : (-)
PH :6

09/03/21 EXT 62 Mohbrlarbi 17ans clair Quelque Neg

Johar cellule
épithéliales

09/03/21 EXT 63 Rabiai hadjer 07ans Trouble Rares Neg

leucocyle

09/03/21 EXT 64 Balabbas sarah 28ans Trouble Très Neg

nombreuse
cellule
epith
Présence ,
cristaux
d'autre
amorpher

Chimie des
urines
S : (-)
CT : (-)
GLU : (-)
PROT : (-)
PH : 6

10/03/21 EXT 65 Oured miloud 75ans Rématiqu Très nbr Positif : E

e hématies coli
Très nbr ATB :
leucocyte RD : S
Presence TE : I
de levure. SXT :
R
CS :
S
CN :
R
OX :
R
NA :
R

10/03/21 EXT 66 Louhouse 39ans Trouble -Nbr Positif : E

Badreddine leucocyte coli
-Presence ATB :
de cellule CN : S
épith OX : S
-présence RD : S
de cristaux STX : S
d'autre NA : S
amorpher TE : S
10/03/21 EXT 67 Louazani 39ans Trouble -Nbn Neg
fatima zahra cellule
épith
-présence
de cristaux
d'autre
amorpher

10/03/21 EXT 68 Madoui youcef 11ans Clair Absence Neg

14/03/21 EXT 69 Sidi amran 33ans Clair Qq Neg

ahmed leucocyte
Nbr cellule
épith

15/03/21 EXT 70 Craiel ait safi 32ans Clair Absence Neg

16/03/21 EXT 71 Aissaoui med 18ans Clai Absence Neg

ali

16/03/21 EXT 72 Arbaoui aicha 18ans trouble Absence Neg

16/03/21 EXT 73 Belkhir AEK 20ans Trouble Absence Neg

16/03/21 EXT 74 Baba hmad 10ans Clair Rares

mohamed leucocyle

16/03/21 EXT 75 Slaimi nadjet 44ans Clair Qq Neg

leucocyte
Nbr cellule
épith

17/03/21 EXT 76 Bouazza karim 78ans Clair Très nbr Neg

hématies
Très nbr
leucocyte
Presence
de levure