Année BUT Génie Biologique
202..-202..
date
Durée: 1H
Écrit de Biochimie structurale
Ressource N° Anonymat :
R1.03
Modèle
J. Hérault
Matériel autorisé : néant
Corrigé
Structure des protides
Question I (4 pts)
Écrire les espèces qui prédominent dans chacun des domaines délimités par les pKa de la cystéine.
Calculer le pHi
Le zwittérion, entouré en rouge est entre les pK à 1,96 et 8,18. Le pHi se calcule en additionnant les 2 pKa
qui entourent le zwittérion (la molécule est globalement neutre) et en divisant par 2.
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Question II (8 pts)
On étudie le peptide suivant : Gly-Asp-Val-Ser-Lys
2.1- Écrire la formule semi-développée du peptide à pH = 1.
2.2- En utilisant l’échelle de pH, établir la charge du peptide dans chacun des domaines délimités par les
pKa.
Pour éviter toute erreur dans la construction de l’échelle de pH, je vous conseille d’indiquer les pKa au
niveau des groupements ionisables comme indiqué ci-dessus
A2+ A+ A+ A- A2-
pKa1 = 2,18 pKa2= 3,87 pKa3 = 9,78 pKa4 = 10,53
Le zwittérion se trouve entre le pKa2 et le pKa3
pHi = (3,87 + 9,78) /2 = 6,82
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2.3- Dans quelle direction migrera ce peptide sous l'action d'un champ électrique à pH = 10,6? Justifiez
votre réponse
En fonction du pH, la charge de la molécule dépend de son point isoélectrique. Lorsque le pH est supérieur
au point isoélectrique de la molécule, celle-ci sera chargée négativement et inversement lorsque le pH est
inférieur au point isoélectrique de la molécule, celle-ci sera chargée positivement.
Le point isoélectrique du pentapeptide étant de 6.68, celui ci sera chargé négativement à pH = 10.6
Il se déplacera donc vers la borne positive.
Question III (8 pts)
Répondre directement sur ce document
a- Citer 2 acides aminés hydroxylés
Tyrosine, Sérine, Thréonine (2 parmi les 3)
b- Compléter ce tableau
(0,5 pt par bonne réponse ; -0.25 par mauvaise réponse)
Questions Réponses (cochez la réponse qui convient)
Lequel de ces acides aminés est un 1 Glutamate
exhausteur de goût
1 Aspartate
1 Tyrosine
Quels acides aminés absorbent dans le 1 Thréonine
proche UV (280 nm)?
1 Tryptophane
1 Tyrosine
1 Histidine
Quel acide aminé est responsable de la 1 Proline
formation de ponts disulfures?
1 Cystéine
1 Glycine
1 Méthionine
Quel acide aminé est en réalité un acide 1 Tryptophane
iminé?
1 Lysine
1 Proline
1 Phénylalanine
Quel acide aminé est présent au niveau 1 Proline
du site catalytique de nombreuses 1 Sérine
hydrolases?
1 Asparagine
1 Valine
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c- Donner trois caractéristiques de l’hélice α
- Hélice droite avec le squelette de base composé d’un enchaînement liaison peptidique et Cα
- Chaîne latérale R à l’extérieur de l’hélice
- Succession de plans parallèles à l’axe de l’hélice liée à la rotation autour des liaisons Cα -N et Cα -C
d- Légender ce schéma. A quel niveau de structure protéique correspond-il ?
Hélice α
Feuillet β
Ce schéma correspond à la structure tertiaire des protéines.
e- Quelle propriété physico-chimique permet de modifier la conformation de la protéine ?
La propriété physico-chimique est la dénaturation.
f- Donner le nom de la méthode de dosage des protéines qui utilise comme réactif le bleu de Coomassie
C’est la méthode de Bradford.
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Annexe 1: Constantes caractéristiques des acides aminés
Acide aminé Abréviation Abréviation pKa du COOH pKa du NH3+ pKa de la chaîne
3 lettres 1 lettre latérale
Glycine Gly G 2,35 9,78 -
Alanine Ala A 2,34 9,87 -
Valine Val V 2,32 9,62 -
Leucine Leu L 2,36 9,60 -
Isoleucine Ile I 2,36 9,68 -
Serine Ser S 2,21 9,15 -
Thréonine Thr T 2,63 10,40 -
Cystéine Cys C 1,96 10,28 8,18
Méthionine Met M 2,28 9,21 -
Phénylalanine Phe F 2,58 9,24 -
Tyrosine Tyr Y 2,60 9,10 10,10
Tryptophane Trp W 2,38 9,39 -
Arginine Arg R 2,09 9,04 12,48
Histidine His H 1,77 9,17 6,10
Lysine Lys K 2,18 8,95 10,53
Acide aspartique Asp D 2,09 9,82 3,87
Asparagine Asn N 2,02 8,80 -
Acide glutamique Glu E 2,19 9,60 4,28
Glutamine Gln Q 2,17 9,13 -
Proline Pro P 2,00 10,60 -
Annexe 2 : Les acides aminés possédant une chaîne latérale ionisable
Acide aminé Groupe Dissociation de la chaîne latérale
Asp
Carboxyle
Glu
His Imidazole
Cys
Thiol
Tyr
Phénol
Lys
Amine
Arg Guanidyle
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Annexe 3 : Structure développée des 20 acides aminés
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