Ministère de l’Enseignement Supérieur REPUBLIQUE DU MALI

² la Recherche Scientifique
et de Un Peuple- Un But- Une Foi

UNIVERSITE DES SCIENCES DES TECHNIQUES ET DES

TECHNOLOGIES DE BAMAKO

Faculté de Pharmacie

FAPH
ANNEE UNIVERSITAIRE 2022-2023 N°……/…….

THESE
Infections Entéropathogéniques
Associées à la Baisse des Paramètres
Nutritionnels chez les Enfants
Présentée et soutenue publiquement le 07/02/2024 devant la Faculté de Pharmacie.

Par : M. Idrissa TRAORE

Pour obtenir le grade de Docteur en Pharmacie (Diplôme d’État)
Jury
Président : Professeur Ousmane TOURE
Directeur de thèse : Professeur Ousmane KOITA
Co-directeur : Docteur Youssouf DIARRA
Membres : Professeur Aminata MAIGA
Monsieur Ibrahim KEITA

Financement: MaaCiwara – Medical Research Council MR/T030011/1 – University of Birmingham

 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

LISTE DES MEMBRES DE L’ADMINISTRATION ET DU CORPS ENSEIGNANT A

LA FACULTÉ DE PHARMACIE ANNEE UNIVERSITAIRE 2022-2023
ADMINISTRATION

Doyen : M. Boubacar TRAORE, Professeur

Vice-doyen : M. Sékou BAH, Maître de Conférences

Secrétaire principal : M. Seydou COULIBALY, Administrateur Civil

Agent comptable : Ismaël CISSE, Contrôleur des Finances.

PROFESSEURS HONORAIRES

N° PRENOMS NOM SPECIALITE

1 Flabou BOUGOUDOGO Bactériologie-Virologie

2 Boubacar Sidiki CISSE Toxicologie

3 Bakary Mamadou CISSE Biochimie

4 Abdoulaye DABO Malacologie -Biologie animale

5 Daouda DIALLO Chimie Générale et Minérale

6 Mouctar DIALLO Parasitologie-mvcologie

7 Souleymane DIALLO Bactériologie - Virologie

8 Kaourou DOUCOURE Physiologie humaine

9 Ousmane DOUMBIA Chimie thérapeutique

10 Boulkassoum HAÏDARA Législation

11 Gaoussou KANOUTE Chimie analytique

12 Alou A. KEÏTA Galénique

13 Mamadou KONE Physiologie

14 Ousmane KOITA Biologie moléculaire

15 Brehima KOUMARE Bactériologie/Virologie

16 Abdourahamane S. MAÏGA Parasitologie

17 Saïbou MAÏCA Législation

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

18 Elimane MARIKO Pharmacologie

19 Mahamadou TRAORE Génétique

20 Sékou Fantamadv TRAORC Zoologie

21 Yaya COULIBALY Législation

PROFESSEURS DECEDES

N° PRENOMS NOMS SPECIALITE

1 Mahamadou CISSE Biologie

2 Drissa DIALLO Pharmacognosie

3 Moussa HARAMA Chimie analytique

4 Mamadou KOUMARE Pharmacognosie

5 Moussa SANOGO Gestion pharmaceutique

DER : SCIENCES BIOLOGIQUES ET MÉDICALES

PROFESSEUR/DIRECTEUR DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOMS GRADE SPECIALITE

1 Mounirou BABY Professeur Hématologie

2 Mahamadou DIAKITE Professeur Immunologie-Génétique

3 Alassane DICKO Professeur Santé Publique

4 Abdoulaye DJIMDE Professeur Parasitologie-Mycologie

S Amagana DOLO Professeur Parasitologie-Mycologie

6 Aldjouma GUINDO Professeur Hématologie. Chef de DER

7 Akory Ag IKNANE Professeur Santé Publique/Nutrition

8 Kassoum KAYENTAO Directeur de recherche Santé pub/ Biostatistique

9 Issaka SAGARA Directeur de recherche Biostatistique

10 Ousmane TOURE Directeur de recherche Santé publiq/Santé environ.

11 Boubacar TRAORE Professeur Parasitologie-Mycologie

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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MAITRE DE CONFERENCES/MAITRE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOMS GRADE SPECIALITE

1 Bourèma KOURIBA Maître de conférences Immunologie

Almoustapha
2 MAÏGA Maître de recherche Bactériologie-Virologie
Issiaka

3 Mahamadou S. SISSOKO Maître de recherche Biostatistique

4 Djibril Mamadou COULIBALY Maître de conférences Biochimie clinique

5 Djénéba Koumba DABITAO Maître de conférences Biologie-moléculaire

6 Antoine DARA Maître de conférences Biologie-moléculaire

7 Souleymane DAMA Maître de conférences Parasitologie - Mycologie

8 Laurent DEMBELE Maître de conférences Biotechnologie-Microbienne

9 Seydina S. A. DIAKITE Maître de conférences Immunologie

10 Fatou DIAWARA Maître de conférences Epidémiologie

11 Ibrahima GUINDO Maître de conférences Bactériologie Virologie

12 Amadou Birama NIANGALY Maître de conférences Parasitologie – Mycologie

13 Fanta SANGHO Maître de conférences Santé Publi/Santé commun.

14 Yéya dit Dadio SARRO Maître de conférences Epidémiologie

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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MAITRE ASSISTANT/CHARGE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOMS GRADE SPECIALITE

1 Mohamed AG BARAIKA Maître-Assistant Bactériologie-Virologie

2 Charles ARAMA Maître-Assistant Immunologie

3 Boubacar Tiétiè BISSAN Maître-Assistant Biologie clinique

4 Seydou Sassou COULIBALY Maître-Assistant Biochimie Clinique

5 Klétigui Casimir DEMBELE Maître-Assistant Biochimie Clinique

6 Yaya GOITA Maître-Assistant Biochimie Clinique

7 Aminatou KONE Maître-Assistant Biologie moléculaire

8 Birama Apho LY Maître-Assistant Santé publique

9 Dinkorma OUOLOGUEM Maître-Assistant Biologie Cellulaire

ASSISTANT/ATTACHE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOMS GRADE SPECIALITE

1 Cheick Amadou COULIBALY Attaché de recherche Entomologie/Parasitologie

2 Michel Emmanuel COULIBALY Attaché de recherche Entomologie/Parasitologie

3 Abdallah Amadou DIALLO Attaché de recherche Entomologie/Parasitologie

4 Bakary FOFANA Attaché de recherche Recherche clinique

5 Merepen dit Agnès GUINDO Assistant Immunologie

6 Falaye KEITA Attaché de Recherche Santé Publique/Santé

Environn.

7 N’Deye Lallah KOITE Assistant Nutrition

Nina

8 Oumou NIARE Attaché de Recherche Biologie Appliquée

9 Lamine SOUMAORO Attaché de Recherche Entomologie/Parasitolog

10 Aliou TRAORE Attaché de Recherche Sciences biologies appliqu.

11 Djakaridia TRAORE Assitant Hématologie

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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DER : SCIENCES PHARMACEUTIQUES

PROFESSEUR/DIRECTEUR DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Rokia SANOGO Professeur Pharmacognosie Chef de DER

MAITRE DE CONFERENCES/MAITRE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Loséni BENGALY Maitre de Conférences Pharmacie hospitalière

2 Mahamane HAIDARA Maitre de Conférences Pharmacognosie

MAITRE ASSISTANT/CHARGE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Bakary Moussa CISSE Maitre-Assistant Galénique

2 Issa COULIBALY Maitre-Assistant Gestion

3 Balla Fatogoma COULIBALY Maitre-Assistant Pharmacie hospitalière

4 Adama DENOU Maitre-Assistant Pharmacognosie

5 Hamma MAÏGA Maitre-Assistant Galénique

Boubacar

6 Adiaratou TOGOLA Maitre-Assistant Pharmacognosie

7 Aminata Tiéba TRAORE Assistant Pharmacie hospitalière

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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ASSISTANT/ATTACHE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Seydou Lahaye COULIBALY Assistant Gestion pharmaceutique

2 Daouda Lassine DEMBELE Assistant Pharmacognosie

3 Sékou DOUMBIA Assistant Pharmacognosie

4 Assitan KALOGA Assistant Législation

5 Ahmed MAÏGA Assistant Législation

6 Aichata Ben Adam MARIKO Assistant Galénique

7 Aboubacar SANGHO Assistant Législation

8 Bourama TRAORE Assistant Législation

9 Sylvestre TRAORÉ Assistant Gestion pharmaceutique

11 Mohamed dit TRAORE Assistant Pharmacie hospitalière

Sarmove

DER : SCIENCES DU MEDICAMENT

PROFESSEUR/DIRECTEUR DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Sékou BAH Professeur Pharmacologie

2 Benoit Yaranga KOUMARE Professeur Chimie Analytique

3 Ababacar I. MAÏGA Professeur Toxicologie

MAITRE DE CONFERENCES/MAITRE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Tidiane DIALLO Maitre de Conférences Toxicologie

2 Hamadoun Abba TOURE Maitre de Conférences Bromatologie Chef

de DER

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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MAITRE ASSISTANT/CHARGE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Dominique ARAMA Maitre- Pharmacie chimique

Patomo Assistant

2 Mody CISSE Maitre- Chimie thérapeutique

Assistant

3 Ousmane DEMBELE Maitre- Chimie thérapeutique

Assistant

4 Madani MARIKO Maitre- Chimie Analytique

Assistant

5 Karim TRAORE Maître- Pharmacologie

Assistant

ASSISTANT/ATTACHE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Mahamadou BALLO Assistant Pharmacologie

2 Dalave Bernadette COULIBALY Assistant Chimie analytique

3 Blaise DACKOUO Assistant Chimie Analytique

4 Fatoumata DAOU Assistant Pharmacologie

5 Aiguerou dit GUINDO Assistant Pharmacologie

Abdoulaye

6 Mohamed El Béchir NACO Assistant Chimie analytique

7 Mahamadou TANDIA Assistant Chimie Analytique

8 Mohamed TOURE Assistant Pharmacologie

DER : SCIENCES FONDAMENTALES

PROFESSEUR/DIRECTEUR DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

- - - - -

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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MAITRE DE CONFERENCES/MAITRE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIAUTE

1 Lassana DOUMBIA Maitre de Conférences Chimie appliquée

2 Abdoulaye KANTE Maitre de Conférences Anatomie

3 Boubacar YALCOUYE Maitre de Conférences Chimie organique

MAITRE ASSISTANT/CHARGE DE RECHERCHE

N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Mamadou DIARRA Maitre-Assistant Botanique-Biol. Végét Chef de

Lamine DER

2 Joseph Sékou B. DEMBELE Maitre-Assistant Biologie végétale

3 Boureima KELLY Maître-Assistant Physiologie médicale

ASSISTANT/ATTACHE DE RECHERCHE
N° PRENOMS NOM Grade SPECIALITE

1 Seydou Simbo DIAKITE Assistant Chimie organique

2 Modibo DIALLO Assistant Génétique

3 Moussa KONE Assistant Chimie Organique

4 Massiriba KONE Assistant Biologie Entomologie

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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CHARGES DE COURS (VACATAIRES)

N° PRENOMS NOM SPECIALITE

1 Cheick Oumar BAGAYOKO Informatique

2 Babou BAH Anatomie

3 Souleymane COULIBALY Psychologie

4 Yacouba M COULIBALY Droit commercial

5 Moussa I DIARRA Biophysique

6 Satigui SIDIBÉ Pharmacie vétérinaire

7 Sidi Boula SISSOKO Histologie-embryologie

8 Fana TANGARA Mathématiques

9 Djénébou TRAORE Sémiologie et Pathologie

médicale

10 Mahamadou TRAORE Génétique

11 Boubacar ZIBEÏROU Physique

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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DEDICACE ET
REMERCIEMENTS

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

DEDICACE
Je rends grâce à Allah Soubhanahou Wata’Allah, Le Tout Puissant, le Tout Miséricordieux,
le Très Miséricordieux, Maître de l’univers qui nous a permis de mener à bien ce travail et à
son Messager Mohamed (que la paix et la bénédiction d’Allah soit sur Lui).

Je dédie ce travail :

A mes Parents

▪ Mères et père (Zènèbou SABATA et Djénèba BAH, Mahi TRAORE) qui m’ont accordé
leur temps, leur énergie, m’ont soutenu et encouragé pour toujours.
Tous les mots du monde ne peuvent pas exprimer l’immense amour que nous vous portons.
Vous nous avez su inculquer le sens de la responsabilité, de l’optimisme, de la confiance en
soi et toutes ces valeurs sociétales.
Qu’Allah Soubhanahou Wata’Allah vous accorde longue et pieuse vie dans la santé,
l’union, le bonheur et la sérénité pour que vous demeuriez le flambeau illuminant nos
chemins. Ce travail est le fruit de vos efforts fournis et innombrables sacrifices consentis
pour mon éducation. J’espère vous répondre aux espoirs que vous avez fondé en moi et être
à la hauteur.
▪ Mon amour :
Oumou KAMPO, ce travail est aussi le tien, je me sens tellement bien avec toi, t’avoir près
de moi est un rêve en soi et ton sourire éclatant illumine ma vie. En ta compagnie, mon
cœur est rempli de bonheur, devient une étincelle de paix. Par ta grâce ma vie est une
combinaison d’envie, de joie, et d’amour. Qu’Allah nous unisse dans un amour sincère.
▪ Frères et sœurs :
Fatoumata, Kadidiatou, Aminata, Ousmane, Mohamed El Nazirou, Mariam, Ibrahim,
Cheick Ahmed Tidiane, Hachim, Abdourahamane, Aïchatou, Rouwata, et feu Hassim
(Paix à ton âme), je me souviendrai toujours de tous ces moments de joie, de distraction et
de bonheur qu’on a vécus ensemble et qu’on vivra encore ensemble In shaa Allah. Veuillez
recevoir dans ce travail ma profonde gratitude et l’expression de mon amour fraternel.
Qu’Allah fortifie ce lien de fraternité qui nous unit.
▪ A la mémoire de mes grands-parents et Mon maître de 6ème année primaire (Feu
Fousseny DIALLO) :

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

J’aurais tant aimé que vous soyez parmi nous aujourd’hui. Veuillez recevoir cet humble
geste comme preuve de reconnaissance de la part d’un garçon qui prie toujours pour votre
repos éternel. Qu’Allah vous fasse miséricorde.
▪ Oncles et tantes :
Je vous serais reconnaissant de tout mon cœur pour toutes ces affections à mon égard.
▪ Mes amis :
Bakary B GUINDO, Adama BALLO, Yaya COULIBALY, Nana DRAME, aucun
hommage ne pourrait être à la hauteur de l’amour dont il ne cesse de nous combler. Vous
êtes une partie de ma famille sur qui je peux compter. En témoignage des amitiés qui nous
unissent et des souvenirs de tous les moments que nous avons passés ensemble, je vous
souhaite le bonheur.

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

REMERCIEMENTS
Tous mes Maîtres de la Faculté de Pharmacie, merci pour la qualité des enseignements que vous
nous avez prodigué tout au long de notre formation. Et une pensée pieuse à l’endroit de nos
Maitres disparus Pr Drissa DIALLO, Dr Moussa SANOGO et tous les autres.

Tous mes enseignants du primaire au secondaire, merci pour tout ce que vous avez fait pour ma
formation, particulièrement M. Levis DARA, M. Oumar KANTE et M. Adama DAOU,
qu’Allah vous récompense.

Aux grands frères et sœurs, Dr Boï KONE, Dr Seydina Oumar DIALLO, Dr Yacouba Alpha
COULIBALY, Dr Abdallah MAIGA, Dr Marie KONE, Dr Saran KONATE, Mme Fatoumata
SOUCKO, merci pour tout.

Aux familles Dao de Kati (Dr Guédiouma DAOU), Sogoré de Doumanzana (M. Baba
SOGORE), et Singaré de Mamaribougou (M. Lassana SINGARE), je tiens à exprimer ma
reconnaissance pour votre hospitalité, vos soutiens moraux et financiers que vous m’avez
accordés tout au long de mon cursus Universitaire.

Aux familles Dembélé et Fofana du Point G, merci pour vos soutiens respectifs, qu’Allah
vous récompense.

A mes familles, GESSCM de Macina, AEBSS des Bozos, AEKS de Kati, AMERS de Ségou.

Alpha COULIBALY, Zeinabou COULIBALY, Sékou SEREME, Issa TEME, Kadidiatou dite
Mama SY, Maïmouna KONTA, Dramane SINGARE, Ousmane TRAORE (mon voisin de
toujours), Mme TRAORE Yaguimé KODIO, Sékou YATTASSAYE, Mariam BOUARE,
Mahamadou DOUMBO, Harouna SIDIBE, Fatoumata BALDE, Selimata SANA, Mama
KOMOTA, Haoua KINTA, Kadidiatou TIENTA, Fatoumata KANE, Halématou SIMBE,
Seydou T GUINDO, Bourama K COULIBALY, Ali CAMARA, Oumou COULIBALY Merci
pour tous ces moments de joie, de soutien car la famille n’est pas que le lien de sang.

A mes amis du lycée, Ahmadou MAIGA, Bakary B GUINDO, Kousseny DEMBELE, le grin
autour du thé, merci à vous.

Je remercie tous mes amis de la Faculté de Pharmacie et tous les membres de la promotion feu
Pr Drissa DIALLO (14ème promotion du numerus clausus), c’est une chance pour moi d’être
l’un de vous.

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

Un grand merci aux personnels de la Pharmacie Niagogo, Pharmacie Nadja de Kati et

Pharmacie Do-Fini de Macina pour leur franche collaboration.

Aux personnels de LBMA :

Chers maîtres :

Pr Ousmane KOITA, Pr Moussa CISSE, Dr Youssouf DIARRA, Dr Issa DIARRA, M. Ibrahim

KEITA, Dr Tahirou TRAORE, Dr Lassina DOUMBIA, Dr Mariam TRAORE, Dr Abdoulaye
CAMARA, Dr Fadimata ROUMBA, merci pour vos conseils et enseignement reçu.

Dr Youssouf DIARRA, votre abord facile, votre calme et votre sourire en tout le temps ont
suscité notre admiration. Votre amour pour le travail bien fait, votre disponibilité permanente
et votre rigueur scientifique font de vous un Maître exemplaire. Recevez cher maitre nos
sincères remerciements et notre attachement.

Toute l’équipe de LBMA-Unité Génomique/parasitologie et collaborateurs.

Fadimata TOURE, Aldjana Kadidia MAIGA, Mariam KEITA, Fatoumata DIALLO, Alou
Yacouba SANGARE, Adama CISSE, Haoussa SOUNKORO. Et une pensée particulière à mon
homonyme Idrissa SANOGO.

A toute l’équipe urbaine de MaaCiwara

En particulier, Néné KONE, Sounoukou SIDIBE, Fatoumata KARAGODIO, Pascal

COULIBALY et Aminata SAMAKE.

Et toute personne qui a contribué de près ou de loin dans ce travail, qu’elle reçoive ici
notre plus profonde gratitude.

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

XIV | P a g e
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HOMMAGES AUX
HONNORABLES
MEMBRES DU
JURY

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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HOMMAGES AUX HONORABLES MEMBRE DU JURY

À Notre Maître et Président du jury : Professeur Ousmane TOURE

• Directeur de recherche ;
• Ancien Directeur Général de l’Institut National de Formation en Sciences de la Santé
(INFSS) ;
• Ancien Directeur Général par Intérim de l’Institut National de Formation en Sciences
de la Santé (INFSS) ;
• Ancien Chef du Département Santé Communautaire, Institut National de Recherche en
Santé Publique (INRSP) ;
• Ancien Conseiller du Directeur Général de l’Agence Nationale de la Sécurité Sanitaire
des Aliments (ANSSA) ;
• Ancien secrétaire Général du Ministère de la Santé ;
• Ancien Directeur Général de l’Agence Nationale de la Sécurité Sanitaire des Aliments
(ANSSA) ;
• Ancien Directeur National de l’assainissement et du contrôle des pollutions et des
nuisances ;
• Ancien Directeur National Adjoint de l’assainissement et du contrôle des pollutions et
des nuisances ;
• Ancien Chef de division Hygiène Publique et Salubrité a la Direction National de la
Sante ;
• Ancien Chef de la Division Prévention Médical de la Sous-direction Action Sanitaire et
Médico-Sociale, Institut National de Prévoyance Sociale (INPS) ;
• Chevalier de l’Ordre National depuis 2000.

Cher Maître,

Vous nous faites un grand honneur en acceptant de présider notre jury de thèse malgré vos
multiples occupations. Votre rigueur et votre amour du travail bien fait font de vous une
référence dans le domaine de la recherche. Surtout votre modestie et votre caractère scientifique
élevé font de vous un Maître exemplaire. Nous vous prions de retrouver ici cher Maître,
l’expression de notre reconnaissance et de notre profond respect.

Qu’Allah le Tout Puissant vous accorde une longue vie et pleine de santé pour qu’on puisse
continuer à bénéficier de vos sagesses scientifiques.

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

XVI | P a g e
 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

HOMMAGES AUX HONORABLES MEMBRE DU JURY

A Notre Maître et Juge : Professeur Aminata MAIGA
• Maitre de conférences en Bactériologie-virologie à la FMOS de l’Université des
sciences des Techniques et des Technologies de Bamako (USTTB) ;
• Chef de service du Laboratoire de Biologie médicale et de l’hygiène hospitalière ;
• Membre du groupe de coordination multisectorielle pour la lutte contre la résistance
antibactérienne (RAM) ;
• Praticienne hospitalière au CHU du point G ;
• Membre du comité National de Certification (CNC) de l’éradication de la poliomyélite
pour le Mali ;
• Chercheur au Centre de recherche et de Formation des Pathologies Moléculaires ;

Chère Maître,

Nous sommes honorés de vous compter parmi les membres de ce jury malgré vos multiples
occupations. Ces valeurs professionnelles et humaines que vous portez, justifient toute l’estime
que nous avons pour vous. Les mots seraient bien faibles pour qualifier notre gratitude pour
l’amélioration de ce travail. Veuillez recevoir ici chère Maître, nos sentiments d’estime et de
reconnaissance.

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

XVII | P a g e
 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

HOMMAGES AUX HONORABLES MEMBRE DU JURY

A Notre Maître et Juge : Monsieur Ibrahim KEITA

• Assistant en biologie moléculaire à la FMOS ;

• Attaché de recherche au laboratoire de Biologie Moléculaire Appliquée.

Cher Maître,

Nous ne saurons jamais trouver assez de mots pour témoigner notre reconnaissance, non
seulement pour l’intérêt que vous portez à ce travail, mais aussi la disponibilité et la spontanéité
avec laquelle vous nous avez reçu et accepté de juger cette thèse, pour l’amélioration de ce
travail. Vos qualités humaines, scientifiques et votre simplicité à transmettre aux autres vos
connaissances font de vous un maître apprécié et admiré. Veillez accepter cher Maître, le
témoignage de notre profond respect et de notre gratitude.

Que Dieu vous récompense !

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

XVIII | P a g e
 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

HOMMAGES AUX HONORABLES MEMBRE DU JURY

À Notre Maître et Co-directeur de Thèse : Docteur Youssouf DIARRA

• Pharmacien Biologiste (PharmD, MPH, DES-BC) ;

• Titulaire d’un master en épidémiologie ;
• Chef d’unité de Génomique au LBMA.

Cher Maître,

Nous ne saurons plus trouver les mots, mais sachez que nous ne pouvons pas être plus fiers que
de vous avoir comme co-directeur. Les mots nous manquent pour vous exprimer combien cela
fut un plaisir de travailler avec vous. Vous nous avez inspiré, suivi et guidé pas à pas dans
l’élaboration de ce travail. Votre simplicité, votre compétence et surtout votre rigueur
scientifique sont des atouts qui nous ont fascinés et dont nous avons bénéficié tout au long de
notre formation. Vous n’avez ménagé aucun effort pour la belle réalisation de ce travail qui,
également, est le vôtre. Soyez rassuré cher Maître, de nos remerciements les plus sincères.

Que Dieu vous bénisse !

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

XIX | P a g e
 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

HOMMAGES AUX HONORABLES MEMBRE DU JURY

À Notre Maître et Directeur de Thèse : Professeur Ousmane KOITA

• Pharmacien Biologiste (PharmD, PhD) ;

• Professeur titulaire de Parasitologie Moléculaire ;
• Responsable du Laboratoire de Biologie Moléculaire Appliquée (LBMA) ;
• Ancien Directeur Adjoint du programme SEREFO ;
• Président du Comité Scientifique et Technique de l’INSP ;
• Membre du Conseil Scientifique de l’IRD en France.

Cher Maître,

Nous avons été émus par votre disponibilité, votre modestie, votre sens de responsabilité, votre
exactitude scientifique, vos qualités humaines et pédagogiques qui font de vous un modèle à
suivre. Nous sommes très fiers d’être compté parmi vos disciples, plus qu’un Maître vous avez
su être un père. Soyez rassuré, cher Maître de notre disponibilité et de notre profonde gratitude.
Veuillez trouver ici cher Maître, l’expression de notre gratitude et notre profonde
reconnaissance.

Que Dieu vous donne une longue et pieuse vie !

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

XX | P a g e
 Infections Entéropathogéniques associées à la baisse des Paramètres Nutritionnels chez les enfants LBMA

LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS

ADN Acide Désoxyribonucléique

ARN Acide Ribonucléique

CHERG Reference Group on Child Health Epidemiology (Groupe de Référence sur

l’Epidémiologie de la Santé Infantile)
CHU Centre Hospitalier Universitaire

DAEC Diffusely Adherent Escherichia coli (Escherichia coli à Adhérence Diffuse)

DATP Désoxyadenine Triphosphate

DCTP Désoxycytosine Triphosphate

DGTP Désoxyguanine Triphosphate

DNTPs Désoxyribonucléotides Triphosphates

DTTP Désoxytymine Triphosphate

EAEC Enteroaggregative Escherichia coli (Escherichia coli Entéroagrégative)

EDM-VI Sixième Enquête Démographique de Santé du Mali

EHEC Escherichia coli Entérohémorragique

EMB Eosine Bleu de Méthylène

ENA Emergency Nutrition Assessment (Evaluation Nutritionnelle d’Urgence)

EPEC Enteropathogenic Escherichia coli (Escherichia coli Entéropathogène)

ETEC Enterotoxigenic Escherichia coli (Escherichia coli Entérotoxinogène)

FAPH Faculté de Pharmacie

FMOS Faculté de Médecine et d’OdontoStomatologie

HAZ Height for Age Z score (Taille pour Age Z score)

LBMA Laboratoire de Biologie Moléculaire Appliquée

LPS Lipopolysaccharides

MaaCiwara Bravoure de la femme de foyer

OMS Organisation Mondiale de la Santé

PB Périmètre Brachial

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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PBS Phosphate Buffer Saline (Tampon Phosphate Salin)

SMART National Nutritional Anthropometric and Mortality Retrospective Survey Mali

(Enquête Nationale Nutritionnelle Anthropométrique et de Mortalité
Rétrospective au Mali)
Taq Thermus acquaticus

UNICEF United Nations International Children’s Emergency Fund (Fond des Nation
Unies pour L’enfance)
USTTB Université des Sciences, des Techniques et des Technologies de Bamako

WAZ Weight for Age Z score (Poids pour Age Z score)

WHZ Weight for Height Z score (Poids pour Taille Z score)

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XXII | P a g e
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LISTES DES FIGURES

Figure 1 : Répartition des échantillons par zone d’étude ........................................................ 29
Figure 2 : Prévalence des cas de diarrhée ............................................................................... 30
Figure 3 : Gel de la PCR multiplexe (ETEC, EAEC) positif à ETEC .................................... 75
Figure 4 : Gel de la PCR multiplexe (ETEC, EAEC) positif à ETEC et EAEC ..................... 75
Figure 5 : Gel de la PCR multiplexe (ETEC, EPEC) positif à EPEC ..................................... 76

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

XXIII | P a g e
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LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Les valeurs du périmètre brachial et l’état nutritionnel ....................................... 10
Tableau II : Valeur de IMC et l’état d’amaigrissement .......................................................... 10
Tableau III : Composition du mélange réactionnel de la réaction de PCR ............................ 26
Tableau IV : Distribution des enfants selon la tranche d’âge et le sexe ................................. 29
Tableau V : Prévalence de la malnutrition aiguë selon l’indice poids-pour-taille en z-scores par
sexe ........................................................................................................................................... 31
Tableau VI: Prévalence de la malnutrition chronique selon l’indice taille-pour-âge en z-scores,
par sexe ..................................................................................................................................... 32
Tableau VII: Prévalence de l’insuffisance pondérale selon l’indice poids-pour-âge en z-scores,
par sexe ..................................................................................................................................... 33
Tableau VIII : Prévalence de la malnutrition aiguë selon le périmètre brachial par sexe ...... 34
Tableau IX: Prévalence de la malnutrition aiguë selon l’indice poids-pour-taille en z-scores
par classe d’âge ........................................................................................................................ 35
Tableau X: Prévalence de la malnutrition chronique selon l’indice taille-pour-âge en z-scores,
par classe d’âge ........................................................................................................................ 36
Tableau XI: Prévalence de l’insuffisance pondérale selon l’indice poids-pour-âge en z-scores,
par classe d’âge ........................................................................................................................ 37
Tableau XII: Prévalence de la malnutrition aiguë selon le périmètre brachial par classe d’âge
.................................................................................................................................................. 38
Tableau XIII : Prévalence des pathogènes étudiés ................................................................. 39
Tableau XIV : Pathogène ETEC associé à la défaillance nutritionnelle ................................ 40
Tableau XV : Pathogène EAEC associé à la défaillance nutritionnelle ................................. 41
Tableau XVI : Pathogène EPEC associé à la défaillance nutritionnelle ................................ 42
Tableau XVII : Pathogène Campylobacter spp associé à la défaillance nutritionnelle ......... 43
Tableau XVIII : Pathogène Giardia spp associé à la défaillance nutritionnelle .................... 44
Tableau XIX : Pathogène Cryptosporidium spp associé à la défaillance nutritionnelle ........ 45
Tableau XX : Pathogène Entamoeba histolytica associé à la défaillance nutritionnelle ........ 46
Tableau XXI : Pathogène Adénovirus associé à la défaillance nutritionnelle ........................ 47
Tableau XXII : Pathogène Sapovirus associé à la défaillance nutritionnelle ......................... 48
Tableau XXIII : Pathogène Rotavirus associé à la défaillance nutritionnelle........................ 49
Tableau XXIV : Pathogène Astrovirus associé à la défaillance nutritionnelle ...................... 50
Tableau XXV : Pathogènes impliqués dans la survenue des cas de diarrhée ......................... 51

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TABLES DES MATIERES

1. INTRODUCTION .............................................................................................................. 2

2. OBJECTIFS ........................................................................................................................ 6

2.1 Objectif général ........................................................................................................... 6

2.2 Objectifs spécifiques.................................................................................................... 6

3. GENERALITES ................................................................................................................. 8

3.1 Définitions ................................................................................................................... 8

3.1.1 Entéropathogènes ................................................................................................. 8

3.1.1.1 Bactéries ........................................................................................................ 8

3.1.1.2 Parasites ........................................................................................................ 8

3.1.1.3 Champignons ................................................................................................ 8

3.1.1.4 Virus .............................................................................................................. 8

3.1.2 Nutrition ............................................................................................................... 8

3.1.2.1 Paramètres nutritionnels ................................................................................ 8

3.1.3 Diarrhée .............................................................................................................. 10

3.2 Aperçu sur les entéropathogènes étudiés ................................................................... 11

3.2.1 Entérobactéries ................................................................................................... 11

3.2.1.1 Escherichia coli .......................................................................................... 11

3.2.1.2 Campylobacter spp ..................................................................................... 12

3.2.2 Parasites entériques ............................................................................................ 12

3.2.2.1 Entamoeba histolytica ................................................................................. 12

3.2.2.2 Giardia spp ................................................................................................. 12

3.2.3 Champignons entériques .................................................................................... 13

3.2.3.1 Cryptosporidium spp ................................................................................... 13

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3.2.4 Virus entériques .................................................................................................. 13

3.2.4.1 Adénovirus spp ............................................................................................ 13

3.2.4.2 Astrovirus spp ............................................................................................. 13

3.2.4.3 Rotavirus spp .............................................................................................. 13

3.2.4.4 Sapovirus spp .............................................................................................. 13

3.3 La Malnutrition .......................................................................................................... 14

3.3.1 Définition ........................................................................................................... 14

3.3.2 Cause de la malnutrition ..................................................................................... 14

3.3.2.1 Causes immédiates ...................................................................................... 14

3.3.2.2 Causes sous-jacentes ................................................................................... 14

3.3.2.3 Causes fondamentales ................................................................................. 14

3.3.3 Physiopathologie ................................................................................................ 14

3.3.4 Types de malnutrition......................................................................................... 15

3.3.4.1 Malnutrition globale ou insuffisance pondérale ......................................... 15

3.3.4.2 Malnutrition aiguë ou émaciation ............................................................... 15

3.3.4.3 Malnutrition chronique ou retard de croissance .......................................... 15

3.3.4.4 Obésité ........................................................................................................ 15

3.3.4.5 Carence en micronutriments ....................................................................... 15

4. METHODOLOGIE ........................................................................................................... 18

4.1 Cadre d’étude ............................................................................................................. 18

4.1.1 Présentation de LBMA ....................................................................................... 18

4.2 Type et période d’étude ............................................................................................. 18

4.3 Population d’étude ..................................................................................................... 19

4.3.1 Critère d’inclusion .............................................................................................. 19

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XXVI | P a g e
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4.3.2 Critère de non-inclusion ..................................................................................... 19

4.4 Echantillonnage ......................................................................................................... 19

4.4.1 Collecte des échantillons d’eau, de nourriture et de selles ................................. 19

4.4.2 Taille de l’échantillon......................................................................................... 20

4.5 Variables mesurées .................................................................................................... 20

4.5.1 Variables sociodémographiques ......................................................................... 20

4.5.2 Variables biologiques ......................................................................................... 20

4.6 Mesures anthropométriques ....................................................................................... 20

4.7 Définitions opérationnelles ........................................................................................ 21

4.8 Méthodes de laboratoire ............................................................................................ 22

4.8.1 Culture microbiologique des échantillons d’eau et de nourriture ...................... 22

4.8.1.1 Aliquotages des échantillons....................................................................... 22

4.8.1.2 Filtration (Eau) ............................................................................................ 22

4.8.1.3 Broyage (Nourriture) : ................................................................................ 22

4.8.1.4 Préparation des milieux de culture : ............................................................ 22

4.8.1.5 Mise en culture des échantillons ................................................................. 23

4.8.1.5.1 Echantillons d’eau ................................................................................. 23

4.8.1.5.2 Echantillons de nourritures .................................................................... 23
4.8.1.5.3 Lecture des boites de pétri après incubation .......................................... 23
4.8.2 PCR sur les échantillons de selles à la recherche des pathogènes ..................... 23

4.8.2.1 Aliquotage et conservation des échantillons ............................................... 23

4.8.2.2 Extraction de l’ADN/ARN.......................................................................... 23

4.8.2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR) ............................................................. 24

4.8.2.4 Lecture des résultats de PCR : .................................................................... 26

4.9 Collectes et analyses des données ............................................................................. 27

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4.10 Ethique ................................................................................................................... 27

5. RESULTATS .................................................................................................................... 29

5.1 Caractéristiques socio-démographiques .................................................................... 29

5.2 Résultats descriptifs ................................................................................................... 30

5.3 Résultats analytiques ................................................................................................. 40

6. COMMENTAIRES ET DISCUSSION ............................................................................ 53

7. CONCLUSION ................................................................................................................. 58

8. RECOMMANDATIONS ................................................................................................. 60

9. REFERENCES ................................................................................................................. 62

10. ANNEXES ........................................................................................................................ 69

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INTRODUCTION

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1. INTRODUCTION

Les infections entéropathogéniques sont des affections intestinales causées par divers micro-
organismes pathogènes tels que les virus, les bactéries, les champignons et les parasites [1].
Elles sont les plus souvent causées par la consommation d’aliments ou d’eau contaminés ou
d'autres véhicules contaminés par ces agents pathogènes provenant de matières fécales
humaines ou animales [1,2]. Les enfants de moins de cinq (5) ans constituent la couche la plus
vulnérable avec un tiers de décès liés à ces affections, et 88% de ces décès surviennent dans
cette tranche d’âge, principalement en Asie du sud et en Afrique subsaharienne [3,4].

Une étude du groupe de référence sur l’épidémiologie de la santé infantile (CHERG) a estimé
que la morbidité due à des agents pathogènes entériques spécifiques était de 14% pour
Escherichia coli Entérotoxinogène (ETEC), 9% pour Escherichia coli Entéropathogène
(EPEC) et 10% pour Giardia lamblia ; en ambulatoire, 18% de Rotavirus, 12,6%
de Campylobacter spp ; et en milieu hospitalier, 25% pour rotavirus, 16% pour EPEC et 9%
pour ETEC [3]. Les résultats du CHERG suggèrent également que certains pathogènes
entériques, notamment Giardia lamblia, Cryptosporidium spp, Entamoeba histolytica et
Campylobacter spp, provoque bien plus de morbidité que de mortalité. A l’inverse, les agents
pathogènes entériques tels que le rotavirus, Salmonella spp et Vibrio cholerae semblent être des
causes importantes de mortalité [3].

Selon l’enquête de EDSM-VI, au Mali, la diarrhée constitue le 3ème motif de consultation et

demeure l’une des causes principales de la malnutrition chez les enfants de moins de cinq ans
[5]. Des facteurs tels que l'âge, le sexe, le type d'allaitement maternel, l'insuffisance pondérale
et la malnutrition aiguë ont été identifiés comme associés au risque de morbidité et de mortalité
liées aux diarrhées [4].

Selon l’OMS la malnutrition est un état nutritionnel qui est la conséquence d’une alimentation
mal équilibrée en quantité et/ou en qualité, elle couvre donc la sous-alimentation et la
suralimentation [6]. La sous-alimentation comprend : le retard de croissance (faible taille pour
l’âge), l’émaciation (faible poids pour la taille), et l’insuffisance pondérale (faible poids pour
l’âge) qui font partie des indicateurs anthropométriques couramment utilisés pour mesurer la
malnutrition dans une population de moins de cinq ans [7].

La malnutrition, englobant la sous-alimentation et la suralimentation, représente un problème

significatif, affectant près de 22,3% des enfants de moins de cinq ans au niveau mondial en
2022, avec des prévalences plus élevées en Afrique [8]. Selon l’UNICEF, chaque année environ
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1 million d’enfants de moins de 5 ans meurent de malnutrition[9]. Elle est un problème majeur
de santé publique à la fois grave et peu prise en compte et qui a un coût humain et économique
immense [10].

Dans le rapport de l’enquête SMART en 2022, on estimait à10,8% la malnutrition aiguë

globale, 18,6% l’insuffisance pondérale et 21,9% le retard de croissance au Mali [11].

La relation entre la morbidité diarrhéique, la malnutrition et le statut socio-économique souligne

l'impact dévastateur sur la santé des enfants, entraînant des déficits nutritionnels et un risque
accru de développer d’autres maladies infectieuses [12,13].

Bien que des progrès aient été réalisés pour réduire le taux de mortalités associées à la diarrhée
des enfants de moins de 5 ans, les infections entériques persistent, perturbant les fonctions
d’absorption et de barrière intestinale, entraînant de retards de croissance chez ces enfants [14].

Cependant, l’une des causes de la baisse des paramètres nutritionnels serait due à la
déshydratation causée par la diarrhée (engendrée par les entéropathogènes).

Et ne serait-il pas nécessaire d’évaluer le rapport qui existe entre la baisse des paramètres
nutritionnels et les infections entéropathogènes ?

Contexte de l’étude :

La plupart des ménages à faible revenu des pays à revenus faibles ou intermédiaire préparent
leurs aliments à la maison ou procurent de la nourriture auprès des vendeurs d’aliments
informels dans la rue. Si la plupart des agents pathogènes responsables de diarrhées sont détruits
lors de la cuisson à haute température, la manipulation et le stockage des aliments constituent
toujours des voies de contamination [15].

L’amélioration du contenu nutritionnel des aliments, grâce à l’amélioration de la teneur et de la

sécurité sanitaire des aliments de sevrage, peut également réduire la malnutrition, le retard de
croissance et les retards de développement, et améliorer la capacité de l’enfant à lutter contre
les infections.

L’environnement, lorsque l’enfant mange la terre ou le sol, est associé à la diarrhée au retard
de croissance et à l’entéropathie environnementale [13].

Outre la sécurité sanitaire des aliments de sevrage, les interventions visant à réduire l’effet de
l’environnement et à améliorer l’apport nutritionnel sont potentiellement d’une grande

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importance pour un meilleur contrôle des diarrhées, des résultats en matière de croissance et de
développement [13].

Des études antérieures ont montré que les conseils santé et de sécurité des nourrissons ont un
impact limité sur le changement de comportement s’ils ne sont pas accompagnés de moyens
permettant de motiver et de responsabiliser les mères au sein de la communauté. Pour être
motivées, des éléments de motivations psychologiques sont nécessaires, tout comme le soutien
et l’encouragement de la communauté et le changement des normes sociales [16,17].

Les maladies diarrhéiques constituent un problème de santé publique dans le monde,

notamment dans les pays à faibles revenu, qui touchent en particulier les enfants de moins de 5
ans. Elles peuvent contribuer à une malnutrition et altérer parfois la croissance et le
développement de l’enfant [18]. Les agents pathogènes responsables de cette diarrhée peuvent
être transmis par les selles infectées, nourritures et l’eau, ce qui nous amène à dire qu’une bonne
hygiène constitue la barrière contre les micro-organismes pathogènes et contribue à une
meilleure santé de l’enfant. L’insuffisance de cette hygiène peut être à l’origine des maladies
diarrhéiques qui sont l’une des principales causes de la malnutrition, ce qui crée un cercle
vicieux entre les maladies diarrhéiques et la malnutrition [18–20].

Face à ce double fardeau et dans le but d’améliorer l’hygiène maternelle pour protéger les
enfants, University of Birmingham et USTTB ont initié le projet MaaCiwara dans des régions
urbaines (Bamako et alentours) et rurales (cercle de Kignan, de Barouéli et de Dioïla) du Mali.

Pour ce faire, le projet MaaCiwara (Maa en Bambara « Mère » ; Ciwara « Brave » qui nous
effleure la bravoure de nos mères de ménage) entreprend une intervention communautaire pour
promouvoir les pratiques de sécurités sanitaires des aliments de sevrage, évalue l’effet de
l’intervention sur la diarrhée, l’infection respiratoire aiguë et les paramètres de croissance, le
rôle du contexte dans l’efficacité de l’intervention avec un accent particulier sur l’influence des
zones urbaines et rurales.

Le projet MaaCiwara a réalisé une étude de base (Baseline) en 2022 dans les mêmes régions
urbaines (Bamako et alentours) et rurales (cercle de Kignan, de Barouéli et de Dioïla), puis
après, l’implémentation de l’intervention visant le changement de comportement pour la
sécurité sanitaire des aliments de sevrage au Mali dans les mêmes régions.

Ainsi dans notre étude, il s’agit d’évaluer les infections entériques associées à la baisse des
paramètres nutritionnels chez les enfants de moins de 36 mois dans la période post-intervention.

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OBJECTIFS

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2. OBJECTIFS
2.1 Objectif général

Identifier les pathogènes associés à la baisse des paramètres nutritionnels chez les enfants de
moins de 36 mois.

2.2 Objectifs spécifiques

1. Etudier les paramètres nutritionnels chez les enfants, six (6) mois après l’intervention
MaaCiwara ;
2. Identifier les pathogènes dans les selles pouvant être impliqués dans les épisodes de
diarrhée ;
3. Déterminer s’il existe une association entre la présence de pathogènes et les défaillances
nutritionnelles.

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GENERALITES

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3. GENERALITES
3.1 Définitions
3.1.1 Entéropathogènes

Micro-organismes responsables des infections entériques. Parmi ceux-ci nous en trouvons les
bactéries, les parasites, les champignons, les virus [21].

3.1.1.1 Bactéries

Les bactéries sont des micro-organismes unicellulaires structurellement simples mais

fonctionnellement complexes qui constituent la base de toute vie sur terre [22].

3.1.1.2 Parasites

Les parasites sont des organismes vivants qui, pendant leur existence, vivent aux dépens
d’autres organismes appelés hôtes [23].

3.1.1.3 Champignons

Les champignons sont des organismes eucaryotes hétérotrophes se nourrissant par absorption
et utilisant le carbone organique comme source de carbone, avec une paroi cellulaire contenant
de la chitine et du glucane. Ils se reproduisent de façon sexuée et/ou asexuée [24].

3.1.1.4 Virus

Les virus sont des micro-organismes composés d’ADN ou ARN, entourés d’une membrane
protéique et nécessitent une cellule vivante dans laquelle ils se multiplient [25].

3.1.2 Nutrition

C’est l’ensemble des réactions (métaboliques) par lesquelles notre organisme transforme et
utilise les aliments pour obtenir tout ce dont il a besoin pour son bon fonctionnement et pour se
maintenir en vie [26].

3.1.2.1 Paramètres nutritionnels

Ce sont des paramètres nous permettant de juger l’état nutritionnel d’un individu.

• Pour les enfants de moins de cinq ans :

✓ Indice poids/âge ;
✓ Indice taille/âge ;
✓ Indice poids/taille

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• Pour les enfants et adultes :

✓ Périmètre brachial
• Pour les adultes :
✓ Indice de masse corporelle [27].
✓ Indice Poids/Taille : reflète une perte ou un gain de poids récent. Sa chute
traduit une malnutrition aiguë, actuelle ou récente (émaciation ou maigreur)
[27]. Il compare le poids de l’enfant au poids de référence pour sa taille selon
l’organisation mondiale de la santé (OMS) [28].
✓ Indice Taille/Age : Reflète la croissance linéaire [27] et compare la taille de
l’enfant à la taille de référence pour son âge selon l’OMS [28]. Il identifie les
retards ou les avances de croissance en taille. Le retard de croissance (ou
malnutrition chronique) provient généralement de longues périodes d’apport
alimentaire insuffisant et d’épisodes d’infections [27].
✓ Indice Poids/Age : Est un indice composite qui décrit la masse corporelle par
rapport à l’âge de l’enfant. Sa chute traduit une insuffisance pondérale, reflet à
la fois de la malnutrition aiguë (émaciation) et chronique (retard de croissance)
[27].
✓ Périmètre brachial : Il s'utilise entre 6 mois et 5 ans [28] et donne une
estimation relativement fiable de la masse musculaire. La réduction de la masse
musculaire est un des mécanismes les plus frappants d’adaptation à des apports
en énergie insuffisante. Il est signe de malnutrition aiguë. Le PB semble être
l’indicateur le plus adapté pour l’estimation du risque de décès [27].

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Tableau I : Les valeurs du périmètre brachial et l’état nutritionnel

Périmètre brachial (PB) en mm Etat nutritionnel

PB ≥135 Bon

125 ≥ PB < 135 Risque de Malnutrition

115 ≤ PB < 125 Malnutrition modérée

PB < 115 Malnutrition sévère

✓ Indice de masse corporelle : Mesure la teneur en masse grasse. Il est utilisé pour
détecter la maigreur chez les adolescents, adultes et personnes âgées ; il est aussi utilisé
pour mesurer le surpoids et l’obésité [27].

Tableau II : Valeur de IMC et l’état d’amaigrissement

IMC Etat d’amaigrissement

IMC<16,5 Amaigrissement sévère

16,5 ≥ IMC < 17,5 Amaigrissement modérée

17,5 ≤ IMC < 18,5 Amaigrissement légère

18,5 ≥ IMC < 25 Normal

25 ≥ IMC < 30 Surpoids

IMC ≥ 30 Obésité

3.1.3 Diarrhée

Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), la diarrhée est définie comme le passage de
trois selles molles ou liquides ou plus par jour en raison d'une teneur anormalement élevée en
liquide des selles ou d'une augmentation anormale de la fréquence quotidienne des selles [29].

Elle est en général le symptôme d’une infection intestinale pouvant être causée par divers
micro-organismes. Elle se transmet par le biais d’eau ou d’aliments contaminés, ou d’une
personne à l’autre en cas d’hygiène insuffisante. Le risque de la maladie peut être réduit par

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l’accès à l’eau potable, l’utilisation de services d’assainissement améliorés et le lavage des

mains au savon [20].

3.2 Aperçu sur les entéropathogènes étudiés

3.2.1 Entérobactéries

Les entérobactéries constituent une grande famille de bactéries, bacilles à gram négatif, aérobies
anaérobies facultatives qui habitent dans le tube digestif de l’homme et d’autres mammifères
dont la plupart sont des hôtes commensaux ou pathogènes [30–33]. On les isole du sol et des
végétaux qui sont le gîte habituel de certaines espèces (Enterobacter cloacae, les Erwinia) [34].
Cette famille appartient au règne Bacteria [32]. C’est une famille de bactérie qui représente près
des trois quarts des isolements d’un laboratoire de bactériologie médicale [32].

Les entérobactéries poussent facilement sur les milieux ordinaires en 24 heures à 37°C en
aérobiose et en anaérobiose [32]. Leurs exigences nutritionnelles sont, en général, réduites et la
plupart se multiplient en milieu synthétique avec une source de carbone simple comme le
glucose [30]. Sur milieux gélosés, les colonies d’entérobactéries sont habituellement lisses,
brillantes, de structure homogène (type « smooth » ou S). Cet aspect peut évoluer après cultures
successives pour donner des colonies à surface sèche rugueuse (type « rough » ou R) [33].

3.2.1.1 Escherichia coli

Le genre Escherichia, nommé d'après le pédiatre allemand Theodore Escherich, est composé
de bacilles Gram-négatifs anaérobies facultatifs appartenant à la famille des Enterobacteriaceae,
fait partie du groupe des coliformes thermotolérants qui sont un sous-groupe des coliformes
totaux capables de fermenter le lactose à une température de 44 °C [31,35].

Ces derniers sont des entérobactéries qui incluent des espèces bactériennes qui vivent dans
l’intestin des animaux homéothermes, mais aussi dans l’environnement en général (sols,
végétation et eau). Ce groupe bactérien est utilisé comme indicateur de la qualité microbienne
de l’eau parce qu’il contient notamment des bactéries d’origine fécale [36].

Elle est connue pour faire partie de la flore intestinale normale, mais peut également être la
cause de maladies intestinales et extra-intestinales chez l'homme. Il existe des centaines de
souches d'E. coli identifiées, entraînant la gastro-entérite bénigne, l'insuffisance rénale, le choc
septique etc...[37].

Principaux pathogènes intestinaux de E. coli :

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• E. coli Entéropathogène (EPEC) ;

• E. coli Entérohémorragique (EHEC) ;
• E. coli Entérotoxinogène (ETEC) ;
• E. coli Entéroagrégatif (EAEC) ;
• E. coli Enteroinvasive (EIEC) ;
• E. coli à adhérence diffuse (DAEC) [38]

Ils présentent chacun des caractéristiques uniques dans leur interaction avec les cellules
eucaryotes.

3.2.1.2 Campylobacter spp

L’infection à Campylobacter spp cause un éventail de maladies, notamment la gastro-entérite,

les infections extra-intestinales, des complications post-infectieuses [39].

Les Campylobacter spp sont des bactéries aéro-anaérobies facultatives à Gram négatif, mince
et courbées qui vivent comme des organismes commensaux dans le tractus de nombreux
oiseaux et mammifères domestiques et sauvages [40].

Les espèces les plus courantes associées aux maladies humaines sont Campylobacter jejini et
Campylobacter coli [39].

3.2.2 Parasites entériques

3.2.2.1 Entamoeba histolytica

Entamoeba histolytica est un parasite protozoaire du phylum Amoeboza responsable de

l’infection amibiase chez l’homme. Les individus infectés présentent les symptômes tels que :
la diarrhée, dysenterie, fièvre, douleur abdominale et souvent des manifestations extra-
intestinales [41].

3.2.2.2 Giardia spp

L’infection à Giardia spp (giardiase) est une parasitose digestive provoquée par un parasite
unicellulaire Giardia spp infectant la partie supérieure de l’intestin grêle, pouvant provoquer
des troubles digestifs (diarrhée, vomissement, douleur abdominal…).

Giardia spp sont des parasites protozoaires non invasifs qui provoquent des infections
intestinales dont le réservoir principal est l’homme. La contamination se fait principalement par
l’ingestion d’eau ou d’aliments contaminés par les kystes parasitaires [42,43].

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3.2.3 Champignons entériques

3.2.3.1 Cryptosporidium spp

Cryptosporidium spp sont des protozoaires intracellulaires appartenant au phylum des

Apicomplexa qui se multiplient dans l’intestin grêle de l’hôte vertébré [44].

Les espèces Cryptosporidium parvum et Cryptosporidium hominis sont responsables de la

plupart des cas de cryptosporidiose humaine. La contamination se fait par ingestion d’aliments
ou d’eau contaminés par des matières fécales [45].

3.2.4 Virus entériques

3.2.4.1 Adénovirus spp

Les adénovirus sont des virus à ADN bi caténaire appartenant à la famille des Adenovidea à
capside icosaédrique et non enveloppé [46]. Ils sont responsables des infections respiratoires,
de kérato-conjonctivites, de gastro-entérite dont les principales victimes sont les enfants de
moins de 5 ans. La transmission se fait par contact avec les sécrétions d’une personne infectée
ou par contact avec de véhicules contaminés (serviettes, instruments etc…) [47].

3.2.4.2 Astrovirus spp

Les Astrovirus sont des virus à ARN monocaténaire de polarité positive, appartenant à la famille
des Astroviridae à capside non enveloppée et sphérique avec une symétrie icosaédrique. Ils sont
ubiquitaires, responsables des infections entériques chez l’humain et la transmission se fait par
voie fécal-orale [48].

3.2.4.3 Rotavirus spp

Les Rotavirus sont des virus nus à ARN bicaténaires segmentés, à capside icosaédrique formée
d’une triple couche de protéines, appartenant à la famille des Reoviridae [49]. Ils comportent
sept (7) groupes distincts de A à G, et seuls les groupes A, B et C sont présents chez l’homme
[49]. Ils sont responsables des gastro-entérites avec une contamination fécal-orale et
interhumaine et l’homme étant le principal réservoir de parasite [50].

3.2.4.4 Sapovirus spp

Les Sapovirus sont des virus nus à ARN simple brin avec une symétrie icosaédrique appartenant
à la famille des Caliciviridae dont les enfants sont les principales victimes [51,52]. Ils se
transmettent par voie fécale-orale.

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3.3 La Malnutrition
3.3.1 Définition

La malnutrition sous ses formes comprend la dénutrition, la carence ou excès en

micronutriments, le surpoids, l’obésité et les maladies transmissibles liées à l’alimentation [53].

3.3.2 Cause de la malnutrition

Pour pouvoir apprécier l’ampleur et la profondeur du problème, il est important de comprendre

les causes de la malnutrition [19,28]. Nous en citons :

3.3.2.1 Causes immédiates

Maladies telles que les maladies diarrhéiques, les parasitoses intestinales, le paludisme, le
régime alimentaire inadéquat.

3.3.2.2 Causes sous-jacentes

Problèmes de disponibilité, d’accessibilité et d’utilisation des aliments ; maladies liées au

manque d’hygiène et d’assainissement ; soins infantiles inadéquats, l’insuffisance des services
de santé ainsi que l’analphabétisme, qui lorsqu’elles ne sont pas prises en compte, induiront aux
effets immédiats de la malnutrition.

3.3.2.3 Causes fondamentales

Faible niveau d’éducation (faible taux de scolarisation et d’alphabétisation de la population).

Les croyances et pratiques alimentaires nutritionnelles inappropriées (interdits alimentaires,
sevrage précoce, diversification tardive et mal conduite) ; Psychologique (grossesse non
désirée, séparation mère-enfant, manque d’affection).

Il est nécessaire de passer par la lutte contre les causes immédiates de la malnutrition, à savoir
la diarrhée qui est particulièrement un facteur d’aggravation de la malnutrition car elle réduit la
capacité d’absorption des nutriments par altération de la paroi intestinale, pour prévenir la
malnutrition.

3.3.3 Physiopathologie

Le déséquilibre entre l’apport en éléments nutritifs et les besoins de l’organisme entraîne un

affaiblissement de l’organisme et on assiste à la fonte de la masse musculaire et graisseuse qui
constituent la réserve énergétique de l’organisme [54]. Si cette perte n’est pas compensée
rapidement et correctement, s’ensuit une réduction des besoins nutritionnels puis celle du
métabolisme de base pouvant se poursuivre jusqu'à l’installation d’un déséquilibre entre le
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rapport besoins et apports. Pour répondre à la diminution de métabolisme de base, le corps

utilise d'abord le tissu adipeux puis les protéines comme source d'énergie. Par la suite, cet état
de fait entraine ainsi le fameux cercle vicieux du risque nutritionnel, associant une redistribution
de la masse corporelle et une diminution du renouvellement de la synthèse des
protéines [28,55].

3.3.4 Types de malnutrition

3.3.4.1 Malnutrition globale ou insuffisance pondérale

Indique une situation où le poids de l'enfant est faible lorsqu'on le compare à celui d'un enfant
du même âge qui est bien nourri. Elle fait appel à l'indice du poids par rapport à celui de l'âge
qui est un indice combiné. L'insuffisance pondérale peut être due à une sous-nutrition chronique
et ou une sous-nutrition aiguë. Il est représenté par un rapport poids pour âge dont le score
d'écart-type est inférieur à moins deux écart-types de la population de référence [56,57].

3.3.4.2 Malnutrition aiguë ou émaciation

Elle se traduit par un faible poids rapporté à la taille d’un enfant dont le score d’écart-type est
inférieur à moins deux écart-type de la population de référence. C'est une inadéquation du gain
pondéral en fonction de la taille. C'est un état de sous-nutrition aiguë ou récente caractérisé par
un amaigrissement extrêmement marqué [56].

3.3.4.3 Malnutrition chronique ou retard de croissance

Elle indique une taille faible par rapport à l’âge de l’enfant. C'est une inadéquation du gain
pondéral en fonction de la taille. Et le score d'écart type du rapport poids pour taille est inférieur
à moins deux écart-types de la population de référence [56].

3.3.4.4 Obésité

Elle indique un poids lourd par rapport à l’âge et traduit un excès de masse grasse [56]. Le score
d'écart type du rapport poids pour âge est supérieur à trois écart-types de la population de
référence [19].

3.3.4.5 Carence en micronutriments

Les micronutriments sont les composantes essentielles d’une alimentation de qualité et ont des
effets profonds sur la santé. Bien qu’ils ne soient nécessaires qu’en très faible quantité, les
micronutriments sont les éléments de base indispensables à la bonne santé du cerveau, des os
et du corps en général. Les carences en micronutriments sont souvent qualifiées de « faim
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invisible » car elles se développent progressivement dans le temps, leur impact dévastateur ne
pouvant être observé qu’une fois subis des dommages irréversibles. Bien qu’un enfant puisse
dormir chaque nuit l’estomac bien rempli, les carences en micronutriments signifient que son
corps a toujours faim d’une bonne nutrition.

Des millions d’enfants sont atteints de malnutrition chronique, de retard dans le développement
cognitif, d’immunité affaiblie et de maladies à cause d’une carence en micronutriments [19].

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METHODOLOGIE

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4. METHODOLOGIE
4.1 Cadre d’étude

Cette étude s’est déroulée dans des zones urbaines (de Bamako et alentours) et rurales (de
Kignan, Dioïla et Barouéli) au Mali. La liste des localités se trouve en annexe 5.

4.1.1 Présentation de LBMA

Le Laboratoire de Biologie Moléculaire Appliquée (LBMA) est créé en 2000 sous la tutelle de
l’Université des Sciences, des Techniques et des Technologies de Bamako (USTTB) par Pr
Ousmane KOITA. C’est un excellent centre de formation et de recherche en santé et
agriculture. Il est situé sur la colline de Badalabougou en commune V du district de Bamako,
dans l’enceinte de la Faculté des Sciences Techniques (FST) de l’USTTB.

Les activités de LBMA sont menées par des équipes de chercheurs, professeurs et doctorants.
Nous couvrons un large spectre d’activités regroupées au sein de sept unités. Ces activités sont,
par nature, interdisciplinaires, c’est pour cela qu’au sein du laboratoire sont groupées des
compétences de différentes spécialités. Ces unités sont dirigées par des responsables qui
conduisent des études dans les thématiques suivantes : recherche pour la lutte contre les
pathologies humaines ; recherche en biotechnologie pour l’amélioration de la production
végétale et animale ; renforcement des capacités pour le suivi et l’évaluation des projets de
développement international en santé et en agriculture.

Le LBMA comptent sept unités de recherche qui sont : Unité d’entomologie, de parasitologie,
de biotechnologie, de biologie clinique, de génomique, de virologie et de zoonose.

Chaque unité est dirigée par un responsable qui travaille avec plusieurs autres chercheurs,
doctorants etc…

Les travaux de recherche du laboratoire sont soutenus par des partenaire nationaux (USTTB,
Programme National de Lutte contre le Paludisme, Laboratoire Central Vétérinaire, Institut
d’Economie Rural…) et internationaux (Tulane University, University of Rhode Island
Providence, University of Wisconsin, University of Birmingham…).

4.2 Type et période d’étude

Il s’agissait d’une étude randomisée contrôlée en grappe dans laquelle ont été pris les ménages
comme unité de randomisation. Elle s’est déroulée de février 2023 à septembre 2023. (Post
intervention)

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4.3 Population d’étude

La population d’étude était des enfants âgés de 6 à 36 mois dans les ménages où MaaCiwara
est intervenu et leur mère ou gardienne.

4.3.1 Critère d’inclusion

✓ Ménage ayant été recensé par l’équipe d’intervention du projet MaaCiwara

✓ Enfant de 6 à 36 mois qui vivent en permanence avec les membres de la famille dans
les ménages sélectionnés par le projet MaaCiwara (pour la collecte de la nourriture, de
l’eau de consommation et de selles de l’enfant)
✓ Enfants dont leurs parents ont donné leur consentement éclairé
✓ Toute femme âgée de 18 ans ou plus qui prépare en famille, mère ou gardienne d’enfant
ayant d’au moins un enfant de 6-36 mois (pour l’observation et l’administration du
questionnaire visant à évaluer l’hygiène dans le ménage).
✓ Enfants ayant donné les selles.

4.3.2 Critère de non-inclusion

✓ Enfant dont l’âge est inférieur à 6 mois ou supérieur à 36 mois

✓ Prélèvement des Selles insuffisantes
✓ Enfants de même mère ou de même père
✓ Les enfants en visite dans les ménages (non-résidents dans le ménage)
✓ Les femmes ayant des déficiences auditives ou mentale

4.4 Echantillonnage

Sur le terrain, la collecte d’échantillon a porté sur trois (3) types d’échantillons. Les échantillons
de selles ont été collectés chez tous les enfants de l’étude exceptés les enfants qui n’ont pas
émis de selles aux moments de passage de l’équipe d’observation dans les ménages. Dans
chaque grappe, 10 enfants ont été au préalable choisis de façon aléatoire pour la collecte des
échantillons d’eau et de nourriture destinés à la consommation des enfants en question.

4.4.1 Collecte des échantillons d’eau, de nourriture et de selles

Les échantillons d’eau et de nourriture destinés à la consommation de l’enfant ont été

respectivement prélevés dans des tubes Falcon de 50mL et des sacs en plastique de type Zip
Lock (BioHazard) par l’enfant ou la mère de l’enfant, et ceux de selles ont été prélevés dans
des flacons de verre stériles de 20ml par l’agent du terrain, puis étiquetés (Nom et prénom, code
ménage, identifiant de l’enfant) et conservés dans des glacières de 0-8°C et acheminés au
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LBMA à Bamako pour enfin être traités dans les 24h. La date et l’heure du prélèvement sont
noté dans le logiciel Redcap.

Au LBMA, les échantillons reçus ont été vérifiés et enregistrés dans un carnet de réception dans
lequel est marqué l’heure d’arrivée des échantillons et leurs identifiants.

4.4.2 Taille de l’échantillon

Chez 747 enfants âgés de 6 à 36 mois, des prélèvements de selles ont été faits sur des critères
bien définis selon les types d’échantillons de nourriture et d’eau choisis pour la culture.

4.5 Variables mesurées

4.5.1 Variables sociodémographiques

✓ Age de l’enfant et de sa mère ou sa gardienne

✓ Poids de l’enfant et de sa mère ou sa gardienne
✓ Provenance des participants
✓ Taille de l’enfant
✓ Circonférence du bras de l’enfant
✓ Travail quotidien de la mère ou gardienne de l’enfant
✓ Activité de l’enfant

4.5.2 Variables biologiques

• Selles :
✓ Aspect des selles
✓ Consistance des selles
✓ Pathogènes présents dans les selles
• Eau :
✓ Pathogènes présents dans l’eau
• Nourriture :
✓ Pathogènes présents dans la nourriture
• Baisse des paramètres nutritionnels associée aux entéropathogènes observée

4.6 Mesures anthropométriques

Age : L’âge a été déterminé à l’aide du carnet de vaccination de l’enfant ou par rapport aux
estimations données par la mère.

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Poids : La prise du poids a été effectuée avec des balances électroniques à pile avec une
précision de 1kg. Les enfants étaient pesés (pesée simple et double pesée). Au moment de la
pesée l’enfant monte sur la balance en position debout tout droit puis on procède à la pesée
(simple pesée). Pour les enfants qui n’ont pas cette faculté de monter sur la balance, la maman
monte d’abord sur la balance puis on la tare et la maman tient l’enfant en ce moment pour
prendre son poids (double pesée).

Taille : La taille a été mesurée à l’aide d’une toise graduée en centimètre, avec une précision
au millimètre près. Les enfants de moins de moins de deux ans ont été mesurés en position
couchée sur la toise horizontale, alors que ceux de deux ans et plus ont été mesurés en position
debout.

Périmètre brachial : Il a été mesuré au bras gauche à mi-distance de la pointe du coude et de

la pointe de l’omoplate. On a utilisé un mètre ruban spécial (bande Shakir), que l’on place
autour du bras. La lecture s’effectue dans la fenêtre du mètre, en serrant le mètre modérément.
La mesure est enregistrée avec une précision de 0,1cm.

4.7 Définitions opérationnelles

Nous nous sommes référés sur la référence de l’OMS en Z Score (WAZ, WHZ, HAZ).

Malnutrition aiguë ou émaciation selon l’indice poids pour taille en z-score (WHZ-
WHO) :

On parle de malnutrition aiguë globale si le rapport poids/taille est inférieur à -2 z-score.

Malnutrition aiguë est modérée si le rapport poids/taille est compris entre -3 z-score et -2 z-
score.

Malnutrition aiguë est sévère si le rapport poids/taille est inférieur ou égal à -3 z-score

Malnutrition chronique ou retard de croissance selon l’indice taille pour âge en z-score
(HAZ-WHO) :

On parle de malnutrition chronique globale si le rapport taille/âge est inférieur à -2 z-score.

Malnutrition chronique est modérée si le rapport taille/ âge est compris entre -3 z-score et -2 z-
score.

Malnutrition chronique est sévère si le rapport taille/ âge est inférieur ou égal à -3 z-score.

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Malnutrition globale ou insuffisance pondérale selon l’indice poids pour âge en z-score
(WAZ-WHO) :

On parle de l’insuffisance pondérale globale si le rapport poids/âge est inférieur à -2 z-score.

L’insuffisance pondérale est modérée si le rapport poids/ âge est compris entre -3 z-score et -2
z-score.

L’insuffisance pondérale est sévère si le rapport poids/ âge est inférieur ou égal à -3 z-score.

Malnutrition aiguë ou émaciation selon le périmètre brachial :

On parle de malnutrition aiguë globale si le périmètre brachial est inférieur à 125 mm.

Malnutrition aiguë est modérée si le périmètre brachial est compris entre 115 mm et 125 mm.

Malnutrition aiguë est sévère si le périmètre brachial est inférieur ou égal à 115 mm.

4.8 Méthodes de laboratoire

4.8.1 Culture microbiologique des échantillons d’eau et de nourriture
4.8.1.1 Aliquotages des échantillons

Les échantillons d’eau et de nourriture sont aliquotés dans un tube (Eppendorf) de 1,5mL et
conservés à dans le congélateur à -20 °C.

4.8.1.2 Filtration (Eau)

Les échantillons d’eau sont filtrés sur une membrane (0,45µM taille des pores, Cellulose Nitrate
Filter de diamètre 47MM) à l’aide d’un dispositif de filtration relié à une pompe qui aspire de
l’air pour faciliter le passage de l’eau à travers la membrane filtrante.

4.8.1.3 Broyage (Nourriture) :

Les échantillons de nourritures sont dilués avec de la solution tampon de Phosphate Buffer Salin
(PBS) à raison de 10g ou 10mL de nourriture dans 90mL de PBS (1X) et bien mélangés dans
un sac plastique de type Zip Lock (BioHazard).

4.8.1.4 Préparation des milieux de culture :

✓ E. coli brillance (OXOID) :

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Nous mettons 14.05g de la poudre de E. coli brillance dans 500mL d’eau distillée
avec un pH de 6,7 puis on chauffe jusqu’à ébullition.

✓ Eosine Bleu de Méthylène (EMB) BioMérieux :

Nous mettons 36g de la poudre dans 1000mL d’eau distillée, et après on autoclave
pendant 15mn à 120 °C

4.8.1.5 Mise en culture des échantillons

4.8.1.5.1 Echantillons d’eau

La membrane filtrante (SATRIUS) préalablement établie est placée sur le milieu de culture de
E. coli brillance dans la boîte de pétri. La boîte est ensuite mise en incubation à 37 °C pendant
24h, puis 48h et 72h.

4.8.1.5.2 Echantillons de nourritures

100µL du mélange de Phosphate Buffer Salin (PBS) et de nourriture est prélevé puis ensemencé
sur le milieu de culture E. coli brillance dans la boîte de pétri à l’aide d’un épandeur en forme
de L appelé L-Shape (fisherbrand). La boîte est ensuite mise en incubation à 37 °C pendant
24h, puis 48h et 72h.

NB : Pour confirmer les cas positifs sur le milieu E. coli brillance, on procède au repiquage sur
le milieu EMB puis incuber à 37 °C pendant 24h.

4.8.1.5.3 Lecture des boites de pétri après incubation

Les boîtes de pétri sont lues après 24h, 48h et 72h d’incubation à 37 °C.

Sur le milieu E. coli brillance les colonies se colorent en violet et les coliformes se colorent en
rose.

Sur le milieu EMB les colonies se colorent en vert métallique et les coliformes se colorent rose

4.8.2 PCR sur les échantillons de selles à la recherche des pathogènes

4.8.2.1 Aliquotage et conservation des échantillons

Les échantillons de selles sont aliquotés dans un tube de 1,5mL contenant la solution de PBS +
glycérol et conservés dans le congélateur à -80 °C et -20 °C.

4.8.2.2 Extraction de l’ADN/ARN

L’extraction a été faite par le kit d’extraction TOPTM Viral DNA/RNA.

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Nous avons pesé 1g de selle, mélangé dans 5mL de PBS, puis nous avons prélevé du mélange
200µL pour faire l’extraction.

Le but c’est d’extraire l’ADN/ARN à partir des échantillons de selles collectés pour permettre
l’analyse à la PCR.

Procédure d’extraction :

Avant utilisation, ajouter 96mL d’éthanol absolu (qualité moléculaire, 98-100%) au tampon de
lavage (WB)

Chaque réactif doit être mélangé à l’aide d’un vortex avant utilisation

1. Traitement des échantillons :

a. Transférer 200µL de VTM (Virus Transport Medium, Storage Buffer) dans un
microtube stérile de 1,5mL
b. Ajouter 300µL de bied binding (BB) et 20µL de Protéinase K. vortexer
c. Incuber à 56 °C pendant 20 minutes et vortexer 3 à 5 pendant l’incubation
d. Retirer l’embout de l’écouvillon et centrifuger brièvement et ajouter 300µL d’éthanol
absolu (une réaction de précipitation peut apparaitre à ce stade). Vortexer pendant 15
secondes et incuber à température ambiante pendant 5 minutes.
2. Transférer tout le contenu dans une colonne de centrifugation, centrifuger à 12000rpm
pendant 1 min et jeter le flux à travers.
3. Ajouter 500µL de WB. Centrifuger à 12000rpm pendant 1 min et jeter le flux à travers
4. Répéter l’étape 3 une fois
5. Centrifuger à 12000rpm pendant 1 min pour éliminer complètement l’éthanol résiduel
6. Placer la colonne de centrifugation dans un nouveau tube de 1,5mL sans RNase. Ajouter
20-50µL d’eau sans RNase au centre de la colonne et incuber à température ambiante
pendant 1min.
7. Centrifuger à 12000rpm pendant 1 min pour éluer l’ADN/ARN viral
8. Conserver l’ADN élué à -20 °C ou l’ARN à -70 °C

4.8.2.3 Polymerase Chain Reaction (PCR)

La PCR permet d’obtenir par réplication in vitro de multiples copies d’un fragment d’ADN à
partir d’un extrait. Elle repose sur une succession de variation température.

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Nous avons effectué la PCR multiplexe pour identifier les pathogènes à l’aide de l’ADN ou
ARN extrait dans les échantillons de selles. Les contrôles positifs de l’ADN ou ARN des
pathogènes ont été utilisés dans les tests PCR [58]. Les pathogènes recherchés étaient les
suivants :

Escherichia coli (ETEC, EPEC, EAEC) ; Campylobacter spp ; Giardia spp ; Entamoeba
histolytica ; Cryptosporidium spp ; Adénovirus spp ; Sapovirus spp ; Astrovirus spp ; et
Rotavirus spp.

Programme de la PCR :
Pour effectuer les transitions de température, les microtubes contenant le mélange réactionnel
(cf. tableau III) sont mis dans un appareil programmable appelé thermocycleur (MJResearch,
PTC 200).

94°C 3 minutes 1x

94°C 30 secondes

55°C-57°C-60°C 30 secondes 35x

68°C 45 secondes

68°C 3 minutes
1x
4°C ∞

Initialement dans l’étape 1), la dénaturation est faite à 94 °C pendant 3 minutes, puis a suivi la
dénaturation dans l’étape 2) à 94 °C pendant 30 secondes X 35 cycles. L’étape 3) était la phase
d’hybridation X 35 cycles qui a différé selon les pathogènes, d’où la variation de 55 °C, 57 °C
et 60 °C pendant 30 secondes. La phase d’élongation dans l’étape 4) s’est réalisée pendant 30
secondes à 68 °C X 35 cycles puis a suivi l’étape 5) de l’élongation finale à 68°C pendant 3
minutes. Les amplicons ont été conservés à 4 °C dans l’étape 6).

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Tableau III : Composition du mélange réactionnel de la réaction de PCR

Réactifs Mélange réactionnel en µL

H2O 1,75

Master Mix (dNTPs, Taq polymerase, MgCl2) 6,25

Amorce Forward 1,25

Amorce reverse 1,25
ADN/ARN 2
Total 12,5

Les dNTPs : dATP, dGTP, dCTP, dTTP

4.8.2.4 Lecture des résultats de PCR :

Les produits de PCR obtenus ont été séparés par électrophorèse sur gel d’agarose 2 % en
utilisant l’agent intercalent le bromure d’éthidium (BET) pour pouvoir visualiser les bandes
sous l’UV. L'interprétation des résultats est faite à l'aide d'un marqueur de taille (50pb pour les
pathotypes de Escherichia coli et Entamoeba histolytica et 100pb pour les autres pathogènes
étudiés) utilisé lors de la migration, qui nous permet de connaître la taille de la bande visualisée
après électrophorèse et donc d'identifier le gène par extrapolation. Voir annexe 4 pour quelques
cas positifs.

Etapes de l’électrophorèse sur gel d’agarose :

✓ Peser la quantité nécessaire d’agarose, y ajouter le tampon Tris Borate EDTA (TBE
0,5X), puis porter à ébullition (microonde) jusqu’à la dissolution de l’agarose.
✓ Ajouter l’agent intercalent (Bromure d’éthidium).
✓ Y couler sur le bac avec de la peigne en évitant la formation des bulles d’air et laisser
polymériser à température ambiante.
✓ Retirer délicatement le peigne du gel une fois que c’est solidifié.
✓ Mettre les produits PCR dans les puits qu’a formés le peigne.
✓ Placer le gel dans la cuve contenant du tampon TBE jusqu’à ce qu’il recouvre
complètement le gel.
✓ Fermer la cuve et la connecter au générateur à 120V pendant 30 min. Les ADN migrent
vers la cathode vue leur charge négative.
✓ Placer le gel sous UV afin de visualiser les différentes bandes d’ADN.

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✓ Les résultats positifs sont caractérisés par la présence de Bandes (la taille observée par
rapport à la taille attendue).

4.9 Collectes et analyses des données

La collecte des données a été faite par les tablettes, la saisie et l’analyse des données ont été
faites par les logiciels EXCEL, ENA for SMART et STATA. La rédaction du document a été
faite par Microsoft Word. Les proportions ont été utilisées pour décrire les variables. Aussi, les
tests de Khi-deux de Pearson et Exact de Fisher ont été utilisés pour mesurer l’association entre
les variables telles que la présence des pathogènes et les paramètres nutritionnels.

4.10 Ethique

Le protocole d’étude a été approuvé par le comité d’éthique de l’USTTB sous le numéro
2020/253/CE/FMOS/FAPH. Le consentement des parents était demandé avant l’inclusion de
l’enfant dans l’étude. Voir annexe 1 et 2.

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RESULTATS

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5. RESULTATS
5.1 Caractéristiques socio-démographiques

Notre analyse a porté sur 409 enfants (54,7%) provenant du milieu urbain et 338 enfants
(45,3%) du milieu rural.

Provenance des echantillons par milieu N = 747

Rural
Urbain 45%
55%

Figure 1 : Répartition des échantillons par zone d’étude

Tableau IV : Distribution des enfants selon la tranche d’âge et le sexe

Sexe
Age (mois) Masculin Féminin Total
n (%) n (%) n (%)
6-17 159 (50,3%) 157 (49,7%) 316 (42,3%)
18-29 183 (51,5%) 172 (48,5%) 355 (47,5%)
30-36 34 (44,7%) 42 (55,3%) 76 (10,2%)
Total 376 (50,3) 371 (49,7%) 747 (100%)

La tranche d’âge la plus représentée était de 18-29 mois soit 47,5% (n=355) avec une légère
prédominance du sexe masculin soit 50,3% (n=376).

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5.2 Résultats descriptifs

Un total de 24,9% (n=181) des enfants avaient fait la diarrhée en présence des enquêtrices dans
les ménages.

CAS DE DIARRH E E
Oui Non

546
181

EFFECTIF N=727

Figure 2 : Prévalence des cas de diarrhée

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Tableau V : Prévalence de la malnutrition aiguë selon l’indice poids-pour-taille en z-scores par

sexe

Malnutrition aiguë (Emaciation)-Poids-pour-Taille

Type Sexe Nombre de cas 95% IC
n (%)

Globale (< -2 z-score)

Féminin (N=367) 37 (10,1%) 7,4-13,6%
Masculin (N=374) 39 (10,4%) 7,7-13,9%

Modéré (< -2 z-score et >= -3 z-score)

Féminin (N=367) 32 (8,7%) 6,2-12,1%

Masculin (N=374) 30 (8,0%) 5,7-11,2%

Sévère (< -3 z-score)

Féminin (N=367) 5 (1,4%) 0,6-3,1%
Masculin (N=374) 9 (2,4%) 1,3-4,5%

Globalement, le sexe masculin était le plus touché par la malnutrition aiguë ou émaciation avec
une prévalence de 10,4% (n = 39) tandis que 10,1% (n = 37) des sujets de sexe féminin étaient
atteints.

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Tableau VI: Prévalence de la malnutrition chronique selon l’indice taille-pour-âge en z-scores,

par sexe

Malnutrition chronique (Retard de croissance)

Taille-pour-Age
Type Sexe Nombre de cas 95% IC
n (%)

Globale (< -2 z-score)

Féminin (N=368) 91 (24,7%) 20,6 - 29,4%
Masculin (N=376) 138 (36,7%) 32,0 - 41,7%

Modéré (< -2 z-score et >= -3 z-score)

Féminin (N=368) 73 (19,8%) 16,1 - 24,2%
Masculin (N=376) 99 (26,3%) 22,1 - 31,0%

Sévère (< -3 z-score)

Féminin (N=368) 18 (4,9%) 3,1 - 7,6%
Masculin (N=376) 39 (10,4%) 7,7 - 13,9%

De façon globale, le sexe masculin était le plus touché par la malnutrition chronique ou retard
de croissance avec une prévalence de 36,7% (n = 138) versus 24,7% (n = 91) des sujets de
sexe féminin.

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Tableau VII: Prévalence de l’insuffisance pondérale selon l’indice poids-pour-âge en z-scores,

par sexe

Malnutrition globale (Insuffisance pondérale)

Poids pour Age
Type Sexe Nombre de cas 95% IC
n (%)

Globale (< -2 z-score)

Féminin (N=369) 80 (21,7%) 17,8-26,2%

Masculin (N=374) 76 (20,3%) 16,6-24,7%

Modéré (< -2 z-score et >= -3 z-score)

Féminin (N=369) 70 (19%) 15,3-23,3%

Masculin (N=374) 54 (14,4%) 11,2-18,4%

Sévère (< -3 z-score)

Féminin (N=369) 10 (2,7%) 1,5-4,9%
Masculin (N=374) 22 (5,9%) 3,9-8,7%

Globalement, le sexe féminin était le plus touché par la malnutrition globale ou insuffisance
pondérale avec une prévalence de 21,7% (n = 80) tandis que 20,3% (n = 76) des sujets de sexe
masculin étaient atteints.

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Tableau VIII : Prévalence de la malnutrition aiguë selon le périmètre brachial par sexe

Malnutrition aiguë (Emaciation)-Périmètre Brachial

Type Sexe Nombre de cas 95% IC
n (%)

Globale (< 125 mm)

Féminin (N=370) 28 (7,6%) 5,3-10,7%
Masculin (N=372) 16 (4,3%) 2,6-6,8%

Modéré (< 125 mm et >= 115 mm)

Féminin (N=370) 26 (7%) 4,8-10,1%
Masculin (N=372) 13 (3,5%) 2,0-5,8%

Sévère (< 115 mm)

Féminin (N=370) 2 (0,5%) 0,1-1,9%
Masculin (N=372) 3 (0,8%) 0,3-2,3%

De façon globale, le sexe féminin était le plus touché par la malnutrition aiguë ou émaciation
selon le périmètre brachial avec une prévalence de 7,6% (n = 28) tandis que 4,3% (n = 16) des
sujets de sexe masculin étaient atteints.

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Tableau IX: Prévalence de la malnutrition aiguë selon l’indice poids-pour-taille en z-scores

par classe d’âge

Malnutrition aiguë (Emaciation)-Poids-pour-Taille

Type Age (en mois) Nombre de cas
n (%)

Globale (< -2 z-score)

06-17 mois (N=312) 32 (10,3%)
18-29 mois (N=353) 34 (9,6%)
30-36 mois (N=76) 8 (10,5%)

Modéré (< -2 z-score et >= -3 z-score)

06-17 mois (N=312) 26 (8,3%)
18-29 mois (N=353) 29 (8,2%)
30-36 mois (N=76) 5 (6,57%)

Sévère (< -3 z-score)

06-17 mois (N=312) 6 (1,9%)
18-29 mois (N=353) 5 (1,4%)
30-36 mois (N=76) 3 (3,9%)

La tranche d’âge la plus représentée de la malnutrition aiguë ou émaciation selon l’indice poids-
pour-taille était de 30-36 mois soit 10,5% (n=8).

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Tableau X: Prévalence de la malnutrition chronique selon l’indice taille-pour-âge en z-scores,

par classe d’âge

Malnutrition chronique (Retard de croissance) -Taille-pour-Age

Type
Age (en mois) Nombre de cas
n (%)

Globale (< -2 z-score)

06-17 (N=314) 101 (32,2%)
18-29 (N=354) 99 (28,0%)
30-36 (N=76) 23 (30,3%)

Modéré (< -2 z-score et >= -3 z-score)

06-17 (N=314) 73 (23,2%)
18-29 (N=354) 76 (21,5%)
30-36 (N=76) 19 (25,0%)

Sévère (< -3 z-score)

06-17 (N=314) 28 (8,9%)
18-29 (N=354) 23 (6,5%)
30-36 (N=76) 4 (5,3%)

La tranche d’âge qui était plus atteinte de la malnutrition chronique ou retard selon l’indice
taille-pour-âge de croissance était de 06-17 mois soit 32,2% (n=101).

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Tableau XI: Prévalence de l’insuffisance pondérale selon l’indice poids-pour-âge en z-scores,

par classe d’âge

Malnutrition globale (Insuffisance pondérale) -Poids pour Age

Type
Age (en mois) Nombre de cas
n (%)

Globale (< -2 z-score)

06-17 (N=314) 61 (19,4%)

18-29 (N=353) 76 (21,5%)

30-36 (N=76) 17 (22,4%)

Modéré (< -2 z-score et >= -3 z-score)

06-17 (N=314) 48 (15,3%)
18-29 (N=353) 63 (17,8%)
30-36 (N=76) 13 (17,1%)

Sévère (< -3 z-score)

06-17 (N=314) 13 (4,1%)
18-29 (N=353) 13 (3,7%)
30-36 (N=76) 4 (5,3%)

La tranche d’âge la plus représentée de la malnutrition globale ou insuffisance pondérale selon

l’indice poids-pour-âge était de 30-36 mois soit 22,4% (n=17).

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Tableau XII: Prévalence de la malnutrition aiguë selon le périmètre brachial par classe d’âge

Malnutrition aiguë (Emaciation)-Périmètre Brachial

Type Age (en mois) Nombre de cas

n (%)

Globale (< 125 mm)

6 à 17 (N=316) 27 (8,5%)
18 à 29 (N=354) 19 (5,4%)
30 à 36 (N=72) 8 (11,1%)

Modéré (< 125 mm et >= 115 mm)

6 à 17 (N=316) 21 (6,6%)
18 à 29 (N=354) 16 (4,5%)
30 à 36 (N=72) 8 (11,1%)

Sévère (< 115 mm)

6 à 17 (N=316) 6 (1,9%)
18 à 29 (N=354) 3 (0,8%)
30 à 36 (N=72) 0 (0,0%)

La tranche d’âge la plus atteinte de la malnutrition aiguë ou émaciation selon le périmètre

brachial était de 30-36 mois soit 11,1% (n=8).

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Tableau XIII : Prévalence des pathogènes étudiés

Pathogènes Présent Absent

n (%) n (%)
ETEC 61 (8,2%) 686 (91,8%)
EAEC 87 (11,6%) 660 (88,4%)
EPEC 109 (14,6%) 638 (85,4%)
Campylobacter 5 (0,7%) 742(99,3%)
Giardia 42 (5,6%) 705 (94,4%)
Cryptosporidium 15 (2%) 732 (98%)
E. histolitica 39 (5,2%) 708 (94,8%)
Adénovirus 108 (14,5%) 639 (85,5%)
Sapovirus 96 (12,8%) 651 (87,2%)
Rotavirus 103(13,8%) 644 (86,2%)
Astrovirus 29 (3,9%) 718 (96,1%)

Sur les 11 pathogènes recherchés dans notre étude, le pathogène le plus rencontré était le
pathogène EPEC soit 14,6% (n=109).

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5.3 Résultats analytiques

Tableau XIV : Pathogène ETEC associé à la défaillance nutritionnelle

ETEC
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 1 (1,7%) 31 (4,5%)
2,0705
Modérée (N=124) 13 (21,7%) 111 (16,3%)
(0,355)
Non (N=587) 46 (76,7%) 541 (79,2%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 7 (11,5%) 50 (7,3%)
2,6429
Modérée (N=172) 10 (16,4%) 162 (23,7%)
(0,267)
Non (N=515) 44 (72,1%) 471 (69%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=57) 14 (2,1%) 0 (0,0%)
2,0975
Modérée (N=172) 55 (8,1%) 7 (11,7%)
(0,350)
Non (N=515) 612 (89,8%) 53 (88,3%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 8 (1,2%) 1 (1,6%)
0,2809
Modérée (N=46) 43 (6,3%) 3 (5,0%)
(0,869)
Non (N=687) 630 (92,5%) 57 (93,4%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène ETEC et la survenue
de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO), l’émaciation
WHZ-WHO et l’Emaciation PB (p > 0,05).

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Tableau XV : Pathogène EAEC associé à la défaillance nutritionnelle

EAEC
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 28 (4,3%) 4 (4,7%)
0,1895
Modérée (N=124) 111 (16,9%) 13 (15,1%)
(0,910)
Non (N=587) 518 (78,8%) 69 (80,2%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 1 (1,2%) 56 (8,5%)
5,9293
Modérée (N=172) 20 (23,3%) 152 (23,1%)
(0,052)
Non (N=515) 65 (75,6%) 450 (68,4%)

Émaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 2 (2,4%) 12 (1,8%)
2,7816
Modérée (N=62) 11 (12,9%) 51 (7,8%)
(0,249)
Non (N=665) 72 (84,7%) 593 (90,4%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,4%)
Modérée (N=46) 11 (12,8%) 35 (5,3%) (0,029) *
Non (N=687) 75 (87,21%) 612 (3,3%)
* = test exact de Fisher

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène EAEC et la survenue
de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO) et l’émaciation
WHZ-WHO (p > 0,05). Toutefois, la présence du pathogène EAEC était associé au statut de
l’émaciation selon le périmètre brachial (p = 0,029).

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Tableau XVI : Pathogène EPEC associé à la défaillance nutritionnelle

EPEC
Type Présent Absent Chi2
Forme
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 4 (3,7%) 28 (4,4%)
0,2133
Modérée (N=124) 17 (15,7%) 107 (16,9%)
(0,899)
Non (N=587) 87 (80,6%) 500 (78,7%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 6 (5,5%) 51 (8,0%)
1,1433
Modérée (N=172) 28 (25,7%) 144 (22,7%)
(0,565)
Non (N=515) 75 (68,8%) 440 (69,3%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 2 (1,9%) 12 (1,9%)
0,0012
Modérée (N=62) 9 (8,3%) 53 (8,4%)
(0,999)
Non (N=665) 97 (89,8%) 568 (89,7%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 1 (0,9%) 8 (1,3%)
0,1023
Modérée (N=46) 7 (6,4%) 39 (6,2%)
(0,950)
Non (N=687) 101 (92,7%) 586 (92,6%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène EPEC et la survenue
de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO), l’émaciation
WHZ-WHO et l’Emaciation PB (p > 0,05).

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Tableau XVII : Pathogène Campylobacter spp associé à la défaillance nutritionnelle

Campylobacter spp
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 1 (20,0%) 31 (4,2%)
3,1416
Modérée (N=124) 1 (20,0%) 123 (16,7%)
(0,208)
Non (N=587) 3 (60,0%) 584 (79,1%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 2 (40,0%) 55 (7,4%)
9,2537
Modérée (N=172) 2 (40,0%) 170 (23,0%)
(0,010)
Non (N=515) 1 (20,0%) 514 (69,6%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 0 (0,0%) 14 (1,9%)
0,9625
Modérée (N=62) 1 (20,0%) 61 (8,3%)
(0,618)
Non (N=665) 4 (80,0%) 661 (89,8%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,2%)
1,6939
Modérée (N=46) 1 (20,0%) 45 (6,1%)
(0,429)
Non (N=687) 4 (80,0%) 683(92,7%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène Campylobacter spp et
la survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), l’émaciation selon le périmètre brachial
et l’émaciation WHZ-WHO (p > 0,05). Toutefois, la présence du pathogène Campylobacter
spp était associé au statut du retard de croissance (p = 0,010).

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Tableau XVIII : Pathogène Giardia spp associé à la défaillance nutritionnelle

Giardia spp
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 1 (2,4%) 31 (4,4%)
0,6431
Modérée (N=124) 6 (14,3%) 118 (16,8%)
(0,725)
Non (N=587) 35 (83,3%) 552 (78,7%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 4 (9,5%) 53 (7,5%)
1,1384
Modérée (N=172) 7 (16,7%) 165 (23,5%)
(0,566)
Non (N=515) 31 (73,8%) 484 (69,0%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 0 (0,0%) 14 (2,0%)
4,7105
Modérée (N=62) 7 (16,7%) 55 (7,9%)
(0,095)
Non (N=665) 35 (83,3%) 630 (90,1%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,3%)
1,7088
Modérée (N=46) 1 (2,4%) 45 (6,3%)
(0,426)
Non (N=687) 41 (97,6%) 646 (92,3%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène Giardia spp et la
survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO),
l’émaciation WHZ-WHO et l’Emaciation PB (p > 0,05).

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Tableau XIX : Pathogène Cryptosporidium spp associé à la défaillance nutritionnelle

Cryptosporidium spp
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 0 (0,0%) 32 (4,4%)
0,7618
Modérée (N=124) 3 (20,0%) 121 (16,6%)
(0,683)
Non (N=587) 12 (80,0%) 575 (79,0%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 2 (13,3%) 55 (7,5%)
1,3143
Modérée (N=172) 2 (13,3%) 170 (23,3%)
(0,518)
Non (N=515) 11 (73,3%) 504 (69,1%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 0 (0,0%) 14 (1,9%)
0,3641
Modérée (N=62) 1 (6,7%) 61 (8,4%)
(0,834)
Non (N=665) 14 (93,3%) 651 (89,7%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,2%)
1,2257
Modérée (N=46) 0 (0,0%) 46 (6,3%)
(0,542)
Non (N=687) 0 (0,0%) 672 (92,4%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène Cryptosporidium spp
et la survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO),
l’émaciation WHZ-WHO et l’Emaciation PB (p > 0,05).

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Tableau XX : Pathogène Entamoeba histolytica associé à la défaillance nutritionnelle

Entamoeba histolytica
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 1 (2,6%) 31 (4,4%)
0,6734
Modérée (N=124) 8 (20,5%) 116 (16,5%)
(0,714)
Non (N=587) 30 (76,9%) 557 (79,1%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 6 (15,4%) 51 (7,2%)
3,4811
Modérée (N=172) 8 (20,5%) 164 (23,3%)
(0,175)
Non (N=515) 25 (64,1%) 490 (69,5%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 0 (0,0%) 14 (2,0%)
1,4145
Modérée (N=62) 2 (5,1%) 60 (8,5%)
(0,493)
Non (N=665) 37 (94,9%) 628 (89,5%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,3%)
0,5987
Modérée (N=46) 2 (5,1%) 44 (6,3%)
(0,741)
Non (N=687) 37 (94,9%) 650 (92,5%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène E. histolytica et la

survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO),
l’émaciation WHZ-WHO et l’Emaciation PB (p > 0,05).

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Tableau XXI : Pathogène Adénovirus associé à la défaillance nutritionnelle

Adénovirus
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 7 (6,5%) 25 (3,9%)
1,4617
Modérée (N=124) 18 (16,7%) 106 (16,7%)
(0,482)
Non (N=587) 83 (76,8%) 504 (79,4%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 5 (4,7%) 52 (8,2%)
1,9831
Modérée (N=172) 23 (21,5%) 149 (23,4%)
(0,371)
Non (N=515) 79 (73,8%) 436 (68,4%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 5 (4,7%) 9 (1,4%)
6,7828
Modérée (N=62) 12 (11,2%) 50 (7,9%)
(0,034)
Non (N=665) 90 (84,1%) 575 (90,7%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 2 (1,9%) 7 (1,1%)
1,6779
Modérée (N=46) 4 (3,8%) 42 (6,6%)
(0,432)
Non (N=687) 100 (94,4%) 587 (92,3%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène Adénovirus et la

survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO) et
l’émaciation selon le périmètre brachial (p > 0,05). Toutefois, la présence du pathogène
Adénovirus était associé au statut de l’émaciation WHZ-WHO (p = 0,034).

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Tableau XXII : Pathogène Sapovirus associé à la défaillance nutritionnelle

Sapovirus
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 3 (3,2%) 29 (4,5%)
0,6837
Modérée (N=124) 18 (19,0%) 106 (16,4%)
(0,710)
Non (N=587) 74 (77,9%) 513 (79,2%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 10 (10,4%) 47 (7,2%)
3,2943
Modérée (N=172) 16 (16,7%) 156 (24,1%)
(0,193)
Non (N=515) 70 (72,9%) 445 (68,7%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 1 (1,1%) 13 (2,0%)
0,0322
Modérée (N=62) 10 (10,5%) 52 (8,0%)
(0,597)
Non (N=665) 84 (88,4%) 581 (90,0%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,4%)
6,6115
Modérée (N=46) 11 (11,6%) 35 (5,4%)
(0,037)
Non (N=687) 84 (88,4%) 603 (93,2%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène Sapovirus et la

survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO) et
l’émaciation WHZ-WHO (p > 0,05). Toutefois, la présence du pathogène Sapovirus était
associé au statut de l’émaciation selon le périmètre brachial (p = 0,037).

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Tableau XXIII : Pathogène Rotavirus associé à la défaillance nutritionnelle

Rotavirus
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 3 (3,9%) 28 (4,4%)
0,1107
Modérée (N=124) 18 (17,7%) 106 (16,5%)
(0,946)
Non (N=587) 80 (78,4%) 507 (79,1%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 7 (6,8 %) 50 (7,8%)
1,4488
Modérée (N=172) 28 (27,2%0 144 (22,5%)
(0,563)
Non (N=515) 68 (66,0%) 447 (69,7%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 2 (2,0%) 12 (1,9%)
0,3250
Modérée (N=62) 10 (9,8%) 52 (8,1%)
(0,850)
Non (N=665) 90 (88,2%) 575 (90,0%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,4%)
4,0802
Modérée (N=46) 10 (9,9%) 36 (5,6%)
(0,130)
Non (N=687) 91 (90,1%) 596 (93,0%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène Rotavirus et la

survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO),
l’émaciation WHZ-WHO et l’Emaciation PB (p > 0,05).

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Tableau XXIV : Pathogène Astrovirus associé à la défaillance nutritionnelle

Astrovirus
Type Présent Absent Chi2
n (%) n (%) (p-value)

Insuffisance Pondérale WAZ-WHO

Sévère (N=32) 1 (3,5%) 31 (4,3%)
0,0575
Modérée (N=124) 5 (17,2%) 119 (16,7%)
(0,972)
Non (N=587) 23 (79,3) 564 (79,0%)

Retard de croissance HAZ-WHO

Sévère (N=57) 2 (6,9%) 55 (7,7%)
0,6662
Modérée (N=172) 5 (17,2%) 167 (23,4%)
(0,717)
Non (N=515) 22 (75,9%) 493 (68,9%)

Emaciation WHZ-WHO
Sévère (N=14) 1 (3,5%) 13 (1,8%)
1,2989
Modérée (N=62) 1 (3,5%) 61 (8,6%)
(0,522)
Non (N=665) 27 (93,1%) 638 (89,6%)

Emaciation PB
Sévère (N=9) 0 (0,0%) 9 (1,3%)
0,3949
Modérée (N=46) 2 (7,1%) 44 (6,2%)
(0,821)
Non (N=687) 26 (92,9%) 661 (92,2%)

Nous n’avons trouvé aucune association entre la présence du pathogène Astrovirus et la

survenue de l’insuffisance pondérale (WAZ-WHO), le retard de croissance (HAZ-WHO),
l’émaciation WHZ-WHO et l’Emaciation PB (p > 0,05).

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Tableau XXV : Pathogènes impliqués dans la survenue des cas de diarrhée

Pathogènes présents
Oui Non
Pathogènes n (%) n (%) Chi2 (p-value)
ETEC 16 (27,1%) 165 (24,7%) 0,1695 (0,681)
EAEC 24 (28,6%) 157 (24,4%) 0,6858 (0,408)
EPEC 24 (22,2%) 157 (25,4%) 0,4853 (0,486)
Campylobacter spp 1 (33,3%) 180 (24,9%) 0,1147 (0,735)
Giardia spp 8 (20,0%) 173 (25,2%) 0,5428 (0,461)
Cryptosporidium spp 1 (6,7%) 180(25,3%) 2,7222 (0,099)
E. histolitica 8 (21,6%) 173 (25,1%) 0,2236 (0,636)
Adénovirus 24 (23,1%) 157 (25,2%) 0,2150 (0,6430
Sapovirus 17 (18,1%) 164 (25,9%) 2,6790 (0,102)
Rotavirus 16 (15,7%) 165 (26,4%) 5, 3830 (0,020)
Astrovirus 3 (10,3%) 178 (25,5%) 3,4207 (0,064)

Nous avons trouvé une association entre la présence du pathogène Rotavirus et la survenue de
la diarrhée dans notre étude (p=0,020).

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COMMENTAIRES
ET
DISCUSSION

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6. COMMENTAIRES ET DISCUSSION

Notre étude a porté sur 120 communautés (120 grappes) rurales et urbaines dont un minimum
de 27 couples mère-enfants dans chaque groupe. Puis nous avons effectué une randomisation
dans les deux zones pour sélectionner 60 groupes ruraux et 60 groupes urbains. Les échantillons
de selles ont été collectés chez tous les enfants inclus dans l’étude excepté les enfants qui n’ont
pas émis de selles lors du passage de l’équipe du terrain. Les zones urbaines (Bamako et
alentours) et les zones rurales (cercle de Kignan, cercle Dioïla et cercle de Barouéli) ont servi
de lieu pour l’enrôlement des échantillons. Et le LBMA a servi de lieu pour l’identification des
pathogènes. Nous avons enrôlé 747 enfants âgés de 6 à 36 mois chez qui des prélèvements de
selles ont été effectués sur des critères bien définis selon les types d’échantillons de nourriture
et d’eau choisis pour la culture.

Selon les caractéristiques socio-démographiques, nous avons observé dans notre étude un sex
ratio de 1,01 en faveur du sexe masculin. Cet équilibre dans le sex ratio s’explique par le fait
qu’il s’agissait d’une étude à type d’essai clinique et aussi le respect des critères d’inclusion et
de non-inclusion. Cette valeur est proche de celle de l’étude menée par Mohamed KONE en
2021 portant sur l’évaluation du statut nutritionnel chez les enfants de 0 à 59 mois dans le CSRéf
de Nianfouké dont le sex ratio était de 1,03 [7]. Par contre notre résultat était inférieur à celui
de Adama FOMBA en terme de sexe qui avait trouvé soit un sex ratio de 2 en faveur des
femmes au CHU Gabriel TOURE en 2021 [59].Cependant nos valeurs étaient inférieures à
celles rapportées par Camara et al., (2021) en Guinée Conakry qui ont trouvé un sex ratio de
1,19 toujours en faveur du sexe masculin dans une étude portant sur la malnutrition aigüe sévère
avec ses complications chez les enfants de 0 à 59 Mois [60]. En revanche, la même étude nous
a rapporté que la plupart des enfants résidaient en zones rurales alors que la plupart des enfants
résidaient en zones urbaines dans notre étude [60]. Cela serait dû à la méthode de sélection
aléatoire stratifiée que nous avons utilisée. Dans notre étude, l’âge moyen était de 19 mois
±7,34 et la tranche d’âge la plus représentée était de 18 à 29 mois ; par contre Camara et al.,
(2021) rapportent dans leur étude que l’âge moyen était de 17,76 ±13,08 et la tranche d’âge la
plus représentée était de 6 à 23 mois. Cela pourrait s’expliquer par la différence de méthode
utilisée et la taille d’échantillon.

L’état nutritionnel des enfants était préoccupant par rapport au seuil de l’OMS (entre 10% et
14%) pour l’émaciation et critique ( >=15%) pour le retard de croissance et l’insuffisance
pondérale [11].

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En effet, dans notre étude nous avons observé que 10,3% souffraient de la malnutrition aiguë
ou émaciation dont 1,9% de formes sévères. Ce taux est préoccupant comparé au seuil de
l’OMS. Cette fréquence est inférieure à celle observée au niveau national soit 10,8% dont 2,1%
de formes sévères en 2022 selon l’enquête menée par SMART [11]. Dans une autre étude
similaire menée par Mohamed KONE en 2021 à Nianfouké la prévalence observée était de
17,5% [7], toujours critique selon le seuil de l’OMS mais supérieure à la nôtre. Ces prévalences
reflètent une situation alarmante vis à vis de l’état nutritionnel des enfants. Le sexe masculin
était légèrement touché par l’émaciation par rapport au sexe féminin soit 10,4% contre 10,1%.
La tranche d’âge la plus atteinte était de 18 à 29 mois avec une prévalence de 9,6%. Cette
atteinte qui diffère d’une tranche d’âge à l’autre pourrait s’expliquer par la transition de l’enfant
d’une étape à une autre dans sa vie qui a pour conséquences entre autres, le sevrage de
l’allaitement maternel et l’autonomisation de l’enfant en termes de nourritures.
Selon le périmètre brachial, nous avons observé 5,9% de l’émaciation dont 0,7% de formes
sévères, comparé à celui du niveau national qui était de 2,9 % avec 0,6% de formes sévères
dans le rapport SMART 2022 [11], le nôtre était plus élevé. L’émaciation selon les mesures du
périmètre brachial reflète le plus souvent le risque de survenue de décès [61], ce qui nécessite
une prise en charge de ces enfants qui représentaient 5,9% de notre cohorte.

Quant à la malnutrition chronique ou retard de croissance, elle était de 30,8% dont 7,7% de
formes sévères et au niveau national elle était chiffrée à 21,9% dont 6,8% de formes sévères en
2022 selon l’enquête SMART, ce qui est inférieur à notre résultat [11]. Le sexe masculin était
le plus affecté soit 36,7% contre 24,7% et la tranche d’âge qui souffraient le plus était celle de
6 à 17 mois. Cela pourrait être dû à l’allaitement inadapté et les aliments pauvres en micro
nutriments dans notre contexte [62].

En ce qui concerne la malnutrition globale ou insuffisance pondérale, nous avons observé dans
notre étude que 21% des enfants en souffraient dont 4,3% de formes sévères. Ce taux est critique
comparé au seuil de 15% fixés par l’OMS. Cette prévalence est légèrement supérieure à celle
observée au niveau national soit 18,6% dont 4,0% de formes sévères selon SMART en 2022
[11]. Le sexe féminin (21,7%) étaient plus atteints que du sexe masculin (20,3%).

La tranche d’âge qui souffrait plus était celle de 18 à 29 mois. Ceci pourrait s’expliquer par le
fait que les enfants de cette tranche d’âge peuvent manquer d’accès à une alimentation de qualité
suffisante suite au sevrage précoce et à un manque de suivi de ces enfants.

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Au cours de cette étude, nous nous sommes intéressés à des pathogènes (sérotypes d’E. coli,
Campylobacter spp) pouvant être de bon indicateurs pour l’évaluation du statut malade ou non
malade [37–39] de ces enfants. Dans notre étude, 14,6% des enfants étaient positifs au sérotype
EPEC, 11,6% de EAEC et 8,2% de ETEC d’E. coli. Ces prévalences des pathotypes d’E. coli
relativement élevées peuvent s’expliquer par un niveau élevé de manque d’hygiène mais aussi
par le niveau d’immunité des enfants [12,35,37]. Contrairement aux grands enfants et les
adultes, les enfants de moins 36 mois ont une immunité dont la mémoire est pauvre en termes
de pathogènes circulants dans ces localités, et cela a pour conséquence l’hébergement par les
enfants de ces pathogènes surtout pour les cas de primo-infections [21,63].

La présence du sérotype EAEC a été retrouvée associée à la survenue de l’émaciation selon le

périmètre brachial chez les enfants. Une étude menée par Das et al., (2022) sur l’association
entre les variantes d’E. coli et la malnutrition a rapporté la présence du sérotype EAEC associé
à la survenue de l’émaciation [64]. Des relations similaires ont été prédites par Das et al., (2021)
sur l’association de EAEC avec l’inflammation entérique et la croissance chez l’enfant [65].
Ceci pourrait s’expliquer par la diversité en terme du contenu génétique du sérotype EAEC et
sa pathogénicité dans la présente étude [66,67].

Campylobacter spp était significativement associé à la survenue du retard de croissance chez

les enfants. Une association significative de la géophagie au retard de croissance a été aussi
observée par George et al., (2015) à Bangladesh dans l’étude de la géophagie associée à
l'entéropathie environnementale et au retard de croissance chez les enfants [13]. Et dans une autre
étude similaire Platts-Mills et al., (2017) à Bangladesh, ont rapporté que la présence de
Campylobacter spp était associée à la malnutrition [68]. Cela pourrait s’expliquer par la
virulence de Campylobacter spp et son habitation.

La présence du pathogène Adénovirus était significativement associé à la survenue de

l’émaciation selon l’indice poids-pour-taille chez les enfants dans notre étude. A l’inverse,
Hanieh et al., (2021) dans leur étude qui portait sur l’infection par les pathogènes entériques et
la conséquence sur la croissance des jeunes enfants en Australie, ont rapporté qu’il n’y a pas
d’association entre les infections entériques virales et la survenues du retard de croissance [69].
A cela nous pourrions conclure que cette discordance peut s’expliquer par le fait que dans notre
étude nous avons traité un cas particulier et une partie de notre étude s’est déroulée pendant la
saison sèche [70].

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La présence du pathogène Sapovirus était significativement associée à la survenue de

l’émaciation selon le périmètre brachial chez les enfants. Inversement dans l’étude que Mondal
et al., (2012) ont mené sur la contribution de la malnutrition maternelle à la malnutrition
infantile à Bangladesh, il n’y a pas eu d’association entre la survenue de la malnutrition et la
présence des pathogènes entériques viraux [71]. On expliquerait ceci par l’insuffisance
d’hygiène des mères nourricières dans notre contexte. Il faut noter qu’il y a peu d’étude
épidémiologique et l’impact de l’infection à Sapovirus. En conséquence cette association dans
notre étude pourrait être une question de compréhension du fardeau de la maladie à Sapovirus
pour la mise en œuvre des initiatives de santé publique [72,73].

Nous n’avons trouvé aucune association entre les pathogènes étudiés et la survenu de
l’insuffisance pondérale.

Dans notre étude, la présence de Rotavirus était significativement impliquée à la survenue des
cas de diarrhée. Nakawesi et al., (2010) ont aussi démontré dans une étude menée en Ouganda,
l’implication significative de la présence de Rotavirus à la survenue des cas de diarrhée [74].
Selon Sangaji et al., (2015), la diarrhée à Rotavirus entraîne plus une déshydratation aiguë
sévère que les autres micro-organisme sur l’étude épidémio-clinique des cas de diarrhées à
Rotavirus chez les nourrissons en République Démocratique de Congo [75]. Cela pourrait
s’expliquer par le fait que le rotavirus est plus virulent pendant les saisons sèche et fraîche que
les autres pathogènes étudiés et la majorité de notre étude a été menée pendant ces périodes
[76,77].

Au cours de notre étude nous avons été confrontés à certains problème comme le consentement
des participants et le renseignement dans certains cas tel que l’âge exact des enfants et à cela
s’ajoute la complication de la collecte des échantillons de selles dans la mesure où l’enfant
n’avait pas envie de faire de selles.

L’information était souvent mal passée par les chargés de communication.

Parmi les pathogènes identifiés, nous n’avons pas pu spécifier les génotypes ce qui est une
perspective dans notre étude.

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CONCLUSION

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7. CONCLUSION

Cette étude nous a permis de mettre en évidence l’association des pathogènes entériques avec
les défaillances des paramètres nutritionnels. D’abord, nous avons fait un point sur la
prévalence des types de malnutrition, la diarrhée associée aux infections entériques. Ainsi nous
avons trouvé que la malnutrition chronique ou retard de croissance représentait le plus soit
36,7%, la diarrhée avait pour prévalence 24,9% avec EPEC comme pathogène le plus dominant
soit 14,6% et Rotavirus étant associé à la survenue des cas de diarrhée. Les pathogènes EAEC,
Campylobacter spp, Adénovirus, Sapovirus étaient associés à la baisse des paramètres
nutritionnels. Une meilleure prise en charge devrait se baser sur l’éducation des parents sur la
sécurité alimentaire et la mise en place des unités spécialisées contre la malnutrition. Il serait
aussi judicieux de faire d’autre investigations sur la relation entre les entéropathogènes et la
malnutrition.

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RECOMMANDATIONS

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8. RECOMMANDATIONS

Au terme de cette étude nous avons formulé quelques recommandations adressées :

Aux autorités sanitaires et administratives :

Etendre le système de surveillance des enfants malnutris et améliorer leur prise en charge ;

Sensibiliser la population sur les bonnes pratiques d’alimentation des enfants, la prévention de
la diarrhée des enfants.

Au LBMA :

Renforcer le rayon de froid pour mieux conserver les échantillons destinés à être utilisés dans
d’autres études.

A la population :

Surveiller l’alimentation des enfants et leur hygiène ;

Amener les enfants en cas de suspicion d’une des infections diarrhéiques et malnutrition dans
un centre de santé le plus proche.

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REFERENCES

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ANNEXES

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10. ANNEXES

Annexe 1 : Fiche d’information et consentement des mères

Numéro d’approbation du comité d’éthique : 2020/253/CE/FMOS/FAPH

Titre de l’étude : Essai randomisé en grappes d’une méthode hybride de mise en œuvre
efficace d’une intervention de changement de comportements pour la promotion de la sécurité
sanitaire des aliments de sevrage au niveau communautaire au Mali.

Parrains : Université des Sciences Techniques et des Technologies de Bamako, University of

Birmingham

Qu’est-ce que le consentement éclairé ?

Vous êtes invités à participer à une étude de recherche. Participer à une étude n’est pas la même
chose que recevoir les soins médicaux. L’objectif des soins médicaux est d’améliorer la santé.
L’objectif d’une étude de recherche est de recueillir des informations pour aider à améliorer la
santé d’autrui, et vous ou votre famille pouvez également en bénéficier. Mais vous avez le choix
d’y participer ou non.

Avant de vous décider, vous devez comprendre toutes les informations sur cette étude et ce
qu’elle impliquera. Veuillez prendre le temps de lire les informations suivantes ou de les faire
expliquer dans votre langue. Ecoutez attentivement et n’hésitez pas à demander s’il y a quelque
chose que vous ne comprenez pas. Demandez qu’il vous soit expliqué jusqu’à ce que vous soyez
satisfait. Vous souhaiterez peut-être également consulter des membres de votre famille ou
d’autres personnes avant de décider de participer à l’étude.

Si vous décidez de participer à l’étude, vous devrez signer ou poser votre empreinte digitale sur
un formulaire de consentement indiquant que vous acceptez de participer à l’étude.

Pourquoi cette étude est-elle menée ?

Cette a pour but de vous aider à comprendre comment les enfants de 6 à 36 mois et leurs mères
passent leur journée dans les zones rurales et urbaines du Mali. Cette information aidera le
gouvernement et ceux qui fournissent des services à fournir de meilleurs services de santé et
sociaux aux communautés comme la vôtre. Nous nous intéressons aux mères et aux enfants
âgés de 6 à 36 mois car les activités de la mère sont importantes pour toute la famille et la santé
des enfants à ce stade peut influencer le reste de leur vie.

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Qu’est-ce qui se passera si vous acceptiez de participer à cette étude ? (Qu’est-ce que cette
étude implique pour vous ?)

Nous nous intéressons aux activités que vous meniez pendant la journée, à la santé et aux
antécédents du bébé, de la mère et de la famille. Pour cette étude, je (enquêteur) resterai avec
vous (mère/autre soignant) du matin à votre réveil jusqu’après le déjeuner (enquêteur demande
l’heure de réveil et écris ici---am). Pendant ce temps, je vais faire ce qui suit et prendre quelques
notes sur mon appareil/tablette ou sur papier :

• Vous regardez faire votre travail quotidien ;

• Regarder les activités du bébé ;
• Poser des questions sur votre travail quotidien à la maison la santé de votre bébé, vous
(mère) et votre famille ;
• Mesurer la taille, le poids, et la circonférence du bras de votre enfant ;
• Prélever un petit échantillon de nourriture (1 cuillère à soupe) et de l’eau pour les tester ;
• Prélever un échantillon des selles de votre bébé pour analyser ;

Aussi après votre consentement ce soir, j’aurai, si vous permettez, quelques questions générales
sur votre famille et votre vie en général.

Que fera-t-on des informations que nous collectons ?

Toutes les collectées seront traitées de manière confidentielle et ne seront pas utilisées à d’autres
fins que la recherche. Nous créerons des codes pour chacune des communautés par village et
famille afin que votre nom et le nom de votre village n’apparaissent pas dans nos archives. Ces
informations seront conservées en lieu sûr afin que seul le personnel de recherche puisse les
voir. Il se pourrait que nous soyons amenés à partager les données plus tard afin de pouvoir
examiner d’autres choses, mais si nous le faisions, nous supprimerions toute information
d’identification.

Quels inconvénients il y a-t-il à participer à cette étude ? (A quels dommages ou inconfort

pouvez-vous vous attendre dans l’étude ?)

Il n’y a pas de mal ou d’inconfort associé à cette étude. Je resterai seulement avec vous toute la
journée. Je (enquêteur) apporterai tout ce dont j’aurais besoin (mon propre déjeuner / nourriture)
pour ne pas vous gêner. Nous ne voudrions pas que vous traitiez comme un invité mais que
vous ignoriez autant que possible ma présence chez vous. Nous voudrions que vous meniez vos
activités quotidiennes de façon habituelle.
Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie
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Quels bénéfices vous pouvez attendre de l’étude ? Serez-vous rémunéré pour votre
participation à l’étude ?

Les résultats de l’étude pourraient aider le gouvernement à améliorer les services sanitaires et
sociaux au Mali. Cela signifie que vous et votre famille en bénéficierez également à long terme.

Pour vous remercier de votre temps et compenser la petite quantité de nourriture que nous
prenons, vous recevrez un petit pot en cadeau.

Que se passe-t-il si vous refusez de participer à l’étude ou changer d’avis plus tard ?

Vous êtes libre de participer ou non à l’étude et rien d’autre ne se passera. Vous avez également
le droit de demander la suppression de vos données jusqu’à une semaine après ma visite à votre
domicile, pendant que nous pouvons encore supprimer vos données de nos archives, sans
donner de raison pour cela. Si vous décidez de retirer vos données au cours de l’étude, nous ne
traiterons pas les informations collectées auprès de vous et ces informations seront supprimées
de nos dossiers.

Qui devez-vous contacter si vous avez des questions ?

Si vous avez des questions ou des préoccupations, vous pouvez contactez 76 32 96 04 ou 79 03

57 04 et vous pouvez toujours appeler les numéros personnels des membres de l’équipe de
recherche qui vous ont été donnés. N’hésitez pas à poser toute question que vous pourriez avoir
sur l’étude.

Qui a examiné cette étude ?

Cette étude a été examinée et approuvée par le Comité d’éthique de la Faculté de Médecine et
d’Odonto-Stomatologie de l’USTTB du Mali et le Comité d’éthique de l’Université de
Birmingham, qui se compose de scientifiques et de personnes ordinaires pour s’assurer que
l’étude protège vos droits et votre bien-être.

Annexe 2 : Formulaire de consentement pour les mères participantes :

Déclaration de traitement équitable

Ces informations sont collectées dans le cadre d’un projet de recherche sur la santé des enfants
au Mali par l’Institut de Recherche Appliquée en Santé de l’Université de Birmingham, en
collaboration avec l’Université des Sciences, Techniques et Technologie de Bamako. Les
informations que vous fournissez et celles qui peuvent être colletées dans le cadre du projet de

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recherche seront saisies dans un fichier ou une base de données et ne seront accessibles qu’au
personnel autorisé impliqué dans le projet. Les informations seront conservées par l’Université
de Birmingham et ne seront utilisées qu’à des fins de recherche et à des fins statistiques et
d’audit. En fournissant ces informations vous consentez à ce que l’université stocke vos
informations aux fins indiquées ci-dessus. Les informations seront traitées par l’université de
Birmingham conformément aux dispositions de la loi de 1998 sur la protection des données.
Aucune donnée personnelle identifiable ne sera publiée.

Déclaration d’accord/consentement

• Je confirme avoir lu et compris la notice d’information du participant pour cette étude. J’ai
eu l’occasion de poser des questions si nécessaires et j’ai obtenu des réponses satisfaisantes.
• Je comprends que ma participation est volontaire et que je suis libre de me retirer à tout
moment sans donner de raison. Si je retire mes données seront supprimées de l’étude et
seront détruites.
• Je comprends que mes données personnelles seront traitées aux fins détaillées ci-dessus,
conformément à la loi de 1998 sur la protection des données

Nom, signature et date :

Nom du participant :

Signature ou empreinte du pouce gauche du participant Date

Nom du chercheur/personne ayant obtenu le consentement Date

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Annexe 3 : Matériels utilisés

Matériels de prélèvement :
1. Flacon en verre de 20mL
2. Abaisse-langue
3. Cuillère
4. Gants
5. Sachets Zip lock
6. Petit sac à déchets à risque biologique et porte-sac

Matériels de technique :

1. Hotte à flux (Telstar)

2. Pipettes (GILSON)
3. Centrifugeuse (Eppendorf)
4. Tubes de 1,5mL
5. Plaque PCR 96 puits (VWR, 0,1mL)
6. Joint de plaque de recouvrement pour plaque PCR (film adhésif)
7. Kimwipes (Sopalin)
8. Chambre PCR avec lumière UV (Hotte)
9. Petit sac à déchets à risque biologique et porte-sac
10. Cuve (Biorad)
11. Erlenmeyer (fisherbrand)
12. Thermocycleur (MJResearch, PTC200)
13. Bac
14. Vortex
15. Dispositif de filtration

Autres matériels :

1. Glacière
2. Ace-bac
3. Marqueur Sharpie
4. Microonde (Sharp)
5. Générateur (Biorad)

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Réactifs utilisés :

1. E. coli Briance
2. Eosine Bleu de Méthylène
3. Ethanol absolu (96-100%)
4. Tampon de lavage
5. H2O
6. Solution de lyse (Protéinase K)
7. dNTPs, Taq polymérase, MgCl2
8. Amorces
9. ADN/ARN
10. Tris borate EDTA (TBE)
11. Agarose (Thermo Scientific)
12. Bromure d’éthidium (BET)
13. Marqueur de taille

Matériels de mesure anthropométrique :

1. Balance
2. Toises
3. Ruban (Bande Shakir)

Annexe 4 : Image de quelques gels de la PCR

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ETEC

Figure 3 : Gel de la PCR multiplexe (ETEC, EAEC) positif à ETEC

EAEC

ETEC

Figure 4 : Gel de la PCR multiplexe (ETEC, EAEC) positif à ETEC et EAEC

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EPEC

Figure 5 : Gel de la PCR multiplexe (ETEC, EPEC) positif à EPEC

Annexe 5 : Liste des localités de la zone d’étude

Milieu Localités
Rural Kignan Central Tiebe
Rural Sanazana Nogolasso
Rural Kabarasso Wassala
Rural Dogoni Diomatene
Rural Dogoni Nagnan
Rural Dogoni Wakoro
Rural Daoula Sonzana
Rural Seyna Niamazana
Rural Sanzana Guetela
Rural Moambougou
Rural Marobougou
Rural Ousmane Were
Rural Soumbou Bamanan
Rural Tamani Konniwere
Rural Tamani
Rural Kenie Sofa
Rural Nerekoroko
Rural Fassonkowere
Rural Welingara
Rural Diawarala
Rural Nougoula
Rural N’dila
Rural Bayabougou
Rural Sianko

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Rural Djongowere
Rural M’perdiola
Rural Kourale
Rural M’pebougou
Rural Sanando Kango
Rural Djofrongo Konniwere
Rural Koyan
Rural Fiero Santola
Rural N’tombougou
Rural Tesserila
Rural N’golobougou Djeguela
Rural Degnekoro
Rural Kilidougou Kacouma
Rural N’golobougou Moke
Rural Kle
Rural Seribila Djougouna
Rural Senou Digabougou
Rural Kouantou
Rural N’golobougou Kani
Rural Bamanan Bouraba
Rural Keme Senou
Rural Zana N’tobougou
Rural Sirakoro
Rural Seribila
Rural Djenekaba Niantjila
Rural Zana Niantjila
Rural Kleminen Massigui
Rural Falla Massigui
Rural Dagnekoro Fissaba
Rural Lafiala Massigui
Rural Bougoula Massigui
Rural Blendio
Rural Koba
Rural Zana Bole
Rural Klacouma
Urbain Sabalibougou Sous-Secteur 3
Urbain Niamakoro Koko Secteur 2
Urbain Sabalibougou Secteur 3
Urbain Niamakoro Chiebougouni
Urbain Sabalibougou Secteur 1
Urbain Niamakoro Dougoukoro
Urbain Niamakoro Koko Dg
Urbain Dianguela
Urbain Paradjicoroni Abdoulayebougou
Urbain Faladie Sokoro

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Urbain Koulouba Secteur 11

Urbain Missabougou Ancien Tissu
Urbain Point G
Urbain Senou Medine 1
Urbain Senou Medine 3
Urbain Senou Heremakono Tiagodo
Urbain Senou Sabalibougou
Urbain Senou Sibiribabougou 1
Urbain Sokorodji Secteur 1
Urbain N'tominikororobougou
Urbain Yirimadio Bakorobabougou
Urbain Yirimadio Csk
Urbain Yirimadio Pharmacie
Urbain Magnabougou Boutiquinifolo
Urbain Daoudabougou Secteur 1
Urbain Bacodjicoroni Sokoro
Urbain Bacodjicoroni Heremakono
Urbain Daoudabougou Secteur 5
Urbain Senou Dougoukoro
Urbain Bacodjicoroni Sokoura
Urbain Korofina Sud Babillabougou
Urbain Korofina Nord Secteur 3
Urbain Kalabambougou
Urbain Korofina Nord Secteur 1
Urbain Boulkassoumbougou Bobobougou
Urbain N'gomi
Urbain Banconi Diaguinebougou Est
Urbain Banconi Wereda
Urbain Lafiabougou Secteur 5
Urbain Darsalam
Urbain Paradjicoroni Djenekabougou
Urbain TSF
Urbain Sebenikoro Secteur 1
Urbain Sebenikoro Secteur 2
Urbain Sebenikoro Secteur 7
Urbain Lafiabougou Secteur 2
Urbain Sebenikoro Secteur 3
Urbain Sebenikoro Sibiribougou
Urbain Sikoroni Bamon
Urbain Sikoroni Faranida
Urbain Sikoroni Plateau
Urbain Niomiyirambougou
Urbain Konebougou
Urbain Sikoroni Sourakabougou
Urbain Sirakoro Douging

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Urbain Sotuba Village

Urbain Banconi Somontou
Urbain Hippodrome
Urbain Yirimadio Carrefour Wara

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RESUME

FICHE SIGNALETIQUE
Nom : TRAORE Ville de soutenance : Bamako
Lieu de dépôt : Bibliothèque de la
Prénom : Idrissa
Faculté de Pharmacie
Nationalité : Malienne Email : [email protected]
Section : Pharmacie Téléphone : (+223) 91 53 72 20
Titre de la thèse : Infections Secteur d'intérêt : Pharmacologie,
entéropathogènes associées à la baisse des Biologie moléculaire, Santé Publique
paramètres nutritionnels chez les enfants Année : 2022-2023

De nos jours, les maladies diarrhéiques constituent un problème de santé publique dans le
monde, notamment dans les pays à faibles revenu ; elles touchent en particulier les enfants de
moins de 5 ans. Elles contribuent à une malnutrition et altèrent parfois la croissance et le
développement de l’enfant. Les agents pathogènes responsables de cette diarrhée peuvent être
transmis par les selles infectées, nourritures et l’eau. L’objectif de notre étude était d’identifier
les pathogènes entériques associés à la baisse des paramètres nutritionnels chez les enfants de
moins de 36 mois.

Il s’agissait d’une étude randomisée et contrôlée, s’est déroulée dans 60 communautés rurales
et 60 communautés urbaines du Mali. La recherche des pathogènes a été faite à partir des
échantillons de selles par la méthode de PCR. Le statut nutritionnel des enfants a été évalué en
utilisant les Z-scores calculés avec l’outil ENA for SMART.

Dans notre étude, les cas de diarrhée étaient de 181 soit 24,9%. Parmi les causes, on note une
prédominance du pathogène EPEC soit 14,6% (n=109). La prévalence élevée de la malnutrition
chronique soit 36,7% (n=138). Les pathogènes EAEC (n=87 soit 11,6%), Campylobacter spp
(n=5 soit 0,7%), Adénovirus (n=108 soit 14,5%), Sapovirus (n=96 soit 12,8%) étaient associés
à la baisse des paramètres nutritionnels.

La surveillance de l’alimentation des enfants à partir de six (6) mois et leur hygiène pourraient
limiter la survenue des infections entériques associées à la baisse des paramètres nutritionnels.

Mots clés : Infection, entéropathogènes, paramètres nutritionnels.

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ABSTRACT

SIGNAL SHEET
Last Name: TRAORE City of defense: Bamako
Place of deposit: Library of the Faculty of
First Name: Idrissa
Pharmacy
Nationality: Malian Email: [email protected]
Section: Pharmacy Telephone: (+223) 91 53 72 20
Title of the thesis: Enteropathogenic The sector of interest: Pharmacology,
infections associated with reduced nutritional Molecular Biology, Public health
parameters in children Year: 2022-2023
Today, diarrheal diseases are a public health problem worldwide, particularly in low-income
countries, affecting children under 5 in particular. They contribute to malnutrition and
sometimes impair a child's growth and development. The pathogens responsible for this
diarrhea can be transmitted via infected stools, food and water. The aim of our study was to
identify the enteric pathogens associated with reduced nutritional parameters in children under
36 months of age.

This randomized controlled study was carried out in 60 rural and 60 urban communities in Mali.
Pathogen detection was performed on stool samples using the PCR method. Children's
nutritional status was assessed using Z-scores calculated with the ENA for SMART tool.

In our study, there were 181 cases of diarrhea (24.9%). Among the causes, the EPEC pathogen
predominated, accounting for 14.6% (n=109). The high prevalence of chronic malnutrition:
36.7% (n=138). The pathogens EAEC (n=87 or 11.6%), Campylobacter spp (n=5 or 0.7%),
Adenovirus (n=108 or 14.5%), Sapovirus (n=96 or 12.8%) were associated with lower
nutritional parameters.

Monitoring children's diets from the age of six (6) months, and their hygiene, could limit the
occurrence of enteric infections associated with a drop in nutritional parameters.

Key words: Infection, enteropathogens, nutritional parameters.

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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SERMENT
Je jure, en présence des maîtres de la faculté, des conseillers de l’ordre des pharmaciens et de
mes condisciples :

• D’honorer ceux qui m’ont instruit dans les préceptes de mon art et de leur témoigner ma
reconnaissance en restant fidèle à leur enseignement ;
• D’exercer, dans l’intérêt de la santé publique, ma profession avec conscience et de
respecter non seulement la législation en vigueur, mais aussi les règles de l’honneur, de
la probité et du désintéressement ;
• De ne jamais oublier ma responsabilité et mes devoirs envers le malade et sa dignité
humaine.
• En aucun cas, je ne consentirai à utiliser mes connaissances et mon état pour corrompre
les mœurs et favoriser des actes criminels.

Que les hommes m’accordent leur estime si je suis fidèle à mes promesses.

Que je sois couverte d’opprobre et méprisé de mes confrères si j’y manque.

Je le jure !!!

Idrissa TRAORE USTTB-Faculté de Pharmacie

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