06/10/2023

UNIVERSITE ADAM BARKA D’ABECHE

FACULTE DES SCIENCES DE LA SANTE
DEPARTEMENT DES SFBP Descriptif du cours de Virologie Générale
NIVEAU II: S BM-SPH
ANNÉE :2020-2021
Département : Sciences Semestre : I
Cours de virologie générale
Biomédicales et Domaine : Sciences de la santé
Pharmaceutiques Code UE :
Filière : Tronc commun : SBM- Intitulé UE : Base Virologie
SPH Section : Française ECUE : Virologie Générale
Niveau : II Volume horaire : 45 (CM 30H, TD 10H,
Année : 2021-2022 TP 5H, TPE 15H)
Nombre de crédits : 3
Présentation
HAMADOU ABBA
Doctorant : Biochimie-Microbiologie 2

Objectif Présentation
Objectif général (du cours)
Ce cours :
• Ce cours vise à faire acquérir aux étudiants de la 2ème année des filières Sciences • Décrit l’Historique et présentation des différents groupes des virus ;
Biomédicales et Sciences Pharmaceutiques, les notions de base en Virologie Générale. • Définie et décrit la composition biochimique des virus ;
Les Objectifs spécifiques:
• Décrit la classification des virus ;
• A la fin de ce cours, les étudiants de la 2ème année des filières Sciences Biomédicales,
Sciences Pharmaceutiques et Médecine, doivent être capables de : • Explique le cycle de réplication des virus ;
• Connaitre l’historique des virus ; • Décrit les méthodes de diagnostic au laboratoire et les stratégies de traitement
• Définir et maitriser la composition chimique des virus ; antiviral ;
• Classer les virus ; • Présente les vaccins et les virus émergents.
• Décrire le cycle de la multiplication virale ; Cibles :
• Maitriser les techniques courantes d’étude des virus et du diagnostic virologique ; • Etudiants du niveau L2 des Sciences Biologiques, SBM et SPH.
• Maitriser la Chimiothérapie antivirale ;
Pré requis :
• Etudier les vaccins ;
• Etudier les virus émergents. • Baccalauréat scientifique, bases solides en biologie, biochimie, génétique et biologie
moléculaire et notion de Mathématique.

Présentation Programme
Méthodes d’enseignement Historique
• Organisation des enseignements : CM, TD, TP et TPE. CHAPITRE 1 : Définition et composition chimique des virus
• Organisation du travail : En présentiel et différé pour TPE • Objectifs pédagogiques
• Méthode d’enseignement : Méthode active et participative. • Plan
• Matériel didactique : document écrit et TCI (PowerPoint). • Définition
Mode d’évaluation • Structure
• CC : 20% • Acide nucléique viral
• Capside
• TP : 20%
• Enveloppe
• ET : 60%
• Conclusion
Bibliographie

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Programme Programme

CHAPITRE 2 : Classification des virus CHAPITRE 3 : La multiplication virale

• Objectifs pédagogiques • OBJECTIFS PEDAGOGIQUES
• Décrire les critères du système universel de classification des virus
• expliquer les mécanismes d’adsorption ;
• critères actuels
• critères majeurs
• expliquer les mécanismes de la pénétration (ou injection d’acide nucléique
génomique ;
• critères mineurs
• étudier la Nomenclature internationale des virus
• expliquer les mécanismes de la décapsidation ;
• Classer des principaux virus responsables d’infections humaines • expliquer la phase d’éclipse : transformation traduction multiplication des génomes ;
• Définir : viroïdes, virus satellites et prions • expliquer la phase de maturation : assemblage de constituants du virus
• viroïdes (morphogenèse) ;
• virus satellites ou virusoïde • expliquer les mécanismes de la libération. La durée du cycle est variable d’un virus à
• prions ou particule protéique infectieuse l’autre. Elle est de quelques minutes à quelques jours

Programme Programme
CHAPITRE 6: Les vaccins
Chapitre 4 : Les techniques courantes d’étude des virus et du diagnostic
• Objectifs pédagogiques
virologique Objectifs pédagogiques
• historique des vaccins ;
• décrire les cibles de la détection des virus • définir et donner le principe
• expliquer les Pratiques de prélèvement et d’acheminement au laboratoire • décrire le système immunitaire
• Etudier les Méthodes de diagnostic direct • décrire les types de vaccins
• étudier la production de vaccins
CHAPITRE 5 : Chimiothérapie antivirale
CHAPITRE 7 : Les virus émergents
• Etude du Développement de la chimiothérapie antivirale • Objectifs pédagogiques
• Classer les antiviraux • définir les maladies émergentes ou ré-émergentes ;
• décrire l’origine des virus émergents ;
• étudier les facteurs favorisants l'émergence des maladies virales ;
• étudier quelques maladies émergentes

Historique Historique
Les virus avant la virologie
 Maladies virales sont connues depuis des millénaires. Les virus avant la virologie

 Discipline de la microbiologie spécialisée dans l’étude des virus.

La rage

La variole, une maladie entraînant une forte mortalité, a accompagné l'homme
depuis longtemps et on en a retrouvé la trace sur les momies de l'Egypte.

Depuis au moins le Xième siècle, on pratiquait la variolisation en Inde et en Chine.

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Historique Historique
Le filtre Chamberland : découverte des virus • En 1892, Dimitri Ivanovski découvre qu'une maladie du tabac (la mosaïque du tabac) peut
C'est grâce au filtre Chamberland qu’on va suspecter l'existence d'agents infectieux particuliers. être transmise par la sève d'un plant malade passée sur filtre Chamberland et inoculée à une

Dès 1881, Pasteur a montré que l’agent infectieux responsable de la rage est invisible au plante saine.
microscope et qu’il est impossible de l’isoler sur des milieux de culture artificiels. • Pour lui, l'effet est imputable à une toxine.
Pasteur "cultive" l’agent infectieux en partant d’un broyat de cerveau de chien enragé qu’il
inocule à la surface du cerveau d’un lapin trépané. Les maladies virales, telles la variole et la • Plus tenace, Bejerinck poursuit l'expérimentation : en inoculant un troisième plant à partir du
rage, sont connues depuis l’ antiquité. second et ainsi de suite, il démontre que l'agent causal n'est pas une toxine mais un nouveau
A la fin du XVIII ième siècle Edward Jenner développe l'inoculation de "cowpox" qui permet type d'agent infectieux se multipliant dans les cellules de son hôte.
d'offrir une bonne protection contre la variole.
• C'est un "contagium virum fluidum" : un agent ultrafiltrable (1898)
Le nom de vaccination dérivé du mot « vacca », vache, est appliqué par Louis Pasteur au
vaccin contre la rage.
• Ivanovski (1 fois) - Beijerink (en série)

Historique Historique
• Rapidement, l’étiologie virale est ainsi démontrée pour de nombreuses
maladies :

Dès lors, quand ils ne parviennent pas à isoler l'agent responsable d'une maladie présumée
infectieuse, les microbiologistes triturent les lésions engendrées au cours de la maladie
infectieuse (végétale ou animale) et filtrent la suspension obtenue sur filtre Chamberland : Ainsi, toute cellule vivante peut être la cible de virus spécifiques et il est possible de distinguer 3 classes de virus, dont les
propriétés sont globalement identiques : virus des végétaux, virus des animaux, virus des bactéries.

Historique Chapitre 1 : Définition et composition chimique des virus

 L’existence des agents pathogènes plus petits que les bactéries a été établie
Plan
en 1892 par le chercheur RUSSE IVANOWSKI.
Définition
 Plus tard, Beijerinck, en 1898, sera le premier à appeler « virus », l’agent
causal de la mosaïque du tabac. Structure

Travaille sur le germe responsable de la mosaïque du tabac et en 1915 • Acide nucléique viral

découvert de bactériophages par Twort • Capside

On visualisera pour la première fois des virus par microscope électronique • Enveloppe
en 1939.
Lorsque le SIDA est décrit en 1980 il ne faudra que trois ans pour découvrir Conclusion
son virus causal, le VIH.
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1. Qu’est-ce qu’un virus?

OBJECTIFS
• Plusieurs critères ont été utilisés pour définir les virus. En 1953, André LWOFF
donna une définition du virion qui est unanimement reconnue actuellement.
• -Définir les virus selon André LWOFF, 1953. • (i)- Le virion ne possède qu’un seul type d’acide nucléique : soit de l’ADN,
soit de l’ARN.
• -Illustrer les 3 principales composantes des virus par une figure avec • (ii)- Il se produit uniquement à partir de son matériel génétique;
une légende • (iii)- Il est incapable de croître et de se diviser;
• (iv)- Son génome n’a aucune information pour la synthèse d’enzymes du
• -Décrire l’organisation structurale d’une capside virale métabolisme intermédiaire;
• -Citer les 3 principales origines des enveloppes virales • (v)- C’est un parasite absolu de la cellule hôte.
Cette définition distingue les virus des cellules eucaryotes, et des micro-
organismes que sont les bactéries, les parasites protozoaires et des
champignons microscopiques.

1. Qu’est-ce qu’un virus? 1. Qu’est-ce qu’un virus?

Agent infectieux très simple, différents des bactéries ou des parasites. Selon • Le virion est la particule virale mature et constitue l’unité infectieuse. Le virus
André Lwoff « Les virus sont les virus »
désigne toutes les formes du cycle évolutif de l’agent, intracellulaires et
extracellulaires.

Luria : « les virus sont des entités dont le génomes est un ADN ou ARN, qui se • Définition actualisée Virion = génome protégé par une boîte protéique qui doit
reproduisent à l’intérieur de cellules vivantes et qui utilisent le mécanismes être transmis à (doit infecter) une cellule vivante pour permettre l'expression des

synthétique de ces cellules pour diriger la synthèse de particules spécialisées qui gènes et la réplication du génome viral par la cellule infectée.

contiennent le génome viral et le transfèrent à d’autres cellules » • Virions : Phase ultime (finale) du développement viral. Il est caractérisé par son
matériel génétique protégé par une coque protéique.

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2 .STRUCTURE 2 .STRUCTURE
Les virus sont constitués de 2 éléments constants : l’acide nucléique ou  Les virus sont constitués de 2 éléments constants : l’acide nucléique ou
génome viral et la coque protéique qui le protège, la capside. Les 2
génome viral et la coque protéique qui le protège, la capside. Les 2 forment
forment la nucléocapside. Le terme « core » ou « cœur » du virus désigne
la nucléocapside. Le terme « core » ou « cœur » du virus désigne l’ensemble
l’ensemble acide nucléique et nucléoprotéines.
acide nucléique et nucléoprotéines.
Chez certains virus, il existe un 3ème élément qui entoure la capside et qui
 Chez certains virus, il existe un 3ème élément qui entoure la capside et qui est
est appelée enveloppe ou peplos.
appelée enveloppe ou peplos.
Capside et enveloppe protègent l’acide nucléique et s’exposent au  Capside et enveloppe protègent l’acide nucléique et s’exposent au système
système immunitaire qui développe des anticorps contre eux.
immunitaire qui développe des anticorps contre eux.
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2 .STRUCTURE 2 .STRUCTURE
• 2.1-Acide nucléique viral
• 2.1-Acide nucléique viral
• La totalité de l’information génétique du virion est porté par l’acide nucléique. Les acides L’ARN monocaténaire peut avoir
nucléiques formants les génomes viraux sont d’une grande variété.
• -une polarité positive (ARN+) et être semblable à un ARN messager qui est traduit
• Les principaux paramètres à étudier sont les suivants :
directement en protéines virales par la cellule hôte. Ce génome est directement infectieux.
• Il est soit de l’ARN, soit de l’ADN, bicaténaire (double brin) ou monocaténaire (simple brin),
• -ou une polarité négative (ARN–), appelé anti-messager. Il doit alors être transcrit au
linéaire ou circulaire, segmenté ou non.
préalable en ARNm par ARN polymérase associée au virion. Il n’est pas directement
• La nature de l’acide nucléique constitue le 1er critère de classification des virus.
infectieux.
• Le génome viral est généralement haploïde (une seule copie de chaque gène), à l’exception
• Chez les rétrovirus, le génome diploïde est associé à une transcriptase inverse virale (ADN
des rétrovirus qui ont un génome diploïde (2 copies identiques).
polymérase ARN dépendante) qui transcrit le génome viral en ADN intermédiaire de la
transcription en ARNm.

2 .STRUCTURE 2 .STRUCTURE
• 2.2-Capside
• Résulte de la polymérisation d’une seule ou d’un petit nombre de sous-unités
protéiques appelées capsomères. Ces polymères s’associent au génome pour
constituer les nucléocapsides virales qui s’organisent morphologiquement
selon 2 types principaux de symétrie :
• -la symétrie cubique qui donne des nucléocapsides en forme d’icosaèdre
(capside icosaédrique ou parasphérique).
• L’icosaèdre est un polyèdre régulier à 12 sommets, à 20 faces et 30 arêtes et
Chaque face est un triangle équilatéral.
• -la symétrie hélicoïdale qui donne des nucléocapsides en forme d’hélice ou
nucléocapside hélicoïdale.
• Cette symétrie de la capside constitue un critère de classification des virus.
Figure 1 : Différentes structures de génomes viraux

2 .STRUCTURE 2 .STRUCTURE
• 2.2-Capside
• 2.2.1-Capside icosaédrique ou cubique
• Sur les faces triangulaires et sur les arêtes de la capside, les sous-unités
protéiques se regroupent par 6 pour former des hexamères ou hexons.
• Au sommet de chaque triangle, partent 5 plans différents : à chaque sommet,
les sous-unités s’assemblent par 5 pour former des pentamères ou
capsomères de sommet appelés pentons.
• Pour tous les virus à capside icosaédrique, le nombre de pentons est le même
et égal à 12. Par contre le nombre total des capsomères varie selon les virus du
fait du nombre variable de leurs hexons.
• Exemples : -Adenovirus : 252 capsomères dont 12 pentons et 240 hexons.
• -Herpesviridae : 162 capsomères dont 12 pentons et 150 hexons.

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2 .STRUCTURE 2 .STRUCTURE
• 2.2-Capside
• 2.2.2-Capside hélicoïdale
• La capside est constituée par une succession de sous-unités protéiques • 2.2-Capside
identiques qui sont accrochées à l’acide nucléique.
• La nucléocapside ainsi formée peut être rigide (virus de la mosaïque du tabac, • 2.2.3-Capside à symétrie complexe
VMT) ou souple (virus humains).
• Pour chaque virus à symétrie hélicoïdale, le nombre de sous-unités protéiques • Pour certains virus, la symétrie de la capside n’est ni cubique, ni
par tour d’hélice ou « pas de l’hélice » peut être défini. héoïdale et ne peut être établie : elle est dite complexe.
• Exemple du VMT : 2200 sous-unités protéiques au total et 49 sous-unités par
tour d’hélice. • C’est le cas des Poxvirus et de certains bactériophages

2 .STRUCTURE 2 .STRUCTURE
Enveloppe: D’un mot grec signifiant manteau, c’est l’élément le plus externe de
certains virus.
Structure glucido-lipido-proteique, elle provient d’une membrane de la cellule
hôte. Les virus l’acquièrent lors de leur bourgeonnement soit à travers la
membrane d’une membrane cellulaire :
-nucléaire (Herpesviridae)
-du réticulum endoplasmique (Bunyaviridae)
-cytoplasmique (Orthomyxoviridae).
Les enveloppes peuvent être recouvertes de projections protéiques ou spicules,
antigéniques ajoutés par le virus et qui jouent des rôles dans la pathogénie du
virus.
virus de la mosaïque du tabac (VMT), de la rage et Ebola
Les virus qui possèdent une enveloppe sont dits «enveloppés» et ceux qui n’en
33 ont pas sont dits «nus». 34

2 .STRUCTURE 2 .STRUCTURE
Enveloppe La présence ou l’absence d’enveloppe constitue un 3ème critère de
classification des virus et elle confère des propriétés physico-chimiques
aux virus.
Comparaison d’un virus nu et d’un virus enveloppée Les virus enveloppés sont :
-sensibles à la chaleur, se transportent bien à + 4°C et se conservent à – 80°C
pendant des années
-très sensibles à la dessiccation à l’exception du virus de la variole dans les
croutes
-inactivés par les UV, les solvants des lipides (éther, désoxycholate de
sodium,…), la ß-propiolactone. La majorité des virus est détruite par l’eau de
Javel.

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Chapitre 2 : Classification des virus

CONCLUSION
• Plan
• 1-CRITERES DU SYSTEME UNIVERSEL DE CLASSIFICATION DES VIRUS
• Le monde des virus est très étendu.
• 2-Critères actuels
• Cependant leur caractère de parasite intracellulaire obligatoire rend leur mise en • -Critères majeurs
évidence difficile. • -Critères mineurs
• 3. NOMENCLATURE INTERNATIONALE DES VIRUS
• Leur diversité primaire et leur variabilité rend assez complexes la prévention
• 4. LASSIFICATION DES PRINCIPAUX VIRUS RESPONSABLES D’INFECTIONS HUMAINES
spécifique des maladies dont ils responsables. • 5. VIROIDES, VIRUS SATELLITES ET PRIONS
• Cependant, les progrès biotechnologiques autorisent de l’espoir dans la lutte contre • 5.1.Viroïdes
ces agents, même les cas les plus complexes. • 5.2.Virus satellites ou virusoïde
• 5.3.Prions ou Particule protéique infectieuse

1-CRITERES DU SYSTEME UNIVERSEL DE CLASSIFICATION DES VIRUS

OBJECTIFS
• Les virus ont été classés selon divers critères : la nature de l’hôte (humain,
animal, végétal), les maladies dont ils sont responsables,…
• -Citer les 4 critères de classification universelle des virus selon Lwoff, • Mais en 1962, LWOFF, HORNE et TOURNIER ont proposé une classification
Horne et Tournier selon le système linnéen qui regroupait les virus, notamment en fonction de
leurs caractéristiques plutôt qu’en fonction de leur hôte.
• -Définir les 6 critères de classification actuelle des virus selon le CITV. • Les 4 caractéristiques qui avaient retenues pour cette classification étaient :
• -Définir la nomenclature internationale des virus • (i)- la nature de l’acide nucléique du virion
• (ii)- la symétrie de la capside
• -Définir prion et citer de maladies animales et 3 maladies humaines dues • (iii)- la présence ou l’absence d’enveloppe
au prion • (iv)- la taille du virion et de la capside.

2-CRITERES ACTUELS 2-CRITERES ACTUELS

• Mais la classification des virus évolue perpétuellement.
• Le Comité International de Taxonomie des Virus (CITV) effectue des mises à jour
régulières.
• La classification actuelle repose sur des critères majeurs et des critères mineurs
-Critères majeurs
• (i)-Type et organisation du génome viral
• (ii)-stratégie de réplication du virus
• (iii)-structure du virion (symétrie de la capside, enveloppe)
-Critères mineurs
• (iv)-Spectre d’hôtes naturels
• (v)-Tropisme cellulaire et tissulaire
• (vi)-Pathogénicité du virus, mode de transmission, propriétés physico-chimiques et
antigéniques des virions.
Ils permettent de distinguer plus de 4000 virus des humains, des animaux et des
plantes qui sont repartis entre plus de 70 familles et plus de 160 genres.

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2-CRITERES ACTUELS 3. NOMENCLATURE INTERNATIONALE DES VIRUS

La classification de Baltimore
• C’est une classification des virus, proposé par le biologiste américain David • Elle est en vigueur depuis 1975 et classe les virus en ordre, familles, sous-
Baltimore. familles, genres et espèces.
• Il est basé sur le génome des virus et leurs type AN ( à ADN ou ARN, simple brin, • - Le nom de l’ordre se termine par un suffixe « virales ».
double-brin) et son mode d’expression dans la synthèse de l’ARNm viral ainsi que le
procédé de réplication de l’ADN. • -Un nom de famille commence par une majuscule et finit par le suffixe –
• Groupes viridae ; exemple : Herpesviridae.
• : virus à ADN double brin ( Adenovirus, Herpesvirus, Poxvirus)
• -Le nom de sous-famille commence par une majuscule et finit par le suffixe –
• : virus à ADN simple brin à polarité (+) (Parvovius,Circovirus)
virinae ; exemple : Betaherpesvirinae.
• : virus à ARN à double brin à polarité (+) (Reovirus)
• : virus à ARN à simple brin à polarité (+) (picornavirus, Togavirus) • Les noms de familles et de sous-familles sont écrits en italique.
• : virus à ARN à simple brin à polarité (-) ( Orthomyxovirus, Rhabdovirus) • -Le nom de genre commence aussi par une majuscule et finit par le suffixe –
• : Retrovirus à ARN à simple brin à polarité (+) avec ADN intermediaire dans le cycle virus. Exemple : Cytomegalovirus.
de la vie (Retrovirus)
• :Pararetrovirus à ADN double brin ( Hepadnavirus).

3. NOMENCLATURE INTERNATIONALE DES VIRUS 3. NOMENCLATURE INTERNATIONALE DES VIRUS

• -Le nom d’espèce commence par une lettre minuscule et il est précédé • Le taxum le plus élevé est l’ordre. Les virus sont donc un ordre d’organisme qui
(lorsque écrit en français) ou suivi (si écrit en anglais) par le mot virus. n’appartient à aucun phylum ou règne.
Exemple : virus de la varicelle. • Ordre (-virales) – plus élevé des taxa.
• Les noms de genres et d’espèces ne sont pas écrits en italique. • Famille (-viridée) – Les familles se distinguent par la morphologie des
• Au sein d’une espèce on peut distinguer : virions, la structure du génome, la stratégie de réplication.
• Il existe quatre familles qui contiennent des sous-familles : Poxviridée,
des sérotypes, d’après leurs propriétés antigéniques ; Herpesviridée, Parvoviridée, Paramyxoviridée.
des génotypes, d’après la séquence de certains gènes ; • Sous-famille (-virinée)
des souches, d’après leur degré de virulence. • Genre (-virus) – Les critères de détermination du genre
• Le nom de l’espèce n’est pas celui de la nomenclature binomiale. différencient de familles en familles.
• Il se réfère à plusieurs critères : soit le nom de l’hôte, soit : les symptômes, soit • Espèce (nom commun du virus) – Ce niveau de taxonomie
est le plus difficile à identifier chez les virus. Par exemple, le virus Ebola est
la forme des particules etc. classifié comme ceci :

3. NOMENCLATURE INTERNATIONALE DES VIRUS 3. NOMENCLATURE INTERNATIONALE DES VIRUS

• Exemple2 chez les virus animaux
• Exemple 1: • Acide nucléique : RNA monocaténaire négatif
• Ordre : Mononegavirales • ViroloOrdre : Mononegavirales
• Famille : Filoviridée • Famille : Paramyxoviridae
• Genre : Filovirus • Sous-famille : Paramyxovirinae
• Espèce : Zaire Ebola virus [ZEBOV], (virus Ebola); • Genre : morbillivirus
• Cote d’Ivoire Ebola virus [CIEBOV] ; • Espèce : virus de la rougeole
• Reston Ebola virus [REBOV],
• Par exemple, le virus de la rage fait partie du genre Lyssavirus, de la famille de
• Sudan Ebola virus [SEBOV].
Rabdoviridae et de l’ordre des Mononegavirale.

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4-CLASSIFICATION DES PRINCIPAUX VIRUS RESPONSABLES D’INFECTIONS HUMAINES 5. VIROIDES, VIRUS SATELLITES ET PRIONS
• 5.1-Viroïdes
• -Petits ARN infectieux simple brin (monocaténaires), de faibles poids moléculaire
(1,3 x 105Daltons).
• L’ARN est nu, circulaire, de 240 à 400 nucléotides avec une région codante pour des
protéines. Il n’est pas encapsidé.
• -Ils sont classés en 2 familles selon leur homologie de séquences et selon la
présence ou non d’une région centrale conservée (CCR) : les Pospiviridae et les
Avsunviridae.
• -Jusqu’à ce jour, ils n’ont été retrouvés que chez les plantes.

5. VIROIDES, VIRUS SATELLITES ET PRIONS 5. VIROIDES, VIRUS SATELLITES ET PRIONS

• 5.2-Virus satellites ou virusoïde
• -ESST observées chez l’animal :
• -Leur organisation est semblable à celle des virus, mais ils sont empaquetés
dans les enveloppes d’autres virus végétaux et humains. Ils sont incapables de •  tremblante du mouton et de la chèvre,
se répliquer indépendamment car ils ont besoin d’un virus auxiliaire qui leur •  encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) ou « maladie de la vache
fournit son enveloppe : ce sont des virus défectifs. Exemple du virus de folle »,
l’hépatite delta (VHD) qui est un virus satellite du virus de l’hépatite B (VHB). •  -Maladies à prions observées chez l’humain
• 5.3.Prions ou Particule protéique infectieuse •  la maladie de Creutzfeldt-Jacob (MCJ),
• Ce sont des agents transmissibles non conventionnels (ATNC), de nature •  le syndrome de Gerstmann-Sträussler-Scheinker et l’insomnie fatale
protéique encore appelée PrP (protéine prion). familiale.
• 5.3.2-Maladies à prions •  la nouvelle forme de la MCJ à incubation courte (nv-MCJ) liée à l’ESB
• Sont responsables de pathologies non inflammatoires et sans réponse décrite récemment.
immunitaire, chez l’animal et chez l’humain, et qui sont appelées
encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles (ESST).

Chapitre 3 : La multiplication virale

CONCLUSION • Les virus, par leur parasitisme, ont besoin d’une cellule hôte permissive pour accomplir leur
pérennité.
• L’essentiel de la multiplication virale se déroule dans la cellule hôte.
• Les critères fondamentaux de classification des virus sont bien établis. • Lorsqu’un virus entre en contact avec une cellule hôte il y a reconnaissance entre des
structures externes.
• Lorsque le virus (la nucléocapside ou nucléoïde chez les virus à ADN) pénètre à l’intérieur de
• Mais la systématique virale est toujours en phase de la cellule, (excepté les bactériophages), il utilise la machinerie et les métabolites de la cellule
hôte pour sa multiplication. Les principales étapes de la multiplication virale sont :
perfectionnement compte tenu de l’évolution génétique et des • - l’adsorption ;
• - la pénétration (ou injection d’acide nucléique génomique ;
découvertes sur ces microorganismes ayant une structure de
• - la décapsidation ;
particule. • - la phase d’éclipse : transformation traduction multiplication des génomes ;
• - la phase de maturation : assemblage de constituants du virus (morphogenèse) ;
• - et la libération. La durée du cycle est variable d’un virus à l’autre. Elle est de quelques
minutes à quelques jours.

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I. ADSORPTION
1. Définition et mécanisme
• L’adsorption du virus est en fait l’attachement du virus à la surface de la
cellule.
• L’adsorption se caractérise par une attraction électrostatique entre des
charges électriques portées par le virus et qui sont localisées sur ces protéines
de capside ou glycoprotéines de l’enveloppe membranaire et des charges
complémentaires qui sont localisées sur les récepteurs situés à la surface de la
cellule.
• On a constaté que l’adsorption exige la présence de cation dans le milieu ou
Fig: étapes de la multiplication des virus baigne la cellule mais elle est indépendante de la température.

I. ADSORPTION I. ADSORPTION
• L’adsorption de la plupart des virus est beaucoup plus complexe qu’une simple
attraction électrostatique entre deux charges de signes opposés.
• Elle nécessite la présence de récepteurs spécifiques sur la cellule mais aussi de
structures d’attachement du virus.
• Il existe chez l’homme des récepteurs pour reconnaître les virus. Cela signifie
que n’importe quel virus n’infecte pas n’importe quelle cellule. Lorsqu’une
cellule permet l’attachement et la multiplication d’un virus on dit qu’elle est
permissive à ce virus.
• C'est l'étape préalable à l'entrée dans la cellule. La fixation des virions
nécessite l'interaction : entre un ligand viral sur le virus et un récepteur
cellulaire sur la cellule.
• Les récepteurs utilisés par les virus sont souvent des molécules d'adhésion
cellulaires, les CAM (Cell Adhesion Molecule) qui interagissent avec des
molécules portées par la membrane plasmique d'autres cellules.

I. ADSORPTION II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE

2. Nature des récepteurs

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II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE
• Les molécules relativement petites comme les glucides, lipides et certaines protéines • 2. Cas des virus infectant les animaux.
(hormones) diffusent assez aisément à travers la membrane cellulaire.
• Il n’est pas de même pour les macromolécules comme les acides nucléiques et les • Dans ce cas c’est soit l’ensemble de la particule ou une entité dénommé core
particules. ou nucléoïde qui pénètre dans la cellule.
• Le passage du virus (ADN ou ARN) à l’intérieur de la cellule dépend du groupe de • Mais pour que l’acide nucléique soit accessible aux enzymes nécessaires à
virus. l’expression des gènes qu’il porte et à sa réplication, la pénétration du virus
1. Cas des bactériophages doit être suivie de la libération du génome viral.
• L’adsorption du bactériophage sur la cellule bactérienne aboutit à une hydrolyse • La pénétration du virus et sa décapsidation ne sont toujours différenciées
locale de la paroi bactérienne par des endoglucosidases contenues dans la queue du nettement. En effet, certains virus comme le poliovirus sont décapsidés
phage.
pendant leur pénétration.
• Cette lyse est suivie de l’injection de l’ADN viral à l’intérieur de la bactérie.
• Deux mécanismes de pénétration dans la cellule ont été décrits.
• La pénétration du génome est rendu possible grâce à la contraction de cette queue.
La gaine contractile est constituée d’une protéine contractile où y trouve une
centaine de molécule d’ATP nécessaire à l’effort de contraction.

II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE
• 2. Cas des virus infectant les animaux. • 2. Cas des virus infectant les animaux.
• 2. 1 pénétration directe du génome • 2.2 La pénétration par la pinocytose
• Le procédé est peu courant. Il est utilisé par les Picornavirus : la fixation au
récepteur cellulaire déstabilise la capside fermement attachée à la membrane • Dans le premier cas, la membrane cellulaire s’invagine pour former autour du virion
plasmique. une micro vacuole de phagocytose dans laquelle il est entraîné dans la cellule.
• Le génome s'en échappe et pénètre directement dans le cytoplasme.
• La micro-vacuole donnera une grande vacuole puis un lysosome qui contient des
enzymes. Dans certains cas l’acidité du lysosome favorisera la fusion des membranes
du lysosome et celle de l’enveloppe virale.

• Il en résulte la libération de la nucléocapside dans le cytoplasme de la cellule.

II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE

• 2. Cas des virus infectant les animaux. • 2. Cas des virus infectant les animaux.
• 2.3 La pénétration par fusion • 2.4 La pénétration par endocytose puis fusion
• Dans ce cas la membrane cellulaire fusionne avec l’enveloppe membranaire du virus.
• Ce mécanisme est également propre aux virus enveloppés.
• Puis la nucléocapside est libérée à l’intérieur de la cellule.
• La fixation du virus aux récepteurs cellulaires déclenche l'endocytose et le
• Ce mécanisme n’a lieu qu’avec les virus enveloppés. Il assure le passage direct de la
virus se retrouve captif dans la vésicule d'endocytose : l'acidification du
nucléocapside ou du nucléoïde dans le cytoplasme cellulaire.
contenu de la vésicule d'endocytose permettent la fusion de l'enveloppe et
• Il a été décrit chez plusieurs virus (virus de la variole, virus de la vaccine, virus de la
de la membrane : la nucléocapside est libérée dans le cytoplasme.
grippe, VIH)

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II. LA PENETRATION DU VIRUS DANS LA CELLULE III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL

• 3. Cas des virus végétaux

• Chez la plupart des virus infectant les végétaux la pénétration est favoriser par
les dispositifs anatomiques présent entre les cellules végétales, il s’agit des
plasmodesmes.

• Le virus véhiculé par la sève infecte une cellule et son passage d’une cellule à
l’autre est du à cette structure.

III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL

• 2. Les virus à ADN
• 1. Virus à ARN
• Virus des animaux : La décapsidation des nucléoprotéines de certains virus à
• Pour la plupart des virus à ADN des animaux c’est la cellule qui semble
l’intérieur de la cellule hôte est un phénomène complexe. entièrement responsable des processus de décapsidation.
• Des études ont montré l’existence d’affinité particulière des nucléocapsides pour les • Cependant, chez les Poxvirus, le virus joue un rôle actif dans la libération de
sous unité 60S des ribosomes. l’ADN.
• On a constaté que l’inhibition par la chloroquine du transfert de la nucléocapside sur • On constate en effet, qu’il faut au moins 1 heure à 37 °C pour que les
la sous unité 60S empêche la libération de l’ARN viral et par conséquent inhibe la nucléoïdes libèrent leur ADN dans le cytoplasme de la cellule ou ils ont
multiplication du virus. pénétré.
• Virus des plantes : Le mécanisme de la décapsidation a été particulièrement étudié • L’interprétation la plus vraisemblable de ces résultats est que la décapsidation
chez les virus de plantes à symétrie hélicoïdale. des nucléoïdes requiert la synthèse d’un ARN messager viral dont le produit de
• On ignore à peu près tout le mécanisme de la décapsidation de ces virus. traduction est un facteur protéique indispensable à la décapsidation.
• Dans le cas du VMT on pense que le virus pénètre dans le cytosol ou les variations en • Dans tous les cas, la décapsidation du génome vise à le libérer des complexes
Ca2+ et l’hydrophobicité de la membrane cellulaire peuvent jouer un rôle dans la de protéines structurales et le rendre accessible aux enzymes (transcriptases
libération des sous unités capsidiales. polymerases).

III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL

• 3. Fonctionnement du matériel génétique viral

• C’est un ensemble d’étapes successives dont les structures et fonctions sont

interdépendantes.

• BALTIMORE a montré qu’on peut distinguer 6 classes de virus en fonction de la

manière ou de la stratégie de production des ARN messagers.

• En effet, la production des ARNm diffère d’un virus à l’autre en fonction de la

 Quelle que soit la structure du génome viral la multiplication passe par un stade obligé qui
matrice utilisée. est la fabrication d’un ARN messager.
 Ce messager est indispensable à la production des protéines de structures, internes et
enzymatiques.

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III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL

• 3.1. Cas des différents virus à ARN

• La réplication des virus à ARN (mis à part les Rétrovirus) se fait selon deux
grandes stratégies.

• - Virus à ARN positif : ARN (+)

• Les virus correspondants possèdent un ARN génomique directement messager

qui, dès sa libération dans la cellule, sert à la synthèse protéique.

III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL

• - Virus à ARN négatif : ARN (-)

• Le génome viral n’est ici pas directement messager ; une transcription de

l’ARN (-) en ARN (+) est nécessaire ; ceci se fait grâce à une enzyme
constitutive du virus, une ARN polymérase ARN dépendante, qui portera dans
ce cas le nom de transcriptase.

• L’ARN (+) synthétisé servira alors d’ARNm pour la traduction protéique.

III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL
• Cas des virus à RNA+/- (Réovirus). Cas des virus à ARN+ (Picornavirus : Poliovirus)
• Ils possèdent des ARN génomiques fragmentés au nombre de 8 à 12 paires. A • Il s’agit d’un petit virus à ARN (Picornavirus). L’ARN génomique est protégé par une capside
l’intérieur de la cellule le virus apparaît enveloppé dans un lysosome. Les
vésicules vont libérer des particules appelées sub-virales. icosaédrique sans enveloppe. La réplication peut se décomposer en 5 étapes.

• C’est en ce moment que commence la synthèse des ARNm. - Première étape : le virus se fixe sur un récepteur cellulaire, pénètre dans la cellule à l’intérieur d’une
• Chaque ARN+/- donnera un messager monocistronique (comportant un gène) vacuole de pinocytose ; la décapsidation, non spécifique, se fait par des enzymes cellulaires ; l’ARN
pour une protéine. Cette transcription est dite primaire et est réalisée par les viral est libéré.
polymérases spécifiques du virus.
• Les ARNm des particules sub-virales vont être utilisés dans deux voies : - Seconde étape : l’ARN viral (+) sert directement d’ARNm, la lecture étant polycistronique, un grand

- pour la synthèse des enzymes nécessaires à la réplication (Hétérocatalyse), polypeptide N00 est synthétisé qui sera ensuite clivé en N1, Nx et N2.

- Les ARNm de types ARN+ seront transcris en ARN- et on aura le double brin →N1 est clivé en VP0, VP1 et VP3 (VP : Viral Protein) qui participeront à l’élaboration de la capside ;
ARN+/- (Autocatalyse). parmi les autres protéines, on distingue une protéase et une ARN polymérase ARN-dépendante.

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III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL
Cas des virus à ARN+ (Picornavirus : Poliovirus)
Cas des virus à ARN+ (Picornavirus : Poliovirus)
• - Quatrième étape : à partir de l’ARN (-) il y a synthèse d’ARN (+), une molécule d’ARN (-) générant plusieurs
- Troisième étape : le génome viral étant un ARN (+), les virions devront incorporer ARN (+) ; les ARN (+) synthétisés seront les ARN génomiques viraux ; ils peuvent également participer à
également un ARN (+). l’amplification de la synthèse protéique.
• - Cinquième étape : les particules virales vont être assemblées:
- Pour assurer la duplication de l’ARN (+), un intermédiaire (-) est nécessaire, ce brin (-)
→des polymères de VP0 VP1 et VP3 s’associant pour former une procapside dans laquelle pénètre un ARN
apparaît sur la matrice (+) grâce à l’ARN polymérase ARN-dépendante néosynthétisé qui
génomique (+) ;
porte ici le nom de réplicase.
→le clivage de VP0 en VP2VP4 assure la fermeture de la procapside en capside dont les protéines capsides sont
- Cette étape est dépendante d’une enzyme cellulaire, la terminale uridyl-transférase, qui donc formées des peptides VP1, VP2VP et VP4.
synthétise une séquence poly (U) face au poly(A) de l’extrémité 3’ de l’ARN (+) viral, • Les nucléocapsides virales s’accumulent dans les cytoplasmes de la cellule, réalisant parfois des amas
pseudocristallins. La cellule finit par éclater et les virions passent dans les espaces intercellulaires.
aboutissant ainsi à une structure en épingle à cheveux permettant à la réplicase d’initier • Cette multiplication entraîne une anomalie cellulaire décelable en microscopie photonique et utilisable au
laboratoire pour le diagnostic virologique : l’effet cytopathogène ou ECP.
son travail.

III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL III. LA DECAPSIDATION ET FONCTIONNEMENT DU MATERIEL GENETIQUE VIRAL
Cas des différents virus à ADN
• La réplication des virus à ADN a le plus souvent lieu dans le noyau cellulaire où
des enzymes cellulaires pourront alors être impliquées.

• On distingue une phase précoce avec transcription d'ARN messagers viraux

précoces et traduction de protéines précoces ; celles-ci sont principalement des
protéines régulatrices enzymatiques non structurales.

• La duplication du matériel génétique, grâce à une ADN polymérase, va

précéder la phase tardive où, sur les génomes néoformés vont être transcris
des ARN messagers tardifs dont la traduction va générer des protéines tardives,
en majorité structurales.

1: attachement 5: réplication • Nous aborderons lors des TD la réplication d'un certain nombre de virus à ADN
2-3: pénétration et décapsidation 6: assemblage de la capside : les adénovirus, les herpesvirus ainsi que les poxvirus et le virus de l'hépatite B.
4: synthèse d’une polyprotéine 7: libération des virions
Fig: Cycle infectieux complet des Picornaviridae

IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE. IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE.
2. Interaction de type productif
1. L’interaction abortive.
• Dans ce cas la pénétration du génome viral conduit à la production et à la libération
• Dans ce type d’interaction la libération du génome viral dans la cellule et son de nombreux virions. Cette interaction correspond au cycle de multiplication du virus.
interaction avec celle-ci n’aboutissant pas à la production de virions. • Comme il se termine par la mort de la cellule infectée (à plus ou moins brève
• Le génome viral est éliminé et la cellule pourra survivre. échéance) on l'appelle aussi le cycle lytique.
• Un exemple typique est le phénomène de restriction chez les bactéries au • La cellule infectée dans laquelle le virus se multiplie est une cellule permissive.
cours de certaine infection par des bactériophages. Une cellule qui permet la • Dans le cas des virus non-enveloppés, la lyse cellulaire assure le relargage des virions
pénétration de l’acide nucléique viral mais qui bloque son expression est une dans le milieu extracellulaire, permettant alors l’infection des cellules voisines.
cellule non permissive. • Dans le cas des virus enveloppés, la production virale implique une étape de
• Bien qu'ayant pénétré dans la cellule, le génome ne peut pas s'exprimer : les bourgeonnement et donc l’intégrité des membranes cellulaires.
cellules sont des cellules non permissives : elles sont incapables d'assurer • Dans ce cas, la lyse cellulaire peut survenir après la production des virus, suite à la
entièrement le programme des synthèses virales. perturbation du métabolisme cellulaire.

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IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE. IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE.
4. L es infections virales persistantes
• 3. L a transformation cellulaire
• L’infection peut être persistante lorsque la cellule survit à l’infection et produit des
• Elle conduit à l’association intime et stable des génomes viral et cellulaire. virus sans être lysée.
• Les infections virales persistantes sont de deux types : latentes ou chroniques.
• En pénétrant dans une cellule non permissive, le virus ne peut pas se multiplier, • Ce type d’infection est bien connu dans le cas de certains virus enveloppés capables
de bourgeonner sans entraîner de lyse cellulaire.
mais son génome peut subsister sous la forme d'un épisome : libre ou intégré a. l'infection latente: dans les infections virales latentes, la primo-infection aiguë
guérit.
dans le génome cellulaire.
Ensuite, aucune particule virale infectieuse ne peut être isolée bien que le virus sort
• L'expression de certains gènes viraux ne provoque pas la mort des cellules mais encore présent dans l'organisme. Mais, sous l'influence de divers stimuli, le virus
"caché" peut entrer dans une phase de réactivation et des particules virales
leur donne des propriétés de croissance et d'immortalité analogues à celles des infectieuses sont produites.
cellules cancéreuses. EX: les Herpesvirus sont responsables d'infections virales latentes.
• Le virus a transformé la cellule : c'est un virus oncogène. Une personne ayant une infection latente n'est contagieuse qu'au cours des périodes
de réactivation.

IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE. IV. LES INTERACTIONS VIRUS CELLULE HOTE.
4. L es infections virales persistantes
b. l'infection chronique Une infection chronique est caractérisée par la présence
continuelle de virus, notamment dans le Sang.
EX: le virus de l'immunodéficience humaine (VIH), engendre une infection chronique.
Le virus est présent, notamment dans le sang, de la primo-infection jusqu'aux stades
avancés de la maladie. •
chez 5 % des personnes infectées le virus de l'hépatite B persiste : il est alors
responsable d'une infection chronique.
Une personne ayant une infection chronique peut transmettre le virus en
permanence.

V. LA LIBERATION DES VIRIONS V. LA LIBERATION DES VIRIONS

Il existe deux principaux modes de libération des virions: 2. La libération par bourgeonnement
1. La libération par lyse de la paroi de la cellule hôte Les nucléocapsides des virions constitués soit dans le noyau cellulaire ou dans

Elle est favorisée par l’accumulation des particules virales exerçant une le cytoplasme cellulaire se libèrent en poussant sur la membrane nucléaire ou

pression sur la paroi interne de la cellule et par l’action des enzymes lytiques cytoplasmique (ces membranes sont auparavant modifiées par des protéines
d’origine virale) en formant une boule.
produites par les gènes tardifs.
Cette boule devient un bourgeon sur la membrane.

Les bourgeons (nucléocapside + membrane) se détachent donnant ainsi un

virion libre.

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V. LA LIBERATION DES VIRIONS Chapitre 4 : LES TECHNIQUES COURANTES D’ETUDE

DES VIRUS ET DU DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
INTRODUCTION
Les virus on fait l’objet de plusieurs études avec des outils et des techniques de
microbiologie.

Ils sont de nos jours de plus en plus étudiés qualitatives et quantitatives par
des techniques biochimiques, immunologiques et moléculaires.

Grâce à ces techniques, beaucoup d’information sont connus sur les virus et
cela permet de mieux les caractériser.

1 . Les cibles de la détection des virus 2. Pratiques de prélèvement et d’acheminement au

laboratoire
2.1. Pratique de prélèvement
Toutes les infections virales ne nécessitent pas l'intervention du laboratoire.
L’efficacité du diagnostic est conditionnée par le choix du prélèvement, sa
Si le contexte clinique ou la gravité des symptômes le justifient, le diagnostic qualité et son envoi au laboratoire de virologie.
virologique fait appel soit: Quand prélever ?

1. Aux méthodes indirectes: mise en évidence des anticorps antiviraux spécifiques;

Le plus précocement possible pendant la phase aiguë de la maladie quand
l'excrétion virale est maximale.
2. Aux méthodes directes: isolement du virus responsable ou la détection de ses Ex : le virus grippal est isolé que dans un prélèvement de la gorge ou de
composants structuraux. sécrétions bronchiques dans les 48 premières heures de la maladie clinique ;
Après il sera trop tard ; lorsque le patient est hospitalisé pour une complication
Parmi ces dernières, le diagnostic moléculaire occupe une place de plus en plus
(surinfection bactérienne).
importante. Après une semaine d’évolution, on ne peut plus isoler le virus.

2. Pratiques de prélèvement et d’acheminement au 2. Pratiques de prélèvement et d’acheminement au

laboratoire laboratoire
2.1. Pratique de prélèvement 2.2. Acheminement des prélèvements au labo

Où prélever? La viabilité des virus présents doit être préservée d'où la nécessité de transporter
rapidement les prélèvements à l'abri:
Au niveau de l'organe cible quand les lésions sont accessibles. → de la dessiccation;
Au niveau de la porte d'entrée du virus, du site d'excrétion virale et/ou du site →de la chaleur;
→des variations de pH et d'une éventuelle pullulation bactérienne, pour cela:
de multiplication primaire.
• Les prélèvements effectués à l'écouvillon (gorge, conjonctives) doivent être
Plusieurs prélèvements sont parfois nécessaires à l'établissement du diagnostic: déchargés dans un milieu de transport contenant des antibiotiques.
gorges, selles, urines, LCR. • Les échantillons de sang, d'urine, de selles, de lavage bronchoalvéolaire, de LCR, les
biopsies d'organes sont recueillies dans un récipient stérile (tube sec stérile).

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2. Pratiques de prélèvement et d’acheminement au I. Méthodes de diagnostic direct

laboratoire 1. Diagnostic direct par culture
2.2. Acheminement des prélèvements au labo Les virus sont des parasites obligatoires des cellules : ils sont cultivés dans des cellules
eucaryotes entretenues au laboratoire.
Les prélèvements doivent parvenir au laboratoire dans les meilleurs délais à
4°C . Les différentes étapes du diagnostic par culture virale:
Au laboratoire, si la mise en culture doit être différée de quelques heures ils
1. Ensemencement d'une lignée cellulaire avec le prélèvement pathologique.
doivent être maintenus entre 2 et 6°C.
Au-delà de 36 heures, une congélation à –80°C ou en azote liquide doit être 2. Examen direct quotidien ou 3 fois/semaine : recherche quotidienne d'un effet
envisagée; par contre, la congélation à une température voisine de –20°C est cytopathique (ECP) au microscope optique inversé.
proscrite.
3. Si ECP : coloration des cellules, prélevées et étalées sur lame, à la recherche d'inclusions
Cas particuliers :
virales et d'altérations cytoplasmiques ou nucléaires, au microscope optique.
 Pour les examens de Biologie Moléculaire : tube EDTA (pas d’héparine, 4. Immunomarquage spécifique du virus sur lame, avec lecture au microscope optique ou à

inhibiteur de la PCR). fluorescence.

I. Méthodes de diagnostic direct 1. Diagnostic direct par culture

1.1. Isolement du virus
L’isolement viral est une technique de base, souvent longue.

Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires et il va falloir leur «

offrir » des cellules vivantes pour leur permettre de se multiplier et de
révéler ainsi leur présence.

Poste de travail pour les cultures virales : hotte à Observation de cultures cellulaires (tubes, boîtes multi-puits de
flux laminaire, matériel jetable et stérile. plastique et flacons) au microscope optique inversé

1. Diagnostic direct par culture 1. Diagnostic direct par culture

1.1. Isolement du virus 1.1. Isolement du virus
Ce sont des cultures in vitro de cellules, de tissus et d'organe dans un milieu Les milieux de culture cellulaire doivent satisfaire aux exigences nutritionnelles
artificiel, c'est à dire, de composition connue. des cellules : eau, sels minéraux, glucose, acides aminés, vitamines constituent
Elles ont pour but d'étudier des phénomènes physiologiques, des mécanisme le milieu de base (milieu de Eagle)
biochimiques sans avoir recours à l'expérimentation in vivo.
Auxquels sont ajoutés des facteurs de croissance apportés par du sérum
Exemples d'application :
→Etude du mécanisme d'infection par un virus; animal (de veau le plus souvent) des antibiotiques, éventuellement des
→Etude des mécanismes des cancers;
→Pharmacotoxicologie : test de substances pharmacologiquement active sur des cellules, antifongiques, une substance tampon (bicarbonate de sodium) permettant de
→Biotechnologie : production de substances par les cellules, telle que l'insuline, des contrôler le pH des cultures, et du rouge de phénol comme indicateur de pH.
hormones, des vaccins...

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1. Diagnostic direct par culture 1. Diagnostic direct par culture

1.1. Isolement du virus
1.1. Isolement du virus
a. Cultures primaires et secondaires
Dans la mesure ou il n’existe pas un type cellulaire permissif à tous les virus, Au sein des cellules issues de tissus normaux (prélevés sur organismes adultes ou
deux grands catégories de cellules habituellement entretenues au sein des embryonnaires), on trouve les cultures primaires et secondaires.
laboratoires de virologie: Les cellules séparées par action de la trypsine, se fixe sur la paroi d’un récipient et se
multiplient jusqu’à former un tapis continu, fait d’une seule couche cellulaire.
a. Cultures primaires et secondaires
Arrivée à confluence, elles cessent de se multiplier par inhibition de contact.
b. Lignées continues
Cette culture dite primaire peut, elle aussi, être dissociée par la trypsine et donner
naissance à de nouvelles cultures dites secondaires qui peuvent à leur tour être
entretenues par passage.

1. Diagnostic direct par culture 1. Diagnostic direct par culture

1.1. Isolement du virus 1.2. Détection et identification des virus sur culture cellulaire

b. Cultures des lignées continues La principale de détection de croissance virale reste l’observation microscopique
des cultures pour mettre en évidence la survenue d’un ECP.
Les lignées continues caractérisées par leur capacité de prolifération infinie,
Les cultures sont alors examinées à intervalles réguliers au microscope optique
proviennent soit de tumeurs malignes (cellules HeLa) soit de la transformation
inversé à faible grossissement:
spontanée ou viroinduite de cultures primaires ou secondaires (cellules Vero).
Recherche ECP, visibles soit à l'état frais (arrondissement ou rétraction des cellules)
Elles doivent être congelées à un nombre de passages donné et le stock
soit après fixation et coloration des cellules mises en culture sur des lamelles
régulièrement reconstitué. (inclusion intranucléaire ou cytoplasmique selon le site de multiplication du virus).

1. Diagnostic direct par culture 1. Diagnostic direct par culture

1.2. Détection et identification des virus sur culture cellulaire
Disparition des nucléoles, chromatine éclatée sur les Inclusions intracytoplasmiques et noyau hyperdense
1.2. Détection et identification des virus sur culture cellulaire
bords de la membrane nucléaire, inclusions nucléaires
repoussé en périphérie de la cellule.
fortement colorées. Cet ECP est souvent évocateur d'un virus ou d'une famille de virus.

En dehors de l'ECP, la multiplication virale peut être détectée par:

 la mise en œuvre d'autres moyens, par exemple, détection de l'antigène p24

pour le HIV-1

D'une activité transcriptase réverse pour les rétrovirus.

Fig: Observation de cultures cellulaires au microscope optique inversé

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1. Diagnostic direct par culture 2. Diagnostic direct par Biologie moléculaire

1.3. Avantages 2.1. Par amplification génique
Bonne sensibilité, la culture demeure la référence à laquelle toutes les nouvelles méthodes sont comparées.
Par PCR ou RT-PCR…suivant le génome
 Indispensable pour disposer de souches, utilisées par exemple dans la mise au point des vaccins (ex : vaccin
antigrippal chaque année en France). Permettant le recopiage d’une portion limitée du génome viral
 Coût raisonnable.  Détection possible:
1.4. Limites
PCR qualitative (positive ou négative)
Délai usuel d’obtention du résultat : 48 heures à 10 jours.

Subjectivité de la lecture : expérience de l’observateur. Quantitative (HIC, HBV, HCV, EBV) = charge virale

La culture est pratiquée dans peu de laboratoires de ville Suivi parfois du séquençage nucléotidique
Certains virus ne sont pas cultivables en dehors de laboratoires de recherche très spécialisés.

2. Diagnostic direct par Biologie moléculaire 2. Diagnostic direct par Biologie moléculaire
2.1. Par amplification génique 2.1. Par amplification génique

La PCR La PCR

2. Diagnostic direct par Biologie moléculaire 2. Diagnostic direct par Biologie moléculaire
2.1. Par amplification génique 2.1. Par amplification génique
dNTP
Matrice
La PCR La PCR
Taq polymérase
ADN
Amorces
Tampon

 Avantage:

 Sensibilité
30 cycles

 Technique quantitative = Charge virale

 Séquence exacte …
95°C 55°C 72°C
Dénaturation Hybridation Elongation

 adaptation thérapeutique

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2. Diagnostic direct par Biologie moléculaire 2.1. Diagnostic direct rapide

2.1. Par amplification génique Immunofluorescence
Le Southern blot Les Ag recherchés sont détectés par des Ac spécifiques couplés à une molécule
C’est la méthode d’analyse de l’ADN imaginée par Southern en 1975 . fluorescente.
Cette méthode concerne les ADN. Résultats en quelques heures
Le processus est le suivant:  Technique:
 L’ADN génomique est d’abord extraits,
 Cellules déposés sur une lame de verre
 Fragmenté par une enzyme de restriction appropriée
 Ag sont détectés par immunomarquage
 Les fragments sont ensuite séparés par électrophorèse sur gel d’agarose, donc séparés selon leur poids
moléculaire.  Indications
 Ils sont colorés par le BET ce qui permet l’observation de bandes d’ADN sous UV;  Prise en charge rapide
 On transfert le gel sur un filtre de nylon , puis le filtre portant les bandes d’ADN correspondant à celles observés  Infections respiratoires (grippe, VRS)
dans le gel, est hybridé avec une sonde radioactive et autographié.
 Chez les patients immunodéprimés (CMV)
 L’apparition d’une bande sur le film lors du développement indique d’un fragment d’ADN porte l’information
complémentaire de la sonde.

2.1.. Diagnostic direct rapide 2.1. Diagnostic direct rapide

Immunofluorescence Immunofluorescence

Immunofluorescence spécifique du
HHV sur un frottis vaginal :
AC
 les cellules infectées présentent une
fluorescence jaune-verte. Un
Ag virales
accouchement par césarienne va être
proposé à la patiente.
Négatif Positif

3. Diagnostic indirect des infectrions virales 3. Diagnostic indirect des infectrions virales
 Diagnostic sérologiques
Diagnostic sérologiques = recherche des anticorps  Le diagnostic sérologique consiste en l'analyse de l'échantillon (généralement du
sang) d'un patient, pour déterminer la présence ou l'absence d'un anticorps spécifique
(analyse qualitative) ou mesurer la quantité de cet anticorps présent dans le sang
(analyse quantitative) produits par l’organisme suite à la présence de certains agents
pathogènes.
Ces techniques sont basées sur le principe de la spécificité de la réaction antigène-
anticorps, et utilisent des antigènes viraux de référence sous différentes formes (virus
entier purifié, protéine virale native ou recombinante).
Leur mise en œuvre repose sur des réactions biochimiques permettant de visualiser
la formation des complexes immuns.

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3. Diagnostic indirect des infectrions virales 3. Diagnostic indirect des infectrions virales
Diagnostic sérologiques
Diagnostic sérologiques
Tous les virus induisent:
Sérum
Prélèvement de sang en tube sec gélosé La formation d’Ac spécifiques après une primo-infection.
Acheminé au laboratoire à température ambiante. Une élévation du titre en Ac après une réinfection ou une réactivation.
Centrifugé au laboratoire
Lors de diagnostic viral, les Ac spécifiques d’un virus sont titrés dans 2
Le sérum est utilisé pour réaliser les sérologies prescrites.
sérums: précoce et tardif.
Autres liquides biologiques :

→liquide céphalo-rachidien (LCR), liquide amniotique,

→liquide pleural, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) ...

3. Diagnostic indirect des infectrions virales

Diagnostic sérologiques
Tests ELISA
ELISA = Enzyme-Linked Immunosorbent Assay Variété de tests basés sur fixation des anticorps sur les antigènes
Matériel correspondants,
Pour la fixation: Révélation de cette réaction en utilisant un conjugué marqué
Support: une plaque de 96 puits, Ag et Solution de lavage:
4 types d’ELISA selon le mode de révélation de l’anticorps :
Pour la réaction
Sérum à étudier; 1. ELISA Indirect;
Conjugués à la peroxydase; 2. ELISA sandwich;
Solution de substrat de peroxydase et solution de lavage
3. ELISA de compétition;
Méthodologie
4. ELISA immunocapture, Techniques d'Analyses

ELISA INDIRECT ELISA INDIRECT

1- Coating de l’antigène («3 à 12h)

2- Fixation de l’anticorps à doser (1 à 2h)
3- Fixation de l’anticorps de détection (2h)
4- Révélation des anticorps fixés (30 min à 1h)

Techniques d'Analyses

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ELISA SANDWICH ELISA par compétition

Ac sériques

E E

Ac sériques

REACTION POSITIVE REACTION NEGATIVE

Pas de coloration Coloration
Techniques d'Analyses

ELISA PAR IMMUNOCAPTURE

Tests ELISA

Microplaque ELISA : Les puits colorés

correspondent à des positivités
Techniques d'Analyses Techniques d'Analyses

IMMUNOCHROMATOGRAPHIE IMMUNOCHROMATOGRAPHIE
 La détection rapide d'antigènes parasitaires, bactériens ou viraux par
immunochromatographie sur membrane consiste à déposer l'échantillon à tester (sang,
urines, selles, LCR, pus, ...) à l'une des extrémités d'une membrane de nitrocellulose fixée L'excès de complexe conjugué continue à migrer et est immobilisé par un
sur un support plastique ou carton. anticorps (anti-lapin ou anti-souris), l'accumulation des complexes colorés
Si l'antigène recherché est présent, il se lie avec un anticorps marqué le plus souvent à l'or entraîne l'apparition d'une ligne colorée, cette seconde ligne ou ligne de
colloïdal.
contrôle valide le bon fonctionnement de la réaction.
Sous l'effet d'un tampon lyse migration ou non, les complexes antigènes-anticorps migrent
En cas de réaction négative, seule la ligne contrôle est colorée.
par capillarité et sont arrêtés par des anticorps de capture fixés sur la membrane.

Un résultat positif se traduit par l'apparition d'une ligne colorée. L'apparition des bandes est rapide en 15 à 20 mn.

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3. Diagnostic indirect des infectrions virales

IMMUNOCHROMATOGRAPHIE

Diagnostic sérologiques

3. Diagnostic indirect des infectrions virales

Chapitre 5 : LES VACCINS

Diagnostic sérologiques Historique sur le développement des vaccins

Dépistage HIV1/2 par l’immunocombII

A 50 µl
B
C
D
E
F

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Historique des vaccins Historique des vaccins

Principe d'action de la vaccination expliqué par Louis Pasteur (et coll. Roux et
Les vaccins existent sur le principe depuis l’antiquité. Duclaux), à la suite des travaux de Robert Koch (le lien entre les micro-
Dès environ 3000 ans avant Jésus Christ, des écrits rapportent l’utilisation par organismes et les maladies infectieuses).
les égyptiens de croûtes séchées de vaches atteintes de la variole pour prévenir
Première vaccination réalisée par Louis Pasteur : troupeau de moutons contre le
de cette infection.
charbon le 5 mai 1881.
Divers travaux montrent par la suite la reprise de cette pratique. Première vaccination humaine réalisée : enfant : Joseph Meister contre la rage le
6 juillet 1885.
En 1796 le médecin anglais Edward Jenner décrit officiellement l’immunisation
efficace du jeune James Phipps, à l’aide du pus prélevé sur la main de Sarah Pratique progressivement répandue à toute l’Europe d’où l’origine du mot
vaccination, du latin vacca (vache).
Nelmes, infectée par la vaccine.
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DEFINITION DEFINITION
« La vaccination est le processus consistant à stimuler les réponses « Les vaccins ont pour but d’aider le système immunitaire à se défendre contre
immunitaires adaptatives protectrices contre des micro-organismes en des bactéries ou des virus avec lesquels un contact futur est possible ; evitant de
exposant l’individu à des formes non pathogènes ou à des composants des contracter les maladies dont ils sont responsables. »
micro-organismes. »

« Un vaccin est une préparation injectable renfermant des fragments de

bactéries ou de virus tués, atténués ou purifiés en très petite quantité. »

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GENERALITES GENERALITES
Le but des vaccins est d’obtenir une réponse protectrice, basée sur la mémoire Les différentes voies d’administration impliquent de manière variable les
immunologique, reposant sur la production d’anticorps et de lymphocytes cellules présentatrices d’antigène qui prennent en charge le vaccin.
effecteurs. La vaccination génère non seulement une protection individuelle mais également
Les anticorps et les cellules mémoire augmentent à chaque contact antigénique une protection collective en limitant la dissémination des agents infectieux.
(rappels vaccinaux). Produits à partir de différents systèmes biologiques (bactéries, levures,
Il existe trois types principaux de vaccins : atténués, inactivés, antigènes cellules animales,…)
purifiés.

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LE SYSTÈME IMMUNITAIRE LE SYSTÈME IMMUNITAIRE

Réseau à interactions complexes constitué des vaisseaux et ganglions IMMUNISATION PASSIVE ET IMMUNISATION ACTIVE
lymphatiques, de la moelle osseuse, du sang circulant, de la rate et du thymus.
Reconnaît les molécules corporelles et celles qui sont étrangères grâce à la Une protection immunitaire peut être induite par immunisation (active) ou
protéine MHC (major histocompatibility complex). conféré passivement à un individu par transfert d’Ac (passive).

L’immunisation passive se produit naturellement chez l’Homme lors du transfert

Les macrophages (phagocytes) : s'accolent à l'agent pathogène, l'annexent et placentaire des Ac maternels, par le colostrum ou les γ globulines
l'ingèrent par phagocytose. (sérothérapie).
Se trouvent dans l'ensemble de l'organisme et réagissent dès qu'ils détectent un
intrus. L’immunisation active est obtenue en cas de survie à une infection naturelle ou
peut être induite par vaccination.

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Immunité acquise
LE SYSTÈME IMMUNITAIRE
Les granulocytes : appartenant aux globules blancs, spécialisés dans la
Passive Active
détection et l'ingestion d'agents pathogènes (environ 100 millions de
granulocytes/jour).
Survie à une
Vaccination
Infection naturelle Les cellules T (se développent dans le thymus après avoir pris naissance dans la
Artificielle Ac maternels artificielle

moelle osseuse).
• ne reconnaissent qu'un seul agent pathogène à la fois grâce à l’antigène.
Organismes Antigènes
Après une réaction défensive, des cellules T spécialisées → de cellules
Organismes Antigènes ADN
vivants tués
anatoxine
recombinants purifiés mémoire (mémoire immunologique).

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LE SYSTÈME IMMUNITAIRE TYPES DE VACCINS

Essentiellement trois types de vaccins:
Les cellules B : responsables de la production d'anticorps isolés (capables de se 1. vivants atténués,
fixer de façon spécifique et très précise sur la surface d'un agent pathogène. 2. inactivés,
• Agent pathogène marqué → reconnaissance et destruction par d'autres 3. les antigènes vaccinaux purifiés (sous-unités d’agents infectieux et
cellules immunitaires. anatoxines)

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TYPES DE VACCINS TYPES DE VACCINS

Les vaccins varient selon leur mode de fabrication. Il peut s’agir de préparations
contenant :
 l’agent infectieux entier dont la virulence est réduite après mutation (vaccins vivants ou
atténués),
 l’agent infectieux entier inapte à la multiplication du fait d’un traitement physique ou
chimique préalable (vaccins inactivés ou tués),
 des antigènes spécifiques de l’agent infectieux après extraction et modification ou
fabrication de novo (molécules antigéniques obtenues par extraction ou synthèse chimique)
(vaccins sous-unités).

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1. Les vaccins vivants atténués 1. Les vaccins vivants atténués

Meilleurs immunogènes, obtenus par passages successifs de l’agent infectieux sur
des cultures cellulaires visant à atténuer sa virulence.
Problèmes majeurs = risque de retour à la virulence (vaccin sabin anti-
poliomyélite avec une réversion de type neuro-virulence dans 1/500 000 cas de
Grand avantage : permettent d’induire une immunité mimant l’infection par la vaccinations) et de transmission d’un individu à l’autre quand le receveur est
souche pathogène → réponse adaptative humorale et cellulaire T CD4+ et CD8+.
Vaccin étant vivant, est capable de diffuser dans l’organisme et d’induire des immunodéprimé.
réponses dans différents sites anatomiques.

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2. Les vaccins inactivés 3. Les antigènes vaccinaux purifiés

Agents infectieux entiers inactivés par des méthodes physiques comme la Peuvent être des protéines responsables d’une activité du pathogène (ex : toxines
chaleur, le pH, β-propiolactone… tétanique et diphtérique), inactivées avant leur administration (anatoxines)
mais présentant la même immunogénicité. Egalement protéines cibles des
En général très bien tolérés ; recours à des adjuvants pour augmenter leur
anticorps protecteurs (hépatite B). La réponse à ce type de vaccin est
efficacité
majoritairement de type anticorps.
Ils sont conservés à 4°C.
La tolérance est très bonne mais il y aura nécessité d’administrations répétées et/
ou de rappels.
Certains antigènes vaccinaux requièrent d’être couplés à des protéines pour
Induisent une réponse essentiellement de type anticorps associée à une réponse T
augmenter leur immunogénicité. Ainsi les polysaccharides du pneumocoque
CD4+ nécessaire pour que la réponse B soit optimale.
peuvent stimuler directement des lymphocytes B dans la rate et induire la
production majoritairement d’anticorps de type IgM.
Ex vaccins contre la typhoïde , de la variole, la coqueluche,…

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4. Problème des vaccins

3. Les antigènes vaccinaux purifiés

Ce type de vaccin n’induit pas de réponse mémoire. Le couplage des Un problème important actuel de la vaccination est la nécessité d'obtenir une
polysaccharides à de l’anatoxine diphtérique inactivée permet d’obtenir par
réponse immunitaire de type cellulaire indispensable pour le contrôle de
contre à la fois une réponse anticorps de type IgG grâce aux lymphocytes T
CD4+ stimulés par les cellules dendritiques et une réponse B de type mémoire certains pathogènes, notamment viraux.
(Vaccin Prevenar 7 ou 13).
Pour déclencher les réponses immunitaires cellulaires, il est nécessaire de faire
pénétrer les antigènes à l'intérieur des cellules, en particulier des cellules
molécules antigéniques obtenues par extraction ou synthèse chimique ex:
coqueluche acellulaire, Pneumo 23, Méningite, … présentatrices d'antigènes comme les cellules dendritiques.

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4. Problème des vaccins 4. Problème des vaccins

Des virus atténués sont susceptibles d'atteindre un tel objectif mais il n'existe Greffe sur une partie sélectionnée d’un autre organisme vivant un élément du
virus ou de la bactérie : le vaccin concentre alors des gènes en provenance
que quelques exemples de virus ayant été modifiés avec succès, de telle sorte d’espèces différentes. vaccins « chimères » ex : hépatite B, le papillomavirus,
qu'ils restent capables d'infecter les cellules et soient à la fois immunogènes et la grippe pandémique, le choléra,...
Vaccins antibactériens « mixtes », ou « conjugués », couplage avec une protéine
inoffensifs. Ces approches comprennent 3 types différents de vaccins: porteuse (généralement l’anatoxine tétanique ou diphtérique), ex Prevenar,
1. Vecteurs viraux non réplicatifs Haemophilus influenza B, méningite A, C, Y, W135.
Vaccins multiples qui contiennent plusieurs valences dans la même seringue. La
2. Vaccins ADN, ARN tendance actuelle est de mettre le plus d’antigènes possibles dans une seringue.
3. Vaccins à base de lipopeptides Ainsi arrive-t-on à des « hexavalents ».

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PRINCIPE Réponse Immunitaire Vaccin Mort & Vaccin Vivant

Lors de la première exposition à un antigène vaccinal : réponse immunitaire
lente, peu spécifique, s’exprimant initialement par la production d’IgM.

Lors de nouveaux contacts avec l’antigène, e.g. rappels vaccinaux, le délai de

réponse se raccourcit, les anticorps atteignent des titres beaucoup plus élevés
isotype IgG : spécificité beaucoup plus grande.

Lors d’un contact avec l’agent infectieux, l’induction de la réponse immunitaire

du sujet vacciné est suffisamment rapide pour empêcher l’apparition de
manifestations cliniques aboutissant à la protection de la personne vaccinée.

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PRINCIPE VOIES D’ADMINISTRATION

Le vaccin idéal est un vaccin vivant atténué délivré par voie muqueuse, permet
La protection vaccinale repose sur l’existence de cellules mémoires induites
de stimuler la production d’IgA sécrétoires protégeant les individus contre
par la vaccination. Première administration vaccinale, les cellules productrices
l’infection naturelle.
d’anticorps (plasmocytes) augmente jusqu’à 6ème semaine puis décroissent
lentement.
Les vaccins sont habituellement inoculés par injection sous-cutanée, intra-
musculaire ou intra-dermique (obtention d’un meilleur taux d’anticorps).
Les cellules B mémoires atteignent leur fréquence maximum au bout de dix à
quinze semaines, avant de décroître également.
Les lymphocytes B mémoires contribuent à la production rapide d’anticorps à Le site d’injection (épiderme, derme superficiel, derme profond ou
une augmentation du pool de cellules mémoire lors de stimulations hypoderme) influence le type de cellules dendritiques (cellules de Langerhans,
antigéniques ultérieures telles que les rappels vaccinaux. cellules dendritiques dermales) mis en jeu et pouvant être la source de réponses
adaptatives différentes.

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COMPOSITION Adjuvants
(du latin « adjuvare » = aider), composé ajouté à des préparations vaccinales qui
Le vaccins terminé, à base de virus tué, doit contenir, par dose humaine
augmente la réponse immunitaire.
individuelle au moins:
Leurs usage remonte aux années 1925 lorsque RAMON s’était aperçu que la
2,0ml d’une suspension à 5% de virus rabique inactivé dans du soluté réponse aux anatoxines tétanique et diphtérique était augmentée grâce à la
physiologique tamponné au phosphate à pH 7,0. présence dans le vaccin de divers produits qui y furent tels que huiles, sels
d’aluminium, microparticules, sels d’alun, l’hydroxyde d’aluminium et le
Le titre en phénol du produit terminé ne doit pas dépasser 0,25% si le vaccin phosphate d’aluminium
contient 10% de tissu cérébral, et 0,4% si le vaccin contient plus de 10% de tissu
cérébral L’alun, utilisé par exemple pour les vaccins «toxiniques» (tétanos, diphtérie),
permet un dépôt local et une agrégation des protéines vaccinales.

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Adjuvants LES STABILISANTS/ ÉMULSIFIANTS

Le trométamol : alcalinisant, il sert à stabiliser le pH.
La gélatine : sert à maintenir l’intégrité du vaccin.
Sans adjuvant, un vaccin est peu performant, il lui faut un élément agressif, qui
L’albumine : sert à prévenir l’adhérence des immunogènes aux parois des fioles
ne fait pas partie du corps humain et qui secoue le système immunitaire pour « de verre. Présente dans les vaccins : Imovax rage, …
booster » l’immunité.
Obligent le corps à déclencher une réaction plus intense et de durée prolongée.
Produits destinés à assurer l’homogénéité des vaccins : polysorbate 20/80
(présent dans BCG, Rage, DTP…), sorbitol, glycine, lactose, saccharose,
aspartame, glutamate et dextran (polymère du glucose).

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Les solvants LES AUTRES « INGRÉDIENTS » OU ADDITIFS

Le tributylphosphate : produit chimique, utilisé pour fluidifier les compositions Les agents de conservation + désinfectants
vaccinales, Le phénoxyéthanol : c’est un éther de glycol, sert de solvant dans de nombreux
Sérum physiologique et eau pour préparation injectable produits courants (peinture, cosmétiques, produits ménagers, etc…). Dans les
vaccins = rôle d’antigel
La substance tampon
Les dérivés mercuriels (Thiomersal ou encore Mercuthiolate), sel antiseptique
Acide acétique, hydroxyde de sodium, phosphate disodique ou monosodique dans les médicaments et les vaccins.
deshydraté . Les antibiotiques : ils servent à éliminer des germes bactériens qui pourraient être
présents dans les préparations vaccinales (néomycine, gentamycine, kanamycine,
polymyxine… qui appartiennent à la famille des aminosides).

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SCHEMA GENERAL PRODUCTION

LES AUTRES « INGRÉDIENTS » OU ADDITIFS

La β-propiolactone : désinfectant utilisé, entre autres, pour désinfecter les

instruments chirurgicaux. Il est utilisé dans le même but dans les vaccins.
Le glutaraldéhyde : produit très toxique, un poison s’il est ingéré.

Les microbicides (tueurs de virus et de bactéries), substances utilisées dans

certains vaccins contre la grippe telles l’octoxynol-9 ou encore le tween-ether
(remplacé souvent par TritonX-100, et présent dans le vaccin Previgrip).

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RODUCTION DE VACCINS
Les bactéries

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Culture en réacteurs Culture des cellules animales

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Chapitre 6 : CHIMIOTHERAPIE ANTIVIRALE 1- Découverte des antiviraux

Les antiviraux ont d’abord été découverts grâce au criblage à l’aveugle:
I-Développement de la chimiothérapie antivirale
La chimiothérapie antivirale a un problème difficile car c’est la cellule qui → On teste à l’aveugle l’efficacité des molécules sur des cultures virales:
multiplie les virus .
découverte de la Zidovudine (Azidothymidine, AZT ou ZDV) et de la
Le nombre de médicaments antiviraux a fortement progressé au cours des Nevirapine (NVP).
dernières années, principalement en réponse aux développement du SIDA. → Ensuite, par criblage orienté,

Un bon antiviral est celui qui respecte les synthèses cellulaires normales et → Enfin, on à utiliser la modélisation à partir de la structure 3D de l’enzyme et

qu’il inhibe, à l’intérieur des cellules, la synthèse des constituants viraux voir quels sont les composés qui pourraient le mieux s’accrocher au

effectuée sous le contrôle du génome viral. niveau du site actif (inhibiteurs de protéases).
175 176

2- Développement de la chimiothérapie antivirale 2- Développement de la chimiothérapie antivirale

La chimiothérapie antivirale a été compliquée à mettre au point à cause

La chimiothérapie antivirale s’est développée grâce à l’avènement des
de plusieurs raisons :
techniques de biologies moléculaires:
→ propriétés intrinsèques des virus ;

→l’interférence avec le métabolisme cellulaire normal (risque de cytotoxicité)

→ comprendre le cycle de multiplication virale;
→variabilité génétique des virus (concernant l’infection par le VIH, la
→ déterminer les enzymes virales qui sont les cibles spécifiques des antiviraux; transcriptase inverse génère une erreur par virus et par cycle de réplication);
→ mettre au point des techniques de diagnostic virologique rapide pour →virostatique et non virucide.
prescrire précocement une thérapeutique antivirale.

177 178

2- Développement de la chimiothérapie antivirale

3- Classification des antiviraux
Néanmoins, chaque étape du cycle de réplication est une cible potentielle.
Actuellement, beaucoup des étapes du cycle de réplication d’un virus sont
ciblées : En tenant compte de leur point d’impact dans le cycle de réplication virale on
→Entrée (Attachement et Pénétration ) peut classer les principales molécules:
→Dénudation
1. Attachement et pénétration
→Réplication
2. Acide nucléiques viraux et enzymes de réplication
→Maturation des protéines
→Assemblage 3. Synthèse de protéines
→Relâchement. 4. Libération

179 180

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Inhibiteurs d’Attachement et pénétration inhibiteurs d’Attachement et pénétration

Maraviroc
 Inhibition de la fixation virus/cellule cible
C’est un anti-CCR5, corécepteur des souches VIH à tropisme « R5 » (virus cible = VIH).
Il se fixe dans la région transmembranaire de la cellule et entraine une modification
conformationnelle du CCR5 qui va gêner la fixation de la gp120 sur le corécepteur.
Enfuvirtide ou T20
C’est un peptide synthétique qui en se liant à gp 41, empêche le changement de conformation
requis pour la fusion de l’enveloppe avec la membrane de la cellule.
Il inhibition l’entré du VIH dans es cellules hôtes.
Palivizumab
C’est un anticorps monoclonal dirigé contre la protéine de fusion. cible = virus respiratoire
syncytial (VRS).

181 182

Inhibiteurs de la décapsidation Inhibiteurs de la décapsidation

Amantadine(Mantadix ® ) et rimantadine (Roflual ®)

Amantadine et rimantadine
Inhibiteurs de la dénudation Inhibition réversible: l’arrêt prématuré du traitement entraîne la réapparition des
Mode d’action: Elles préviendraient ou ralentiraient la libération de l’acide symptômes.
nucléique dans la cellule hôte réduisant la formation de nouvelles particules. Les Posologie:
2 molécules Sont actives sur les virus influenza de type A en: Amantadine: 100g/j/5 jrs; ½ vie de 10 à 30h
→bloquant le canal à proton de la protéine virale M2;
Rimantadine : 200g/j/5 à 7 jrs; ½ vie de 25 à36h
→augmentation du pH de la vacuole d’endocytose;
→empêche la décapsidation virale et donc l’infection cellulaire. Effets secondaires: fréquents, surtout avec l’amantadine ( insomnie, nervosité,
nausées, Anorexie, rarement trouble du SN)

183 184

Inhibiteurs de la décapsidation et libération Acides nucléiques viraux et enzymes de réplication

Les molécules utilisés ici sont la plupart des formes modifiées. C’est sont des
analogues nucléosidiques des purines ou des pyrimidines.
L’analogue obtenue peut participer à:

→l’inhibition compétitive: l’analogue entre en compétition avec les nucléotides

normaux pour le site de l’enzyme virale qu’il inactive;
→la terminaison de la chaine: l’analogue qui est incorporé dans l’ADN viral n’a
pas d’OH en 3’ dans ce cas la transcription s’arrete.

185 186

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Acides nucléiques viraux et enzymes de réplication 1. Inhibiteurs nucléotidiques et non nucléosidiques

La synthèse de l’ADN Ils ont été développés pour le virus du VIH, du VHB, du VHC, des Herpes virus
La polymérase ajoute un désoxyribonucléique triphosphate à l’extremité 3’-OH de la chaine en et des CMV.
cours d’élongation. Si l’OH en 3’ est absent, la polymérase ne peut pas fixer de nucléotide. Mécanisme d’Action des inhibiteurs nucléotidiques et non nucléosidiques
Le mécanisme d’action des inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase reverse
est identique pour toutes les molécules.
Ils subissent tout d’abord une triphosphorylation par addition successive de 3
groupements phosphate en 5’ au niveau de leur désoxyribose.

187 188

Mécanisme d’Action des inhibiteurs nucléotidiques et non nucléosidiques Mécanisme d’Action des inhibiteurs nucléotidiques
Aciclovir (ACG) +ATP Aciclovir 1 phosphate
Aciclovir (Zovirax): c’est la molécule antivirale spécifique dépourvue d’effet
Kinase virale
cytotoxique. C’est un analogue de la 2’-désoxyguanosine. Kinase cellulaire
Pour être active, elle doit d’abord être monophosphorylée puis di et
triphosphorylée.
La première étape de phosphorylation ne peut pas être réalisée par la thymidine Aciclovir di-phosphate
kinase cellulaire mais par la kinase virale. Kinase cellulaire

L’acicloguanosine triphosphate est 50 fois plus active sur l’ADN polymérase

Aciclovir tri-phosphate (actif)
virale que l’ADN polymérase cellulaire ce qui explique sa très faible toxicité.
Incorporation dans l’ADN
La chaîne cyclique qu’il possède étant dépourvue de groupement hydroxyle, ce
Inhibe la réplication
médicament entraîne un arrêt complet de l’élongation de la chaîne d’ADN viral ce
qui n’est pas le cas du ganciclovir qui ne fait que ralentir l’élongation.
Mécanisme semblable pour tous les analogues nucléosidiques
189 190

Mécanisme d’Action des inhibiteurs nucléotidiques Les inhibiteurs nucléosidiques du HIV

Inhibiteurs de la transcriptase inverse: VIH,
L’aciclovir bloque la réplication de l’ADN viral selon deux mécanismes: Inhibiteurs nucléosidiques de la TI (INTI)
Inhibition compétitive pour le site de l’enzyme;
Terminaison de chaine (pas d’OH en 3’). Les INTI du VIH empêche l’infection des cellules saines par les virus libérés des
Les spectre d’activité de l’acyclovir est étroit: HSV-1, HSV-2 et VZV. cellules infectées.

Ganciclovir (Cymévan) Les analogues triphosphorylés se fixent préférentiellement à la RT et bloquent la

Il est actif sur le CMV et proche de l’aciclovir. La Protéine Kinase du CMV transcription en ADN viral:
phosphoryle mieux le ganciclovir que l’aciclovir. Il est toxique et qui n’est utilisé
que dans le traitement des infections sévères chez les immunodéprimés (sida ou Soit par inhibition compétitive pour le site de l’enzyme;
après greffe). Soit par terminaison de chaine (pas OH en 3’).

Famcicloivir (Oravir): C’est une prodrogue utilisé actif sur les virus HSV,
EBV et VZV 191 192

32
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Inhibiteurs nucléosidiques de la TI (INTI)

Inhibiteurs de la transcriptase inverse: VIH
Inhibiteurs non nucléosidiques de la TI (INNTI)
DCI Spécialité
Les INNTI sont des molécules qui se lient directement à des acides aminés
Zidovudine Retrovir® hydrophobes proches du site catalytique de la RT, sans transformation préalable.
Didanosine Videx ®

zalcitabine Hivid®
Agissent uniquement sur le HIV-1 en association avec des IN et/ou des
Lamivudine Epivir®
antiprotéases à cause de l’apparition rapide de résistance.
Stavudine Zerit®
Abacavir Ziagen ®

193 194

Mécanisme d’Action des inhibiteurs non nucléosidiques de la TI Inhibiteurs non nucléosidiques de la TI (INNTI)
DCI Spécialité
Le mécanisme d’action des inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase
reverse implique une fixation directe de ces composés au site catalytique de Névirapine Viramune®
l’enzyme, bloquant ainsi son activité.
N’ayant pas besoin de phosphorylation, ils sont indépendants des capacités de Efavirenz Sustiva®

phosphorylation intracellulaire.
delavirdine Rescriptor®

emivirine Co-Actinon®

195 196

Inhibiteurs de l’intégration Les antiprotéases

Les IP agissent en inhibant l’action de la protéase virale qui permet le découpage
Bloquent l’action de l’intégrase et empêchent ainsi le génome viral de se lier à et l’assemblage des protéines virales, processus indispensable à l’obtention de
celui de la cellule cible. virus infectieux.
Les IP sont des peptidomimétiques qui se fixent au site actif de l’enzyme.
Empêchent le transfert de brins dans le chromosome cellulaire et donc l’in Les IP conduisent à la production de virions défectueux qui sont incapables
tégration du génome viral dans l’ADN. d’infecter de nouvelles cellules

Ce sont des molécules très puissantes et de toxicité moindre.

EX: Raltégravir et Elvitégravir La protéase du HIV par exemple, découpe les protéines précurseurs Gag, Pol et
Env, reconnaissant des sites de clivage spécifiques.

197 198

33
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Les antiprotéases Mode d’action des antiviraux

DCI Spécialité

saquinavir Invirase®

ritonavir Norvir®

indinavir Crixivan®

Nelfinavir Viracept®

199 200

Les associations d’antirétroviraux Synthèse de protéine

La monothérapie n’a plus d’indication en dehors de la grossesse où l’on utilise Interférons

l’AZT à partir du 3ème semestre de la grossesse. On distingue d’une part des interférons de type I produits par les cellules
Les avantages théoriques des associations sont: infectées par un virus
Addition de l’effet thérapeutique; Glycoprotéine produite par lymphocyte B, fibroblastes et macrophages,
Prévention de l’emergence de mutants résistants. 3 types : IFN α, IFN β, IFN γ
La stratégie thérapeutique actuelle repose sur la multithérapie: "HAART" highly Les IFN ne sont pas spécifiques d’un virus mais protègent contre tous les virus.
active antiretroviral therapy:
 3INTI Elles permettent la dégradation des ARNm et empêchent les virus de produire
 2INTI+1IP leurs protéines.
 2INTI+2IP
 2INTI+1INNTI

201 202

Synthèse de protéine Synthèse de protéine

Interféron α
Interféron α
L’interféron α utilisé en thérapeutique est obtenu par recombinaison.
3 grandes propriétés : Il est utilisé dans le traitement des hépatites chroniques virales B et C.
1. L’effet antiviral est l’inhibition de la transcription virale et de la traduction Exemple d’Interféron α:
des protéines virales; Introna®,
2. Augmentation de l’immunité cellulaire (immunomodulatrice). Roféron®,
3. Antiproliférative Viraferon®,
Laroferon®

203 204

34
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Synthèse de protéine Synthèse de protéine

Posologie: pour hépatite B Ribavirine
5 millions d’unités/j ou 10 millions 3 fois /semaine
C’est analogue de guanosine. Il doit être phosphorylé puis interfère avec des
Injection par IM ou sous-cutanée.
évènements précoces de la transcription virale.
Associé à 100mg/j (per-os) de lamivudine, pendant 1 an
Posologie: pour hépatite C Action au niveau des ARNm viraux(inhibe l’addition de la coiffe des ARNm).

3 millions d’unités 3 fois/semaine; Il est utilisé dans le traitement des hépatite virale C par Voix orale (en bithérapie
avec u ninterféron)
Associées à 500mg (per os) 2 fois/j de ribavirine pendant 6 mois.

205 206

Inhibiteurs du relâchement: décollage interdit Inhibiteurs de la libération

Zanamivir (Tamiflu) et oseltamivir (Relenza ®)

Inhibiteurs sélectif de la neuraminidase, une des enzymes de surface des virus de la
grippe responsable de la libération des particules virales nouvellement formées à partir
des cellules infectées.
Inhibent l’activité de la neuraminidase des virus l’influenza de type A et B.
Conséquence: suppression du détachement des virions néosynthétisés de la surface
des cellules infectés. Donc la dissémination virale est ainsi diminuée.
Posologie:
Zanamivir utilisable par inhalation
Oseltamivir: utilisable par voie orale
Les molécules doivent être utilisées aussi vite que possible au cours de l’infection
grippale (2 jrs). 207 208

4- Mécanisme d’émergence 4- Mécanisme d’émergence

des virus résistants des virus résistants
Traitement antirétroviral éliminant les virions, à
Mutation aléatoire
l’exception de la nouvelle souche, qui est
créant une nouvelle
résistante
souche
Pop de virus VIH

Prolifération d’une Population Quasi-espèce virale

de virions résistants au
traitement utilisé
précédemment

209 210

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Chapitre 7 : LES VIRUS EMERGENTS

5- Les effets secondaires INTRODUCTION
Le concept de maladie émergente a été établi en 1989 à Washington.
Troubles métaboliques: répartition anormale des graisses, diabète,
hypercholestérolomie
L’idée de maladie nouvelle avait pris forme depuis l’apparition du sida au
début des années 1980; toutefois, la perception de nouveauté est toujours
relative.

EX1: Lors de la réapparition du choléra en Amérique du Sud en 1991, après une

éclipse de plus de cent ans, la maladie a été perçue par les populations
autochtones comme nouvelle, alors que le germe était très anciennement
211
connu.

INTRODUCTION INTRODUCTION
EX2: L'apparition de la bilharziose dans des périmètres récemment irrigués
 Malheureusement, ces découvertes n'ont pas suscité à l'époque un grand
après la construction d'un barrage sur le fleuve Sénégal, là où elle était absente
auparavant, peut constituer un exemple de maladie émergente, alors que le intérêt et le risque potentiel de diffusion de ces virus qualifiés de «tropicaux»
germe est connu depuis l'époque pharaonique.
ne semblait aucunement inquiéter les autorités de santé.

Dans les années 1950, différents organismes mettent en place des réseaux de L'apparition du sida et la démonstration que les VIH provenaient de virus
surveillance internationaux visant à recenser les virus transmis par les insectes présents chez différentes espèces de singe en Afrique et qui avaient pu
et ceux présents dans des hôtes réservoirs (rongeurs, chauves-souris, oiseaux,
animaux domestiques). s'adapter à l'homme puis diffuser hors du continent africain amenèrent les
scientifiques à porter un regard nouveau sur les arbovirus, et d'une façon plus
Le bilan de ces investigations est surprenant: plus de 600 virus nouveaux sont générale sur les zoonoses tropicales.
décrits, pour la plupart dits <<orphelins».

INTRODUCTION DEFINITION MALADIES ÉMERGENTES OU RÉ-ÉMERGENTES

Cet intérêt apparaît de nos jours justifié, avec la récente introduction aux États-Unis du virus On qualifie d’émergent un virus qui apparait nouvellement au sein d’un hôte (
West Nile (arbovirus transmis par les moustiques) ou la soudaine émergence du Coronavirus
qui était jusqu’à présent inconnu à l’intérieur de l’organisme qu’il infecte).
responsable du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et le Chikungunya à l’Est du Tchad.
Maladie émergente: Apparition dans le monde ou dans une région donnée
En 1991, aux États-Unis, le National Institute of Allergy and Infectious Diseases, a proposé
une première liste de maladie émergentes qui comprend en particulier: d’une maladie n’ayant jamais existé
→ la maladie de Lyme, Le terme de maladie virale émergente s'applique aux cas suivants :
→la fièvre de Lassa,
→Maladie totalement nouvelle due à un « nouveau » virus (SIDA, 1981);
→la dengue,
→le choléra →Maladie due à un « nouveau » virus (SRAS, 2003);
→et les fièvres hémorragiques virales.
→Maladie non reconnue jusqu’alors qui le devient suite à une modification
quantitative ou qualitative (Dengue);

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DEFINITION MALADIES ÉMERGENTES OU RÉ-ÉMERGENTES

DEFINITION MALADIES ÉMERGENTES OU RÉ-ÉMERGENTES

Le terme de maladie virale émergente s'applique aux cas suivants : Maladie ré-émergente: Réapparition après plusieurs années d’une maladie

→Maladie qui apparaît dans une région nouvelle (West Nile aux USA, 1999); ayant existé auparavant.

→Maladie qui existait auparavant chez l’animal et qui se transmet chez l’homme Le terme de maladie virale ré-émergente s'applique aux cas suivants :
(grippe aviaire, 1997);
→une affection qui réapparaît là où elle avait disparu, ou dans un
→une affection dont l'étiologie est nouvellement décrite (maladie connue, virus
environnement nouveau.
nouveau) : exemple des fièvres hémorragiques dues aux virus Ebola, Lassa,
→ exemple de la fièvre jaune ou de la dengue hémorragique en Amérique du
Marburg.
Sud.

DEFINITION MALADIES ÉMERGENTES OU RÉ-ÉMERGENTES ORIGINE DES VIRUS EMERGENTS

La grande majorité des virus émergents chez l’homme proviennent de

« réservoirs animaux » :

• leur infection est tout d’abord prédominante chez une espèce animale en
particulier (grand singe pour le virus Ebola, volatiles dans le cas du virus de la
grippe aviaire H5N1…).

• En suite, il peut arriver que via divers mécanismes génétiques (mutations ou

recombinaisons), ils parviennent à s’adapter à l’homme (entrer efficacement
dans ses cellules, à s’y multiplier puis à se transmettre entre personne).

FACTEURS FAVORISANTS L'ÉMERGENCE DES MALADIES VIRALES FACTEURS FAVORISANTS L'ÉMERGENCE DES MALADIES VIRALES

Les facteurs d'apparition des maladies virales émergentes se répartissent, selon leur
origine, en facteurs anthropiques (dus à la présence de l'homme) et naturels, les deux Les facteurs d'apparition des maladies virales émergentes se répartissent,
groupes étant souvent très étroitement liés.
selon leur origine, en facteurs anthropiques (dus à la présence de l'homme) et
1- Facteurs humains
naturels, les deux groupes étant souvent très étroitement liés.
→Les modifications écologiques induites par l'homme peuvent largement influencer les
paramètres naturels d'émergence des virus; 1- Facteurs humains
EX: Fièvre hémorragique d’Argentine
- 1er cas en 1953
→L’augmentation des mouvements animaux et de densité de la population
- Mortalité de 30% mondiale et flux de population humaine;
- Virus responsable : Virus Junin
- Cause de l’émergence: →L’amélioration des moyens de transport et exploitation de la nature;
• Pullulation de rats suite à une
culture intensive de maïs en Argentine
→Développement des outils de détection.

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FACTEURS FAVORISANTS L'ÉMERGENCE DES MALADIES VIRALES FACTEURS FAVORISANTS L'ÉMERGENCE DES MALADIES VIRALES

2- Facteurs non humains

Modifications des facteurs climatiques: L’effet de serre en particulier peut

avoir une influence importante sur le réchauffement de la planète et par
conséquent sur l'écologie des vecteurs et des maladies qu'ils sont susceptibles
de transmettre.

Modification des vecteurs

Fig: Conditions de survenue de l’émergence

ETUDE DE QUELQUES MALADIES EMERGENTES

1. CORONAVIRUS
1. CORONAVIRUS
1.1. Historique 1.2. Structure et biologie
Les Coronavirus (CoV) infectent l’humain et de nombreuses espèces animales (mammifères
et oiseaux). Les coronavirus sont des virus sphériques, de 60 à 220 nm de diamètre, dont
Les 1ers CoV ont été décrits chez les animaux et n’ont d’abord pas reçu l’appellation la structure, comporterait une capside icosahédrique, elle même entourée
« coronavirus », apparue plus tardivement dans le 1er rapport de l’CITV en 1971. d’une enveloppe membranaire.

Chez l’homme, les 1ers CoV ont été isolés en culture cellulaire dans les années 1960, à Ils ont été nommés d’après leur aspect en couronne en microscopie
partir de sécrétions respiratoires d’individu présentant une infection respiratoire aigué. électronique
De 1967 à 2004, les HCoV ont été négligés en médecine humaine et n’étaient pas Leur génome est constitué d’un ARN linéaire simple brin, non segmenté, de
recherchés dans les laboratoire de diagnostic virologique.
Les 1ers connaissances sur la biologie de ces virus ont été acquises à partir de l’étude des polarité positive, d’environ 30 kb et qui code pour 7 à 10 protéines.
CoV animaux.

1. CORONAVIRUS
1. CORONAVIRUS
1.2. Structure et biologie
1.2. Structure et biologie
Certaines de ces protéines sont bien caractérisées comme la réplicase et les protéines
structurales N (nucléocapside), S (spike), E (enveloppe, aussi appelée sM) et M et M’
(membrane), ainsi que la protéine de surface HE (Haemagglutinin esterase) qui n’est
présente que chez certains coronavirus.

→La protéine N est une nucléoprotéine qui s’associe à l’ARN pour former la nucléocapside.

→La protéine S, glycoprotéine de grande taille (de 1 100 à 1 450 acides aminés), elle forme

des extensions (spicules) à la surface de la particule virale et est responsable de

l’attachement à la cellule hôte et de la fusion membranaire lors de l’infection, ainsi que de

l’induction d’anticorps neutralisants.

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1. CORONAVIRUS
1. CORONAVIRUS

1.2. Structure et biologie

1.2. Structure et biologie
Les coronavirus sont très rependus et sont en général responsables de simples rhumes et
de syndrome grippaux bénins.
Ils provoquent des infections touchant tout l’arbre respiratoire et ont été

Certains acquièrent des propriétés qui les rendent agressif et hautement transmissibles.
incriminés, chez l’enfant, dans des Entérocolites nécrosantes.

Les Coronavirus connus ont un tropisme multiple (respiratoire, entérique, neurologique et

Des coronavirus induisent des pathologies:
hépatique) et infectent les vertébrés, oiseaux et mammifères. →chez le chat: péritonite infectieuse féline;

Bien que les maladies à coronavirus soient bénignes, certains auteurs notaient, dès 1998, →chez le chien et le porc: gastro-entérite;
que «la capacité d’évolution et d’adaptation des coronavirus est importante et peut →chez les oiseaux et volailles: affections respiratoires.
engendrer l’apparition de variant dont le pouvoir pathogène serait modifié en faveur du
virus».

1. CORONAVIRUS 1. CORONAVIRUS

1.3. Classification et taxinomie

1.3. Classification et taxinomie
Groupe 1
L’ensemble des coronavirus connus est classé jadis en trois groupes sur la base Coronavirus humain 229-
E, porcins (VGET et VDEP)
des propriétés antigéniques. et félins (VPIF et CVEF)
Groupe 3
Coronavirus aviaires
Les deux coronavirus humains prototypes, 229 E et OC43, appartiennent à (VIB et CVT)

deux groupes différents (1 pour 229 E et 1 pour OC43). Groupe 2

Coronavirus humain
OC43, bovin (CVB) et
murins (VHM) SRAS-CoV

1. CORONAVIRUS 1. CORONAVIRUS

1.3. Classification et taxinomie 1.2. Structure et biologie

Depuis les années 2000, la taxinomie des CoV a été réguliérement revue par l’CITV.
Les 2 CoV émergents (SRAS-COV et MERS-CoV) on fait l’objet après leur identification en
Actuellement, les CoV appartiennent à : 2003 et 2012 respectivement, d’infection expérimentales.
• Ordre: Nidovirales
L’émergence de SRAS-COV est survenue dans le sud de la Chine, fin 2020.
• Famille: Coronaviridae elle-même subdivisée en 2 sous-familles (Coronavirinae et Torovirinae).
En 2009 les Coronavirinae ont été divisés en 4 genres (Alpha-, Beta-, Gamma-, et L’émergence de MERS-CoV est survenue entre avril et aout 2018 en Arabie Saoudite.
Deltacoronavirus.
Selon OMS, l’infection par le MERS-CoV, comme celle causée par le SRAS-COV, est une
Les Alpha-, Beta-, Gammacoronavirus replacent les anciens CoV de groupes 1, 2 et 3.
infection de l’adulte.
Les genre Deltacoronavirus a été défini en 2011 et regroupe essentiellement des virus aviaires.
Une première épidémie mettant en jeu le virus SRAS-Cov a été à l’origine, de 774 décès
entre novembre et juillet 2003, 1ère maladie infectieuse grave du XXIème siècle.

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1. CORONAVIRUS 2. Chikungunya
Depuis la fin de l'année 2004, l’épidémie due au virus Chikungunya se propage dans l'Océan
Covid-19 Indien.

Selon les études phylogénétiques, la maladie est apparue entre octobre et Décrit pour la première fois en 1952, le virus du Chikungunya appartient à la famille de

décembre 2019, et plus précisément à la fin du mois de novembre. Togaviridae et au genre Alphavirus.

La famille Togaviridae comprend 27 virus dont 16 infectent les humains avec un diamètre de
Le premier patient diagnostiqué est identifié le 1er décembre 2019 dans la
50 à 70 nm et 12000 Pb.
province du Hubei, en Chine.
Il se transmet par l'intermédiaire des moustiques, les primates ou l'homme servant de
réservoir selon la situation géographique et les conditions.

Les moustiques vecteurs appartiennent principalement aux genres Aedes aegypti et A.

albopictus.

2. Chikungunya 2. Chikungunya
Il est à l’origine d’une maladie caractérisée principalement par une fièvre élevée et de très
Les signes cliniques précoces sont comparables à la fièvre de la Dengue, qui
fortes douleurs articulaires invalidantes.
devrait être incluse dans le diagnostic différentiel puisque les zones d'endémie
Si la maladie n’est pas létale, elle peut parfois générer des douleurs sur une très longue
période. Des formes plus graves peuvent néanmoins être retrouvées chez les personnes se recoupent souvent pour ces deux virus.
fragiles (âgées, immunodéprimées, nouveaux nés issus de mère malades durant Dans le passé, des épidémies relativement limitées ont déjà été recensées en
l’accouchement).
Afrique et en Asie, mais l'épisode actuel est sans précédent.
Le nom Chikungunya s signifie dans la langue bantoue «qui se recourbe» du fait de
Les premiers cas ont été détectés semblerait-il aux Comores, la Réunion et les
l'apparition d'arthralgies qui peuvent être très invalidantes et perdurer des mois, voire des
années, une des conséquences liées à l'infection virale. îles environnantes, puis l'épidémie s'est étendue à Madagascar et l'Inde.

237 238

2. Chikungunya 2. Chikungunya
Au Tchad, c’est en juillet 2020, que les autorités sanitaires ont été avisées de la survenue de
Selon les investigations faites, la souche originelle provient d'Afrique de l'Est.
cas de maladie se manifestant par une forte fièvre, des céphalées et des douleurs articulaires
Actuellement, il n'existe aucune thérapie antivirale ou de vaccin efficace intenses et incapacitantes, parfois accompagnées des vomissements.

contre ce virus, le contrôle du vecteur apparaît dès lors comme le seul moyen Elles ont par la suite déterminé qu’il s’agissait du Chikungunia après les analyses faites par le
de limiter la transmission. laboratoire mobile de N’Djaména et confirmés par le laboratoire de Luis Pasteur de Yaoundé
au Cameroun (labo de référence de l’OMS).
Le diagnostic est basé sur la recherche d'anticorps spécifiques, test disponible
Selon OMS, entre le mois de juillet et le 20 septembre2020, 27 540 cas ont été notifiés au total
à ce jour seulement dans des laboratoires spécialisés.
dans trois provinces:24 302 cas dans le district sanitaire d’Abéché et 3 237 cas dans celui de
Biltine.

239 240

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