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Biophysique et biomécanique cellulaire

Le document présente le descriptif des unités d'enseignement (UE) du Master SV, notamment l'UE45 Biophysique, qui comprend deux ECUE : la biomécanique de la cellule et les techniques physiques pour l'acquisition de données biologiques. L'ECUE sur la biomécanique aborde les principes mécaniques des phénomènes cellulaires et leur modélisation mathématique, tandis que l'ECUE sur les techniques physiques se concentre sur les principes des lasers et leur application en spectroscopie et imagerie. Chaque ECUE inclut des modalités d'évaluation basées sur des projets et des présentations.

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Biophysique et biomécanique cellulaire

Le document présente le descriptif des unités d'enseignement (UE) du Master SV, notamment l'UE45 Biophysique, qui comprend deux ECUE : la biomécanique de la cellule et les techniques physiques pour l'acquisition de données biologiques. L'ECUE sur la biomécanique aborde les principes mécaniques des phénomènes cellulaires et leur modélisation mathématique, tandis que l'ECUE sur les techniques physiques se concentre sur les principes des lasers et leur application en spectroscopie et imagerie. Chaque ECUE inclut des modalités d'évaluation basées sur des projets et des présentations.

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Descriptif des UEs du Master SV

UE45 Biophysique
ECUE 1 : Biomécanique de la cellule

Responsable : Rachele Allena ([Link]@[Link])


Niveau : M1/M2
Objectifs : Comprendre les aspects mécaniques des phénomènes cellulaires et acquérir les
outils pour les modéliser mathématiquement.
Pérequis : Bases en biologie
Nombre d’heures : 28h (CM/TD)
Intervenant: Rachele Allena
Contenu : La mécanique cellulaire joue un rôle fondamental dans plusieurs phénomènes
mécanobiologiques tels que le remodelage osseux, le cancer, l'embryogenèse, ou encore la
réponse immunitaire. Au cours des dernières décennies, les biologistes ont commencé à
explorer le rôle de la mécanique et plus précisément des forces et des contraintes subies ou
exercées par les cellules sur leur environnement. Durant ce cours, nous reviendrons sur les
principes de base de la mécanique des milieux continus afin de pouvoir aborder la modélisation
mathématique de plusieurs processus biologiques tels que l'adhésion, la migration, l'invasion et
les interactions cellule-cellule. Diverses approches mathématiques basées sur des EDO, des EDP,
en particulier des équations de réaction-diffusion ou autres, seront présentées afin de mettre en
évidence comment ces phénomènes peuvent être modélisés et couplés, tout en prenant en
compte les aspects multi-échelles dans leur modélisation. Un accent particulier sera mis sur la
migration cellulaire, individuelle et collective, ainsi que sur la mécanique du noyau cellulaire.

 Partie I
Concepts fondamentaux en mécanique des milieux continus. Mécanique du solide.
 Partie II
Introduction aux propriétés de mécaniques cellulaires.
Mécanismes extra-, inter- et intra-cellulaires, impliqués dans la motilité cellulaire.
 Partie III
Différents modèles de migration cellulaire individuelle ou collective : approches
physique, mathématique et computationnelle.
 Partie IV
Mécanique du noyau.

Modalités du contrôle des connaissances:


Projet : Travail bibliographique (30%), présentation (40%), réponses aux questions lors de la
discussion (30%).

ECUE 2 : Techniques physiques pour l’acquisition de données biologiques

Responsable : Gian Luca Lippi ([Link]@[Link])


Niveau: M1/M2
Objectifs : Connaître les principes physiques sous-jacents aux techniques modernes
d’acquisition des biodata
Prérequis : Physique de base
Nombre d’heures : 16h (CM/TD)
Intervenants : GL Lippi
Contenu :
Introduction à la physique des lasers et à ses applications en spectroscopie (4h)
Principes du laser: pompage, absorption et émission
Caractéristiques et performances
Principes de la spectroscopie

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Descriptif des UEs du Master SV

Pinces optiques: manipulation et tri


Eléments physique de la spectroscopie moléculaire (4h)
Discrétisation des niveaux d’énergies
Absorption de photons et émission spontanée, processus non radiatif
Diagramme de Kastler et de Jablonski
Potentiel de Morse
Transitions permises et interdites, règles de sélection
Principe de Franck-Condon
Applications à l’imagerie par fluorescence (2h)
Absorption et caractéristiques des spectres de fluorescence
Caractérisation quantitative, rendement quantique, force de l’oscillateur, facteurs
environnementaux, temps de fluorescence, multiplexage optique
Techniques de mesure
Cytométrie par flux et microfluidique
Application à la microscopie optique (2h)
Remarques sur la microscopie optique
Epifluorescence, microscopie confocale, techniques de haute résolution
Quantifier les déformations cellulaires (3h)
Mesures avec ou sans contact suivant les contraintes considérées : rhéologiques,
mécaniques, hydrodynamiques, ou acoustiques
Sonde, acquisition d’informations et interprétation des données
Exemples d’application et perspectives potentielles
Modalités du contrôle des connaissances :
Projet: rédiger une synthèse critique d’un article de recherche

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