Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

2Chapitre 2

Recherche de facteurs favorisant la thermostabilité des

protéines
L’une des premières recherches que nous avons effectuées dans le domaine de la stabilité
thermique des protéines a eu pour objectif de mettre en évidence différents facteurs de
structure et de séquence favorisant la thermostabilité des protéines. En effet, plusieurs travaux
déjà réalisés dans ce domaine ont souligné l’impact de différents facteurs et notamment :

• les ponts hydrogène [40,44,50,91,94,95,103,115,124-126,136-139]

• les ponts disulfures [44,89,105-110]
• les ponts salins [44,84,87,88,91,94-96,99,100,102,103,111-130]
• la fraction de ponts salins inclus dans des réseaux électrostatiques [125,165]
• les interactions effectives entre acides aminés hydrophobes [44,91,97,118,131-135]
• les interactions aromatiques [44,156-160]
• les interactions cation-π [91,99,103,164]
• le pourcentage de structure secondaire [85,90,91,94-96,99-101,103]
• la composition en acides aminés [72-75,85,91,94,95,98-103]

Les recherches ayant permis d’identifier ces facteurs sont essentiellement des travaux
effectués sur différentes familles de protéines homologues comprenant des protéines de
stabilité thermique différente issues d’organismes et de micro-organismes divers. La grande
similarité entre les homologues d’une même famille laisse place cependant à quelques faibles
dissemblances. Ces faibles dissemblances sont alors associées à des paramètres responsables
de la différence de stabilité thermique présente entre ces homologues. Cependant, les résultats
de ces différents travaux mettant en exergue l’influence de l’un ou l’autre facteur sur la
thermostabilité des protéines sont parfois en contradiction.

Nous avons étudié l’abondance et les proportions de ces divers facteurs au sein de huit
familles de protéines monomériques homologues : Acylphosphatase, Adénylate kinase,
α-Amylase, « Cold Shock Protein », Cytochrome P450, Glycoside hydrolase (Endoglucanase
12A), Lysozyme et Myoglobine (tableau 2.1).

La démarche que nous avons suivie peut être résumée en quelques points : définition des
familles de protéines monomériques homologues, développement d’une méthode automatique
d’évaluation des divers facteurs, évaluation de la proportion de chaque facteur au sein de
chaque protéine d’une même famille, détermination de la régression linéaire entre les
proportions de ces facteurs et leurs températures de fusion Tm afin d’en extraire un coefficient
de corrélation et une p-valeur. Ce coefficient nous permet d’appréhender l’influence favorable
ou défavorable d’un facteur donné vis-à-vis de la thermostabilité et la p-valeur d’en estimer la
significativité.

35
2.1 Définition de huit familles de protéines homologues
Un des grands défis de cette thèse de doctorat a été de constituer une base de données la
plus exhaustive possible regroupant des protéines dont la structure tridimensionnelle et la
stabilité thermique ont été déterminées expérimentalement (section 3.1.1). C’est à partir de la
base de données de protéines sauvages monomériques BD5 que nous avons obtenu ces huit
familles de protéines homologues. Deux protéines sont dites homologues lorsque les gènes
qui codent pour celles-ci ont une origine commune. Afin de s’assurer de leur homologie, nous
avons d’une part évalué leur identité de séquence avec l’outil bioinformatique ClustalW [253].
Il est en général considéré qu’au dessus de 40% d’identité de séquence, deux protéines sont
homologues [254]. D’autre part, nous avons réalisé une superposition de structure avec l’outil
bioinformatique DaliLite [255]. Le Z-score fournit par DaliLite est une mesure de la qualité de
l’alignement. Si le Z-score est au dessus de 20, les deux protéines sont homologues, entre 8 et
20 elles le sont probablement, entre 2 et 8 la décision est difficile, en dessous de 2 les deux
protéines ne sont pas homologues [255].

Parmi ces différentes familles certaines protéines peuvent aisément être identifiées
comme homologues par un alignement de séquence alors que d’autres non. En particulier, les
membres de la famille des cytochromes P450 ou des myoglobines ont des pourcentages
d’identités de séquence relativement faibles (tableau 2.1). Un alignement de structure avec
l’outil bioinformatique DaliLite permet cependant de mettre en évidence leur homologie.
Comme le montrent les résultats des alignements de séquence et de structure obtenus sur la
famille des lysozymes, l’homologue issu du phage λ est fort éloigné des trois autres (tableau
2.1). Les Z-scores obtenus entre cet homologue et les autres restent dans une gamme de
valeurs où l’homologie est incertaine.

36
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

Id. [Link]. Nb.

Famille de protéines Code Tm Organisme hôte de Z-
seq. DaliLite c d a.a.
homologues PDB a (°C) la protéine Score
(%) b (%) (σÅ) e

2acy 53,8 Bos taurus 100 - - 98

Acylphosphatase 2bjd 100,8 Sulfolobus solfataricus 20 92 (1,1) 17,7 90
1w2i 111,5 Pyrococcus horikoshii 29 92 (1,2) 17,7 90
1p3j 43,3 Bacillus subtilis 100 - - 212
1s3g 47,6 Bacillus globisporus 67 98 (0,7) 35,2 217
Adénylate kinase 1aky 47,7 Saccharomices cerevisiae 42 97 (1,1) 32,7 218
1ank 51,8 Escherichia coli 48 97 (1,3) 30,7 214
1zip 74,5 Bacillus stearothermophilus 74 98 1,6 33,1 217
1aqh 44,0 Alteromonas haloplanctis 100 - - 448
1ppi 65,6 Sus scrofa 46 89 (1,5) 51,1 496
α-Amylase 1jae 65,9 Tenebrio molitor 41 92 (1,3) 52,4 471
1smd 70,3 Homo sapiens 44 88 (1,3) 51,0 496
1bli 101,0 Bacillus licheniformis 13 76 (2,8) 28,5 481
1csp 53,8 Bacillus subtilis 100 - - 67
« Cold shock protein » 1mjc 56,7 Escherichia coli 59 96 (1,4) 12,9 69
1c9o 76,9 Bacillus caldolyticus 83 100 (0,8) 14,9 66
1bu7 47,0 Bacillus megaterium 100 - - 455
1oxa 55,0 Saccharopolyspora erythraea 13 82 (3,1) 32,4 403
Cytochrome P450 1akd 61,0 Pseudomonas putida 10 82 (3,4) 30,0 405
1n97 88,0 Thermus thermophilus 20 98 (2,4) 40,2 385
1f4t 91,0 Sulfolobus solfataricus 17 92 (3,0) 30,4 367
1oa3 49,2 Hypocrea schweinitzii 100 - - 217
Glycoside hydrolase 1h8v 54,5 Trichoderma reesei 93 100 (0,4) 41,2 217
(Endoglucanase 12A) 1oa4 66,8 Streptomyces sp. 31 95 (1,8) 27,9 222
1olr 68,7 Humicola grisea 47 100 (1,0) 36,4 223
1am7 52,3 Phage λ 100 - - 154
2lzm 64,8 Phage T4 16 53 (3,3) 2,8 164
Lysozyme
1lz1 64,9 Homo sapiens 10 69 (3,3) 5,4 130
4lyz 74,8 Gallus gallus 2 69 (3,2) 5,2 129
2fal 52,0 Aplysia limacina 100 - - 146
Myoglobine 1ymb 78,3 Equus caballus 21 97 (2,0) 18,2 153
1bvc 82,2 Physeter catodon 21 97 (2,0) 18,4 153

Tableau 2.1 – Caractéristiques des protéines homologues de chaque famille. a Code PDB de
la structure de la protéine fournit par la « Protein Data Bank » [256]. b,c,d Les identités de séquence et
alignements de structure ont été réalisés au sein de chaque famille par rapport à son premier membre.
b
Alignement réalisé avec le logiciel ClustalW [253]. c Alignement de structure réalisé par DaliLite
exprimé en pourcentage de résidus alignés, l’écart quadratique moyen des coordonnées atomiques des
carbones α entre les deux structures tertiaires superposées est donné entre parenthèses [255]. d Z-score
fournit par DaliLite [255]. e Nombre de résidus de la protéine.

37
2.2 Facteurs de séquence et de structure
2.2.1 Les ponts hydrogène
Un pont hydrogène n’est pas une liaison covalente. C’est une liaison physique de type
dipôle-dipôle entre un atome électronégatif portant un doublet d’électrons libre (O, N, …) et
un atome d’hydrogène possédant une liaison covalente avec un autre atome relativement
électronégatif. Le premier atome électronégatif joue le rôle de donneur d’électrons (accepteur
d’hydrogène) et le second joue le rôle de donneur d’hydrogène. L’hydrogène quant à lui joue
le rôle d’accepteur d’électrons. En effet, une liaison covalente entre un atome relativement
électronégatif et un atome d’hydrogène possède un dipôle. Ce dipôle exprime le fait que les
deux électrons mis en commun pour réaliser cette liaison covalente sont attirés par l’atome
plus électronégatif (fig. 2.1). Ce déséquilibre en présence d’un autre atome électronégatif avec
un doublet libre donne lieu à une liaison hydrogène plus communément appelée pont
hydrogène ou pont H.

Figure 2.1 – Représentation simplifiée d’un pont hydrogène entre deux molécules d’eau.

Bien que cette interaction soit de faible valeur énergétique, au sein d’une protéine, les
ponts H sont omniprésents. En effet ils possèdent un grand rôle dans la formation et le
maintien des motifs structuraux secondaires des protéines (hélice α, feuillet β,…). Il a été
suggéré à plusieurs reprises que les liaisons hydrogènes jouent un rôle important dans le
maintien de l’activité biologique à haute température. Ainsi, certains homologues issus
d’organismes thermophiles disposent d’un plus grand nombre de ponts H que d’autres issus
d’organismes mésophiles voir psychrophiles [40,44,50,91,94,95,103,115,124-126,136-139].

La structure tridimensionnelle d’une protéine laisse place à la distinction de trois types de

ponts hydrogènes différents :

• les ponts H (LL) formés entre atomes des deux chaînes latérales d’une paire de
résidus.
• les ponts H (PP) formés entre atomes de la chaîne principale d’une paire de résidus.
Ces ponts H se retrouvent en grande partie dans la stabilisation des motifs de la
structure secondaire des protéines.
• les ponts H (LP) formés entre un atome de la chaîne latérale d’un résidu et un atome
de la chaîne principale d’un résidu.

38
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

2.2.2 Les ponts disulfures

Les ponts disulfures sont des liaisons covalentes fortes entre deux atomes de soufre. Le
seul parmi les vingt acides aminés présents dans les protéines capable de former ces
interactions est la cystéine. Ces ponts disulfures font partie des interactions tertiaires ou
quaternaires dans le cas de certaines protéines multimériques. Ces liaisons peuvent dans
certains cas servir au maintien de la stabilité de protéines monomériques (e.g. maurotoxine,
neurotoxines, …) ou au maintien des liaisons entre différentes chaînes polypeptidiques d’une
protéine multimérique (e.g. anticorps, insuline …). Par ailleurs, ces interactions sembleraient
jouer un rôle quant à la thermostabilité de certaines protéines [44,89,105-110].

2.2.3 Les ponts salins

L’interaction électrostatique entre deux acides aminés de charge opposée est
communément appelée pont salin. Les ponts salins considérés dans ce travail impliquent les
paires de résidus [D-K], [E-K], [D-R] et [E-R]. Il serait possible d’ajouter à ces deux groupes
d’acides aminés l’histidine. Cependant, l’histidine possède une constante d’acidité qui induit
une grande variabilité de ses deux états (chargé ou non-chargé) en fonction de
l’environnement dans lequel elle se trouve. Afin d’éviter les incertitudes liées à cette
particularité, nous n’avons pas considéré l’histidine comme potentiellement capable de former
des ponts salins.

Ces interactions ont été à plusieurs reprises mises en avant comme facteur promouvant la
thermostabilité des protéines au sein de familles de protéines homologues. Les ponts salins
sont capables de former des réseaux électrostatiques pour lesquels une tendance similaire a été
observée [44,84,87,88,91,94-96,99,100,102,103,111-130,165].

2.2.4 Les interactions effectives entre acides aminés hydrophobes

Plus communément appelées interactions hydrophobes, il s’agit du rapprochement de
deux corps hydrophobes dans un milieu aqueux polaire lié à l’effet hydrophobe. L’effet
hydrophobe joue un rôle principal dans le repliement d’une protéine. En contact avec un
solvant aqueux polaire, une chaîne polypeptidique présentant des résidus hydrophobes
contraint le système à perdre de son entropie et favorise son repliement en un empilement
favorable de résidus hydrophobes. Un empilement plus compact et avec un caractère
hydrophobe fort semble favoriser la thermostabilité des protéines [44,91,97,118,131-135].

2.2.5 Les interactions aromatiques

Ces interactions quadrupolaires se forment entre les cycles aromatiques des résidus F, W
et Y. Bien que l’histidine puisse former de telles interactions, nous l’avons à nouveau
négligée à cause de la charge qu’elle peut porter. Ces interactions contribuent à la stabilité
thermodynamique des protéines et la présence d’amas de résidus aromatiques joue un rôle
favorable vis-à-vis de leur thermostabilité [44,156-160]. Elles existent essentiellement sous deux
conformations : la conformation en T (les deux cycles aromatiques sont orientés de façon
perpendiculaire) et l’empilement en parallèle de leurs cycles aromatiques.

39
 π
2.2.6 Les interactions cation-π
Il s’agit de l’interaction entre un acide aminé portant une charge positive (K, R et
éventuellement H) et les orbitales π du groupement phényle d’un résidu aromatique (F, W,
Y). La délocalisation des électrons du cycle imidazole de l’histidine peut également jouer ce
rôle. Les résidus N et Q peuvent quant à eux réaliser des interactions amino-π entre leur
groupement portant une charge partielle positive et un résidu aromatique. Le double rôle de
l’histidine en tant qu’acide aminé chargé ou aromatique en fonction de son environnement
proche et de son partenaire est pris en compte dans l’étude de ces interactions. Ces
interactions tertiaires contribuent à la stabilité de la structure d’une protéine et jouent un rôle
dans la reconnaissance des anticorps et des couples récepteur-ligand [257-261].

2.2.7 Le pourcentage de structure secondaire

Certaines études ont montré que des protéines thermostables ont une structure secondaire
plus étendue que celle de leurs homologues mésostables [85,90,91,94-96,99-101,103]. Les motifs
structuraux en hélice α et en feuillet β des protéines homologues thermostables prennent la
place des boucles flexibles non structurées des homologues mésostables (fig. 2.2). Il y a un
lien assez clair entre ce phénomène et le maintien de la fonction biologique d’une protéine à
des températures extrêmes. En effet, la flexibilité d’une protéine est essentielle pour maintenir
sa fonction. Que la température optimale de fonctionnement (Topt) d’une protéine soit élevée
ou basse, sa flexibilité à cette température sera très semblable pour lui permettre d’accomplir
son activité (hypothèse d’état correspondant, section 1.4) [172]. En suivant cette hypothèse, il
peut paraître logique qu’à température ambiante, une protéine thermostable soit moins
flexible qu’une protéine mésostable.

Figure 2.2 – Illustration schématique de la structure secondaire plus étendue d’un

homologue thermostable. Figure adaptée de la référence [10].

2.2.8 La composition en acides aminés

Dès les premiers pas effectués dans ce domaine de recherche, la composition en acides
aminés des protéines thermostables et mésostables a été analysée. De manière générale il a été
observé que leur composition varie et que la proportion d’acides aminés chargés (D,E,K,R)
augmente au détriment d’acides aminés polaires non-chargés (N,Q,S,T) [72-75,85,91,94,95,98-103].
Une des explications de cette variation est liée à la déamidation plus aisée de l’asparagine et
la glutamine à température élevée. Par ailleurs la sérine et la thréonine facilitant ce processus
sont également moins abondantes au sein de protéines thermostables [44,80].

40
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

2.3 Méthodes d’identification des différents facteurs

Ci-dessous sont décrits brièvement les divers logiciels, méthodes et critères utilisés pour
déterminer chaque facteur au sein d’une protéine donnée.

a) Les ponts hydrogènes : définis et comptabilisés à l’aide du logiciel HBPLUS [262], nous
différencions trois types de ponts H, les ponts H formés entre deux atomes situés sur les
chaînes latérales d’une paire de résidus (LL), situés sur leur chaîne principale (PP), dont
l’un est situé sur la chaîne latérale et l’autre sur la chaîne principale (LP)

b) Les ponts disulfures : définis et comptabilisés à l’aide du programme DSSP utilisant un

critère de distance spatiale de 3,0 Å entre deux atomes de soufres de deux cystéines [263].

c) Les ponts salins : comptabilisés à l’aide du logiciel HBPLUS [262], nous considérons la
formation d’un pont salin entre un atome d’oxygène du groupement carboxyle des
chaînes latérales des résidus D ou E et un atome d’azote de l’extrémité des chaînes
latérales des résidus K ou R lorsqu’ils sont séparés par une distance spatiale inférieure
ou égale à 4,0 Å [264].

d) La fraction de ponts salins inclus dans des réseaux électrostatiques : ce facteur

correspond au nombre de ponts salins inclus dans des chaînes de ponts salins (réseaux
électrostatiques) divisé par le nombre total de ponts salins de la protéine. Un pont salin
est considéré comme inclus dans une chaîne s’il intervient dans la formation de plus
d’un seul pont salin.

e) Les interactions effectives entre deux résidus hydrophobes : déterminées par un critère de
distance spatiale de maximum 8 Å entre les centres géométriques (Cµ) d’une paire de
résidus parmi A, I, L, M et V. Ce critère définit un contact plutôt qu’une interaction
proprement dite entre deux résidus hydrophobes ce qui décrit correctement l’effet
hydrophobe.

f) Les interactions aromatiques : déterminées par un critère de distance spatiale de

maximum 8 Å entre les centres géométriques (Cµ) d’une paire de résidus parmi F, W et
Y. Ce critère défini un contact plutôt qu’une interaction proprement dite entre deux
résidus aromatiques. Malheureusement, cette description mélange plusieurs
contributions différentes. En effet, deux acides aminés aromatiques dont les Cµ sont
distants de moins de 8 Å peuvent former une interaction ayant plusieurs composantes
différentes : une composante électrostatique, une composante liée au recouvrement
d’orbitales π et une composante liée à l’effet hydrophobe. Bien que nous utilisions le
terme d’interaction aromatique, il s’agit plutôt d’un contact entre résidus aromatiques.

g) Les interactions cation-π : déterminées par un critère d’angle et de distance entre une
paire de résidus parmi (H), K, N, Q, R et F, (H), W, Y. Le critère de distance requiert
que moins de 4,5 Å séparent un des atomes du cycle aromatique de l’un des atomes
portant la charge positive [200,258]. Le critère d’angle impose que ce dernier soit au dessus
du plan défini par le cycle aromatique. Ces deux critères définissent un cylindre au
dessus du cycle aromatique de 4,5 Å dans lequel doit se trouver un des atomes portant la
charge positive (fig. 2.3).

41
 Figure 2.3 – Critères géométriques définissant les interactions cations-π. N est le vecteur
normal au plan aromatique, m est le centre du cycle, c et π représentent la charge positive (partielle) et
l’atome du cycle aromatique le plus proche de c respectivement, ils sont séparés par la distance d. r vaut
deux fois le rayon du cycle aromatique. C est le vecteur reliant le centre du cycle aromatique et c, P est
le vecteur de longueur r d’origine m passant par π. Nous considérons qu’il y a une interaction de type
cation-π entre le cycle et la charge si d est inférieur ou égal à 4,5Å et si l’angle entre N et C est plus
petit ou égal à celui formé entre N et N+P. Figure issue de la référence [200].

h) Le pourcentage en structure secondaire : en utilisant le logiciel DSSP (basé sur les

séquences de ponts hydrogènes et des critères géométriques) nous comptabilisons le
nombre de résidus inclus dans des motifs structuraux tels que les hélices et les feuillet β
parmi l’entièreté des résidus [263]. Le pourcentage de structure secondaire en hélice
(feuillet) est donné par le nombre de résidus inclus dans une hélice (feuillet) divisé par
le nombre total de résidus de la protéine.

i) La composition en acides aminés : déterminée par simple comptage des résidus de nature
identique au sein de la protéine (à partir de la description structurale de la Protein Data
Bank [256]) et normalisé par le nombre de résidus de la protéine (exprimé en pourcent,
eq. 2.1). Ce facteur global a été complété par deux autres évaluant la composition au
cœur et en surface de chaque protéine. Un résidu s est considéré comme étant au cœur
(en surface) si sa surface exposée au solvant est inférieure à 50% (égale ou supérieure à
50%) de celle exposée dans le tri-peptide G-s-G [265].

Ns N s − int N s − ext
% AAGlobal = ; % AAInt = ; % AAExt = (2.1)
N N int N ext

où %AAGlobal, %AAInt et %AAExt désignent les pourcentages du résidu s dans l’entièreté

de la protéine, au cœur et en surface de celle-ci. N est le nombre de résidus de la
protéine, Ns est le nombre de résidus de type s, Nint (Next) est le nombre de résidus au
cœur (en surface) de la protéine, Ns-int (Ns-ext) est le nombre de résidus de type s au
cœur (en surface) de celle-ci.

Les facteurs a, b, c, e, f et g, sont normalisés par le nombre de résidus de la protéine à

partir de laquelle ils ont été obtenus et exprimés en pourcent dans les tableaux de résultats
2.3-2.10. Le nombre de ponts salins inclus dans des réseaux électrostatiques (d) n’est
normalisé que par le nombre total de ponts salins de la protéine et n’est pas exprimé en
pourcent.

Les résultats sont d’abord décrits pour chacune des familles de protéines sous forme de
tableaux reprenant la proportion de chacun des facteurs au sein de chaque protéine.
L’influence de ceux-ci est évaluée par famille à l’aide du coefficient de corrélation de la

42
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

régression linéaire de chaque facteur avec la température de fusion des protéines. La

significativité de cette corrélation est attestée par une p-valeur qui estime la probabilité
d’observer une telle corrélation dans une distribution aléatoire. Une corrélation est de manière
générale considérée comme significative si sa p-valeur est en dessous de 0,05. En ce qui
concerne la variation de la proportion d’acides aminés en fonction de la thermostabilité, un
tableau récapitulatif sur l’ensemble des huit familles est fourni.

43
2.4 Résultats
Les premiers résultats que nous allons présenter récapitulent les variations de la
proportion d’acides aminés en fonction de la thermostabilité sur l’ensemble des huit familles
(tableau 2.2). Cette variation est en effet susceptible d’avoir un impact sur certains des
facteurs de structure et certaines interactions que nous avons considérés. Ensuite, les résultats
sont présentés pour chacune des familles de protéines sous forme de tableaux reprenant la
proportion de chacun des facteurs au sein de chaque protéine. L’influence de ceux-ci est
évaluée par famille à l’aide du coefficient de corrélation de la régression linéaire de chaque
facteur avec la température de fusion des protéines. La significativité de cette corrélation est
attestée par une p-valeur qui estime la probabilité d’observer une telle corrélation dans une
distribution aléatoire. Une corrélation est de manière générale considérée comme significative
si sa p-valeur est en dessous de 0,05.

Ces résultats sont ensuite regroupés en un tableau résumant l’essentiel de ces observations
et donnant lieu à une discussion plus générale.

2.4.1 Variation de la composition en acides aminés

L’un des facteurs considérés dans notre étude est la composition en acides aminés des
protéines. En effet, les protéines issues d’organismes thermophiles présentent une
composition en acides aminés différente. Dès lors, le pourcentage de chaque acide aminé dans
chaque protéine au sein de chaque famille a été calculé. Pour chacune d’elles, une régression
linéaire a été effectuée entre les températures de fusion et les pourcentages des vingt résidus
de ses homologues. Les coefficients de corrélation de ces régressions sont présentés dans le
tableau 2.2.

Famille \ Acide aminé A C D E F G H I K L

Acylphosphatase 0,98 n.d. -0,99 0,86 0,54 0,60 -0,71 -0,98 -0,83 0,63
Adénylate kinase 0,09 0,12 -0,72 -0,30 -0,26 -0,29 0,07 -0,69 -0,59 -0,17
α-Amylase -0,35 -0,75 0,53 0,67 -0,15 -0,28 0,76 -0,12 0,81 0,50
Cold Shock Protein -1,00 n.d. -0,56 0,17 -0,42 0,86 0,75 -0,35 -0,35 0,65
Cytochromes P450 -0,17 -0,43 -0,65 0,90 0,10 -0,12 -0,59 0,02 0,01 0,54
Glycoside hydrolase -0,68 0,96 0,83 0,94 -0,06 -1,00 0,97 0,88 -0,53 0,21
Lysozyme 0,85 0,92 -0,83 -0,71 -0,94 -0,25 -0,79 -0,71 -0,91 -0,85
Myoglobine -0,97 n.d. -0,78 1,00 -1,00 0,29 1,00 0,99 0,99 1,00
*-*-*-*-*-*-* M N P Q R S T V W Y
Acylphosphatase 0,40 0,20 0,95 0,94 0,85 0,80 0,98 0,60 0,22 0,06
Adénylate kinase 0,88 0,22 -0,59 -0,06 0,88 0,18 0,23 0,34 -0,01 -0,12
α-Amylase -0,67 -0,93 0,00 -0,06 0,36 -0,99 0,06 -0,48 0,41 0,81
Cold Shock Protein 0,75 0,98 -0,37 0,68 0,80 -0,56 -0,38 0,68 0,75 0,63
Cytochromes P450 -0,62 -0,10 0,08 -0,70 0,68 0,30 -0,40 -0,43 0,75 0,31
Glycoside hydrolase -0,54 -0,97 0,81 -0,97 0,93 -0,79 -0,37 -0,22 0,51 -0,63
Lysozyme -0,45 0,78 -0,92 -0,53 0,76 0,03 -0,01 0,76 0,94 0,23
Myoglobine -0,99 -1,00 -0,99 0,94 -0,48 -0,98 0,87 -0,93 -0,99 0,97

Tableau 2.2 – Coefficients de corrélation entre le pourcentage en acides aminés et la

température de fusion des protéines au sein de chaque famille. Les coefficients de
corrélation présentés en gras sont considérés comme significatifs (avec une p-valeur ≤ 0,05) et ceux
en italique sont considérés comme faiblement significatifs (avec une p-valeur ≤ 0.1).

44
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

De manière générale nous retrouvons dans ce tableau les tendances déjà observées à
savoir un remplacement des acides aminés polaires non-chargés par des acides aminés
chargés plus la température de fusion de la protéine est élevée [72-75,85,91,94,95,98-103]. En effet,
parmi les vingt acides aminés, les variations en abondance de l’acide glutamique et de
l’asparagine apparaissent au sein de trois familles comme influençant significativement la
stabilité thermique des protéines parmi ces huit familles. Ce premier résidu est plus abondant
parmi les homologues thermostables alors que l’inverse est observé pour le second. Par
ailleurs, la variation en composition des protéines en certains résidus est sporadiquement
corrélée avec la variation de stabilité thermique dans certaines familles. Certaines de ces
variations sont plus aisées à interpréter comme l’augmentation relative de la présence de H, K
et R ainsi que la diminution relative de Q et S chez les homologues plus thermostables.
D’autres plus compliquées comme l’augmentation relative de L et M ainsi que la diminution
relative de F et W. Il est à noter également qu’une augmentation du pourcentage de cystéine
chez les homologues thermostables pourrait faire songer à l’accroissement du nombre de
ponts disulfures bien que ce ne soit pas le cas ici dans la famille présentant cette tendance
puisque tous les homologues n’ont qu’un seul pont disulfure [40]. Une diminution du
pourcentage de glycine peut être liée à la plus grande flexibilité qu’elle apporte dans une
chaîne polypeptidique et qui stabilise son état déplié.

Nous avons également analysé les variations de composition au cœur et en surface de

chaque protéine parmi ces huit familles. Les résultats que nous avons obtenus sont peu
significatifs mais néanmoins ils corroborent certaines tendances déjà observées [44,98-103,141]. En
effet, une plus grande proportion d’acides aminés chargés et/ou polaires se retrouvent en
surface au sein des protéines thermorésistantes.

2.4.2 Acylphosphatase
La réaction chimique catalysée par ces enzymes en présence d’eau enlève le radical
phosphate d’un acyle pour en former un carboxyle [266,267]. Ce type de réaction entre en jeu
notamment dans la voie métabolique de la glycolyse et du pyruvate (eq. 2.2).

(2.2)

Le seul facteur ayant une corrélation significative au sein de cette famille est
l’augmentation du nombre de contacts entre acides aminés hydrophobes plus la température
de fusion de la protéine considérée est élevée (tableau 2.3). Il semblerait donc qu’afin de se
préserver d’une dénaturation thermique, ces protéines augmentent le nombre d’interactions
effectives entre leurs résidus hydrophobes. L’augmentation du nombre de résidus
hydrophobes et/ou l’augmentation de la compacité de leur espace de contact sont deux voies
possibles pour y parvenir. Parmi les acides aminés hydrophobes, seule l’alanine montre une
augmentation conséquente (tableau 2.2).

45
 Ponts P-sal/ Ponts-
Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
53,8 2acy 3,1 0,7 10,2 12,2 60,2 82,7 2,0 4,3 6,1 24,5 41,8
100,8 2bjd 5,6 0,4 5,6 11,1 80,0 96,7 1,1 7,7 5,6 24,4 43,3
111,5 1w2i 10,0 0,6 7,8 24,4 61,1 93,3 1,1 8,3 2,2 24,4 42,2
Coeff. Corrélationn : 0,87 -0,69 -0,78 0,58 0,38 0,92 -0,98 1,00 -0,74 -0,98 0,56
P-valeuro : 0,32 0,51 0,43 0,60 0,75 0,26 0,11 0,01 0,47 0,11 0,62

Tableau 2.3 – Valeurs des facteurs de la famille des Acylphosphatases. a Température de

fusion de la protéine. b Code PDB correspondant à la structure de la protéine. Les valeurs des facteurs
présentés sont normalisées par le nombre de résidus de la protéine considérée et exprimés en
pourcent sauf pour Psal/Chd, c Nombre de ponts salins. d Nombre de ponts salins inclus dans des
réseaux électrostatiques normalisé par le nombre total de ponts salins. e Nombre de ponts hydrogène
entre atomes des chaînes latérales de résidus. f Nombre de ponts hydrogène entre un atome d’une
chaîne latérale d’un résidu et un atome de la chaîne principale. g Nombre de ponts hydrogène entre
atomes de la chaîne principale. h Nombre total de ponts hydrogènes. i Nombre d’interactions cation-π.
j
Nombre d'interactions effectives entre deux résidus hydrophobes. k Nombre d’interactions entre deux
résidus aromatiques. l Pourcentage de résidus adoptant le motif en hélice α ou 310. m Pourcentage de
résidus adoptant le motif en feuillet β. n Coefficient ce la corrélation linéaire entre chaque facteur et la
température de fusion. o p-valeur de la corrélation, « n.d. » est utilisé si la p-valeur ne peut être
calculée. n,o Les valeurs en gras sont considérées comme significatives ayant une p-valeur ≤ 0,05 et
les valeurs en italique ont une p-valeur ≤ 0.2.

2.4.3 Adénylate kinase

Cette protéine est une phosphotransférase, une enzyme qui intervient dans la réaction de
transformation de deux molécules d’ADP (adénosine di-phosphate) en une molécule d’ATP et
d’AMP (adénosine tri- et mono-phosphate) [268-270].

2 ADP 
Adénylate kinase
  → ATP + AMP (2.3)

Ponts P-sal/ Ponts-

Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
43,3 1p3j 4,7 0,6 6,1 16,0 67,0 89,2 0,5 6,2 1,4 51,4 16,5
47,6 1s3g 5,1 0,4 5,1 18,9 63,1 87,1 1,4 6,1 0,5 47,9 16,6
47,7 1aky 5,5 0,3 9,2 17,9 62,8 89,9 0,0 7,3 0,0 49,5 16,5
51,8 1ank 6,5 0,4 3,7 10,3 62,6 76,6 0,0 6,6 0,9 43,0 15,9
74,5 1zip 6,0 0,3 6,9 17,5 64,1 88,5 0,9 7,2 0,5 51,2 16,1
Coeff. Corrélation :
n
0,53 -0,57 0,09 0,08 -0,17 0,03 0,02 0,58 -0,28 0,19 -0,53
P-valeuro : 0,35 0,32 0,88 0,90 0,78 0,97 0,97 0,31 0,65 0,75 0,36

Tableau 2.4 – Valeurs des facteurs de la famille des Adénylate kinases. Légende cf. tableau
2.3.

Parmi les différents facteurs définis aucun ne semble apporter une réponse significative à
l’augmentation de la température de fusion des protéines de cette famille. En ce qui concerne
la composition en acides aminés, l’arginine et la méthionine augmentent significativement en
fonction de la thermostabilité (tableau 2.2). L’augmentation de méthionine est difficile à
expliquer, c’est un acide aminé très rare et une variation minime de leur nombre peut conduire
à cette tendance. Cependant le remplacement d’un résidu hydrophobe par une méthionine peut
conduire à une augmentation du nombre de ponts H. L’augmentation du nombre d’arginines

46
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

peut être liée à la tendance peu significative de l’augmentation du nombre de ponts salins et à
celle déjà observée de l’augmentation du nombre d’acides aminés chargés au sein de protéines
thermorésistantes.

2.4.4 α-Amylase
Cette enzyme largement utilisée dans l’industrie agro-alimentaire catalyse la dégradation
de l’amidon en sucres plus simples (amylopectine → glucose). Plus précisément elle
hydrolyse les liaisons α-(1-4)-glycosidiques de l’amidon [140,161,177].

(2.4)

Ponts P-sal/ Ponts-

Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
44,0 1aqh 3,8 0,5 8,5 25,0 52,0 85,5 2,5 4,9 11,2 30,8 23,4
65,6 1ppi 5,4 0,4 10,9 30,4 49,4 90,7 2,0 4,4 9,9 28,2 23,8
65,9 1jae 4,5 0,5 9,6 29,2 51,9 90,6 2,1 5,0 9,2 26,8 25,1
70,3 1smd 6,3 0,2 12,3 34,6 50,7 97,6 2,6 4,4 10,5 27,7 23,6
101,0 1bli 6,0 0,2 12,1 34,3 54,3 100,6 3,3 4,6 12,7 26,6 24,3
Coeff. Corrélationn : 0,75 -0,78 0,78 0,83 0,54 0,92 0,72 -0,31 0,54 -0,81 0,38
P-valeuro : 0,14 0,12 0,12 0,08 0,34 0,03 0,17 0,61 0,35 0,09 0,53

Tableau 2.5 – Valeurs des facteurs de la famille des α-Amylases. Légende cf. tableau 2.3.

Cette famille de protéines homologues met en évidence l’augmentation du nombre de

ponts hydrogène pour palier à la dénaturation thermique. En effet le nombre total de ponts H
augmente et cette tendance est plus fortement liée à l’augmentation de ponts H de type LP
(entre un atome de la chaîne latérale et un atome de la chaîne principale) qu’aux deux autres.
Ces interactions bien que de faible valeur énergétique contribuent à augmenter leur stabilité
thermodynamique à haute température. D’autre part, la diminution du pourcentage d’acides
aminés insérés dans un motif d’hélice est moins significative mais elle peut être liée à une
mauvaise reconnaissance de ces motifs ou à leur raccourcissement afin d’augmenter leur
compacité. La diminution des acides aminés N et S plus la thermostabilité des protéines
augmente est significative et corrèle avec l’observation que les acides aminés polaires
non-chargés sont moins présents au sein de protéines thermorésistantes.

2.4.5 « Cold Shock Protein »

Ces petites protéines compactes en β-barrel sont fortement exprimées suite à une chute de
la température et permettent de réguler la synthèse de diverses protéines afin de maintenir les
fonctions essentielles à la survie d’un micro-organisme à une température plus
faible [141,271-273].

Les variations du nombre de ponts salins et de leur mise en réseau électrostatique sont les
deux seuls facteurs considérés susceptibles d’expliquer les différences de thermostabilité entre
les homologues de cette famille. Bien que la significativité de ce résultat soit faible,
qualitativement un plus grand nombre de ponts salins semble augmenter la thermorésistance

47
de ces protéines. D’autre part, il semblerait que la plus grande thermostabilité de la protéine
provenant de Bacillus caldolyticus (1c9o) soit liée à une augmentation des acides aminés
chargés en surface [141]. Bien que nous n’observions pas de variation significative en ce qui
concerne la composition en acides aminés chargés en surface, la tendance observée
concernant le nombre de ponts salins impliquant des résidus chargés corrobore ces
observations.

Ponts P-sal/ Ponts-

Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
53,6 1csp 1,5 0,0 7,5 13,4 46,3 67,2 1,5 6,1 9,0 4,5 55,2
56,7 1mjc 1,5 0,0 10,1 10,1 53,6 73,9 0,0 5,4 8,7 4,4 49,3
76,9 1c9o 4,6 0,7 15,2 12,1 50,0 77,3 0,0 6,1 9,1 4,6 62,1
Coeff. Corrélation :
n
0,99 0,99 0,97 -0,01 0,13 0,83 -0,60 0,32 0,67 0,68 0,82
P-valeuro : 0,08 0,08 0,14 0,10 0,92 0,38 0,59 0,79 0,53 0,52 0,38

Tableau 2.6 – Valeurs des facteurs de la famille des « Cold Shock Protein ». Légende cf.
tableau 2.3.

2.4.6 Cytochrome P450

Ces enzymes sont essentielles à un organisme pour l’utilisation de composés carbonés
comme source d’énergie, le catabolisme de médicaments, la biosynthèse de stéroïdes… Ces
enzymes sont donc présentes dans toute la biosphère et leur nombre au sein d’un même
organisme est imposant. Ainsi, le génome de l’être humain dispose d’environ 180
cytochromes P450 [274]. Leur rôle est de catalyser la monooxygénation d’un grand nombre de
composés organiques (eq. 2.5).

NAD(P)H + H+ + R-H + O2 C → NAD(P)+ + H2O + R-OH

. P 450
(2.5)

Ponts P-sal/ Ponts-

Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
47,0 1bu7 7,0 0,5 9,5 19,8 64,2 93,4 2,4 6,7 5,9 55,0 11,0
55,0 1oxa 6,2 0,2 5,0 23,3 60,6 88,8 0,0 8,3 5,2 50,9 10,9
61,0 1akd 6,2 0,4 9,6 22,0 55,6 87,2 2,5 6,6 5,9 49,4 10,4
88,0 1n97 6,8 0,6 5,5 19,2 64,2 88,8 2,1 7,6 6,0 57,1 10,7
91,0 1f4u 8,2 0,6 7,1 24,0 63,2 94,3 1,1 6,5 6,0 49,9 13,1
Coeff. Corrélation :
n
0,58 0,78 -0,23 -0,3 -0,12 0,15 -0,45 -0,23 0,45 -0,16 0,14
P-valeuro : 0,31 0,12 0,70 0,62 0,85 0,81 0,45 0,71 0,44 0,80 0,82

Tableau 2.7 – Valeurs des facteurs de la famille des Cytochrome P450. Légende cf. tableau
2.3.

Aucun facteur considéré dans ce travail ne montre une variation significative capable
d’expliquer la variation de thermostabilité au sein de cette famille de protéines. Cependant,
Yano et al. (2003) ont mis en évidence le rôle important du nombre de ponts salins inclus
dans des réseaux électrostatiques au sein des cytochrome P450 [165]. Nos résultats n’étant pas
significatifs nous ne pouvons que constater qualitativement qu’effectivement la proportion de
ponts salins est un facteur moins déterminant que la proportion inclus dans des réseaux
électrostatiques. Une augmentation significative de la proportion d’acide glutamique corrèle
avec ces observations (tableau 2.2).

48
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

2.4.7 Glycoside hydrolase (Endoglucanase 12A)

Il s’agit d’enzymes très utilisées dans l’industrie textile et alimentaire capables de
dégrader la cellulose. Ces cellulases hydrolysent les liens β-(1-4)-glycosidiques [108,275,276].

(2.6)

Ponts P-sal/ Ponts-

Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
49,2 1oa3 0,5 0 11,1 16,6 61,8 89,4 1,8 3,1 14,3 7,4 56,2
54,5 1h8v 0,9 0 12,9 17,5 59,5 89,9 0,9 3,1 14,3 6,5 55,8
66,8 1oa4 2,3 0 10,4 23,0 57,2 90,5 1,8 4,8 9,9 5,9 50,5
68,7 1olr 2,2 0 8,5 20,2 57,4 86,1 1,8 3,3 13,9 9,4 53,8
Coeff. Corrélation :
n
1,00 n.d. -0,72 0,88 -0,97 0,43 0,33 0,60 -0,56 0,28 -0,80
P-valeuro : 0,01 n.d. 0,275 0,121 0,03 0,57 0,672 0,402 0,436 0,716 0,203

Tableau 2.8 – Valeurs des facteurs de la famille des Glycoside hydrolases. Légende cf.
tableau 2.3.

Deux facteurs parmi ceux considérés varient significativement avec les différences de
stabilité thermique de cette famille de protéines homologues : le nombre de ponts salins et le
nombre de ponts H de type PP (entre deux atomes de la chaîne principale). L’anti-corrélation
entre ces ponts H et la température de fusion des protéines peut être liée à une tendance à
réaliser un plus grand nombre d’interactions tertiaires plutôt que locales pour éviter une
dénaturation globale de la structure protéique. Bien que tous les ponts H puissent être
considérés comme des interactions tertiaires ou locales en fonction des cas, il est possible de
faire une analogie entre les ponts H de type PP et les motifs structuraux de la structure
secondaire d’une protéine d’une part et les ponts H de type LL et les interactions tertiaires de
la structure tertiaire d’une protéine d’autre part. Par ailleurs nous observons à nouveau une
augmentation significative du nombre de ponts salins avec la thermostabilité croissante de ces
protéines. En ce qui concerne la variation de la composition en acides aminés en fonction de
la thermostabilitié croissante : E et R augmentent significativement au détriment de N et Q, la
proportion de cystéines augmente mais le nombre de ponts disulfures reste identique (un
seul) et la proportion de glycine diminue. Cette diminution reflète la stabilisation de l’état
natif d’une protéine par la diminution de son entropie conformationnelle [149,163]. En effet, la
chaîne latérale de la glycine étant un simple atome d’hydrogène, son insertion confère une
grande flexibilité dans une chaîne polypeptidique qui contribue au terme entropique
stabilisant l’état dénaturé d’une protéine. Les travaux de Sandgren et al. (2003) sur la
différence de stabilité thermique entre les protéines de cette famille issues des organismes
Trichoderma reesei (1h8v) et Humicola grisea (1olr) montrent le rôle important de trois
cystéines supplémentaires dans la protéine 1olr vis-à-vis de la thermostabilité [141,276]. Bien
que spatialement proches ces trois cystéines ne forment pas de ponts disulfures et leur
influence est semble-t-il due à plusieurs interactions formées entre les cystéines et leurs acides
aminés voisins.

49
 2.4.8 Lysozyme
Ces protéines sont des hydrolases capables de lyser les parois bactériennes. Les phages
utilisent ces enzymes pour s’insérer dans leur hôte. En outre, ces enzymes préservent certains
organismes d’infections bactériennes.

Les augmentations du nombre d’interactions cation-π et de la proportion de résidus inclus

dans des feuillets β sont significatives au sein de cette famille de protéines parmi les
homologues plus thermostables. Avec une significativité plus faible (p-valeur <0,1) les ponts
salins semblent aussi contribuer au gain de thermostabilité dans cette famille. Les interactions
cation-π bien qu’ayant une composante électrostatique sont moins souvent que les ponts
salins citées dans la littérature comme facteur favorisant la thermostabilité des protéines.
Cependant leur rôle thermostabilisant dans cette famille est prépondérant. Par ailleurs,
l’accroissement du pourcentage de motif structuraux en feuillet β avec la thermostabilité
corrèle avec un prolongement des motifs de structure secondaire des protéines thermostables
(feuillets et/ou hélices) plusieurs fois proposé comme mécanisme permettant d’éviter des
boucles trop flexibles facilitant la dénaturation thermique [85,90,91,94-96,99-101,103].

Ponts P-sal/ Ponts-

Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
52,3 1am7 8,7 0,5 12,0 24,7 53,3 90,0 1,3 5,1 4,0 42,0 8,0
65,0 2lzm 5,5 0 7,3 18,3 64,6 90,2 2,4 7,0 2,4 66,5 9,2
74,8 4lyz 2,3 0 10,1 20,2 55,0 85,3 3,1 5,3 6,2 39,5 10,9
80,3 1lz1 3,9 0 11,5 29,2 56,9 97,7 3,9 5,5 4,6 39,2 12,3
Coeff. Corrélationn : -0,91 -0,86 -0,05 0,25 0,11 0,32 0,99 0,01 0,47 -0,26 0,98
P-valeuro : 0,09 0,14 0,95 0,75 0,89 0,68 0,01 0,99 0,53 0,74 0,02

Tableau 2.9 – Valeurs des facteurs de la famille des Lysozymes. Légende cf. tableau 2.3.

2.4.9 Myoglobine
La myoglobine est une protéine jouant le rôle de transporteur d’oxygène. Elle a la
particularité d’être constituée d’une seule chaîne polypeptidique qui contient un noyau
porphyrique (hème) renfermant un atome de fer (Fe2+) [183,277].

Ponts P-sal/ Ponts-

Tm (C°)a PDBb LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
52,0 2fal 2,7 0 1,4 13,0 84,3 98,6 2,1 7,5 13,0 78,8 0
81,2 1ymb 3,9 0 5,2 13,1 79,7 98,0 2,0 6,5 3,3 73,9 0
85,0 1bvc 6,5 0,2 2,6 17,0 78,4 98,0 2,6 6,9 3,3 75,8 0
Coeff. Corrélationn : 0,81 0,59 0,67 0,60 -0,99 -0,99 0,48 -0,88 -0,99 -0,87 n.d.
P-valeur :
o
0,40 0,60 0,53 0,59 0,07 0,07 0,68 0,32 0,07 0,33 n.d.

Tableau 2.10 – Valeurs des facteurs de la famille des Myoglobines. Légende cf. tableau 2.3.

Parmi les divers facteurs considérés aucun ne présente une corrélation significative avec la
variation de thermostabilité des protéines de cette famille. Par contre les variations des
pourcentages en acides aminés parmi ces protéines donnent de meilleures corrélations avec
leurs changements de stabilité thermique (tableau 2.2). L’acide glutamique et l’histidine sont
plus abondants plus la stabilité thermique augmente à l’inverse de la phénylalanine, la leucine
et l’asparagine. Au sein de cette famille l’augmentation du pourcentage en acides aminés

50
 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

chargés E et H se fait au détriment de l’acide aminé polaire non-chargé N et des résidus

hydrophobes L et F. Cette tendance est corroborée par plusieurs travaux [72-75,85,91,94,95,98-103].

51
2.5 Discussion
Ces travaux mettent le doigt sur la complexité de l’agencement de plusieurs facteurs pour
qu’une protéine atteigne une stabilité thermique donnée. En effet, au sein de chaque famille
de protéines homologues, plusieurs stratégies peuvent conduire à une plus grande
thermostabilité. Il n’y a pas qu’un arrangement unique de ces facteurs qui y parvient. En
reprenant les coefficients de corrélation calculés au sein de chaque famille pour chacun des
facteurs nous observons que par famille il y a bien l’un ou l’autre facteur ayant une influence
significative sur la stabilité thermique mais il est impossible d’en inférer une loi générale
(tableau 2.11).

Ponts P-sal/ Ponts-

Famille \ Facteurs LLe LPf PPg Cat-πi Hydrophj Aromk %Hélicel %Feuilletm
salinsc Chd Htoth
Acylphosphatase 0,87 -0,69 -0,78 0,58 0,38 0,92 -0,98 1,00 -0,74 -0,98 0,56
Adénylate kinase 0,53 -0,57 0,09 0,08 -0,17 0,03 0,02 0,58 -0,28 0,19 -0,53
α-Amylase 0,75 -0,78 0,78 0,83 0,54 0,92 0,72 -0,31 0,54 -0,81 0,38
Cold Shock Protein 0,99 0,99 0,97 -0,01 0,13 0,83 -0,6 0,32 0,67 0,68 0,82
Cytochromes P450 0,58 0,78 -0,23 -0,3 -0,12 0,15 -0,45 -0,23 0,45 -0,16 0,14
Glycoside hydrolase 1,00 n.d. -0,72 0,88 -0,97 0,43 0,33 0,6 -0,56 0,28 -0,8
Lysozyme -0,91 -0,86 -0,05 0,25 0,11 0,32 0,99 0,01 0,47 -0,26 0,98
Myoglobine 0,81 0,59 0,67 0,6 -0,99 -0,99 0,48 -0,88 -0,99 -0,87 n.d.

Tableau 2.11 – Coefficients de corrélation entre chaque facteur et la température de

fusion des protéines au sein de chaque famille. c-m cf. légende tableau 2. Les coefficients de
corrélation présentés en gras sont considérés comme significatifs (avec une p-valeur ≤ 0,05) et ceux
en italique sont considérés comme faiblement significatifs (avec une p-valeur ≤ 0.1).

Le nombre de ponts disulfures ne varie pas parmi les homologues des différentes familles
étudiées ici. Son influence sur la stabilité thermique des protéines n’est donc pas représentée
au sein de ces huit familles.

Afin de valider l’impact de ces facteurs de manière plus générale, nous avons développé
une méthode bioinformatique capable de comptabiliser chacun de ces facteurs au sein d’une
protéine donnée. Cette méthode a été développée au cours de nos premières recherches dans
ce domaine et appliquée sur une base de données de 87 protéines (BD1, section 3.1.1). Le but
de cette recherche était d’observer la variabilité d’un facteur avec la stabilité thermique sans
se restreindre à des protéines homologues entre elles.

Mener une étude sur une famille de protéines homologues permet de faire l’hypothèse que
les variations des divers facteurs entre deux homologues sont uniquement dues à leur
différence de stabilité thermique. De cette façon il est possible d’identifier un ou plusieurs
facteurs influençant cette grandeur thermodynamique au sein d’une famille mais non d’en
généraliser son impact sur n’importe quelle protéine donnée. L’idée de cette recherche menée
sur 87 protéines, sans la restriction d’homologie entre elles, était d’en extraire des facteurs
plus robustes qui présentent un impact sur la stabilité thermique de protéines monomériques
de façon générale. Le désavantage de cette méthode est que les variations de ces différents
facteurs ne peuvent plus être associées uniquement à la variation de résistance thermique.

Les résultats obtenus lors de ces travaux sont trop peu significatifs même après avoir
essayé plusieurs normalisations pour tenter d’harmoniser au mieux les variations de ces
facteurs parmi des protéines présentant de fortes dissemblances. Cependant certaines

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 Chapitre 2 – Thermostabilité de protéines homologues

observations qualitatives encourageantes nous ont poussés à persévérer vers une autre voie
plus prometteuse : l’étude de l’influence de la température sur la contribution de diverses
interactions à l’énergie libre de repliement des protéines (chapitre 4).

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