La cellule bactérienne
1. Techniques d’observation de la cellule
Observation à l’œil nu
Sous forme de colonie sur milieu solide
Sous forme de dépôt, voile turbidité ou changement de cour en milieu liquide
Observation au microscope
- Microscope optique (à l’état frais et après coloration)
- Microscope électronique (après fixation, cryofracture)
- Autres microscopes (microscope à fluorescence, confocale)
2. Morphologie cellulaire
Les bactéries sont des organismes unicellulaires de formes variées.
- Bactéries de forme arrondies (cocci isolées, en chaînette ou en
amas) Ex : Diplocoques, Staphylocoques, Streptocoques …
- Bactéries de forme allongée (bacilles isolés, en chaînette ou en amas)
Ex : E. coli, Salmonella, Bacillus etc…
- Bactéries de forme spiralée (spirilles, spirochètes) Ex : Treponema
- Les Actinomycètes, groupe particulier de bactéries de forme
filamenteuse se rapprochant des moisissures
En moyenne la taille des bactéries se situe entre 1 et 10 µm, les plus petites
ont une taille d’environ 0,2 µm (Chlamydia), les plus longues peuvent atteindre
250 µm (Spirochètes).
Les cellules bactériennes possèdent, selon les espèces, des éléments constants
et des éléments non constants (Tableau 1).
Tableau 1 : Eléments constants et non constants des bactéries
Eléments constants Eléments non constants
Capsule
Paroi Plasmide
Membrane plasmique Vacuole à gaz (bactéries aquatiques)
cytoplasme Inclusions de réserves
Périplasme (espace périplasmique) Pili (fimbriae)
Ribosomes Flagelles (cils)
Polysomes Chromatophore (B+ photosynthétiques)
Appareil nucléaire (chromosome) Endospore (bactéries sporulant)
Mésosome (rôle incertain)
2.1. Éléments constants des bactéries
2.1.1. Paroi
a. Composition chimique
Principaux constituants chimiques présents dans la paroi des bactéries Gram
positives et Gram négatives :
- Peptidoglycane (ou muréine, mucocomplexe, mucopeptide)
Il est formé d'une partie glucidique (polysaccharide) et d'une partie peptidique.
Osamines : (NAG) N-acétyl glucosamine, spécifique des parois
bactériennes, et (NAM) Acide N-acétyl muramique.
(NAG) et (NAM) sont liés par des liaisons osidiques ß (1-4). Cette liaison peut
être hydrolysée par le lysozyme (Figure 1).
Figure 1 : Structure chimique du N-acétyl glucosamine et de l’acide
N-acétyl muramique
Acides aminés : 4 acides aminés majeurs « D-alanine, L-alanine,
acide glutamique, L-lysine, acide diaminopimélique (DAP) » forment des ponts
tétra-peptides reliant les NAM entre eux (Figure 2).
Figure 2 : représentation du pont peptidique entre deux molécules
de peptidoglycane
- Acides teïchoiques et lipoteïchoiques (polymères de polyribitol
phosphate ou polyglycérol phosphate)
Les acides qui sont ancrés directement dans la membrane plasmique par
l'intermédiaire d'une partie lipidique portent le nom d'acides lipotéchoïques.
Remarque : chez les bactéries Gram négatives, il n’y a pas d’acides
teïchoiques ou lipoteïchoiques ).
Tableau 2 : Comparaison de la composition chimique de la paroi des bactéries
Gram positif et Gram négatif
A B
Figure 3 : Paroi des bactéries (A) Gram positives et (B) Gram négative
b- Structure moléculaire
Le peptidoglycane, composé commun dans les parois des bactéries Gram (+)
et (-), est composé de motifs glucidiques et peptidiques qui sont de longues
chaines répétitives montrant une alternance NAG ~ NAM.
La membrane externe de la paroi des bactéries Gram négatives est liée à la
couche de peptidoglycane par la lipoprotéine de Braun. Elle est formée d’une
bicouche dont seule la partie inférieure est phospholipidique. La partie
supérieure est constituée de lipopolysaccharide (LPS).
Celui-ci (LPS):
- comprend une partie lipidique (lipide A) qui comporte une activité toxique
- liée à un polysaccharide central (le « core ») qui porte des chaînes de 3 à 6
sucres tournées vers l’extérieur, appelées « l’antigène O »
A cause du pouvoir toxique du lipide A, le LPS est considéré comme
«ENDOTOXINE».
Figure 4 : Différences structurale entre les parois des actéries Gram positif et
négati
b. Fonction
Le rôle de la paroi bactérienne se résume dans les points suivants :
- Maintien de la forme de la bactérie.
- Une bactérie Gram positive qui perd son peptidoglycane (par action
d'antibiotique ou du lysozyme) donne naissance à un protoplaste.
Les protoplastes ne possèdent plus les propriétés antigéniques des
bactéries, ne se divisent plus, ne fixent plus les bactériophages et
sont incapables de mobilité.
-
-
- Figure 5 A : Expérience décrivant le rôle de la paroi dans le
maintien de la forme bactérienne
- Les bactéries Gram négatives prennent une forme sphérique appelée
spheroplaste. Les sphéroplastes conservent toutes les propriétés
initiales des bactéries.
-
-
- Figure 5B : Expérience décrivant le rôle de la paroi dans le
maintien de la forme bactérienne
-
- Protection contre la pression osmotique intracellulaire, à forte
concentration en métabolites à l’intérieur de la cellule, l’eau rentre.
- Propriétés antigéniques :
Chez les bactéries Gram (+) : peptidoglycane + acides teïchoiques et
lipoteïchoiques + polyoside.
Chez les bactéries Gram (-) : les antigènes O du LPS
- Permettre la fixation des bactériophages : reconnaissance des
récepteurs localisés sur le peptidoglycane des bactéries Gram (+) ou la
membrane externe des bactéries Gram (-). Cette propriété est utilisée pour
l’identification de certaines bactéries : c’est la lysotypie.
- Participer à la mobilité : En effet, les flagelles sont implantés dans
la membrane cytoplasmique mais ne peuvent pas fonctionner en absence de
peptidoglycane (d’où immobilité des protoplastes)
- Toxicité : Chez les bactéries Gram (-), le LPS est une endotoxine
(effet toxique porté par le lipide A) qui peut donner de la fièvre et des lésions.
- Perméabilité : La paroi laisse passer de petites molécules comme
l’eau, les sels minéraux ou des métabolites simples. Par contre, elle est plus
ou moins perméable à certains solvants (exemple l’alcool. cf coloration de
Gram).
c. Parois bactériennes particulières
Certains groupes bactériens possèdent des parois très différentes de celles des
bactéries Gram (+) et Gram (-), c’est le cas notamment des Archeobactéries et
des Mycobactéries.
- Chez les Archaobacteries, la paroi a une structure et une
composition très différentes des Eubactéries. Cependant, elle peut être colorée
par la méthode de Gram et apparaisse soit Gram (+), soit Gram (-) en fonction
de sa structure.
Celles qui apparaissent Gram (+) ont une paroi avec une couche épaisse et
homogène de pseudomuréine (analogue du peptidoglycane mais différente de
celle des Eubactéries).
La pseudomuréine contient des acides aminés de la série L seulement, l’acide
N-acétyltalosaminuronique et pas de NAM et des liaisons osidiques 1-3 à la
place de 1-4 (Figure 7).
Figure 6 : Structure chimique de la pseudomuréine des archéobactéries
Celles qui apparaissent Gram (-) n’ont pas de membrane externe ni de
peptidoglycane, mais elles possèdent une couche superficielle de sous-unités
protéiques ou lipoprotéiques.
- Les Mycobactéries sont des bacilles légèrement incurvés, se
multipliant très lentement. Leur paroi est très riche en lipides et contient des
cires : acides gras en C60 (acides mycoliques), qui empêchent de « prendre » la
coloration de Gram. Elles sont mises en évidence par la coloration de ZIEHL
NELSSEN. A la fin de la coloration,ces bactéries sont dites : BAAR : bacilles
acido-alcoolo-résistants, elles sont appelées aussi « bactéries sans paroi ».
Exemples : Mycobacterium bovis, M. tuberculosis, M. leprea.
Prince:
La présence d'acides mycoliques dans les parois cellulaires des bactéries acido-alcoolo-
résistantes est la base cytologique de cette coloration. L'acide mycolique donne à ces bactéries
une plus grande affinité pour le colorant primaire et une résistance à la décoloration par une
solution d’acide-alcool.
- La fuchsine est utilisé comme colorant primaire parce qu'elle est liposoluble et pénètre la paroi
cellulaire cireuse. La coloration est encore améliorée en chauffant jusqu’à émission de vapeur
la préparation pour faire fondre la cire et permettre au colorant de se déplacer dans la cellule.
- Le mélange acide-alcool est utilisé pour décolorer les cellules non acido-alcoolo-résistantes.
Une contre-coloration, telle que le bleu de méthylène, est ensuite appliquée. Une fois terminées,
les bactéries acido-alcoolo-résistantes sont colorées en rouge-violet sur un fond bleu.
Etapes :
Etaler l’expectoration régulièrement sur la zone centrale de la lame grâce à un mouvement
continu de rotation ; on recommande un étalement d’environ 20 mm sur 10 .
- Placer les lames sur le séchoir avec la surface d’étalement vers le haut et laisser sécher à l’air
durant environ 30 minutes
- Procéder à la fixation des lames séchées en les tenant avec une pince et en les passant sur la
flamme 5 fois pendant environ 4 secondes, la face d’étalement tournée vers le haut. Ne pas fixer
par la chaleur les lames humides et éviter un échauffement excessif.
Coloration :
Placer les lames fixées sur le support de coloration selon leur numéro d’ordre, la face
d’étalement vers le haut. Les lames devraient être séparées par un intervalle d’1 cm et ne jamais
se toucher l’une l’autre.
- Recouvrir les lames l’une après l’autre au moyen de la solution de travail de fuchsine
phéniquée de Ziehl à 0,3 % filtrée
- En plaçant une bande de papier absorbant comme un papier filtre ou même du papier journal,
on retiendra la solution de coloration et on évitera le dépôt de cristaux de fuchsine sur le frottis.
- Chauffer les lames par le dessous au moyen de la flamme d’un bec Bunsen, d’une lampe à
alcool ou d’un tampon d’ouate imbibé d’alcool, jusqu’à émission de vapeur. Il ne faut jamais
aller jusqu’à l’ébullition de la solution de colorant. Ne pas laisser le colorant se dessécher
- Laisser les lames recouvertes d’une solution chaude et fumante de fuchsine phéniquée pendant
5 minutes en repassant la flamme si c’est nécessaire
- Rincer les lames délicatement à l’eau pour écarter l’excès de fuchsine phéniquée
- Evacuer l’excès d’eau de rinçage des lames . Les frottis d’expectoration ont une couleur rouge.
Décoloration :
Recouvrir les lames au moyen d’acide sulfurique à 25 % ou d’une solution d’alcool acide et
laisser agir pendant 3 minutes, après cela la coloration rouge devrait avoir presque disparu .En
cas de nécessité, répéter cette séquence durant deux minutes supplémentaires.
Laver délicatement l’acide sulfurique ou l’alcool-acide et l’excès de colorant à l’eau . Evacuer
des lames l’excès d’eau de rinçage.
Recoloration :
Recouvrir les lames l’une après l’autre avec la solution de contre-coloration (bleu de méthylène
à 0,3 %) et laisser agir pendant 1 minute
- Rincer les lames à l’eau individuellement
- Evacuer l’eau des lames et les laisser sécher à l’air
d. Coloration de Gram
C’est une coloration différentielle basée sur les caractéristiques de
perméabilité de la paroi bactérienne. Les bactéries dites Gram positives,
colorées préalablement, ne sont pas perméables à l’alcool et gardent leur
première coloration. Par ailleurs, les bactéries dites Gram négatives sont
perméables à l’alcool et sont recolorées après leur décoloration suite à l’action
de l’alcool (Voir TP).
Figure 7 : protocole et résultats de la coloration de Gram
Figure 8 : coloration de Gram
2.1.2. Espace périplasmique
L’espace périplasmique contient des enzymes qui participent à la nutrition
(hydrolases) et des protéines impliquées dans le transport de molécules à
l’intérieur de la cellule.
Les bactéries Gram (+) excrètent les enzymes hors de la cellule (exo-enzymes).
2.1.3. Membrane plasmique
a. Composition chimique et structure moléculaire
Deux techniques sont largement utilisées pour l’étude des membranes
plasmiques, l’expérience de plasmolyse en milieu hypertonique et l’observation
en microscope électronique.
La membrane plasmique des bactéries est une structure flexible et
dynamique. Elle est organisée en bicouche asymétrique, avec un côté polaire
hydrophile et un autre non polaire hydrophobe ce qui lui confère un caractère
amphipatique.
La membrane plasmique possède le même type de structure que celle d’une
cellule eucaryote (bicouche phospholipidique) mais avec moins de glucides et
dépourvue de stérols, comme le cholestérol, à l’exception des Mycoplasmes
(Figure 8).
Figure 9: Modèle de la mosaïque fluide de la structure de la membrane
plasmique d’une cellule bactérienne
De nombreuses membranes bactériennes contiennent des stéroïdes
pentacycliques, les hopanoïdes, qui ont un rôle de stabilisation des
membranes.
De plus, la membrane plasmique est composée de plus de protéines (60 à 70%)
que de lipides (30 à 40 %). Ces protéines remplissent un rôle fonctionnel
(enzymatique) et structural.
- Les protéines extrinsèques ou périphériques (20-30%), facilement
extraites des membranes, sont solubles dans l’eau.
- Les protéines intrinsèques ou intégrales (70-80%) sont amphipatiques,
les régions hydrophobes sont enfouies dans la couche lipidique.
Les protéines peuvent se déplacer latéralement et se terminent souvent à leurs
surfaces externes de la membrane plasmique par des glucides.
b. Membranes des archéobactéries
Les membranes des archea sont similaires à celles des bactéries et des
Eucarya, mais diffèrent par le fait que les chaînes carbonées (à C20 ramifiées)
sont liées au glycérol par des liaisons éthers et non par des liaisons esters.
Certaines membranes forment des tétra-éthers et se présentent sous forme de
monocouche, ceci donne une certaine rigidité aux cellules (Figure 9).
Figure 10 : Structure des membranes des archéobactéries qui sont
constituées de A : Phytanylglycerol diéther, B : Dibiphytanylbiglycerol
tetraéther et C : Tétraéther avec bipentacyclique C40 biphytanil chaines
c. Fonction
La membrane plasmique assure plusieurs rôles dans la cellule bactérienne :
- Maintien le cytoplasme et le sépare du milieu extérieur.
- Sert de barrière perméable sélective (barrière semi-perméable)
permettant le passage de molécules lipophiles et empêche le passage des
molécules hydrophiles.
- Possède des systèmes de transport de beaucoup d’éléments incapables
de traverser seuls la membrane (nutrition, rejet de déchets, sécrétion).
On distingue 2 grands types de transport :
Le transport passif : se fait dans le sens du gradient de concentration
sans exigence d’énergie.
Le transport actif : se fait en sens inverse du gradient de concentration
des molécules, ce qui nécessite l’utilisation d’énergie généralement
fournie sous forme d’ATP.
- Site de beaucoup de processus métaboliques (respiration, photosynthèse,
synthèse lipidique et constituants de la paroi…)
- La membrane plasmique possède des protéines membranaires ayant
pour rôles :
Enzymes responsables de la biosynthèse et de l’excrétion dans l’espace
périplasmique de molécules nécessaires à la synthèse de la paroi
Enzymes de la chaîne respiratoire permettant la synthèse d’ATP
Transporteurs de diverses molécules (ions, sucres, …) dans les deux
sens de part et d’autre de la membrane plasmique.
- Contient des molécules réceptrices des substances de l’environnement
- Site de fixation des flagelles
- De plus, la membrane joue un rôle important dans la détection de
composés présents dans le milieu environnant grâce à la présence de
protéines transmembranaires du chimiotactisme. Ceci permet aux
bactéries dotées de flagelles de « nager » vers les endroits qui leur sont les
plus favorables, les plus riches en nutriments par exemple et de s’éloigner
des endroits défavorables comme ceux qui contiennent des substances
toxiques. Ces protéines interviennent dans le sens de rotation des
flagelles.
2.1.4. Cytoplasme
Le cytoplasme des bactéries est plus simple que celui des cellules eucaryotes.
Il est constitué de :
- Protéines cytoplasmiques (protéines de structures et enzymatiques et de
chapérons)
- Granulations de réserve (Glycogène, polyphosphate, β-
hydroxybutirate…)
- ARN solubles (ARN messager et ARN de transfert) et surtout en ARN
ribosomal (Ribosomes)
L'ensemble des constituants cytoplasmiques est placé dans un gel colloïdal,
qui contient 80 % d'eau et des substances organiques et minérales, à une
pression interne variable (5 à 20 atmosphères).
2.1.5. Ribosomes
A un nombre voisin de 15000 unités par bactérie (18000 chez Escherichia coli),
les ribosomes représentent 90 % de l'ensemble de l'ARN.
Se sont de petite granulation sphérique de 10 à 30 nm de diamètre, leur
constante de sédimentation est 70S pour une masse moléculaire de 3×106
Daltons (Figure 10).
Figure 11: Structure et constitution du ribosome bactérien
Les ribosomes sont constitués de protéines (37%) et d'ARN ribosomales (63%).
La sous-unité 30S contient de l'ARNr 16S; la sous-unité 50S est constituée
d'ARNr 23S et d'ARNr 5S.
La ligature entre les deux sous-unités des ribosomes est assurée par des
liaisons ARN-protéine et protéine-protéine.
Rôle des ribosomes
- Les ribosomes sont le siège de la synthèse des protéines suite à la
traduction de l’ARNm et l’union des acides aminés les uns aux autres.
- Les ribosomes restent associer entre eux par l’ARNm et forme des
structures en chapelet appelées polysomes.
2.1.6. Appareil nucléaire (ADN)
a. Mise en évidence
La mise en évidence de l’ADN bactérien peut se faire par :
- Méthodes cytochimiques (réaction de Feulgen),
- Elimination de l’acide ribinucléique (hydrolyse enzymatique) suivie d’une
coloration basique,
- Coloration de Giemsa.
b. Morphologie
L’appareil nucléaire est variable selon la phase de croissance et de division de
la bactérie.
- Petite masse ovoïde chez les coccis
- Bâtonnet situés transversalement dans le corps cellulaire
La constitution chimique de l’appareil nucléaire des procaryotes est semblable
à celles des eucaryotes. Il est constitué d’unités de nucléotides, chacune est
composée de :
- Un groupement phosphoré (Phosphate diester en position 3’ et 5’)
- Un désoxyribose
- Une base purique (Adénine et Guanine) ou pyrimidique (Cytosine et
Thymine).
Le coefficient de Chargaff, exprimé en CG%, est le rapport (C+G)/(A+T). Il
varie d’une espèce à l’autre mais reste constant chez la même espèce.
Exemple : CG% = 50% chez E. coli et 60-70 % chez Pseudomonas.
Le chromosome bactérien se caractérise par :
- Existence d’un seul chromosome par appareil nucléaire,
- Absence de l’enveloppe nucléaire,
- Forme circulaire qui n’a ni début ni fin, c’est un filament d’une double
chaine d’ADN unique, continu et circulaire.
Chez E. coli, l’AND circulaire mesure environ 1360 µm avec une masse molaire
de 3 x 109 daltons et 5 x 106 paires de bases.
- L’ADN est associé à des polyamines (Spermine et Spermidine) analogues
aux Histones des eucaryotes.
c. Rôles
L’ADN bactérien est le siège de l’information génétique, c’est le vecteur des
caractères héréditaires de la bactérie.
2.2. Éléments non constants des bactéries
2.2.1. Flagelle (cils)
Les flagelles sont des appendices filamenteux de 6-15 µm sur 10-30 nm. Ils
sont constitués exclusivement de flagelline (protéine composante) et sont fixés
à la cellule au niveau du cytoplasme, leur rôle principale est la locomotion,
mais ils ont un rôle antigénique spécifique.
Selon leurs dispositions sur la cellule bactérienne, on peut distinguer les
bactéries monotriches, lophotriches, péritriches et amphitriches (Figure 11).
Péritriche Amphitriche Lophotriche Monotriche
Figure 12 : Différents types de bactéries mobiles
2.2.2. Capsule
Certaines cellules bactériennes s’entourent d’une capsule de nature
polysaccharidique, mais peut être de nature polypeptidique (acide D
Glutamique) comme dans le cas de Bacillus anthracis.
La présence de la capsule chez une espèce bactérienne est synonyme de
virulence puisque les bactéries de la même espèce n’ayant pas de capsule sont
moins virulentes par rapport aux bactéries encapsulées, exemple Klebsiella
pneumoniae (Figure 13).
Figure 13: Capsules chez Klebsiella pneumoniae
2.2.3. Plasmide
Découverts par Lederberg en 1952 (facteur F), puis le facteur R en 1959
(facteur de résistance aux antibiotiques), les plasmides occupent depuis une
importance clinique et microbiologique importante.
Se sont des molécules d’ADN (porteuses d’informations génétiques) de petite
taille (1/100 du chromosome) de forme circulaire dense (enroulement
torsadé).
Les plasmides se répliquent de la même manière que celle des chromosomes,
leur transfert (d’une bactérie donatrice à une bactérie réceptrice) se fait par
conjugaison, transduction, mobilisation ou transformation.
2.2.4. Spore
Certaines bactéries sont douées d’une résistance très élevée aux conditions de
cultures défavorables. Ces dernières ont le pouvoir de former des structures
rigides appelées spores ou endospores.
Le changement des facteurs physico-chimiques et de nutriments dans le
milieu de culture induit une alternance entre la forme végétative et la forme
spore des bactéries. Un milieu de croissance défavorable déclenche le
processus de sporulation et vice-versa, la germination est observée si le milieu
devient favorable à la croissance bactérienne.
La spore bactérienne est constituée de plusieurs enveloppes superposées l’une
sur l’autres, lesquelles entourent l’appareil nucléaire (Figure 13). Ces
enveloppes sont formées de peptidoglycane, de polysaccharides, de protéines,
de lipoprotéines et de dipicolinate de sodium qui joue un rôle dans la
thérmorésistance. Cette structure particulière confère à la spore non
seulement une résistance au stress exogènes, mais aussi une longévité
extraordinaire qui peut aller de quelques jours à quelques siècles.
Figure 14 : Structure de la spore bactérienne
Selon leurs positions dans la cellule et leurs tailles, les endospores peuvent
être centrales, terminales, sub-terminales, déformatrices ou non… (Figure 9).
Figure 15 : Exemple de positions et de tailles d’endospores bactériens
Figure 16 : Exemple de forme, positions et de tailles d’endospores et
déformation de la cellule bactérienne
2.2.5. Pili (fimbriae)
Trouvées généralement chez les bactéries Gram négatives (rarement chez les
Gram positives), les pilis sont des ciliatures courtes entourant les bactéries
qui en possèdent.
Deux types de pilis sont distincts :
- Les pilis communs, courts, rigides et distribués en grand nombre
autour de la cellule bactérienne. Ces pilis sont responsables des
propriétés hémagglutinantes.
- Les pilis sexuels, peu nombreux mais plus long (20 µm), se terminent
par un renflement. Les pilis sexuels ont un rôle primordial dans la
conjugaison bactérienne. De plus, les phages injectent leurs
matériels génétiques via le canal du pili en se fixant à son extrémité
renflée.
