Biochimie
Chapitre 1 : les liaisons chimiques
La liaison chimique est définie comme une interaction électromagnétique des électrons de
valence des atomes en présence, assurant ainsi une cohésion entre les molécules qui constituent
la matière. D’un point de vue énergétique la molécule formée est d’autant plus stable si les
atomes mettent en commun, donnent ou reçoivent des électrons dans le but d’être entouré de
huit électrons : c’est la règle de l’octet. Cette règle, énonce que les atomes qui rentrent dans la
formation d’un édifice moléculaire ont tendances à acquérir la configuration la plus stable qui
est celle du gaz rare le plus proche (ns2np6).
1- Différents types de liaisons
Généralement on distingue les liaisons fortes et les liaisons faibles. Parmi les premières, on
trouve les liaisons ioniques, covalentes et métalliques. Les liaisons faibles sont principalement
les liaisons par forces de Van der Waals et les liaisons hydrogène.
1.1. Liaisons fortes
Ce type de liaison, dit aussi liaison intramoléculaire, dépend de la différence
d'électronégativité, plus l'électronégativité est importante, plus l'électron est attiré par un atome
particulier et plus la liaison à un caractère ionique. Si l'électronégativité est faible, la liaison est
covalente.
a. Liaison ionique
La liaison ionique se caractérise par le fait que deux atomes ne partagent pas mais échangent
des électrons. Il s’agit au fait d’un type de liaison chimique qui peut être constitué par une paire
d’atomes possédant une grande différence d’électronégativité, typiquement entre un métal et un
non-métal. De sorte que le métal donne un ou plusieurs électrons pour former un cation et le
non-métal capte ces électrons pour former un anion.
Ainsi, les deux ions formés acquièrent souvent la configuration du gaz noble (ils respectent la
règle de l’octet) et la stabilité de la liaison est assurée par l’interaction électrostatique entre le
cation et l’anion.
Exemple : Le chlorure de sodium NaCl (Sel de cuisine) : Na+ + Cl- NaCl
b. Liaison covalente et de coordinence
b1- Liaison covalente
Une liaison covalente est une liaison dans laquelle chacun des atomes liés met en commun un
électron d’une de ses couches externes (e- de valence) afin de former un doublet d’électrons
liant les atomes. On symbolise ce type de liaison par un tiret
-Les liaisons covalentes sont des liaisons (sigma) les plus fortes, et il ne peut exister qu’une
seule liaison entre deux atomes, si des liaisons supplémentaires sont créées (liaisons
multiples), elles sont faibles et sont de type liaison π (pi).
b2- Liaison covalente de coordinence ou dative
La liaison dative est une liaison dans laquelle le doublet liant mis en commun est apporté par
un seul des atomes donneur de doublet à l’autre qui joue le rôle d’accepteur.
le donneur doit posséder un doublet libre.
l’accepteur doit posséder une case ou orbitale atomique vide (lacune électronique)
c. Liaison métallique
La liaison métallique est une liaison qui permet la cohésion des atomes d’un solide. Ces atomes
mettent en commun un ou plusieurs électrons, dits électrons libres. Ces électrons externes se
délocalisent et se comportent comme s’ils étaient libres, tout en restant dans l’échantillon. C’est
cette libre mobilité des électrons entre les noyaux d’atomes métalliques positifs qui fait que les
métaux sont de bons conducteurs de chaleur et d’électricité. Ainsi, c’est le nombre d’électrons
mis en commun entre les atomes métalliques qui assurera la force de la liaison. Plus un atome
métallique possède d’électrons de valence à mettre en commun avec les autres atomes de métal,
plus la liaison métallique sera forte, le métal sera dur et la température de fusion et d’ébullition
seront élevées.
On peut décrire le métal comme un assemblage d’ions positifs baignant dans un nuage
électronique faible et dont les électrons sont facilement mobiles, d’où la grande conductivité
électronique des métaux.
1.1.1 Polarité des liaisons
La polarisation d’une liaison est étroitement liée à la différence d’électronégativité des atomes
liés entre eux. Plus la différence est importante, plus la liaison est polarisée.
a. Liaison polaire et apolaire
-Une liaison est polaire, si la différence des électronégativités des atomes formant la liaison
n’est pas nulle, créant ainsi une dissymétrie du nuage électronique. En effet, l’atome le plus
électronégatif attire vers lui le doublet de la liaison, acquérant un excédant de charge négative
noté - δ, tandis que l’autre atome, le moins électronégatif, se retrouve avec un déficit de charge
noté + δ, bien entendu l’ensemble reste électriquement neutre.
Exemple : H–O ; C–F ; N–O
-Une liaison est apolaire, si la différence des électronégativités des atomes formant la liaison
est nulle, créant ainsi une symétrie du nuage électronique. Cette liaison est purement covalente.
(voir annexe page 147 : valeurs d’électronégativité)
Exemple : H–H ; Cl–Cl ; C–I ; N–Cl
1-2 Liaisons faibles
La liaison intermoléculaire est une liaison qui unit les molécules. On la définit comme une
force électrostatique résiduelle faible s’établissant entre les dipôles des molécules on distingue
3 types d’interactions ou forces entre les molécules.
a. Liaison hydrogène : cette liaison est souvent présente dans toute la chimie de la vie. Par
définition une liaison hydrogène se forme lorsqu’un atome d’hydrogène, déjà uni à un premier
atome (A) très électronégatif, peut établir un second lien avec un autre atome (B), également
très électronégatif et porteur d’un ou plusieurs doublets non liants.
L’origine de la liaison hydrogène est essentiellement électrostatique et de type dipôledipôle.
L’hydrogène lié à un atome électronégatif porte une fraction de charge positive localisée qui
interagit fortement avec le dipôle produit par l’autre atome électronégatif fonctionnant comme
accepteur. Les trois atomes A–H et B sont alors alignée.
Généralement les atomes (A) et (B) qui interviennent sont : l’azote, l’oxygène, le fluor et le
chlore. Il faut retenir que le second lien établit, entre H et (B), est souvent représenté par des
pointillés (trait discontinu) pour le distinguer de la liaison covalente établit entre H et (A).
b. Les Forces de Van der Waals :
Les forces de Van der Waals résultent de l’interaction entre les nuages électriques des atomes
ou molécules très proches les uns des autres. La charge négative d’un nuage électronique n’est
pas « figée », à tout moment le nuage électronique fluctue, il n’est que statistique, ce qui permet
les attractions entre un noyau, chargé positivement, et le nuage des électrons d’un atome voisin.
Les interactions de van der Waals comprennent les interactions dipôle- dipôle dont l’énergie
d’interaction diminue. Ces interactions appelées aussi force de London.
Les attractions de van der Waals ne se manifestent donc que dans une zone de distance
interatomique très limitée ; aux températures dites physiologiques l’efficacité des liaisons
dépond du nombre des atomes d’une molécule qui sont en interaction avec les atomes de la
molécule voisine.
c. les interactions hydrophobes: sont la conséquence de la très forte tendance des molécules
d’eau à exclure les groupements et les molécules non polaires. Les interactions hydrophobes ne
résultent pas tant d’une affinité particulière des substances non polaires entre elles, mais du fait
de la très forte interaction entre les molécules d’eau, interaction beaucoup plus forte qu’avec
une molécule non polaire.
Comme la plus forte des interactions possibles entre deux molécules l’emporte sur les autres, la
formation de liaisons hydrogène entre les molécules d’eau polaires exclut les molécules et
groupements non polaires. L’exclusion des substances hydrophobes d’une solution aqueuse et
la tendance des molécules non polaires à s’agglutiner est une conséquence des interactions
préférentielles des molécules d’eau. C’est pour cette raison que les régions non polaires des
macromolécules biologiques sont souvent enfouies à l’intérieur des molécules.
Chapitre II: les acides aminés
II.1. Définition
Les acides aminés (ou amino-acides) sont des molécules qui possèdent une fonction
carboxylique et une fonction amine primaire portée par un même atome de carbone, l’atome
du carbone α : ce sont des acides α-aminés. Ils différent par la nature de la chaine latérale ou
le radical R (figure 1).
Les acides aminés les plus répandus chez l’homme sont définie par la formule suivante :
Figure 1. Formule générale d’un acide aminé
Plus de 300 acides aminés ont été inventoriés. On distingue :
- Les 20 acides aminés constitutifs des protéines naturelles ou acides aminés standards. Ils sont
codés dans l’ADN et incorporés dans la chaîne peptidique lors de la traduction de l’ARNm.
- Et les autres, que l’on trouve soit à l’état libre, soit dans des peptides synthétisés par des
microorganismes ou des végétaux.
On a l’habitude d’utiliser des abréviations à trois lettres ou à une lettre pour cette série de vingt
aminoacides. (tableau1).
Tableau 1. Structure des acides aminés.
A- les acides aminés neutres
A1- Les acides aminés aliphatique
Glycine (Gly, G) Alanine (Ala, A ) Valine (Val , V)
pHi= 5,97 ; PM= 75 pHi= 6,02 ; PM= 89 pHi= 5,97 ; PM= 117
Leucine (Leu, L) Isoleucine (Ile, I)
pHi= 5,98 ; PM=131 PHi= 6,02 ; PM=131
A2- Acides aminés hydroxylés
Sérine (Ser ; S) Thréonine (Thr ; T)
pHi= 5,68 ; PM= 105 pHi= 6,53 ; PM= 119
A3- Acides aminés soufrés
Cystéine (Cys ; C) Méthionine (Met ; M)
pHi= 5,02 ; PM= 121 pHi= 5,75 ; PM= 149
A4- Acides aminés aromatiques
Phenylalanine (Phe, F) Tyrosine (Tyr, Y) Tryptophane (Trp, W)
pHi= 5,48 ; PM= 165 pHi=5,65 pHi= 5,88 ; PM= 204
A5- Acides aminés à fonction amine secondaire
Proline (Pro ; P)
pHi= 6,30 ; PM=115
B- Acides aminés dicarboxyliques (acides) : il s’agit de l’acide aspartique et l’acide glutamique.
Leurs formes amines sont respectivement l’asparagine et la glutamine
Acide aspartique (Asp, D) Acide glutamique (Glu, E)
pHi= 2,98 ; PM= 133 pHi= 3,22 ; PM=147
Asparagine (Asn, N) Glutamine (Gln,Q)
pHi= 5,41 ; PM= 132 pHi= 5,64 ; PM= 146
C- les acides aminés dibasiques
Lysine (Lys, K) Arginine (Arg, R) Histidine (His, H)
pHi= 9,74, PM= 146 pHi=10,76 ; PM= 174 pHi= 7,59, PM= 155
II.2. Classification
Les acides aminés peuvent être classés d’après la structure et la complexité de leur chaine
latérale R. Parmi les différentes classifications possibles, l’une des plus intéressantes repose sur
la polarité et les possibilités d’ionisation de cette chaine.
a. Aminoacides avec une chaîne latérale R non polaire ou hydrophobe
Cette famille contient cinq aminoacides ayant une chaine hydrocarbonée aliphatique : Ala, Leu,
Ile, Val, Gly et Pro, deux possédant des noyaux aromatiques : Phe et Trp et un contenant du
soufre: Met (figure 2).
Figure 2. Aminoacides à chaîne latérale non polaires.
Tous ces aminoacides sont moins solubles dans l’eau que ne le sont les aminoacides polaires.
La proline diffère des autres aminoacides en ce sens que c’est un α-iminoacide.
b. Aminoacides avec une chaine latérale R polaire non chargée
Ces aminoacides sont plus solubles dans l’eau que ceux qui possèdent une chaine latérale non
polaire. Ser, Thr et Tyr possèdent une fonction hydroxyle responsable de leur polarité. Asn et
Gln doivent leur polarité à leur fonction amide et la Cys à sa fonction thiol SH (voir figure 3).
Figure 3. Aminoacides à chaines latérales polaires non chargées.
c. Aminoacides avec une chaine latérale R chargée négativement (acides)
Les représentants de cette catégorie ont une charge négative nette à pH 6-7; ce sont l’acide
aspartique et l’acide glutamique qui possèdent une seconde fonction carboxylique (voir figure
4).
Figure 4. Aminoacides acides.
d. Aminoacides avec une charge latérale R chargée positivement (basiques)
Les aminoacides basiques dont la chaine latérale R présente une charge positive nette à pH=7
ont tous six atomes de carbone. La Lys possède une seconde fonction amine sur la chaine
aliphatique, et l’Arg possède un groupement guanidinium chargé positivement. L’His, qui
contient la fonction imidazolium faiblement basique, est à la frontière de cette catégorie (voir
figure 5).
Figure 5. Aminoacides basiques.
II.3. Principales propriétés physiques des aminoacides
II.3.1. Stéréochimie
Le carbone alpha portant quatre groupements différents, ce carbone est asymétrique. Les acides
aminés sont donc des molécules chirales. On a deux isomères possibles : l'un de la série D
l'autre de la série L. Il existe une exception : la glycine.
II.3.2. Chiralité
L’adjectif « chiral », qualifie une structure dépourvue de plan ou de centre de symétrie et qui,
par voie de conséquence, n’est pas superposable à son image dans un miroir. L’exemple le plus
immédiat est donné par le couple main gauche / main droite. Un atome de carbone relié à
quatre groupements différents reçoit le nom de carbone chiral ou carbone asymétrique.
Il se trouve que tous les acides aminés naturels trouvés dans les molécules du vivant sont de la
série L.
II.3.3. Absorption dans l’ultraviolet
Les aminoacides présentent une absorption importante aux longueurs d’onde inférieures à 230
nm; en outre, certains d’entre eux absorbent entre 250 et 300nm en raison de la présence -dans
leur chaine R- de chromophores tels que le noyau phényle (Tyr) ou le noyau indole (Trp)
permettant ainsi le dosage spectrophotométrique des protéines (figure 6).
Figure 6. Spectre d’absorption des aminoacides aromatiques dans l’ultra-violet.
II.3.4. Ionisation
Tous les aminoacides possèdent au moins deux groupes ionisables. Le carboxyle et l’amine ; ils
sont amphotères : le groupement carboxyle d’un aminoacide peut céder un proton et il apparaît
un anion:
Le groupement aminé peut fixer un proton et former un cation:
Ces deux réactions de dissolutions correspondent à des équilibres auxquels s’applique la loi
d’action de masse, de sorte que les proportions d’aminoacides ionisé et non ionisé existant en
solution vont dépendre de la concentration en ions H+. On peut donc écrire les deux constantes
de dissociation K1 et K2, correspondant aux deux équilibres, de la manière suivante:
K1 = [R-COO-] [H+] / [R-COOH]
K2 = [R-NH2] [H+] / [R-NH3+]
Lorsqu’ on fait passer une solution d’un aminoacide d’un pH bas à un pH élevé, on a les
transformations suivantes:
On veut qu’on passe par un pH où les molécules d’aminoacide sont sous la forme dipolaire
(zwitterion) et où la charge nette de la molécule est nulle, c’est le point isoionique ou
isoélectrique de l’aminoacide. À ce pH, sa solubilité est minimale et il ne migre pas si on le
place dans un champ électrique (contrairement au cation et à l’anion).
pH isoélectrique: défini par [A+] = [A-]
Nous avons à résoudre le système d’équations suivant :
On peut aisément étudier la dissociation des différentes fonctions polaires d’un aminoacide, en
ajoutant à la solution HCl ou NaOH et en mesurant le pH après chaque addition. On peut ainsi
tracer des courbes de titration, dont l’aspect sera différent selon qu’il s’agit d’un aminoacide
neutre, acide ou basique.
Pour calculer le pKa (ou les concentrations en espèces ioniques à un pH déterminé) on utilise
l’équation de HENDERSON-HASSEBACH:
pKa = pH + log [Accepteur de protons]/ [Donneur de protons]
Connaissant les valeurs des pKa, pHi, il est possible de tracer la courbe de neutralisation d’un
acide aminé.
Exemple : courbe de titration de l’alanine (figure 7):
Elle comporte deux étapes distinctes, chacune correspondant à l’élimination d’un proton de
l’alanine :
→ Au début: (en bas et à gauche du graphique) :
- L’alanine a ses 2 fonctions acido-basique protonée et se trouvent sous une forme cationique
avec une charge positive (NH3+-CH2-COOH),
- Lorsque l’on ajoute de la soude une partie des molécules subissent une dissociation Jusqu’à
arriver à un point où il y a autant de molécules chargées positivement que de molécules neutres,
à ce point le pH est égal au 1er pK (Pk1=2,3 pour Ala).
pH=Pk1 → 50% sous forme de NH3+-CH2-COOH
50% sous forme de NH3+-CH2-COO-
- La partie plate autour de ce pK, correspond à une zone tampon, si on continue à ajouter de
la soude, un point d’inflexion est atteint, ce pH correspond au pH isoélectrique ou pHi (pHi=6
pour Ala), toute l’Ala est sous une forme dipolaire avec 2 charges, une (+) et une (-) avec une
charge globale nulle.
pH= pHi →100 % sous forme NH3+-CH2-COO- (ion Zwitterion)
→ L’ajout de soude provoque une nouvelle dissociation avec perte du proton de l’amine, à
égalité de concentration des 2 espèces, le pH correspond au 2 ème pK (Pk2=9,7 pour Ala).
PH= PK2→ 50% sous forme de NH2-CH2-COO-
50% sous forme de NH3+-CH2-COO-
- La partie de la courbe relativement plate autour de ce pK correspond à une nouvelle zone
tampon, un dernier ajout de soude va totalement déprotoner l’acide aminé qui va se retrouver
sous une forme chargée négativement NH2-CH2-COO-.
Figure 7 : courbe de titration de l’acide aminé Ala
- Exemple d’un acide aminé à chaîne latérale comportant un groupement acide : (l’acide
glutamique) (figure 8):
Figure 8 : Courbe de titration de Glu
-Exemple d’un acide aminé comportant un groupement à chaîne latérale basique (la
lysine) (figure 9):
Figure 9 : courbe de titration de l’acide aminé basique (Lys)
II.3.5. Principales propriétés chimiques des acides amines
II.3.5.1. Réactions dues à la présence du groupement carboxyle
a. Formation de sels: la formation de sels se fait généralement avec la soude (NaOH) ou la potasse
(KOH).
b. Estérification: l’estérification se fait grâce à un alcool. On utilise souvent l’alcool n-
butylique (Butan-1-ol) et on obtient des ester n-butyliques. Cette propriété est utilisée lors de
l’analyse par chromatographie en phase gazeuse car ces esters sont volatils. Selon l’ester
obtenu, on pourra connaître l’acide aminé présent dans le mélange.
c.Formation d’un alcool aminé : elle se fait par réduction de la fonction carboxylique en
utilisant le borohydrure de sodium NaBH4 ou le borohydrure de lithium LiBH4, elle aboutit à
la formation d’un alcool α-aminé.
d.Formation d’amide : cette formation est à la base de la liaison peptidique.
e.Décarboxylation: La fonction carboxylique (du carbone α) peut faire l’objet d’une réaction
de décarboxylation conduisant à la formation d’amine, que l’on qualifie de biogène lorsqu’elle
a un rôle biologique.
Certaines de ces amines sont douées d’activité physiologique ou pharmacodynamique :
II.3.5.2. Réaction du NH2 :
a. Addition de carbonyle
- Les fonctions α aminés des aminoacides réagissent réversiblement avec les aldéhydes pour
donner des bases de Schiff qui sont relativement labiles.
- Ces bases de Schiff apparaissent très souvent comme intermédiaires dans des réactions
enzymatiques impliquant les aminoacides comme substrats.
NB : La proline qui contient une fonction amine secondaire ne réagit pas avec les aldéhydes.
b. Arylation
Cette réaction à l'aide d'un dérivé aromatique activé a permis à Frederik SANGER d'établir la
première structure primaire d'une protéine : l'insuline, hormone pancréatique qui contrôle la
production et l'utilisation du glucose.
c. Acylation
Le réactif de Sanger a été supplanté par un réactif donnant un produit plus stable et fluorescent
permettant une plus grande sensibilité dans la détection : c'est le chlorure de dansyle (1-
diméthyl-amino-naphtalène-5-sulfonyle).
d. Carbamylation
La carbamylation avec le phénylisothiocyanate (PTC), à un pH basique de 9, donne des dérivés
qui absorbent dans l'ultraviolet et facilement séparable par chromatographie.
De plus la réaction avec l'acide aminé terminal d'une protéine libère le dérivé d'addition et une
protéine amputée de son aminoacide N-terminal : en itérant le processus, la détermination de la
structure primaire de la protéine sera possible (dégradation récurrente d'Edman).
Dans le cas d'un peptide de n aminoacides, le PTC-peptide va subir une cyclisation et une
coupure à un pH légèrement acide, libérant un phénylthiohydantoine-aminoacide identifiable
(PTH-aminoacide), qui absorbe dans l'UV, et un peptide de (n-1) aminoacides.
e. Désamination
Pour maintenir la réserve intracellulaire des 20 aminoacides servant à la synthèse protéique, le
métabolisme passera par des désaminations avec oxydation qui produiront des acides α
cétoniques, source principale, sinon la seule, à partir de laquelle les aminoacides sont
synthétisés.
II.3.5.4. Réaction du COOH et NH2 :
- La réaction avec la ninhydrine :
C’est l'une des plus connue et utilisée, elle aboutit à un produit violet pour les amines primaires
et à un autre dérivé de couleur jaune pour les amines secondaires.
L'acide aminé est complètement dégradé par une réaction de désamination et de
décarboxylation.
C’est une réaction qui se déroule en deux étapes :
- La ninhydrine (hydrate de dicéto-hydrindène) est un oxydant puissant qui par désamination
oxydative conduit à l’aldéhyde correspondant avec libération d’ammoniac et de gaz carbonique
et formation de ninhydrine réduite.
- L’ammoniac réagit avec l’hydrindantine et une autre molécule de ninhydrine pour donner un
composé bleu violacé « pourpre de Ruhemann ».
Caractéristiques :
- Réaction colorimétrique sensible.
- Lecture à 570nm.
- Les iminoacides (proline) donnent un composé jaune, lecture à 440 nm.
